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├── Files
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│   8f262fbaa0f37b2180509b2e0e3e7324 99332 science optional libpwiz-tools_3.0.18342-4_armhf.deb
│   76d08c981dd7ca14677a994c252ca8ef 61211776 debug optional libpwiz3-dbgsym_3.0.18342-4_armhf.deb
│   0c6f40fb259a3d965dae4dfd38258b74 2725436 libs optional libpwiz3_3.0.18342-4_armhf.deb
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│ ├── control.tar.xz
│ │ ├── control.tar
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│ │ │ ├── ./control
│ │ │ │ @@ -1,13 +1,13 @@
│ │ │ │  Package: libpwiz-doc
│ │ │ │  Source: libpwiz
│ │ │ │  Version: 3.0.18342-4
│ │ │ │  Architecture: all
│ │ │ │  Maintainer: The Debichem Group <debichem-devel@lists.alioth.debian.org>
│ │ │ │ -Installed-Size: 79577
│ │ │ │ +Installed-Size: 79586
│ │ │ │  Depends: libjs-jquery
│ │ │ │  Section: doc
│ │ │ │  Priority: optional
│ │ │ │  Homepage: http://proteowizard.sourceforge.net/downloads.shtml
│ │ │ │  Description: set of programs to perform proteomics data analyses (doc)
│ │ │ │   The libpwiz library from the ProteoWizard project provides a modular
│ │ │ │   and extensible set of open-source, cross-platform tools and
│ │ │ ├── ./md5sums
│ │ │ │ ├── ./md5sums
│ │ │ │ │┄ Files differ
│ │ │ │ ├── line order
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│ │ │ │ │  usr/share/doc/libpwiz-doc/html/cvtest_8cpp_source.html
│ │ │ │ │ +usr/share/doc/libpwiz-doc/html/data_2identdata_2_diff_8hpp.html
│ │ │ │ │ +usr/share/doc/libpwiz-doc/html/data_2identdata_2_diff_8hpp_source.html
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│ │ │ │ │ +usr/share/doc/libpwiz-doc/html/data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html
│ │ │ │ │  usr/share/doc/libpwiz-doc/html/data_2identdata_2_version_8hpp.html
│ │ │ │ │  usr/share/doc/libpwiz-doc/html/data_2identdata_2_version_8hpp_source.html
│ │ │ │ │ -usr/share/doc/libpwiz-doc/html/data_2identdata_2diff_8hpp.html
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│ │ │ │ │ -usr/share/doc/libpwiz-doc/html/data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html
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│ │ │ │ │ +usr/share/doc/libpwiz-doc/html/data_2proteome_2_diff_test_8cpp_source.html
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│ │ │ │ @@ -3150,23 +3150,23 @@
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│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_binary_data_encoder_test_8cpp.html
│ │ │ │ @@ -291,15 +291,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  197</span>        copy(decoded.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1util_1_1_binary_data.html#ae9fb5061982b24d07e192dbd66790f9a">begin</a>(), decoded.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1util_1_1_binary_data.html#ae2a8d3d6d5614686e975a68838b9f68f">end</a>(), ostream_iterator&lt;double&gt;(*<a class="code hl_variable" href="_binary_data_encoder_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>, <span class="stringliteral">&quot;\n&quot;</span>)); </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  198</span>    }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  199</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  200</span>    <span class="comment">// validate by comparing scan data before/after encode/decode</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  201</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  202</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(binary.size() == decoded.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1util_1_1_binary_data.html#a361bd9e1000b74b17f631823e1a6a89e">size</a>());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  203</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  204</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = config.precision == BinaryDataEncoder::Precision_64 ? 1e-14 : 1e-5 ;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  204</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = config.precision == BinaryDataEncoder::Precision_64 ? 1e-14 : 1e-5 ;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  205</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  206</span>    <span class="keyword">auto</span> jt = decoded.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1util_1_1_binary_data.html#ae9fb5061982b24d07e192dbd66790f9a">begin</a>();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  207</span>    <span class="keywordflow">switch</span> (config.numpress) </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  208</span>    { </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  209</span>    <span class="keywordflow">case</span> BinaryDataEncoder::Numpress_Linear: </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  210</span>    <span class="keywordflow">case</span> BinaryDataEncoder::Numpress_Slof: </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  211</span>    <span class="keywordflow">case</span> BinaryDataEncoder::Numpress_Pic:</div>
│ │ │ │ @@ -313,35 +313,35 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  219</span>            <span class="keywordflow">else</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  220</span>                <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>((*it)/(*jt) &gt; .999 );</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  221</span>        }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  222</span>        <span class="keywordflow">break</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  223</span>    <span class="keywordflow">default</span>:</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  224</span>        <span class="keywordflow">for</span> (<span class="keyword">auto</span> it = binary.begin(); it!=binary.end(); ++it, ++jt)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  225</span>        {</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  226</span>            <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(*it, *jt, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  226</span>            <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(*it, *jt, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  227</span>        }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  228</span>        <span class="keywordflow">break</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  229</span>    }</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  230</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="_binary_data_encoder_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="_binary_data_encoder_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;validated with epsilon: &quot;</span> &lt;&lt; fixed &lt;&lt; setprecision(1) &lt;&lt; scientific &lt;&lt; <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;\n\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  230</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="_binary_data_encoder_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="_binary_data_encoder_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;validated with epsilon: &quot;</span> &lt;&lt; fixed &lt;&lt; setprecision(1) &lt;&lt; scientific &lt;&lt; <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;\n\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  231</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_binary_data_encoder_test_8cpp_html_a14035292072eb9f97acc43ee1b3e40b9"><div class="ttname"><a href="_binary_data_encoder_test_8cpp.html#a14035292072eb9f97acc43ee1b3e40b9">regressionTest</a></div><div class="ttdeci">const char * regressionTest(const BinaryDataEncoder::Config &amp;config, bool expectNumpressIgnored)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_binary_data_encoder_test_8cpp_source.html#l00085">BinaryDataEncoderTest.cpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_binary_data_encoder_test_8cpp_html_a48db70633de516541a22428a382c7f6a"><div class="ttname"><a href="_binary_data_encoder_test_8cpp.html#a48db70633de516541a22428a382c7f6a">sampleDataSize_</a></div><div class="ttdeci">const int sampleDataSize_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_binary_data_encoder_test_8cpp_source.html#l00065">BinaryDataEncoderTest.cpp:65</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_binary_data_encoder_test_8cpp_html_a8d25d5a6b1e54efa910bb00188ed36d4"><div class="ttname"><a href="_binary_data_encoder_test_8cpp.html#a8d25d5a6b1e54efa910bb00188ed36d4">sampleData_</a></div><div class="ttdeci">double sampleData_[]</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_binary_data_encoder_test_8cpp_source.html#l00040">BinaryDataEncoderTest.cpp:40</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_binary_data_encoder_test_8cpp_html_ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><div class="ttname"><a href="_binary_data_encoder_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a></div><div class="ttdeci">ostream * os_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_binary_data_encoder_test_8cpp_source.html#l00037">BinaryDataEncoderTest.cpp:37</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder.html">pwiz::msdata::BinaryDataEncoder</a></div><div class="ttdoc">binary-to-text encoding</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_binary_data_encoder_8hpp_source.html#l00045">BinaryDataEncoder.hpp:46</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1util_1_1_binary_data_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1util_1_1_binary_data.html">pwiz::util::BinaryData&lt; double &gt;</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1util_1_1_binary_data_html_a361bd9e1000b74b17f631823e1a6a89e"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1util_1_1_binary_data.html#a361bd9e1000b74b17f631823e1a6a89e">pwiz::util::BinaryData::size</a></div><div class="ttdeci">size_t size() const</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_binary_data_8hpp_source.html#l00145">BinaryData.hpp:145</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1util_1_1_binary_data_html_ae2a8d3d6d5614686e975a68838b9f68f"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1util_1_1_binary_data.html#ae2a8d3d6d5614686e975a68838b9f68f">pwiz::util::BinaryData::end</a></div><div class="ttdeci">const_iterator end() const</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_binary_data_8hpp_source.html#l00186">BinaryData.hpp:186</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1util_1_1_binary_data_html_ae9fb5061982b24d07e192dbd66790f9a"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1util_1_1_binary_data.html#ae9fb5061982b24d07e192dbd66790f9a">pwiz::util::BinaryData::begin</a></div><div class="ttdeci">iterator begin()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_binary_data_8hpp_source.html#l00171">BinaryData.hpp:171</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_1_1_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_1_1_config.html">pwiz::msdata::BinaryDataEncoder::Config</a></div><div class="ttdoc">encoding/decoding configuration</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_binary_data_encoder_8hpp_source.html#l00055">BinaryDataEncoder.hpp:56</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_acbd450df99370be00778913f140d5ec0"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert_equal(x, y, epsilon)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit.hpp:99</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_binary_data_8hpp_source.html#l00171">pwiz::util::BinaryData&lt; T &gt;::begin()</a>, <a class="el" href="classpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder.html#a29880f796dc9057552dce04ccb2c8df8">pwiz::msdata::BinaryDataEncoder::decode()</a>, <a class="el" href="classpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder.html#a578a2641e3617e82dccde55544931c18">pwiz::msdata::BinaryDataEncoder::encode()</a>, <a class="el" href="_binary_data_8hpp_source.html#l00186">pwiz::util::BinaryData&lt; T &gt;::end()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="_binary_data_encoder_8hpp_source.html#l00060">pwiz::msdata::BinaryDataEncoder::Config::numpress</a>, <a class="el" href="_binary_data_encoder_8hpp_source.html#l00062">pwiz::msdata::BinaryDataEncoder::Config::numpressLinearErrorTolerance</a>, <a class="el" href="_binary_data_encoder_test_8cpp_source.html#l00037">os_</a>, <a class="el" href="_binary_data_encoder_8hpp_source.html#l00057">pwiz::msdata::BinaryDataEncoder::Config::precision</a>, <a class="el" href="_binary_data_encoder_test_8cpp_source.html#l00085">regressionTest()</a>, <a class="el" href="_binary_data_encoder_test_8cpp_source.html#l00040">sampleData_</a>, <a class="el" href="_binary_data_encoder_test_8cpp_source.html#l00065">sampleDataSize_</a>, <a class="el" href="_binary_data_8hpp_source.html#l00145">pwiz::util::BinaryData&lt; T &gt;::size()</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_binary_data_8hpp_source.html#l00171">pwiz::util::BinaryData&lt; T &gt;::begin()</a>, <a class="el" href="classpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder.html#a29880f796dc9057552dce04ccb2c8df8">pwiz::msdata::BinaryDataEncoder::decode()</a>, <a class="el" href="classpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder.html#a578a2641e3617e82dccde55544931c18">pwiz::msdata::BinaryDataEncoder::encode()</a>, <a class="el" href="_binary_data_8hpp_source.html#l00186">pwiz::util::BinaryData&lt; T &gt;::end()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="_binary_data_encoder_8hpp_source.html#l00060">pwiz::msdata::BinaryDataEncoder::Config::numpress</a>, <a class="el" href="_binary_data_encoder_8hpp_source.html#l00062">pwiz::msdata::BinaryDataEncoder::Config::numpressLinearErrorTolerance</a>, <a class="el" href="_binary_data_encoder_test_8cpp_source.html#l00037">os_</a>, <a class="el" href="_binary_data_encoder_8hpp_source.html#l00057">pwiz::msdata::BinaryDataEncoder::Config::precision</a>, <a class="el" href="_binary_data_encoder_test_8cpp_source.html#l00085">regressionTest()</a>, <a class="el" href="_binary_data_encoder_test_8cpp_source.html#l00040">sampleData_</a>, <a class="el" href="_binary_data_encoder_test_8cpp_source.html#l00065">sampleDataSize_</a>, <a class="el" href="_binary_data_8hpp_source.html#l00145">pwiz::util::BinaryData&lt; T &gt;::size()</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_binary_data_encoder_test_8cpp_source.html#l00234">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002" name="ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">&#9670;&nbsp;</a></span>test()</h2>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_binary_data_encoder_test_8cpp_source.html
│ │ │ │ @@ -245,15 +245,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00197" name="l00197"></a><span class="lineno">  197</span>        copy(decoded.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1util_1_1_binary_data.html#ae9fb5061982b24d07e192dbd66790f9a">begin</a>(), decoded.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1util_1_1_binary_data.html#ae2a8d3d6d5614686e975a68838b9f68f">end</a>(), ostream_iterator&lt;double&gt;(*<a class="code hl_variable" href="_binary_data_encoder_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>, <span class="stringliteral">&quot;\n&quot;</span>)); </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00198" name="l00198"></a><span class="lineno">  198</span>    }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00199" name="l00199"></a><span class="lineno">  199</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00200" name="l00200"></a><span class="lineno">  200</span>    <span class="comment">// validate by comparing scan data before/after encode/decode</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00201" name="l00201"></a><span class="lineno">  201</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00202" name="l00202"></a><span class="lineno">  202</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(binary.size() == decoded.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1util_1_1_binary_data.html#a361bd9e1000b74b17f631823e1a6a89e">size</a>());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00203" name="l00203"></a><span class="lineno">  203</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00204" name="l00204"></a><span class="lineno">  204</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = config.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_1_1_config.html#a3998f896b1a6a2c8d8a73f55cdd9eb76">precision</a> == BinaryDataEncoder::Precision_64 ? 1e-14 : 1e-5 ;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00204" name="l00204"></a><span class="lineno">  204</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = config.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_1_1_config.html#a3998f896b1a6a2c8d8a73f55cdd9eb76">precision</a> == BinaryDataEncoder::Precision_64 ? 1e-14 : 1e-5 ;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00205" name="l00205"></a><span class="lineno">  205</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00206" name="l00206"></a><span class="lineno">  206</span>    <span class="keyword">auto</span> jt = decoded.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1util_1_1_binary_data.html#ae9fb5061982b24d07e192dbd66790f9a">begin</a>();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00207" name="l00207"></a><span class="lineno">  207</span>    <span class="keywordflow">switch</span> (config.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_1_1_config.html#a0f09b08983990e4ae89f3a444c47e48d">numpress</a>) </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00208" name="l00208"></a><span class="lineno">  208</span>    { </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00209" name="l00209"></a><span class="lineno">  209</span>    <span class="keywordflow">case</span> BinaryDataEncoder::Numpress_Linear: </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00210" name="l00210"></a><span class="lineno">  210</span>    <span class="keywordflow">case</span> BinaryDataEncoder::Numpress_Slof: </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00211" name="l00211"></a><span class="lineno">  211</span>    <span class="keywordflow">case</span> BinaryDataEncoder::Numpress_Pic:</div>
│ │ │ │ @@ -267,19 +267,19 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00219" name="l00219"></a><span class="lineno">  219</span>            <span class="keywordflow">else</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00220" name="l00220"></a><span class="lineno">  220</span>                <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>((*it)/(*jt) &gt; .999 );</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00221" name="l00221"></a><span class="lineno">  221</span>        }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00222" name="l00222"></a><span class="lineno">  222</span>        <span class="keywordflow">break</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00223" name="l00223"></a><span class="lineno">  223</span>    <span class="keywordflow">default</span>:</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00224" name="l00224"></a><span class="lineno">  224</span>        <span class="keywordflow">for</span> (<span class="keyword">auto</span> it = binary.begin(); it!=binary.end(); ++it, ++jt)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00225" name="l00225"></a><span class="lineno">  225</span>        {</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00226" name="l00226"></a><span class="lineno">  226</span>            <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(*it, *jt, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00226" name="l00226"></a><span class="lineno">  226</span>            <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(*it, *jt, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00227" name="l00227"></a><span class="lineno">  227</span>        }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00228" name="l00228"></a><span class="lineno">  228</span>        <span class="keywordflow">break</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00229" name="l00229"></a><span class="lineno">  229</span>    }</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00230" name="l00230"></a><span class="lineno">  230</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="_binary_data_encoder_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="_binary_data_encoder_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;validated with epsilon: &quot;</span> &lt;&lt; fixed &lt;&lt; setprecision(1) &lt;&lt; scientific &lt;&lt; <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;\n\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00230" name="l00230"></a><span class="lineno">  230</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="_binary_data_encoder_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="_binary_data_encoder_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;validated with epsilon: &quot;</span> &lt;&lt; fixed &lt;&lt; setprecision(1) &lt;&lt; scientific &lt;&lt; <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;\n\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00231" name="l00231"></a><span class="lineno">  231</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00232" name="l00232"></a><span class="lineno">  232</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00233" name="l00233"></a><span class="lineno">  233</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00234" name="l00234"></a><span class="lineno"><a class="line" href="_binary_data_encoder_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">  234</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="_binary_data_encoder_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00235" name="l00235"></a><span class="lineno">  235</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00236" name="l00236"></a><span class="lineno">  236</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_1_1_config.html">BinaryDataEncoder::Config</a> config;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00237" name="l00237"></a><span class="lineno">  237</span> </div>
│ │ │ │ @@ -462,15 +462,15 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder.html">pwiz::msdata::BinaryDataEncoder</a></div><div class="ttdoc">binary-to-text encoding</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_binary_data_encoder_8hpp_source.html#l00045">BinaryDataEncoder.hpp:46</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_html_a29880f796dc9057552dce04ccb2c8df8"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder.html#a29880f796dc9057552dce04ccb2c8df8">pwiz::msdata::BinaryDataEncoder::decode</a></div><div class="ttdeci">void decode(const char *encodedData, size_t len, pwiz::util::BinaryData&lt; double &gt; &amp;result) const</div><div class="ttdoc">decode text-encoded data as binary</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_html_a578a2641e3617e82dccde55544931c18"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder.html#a578a2641e3617e82dccde55544931c18">pwiz::msdata::BinaryDataEncoder::encode</a></div><div class="ttdeci">void encode(const std::vector&lt; double &gt; &amp;data, std::string &amp;result, size_t *binaryByteCount=NULL) const</div><div class="ttdoc">encode binary data as a text string</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1util_1_1_binary_data_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1util_1_1_binary_data.html">pwiz::util::BinaryData&lt; double &gt;</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1util_1_1_binary_data_html_a361bd9e1000b74b17f631823e1a6a89e"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1util_1_1_binary_data.html#a361bd9e1000b74b17f631823e1a6a89e">pwiz::util::BinaryData::size</a></div><div class="ttdeci">size_t size() const</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_binary_data_8hpp_source.html#l00145">BinaryData.hpp:145</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1util_1_1_binary_data_html_ae2a8d3d6d5614686e975a68838b9f68f"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1util_1_1_binary_data.html#ae2a8d3d6d5614686e975a68838b9f68f">pwiz::util::BinaryData::end</a></div><div class="ttdeci">const_iterator end() const</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_binary_data_8hpp_source.html#l00186">BinaryData.hpp:186</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1util_1_1_binary_data_html_ae9fb5061982b24d07e192dbd66790f9a"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1util_1_1_binary_data.html#ae9fb5061982b24d07e192dbd66790f9a">pwiz::util::BinaryData::begin</a></div><div class="ttdeci">iterator begin()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_binary_data_8hpp_source.html#l00171">BinaryData.hpp:171</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1cv_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1cv.html">pwiz::cv</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l00108">cv.hpp:108</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html">pwiz::msdata</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_demux_types_8hpp_source.html#l00027">DemuxTypes.hpp:27</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1util_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="almost__equal_8hpp_source.html#l00033">almost_equal.hpp:33</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_1_1_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_1_1_config.html">pwiz::msdata::BinaryDataEncoder::Config</a></div><div class="ttdoc">encoding/decoding configuration</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_binary_data_encoder_8hpp_source.html#l00055">BinaryDataEncoder.hpp:56</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_1_1_config_html_a0f09b08983990e4ae89f3a444c47e48d"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_1_1_config.html#a0f09b08983990e4ae89f3a444c47e48d">pwiz::msdata::BinaryDataEncoder::Config::numpress</a></div><div class="ttdeci">Numpress numpress</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_binary_data_encoder_8hpp_source.html#l00060">BinaryDataEncoder.hpp:60</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_1_1_config_html_a34d884d7202c760e8ced5a2955481cc8"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_1_1_config.html#a34d884d7202c760e8ced5a2955481cc8">pwiz::msdata::BinaryDataEncoder::Config::byteOrder</a></div><div class="ttdeci">ByteOrder byteOrder</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_binary_data_encoder_8hpp_source.html#l00058">BinaryDataEncoder.hpp:58</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_1_1_config_html_a3998f896b1a6a2c8d8a73f55cdd9eb76"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_1_1_config.html#a3998f896b1a6a2c8d8a73f55cdd9eb76">pwiz::msdata::BinaryDataEncoder::Config::precision</a></div><div class="ttdeci">Precision precision</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_binary_data_encoder_8hpp_source.html#l00057">BinaryDataEncoder.hpp:57</a></div></div>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_calibration_parameters_test_8cpp.html
│ │ │ │ @@ -91,32 +91,32 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   41</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   42</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(p!=q);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   43</span>    q.A = <a class="code hl_variable" href="namespacepwiz_1_1data.html#a905b023eda093fa30f4498efb9a64d49">thermoA_FT_</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   44</span>    q.B = <a class="code hl_variable" href="namespacepwiz_1_1data.html#a8b2e7814df602528838fca03accfcc89">thermoB_FT_</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   45</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(p==q);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   46</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   47</span>    <span class="keywordtype">double</span> dummy = 420;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   48</span>    <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 1e-13;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   49</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(dummy, p.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters.html#a6505e03c498f9e636a1b731596fe899c">mz</a>(p.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters.html#af3e330b3fc4ee3a07f3c9cf2a25f6184">frequency</a>(dummy)), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   50</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(dummy, p.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters.html#af3e330b3fc4ee3a07f3c9cf2a25f6184">frequency</a>(p.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters.html#a6505e03c498f9e636a1b731596fe899c">mz</a>(dummy)), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   48</span>    <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 1e-13;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   49</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(dummy, p.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters.html#a6505e03c498f9e636a1b731596fe899c">mz</a>(p.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters.html#af3e330b3fc4ee3a07f3c9cf2a25f6184">frequency</a>(dummy)), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   50</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(dummy, p.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters.html#af3e330b3fc4ee3a07f3c9cf2a25f6184">frequency</a>(p.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters.html#a6505e03c498f9e636a1b731596fe899c">mz</a>(dummy)), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   51</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   52</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters.html">CalibrationParameters</a> p2 = CalibrationParameters::thermo_Orbitrap();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   53</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(dummy, p2.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters.html#a6505e03c498f9e636a1b731596fe899c">mz</a>(p2.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters.html#af3e330b3fc4ee3a07f3c9cf2a25f6184">frequency</a>(dummy)), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   54</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(dummy, p2.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters.html#af3e330b3fc4ee3a07f3c9cf2a25f6184">frequency</a>(p2.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters.html#a6505e03c498f9e636a1b731596fe899c">mz</a>(dummy)), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   53</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(dummy, p2.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters.html#a6505e03c498f9e636a1b731596fe899c">mz</a>(p2.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters.html#af3e330b3fc4ee3a07f3c9cf2a25f6184">frequency</a>(dummy)), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   54</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(dummy, p2.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters.html#af3e330b3fc4ee3a07f3c9cf2a25f6184">frequency</a>(p2.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters.html#a6505e03c498f9e636a1b731596fe899c">mz</a>(dummy)), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   55</span>}</div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1data_html_a8b2e7814df602528838fca03accfcc89"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1data.html#a8b2e7814df602528838fca03accfcc89">pwiz::data::thermoB_FT_</a></div><div class="ttdeci">const double thermoB_FT_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_calibration_parameters_8hpp_source.html#l00039">CalibrationParameters.hpp:39</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1data_html_a905b023eda093fa30f4498efb9a64d49"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1data.html#a905b023eda093fa30f4498efb9a64d49">pwiz::data::thermoA_FT_</a></div><div class="ttdeci">const double thermoA_FT_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_calibration_parameters_8hpp_source.html#l00038">CalibrationParameters.hpp:38</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters.html">pwiz::data::CalibrationParameters</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_calibration_parameters_8hpp_source.html#l00045">CalibrationParameters.hpp:46</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters_html_a6505e03c498f9e636a1b731596fe899c"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters.html#a6505e03c498f9e636a1b731596fe899c">pwiz::data::CalibrationParameters::mz</a></div><div class="ttdeci">double mz(double frequency) const</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_calibration_parameters_8hpp_source.html#l00077">CalibrationParameters.hpp:77</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters_html_af3e330b3fc4ee3a07f3c9cf2a25f6184"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters.html#af3e330b3fc4ee3a07f3c9cf2a25f6184">pwiz::data::CalibrationParameters::frequency</a></div><div class="ttdeci">double frequency(double mz) const</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_calibration_parameters_8hpp_source.html#l00086">CalibrationParameters.hpp:86</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_acbd450df99370be00778913f140d5ec0"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert_equal(x, y, epsilon)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit.hpp:99</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_calibration_parameters_8hpp_source.html#l00047">pwiz::data::CalibrationParameters::A</a>, <a class="el" href="_calibration_parameters_8hpp_source.html#l00048">pwiz::data::CalibrationParameters::B</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="_calibration_parameters_8hpp_source.html#l00086">pwiz::data::CalibrationParameters::frequency()</a>, <a class="el" href="_calibration_parameters_8hpp_source.html#l00077">pwiz::data::CalibrationParameters::mz()</a>, <a class="el" href="_calibration_parameters_8hpp_source.html#l00038">pwiz::data::thermoA_FT_</a>, <a class="el" href="_calibration_parameters_8hpp_source.html#l00039">pwiz::data::thermoB_FT_</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_calibration_parameters_8hpp_source.html#l00047">pwiz::data::CalibrationParameters::A</a>, <a class="el" href="_calibration_parameters_8hpp_source.html#l00048">pwiz::data::CalibrationParameters::B</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="_calibration_parameters_8hpp_source.html#l00086">pwiz::data::CalibrationParameters::frequency()</a>, <a class="el" href="_calibration_parameters_8hpp_source.html#l00077">pwiz::data::CalibrationParameters::mz()</a>, <a class="el" href="_calibration_parameters_8hpp_source.html#l00038">pwiz::data::thermoA_FT_</a>, <a class="el" href="_calibration_parameters_8hpp_source.html#l00039">pwiz::data::thermoB_FT_</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_calibration_parameters_test_8cpp_source.html#l00058">main()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97" name="a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">&#9670;&nbsp;</a></span>main()</h2>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_calibration_parameters_test_8cpp_source.html
│ │ │ │ @@ -89,21 +89,21 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00041" name="l00041"></a><span class="lineno">   41</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00042" name="l00042"></a><span class="lineno">   42</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(p!=q);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00043" name="l00043"></a><span class="lineno">   43</span>    q.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters.html#a7ede4838baf620e5019c6947371b8f46">A</a> = <a class="code hl_variable" href="namespacepwiz_1_1data.html#a905b023eda093fa30f4498efb9a64d49">thermoA_FT_</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00044" name="l00044"></a><span class="lineno">   44</span>    q.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters.html#adcc3f7ccc4c40468c8e77547605d0dcd">B</a> = <a class="code hl_variable" href="namespacepwiz_1_1data.html#a8b2e7814df602528838fca03accfcc89">thermoB_FT_</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00045" name="l00045"></a><span class="lineno">   45</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(p==q);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00046" name="l00046"></a><span class="lineno">   46</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00047" name="l00047"></a><span class="lineno">   47</span>    <span class="keywordtype">double</span> dummy = 420;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00048" name="l00048"></a><span class="lineno">   48</span>    <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 1e-13;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00049" name="l00049"></a><span class="lineno">   49</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(dummy, p.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters.html#a6505e03c498f9e636a1b731596fe899c">mz</a>(p.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters.html#af3e330b3fc4ee3a07f3c9cf2a25f6184">frequency</a>(dummy)), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00050" name="l00050"></a><span class="lineno">   50</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(dummy, p.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters.html#af3e330b3fc4ee3a07f3c9cf2a25f6184">frequency</a>(p.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters.html#a6505e03c498f9e636a1b731596fe899c">mz</a>(dummy)), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00048" name="l00048"></a><span class="lineno">   48</span>    <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 1e-13;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00049" name="l00049"></a><span class="lineno">   49</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(dummy, p.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters.html#a6505e03c498f9e636a1b731596fe899c">mz</a>(p.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters.html#af3e330b3fc4ee3a07f3c9cf2a25f6184">frequency</a>(dummy)), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00050" name="l00050"></a><span class="lineno">   50</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(dummy, p.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters.html#af3e330b3fc4ee3a07f3c9cf2a25f6184">frequency</a>(p.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters.html#a6505e03c498f9e636a1b731596fe899c">mz</a>(dummy)), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00051" name="l00051"></a><span class="lineno">   51</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00052" name="l00052"></a><span class="lineno">   52</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters.html">CalibrationParameters</a> p2 = CalibrationParameters::thermo_Orbitrap();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00053" name="l00053"></a><span class="lineno">   53</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(dummy, p2.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters.html#a6505e03c498f9e636a1b731596fe899c">mz</a>(p2.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters.html#af3e330b3fc4ee3a07f3c9cf2a25f6184">frequency</a>(dummy)), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00054" name="l00054"></a><span class="lineno">   54</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(dummy, p2.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters.html#af3e330b3fc4ee3a07f3c9cf2a25f6184">frequency</a>(p2.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters.html#a6505e03c498f9e636a1b731596fe899c">mz</a>(dummy)), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00053" name="l00053"></a><span class="lineno">   53</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(dummy, p2.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters.html#a6505e03c498f9e636a1b731596fe899c">mz</a>(p2.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters.html#af3e330b3fc4ee3a07f3c9cf2a25f6184">frequency</a>(dummy)), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00054" name="l00054"></a><span class="lineno">   54</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(dummy, p2.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters.html#af3e330b3fc4ee3a07f3c9cf2a25f6184">frequency</a>(p2.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters.html#a6505e03c498f9e636a1b731596fe899c">mz</a>(dummy)), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00055" name="l00055"></a><span class="lineno">   55</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00056" name="l00056"></a><span class="lineno">   56</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00057" name="l00057"></a><span class="lineno">   57</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00058" name="l00058"></a><span class="lineno"><a class="line" href="_calibration_parameters_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">   58</a></span><span class="keywordtype">int</span> <a class="code hl_function" href="_calibration_parameters_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">main</a>(<span class="keywordtype">int</span> argc, <span class="keywordtype">char</span>* argv[])</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00059" name="l00059"></a><span class="lineno">   59</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00060" name="l00060"></a><span class="lineno">   60</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#af5970f1ca53a361e8f62643bee4ac1fa">TEST_PROLOG</a>(argc, argv)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00061" name="l00061"></a><span class="lineno">   61</span> </div>
│ │ │ │ @@ -126,15 +126,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00078" name="l00078"></a><span class="lineno">   78</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00079" name="l00079"></a><span class="lineno">   79</span> </div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_calibration_parameters_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="_calibration_parameters_8hpp.html">CalibrationParameters.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_calibration_parameters_test_8cpp_html_a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97"><div class="ttname"><a href="_calibration_parameters_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">main</a></div><div class="ttdeci">int main(int argc, char *argv[])</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_calibration_parameters_test_8cpp_source.html#l00058">CalibrationParametersTest.cpp:58</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_calibration_parameters_test_8cpp_html_ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><div class="ttname"><a href="_calibration_parameters_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a></div><div class="ttdeci">ostream * os_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_calibration_parameters_test_8cpp_source.html#l00034">CalibrationParametersTest.cpp:34</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_calibration_parameters_test_8cpp_html_ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002"><div class="ttname"><a href="_calibration_parameters_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a></div><div class="ttdeci">void test()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_calibration_parameters_test_8cpp_source.html#l00037">CalibrationParametersTest.cpp:37</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_std_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="_std_8hpp.html">Std.hpp</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1data_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1data.html">pwiz::data</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_binary_index_stream_8hpp_source.html#l00031">BinaryIndexStream.hpp:31</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1data_html_a8b2e7814df602528838fca03accfcc89"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1data.html#a8b2e7814df602528838fca03accfcc89">pwiz::data::thermoB_FT_</a></div><div class="ttdeci">const double thermoB_FT_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_calibration_parameters_8hpp_source.html#l00039">CalibrationParameters.hpp:39</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1data_html_a905b023eda093fa30f4498efb9a64d49"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1data.html#a905b023eda093fa30f4498efb9a64d49">pwiz::data::thermoA_FT_</a></div><div class="ttdeci">const double thermoA_FT_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_calibration_parameters_8hpp_source.html#l00038">CalibrationParameters.hpp:38</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1util_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="almost__equal_8hpp_source.html#l00033">almost_equal.hpp:33</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters.html">pwiz::data::CalibrationParameters</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_calibration_parameters_8hpp_source.html#l00045">CalibrationParameters.hpp:46</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters_html_a6505e03c498f9e636a1b731596fe899c"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters.html#a6505e03c498f9e636a1b731596fe899c">pwiz::data::CalibrationParameters::mz</a></div><div class="ttdeci">double mz(double frequency) const</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_calibration_parameters_8hpp_source.html#l00077">CalibrationParameters.hpp:77</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters_html_a7ede4838baf620e5019c6947371b8f46"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_calibration_parameters.html#a7ede4838baf620e5019c6947371b8f46">pwiz::data::CalibrationParameters::A</a></div><div class="ttdeci">double A</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_calibration_parameters_8hpp_source.html#l00047">CalibrationParameters.hpp:47</a></div></div>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_chromatogram_list___lockmass_refiner_test_8cpp.html
│ │ │ │ @@ -49,15 +49,15 @@
│ │ │ │    <div class="headertitle"><div class="title">ChromatogramList_LockmassRefinerTest.cpp File Reference</div></div>
│ │ │ │  </div><!--header-->
│ │ │ │  <div class="contents">
│ │ │ │  <div class="textblock"><code>#include &quot;<a class="el" href="unit_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/unit.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_std_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/Std.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="almost__equal_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/almost_equal.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_m_s_data_file_8hpp_source.html">pwiz/data/msdata/MSDataFile.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │ -<code>#include &quot;<a class="el" href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html">pwiz/data/msdata/Diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │ +<code>#include &quot;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html">pwiz/data/msdata/Diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_extended_reader_list_8hpp_source.html">pwiz/data/vendor_readers/ExtendedReaderList.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_chromatogram_list___lockmass_refiner_8hpp_source.html">ChromatogramList_LockmassRefiner.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;boost/foreach_field.hpp&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;boost/core/null_deleter.hpp&quot;</code><br />
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <p><a href="_chromatogram_list___lockmass_refiner_test_8cpp_source.html">Go to the source code of this file.</a></p>
│ │ │ │  <table class="memberdecls">
│ │ │ │ @@ -139,20 +139,20 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   68</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_chromatogram_list___lockmass_refiner_test_8cpp_html_ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><div class="ttname"><a href="_chromatogram_list___lockmass_refiner_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a></div><div class="ttdeci">ostream * os_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_chromatogram_list___lockmass_refiner_test_8cpp_source.html#l00037">ChromatogramList_LockmassRefinerTest.cpp:37</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_frequency_data_test_8cpp_html_a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f"><div class="ttname"><a href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a></div><div class="ttdeci">void diff(const string &amp;filename1, const string &amp;filename2)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">FrequencyDataTest.cpp:40</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1analysis_1_1_chromatogram_list___lockmass_refiner_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1analysis_1_1_chromatogram_list___lockmass_refiner.html">pwiz::analysis::ChromatogramList_LockmassRefiner</a></div><div class="ttdoc">ChromatogramList implementation to replace peak profiles with picked peaks.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_chromatogram_list___lockmass_refiner_8hpp_source.html#l00036">ChromatogramList_LockmassRefiner.hpp:37</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1msdata_1_1_extended_reader_list_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1msdata_1_1_extended_reader_list.html">pwiz::msdata::ExtendedReaderList</a></div><div class="ttdoc">default ReaderList, extended to include vendor readers</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_extended_reader_list_8hpp_source.html#l00037">ExtendedReaderList.hpp:38</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html_ab9bb136e4716315971007331dfddaf15"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html#ab9bb136e4716315971007331dfddaf15">pwiz::msdata::ChromatogramListPtr</a></div><div class="ttdeci">boost::shared_ptr&lt; ChromatogramList &gt; ChromatogramListPtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00785">MSData.hpp:785</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_diff_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">pwiz::data::Diff</a></div><div class="ttdoc">Calculate diffs of objects in a ProteoWizard data model hierarchy.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00142">diff_std.hpp:143</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html">pwiz::msdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdoc">configuration struct for diffing MSData types</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00205">Diff.hpp:206</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreMetadata</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreMetadata</div><div class="ttdoc">ignore all file level metadata, and most scan level metadata, i.e.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00214">Diff.hpp:214</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html">pwiz::msdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdoc">configuration struct for diffing MSData types</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00205">Diff.hpp:206</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreMetadata</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreMetadata</div><div class="ttdoc">ignore all file level metadata, and most scan level metadata, i.e.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00214">Diff.hpp:214</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_file_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_file.html">pwiz::msdata::MSDataFile</a></div><div class="ttdoc">MSData object plus file I/O.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_file_8hpp_source.html#l00040">MSDataFile.hpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00830">pwiz::msdata::Run::chromatogramListPtr</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00812">pwiz::msdata::Run::id</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00214">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreMetadata</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list___lockmass_refiner_test_8cpp_source.html#l00037">os_</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00886">pwiz::msdata::MSData::run</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00830">pwiz::msdata::Run::chromatogramListPtr</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00812">pwiz::msdata::Run::id</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00214">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreMetadata</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list___lockmass_refiner_test_8cpp_source.html#l00037">os_</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00886">pwiz::msdata::MSData::run</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_chromatogram_list___lockmass_refiner_test_8cpp_source.html#l00082">main()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ae9307a3a21e8989dfdf456b1f022036f" name="ae9307a3a21e8989dfdf456b1f022036f"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ae9307a3a21e8989dfdf456b1f022036f">&#9670;&nbsp;</a></span>parseArgs()</h2>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_chromatogram_list___lockmass_refiner_test_8cpp_source.html
│ │ │ │ @@ -67,15 +67,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00019" name="l00019"></a><span class="lineno">   19</span><span class="comment">// limitations under the License.</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00020" name="l00020"></a><span class="lineno">   20</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00021" name="l00021"></a><span class="lineno">   21</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00022" name="l00022"></a><span class="lineno">   22</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="unit_8hpp.html">pwiz/utility/misc/unit.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00023" name="l00023"></a><span class="lineno">   23</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_std_8hpp.html">pwiz/utility/misc/Std.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00024" name="l00024"></a><span class="lineno">   24</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="almost__equal_8hpp.html">pwiz/utility/misc/almost_equal.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00025" name="l00025"></a><span class="lineno">   25</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_m_s_data_file_8hpp.html">pwiz/data/msdata/MSDataFile.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00026" name="l00026"></a><span class="lineno">   26</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="data_2msdata_2diff_8hpp.html">pwiz/data/msdata/Diff.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00026" name="l00026"></a><span class="lineno">   26</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="data_2msdata_2_diff_8hpp.html">pwiz/data/msdata/Diff.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00027" name="l00027"></a><span class="lineno">   27</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_extended_reader_list_8hpp.html">pwiz/data/vendor_readers/ExtendedReaderList.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00028" name="l00028"></a><span class="lineno">   28</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_chromatogram_list___lockmass_refiner_8hpp.html">ChromatogramList_LockmassRefiner.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00029" name="l00029"></a><span class="lineno">   29</span><span class="preprocessor">#include &quot;boost/foreach_field.hpp&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00030" name="l00030"></a><span class="lineno">   30</span><span class="preprocessor">#include &quot;boost/core/null_deleter.hpp&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00031" name="l00031"></a><span class="lineno">   31</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00032" name="l00032"></a><span class="lineno">   32</span><span class="keyword">using namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00033" name="l00033"></a><span class="lineno">   33</span><span class="keyword">using namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacepwiz_1_1cv.html">pwiz::cv</a>;</div>
│ │ │ │ @@ -165,23 +165,23 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_extended_reader_list_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="_extended_reader_list_8hpp.html">ExtendedReaderList.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_frequency_data_test_8cpp_html_a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f"><div class="ttname"><a href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a></div><div class="ttdeci">void diff(const string &amp;filename1, const string &amp;filename2)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">FrequencyDataTest.cpp:40</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_m_s_data_file_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="_m_s_data_file_8hpp.html">MSDataFile.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_std_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="_std_8hpp.html">Std.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aalmost__equal_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="almost__equal_8hpp.html">almost_equal.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1analysis_1_1_chromatogram_list___lockmass_refiner_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1analysis_1_1_chromatogram_list___lockmass_refiner.html">pwiz::analysis::ChromatogramList_LockmassRefiner</a></div><div class="ttdoc">ChromatogramList implementation to replace peak profiles with picked peaks.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_chromatogram_list___lockmass_refiner_8hpp_source.html#l00036">ChromatogramList_LockmassRefiner.hpp:37</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1msdata_1_1_extended_reader_list_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1msdata_1_1_extended_reader_list.html">pwiz::msdata::ExtendedReaderList</a></div><div class="ttdoc">default ReaderList, extended to include vendor readers</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_extended_reader_list_8hpp_source.html#l00037">ExtendedReaderList.hpp:38</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2diff_8hpp.html">Diff.hpp</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_8hpp.html">Diff.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1analysis_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1analysis.html">pwiz::analysis</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_chromatogram_list___filter_8hpp_source.html#l00037">ChromatogramList_Filter.hpp:37</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1cv_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1cv.html">pwiz::cv</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l00108">cv.hpp:108</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html">pwiz::msdata</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_demux_types_8hpp_source.html#l00027">DemuxTypes.hpp:27</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html_ab9bb136e4716315971007331dfddaf15"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html#ab9bb136e4716315971007331dfddaf15">pwiz::msdata::ChromatogramListPtr</a></div><div class="ttdeci">boost::shared_ptr&lt; ChromatogramList &gt; ChromatogramListPtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00785">MSData.hpp:785</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1util_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="almost__equal_8hpp_source.html#l00033">almost_equal.hpp:33</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_diff_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">pwiz::data::Diff</a></div><div class="ttdoc">Calculate diffs of objects in a ProteoWizard data model hierarchy.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00142">diff_std.hpp:143</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html">pwiz::msdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdoc">configuration struct for diffing MSData types</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00205">Diff.hpp:206</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreMetadata</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreMetadata</div><div class="ttdoc">ignore all file level metadata, and most scan level metadata, i.e.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00214">Diff.hpp:214</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html">pwiz::msdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdoc">configuration struct for diffing MSData types</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00205">Diff.hpp:206</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreMetadata</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreMetadata</div><div class="ttdoc">ignore all file level metadata, and most scan level metadata, i.e.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00214">Diff.hpp:214</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_file_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_file.html">pwiz::msdata::MSDataFile</a></div><div class="ttdoc">MSData object plus file I/O.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_file_8hpp_source.html#l00040">MSDataFile.hpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_html_a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">pwiz::msdata::MSData::run</a></div><div class="ttdeci">Run run</div><div class="ttdoc">a run in mzML should correspond to a single, consecutive and coherent set of scans on an instrument.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00886">MSData.hpp:886</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_run_html_a88fa7524cc39efd08cb6e9a9521443e0"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#a88fa7524cc39efd08cb6e9a9521443e0">pwiz::msdata::Run::id</a></div><div class="ttdeci">std::string id</div><div class="ttdoc">a unique identifier for this run.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00812">MSData.hpp:812</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_run_html_ac9785097ed8b5e48599aef68d2d9af97"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ac9785097ed8b5e48599aef68d2d9af97">pwiz::msdata::Run::chromatogramListPtr</a></div><div class="ttdeci">ChromatogramListPtr chromatogramListPtr</div><div class="ttdoc">all chromatograms for this run.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00830">MSData.hpp:830</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html">unit.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c">TEST_EPILOG</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_EPILOG</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00183">unit.hpp:183</a></div></div>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_derivative_test_8hpp_source.html
│ │ │ │ @@ -240,15 +240,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00192" name="l00192"></a><span class="lineno">  192</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00193" name="l00193"></a><span class="lineno">  193</span><span class="keyword">template</span>&lt;<span class="keyword">typename</span> value_type&gt;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00194" name="l00194"></a><span class="lineno"><a class="line" href="namespacepwiz_1_1frequency_1_1_derivative_test.html#abc71e5c79a76f81d594632fd9045ecb2">  194</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1frequency_1_1_derivative_test.html#abc71e5c79a76f81d594632fd9045ecb2">testDerivatives</a>(<span class="keyword">const</span> <a class="code hl_class" href="classpwiz_1_1frequency_1_1_parametrized_function.html">ParametrizedFunction&lt;value_type&gt;</a>&amp; f,</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00195" name="l00195"></a><span class="lineno">  195</span>                     <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a>,</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00196" name="l00196"></a><span class="lineno">  196</span>                     <span class="keyword">const</span> ublas::vector&lt;double&gt;&amp; p,</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00197" name="l00197"></a><span class="lineno">  197</span>                     std::ostream* os = 0,</div>
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│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00199" name="l00199"></a><span class="lineno">  199</span>                     <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 1e-4)</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00199" name="l00199"></a><span class="lineno">  199</span>                     <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 1e-4)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00200" name="l00200"></a><span class="lineno">  200</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00201" name="l00201"></a><span class="lineno">  201</span>        <span class="keyword">using namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacestd.html">std</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00202" name="l00202"></a><span class="lineno">  202</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00203" name="l00203"></a><span class="lineno">  203</span>    <span class="keywordflow">if</span> (os)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00204" name="l00204"></a><span class="lineno">  204</span>    {</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00205" name="l00205"></a><span class="lineno">  205</span>        *os &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;x: &quot;</span> &lt;&lt; <a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00206" name="l00206"></a><span class="lineno">  206</span>        *os &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;p: &quot;</span> &lt;&lt; p &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ @@ -256,48 +256,48 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00208" name="l00208"></a><span class="lineno">  208</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00209" name="l00209"></a><span class="lineno">  209</span>    <span class="keywordflow">if</span> (os) *os &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;f.dp: &quot;</span> &lt;&lt; f.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1frequency_1_1_parametrized_function.html#aaae985b62dd2cb62180e6a744cdd2fc9">dp</a>(<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a>,p) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00210" name="l00210"></a><span class="lineno">  210</span>    <a class="code hl_class" href="classpwiz_1_1frequency_1_1_derivative_test_1_1_parametrized_function_slice.html">ParametrizedFunctionSlice&lt;value_type&gt;</a> slice(f,<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00211" name="l00211"></a><span class="lineno">  211</span>    <span class="keywordflow">if</span> (os) slice.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1frequency_1_1_derivative_test_1_1_vector_function.html#abb868a9958d841a180949bf2bbe159ea">printDifferenceQuotientSequence</a>(p, *os);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00212" name="l00212"></a><span class="lineno">  212</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00213" name="l00213"></a><span class="lineno">  213</span>    ublas::matrix&lt;value_type&gt; dp(f.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1frequency_1_1_parametrized_function.html#aaae985b62dd2cb62180e6a744cdd2fc9">dp</a>(<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a>,p).size(),1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00214" name="l00214"></a><span class="lineno">  214</span>    column(dp,0) = f.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1frequency_1_1_parametrized_function.html#aaae985b62dd2cb62180e6a744cdd2fc9">dp</a>(<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a>,p);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00215" name="l00215"></a><span class="lineno">  215</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a09e6e199dee7c20bd5a69429cea0cfb0">unit_assert_matrices_equal</a>(dp, slice.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1frequency_1_1_derivative_test_1_1_vector_function.html#afccd8fb49c644f9bf4aae3731c5b73c0">differenceQuotient</a>(p,delta), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00215" name="l00215"></a><span class="lineno">  215</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a09e6e199dee7c20bd5a69429cea0cfb0">unit_assert_matrices_equal</a>(dp, slice.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1frequency_1_1_derivative_test_1_1_vector_function.html#afccd8fb49c644f9bf4aae3731c5b73c0">differenceQuotient</a>(p,delta), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00216" name="l00216"></a><span class="lineno">  216</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00217" name="l00217"></a><span class="lineno">  217</span>    <span class="keywordflow">if</span> (os) *os &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;f.dp2: &quot;</span> &lt;&lt; f.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1frequency_1_1_parametrized_function.html#a0c6635812227c3e00028bda0c9aa1e92">dp2</a>(<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a>,p) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00218" name="l00218"></a><span class="lineno">  218</span>    <a class="code hl_class" href="classpwiz_1_1frequency_1_1_derivative_test_1_1_parametrized_derivative_slice.html">ParametrizedDerivativeSlice&lt;value_type&gt;</a> derivativeSlice(f,<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00219" name="l00219"></a><span class="lineno">  219</span>    <span class="keywordflow">if</span> (os) derivativeSlice.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1frequency_1_1_derivative_test_1_1_vector_function.html#abb868a9958d841a180949bf2bbe159ea">printDifferenceQuotientSequence</a>(p, *os);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00220" name="l00220"></a><span class="lineno">  220</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00221" name="l00221"></a><span class="lineno">  221</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a09e6e199dee7c20bd5a69429cea0cfb0">unit_assert_matrices_equal</a>(f.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1frequency_1_1_parametrized_function.html#a0c6635812227c3e00028bda0c9aa1e92">dp2</a>(<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a>,p), derivativeSlice.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1frequency_1_1_derivative_test_1_1_vector_function.html#afccd8fb49c644f9bf4aae3731c5b73c0">differenceQuotient</a>(p,delta), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00221" name="l00221"></a><span class="lineno">  221</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a09e6e199dee7c20bd5a69429cea0cfb0">unit_assert_matrices_equal</a>(f.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1frequency_1_1_parametrized_function.html#a0c6635812227c3e00028bda0c9aa1e92">dp2</a>(<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a>,p), derivativeSlice.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1frequency_1_1_derivative_test_1_1_vector_function.html#afccd8fb49c644f9bf4aae3731c5b73c0">differenceQuotient</a>(p,delta), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00222" name="l00222"></a><span class="lineno">  222</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00223" name="l00223"></a><span class="lineno">  223</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00224" name="l00224"></a><span class="lineno">  224</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00225" name="l00225"></a><span class="lineno">  225</span><span class="keyword">template</span>&lt;<span class="keyword">typename</span> value_type&gt;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00226" name="l00226"></a><span class="lineno"><a class="line" href="namespacepwiz_1_1frequency_1_1_derivative_test.html#af9901f95542b106e4ffea9fa163ef015">  226</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1frequency_1_1_derivative_test.html#abc71e5c79a76f81d594632fd9045ecb2">testDerivatives</a>(<span class="keyword">const</span> <span class="keyword">typename</span> <a class="code hl_class" href="classpwiz_1_1frequency_1_1_parametrized_function_1_1_error_function.html">ParametrizedFunction&lt;value_type&gt;::ErrorFunction</a>&amp; e,</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00227" name="l00227"></a><span class="lineno">  227</span>                     <span class="keyword">const</span> ublas::vector&lt;double&gt;&amp; p,</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00228" name="l00228"></a><span class="lineno">  228</span>                     std::ostream* os = 0,</div>
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│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00230" name="l00230"></a><span class="lineno">  230</span>                     <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 1e-4)</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00230" name="l00230"></a><span class="lineno">  230</span>                     <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 1e-4)</div>
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│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00232" name="l00232"></a><span class="lineno">  232</span>        <span class="keyword">using namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacestd.html">std</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00233" name="l00233"></a><span class="lineno">  233</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00234" name="l00234"></a><span class="lineno">  234</span>    <span class="keywordflow">if</span> (os) *os &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;p: &quot;</span> &lt;&lt; p &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00235" name="l00235"></a><span class="lineno">  235</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00236" name="l00236"></a><span class="lineno">  236</span>    <span class="keywordflow">if</span> (os) *os &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;e.dp: &quot;</span> &lt;&lt; e.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1frequency_1_1_parametrized_function_1_1_error_function.html#a85beefb1f68b444dede4fa53a8ae00e6">dp</a>(p) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00237" name="l00237"></a><span class="lineno">  237</span>    <a class="code hl_class" href="classpwiz_1_1frequency_1_1_derivative_test_1_1_adapted_error_function.html">AdaptedErrorFunction&lt;value_type&gt;</a> adapted(e);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00238" name="l00238"></a><span class="lineno">  238</span>    <span class="keywordflow">if</span> (os) adapted.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1frequency_1_1_derivative_test_1_1_vector_function.html#abb868a9958d841a180949bf2bbe159ea">printDifferenceQuotientSequence</a>(p, *os);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00239" name="l00239"></a><span class="lineno">  239</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00240" name="l00240"></a><span class="lineno">  240</span>    ublas::matrix&lt;value_type&gt; dp(e.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1frequency_1_1_parametrized_function_1_1_error_function.html#a85beefb1f68b444dede4fa53a8ae00e6">dp</a>(p).size(), 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00241" name="l00241"></a><span class="lineno">  241</span>    column(dp,0) = e.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1frequency_1_1_parametrized_function_1_1_error_function.html#a85beefb1f68b444dede4fa53a8ae00e6">dp</a>(p);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00242" name="l00242"></a><span class="lineno">  242</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a09e6e199dee7c20bd5a69429cea0cfb0">unit_assert_matrices_equal</a>(dp, adapted.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1frequency_1_1_derivative_test_1_1_vector_function.html#afccd8fb49c644f9bf4aae3731c5b73c0">differenceQuotient</a>(p,delta), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00242" name="l00242"></a><span class="lineno">  242</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a09e6e199dee7c20bd5a69429cea0cfb0">unit_assert_matrices_equal</a>(dp, adapted.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1frequency_1_1_derivative_test_1_1_vector_function.html#afccd8fb49c644f9bf4aae3731c5b73c0">differenceQuotient</a>(p,delta), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00243" name="l00243"></a><span class="lineno">  243</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00244" name="l00244"></a><span class="lineno">  244</span>    <span class="keywordflow">if</span> (os) *os &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;e.dp2: &quot;</span> &lt;&lt; e.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1frequency_1_1_parametrized_function_1_1_error_function.html#aaa706d58fc72450cc5c58ec94b9cf93a">dp2</a>(p) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00245" name="l00245"></a><span class="lineno">  245</span>    <a class="code hl_class" href="classpwiz_1_1frequency_1_1_derivative_test_1_1_adapted_error_derivative.html">AdaptedErrorDerivative&lt;value_type&gt;</a> adaptedDerivative(e);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00246" name="l00246"></a><span class="lineno">  246</span>    <span class="keywordflow">if</span> (os) adaptedDerivative.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1frequency_1_1_derivative_test_1_1_vector_function.html#abb868a9958d841a180949bf2bbe159ea">printDifferenceQuotientSequence</a>(p, *os);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00247" name="l00247"></a><span class="lineno">  247</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00248" name="l00248"></a><span class="lineno">  248</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a09e6e199dee7c20bd5a69429cea0cfb0">unit_assert_matrices_equal</a>(e.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1frequency_1_1_parametrized_function_1_1_error_function.html#aaa706d58fc72450cc5c58ec94b9cf93a">dp2</a>(p), adaptedDerivative.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1frequency_1_1_derivative_test_1_1_vector_function.html#afccd8fb49c644f9bf4aae3731c5b73c0">differenceQuotient</a>(p,delta), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00248" name="l00248"></a><span class="lineno">  248</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a09e6e199dee7c20bd5a69429cea0cfb0">unit_assert_matrices_equal</a>(e.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1frequency_1_1_parametrized_function_1_1_error_function.html#aaa706d58fc72450cc5c58ec94b9cf93a">dp2</a>(p), adaptedDerivative.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1frequency_1_1_derivative_test_1_1_vector_function.html#afccd8fb49c644f9bf4aae3731c5b73c0">differenceQuotient</a>(p,delta), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00249" name="l00249"></a><span class="lineno">  249</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00250" name="l00250"></a><span class="lineno">  250</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00251" name="l00251"></a><span class="lineno">  251</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00252" name="l00252"></a><span class="lineno">  252</span>} <span class="comment">// namespace DerivativeTest</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00253" name="l00253"></a><span class="lineno">  253</span>} <span class="comment">// namespace frequency</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00254" name="l00254"></a><span class="lineno">  254</span>} <span class="comment">// namespace pwiz</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00255" name="l00255"></a><span class="lineno">  255</span> </div>
│ │ │ │ @@ -342,15 +342,15 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1frequency_1_1_derivative_test_1_1_vector_function_html_afccd8fb49c644f9bf4aae3731c5b73c0"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1frequency_1_1_derivative_test_1_1_vector_function.html#afccd8fb49c644f9bf4aae3731c5b73c0">pwiz::frequency::DerivativeTest::VectorFunction::differenceQuotient</a></div><div class="ttdeci">ublas::matrix&lt; value_type &gt; differenceQuotient(ublas::vector&lt; double &gt; x, double delta) const</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_derivative_test_8hpp_source.html#l00067">DerivativeTest.hpp:67</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1frequency_1_1_parametrized_function_1_1_error_function_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1frequency_1_1_parametrized_function_1_1_error_function.html">pwiz::frequency::ParametrizedFunction::ErrorFunction</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_parametrized_function_8hpp_source.html#l00064">ParametrizedFunction.hpp:65</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1frequency_1_1_parametrized_function_1_1_error_function_html_a85beefb1f68b444dede4fa53a8ae00e6"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1frequency_1_1_parametrized_function_1_1_error_function.html#a85beefb1f68b444dede4fa53a8ae00e6">pwiz::frequency::ParametrizedFunction::ErrorFunction::dp</a></div><div class="ttdeci">ublas::vector&lt; double &gt; dp(const ublas::vector&lt; double &gt; &amp;p) const</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_parametrized_function_8hpp_source.html#l00085">ParametrizedFunction.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1frequency_1_1_parametrized_function_1_1_error_function_html_aaa706d58fc72450cc5c58ec94b9cf93a"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1frequency_1_1_parametrized_function_1_1_error_function.html#aaa706d58fc72450cc5c58ec94b9cf93a">pwiz::frequency::ParametrizedFunction::ErrorFunction::dp2</a></div><div class="ttdeci">ublas::matrix&lt; double &gt; dp2(const ublas::vector&lt; double &gt; &amp;p) const</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_parametrized_function_8hpp_source.html#l00097">ParametrizedFunction.hpp:97</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1frequency_1_1_parametrized_function_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1frequency_1_1_parametrized_function.html">pwiz::frequency::ParametrizedFunction</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_parametrized_function_8hpp_source.html#l00050">ParametrizedFunction.hpp:51</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1frequency_1_1_parametrized_function_html_a0c6635812227c3e00028bda0c9aa1e92"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1frequency_1_1_parametrized_function.html#a0c6635812227c3e00028bda0c9aa1e92">pwiz::frequency::ParametrizedFunction::dp2</a></div><div class="ttdeci">virtual ublas::matrix&lt; value_type &gt; dp2(double x, const ublas::vector&lt; double &gt; &amp;p) const =0</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1frequency_1_1_parametrized_function_html_aaae985b62dd2cb62180e6a744cdd2fc9"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1frequency_1_1_parametrized_function.html#aaae985b62dd2cb62180e6a744cdd2fc9">pwiz::frequency::ParametrizedFunction::dp</a></div><div class="ttdeci">virtual ublas::vector&lt; value_type &gt; dp(double x, const ublas::vector&lt; double &gt; &amp;p) const =0</div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1frequency_1_1_derivative_test_html_abc71e5c79a76f81d594632fd9045ecb2"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1frequency_1_1_derivative_test.html#abc71e5c79a76f81d594632fd9045ecb2">pwiz::frequency::DerivativeTest::testDerivatives</a></div><div class="ttdeci">void testDerivatives(const ParametrizedFunction&lt; value_type &gt; &amp;f, double x, const ublas::vector&lt; double &gt; &amp;p, std::ostream *os=0, double delta=1e-7, double epsilon=1e-4)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_derivative_test_8hpp_source.html#l00194">DerivativeTest.hpp:194</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1util_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="almost__equal_8hpp_source.html#l00033">almost_equal.hpp:33</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz.html">pwiz</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_chromatogram_list___filter_8hpp_source.html#l00036">ChromatogramList_Filter.hpp:36</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacestd_html"><div class="ttname"><a href="namespacestd.html">std</a></div><div class="ttdoc">STL namespace.</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html">unit.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a09e6e199dee7c20bd5a69429cea0cfb0"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a09e6e199dee7c20bd5a69429cea0cfb0">unit_assert_matrices_equal</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert_matrices_equal(A, B, epsilon)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00135">unit.hpp:135</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment --></div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_digestion_8hpp.html
│ │ │ │ @@ -122,15 +122,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>neither termini must match digestion motif(s) </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_digestion_8hpp_source.html#l00120">120</a> of file <a class="el" href="_digestion_8hpp_source.html">Digestion.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_digestion_test_8cpp_source.html#l00481">testBSADigestion()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00385">testEnzyme()</a>, <a class="el" href="_digestion_test_8cpp_source.html#l00588">testFind()</a>, and <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00201">testSerialize()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_digestion_test_8cpp_source.html#l00481">testBSADigestion()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00679">testEnzyme()</a>, <a class="el" href="_digestion_test_8cpp_source.html#l00588">testFind()</a>, and <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00201">testSerialize()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ │  <!-- start footer part -->
│ │ │ │  <hr class="footer"/><address class="footer"><small>
│ │ │ │  Generated by&#160;<a href="https://www.doxygen.org/index.html"><img class="footer" src="doxygen.svg" width="104" height="31" alt="doxygen"/></a> 1.9.4
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_feature_detector_peakel_test_8cpp.html
│ │ │ │ @@ -90,52 +90,52 @@
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_feature_detector_peakel_test_8cpp_source.html#l00042">42</a> of file <a class="el" href="_feature_detector_peakel_test_8cpp_source.html">FeatureDetectorPeakelTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">   43</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   44</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = .01;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   44</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = .01;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   45</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   46</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> mz_bomb2 = 810.415;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   47</span>    vector&lt;FeaturePtr&gt; bombesin_2_found = featureField.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_m_z_r_t_field.html#a2bc955b57431b013f658a7cac481c988">find</a>(mz_bomb2, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, </div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   47</span>    vector&lt;FeaturePtr&gt; bombesin_2_found = featureField.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_m_z_r_t_field.html#a2bc955b57431b013f658a7cac481c988">find</a>(mz_bomb2, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   48</span>        <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_r_t_matches___contains.html">RTMatches_Contains&lt;Feature&gt;</a>(1865));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   49</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(bombesin_2_found.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   50</span>    <span class="keyword">const</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html">Feature</a>&amp; bombesin_2 = *bombesin_2_found[0];</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   51</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a477dd0dcf5e1eeff30700321a253715b">charge</a> == 2);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   52</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>.size() == 5);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   53</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[0]-&gt;mz, mz_bomb2, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   54</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[1]-&gt;mz, mz_bomb2+.5, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   55</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[2]-&gt;mz, mz_bomb2+1, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   56</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[3]-&gt;mz, mz_bomb2+1.5, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   57</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[4]-&gt;mz, mz_bomb2+2, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   53</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[0]-&gt;mz, mz_bomb2, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   54</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[1]-&gt;mz, mz_bomb2+.5, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   55</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[2]-&gt;mz, mz_bomb2+1, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   56</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[3]-&gt;mz, mz_bomb2+1.5, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   57</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[4]-&gt;mz, mz_bomb2+2, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   58</span>    <span class="comment">//TODO: verify feature metadata</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   59</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   60</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> mz_bomb3 = 540.612;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   61</span>    vector&lt;FeaturePtr&gt; bombesin_3_found = featureField.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_m_z_r_t_field.html#a2bc955b57431b013f658a7cac481c988">find</a>(mz_bomb3, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, </div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   61</span>    vector&lt;FeaturePtr&gt; bombesin_3_found = featureField.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_m_z_r_t_field.html#a2bc955b57431b013f658a7cac481c988">find</a>(mz_bomb3, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   62</span>        <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_r_t_matches___contains.html">RTMatches_Contains&lt;Feature&gt;</a>(1865));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   63</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(bombesin_3_found.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   64</span>    <span class="keyword">const</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html">Feature</a>&amp; bombesin_3 = *bombesin_3_found[0];</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   65</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(bombesin_3.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a477dd0dcf5e1eeff30700321a253715b">charge</a> == 3);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   66</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(bombesin_3.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>.size() == 3);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   67</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_3.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[0]-&gt;mz, mz_bomb3, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   68</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_3.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[1]-&gt;mz, mz_bomb3+1./3, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   69</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_3.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[2]-&gt;mz, mz_bomb3+2./3, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   67</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_3.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[0]-&gt;mz, mz_bomb3, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   68</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_3.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[1]-&gt;mz, mz_bomb3+1./3, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   69</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_3.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[2]-&gt;mz, mz_bomb3+2./3, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   70</span>    <span class="comment">//TODO: verify feature metadata</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   71</span>}</div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1analysis_1_1_m_z_r_t_field_html_a2bc955b57431b013f658a7cac481c988"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1analysis_1_1_m_z_r_t_field.html#a2bc955b57431b013f658a7cac481c988">pwiz::analysis::MZRTField::find</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; TPtr &gt; find(double mz, MZTolerance mzTolerance, RTMatches matches) const</div><div class="ttdoc">find all objects with a given m/z, within a given m/z tolerance, satisfying the 'matches' predicate</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1analysis_1_1_r_t_matches___contains_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1analysis_1_1_r_t_matches___contains.html">pwiz::analysis::RTMatches_Contains</a></div><div class="ttdoc">predicate returns true iff the object's retention time range contains the specified retention time</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_z_r_t_field_8hpp_source.html#l00130">MZRTField.hpp:131</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html">pwiz::data::peakdata::Feature</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peak_data_8hpp_source.html#l00261">PeakData.hpp:262</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature_html_a477dd0dcf5e1eeff30700321a253715b"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a477dd0dcf5e1eeff30700321a253715b">pwiz::data::peakdata::Feature::charge</a></div><div class="ttdeci">int charge</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peak_data_8hpp_source.html#l00269">PeakData.hpp:269</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature_html_a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">pwiz::data::peakdata::Feature::peakels</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; PeakelPtr &gt; peakels</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peak_data_8hpp_source.html#l00274">PeakData.hpp:274</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_acbd450df99370be00778913f140d5ec0"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert_equal(x, y, epsilon)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit.hpp:99</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_peak_data_8hpp_source.html#l00269">pwiz::data::peakdata::Feature::charge</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_m_z_r_t_field.html#a2bc955b57431b013f658a7cac481c988">pwiz::analysis::MZRTField&lt; T &gt;::find()</a>, <a class="el" href="_peak_data_8hpp_source.html#l00274">pwiz::data::peakdata::Feature::peakels</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_peak_data_8hpp_source.html#l00269">pwiz::data::peakdata::Feature::charge</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_m_z_r_t_field.html#a2bc955b57431b013f658a7cac481c988">pwiz::analysis::MZRTField&lt; T &gt;::find()</a>, <a class="el" href="_peak_data_8hpp_source.html#l00274">pwiz::data::peakdata::Feature::peakels</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_feature_detector_peakel_test_8cpp_source.html#l00103">testBombesin()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a2d31a2685e35801fee6faa7eef573f9d" name="a2d31a2685e35801fee6faa7eef573f9d"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a2d31a2685e35801fee6faa7eef573f9d">&#9670;&nbsp;</a></span>createFeatureDetectorPeakel()</h2>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_feature_detector_peakel_test_8cpp_source.html
│ │ │ │ @@ -85,40 +85,40 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00037" name="l00037"></a><span class="lineno">   37</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00038" name="l00038"></a><span class="lineno">   38</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00039" name="l00039"></a><span class="lineno"><a class="line" href="_feature_detector_peakel_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">   39</a></span>ostream* <a class="code hl_variable" href="_feature_detector_peakel_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> = 0;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00040" name="l00040"></a><span class="lineno">   40</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00041" name="l00041"></a><span class="lineno">   41</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00042" name="l00042"></a><span class="lineno"><a class="line" href="_feature_detector_peakel_test_8cpp.html#a9b4a3b8665e95cbd552268eaf123bfdd">   42</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="_feature_detector_peakel_test_8cpp.html#a9b4a3b8665e95cbd552268eaf123bfdd">verifyBombesinFeatures</a>(<span class="keyword">const</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_m_z_r_t_field.html">FeatureField</a>&amp; featureField)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00043" name="l00043"></a><span class="lineno">   43</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00044" name="l00044"></a><span class="lineno">   44</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = .01;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00044" name="l00044"></a><span class="lineno">   44</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = .01;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00045" name="l00045"></a><span class="lineno">   45</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00046" name="l00046"></a><span class="lineno">   46</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> mz_bomb2 = 810.415;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00047" name="l00047"></a><span class="lineno">   47</span>    vector&lt;FeaturePtr&gt; bombesin_2_found = featureField.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_m_z_r_t_field.html#a2bc955b57431b013f658a7cac481c988">find</a>(mz_bomb2, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, </div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00047" name="l00047"></a><span class="lineno">   47</span>    vector&lt;FeaturePtr&gt; bombesin_2_found = featureField.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_m_z_r_t_field.html#a2bc955b57431b013f658a7cac481c988">find</a>(mz_bomb2, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00048" name="l00048"></a><span class="lineno">   48</span>        <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_r_t_matches___contains.html">RTMatches_Contains&lt;Feature&gt;</a>(1865));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00049" name="l00049"></a><span class="lineno">   49</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(bombesin_2_found.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00050" name="l00050"></a><span class="lineno">   50</span>    <span class="keyword">const</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html">Feature</a>&amp; bombesin_2 = *bombesin_2_found[0];</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00051" name="l00051"></a><span class="lineno">   51</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a477dd0dcf5e1eeff30700321a253715b">charge</a> == 2);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00052" name="l00052"></a><span class="lineno">   52</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>.size() == 5);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00053" name="l00053"></a><span class="lineno">   53</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[0]-&gt;mz, mz_bomb2, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00054" name="l00054"></a><span class="lineno">   54</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[1]-&gt;mz, mz_bomb2+.5, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00055" name="l00055"></a><span class="lineno">   55</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[2]-&gt;mz, mz_bomb2+1, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00056" name="l00056"></a><span class="lineno">   56</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[3]-&gt;mz, mz_bomb2+1.5, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00057" name="l00057"></a><span class="lineno">   57</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[4]-&gt;mz, mz_bomb2+2, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00053" name="l00053"></a><span class="lineno">   53</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[0]-&gt;mz, mz_bomb2, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00054" name="l00054"></a><span class="lineno">   54</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[1]-&gt;mz, mz_bomb2+.5, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00055" name="l00055"></a><span class="lineno">   55</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[2]-&gt;mz, mz_bomb2+1, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00056" name="l00056"></a><span class="lineno">   56</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[3]-&gt;mz, mz_bomb2+1.5, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00057" name="l00057"></a><span class="lineno">   57</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[4]-&gt;mz, mz_bomb2+2, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00058" name="l00058"></a><span class="lineno">   58</span>    <span class="comment">//TODO: verify feature metadata</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00059" name="l00059"></a><span class="lineno">   59</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00060" name="l00060"></a><span class="lineno">   60</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> mz_bomb3 = 540.612;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00061" name="l00061"></a><span class="lineno">   61</span>    vector&lt;FeaturePtr&gt; bombesin_3_found = featureField.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_m_z_r_t_field.html#a2bc955b57431b013f658a7cac481c988">find</a>(mz_bomb3, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, </div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00061" name="l00061"></a><span class="lineno">   61</span>    vector&lt;FeaturePtr&gt; bombesin_3_found = featureField.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_m_z_r_t_field.html#a2bc955b57431b013f658a7cac481c988">find</a>(mz_bomb3, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00062" name="l00062"></a><span class="lineno">   62</span>        <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_r_t_matches___contains.html">RTMatches_Contains&lt;Feature&gt;</a>(1865));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00063" name="l00063"></a><span class="lineno">   63</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(bombesin_3_found.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00064" name="l00064"></a><span class="lineno">   64</span>    <span class="keyword">const</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html">Feature</a>&amp; bombesin_3 = *bombesin_3_found[0];</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00065" name="l00065"></a><span class="lineno">   65</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(bombesin_3.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a477dd0dcf5e1eeff30700321a253715b">charge</a> == 3);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00066" name="l00066"></a><span class="lineno">   66</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(bombesin_3.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>.size() == 3);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00067" name="l00067"></a><span class="lineno">   67</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_3.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[0]-&gt;mz, mz_bomb3, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00068" name="l00068"></a><span class="lineno">   68</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_3.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[1]-&gt;mz, mz_bomb3+1./3, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00069" name="l00069"></a><span class="lineno">   69</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_3.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[2]-&gt;mz, mz_bomb3+2./3, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00067" name="l00067"></a><span class="lineno">   67</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_3.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[0]-&gt;mz, mz_bomb3, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00068" name="l00068"></a><span class="lineno">   68</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_3.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[1]-&gt;mz, mz_bomb3+1./3, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00069" name="l00069"></a><span class="lineno">   69</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_3.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[2]-&gt;mz, mz_bomb3+2./3, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00070" name="l00070"></a><span class="lineno">   70</span>    <span class="comment">//TODO: verify feature metadata</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00071" name="l00071"></a><span class="lineno">   71</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00072" name="l00072"></a><span class="lineno">   72</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00073" name="l00073"></a><span class="lineno">   73</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00074" name="l00074"></a><span class="lineno"><a class="line" href="_feature_detector_peakel_test_8cpp.html#a2d31a2685e35801fee6faa7eef573f9d">   74</a></span>shared_ptr&lt;FeatureDetectorPeakel&gt; <a class="code hl_function" href="_feature_detector_peakel_test_8cpp.html#a2d31a2685e35801fee6faa7eef573f9d">createFeatureDetectorPeakel</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00075" name="l00075"></a><span class="lineno">   75</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00076" name="l00076"></a><span class="lineno">   76</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_feature_detector_peakel_1_1_config.html">FeatureDetectorPeakel::Config</a> config;</div>
│ │ │ │ @@ -214,15 +214,15 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_feature_detector_peakel_test_8cpp_html_a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97"><div class="ttname"><a href="_feature_detector_peakel_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">main</a></div><div class="ttdeci">int main(int argc, char *argv[])</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_feature_detector_peakel_test_8cpp_source.html#l00131">FeatureDetectorPeakelTest.cpp:131</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_feature_detector_peakel_test_8cpp_html_a2d31a2685e35801fee6faa7eef573f9d"><div class="ttname"><a href="_feature_detector_peakel_test_8cpp.html#a2d31a2685e35801fee6faa7eef573f9d">createFeatureDetectorPeakel</a></div><div class="ttdeci">shared_ptr&lt; FeatureDetectorPeakel &gt; createFeatureDetectorPeakel()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_feature_detector_peakel_test_8cpp_source.html#l00074">FeatureDetectorPeakelTest.cpp:74</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_feature_detector_peakel_test_8cpp_html_a9b4a3b8665e95cbd552268eaf123bfdd"><div class="ttname"><a href="_feature_detector_peakel_test_8cpp.html#a9b4a3b8665e95cbd552268eaf123bfdd">verifyBombesinFeatures</a></div><div class="ttdeci">void verifyBombesinFeatures(const FeatureField &amp;featureField)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_feature_detector_peakel_test_8cpp_source.html#l00042">FeatureDetectorPeakelTest.cpp:42</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_feature_detector_peakel_test_8cpp_html_ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><div class="ttname"><a href="_feature_detector_peakel_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a></div><div class="ttdeci">ostream * os_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_feature_detector_peakel_test_8cpp_source.html#l00039">FeatureDetectorPeakelTest.cpp:39</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_feature_detector_peakel_test_8cpp_html_adfd632408235fa03e20660a4d061c05d"><div class="ttname"><a href="_feature_detector_peakel_test_8cpp.html#adfd632408235fa03e20660a4d061c05d">test</a></div><div class="ttdeci">void test(const bfs::path &amp;datadir)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_feature_detector_peakel_test_8cpp_source.html#l00125">FeatureDetectorPeakelTest.cpp:125</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_m_s_data_file_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="_m_s_data_file_8hpp.html">MSDataFile.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_std_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="_std_8hpp.html">Std.hpp</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1analysis_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1analysis.html">pwiz::analysis</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_chromatogram_list___filter_8hpp_source.html#l00037">ChromatogramList_Filter.hpp:37</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1data_1_1peakdata_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1data_1_1peakdata.html">pwiz::data::peakdata</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peak_data_8hpp_source.html#l00040">PeakData.hpp:40</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1data_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1data.html">pwiz::data</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_binary_index_stream_8hpp_source.html#l00031">BinaryIndexStream.hpp:31</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html">pwiz::msdata</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_demux_types_8hpp_source.html#l00027">DemuxTypes.hpp:27</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1util_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="almost__equal_8hpp_source.html#l00033">almost_equal.hpp:33</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1analysis_1_1_feature_detector_peakel_1_1_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1analysis_1_1_feature_detector_peakel_1_1_config.html">pwiz::analysis::FeatureDetectorPeakel::Config</a></div><div class="ttdoc">convenience construction</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_feature_detector_peakel_8hpp_source.html#l00059">FeatureDetectorPeakel.hpp:60</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1analysis_1_1_feature_detector_peakel_1_1_config_html_a23b09b722eff406cd23c3f5e84b1ae53"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1analysis_1_1_feature_detector_peakel_1_1_config.html#a23b09b722eff406cd23c3f5e84b1ae53">pwiz::analysis::FeatureDetectorPeakel::Config::peakelGrower_Proximity</a></div><div class="ttdeci">PeakelGrower_Proximity::Config peakelGrower_Proximity</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_feature_detector_peakel_8hpp_source.html#l00065">FeatureDetectorPeakel.hpp:65</a></div></div>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_feature_detector_tuning_test_8cpp.html
│ │ │ │ @@ -398,49 +398,49 @@
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_feature_detector_tuning_test_8cpp_source.html#l00165">165</a> of file <a class="el" href="_feature_detector_tuning_test_8cpp_source.html">FeatureDetectorTuningTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  166</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  167</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = .01;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  167</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = .01;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  168</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  169</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> mz_bomb2 = 810.415;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  170</span>    vector&lt;FeaturePtr&gt; bombesin_2_found = featureField.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_m_z_r_t_field.html#a2bc955b57431b013f658a7cac481c988">find</a>(mz_bomb2, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, </div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  170</span>    vector&lt;FeaturePtr&gt; bombesin_2_found = featureField.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_m_z_r_t_field.html#a2bc955b57431b013f658a7cac481c988">find</a>(mz_bomb2, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  171</span>        <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_r_t_matches___contains.html">RTMatches_Contains&lt;Feature&gt;</a>(1865));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  172</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(bombesin_2_found.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  173</span>    <span class="keyword">const</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html">Feature</a>&amp; bombesin_2 = *bombesin_2_found[0];</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  174</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a477dd0dcf5e1eeff30700321a253715b">charge</a> == 2);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  175</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>.size() == 5);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  176</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[0]-&gt;mz, mz_bomb2, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  177</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[1]-&gt;mz, mz_bomb2+.5, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  178</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[2]-&gt;mz, mz_bomb2+1, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  179</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[3]-&gt;mz, mz_bomb2+1.5, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  180</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[4]-&gt;mz, mz_bomb2+2, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  176</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[0]-&gt;mz, mz_bomb2, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  177</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[1]-&gt;mz, mz_bomb2+.5, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  178</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[2]-&gt;mz, mz_bomb2+1, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  179</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[3]-&gt;mz, mz_bomb2+1.5, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  180</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[4]-&gt;mz, mz_bomb2+2, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  181</span>    <span class="comment">//TODO: verify feature metadata</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  182</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  183</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> mz_bomb3 = 540.612;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  184</span>    vector&lt;FeaturePtr&gt; bombesin_3_found = featureField.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_m_z_r_t_field.html#a2bc955b57431b013f658a7cac481c988">find</a>(mz_bomb3, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, </div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  184</span>    vector&lt;FeaturePtr&gt; bombesin_3_found = featureField.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_m_z_r_t_field.html#a2bc955b57431b013f658a7cac481c988">find</a>(mz_bomb3, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  185</span>        <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_r_t_matches___contains.html">RTMatches_Contains&lt;Feature&gt;</a>(1865));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  186</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(bombesin_3_found.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  187</span>    <span class="keyword">const</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html">Feature</a>&amp; bombesin_3 = *bombesin_3_found[0];</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  188</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(bombesin_3.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a477dd0dcf5e1eeff30700321a253715b">charge</a> == 3);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  189</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(bombesin_3.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>.size() == 3);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  190</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_3.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[0]-&gt;mz, mz_bomb3, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  191</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_3.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[1]-&gt;mz, mz_bomb3+1./3, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  192</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_3.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[2]-&gt;mz, mz_bomb3+2./3, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  190</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_3.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[0]-&gt;mz, mz_bomb3, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  191</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_3.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[1]-&gt;mz, mz_bomb3+1./3, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  192</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_3.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[2]-&gt;mz, mz_bomb3+2./3, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  193</span>    <span class="comment">//TODO: verify feature metadata</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  194</span>}</div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html">pwiz::data::peakdata::Feature</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peak_data_8hpp_source.html#l00261">PeakData.hpp:262</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature_html_a477dd0dcf5e1eeff30700321a253715b"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a477dd0dcf5e1eeff30700321a253715b">pwiz::data::peakdata::Feature::charge</a></div><div class="ttdeci">int charge</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peak_data_8hpp_source.html#l00269">PeakData.hpp:269</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature_html_a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">pwiz::data::peakdata::Feature::peakels</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; PeakelPtr &gt; peakels</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peak_data_8hpp_source.html#l00274">PeakData.hpp:274</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_acbd450df99370be00778913f140d5ec0"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert_equal(x, y, epsilon)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit.hpp:99</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_peak_data_8hpp_source.html#l00269">pwiz::data::peakdata::Feature::charge</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_m_z_r_t_field.html#a2bc955b57431b013f658a7cac481c988">pwiz::analysis::MZRTField&lt; T &gt;::find()</a>, <a class="el" href="_peak_data_8hpp_source.html#l00274">pwiz::data::peakdata::Feature::peakels</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_peak_data_8hpp_source.html#l00269">pwiz::data::peakdata::Feature::charge</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_m_z_r_t_field.html#a2bc955b57431b013f658a7cac481c988">pwiz::analysis::MZRTField&lt; T &gt;::find()</a>, <a class="el" href="_peak_data_8hpp_source.html#l00274">pwiz::data::peakdata::Feature::peakels</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_feature_detector_tuning_test_8cpp_source.html#l00197">testBombesin()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a0a08ad9dcb33f06f980f10378e31d5cf" name="a0a08ad9dcb33f06f980f10378e31d5cf"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a0a08ad9dcb33f06f980f10378e31d5cf">&#9670;&nbsp;</a></span>testBombesin()</h2>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_feature_detector_tuning_test_8cpp_source.html
│ │ │ │ @@ -208,40 +208,40 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00160" name="l00160"></a><span class="lineno">  160</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00161" name="l00161"></a><span class="lineno">  161</span>    <span class="keywordflow">return</span> shared_ptr&lt;PeakelPicker&gt;(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_class" href="classpwiz_1_1analysis_1_1_peakel_picker___basic.html">PeakelPicker_Basic</a>(config));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00162" name="l00162"></a><span class="lineno">  162</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00163" name="l00163"></a><span class="lineno">  163</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00164" name="l00164"></a><span class="lineno">  164</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00165" name="l00165"></a><span class="lineno"><a class="line" href="_feature_detector_tuning_test_8cpp.html#a9b4a3b8665e95cbd552268eaf123bfdd">  165</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="_feature_detector_tuning_test_8cpp.html#a9b4a3b8665e95cbd552268eaf123bfdd">verifyBombesinFeatures</a>(<span class="keyword">const</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_m_z_r_t_field.html">FeatureField</a>&amp; featureField)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00166" name="l00166"></a><span class="lineno">  166</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00167" name="l00167"></a><span class="lineno">  167</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = .01;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00167" name="l00167"></a><span class="lineno">  167</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = .01;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00168" name="l00168"></a><span class="lineno">  168</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00169" name="l00169"></a><span class="lineno">  169</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> mz_bomb2 = 810.415;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00170" name="l00170"></a><span class="lineno">  170</span>    vector&lt;FeaturePtr&gt; bombesin_2_found = featureField.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_m_z_r_t_field.html#a2bc955b57431b013f658a7cac481c988">find</a>(mz_bomb2, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, </div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00170" name="l00170"></a><span class="lineno">  170</span>    vector&lt;FeaturePtr&gt; bombesin_2_found = featureField.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_m_z_r_t_field.html#a2bc955b57431b013f658a7cac481c988">find</a>(mz_bomb2, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00171" name="l00171"></a><span class="lineno">  171</span>        <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_r_t_matches___contains.html">RTMatches_Contains&lt;Feature&gt;</a>(1865));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00172" name="l00172"></a><span class="lineno">  172</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(bombesin_2_found.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00173" name="l00173"></a><span class="lineno">  173</span>    <span class="keyword">const</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html">Feature</a>&amp; bombesin_2 = *bombesin_2_found[0];</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00174" name="l00174"></a><span class="lineno">  174</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a477dd0dcf5e1eeff30700321a253715b">charge</a> == 2);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00175" name="l00175"></a><span class="lineno">  175</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>.size() == 5);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00176" name="l00176"></a><span class="lineno">  176</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[0]-&gt;mz, mz_bomb2, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00177" name="l00177"></a><span class="lineno">  177</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[1]-&gt;mz, mz_bomb2+.5, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00178" name="l00178"></a><span class="lineno">  178</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[2]-&gt;mz, mz_bomb2+1, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00179" name="l00179"></a><span class="lineno">  179</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[3]-&gt;mz, mz_bomb2+1.5, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00180" name="l00180"></a><span class="lineno">  180</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[4]-&gt;mz, mz_bomb2+2, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00176" name="l00176"></a><span class="lineno">  176</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[0]-&gt;mz, mz_bomb2, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00177" name="l00177"></a><span class="lineno">  177</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[1]-&gt;mz, mz_bomb2+.5, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00178" name="l00178"></a><span class="lineno">  178</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[2]-&gt;mz, mz_bomb2+1, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00179" name="l00179"></a><span class="lineno">  179</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[3]-&gt;mz, mz_bomb2+1.5, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00180" name="l00180"></a><span class="lineno">  180</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[4]-&gt;mz, mz_bomb2+2, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00181" name="l00181"></a><span class="lineno">  181</span>    <span class="comment">//TODO: verify feature metadata</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00182" name="l00182"></a><span class="lineno">  182</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00183" name="l00183"></a><span class="lineno">  183</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> mz_bomb3 = 540.612;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00184" name="l00184"></a><span class="lineno">  184</span>    vector&lt;FeaturePtr&gt; bombesin_3_found = featureField.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_m_z_r_t_field.html#a2bc955b57431b013f658a7cac481c988">find</a>(mz_bomb3, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, </div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00184" name="l00184"></a><span class="lineno">  184</span>    vector&lt;FeaturePtr&gt; bombesin_3_found = featureField.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_m_z_r_t_field.html#a2bc955b57431b013f658a7cac481c988">find</a>(mz_bomb3, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00185" name="l00185"></a><span class="lineno">  185</span>        <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_r_t_matches___contains.html">RTMatches_Contains&lt;Feature&gt;</a>(1865));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00186" name="l00186"></a><span class="lineno">  186</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(bombesin_3_found.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00187" name="l00187"></a><span class="lineno">  187</span>    <span class="keyword">const</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html">Feature</a>&amp; bombesin_3 = *bombesin_3_found[0];</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00188" name="l00188"></a><span class="lineno">  188</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(bombesin_3.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a477dd0dcf5e1eeff30700321a253715b">charge</a> == 3);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00189" name="l00189"></a><span class="lineno">  189</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(bombesin_3.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>.size() == 3);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00190" name="l00190"></a><span class="lineno">  190</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_3.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[0]-&gt;mz, mz_bomb3, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00191" name="l00191"></a><span class="lineno">  191</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_3.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[1]-&gt;mz, mz_bomb3+1./3, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00192" name="l00192"></a><span class="lineno">  192</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_3.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[2]-&gt;mz, mz_bomb3+2./3, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00190" name="l00190"></a><span class="lineno">  190</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_3.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[0]-&gt;mz, mz_bomb3, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00191" name="l00191"></a><span class="lineno">  191</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_3.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[1]-&gt;mz, mz_bomb3+1./3, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00192" name="l00192"></a><span class="lineno">  192</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(bombesin_3.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1peakdata_1_1_feature.html#a5d28a5e43b9a032d4a38352bfc9d512c">peakels</a>[2]-&gt;mz, mz_bomb3+2./3, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00193" name="l00193"></a><span class="lineno">  193</span>    <span class="comment">//TODO: verify feature metadata</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00194" name="l00194"></a><span class="lineno">  194</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00195" name="l00195"></a><span class="lineno">  195</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00196" name="l00196"></a><span class="lineno">  196</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00197" name="l00197"></a><span class="lineno"><a class="line" href="_feature_detector_tuning_test_8cpp.html#a0a08ad9dcb33f06f980f10378e31d5cf">  197</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="_feature_detector_tuning_test_8cpp.html#a0a08ad9dcb33f06f980f10378e31d5cf">testBombesin</a>(<span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">string</span>&amp; filename)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00198" name="l00198"></a><span class="lineno">  198</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00199" name="l00199"></a><span class="lineno">  199</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="_feature_detector_tuning_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="_feature_detector_tuning_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testBombesin()&quot;</span> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ @@ -339,15 +339,15 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1analysis_1_1_noise_calculator__2_pass_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1analysis_1_1_noise_calculator__2_pass.html">pwiz::analysis::NoiseCalculator_2Pass</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_noise_8hpp_source.html#l00055">Noise.hpp:56</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1analysis_1_1_peak_extractor_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1analysis_1_1_peak_extractor.html">pwiz::analysis::PeakExtractor</a></div><div class="ttdoc">Class for extracting Peak objects from an array of ordered pairs; in design pattern lingo,...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peak_extractor_8hpp_source.html#l00045">PeakExtractor.hpp:46</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1analysis_1_1_peak_extractor_html_acb1476f00be1193b5179953fa6fb1e05"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1analysis_1_1_peak_extractor.html#acb1476f00be1193b5179953fa6fb1e05">pwiz::analysis::PeakExtractor::extractPeaks</a></div><div class="ttdeci">void extractPeaks(const pwiz::math::OrderedPairContainerRef &amp;pairs, std::vector&lt; Peak &gt; &amp;result) const</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1analysis_1_1_peak_finder___s_n_r_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1analysis_1_1_peak_finder___s_n_r.html">pwiz::analysis::PeakFinder_SNR</a></div><div class="ttdoc">PeakFinder implementation based on signal-to-noise ratio.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peak_finder_8hpp_source.html#l00052">PeakFinder.hpp:53</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1analysis_1_1_peak_fitter___parabola_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1analysis_1_1_peak_fitter___parabola.html">pwiz::analysis::PeakFitter_Parabola</a></div><div class="ttdoc">PeakFitter implementation based on fitting a parabola.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peak_fitter_8hpp_source.html#l00061">PeakFitter.hpp:62</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1analysis_1_1_peakel_grower___proximity_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1analysis_1_1_peakel_grower___proximity.html">pwiz::analysis::PeakelGrower_Proximity</a></div><div class="ttdoc">simple PeakelGrower implementation, based on proximity of Peaks</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peakel_grower_8hpp_source.html#l00057">PeakelGrower.hpp:58</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1analysis_1_1_peakel_picker___basic_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1analysis_1_1_peakel_picker___basic.html">pwiz::analysis::PeakelPicker_Basic</a></div><div class="ttdoc">basic implementation</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peakel_picker_8hpp_source.html#l00053">PeakelPicker.hpp:54</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1analysis_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1analysis.html">pwiz::analysis</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_chromatogram_list___filter_8hpp_source.html#l00037">ChromatogramList_Filter.hpp:37</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1data_1_1peakdata_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1data_1_1peakdata.html">pwiz::data::peakdata</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peak_data_8hpp_source.html#l00040">PeakData.hpp:40</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1data_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1data.html">pwiz::data</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_binary_index_stream_8hpp_source.html#l00031">BinaryIndexStream.hpp:31</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html">pwiz::msdata</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_demux_types_8hpp_source.html#l00027">DemuxTypes.hpp:27</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1util_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="almost__equal_8hpp_source.html#l00033">almost_equal.hpp:33</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astruct_set_retention_time_html"><div class="ttname"><a href="struct_set_retention_time.html">SetRetentionTime</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_feature_detector_tuning_test_8cpp_source.html#l00062">FeatureDetectorTuningTest.cpp:63</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astruct_set_retention_time_html_a5ed16ab2a8422f446eb739bfcd15ebb3"><div class="ttname"><a href="struct_set_retention_time.html#a5ed16ab2a8422f446eb739bfcd15ebb3">SetRetentionTime::rt</a></div><div class="ttdeci">double rt</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_feature_detector_tuning_test_8cpp_source.html#l00064">FeatureDetectorTuningTest.cpp:64</a></div></div>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_frequency_data_test_8cpp.html
│ │ │ │ @@ -122,15 +122,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   47</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_frequency_data_test_8cpp_html_a340bd5fe8f3674751a909b5b40c4de11"><div class="ttname"><a href="_frequency_data_test_8cpp.html#a340bd5fe8f3674751a909b5b40c4de11">filename1</a></div><div class="ttdeci">string filename1</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00050">FrequencyDataTest.cpp:50</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_frequency_data_test_8cpp_html_ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><div class="ttname"><a href="_frequency_data_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a></div><div class="ttdeci">ostream * os_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00037">FrequencyDataTest.cpp:37</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │  <p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00050">filename1</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00037">os_</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00177">pwiz::data::diff_string()</a>, <a class="el" href="_cubic_hermite_spline_test_8cpp_source.html#l00047">CubicHermiteSplineTest::InterpolationTest()</a>, <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00200">pwiz::data::operator&lt;&lt;()</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list___lockmass_refiner_test_8cpp_source.html#l00040">test()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00813">testAmbiguousResidue()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00484">testAnalysisData()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01243">testAnalysisSoftware()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00412">testBinaryDataArray()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00569">testChromatogram()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00725">testChromatogramList()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00156">testComponent()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00194">testComponentList()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00262">testCompound()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00083">testConfiguration()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01008">testContact()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01212">testContactRole()</a>, <a class="el" href="diff__std__test_8cpp_source.html#l00088">testCV()</a>, <a class="el" href="diff__std__test_8cpp_source.html#l00149">testCVParam()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00876">testDatabaseTranslation()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01265">testDataCollection()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00311">testDataProcessing()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00679">testEnzyme()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00732">testEnzymes()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00152">testEvidence()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">testFileContent()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00084">testFileDescription()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00841">testFilter()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00090">testFragmentArray()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00816">testIdentData()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00043">testIdentifiable()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00641">testInputs()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00060">testInstrument()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00249">testInstrumentConfiguration()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00128">testIonType()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00745">testMassTable()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01042">testMaxPrecisionDiff()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00170">testMeasure()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00217">testModification()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l01211">testMSData()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00041">testObject()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00120">testObject_ChromatogramList()</a>, <a class="el" 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│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00177">pwiz::data::diff_string()</a>, <a class="el" href="_cubic_hermite_spline_test_8cpp_source.html#l00047">CubicHermiteSplineTest::InterpolationTest()</a>, <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00200">pwiz::data::operator&lt;&lt;()</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list___lockmass_refiner_test_8cpp_source.html#l00040">test()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00813">testAmbiguousResidue()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00484">testAnalysisData()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01243">testAnalysisSoftware()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00487">testBinaryDataArray()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00600">testChromatogram()</a>, <a class="el" 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│ │ │ │  <a href="#nested-classes">Classes</a> &#124;
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│ │ │ │  <div class="contents">
│ │ │ │  <div class="textblock"><code>#include &quot;<a class="el" href="_m_s_data_file_8hpp_source.html">MSDataFile.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │ -<code>#include &quot;<a class="el" href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │ +<code>#include &quot;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="msdata_2_i_o_8hpp_source.html">IO.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_spectrum_list_base_8hpp_source.html">SpectrumListBase.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_chromatogram_list_base_8hpp_source.html">ChromatogramListBase.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="msdata_2examples_8hpp_source.html">examples.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="unit_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/unit.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_filesystem_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/Filesystem.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_std_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/Std.hpp</a>&quot;</code><br />
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│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  253</span>    writeConfig.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_file_1_1_write_config.html#a23d5659b9ff6ac9e0e9e2faf96714af6">indexed</a> = <span class="keyword">false</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  254</span>    <a class="code hl_function" href="_m_s_data_file_test_8cpp.html#a17a475ebf20cff194eb353841bd8973b">validateWriteRead</a>(writeConfig, diffConfig); <span class="comment">// no index</span></div>
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│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  256</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_m_s_data_file_test_8cpp_html_a17a475ebf20cff194eb353841bd8973b"><div class="ttname"><a href="_m_s_data_file_test_8cpp.html#a17a475ebf20cff194eb353841bd8973b">validateWriteRead</a></div><div class="ttdeci">void validateWriteRead(const MSDataFile::WriteConfig &amp;writeConfig, const DiffConfig diffConfig)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_file_test_8cpp_source.html#l00101">MSDataFileTest.cpp:101</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_m_s_data_file_test_8cpp_html_a88b9dafbe30f6e0524d01c72c16cd128"><div class="ttname"><a href="_m_s_data_file_test_8cpp.html#a88b9dafbe30f6e0524d01c72c16cd128">validateMmgfMzxmlRoundTrip</a></div><div class="ttdeci">void validateMmgfMzxmlRoundTrip()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_file_test_8cpp_source.html#l00066">MSDataFileTest.cpp:66</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_1_1_config_html_a3998f896b1a6a2c8d8a73f55cdd9eb76"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_1_1_config.html#a3998f896b1a6a2c8d8a73f55cdd9eb76">pwiz::msdata::BinaryDataEncoder::Config::precision</a></div><div class="ttdeci">Precision precision</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_binary_data_encoder_8hpp_source.html#l00057">BinaryDataEncoder.hpp:57</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html">pwiz::msdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdoc">configuration struct for diffing MSData types</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00205">Diff.hpp:206</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreMetadata</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreMetadata</div><div class="ttdoc">ignore all file level metadata, and most scan level metadata, i.e.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00214">Diff.hpp:214</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_ae0bb4b67247d54cf960936921af98951"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#ae0bb4b67247d54cf960936921af98951">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreChromatograms</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreChromatograms</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00220">Diff.hpp:220</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html">pwiz::msdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdoc">configuration struct for diffing MSData types</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00205">Diff.hpp:206</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreMetadata</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreMetadata</div><div class="ttdoc">ignore all file level metadata, and most scan level metadata, i.e.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00214">Diff.hpp:214</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_ae0bb4b67247d54cf960936921af98951"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#ae0bb4b67247d54cf960936921af98951">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreChromatograms</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreChromatograms</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00220">Diff.hpp:220</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_file_1_1_write_config_html_a23d5659b9ff6ac9e0e9e2faf96714af6"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_file_1_1_write_config.html#a23d5659b9ff6ac9e0e9e2faf96714af6">pwiz::msdata::MSDataFile::WriteConfig::indexed</a></div><div class="ttdeci">bool indexed</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_file_8hpp_source.html#l00056">MSDataFile.hpp:56</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_file_1_1_write_config_html_a8741fe5f472411335e7c549f691b0845"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_file_1_1_write_config.html#a8741fe5f472411335e7c549f691b0845">pwiz::msdata::MSDataFile::WriteConfig::binaryDataEncoderConfig</a></div><div class="ttdeci">BinaryDataEncoder::Config binaryDataEncoderConfig</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_file_8hpp_source.html#l00055">MSDataFile.hpp:55</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_m_s_data_file_8hpp_source.html#l00055">pwiz::msdata::MSDataFile::WriteConfig::binaryDataEncoderConfig</a>, <a class="el" href="_m_s_data_file_8hpp_source.html#l00054">pwiz::msdata::MSDataFile::WriteConfig::format</a>, <a class="el" href="_m_s_data_file_8hpp_source.html#l00049">Format_mzXML</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00220">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreChromatograms</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00214">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreMetadata</a>, <a class="el" href="_m_s_data_file_8hpp_source.html#l00056">pwiz::msdata::MSDataFile::WriteConfig::indexed</a>, <a class="el" href="_binary_data_encoder_8hpp_source.html#l00057">pwiz::msdata::BinaryDataEncoder::Config::precision</a>, <a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp_source.html#l00066">validateMmgfMzxmlRoundTrip()</a>, and <a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp_source.html#l00101">validateWriteRead()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_m_s_data_file_8hpp_source.html#l00055">pwiz::msdata::MSDataFile::WriteConfig::binaryDataEncoderConfig</a>, <a class="el" href="_m_s_data_file_8hpp_source.html#l00054">pwiz::msdata::MSDataFile::WriteConfig::format</a>, <a class="el" href="_m_s_data_file_8hpp_source.html#l00049">Format_mzXML</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00220">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreChromatograms</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00214">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreMetadata</a>, <a class="el" href="_m_s_data_file_8hpp_source.html#l00056">pwiz::msdata::MSDataFile::WriteConfig::indexed</a>, <a class="el" href="_binary_data_encoder_8hpp_source.html#l00057">pwiz::msdata::BinaryDataEncoder::Config::precision</a>, <a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp_source.html#l00066">validateMmgfMzxmlRoundTrip()</a>, and <a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp_source.html#l00101">validateWriteRead()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp_source.html#l00395">main()</a>.</p>
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│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ac474183ee901f1980a9963e75699b6a1" name="ac474183ee901f1980a9963e75699b6a1"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ac474183ee901f1980a9963e75699b6a1">&#9670;&nbsp;</a></span>demo()</h2>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_m_s_data_file_test_8cpp_source.html
│ │ │ │ @@ -66,15 +66,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00018" name="l00018"></a><span class="lineno">   18</span><span class="comment">// WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied. </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00019" name="l00019"></a><span class="lineno">   19</span><span class="comment">// See the License for the specific language governing permissions and </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00020" name="l00020"></a><span class="lineno">   20</span><span class="comment">// limitations under the License.</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00021" name="l00021"></a><span class="lineno">   21</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00022" name="l00022"></a><span class="lineno">   22</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00023" name="l00023"></a><span class="lineno">   23</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00024" name="l00024"></a><span class="lineno">   24</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_m_s_data_file_8hpp.html">MSDataFile.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00025" name="l00025"></a><span class="lineno">   25</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp.html">Diff.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00025" name="l00025"></a><span class="lineno">   25</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp.html">Diff.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00026" name="l00026"></a><span class="lineno">   26</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="tradata_2_i_o_8hpp.html">IO.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00027" name="l00027"></a><span class="lineno">   27</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_spectrum_list_base_8hpp.html">SpectrumListBase.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00028" name="l00028"></a><span class="lineno">   28</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_chromatogram_list_base_8hpp.html">ChromatogramListBase.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00029" name="l00029"></a><span class="lineno">   29</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="tradata_2examples_8hpp.html">examples.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00030" name="l00030"></a><span class="lineno">   30</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="unit_8hpp.html">pwiz/utility/misc/unit.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00031" name="l00031"></a><span class="lineno">   31</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_filesystem_8hpp.html">pwiz/utility/misc/Filesystem.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00032" name="l00032"></a><span class="lineno">   32</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_std_8hpp.html">pwiz/utility/misc/Std.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │ @@ -508,17 +508,17 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html">pwiz::msdata</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_demux_types_8hpp_source.html#l00027">DemuxTypes.hpp:27</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html_a014a758f7a4ba67d1c0c57b1c70a2879"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a014a758f7a4ba67d1c0c57b1c70a2879">pwiz::msdata::DataProcessingPtr</a></div><div class="ttdeci">boost::shared_ptr&lt; DataProcessing &gt; DataProcessingPtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00288">MSData.hpp:288</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html_a9e426bced86eb3b6f16001802284c6da"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a9e426bced86eb3b6f16001802284c6da">pwiz::msdata::MSDataPtr</a></div><div class="ttdeci">boost::shared_ptr&lt; MSData &gt; MSDataPtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00913">MSData.hpp:913</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html_aa9d6a30f39ca4f490b42ff009feef0b7"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa9d6a30f39ca4f490b42ff009feef0b7">pwiz::msdata::SpectrumPtr</a></div><div class="ttdeci">boost::shared_ptr&lt; Spectrum &gt; SpectrumPtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00573">MSData.hpp:573</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1util_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="almost__equal_8hpp_source.html#l00033">almost_equal.hpp:33</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_diff_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">pwiz::data::Diff</a></div><div class="ttdoc">Calculate diffs of objects in a ProteoWizard data model hierarchy.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00142">diff_std.hpp:143</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_1_1_config_html_a3998f896b1a6a2c8d8a73f55cdd9eb76"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_1_1_config.html#a3998f896b1a6a2c8d8a73f55cdd9eb76">pwiz::msdata::BinaryDataEncoder::Config::precision</a></div><div class="ttdeci">Precision precision</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_binary_data_encoder_8hpp_source.html#l00057">BinaryDataEncoder.hpp:57</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html">pwiz::msdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdoc">configuration struct for diffing MSData types</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00205">Diff.hpp:206</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreMetadata</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreMetadata</div><div class="ttdoc">ignore all file level metadata, and most scan level metadata, i.e.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00214">Diff.hpp:214</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_ae0bb4b67247d54cf960936921af98951"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#ae0bb4b67247d54cf960936921af98951">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreChromatograms</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreChromatograms</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00220">Diff.hpp:220</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html">pwiz::msdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdoc">configuration struct for diffing MSData types</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00205">Diff.hpp:206</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreMetadata</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreMetadata</div><div class="ttdoc">ignore all file level metadata, and most scan level metadata, i.e.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00214">Diff.hpp:214</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_ae0bb4b67247d54cf960936921af98951"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#ae0bb4b67247d54cf960936921af98951">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreChromatograms</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreChromatograms</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00220">Diff.hpp:220</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_file_description_html_af4332e803756d9dc627694cda1c5ab1a"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_file_description.html#af4332e803756d9dc627694cda1c5ab1a">pwiz::msdata::FileDescription::sourceFilePtrs</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; SourceFilePtr &gt; sourceFilePtrs</div><div class="ttdoc">list and descriptions of the source files this mzML document was generated or derived from.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00090">MSData.hpp:90</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_file_1_1_write_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_file_1_1_write_config.html">pwiz::msdata::MSDataFile::WriteConfig</a></div><div class="ttdoc">configuration for write()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_file_8hpp_source.html#l00052">MSDataFile.hpp:53</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_file_1_1_write_config_html_a23d5659b9ff6ac9e0e9e2faf96714af6"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_file_1_1_write_config.html#a23d5659b9ff6ac9e0e9e2faf96714af6">pwiz::msdata::MSDataFile::WriteConfig::indexed</a></div><div class="ttdeci">bool indexed</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_file_8hpp_source.html#l00056">MSDataFile.hpp:56</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_file_1_1_write_config_html_a8741fe5f472411335e7c549f691b0845"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_file_1_1_write_config.html#a8741fe5f472411335e7c549f691b0845">pwiz::msdata::MSDataFile::WriteConfig::binaryDataEncoderConfig</a></div><div class="ttdeci">BinaryDataEncoder::Config binaryDataEncoderConfig</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_file_8hpp_source.html#l00055">MSDataFile.hpp:55</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_file_1_1_write_config_html_a985953b7e27e69be81033a7099ec2908"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_file_1_1_write_config.html#a985953b7e27e69be81033a7099ec2908">pwiz::msdata::MSDataFile::WriteConfig::format</a></div><div class="ttdeci">Format format</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_file_8hpp_source.html#l00054">MSDataFile.hpp:54</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_file_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_file.html">pwiz::msdata::MSDataFile</a></div><div class="ttdoc">MSData object plus file I/O.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_file_8hpp_source.html#l00040">MSDataFile.hpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_file_html_aa48676aed0d71144d7e24df976d7b145"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_file.html#aa48676aed0d71144d7e24df976d7b145">pwiz::msdata::MSDataFile::write</a></div><div class="ttdeci">static void write(const MSData &amp;msd, const std::string &amp;filename, const WriteConfig &amp;config=WriteConfig(), const pwiz::util::IterationListenerRegistry *iterationListenerRegistry=0)</div><div class="ttdoc">static write function for any MSData object; iterationListenerRegistry may be used for progress updat...</div></div>
│ │ │ │ @@ -532,15 +532,15 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="atradata_2_i_o_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="tradata_2_i_o_8hpp.html">IO.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="atradata_2examples_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="tradata_2examples_8hpp.html">examples.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html">unit.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c">TEST_EPILOG</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_EPILOG</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00183">unit.hpp:183</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd">TEST_FAILED</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_FAILED(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00177">unit.hpp:177</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_af5970f1ca53a361e8f62643bee4ac1fa"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#af5970f1ca53a361e8f62643bee4ac1fa">TEST_PROLOG</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_PROLOG(argc, argv)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00175">unit.hpp:175</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="autility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp.html">diff.hpp</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="autility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp.html">diff.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment --></div><!-- contents -->
│ │ │ │  <!-- start footer part -->
│ │ │ │  <hr class="footer"/><address class="footer"><small>
│ │ │ │  Generated by&#160;<a href="https://www.doxygen.org/index.html"><img class="footer" src="doxygen.svg" width="104" height="31" alt="doxygen"/></a> 1.9.4
│ │ │ │  </small></address>
│ │ │ │  </body>
│ │ │ │  </html>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_m_z_tolerance_test_8cpp_source.html
│ │ │ │ @@ -78,15 +78,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00030" name="l00030"></a><span class="lineno">   30</span><span class="keyword">using namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00031" name="l00031"></a><span class="lineno">   31</span><span class="keyword">using namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacepwiz_1_1chemistry.html">pwiz::chemistry</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00032" name="l00032"></a><span class="lineno">   32</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00033" name="l00033"></a><span class="lineno">   33</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00034" name="l00034"></a><span class="lineno"><a class="line" href="_m_z_tolerance_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">   34</a></span>ostream* <a class="code hl_variable" href="_m_z_tolerance_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> = 0;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00035" name="l00035"></a><span class="lineno">   35</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00036" name="l00036"></a><span class="lineno">   36</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00037" name="l00037"></a><span class="lineno"><a class="line" href="_m_z_tolerance_test_8cpp.html#a60cbeae1c2dcefc53a8e2822b8ece94c">   37</a></span><span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="_m_z_tolerance_test_8cpp.html#a60cbeae1c2dcefc53a8e2822b8ece94c">epsilon_</a> = <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">numeric_limits&lt;double&gt;::epsilon</a>();</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00037" name="l00037"></a><span class="lineno"><a class="line" href="_m_z_tolerance_test_8cpp.html#a60cbeae1c2dcefc53a8e2822b8ece94c">   37</a></span><span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="_m_z_tolerance_test_8cpp.html#a60cbeae1c2dcefc53a8e2822b8ece94c">epsilon_</a> = <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">numeric_limits&lt;double&gt;::epsilon</a>();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00038" name="l00038"></a><span class="lineno">   38</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00039" name="l00039"></a><span class="lineno">   39</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00040" name="l00040"></a><span class="lineno"><a class="line" href="_m_z_tolerance_test_8cpp.html#a9a9ebeacc76e9bcd62083a305294f0b0">   40</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="_m_z_tolerance_test_8cpp.html#a9a9ebeacc76e9bcd62083a305294f0b0">testMZ</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00041" name="l00041"></a><span class="lineno">   41</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00042" name="l00042"></a><span class="lineno">   42</span>    <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a> = 1000;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00043" name="l00043"></a><span class="lineno">   43</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1chemistry_1_1_m_z_tolerance.html">MZTolerance</a> tolerance(.1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00044" name="l00044"></a><span class="lineno">   44</span> </div>
│ │ │ │ @@ -249,15 +249,15 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_m_z_tolerance_test_8cpp_html_a1d85bfd9975a9d7d444726b176d747d7"><div class="ttname"><a href="_m_z_tolerance_test_8cpp.html#a1d85bfd9975a9d7d444726b176d747d7">testIO</a></div><div class="ttdeci">void testIO()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_z_tolerance_test_8cpp_source.html#l00092">MZToleranceTest.cpp:92</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_m_z_tolerance_test_8cpp_html_a60cbeae1c2dcefc53a8e2822b8ece94c"><div class="ttname"><a href="_m_z_tolerance_test_8cpp.html#a60cbeae1c2dcefc53a8e2822b8ece94c">epsilon_</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_z_tolerance_test_8cpp_source.html#l00037">MZToleranceTest.cpp:37</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_m_z_tolerance_test_8cpp_html_a9a9ebeacc76e9bcd62083a305294f0b0"><div class="ttname"><a href="_m_z_tolerance_test_8cpp.html#a9a9ebeacc76e9bcd62083a305294f0b0">testMZ</a></div><div class="ttdeci">void testMZ()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_z_tolerance_test_8cpp_source.html#l00040">MZToleranceTest.cpp:40</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_m_z_tolerance_test_8cpp_html_ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><div class="ttname"><a href="_m_z_tolerance_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a></div><div class="ttdeci">ostream * os_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_z_tolerance_test_8cpp_source.html#l00034">MZToleranceTest.cpp:34</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_m_z_tolerance_test_8cpp_html_ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002"><div class="ttname"><a href="_m_z_tolerance_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a></div><div class="ttdeci">void test()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_z_tolerance_test_8cpp_source.html#l00167">MZToleranceTest.cpp:167</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_matched_filter_8hpp_html_a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd"><div class="ttname"><a href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a></div><div class="ttdeci">KernelTraitsBase&lt; Kernel &gt;::space_type::abscissa_type x</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_matched_filter_8hpp_source.html#l00142">MatchedFilter.hpp:142</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_std_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="_std_8hpp.html">Std.hpp</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1chemistry_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1chemistry.html">pwiz::chemistry</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_chemistry_8hpp_source.html#l00037">Chemistry.hpp:37</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1chemistry_html_a418ab7a1d75c263d43d091338d2941fd"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1chemistry.html#a418ab7a1d75c263d43d091338d2941fd">pwiz::chemistry::isWithinTolerance</a></div><div class="ttdeci">PWIZ_API_DECL bool isWithinTolerance(double a, double b, const MZTolerance &amp;tolerance)</div><div class="ttdoc">returns true iff a is in (b-tolerance, b+tolerance)</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1util_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="almost__equal_8hpp_source.html#l00033">almost_equal.hpp:33</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1chemistry_1_1_m_z_tolerance_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1chemistry_1_1_m_z_tolerance.html">pwiz::chemistry::MZTolerance</a></div><div class="ttdoc">struct for expressing m/z tolerance in either amu or ppm</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_z_tolerance_8hpp_source.html#l00038">MZTolerance.hpp:39</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html">unit.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c">TEST_EPILOG</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_EPILOG</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00183">unit.hpp:183</a></div></div>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_magnitude_lorentzian_test_8cpp_source.html
│ │ │ │ @@ -80,15 +80,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00032" name="l00032"></a><span class="lineno">   32</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00033" name="l00033"></a><span class="lineno">   33</span><span class="keyword">using namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00034" name="l00034"></a><span class="lineno">   34</span><span class="keyword">using namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacepwiz_1_1frequency.html">pwiz::frequency</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00035" name="l00035"></a><span class="lineno">   35</span><span class="keyword">using namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacepwiz_1_1data.html">pwiz::data</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00036" name="l00036"></a><span class="lineno">   36</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00037" name="l00037"></a><span class="lineno">   37</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00038" name="l00038"></a><span class="lineno"><a class="line" href="_magnitude_lorentzian_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">   38</a></span>ostream* <a class="code hl_variable" href="_magnitude_lorentzian_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> = 0;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00039" name="l00039"></a><span class="lineno"><a class="line" href="_magnitude_lorentzian_test_8cpp.html#a2dbee5c3528b25493ecded7e22083138">   39</a></span><span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="_magnitude_lorentzian_test_8cpp.html#a2dbee5c3528b25493ecded7e22083138">epsilon_</a> = <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">numeric_limits&lt;double&gt;::epsilon</a>();</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00039" name="l00039"></a><span class="lineno"><a class="line" href="_magnitude_lorentzian_test_8cpp.html#a2dbee5c3528b25493ecded7e22083138">   39</a></span><span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="_magnitude_lorentzian_test_8cpp.html#a2dbee5c3528b25493ecded7e22083138">epsilon_</a> = <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">numeric_limits&lt;double&gt;::epsilon</a>();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00040" name="l00040"></a><span class="lineno">   40</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00041" name="l00041"></a><span class="lineno">   41</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00042" name="l00042"></a><span class="lineno"><a class="line" href="_magnitude_lorentzian_test_8cpp.html#a6e937f67b247e1dc7ab05258ff504750">   42</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="_magnitude_lorentzian_test_8cpp.html#a6e937f67b247e1dc7ab05258ff504750">testBasic</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00043" name="l00043"></a><span class="lineno">   43</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00044" name="l00044"></a><span class="lineno">   44</span>    <a class="code hl_class" href="classpwiz_1_1frequency_1_1_magnitude_lorentzian.html">MagnitudeLorentzian</a> m(1,0,1); <span class="comment">// m(x) = 1/sqrt(x^2+1)</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00045" name="l00045"></a><span class="lineno">   45</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(m(0), 1, <a class="code hl_variable" href="_magnitude_lorentzian_test_8cpp.html#a2dbee5c3528b25493ecded7e22083138">epsilon_</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00046" name="l00046"></a><span class="lineno">   46</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(m(1), 1/sqrt(2.), <a class="code hl_variable" href="_magnitude_lorentzian_test_8cpp.html#a2dbee5c3528b25493ecded7e22083138">epsilon_</a>);</div>
│ │ │ │ @@ -251,15 +251,15 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1data_1_1_frequency_data_html_ae9628d58ece5f6f5f66cfb1564a960bc"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1data_1_1_frequency_data.html#ae9628d58ece5f6f5f66cfb1564a960bc">pwiz::data::FrequencyData::normalize</a></div><div class="ttdeci">void normalize()</div><div class="ttdoc">normalize by transform( -max.x, 1/abs(max.y) )</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1frequency_1_1_magnitude_lorentzian_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1frequency_1_1_magnitude_lorentzian.html">pwiz::frequency::MagnitudeLorentzian</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_magnitude_lorentzian_8hpp_source.html#l00036">MagnitudeLorentzian.hpp:37</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1frequency_1_1_magnitude_lorentzian_html_a0e1c0a313f01437e35c49b67a683ae11"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1frequency_1_1_magnitude_lorentzian.html#a0e1c0a313f01437e35c49b67a683ae11">pwiz::frequency::MagnitudeLorentzian::tau</a></div><div class="ttdeci">double tau() const</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1frequency_1_1_magnitude_lorentzian_html_a46f8837295cbdf65129982bb76bf8deb"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1frequency_1_1_magnitude_lorentzian.html#a46f8837295cbdf65129982bb76bf8deb">pwiz::frequency::MagnitudeLorentzian::coefficients</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; double &gt; &amp; coefficients()</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1frequency_1_1_magnitude_lorentzian_html_a47b8ceb59e20444b30ea62e6ab3cdea5"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1frequency_1_1_magnitude_lorentzian.html#a47b8ceb59e20444b30ea62e6ab3cdea5">pwiz::frequency::MagnitudeLorentzian::alpha</a></div><div class="ttdeci">double alpha() const</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1frequency_1_1_magnitude_lorentzian_html_a7875bf0d353e4b0aee07b23a11f185f8"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1frequency_1_1_magnitude_lorentzian.html#a7875bf0d353e4b0aee07b23a11f185f8">pwiz::frequency::MagnitudeLorentzian::center</a></div><div class="ttdeci">double center() const</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1frequency_1_1_magnitude_lorentzian_html_aff1f69a8182a2c61d640f9655974a28f"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1frequency_1_1_magnitude_lorentzian.html#aff1f69a8182a2c61d640f9655974a28f">pwiz::frequency::MagnitudeLorentzian::leastSquaresError</a></div><div class="ttdeci">double leastSquaresError() const</div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1data_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1data.html">pwiz::data</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_binary_index_stream_8hpp_source.html#l00031">BinaryIndexStream.hpp:31</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1frequency_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1frequency.html">pwiz::frequency</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_derivative_test_8hpp_source.html#l00037">DerivativeTest.hpp:37</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1util_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="almost__equal_8hpp_source.html#l00033">almost_equal.hpp:33</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html">unit.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c">TEST_EPILOG</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_EPILOG</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00183">unit.hpp:183</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd">TEST_FAILED</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_FAILED(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00177">unit.hpp:177</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_acbd450df99370be00778913f140d5ec0"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert_equal(x, y, epsilon)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit.hpp:99</a></div></div>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_noise_test_8cpp.html
│ │ │ │ @@ -134,31 +134,31 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   74</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   75</span>    <a class="code hl_class" href="classpwiz_1_1math_1_1_ordered_pair_container_ref.html">OrderedPairContainerRef</a> data(<a class="code hl_variable" href="_noise_test_8cpp.html#a933361045fe6175d1f1de0c0ea762ecf">testNoise_</a>, <a class="code hl_variable" href="_noise_test_8cpp.html#a933361045fe6175d1f1de0c0ea762ecf">testNoise_</a>+<span class="keyword">sizeof</span>(<a class="code hl_variable" href="_noise_test_8cpp.html#a933361045fe6175d1f1de0c0ea762ecf">testNoise_</a>)/<span class="keyword">sizeof</span>(<span class="keywordtype">double</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   76</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise.html">Noise</a> noise = noiseCalculator.calculateNoise(data);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   77</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   78</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="_noise_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   79</span>        *<a class="code hl_variable" href="_noise_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;noise ~ N(&quot;</span> &lt;&lt; noise.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise.html#aad1aa124ad0cdc525780f1034b1d4623">mean</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;,&quot;</span> &lt;&lt; noise.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise.html#ac5103499b93e0e0d478faec5e90bd94d">standardDeviation</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;)\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   80</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   81</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = .2;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   82</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(noise.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise.html#aad1aa124ad0cdc525780f1034b1d4623">mean</a>, 10, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   83</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(noise.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise.html#ac5103499b93e0e0d478faec5e90bd94d">standardDeviation</a>, 1, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   81</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = .2;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   82</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(noise.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise.html#aad1aa124ad0cdc525780f1034b1d4623">mean</a>, 10, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   83</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(noise.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise.html#ac5103499b93e0e0d478faec5e90bd94d">standardDeviation</a>, 1, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   84</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_noise_test_8cpp_html_a933361045fe6175d1f1de0c0ea762ecf"><div class="ttname"><a href="_noise_test_8cpp.html#a933361045fe6175d1f1de0c0ea762ecf">testNoise_</a></div><div class="ttdeci">double testNoise_[]</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_noise_test_8cpp_source.html#l00053">NoiseTest.cpp:53</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_noise_test_8cpp_html_ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><div class="ttname"><a href="_noise_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a></div><div class="ttdeci">ostream * os_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_noise_test_8cpp_source.html#l00036">NoiseTest.cpp:36</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1analysis_1_1_noise_calculator__2_pass_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1analysis_1_1_noise_calculator__2_pass.html">pwiz::analysis::NoiseCalculator_2Pass</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_noise_8hpp_source.html#l00055">Noise.hpp:56</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1math_1_1_ordered_pair_container_ref_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1math_1_1_ordered_pair_container_ref.html">pwiz::math::OrderedPairContainerRef</a></div><div class="ttdoc">wrapper class for accessing contiguous data as a container of OrderedPairs; note that it does not own...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ordered_pair_8hpp_source.html#l00083">OrderedPair.hpp:84</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1analysis_1_1_noise_calculator__2_pass_1_1_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise_calculator__2_pass_1_1_config.html">pwiz::analysis::NoiseCalculator_2Pass::Config</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_noise_8hpp_source.html#l00059">Noise.hpp:60</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1analysis_1_1_noise_calculator__2_pass_1_1_config_html_aa73c6ff91a313d5bfe4e9b601e72d8cc"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise_calculator__2_pass_1_1_config.html#aa73c6ff91a313d5bfe4e9b601e72d8cc">pwiz::analysis::NoiseCalculator_2Pass::Config::zValueCutoff</a></div><div class="ttdeci">double zValueCutoff</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_noise_8hpp_source.html#l00061">Noise.hpp:61</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1analysis_1_1_noise_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise.html">pwiz::analysis::Noise</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_noise_8hpp_source.html#l00035">Noise.hpp:36</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1analysis_1_1_noise_html_aad1aa124ad0cdc525780f1034b1d4623"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise.html#aad1aa124ad0cdc525780f1034b1d4623">pwiz::analysis::Noise::mean</a></div><div class="ttdeci">double mean</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_noise_8hpp_source.html#l00037">Noise.hpp:37</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1analysis_1_1_noise_html_ac5103499b93e0e0d478faec5e90bd94d"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise.html#ac5103499b93e0e0d478faec5e90bd94d">pwiz::analysis::Noise::standardDeviation</a></div><div class="ttdeci">double standardDeviation</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_noise_8hpp_source.html#l00039">Noise.hpp:39</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_acbd450df99370be00778913f140d5ec0"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert_equal(x, y, epsilon)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit.hpp:99</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="classpwiz_1_1analysis_1_1_noise_calculator__2_pass.html#a7b444666cadcc69f8347efac31d14974">pwiz::analysis::NoiseCalculator_2Pass::calculateNoise()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="_noise_8hpp_source.html#l00037">pwiz::analysis::Noise::mean</a>, <a class="el" href="_noise_test_8cpp_source.html#l00036">os_</a>, <a class="el" href="_noise_8hpp_source.html#l00039">pwiz::analysis::Noise::standardDeviation</a>, <a class="el" href="_noise_test_8cpp_source.html#l00053">testNoise_</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>, and <a class="el" href="_noise_8hpp_source.html#l00061">pwiz::analysis::NoiseCalculator_2Pass::Config::zValueCutoff</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="classpwiz_1_1analysis_1_1_noise_calculator__2_pass.html#a7b444666cadcc69f8347efac31d14974">pwiz::analysis::NoiseCalculator_2Pass::calculateNoise()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="_noise_8hpp_source.html#l00037">pwiz::analysis::Noise::mean</a>, <a class="el" href="_noise_test_8cpp_source.html#l00036">os_</a>, <a class="el" href="_noise_8hpp_source.html#l00039">pwiz::analysis::Noise::standardDeviation</a>, <a class="el" href="_noise_test_8cpp_source.html#l00053">testNoise_</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>, and <a class="el" href="_noise_8hpp_source.html#l00061">pwiz::analysis::NoiseCalculator_2Pass::Config::zValueCutoff</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_noise_test_8cpp_source.html#l00120">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="add8447ed0a709def160bec102e56bd62" name="add8447ed0a709def160bec102e56bd62"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#add8447ed0a709def160bec102e56bd62">&#9670;&nbsp;</a></span>test_2Pass()</h2>
│ │ │ │ @@ -188,21 +188,21 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   97</span>    data[151] += 100;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   98</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   99</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise.html">Noise</a> noise = noiseCalculator.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1analysis_1_1_noise_calculator__2_pass.html#a7b444666cadcc69f8347efac31d14974">calculateNoise</a>(data);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  100</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  101</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="_noise_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  102</span>        *<a class="code hl_variable" href="_noise_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;noise ~ N(&quot;</span> &lt;&lt; noise.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise.html#aad1aa124ad0cdc525780f1034b1d4623">mean</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;,&quot;</span> &lt;&lt; noise.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise.html#ac5103499b93e0e0d478faec5e90bd94d">standardDeviation</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;)\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  103</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  104</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = .2;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  105</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(noise.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise.html#aad1aa124ad0cdc525780f1034b1d4623">mean</a>, 10, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  106</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(noise.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise.html#ac5103499b93e0e0d478faec5e90bd94d">standardDeviation</a>, 1, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  104</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = .2;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  105</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(noise.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise.html#aad1aa124ad0cdc525780f1034b1d4623">mean</a>, 10, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  106</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(noise.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise.html#ac5103499b93e0e0d478faec5e90bd94d">standardDeviation</a>, 1, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  107</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1analysis_1_1_noise_calculator__2_pass_html_a7b444666cadcc69f8347efac31d14974"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1analysis_1_1_noise_calculator__2_pass.html#a7b444666cadcc69f8347efac31d14974">pwiz::analysis::NoiseCalculator_2Pass::calculateNoise</a></div><div class="ttdeci">virtual Noise calculateNoise(const math::OrderedPairContainerRef &amp;pairs) const</div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="classpwiz_1_1analysis_1_1_noise_calculator__2_pass.html#a7b444666cadcc69f8347efac31d14974">pwiz::analysis::NoiseCalculator_2Pass::calculateNoise()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="_noise_8hpp_source.html#l00037">pwiz::analysis::Noise::mean</a>, <a class="el" href="_noise_test_8cpp_source.html#l00036">os_</a>, <a class="el" href="_noise_8hpp_source.html#l00039">pwiz::analysis::Noise::standardDeviation</a>, <a class="el" href="_noise_test_8cpp_source.html#l00053">testNoise_</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="classpwiz_1_1analysis_1_1_noise_calculator__2_pass.html#a7b444666cadcc69f8347efac31d14974">pwiz::analysis::NoiseCalculator_2Pass::calculateNoise()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="_noise_8hpp_source.html#l00037">pwiz::analysis::Noise::mean</a>, <a class="el" href="_noise_test_8cpp_source.html#l00036">os_</a>, <a class="el" href="_noise_8hpp_source.html#l00039">pwiz::analysis::Noise::standardDeviation</a>, <a class="el" href="_noise_test_8cpp_source.html#l00053">testNoise_</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_noise_test_8cpp_source.html#l00120">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ad607eafabfbb6341590b5144a8484fc9" name="ad607eafabfbb6341590b5144a8484fc9"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ad607eafabfbb6341590b5144a8484fc9">&#9670;&nbsp;</a></span>test_pvalue()</h2>
│ │ │ │ @@ -218,21 +218,21 @@
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_noise_test_8cpp_source.html#l00110">110</a> of file <a class="el" href="_noise_test_8cpp_source.html">NoiseTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  111</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  112</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise.html">Noise</a> noise(0,1);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  113</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = .0005;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  114</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(noise.pvalue(1), .159, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  115</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(noise.pvalue(2), .023, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  116</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(noise.pvalue(3), .001, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  113</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = .0005;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  114</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(noise.pvalue(1), .159, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  115</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(noise.pvalue(2), .023, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  116</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(noise.pvalue(3), .001, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  117</span>}</div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise.html#a9491bb2357233d6b85f160fbeee6054e">pwiz::analysis::Noise::pvalue()</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise.html#a9491bb2357233d6b85f160fbeee6054e">pwiz::analysis::Noise::pvalue()</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_noise_test_8cpp_source.html#l00120">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002" name="ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">&#9670;&nbsp;</a></span>test()</h2>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_noise_test_8cpp_source.html
│ │ │ │ @@ -122,17 +122,17 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00074" name="l00074"></a><span class="lineno">   74</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00075" name="l00075"></a><span class="lineno">   75</span>    <a class="code hl_class" href="classpwiz_1_1math_1_1_ordered_pair_container_ref.html">OrderedPairContainerRef</a> data(<a class="code hl_variable" href="_noise_test_8cpp.html#a933361045fe6175d1f1de0c0ea762ecf">testNoise_</a>, <a class="code hl_variable" href="_noise_test_8cpp.html#a933361045fe6175d1f1de0c0ea762ecf">testNoise_</a>+<span class="keyword">sizeof</span>(<a class="code hl_variable" href="_noise_test_8cpp.html#a933361045fe6175d1f1de0c0ea762ecf">testNoise_</a>)/<span class="keyword">sizeof</span>(<span class="keywordtype">double</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00076" name="l00076"></a><span class="lineno">   76</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise.html">Noise</a> noise = noiseCalculator.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1analysis_1_1_noise_calculator__2_pass.html#a7b444666cadcc69f8347efac31d14974">calculateNoise</a>(data);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00077" name="l00077"></a><span class="lineno">   77</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00078" name="l00078"></a><span class="lineno">   78</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="_noise_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00079" name="l00079"></a><span class="lineno">   79</span>        *<a class="code hl_variable" href="_noise_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;noise ~ N(&quot;</span> &lt;&lt; noise.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise.html#aad1aa124ad0cdc525780f1034b1d4623">mean</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;,&quot;</span> &lt;&lt; noise.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise.html#ac5103499b93e0e0d478faec5e90bd94d">standardDeviation</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;)\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00080" name="l00080"></a><span class="lineno">   80</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00081" name="l00081"></a><span class="lineno">   81</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = .2;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00082" name="l00082"></a><span class="lineno">   82</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(noise.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise.html#aad1aa124ad0cdc525780f1034b1d4623">mean</a>, 10, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00083" name="l00083"></a><span class="lineno">   83</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(noise.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise.html#ac5103499b93e0e0d478faec5e90bd94d">standardDeviation</a>, 1, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00081" name="l00081"></a><span class="lineno">   81</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = .2;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00082" name="l00082"></a><span class="lineno">   82</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(noise.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise.html#aad1aa124ad0cdc525780f1034b1d4623">mean</a>, 10, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00083" name="l00083"></a><span class="lineno">   83</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(noise.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise.html#ac5103499b93e0e0d478faec5e90bd94d">standardDeviation</a>, 1, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00084" name="l00084"></a><span class="lineno">   84</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00085" name="l00085"></a><span class="lineno">   85</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00086" name="l00086"></a><span class="lineno">   86</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00087" name="l00087"></a><span class="lineno"><a class="line" href="_noise_test_8cpp.html#add8447ed0a709def160bec102e56bd62">   87</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="_noise_test_8cpp.html#add8447ed0a709def160bec102e56bd62">test_2Pass</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00088" name="l00088"></a><span class="lineno">   88</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00089" name="l00089"></a><span class="lineno">   89</span>    <a class="code hl_class" href="classpwiz_1_1analysis_1_1_noise_calculator__2_pass.html">NoiseCalculator_2Pass</a> noiseCalculator;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00090" name="l00090"></a><span class="lineno">   90</span> </div>
│ │ │ │ @@ -145,27 +145,27 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00097" name="l00097"></a><span class="lineno">   97</span>    data[151] += 100;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00098" name="l00098"></a><span class="lineno">   98</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00099" name="l00099"></a><span class="lineno">   99</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise.html">Noise</a> noise = noiseCalculator.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1analysis_1_1_noise_calculator__2_pass.html#a7b444666cadcc69f8347efac31d14974">calculateNoise</a>(data);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00100" name="l00100"></a><span class="lineno">  100</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00101" name="l00101"></a><span class="lineno">  101</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="_noise_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00102" name="l00102"></a><span class="lineno">  102</span>        *<a class="code hl_variable" href="_noise_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;noise ~ N(&quot;</span> &lt;&lt; noise.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise.html#aad1aa124ad0cdc525780f1034b1d4623">mean</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;,&quot;</span> &lt;&lt; noise.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise.html#ac5103499b93e0e0d478faec5e90bd94d">standardDeviation</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;)\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00103" name="l00103"></a><span class="lineno">  103</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00104" name="l00104"></a><span class="lineno">  104</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = .2;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00105" name="l00105"></a><span class="lineno">  105</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(noise.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise.html#aad1aa124ad0cdc525780f1034b1d4623">mean</a>, 10, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00106" name="l00106"></a><span class="lineno">  106</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(noise.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise.html#ac5103499b93e0e0d478faec5e90bd94d">standardDeviation</a>, 1, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00104" name="l00104"></a><span class="lineno">  104</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = .2;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00105" name="l00105"></a><span class="lineno">  105</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(noise.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise.html#aad1aa124ad0cdc525780f1034b1d4623">mean</a>, 10, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00106" name="l00106"></a><span class="lineno">  106</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(noise.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise.html#ac5103499b93e0e0d478faec5e90bd94d">standardDeviation</a>, 1, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00107" name="l00107"></a><span class="lineno">  107</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00108" name="l00108"></a><span class="lineno">  108</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00109" name="l00109"></a><span class="lineno">  109</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00110" name="l00110"></a><span class="lineno"><a class="line" href="_noise_test_8cpp.html#ad607eafabfbb6341590b5144a8484fc9">  110</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="_noise_test_8cpp.html#ad607eafabfbb6341590b5144a8484fc9">test_pvalue</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00111" name="l00111"></a><span class="lineno">  111</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00112" name="l00112"></a><span class="lineno">  112</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise.html">Noise</a> noise(0,1);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00113" name="l00113"></a><span class="lineno">  113</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = .0005;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00114" name="l00114"></a><span class="lineno">  114</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(noise.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise.html#a9491bb2357233d6b85f160fbeee6054e">pvalue</a>(1), .159, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00115" name="l00115"></a><span class="lineno">  115</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(noise.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise.html#a9491bb2357233d6b85f160fbeee6054e">pvalue</a>(2), .023, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00116" name="l00116"></a><span class="lineno">  116</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(noise.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise.html#a9491bb2357233d6b85f160fbeee6054e">pvalue</a>(3), .001, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00113" name="l00113"></a><span class="lineno">  113</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = .0005;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00114" name="l00114"></a><span class="lineno">  114</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(noise.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise.html#a9491bb2357233d6b85f160fbeee6054e">pvalue</a>(1), .159, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00115" name="l00115"></a><span class="lineno">  115</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(noise.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise.html#a9491bb2357233d6b85f160fbeee6054e">pvalue</a>(2), .023, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00116" name="l00116"></a><span class="lineno">  116</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(noise.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise.html#a9491bb2357233d6b85f160fbeee6054e">pvalue</a>(3), .001, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00117" name="l00117"></a><span class="lineno">  117</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00118" name="l00118"></a><span class="lineno">  118</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00119" name="l00119"></a><span class="lineno">  119</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00120" name="l00120"></a><span class="lineno"><a class="line" href="_noise_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">  120</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="_noise_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00121" name="l00121"></a><span class="lineno">  121</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00122" name="l00122"></a><span class="lineno">  122</span>    <a class="code hl_function" href="_noise_test_8cpp.html#ac640c2a79ed727d3cf3804cf69124c27">test_2Pass_NoSignal</a>();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00123" name="l00123"></a><span class="lineno">  123</span>    <a class="code hl_function" href="_noise_test_8cpp.html#add8447ed0a709def160bec102e56bd62">test_2Pass</a>();</div>
│ │ │ │ @@ -203,15 +203,15 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_noise_test_8cpp_html_ad607eafabfbb6341590b5144a8484fc9"><div class="ttname"><a href="_noise_test_8cpp.html#ad607eafabfbb6341590b5144a8484fc9">test_pvalue</a></div><div class="ttdeci">void test_pvalue()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_noise_test_8cpp_source.html#l00110">NoiseTest.cpp:110</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_noise_test_8cpp_html_add8447ed0a709def160bec102e56bd62"><div class="ttname"><a href="_noise_test_8cpp.html#add8447ed0a709def160bec102e56bd62">test_2Pass</a></div><div class="ttdeci">void test_2Pass()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_noise_test_8cpp_source.html#l00087">NoiseTest.cpp:87</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_noise_test_8cpp_html_ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002"><div class="ttname"><a href="_noise_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a></div><div class="ttdeci">void test()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_noise_test_8cpp_source.html#l00120">NoiseTest.cpp:120</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_std_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="_std_8hpp.html">Std.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1analysis_1_1_noise_calculator__2_pass_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1analysis_1_1_noise_calculator__2_pass.html">pwiz::analysis::NoiseCalculator_2Pass</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_noise_8hpp_source.html#l00055">Noise.hpp:56</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1analysis_1_1_noise_calculator__2_pass_html_a7b444666cadcc69f8347efac31d14974"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1analysis_1_1_noise_calculator__2_pass.html#a7b444666cadcc69f8347efac31d14974">pwiz::analysis::NoiseCalculator_2Pass::calculateNoise</a></div><div class="ttdeci">virtual Noise calculateNoise(const math::OrderedPairContainerRef &amp;pairs) const</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1math_1_1_ordered_pair_container_ref_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1math_1_1_ordered_pair_container_ref.html">pwiz::math::OrderedPairContainerRef</a></div><div class="ttdoc">wrapper class for accessing contiguous data as a container of OrderedPairs; note that it does not own...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ordered_pair_8hpp_source.html#l00083">OrderedPair.hpp:84</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1analysis_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1analysis.html">pwiz::analysis</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_chromatogram_list___filter_8hpp_source.html#l00037">ChromatogramList_Filter.hpp:37</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1math_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1math.html">pwiz::math</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="erf_8hpp_source.html#l00033">erf.hpp:33</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1util_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="almost__equal_8hpp_source.html#l00033">almost_equal.hpp:33</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1analysis_1_1_noise_calculator__2_pass_1_1_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise_calculator__2_pass_1_1_config.html">pwiz::analysis::NoiseCalculator_2Pass::Config</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_noise_8hpp_source.html#l00059">Noise.hpp:60</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1analysis_1_1_noise_calculator__2_pass_1_1_config_html_aa73c6ff91a313d5bfe4e9b601e72d8cc"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise_calculator__2_pass_1_1_config.html#aa73c6ff91a313d5bfe4e9b601e72d8cc">pwiz::analysis::NoiseCalculator_2Pass::Config::zValueCutoff</a></div><div class="ttdeci">double zValueCutoff</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_noise_8hpp_source.html#l00061">Noise.hpp:61</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1analysis_1_1_noise_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise.html">pwiz::analysis::Noise</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_noise_8hpp_source.html#l00035">Noise.hpp:36</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1analysis_1_1_noise_html_a9491bb2357233d6b85f160fbeee6054e"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1analysis_1_1_noise.html#a9491bb2357233d6b85f160fbeee6054e">pwiz::analysis::Noise::pvalue</a></div><div class="ttdeci">double pvalue(double value) const</div></div>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_parabola_test_8cpp_source.html
│ │ │ │ @@ -78,15 +78,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00030" name="l00030"></a><span class="lineno">   30</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00031" name="l00031"></a><span class="lineno">   31</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00032" name="l00032"></a><span class="lineno">   32</span><span class="keyword">using namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00033" name="l00033"></a><span class="lineno">   33</span><span class="keyword">using namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacepwiz_1_1math.html">pwiz::math</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00034" name="l00034"></a><span class="lineno">   34</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00035" name="l00035"></a><span class="lineno">   35</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00036" name="l00036"></a><span class="lineno"><a class="line" href="_parabola_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">   36</a></span>ostream* <a class="code hl_variable" href="_parabola_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> = 0;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00037" name="l00037"></a><span class="lineno"><a class="line" href="_parabola_test_8cpp.html#a2dbee5c3528b25493ecded7e22083138">   37</a></span><span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="_parabola_test_8cpp.html#a2dbee5c3528b25493ecded7e22083138">epsilon_</a> = <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">numeric_limits&lt;double&gt;::epsilon</a>();</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00037" name="l00037"></a><span class="lineno"><a class="line" href="_parabola_test_8cpp.html#a2dbee5c3528b25493ecded7e22083138">   37</a></span><span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="_parabola_test_8cpp.html#a2dbee5c3528b25493ecded7e22083138">epsilon_</a> = <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">numeric_limits&lt;double&gt;::epsilon</a>();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00038" name="l00038"></a><span class="lineno">   38</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00039" name="l00039"></a><span class="lineno">   39</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00040" name="l00040"></a><span class="lineno"><a class="line" href="_parabola_test_8cpp.html#a6e937f67b247e1dc7ab05258ff504750">   40</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="_parabola_test_8cpp.html#a6e937f67b247e1dc7ab05258ff504750">testBasic</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00041" name="l00041"></a><span class="lineno">   41</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00042" name="l00042"></a><span class="lineno">   42</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="_parabola_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="_parabola_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;***************************\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00043" name="l00043"></a><span class="lineno">   43</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="_parabola_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="_parabola_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testBasic()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00044" name="l00044"></a><span class="lineno">   44</span>    <a class="code hl_class" href="classpwiz_1_1math_1_1_parabola.html">Parabola</a> p(2, 3, 4);</div>
│ │ │ │ @@ -238,15 +238,15 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_parabola_test_8cpp_html_abe83a9cb203d7c11a3cceb56208ef58b"><div class="ttname"><a href="_parabola_test_8cpp.html#abe83a9cb203d7c11a3cceb56208ef58b">testWeightedLeastSquares</a></div><div class="ttdeci">void testWeightedLeastSquares()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_parabola_test_8cpp_source.html#l00111">ParabolaTest.cpp:111</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_parabola_test_8cpp_html_ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><div class="ttname"><a href="_parabola_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a></div><div class="ttdeci">ostream * os_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_parabola_test_8cpp_source.html#l00036">ParabolaTest.cpp:36</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_parabola_test_8cpp_html_ad2430dbe65c671b6804ad9284b804f5c"><div class="ttname"><a href="_parabola_test_8cpp.html#ad2430dbe65c671b6804ad9284b804f5c">testLeastSquares</a></div><div class="ttdeci">void testLeastSquares()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_parabola_test_8cpp_source.html#l00081">ParabolaTest.cpp:81</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_std_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="_std_8hpp.html">Std.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1math_1_1_parabola_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1math_1_1_parabola.html">pwiz::math::Parabola</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_parabola_8hpp_source.html#l00037">Parabola.hpp:38</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1math_1_1_parabola_html_a4b03a28358609d4af6d380a17a9b758d"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1math_1_1_parabola.html#a4b03a28358609d4af6d380a17a9b758d">pwiz::math::Parabola::center</a></div><div class="ttdeci">double center() const</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_parabola_8hpp_source.html#l00056">Parabola.hpp:56</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1math_1_1_parabola_html_a5d9fd7fb0854e28a61c4bf912c57cbf8"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1math_1_1_parabola.html#a5d9fd7fb0854e28a61c4bf912c57cbf8">pwiz::math::Parabola::coefficients</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; double &gt; &amp; coefficients()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_parabola_8hpp_source.html#l00052">Parabola.hpp:52</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1math_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1math.html">pwiz::math</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="erf_8hpp_source.html#l00033">erf.hpp:33</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1util_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="almost__equal_8hpp_source.html#l00033">almost_equal.hpp:33</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html">unit.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c">TEST_EPILOG</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_EPILOG</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00183">unit.hpp:183</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd">TEST_FAILED</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_FAILED(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00177">unit.hpp:177</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_acbd450df99370be00778913f140d5ec0"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert_equal(x, y, epsilon)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit.hpp:99</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_af5970f1ca53a361e8f62643bee4ac1fa"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#af5970f1ca53a361e8f62643bee4ac1fa">TEST_PROLOG</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_PROLOG(argc, argv)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00175">unit.hpp:175</a></div></div>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_parametrized_function_test_8cpp.html
│ │ │ │ @@ -142,23 +142,23 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   80</span>    d(0,1) = 7;</div>
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│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   87</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 1e-5;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   88</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a09e6e199dee7c20bd5a69429cea0cfb0">unit_assert_matrices_equal</a>(d, f.differenceQuotient(args,delta), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   87</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 1e-5;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   88</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a09e6e199dee7c20bd5a69429cea0cfb0">unit_assert_matrices_equal</a>(d, f.differenceQuotient(args,delta), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   89</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_matched_filter_8hpp_html_a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd"><div class="ttname"><a href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a></div><div class="ttdeci">KernelTraitsBase&lt; Kernel &gt;::space_type::abscissa_type x</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_matched_filter_8hpp_source.html#l00142">MatchedFilter.hpp:142</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_parametrized_function_test_8cpp_html_ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><div class="ttname"><a href="_parametrized_function_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a></div><div class="ttdeci">ostream * os_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_parametrized_function_test_8cpp_source.html#l00035">ParametrizedFunctionTest.cpp:35</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a09e6e199dee7c20bd5a69429cea0cfb0"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a09e6e199dee7c20bd5a69429cea0cfb0">unit_assert_matrices_equal</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert_matrices_equal(A, B, epsilon)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00135">unit.hpp:135</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="_parametrized_function_test_8cpp_source.html#l00035">os_</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00135">unit_assert_matrices_equal</a>, and <a class="el" href="_matched_filter_8hpp_source.html#l00142">x</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="_parametrized_function_test_8cpp_source.html#l00035">os_</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00135">unit_assert_matrices_equal</a>, and <a class="el" href="_matched_filter_8hpp_source.html#l00142">x</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_parametrized_function_test_8cpp_source.html#l00226">main()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a085e20e91910b58567cc622a20e80bfc" name="a085e20e91910b58567cc622a20e80bfc"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a085e20e91910b58567cc622a20e80bfc">&#9670;&nbsp;</a></span>testDerivatives()</h2>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_parametrized_function_test_8cpp_source.html
│ │ │ │ @@ -128,16 +128,16 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00080" name="l00080"></a><span class="lineno">   80</span>    d(0,1) = 7;</div>
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│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00087" name="l00087"></a><span class="lineno">   87</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 1e-5;</div>
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│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00087" name="l00087"></a><span class="lineno">   87</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 1e-5;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00088" name="l00088"></a><span class="lineno">   88</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a09e6e199dee7c20bd5a69429cea0cfb0">unit_assert_matrices_equal</a>(d, f.differenceQuotient(args,delta), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
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│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00093" name="l00093"></a><span class="lineno">   93</span>{</div>
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│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00095" name="l00095"></a><span class="lineno">   95</span> </div>
│ │ │ │ @@ -318,15 +318,15 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclass_parametrized_cosine_html_a9efe5d45c8d9c84442555b6ed34f07bc"><div class="ttname"><a href="class_parametrized_cosine.html#a9efe5d45c8d9c84442555b6ed34f07bc">ParametrizedCosine::dp2</a></div><div class="ttdeci">virtual ublas::matrix&lt; double &gt; dp2(double x, const ublas::vector&lt; double &gt; &amp;p) const</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_parametrized_function_test_8cpp_source.html#l00117">ParametrizedFunctionTest.cpp:117</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclass_parametrized_cosine_html_abce8f2e358e69281c9858af37fa2d0ef"><div class="ttname"><a href="class_parametrized_cosine.html#abce8f2e358e69281c9858af37fa2d0ef">ParametrizedCosine::operator()</a></div><div class="ttdeci">virtual double operator()(double x, const ublas::vector&lt; double &gt; &amp;p) const</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_parametrized_function_test_8cpp_source.html#l00100">ParametrizedFunctionTest.cpp:100</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclass_parametrized_cosine_html_ae954846b646a1d633824f3eef40fde17"><div class="ttname"><a href="class_parametrized_cosine.html#ae954846b646a1d633824f3eef40fde17">ParametrizedCosine::parameterCount</a></div><div class="ttdeci">virtual unsigned int parameterCount() const</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_parametrized_function_test_8cpp_source.html#l00098">ParametrizedFunctionTest.cpp:98</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclass_parametrized_cosine_html_af9e2f3a76e178a2c140f9e19f4e8f5a2"><div class="ttname"><a href="class_parametrized_cosine.html#af9e2f3a76e178a2c140f9e19f4e8f5a2">ParametrizedCosine::dp</a></div><div class="ttdeci">virtual ublas::vector&lt; double &gt; dp(double x, const ublas::vector&lt; double &gt; &amp;p) const</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_parametrized_function_test_8cpp_source.html#l00107">ParametrizedFunctionTest.cpp:107</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclass_parametrized_cosine_html_afe2e349aa911628dd2128b365d762155"><div class="ttname"><a href="class_parametrized_cosine.html#afe2e349aa911628dd2128b365d762155">ParametrizedCosine::B_</a></div><div class="ttdeci">double B_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_parametrized_function_test_8cpp_source.html#l00154">ParametrizedFunctionTest.cpp:154</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1frequency_1_1_parametrized_function_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1frequency_1_1_parametrized_function.html">pwiz::frequency::ParametrizedFunction</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_parametrized_function_8hpp_source.html#l00050">ParametrizedFunction.hpp:51</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1frequency_1_1_truncated_lorentzian_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1frequency_1_1_truncated_lorentzian.html">pwiz::frequency::TruncatedLorentzian</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_truncated_lorentzian_8hpp_source.html#l00039">TruncatedLorentzian.hpp:40</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1frequency_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1frequency.html">pwiz::frequency</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_derivative_test_8hpp_source.html#l00037">DerivativeTest.hpp:37</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1util_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="almost__equal_8hpp_source.html#l00033">almost_equal.hpp:33</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astruct_datum_html"><div class="ttname"><a href="struct_datum.html">Datum</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_frequency_estimator_physical_model_test_8cpp_source.html#l00037">FrequencyEstimatorPhysicalModelTest.cpp:38</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html">unit.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a09e6e199dee7c20bd5a69429cea0cfb0"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a09e6e199dee7c20bd5a69429cea0cfb0">unit_assert_matrices_equal</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert_matrices_equal(A, B, epsilon)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00135">unit.hpp:135</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c">TEST_EPILOG</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_EPILOG</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00183">unit.hpp:183</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd">TEST_FAILED</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_FAILED(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00177">unit.hpp:177</a></div></div>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_peak_extractor_test_8cpp.html
│ │ │ │ @@ -112,39 +112,39 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  191</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  192</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="_peak_extractor_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  193</span>    {</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  194</span>        *<a class="code hl_variable" href="_peak_extractor_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;peaks: &quot;</span> &lt;&lt; peaks.size() &lt;&lt; endl; </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  195</span>        copy(peaks.begin(), peaks.end(), ostream_iterator&lt;Peak&gt;(*<a class="code hl_variable" href="_peak_extractor_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>, <span class="stringliteral">&quot;\n&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  196</span>    }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  197</span>    </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  198</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = .01;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  198</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = .01;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  199</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(peaks.size() == 3);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  200</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(peaks[0].<a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1chemistry_1_1_ion.html#a55bbebeb49a80333f3dbe1f9e18f6a6c">mz</a>, 810.41, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  201</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(peaks[1].<a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1chemistry_1_1_ion.html#a55bbebeb49a80333f3dbe1f9e18f6a6c">mz</a>, 810.91, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  202</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(peaks[2].<a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1chemistry_1_1_ion.html#a55bbebeb49a80333f3dbe1f9e18f6a6c">mz</a>, 811.41, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  200</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(peaks[0].<a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1chemistry_1_1_ion.html#a55bbebeb49a80333f3dbe1f9e18f6a6c">mz</a>, 810.41, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  201</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(peaks[1].<a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1chemistry_1_1_ion.html#a55bbebeb49a80333f3dbe1f9e18f6a6c">mz</a>, 810.91, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  202</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(peaks[2].<a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1chemistry_1_1_ion.html#a55bbebeb49a80333f3dbe1f9e18f6a6c">mz</a>, 811.41, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  203</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_peak_extractor_test_8cpp_html_a48e63a80e1d5e9f5933510070bc849b9"><div class="ttname"><a href="_peak_extractor_test_8cpp.html#a48e63a80e1d5e9f5933510070bc849b9">testData_</a></div><div class="ttdeci">const double testData_[]</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peak_extractor_test_8cpp_source.html#l00039">PeakExtractorTest.cpp:39</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_peak_extractor_test_8cpp_html_a6afe0c8fc5d98425fae924be17f808a5"><div class="ttname"><a href="_peak_extractor_test_8cpp.html#a6afe0c8fc5d98425fae924be17f808a5">testDataSize_</a></div><div class="ttdeci">const size_t testDataSize_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peak_extractor_test_8cpp_source.html#l00167">PeakExtractorTest.cpp:167</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_peak_extractor_test_8cpp_html_ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><div class="ttname"><a href="_peak_extractor_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a></div><div class="ttdeci">ostream * os_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peak_extractor_test_8cpp_source.html#l00036">PeakExtractorTest.cpp:36</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1analysis_1_1_noise_calculator__2_pass_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1analysis_1_1_noise_calculator__2_pass.html">pwiz::analysis::NoiseCalculator_2Pass</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_noise_8hpp_source.html#l00055">Noise.hpp:56</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1analysis_1_1_peak_extractor_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1analysis_1_1_peak_extractor.html">pwiz::analysis::PeakExtractor</a></div><div class="ttdoc">Class for extracting Peak objects from an array of ordered pairs; in design pattern lingo,...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peak_extractor_8hpp_source.html#l00045">PeakExtractor.hpp:46</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1analysis_1_1_peak_finder___s_n_r_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1analysis_1_1_peak_finder___s_n_r.html">pwiz::analysis::PeakFinder_SNR</a></div><div class="ttdoc">PeakFinder implementation based on signal-to-noise ratio.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peak_finder_8hpp_source.html#l00052">PeakFinder.hpp:53</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1analysis_1_1_peak_fitter___parabola_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1analysis_1_1_peak_fitter___parabola.html">pwiz::analysis::PeakFitter_Parabola</a></div><div class="ttdoc">PeakFitter implementation based on fitting a parabola.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peak_fitter_8hpp_source.html#l00061">PeakFitter.hpp:62</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1math_1_1_ordered_pair_container_ref_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1math_1_1_ordered_pair_container_ref.html">pwiz::math::OrderedPairContainerRef</a></div><div class="ttdoc">wrapper class for accessing contiguous data as a container of OrderedPairs; note that it does not own...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ordered_pair_8hpp_source.html#l00083">OrderedPair.hpp:84</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1chemistry_1_1_ion_html_a55bbebeb49a80333f3dbe1f9e18f6a6c"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1chemistry_1_1_ion.html#a55bbebeb49a80333f3dbe1f9e18f6a6c">pwiz::chemistry::Ion::mz</a></div><div class="ttdeci">double mz(double neutralMass, int protonDelta, int electronDelta=0, int neutronDelta=0)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ion_8hpp_source.html#l00078">Ion.hpp:78</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1analysis_1_1_peak_finder___s_n_r_1_1_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1analysis_1_1_peak_finder___s_n_r_1_1_config.html">pwiz::analysis::PeakFinder_SNR::Config</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peak_finder_8hpp_source.html#l00056">PeakFinder.hpp:57</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1analysis_1_1_peak_finder___s_n_r_1_1_config_html_aa268ff491b28d8306b9a5b414ab3ba19"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1analysis_1_1_peak_finder___s_n_r_1_1_config.html#aa268ff491b28d8306b9a5b414ab3ba19">pwiz::analysis::PeakFinder_SNR::Config::windowRadius</a></div><div class="ttdeci">size_t windowRadius</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peak_finder_8hpp_source.html#l00058">PeakFinder.hpp:58</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1analysis_1_1_peak_finder___s_n_r_1_1_config_html_ada9919fc14573877684b051eb9bd28c8"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1analysis_1_1_peak_finder___s_n_r_1_1_config.html#ada9919fc14573877684b051eb9bd28c8">pwiz::analysis::PeakFinder_SNR::Config::zValueThreshold</a></div><div class="ttdeci">double zValueThreshold</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peak_finder_8hpp_source.html#l00059">PeakFinder.hpp:59</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1analysis_1_1_peak_fitter___parabola_1_1_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1analysis_1_1_peak_fitter___parabola_1_1_config.html">pwiz::analysis::PeakFitter_Parabola::Config</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peak_fitter_8hpp_source.html#l00065">PeakFitter.hpp:66</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1analysis_1_1_peak_fitter___parabola_1_1_config_html_afbe851e3b307bd4c677b4eabcd0a9b8c"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1analysis_1_1_peak_fitter___parabola_1_1_config.html#afbe851e3b307bd4c677b4eabcd0a9b8c">pwiz::analysis::PeakFitter_Parabola::Config::windowRadius</a></div><div class="ttdeci">size_t windowRadius</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peak_fitter_8hpp_source.html#l00067">PeakFitter.hpp:67</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_acbd450df99370be00778913f140d5ec0"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert_equal(x, y, epsilon)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit.hpp:99</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="classpwiz_1_1analysis_1_1_peak_extractor.html#acb1476f00be1193b5179953fa6fb1e05">pwiz::analysis::PeakExtractor::extractPeaks()</a>, <a class="el" href="_ion_8hpp_source.html#l00078">pwiz::chemistry::Ion::mz()</a>, <a class="el" href="_peak_extractor_test_8cpp_source.html#l00036">os_</a>, <a class="el" href="_peak_extractor_test_8cpp_source.html#l00039">testData_</a>, <a class="el" href="_peak_extractor_test_8cpp_source.html#l00167">testDataSize_</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>, <a class="el" href="_peak_finder_8hpp_source.html#l00058">pwiz::analysis::PeakFinder_SNR::Config::windowRadius</a>, <a class="el" href="_peak_fitter_8hpp_source.html#l00067">pwiz::analysis::PeakFitter_Parabola::Config::windowRadius</a>, and <a class="el" href="_peak_finder_8hpp_source.html#l00059">pwiz::analysis::PeakFinder_SNR::Config::zValueThreshold</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="classpwiz_1_1analysis_1_1_peak_extractor.html#acb1476f00be1193b5179953fa6fb1e05">pwiz::analysis::PeakExtractor::extractPeaks()</a>, <a class="el" href="_ion_8hpp_source.html#l00078">pwiz::chemistry::Ion::mz()</a>, <a class="el" href="_peak_extractor_test_8cpp_source.html#l00036">os_</a>, <a class="el" href="_peak_extractor_test_8cpp_source.html#l00039">testData_</a>, <a class="el" href="_peak_extractor_test_8cpp_source.html#l00167">testDataSize_</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>, <a class="el" href="_peak_finder_8hpp_source.html#l00058">pwiz::analysis::PeakFinder_SNR::Config::windowRadius</a>, <a class="el" href="_peak_fitter_8hpp_source.html#l00067">pwiz::analysis::PeakFitter_Parabola::Config::windowRadius</a>, and <a class="el" href="_peak_finder_8hpp_source.html#l00059">pwiz::analysis::PeakFinder_SNR::Config::zValueThreshold</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_peak_extractor_test_8cpp_source.html#l00206">main()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97" name="a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">&#9670;&nbsp;</a></span>main()</h2>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_peak_extractor_test_8cpp_source.html
│ │ │ │ @@ -239,19 +239,19 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00191" name="l00191"></a><span class="lineno">  191</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00192" name="l00192"></a><span class="lineno">  192</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="_peak_extractor_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00193" name="l00193"></a><span class="lineno">  193</span>    {</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00194" name="l00194"></a><span class="lineno">  194</span>        *<a class="code hl_variable" href="_peak_extractor_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;peaks: &quot;</span> &lt;&lt; peaks.size() &lt;&lt; endl; </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00195" name="l00195"></a><span class="lineno">  195</span>        copy(peaks.begin(), peaks.end(), ostream_iterator&lt;Peak&gt;(*<a class="code hl_variable" href="_peak_extractor_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>, <span class="stringliteral">&quot;\n&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00196" name="l00196"></a><span class="lineno">  196</span>    }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00197" name="l00197"></a><span class="lineno">  197</span>    </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00198" name="l00198"></a><span class="lineno">  198</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = .01;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00198" name="l00198"></a><span class="lineno">  198</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = .01;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00199" name="l00199"></a><span class="lineno">  199</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(peaks.size() == 3);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00200" name="l00200"></a><span class="lineno">  200</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(peaks[0].<a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1chemistry_1_1_ion.html#a55bbebeb49a80333f3dbe1f9e18f6a6c">mz</a>, 810.41, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00201" name="l00201"></a><span class="lineno">  201</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(peaks[1].<a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1chemistry_1_1_ion.html#a55bbebeb49a80333f3dbe1f9e18f6a6c">mz</a>, 810.91, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00202" name="l00202"></a><span class="lineno">  202</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(peaks[2].<a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1chemistry_1_1_ion.html#a55bbebeb49a80333f3dbe1f9e18f6a6c">mz</a>, 811.41, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00200" name="l00200"></a><span class="lineno">  200</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(peaks[0].<a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1chemistry_1_1_ion.html#a55bbebeb49a80333f3dbe1f9e18f6a6c">mz</a>, 810.41, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00201" name="l00201"></a><span class="lineno">  201</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(peaks[1].<a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1chemistry_1_1_ion.html#a55bbebeb49a80333f3dbe1f9e18f6a6c">mz</a>, 810.91, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00202" name="l00202"></a><span class="lineno">  202</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(peaks[2].<a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1chemistry_1_1_ion.html#a55bbebeb49a80333f3dbe1f9e18f6a6c">mz</a>, 811.41, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00203" name="l00203"></a><span class="lineno">  203</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00204" name="l00204"></a><span class="lineno">  204</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00205" name="l00205"></a><span class="lineno">  205</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00206" name="l00206"></a><span class="lineno"><a class="line" href="_peak_extractor_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">  206</a></span><span class="keywordtype">int</span> <a class="code hl_function" href="_peak_extractor_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">main</a>(<span class="keywordtype">int</span> argc, <span class="keywordtype">char</span>* argv[])</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00207" name="l00207"></a><span class="lineno">  207</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00208" name="l00208"></a><span class="lineno">  208</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#af5970f1ca53a361e8f62643bee4ac1fa">TEST_PROLOG</a>(argc, argv)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00209" name="l00209"></a><span class="lineno">  209</span> </div>
│ │ │ │ @@ -281,15 +281,15 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_std_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="_std_8hpp.html">Std.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1analysis_1_1_noise_calculator__2_pass_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1analysis_1_1_noise_calculator__2_pass.html">pwiz::analysis::NoiseCalculator_2Pass</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_noise_8hpp_source.html#l00055">Noise.hpp:56</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1analysis_1_1_peak_extractor_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1analysis_1_1_peak_extractor.html">pwiz::analysis::PeakExtractor</a></div><div class="ttdoc">Class for extracting Peak objects from an array of ordered pairs; in design pattern lingo,...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peak_extractor_8hpp_source.html#l00045">PeakExtractor.hpp:46</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1analysis_1_1_peak_extractor_html_acb1476f00be1193b5179953fa6fb1e05"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1analysis_1_1_peak_extractor.html#acb1476f00be1193b5179953fa6fb1e05">pwiz::analysis::PeakExtractor::extractPeaks</a></div><div class="ttdeci">void extractPeaks(const pwiz::math::OrderedPairContainerRef &amp;pairs, std::vector&lt; Peak &gt; &amp;result) const</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1analysis_1_1_peak_finder___s_n_r_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1analysis_1_1_peak_finder___s_n_r.html">pwiz::analysis::PeakFinder_SNR</a></div><div class="ttdoc">PeakFinder implementation based on signal-to-noise ratio.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peak_finder_8hpp_source.html#l00052">PeakFinder.hpp:53</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1analysis_1_1_peak_fitter___parabola_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1analysis_1_1_peak_fitter___parabola.html">pwiz::analysis::PeakFitter_Parabola</a></div><div class="ttdoc">PeakFitter implementation based on fitting a parabola.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peak_fitter_8hpp_source.html#l00061">PeakFitter.hpp:62</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1math_1_1_ordered_pair_container_ref_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1math_1_1_ordered_pair_container_ref.html">pwiz::math::OrderedPairContainerRef</a></div><div class="ttdoc">wrapper class for accessing contiguous data as a container of OrderedPairs; note that it does not own...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ordered_pair_8hpp_source.html#l00083">OrderedPair.hpp:84</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1analysis_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1analysis.html">pwiz::analysis</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_chromatogram_list___filter_8hpp_source.html#l00037">ChromatogramList_Filter.hpp:37</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1chemistry_1_1_ion_html_a55bbebeb49a80333f3dbe1f9e18f6a6c"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1chemistry_1_1_ion.html#a55bbebeb49a80333f3dbe1f9e18f6a6c">pwiz::chemistry::Ion::mz</a></div><div class="ttdeci">double mz(double neutralMass, int protonDelta, int electronDelta=0, int neutronDelta=0)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ion_8hpp_source.html#l00078">Ion.hpp:78</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1data_1_1peakdata_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1data_1_1peakdata.html">pwiz::data::peakdata</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peak_data_8hpp_source.html#l00040">PeakData.hpp:40</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1math_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1math.html">pwiz::math</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="erf_8hpp_source.html#l00033">erf.hpp:33</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1util_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="almost__equal_8hpp_source.html#l00033">almost_equal.hpp:33</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1analysis_1_1_peak_finder___s_n_r_1_1_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1analysis_1_1_peak_finder___s_n_r_1_1_config.html">pwiz::analysis::PeakFinder_SNR::Config</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peak_finder_8hpp_source.html#l00056">PeakFinder.hpp:57</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1analysis_1_1_peak_finder___s_n_r_1_1_config_html_aa268ff491b28d8306b9a5b414ab3ba19"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1analysis_1_1_peak_finder___s_n_r_1_1_config.html#aa268ff491b28d8306b9a5b414ab3ba19">pwiz::analysis::PeakFinder_SNR::Config::windowRadius</a></div><div class="ttdeci">size_t windowRadius</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peak_finder_8hpp_source.html#l00058">PeakFinder.hpp:58</a></div></div>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_peak_fitter_test_8cpp.html
│ │ │ │ @@ -110,34 +110,34 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   58</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="_peak_fitter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   59</span>    {</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   60</span>        *<a class="code hl_variable" href="_peak_fitter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; peak;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   61</span>        copy(peak.data.begin(), peak.data.end(), ostream_iterator&lt;OrderedPair&gt;(*<a class="code hl_variable" href="_peak_fitter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>, <span class="stringliteral">&quot; &quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   62</span>        *<a class="code hl_variable" href="_peak_fitter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   63</span>    }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   64</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   65</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 1e-6;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   66</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(peak.mz, center, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   67</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(peak.intensity, 5, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   68</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(peak.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_peak.html#aab18ba09dfeb144e3c805dc7561f978b">area</a>, 12.97, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   69</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(peak.error, 0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   70</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(peak.intensity, 5, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   65</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 1e-6;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   66</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(peak.mz, center, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   67</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(peak.intensity, 5, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   68</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(peak.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_peak.html#aab18ba09dfeb144e3c805dc7561f978b">area</a>, 12.97, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   69</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(peak.error, 0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   70</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(peak.intensity, 5, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   71</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!peak.data.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   72</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_peak_fitter_test_8cpp_html_ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><div class="ttname"><a href="_peak_fitter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a></div><div class="ttdeci">ostream * os_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peak_fitter_test_8cpp_source.html#l00036">PeakFitterTest.cpp:36</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1analysis_1_1_peak_fitter___parabola_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1analysis_1_1_peak_fitter___parabola.html">pwiz::analysis::PeakFitter_Parabola</a></div><div class="ttdoc">PeakFitter implementation based on fitting a parabola.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peak_fitter_8hpp_source.html#l00061">PeakFitter.hpp:62</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1analysis_1_1_peak_fitter___parabola_1_1_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1analysis_1_1_peak_fitter___parabola_1_1_config.html">pwiz::analysis::PeakFitter_Parabola::Config</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peak_fitter_8hpp_source.html#l00065">PeakFitter.hpp:66</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1analysis_1_1_peak_fitter___parabola_1_1_config_html_afbe851e3b307bd4c677b4eabcd0a9b8c"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1analysis_1_1_peak_fitter___parabola_1_1_config.html#afbe851e3b307bd4c677b4eabcd0a9b8c">pwiz::analysis::PeakFitter_Parabola::Config::windowRadius</a></div><div class="ttdeci">size_t windowRadius</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peak_fitter_8hpp_source.html#l00067">PeakFitter.hpp:67</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1analysis_1_1_peak_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1analysis_1_1_peak.html">pwiz::analysis::Peak</a></div><div class="ttdoc">represents some generic metadata about a peak detected in a signal</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="common_2_peak_detector_8hpp_source.html#l00037">PeakDetector.hpp:38</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1analysis_1_1_peak_html_aab18ba09dfeb144e3c805dc7561f978b"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1analysis_1_1_peak.html#aab18ba09dfeb144e3c805dc7561f978b">pwiz::analysis::Peak::area</a></div><div class="ttdeci">double area</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="common_2_peak_detector_8hpp_source.html#l00043">PeakDetector.hpp:43</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1math_1_1_ordered_pair_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1math_1_1_ordered_pair.html">pwiz::math::OrderedPair</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ordered_pair_8hpp_source.html#l00039">OrderedPair.hpp:40</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_acbd450df99370be00778913f140d5ec0"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert_equal(x, y, epsilon)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit.hpp:99</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="common_2_peak_detector_8hpp_source.html#l00043">pwiz::analysis::Peak::area</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="classpwiz_1_1analysis_1_1_peak_fitter___parabola.html#ac7b02f4af56f61ada13f07329f6d4a6f">pwiz::analysis::PeakFitter_Parabola::fitPeak()</a>, <a class="el" href="_peak_fitter_test_8cpp_source.html#l00036">os_</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>, and <a class="el" href="_peak_fitter_8hpp_source.html#l00067">pwiz::analysis::PeakFitter_Parabola::Config::windowRadius</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="common_2_peak_detector_8hpp_source.html#l00043">pwiz::analysis::Peak::area</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="classpwiz_1_1analysis_1_1_peak_fitter___parabola.html#ac7b02f4af56f61ada13f07329f6d4a6f">pwiz::analysis::PeakFitter_Parabola::fitPeak()</a>, <a class="el" href="_peak_fitter_test_8cpp_source.html#l00036">os_</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>, and <a class="el" href="_peak_fitter_8hpp_source.html#l00067">pwiz::analysis::PeakFitter_Parabola::Config::windowRadius</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_peak_fitter_test_8cpp_source.html#l00118">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a465633e6a6a239c61a85cb712757b1c5" name="a465633e6a6a239c61a85cb712757b1c5"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a465633e6a6a239c61a85cb712757b1c5">&#9670;&nbsp;</a></span>testMultiplePeaks()</h2>
│ │ │ │ @@ -185,24 +185,24 @@
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│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  104</span>            *<a class="code hl_variable" href="_peak_fitter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; *it;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  105</span>            copy(it-&gt;data.begin(), it-&gt;data.end(), ostream_iterator&lt;OrderedPair&gt;(*<a class="code hl_variable" href="_peak_fitter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>, <span class="stringliteral">&quot; &quot;</span>));</div>
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│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  109</span> </div>
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│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  110</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 1e-6;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  111</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(peaks.size() == 3);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  112</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(peaks[0].<a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1chemistry_1_1_ion.html#a55bbebeb49a80333f3dbe1f9e18f6a6c">mz</a>, center, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
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│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  114</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(peaks[2].<a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1chemistry_1_1_ion.html#a55bbebeb49a80333f3dbe1f9e18f6a6c">mz</a>, center+10, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  112</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(peaks[0].<a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1chemistry_1_1_ion.html#a55bbebeb49a80333f3dbe1f9e18f6a6c">mz</a>, center, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  113</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(peaks[1].<a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1chemistry_1_1_ion.html#a55bbebeb49a80333f3dbe1f9e18f6a6c">mz</a>, center+5, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  114</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(peaks[2].<a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1chemistry_1_1_ion.html#a55bbebeb49a80333f3dbe1f9e18f6a6c">mz</a>, center+10, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  115</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1analysis_1_1_peak_fitter_html_a042175f885f6507afb1812ad7b6c8007"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1analysis_1_1_peak_fitter.html#a042175f885f6507afb1812ad7b6c8007">pwiz::analysis::PeakFitter::fitPeaks</a></div><div class="ttdeci">void fitPeaks(const math::OrderedPairContainerRef &amp;pairs, std::vector&lt; size_t &gt; &amp;indices, std::vector&lt; Peak &gt; &amp;result) const</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1chemistry_1_1_ion_html_a55bbebeb49a80333f3dbe1f9e18f6a6c"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1chemistry_1_1_ion.html#a55bbebeb49a80333f3dbe1f9e18f6a6c">pwiz::chemistry::Ion::mz</a></div><div class="ttdeci">double mz(double neutralMass, int protonDelta, int electronDelta=0, int neutronDelta=0)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ion_8hpp_source.html#l00078">Ion.hpp:78</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="classpwiz_1_1analysis_1_1_peak_fitter.html#a042175f885f6507afb1812ad7b6c8007">pwiz::analysis::PeakFitter::fitPeaks()</a>, <a class="el" href="_ion_8hpp_source.html#l00078">pwiz::chemistry::Ion::mz()</a>, <a class="el" href="_peak_fitter_test_8cpp_source.html#l00036">os_</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="classpwiz_1_1analysis_1_1_peak_fitter.html#a042175f885f6507afb1812ad7b6c8007">pwiz::analysis::PeakFitter::fitPeaks()</a>, <a class="el" href="_ion_8hpp_source.html#l00078">pwiz::chemistry::Ion::mz()</a>, <a class="el" href="_peak_fitter_test_8cpp_source.html#l00036">os_</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_peak_fitter_test_8cpp_source.html#l00118">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002" name="ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">&#9670;&nbsp;</a></span>test()</h2>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_peak_fitter_test_8cpp_source.html
│ │ │ │ @@ -106,20 +106,20 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00058" name="l00058"></a><span class="lineno">   58</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="_peak_fitter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00059" name="l00059"></a><span class="lineno">   59</span>    {</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00060" name="l00060"></a><span class="lineno">   60</span>        *<a class="code hl_variable" href="_peak_fitter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; peak;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00061" name="l00061"></a><span class="lineno">   61</span>        copy(peak.data.begin(), peak.data.end(), ostream_iterator&lt;OrderedPair&gt;(*<a class="code hl_variable" href="_peak_fitter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>, <span class="stringliteral">&quot; &quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00062" name="l00062"></a><span class="lineno">   62</span>        *<a class="code hl_variable" href="_peak_fitter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00063" name="l00063"></a><span class="lineno">   63</span>    }</div>
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│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00065" name="l00065"></a><span class="lineno">   65</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 1e-6;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00066" name="l00066"></a><span class="lineno">   66</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(peak.mz, center, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00067" name="l00067"></a><span class="lineno">   67</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(peak.intensity, 5, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00068" name="l00068"></a><span class="lineno">   68</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(peak.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_peak.html#aab18ba09dfeb144e3c805dc7561f978b">area</a>, 12.97, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00069" name="l00069"></a><span class="lineno">   69</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(peak.error, 0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00070" name="l00070"></a><span class="lineno">   70</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(peak.intensity, 5, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00065" name="l00065"></a><span class="lineno">   65</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 1e-6;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00066" name="l00066"></a><span class="lineno">   66</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(peak.mz, center, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00067" name="l00067"></a><span class="lineno">   67</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(peak.intensity, 5, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00068" name="l00068"></a><span class="lineno">   68</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(peak.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_peak.html#aab18ba09dfeb144e3c805dc7561f978b">area</a>, 12.97, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00069" name="l00069"></a><span class="lineno">   69</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(peak.error, 0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00070" name="l00070"></a><span class="lineno">   70</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(peak.intensity, 5, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00071" name="l00071"></a><span class="lineno">   71</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!peak.data.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00072" name="l00072"></a><span class="lineno">   72</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00073" name="l00073"></a><span class="lineno">   73</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00074" name="l00074"></a><span class="lineno">   74</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00075" name="l00075"></a><span class="lineno"><a class="line" href="_peak_fitter_test_8cpp.html#a465633e6a6a239c61a85cb712757b1c5">   75</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="_peak_fitter_test_8cpp.html#a465633e6a6a239c61a85cb712757b1c5">testMultiplePeaks</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00076" name="l00076"></a><span class="lineno">   76</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00077" name="l00077"></a><span class="lineno">   77</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="_peak_fitter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="_peak_fitter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testMultiplePeaks()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ @@ -151,19 +151,19 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00103" name="l00103"></a><span class="lineno">  103</span>        {</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00104" name="l00104"></a><span class="lineno">  104</span>            *<a class="code hl_variable" href="_peak_fitter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; *it;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00105" name="l00105"></a><span class="lineno">  105</span>            copy(it-&gt;data.begin(), it-&gt;data.end(), ostream_iterator&lt;OrderedPair&gt;(*<a class="code hl_variable" href="_peak_fitter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>, <span class="stringliteral">&quot; &quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00106" name="l00106"></a><span class="lineno">  106</span>            *<a class="code hl_variable" href="_peak_fitter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00107" name="l00107"></a><span class="lineno">  107</span>        }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00108" name="l00108"></a><span class="lineno">  108</span>    }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00109" name="l00109"></a><span class="lineno">  109</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00110" name="l00110"></a><span class="lineno">  110</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 1e-6;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00110" name="l00110"></a><span class="lineno">  110</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 1e-6;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00111" name="l00111"></a><span class="lineno">  111</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(peaks.size() == 3);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00112" name="l00112"></a><span class="lineno">  112</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(peaks[0].<a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1chemistry_1_1_ion.html#a55bbebeb49a80333f3dbe1f9e18f6a6c">mz</a>, center, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00113" name="l00113"></a><span class="lineno">  113</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(peaks[1].<a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1chemistry_1_1_ion.html#a55bbebeb49a80333f3dbe1f9e18f6a6c">mz</a>, center+5, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00114" name="l00114"></a><span class="lineno">  114</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(peaks[2].<a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1chemistry_1_1_ion.html#a55bbebeb49a80333f3dbe1f9e18f6a6c">mz</a>, center+10, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00112" name="l00112"></a><span class="lineno">  112</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(peaks[0].<a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1chemistry_1_1_ion.html#a55bbebeb49a80333f3dbe1f9e18f6a6c">mz</a>, center, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00113" name="l00113"></a><span class="lineno">  113</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(peaks[1].<a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1chemistry_1_1_ion.html#a55bbebeb49a80333f3dbe1f9e18f6a6c">mz</a>, center+5, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00114" name="l00114"></a><span class="lineno">  114</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(peaks[2].<a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1chemistry_1_1_ion.html#a55bbebeb49a80333f3dbe1f9e18f6a6c">mz</a>, center+10, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00115" name="l00115"></a><span class="lineno">  115</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00116" name="l00116"></a><span class="lineno">  116</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00117" name="l00117"></a><span class="lineno">  117</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00118" name="l00118"></a><span class="lineno"><a class="line" href="_peak_fitter_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">  118</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="_peak_fitter_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00119" name="l00119"></a><span class="lineno">  119</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00120" name="l00120"></a><span class="lineno">  120</span>    <a class="code hl_function" href="_peak_fitter_test_8cpp.html#aeea8a8b2088a79183f95a44640b69bf0">testParabola</a>();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00121" name="l00121"></a><span class="lineno">  121</span>    <a class="code hl_function" href="_peak_fitter_test_8cpp.html#a465633e6a6a239c61a85cb712757b1c5">testMultiplePeaks</a>();</div>
│ │ │ │ @@ -197,15 +197,15 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_peak_fitter_test_8cpp_html_ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><div class="ttname"><a href="_peak_fitter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a></div><div class="ttdeci">ostream * os_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peak_fitter_test_8cpp_source.html#l00036">PeakFitterTest.cpp:36</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_peak_fitter_test_8cpp_html_ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002"><div class="ttname"><a href="_peak_fitter_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a></div><div class="ttdeci">void test()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peak_fitter_test_8cpp_source.html#l00118">PeakFitterTest.cpp:118</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_peak_fitter_test_8cpp_html_aeea8a8b2088a79183f95a44640b69bf0"><div class="ttname"><a href="_peak_fitter_test_8cpp.html#aeea8a8b2088a79183f95a44640b69bf0">testParabola</a></div><div class="ttdeci">void testParabola()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peak_fitter_test_8cpp_source.html#l00039">PeakFitterTest.cpp:39</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_std_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="_std_8hpp.html">Std.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1analysis_1_1_peak_fitter___parabola_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1analysis_1_1_peak_fitter___parabola.html">pwiz::analysis::PeakFitter_Parabola</a></div><div class="ttdoc">PeakFitter implementation based on fitting a parabola.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peak_fitter_8hpp_source.html#l00061">PeakFitter.hpp:62</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1analysis_1_1_peak_fitter___parabola_html_ac7b02f4af56f61ada13f07329f6d4a6f"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1analysis_1_1_peak_fitter___parabola.html#ac7b02f4af56f61ada13f07329f6d4a6f">pwiz::analysis::PeakFitter_Parabola::fitPeak</a></div><div class="ttdeci">virtual void fitPeak(const math::OrderedPairContainerRef &amp;pairs, size_t index, Peak &amp;result) const</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1analysis_1_1_peak_fitter_html_a042175f885f6507afb1812ad7b6c8007"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1analysis_1_1_peak_fitter.html#a042175f885f6507afb1812ad7b6c8007">pwiz::analysis::PeakFitter::fitPeaks</a></div><div class="ttdeci">void fitPeaks(const math::OrderedPairContainerRef &amp;pairs, std::vector&lt; size_t &gt; &amp;indices, std::vector&lt; Peak &gt; &amp;result) const</div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1analysis_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1analysis.html">pwiz::analysis</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_chromatogram_list___filter_8hpp_source.html#l00037">ChromatogramList_Filter.hpp:37</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1chemistry_1_1_ion_html_a55bbebeb49a80333f3dbe1f9e18f6a6c"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1chemistry_1_1_ion.html#a55bbebeb49a80333f3dbe1f9e18f6a6c">pwiz::chemistry::Ion::mz</a></div><div class="ttdeci">double mz(double neutralMass, int protonDelta, int electronDelta=0, int neutronDelta=0)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ion_8hpp_source.html#l00078">Ion.hpp:78</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1data_1_1peakdata_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1data_1_1peakdata.html">pwiz::data::peakdata</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peak_data_8hpp_source.html#l00040">PeakData.hpp:40</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1math_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1math.html">pwiz::math</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="erf_8hpp_source.html#l00033">erf.hpp:33</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1util_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="almost__equal_8hpp_source.html#l00033">almost_equal.hpp:33</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1analysis_1_1_peak_fitter___parabola_1_1_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1analysis_1_1_peak_fitter___parabola_1_1_config.html">pwiz::analysis::PeakFitter_Parabola::Config</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peak_fitter_8hpp_source.html#l00065">PeakFitter.hpp:66</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1analysis_1_1_peak_fitter___parabola_1_1_config_html_afbe851e3b307bd4c677b4eabcd0a9b8c"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1analysis_1_1_peak_fitter___parabola_1_1_config.html#afbe851e3b307bd4c677b4eabcd0a9b8c">pwiz::analysis::PeakFitter_Parabola::Config::windowRadius</a></div><div class="ttdeci">size_t windowRadius</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peak_fitter_8hpp_source.html#l00067">PeakFitter.hpp:67</a></div></div>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_peakel_grower_test_8cpp.html
│ │ │ │ @@ -154,45 +154,45 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   82</span>    config.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_peakel_grower___proximity_1_1_config.html#ad442f552d27c841eb45f1f2234bfd484">rtTolerance</a> = 1.5;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   83</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   84</span>    <a class="code hl_class" href="classpwiz_1_1analysis_1_1_peakel_grower___proximity.html">PeakelGrower_Proximity</a> peakelGrower(config);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   85</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   86</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_m_z_r_t_field.html">PeakelField</a> field;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   87</span>    peakelGrower.sowPeaks(field, peaks);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   88</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   89</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = .1;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   89</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = .1;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   90</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(field.size() == 4);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   91</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   92</span>    PeakelField::const_iterator it = field.begin();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   93</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   94</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>((*it)-&gt;mz, 1000, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   95</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>((*it)-&gt;retentionTime, 0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   94</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>((*it)-&gt;mz, 1000, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   95</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>((*it)-&gt;retentionTime, 0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   96</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   97</span>    ++it;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   98</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>((*it)-&gt;mz, 1000, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   99</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>((*it)-&gt;retentionTime, 3, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   98</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>((*it)-&gt;mz, 1000, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   99</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>((*it)-&gt;retentionTime, 3, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  100</span>    </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  101</span>    ++it;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  102</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>((*it)-&gt;mz, 1001, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  103</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>((*it)-&gt;retentionTime, 1, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  102</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>((*it)-&gt;mz, 1001, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  103</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>((*it)-&gt;retentionTime, 1, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  104</span>    </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  105</span>    ++it;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  106</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>((*it)-&gt;mz, 1002, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  107</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>((*it)-&gt;retentionTime, 0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  106</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>((*it)-&gt;mz, 1002, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  107</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>((*it)-&gt;retentionTime, 0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  108</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_peakel_grower_test_8cpp_html_adc5f9f4f2f048f58c6ad569b9fa1ae3c"><div class="ttname"><a href="_peakel_grower_test_8cpp.html#adc5f9f4f2f048f58c6ad569b9fa1ae3c">createToyPeaks</a></div><div class="ttdeci">vector&lt; vector&lt; Peak &gt; &gt; createToyPeaks()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peakel_grower_test_8cpp_source.html#l00038">PeakelGrowerTest.cpp:38</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1analysis_1_1_peakel_grower___proximity_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1analysis_1_1_peakel_grower___proximity.html">pwiz::analysis::PeakelGrower_Proximity</a></div><div class="ttdoc">simple PeakelGrower implementation, based on proximity of Peaks</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peakel_grower_8hpp_source.html#l00057">PeakelGrower.hpp:58</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1analysis_1_1_m_z_r_t_field_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1analysis_1_1_m_z_r_t_field.html">pwiz::analysis::MZRTField</a></div><div class="ttdoc">MZRTField is a std::set of boost::shared_ptrs, stored as a binary tree ordered by LessThan_MZRT.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_z_r_t_field_8hpp_source.html#l00094">MZRTField.hpp:95</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1analysis_1_1_peakel_grower___proximity_1_1_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1analysis_1_1_peakel_grower___proximity_1_1_config.html">pwiz::analysis::PeakelGrower_Proximity::Config</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peakel_grower_8hpp_source.html#l00061">PeakelGrower.hpp:62</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1analysis_1_1_peakel_grower___proximity_1_1_config_html_a55af16ae904bd18c1aac36ec4f238d51"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1analysis_1_1_peakel_grower___proximity_1_1_config.html#a55af16ae904bd18c1aac36ec4f238d51">pwiz::analysis::PeakelGrower_Proximity::Config::mzTolerance</a></div><div class="ttdeci">MZTolerance mzTolerance</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peakel_grower_8hpp_source.html#l00063">PeakelGrower.hpp:63</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1analysis_1_1_peakel_grower___proximity_1_1_config_html_ad442f552d27c841eb45f1f2234bfd484"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1analysis_1_1_peakel_grower___proximity_1_1_config.html#ad442f552d27c841eb45f1f2234bfd484">pwiz::analysis::PeakelGrower_Proximity::Config::rtTolerance</a></div><div class="ttdeci">double rtTolerance</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peakel_grower_8hpp_source.html#l00064">PeakelGrower.hpp:64</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_acbd450df99370be00778913f140d5ec0"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert_equal(x, y, epsilon)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit.hpp:99</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_peakel_grower_test_8cpp_source.html#l00038">createToyPeaks()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="_peakel_grower_8hpp_source.html#l00063">pwiz::analysis::PeakelGrower_Proximity::Config::mzTolerance</a>, <a class="el" href="_peakel_grower_8hpp_source.html#l00064">pwiz::analysis::PeakelGrower_Proximity::Config::rtTolerance</a>, <a class="el" href="classpwiz_1_1analysis_1_1_peakel_grower.html#a895540970502b3fc0196bff6ab255d86">pwiz::analysis::PeakelGrower::sowPeaks()</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_peakel_grower_test_8cpp_source.html#l00038">createToyPeaks()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="_peakel_grower_8hpp_source.html#l00063">pwiz::analysis::PeakelGrower_Proximity::Config::mzTolerance</a>, <a class="el" href="_peakel_grower_8hpp_source.html#l00064">pwiz::analysis::PeakelGrower_Proximity::Config::rtTolerance</a>, <a class="el" href="classpwiz_1_1analysis_1_1_peakel_grower.html#a895540970502b3fc0196bff6ab255d86">pwiz::analysis::PeakelGrower::sowPeaks()</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_peakel_grower_test_8cpp_source.html#l00111">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002" name="ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">&#9670;&nbsp;</a></span>test()</h2>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_peakel_grower_test_8cpp_source.html
│ │ │ │ @@ -130,33 +130,33 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00082" name="l00082"></a><span class="lineno">   82</span>    config.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_peakel_grower___proximity_1_1_config.html#ad442f552d27c841eb45f1f2234bfd484">rtTolerance</a> = 1.5;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00083" name="l00083"></a><span class="lineno">   83</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00084" name="l00084"></a><span class="lineno">   84</span>    <a class="code hl_class" href="classpwiz_1_1analysis_1_1_peakel_grower___proximity.html">PeakelGrower_Proximity</a> peakelGrower(config);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00085" name="l00085"></a><span class="lineno">   85</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00086" name="l00086"></a><span class="lineno">   86</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_m_z_r_t_field.html">PeakelField</a> field;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00087" name="l00087"></a><span class="lineno">   87</span>    peakelGrower.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1analysis_1_1_peakel_grower.html#a895540970502b3fc0196bff6ab255d86">sowPeaks</a>(field, peaks);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00088" name="l00088"></a><span class="lineno">   88</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00089" name="l00089"></a><span class="lineno">   89</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = .1;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00089" name="l00089"></a><span class="lineno">   89</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = .1;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00090" name="l00090"></a><span class="lineno">   90</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(field.size() == 4);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00091" name="l00091"></a><span class="lineno">   91</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00092" name="l00092"></a><span class="lineno">   92</span>    PeakelField::const_iterator it = field.begin();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00093" name="l00093"></a><span class="lineno">   93</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00094" name="l00094"></a><span class="lineno">   94</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>((*it)-&gt;mz, 1000, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00095" name="l00095"></a><span class="lineno">   95</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>((*it)-&gt;retentionTime, 0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00094" name="l00094"></a><span class="lineno">   94</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>((*it)-&gt;mz, 1000, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00095" name="l00095"></a><span class="lineno">   95</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>((*it)-&gt;retentionTime, 0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00096" name="l00096"></a><span class="lineno">   96</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00097" name="l00097"></a><span class="lineno">   97</span>    ++it;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00098" name="l00098"></a><span class="lineno">   98</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>((*it)-&gt;mz, 1000, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00099" name="l00099"></a><span class="lineno">   99</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>((*it)-&gt;retentionTime, 3, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00098" name="l00098"></a><span class="lineno">   98</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>((*it)-&gt;mz, 1000, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00099" name="l00099"></a><span class="lineno">   99</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>((*it)-&gt;retentionTime, 3, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00100" name="l00100"></a><span class="lineno">  100</span>    </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00101" name="l00101"></a><span class="lineno">  101</span>    ++it;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00102" name="l00102"></a><span class="lineno">  102</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>((*it)-&gt;mz, 1001, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00103" name="l00103"></a><span class="lineno">  103</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>((*it)-&gt;retentionTime, 1, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00102" name="l00102"></a><span class="lineno">  102</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>((*it)-&gt;mz, 1001, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00103" name="l00103"></a><span class="lineno">  103</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>((*it)-&gt;retentionTime, 1, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00104" name="l00104"></a><span class="lineno">  104</span>    </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00105" name="l00105"></a><span class="lineno">  105</span>    ++it;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00106" name="l00106"></a><span class="lineno">  106</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>((*it)-&gt;mz, 1002, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00107" name="l00107"></a><span class="lineno">  107</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>((*it)-&gt;retentionTime, 0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00106" name="l00106"></a><span class="lineno">  106</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>((*it)-&gt;mz, 1002, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00107" name="l00107"></a><span class="lineno">  107</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>((*it)-&gt;retentionTime, 0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00108" name="l00108"></a><span class="lineno">  108</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00109" name="l00109"></a><span class="lineno">  109</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00110" name="l00110"></a><span class="lineno">  110</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00111" name="l00111"></a><span class="lineno"><a class="line" href="_peakel_grower_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">  111</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="_peakel_grower_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00112" name="l00112"></a><span class="lineno">  112</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00113" name="l00113"></a><span class="lineno">  113</span>    <a class="code hl_function" href="_peakel_grower_test_8cpp.html#ae7394b9c0cdb7e7ad2ee53687fd56b6a">testToyExample</a>();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00114" name="l00114"></a><span class="lineno">  114</span>}</div>
│ │ │ │ @@ -188,15 +188,15 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_peakel_grower_test_8cpp_html_ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><div class="ttname"><a href="_peakel_grower_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a></div><div class="ttdeci">ostream * os_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peakel_grower_test_8cpp_source.html#l00035">PeakelGrowerTest.cpp:35</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_peakel_grower_test_8cpp_html_adc5f9f4f2f048f58c6ad569b9fa1ae3c"><div class="ttname"><a href="_peakel_grower_test_8cpp.html#adc5f9f4f2f048f58c6ad569b9fa1ae3c">createToyPeaks</a></div><div class="ttdeci">vector&lt; vector&lt; Peak &gt; &gt; createToyPeaks()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peakel_grower_test_8cpp_source.html#l00038">PeakelGrowerTest.cpp:38</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_peakel_grower_test_8cpp_html_ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002"><div class="ttname"><a href="_peakel_grower_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a></div><div class="ttdeci">void test()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peakel_grower_test_8cpp_source.html#l00111">PeakelGrowerTest.cpp:111</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_peakel_grower_test_8cpp_html_ae7394b9c0cdb7e7ad2ee53687fd56b6a"><div class="ttname"><a href="_peakel_grower_test_8cpp.html#ae7394b9c0cdb7e7ad2ee53687fd56b6a">testToyExample</a></div><div class="ttdeci">void testToyExample()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peakel_grower_test_8cpp_source.html#l00076">PeakelGrowerTest.cpp:76</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_std_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="_std_8hpp.html">Std.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1analysis_1_1_peakel_grower___proximity_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1analysis_1_1_peakel_grower___proximity.html">pwiz::analysis::PeakelGrower_Proximity</a></div><div class="ttdoc">simple PeakelGrower implementation, based on proximity of Peaks</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peakel_grower_8hpp_source.html#l00057">PeakelGrower.hpp:58</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1analysis_1_1_peakel_grower_html_a895540970502b3fc0196bff6ab255d86"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1analysis_1_1_peakel_grower.html#a895540970502b3fc0196bff6ab255d86">pwiz::analysis::PeakelGrower::sowPeaks</a></div><div class="ttdeci">virtual void sowPeaks(PeakelField &amp;peakelField, const std::vector&lt; Peak &gt; &amp;peaks) const</div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1analysis_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1analysis.html">pwiz::analysis</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_chromatogram_list___filter_8hpp_source.html#l00037">ChromatogramList_Filter.hpp:37</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1data_1_1peakdata_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1data_1_1peakdata.html">pwiz::data::peakdata</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peak_data_8hpp_source.html#l00040">PeakData.hpp:40</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1util_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="almost__equal_8hpp_source.html#l00033">almost_equal.hpp:33</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1analysis_1_1_m_z_r_t_field_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1analysis_1_1_m_z_r_t_field.html">pwiz::analysis::MZRTField</a></div><div class="ttdoc">MZRTField is a std::set of boost::shared_ptrs, stored as a binary tree ordered by LessThan_MZRT.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_z_r_t_field_8hpp_source.html#l00094">MZRTField.hpp:95</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1analysis_1_1_peak_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1analysis_1_1_peak.html">pwiz::analysis::Peak</a></div><div class="ttdoc">represents some generic metadata about a peak detected in a signal</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="common_2_peak_detector_8hpp_source.html#l00037">PeakDetector.hpp:38</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1analysis_1_1_peakel_grower___proximity_1_1_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1analysis_1_1_peakel_grower___proximity_1_1_config.html">pwiz::analysis::PeakelGrower_Proximity::Config</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peakel_grower_8hpp_source.html#l00061">PeakelGrower.hpp:62</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1analysis_1_1_peakel_grower___proximity_1_1_config_html_a55af16ae904bd18c1aac36ec4f238d51"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1analysis_1_1_peakel_grower___proximity_1_1_config.html#a55af16ae904bd18c1aac36ec4f238d51">pwiz::analysis::PeakelGrower_Proximity::Config::mzTolerance</a></div><div class="ttdeci">MZTolerance mzTolerance</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peakel_grower_8hpp_source.html#l00063">PeakelGrower.hpp:63</a></div></div>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_proteome_data_file_test_8cpp.html
│ │ │ │ @@ -47,15 +47,15 @@
│ │ │ │  <a href="#nested-classes">Classes</a> &#124;
│ │ │ │  <a href="#func-members">Functions</a> &#124;
│ │ │ │  <a href="#var-members">Variables</a>  </div>
│ │ │ │    <div class="headertitle"><div class="title">ProteomeDataFileTest.cpp File Reference</div></div>
│ │ │ │  </div><!--header-->
│ │ │ │  <div class="contents">
│ │ │ │  <div class="textblock"><code>#include &quot;<a class="el" href="_proteome_data_file_8hpp_source.html">ProteomeDataFile.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │ -<code>#include &quot;<a class="el" href="data_2proteome_2diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │ +<code>#include &quot;<a class="el" href="data_2proteome_2_diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="proteome_2examples_8hpp_source.html">examples.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_reader___f_a_s_t_a_8hpp_source.html">Reader_FASTA.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="unit_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/unit.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_filesystem_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/Filesystem.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_std_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/Std.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &lt;boost/iostreams/filtering_stream.hpp&gt;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &lt;boost/iostreams/filter/gzip.hpp&gt;</code><br />
│ │ │ │ @@ -324,15 +324,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  187</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  188</span>    <span class="comment">// test FASTA with memory index</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  189</span>    writeConfig.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1proteome_1_1_proteome_data_file_1_1_write_config.html#a6a23aeb8524178a46c6a58f946916e5e">indexed</a> = <span class="keyword">false</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  190</span>    <a class="code hl_function" href="_proteome_data_file_test_8cpp.html#a3e5c43287bc5512d27902c9aabcda1d2">validateWriteRead</a>(writeConfig, diffConfig);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  191</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_proteome_data_file_test_8cpp_html_a3e5c43287bc5512d27902c9aabcda1d2"><div class="ttname"><a href="_proteome_data_file_test_8cpp.html#a3e5c43287bc5512d27902c9aabcda1d2">validateWriteRead</a></div><div class="ttdeci">void validateWriteRead(const ProteomeDataFile::WriteConfig &amp;writeConfig, const DiffConfig diffConfig)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_proteome_data_file_test_8cpp_source.html#l00102">ProteomeDataFileTest.cpp:102</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_proteome_data_file_test_8cpp_html_aa5da71f5500f3356b7ab035cde9112ec"><div class="ttname"><a href="_proteome_data_file_test_8cpp.html#aa5da71f5500f3356b7ab035cde9112ec">validateReadIndexed</a></div><div class="ttdeci">void validateReadIndexed(const ProteomeDataFile::WriteConfig &amp;writeConfig, const DiffConfig diffConfig)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_proteome_data_file_test_8cpp_source.html#l00049">ProteomeDataFileTest.cpp:49</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config.html">pwiz::proteome::DiffConfig</a></div><div class="ttdoc">configuration struct for diffs</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2proteome_2diff_8hpp_source.html#l00072">Diff.hpp:73</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config.html">pwiz::proteome::DiffConfig</a></div><div class="ttdoc">configuration struct for diffs</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2proteome_2_diff_8hpp_source.html#l00072">Diff.hpp:73</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_proteome_data_file_1_1_write_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_proteome_data_file_1_1_write_config.html">pwiz::proteome::ProteomeDataFile::WriteConfig</a></div><div class="ttdoc">configuration for write()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_proteome_data_file_8hpp_source.html#l00052">ProteomeDataFile.hpp:53</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │  <p class="reference">References <a class="el" href="_proteome_data_file_8hpp_source.html#l00055">pwiz::proteome::ProteomeDataFile::WriteConfig::indexed</a>, <a class="el" href="_proteome_data_file_test_8cpp_source.html#l00049">validateReadIndexed()</a>, and <a class="el" href="_proteome_data_file_test_8cpp_source.html#l00102">validateWriteRead()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_proteome_data_file_test_8cpp_source.html#l00250">main()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_proteome_data_file_test_8cpp_source.html
│ │ │ │ @@ -66,15 +66,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00018" name="l00018"></a><span class="lineno">   18</span><span class="comment">// WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied. </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00019" name="l00019"></a><span class="lineno">   19</span><span class="comment">// See the License for the specific language governing permissions and </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00020" name="l00020"></a><span class="lineno">   20</span><span class="comment">// limitations under the License.</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00021" name="l00021"></a><span class="lineno">   21</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00022" name="l00022"></a><span class="lineno">   22</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00023" name="l00023"></a><span class="lineno">   23</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00024" name="l00024"></a><span class="lineno">   24</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_proteome_data_file_8hpp.html">ProteomeDataFile.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00025" name="l00025"></a><span class="lineno">   25</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp.html">Diff.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00025" name="l00025"></a><span class="lineno">   25</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp.html">Diff.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00026" name="l00026"></a><span class="lineno">   26</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="tradata_2examples_8hpp.html">examples.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00027" name="l00027"></a><span class="lineno">   27</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_reader___f_a_s_t_a_8hpp.html">Reader_FASTA.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00028" name="l00028"></a><span class="lineno">   28</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="unit_8hpp.html">pwiz/utility/misc/unit.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00029" name="l00029"></a><span class="lineno">   29</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_filesystem_8hpp.html">pwiz/utility/misc/Filesystem.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00030" name="l00030"></a><span class="lineno">   30</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_std_8hpp.html">pwiz/utility/misc/Std.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00031" name="l00031"></a><span class="lineno">   31</span><span class="preprocessor">#include &lt;boost/iostreams/filtering_stream.hpp&gt;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00032" name="l00032"></a><span class="lineno">   32</span><span class="preprocessor">#include &lt;boost/iostreams/filter/gzip.hpp&gt;</span></div>
│ │ │ │ @@ -341,30 +341,30 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1proteome_1_1_reader_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1proteome_1_1_reader.html">pwiz::proteome::Reader</a></div><div class="ttdoc">interface for file readers</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="proteome_2_reader_8hpp_source.html#l00036">Reader.hpp:37</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1data_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1data.html">pwiz::data</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_binary_index_stream_8hpp_source.html#l00031">BinaryIndexStream.hpp:31</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1identdata_1_1_i_o_html_a32465fae70c071143fb3651b17b4394a"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1identdata_1_1_i_o.html#a32465fae70c071143fb3651b17b4394a">pwiz::identdata::IO::write</a></div><div class="ttdeci">PWIZ_API_DECL void write(minimxml::XMLWriter &amp;writer, const CV &amp;cv)</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1identdata_1_1examples_html_abc4d348117dd8a20dda0f7747dbd109f"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1identdata_1_1examples.html#abc4d348117dd8a20dda0f7747dbd109f">pwiz::identdata::examples::initializeTiny</a></div><div class="ttdeci">PWIZ_API_DECL void initializeTiny(IdentData &amp;mzid)</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1proteome_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1proteome.html">pwiz::proteome</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_amino_acid_8hpp_source.html#l00035">AminoAcid.hpp:35</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1util_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="almost__equal_8hpp_source.html#l00033">almost_equal.hpp:33</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_diff_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">pwiz::data::Diff</a></div><div class="ttdoc">Calculate diffs of objects in a ProteoWizard data model hierarchy.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00142">diff_std.hpp:143</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config.html">pwiz::proteome::DiffConfig</a></div><div class="ttdoc">configuration struct for diffs</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2proteome_2diff_8hpp_source.html#l00072">Diff.hpp:73</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config.html">pwiz::proteome::DiffConfig</a></div><div class="ttdoc">configuration struct for diffs</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2proteome_2_diff_8hpp_source.html#l00072">Diff.hpp:73</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_proteome_data_file_1_1_write_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_proteome_data_file_1_1_write_config.html">pwiz::proteome::ProteomeDataFile::WriteConfig</a></div><div class="ttdoc">configuration for write()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_proteome_data_file_8hpp_source.html#l00052">ProteomeDataFile.hpp:53</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_proteome_data_file_1_1_write_config_html_a025fe34ab8e82bc10a3fcd4a5cd9bbda"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_proteome_data_file_1_1_write_config.html#a025fe34ab8e82bc10a3fcd4a5cd9bbda">pwiz::proteome::ProteomeDataFile::WriteConfig::format</a></div><div class="ttdeci">Format format</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_proteome_data_file_8hpp_source.html#l00054">ProteomeDataFile.hpp:54</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_proteome_data_file_1_1_write_config_html_a6a23aeb8524178a46c6a58f946916e5e"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_proteome_data_file_1_1_write_config.html#a6a23aeb8524178a46c6a58f946916e5e">pwiz::proteome::ProteomeDataFile::WriteConfig::indexed</a></div><div class="ttdeci">bool indexed</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_proteome_data_file_8hpp_source.html#l00055">ProteomeDataFile.hpp:55</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_proteome_data_file_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_proteome_data_file.html">pwiz::proteome::ProteomeDataFile</a></div><div class="ttdoc">ProteomeData object plus file I/O.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_proteome_data_file_8hpp_source.html#l00039">ProteomeDataFile.hpp:40</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_proteome_data_file_html_aa6e3e394c9168844034631a09cae9bb0"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_proteome_data_file.html#aa6e3e394c9168844034631a09cae9bb0">pwiz::proteome::ProteomeDataFile::write</a></div><div class="ttdeci">static void write(const ProteomeData &amp;pd, const std::string &amp;uri, const WriteConfig &amp;config=WriteConfig(), const pwiz::util::IterationListenerRegistry *iterationListenerRegistry=0)</div><div class="ttdoc">static write function for any ProteomeData object; iterationListenerRegistry may be used for progress...</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_proteome_data_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_proteome_data.html">pwiz::proteome::ProteomeData</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_proteome_data_8hpp_source.html#l00088">ProteomeData.hpp:89</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_reader___f_a_s_t_a_1_1_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_reader___f_a_s_t_a_1_1_config.html">pwiz::proteome::Reader_FASTA::Config</a></div><div class="ttdoc">Reader_FASTA configuration.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_reader___f_a_s_t_a_8hpp_source.html#l00043">Reader_FASTA.hpp:44</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_reader___f_a_s_t_a_1_1_config_html_aff976928c1f2eac7d3b0d381bedf7f38"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_reader___f_a_s_t_a_1_1_config.html#aff976928c1f2eac7d3b0d381bedf7f38">pwiz::proteome::Reader_FASTA::Config::indexed</a></div><div class="ttdeci">bool indexed</div><div class="ttdoc">read with a side-by-side index</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_reader___f_a_s_t_a_8hpp_source.html#l00046">Reader_FASTA.hpp:46</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="atradata_2examples_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="tradata_2examples_8hpp.html">examples.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html">unit.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c">TEST_EPILOG</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_EPILOG</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00183">unit.hpp:183</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd">TEST_FAILED</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_FAILED(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00177">unit.hpp:177</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_af5970f1ca53a361e8f62643bee4ac1fa"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#af5970f1ca53a361e8f62643bee4ac1fa">TEST_PROLOG</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_PROLOG(argc, argv)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00175">unit.hpp:175</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="autility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp.html">diff.hpp</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="autility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp.html">diff.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment --></div><!-- contents -->
│ │ │ │  <!-- start footer part -->
│ │ │ │  <hr class="footer"/><address class="footer"><small>
│ │ │ │  Generated by&#160;<a href="https://www.doxygen.org/index.html"><img class="footer" src="doxygen.svg" width="104" height="31" alt="doxygen"/></a> 1.9.4
│ │ │ │  </small></address>
│ │ │ │  </body>
│ │ │ │  </html>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_serializer___f_a_s_t_a___test_8cpp.html
│ │ │ │ @@ -46,15 +46,15 @@
│ │ │ │    <div class="summary">
│ │ │ │  <a href="#func-members">Functions</a> &#124;
│ │ │ │  <a href="#var-members">Variables</a>  </div>
│ │ │ │    <div class="headertitle"><div class="title">Serializer_FASTA_Test.cpp File Reference</div></div>
│ │ │ │  </div><!--header-->
│ │ │ │  <div class="contents">
│ │ │ │  <div class="textblock"><code>#include &quot;<a class="el" href="_serializer___f_a_s_t_a_8hpp_source.html">Serializer_FASTA.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │ -<code>#include &quot;<a class="el" href="data_2proteome_2diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │ +<code>#include &quot;<a class="el" href="data_2proteome_2_diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="proteome_2examples_8hpp_source.html">examples.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_binary_index_stream_8hpp_source.html">pwiz/data/common/BinaryIndexStream.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="unit_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/unit.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_std_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/Std.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;boost/thread/thread.hpp&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;boost/thread/barrier.hpp&quot;</code><br />
│ │ │ │  </div>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_serializer___f_a_s_t_a___test_8cpp_source.html
│ │ │ │ @@ -65,15 +65,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00017" name="l00017"></a><span class="lineno">   17</span><span class="comment">// WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied. </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00018" name="l00018"></a><span class="lineno">   18</span><span class="comment">// See the License for the specific language governing permissions and </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00019" name="l00019"></a><span class="lineno">   19</span><span class="comment">// limitations under the License.</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00020" name="l00020"></a><span class="lineno">   20</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00021" name="l00021"></a><span class="lineno">   21</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00022" name="l00022"></a><span class="lineno">   22</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00023" name="l00023"></a><span class="lineno">   23</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_serializer___f_a_s_t_a_8hpp.html">Serializer_FASTA.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00024" name="l00024"></a><span class="lineno">   24</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp.html">Diff.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00024" name="l00024"></a><span class="lineno">   24</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp.html">Diff.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00025" name="l00025"></a><span class="lineno">   25</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="tradata_2examples_8hpp.html">examples.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00026" name="l00026"></a><span class="lineno">   26</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_binary_index_stream_8hpp.html">pwiz/data/common/BinaryIndexStream.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00027" name="l00027"></a><span class="lineno">   27</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="unit_8hpp.html">pwiz/utility/misc/unit.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00028" name="l00028"></a><span class="lineno">   28</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_std_8hpp.html">pwiz/utility/misc/Std.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00029" name="l00029"></a><span class="lineno">   29</span><span class="preprocessor">#include &quot;boost/thread/thread.hpp&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00030" name="l00030"></a><span class="lineno">   30</span><span class="preprocessor">#include &quot;boost/thread/barrier.hpp&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00031" name="l00031"></a><span class="lineno">   31</span> </div>
│ │ │ │ @@ -239,15 +239,15 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="atradata_2examples_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="tradata_2examples_8hpp.html">examples.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html">unit.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c">TEST_EPILOG</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_EPILOG</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00183">unit.hpp:183</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd">TEST_FAILED</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_FAILED(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00177">unit.hpp:177</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_aec1e9d829e7c6351992a286238dba9cb"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#aec1e9d829e7c6351992a286238dba9cb">unit_assert_throws_what</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert_throws_what(x, exception, whatStr)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00119">unit.hpp:119</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_af5970f1ca53a361e8f62643bee4ac1fa"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#af5970f1ca53a361e8f62643bee4ac1fa">TEST_PROLOG</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_PROLOG(argc, argv)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00175">unit.hpp:175</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="autility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp.html">diff.hpp</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="autility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp.html">diff.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment --></div><!-- contents -->
│ │ │ │  <!-- start footer part -->
│ │ │ │  <hr class="footer"/><address class="footer"><small>
│ │ │ │  Generated by&#160;<a href="https://www.doxygen.org/index.html"><img class="footer" src="doxygen.svg" width="104" height="31" alt="doxygen"/></a> 1.9.4
│ │ │ │  </small></address>
│ │ │ │  </body>
│ │ │ │  </html>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_serializer___m_g_f___test_8cpp.html
│ │ │ │ @@ -47,15 +47,15 @@
│ │ │ │  <a href="#func-members">Functions</a> &#124;
│ │ │ │  <a href="#var-members">Variables</a>  </div>
│ │ │ │    <div class="headertitle"><div class="title">Serializer_MGF_Test.cpp File Reference</div></div>
│ │ │ │  </div><!--header-->
│ │ │ │  <div class="contents">
│ │ │ │  <div class="textblock"><code>#include &quot;<a class="el" href="_serializer___m_g_f_8hpp_source.html">Serializer_MGF.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_serializer__mz_m_l_8hpp_source.html">Serializer_mzML.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │ -<code>#include &quot;<a class="el" href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │ +<code>#include &quot;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html">TextWriter.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="unit_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/unit.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_filesystem_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/Filesystem.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_std_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/Std.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <p><a href="_serializer___m_g_f___test_8cpp_source.html">Go to the source code of this file.</a></p>
│ │ │ │  <table class="memberdecls">
│ │ │ │ @@ -300,21 +300,21 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1msdata_1_1_serializer___m_g_f_html_a16327c4bd21e0cde2f557cb49feaa14c"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1msdata_1_1_serializer___m_g_f.html#a16327c4bd21e0cde2f557cb49feaa14c">pwiz::msdata::Serializer_MGF::read</a></div><div class="ttdeci">void read(boost::shared_ptr&lt; std::istream &gt; is, MSData &amp;msd) const</div><div class="ttdoc">read in MSData object from an MGF istream note: istream may be managed by MSData's SpectrumList,...</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1msdata_1_1_serializer___m_g_f_html_aa1f3cec33da5ee0c2b052ca5cd327cdb"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1msdata_1_1_serializer___m_g_f.html#aa1f3cec33da5ee0c2b052ca5cd327cdb">pwiz::msdata::Serializer_MGF::write</a></div><div class="ttdeci">void write(std::ostream &amp;os, const MSData &amp;msd, const pwiz::util::IterationListenerRegistry *iterationListenerRegistry=0) const</div><div class="ttdoc">write MSData object to ostream as MGF; iterationListenerRegistry may be used to receive progress upda...</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1msdata_1_1_serializer__mz_m_l_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1msdata_1_1_serializer__mz_m_l.html">pwiz::msdata::Serializer_mzML</a></div><div class="ttdoc">MSData &lt;-&gt; mzML stream serialization.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_serializer__mz_m_l_8hpp_source.html#l00039">Serializer_mzML.hpp:40</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1msdata_1_1_serializer__mz_m_l_html_a182bf0d36681d8587a6ba71af538aa66"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1msdata_1_1_serializer__mz_m_l.html#a182bf0d36681d8587a6ba71af538aa66">pwiz::msdata::Serializer_mzML::write</a></div><div class="ttdeci">void write(std::ostream &amp;os, const MSData &amp;msd, const pwiz::util::IterationListenerRegistry *iterationListenerRegistry=0) const</div><div class="ttdoc">write MSData object to ostream as mzML; iterationListenerRegistry may be used to receive progress upd...</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1msdata_1_1_text_writer_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1msdata_1_1_text_writer.html">pwiz::msdata::TextWriter</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00040">TextWriter.hpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1identdata_1_1_i_o_html_a32465fae70c071143fb3651b17b4394a"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1identdata_1_1_i_o.html#a32465fae70c071143fb3651b17b4394a">pwiz::identdata::IO::write</a></div><div class="ttdeci">PWIZ_API_DECL void write(minimxml::XMLWriter &amp;writer, const CV &amp;cv)</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_diff_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">pwiz::data::Diff</a></div><div class="ttdoc">Calculate diffs of objects in a ProteoWizard data model hierarchy.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00142">diff_std.hpp:143</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html">pwiz::msdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdoc">configuration struct for diffing MSData types</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00205">Diff.hpp:206</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a66b2e2c296f354f2acc5f4b7461c87da"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a66b2e2c296f354f2acc5f4b7461c87da">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreIdentity</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreIdentity</div><div class="ttdoc">ignore members of SpectrumIdentity and ChromatogramIdentity</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00208">Diff.hpp:208</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_ae0bb4b67247d54cf960936921af98951"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#ae0bb4b67247d54cf960936921af98951">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreChromatograms</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreChromatograms</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00220">Diff.hpp:220</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html">pwiz::msdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdoc">configuration struct for diffing MSData types</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00205">Diff.hpp:206</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a66b2e2c296f354f2acc5f4b7461c87da"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a66b2e2c296f354f2acc5f4b7461c87da">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreIdentity</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreIdentity</div><div class="ttdoc">ignore members of SpectrumIdentity and ChromatogramIdentity</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00208">Diff.hpp:208</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_ae0bb4b67247d54cf960936921af98951"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#ae0bb4b67247d54cf960936921af98951">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreChromatograms</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreChromatograms</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00220">Diff.hpp:220</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html">pwiz::msdata::MSData</a></div><div class="ttdoc">This is the root element of ProteoWizard; it represents the mzML element, defined as: intended to cap...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00849">MSData.hpp:850</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00220">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreChromatograms</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00208">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreIdentity</a>, <a class="el" href="_serializer___m_g_f___test_8cpp_source.html#l00037">os_</a>, <a class="el" href="classpwiz_1_1msdata_1_1_serializer___m_g_f.html#a16327c4bd21e0cde2f557cb49feaa14c">pwiz::msdata::Serializer_MGF::read()</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, <a class="el" href="namespacepwiz_1_1identdata_1_1_i_o.html#a32465fae70c071143fb3651b17b4394a">pwiz::identdata::IO::write()</a>, <a class="el" href="classpwiz_1_1msdata_1_1_serializer___m_g_f.html#aa1f3cec33da5ee0c2b052ca5cd327cdb">pwiz::msdata::Serializer_MGF::write()</a>, and <a class="el" href="classpwiz_1_1msdata_1_1_serializer__mz_m_l.html#a182bf0d36681d8587a6ba71af538aa66">pwiz::msdata::Serializer_mzML::write()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00220">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreChromatograms</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00208">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreIdentity</a>, <a class="el" href="_serializer___m_g_f___test_8cpp_source.html#l00037">os_</a>, <a class="el" href="classpwiz_1_1msdata_1_1_serializer___m_g_f.html#a16327c4bd21e0cde2f557cb49feaa14c">pwiz::msdata::Serializer_MGF::read()</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, <a class="el" href="namespacepwiz_1_1identdata_1_1_i_o.html#a32465fae70c071143fb3651b17b4394a">pwiz::identdata::IO::write()</a>, <a class="el" href="classpwiz_1_1msdata_1_1_serializer___m_g_f.html#aa1f3cec33da5ee0c2b052ca5cd327cdb">pwiz::msdata::Serializer_MGF::write()</a>, and <a class="el" href="classpwiz_1_1msdata_1_1_serializer__mz_m_l.html#a182bf0d36681d8587a6ba71af538aa66">pwiz::msdata::Serializer_mzML::write()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_serializer___m_g_f___test_8cpp_source.html#l00187">main()</a>, and <a class="el" href="_serializer___m_g_f___test_8cpp_source.html#l00178">testWriteRead()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="af5e20cd99125f837e601ef5c0484a7f7" name="af5e20cd99125f837e601ef5c0484a7f7"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#af5e20cd99125f837e601ef5c0484a7f7">&#9670;&nbsp;</a></span>testWriteRead() <span class="overload">[2/2]</span></h2>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_serializer___m_g_f___test_8cpp_source.html
│ │ │ │ @@ -66,15 +66,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00018" name="l00018"></a><span class="lineno">   18</span><span class="comment">// See the License for the specific language governing permissions and </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00019" name="l00019"></a><span class="lineno">   19</span><span class="comment">// limitations under the License.</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00020" name="l00020"></a><span class="lineno">   20</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00021" name="l00021"></a><span class="lineno">   21</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00022" name="l00022"></a><span class="lineno">   22</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00023" name="l00023"></a><span class="lineno">   23</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_serializer___m_g_f_8hpp.html">Serializer_MGF.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00024" name="l00024"></a><span class="lineno">   24</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_serializer__mz_m_l_8hpp.html">Serializer_mzML.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00025" name="l00025"></a><span class="lineno">   25</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp.html">Diff.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00025" name="l00025"></a><span class="lineno">   25</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp.html">Diff.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00026" name="l00026"></a><span class="lineno">   26</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="tradata_2_text_writer_8hpp.html">TextWriter.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00027" name="l00027"></a><span class="lineno">   27</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="unit_8hpp.html">pwiz/utility/misc/unit.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00028" name="l00028"></a><span class="lineno">   28</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_filesystem_8hpp.html">pwiz/utility/misc/Filesystem.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00029" name="l00029"></a><span class="lineno">   29</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_std_8hpp.html">pwiz/utility/misc/Std.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00030" name="l00030"></a><span class="lineno">   30</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00031" name="l00031"></a><span class="lineno">   31</span><span class="keyword">using namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00032" name="l00032"></a><span class="lineno">   32</span><span class="keyword">using namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacepwiz_1_1cv.html">pwiz::cv</a>;</div>
│ │ │ │ @@ -296,17 +296,17 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1identdata_1_1_i_o_html_a32465fae70c071143fb3651b17b4394a"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1identdata_1_1_i_o.html#a32465fae70c071143fb3651b17b4394a">pwiz::identdata::IO::write</a></div><div class="ttdeci">PWIZ_API_DECL void write(minimxml::XMLWriter &amp;writer, const CV &amp;cv)</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html">pwiz::msdata</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_demux_types_8hpp_source.html#l00027">DemuxTypes.hpp:27</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html_aa9d6a30f39ca4f490b42ff009feef0b7"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa9d6a30f39ca4f490b42ff009feef0b7">pwiz::msdata::SpectrumPtr</a></div><div class="ttdeci">boost::shared_ptr&lt; Spectrum &gt; SpectrumPtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00573">MSData.hpp:573</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1util_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="almost__equal_8hpp_source.html#l00033">almost_equal.hpp:33</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_c_v_param_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html">pwiz::data::CVParam</a></div><div class="ttdoc">represents a tag-value pair, where the tag comes from the controlled vocabulary</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_param_types_8hpp_source.html#l00044">ParamTypes.hpp:45</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_diff_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">pwiz::data::Diff</a></div><div class="ttdoc">Calculate diffs of objects in a ProteoWizard data model hierarchy.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00142">diff_std.hpp:143</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_param_container_html_a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set</a></div><div class="ttdeci">void set(CVID cvid, const std::string &amp;value=&quot;&quot;, CVID units=CVID_Unknown)</div><div class="ttdoc">set/add a CVParam (not recursive)</div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html">pwiz::msdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdoc">configuration struct for diffing MSData types</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00205">Diff.hpp:206</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a66b2e2c296f354f2acc5f4b7461c87da"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a66b2e2c296f354f2acc5f4b7461c87da">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreIdentity</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreIdentity</div><div class="ttdoc">ignore members of SpectrumIdentity and ChromatogramIdentity</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00208">Diff.hpp:208</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_ae0bb4b67247d54cf960936921af98951"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#ae0bb4b67247d54cf960936921af98951">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreChromatograms</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreChromatograms</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00220">Diff.hpp:220</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html">pwiz::msdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdoc">configuration struct for diffing MSData types</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00205">Diff.hpp:206</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a66b2e2c296f354f2acc5f4b7461c87da"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a66b2e2c296f354f2acc5f4b7461c87da">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreIdentity</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreIdentity</div><div class="ttdoc">ignore members of SpectrumIdentity and ChromatogramIdentity</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00208">Diff.hpp:208</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_ae0bb4b67247d54cf960936921af98951"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#ae0bb4b67247d54cf960936921af98951">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreChromatograms</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreChromatograms</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00220">Diff.hpp:220</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_file_content_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_file_content.html">pwiz::msdata::FileContent</a></div><div class="ttdoc">This summarizes the different types of spectra that can be expected in the file. This is expected to ...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00050">MSData.hpp:50</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_file_description_html_a6751dc1a757c8388360be5ed4f696413"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_file_description.html#a6751dc1a757c8388360be5ed4f696413">pwiz::msdata::FileDescription::fileContent</a></div><div class="ttdeci">FileContent fileContent</div><div class="ttdoc">this summarizes the different types of spectra that can be expected in the file. This is expected to ...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00087">MSData.hpp:87</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html">pwiz::msdata::MSData</a></div><div class="ttdoc">This is the root element of ProteoWizard; it represents the mzML element, defined as: intended to cap...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00849">MSData.hpp:850</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_html_a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">pwiz::msdata::MSData::run</a></div><div class="ttdeci">Run run</div><div class="ttdoc">a run in mzML should correspond to a single, consecutive and coherent set of scans on an instrument.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00886">MSData.hpp:886</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_html_a8ee3631b7e027416637e5159a39a57a9"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a8ee3631b7e027416637e5159a39a57a9">pwiz::msdata::MSData::fileDescription</a></div><div class="ttdeci">FileDescription fileDescription</div><div class="ttdoc">information pertaining to the entire mzML file (i.e. not specific to any part of the data set) is sto...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00862">MSData.hpp:862</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_precursor_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html">pwiz::msdata::Precursor</a></div><div class="ttdoc">The method of precursor ion selection and activation.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00311">MSData.hpp:312</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_precursor_html_a4d02d4e7090e20675375057d57a79e2b"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html#a4d02d4e7090e20675375057d57a79e2b">pwiz::msdata::Precursor::selectedIons</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; SelectedIon &gt; selectedIons</div><div class="ttdoc">this list of precursor ions that were selected.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00329">MSData.hpp:329</a></div></div>
│ │ │ │ @@ -325,15 +325,15 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_list_simple_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_list_simple.html">pwiz::msdata::SpectrumListSimple</a></div><div class="ttdoc">Simple writeable in-memory implementation of SpectrumList.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00716">MSData.hpp:717</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="atradata_2_text_writer_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="tradata_2_text_writer_8hpp.html">TextWriter.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html">unit.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c">TEST_EPILOG</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_EPILOG</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00183">unit.hpp:183</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd">TEST_FAILED</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_FAILED(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00177">unit.hpp:177</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_af5970f1ca53a361e8f62643bee4ac1fa"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#af5970f1ca53a361e8f62643bee4ac1fa">TEST_PROLOG</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_PROLOG(argc, argv)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00175">unit.hpp:175</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="autility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp.html">diff.hpp</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="autility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp.html">diff.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment --></div><!-- contents -->
│ │ │ │  <!-- start footer part -->
│ │ │ │  <hr class="footer"/><address class="footer"><small>
│ │ │ │  Generated by&#160;<a href="https://www.doxygen.org/index.html"><img class="footer" src="doxygen.svg" width="104" height="31" alt="doxygen"/></a> 1.9.4
│ │ │ │  </small></address>
│ │ │ │  </body>
│ │ │ │  </html>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_serializer___m_sn___test_8cpp.html
│ │ │ │ @@ -47,15 +47,15 @@
│ │ │ │  <a href="#func-members">Functions</a> &#124;
│ │ │ │  <a href="#var-members">Variables</a>  </div>
│ │ │ │    <div class="headertitle"><div class="title">Serializer_MSn_Test.cpp File Reference</div></div>
│ │ │ │  </div><!--header-->
│ │ │ │  <div class="contents">
│ │ │ │  <div class="textblock"><code>#include &quot;<a class="el" href="_serializer___m_sn_8hpp_source.html">Serializer_MSn.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_serializer__mz_m_l_8hpp_source.html">Serializer_mzML.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │ -<code>#include &quot;<a class="el" href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │ +<code>#include &quot;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html">TextWriter.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="unit_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/unit.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;boost/iostreams/positioning.hpp&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_std_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/Std.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &lt;cstring&gt;</code><br />
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <p><a href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html">Go to the source code of this file.</a></p>
│ │ │ │ @@ -316,20 +316,20 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  159</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  160</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_frequency_data_test_8cpp_html_a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f"><div class="ttname"><a href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a></div><div class="ttdeci">void diff(const string &amp;filename1, const string &amp;filename2)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">FrequencyDataTest.cpp:40</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_serializer___m_sn___test_8cpp_html_ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><div class="ttname"><a href="_serializer___m_sn___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a></div><div class="ttdeci">ostream * os_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00036">Serializer_MSn_Test.cpp:36</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1msdata_1_1_serializer___m_sn_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1msdata_1_1_serializer___m_sn.html">pwiz::msdata::Serializer_MSn</a></div><div class="ttdoc">MSData &lt;-&gt; MSn stream serialization.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_serializer___m_sn_8hpp_source.html#l00037">Serializer_MSn.hpp:38</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html_af6c24ef6c0dd2c2f8a962e959ededf81a880e6386518907f6d7ad380058332d3b"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html#af6c24ef6c0dd2c2f8a962e959ededf81a880e6386518907f6d7ad380058332d3b">pwiz::msdata::MSn_Type_MS1</a></div><div class="ttdeci">@ MSn_Type_MS1</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_spectrum_list___m_sn_8hpp_source.html#l00038">SpectrumList_MSn.hpp:38</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_diff_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">pwiz::data::Diff</a></div><div class="ttdoc">Calculate diffs of objects in a ProteoWizard data model hierarchy.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00142">diff_std.hpp:143</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html">pwiz::msdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdoc">configuration struct for diffing MSData types</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00205">Diff.hpp:206</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreMetadata</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreMetadata</div><div class="ttdoc">ignore all file level metadata, and most scan level metadata, i.e.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00214">Diff.hpp:214</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html">pwiz::msdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdoc">configuration struct for diffing MSData types</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00205">Diff.hpp:206</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreMetadata</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreMetadata</div><div class="ttdoc">ignore all file level metadata, and most scan level metadata, i.e.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00214">Diff.hpp:214</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html">pwiz::msdata::MSData</a></div><div class="ttdoc">This is the root element of ProteoWizard; it represents the mzML element, defined as: intended to cap...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00849">MSData.hpp:850</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00214">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreMetadata</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_sn_8hpp_source.html#l00038">pwiz::msdata::MSn_Type_MS1</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00036">os_</a>, <a class="el" href="classpwiz_1_1msdata_1_1_serializer___m_sn.html#abef64ca14d8a031afee68fc643b9b0fb">pwiz::msdata::Serializer_MSn::read()</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="classpwiz_1_1msdata_1_1_serializer___m_sn.html#a14b519db4e01f629df198e067cc88dbf">pwiz::msdata::Serializer_MSn::write()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00214">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreMetadata</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_sn_8hpp_source.html#l00038">pwiz::msdata::MSn_Type_MS1</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00036">os_</a>, <a class="el" href="classpwiz_1_1msdata_1_1_serializer___m_sn.html#abef64ca14d8a031afee68fc643b9b0fb">pwiz::msdata::Serializer_MSn::read()</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="classpwiz_1_1msdata_1_1_serializer___m_sn.html#a14b519db4e01f629df198e067cc88dbf">pwiz::msdata::Serializer_MSn::write()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00266">testWriteRead()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a6682462e20a24dedb3084577bf2ceef4" name="a6682462e20a24dedb3084577bf2ceef4"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a6682462e20a24dedb3084577bf2ceef4">&#9670;&nbsp;</a></span>testWriteReadBMS1()</h2>
│ │ │ │ @@ -364,17 +364,17 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  176</span>    config.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a">ignoreMetadata</a> = <span class="keyword">true</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  177</span>    config.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a467b31c113a88383b277d5cc4841ba4c">ignoreDataProcessing</a> = <span class="keyword">true</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  178</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;MSData, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(msd, msd2, config);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  179</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="_serializer___m_sn___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &amp;&amp; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) *<a class="code hl_variable" href="_serializer___m_sn___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl; </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  180</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  181</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html_af6c24ef6c0dd2c2f8a962e959ededf81adead231bbf2b02e01b11b9f7e8fe0141"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html#af6c24ef6c0dd2c2f8a962e959ededf81adead231bbf2b02e01b11b9f7e8fe0141">pwiz::msdata::MSn_Type_BMS1</a></div><div class="ttdeci">@ MSn_Type_BMS1</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_spectrum_list___m_sn_8hpp_source.html#l00038">SpectrumList_MSn.hpp:38</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a467b31c113a88383b277d5cc4841ba4c"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a467b31c113a88383b277d5cc4841ba4c">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreDataProcessing</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreDataProcessing</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00222">Diff.hpp:222</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a467b31c113a88383b277d5cc4841ba4c"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a467b31c113a88383b277d5cc4841ba4c">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreDataProcessing</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreDataProcessing</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00222">Diff.hpp:222</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00222">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreDataProcessing</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00214">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreMetadata</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_sn_8hpp_source.html#l00038">pwiz::msdata::MSn_Type_BMS1</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00036">os_</a>, <a class="el" href="classpwiz_1_1msdata_1_1_serializer___m_sn.html#abef64ca14d8a031afee68fc643b9b0fb">pwiz::msdata::Serializer_MSn::read()</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="classpwiz_1_1msdata_1_1_serializer___m_sn.html#a14b519db4e01f629df198e067cc88dbf">pwiz::msdata::Serializer_MSn::write()</a>.</p>
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│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00266">testWriteRead()</a>.</p>
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│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00266">testWriteRead()</a>.</p>
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│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00266">testWriteRead()</a>.</p>
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│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html_af6c24ef6c0dd2c2f8a962e959ededf81afeb57caa83a707449924a66dc2fae010"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html#af6c24ef6c0dd2c2f8a962e959ededf81afeb57caa83a707449924a66dc2fae010">pwiz::msdata::MSn_Type_CMS2</a></div><div class="ttdeci">@ MSn_Type_CMS2</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_spectrum_list___m_sn_8hpp_source.html#l00038">SpectrumList_MSn.hpp:38</a></div></div>
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│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00222">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreDataProcessing</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00214">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreMetadata</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_sn_8hpp_source.html#l00038">pwiz::msdata::MSn_Type_CMS2</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00036">os_</a>, <a class="el" href="classpwiz_1_1msdata_1_1_serializer___m_sn.html#abef64ca14d8a031afee68fc643b9b0fb">pwiz::msdata::Serializer_MSn::read()</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="classpwiz_1_1msdata_1_1_serializer___m_sn.html#a14b519db4e01f629df198e067cc88dbf">pwiz::msdata::Serializer_MSn::write()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00222">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreDataProcessing</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00214">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreMetadata</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_sn_8hpp_source.html#l00038">pwiz::msdata::MSn_Type_CMS2</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00036">os_</a>, <a class="el" href="classpwiz_1_1msdata_1_1_serializer___m_sn.html#abef64ca14d8a031afee68fc643b9b0fb">pwiz::msdata::Serializer_MSn::read()</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="classpwiz_1_1msdata_1_1_serializer___m_sn.html#a14b519db4e01f629df198e067cc88dbf">pwiz::msdata::Serializer_MSn::write()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00266">testWriteRead()</a>.</p>
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│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="af5e20cd99125f837e601ef5c0484a7f7" name="af5e20cd99125f837e601ef5c0484a7f7"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#af5e20cd99125f837e601ef5c0484a7f7">&#9670;&nbsp;</a></span>testWriteRead()</h2>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html
│ │ │ │ @@ -65,15 +65,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00017" name="l00017"></a><span class="lineno">   17</span><span class="comment">// WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied. </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00018" name="l00018"></a><span class="lineno">   18</span><span class="comment">// See the License for the specific language governing permissions and </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00019" name="l00019"></a><span class="lineno">   19</span><span class="comment">// limitations under the License.</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00020" name="l00020"></a><span class="lineno">   20</span><span class="comment">//</span></div>
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│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00022" name="l00022"></a><span class="lineno">   22</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_serializer___m_sn_8hpp.html">Serializer_MSn.hpp</a>&quot;</span></div>
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│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00024" name="l00024"></a><span class="lineno">   24</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp.html">Diff.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00025" name="l00025"></a><span class="lineno">   25</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="tradata_2_text_writer_8hpp.html">TextWriter.hpp</a>&quot;</span></div>
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│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00028" name="l00028"></a><span class="lineno">   28</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_std_8hpp.html">pwiz/utility/misc/Std.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00029" name="l00029"></a><span class="lineno">   29</span><span class="preprocessor">#include &lt;cstring&gt;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00030" name="l00030"></a><span class="lineno">   30</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00031" name="l00031"></a><span class="lineno">   31</span> </div>
│ │ │ │ @@ -394,17 +394,17 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html_af6c24ef6c0dd2c2f8a962e959ededf81aaa2c87609d61886a0cfd6d684b8a9bb0"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html#af6c24ef6c0dd2c2f8a962e959ededf81aaa2c87609d61886a0cfd6d684b8a9bb0">pwiz::msdata::MSn_Type_CMS1</a></div><div class="ttdeci">@ MSn_Type_CMS1</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_spectrum_list___m_sn_8hpp_source.html#l00038">SpectrumList_MSn.hpp:38</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html_af6c24ef6c0dd2c2f8a962e959ededf81adead231bbf2b02e01b11b9f7e8fe0141"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html#af6c24ef6c0dd2c2f8a962e959ededf81adead231bbf2b02e01b11b9f7e8fe0141">pwiz::msdata::MSn_Type_BMS1</a></div><div class="ttdeci">@ MSn_Type_BMS1</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_spectrum_list___m_sn_8hpp_source.html#l00038">SpectrumList_MSn.hpp:38</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html_af6c24ef6c0dd2c2f8a962e959ededf81aee55e7ce07aeae295bfc14a80da52438"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html#af6c24ef6c0dd2c2f8a962e959ededf81aee55e7ce07aeae295bfc14a80da52438">pwiz::msdata::MSn_Type_MS2</a></div><div class="ttdeci">@ MSn_Type_MS2</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_spectrum_list___m_sn_8hpp_source.html#l00038">SpectrumList_MSn.hpp:38</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html_af6c24ef6c0dd2c2f8a962e959ededf81afeb57caa83a707449924a66dc2fae010"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html#af6c24ef6c0dd2c2f8a962e959ededf81afeb57caa83a707449924a66dc2fae010">pwiz::msdata::MSn_Type_CMS2</a></div><div class="ttdeci">@ MSn_Type_CMS2</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_spectrum_list___m_sn_8hpp_source.html#l00038">SpectrumList_MSn.hpp:38</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1util_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="almost__equal_8hpp_source.html#l00033">almost_equal.hpp:33</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_diff_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">pwiz::data::Diff</a></div><div class="ttdoc">Calculate diffs of objects in a ProteoWizard data model hierarchy.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00142">diff_std.hpp:143</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_param_container_html_a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set</a></div><div class="ttdeci">void set(CVID cvid, const std::string &amp;value=&quot;&quot;, CVID units=CVID_Unknown)</div><div class="ttdoc">set/add a CVParam (not recursive)</div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html">pwiz::msdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdoc">configuration struct for diffing MSData types</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00205">Diff.hpp:206</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreMetadata</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreMetadata</div><div class="ttdoc">ignore all file level metadata, and most scan level metadata, i.e.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00214">Diff.hpp:214</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a467b31c113a88383b277d5cc4841ba4c"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a467b31c113a88383b277d5cc4841ba4c">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreDataProcessing</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreDataProcessing</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00222">Diff.hpp:222</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html">pwiz::msdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdoc">configuration struct for diffing MSData types</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00205">Diff.hpp:206</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreMetadata</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreMetadata</div><div class="ttdoc">ignore all file level metadata, and most scan level metadata, i.e.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00214">Diff.hpp:214</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a467b31c113a88383b277d5cc4841ba4c"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a467b31c113a88383b277d5cc4841ba4c">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreDataProcessing</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreDataProcessing</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00222">Diff.hpp:222</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_file_content_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_file_content.html">pwiz::msdata::FileContent</a></div><div class="ttdoc">This summarizes the different types of spectra that can be expected in the file. This is expected to ...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00050">MSData.hpp:50</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_file_description_html_a6751dc1a757c8388360be5ed4f696413"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_file_description.html#a6751dc1a757c8388360be5ed4f696413">pwiz::msdata::FileDescription::fileContent</a></div><div class="ttdeci">FileContent fileContent</div><div class="ttdoc">this summarizes the different types of spectra that can be expected in the file. This is expected to ...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00087">MSData.hpp:87</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_file_description_html_af4332e803756d9dc627694cda1c5ab1a"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_file_description.html#af4332e803756d9dc627694cda1c5ab1a">pwiz::msdata::FileDescription::sourceFilePtrs</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; SourceFilePtr &gt; sourceFilePtrs</div><div class="ttdoc">list and descriptions of the source files this mzML document was generated or derived from.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00090">MSData.hpp:90</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html">pwiz::msdata::MSData</a></div><div class="ttdoc">This is the root element of ProteoWizard; it represents the mzML element, defined as: intended to cap...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00849">MSData.hpp:850</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_html_a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">pwiz::msdata::MSData::run</a></div><div class="ttdeci">Run run</div><div class="ttdoc">a run in mzML should correspond to a single, consecutive and coherent set of scans on an instrument.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00886">MSData.hpp:886</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_html_a8ee3631b7e027416637e5159a39a57a9"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a8ee3631b7e027416637e5159a39a57a9">pwiz::msdata::MSData::fileDescription</a></div><div class="ttdeci">FileDescription fileDescription</div><div class="ttdoc">information pertaining to the entire mzML file (i.e. not specific to any part of the data set) is sto...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00862">MSData.hpp:862</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_precursor_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html">pwiz::msdata::Precursor</a></div><div class="ttdoc">The method of precursor ion selection and activation.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00311">MSData.hpp:312</a></div></div>
│ │ │ │ @@ -426,15 +426,15 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_list_simple_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_list_simple.html">pwiz::msdata::SpectrumListSimple</a></div><div class="ttdoc">Simple writeable in-memory implementation of SpectrumList.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00716">MSData.hpp:717</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="atradata_2_text_writer_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="tradata_2_text_writer_8hpp.html">TextWriter.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html">unit.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c">TEST_EPILOG</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_EPILOG</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00183">unit.hpp:183</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd">TEST_FAILED</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_FAILED(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00177">unit.hpp:177</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_af5970f1ca53a361e8f62643bee4ac1fa"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#af5970f1ca53a361e8f62643bee4ac1fa">TEST_PROLOG</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_PROLOG(argc, argv)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00175">unit.hpp:175</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="autility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp.html">diff.hpp</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="autility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp.html">diff.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment --></div><!-- contents -->
│ │ │ │  <!-- start footer part -->
│ │ │ │  <hr class="footer"/><address class="footer"><small>
│ │ │ │  Generated by&#160;<a href="https://www.doxygen.org/index.html"><img class="footer" src="doxygen.svg" width="104" height="31" alt="doxygen"/></a> 1.9.4
│ │ │ │  </small></address>
│ │ │ │  </body>
│ │ │ │  </html>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_serializer__mz_m_l___test_8cpp.html
│ │ │ │ @@ -46,15 +46,15 @@
│ │ │ │    <div class="summary">
│ │ │ │  <a href="#func-members">Functions</a> &#124;
│ │ │ │  <a href="#var-members">Variables</a>  </div>
│ │ │ │    <div class="headertitle"><div class="title">Serializer_mzML_Test.cpp File Reference</div></div>
│ │ │ │  </div><!--header-->
│ │ │ │  <div class="contents">
│ │ │ │  <div class="textblock"><code>#include &quot;<a class="el" href="_serializer__mz_m_l_8hpp_source.html">Serializer_mzML.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │ -<code>#include &quot;<a class="el" href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │ +<code>#include &quot;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="msdata_2_references_8hpp_source.html">References.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="msdata_2examples_8hpp_source.html">examples.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="unit_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/unit.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;boost/iostreams/positioning.hpp&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_std_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/Std.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &lt;cstring&gt;</code><br />
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │ @@ -205,15 +205,15 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config_html_a43e0b825a6703a1f5e827db20e8582cd"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html#a43e0b825a6703a1f5e827db20e8582cd">pwiz::data::BaseDiffConfig::precision</a></div><div class="ttdeci">double precision</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00044">diff_std.hpp:44</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_1_1_config_html_a0f09b08983990e4ae89f3a444c47e48d"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_1_1_config.html#a0f09b08983990e4ae89f3a444c47e48d">pwiz::msdata::BinaryDataEncoder::Config::numpress</a></div><div class="ttdeci">Numpress numpress</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_binary_data_encoder_8hpp_source.html#l00060">BinaryDataEncoder.hpp:60</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_1_1_config_html_a3998f896b1a6a2c8d8a73f55cdd9eb76"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_1_1_config.html#a3998f896b1a6a2c8d8a73f55cdd9eb76">pwiz::msdata::BinaryDataEncoder::Config::precision</a></div><div class="ttdeci">Precision precision</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_binary_data_encoder_8hpp_source.html#l00057">BinaryDataEncoder.hpp:57</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_1_1_config_html_a66b02b05ef5fbf109d06d0f4145a7c61"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_1_1_config.html#a66b02b05ef5fbf109d06d0f4145a7c61">pwiz::msdata::BinaryDataEncoder::Config::numpressOverrides</a></div><div class="ttdeci">std::map&lt; cv::CVID, Numpress &gt; numpressOverrides</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_binary_data_encoder_8hpp_source.html#l00067">BinaryDataEncoder.hpp:67</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_1_1_config_html_a9344b6e836673e9aa7ca04ad153887ee"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_1_1_config.html#a9344b6e836673e9aa7ca04ad153887ee">pwiz::msdata::BinaryDataEncoder::Config::numpressSlofErrorTolerance</a></div><div class="ttdeci">double numpressSlofErrorTolerance</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_binary_data_encoder_8hpp_source.html#l00063">BinaryDataEncoder.hpp:63</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_1_1_config_html_a95561f41b6a9a5f69a53d1baafd392ba"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_1_1_config.html#a95561f41b6a9a5f69a53d1baafd392ba">pwiz::msdata::BinaryDataEncoder::Config::compression</a></div><div class="ttdeci">Compression compression</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_binary_data_encoder_8hpp_source.html#l00059">BinaryDataEncoder.hpp:59</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_1_1_config_html_aee7ee15c4a637216743fc2e0a8df310b"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_1_1_config.html#aee7ee15c4a637216743fc2e0a8df310b">pwiz::msdata::BinaryDataEncoder::Config::numpressLinearErrorTolerance</a></div><div class="ttdeci">double numpressLinearErrorTolerance</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_binary_data_encoder_8hpp_source.html#l00062">BinaryDataEncoder.hpp:62</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html">pwiz::msdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdoc">configuration struct for diffing MSData types</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00205">Diff.hpp:206</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html">pwiz::msdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdoc">configuration struct for diffing MSData types</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00205">Diff.hpp:206</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_serializer__mz_m_l_1_1_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_serializer__mz_m_l_1_1_config.html">pwiz::msdata::Serializer_mzML::Config</a></div><div class="ttdoc">Serializer_mzML configuration.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_serializer__mz_m_l_8hpp_source.html#l00044">Serializer_mzML.hpp:45</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_serializer__mz_m_l_1_1_config_html_a0281b541ee2b42b31dfd73e71a482398"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_serializer__mz_m_l_1_1_config.html#a0281b541ee2b42b31dfd73e71a482398">pwiz::msdata::Serializer_mzML::Config::binaryDataEncoderConfig</a></div><div class="ttdeci">BinaryDataEncoder::Config binaryDataEncoderConfig</div><div class="ttdoc">configuration for binary data encoding in write() note: byteOrder is ignored (mzML always little endi...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_serializer__mz_m_l_8hpp_source.html#l00048">Serializer_mzML.hpp:48</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_serializer__mz_m_l_1_1_config_html_a287732fcb72450e771cf5dd660eaa91b"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_serializer__mz_m_l_1_1_config.html#a287732fcb72450e771cf5dd660eaa91b">pwiz::msdata::Serializer_mzML::Config::indexed</a></div><div class="ttdeci">bool indexed</div><div class="ttdoc">(indexed==true): read/write with &lt;indexedmzML&gt; wrapper</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_serializer__mz_m_l_8hpp_source.html#l00051">Serializer_mzML.hpp:51</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │  <p class="reference">References <a class="el" href="_serializer__mz_m_l_8hpp_source.html#l00048">pwiz::msdata::Serializer_mzML::Config::binaryDataEncoderConfig</a>, <a class="el" href="_binary_data_encoder_8hpp_source.html#l00059">pwiz::msdata::BinaryDataEncoder::Config::compression</a>, <a class="el" href="_serializer__mz_m_l_8hpp_source.html#l00051">pwiz::msdata::Serializer_mzML::Config::indexed</a>, <a class="el" href="namespacepwiz_1_1identdata_1_1examples.html#abc4d348117dd8a20dda0f7747dbd109f">pwiz::identdata::examples::initializeTiny()</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l02151">MS_intensity_array</a>, <a class="el" href="_binary_data_encoder_8hpp_source.html#l00060">pwiz::msdata::BinaryDataEncoder::Config::numpress</a>, <a class="el" href="_binary_data_encoder_8hpp_source.html#l00062">pwiz::msdata::BinaryDataEncoder::Config::numpressLinearErrorTolerance</a>, <a class="el" href="_binary_data_encoder_8hpp_source.html#l00067">pwiz::msdata::BinaryDataEncoder::Config::numpressOverrides</a>, <a class="el" href="_binary_data_encoder_8hpp_source.html#l00063">pwiz::msdata::BinaryDataEncoder::Config::numpressSlofErrorTolerance</a>, <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00044">pwiz::data::BaseDiffConfig::precision</a>, <a class="el" href="_binary_data_encoder_8hpp_source.html#l00057">pwiz::msdata::BinaryDataEncoder::Config::precision</a>, <a class="el" href="_serializer__mz_m_l___test_8cpp_source.html#l00042">testWriteRead()</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_serializer__mz_m_l___test_8cpp_source.html
│ │ │ │ @@ -66,15 +66,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00018" name="l00018"></a><span class="lineno">   18</span><span class="comment">// WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied. </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00019" name="l00019"></a><span class="lineno">   19</span><span class="comment">// See the License for the specific language governing permissions and </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00020" name="l00020"></a><span class="lineno">   20</span><span class="comment">// limitations under the License.</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00021" name="l00021"></a><span class="lineno">   21</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00022" name="l00022"></a><span class="lineno">   22</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00023" name="l00023"></a><span class="lineno">   23</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00024" name="l00024"></a><span class="lineno">   24</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_serializer__mz_m_l_8hpp.html">Serializer_mzML.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00025" name="l00025"></a><span class="lineno">   25</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp.html">Diff.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00025" name="l00025"></a><span class="lineno">   25</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp.html">Diff.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00026" name="l00026"></a><span class="lineno">   26</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="tradata_2_references_8hpp.html">References.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00027" name="l00027"></a><span class="lineno">   27</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="tradata_2examples_8hpp.html">examples.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00028" name="l00028"></a><span class="lineno">   28</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="unit_8hpp.html">pwiz/utility/misc/unit.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00029" name="l00029"></a><span class="lineno">   29</span><span class="preprocessor">#include &quot;boost/iostreams/positioning.hpp&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00030" name="l00030"></a><span class="lineno">   30</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_std_8hpp.html">pwiz/utility/misc/Std.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00031" name="l00031"></a><span class="lineno">   31</span><span class="preprocessor">#include &lt;cstring&gt;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00032" name="l00032"></a><span class="lineno">   32</span> </div>
│ │ │ │ @@ -194,27 +194,27 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_diff_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">pwiz::data::Diff</a></div><div class="ttdoc">Calculate diffs of objects in a ProteoWizard data model hierarchy.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00142">diff_std.hpp:143</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_1_1_config_html_a0f09b08983990e4ae89f3a444c47e48d"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_1_1_config.html#a0f09b08983990e4ae89f3a444c47e48d">pwiz::msdata::BinaryDataEncoder::Config::numpress</a></div><div class="ttdeci">Numpress numpress</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_binary_data_encoder_8hpp_source.html#l00060">BinaryDataEncoder.hpp:60</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_1_1_config_html_a3998f896b1a6a2c8d8a73f55cdd9eb76"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_1_1_config.html#a3998f896b1a6a2c8d8a73f55cdd9eb76">pwiz::msdata::BinaryDataEncoder::Config::precision</a></div><div class="ttdeci">Precision precision</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_binary_data_encoder_8hpp_source.html#l00057">BinaryDataEncoder.hpp:57</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_1_1_config_html_a66b02b05ef5fbf109d06d0f4145a7c61"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_1_1_config.html#a66b02b05ef5fbf109d06d0f4145a7c61">pwiz::msdata::BinaryDataEncoder::Config::numpressOverrides</a></div><div class="ttdeci">std::map&lt; cv::CVID, Numpress &gt; numpressOverrides</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_binary_data_encoder_8hpp_source.html#l00067">BinaryDataEncoder.hpp:67</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_1_1_config_html_a9344b6e836673e9aa7ca04ad153887ee"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_1_1_config.html#a9344b6e836673e9aa7ca04ad153887ee">pwiz::msdata::BinaryDataEncoder::Config::numpressSlofErrorTolerance</a></div><div class="ttdeci">double numpressSlofErrorTolerance</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_binary_data_encoder_8hpp_source.html#l00063">BinaryDataEncoder.hpp:63</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_1_1_config_html_a95561f41b6a9a5f69a53d1baafd392ba"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_1_1_config.html#a95561f41b6a9a5f69a53d1baafd392ba">pwiz::msdata::BinaryDataEncoder::Config::compression</a></div><div class="ttdeci">Compression compression</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_binary_data_encoder_8hpp_source.html#l00059">BinaryDataEncoder.hpp:59</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_1_1_config_html_aee7ee15c4a637216743fc2e0a8df310b"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_1_1_config.html#aee7ee15c4a637216743fc2e0a8df310b">pwiz::msdata::BinaryDataEncoder::Config::numpressLinearErrorTolerance</a></div><div class="ttdeci">double numpressLinearErrorTolerance</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_binary_data_encoder_8hpp_source.html#l00062">BinaryDataEncoder.hpp:62</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html">pwiz::msdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdoc">configuration struct for diffing MSData types</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00205">Diff.hpp:206</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html">pwiz::msdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdoc">configuration struct for diffing MSData types</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00205">Diff.hpp:206</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html">pwiz::msdata::MSData</a></div><div class="ttdoc">This is the root element of ProteoWizard; it represents the mzML element, defined as: intended to cap...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00849">MSData.hpp:850</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_serializer__mz_m_l_1_1_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_serializer__mz_m_l_1_1_config.html">pwiz::msdata::Serializer_mzML::Config</a></div><div class="ttdoc">Serializer_mzML configuration.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_serializer__mz_m_l_8hpp_source.html#l00044">Serializer_mzML.hpp:45</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_serializer__mz_m_l_1_1_config_html_a0281b541ee2b42b31dfd73e71a482398"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_serializer__mz_m_l_1_1_config.html#a0281b541ee2b42b31dfd73e71a482398">pwiz::msdata::Serializer_mzML::Config::binaryDataEncoderConfig</a></div><div class="ttdeci">BinaryDataEncoder::Config binaryDataEncoderConfig</div><div class="ttdoc">configuration for binary data encoding in write() note: byteOrder is ignored (mzML always little endi...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_serializer__mz_m_l_8hpp_source.html#l00048">Serializer_mzML.hpp:48</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_serializer__mz_m_l_1_1_config_html_a287732fcb72450e771cf5dd660eaa91b"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_serializer__mz_m_l_1_1_config.html#a287732fcb72450e771cf5dd660eaa91b">pwiz::msdata::Serializer_mzML::Config::indexed</a></div><div class="ttdeci">bool indexed</div><div class="ttdoc">(indexed==true): read/write with &lt;indexedmzML&gt; wrapper</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_serializer__mz_m_l_8hpp_source.html#l00051">Serializer_mzML.hpp:51</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="atradata_2_references_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="tradata_2_references_8hpp.html">References.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="atradata_2examples_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="tradata_2examples_8hpp.html">examples.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html">unit.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c">TEST_EPILOG</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_EPILOG</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00183">unit.hpp:183</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd">TEST_FAILED</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_FAILED(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00177">unit.hpp:177</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_af5970f1ca53a361e8f62643bee4ac1fa"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#af5970f1ca53a361e8f62643bee4ac1fa">TEST_PROLOG</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_PROLOG(argc, argv)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00175">unit.hpp:175</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="autility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp.html">diff.hpp</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="autility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp.html">diff.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment --></div><!-- contents -->
│ │ │ │  <!-- start footer part -->
│ │ │ │  <hr class="footer"/><address class="footer"><small>
│ │ │ │  Generated by&#160;<a href="https://www.doxygen.org/index.html"><img class="footer" src="doxygen.svg" width="104" height="31" alt="doxygen"/></a> 1.9.4
│ │ │ │  </small></address>
│ │ │ │  </body>
│ │ │ │  </html>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_serializer__mz_x_m_l___test_8cpp.html
│ │ │ │ @@ -47,15 +47,15 @@
│ │ │ │  <a href="#func-members">Functions</a> &#124;
│ │ │ │  <a href="#var-members">Variables</a>  </div>
│ │ │ │    <div class="headertitle"><div class="title">Serializer_mzXML_Test.cpp File Reference</div></div>
│ │ │ │  </div><!--header-->
│ │ │ │  <div class="contents">
│ │ │ │  <div class="textblock"><code>#include &quot;<a class="el" href="_serializer__mz_x_m_l_8hpp_source.html">Serializer_mzXML.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_serializer__mz_m_l_8hpp_source.html">Serializer_mzML.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │ -<code>#include &quot;<a class="el" href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │ +<code>#include &quot;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html">TextWriter.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="msdata_2examples_8hpp_source.html">examples.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="unit_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/unit.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;boost/iostreams/positioning.hpp&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_std_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/Std.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &lt;cstring&gt;</code><br />
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │ @@ -143,21 +143,21 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_serializer__mz_x_m_l___test_8cpp_html_ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><div class="ttname"><a href="_serializer__mz_x_m_l___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a></div><div class="ttdeci">ostream * os_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_serializer__mz_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00041">Serializer_mzXML_Test.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1msdata_1_1_serializer__mz_m_l_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1msdata_1_1_serializer__mz_m_l.html">pwiz::msdata::Serializer_mzML</a></div><div class="ttdoc">MSData &lt;-&gt; mzML stream serialization.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_serializer__mz_m_l_8hpp_source.html#l00039">Serializer_mzML.hpp:40</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1msdata_1_1_serializer__mz_m_l_html_a182bf0d36681d8587a6ba71af538aa66"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1msdata_1_1_serializer__mz_m_l.html#a182bf0d36681d8587a6ba71af538aa66">pwiz::msdata::Serializer_mzML::write</a></div><div class="ttdeci">void write(std::ostream &amp;os, const MSData &amp;msd, const pwiz::util::IterationListenerRegistry *iterationListenerRegistry=0) const</div><div class="ttdoc">write MSData object to ostream as mzML; iterationListenerRegistry may be used to receive progress upd...</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1msdata_1_1_serializer__mz_x_m_l_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1msdata_1_1_serializer__mz_x_m_l.html">pwiz::msdata::Serializer_mzXML</a></div><div class="ttdoc">MSData &lt;-&gt; mzXML stream serialization.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_serializer__mz_x_m_l_8hpp_source.html#l00039">Serializer_mzXML.hpp:40</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1msdata_1_1_text_writer_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1msdata_1_1_text_writer.html">pwiz::msdata::TextWriter</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00040">TextWriter.hpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1identdata_1_1_i_o_html_a32465fae70c071143fb3651b17b4394a"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1identdata_1_1_i_o.html#a32465fae70c071143fb3651b17b4394a">pwiz::identdata::IO::write</a></div><div class="ttdeci">PWIZ_API_DECL void write(minimxml::XMLWriter &amp;writer, const CV &amp;cv)</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_diff_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">pwiz::data::Diff</a></div><div class="ttdoc">Calculate diffs of objects in a ProteoWizard data model hierarchy.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00142">diff_std.hpp:143</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html">pwiz::msdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdoc">configuration struct for diffing MSData types</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00205">Diff.hpp:206</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreMetadata</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreMetadata</div><div class="ttdoc">ignore all file level metadata, and most scan level metadata, i.e.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00214">Diff.hpp:214</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_ae0bb4b67247d54cf960936921af98951"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#ae0bb4b67247d54cf960936921af98951">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreChromatograms</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreChromatograms</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00220">Diff.hpp:220</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html">pwiz::msdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdoc">configuration struct for diffing MSData types</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00205">Diff.hpp:206</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreMetadata</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreMetadata</div><div class="ttdoc">ignore all file level metadata, and most scan level metadata, i.e.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00214">Diff.hpp:214</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_ae0bb4b67247d54cf960936921af98951"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#ae0bb4b67247d54cf960936921af98951">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreChromatograms</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreChromatograms</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00220">Diff.hpp:220</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html">pwiz::msdata::MSData</a></div><div class="ttdoc">This is the root element of ProteoWizard; it represents the mzML element, defined as: intended to cap...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00849">MSData.hpp:850</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00220">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreChromatograms</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00214">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreMetadata</a>, <a class="el" href="_serializer__mz_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00041">os_</a>, <a class="el" href="classpwiz_1_1msdata_1_1_serializer__mz_x_m_l.html#a92384782557c4e011662d5e7dd3bf6fb">pwiz::msdata::Serializer_mzXML::read()</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, <a class="el" href="namespacepwiz_1_1identdata_1_1_i_o.html#a32465fae70c071143fb3651b17b4394a">pwiz::identdata::IO::write()</a>, <a class="el" href="classpwiz_1_1msdata_1_1_serializer__mz_m_l.html#a182bf0d36681d8587a6ba71af538aa66">pwiz::msdata::Serializer_mzML::write()</a>, and <a class="el" href="classpwiz_1_1msdata_1_1_serializer__mz_x_m_l.html#a144c77961e49dce17417faf611a329ba">pwiz::msdata::Serializer_mzXML::write()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00220">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreChromatograms</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00214">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreMetadata</a>, <a class="el" href="_serializer__mz_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00041">os_</a>, <a class="el" href="classpwiz_1_1msdata_1_1_serializer__mz_x_m_l.html#a92384782557c4e011662d5e7dd3bf6fb">pwiz::msdata::Serializer_mzXML::read()</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, <a class="el" href="namespacepwiz_1_1identdata_1_1_i_o.html#a32465fae70c071143fb3651b17b4394a">pwiz::identdata::IO::write()</a>, <a class="el" href="classpwiz_1_1msdata_1_1_serializer__mz_m_l.html#a182bf0d36681d8587a6ba71af538aa66">pwiz::msdata::Serializer_mzML::write()</a>, and <a class="el" href="classpwiz_1_1msdata_1_1_serializer__mz_x_m_l.html#a144c77961e49dce17417faf611a329ba">pwiz::msdata::Serializer_mzXML::write()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_serializer__mz_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00103">main()</a>, and <a class="el" href="_serializer__mz_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00083">testWriteRead()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="af5e20cd99125f837e601ef5c0484a7f7" name="af5e20cd99125f837e601ef5c0484a7f7"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#af5e20cd99125f837e601ef5c0484a7f7">&#9670;&nbsp;</a></span>testWriteRead() <span class="overload">[2/2]</span></h2>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_serializer__mz_x_m_l___test_8cpp_source.html
│ │ │ │ @@ -67,15 +67,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00019" name="l00019"></a><span class="lineno">   19</span><span class="comment">// See the License for the specific language governing permissions and </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00020" name="l00020"></a><span class="lineno">   20</span><span class="comment">// limitations under the License.</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00021" name="l00021"></a><span class="lineno">   21</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00022" name="l00022"></a><span class="lineno">   22</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00023" name="l00023"></a><span class="lineno">   23</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00024" name="l00024"></a><span class="lineno">   24</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_serializer__mz_x_m_l_8hpp.html">Serializer_mzXML.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00025" name="l00025"></a><span class="lineno">   25</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_serializer__mz_m_l_8hpp.html">Serializer_mzML.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00026" name="l00026"></a><span class="lineno">   26</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp.html">Diff.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00026" name="l00026"></a><span class="lineno">   26</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp.html">Diff.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00027" name="l00027"></a><span class="lineno">   27</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="tradata_2_text_writer_8hpp.html">TextWriter.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00028" name="l00028"></a><span class="lineno">   28</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="tradata_2examples_8hpp.html">examples.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00029" name="l00029"></a><span class="lineno">   29</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="unit_8hpp.html">pwiz/utility/misc/unit.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00030" name="l00030"></a><span class="lineno">   30</span><span class="preprocessor">#include &quot;boost/iostreams/positioning.hpp&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00031" name="l00031"></a><span class="lineno">   31</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_std_8hpp.html">pwiz/utility/misc/Std.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00032" name="l00032"></a><span class="lineno">   32</span><span class="preprocessor">#include &lt;cstring&gt;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00033" name="l00033"></a><span class="lineno">   33</span> </div>
│ │ │ │ @@ -186,32 +186,32 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1data_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1data.html">pwiz::data</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_binary_index_stream_8hpp_source.html#l00031">BinaryIndexStream.hpp:31</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1identdata_1_1_i_o_html_a32465fae70c071143fb3651b17b4394a"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1identdata_1_1_i_o.html#a32465fae70c071143fb3651b17b4394a">pwiz::identdata::IO::write</a></div><div class="ttdeci">PWIZ_API_DECL void write(minimxml::XMLWriter &amp;writer, const CV &amp;cv)</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1identdata_1_1examples_html_abc4d348117dd8a20dda0f7747dbd109f"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1identdata_1_1examples.html#abc4d348117dd8a20dda0f7747dbd109f">pwiz::identdata::examples::initializeTiny</a></div><div class="ttdeci">PWIZ_API_DECL void initializeTiny(IdentData &amp;mzid)</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html">pwiz::msdata</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_demux_types_8hpp_source.html#l00027">DemuxTypes.hpp:27</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1util_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="almost__equal_8hpp_source.html#l00033">almost_equal.hpp:33</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_diff_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">pwiz::data::Diff</a></div><div class="ttdoc">Calculate diffs of objects in a ProteoWizard data model hierarchy.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00142">diff_std.hpp:143</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_1_1_config_html_a3998f896b1a6a2c8d8a73f55cdd9eb76"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_encoder_1_1_config.html#a3998f896b1a6a2c8d8a73f55cdd9eb76">pwiz::msdata::BinaryDataEncoder::Config::precision</a></div><div class="ttdeci">Precision precision</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_binary_data_encoder_8hpp_source.html#l00057">BinaryDataEncoder.hpp:57</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html">pwiz::msdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdoc">configuration struct for diffing MSData types</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00205">Diff.hpp:206</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreMetadata</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreMetadata</div><div class="ttdoc">ignore all file level metadata, and most scan level metadata, i.e.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00214">Diff.hpp:214</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_ae0bb4b67247d54cf960936921af98951"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#ae0bb4b67247d54cf960936921af98951">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreChromatograms</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreChromatograms</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00220">Diff.hpp:220</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html">pwiz::msdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdoc">configuration struct for diffing MSData types</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00205">Diff.hpp:206</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreMetadata</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreMetadata</div><div class="ttdoc">ignore all file level metadata, and most scan level metadata, i.e.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00214">Diff.hpp:214</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_ae0bb4b67247d54cf960936921af98951"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#ae0bb4b67247d54cf960936921af98951">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreChromatograms</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreChromatograms</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00220">Diff.hpp:220</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html">pwiz::msdata::MSData</a></div><div class="ttdoc">This is the root element of ProteoWizard; it represents the mzML element, defined as: intended to cap...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00849">MSData.hpp:850</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_html_a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">pwiz::msdata::MSData::run</a></div><div class="ttdeci">Run run</div><div class="ttdoc">a run in mzML should correspond to a single, consecutive and coherent set of scans on an instrument.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00886">MSData.hpp:886</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_run_html_ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">pwiz::msdata::Run::spectrumListPtr</a></div><div class="ttdeci">SpectrumListPtr spectrumListPtr</div><div class="ttdoc">all mass spectra and the acquisitions underlying them are described and attached here....</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00827">MSData.hpp:827</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_serializer__mz_x_m_l_1_1_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_serializer__mz_x_m_l_1_1_config.html">pwiz::msdata::Serializer_mzXML::Config</a></div><div class="ttdoc">Serializer_mzXML configuration.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_serializer__mz_x_m_l_8hpp_source.html#l00044">Serializer_mzXML.hpp:45</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_serializer__mz_x_m_l_1_1_config_html_a2ff30b4916bf5d740d333cd2bd9f6f03"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_serializer__mz_x_m_l_1_1_config.html#a2ff30b4916bf5d740d333cd2bd9f6f03">pwiz::msdata::Serializer_mzXML::Config::binaryDataEncoderConfig</a></div><div class="ttdeci">BinaryDataEncoder::Config binaryDataEncoderConfig</div><div class="ttdoc">configuration for binary data encoding in write() note: byteOrder is ignored (mzXML always big endian...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_serializer__mz_x_m_l_8hpp_source.html#l00048">Serializer_mzXML.hpp:48</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_serializer__mz_x_m_l_1_1_config_html_a35ea815c379924440f71bb7ae628f0cf"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_serializer__mz_x_m_l_1_1_config.html#a35ea815c379924440f71bb7ae628f0cf">pwiz::msdata::Serializer_mzXML::Config::indexed</a></div><div class="ttdeci">bool indexed</div><div class="ttdoc">(indexed==true): read/write with &lt;index&gt;</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_serializer__mz_x_m_l_8hpp_source.html#l00051">Serializer_mzXML.hpp:51</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_list_simple_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_list_simple.html">pwiz::msdata::SpectrumListSimple</a></div><div class="ttdoc">Simple writeable in-memory implementation of SpectrumList.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00716">MSData.hpp:717</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="atradata_2_text_writer_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="tradata_2_text_writer_8hpp.html">TextWriter.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="atradata_2examples_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="tradata_2examples_8hpp.html">examples.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html">unit.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c">TEST_EPILOG</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_EPILOG</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00183">unit.hpp:183</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd">TEST_FAILED</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_FAILED(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00177">unit.hpp:177</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_af5970f1ca53a361e8f62643bee4ac1fa"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#af5970f1ca53a361e8f62643bee4ac1fa">TEST_PROLOG</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_PROLOG(argc, argv)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00175">unit.hpp:175</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="autility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp.html">diff.hpp</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="autility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp.html">diff.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment --></div><!-- contents -->
│ │ │ │  <!-- start footer part -->
│ │ │ │  <hr class="footer"/><address class="footer"><small>
│ │ │ │  Generated by&#160;<a href="https://www.doxygen.org/index.html"><img class="footer" src="doxygen.svg" width="104" height="31" alt="doxygen"/></a> 1.9.4
│ │ │ │  </small></address>
│ │ │ │  </body>
│ │ │ │  </html>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_serializer__mzid___test_8cpp.html
│ │ │ │ @@ -51,15 +51,15 @@
│ │ │ │  </div><!--header-->
│ │ │ │  <div class="contents">
│ │ │ │  <div class="textblock"><code>#include &quot;<a class="el" href="unit_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/unit.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_std_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/Std.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_serializer__mzid_8hpp_source.html">Serializer_mzid.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="identdata_2examples_8hpp_source.html">examples.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │ -<code>#include &quot;<a class="el" href="data_2identdata_2diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │ +<code>#include &quot;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <p><a href="_serializer__mzid___test_8cpp_source.html">Go to the source code of this file.</a></p>
│ │ │ │  <table class="memberdecls">
│ │ │ │  <tr class="heading"><td colspan="2"><h2 class="groupheader"><a id="define-members" name="define-members"></a>
│ │ │ │  Macros</h2></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memitem:a0d8d7f691c70cb1dec55e18b503044ae"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">#define&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="_serializer__mzid___test_8cpp.html#a0d8d7f691c70cb1dec55e18b503044ae">PWIZ_SOURCE</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a0d8d7f691c70cb1dec55e18b503044ae"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_serializer__mzid___test_8cpp_source.html
│ │ │ │ @@ -71,15 +71,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00023" name="l00023"></a><span class="lineno"><a class="line" href="_serializer__mzid___test_8cpp.html#a0d8d7f691c70cb1dec55e18b503044ae">   23</a></span><span class="preprocessor">#define PWIZ_SOURCE</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00024" name="l00024"></a><span class="lineno">   24</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00025" name="l00025"></a><span class="lineno">   25</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="unit_8hpp.html">pwiz/utility/misc/unit.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00026" name="l00026"></a><span class="lineno">   26</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_std_8hpp.html">pwiz/utility/misc/Std.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00027" name="l00027"></a><span class="lineno">   27</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_ident_data_8hpp.html">IdentData.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00028" name="l00028"></a><span class="lineno">   28</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_serializer__mzid_8hpp.html">Serializer_mzid.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00029" name="l00029"></a><span class="lineno">   29</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="tradata_2examples_8hpp.html">examples.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00030" name="l00030"></a><span class="lineno">   30</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp.html">Diff.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00030" name="l00030"></a><span class="lineno">   30</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp.html">Diff.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00031" name="l00031"></a><span class="lineno">   31</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00032" name="l00032"></a><span class="lineno">   32</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00033" name="l00033"></a><span class="lineno">   33</span><span class="keyword">using namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacepwiz_1_1identdata.html">pwiz::identdata</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00034" name="l00034"></a><span class="lineno">   34</span><span class="keyword">using namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacepwiz_1_1identdata_1_1examples.html">pwiz::identdata::examples</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00035" name="l00035"></a><span class="lineno">   35</span><span class="keyword">using namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00036" name="l00036"></a><span class="lineno">   36</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00037" name="l00037"></a><span class="lineno">   37</span> </div>
│ │ │ │ @@ -151,15 +151,15 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_ident_data_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_ident_data.html">pwiz::identdata::IdentData</a></div><div class="ttdoc">Implementation of the MzIdentMLType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00993">IdentData.hpp:994</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="atradata_2examples_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="tradata_2examples_8hpp.html">examples.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html">unit.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c">TEST_EPILOG</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_EPILOG</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00183">unit.hpp:183</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd">TEST_FAILED</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_FAILED(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00177">unit.hpp:177</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_af5970f1ca53a361e8f62643bee4ac1fa"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#af5970f1ca53a361e8f62643bee4ac1fa">TEST_PROLOG</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_PROLOG(argc, argv)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00175">unit.hpp:175</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="autility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp.html">diff.hpp</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="autility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp.html">diff.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment --></div><!-- contents -->
│ │ │ │  <!-- start footer part -->
│ │ │ │  <hr class="footer"/><address class="footer"><small>
│ │ │ │  Generated by&#160;<a href="https://www.doxygen.org/index.html"><img class="footer" src="doxygen.svg" width="104" height="31" alt="doxygen"/></a> 1.9.4
│ │ │ │  </small></address>
│ │ │ │  </body>
│ │ │ │  </html>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp.html
│ │ │ │ @@ -47,15 +47,15 @@
│ │ │ │  <a href="#nested-classes">Classes</a> &#124;
│ │ │ │  <a href="#func-members">Functions</a> &#124;
│ │ │ │  <a href="#var-members">Variables</a>  </div>
│ │ │ │    <div class="headertitle"><div class="title">Serializer_pepXML_Test.cpp File Reference</div></div>
│ │ │ │  </div><!--header-->
│ │ │ │  <div class="contents">
│ │ │ │  <div class="textblock"><code>#include &quot;<a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l_8hpp_source.html">Serializer_pepXML.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │ -<code>#include &quot;<a class="el" href="data_2identdata_2diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │ +<code>#include &quot;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="identdata_2_references_8hpp_source.html">References.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="identdata_2examples_8hpp_source.html">examples.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="unit_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/unit.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_std_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/Std.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_filesystem_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/Filesystem.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_digestion_8hpp_source.html">pwiz/data/proteome/Digestion.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html">TextWriter.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html
│ │ │ │ @@ -65,15 +65,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00017" name="l00017"></a><span class="lineno">   17</span><span class="comment">// WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied. </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00018" name="l00018"></a><span class="lineno">   18</span><span class="comment">// See the License for the specific language governing permissions and </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00019" name="l00019"></a><span class="lineno">   19</span><span class="comment">// limitations under the License.</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00020" name="l00020"></a><span class="lineno">   20</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00021" name="l00021"></a><span class="lineno">   21</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00022" name="l00022"></a><span class="lineno">   22</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00023" name="l00023"></a><span class="lineno">   23</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_serializer__pep_x_m_l_8hpp.html">Serializer_pepXML.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00024" name="l00024"></a><span class="lineno">   24</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp.html">Diff.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00024" name="l00024"></a><span class="lineno">   24</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp.html">Diff.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00025" name="l00025"></a><span class="lineno">   25</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="tradata_2_references_8hpp.html">References.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00026" name="l00026"></a><span class="lineno">   26</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="tradata_2examples_8hpp.html">examples.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00027" name="l00027"></a><span class="lineno">   27</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="unit_8hpp.html">pwiz/utility/misc/unit.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00028" name="l00028"></a><span class="lineno">   28</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_std_8hpp.html">pwiz/utility/misc/Std.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00029" name="l00029"></a><span class="lineno">   29</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_filesystem_8hpp.html">pwiz/utility/misc/Filesystem.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00030" name="l00030"></a><span class="lineno">   30</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_digestion_8hpp.html">pwiz/data/proteome/Digestion.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00031" name="l00031"></a><span class="lineno">   31</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="tradata_2_text_writer_8hpp.html">TextWriter.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │ @@ -616,15 +616,15 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="atradata_2examples_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="tradata_2examples_8hpp.html">examples.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html">unit.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c">TEST_EPILOG</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_EPILOG</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00183">unit.hpp:183</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd">TEST_FAILED</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_FAILED(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00177">unit.hpp:177</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_aea324641e684d3b405e947a8b2427812"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#aea324641e684d3b405e947a8b2427812">unit_assert_operator_equal</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert_operator_equal(expected, actual)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00092">unit.hpp:92</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_af5970f1ca53a361e8f62643bee4ac1fa"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#af5970f1ca53a361e8f62643bee4ac1fa">TEST_PROLOG</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_PROLOG(argc, argv)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00175">unit.hpp:175</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="autility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp.html">diff.hpp</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="autility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp.html">diff.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment --></div><!-- contents -->
│ │ │ │  <!-- start footer part -->
│ │ │ │  <hr class="footer"/><address class="footer"><small>
│ │ │ │  Generated by&#160;<a href="https://www.doxygen.org/index.html"><img class="footer" src="doxygen.svg" width="104" height="31" alt="doxygen"/></a> 1.9.4
│ │ │ │  </small></address>
│ │ │ │  </body>
│ │ │ │  </html>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_serializer__prot_x_m_l___test_8cpp.html
│ │ │ │ @@ -50,15 +50,15 @@
│ │ │ │  </div><!--header-->
│ │ │ │  <div class="contents">
│ │ │ │  <div class="textblock"><code>#include &quot;<a class="el" href="_std_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/Std.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="identdata_2_default_reader_list_8hpp_source.html">pwiz/data/identdata/DefaultReaderList.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_ident_data_file_8hpp_source.html">pwiz/data/identdata/IdentDataFile.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="unit_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/unit.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_serializer__prot_x_m_l_8hpp_source.html">Serializer_protXML.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │ -<code>#include &quot;<a class="el" href="data_2identdata_2diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │ +<code>#include &quot;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="identdata_2_references_8hpp_source.html">References.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="identdata_2examples_8hpp_source.html">examples.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_filesystem_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/Filesystem.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_digestion_8hpp_source.html">pwiz/data/proteome/Digestion.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html">TextWriter.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;boost/range/adaptor/transformed.hpp&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;boost/range/algorithm/max_element.hpp&quot;</code><br />
│ │ │ │ @@ -140,15 +140,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   91</span>    }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   92</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_serializer__prot_x_m_l___test_8cpp_html_ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><div class="ttname"><a href="_serializer__prot_x_m_l___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a></div><div class="ttdeci">ostream * os_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_serializer__prot_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00048">Serializer_protXML_Test.cpp:48</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1identdata_1_1_default_reader_list_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1identdata_1_1_default_reader_list.html">pwiz::identdata::DefaultReaderList</a></div><div class="ttdoc">default Reader list</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="identdata_2_default_reader_list_8hpp_source.html#l00037">DefaultReaderList.hpp:38</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1identdata_1_1_reader_list_html_a752e7c651563f8829c7d5ac42058d203"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1identdata_1_1_reader_list.html#a752e7c651563f8829c7d5ac42058d203">pwiz::identdata::ReaderList::read</a></div><div class="ttdeci">virtual void read(const std::string &amp;filename, IdentData &amp;result, const Config &amp;config=Config()) const</div><div class="ttdoc">delegates to first child that identifies</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config_html_a0bd80b8e3b2040ffdcdbcf77f9a6cf8c"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html#a0bd80b8e3b2040ffdcdbcf77f9a6cf8c">pwiz::data::BaseDiffConfig::ignoreVersions</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreVersions</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00046">diff_std.hpp:46</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_diff_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">pwiz::data::Diff</a></div><div class="ttdoc">Calculate diffs of objects in a ProteoWizard data model hierarchy.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00142">diff_std.hpp:143</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config.html">pwiz::identdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2diff_8hpp_source.html#l00395">Diff.hpp:396</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config.html">pwiz::identdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_8hpp_source.html#l00395">Diff.hpp:396</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_ident_data_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_ident_data.html">pwiz::identdata::IdentData</a></div><div class="ttdoc">Implementation of the MzIdentMLType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00993">IdentData.hpp:994</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_reader_1_1_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_reader_1_1_config.html">pwiz::identdata::Reader::Config</a></div><div class="ttdoc">HACK: provide an option to read only file-level metadata; once we have an enumerable ResultList imple...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="identdata_2_reader_8hpp_source.html#l00046">Reader.hpp:47</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │  <p class="reference">References <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00046">pwiz::data::BaseDiffConfig::ignoreVersions</a>, <a class="el" href="_serializer__prot_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00048">os_</a>, <a class="el" href="classpwiz_1_1identdata_1_1_reader_list.html#a752e7c651563f8829c7d5ac42058d203">pwiz::identdata::ReaderList::read()</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_serializer__prot_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00095">main()</a>.</p>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_serializer__prot_x_m_l___test_8cpp_source.html
│ │ │ │ @@ -70,15 +70,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00022" name="l00022"></a><span class="lineno">   22</span><span class="comment">// limitations under the License.</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00023" name="l00023"></a><span class="lineno">   23</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00024" name="l00024"></a><span class="lineno">   24</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_std_8hpp.html">pwiz/utility/misc/Std.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00025" name="l00025"></a><span class="lineno">   25</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="identdata_2_default_reader_list_8hpp.html">pwiz/data/identdata/DefaultReaderList.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00026" name="l00026"></a><span class="lineno">   26</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_ident_data_file_8hpp.html">pwiz/data/identdata/IdentDataFile.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00027" name="l00027"></a><span class="lineno">   27</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="unit_8hpp.html">pwiz/utility/misc/unit.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00028" name="l00028"></a><span class="lineno">   28</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_serializer__prot_x_m_l_8hpp.html">Serializer_protXML.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00029" name="l00029"></a><span class="lineno">   29</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp.html">Diff.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00029" name="l00029"></a><span class="lineno">   29</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp.html">Diff.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00030" name="l00030"></a><span class="lineno">   30</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="tradata_2_references_8hpp.html">References.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00031" name="l00031"></a><span class="lineno">   31</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="tradata_2examples_8hpp.html">examples.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00032" name="l00032"></a><span class="lineno">   32</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="unit_8hpp.html">pwiz/utility/misc/unit.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00033" name="l00033"></a><span class="lineno">   33</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_std_8hpp.html">pwiz/utility/misc/Std.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00034" name="l00034"></a><span class="lineno">   34</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_filesystem_8hpp.html">pwiz/utility/misc/Filesystem.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00035" name="l00035"></a><span class="lineno">   35</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_digestion_8hpp.html">pwiz/data/proteome/Digestion.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00036" name="l00036"></a><span class="lineno">   36</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="tradata_2_text_writer_8hpp.html">TextWriter.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │ @@ -178,26 +178,26 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aidentdata_2_default_reader_list_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="identdata_2_default_reader_list_8hpp.html">DefaultReaderList.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1identdata_1_1examples_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1identdata_1_1examples.html">pwiz::identdata::examples</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="identdata_2examples_8hpp_source.html#l00031">examples.hpp:31</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1identdata_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1identdata.html">pwiz::identdata</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="identdata_2_default_reader_list_8hpp_source.html#l00033">DefaultReaderList.hpp:33</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1proteome_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1proteome.html">pwiz::proteome</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_amino_acid_8hpp_source.html#l00035">AminoAcid.hpp:35</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1util_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="almost__equal_8hpp_source.html#l00033">almost_equal.hpp:33</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config_html_a0bd80b8e3b2040ffdcdbcf77f9a6cf8c"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html#a0bd80b8e3b2040ffdcdbcf77f9a6cf8c">pwiz::data::BaseDiffConfig::ignoreVersions</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreVersions</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00046">diff_std.hpp:46</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_diff_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">pwiz::data::Diff</a></div><div class="ttdoc">Calculate diffs of objects in a ProteoWizard data model hierarchy.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00142">diff_std.hpp:143</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config.html">pwiz::identdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2diff_8hpp_source.html#l00395">Diff.hpp:396</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config.html">pwiz::identdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_8hpp_source.html#l00395">Diff.hpp:396</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_ident_data_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_ident_data.html">pwiz::identdata::IdentData</a></div><div class="ttdoc">Implementation of the MzIdentMLType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00993">IdentData.hpp:994</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_reader_1_1_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_reader_1_1_config.html">pwiz::identdata::Reader::Config</a></div><div class="ttdoc">HACK: provide an option to read only file-level metadata; once we have an enumerable ResultList imple...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="identdata_2_reader_8hpp_source.html#l00046">Reader.hpp:47</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="atradata_2_references_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="tradata_2_references_8hpp.html">References.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="atradata_2_text_writer_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="tradata_2_text_writer_8hpp.html">TextWriter.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="atradata_2examples_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="tradata_2examples_8hpp.html">examples.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html">unit.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c">TEST_EPILOG</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_EPILOG</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00183">unit.hpp:183</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd">TEST_FAILED</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_FAILED(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00177">unit.hpp:177</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_af5970f1ca53a361e8f62643bee4ac1fa"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#af5970f1ca53a361e8f62643bee4ac1fa">TEST_PROLOG</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_PROLOG(argc, argv)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00175">unit.hpp:175</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="autility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp.html">diff.hpp</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="autility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp.html">diff.hpp</a></div></div>
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│ │ │ │  <!-- start footer part -->
│ │ │ │  <hr class="footer"/><address class="footer"><small>
│ │ │ │  Generated by&#160;<a href="https://www.doxygen.org/index.html"><img class="footer" src="doxygen.svg" width="104" height="31" alt="doxygen"/></a> 1.9.4
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│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_serializer__tra_m_l___test_8cpp.html
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│ │ │ │    <div class="summary">
│ │ │ │  <a href="#func-members">Functions</a> &#124;
│ │ │ │  <a href="#var-members">Variables</a>  </div>
│ │ │ │    <div class="headertitle"><div class="title">Serializer_traML_Test.cpp File Reference</div></div>
│ │ │ │  </div><!--header-->
│ │ │ │  <div class="contents">
│ │ │ │  <div class="textblock"><code>#include &quot;<a class="el" href="_serializer__tra_m_l_8hpp_source.html">Serializer_traML.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │ -<code>#include &quot;<a class="el" href="data_2tradata_2diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │ +<code>#include &quot;<a class="el" href="data_2tradata_2_diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="tradata_2_text_writer_8hpp_source.html">TextWriter.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="tradata_2examples_8hpp_source.html">examples.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="unit_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/unit.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;boost/iostreams/positioning.hpp&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_std_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/Std.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &lt;cstring&gt;</code><br />
│ │ │ │  </div>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_serializer__tra_m_l___test_8cpp_source.html
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│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00017" name="l00017"></a><span class="lineno">   17</span><span class="comment">// WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied. </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00018" name="l00018"></a><span class="lineno">   18</span><span class="comment">// See the License for the specific language governing permissions and </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00019" name="l00019"></a><span class="lineno">   19</span><span class="comment">// limitations under the License.</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00020" name="l00020"></a><span class="lineno">   20</span><span class="comment">//</span></div>
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│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00030" name="l00030"></a><span class="lineno">   30</span><span class="preprocessor">#include &lt;cstring&gt;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00031" name="l00031"></a><span class="lineno">   31</span> </div>
│ │ │ │ @@ -148,15 +148,15 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="atradata_2_text_writer_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="tradata_2_text_writer_8hpp.html">TextWriter.hpp</a></div></div>
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│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c">TEST_EPILOG</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_EPILOG</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00183">unit.hpp:183</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd">TEST_FAILED</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_FAILED(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00177">unit.hpp:177</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_af5970f1ca53a361e8f62643bee4ac1fa"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#af5970f1ca53a361e8f62643bee4ac1fa">TEST_PROLOG</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_PROLOG(argc, argv)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00175">unit.hpp:175</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="autility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp.html">diff.hpp</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="autility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp.html">diff.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment --></div><!-- contents -->
│ │ │ │  <!-- start footer part -->
│ │ │ │  <hr class="footer"/><address class="footer"><small>
│ │ │ │  Generated by&#160;<a href="https://www.doxygen.org/index.html"><img class="footer" src="doxygen.svg" width="104" height="31" alt="doxygen"/></a> 1.9.4
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│ │ │ │  </html>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_spectrum_list___demux_test_8cpp.html
│ │ │ │ @@ -56,15 +56,15 @@
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="unit_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/unit.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_spectrum_list___demux_8hpp_source.html">pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Demux.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_spectrum_list___peak_picker_8hpp_source.html">pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PeakPicker.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_demux_helpers_8hpp_source.html">pwiz/analysis/demux/DemuxHelpers.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">pwiz/data/msdata/MSData.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_m_s_data_file_8hpp_source.html">pwiz/data/msdata/MSDataFile.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_serializer__mz_m_l_8hpp_source.html">pwiz/data/msdata/Serializer_mzML.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │ -<code>#include &quot;<a class="el" href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html">pwiz/data/msdata/Diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │ +<code>#include &quot;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html">pwiz/data/msdata/Diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;pwiz_tools/common/FullReaderList.hpp&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &lt;<a class="el" href="_integer_set_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/IntegerSet.hpp</a>&gt;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &lt;boost/make_shared.hpp&gt;</code><br />
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <p><a href="_spectrum_list___demux_test_8cpp_source.html">Go to the source code of this file.</a></p>
│ │ │ │  <table class="memberdecls">
│ │ │ │  <tr class="heading"><td colspan="2"><h2 class="groupheader"><a id="nested-classes" name="nested-classes"></a>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_spectrum_list___demux_test_8cpp_source.html
│ │ │ │ @@ -70,15 +70,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00022" name="l00022"></a><span class="lineno">   22</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="unit_8hpp.html">pwiz/utility/misc/unit.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00023" name="l00023"></a><span class="lineno">   23</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_spectrum_list___demux_8hpp.html">pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Demux.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00024" name="l00024"></a><span class="lineno">   24</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_spectrum_list___peak_picker_8hpp.html">pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PeakPicker.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00025" name="l00025"></a><span class="lineno">   25</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_demux_helpers_8hpp.html">pwiz/analysis/demux/DemuxHelpers.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00026" name="l00026"></a><span class="lineno">   26</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_m_s_data_8hpp.html">pwiz/data/msdata/MSData.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00027" name="l00027"></a><span class="lineno">   27</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_m_s_data_file_8hpp.html">pwiz/data/msdata/MSDataFile.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00028" name="l00028"></a><span class="lineno">   28</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_serializer__mz_m_l_8hpp.html">pwiz/data/msdata/Serializer_mzML.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00029" name="l00029"></a><span class="lineno">   29</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="data_2msdata_2diff_8hpp.html">pwiz/data/msdata/Diff.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00029" name="l00029"></a><span class="lineno">   29</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="data_2msdata_2_diff_8hpp.html">pwiz/data/msdata/Diff.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00030" name="l00030"></a><span class="lineno">   30</span><span class="preprocessor">#include &quot;pwiz_tools/common/FullReaderList.hpp&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00031" name="l00031"></a><span class="lineno">   31</span><span class="preprocessor">#include &lt;<a class="code" href="_integer_set_8hpp.html">pwiz/utility/misc/IntegerSet.hpp</a>&gt;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00032" name="l00032"></a><span class="lineno">   32</span><span class="preprocessor">#include &lt;boost/make_shared.hpp&gt;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00033" name="l00033"></a><span class="lineno">   33</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00034" name="l00034"></a><span class="lineno"><a class="line" href="_spectrum_list___demux_test_8cpp.html#abd6d75ab6abfed4a5dff6a420c8d25b4">   34</a></span><span class="preprocessor">#define _VERIFY_EXACT_SPECTRUM</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00035" name="l00035"></a><span class="lineno">   35</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00036" name="l00036"></a><span class="lineno">   36</span><span class="keyword">using namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacepwiz_1_1msdata.html">pwiz::msdata</a>;</div>
│ │ │ │ @@ -544,15 +544,15 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1analysis_1_1_spectrum_list___demux_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1analysis_1_1_spectrum_list___demux.html">pwiz::analysis::SpectrumList_Demux</a></div><div class="ttdoc">SpectrumList decorator implementation that can demultiplex spectra of several precursor windows acqui...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_spectrum_list___demux_8hpp_source.html#l00035">SpectrumList_Demux.hpp:36</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1analysis_1_1_spectrum_list___peak_picker_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1analysis_1_1_spectrum_list___peak_picker.html">pwiz::analysis::SpectrumList_PeakPicker</a></div><div class="ttdoc">SpectrumList implementation to replace peak profiles with picked peaks.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_spectrum_list___peak_picker_8hpp_source.html#l00039">SpectrumList_PeakPicker.hpp:40</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1msdata_1_1_extended_reader_list_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1msdata_1_1_extended_reader_list.html">pwiz::msdata::ExtendedReaderList</a></div><div class="ttdoc">default ReaderList, extended to include vendor readers</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_extended_reader_list_8hpp_source.html#l00037">ExtendedReaderList.hpp:38</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1util_1_1_integer_set_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1util_1_1_integer_set.html">pwiz::util::IntegerSet</a></div><div class="ttdoc">a virtual container of integers, accessible via an iterator interface, stored as union of intervals</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_integer_set_8hpp_source.html#l00037">IntegerSet.hpp:38</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_a8cd81d826d316ea4b97d8ecfc593de3e"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#a8cd81d826d316ea4b97d8ecfc593de3e">MS_isolation_window_lower_offset</a></div><div class="ttdeci">MS_isolation_window_lower_offset</div><div class="ttdoc">isolation window lower offset: The extent of the isolation window in m/z below the isolation window t...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l03183">cv.hpp:3183</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_aacdab0d7c3e4f182e2a9470d28ad1ab8"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#aacdab0d7c3e4f182e2a9470d28ad1ab8">MS_isolation_window_target_m_z</a></div><div class="ttdeci">MS_isolation_window_target_m_z</div><div class="ttdoc">isolation window target m/z: The primary or reference m/z about which the isolation window is defined...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l03180">cv.hpp:3180</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_ab758e47fdc6341e072a20098a6739105"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#ab758e47fdc6341e072a20098a6739105">MS_isolation_window_upper_offset</a></div><div class="ttdeci">MS_isolation_window_upper_offset</div><div class="ttdoc">isolation window upper offset: The extent of the isolation window in m/z above the isolation window t...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l03186">cv.hpp:3186</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2diff_8hpp.html">Diff.hpp</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_8hpp.html">Diff.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1analysis_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1analysis.html">pwiz::analysis</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_chromatogram_list___filter_8hpp_source.html#l00037">ChromatogramList_Filter.hpp:37</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1analysis_html_a63f0522766e566fcb7dc204dfb2e3086"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1analysis.html#a63f0522766e566fcb7dc204dfb2e3086">pwiz::analysis::PeakDetectorPtr</a></div><div class="ttdeci">boost::shared_ptr&lt; PeakDetector &gt; PeakDetectorPtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="common_2_peak_detector_8hpp_source.html#l00057">PeakDetector.hpp:57</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1analysis_html_a86c92a45b4d1d390061b8f01ca484287"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1analysis.html#a86c92a45b4d1d390061b8f01ca484287">pwiz::analysis::TryGetOriginalIndex</a></div><div class="ttdeci">bool TryGetOriginalIndex(const msdata::SpectrumIdentity &amp;spectrumIdentity, size_t &amp;index)</div><div class="ttdoc">Tries to read the original index of the spectrum before demultiplexing using the SpectrumIdentity of ...</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html">pwiz::msdata</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_demux_types_8hpp_source.html#l00027">DemuxTypes.hpp:27</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html_a5d97faf7334e70840ff612646931cb87"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a5d97faf7334e70840ff612646931cb87">pwiz::msdata::SpectrumListPtr</a></div><div class="ttdeci">boost::shared_ptr&lt; SpectrumList &gt; SpectrumListPtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00711">MSData.hpp:711</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1util_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="almost__equal_8hpp_source.html#l00033">almost_equal.hpp:33</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astruct_demux_test_1_1_m_s_d_pair_html"><div class="ttname"><a href="struct_demux_test_1_1_m_s_d_pair.html">DemuxTest::MSDPair</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_spectrum_list___demux_test_8cpp_source.html#l00054">SpectrumList_DemuxTest.cpp:55</a></div></div>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_spectrum_list___lockmass_refiner_test_8cpp.html
│ │ │ │ @@ -49,15 +49,15 @@
│ │ │ │    <div class="headertitle"><div class="title">SpectrumList_LockmassRefinerTest.cpp File Reference</div></div>
│ │ │ │  </div><!--header-->
│ │ │ │  <div class="contents">
│ │ │ │  <div class="textblock"><code>#include &quot;<a class="el" href="unit_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/unit.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_std_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/Std.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="almost__equal_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/almost_equal.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_m_s_data_file_8hpp_source.html">pwiz/data/msdata/MSDataFile.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │ -<code>#include &quot;<a class="el" href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html">pwiz/data/msdata/Diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │ +<code>#include &quot;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html">pwiz/data/msdata/Diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_extended_reader_list_8hpp_source.html">pwiz/data/vendor_readers/ExtendedReaderList.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_spectrum_list___lockmass_refiner_8hpp_source.html">SpectrumList_LockmassRefiner.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;boost/foreach_field.hpp&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;boost/core/null_deleter.hpp&quot;</code><br />
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <p><a href="_spectrum_list___lockmass_refiner_test_8cpp_source.html">Go to the source code of this file.</a></p>
│ │ │ │  <table class="memberdecls">
│ │ │ │ @@ -139,20 +139,20 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   68</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_frequency_data_test_8cpp_html_a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f"><div class="ttname"><a href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a></div><div class="ttdeci">void diff(const string &amp;filename1, const string &amp;filename2)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">FrequencyDataTest.cpp:40</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_spectrum_list___lockmass_refiner_test_8cpp_html_ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><div class="ttname"><a href="_spectrum_list___lockmass_refiner_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a></div><div class="ttdeci">ostream * os_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_spectrum_list___lockmass_refiner_test_8cpp_source.html#l00037">SpectrumList_LockmassRefinerTest.cpp:37</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1analysis_1_1_spectrum_list___lockmass_refiner_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1analysis_1_1_spectrum_list___lockmass_refiner.html">pwiz::analysis::SpectrumList_LockmassRefiner</a></div><div class="ttdoc">SpectrumList implementation to replace peak profiles with picked peaks.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_spectrum_list___lockmass_refiner_8hpp_source.html#l00036">SpectrumList_LockmassRefiner.hpp:37</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1msdata_1_1_extended_reader_list_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1msdata_1_1_extended_reader_list.html">pwiz::msdata::ExtendedReaderList</a></div><div class="ttdoc">default ReaderList, extended to include vendor readers</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_extended_reader_list_8hpp_source.html#l00037">ExtendedReaderList.hpp:38</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html_a5d97faf7334e70840ff612646931cb87"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a5d97faf7334e70840ff612646931cb87">pwiz::msdata::SpectrumListPtr</a></div><div class="ttdeci">boost::shared_ptr&lt; SpectrumList &gt; SpectrumListPtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00711">MSData.hpp:711</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_diff_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">pwiz::data::Diff</a></div><div class="ttdoc">Calculate diffs of objects in a ProteoWizard data model hierarchy.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00142">diff_std.hpp:143</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html">pwiz::msdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdoc">configuration struct for diffing MSData types</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00205">Diff.hpp:206</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreMetadata</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreMetadata</div><div class="ttdoc">ignore all file level metadata, and most scan level metadata, i.e.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00214">Diff.hpp:214</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html">pwiz::msdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdoc">configuration struct for diffing MSData types</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00205">Diff.hpp:206</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreMetadata</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreMetadata</div><div class="ttdoc">ignore all file level metadata, and most scan level metadata, i.e.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00214">Diff.hpp:214</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_file_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_file.html">pwiz::msdata::MSDataFile</a></div><div class="ttdoc">MSData object plus file I/O.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_file_8hpp_source.html#l00040">MSDataFile.hpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00812">pwiz::msdata::Run::id</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00214">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreMetadata</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___lockmass_refiner_test_8cpp_source.html#l00037">os_</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00886">pwiz::msdata::MSData::run</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00827">pwiz::msdata::Run::spectrumListPtr</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00812">pwiz::msdata::Run::id</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00214">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreMetadata</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___lockmass_refiner_test_8cpp_source.html#l00037">os_</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00886">pwiz::msdata::MSData::run</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00827">pwiz::msdata::Run::spectrumListPtr</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_spectrum_list___lockmass_refiner_test_8cpp_source.html#l00082">main()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ae9307a3a21e8989dfdf456b1f022036f" name="ae9307a3a21e8989dfdf456b1f022036f"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ae9307a3a21e8989dfdf456b1f022036f">&#9670;&nbsp;</a></span>parseArgs()</h2>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_spectrum_list___lockmass_refiner_test_8cpp_source.html
│ │ │ │ @@ -67,15 +67,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00019" name="l00019"></a><span class="lineno">   19</span><span class="comment">// limitations under the License.</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00020" name="l00020"></a><span class="lineno">   20</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00021" name="l00021"></a><span class="lineno">   21</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00022" name="l00022"></a><span class="lineno">   22</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="unit_8hpp.html">pwiz/utility/misc/unit.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00023" name="l00023"></a><span class="lineno">   23</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_std_8hpp.html">pwiz/utility/misc/Std.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00024" name="l00024"></a><span class="lineno">   24</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="almost__equal_8hpp.html">pwiz/utility/misc/almost_equal.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00025" name="l00025"></a><span class="lineno">   25</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_m_s_data_file_8hpp.html">pwiz/data/msdata/MSDataFile.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00026" name="l00026"></a><span class="lineno">   26</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="data_2msdata_2diff_8hpp.html">pwiz/data/msdata/Diff.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00026" name="l00026"></a><span class="lineno">   26</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="data_2msdata_2_diff_8hpp.html">pwiz/data/msdata/Diff.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00027" name="l00027"></a><span class="lineno">   27</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_extended_reader_list_8hpp.html">pwiz/data/vendor_readers/ExtendedReaderList.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00028" name="l00028"></a><span class="lineno">   28</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_spectrum_list___lockmass_refiner_8hpp.html">SpectrumList_LockmassRefiner.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00029" name="l00029"></a><span class="lineno">   29</span><span class="preprocessor">#include &quot;boost/foreach_field.hpp&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00030" name="l00030"></a><span class="lineno">   30</span><span class="preprocessor">#include &quot;boost/core/null_deleter.hpp&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00031" name="l00031"></a><span class="lineno">   31</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00032" name="l00032"></a><span class="lineno">   32</span><span class="keyword">using namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00033" name="l00033"></a><span class="lineno">   33</span><span class="keyword">using namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacepwiz_1_1cv.html">pwiz::cv</a>;</div>
│ │ │ │ @@ -170,23 +170,23 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_spectrum_list___lockmass_refiner_test_8cpp_html_a61ecc00cb92e4ab6b39485de74920dc3"><div class="ttname"><a href="_spectrum_list___lockmass_refiner_test_8cpp.html#a61ecc00cb92e4ab6b39485de74920dc3">test</a></div><div class="ttdeci">void test(const string &amp;filepath, double lockmassMz, double lockmassTolerance)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_spectrum_list___lockmass_refiner_test_8cpp_source.html#l00040">SpectrumList_LockmassRefinerTest.cpp:40</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_spectrum_list___lockmass_refiner_test_8cpp_html_ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><div class="ttname"><a href="_spectrum_list___lockmass_refiner_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a></div><div class="ttdeci">ostream * os_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_spectrum_list___lockmass_refiner_test_8cpp_source.html#l00037">SpectrumList_LockmassRefinerTest.cpp:37</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_spectrum_list___lockmass_refiner_test_8cpp_html_ae9307a3a21e8989dfdf456b1f022036f"><div class="ttname"><a href="_spectrum_list___lockmass_refiner_test_8cpp.html#ae9307a3a21e8989dfdf456b1f022036f">parseArgs</a></div><div class="ttdeci">void parseArgs(const vector&lt; string &gt; &amp;args, vector&lt; string &gt; &amp;rawpaths)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_spectrum_list___lockmass_refiner_test_8cpp_source.html#l00071">SpectrumList_LockmassRefinerTest.cpp:71</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_std_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="_std_8hpp.html">Std.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aalmost__equal_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="almost__equal_8hpp.html">almost_equal.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1analysis_1_1_spectrum_list___lockmass_refiner_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1analysis_1_1_spectrum_list___lockmass_refiner.html">pwiz::analysis::SpectrumList_LockmassRefiner</a></div><div class="ttdoc">SpectrumList implementation to replace peak profiles with picked peaks.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_spectrum_list___lockmass_refiner_8hpp_source.html#l00036">SpectrumList_LockmassRefiner.hpp:37</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1msdata_1_1_extended_reader_list_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1msdata_1_1_extended_reader_list.html">pwiz::msdata::ExtendedReaderList</a></div><div class="ttdoc">default ReaderList, extended to include vendor readers</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_extended_reader_list_8hpp_source.html#l00037">ExtendedReaderList.hpp:38</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2diff_8hpp.html">Diff.hpp</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_8hpp.html">Diff.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1analysis_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1analysis.html">pwiz::analysis</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_chromatogram_list___filter_8hpp_source.html#l00037">ChromatogramList_Filter.hpp:37</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1cv_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1cv.html">pwiz::cv</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l00108">cv.hpp:108</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html">pwiz::msdata</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_demux_types_8hpp_source.html#l00027">DemuxTypes.hpp:27</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html_a5d97faf7334e70840ff612646931cb87"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a5d97faf7334e70840ff612646931cb87">pwiz::msdata::SpectrumListPtr</a></div><div class="ttdeci">boost::shared_ptr&lt; SpectrumList &gt; SpectrumListPtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00711">MSData.hpp:711</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1util_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="almost__equal_8hpp_source.html#l00033">almost_equal.hpp:33</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_diff_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">pwiz::data::Diff</a></div><div class="ttdoc">Calculate diffs of objects in a ProteoWizard data model hierarchy.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00142">diff_std.hpp:143</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html">pwiz::msdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdoc">configuration struct for diffing MSData types</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00205">Diff.hpp:206</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreMetadata</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreMetadata</div><div class="ttdoc">ignore all file level metadata, and most scan level metadata, i.e.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00214">Diff.hpp:214</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html">pwiz::msdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdoc">configuration struct for diffing MSData types</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00205">Diff.hpp:206</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreMetadata</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreMetadata</div><div class="ttdoc">ignore all file level metadata, and most scan level metadata, i.e.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00214">Diff.hpp:214</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_file_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_file.html">pwiz::msdata::MSDataFile</a></div><div class="ttdoc">MSData object plus file I/O.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_file_8hpp_source.html#l00040">MSDataFile.hpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_html_a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">pwiz::msdata::MSData::run</a></div><div class="ttdeci">Run run</div><div class="ttdoc">a run in mzML should correspond to a single, consecutive and coherent set of scans on an instrument.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00886">MSData.hpp:886</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_run_html_a88fa7524cc39efd08cb6e9a9521443e0"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#a88fa7524cc39efd08cb6e9a9521443e0">pwiz::msdata::Run::id</a></div><div class="ttdeci">std::string id</div><div class="ttdoc">a unique identifier for this run.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00812">MSData.hpp:812</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_run_html_ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">pwiz::msdata::Run::spectrumListPtr</a></div><div class="ttdeci">SpectrumListPtr spectrumListPtr</div><div class="ttdoc">all mass spectra and the acquisitions underlying them are described and attached here....</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00827">MSData.hpp:827</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html">unit.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c">TEST_EPILOG</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_EPILOG</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00183">unit.hpp:183</a></div></div>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html
│ │ │ │ @@ -157,37 +157,37 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   51</span>             &lt;&lt; basePeakMZ &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot; &quot;</span> &lt;&lt; lowestObservedMZ &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot; &quot;</span> &lt;&lt; highestObservedMZ &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot; &quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   52</span>             &lt;&lt; mzArrayValue1 &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot; &quot;</span> &lt;&lt; mzArrayValue2 &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;: &quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   53</span>             &lt;&lt; spectrum.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">cvParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#ad618dd23c0cff8aa5bf4a3f062592dde">MS_base_peak_m_z</a>).<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#ae67a33c2c8c829f27a398c0fce6aaeac">value</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot; &quot;</span> &lt;&lt; spectrum.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">cvParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a445308d6249868560d7cf4905ee96fa8">MS_lowest_observed_m_z</a>).<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#ae67a33c2c8c829f27a398c0fce6aaeac">value</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot; &quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   54</span>             &lt;&lt; spectrum.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">cvParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a2ca91b00fc1b616b90ee1051eedc4078">MS_highest_observed_m_z</a>).<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#ae67a33c2c8c829f27a398c0fce6aaeac">value</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot; &quot;</span> &lt;&lt; binaryData-&gt;data[mzArrayIndex1] &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot; &quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   55</span>             &lt;&lt; binaryData-&gt;data[mzArrayIndex2] &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   56</span>    }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   57</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   58</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(spectrum.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">cvParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#ad618dd23c0cff8aa5bf4a3f062592dde">MS_base_peak_m_z</a>).<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#a79cc5b640f64244f19f6eb6d26d09307">valueAs</a>&lt;<span class="keywordtype">double</span>&gt;(), basePeakMZ, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   59</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(spectrum.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">cvParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a445308d6249868560d7cf4905ee96fa8">MS_lowest_observed_m_z</a>).<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#a79cc5b640f64244f19f6eb6d26d09307">valueAs</a>&lt;<span class="keywordtype">double</span>&gt;(), lowestObservedMZ, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   60</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(spectrum.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">cvParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a2ca91b00fc1b616b90ee1051eedc4078">MS_highest_observed_m_z</a>).<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#a79cc5b640f64244f19f6eb6d26d09307">valueAs</a>&lt;<span class="keywordtype">double</span>&gt;(), highestObservedMZ, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   61</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(binaryData-&gt;data[mzArrayIndex1], mzArrayValue1, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   62</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(binaryData-&gt;data[mzArrayIndex2], mzArrayValue2, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   58</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(spectrum.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">cvParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#ad618dd23c0cff8aa5bf4a3f062592dde">MS_base_peak_m_z</a>).<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#a79cc5b640f64244f19f6eb6d26d09307">valueAs</a>&lt;<span class="keywordtype">double</span>&gt;(), basePeakMZ, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   59</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(spectrum.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">cvParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a445308d6249868560d7cf4905ee96fa8">MS_lowest_observed_m_z</a>).<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#a79cc5b640f64244f19f6eb6d26d09307">valueAs</a>&lt;<span class="keywordtype">double</span>&gt;(), lowestObservedMZ, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   60</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(spectrum.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">cvParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a2ca91b00fc1b616b90ee1051eedc4078">MS_highest_observed_m_z</a>).<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#a79cc5b640f64244f19f6eb6d26d09307">valueAs</a>&lt;<span class="keywordtype">double</span>&gt;(), highestObservedMZ, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   61</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(binaryData-&gt;data[mzArrayIndex1], mzArrayValue1, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   62</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(binaryData-&gt;data[mzArrayIndex2], mzArrayValue2, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   63</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp_html_ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><div class="ttname"><a href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a></div><div class="ttdeci">ostream * os_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp_source.html#l00040">SpectrumList_MZRefinerTest.cpp:40</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_a2ca91b00fc1b616b90ee1051eedc4078"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#a2ca91b00fc1b616b90ee1051eedc4078">MS_highest_observed_m_z</a></div><div class="ttdeci">MS_highest_observed_m_z</div><div class="ttdoc">highest observed m/z: Highest m/z value observed in the m/z array.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l02187">cv.hpp:2187</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_a445308d6249868560d7cf4905ee96fa8"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#a445308d6249868560d7cf4905ee96fa8">MS_lowest_observed_m_z</a></div><div class="ttdeci">MS_lowest_observed_m_z</div><div class="ttdoc">lowest observed m/z: Lowest m/z value observed in the m/z array.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l02190">cv.hpp:2190</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_ad618dd23c0cff8aa5bf4a3f062592dde"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#ad618dd23c0cff8aa5bf4a3f062592dde">MS_base_peak_m_z</a></div><div class="ttdeci">MS_base_peak_m_z</div><div class="ttdoc">base peak m/z: M/z value of the signal of highest intensity in the mass spectrum.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l02118">cv.hpp:2118</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html_aa0303b5e9ba2c6c62aad646fb63670ae"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa0303b5e9ba2c6c62aad646fb63670ae">pwiz::msdata::BinaryDataArrayPtr</a></div><div class="ttdeci">boost::shared_ptr&lt; BinaryDataArray &gt; BinaryDataArrayPtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00417">MSData.hpp:417</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_c_v_param_html_a79cc5b640f64244f19f6eb6d26d09307"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#a79cc5b640f64244f19f6eb6d26d09307">pwiz::data::CVParam::valueAs</a></div><div class="ttdeci">value_type valueAs() const</div><div class="ttdoc">templated value access with type conversion</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_param_types_8hpp_source.html#l00112">ParamTypes.hpp:112</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_c_v_param_html_ae67a33c2c8c829f27a398c0fce6aaeac"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#ae67a33c2c8c829f27a398c0fce6aaeac">pwiz::data::CVParam::value</a></div><div class="ttdeci">std::string value</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_param_types_8hpp_source.html#l00047">ParamTypes.hpp:47</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_param_container_html_a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">pwiz::data::ParamContainer::cvParam</a></div><div class="ttdeci">CVParam cvParam(CVID cvid) const</div><div class="ttdoc">finds cvid in the container:</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_html_a79b357c871dd73cae4b97f81ae49964a"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html#a79b357c871dd73cae4b97f81ae49964a">pwiz::msdata::Spectrum::hasBinaryData</a></div><div class="ttdeci">bool hasBinaryData() const</div><div class="ttdoc">returns true iff has nonnull and nonempty BinaryDataArrayPtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00535">MSData.hpp:535</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_html_a9dd220d7e0ca98a10ddb9e8b7dc03ed1"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html#a9dd220d7e0ca98a10ddb9e8b7dc03ed1">pwiz::msdata::Spectrum::getMZArray</a></div><div class="ttdeci">BinaryDataArrayPtr getMZArray() const</div><div class="ttdoc">get m/z array (may be null)</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_identity_html_a66077e5b15931d86d9aed37a90518c5f"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_identity.html#a66077e5b15931d86d9aed37a90518c5f">pwiz::msdata::SpectrumIdentity::id</a></div><div class="ttdeci">std::string id</div><div class="ttdoc">a unique identifier for this spectrum. It should be expected that external files may use this identif...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00476">MSData.hpp:476</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_identity_html_ad39ab127d1d0347c0bfe3f396d5430e2"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_identity.html#ad39ab127d1d0347c0bfe3f396d5430e2">pwiz::msdata::SpectrumIdentity::index</a></div><div class="ttdeci">size_t index</div><div class="ttdoc">the zero-based, consecutive index of the spectrum in the SpectrumList.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00473">MSData.hpp:473</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_acbd450df99370be00778913f140d5ec0"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert_equal(x, y, epsilon)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit.hpp:99</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">pwiz::data::ParamContainer::cvParam()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html#a9dd220d7e0ca98a10ddb9e8b7dc03ed1">pwiz::msdata::Spectrum::getMZArray()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00535">pwiz::msdata::Spectrum::hasBinaryData()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00476">pwiz::msdata::SpectrumIdentity::id</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00473">pwiz::msdata::SpectrumIdentity::index</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l02118">MS_base_peak_m_z</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l02187">MS_highest_observed_m_z</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l02190">MS_lowest_observed_m_z</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>, <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00047">pwiz::data::CVParam::value</a>, and <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00112">pwiz::data::CVParam::valueAs()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">pwiz::data::ParamContainer::cvParam()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html#a9dd220d7e0ca98a10ddb9e8b7dc03ed1">pwiz::msdata::Spectrum::getMZArray()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00535">pwiz::msdata::Spectrum::hasBinaryData()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00476">pwiz::msdata::SpectrumIdentity::id</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00473">pwiz::msdata::SpectrumIdentity::index</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l02118">MS_base_peak_m_z</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l02187">MS_highest_observed_m_z</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l02190">MS_lowest_observed_m_z</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>, <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00047">pwiz::data::CVParam::value</a>, and <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00112">pwiz::data::CVParam::valueAs()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp_source.html#l00086">testShift()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3" name="abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3">&#9670;&nbsp;</a></span>verifyPrecursorInfo()</h2>
│ │ │ │ @@ -239,28 +239,28 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   75</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   76</span>    {</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   77</span>        *<a class="code hl_variable" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;[verifyPrecursorInfo] &quot;</span> &lt;&lt; spectrum.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_identity.html#ad39ab127d1d0347c0bfe3f396d5430e2">index</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot; &quot;</span> &lt;&lt; spectrum.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_identity.html#a66077e5b15931d86d9aed37a90518c5f">id</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot; &quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   78</span>            &lt;&lt; precursorMZ &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot; &quot;</span> &lt;&lt; isolationWindowTarget &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;: &quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   79</span>            &lt;&lt; selectedIon.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">cvParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1">MS_selected_ion_m_z</a>).<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#ae67a33c2c8c829f27a398c0fce6aaeac">value</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot; &quot;</span> &lt;&lt; isoWindow.cvParam(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aacdab0d7c3e4f182e2a9470d28ad1ab8">MS_isolation_window_target_m_z</a>).value &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   80</span>    }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   81</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   82</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(selectedIon.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">cvParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1">MS_selected_ion_m_z</a>).<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#a79cc5b640f64244f19f6eb6d26d09307">valueAs</a>&lt;<span class="keywordtype">double</span>&gt;(), precursorMZ, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   83</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(isoWindow.cvParam(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aacdab0d7c3e4f182e2a9470d28ad1ab8">MS_isolation_window_target_m_z</a>).valueAs&lt;<span class="keywordtype">double</span>&gt;(), isolationWindowTarget, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   82</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(selectedIon.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">cvParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1">MS_selected_ion_m_z</a>).<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#a79cc5b640f64244f19f6eb6d26d09307">valueAs</a>&lt;<span class="keywordtype">double</span>&gt;(), precursorMZ, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   83</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(isoWindow.cvParam(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aacdab0d7c3e4f182e2a9470d28ad1ab8">MS_isolation_window_target_m_z</a>).valueAs&lt;<span class="keywordtype">double</span>&gt;(), isolationWindowTarget, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   84</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_aacdab0d7c3e4f182e2a9470d28ad1ab8"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#aacdab0d7c3e4f182e2a9470d28ad1ab8">MS_isolation_window_target_m_z</a></div><div class="ttdeci">MS_isolation_window_target_m_z</div><div class="ttdoc">isolation window target m/z: The primary or reference m/z about which the isolation window is defined...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l03180">cv.hpp:3180</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1">MS_selected_ion_m_z</a></div><div class="ttdeci">MS_selected_ion_m_z</div><div class="ttdoc">selected ion m/z: Mass-to-charge ratio of an selected ion.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l02901">cv.hpp:2901</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1analysis_1_1_isolation_window_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1analysis_1_1_isolation_window.html">pwiz::analysis::IsolationWindow</a></div><div class="ttdoc">A container that wraps DemuxWindow to preserve the full precision window boundaries.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_i_precursor_mask_codec_8hpp_source.html#l00167">IPrecursorMaskCodec.hpp:168</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_param_container_html_a085c3d9a329e4788163eb7820cb72cad"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a085c3d9a329e4788163eb7820cb72cad">pwiz::data::ParamContainer::empty</a></div><div class="ttdeci">bool empty() const</div><div class="ttdoc">returns true iff the element contains no params or param groups</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_precursor_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html">pwiz::msdata::Precursor</a></div><div class="ttdoc">The method of precursor ion selection and activation.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00311">MSData.hpp:312</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_precursor_html_a4d02d4e7090e20675375057d57a79e2b"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html#a4d02d4e7090e20675375057d57a79e2b">pwiz::msdata::Precursor::selectedIons</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; SelectedIon &gt; selectedIons</div><div class="ttdoc">this list of precursor ions that were selected.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00329">MSData.hpp:329</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_precursor_html_a5661b02a669272af191cb1880c18e664"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html#a5661b02a669272af191cb1880c18e664">pwiz::msdata::Precursor::isolationWindow</a></div><div class="ttdeci">IsolationWindow isolationWindow</div><div class="ttdoc">this element captures the isolation (or 'selection') window configured to isolate one or more precurs...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00326">MSData.hpp:326</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_selected_ion_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_selected_ion.html">pwiz::msdata::SelectedIon</a></div><div class="ttdoc">TODO.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00296">MSData.hpp:297</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_html_afa0c8fcf1dc582cd4a06feb9aeea3728"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html#afa0c8fcf1dc582cd4a06feb9aeea3728">pwiz::msdata::Spectrum::precursors</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; Precursor &gt; precursors</div><div class="ttdoc">list and descriptions of precursors to the spectrum currently being described.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00520">MSData.hpp:520</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">pwiz::data::ParamContainer::cvParam()</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a085c3d9a329e4788163eb7820cb72cad">pwiz::data::ParamContainer::empty()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00476">pwiz::msdata::SpectrumIdentity::id</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00473">pwiz::msdata::SpectrumIdentity::index</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00326">pwiz::msdata::Precursor::isolationWindow</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l03180">MS_isolation_window_target_m_z</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l02901">MS_selected_ion_m_z</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00520">pwiz::msdata::Spectrum::precursors</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00329">pwiz::msdata::Precursor::selectedIons</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>, <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00047">pwiz::data::CVParam::value</a>, and <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00112">pwiz::data::CVParam::valueAs()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">pwiz::data::ParamContainer::cvParam()</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a085c3d9a329e4788163eb7820cb72cad">pwiz::data::ParamContainer::empty()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00476">pwiz::msdata::SpectrumIdentity::id</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00473">pwiz::msdata::SpectrumIdentity::index</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00326">pwiz::msdata::Precursor::isolationWindow</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l03180">MS_isolation_window_target_m_z</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l02901">MS_selected_ion_m_z</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00520">pwiz::msdata::Spectrum::precursors</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00329">pwiz::msdata::Precursor::selectedIons</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>, <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00047">pwiz::data::CVParam::value</a>, and <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00112">pwiz::data::CVParam::valueAs()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp_source.html#l00086">testShift()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a21da8c568d9b568bbd95c77a63afa0d8" name="a21da8c568d9b568bbd95c77a63afa0d8"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a21da8c568d9b568bbd95c77a63afa0d8">&#9670;&nbsp;</a></span>testShift()</h2>
│ │ │ │ @@ -281,57 +281,57 @@
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp_source.html#l00086">86</a> of file <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp_source.html">SpectrumList_MZRefinerTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">   87</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   88</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_file.html">MSDataFile</a> msd((datadir / <span class="stringliteral">&quot;JD_06232014_sample4_C.mzML&quot;</span>).<span class="keywordtype">string</span>());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   89</span>    </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   90</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(msd.run.spectrumListPtr.get() &amp;&amp; msd.run.spectrumListPtr-&gt;size()==610);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   91</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;original spectra:\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   92</span>    <span class="comment">// Provided mzML file is high-res/high-res</span></div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   93</span>    <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 1e-4;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   93</span>    <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 1e-4;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   94</span>    <span class="comment">// MS1 scans 0, 224, 398 (0 and 224</span></div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   95</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(0, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 371.09958, 300.14306, 1568.55126, 30, 303.64633, 1200, 416.24838);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   96</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(224, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 558.30688, 301.05908, 1522.72473, 200, 407.26425, 1500, 724.32824);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   97</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(10, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 530.32782, 74.06039, 887.42852, 41, 188.11117, 93, 442.22839);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   98</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3">verifyPrecursorInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(10), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 530.26684, 530.27);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   99</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(173, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 141.10162, 87.05542, 1187.53137, 63, 248.15817, 116, 887.44793);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  100</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3">verifyPrecursorInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(173), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 629.30160, 629.3);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  101</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(346, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 848.45895, 116.00368, 1454.73327, 16, 185.16418, 95, 862.43109);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  102</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3">verifyPrecursorInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(346), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 840.45480, 840.45);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  103</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(470, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 249.15857, 119.04895, 1402.77331, 23, 217.08113, 102, 1154.59863);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  104</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3">verifyPrecursorInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(470), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 838.96706, 838.97);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  105</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(551, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 1048.55047, 155.08105, 1321.67761, 50, 368.19134, 104, 941.96954);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  106</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3">verifyPrecursorInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(551), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 739.69935, 740.03);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   95</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(0, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 371.09958, 300.14306, 1568.55126, 30, 303.64633, 1200, 416.24838);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   96</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(224, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 558.30688, 301.05908, 1522.72473, 200, 407.26425, 1500, 724.32824);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   97</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(10, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 530.32782, 74.06039, 887.42852, 41, 188.11117, 93, 442.22839);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   98</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3">verifyPrecursorInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(10), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 530.26684, 530.27);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   99</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(173, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 141.10162, 87.05542, 1187.53137, 63, 248.15817, 116, 887.44793);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  100</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3">verifyPrecursorInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(173), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 629.30160, 629.3);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  101</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(346, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 848.45895, 116.00368, 1454.73327, 16, 185.16418, 95, 862.43109);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  102</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3">verifyPrecursorInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(346), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 840.45480, 840.45);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  103</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(470, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 249.15857, 119.04895, 1402.77331, 23, 217.08113, 102, 1154.59863);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  104</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3">verifyPrecursorInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(470), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 838.96706, 838.97);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  105</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(551, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 1048.55047, 155.08105, 1321.67761, 50, 368.19134, 104, 941.96954);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  106</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3">verifyPrecursorInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(551), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 739.69935, 740.03);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  107</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  108</span>    shared_ptr&lt;SpectrumList_MZRefiner&gt; spectrumListMZRefined(</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  109</span>        <span class="keyword">new</span> <a class="code hl_class" href="classpwiz_1_1analysis_1_1_spectrum_list___m_z_refiner.html">SpectrumList_MZRefiner</a>(msd, (datadir / <span class="stringliteral">&quot;JD_06232014_sample4_C.mzid&quot;</span>).<span class="keywordtype">string</span>(), <span class="stringliteral">&quot;specEValue&quot;</span>, <span class="stringliteral">&quot;-1e-10&quot;</span>, <a class="code hl_class" href="classpwiz_1_1util_1_1_integer_set.html">IntegerSet</a>(1, 2)));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  110</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  111</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(spectrumListMZRefined-&gt;size() == 610);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  112</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;refined spectra:\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  113</span>    <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 1e-2; <span class="comment">// Increase the tolerance a little bit for the refined results (add some forgiveness with algorithm updates...)</span></div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  114</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(0, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 371.10060, 300.14388, 1568.55631, 30, 303.64715, 1200, 416.24951);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  115</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(224, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 558.30841, 301.05990, 1522.72962, 200, 407.26538, 1500, 724.33007);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  116</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(10, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 530.32928, 74.06059, 887.43126, 41, 188.11169, 93, 442.22961);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  117</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3">verifyPrecursorInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(10), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 530.26830, 530.27145);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  118</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(173, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 141.10200, 87.05566, 1187.53519, 63, 248.15885, 116, 887.45068);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  119</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3">verifyPrecursorInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(173), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 629.30333, 629.30172);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  120</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(346, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 848.46155, 116.00400, 1454.73795, 16, 185.16468, 95, 862.43371);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  121</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3">verifyPrecursorInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(346), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 840.45738, 840.45257);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  122</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(470, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 249.15926, 119.04927, 1402.77782, 23, 217.08172, 102, 1154.60229);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  123</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3">verifyPrecursorInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(470), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 838.96963, 838.97257);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  124</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(551, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 1048.55384, 155.08147, 1321.68186, 50, 368.19235, 104, 941.97253);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  125</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3">verifyPrecursorInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(551), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 739.70141, 740.03206);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  113</span>    <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 1e-2; <span class="comment">// Increase the tolerance a little bit for the refined results (add some forgiveness with algorithm updates...)</span></div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  114</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(0, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 371.10060, 300.14388, 1568.55631, 30, 303.64715, 1200, 416.24951);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  115</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(224, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 558.30841, 301.05990, 1522.72962, 200, 407.26538, 1500, 724.33007);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  116</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(10, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 530.32928, 74.06059, 887.43126, 41, 188.11169, 93, 442.22961);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  117</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3">verifyPrecursorInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(10), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 530.26830, 530.27145);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  118</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(173, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 141.10200, 87.05566, 1187.53519, 63, 248.15885, 116, 887.45068);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  119</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3">verifyPrecursorInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(173), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 629.30333, 629.30172);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  120</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(346, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 848.46155, 116.00400, 1454.73795, 16, 185.16468, 95, 862.43371);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  121</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3">verifyPrecursorInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(346), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 840.45738, 840.45257);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  122</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(470, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 249.15926, 119.04927, 1402.77782, 23, 217.08172, 102, 1154.60229);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  123</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3">verifyPrecursorInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(470), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 838.96963, 838.97257);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  124</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(551, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 1048.55384, 155.08147, 1321.68186, 50, 368.19235, 104, 941.97253);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  125</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3">verifyPrecursorInfo</a>(*msd.run.spectrumListPtr-&gt;spectrum(551), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 739.70141, 740.03206);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  126</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  127</span>    bfs::remove(datadir / <span class="stringliteral">&quot;JD_06232014_sample4_C.mzRefinement.tsv&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  128</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp_html_a817942fd598971401a7630c184803c1c"><div class="ttname"><a href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a></div><div class="ttdeci">void verifyScanInfo(const Spectrum &amp;spectrum, const double &amp;epsilon, double basePeakMZ, double lowestObservedMZ, double highestObservedMZ, int mzArrayIndex1, double mzArrayValue1, int mzArrayIndex2, double mzArrayValue2)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp_source.html#l00043">SpectrumList_MZRefinerTest.cpp:43</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp_html_abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3"><div class="ttname"><a href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3">verifyPrecursorInfo</a></div><div class="ttdeci">void verifyPrecursorInfo(const Spectrum &amp;spectrum, const double &amp;epsilon, double precursorMZ, double isolationWindowTarget)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp_source.html#l00066">SpectrumList_MZRefinerTest.cpp:66</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1analysis_1_1_spectrum_list___m_z_refiner_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1analysis_1_1_spectrum_list___m_z_refiner.html">pwiz::analysis::SpectrumList_MZRefiner</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_spectrum_list___m_z_refiner_8hpp_source.html#l00061">SpectrumList_MZRefiner.hpp:62</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1util_1_1_integer_set_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1util_1_1_integer_set.html">pwiz::util::IntegerSet</a></div><div class="ttdoc">a virtual container of integers, accessible via an iterator interface, stored as union of intervals</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_integer_set_8hpp_source.html#l00037">IntegerSet.hpp:38</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_file_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_file.html">pwiz::msdata::MSDataFile</a></div><div class="ttdoc">MSData object plus file I/O.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_file_8hpp_source.html#l00040">MSDataFile.hpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00886">pwiz::msdata::MSData::run</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00827">pwiz::msdata::Run::spectrumListPtr</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp_source.html#l00066">verifyPrecursorInfo()</a>, and <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp_source.html#l00043">verifyScanInfo()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00886">pwiz::msdata::MSData::run</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00827">pwiz::msdata::Run::spectrumListPtr</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp_source.html#l00066">verifyPrecursorInfo()</a>, and <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp_source.html#l00043">verifyScanInfo()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp_source.html#l00131">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="adfd632408235fa03e20660a4d061c05d" name="adfd632408235fa03e20660a4d061c05d"></a>
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│ │ │ │ @@ -84,38 +84,38 @@
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│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00037" name="l00037"></a><span class="lineno">   37</span><span class="keyword">namespace </span>bfs = boost::filesystem;</div>
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│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00042" name="l00042"></a><span class="lineno">   42</span><span class="comment">// Check scan metadata and a small sample of the m/z data for high-res scans.</span></div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00043" name="l00043"></a><span class="lineno"><a class="line" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">   43</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(<span class="keyword">const</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html">Spectrum</a>&amp; spectrum, <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span>&amp; <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, <span class="keywordtype">double</span> basePeakMZ, <span class="keywordtype">double</span> lowestObservedMZ, <span class="keywordtype">double</span> highestObservedMZ, <span class="keywordtype">int</span> mzArrayIndex1, <span class="keywordtype">double</span> mzArrayValue1, <span class="keywordtype">int</span> mzArrayIndex2, <span class="keywordtype">double</span> mzArrayValue2)</div>
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│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00046" name="l00046"></a><span class="lineno">   46</span>    <span class="keyword">const</span> <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa0303b5e9ba2c6c62aad646fb63670ae">BinaryDataArrayPtr</a> binaryData = spectrum.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html#a9dd220d7e0ca98a10ddb9e8b7dc03ed1">getMZArray</a>();</div>
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│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00048" name="l00048"></a><span class="lineno">   48</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>)</div>
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│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00050" name="l00050"></a><span class="lineno">   50</span>        *<a class="code hl_variable" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;[verifyScanInfo] &quot;</span> &lt;&lt; spectrum.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_identity.html#ad39ab127d1d0347c0bfe3f396d5430e2">index</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot; &quot;</span> &lt;&lt; spectrum.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_identity.html#a66077e5b15931d86d9aed37a90518c5f">id</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot; &quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00051" name="l00051"></a><span class="lineno">   51</span>             &lt;&lt; basePeakMZ &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot; &quot;</span> &lt;&lt; lowestObservedMZ &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot; &quot;</span> &lt;&lt; highestObservedMZ &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot; &quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00052" name="l00052"></a><span class="lineno">   52</span>             &lt;&lt; mzArrayValue1 &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot; &quot;</span> &lt;&lt; mzArrayValue2 &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;: &quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00053" name="l00053"></a><span class="lineno">   53</span>             &lt;&lt; spectrum.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">cvParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#ad618dd23c0cff8aa5bf4a3f062592dde">MS_base_peak_m_z</a>).<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#ae67a33c2c8c829f27a398c0fce6aaeac">value</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot; &quot;</span> &lt;&lt; spectrum.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">cvParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a445308d6249868560d7cf4905ee96fa8">MS_lowest_observed_m_z</a>).<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#ae67a33c2c8c829f27a398c0fce6aaeac">value</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot; &quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00054" name="l00054"></a><span class="lineno">   54</span>             &lt;&lt; spectrum.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">cvParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a2ca91b00fc1b616b90ee1051eedc4078">MS_highest_observed_m_z</a>).<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#ae67a33c2c8c829f27a398c0fce6aaeac">value</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot; &quot;</span> &lt;&lt; binaryData-&gt;data[mzArrayIndex1] &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot; &quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00055" name="l00055"></a><span class="lineno">   55</span>             &lt;&lt; binaryData-&gt;data[mzArrayIndex2] &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00056" name="l00056"></a><span class="lineno">   56</span>    }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00057" name="l00057"></a><span class="lineno">   57</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00058" name="l00058"></a><span class="lineno">   58</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(spectrum.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">cvParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#ad618dd23c0cff8aa5bf4a3f062592dde">MS_base_peak_m_z</a>).<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#a79cc5b640f64244f19f6eb6d26d09307">valueAs</a>&lt;<span class="keywordtype">double</span>&gt;(), basePeakMZ, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00059" name="l00059"></a><span class="lineno">   59</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(spectrum.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">cvParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a445308d6249868560d7cf4905ee96fa8">MS_lowest_observed_m_z</a>).<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#a79cc5b640f64244f19f6eb6d26d09307">valueAs</a>&lt;<span class="keywordtype">double</span>&gt;(), lowestObservedMZ, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00060" name="l00060"></a><span class="lineno">   60</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(spectrum.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">cvParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a2ca91b00fc1b616b90ee1051eedc4078">MS_highest_observed_m_z</a>).<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#a79cc5b640f64244f19f6eb6d26d09307">valueAs</a>&lt;<span class="keywordtype">double</span>&gt;(), highestObservedMZ, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00061" name="l00061"></a><span class="lineno">   61</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(binaryData-&gt;data[mzArrayIndex1], mzArrayValue1, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
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│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00059" name="l00059"></a><span class="lineno">   59</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(spectrum.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">cvParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a445308d6249868560d7cf4905ee96fa8">MS_lowest_observed_m_z</a>).<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#a79cc5b640f64244f19f6eb6d26d09307">valueAs</a>&lt;<span class="keywordtype">double</span>&gt;(), lowestObservedMZ, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
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│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00065" name="l00065"></a><span class="lineno">   65</span><span class="comment">// Check scan precursor metadata for MS/MS scans</span></div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00066" name="l00066"></a><span class="lineno"><a class="line" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3">   66</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3">verifyPrecursorInfo</a>(<span class="keyword">const</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html">Spectrum</a>&amp; spectrum, <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span>&amp; <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, <span class="keywordtype">double</span> precursorMZ, <span class="keywordtype">double</span> isolationWindowTarget)</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00066" name="l00066"></a><span class="lineno"><a class="line" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3">   66</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3">verifyPrecursorInfo</a>(<span class="keyword">const</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html">Spectrum</a>&amp; spectrum, <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span>&amp; <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, <span class="keywordtype">double</span> precursorMZ, <span class="keywordtype">double</span> isolationWindowTarget)</div>
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│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00068" name="l00068"></a><span class="lineno">   68</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!spectrum.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html#afa0c8fcf1dc582cd4a06feb9aeea3728">precursors</a>.empty()); </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00069" name="l00069"></a><span class="lineno">   69</span>    <span class="keyword">const</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html">Precursor</a>&amp; precursor = spectrum.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html#afa0c8fcf1dc582cd4a06feb9aeea3728">precursors</a>[0];</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00070" name="l00070"></a><span class="lineno">   70</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!precursor.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html#a4d02d4e7090e20675375057d57a79e2b">selectedIons</a>.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00071" name="l00071"></a><span class="lineno">   71</span>    <span class="keyword">const</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_selected_ion.html">SelectedIon</a>&amp; selectedIon = precursor.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html#a4d02d4e7090e20675375057d57a79e2b">selectedIons</a>[0];</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00072" name="l00072"></a><span class="lineno">   72</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!precursor.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html#a5661b02a669272af191cb1880c18e664">isolationWindow</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a085c3d9a329e4788163eb7820cb72cad">empty</a>());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00073" name="l00073"></a><span class="lineno">   73</span>    <span class="keyword">const</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1analysis_1_1_isolation_window.html">IsolationWindow</a>&amp; isoWindow = precursor.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html#a5661b02a669272af191cb1880c18e664">isolationWindow</a>;</div>
│ │ │ │ @@ -123,58 +123,58 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00075" name="l00075"></a><span class="lineno">   75</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00076" name="l00076"></a><span class="lineno">   76</span>    {</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00077" name="l00077"></a><span class="lineno">   77</span>        *<a class="code hl_variable" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;[verifyPrecursorInfo] &quot;</span> &lt;&lt; spectrum.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_identity.html#ad39ab127d1d0347c0bfe3f396d5430e2">index</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot; &quot;</span> &lt;&lt; spectrum.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_identity.html#a66077e5b15931d86d9aed37a90518c5f">id</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot; &quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00078" name="l00078"></a><span class="lineno">   78</span>            &lt;&lt; precursorMZ &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot; &quot;</span> &lt;&lt; isolationWindowTarget &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;: &quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00079" name="l00079"></a><span class="lineno">   79</span>            &lt;&lt; selectedIon.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">cvParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1">MS_selected_ion_m_z</a>).<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#ae67a33c2c8c829f27a398c0fce6aaeac">value</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot; &quot;</span> &lt;&lt; isoWindow.cvParam(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aacdab0d7c3e4f182e2a9470d28ad1ab8">MS_isolation_window_target_m_z</a>).value &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00080" name="l00080"></a><span class="lineno">   80</span>    }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00081" name="l00081"></a><span class="lineno">   81</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00082" name="l00082"></a><span class="lineno">   82</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(selectedIon.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">cvParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1">MS_selected_ion_m_z</a>).<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#a79cc5b640f64244f19f6eb6d26d09307">valueAs</a>&lt;<span class="keywordtype">double</span>&gt;(), precursorMZ, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00083" name="l00083"></a><span class="lineno">   83</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(isoWindow.cvParam(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aacdab0d7c3e4f182e2a9470d28ad1ab8">MS_isolation_window_target_m_z</a>).valueAs&lt;<span class="keywordtype">double</span>&gt;(), isolationWindowTarget, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00082" name="l00082"></a><span class="lineno">   82</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(selectedIon.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">cvParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1">MS_selected_ion_m_z</a>).<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#a79cc5b640f64244f19f6eb6d26d09307">valueAs</a>&lt;<span class="keywordtype">double</span>&gt;(), precursorMZ, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00083" name="l00083"></a><span class="lineno">   83</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(isoWindow.cvParam(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aacdab0d7c3e4f182e2a9470d28ad1ab8">MS_isolation_window_target_m_z</a>).valueAs&lt;<span class="keywordtype">double</span>&gt;(), isolationWindowTarget, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00084" name="l00084"></a><span class="lineno">   84</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00085" name="l00085"></a><span class="lineno">   85</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00086" name="l00086"></a><span class="lineno"><a class="line" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a21da8c568d9b568bbd95c77a63afa0d8">   86</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a21da8c568d9b568bbd95c77a63afa0d8">testShift</a>(<span class="keyword">const</span> bfs::path&amp; datadir)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00087" name="l00087"></a><span class="lineno">   87</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00088" name="l00088"></a><span class="lineno">   88</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_file.html">MSDataFile</a> msd((datadir / <span class="stringliteral">&quot;JD_06232014_sample4_C.mzML&quot;</span>).<span class="keywordtype">string</span>());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00089" name="l00089"></a><span class="lineno">   89</span>    </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00090" name="l00090"></a><span class="lineno">   90</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>.get() &amp;&amp; msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;size()==610);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00091" name="l00091"></a><span class="lineno">   91</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;original spectra:\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00092" name="l00092"></a><span class="lineno">   92</span>    <span class="comment">// Provided mzML file is high-res/high-res</span></div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00093" name="l00093"></a><span class="lineno">   93</span>    <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 1e-4;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00093" name="l00093"></a><span class="lineno">   93</span>    <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 1e-4;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00094" name="l00094"></a><span class="lineno">   94</span>    <span class="comment">// MS1 scans 0, 224, 398 (0 and 224</span></div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00095" name="l00095"></a><span class="lineno">   95</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(0, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 371.09958, 300.14306, 1568.55126, 30, 303.64633, 1200, 416.24838);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00096" name="l00096"></a><span class="lineno">   96</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(224, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 558.30688, 301.05908, 1522.72473, 200, 407.26425, 1500, 724.32824);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00097" name="l00097"></a><span class="lineno">   97</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(10, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 530.32782, 74.06039, 887.42852, 41, 188.11117, 93, 442.22839);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00098" name="l00098"></a><span class="lineno">   98</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3">verifyPrecursorInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(10), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 530.26684, 530.27);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00099" name="l00099"></a><span class="lineno">   99</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(173, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 141.10162, 87.05542, 1187.53137, 63, 248.15817, 116, 887.44793);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00100" name="l00100"></a><span class="lineno">  100</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3">verifyPrecursorInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(173), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 629.30160, 629.3);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00101" name="l00101"></a><span class="lineno">  101</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(346, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 848.45895, 116.00368, 1454.73327, 16, 185.16418, 95, 862.43109);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00102" name="l00102"></a><span class="lineno">  102</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3">verifyPrecursorInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(346), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 840.45480, 840.45);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00103" name="l00103"></a><span class="lineno">  103</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(470, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 249.15857, 119.04895, 1402.77331, 23, 217.08113, 102, 1154.59863);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00104" name="l00104"></a><span class="lineno">  104</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3">verifyPrecursorInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(470), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 838.96706, 838.97);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00105" name="l00105"></a><span class="lineno">  105</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(551, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 1048.55047, 155.08105, 1321.67761, 50, 368.19134, 104, 941.96954);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00106" name="l00106"></a><span class="lineno">  106</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3">verifyPrecursorInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(551), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 739.69935, 740.03);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00095" name="l00095"></a><span class="lineno">   95</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(0, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 371.09958, 300.14306, 1568.55126, 30, 303.64633, 1200, 416.24838);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00096" name="l00096"></a><span class="lineno">   96</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(224, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 558.30688, 301.05908, 1522.72473, 200, 407.26425, 1500, 724.32824);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00097" name="l00097"></a><span class="lineno">   97</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(10, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 530.32782, 74.06039, 887.42852, 41, 188.11117, 93, 442.22839);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00098" name="l00098"></a><span class="lineno">   98</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3">verifyPrecursorInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(10), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 530.26684, 530.27);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00099" name="l00099"></a><span class="lineno">   99</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(173, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 141.10162, 87.05542, 1187.53137, 63, 248.15817, 116, 887.44793);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00100" name="l00100"></a><span class="lineno">  100</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3">verifyPrecursorInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(173), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 629.30160, 629.3);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00101" name="l00101"></a><span class="lineno">  101</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(346, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 848.45895, 116.00368, 1454.73327, 16, 185.16418, 95, 862.43109);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00102" name="l00102"></a><span class="lineno">  102</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3">verifyPrecursorInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(346), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 840.45480, 840.45);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00103" name="l00103"></a><span class="lineno">  103</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(470, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 249.15857, 119.04895, 1402.77331, 23, 217.08113, 102, 1154.59863);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00104" name="l00104"></a><span class="lineno">  104</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3">verifyPrecursorInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(470), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 838.96706, 838.97);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00105" name="l00105"></a><span class="lineno">  105</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(551, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 1048.55047, 155.08105, 1321.67761, 50, 368.19134, 104, 941.96954);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00106" name="l00106"></a><span class="lineno">  106</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3">verifyPrecursorInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(551), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 739.69935, 740.03);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00107" name="l00107"></a><span class="lineno">  107</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00108" name="l00108"></a><span class="lineno">  108</span>    shared_ptr&lt;SpectrumList_MZRefiner&gt; spectrumListMZRefined(</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00109" name="l00109"></a><span class="lineno">  109</span>        <span class="keyword">new</span> <a class="code hl_class" href="classpwiz_1_1analysis_1_1_spectrum_list___m_z_refiner.html">SpectrumList_MZRefiner</a>(msd, (datadir / <span class="stringliteral">&quot;JD_06232014_sample4_C.mzid&quot;</span>).<span class="keywordtype">string</span>(), <span class="stringliteral">&quot;specEValue&quot;</span>, <span class="stringliteral">&quot;-1e-10&quot;</span>, <a class="code hl_class" href="classpwiz_1_1util_1_1_integer_set.html">IntegerSet</a>(1, 2)));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00110" name="l00110"></a><span class="lineno">  110</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00111" name="l00111"></a><span class="lineno">  111</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(spectrumListMZRefined-&gt;size() == 610);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00112" name="l00112"></a><span class="lineno">  112</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;refined spectra:\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00113" name="l00113"></a><span class="lineno">  113</span>    <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 1e-2; <span class="comment">// Increase the tolerance a little bit for the refined results (add some forgiveness with algorithm updates...)</span></div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00114" name="l00114"></a><span class="lineno">  114</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(0, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 371.10060, 300.14388, 1568.55631, 30, 303.64715, 1200, 416.24951);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00115" name="l00115"></a><span class="lineno">  115</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(224, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 558.30841, 301.05990, 1522.72962, 200, 407.26538, 1500, 724.33007);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00116" name="l00116"></a><span class="lineno">  116</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(10, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 530.32928, 74.06059, 887.43126, 41, 188.11169, 93, 442.22961);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00117" name="l00117"></a><span class="lineno">  117</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3">verifyPrecursorInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(10), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 530.26830, 530.27145);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00118" name="l00118"></a><span class="lineno">  118</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(173, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 141.10200, 87.05566, 1187.53519, 63, 248.15885, 116, 887.45068);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00119" name="l00119"></a><span class="lineno">  119</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3">verifyPrecursorInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(173), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 629.30333, 629.30172);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00120" name="l00120"></a><span class="lineno">  120</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(346, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 848.46155, 116.00400, 1454.73795, 16, 185.16468, 95, 862.43371);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00121" name="l00121"></a><span class="lineno">  121</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3">verifyPrecursorInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(346), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 840.45738, 840.45257);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00122" name="l00122"></a><span class="lineno">  122</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(470, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 249.15926, 119.04927, 1402.77782, 23, 217.08172, 102, 1154.60229);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00123" name="l00123"></a><span class="lineno">  123</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3">verifyPrecursorInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(470), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 838.96963, 838.97257);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00124" name="l00124"></a><span class="lineno">  124</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(551, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 1048.55384, 155.08147, 1321.68186, 50, 368.19235, 104, 941.97253);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00125" name="l00125"></a><span class="lineno">  125</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3">verifyPrecursorInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(551), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 739.70141, 740.03206);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00113" name="l00113"></a><span class="lineno">  113</span>    <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 1e-2; <span class="comment">// Increase the tolerance a little bit for the refined results (add some forgiveness with algorithm updates...)</span></div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00114" name="l00114"></a><span class="lineno">  114</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(0, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 371.10060, 300.14388, 1568.55631, 30, 303.64715, 1200, 416.24951);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00115" name="l00115"></a><span class="lineno">  115</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(224, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 558.30841, 301.05990, 1522.72962, 200, 407.26538, 1500, 724.33007);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00116" name="l00116"></a><span class="lineno">  116</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(10, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 530.32928, 74.06059, 887.43126, 41, 188.11169, 93, 442.22961);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00117" name="l00117"></a><span class="lineno">  117</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3">verifyPrecursorInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(10), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 530.26830, 530.27145);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00118" name="l00118"></a><span class="lineno">  118</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(173, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 141.10200, 87.05566, 1187.53519, 63, 248.15885, 116, 887.45068);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00119" name="l00119"></a><span class="lineno">  119</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3">verifyPrecursorInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(173), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 629.30333, 629.30172);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00120" name="l00120"></a><span class="lineno">  120</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(346, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 848.46155, 116.00400, 1454.73795, 16, 185.16468, 95, 862.43371);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00121" name="l00121"></a><span class="lineno">  121</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3">verifyPrecursorInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(346), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 840.45738, 840.45257);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00122" name="l00122"></a><span class="lineno">  122</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(470, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 249.15926, 119.04927, 1402.77782, 23, 217.08172, 102, 1154.60229);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00123" name="l00123"></a><span class="lineno">  123</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3">verifyPrecursorInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(470), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 838.96963, 838.97257);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00124" name="l00124"></a><span class="lineno">  124</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a817942fd598971401a7630c184803c1c">verifyScanInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(551, <span class="keyword">true</span>), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 1048.55384, 155.08147, 1321.68186, 50, 368.19235, 104, 941.97253);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00125" name="l00125"></a><span class="lineno">  125</span>    <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#abf5f431a933768781bf37e5e9e9e8ab3">verifyPrecursorInfo</a>(*msd.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>-&gt;spectrum(551), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>, 739.70141, 740.03206);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00126" name="l00126"></a><span class="lineno">  126</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00127" name="l00127"></a><span class="lineno">  127</span>    bfs::remove(datadir / <span class="stringliteral">&quot;JD_06232014_sample4_C.mzRefinement.tsv&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00128" name="l00128"></a><span class="lineno">  128</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00129" name="l00129"></a><span class="lineno">  129</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00130" name="l00130"></a><span class="lineno">  130</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00131" name="l00131"></a><span class="lineno"><a class="line" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#adfd632408235fa03e20660a4d061c05d">  131</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#adfd632408235fa03e20660a4d061c05d">test</a>(<span class="keyword">const</span> bfs::path&amp; datadir)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00132" name="l00132"></a><span class="lineno">  132</span>{</div>
│ │ │ │ @@ -231,15 +231,15 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1analysis_1_1_spectrum_list___m_z_refiner_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1analysis_1_1_spectrum_list___m_z_refiner.html">pwiz::analysis::SpectrumList_MZRefiner</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_spectrum_list___m_z_refiner_8hpp_source.html#l00061">SpectrumList_MZRefiner.hpp:62</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1util_1_1_integer_set_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1util_1_1_integer_set.html">pwiz::util::IntegerSet</a></div><div class="ttdoc">a virtual container of integers, accessible via an iterator interface, stored as union of intervals</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_integer_set_8hpp_source.html#l00037">IntegerSet.hpp:38</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_a2ca91b00fc1b616b90ee1051eedc4078"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#a2ca91b00fc1b616b90ee1051eedc4078">MS_highest_observed_m_z</a></div><div class="ttdeci">MS_highest_observed_m_z</div><div class="ttdoc">highest observed m/z: Highest m/z value observed in the m/z array.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l02187">cv.hpp:2187</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_a445308d6249868560d7cf4905ee96fa8"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#a445308d6249868560d7cf4905ee96fa8">MS_lowest_observed_m_z</a></div><div class="ttdeci">MS_lowest_observed_m_z</div><div class="ttdoc">lowest observed m/z: Lowest m/z value observed in the m/z array.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l02190">cv.hpp:2190</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_aacdab0d7c3e4f182e2a9470d28ad1ab8"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#aacdab0d7c3e4f182e2a9470d28ad1ab8">MS_isolation_window_target_m_z</a></div><div class="ttdeci">MS_isolation_window_target_m_z</div><div class="ttdoc">isolation window target m/z: The primary or reference m/z about which the isolation window is defined...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l03180">cv.hpp:3180</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1">MS_selected_ion_m_z</a></div><div class="ttdeci">MS_selected_ion_m_z</div><div class="ttdoc">selected ion m/z: Mass-to-charge ratio of an selected ion.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l02901">cv.hpp:2901</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_ad618dd23c0cff8aa5bf4a3f062592dde"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#ad618dd23c0cff8aa5bf4a3f062592dde">MS_base_peak_m_z</a></div><div class="ttdeci">MS_base_peak_m_z</div><div class="ttdoc">base peak m/z: M/z value of the signal of highest intensity in the mass spectrum.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l02118">cv.hpp:2118</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1analysis_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1analysis.html">pwiz::analysis</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_chromatogram_list___filter_8hpp_source.html#l00037">ChromatogramList_Filter.hpp:37</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1cv_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1cv.html">pwiz::cv</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l00108">cv.hpp:108</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html">pwiz::msdata</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_demux_types_8hpp_source.html#l00027">DemuxTypes.hpp:27</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html_aa0303b5e9ba2c6c62aad646fb63670ae"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa0303b5e9ba2c6c62aad646fb63670ae">pwiz::msdata::BinaryDataArrayPtr</a></div><div class="ttdeci">boost::shared_ptr&lt; BinaryDataArray &gt; BinaryDataArrayPtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00417">MSData.hpp:417</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1util_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="almost__equal_8hpp_source.html#l00033">almost_equal.hpp:33</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1analysis_1_1_isolation_window_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1analysis_1_1_isolation_window.html">pwiz::analysis::IsolationWindow</a></div><div class="ttdoc">A container that wraps DemuxWindow to preserve the full precision window boundaries.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_i_precursor_mask_codec_8hpp_source.html#l00167">IPrecursorMaskCodec.hpp:168</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_c_v_param_html_a79cc5b640f64244f19f6eb6d26d09307"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#a79cc5b640f64244f19f6eb6d26d09307">pwiz::data::CVParam::valueAs</a></div><div class="ttdeci">value_type valueAs() const</div><div class="ttdoc">templated value access with type conversion</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_param_types_8hpp_source.html#l00112">ParamTypes.hpp:112</a></div></div>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_spectrum_list___precursor_recalculator_test_8cpp.html
│ │ │ │ @@ -110,44 +110,44 @@
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_recalculator_test_8cpp_source.html#l00042">42</a> of file <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_recalculator_test_8cpp_source.html">SpectrumList_PrecursorRecalculatorTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">   43</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   44</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!spectrum.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html#afa0c8fcf1dc582cd4a06feb9aeea3728">precursors</a>.empty()); </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   45</span>    <span class="keyword">const</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html">Precursor</a>&amp; precursor = spectrum.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html#afa0c8fcf1dc582cd4a06feb9aeea3728">precursors</a>[0];</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   46</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!precursor.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html#a4d02d4e7090e20675375057d57a79e2b">selectedIons</a>.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   47</span>    <span class="keyword">const</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_selected_ion.html">SelectedIon</a>&amp; selectedIon = precursor.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html#a4d02d4e7090e20675375057d57a79e2b">selectedIons</a>[0];</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   48</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   49</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 1e-2;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   49</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 1e-2;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   50</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="_spectrum_list___precursor_recalculator_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   51</span>    {</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   52</span>        *<a class="code hl_variable" href="_spectrum_list___precursor_recalculator_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;[verifyPrecursorInfo] &quot;</span> &lt;&lt; spectrum.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_identity.html#ad39ab127d1d0347c0bfe3f396d5430e2">index</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot; &quot;</span> &lt;&lt; spectrum.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_identity.html#a66077e5b15931d86d9aed37a90518c5f">id</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot; &quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   53</span>             &lt;&lt; precursorMZ &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot; &quot;</span> &lt;&lt; precursorCharge &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;: &quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   54</span>             &lt;&lt; selectedIon.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">cvParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1">MS_selected_ion_m_z</a>).<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#ae67a33c2c8c829f27a398c0fce6aaeac">value</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot; &quot;</span> &lt;&lt; selectedIon.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">cvParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aab350784ff99496a8d87765822d2cd86">MS_charge_state</a>).<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#ae67a33c2c8c829f27a398c0fce6aaeac">value</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   55</span>    }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   56</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   57</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(selectedIon.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">cvParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1">MS_selected_ion_m_z</a>).<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#a79cc5b640f64244f19f6eb6d26d09307">valueAs</a>&lt;<span class="keywordtype">double</span>&gt;(), precursorMZ, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   57</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(selectedIon.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">cvParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1">MS_selected_ion_m_z</a>).<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#a79cc5b640f64244f19f6eb6d26d09307">valueAs</a>&lt;<span class="keywordtype">double</span>&gt;(), precursorMZ, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   58</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   59</span>    <span class="keywordflow">if</span> (precursorCharge != 0)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   60</span>        <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(selectedIon.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">cvParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aab350784ff99496a8d87765822d2cd86">MS_charge_state</a>).<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#a79cc5b640f64244f19f6eb6d26d09307">valueAs</a>&lt;<span class="keywordtype">int</span>&gt;() == precursorCharge);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   61</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_spectrum_list___precursor_recalculator_test_8cpp_html_ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><div class="ttname"><a href="_spectrum_list___precursor_recalculator_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a></div><div class="ttdeci">ostream * os_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_spectrum_list___precursor_recalculator_test_8cpp_source.html#l00039">SpectrumList_PrecursorRecalculatorTest.cpp:39</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_aab350784ff99496a8d87765822d2cd86"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#aab350784ff99496a8d87765822d2cd86">MS_charge_state</a></div><div class="ttdeci">MS_charge_state</div><div class="ttdoc">charge state: The charge state of the ion, single or multiple and positive or negatively charged.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l00396">cv.hpp:396</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1">MS_selected_ion_m_z</a></div><div class="ttdeci">MS_selected_ion_m_z</div><div class="ttdoc">selected ion m/z: Mass-to-charge ratio of an selected ion.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l02901">cv.hpp:2901</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_c_v_param_html_a79cc5b640f64244f19f6eb6d26d09307"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#a79cc5b640f64244f19f6eb6d26d09307">pwiz::data::CVParam::valueAs</a></div><div class="ttdeci">value_type valueAs() const</div><div class="ttdoc">templated value access with type conversion</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_param_types_8hpp_source.html#l00112">ParamTypes.hpp:112</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_c_v_param_html_ae67a33c2c8c829f27a398c0fce6aaeac"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#ae67a33c2c8c829f27a398c0fce6aaeac">pwiz::data::CVParam::value</a></div><div class="ttdeci">std::string value</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_param_types_8hpp_source.html#l00047">ParamTypes.hpp:47</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_param_container_html_a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">pwiz::data::ParamContainer::cvParam</a></div><div class="ttdeci">CVParam cvParam(CVID cvid) const</div><div class="ttdoc">finds cvid in the container:</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_precursor_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html">pwiz::msdata::Precursor</a></div><div class="ttdoc">The method of precursor ion selection and activation.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00311">MSData.hpp:312</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_precursor_html_a4d02d4e7090e20675375057d57a79e2b"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html#a4d02d4e7090e20675375057d57a79e2b">pwiz::msdata::Precursor::selectedIons</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; SelectedIon &gt; selectedIons</div><div class="ttdoc">this list of precursor ions that were selected.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00329">MSData.hpp:329</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_selected_ion_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_selected_ion.html">pwiz::msdata::SelectedIon</a></div><div class="ttdoc">TODO.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00296">MSData.hpp:297</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_html_afa0c8fcf1dc582cd4a06feb9aeea3728"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html#afa0c8fcf1dc582cd4a06feb9aeea3728">pwiz::msdata::Spectrum::precursors</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; Precursor &gt; precursors</div><div class="ttdoc">list and descriptions of precursors to the spectrum currently being described.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00520">MSData.hpp:520</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_identity_html_a66077e5b15931d86d9aed37a90518c5f"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_identity.html#a66077e5b15931d86d9aed37a90518c5f">pwiz::msdata::SpectrumIdentity::id</a></div><div class="ttdeci">std::string id</div><div class="ttdoc">a unique identifier for this spectrum. It should be expected that external files may use this identif...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00476">MSData.hpp:476</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_identity_html_ad39ab127d1d0347c0bfe3f396d5430e2"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_identity.html#ad39ab127d1d0347c0bfe3f396d5430e2">pwiz::msdata::SpectrumIdentity::index</a></div><div class="ttdeci">size_t index</div><div class="ttdoc">the zero-based, consecutive index of the spectrum in the SpectrumList.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00473">MSData.hpp:473</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_acbd450df99370be00778913f140d5ec0"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert_equal(x, y, epsilon)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit.hpp:99</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">pwiz::data::ParamContainer::cvParam()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00476">pwiz::msdata::SpectrumIdentity::id</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00473">pwiz::msdata::SpectrumIdentity::index</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00396">MS_charge_state</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l02901">MS_selected_ion_m_z</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_recalculator_test_8cpp_source.html#l00039">os_</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00520">pwiz::msdata::Spectrum::precursors</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00329">pwiz::msdata::Precursor::selectedIons</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>, <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00047">pwiz::data::CVParam::value</a>, and <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00112">pwiz::data::CVParam::valueAs()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">pwiz::data::ParamContainer::cvParam()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00476">pwiz::msdata::SpectrumIdentity::id</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00473">pwiz::msdata::SpectrumIdentity::index</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00396">MS_charge_state</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l02901">MS_selected_ion_m_z</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_recalculator_test_8cpp_source.html#l00039">os_</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00520">pwiz::msdata::Spectrum::precursors</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00329">pwiz::msdata::Precursor::selectedIons</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>, <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00047">pwiz::data::CVParam::value</a>, and <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00112">pwiz::data::CVParam::valueAs()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_recalculator_test_8cpp_source.html#l00064">test5peptideFT()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ac7d26723b8c4cab735714bf0657b426e" name="ac7d26723b8c4cab735714bf0657b426e"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ac7d26723b8c4cab735714bf0657b426e">&#9670;&nbsp;</a></span>test5peptideFT()</h2>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_spectrum_list___precursor_recalculator_test_8cpp_source.html
│ │ │ │ @@ -90,23 +90,23 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00042" name="l00042"></a><span class="lineno"><a class="line" href="_spectrum_list___precursor_recalculator_test_8cpp.html#ac27056f469ce3ab35e23428633657957">   42</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___precursor_recalculator_test_8cpp.html#ac27056f469ce3ab35e23428633657957">verifyPrecursorInfo</a>(<span class="keyword">const</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html">Spectrum</a>&amp; spectrum, <span class="keywordtype">double</span> precursorMZ, <span class="keywordtype">int</span> precursorCharge)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00043" name="l00043"></a><span class="lineno">   43</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00044" name="l00044"></a><span class="lineno">   44</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!spectrum.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html#afa0c8fcf1dc582cd4a06feb9aeea3728">precursors</a>.empty()); </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00045" name="l00045"></a><span class="lineno">   45</span>    <span class="keyword">const</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html">Precursor</a>&amp; precursor = spectrum.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html#afa0c8fcf1dc582cd4a06feb9aeea3728">precursors</a>[0];</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00046" name="l00046"></a><span class="lineno">   46</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!precursor.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html#a4d02d4e7090e20675375057d57a79e2b">selectedIons</a>.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00047" name="l00047"></a><span class="lineno">   47</span>    <span class="keyword">const</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_selected_ion.html">SelectedIon</a>&amp; selectedIon = precursor.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html#a4d02d4e7090e20675375057d57a79e2b">selectedIons</a>[0];</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00048" name="l00048"></a><span class="lineno">   48</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00049" name="l00049"></a><span class="lineno">   49</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 1e-2;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00049" name="l00049"></a><span class="lineno">   49</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 1e-2;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00050" name="l00050"></a><span class="lineno">   50</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="_spectrum_list___precursor_recalculator_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00051" name="l00051"></a><span class="lineno">   51</span>    {</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00052" name="l00052"></a><span class="lineno">   52</span>        *<a class="code hl_variable" href="_spectrum_list___precursor_recalculator_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;[verifyPrecursorInfo] &quot;</span> &lt;&lt; spectrum.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_identity.html#ad39ab127d1d0347c0bfe3f396d5430e2">index</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot; &quot;</span> &lt;&lt; spectrum.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_identity.html#a66077e5b15931d86d9aed37a90518c5f">id</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot; &quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00053" name="l00053"></a><span class="lineno">   53</span>             &lt;&lt; precursorMZ &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot; &quot;</span> &lt;&lt; precursorCharge &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;: &quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00054" name="l00054"></a><span class="lineno">   54</span>             &lt;&lt; selectedIon.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">cvParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1">MS_selected_ion_m_z</a>).<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#ae67a33c2c8c829f27a398c0fce6aaeac">value</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot; &quot;</span> &lt;&lt; selectedIon.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">cvParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aab350784ff99496a8d87765822d2cd86">MS_charge_state</a>).<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#ae67a33c2c8c829f27a398c0fce6aaeac">value</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00055" name="l00055"></a><span class="lineno">   55</span>    }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00056" name="l00056"></a><span class="lineno">   56</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00057" name="l00057"></a><span class="lineno">   57</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(selectedIon.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">cvParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1">MS_selected_ion_m_z</a>).<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#a79cc5b640f64244f19f6eb6d26d09307">valueAs</a>&lt;<span class="keywordtype">double</span>&gt;(), precursorMZ, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00057" name="l00057"></a><span class="lineno">   57</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(selectedIon.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">cvParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1">MS_selected_ion_m_z</a>).<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#a79cc5b640f64244f19f6eb6d26d09307">valueAs</a>&lt;<span class="keywordtype">double</span>&gt;(), precursorMZ, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00058" name="l00058"></a><span class="lineno">   58</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00059" name="l00059"></a><span class="lineno">   59</span>    <span class="keywordflow">if</span> (precursorCharge != 0)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00060" name="l00060"></a><span class="lineno">   60</span>        <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(selectedIon.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">cvParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aab350784ff99496a8d87765822d2cd86">MS_charge_state</a>).<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#a79cc5b640f64244f19f6eb6d26d09307">valueAs</a>&lt;<span class="keywordtype">int</span>&gt;() == precursorCharge);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00061" name="l00061"></a><span class="lineno">   61</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00062" name="l00062"></a><span class="lineno">   62</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00063" name="l00063"></a><span class="lineno">   63</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00064" name="l00064"></a><span class="lineno"><a class="line" href="_spectrum_list___precursor_recalculator_test_8cpp.html#ac7d26723b8c4cab735714bf0657b426e">   64</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___precursor_recalculator_test_8cpp.html#ac7d26723b8c4cab735714bf0657b426e">test5peptideFT</a>(<span class="keyword">const</span> bfs::path&amp; datadir)</div>
│ │ │ │ @@ -182,15 +182,15 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_spectrum_list___precursor_recalculator_test_8cpp_html_ac7d26723b8c4cab735714bf0657b426e"><div class="ttname"><a href="_spectrum_list___precursor_recalculator_test_8cpp.html#ac7d26723b8c4cab735714bf0657b426e">test5peptideFT</a></div><div class="ttdeci">void test5peptideFT(const bfs::path &amp;datadir)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_spectrum_list___precursor_recalculator_test_8cpp_source.html#l00064">SpectrumList_PrecursorRecalculatorTest.cpp:64</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_spectrum_list___precursor_recalculator_test_8cpp_html_ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><div class="ttname"><a href="_spectrum_list___precursor_recalculator_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a></div><div class="ttdeci">ostream * os_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_spectrum_list___precursor_recalculator_test_8cpp_source.html#l00039">SpectrumList_PrecursorRecalculatorTest.cpp:39</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_spectrum_list___precursor_recalculator_test_8cpp_html_adfd632408235fa03e20660a4d061c05d"><div class="ttname"><a href="_spectrum_list___precursor_recalculator_test_8cpp.html#adfd632408235fa03e20660a4d061c05d">test</a></div><div class="ttdeci">void test(const bfs::path &amp;datadir)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_spectrum_list___precursor_recalculator_test_8cpp_source.html#l00089">SpectrumList_PrecursorRecalculatorTest.cpp:89</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_std_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="_std_8hpp.html">Std.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1analysis_1_1_spectrum_list___precursor_recalculator_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1analysis_1_1_spectrum_list___precursor_recalculator.html">pwiz::analysis::SpectrumList_PrecursorRecalculator</a></div><div class="ttdoc">SpectrumList wrapper that recalculates precursor info on spectrum() requests.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_spectrum_list___precursor_recalculator_8hpp_source.html#l00037">SpectrumList_PrecursorRecalculator.hpp:38</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_aab350784ff99496a8d87765822d2cd86"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#aab350784ff99496a8d87765822d2cd86">MS_charge_state</a></div><div class="ttdeci">MS_charge_state</div><div class="ttdoc">charge state: The charge state of the ion, single or multiple and positive or negatively charged.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l00396">cv.hpp:396</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1">MS_selected_ion_m_z</a></div><div class="ttdeci">MS_selected_ion_m_z</div><div class="ttdoc">selected ion m/z: Mass-to-charge ratio of an selected ion.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l02901">cv.hpp:2901</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1analysis_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1analysis.html">pwiz::analysis</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_chromatogram_list___filter_8hpp_source.html#l00037">ChromatogramList_Filter.hpp:37</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1cv_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1cv.html">pwiz::cv</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l00108">cv.hpp:108</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html">pwiz::msdata</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_demux_types_8hpp_source.html#l00027">DemuxTypes.hpp:27</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1util_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="almost__equal_8hpp_source.html#l00033">almost_equal.hpp:33</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_c_v_param_html_a79cc5b640f64244f19f6eb6d26d09307"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#a79cc5b640f64244f19f6eb6d26d09307">pwiz::data::CVParam::valueAs</a></div><div class="ttdeci">value_type valueAs() const</div><div class="ttdoc">templated value access with type conversion</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_param_types_8hpp_source.html#l00112">ParamTypes.hpp:112</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_c_v_param_html_ae67a33c2c8c829f27a398c0fce6aaeac"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#ae67a33c2c8c829f27a398c0fce6aaeac">pwiz::data::CVParam::value</a></div><div class="ttdeci">std::string value</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_param_types_8hpp_source.html#l00047">ParamTypes.hpp:47</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_param_container_html_a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">pwiz::data::ParamContainer::cvParam</a></div><div class="ttdeci">CVParam cvParam(CVID cvid) const</div><div class="ttdoc">finds cvid in the container:</div></div>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp.html
│ │ │ │ @@ -107,42 +107,42 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   45</span>    <span class="keyword">const</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html">Precursor</a>&amp; precursor = spectrum.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html#afa0c8fcf1dc582cd4a06feb9aeea3728">precursors</a>[0];</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   46</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!precursor.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html#a4d02d4e7090e20675375057d57a79e2b">selectedIons</a>.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   47</span>    <span class="keyword">const</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_selected_ion.html">SelectedIon</a>&amp; selectedIon = precursor.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html#a4d02d4e7090e20675375057d57a79e2b">selectedIons</a>[0];</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   48</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   49</span>    <span class="keywordtype">double</span> foo = selectedIon.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">cvParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1">MS_selected_ion_m_z</a>).<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#a79cc5b640f64244f19f6eb6d26d09307">valueAs</a>&lt;<span class="keywordtype">double</span>&gt;();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   50</span>    foo++; <span class="comment">// quiet an &quot;initalized but not used&quot; warning</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   51</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   52</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 1e-4;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   52</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 1e-4;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   53</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   54</span>    {</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   55</span>        *<a class="code hl_variable" href="_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;[verifyPrecursorMZ] &quot;</span> &lt;&lt; spectrum.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_identity.html#ad39ab127d1d0347c0bfe3f396d5430e2">index</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot; &quot;</span> &lt;&lt; spectrum.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_identity.html#a66077e5b15931d86d9aed37a90518c5f">id</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot; &quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   56</span>             &lt;&lt; precursorMZ &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;: &quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   57</span>             &lt;&lt; selectedIon.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">cvParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1">MS_selected_ion_m_z</a>).<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#ae67a33c2c8c829f27a398c0fce6aaeac">value</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot; &quot;</span> &lt;&lt; selectedIon.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">cvParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aab350784ff99496a8d87765822d2cd86">MS_charge_state</a>).<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#ae67a33c2c8c829f27a398c0fce6aaeac">value</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   58</span>    }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   59</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   60</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(selectedIon.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">cvParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1">MS_selected_ion_m_z</a>).<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#a79cc5b640f64244f19f6eb6d26d09307">valueAs</a>&lt;<span class="keywordtype">double</span>&gt;(), precursorMZ, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   60</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(selectedIon.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">cvParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1">MS_selected_ion_m_z</a>).<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#a79cc5b640f64244f19f6eb6d26d09307">valueAs</a>&lt;<span class="keywordtype">double</span>&gt;(), precursorMZ, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   61</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   62</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp_html_ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><div class="ttname"><a href="_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a></div><div class="ttdeci">ostream * os_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp_source.html#l00039">SpectrumList_PrecursorRefineTest.cpp:39</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_aab350784ff99496a8d87765822d2cd86"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#aab350784ff99496a8d87765822d2cd86">MS_charge_state</a></div><div class="ttdeci">MS_charge_state</div><div class="ttdoc">charge state: The charge state of the ion, single or multiple and positive or negatively charged.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l00396">cv.hpp:396</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1">MS_selected_ion_m_z</a></div><div class="ttdeci">MS_selected_ion_m_z</div><div class="ttdoc">selected ion m/z: Mass-to-charge ratio of an selected ion.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l02901">cv.hpp:2901</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_c_v_param_html_a79cc5b640f64244f19f6eb6d26d09307"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#a79cc5b640f64244f19f6eb6d26d09307">pwiz::data::CVParam::valueAs</a></div><div class="ttdeci">value_type valueAs() const</div><div class="ttdoc">templated value access with type conversion</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_param_types_8hpp_source.html#l00112">ParamTypes.hpp:112</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_c_v_param_html_ae67a33c2c8c829f27a398c0fce6aaeac"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#ae67a33c2c8c829f27a398c0fce6aaeac">pwiz::data::CVParam::value</a></div><div class="ttdeci">std::string value</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_param_types_8hpp_source.html#l00047">ParamTypes.hpp:47</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_param_container_html_a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">pwiz::data::ParamContainer::cvParam</a></div><div class="ttdeci">CVParam cvParam(CVID cvid) const</div><div class="ttdoc">finds cvid in the container:</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_precursor_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html">pwiz::msdata::Precursor</a></div><div class="ttdoc">The method of precursor ion selection and activation.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00311">MSData.hpp:312</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_precursor_html_a4d02d4e7090e20675375057d57a79e2b"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html#a4d02d4e7090e20675375057d57a79e2b">pwiz::msdata::Precursor::selectedIons</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; SelectedIon &gt; selectedIons</div><div class="ttdoc">this list of precursor ions that were selected.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00329">MSData.hpp:329</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_selected_ion_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_selected_ion.html">pwiz::msdata::SelectedIon</a></div><div class="ttdoc">TODO.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00296">MSData.hpp:297</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_html_afa0c8fcf1dc582cd4a06feb9aeea3728"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html#afa0c8fcf1dc582cd4a06feb9aeea3728">pwiz::msdata::Spectrum::precursors</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; Precursor &gt; precursors</div><div class="ttdoc">list and descriptions of precursors to the spectrum currently being described.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00520">MSData.hpp:520</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_identity_html_a66077e5b15931d86d9aed37a90518c5f"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_identity.html#a66077e5b15931d86d9aed37a90518c5f">pwiz::msdata::SpectrumIdentity::id</a></div><div class="ttdeci">std::string id</div><div class="ttdoc">a unique identifier for this spectrum. It should be expected that external files may use this identif...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00476">MSData.hpp:476</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_identity_html_ad39ab127d1d0347c0bfe3f396d5430e2"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_identity.html#ad39ab127d1d0347c0bfe3f396d5430e2">pwiz::msdata::SpectrumIdentity::index</a></div><div class="ttdeci">size_t index</div><div class="ttdoc">the zero-based, consecutive index of the spectrum in the SpectrumList.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00473">MSData.hpp:473</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_acbd450df99370be00778913f140d5ec0"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert_equal(x, y, epsilon)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit.hpp:99</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">pwiz::data::ParamContainer::cvParam()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00476">pwiz::msdata::SpectrumIdentity::id</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00473">pwiz::msdata::SpectrumIdentity::index</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00396">MS_charge_state</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l02901">MS_selected_ion_m_z</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp_source.html#l00039">os_</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00520">pwiz::msdata::Spectrum::precursors</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00329">pwiz::msdata::Precursor::selectedIons</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>, <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00047">pwiz::data::CVParam::value</a>, and <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00112">pwiz::data::CVParam::valueAs()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">pwiz::data::ParamContainer::cvParam()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00476">pwiz::msdata::SpectrumIdentity::id</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00473">pwiz::msdata::SpectrumIdentity::index</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00396">MS_charge_state</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l02901">MS_selected_ion_m_z</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp_source.html#l00039">os_</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00520">pwiz::msdata::Spectrum::precursors</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00329">pwiz::msdata::Precursor::selectedIons</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>, <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00047">pwiz::data::CVParam::value</a>, and <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00112">pwiz::data::CVParam::valueAs()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp_source.html#l00065">testPrecursorRefine()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a46138eace8fc54e1a321258ce9e04fa0" name="a46138eace8fc54e1a321258ce9e04fa0"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a46138eace8fc54e1a321258ce9e04fa0">&#9670;&nbsp;</a></span>testPrecursorRefine()</h2>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp_source.html
│ │ │ │ @@ -93,23 +93,23 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00045" name="l00045"></a><span class="lineno">   45</span>    <span class="keyword">const</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html">Precursor</a>&amp; precursor = spectrum.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html#afa0c8fcf1dc582cd4a06feb9aeea3728">precursors</a>[0];</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00046" name="l00046"></a><span class="lineno">   46</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!precursor.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html#a4d02d4e7090e20675375057d57a79e2b">selectedIons</a>.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00047" name="l00047"></a><span class="lineno">   47</span>    <span class="keyword">const</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_selected_ion.html">SelectedIon</a>&amp; selectedIon = precursor.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html#a4d02d4e7090e20675375057d57a79e2b">selectedIons</a>[0];</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00048" name="l00048"></a><span class="lineno">   48</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00049" name="l00049"></a><span class="lineno">   49</span>    <span class="keywordtype">double</span> foo = selectedIon.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">cvParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1">MS_selected_ion_m_z</a>).<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#a79cc5b640f64244f19f6eb6d26d09307">valueAs</a>&lt;<span class="keywordtype">double</span>&gt;();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00050" name="l00050"></a><span class="lineno">   50</span>    foo++; <span class="comment">// quiet an &quot;initalized but not used&quot; warning</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00051" name="l00051"></a><span class="lineno">   51</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00052" name="l00052"></a><span class="lineno">   52</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 1e-4;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00052" name="l00052"></a><span class="lineno">   52</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 1e-4;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00053" name="l00053"></a><span class="lineno">   53</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00054" name="l00054"></a><span class="lineno">   54</span>    {</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00055" name="l00055"></a><span class="lineno">   55</span>        *<a class="code hl_variable" href="_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;[verifyPrecursorMZ] &quot;</span> &lt;&lt; spectrum.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_identity.html#ad39ab127d1d0347c0bfe3f396d5430e2">index</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot; &quot;</span> &lt;&lt; spectrum.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_identity.html#a66077e5b15931d86d9aed37a90518c5f">id</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot; &quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00056" name="l00056"></a><span class="lineno">   56</span>             &lt;&lt; precursorMZ &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;: &quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00057" name="l00057"></a><span class="lineno">   57</span>             &lt;&lt; selectedIon.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">cvParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1">MS_selected_ion_m_z</a>).<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#ae67a33c2c8c829f27a398c0fce6aaeac">value</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot; &quot;</span> &lt;&lt; selectedIon.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">cvParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aab350784ff99496a8d87765822d2cd86">MS_charge_state</a>).<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#ae67a33c2c8c829f27a398c0fce6aaeac">value</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00058" name="l00058"></a><span class="lineno">   58</span>    }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00059" name="l00059"></a><span class="lineno">   59</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00060" name="l00060"></a><span class="lineno">   60</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(selectedIon.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">cvParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1">MS_selected_ion_m_z</a>).<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#a79cc5b640f64244f19f6eb6d26d09307">valueAs</a>&lt;<span class="keywordtype">double</span>&gt;(), precursorMZ, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00060" name="l00060"></a><span class="lineno">   60</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(selectedIon.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">cvParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1">MS_selected_ion_m_z</a>).<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#a79cc5b640f64244f19f6eb6d26d09307">valueAs</a>&lt;<span class="keywordtype">double</span>&gt;(), precursorMZ, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00061" name="l00061"></a><span class="lineno">   61</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00062" name="l00062"></a><span class="lineno">   62</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00063" name="l00063"></a><span class="lineno">   63</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00064" name="l00064"></a><span class="lineno">   64</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00065" name="l00065"></a><span class="lineno"><a class="line" href="_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp.html#a46138eace8fc54e1a321258ce9e04fa0">   65</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp.html#a46138eace8fc54e1a321258ce9e04fa0">testPrecursorRefine</a>(<span class="keyword">const</span> bfs::path&amp; datadir)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00066" name="l00066"></a><span class="lineno">   66</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00067" name="l00067"></a><span class="lineno">   67</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_file.html">MSDataFile</a> msd((datadir / <span class="stringliteral">&quot;PrecursorRefineOrbi.mzML&quot;</span>).<span class="keywordtype">string</span>());</div>
│ │ │ │ @@ -183,15 +183,15 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp_html_a7d6a99b5aa44f03e3f7065880a506ca0"><div class="ttname"><a href="_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp.html#a7d6a99b5aa44f03e3f7065880a506ca0">verifyPrecursorMZ</a></div><div class="ttdeci">void verifyPrecursorMZ(const Spectrum &amp;spectrum, double precursorMZ)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp_source.html#l00042">SpectrumList_PrecursorRefineTest.cpp:42</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp_html_ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><div class="ttname"><a href="_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a></div><div class="ttdeci">ostream * os_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp_source.html#l00039">SpectrumList_PrecursorRefineTest.cpp:39</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp_html_adfd632408235fa03e20660a4d061c05d"><div class="ttname"><a href="_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp.html#adfd632408235fa03e20660a4d061c05d">test</a></div><div class="ttdeci">void test(const bfs::path &amp;datadir)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp_source.html#l00090">SpectrumList_PrecursorRefineTest.cpp:90</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_std_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="_std_8hpp.html">Std.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1analysis_1_1_spectrum_list___precursor_refine_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1analysis_1_1_spectrum_list___precursor_refine.html">pwiz::analysis::SpectrumList_PrecursorRefine</a></div><div class="ttdoc">SpectrumList wrapper that recalculates precursor info on spectrum() requests.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_spectrum_list___precursor_refine_8hpp_source.html#l00037">SpectrumList_PrecursorRefine.hpp:38</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_aab350784ff99496a8d87765822d2cd86"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#aab350784ff99496a8d87765822d2cd86">MS_charge_state</a></div><div class="ttdeci">MS_charge_state</div><div class="ttdoc">charge state: The charge state of the ion, single or multiple and positive or negatively charged.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l00396">cv.hpp:396</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1">MS_selected_ion_m_z</a></div><div class="ttdeci">MS_selected_ion_m_z</div><div class="ttdoc">selected ion m/z: Mass-to-charge ratio of an selected ion.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l02901">cv.hpp:2901</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1analysis_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1analysis.html">pwiz::analysis</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_chromatogram_list___filter_8hpp_source.html#l00037">ChromatogramList_Filter.hpp:37</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1cv_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1cv.html">pwiz::cv</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l00108">cv.hpp:108</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html">pwiz::msdata</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_demux_types_8hpp_source.html#l00027">DemuxTypes.hpp:27</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1util_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="almost__equal_8hpp_source.html#l00033">almost_equal.hpp:33</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_c_v_param_html_a79cc5b640f64244f19f6eb6d26d09307"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#a79cc5b640f64244f19f6eb6d26d09307">pwiz::data::CVParam::valueAs</a></div><div class="ttdeci">value_type valueAs() const</div><div class="ttdoc">templated value access with type conversion</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_param_types_8hpp_source.html#l00112">ParamTypes.hpp:112</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_c_v_param_html_ae67a33c2c8c829f27a398c0fce6aaeac"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#ae67a33c2c8c829f27a398c0fce6aaeac">pwiz::data::CVParam::value</a></div><div class="ttdeci">std::string value</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_param_types_8hpp_source.html#l00047">ParamTypes.hpp:47</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_param_container_html_a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a76a669fdff9679b6e5aac44c71f4ca1a">pwiz::data::ParamContainer::cvParam</a></div><div class="ttdeci">CVParam cvParam(CVID cvid) const</div><div class="ttdoc">finds cvid in the container:</div></div>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_stats_test_8cpp.html
│ │ │ │ @@ -111,37 +111,37 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   61</span>    <a class="code hl_typedef" href="classpwiz_1_1math_1_1_stats.html#a5b6a60fac5aa261e0389721fd1c7bdb0">Stats::vector_type</a> <a class="code hl_function" href="namespaceralab_1_1base_1_1base.html#a23b2ed4c78f2add53c7791c532aa375d">mean</a>(2);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   62</span>    <a class="code hl_function" href="namespaceralab_1_1base_1_1base.html#a23b2ed4c78f2add53c7791c532aa375d">mean</a>(0) = 3;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   63</span>    <a class="code hl_function" href="namespaceralab_1_1base_1_1base.html#a23b2ed4c78f2add53c7791c532aa375d">mean</a>(1) = 4;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   64</span>    <a class="code hl_typedef" href="classpwiz_1_1math_1_1_stats.html#aa88f6f7bcd9dcdbc35f1876538674bad">Stats::matrix_type</a> covariance(2,2);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   65</span>    covariance(0,0) = covariance(0,1) = covariance(1,0) = covariance(1,1) = 8/3.;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   66</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   67</span>    <span class="comment">// verify results</span></div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   68</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 1e-12;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   69</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#aea5514e397ad0711690853625e0738c9">unit_assert_vectors_equal</a>(stats.mean(), <a class="code hl_function" href="namespaceralab_1_1base_1_1base.html#a23b2ed4c78f2add53c7791c532aa375d">mean</a>, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   70</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a09e6e199dee7c20bd5a69429cea0cfb0">unit_assert_matrices_equal</a>(stats.covariance(), covariance, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>); </div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   68</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 1e-12;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   69</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#aea5514e397ad0711690853625e0738c9">unit_assert_vectors_equal</a>(stats.mean(), <a class="code hl_function" href="namespaceralab_1_1base_1_1base.html#a23b2ed4c78f2add53c7791c532aa375d">mean</a>, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   70</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a09e6e199dee7c20bd5a69429cea0cfb0">unit_assert_matrices_equal</a>(stats.covariance(), covariance, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>); </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   71</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   72</span>    <span class="keywordtype">double</span> rms0_good = sqrt(35./3);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   73</span>    <span class="keywordtype">double</span> rms1_good = sqrt(56./3);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   74</span>    <span class="keywordtype">double</span> rms0_test = sqrt(stats.meanOuterProduct()(0,0));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   75</span>    <span class="keywordtype">double</span> rms1_test = sqrt(stats.meanOuterProduct()(1,1));</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   76</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(rms0_test, rms0_good, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   77</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(rms1_test, rms1_good, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   76</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(rms0_test, rms0_good, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   77</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(rms1_test, rms1_good, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   78</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_stats_test_8cpp_html_ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><div class="ttname"><a href="_stats_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a></div><div class="ttdeci">ostream * os_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_stats_test_8cpp_source.html#l00034">StatsTest.cpp:34</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1math_1_1_stats_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1math_1_1_stats.html">pwiz::math::Stats</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_stats_8hpp_source.html#l00040">Stats.hpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1math_1_1_stats_html_a1b2f8060f3c103eb294cf3d37616e1f6"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1math_1_1_stats.html#a1b2f8060f3c103eb294cf3d37616e1f6">pwiz::math::Stats::data_type</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; vector_type &gt; data_type</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_stats_8hpp_source.html#l00046">Stats.hpp:46</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1math_1_1_stats_html_a5b6a60fac5aa261e0389721fd1c7bdb0"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1math_1_1_stats.html#a5b6a60fac5aa261e0389721fd1c7bdb0">pwiz::math::Stats::vector_type</a></div><div class="ttdeci">boost::numeric::ublas::vector&lt; double &gt; vector_type</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_stats_8hpp_source.html#l00044">Stats.hpp:44</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1math_1_1_stats_html_aa88f6f7bcd9dcdbc35f1876538674bad"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1math_1_1_stats.html#aa88f6f7bcd9dcdbc35f1876538674bad">pwiz::math::Stats::matrix_type</a></div><div class="ttdeci">boost::numeric::ublas::matrix&lt; double &gt; matrix_type</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_stats_8hpp_source.html#l00045">Stats.hpp:45</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespaceralab_1_1base_1_1base_html_a23b2ed4c78f2add53c7791c532aa375d"><div class="ttname"><a href="namespaceralab_1_1base_1_1base.html#a23b2ed4c78f2add53c7791c532aa375d">ralab::base::base::mean</a></div><div class="ttdeci">std::iterator_traits&lt; InputIterator &gt;::value_type mean(InputIterator begin, InputIterator end)</div><div class="ttdoc">MEAN Trimmed arithmetic mean.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="base_8hpp_source.html#l00187">base.hpp:187</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a09e6e199dee7c20bd5a69429cea0cfb0"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a09e6e199dee7c20bd5a69429cea0cfb0">unit_assert_matrices_equal</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert_matrices_equal(A, B, epsilon)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00135">unit.hpp:135</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_acbd450df99370be00778913f140d5ec0"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert_equal(x, y, epsilon)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit.hpp:99</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_aea5514e397ad0711690853625e0738c9"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#aea5514e397ad0711690853625e0738c9">unit_assert_vectors_equal</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert_vectors_equal(A, B, epsilon)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00139">unit.hpp:139</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="classpwiz_1_1math_1_1_stats.html#abf2cc720c777dc256710cf8e0d1d47b6">pwiz::math::Stats::covariance()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="classpwiz_1_1math_1_1_stats.html#aafb0c3386a78906c73e6e61df856e792">pwiz::math::Stats::mean()</a>, <a class="el" href="base_8hpp_source.html#l00187">ralab::base::base::mean()</a>, <a class="el" href="classpwiz_1_1math_1_1_stats.html#ad64d5d574ee8517542cb2b0d21d09168">pwiz::math::Stats::meanOuterProduct()</a>, <a class="el" href="_stats_test_8cpp_source.html#l00034">os_</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00135">unit_assert_matrices_equal</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00139">unit_assert_vectors_equal</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="classpwiz_1_1math_1_1_stats.html#abf2cc720c777dc256710cf8e0d1d47b6">pwiz::math::Stats::covariance()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="classpwiz_1_1math_1_1_stats.html#aafb0c3386a78906c73e6e61df856e792">pwiz::math::Stats::mean()</a>, <a class="el" href="base_8hpp_source.html#l00187">ralab::base::base::mean()</a>, <a class="el" href="classpwiz_1_1math_1_1_stats.html#ad64d5d574ee8517542cb2b0d21d09168">pwiz::math::Stats::meanOuterProduct()</a>, <a class="el" href="_stats_test_8cpp_source.html#l00034">os_</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00135">unit_assert_matrices_equal</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00139">unit_assert_vectors_equal</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_stats_test_8cpp_source.html#l00081">main()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97" name="a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">&#9670;&nbsp;</a></span>main()</h2>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_stats_test_8cpp_source.html
│ │ │ │ @@ -109,24 +109,24 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00061" name="l00061"></a><span class="lineno">   61</span>    <a class="code hl_typedef" href="classpwiz_1_1math_1_1_stats.html#a5b6a60fac5aa261e0389721fd1c7bdb0">Stats::vector_type</a> <a class="code hl_function" href="namespaceralab_1_1base_1_1base.html#a23b2ed4c78f2add53c7791c532aa375d">mean</a>(2);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00062" name="l00062"></a><span class="lineno">   62</span>    <a class="code hl_function" href="namespaceralab_1_1base_1_1base.html#a23b2ed4c78f2add53c7791c532aa375d">mean</a>(0) = 3;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00063" name="l00063"></a><span class="lineno">   63</span>    <a class="code hl_function" href="namespaceralab_1_1base_1_1base.html#a23b2ed4c78f2add53c7791c532aa375d">mean</a>(1) = 4;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00064" name="l00064"></a><span class="lineno">   64</span>    <a class="code hl_typedef" href="classpwiz_1_1math_1_1_stats.html#aa88f6f7bcd9dcdbc35f1876538674bad">Stats::matrix_type</a> covariance(2,2);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00065" name="l00065"></a><span class="lineno">   65</span>    covariance(0,0) = covariance(0,1) = covariance(1,0) = covariance(1,1) = 8/3.;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00066" name="l00066"></a><span class="lineno">   66</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00067" name="l00067"></a><span class="lineno">   67</span>    <span class="comment">// verify results</span></div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00068" name="l00068"></a><span class="lineno">   68</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 1e-12;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00069" name="l00069"></a><span class="lineno">   69</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#aea5514e397ad0711690853625e0738c9">unit_assert_vectors_equal</a>(stats.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1math_1_1_stats.html#aafb0c3386a78906c73e6e61df856e792">mean</a>(), <a class="code hl_function" href="namespaceralab_1_1base_1_1base.html#a23b2ed4c78f2add53c7791c532aa375d">mean</a>, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00070" name="l00070"></a><span class="lineno">   70</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a09e6e199dee7c20bd5a69429cea0cfb0">unit_assert_matrices_equal</a>(stats.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1math_1_1_stats.html#abf2cc720c777dc256710cf8e0d1d47b6">covariance</a>(), covariance, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>); </div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00068" name="l00068"></a><span class="lineno">   68</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 1e-12;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00069" name="l00069"></a><span class="lineno">   69</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#aea5514e397ad0711690853625e0738c9">unit_assert_vectors_equal</a>(stats.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1math_1_1_stats.html#aafb0c3386a78906c73e6e61df856e792">mean</a>(), <a class="code hl_function" href="namespaceralab_1_1base_1_1base.html#a23b2ed4c78f2add53c7791c532aa375d">mean</a>, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00070" name="l00070"></a><span class="lineno">   70</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a09e6e199dee7c20bd5a69429cea0cfb0">unit_assert_matrices_equal</a>(stats.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1math_1_1_stats.html#abf2cc720c777dc256710cf8e0d1d47b6">covariance</a>(), covariance, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>); </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00071" name="l00071"></a><span class="lineno">   71</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00072" name="l00072"></a><span class="lineno">   72</span>    <span class="keywordtype">double</span> rms0_good = sqrt(35./3);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00073" name="l00073"></a><span class="lineno">   73</span>    <span class="keywordtype">double</span> rms1_good = sqrt(56./3);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00074" name="l00074"></a><span class="lineno">   74</span>    <span class="keywordtype">double</span> rms0_test = sqrt(stats.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1math_1_1_stats.html#ad64d5d574ee8517542cb2b0d21d09168">meanOuterProduct</a>()(0,0));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00075" name="l00075"></a><span class="lineno">   75</span>    <span class="keywordtype">double</span> rms1_test = sqrt(stats.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1math_1_1_stats.html#ad64d5d574ee8517542cb2b0d21d09168">meanOuterProduct</a>()(1,1));</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00076" name="l00076"></a><span class="lineno">   76</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(rms0_test, rms0_good, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00077" name="l00077"></a><span class="lineno">   77</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(rms1_test, rms1_good, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00076" name="l00076"></a><span class="lineno">   76</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(rms0_test, rms0_good, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00077" name="l00077"></a><span class="lineno">   77</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(rms1_test, rms1_good, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00078" name="l00078"></a><span class="lineno">   78</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00079" name="l00079"></a><span class="lineno">   79</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00080" name="l00080"></a><span class="lineno">   80</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00081" name="l00081"></a><span class="lineno"><a class="line" href="_stats_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">   81</a></span><span class="keywordtype">int</span> <a class="code hl_function" href="_stats_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">main</a>(<span class="keywordtype">int</span> argc, <span class="keywordtype">char</span>* argv[])</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00082" name="l00082"></a><span class="lineno">   82</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00083" name="l00083"></a><span class="lineno">   83</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#af5970f1ca53a361e8f62643bee4ac1fa">TEST_PROLOG</a>(argc, argv)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00084" name="l00084"></a><span class="lineno">   84</span> </div>
│ │ │ │ @@ -156,15 +156,15 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1math_1_1_stats_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1math_1_1_stats.html">pwiz::math::Stats</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_stats_8hpp_source.html#l00040">Stats.hpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1math_1_1_stats_html_a1b2f8060f3c103eb294cf3d37616e1f6"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1math_1_1_stats.html#a1b2f8060f3c103eb294cf3d37616e1f6">pwiz::math::Stats::data_type</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; vector_type &gt; data_type</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_stats_8hpp_source.html#l00046">Stats.hpp:46</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1math_1_1_stats_html_a5b6a60fac5aa261e0389721fd1c7bdb0"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1math_1_1_stats.html#a5b6a60fac5aa261e0389721fd1c7bdb0">pwiz::math::Stats::vector_type</a></div><div class="ttdeci">boost::numeric::ublas::vector&lt; double &gt; vector_type</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_stats_8hpp_source.html#l00044">Stats.hpp:44</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1math_1_1_stats_html_aa88f6f7bcd9dcdbc35f1876538674bad"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1math_1_1_stats.html#aa88f6f7bcd9dcdbc35f1876538674bad">pwiz::math::Stats::matrix_type</a></div><div class="ttdeci">boost::numeric::ublas::matrix&lt; double &gt; matrix_type</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_stats_8hpp_source.html#l00045">Stats.hpp:45</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1math_1_1_stats_html_aafb0c3386a78906c73e6e61df856e792"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1math_1_1_stats.html#aafb0c3386a78906c73e6e61df856e792">pwiz::math::Stats::mean</a></div><div class="ttdeci">vector_type mean() const</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1math_1_1_stats_html_abf2cc720c777dc256710cf8e0d1d47b6"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1math_1_1_stats.html#abf2cc720c777dc256710cf8e0d1d47b6">pwiz::math::Stats::covariance</a></div><div class="ttdeci">matrix_type covariance() const</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1math_1_1_stats_html_ad64d5d574ee8517542cb2b0d21d09168"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1math_1_1_stats.html#ad64d5d574ee8517542cb2b0d21d09168">pwiz::math::Stats::meanOuterProduct</a></div><div class="ttdeci">matrix_type meanOuterProduct() const</div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1math_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1math.html">pwiz::math</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="erf_8hpp_source.html#l00033">erf.hpp:33</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1util_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="almost__equal_8hpp_source.html#l00033">almost_equal.hpp:33</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespaceralab_1_1base_1_1base_html_a23b2ed4c78f2add53c7791c532aa375d"><div class="ttname"><a href="namespaceralab_1_1base_1_1base.html#a23b2ed4c78f2add53c7791c532aa375d">ralab::base::base::mean</a></div><div class="ttdeci">std::iterator_traits&lt; InputIterator &gt;::value_type mean(InputIterator begin, InputIterator end)</div><div class="ttdoc">MEAN Trimmed arithmetic mean.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="base_8hpp_source.html#l00187">base.hpp:187</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html">unit.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a09e6e199dee7c20bd5a69429cea0cfb0"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a09e6e199dee7c20bd5a69429cea0cfb0">unit_assert_matrices_equal</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert_matrices_equal(A, B, epsilon)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00135">unit.hpp:135</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c">TEST_EPILOG</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_EPILOG</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00183">unit.hpp:183</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd">TEST_FAILED</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_FAILED(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00177">unit.hpp:177</a></div></div>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_tra_data_file_test_8cpp.html
│ │ │ │ @@ -46,15 +46,15 @@
│ │ │ │    <div class="summary">
│ │ │ │  <a href="#func-members">Functions</a> &#124;
│ │ │ │  <a href="#var-members">Variables</a>  </div>
│ │ │ │    <div class="headertitle"><div class="title">TraDataFileTest.cpp File Reference</div></div>
│ │ │ │  </div><!--header-->
│ │ │ │  <div class="contents">
│ │ │ │  <div class="textblock"><code>#include &quot;<a class="el" href="_tra_data_file_8hpp_source.html">TraDataFile.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │ -<code>#include &quot;<a class="el" href="data_2tradata_2diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │ +<code>#include &quot;<a class="el" href="data_2tradata_2_diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="tradata_2_i_o_8hpp_source.html">IO.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="tradata_2examples_8hpp_source.html">examples.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="unit_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/unit.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_filesystem_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/Filesystem.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_std_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/Std.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &lt;boost/iostreams/filtering_stream.hpp&gt;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &lt;boost/iostreams/filter/gzip.hpp&gt;</code><br />
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/_tra_data_file_test_8cpp_source.html
│ │ │ │ @@ -65,15 +65,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00017" name="l00017"></a><span class="lineno">   17</span><span class="comment">// WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied. </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00018" name="l00018"></a><span class="lineno">   18</span><span class="comment">// See the License for the specific language governing permissions and </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00019" name="l00019"></a><span class="lineno">   19</span><span class="comment">// limitations under the License.</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00020" name="l00020"></a><span class="lineno">   20</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00021" name="l00021"></a><span class="lineno">   21</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00022" name="l00022"></a><span class="lineno">   22</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00023" name="l00023"></a><span class="lineno">   23</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_tra_data_file_8hpp.html">TraDataFile.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00024" name="l00024"></a><span class="lineno">   24</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp.html">Diff.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00024" name="l00024"></a><span class="lineno">   24</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp.html">Diff.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00025" name="l00025"></a><span class="lineno">   25</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="tradata_2_i_o_8hpp.html">IO.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00026" name="l00026"></a><span class="lineno">   26</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="tradata_2examples_8hpp.html">examples.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00027" name="l00027"></a><span class="lineno">   27</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="unit_8hpp.html">pwiz/utility/misc/unit.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00028" name="l00028"></a><span class="lineno">   28</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_filesystem_8hpp.html">pwiz/utility/misc/Filesystem.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00029" name="l00029"></a><span class="lineno">   29</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_std_8hpp.html">pwiz/utility/misc/Std.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00030" name="l00030"></a><span class="lineno">   30</span><span class="preprocessor">#include &lt;boost/iostreams/filtering_stream.hpp&gt;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00031" name="l00031"></a><span class="lineno">   31</span><span class="preprocessor">#include &lt;boost/iostreams/filter/gzip.hpp&gt;</span></div>
│ │ │ │ @@ -204,15 +204,15 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="atradata_2_i_o_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="tradata_2_i_o_8hpp.html">IO.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="atradata_2examples_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="tradata_2examples_8hpp.html">examples.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html">unit.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c">TEST_EPILOG</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_EPILOG</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00183">unit.hpp:183</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd">TEST_FAILED</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_FAILED(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00177">unit.hpp:177</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_af5970f1ca53a361e8f62643bee4ac1fa"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#af5970f1ca53a361e8f62643bee4ac1fa">TEST_PROLOG</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_PROLOG(argc, argv)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00175">unit.hpp:175</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="autility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp.html">diff.hpp</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="autility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp.html">diff.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment --></div><!-- contents -->
│ │ │ │  <!-- start footer part -->
│ │ │ │  <hr class="footer"/><address class="footer"><small>
│ │ │ │  Generated by&#160;<a href="https://www.doxygen.org/index.html"><img class="footer" src="doxygen.svg" width="104" height="31" alt="doxygen"/></a> 1.9.4
│ │ │ │  </small></address>
│ │ │ │  </body>
│ │ │ │  </html>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/almost__equal_8hpp_source.html
│ │ │ │ @@ -81,26 +81,26 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00033" name="l00033"></a><span class="lineno"><a class="line" href="namespacepwiz_1_1util.html">   33</a></span><span class="keyword">namespace </span>util {</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00034" name="l00034"></a><span class="lineno">   34</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00035" name="l00035"></a><span class="lineno">   35</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00036" name="l00036"></a><span class="lineno">   36</span><span class="keyword">template</span> &lt;<span class="keyword">typename</span> <span class="keywordtype">float</span>_type&gt;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00037" name="l00037"></a><span class="lineno"><a class="line" href="namespacepwiz_1_1util.html#ae51f4a20898e02bcb88729e00a6271ed">   37</a></span><span class="keywordtype">bool</span> <a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1util.html#ae51f4a20898e02bcb88729e00a6271ed">almost_equal</a>(float_type a, float_type b, <span class="keywordtype">int</span> multiplier = 1)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00038" name="l00038"></a><span class="lineno">   38</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00039" name="l00039"></a><span class="lineno">   39</span>    float_type <a class="code hl_function" href="namespaceralab_1_1base_1_1stats.html#a46227f87f036d482b27bb3d60aec62df">scale</a> = a==float_type(0.0) ? float_type(1.0) : a;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00040" name="l00040"></a><span class="lineno">   40</span>    <span class="keywordflow">return</span> std::abs((a-b)/<a class="code hl_function" href="namespaceralab_1_1base_1_1stats.html#a46227f87f036d482b27bb3d60aec62df">scale</a>) &lt; float_type(multiplier) * <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">std::numeric_limits&lt;float_type&gt;::epsilon</a>();</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00040" name="l00040"></a><span class="lineno">   40</span>    <span class="keywordflow">return</span> std::abs((a-b)/<a class="code hl_function" href="namespaceralab_1_1base_1_1stats.html#a46227f87f036d482b27bb3d60aec62df">scale</a>) &lt; float_type(multiplier) * <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">std::numeric_limits&lt;float_type&gt;::epsilon</a>();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00041" name="l00041"></a><span class="lineno">   41</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00042" name="l00042"></a><span class="lineno">   42</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00043" name="l00043"></a><span class="lineno">   43</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00044" name="l00044"></a><span class="lineno">   44</span>} <span class="comment">// namespace util</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00045" name="l00045"></a><span class="lineno">   45</span>} <span class="comment">// namespace pwiz </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00046" name="l00046"></a><span class="lineno">   46</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00047" name="l00047"></a><span class="lineno">   47</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00048" name="l00048"></a><span class="lineno">   48</span><span class="preprocessor">#endif </span><span class="comment">// _ALMOST_EQUAL_HPP_</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00049" name="l00049"></a><span class="lineno">   49</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00050" name="l00050"></a><span class="lineno">   50</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1util_html_ae51f4a20898e02bcb88729e00a6271ed"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1util.html#ae51f4a20898e02bcb88729e00a6271ed">pwiz::util::almost_equal</a></div><div class="ttdeci">bool almost_equal(float_type a, float_type b, int multiplier=1)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="almost__equal_8hpp_source.html#l00037">almost_equal.hpp:37</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz.html">pwiz</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_chromatogram_list___filter_8hpp_source.html#l00036">ChromatogramList_Filter.hpp:36</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespaceralab_1_1base_1_1stats_html_a46227f87f036d482b27bb3d60aec62df"><div class="ttname"><a href="namespaceralab_1_1base_1_1stats.html#a46227f87f036d482b27bb3d60aec62df">ralab::base::stats::scale</a></div><div class="ttdeci">void scale(InputIterator begin, InputIterator end, std::pair&lt; typename std::iterator_traits&lt; InputIterator &gt;::value_type, typename std::iterator_traits&lt; InputIterator &gt;::value_type &gt; &amp;scaled, bool center=true, bool scale=true)</div><div class="ttdoc">scale centers and/or scales all values from begin in to end.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="scale_8hpp_source.html#l00077">scale.hpp:77</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment --></div><!-- contents -->
│ │ │ │  <!-- start footer part -->
│ │ │ │  <hr class="footer"/><address class="footer"><small>
│ │ │ │  Generated by&#160;<a href="https://www.doxygen.org/index.html"><img class="footer" src="doxygen.svg" width="104" height="31" alt="doxygen"/></a> 1.9.4
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/almost__equal__test_8cpp.html
│ │ │ │ @@ -82,23 +82,23 @@
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="almost__equal__test_8cpp_source.html#l00032">32</a> of file <a class="el" href="almost__equal__test_8cpp_source.html">almost_equal_test.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">   33</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   34</span>    <span class="keywordtype">float</span> a = 2.0f;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   35</span>    a += <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">numeric_limits&lt;float&gt;::epsilon</a>();</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   35</span>    a += <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">numeric_limits&lt;float&gt;::epsilon</a>();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   36</span>    a *= 10.0f;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   37</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1util.html#ae51f4a20898e02bcb88729e00a6271ed">almost_equal</a>(a, 20.0f));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   38</span>}</div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1util_html_ae51f4a20898e02bcb88729e00a6271ed"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1util.html#ae51f4a20898e02bcb88729e00a6271ed">pwiz::util::almost_equal</a></div><div class="ttdeci">bool almost_equal(float_type a, float_type b, int multiplier=1)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="almost__equal_8hpp_source.html#l00037">almost_equal.hpp:37</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="almost__equal_8hpp_source.html#l00037">pwiz::util::almost_equal()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="almost__equal_8hpp_source.html#l00037">pwiz::util::almost_equal()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="reference">Referenced by <a class="el" href="almost__equal__test_8cpp_source.html#l00060">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="af853498dca67776053a7a114d7f0d96a" name="af853498dca67776053a7a114d7f0d96a"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#af853498dca67776053a7a114d7f0d96a">&#9670;&nbsp;</a></span>test_default_double()</h2>
│ │ │ │ @@ -114,20 +114,20 @@
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="almost__equal__test_8cpp_source.html#l00041">41</a> of file <a class="el" href="almost__equal__test_8cpp_source.html">almost_equal_test.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">   42</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   43</span>    <span class="keywordtype">double</span> a = 2.0;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   44</span>    a += <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">numeric_limits&lt;double&gt;::epsilon</a>();</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   44</span>    a += <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">numeric_limits&lt;double&gt;::epsilon</a>();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   45</span>    a *= 10.0;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   46</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1util.html#ae51f4a20898e02bcb88729e00a6271ed">almost_equal</a>(a, 20.0));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   47</span>}</div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="almost__equal_8hpp_source.html#l00037">pwiz::util::almost_equal()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="almost__equal_8hpp_source.html#l00037">pwiz::util::almost_equal()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="reference">Referenced by <a class="el" href="almost__equal__test_8cpp_source.html#l00060">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a3dd578f089593aa49e1af0dbf34ced51" name="a3dd578f089593aa49e1af0dbf34ced51"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a3dd578f089593aa49e1af0dbf34ced51">&#9670;&nbsp;</a></span>test_multiplier()</h2>
│ │ │ │ @@ -143,21 +143,21 @@
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="almost__equal__test_8cpp_source.html#l00050">50</a> of file <a class="el" href="almost__equal__test_8cpp_source.html">almost_equal_test.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">   51</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   52</span>    <span class="keywordtype">float</span> a = 1.0f;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   53</span>    a += <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">numeric_limits&lt;float&gt;::epsilon</a>() * 2;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   53</span>    a += <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">numeric_limits&lt;float&gt;::epsilon</a>() * 2;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   54</span>    a *= 10.0f;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   55</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1util.html#ae51f4a20898e02bcb88729e00a6271ed">almost_equal</a>(a, 10.0f));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   56</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1util.html#ae51f4a20898e02bcb88729e00a6271ed">almost_equal</a>(a, 10.0f, 2));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   57</span>}</div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="almost__equal_8hpp_source.html#l00037">pwiz::util::almost_equal()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="almost__equal_8hpp_source.html#l00037">pwiz::util::almost_equal()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="reference">Referenced by <a class="el" href="almost__equal__test_8cpp_source.html#l00060">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002" name="ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">&#9670;&nbsp;</a></span>test()</h2>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/almost__equal__test_8cpp_source.html
│ │ │ │ @@ -76,33 +76,33 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00028" name="l00028"></a><span class="lineno">   28</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00029" name="l00029"></a><span class="lineno">   29</span><span class="keyword">using namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00030" name="l00030"></a><span class="lineno">   30</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00031" name="l00031"></a><span class="lineno">   31</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00032" name="l00032"></a><span class="lineno"><a class="line" href="almost__equal__test_8cpp.html#a8d419475eb3029d2e529f9b7819465c8">   32</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="almost__equal__test_8cpp.html#a8d419475eb3029d2e529f9b7819465c8">test_default_float</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00033" name="l00033"></a><span class="lineno">   33</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00034" name="l00034"></a><span class="lineno">   34</span>    <span class="keywordtype">float</span> a = 2.0f;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00035" name="l00035"></a><span class="lineno">   35</span>    a += <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">numeric_limits&lt;float&gt;::epsilon</a>();</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00035" name="l00035"></a><span class="lineno">   35</span>    a += <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">numeric_limits&lt;float&gt;::epsilon</a>();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00036" name="l00036"></a><span class="lineno">   36</span>    a *= 10.0f;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00037" name="l00037"></a><span class="lineno">   37</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1util.html#ae51f4a20898e02bcb88729e00a6271ed">almost_equal</a>(a, 20.0f));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00038" name="l00038"></a><span class="lineno">   38</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00039" name="l00039"></a><span class="lineno">   39</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00040" name="l00040"></a><span class="lineno">   40</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00041" name="l00041"></a><span class="lineno"><a class="line" href="almost__equal__test_8cpp.html#af853498dca67776053a7a114d7f0d96a">   41</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="almost__equal__test_8cpp.html#af853498dca67776053a7a114d7f0d96a">test_default_double</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00042" name="l00042"></a><span class="lineno">   42</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00043" name="l00043"></a><span class="lineno">   43</span>    <span class="keywordtype">double</span> a = 2.0;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00044" name="l00044"></a><span class="lineno">   44</span>    a += <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">numeric_limits&lt;double&gt;::epsilon</a>();</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00044" name="l00044"></a><span class="lineno">   44</span>    a += <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">numeric_limits&lt;double&gt;::epsilon</a>();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00045" name="l00045"></a><span class="lineno">   45</span>    a *= 10.0;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00046" name="l00046"></a><span class="lineno">   46</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1util.html#ae51f4a20898e02bcb88729e00a6271ed">almost_equal</a>(a, 20.0));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00047" name="l00047"></a><span class="lineno">   47</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00048" name="l00048"></a><span class="lineno">   48</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00049" name="l00049"></a><span class="lineno">   49</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00050" name="l00050"></a><span class="lineno"><a class="line" href="almost__equal__test_8cpp.html#a3dd578f089593aa49e1af0dbf34ced51">   50</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="almost__equal__test_8cpp.html#a3dd578f089593aa49e1af0dbf34ced51">test_multiplier</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00051" name="l00051"></a><span class="lineno">   51</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00052" name="l00052"></a><span class="lineno">   52</span>    <span class="keywordtype">float</span> a = 1.0f;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00053" name="l00053"></a><span class="lineno">   53</span>    a += <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">numeric_limits&lt;float&gt;::epsilon</a>() * 2;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00053" name="l00053"></a><span class="lineno">   53</span>    a += <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">numeric_limits&lt;float&gt;::epsilon</a>() * 2;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00054" name="l00054"></a><span class="lineno">   54</span>    a *= 10.0f;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00055" name="l00055"></a><span class="lineno">   55</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1util.html#ae51f4a20898e02bcb88729e00a6271ed">almost_equal</a>(a, 10.0f));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00056" name="l00056"></a><span class="lineno">   56</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1util.html#ae51f4a20898e02bcb88729e00a6271ed">almost_equal</a>(a, 10.0f, 2));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00057" name="l00057"></a><span class="lineno">   57</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00058" name="l00058"></a><span class="lineno">   58</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00059" name="l00059"></a><span class="lineno">   59</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00060" name="l00060"></a><span class="lineno"><a class="line" href="almost__equal__test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">   60</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="almost__equal__test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a>()</div>
│ │ │ │ @@ -137,15 +137,15 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_std_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="_std_8hpp.html">Std.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aalmost__equal_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="almost__equal_8hpp.html">almost_equal.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aalmost__equal__test_8cpp_html_a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97"><div class="ttname"><a href="almost__equal__test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">main</a></div><div class="ttdeci">int main(int argc, char *argv[])</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="almost__equal__test_8cpp_source.html#l00068">almost_equal_test.cpp:68</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aalmost__equal__test_8cpp_html_a3dd578f089593aa49e1af0dbf34ced51"><div class="ttname"><a href="almost__equal__test_8cpp.html#a3dd578f089593aa49e1af0dbf34ced51">test_multiplier</a></div><div class="ttdeci">void test_multiplier()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="almost__equal__test_8cpp_source.html#l00050">almost_equal_test.cpp:50</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aalmost__equal__test_8cpp_html_a8d419475eb3029d2e529f9b7819465c8"><div class="ttname"><a href="almost__equal__test_8cpp.html#a8d419475eb3029d2e529f9b7819465c8">test_default_float</a></div><div class="ttdeci">void test_default_float()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="almost__equal__test_8cpp_source.html#l00032">almost_equal_test.cpp:32</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aalmost__equal__test_8cpp_html_ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002"><div class="ttname"><a href="almost__equal__test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a></div><div class="ttdeci">void test()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="almost__equal__test_8cpp_source.html#l00060">almost_equal_test.cpp:60</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aalmost__equal__test_8cpp_html_af853498dca67776053a7a114d7f0d96a"><div class="ttname"><a href="almost__equal__test_8cpp.html#af853498dca67776053a7a114d7f0d96a">test_default_double</a></div><div class="ttdeci">void test_default_double()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="almost__equal__test_8cpp_source.html#l00041">almost_equal_test.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1util_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="almost__equal_8hpp_source.html#l00033">almost_equal.hpp:33</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1util_html_ae51f4a20898e02bcb88729e00a6271ed"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1util.html#ae51f4a20898e02bcb88729e00a6271ed">pwiz::util::almost_equal</a></div><div class="ttdeci">bool almost_equal(float_type a, float_type b, int multiplier=1)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="almost__equal_8hpp_source.html#l00037">almost_equal.hpp:37</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html">unit.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c">TEST_EPILOG</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_EPILOG</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00183">unit.hpp:183</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd">TEST_FAILED</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_FAILED(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00177">unit.hpp:177</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_af5970f1ca53a361e8f62643bee4ac1fa"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#af5970f1ca53a361e8f62643bee4ac1fa">TEST_PROLOG</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_PROLOG(argc, argv)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00175">unit.hpp:175</a></div></div>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/bucket1dtest_8cpp_source.html
│ │ │ │ @@ -93,35 +93,35 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00045" name="l00045"></a><span class="lineno">   45</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#aea324641e684d3b405e947a8b2427812">unit_assert_operator_equal</a>(bin(2.-1e-8) , 0);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00046" name="l00046"></a><span class="lineno">   46</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#aea324641e684d3b405e947a8b2427812">unit_assert_operator_equal</a>(bin(2.+1e-8) , 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00047" name="l00047"></a><span class="lineno">   47</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#aea324641e684d3b405e947a8b2427812">unit_assert_operator_equal</a>(bin(2.1) ,1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00048" name="l00048"></a><span class="lineno">   48</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#aea324641e684d3b405e947a8b2427812">unit_assert_operator_equal</a>(bin(2.1 + 1e-9) , 2);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00049" name="l00049"></a><span class="lineno">   49</span>  }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00050" name="l00050"></a><span class="lineno">   50</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00051" name="l00051"></a><span class="lineno">   51</span>  <span class="keywordtype">void</span> testBin1D2(){</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00052" name="l00052"></a><span class="lineno">   52</span><span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 1e-8;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00052" name="l00052"></a><span class="lineno">   52</span><span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 1e-8;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00053" name="l00053"></a><span class="lineno">   53</span>    <span class="keywordtype">double</span> ref [] = {2., 2.1 , 5. , 5.1 , 7.1 , 7.15 , 10. , 10.1};</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00054" name="l00054"></a><span class="lineno">   54</span>    std::vector&lt;double&gt; <a class="code hl_function" href="namespaceralab_1_1base_1_1resample.html#a838df113303dc2ea96d82f0597bf246c">breaks</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00055" name="l00055"></a><span class="lineno">   55</span>    <a class="code hl_function" href="namespaceralab_1_1base_1_1resample.html#a838df113303dc2ea96d82f0597bf246c">breaks</a>.assign(ref , ref + <span class="keyword">sizeof</span>(ref)/<span class="keyword">sizeof</span>(<span class="keywordtype">double</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00056" name="l00056"></a><span class="lineno">   56</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00057" name="l00057"></a><span class="lineno">   57</span>    <a class="code hl_struct" href="structralab_1_1base_1_1resample_1_1_bin1_d.html">ralab::base::resample::Bin1D</a> bin(<a class="code hl_function" href="namespaceralab_1_1base_1_1resample.html#a838df113303dc2ea96d82f0597bf246c">breaks</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00058" name="l00058"></a><span class="lineno">   58</span>    std::vector&lt;int32_t&gt; idx;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00059" name="l00059"></a><span class="lineno">   59</span>    std::vector&lt;double&gt; dist;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00060" name="l00060"></a><span class="lineno">   60</span>    bin(2. -1e-8 , 2. + 2e-4,  idx, dist ) ;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00061" name="l00061"></a><span class="lineno">   61</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#aea324641e684d3b405e947a8b2427812">unit_assert_operator_equal</a>(idx[0],-1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00062" name="l00062"></a><span class="lineno">   62</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#aea324641e684d3b405e947a8b2427812">unit_assert_operator_equal</a>(idx[1],0);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00063" name="l00063"></a><span class="lineno">   63</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(dist[0],1e-8,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00064" name="l00064"></a><span class="lineno">   64</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(dist[1],2e-4,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00063" name="l00063"></a><span class="lineno">   63</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(dist[0],1e-8,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00064" name="l00064"></a><span class="lineno">   64</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(dist[1],2e-4,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00065" name="l00065"></a><span class="lineno">   65</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00066" name="l00066"></a><span class="lineno">   66</span>    bin(2. -1e-8 , 2.1 + 2e-4,  idx, dist ) ;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00067" name="l00067"></a><span class="lineno">   67</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#aea324641e684d3b405e947a8b2427812">unit_assert_operator_equal</a>(idx[0],-1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00068" name="l00068"></a><span class="lineno">   68</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#aea324641e684d3b405e947a8b2427812">unit_assert_operator_equal</a>(idx[1],0);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00069" name="l00069"></a><span class="lineno">   69</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#aea324641e684d3b405e947a8b2427812">unit_assert_operator_equal</a>(idx[2],1);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00070" name="l00070"></a><span class="lineno">   70</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(dist[0], 1e-8 ,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00071" name="l00071"></a><span class="lineno">   71</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(dist[1], 0.1 ,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00072" name="l00072"></a><span class="lineno">   72</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(dist[2], 2e-4 ,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00070" name="l00070"></a><span class="lineno">   70</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(dist[0], 1e-8 ,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00071" name="l00071"></a><span class="lineno">   71</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(dist[1], 0.1 ,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00072" name="l00072"></a><span class="lineno">   72</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(dist[2], 2e-4 ,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00073" name="l00073"></a><span class="lineno">   73</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00074" name="l00074"></a><span class="lineno">   74</span>    bin(2. -1e-8 , 5.1 + 2e-4,  idx, dist ) ;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00075" name="l00075"></a><span class="lineno">   75</span>    <span class="keywordtype">double</span> resd [] = {1e-8, 0.1, 2.9, 0.1, 2e-4};</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00076" name="l00076"></a><span class="lineno">   76</span>    <span class="keywordtype">int</span>  idxr[] = {-1,0,1,2,3};</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00077" name="l00077"></a><span class="lineno">   77</span>    <span class="keywordtype">bool</span> <a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a> = std::equal(idxr , idxr + <span class="keyword">sizeof</span>(idxr)/<span class="keyword">sizeof</span>(<span class="keywordtype">int</span>), idx.begin());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00078" name="l00078"></a><span class="lineno">   78</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00079" name="l00079"></a><span class="lineno">   79</span>    <a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a> = std::equal(resd , resd + <span class="keyword">sizeof</span>(resd)/<span class="keyword">sizeof</span>(<span class="keywordtype">double</span>), dist.begin(), <a class="code hl_struct" href="structralab_1_1base_1_1resample_1_1_da_comp_functor.html">ralab::base::resample::DaCompFunctor&lt;double&gt;</a>(1e-8));</div>
│ │ │ │ @@ -214,15 +214,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00166" name="l00166"></a><span class="lineno">  166</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00167" name="l00167"></a><span class="lineno">  167</span> </div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_matched_filter_8hpp_html_a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd"><div class="ttname"><a href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a></div><div class="ttdeci">KernelTraitsBase&lt; Kernel &gt;::space_type::abscissa_type x</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_matched_filter_8hpp_source.html#l00142">MatchedFilter.hpp:142</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="abin1d_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="bin1d_8hpp.html">bin1d.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="abreakspec_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="breakspec_8hpp.html">breakspec.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="abucket1d_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="bucket1d_8hpp.html">bucket1d.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="abucket1dtest_8cpp_html_a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627"><div class="ttname"><a href="bucket1dtest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">main</a></div><div class="ttdeci">int main(int argc, char **argv)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="bucket1dtest_8cpp_source.html#l00159">bucket1dtest.cpp:159</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="amasscomparefunctors_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="masscomparefunctors_8hpp.html">masscomparefunctors.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1util_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="almost__equal_8hpp_source.html#l00033">almost_equal.hpp:33</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespaceralab_1_1base_1_1filter_html_ac1c435785469b4d9b5c9613563ab132f"><div class="ttname"><a href="namespaceralab_1_1base_1_1filter.html#ac1c435785469b4d9b5c9613563ab132f">ralab::base::filter::uint32_t</a></div><div class="ttdeci">boost::uint32_t uint32_t</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="filter_8hpp_source.html#l00047">filter.hpp:47</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespaceralab_1_1base_1_1resample_html_a838df113303dc2ea96d82f0597bf246c"><div class="ttname"><a href="namespaceralab_1_1base_1_1resample.html#a838df113303dc2ea96d82f0597bf246c">ralab::base::resample::breaks</a></div><div class="ttdeci">void breaks(double minMass, double maxMass, TMassComparator tmassComp, std::vector&lt; double &gt; &amp;breaks, bool exact=false)</div><div class="ttdoc">Segment mass range according to Mass Compare functor could be used to histogram a dataset or to compu...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="breakspec_8hpp_source.html#l00040">breakspec.hpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespaceralab_1_1base_1_1resample_html_ae86552bd648254020aeae4ef877525cb"><div class="ttname"><a href="namespaceralab_1_1base_1_1resample.html#ae86552bd648254020aeae4ef877525cb">ralab::base::resample::int32_t</a></div><div class="ttdeci">boost::int32_t int32_t</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="bin1d_8hpp_source.html#l00040">bin1d.hpp:40</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructralab_1_1base_1_1resample_1_1_bin1_d_html"><div class="ttname"><a href="structralab_1_1base_1_1resample_1_1_bin1_d.html">ralab::base::resample::Bin1D</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="bin1d_8hpp_source.html#l00044">bin1d.hpp:45</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructralab_1_1base_1_1resample_1_1_bucket1_d_html"><div class="ttname"><a href="structralab_1_1base_1_1resample_1_1_bucket1_d.html">ralab::base::resample::Bucket1D</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="bucket1d_8hpp_source.html#l00038">bucket1d.hpp:39</a></div></div>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/classpwiz_1_1proteome_1_1_peptide.html
│ │ │ │ @@ -327,15 +327,15 @@
│ │ │ │            <td> const</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>returns the sequence of amino acids making up the peptide </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_peptide_test_8cpp_source.html#l00669">fragmentTest()</a>, <a class="el" href="_peptide_test_8cpp_source.html#l00411">modificationTest()</a>, <a class="el" href="_digestion_test_8cpp_source.html#l00115">DigestedPeptideLessThan::operator()()</a>, <a class="el" href="proteome_2_text_writer_8hpp_source.html#l00076">pwiz::proteome::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="tradata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00199">pwiz::tradata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_peptide_test_8cpp_source.html#l00079">peptideTest()</a>, <a class="el" href="_peptide_test_8cpp_source.html#l00039">test()</a>, <a class="el" href="_ident_data_test_8cpp_source.html#l00329">testConversion()</a>, <a class="el" href="_digestion_test_8cpp_source.html#l00548">testDigestionCriteria()</a>, <a class="el" href="_digestion_test_8cpp_source.html#l00121">testDigestionMetadata()</a>, <a class="el" href="_digestion_test_8cpp_source.html#l00290">testNontrypticBSA()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00237">testPeptide()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00194">testProtein()</a>, <a class="el" href="_digestion_test_8cpp_source.html#l00200">testSemitrypticBSA()</a>, <a class="el" href="_digestion_test_8cpp_source.html#l00390">testSemitrypticMethionineClippingBSA()</a>, <a class="el" href="_digestion_test_8cpp_source.html#l00146">testTrypticBSA()</a>, and <a class="el" href="_peptide_test_8cpp_source.html#l00634">writeFragmentation()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_peptide_test_8cpp_source.html#l00669">fragmentTest()</a>, <a class="el" href="_peptide_test_8cpp_source.html#l00411">modificationTest()</a>, <a class="el" href="_digestion_test_8cpp_source.html#l00115">DigestedPeptideLessThan::operator()()</a>, <a class="el" href="proteome_2_text_writer_8hpp_source.html#l00076">pwiz::proteome::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="tradata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00199">pwiz::tradata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_peptide_test_8cpp_source.html#l00079">peptideTest()</a>, <a class="el" href="_peptide_test_8cpp_source.html#l00039">test()</a>, <a class="el" href="_ident_data_test_8cpp_source.html#l00329">testConversion()</a>, <a class="el" href="_digestion_test_8cpp_source.html#l00548">testDigestionCriteria()</a>, <a class="el" href="_digestion_test_8cpp_source.html#l00121">testDigestionMetadata()</a>, <a class="el" href="_digestion_test_8cpp_source.html#l00290">testNontrypticBSA()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00237">testPeptide()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00194">testProtein()</a>, <a class="el" href="_digestion_test_8cpp_source.html#l00200">testSemitrypticBSA()</a>, <a class="el" href="_digestion_test_8cpp_source.html#l00390">testSemitrypticMethionineClippingBSA()</a>, <a class="el" href="_digestion_test_8cpp_source.html#l00146">testTrypticBSA()</a>, and <a class="el" href="_peptide_test_8cpp_source.html#l00634">writeFragmentation()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a6fa35f370dc492430dd4aacd0ee2e825" name="a6fa35f370dc492430dd4aacd0ee2e825"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a6fa35f370dc492430dd4aacd0ee2e825">&#9670;&nbsp;</a></span>formula()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/cv_8hpp.html
│ │ │ │ @@ -212198,228198 +212198,228219 @@
│ │ │ │  0033ce50: 6572 656e 6365 6420 6279 203c 6120 636c  erenced by <a cl
│ │ │ │  0033ce60: 6173 733d 2265 6c22 2068 7265 663d 2263  ass="el" href="c
│ │ │ │  0033ce70: 7674 6573 745f 3863 7070 5f73 6f75 7263  vtest_8cpp_sourc
│ │ │ │  0033ce80: 652e 6874 6d6c 236c 3030 3033 3922 3e74  e.html#l00039">t
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│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/determinebinwidth_8hpp.html
│ │ │ │ @@ -50,15 +50,15 @@
│ │ │ │  </div><!--header-->
│ │ │ │  <div class="contents">
│ │ │ │  <div class="textblock"><code>#include &lt;cmath&gt;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &lt;boost/assert.hpp&gt;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &lt;boost/range/algorithm_ext.hpp&gt;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &lt;boost/bind.hpp&gt;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &lt;algorithm&gt;</code><br />
│ │ │ │ -<code>#include &quot;<a class="el" href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp_source.html">pwiz/utility/findmf/base/base/diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │ +<code>#include &quot;<a class="el" href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp_source.html">pwiz/utility/findmf/base/base/diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="utilities_2determinebinwidth_8hpp_source.html">pwiz/utility/findmf/base/resample/utilities/determinebinwidth.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <p><a href="determinebinwidth_8hpp_source.html">Go to the source code of this file.</a></p>
│ │ │ │  <table class="memberdecls">
│ │ │ │  <tr class="heading"><td colspan="2"><h2 class="groupheader"><a id="nested-classes" name="nested-classes"></a>
│ │ │ │  Classes</h2></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">struct &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="structralab_1_1base_1_1resample_1_1_square_root.html">ralab::base::resample::SquareRoot&lt; TReal &gt;</a></td></tr>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/determinebinwidth_8hpp_source.html
│ │ │ │ @@ -72,15 +72,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00024" name="l00024"></a><span class="lineno">   24</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00025" name="l00025"></a><span class="lineno">   25</span><span class="preprocessor">#include &lt;cmath&gt;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00026" name="l00026"></a><span class="lineno">   26</span><span class="preprocessor">#include &lt;boost/assert.hpp&gt;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00027" name="l00027"></a><span class="lineno">   27</span><span class="preprocessor">#include &lt;boost/range/algorithm_ext.hpp&gt;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00028" name="l00028"></a><span class="lineno">   28</span><span class="preprocessor">#include &lt;boost/bind.hpp&gt;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00029" name="l00029"></a><span class="lineno">   29</span><span class="preprocessor">#include &lt;algorithm&gt;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00030" name="l00030"></a><span class="lineno">   30</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00031" name="l00031"></a><span class="lineno">   31</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp.html">pwiz/utility/findmf/base/base/diff.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00031" name="l00031"></a><span class="lineno">   31</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp.html">pwiz/utility/findmf/base/base/diff.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00032" name="l00032"></a><span class="lineno">   32</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="utilities_2determinebinwidth_8hpp.html">pwiz/utility/findmf/base/resample/utilities/determinebinwidth.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00033" name="l00033"></a><span class="lineno">   33</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00034" name="l00034"></a><span class="lineno">   34</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00035" name="l00035"></a><span class="lineno">   35</span><span class="keyword">namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespaceralab.html">ralab</a></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00036" name="l00036"></a><span class="lineno">   36</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00037" name="l00037"></a><span class="lineno">   37</span>        <span class="keyword">namespace </span>base</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00038" name="l00038"></a><span class="lineno">   38</span>        {</div>
│ │ │ │ @@ -130,27 +130,27 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00082" name="l00082"></a><span class="lineno">   82</span>        }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00083" name="l00083"></a><span class="lineno">   83</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00084" name="l00084"></a><span class="lineno">   84</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00085" name="l00085"></a><span class="lineno">   85</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00086" name="l00086"></a><span class="lineno">   86</span><span class="preprocessor">#endif </span><span class="comment">// DETERMINEBINWIDTH_H</span></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_chemistry_8hpp_html_a8cc2e7240164328fdc3f0e5e21032c56"><div class="ttname"><a href="_chemistry_8hpp.html#a8cc2e7240164328fdc3f0e5e21032c56">N</a></div><div class="ttdeci">N</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_chemistry_8hpp_source.html#l00080">Chemistry.hpp:80</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_matched_filter_8hpp_html_a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd"><div class="ttname"><a href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a></div><div class="ttdeci">KernelTraitsBase&lt; Kernel &gt;::space_type::abscissa_type x</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_matched_filter_8hpp_source.html#l00142">MatchedFilter.hpp:142</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="anamespaceralab_1_1base_1_1base_html_a1e695c32e2b7807b3e8dc7307ce533ff"><div class="ttname"><a href="namespaceralab_1_1base_1_1base.html#a1e695c32e2b7807b3e8dc7307ce533ff">ralab::base::base::diff</a></div><div class="ttdeci">OutputIterator diff(InputIterator begin, InputIterator end, OutputIterator destBegin, TN lag)</div><div class="ttdoc">lagged differences</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp_source.html#l00057">diff.hpp:58</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="anamespaceralab_1_1base_1_1base_html_a1e695c32e2b7807b3e8dc7307ce533ff"><div class="ttname"><a href="namespaceralab_1_1base_1_1base.html#a1e695c32e2b7807b3e8dc7307ce533ff">ralab::base::base::diff</a></div><div class="ttdeci">OutputIterator diff(InputIterator begin, InputIterator end, OutputIterator destBegin, TN lag)</div><div class="ttdoc">lagged differences</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp_source.html#l00057">diff.hpp:58</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespaceralab_1_1base_1_1resample_1_1utilities_html_a9a55d0636351c81183308ce47b068783"><div class="ttname"><a href="namespaceralab_1_1base_1_1resample_1_1utilities.html#a9a55d0636351c81183308ce47b068783">ralab::base::resample::utilities::summ</a></div><div class="ttdeci">OutputIterator summ(InputIterator begin, InputIterator end, OutputIterator destBegin, TN lag=1)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="utilities_2determinebinwidth_8hpp_source.html#l00051">determinebinwidth.hpp:52</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespaceralab_1_1base_1_1resample_1_1utilities_html_aa77b2e099f095c663c42d4460d92a5c2"><div class="ttname"><a href="namespaceralab_1_1base_1_1resample_1_1utilities.html#aa77b2e099f095c663c42d4460d92a5c2">ralab::base::resample::utilities::determine</a></div><div class="ttdeci">double determine(TRealI begin, TRealI end, double maxj=5.)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="utilities_2determinebinwidth_8hpp_source.html#l00068">determinebinwidth.hpp:68</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespaceralab_html"><div class="ttname"><a href="namespaceralab.html">ralab</a></div><div class="ttdoc">EQUISPACEINTERPOL Interpolation on a equidistantly spaced grid.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="base_8hpp_source.html#l00039">base.hpp:40</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructralab_1_1base_1_1resample_1_1_sampling_with_html"><div class="ttname"><a href="structralab_1_1base_1_1resample_1_1_sampling_with.html">ralab::base::resample::SamplingWith</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="determinebinwidth_8hpp_source.html#l00048">determinebinwidth.hpp:48</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructralab_1_1base_1_1resample_1_1_sampling_with_html_a72a18ae339b571d44357d728344e9919"><div class="ttname"><a href="structralab_1_1base_1_1resample_1_1_sampling_with.html#a72a18ae339b571d44357d728344e9919">ralab::base::resample::SamplingWith::am_</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; double &gt; am_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="determinebinwidth_8hpp_source.html#l00051">determinebinwidth.hpp:51</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructralab_1_1base_1_1resample_1_1_sampling_with_html_a813af20a5a4466c0867c95113e80f6ea"><div class="ttname"><a href="structralab_1_1base_1_1resample_1_1_sampling_with.html#a813af20a5a4466c0867c95113e80f6ea">ralab::base::resample::SamplingWith::summ_</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; double &gt; summ_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="determinebinwidth_8hpp_source.html#l00050">determinebinwidth.hpp:50</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructralab_1_1base_1_1resample_1_1_sampling_with_html_a83c4febcf71674bafafb0637b982641e"><div class="ttname"><a href="structralab_1_1base_1_1resample_1_1_sampling_with.html#a83c4febcf71674bafafb0637b982641e">ralab::base::resample::SamplingWith::operator()</a></div><div class="ttdeci">double operator()(TRealI begin, TRealI end)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="determinebinwidth_8hpp_source.html#l00055">determinebinwidth.hpp:55</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructralab_1_1base_1_1resample_1_1_sampling_with_html_ae544b46a3d0d01a9c9cbe4c0160f0a04"><div class="ttname"><a href="structralab_1_1base_1_1resample_1_1_sampling_with.html#ae544b46a3d0d01a9c9cbe4c0160f0a04">ralab::base::resample::SamplingWith::diff_</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; double &gt; diff_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="determinebinwidth_8hpp_source.html#l00049">determinebinwidth.hpp:49</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructralab_1_1base_1_1resample_1_1_square_root_html"><div class="ttname"><a href="structralab_1_1base_1_1resample_1_1_square_root.html">ralab::base::resample::SquareRoot</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="determinebinwidth_8hpp_source.html#l00042">determinebinwidth.hpp:42</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructralab_1_1base_1_1resample_1_1_square_root_html_af6fd3a67b9a4fdac0368063376258d13"><div class="ttname"><a href="structralab_1_1base_1_1resample_1_1_square_root.html#af6fd3a67b9a4fdac0368063376258d13">ralab::base::resample::SquareRoot::operator()</a></div><div class="ttdeci">TReal operator()(TReal x) const</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="determinebinwidth_8hpp_source.html#l00043">determinebinwidth.hpp:43</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="autilities_2determinebinwidth_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="utilities_2determinebinwidth_8hpp.html">determinebinwidth.hpp</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="autility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp.html">diff.hpp</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="autility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp.html">diff.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment --></div><!-- contents -->
│ │ │ │  <!-- start footer part -->
│ │ │ │  <hr class="footer"/><address class="footer"><small>
│ │ │ │  Generated by&#160;<a href="https://www.doxygen.org/index.html"><img class="footer" src="doxygen.svg" width="104" height="31" alt="doxygen"/></a> 1.9.4
│ │ │ │  </small></address>
│ │ │ │  </body>
│ │ │ │  </html>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/diff__std_8hpp_source.html
│ │ │ │ @@ -326,15 +326,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00278" name="l00278"></a><span class="lineno">  278</span>                   floating_type&amp; a_b,</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00279" name="l00279"></a><span class="lineno">  279</span>                   floating_type&amp; b_a,</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00280" name="l00280"></a><span class="lineno">  280</span>                   <span class="keyword">const</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html">BaseDiffConfig</a>&amp; config)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00281" name="l00281"></a><span class="lineno">  281</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00282" name="l00282"></a><span class="lineno">  282</span>    a_b = 0;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00283" name="l00283"></a><span class="lineno">  283</span>    b_a = 0;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00284" name="l00284"></a><span class="lineno">  284</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00285" name="l00285"></a><span class="lineno">  285</span>    <span class="keywordflow">if</span> (fabs(a - b) &gt; config.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html#a43e0b825a6703a1f5e827db20e8582cd">precision</a> + <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">std::numeric_limits&lt;floating_type&gt;::epsilon</a>())</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00285" name="l00285"></a><span class="lineno">  285</span>    <span class="keywordflow">if</span> (fabs(a - b) &gt; config.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html#a43e0b825a6703a1f5e827db20e8582cd">precision</a> + <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">std::numeric_limits&lt;floating_type&gt;::epsilon</a>())</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00286" name="l00286"></a><span class="lineno">  286</span>    {</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00287" name="l00287"></a><span class="lineno">  287</span>        a_b = fabs(a - b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00288" name="l00288"></a><span class="lineno">  288</span>        b_a = fabs(a - b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00289" name="l00289"></a><span class="lineno">  289</span>    }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00290" name="l00290"></a><span class="lineno">  290</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00291" name="l00291"></a><span class="lineno">  291</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00292" name="l00292"></a><span class="lineno">  292</span><span class="comment"></span> </div>
│ │ │ │ @@ -521,15 +521,15 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1data_1_1diff__impl_1_1_same_deep_html_abf9685734efb7da83742e9cfe881bb8d"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1data_1_1diff__impl_1_1_same_deep.html#abf9685734efb7da83742e9cfe881bb8d">pwiz::data::diff_impl::SameDeep::config_</a></div><div class="ttdeci">const config_type &amp; config_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00410">diff_std.hpp:410</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1data_1_1diff__impl_1_1_same_deep_html_aed8b68bf6f553c0eaaca9cc1e070afa0"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1data_1_1diff__impl_1_1_same_deep.html#aed8b68bf6f553c0eaaca9cc1e070afa0">pwiz::data::diff_impl::SameDeep::SameDeep</a></div><div class="ttdeci">SameDeep(const object_type &amp;object, const config_type &amp;config)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00397">diff_std.hpp:397</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1data_1_1diff__impl_1_1_same_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1data_1_1diff__impl_1_1_same.html">pwiz::data::diff_impl::Same</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00349">diff_std.hpp:350</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1data_1_1diff__impl_1_1_same_html_a1c1d2bd6d8628c0b642b473a125f8718"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1data_1_1diff__impl_1_1_same.html#a1c1d2bd6d8628c0b642b473a125f8718">pwiz::data::diff_impl::Same::config_</a></div><div class="ttdeci">const config_type &amp; config_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00366">diff_std.hpp:366</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1data_1_1diff__impl_1_1_same_html_a58de6f370756a42437ad5be779233483"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1data_1_1diff__impl_1_1_same.html#a58de6f370756a42437ad5be779233483">pwiz::data::diff_impl::Same::mine_</a></div><div class="ttdeci">const object_type &amp; mine_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00365">diff_std.hpp:365</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1data_1_1diff__impl_1_1_same_html_a6034e092faaeeb8c54c2517cc1aa5cd4"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1data_1_1diff__impl_1_1_same.html#a6034e092faaeeb8c54c2517cc1aa5cd4">pwiz::data::diff_impl::Same::Same</a></div><div class="ttdeci">Same(const object_type &amp;object, const config_type &amp;config)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00353">diff_std.hpp:353</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1data_1_1diff__impl_1_1_same_html_afae31f0662c903d90396b18b85e602d8"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1data_1_1diff__impl_1_1_same.html#afae31f0662c903d90396b18b85e602d8">pwiz::data::diff_impl::Same::operator()</a></div><div class="ttdeci">bool operator()(const object_type &amp;yours)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00358">diff_std.hpp:358</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1data_1_1diff__impl_html_a05529df2ceb2a815aa50b60e930ad1d8"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1data_1_1diff__impl.html#a05529df2ceb2a815aa50b60e930ad1d8">pwiz::data::diff_impl::vector_diff_deep</a></div><div class="ttdeci">void vector_diff_deep(const std::vector&lt; boost::shared_ptr&lt; object_type &gt; &gt; &amp;a, const std::vector&lt; boost::shared_ptr&lt; object_type &gt; &gt; &amp;b, std::vector&lt; boost::shared_ptr&lt; object_type &gt; &gt; &amp;a_b, std::vector&lt; boost::shared_ptr&lt; object_type &gt; &gt; &amp;b_a, const config_type &amp;config)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00415">diff_std.hpp:415</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1data_1_1diff__impl_html_a0829a75fdc88f66731337a5099d657e6"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1data_1_1diff__impl.html#a0829a75fdc88f66731337a5099d657e6">pwiz::data::diff_impl::diff_floating</a></div><div class="ttdeci">void diff_floating(const floating_type &amp;a, const floating_type &amp;b, floating_type &amp;a_b, floating_type &amp;b_a, const BaseDiffConfig &amp;config)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00276">diff_std.hpp:276</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1data_1_1diff__impl_html_a149d5ba0e21745e38f58470e89615141"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1data_1_1diff__impl.html#a149d5ba0e21745e38f58470e89615141">pwiz::data::diff_impl::ptr_diff</a></div><div class="ttdeci">void ptr_diff(const boost::shared_ptr&lt; object_type &gt; &amp;a, const boost::shared_ptr&lt; object_type &gt; &amp;b, boost::shared_ptr&lt; object_type &gt; &amp;a_b, boost::shared_ptr&lt; object_type &gt; &amp;b_a, const config_type &amp;config)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00440">diff_std.hpp:440</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1data_1_1diff__impl_html_a78e301cf439f4f09b3d60222602fe317"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1data_1_1diff__impl.html#a78e301cf439f4f09b3d60222602fe317">pwiz::data::diff_impl::diff_ids</a></div><div class="ttdeci">PWIZ_API_DECL void diff_ids(const std::string &amp;a, const std::string &amp;b, std::string &amp;a_b, std::string &amp;b_a, const BaseDiffConfig &amp;config)</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1data_1_1diff__impl_html_a8399d651873882569e942a27f4c80a97"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1data_1_1diff__impl.html#a8399d651873882569e942a27f4c80a97">pwiz::data::diff_impl::diff_char</a></div><div class="ttdeci">void diff_char(const char_type &amp;a, const char_type &amp;b, char_type &amp;a_b, char_type &amp;b_a)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00241">diff_std.hpp:241</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1data_1_1diff__impl_html_a8fc72eece516974ad1c5df1d95902222"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1data_1_1diff__impl.html#a8fc72eece516974ad1c5df1d95902222">pwiz::data::diff_impl::vector_diff</a></div><div class="ttdeci">void vector_diff(const std::vector&lt; object_type &gt; &amp;a, const std::vector&lt; object_type &gt; &amp;b, std::vector&lt; object_type &gt; &amp;a_b, std::vector&lt; object_type &gt; &amp;b_a)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00319">diff_std.hpp:319</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1data_1_1diff__impl_html_a94bc7e764263e33b62d6d471ed0a3e4d"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1data_1_1diff__impl.html#a94bc7e764263e33b62d6d471ed0a3e4d">pwiz::data::diff_impl::diff</a></div><div class="ttdeci">PWIZ_API_DECL void diff(const std::string &amp;a, const std::string &amp;b, std::string &amp;a_b, std::string &amp;b_a, const BaseDiffConfig &amp;config)</div></div>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/diff__std__test_8cpp.html
│ │ │ │ @@ -272,23 +272,23 @@
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="diff__std__test_8cpp_source.html#l00075">75</a> of file <a class="el" href="diff__std__test_8cpp_source.html">diff_std_test.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">   76</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   77</span>    floating_type a_b, b_a;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   78</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html">BaseDiffConfig</a> config((<span class="keywordtype">double</span>) precision);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   79</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   80</span>    <a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1data_1_1diff__impl.html#a0829a75fdc88f66731337a5099d657e6">diff_floating</a>(a, b, a_b, b_a, config);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   81</span>    <span class="keywordflow">if</span> (fabs(a - b) &lt;= config.precision + <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">std::numeric_limits&lt;floating_type&gt;::epsilon</a>())</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   81</span>    <span class="keywordflow">if</span> (fabs(a - b) &lt;= config.precision + <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">std::numeric_limits&lt;floating_type&gt;::epsilon</a>())</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   82</span>        <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(a_b == floating_type() &amp;&amp; b_a == floating_type());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   83</span>    <span class="keywordflow">else</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   84</span>        <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(a_b == fabs(a - b) &amp;&amp; b_a == fabs(a - b));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   85</span>}</div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1data_1_1diff__impl_html_a0829a75fdc88f66731337a5099d657e6"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1data_1_1diff__impl.html#a0829a75fdc88f66731337a5099d657e6">pwiz::data::diff_impl::diff_floating</a></div><div class="ttdeci">void diff_floating(const floating_type &amp;a, const floating_type &amp;b, floating_type &amp;a_b, floating_type &amp;b_a, const BaseDiffConfig &amp;config)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00276">diff_std.hpp:276</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00276">pwiz::data::diff_impl::diff_floating()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00044">pwiz::data::BaseDiffConfig::precision</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00276">pwiz::data::diff_impl::diff_floating()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00044">pwiz::data::BaseDiffConfig::precision</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a90daba4154a86a8e2c378a6a7fe26b44" name="a90daba4154a86a8e2c378a6a7fe26b44"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a90daba4154a86a8e2c378a6a7fe26b44">&#9670;&nbsp;</a></span>testCV()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/diff__std__test_8cpp_source.html
│ │ │ │ @@ -122,15 +122,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00074" name="l00074"></a><span class="lineno">   74</span><span class="keyword">template</span> &lt;<span class="keyword">typename</span> <span class="keywordtype">float</span>ing_type&gt;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00075" name="l00075"></a><span class="lineno"><a class="line" href="diff__std__test_8cpp.html#a5d4492aebcc89be9927427f28a28e86f">   75</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="diff__std__test_8cpp.html#a5d4492aebcc89be9927427f28a28e86f">testFloating</a>(floating_type a, floating_type b, floating_type precision)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00076" name="l00076"></a><span class="lineno">   76</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00077" name="l00077"></a><span class="lineno">   77</span>    floating_type a_b, b_a;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00078" name="l00078"></a><span class="lineno">   78</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html">BaseDiffConfig</a> config((<span class="keywordtype">double</span>) precision);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00079" name="l00079"></a><span class="lineno">   79</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00080" name="l00080"></a><span class="lineno">   80</span>    <a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1data_1_1diff__impl.html#a0829a75fdc88f66731337a5099d657e6">diff_floating</a>(a, b, a_b, b_a, config);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00081" name="l00081"></a><span class="lineno">   81</span>    <span class="keywordflow">if</span> (fabs(a - b) &lt;= config.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html#a43e0b825a6703a1f5e827db20e8582cd">precision</a> + <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">std::numeric_limits&lt;floating_type&gt;::epsilon</a>())</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00081" name="l00081"></a><span class="lineno">   81</span>    <span class="keywordflow">if</span> (fabs(a - b) &lt;= config.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html#a43e0b825a6703a1f5e827db20e8582cd">precision</a> + <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">std::numeric_limits&lt;floating_type&gt;::epsilon</a>())</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00082" name="l00082"></a><span class="lineno">   82</span>        <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(a_b == floating_type() &amp;&amp; b_a == floating_type());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00083" name="l00083"></a><span class="lineno">   83</span>    <span class="keywordflow">else</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00084" name="l00084"></a><span class="lineno">   84</span>        <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(a_b == fabs(a - b) &amp;&amp; b_a == fabs(a - b));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00085" name="l00085"></a><span class="lineno">   85</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00086" name="l00086"></a><span class="lineno">   86</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00087" name="l00087"></a><span class="lineno">   87</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00088" name="l00088"></a><span class="lineno"><a class="line" href="diff__std__test_8cpp.html#a90daba4154a86a8e2c378a6a7fe26b44">   88</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="diff__std__test_8cpp.html#a90daba4154a86a8e2c378a6a7fe26b44">testCV</a>()</div>
│ │ │ │ @@ -374,15 +374,15 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_std_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="_std_8hpp.html">Std.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_a2b4943f00a8f4c6bea17b92a8f9ecdf9"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#a2b4943f00a8f4c6bea17b92a8f9ecdf9">UO_minute</a></div><div class="ttdeci">UO_minute</div><div class="ttdoc">minute: A time unit which is equal to 60 seconds.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l13896">cv.hpp:13896</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a></div><div class="ttdeci">MS_m_z</div><div class="ttdoc">m/z: Three-character symbol m/z is used to denote the quantity formed by dividing the mass of an ion ...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l00384">cv.hpp:384</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_aab350784ff99496a8d87765822d2cd86"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#aab350784ff99496a8d87765822d2cd86">MS_charge_state</a></div><div class="ttdeci">MS_charge_state</div><div class="ttdoc">charge state: The charge state of the ion, single or multiple and positive or negatively charged.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l00396">cv.hpp:396</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_adfa5f6102a293562e0bff0f399ee1676"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#adfa5f6102a293562e0bff0f399ee1676">MS_ionization_type</a></div><div class="ttdeci">MS_ionization_type</div><div class="ttdoc">ionization type: The method by which gas phase ions are generated from the sample.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l00285">cv.hpp:285</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_af4100492d712f3af013b4fca2ef8a638"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#af4100492d712f3af013b4fca2ef8a638">UO_second</a></div><div class="ttdeci">UO_second</div><div class="ttdoc">second: A time unit which is equal to the duration of 9 192 631 770 periods of the radiation correspo...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l13833">cv.hpp:13833</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_afbee415fb37187d53b6972257dac5a46"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#afbee415fb37187d53b6972257dac5a46">MS_peak_intensity</a></div><div class="ttdeci">MS_peak_intensity</div><div class="ttdoc">peak intensity: Intensity of ions as measured by the height or area of a peak in a mass spectrum.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l00402">cv.hpp:402</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="adiff__std_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="diff__std_8hpp.html">diff_std.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="adiff__std__test_8cpp_html_a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97"><div class="ttname"><a href="diff__std__test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">main</a></div><div class="ttdeci">int main(int argc, char *argv[])</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std__test_8cpp_source.html#l00304">diff_std_test.cpp:304</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="adiff__std__test_8cpp_html_a1e123c99191b0ff9cd8cf43dd6f59b22"><div class="ttname"><a href="diff__std__test_8cpp.html#a1e123c99191b0ff9cd8cf43dd6f59b22">testParamContainer</a></div><div class="ttdeci">void testParamContainer()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std__test_8cpp_source.html#l00203">diff_std_test.cpp:203</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="adiff__std__test_8cpp_html_a24ab3115c44c78da861de09ff41fcfd0"><div class="ttname"><a href="diff__std__test_8cpp.html#a24ab3115c44c78da861de09ff41fcfd0">testUserParam</a></div><div class="ttdeci">void testUserParam()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std__test_8cpp_source.html#l00119">diff_std_test.cpp:119</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="adiff__std__test_8cpp_html_a3f7dc03d9b8c1ac8f1f418bb8a91c5ed"><div class="ttname"><a href="diff__std__test_8cpp.html#a3f7dc03d9b8c1ac8f1f418bb8a91c5ed">testCVParam</a></div><div class="ttdeci">void testCVParam()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std__test_8cpp_source.html#l00149">diff_std_test.cpp:149</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="adiff__std__test_8cpp_html_a5d4492aebcc89be9927427f28a28e86f"><div class="ttname"><a href="diff__std__test_8cpp.html#a5d4492aebcc89be9927427f28a28e86f">testFloating</a></div><div class="ttdeci">void testFloating(floating_type a, floating_type b, floating_type precision)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std__test_8cpp_source.html#l00075">diff_std_test.cpp:75</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="adiff__std__test_8cpp_html_a5d9ca2cefa5ac5061d8544eb56692e50"><div class="ttname"><a href="diff__std__test_8cpp.html#a5d9ca2cefa5ac5061d8544eb56692e50">testIntegral</a></div><div class="ttdeci">void testIntegral()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std__test_8cpp_source.html#l00065">diff_std_test.cpp:65</a></div></div>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/dir_5c791206e4ce169a6c046059298ff13a.html
│ │ │ │ @@ -51,17 +51,17 @@
│ │ │ │  Files</h2></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="_amino_acid_8hpp.html">AminoAcid.hpp</a> <a href="_amino_acid_8hpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="_amino_acid_test_8cpp.html">AminoAcidTest.cpp</a> <a href="_amino_acid_test_8cpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="proteome_2_default_reader_list_8hpp.html">DefaultReaderList.hpp</a> <a href="proteome_2_default_reader_list_8hpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2proteome_2diff_8hpp.html">Diff.hpp</a> <a href="data_2proteome_2diff_8hpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2proteome_2_diff_8hpp.html">Diff.hpp</a> <a href="data_2proteome_2_diff_8hpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2proteome_2difftest_8cpp.html">DiffTest.cpp</a> <a href="data_2proteome_2difftest_8cpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp.html">DiffTest.cpp</a> <a href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="_digestion_8hpp.html">Digestion.hpp</a> <a href="_digestion_8hpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="_digestion_test_8cpp.html">DigestionTest.cpp</a> <a href="_digestion_test_8cpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="proteome_2examples_8hpp.html">examples.hpp</a> <a href="proteome_2examples_8hpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/dir_9ff30945f491fb3cbe1384034884f06d.html
│ │ │ │ @@ -64,17 +64,17 @@
│ │ │ │  <tr class="separator:"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="copyif_8hpp.html">copyif.hpp</a> <a href="copyif_8hpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="cumsum_8hpp.html">cumsum.hpp</a> <a href="cumsum_8hpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="cumsumtest_8cpp.html">cumsumtest.cpp</a> <a href="cumsumtest_8cpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp.html">diff.hpp</a> <a href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp.html">diff.hpp</a> <a href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="utility_2findmf_2base_2base_2difftest_8cpp.html">difftest.cpp</a> <a href="utility_2findmf_2base_2base_2difftest_8cpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_test_8cpp.html">difftest.cpp</a> <a href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_test_8cpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="equispaceinterpolationtest_8cpp.html">equispaceinterpolationtest.cpp</a> <a href="equispaceinterpolationtest_8cpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="interpolate_8hpp.html">interpolate.hpp</a> <a href="interpolate_8hpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="scale_8hpp.html">scale.hpp</a> <a href="scale_8hpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/dir_ba990afc352f2129f813cbf8586e50b6.html
│ │ │ │ @@ -59,17 +59,17 @@
│ │ │ │  <tr class="separator:"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="_chromatogram_list_base_8hpp.html">ChromatogramListBase.hpp</a> <a href="_chromatogram_list_base_8hpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="_chromatogram_list_base_test_8cpp.html">ChromatogramListBaseTest.cpp</a> <a href="_chromatogram_list_base_test_8cpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="msdata_2_default_reader_list_8hpp.html">DefaultReaderList.hpp</a> <a href="msdata_2_default_reader_list_8hpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2diff_8hpp.html">Diff.hpp</a> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2_diff_8hpp.html">Diff.hpp</a> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html">DiffTest.cpp</a> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html">DiffTest.cpp</a> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="msdata_2examples_8hpp.html">examples.hpp</a> <a href="msdata_2examples_8hpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="_index__mz_m_l_8hpp.html">Index_mzML.hpp</a> <a href="_index__mz_m_l_8hpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="msdata_2_i_o_8hpp.html">IO.hpp</a> <a href="msdata_2_i_o_8hpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/dir_e3c2a31b0a611889cc011a8135ee656d.html
│ │ │ │ @@ -47,17 +47,17 @@
│ │ │ │  </div><!--header-->
│ │ │ │  <div class="contents">
│ │ │ │  <table class="memberdecls">
│ │ │ │  <tr class="heading"><td colspan="2"><h2 class="groupheader"><a id="files" name="files"></a>
│ │ │ │  Files</h2></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="tradata_2_default_reader_list_8hpp.html">DefaultReaderList.hpp</a> <a href="tradata_2_default_reader_list_8hpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2tradata_2diff_8hpp.html">Diff.hpp</a> <a href="data_2tradata_2diff_8hpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2tradata_2_diff_8hpp.html">Diff.hpp</a> <a href="data_2tradata_2_diff_8hpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html">DiffTest.cpp</a> <a href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html">DiffTest.cpp</a> <a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="tradata_2examples_8hpp.html">examples.hpp</a> <a href="tradata_2examples_8hpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="tradata_2_i_o_8hpp.html">IO.hpp</a> <a href="tradata_2_i_o_8hpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="tradata_2_i_o_test_8cpp.html">IOTest.cpp</a> <a href="tradata_2_i_o_test_8cpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/dir_e53132443946aa664ee84e0cfa9f478c.html
│ │ │ │ @@ -51,17 +51,17 @@
│ │ │ │  Files</h2></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="identdata_2_default_reader_list_8hpp.html">DefaultReaderList.hpp</a> <a href="identdata_2_default_reader_list_8hpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="_delim_reader_8hpp.html">DelimReader.hpp</a> <a href="_delim_reader_8hpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="_delim_writer_8hpp.html">DelimWriter.hpp</a> <a href="_delim_writer_8hpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2diff_8hpp.html">Diff.hpp</a> <a href="data_2identdata_2diff_8hpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_8hpp.html">Diff.hpp</a> <a href="data_2identdata_2_diff_8hpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html">DiffTest.cpp</a> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html">DiffTest.cpp</a> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="identdata_2examples_8hpp.html">examples.hpp</a> <a href="identdata_2examples_8hpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="_extended_read_test_8cpp.html">ExtendedReadTest.cpp</a> <a href="_extended_read_test_8cpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">file &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="_ident_data_8hpp.html">IdentData.hpp</a> <a href="_ident_data_8hpp_source.html">[code]</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/erf_test_8cpp_source.html
│ │ │ │ @@ -80,15 +80,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00032" name="l00032"></a><span class="lineno">   32</span><span class="keyword">using namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00033" name="l00033"></a><span class="lineno">   33</span><span class="keyword">using namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacepwiz_1_1math.html">pwiz::math</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00034" name="l00034"></a><span class="lineno">   34</span><span class="keyword">using </span>std::numeric_limits;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00035" name="l00035"></a><span class="lineno">   35</span><span class="keyword">using </span>std::complex;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00036" name="l00036"></a><span class="lineno">   36</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00037" name="l00037"></a><span class="lineno">   37</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00038" name="l00038"></a><span class="lineno"><a class="line" href="erf_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">   38</a></span>ostream* <a class="code hl_variable" href="erf_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> = 0;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00039" name="l00039"></a><span class="lineno"><a class="line" href="erf_test_8cpp.html#a60cbeae1c2dcefc53a8e2822b8ece94c">   39</a></span><span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="erf_test_8cpp.html#a60cbeae1c2dcefc53a8e2822b8ece94c">epsilon_</a> = <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">numeric_limits&lt;double&gt;::epsilon</a>();</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00039" name="l00039"></a><span class="lineno"><a class="line" href="erf_test_8cpp.html#a60cbeae1c2dcefc53a8e2822b8ece94c">   39</a></span><span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="erf_test_8cpp.html#a60cbeae1c2dcefc53a8e2822b8ece94c">epsilon_</a> = <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">numeric_limits&lt;double&gt;::epsilon</a>();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00040" name="l00040"></a><span class="lineno">   40</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00041" name="l00041"></a><span class="lineno">   41</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00042" name="l00042"></a><span class="lineno">   42</span><span class="comment">/*</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00043" name="l00043"></a><span class="lineno">   43</span><span class="comment">void test_series()</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00044" name="l00044"></a><span class="lineno">   44</span><span class="comment">{</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00045" name="l00045"></a><span class="lineno">   45</span><span class="comment">    cout &lt;&lt; &quot;test_series()\n&quot;;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00046" name="l00046"></a><span class="lineno">   46</span><span class="comment"></span> </div>
│ │ │ │ @@ -232,15 +232,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00184" name="l00184"></a><span class="lineno">  184</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00185" name="l00185"></a><span class="lineno">  185</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c">TEST_EPILOG</a></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00186" name="l00186"></a><span class="lineno">  186</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00187" name="l00187"></a><span class="lineno">  187</span> </div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_matched_filter_8hpp_html_a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd"><div class="ttname"><a href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a></div><div class="ttdeci">KernelTraitsBase&lt; Kernel &gt;::space_type::abscissa_type x</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_matched_filter_8hpp_source.html#l00142">MatchedFilter.hpp:142</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_matched_filter_8hpp_html_aff0c5b2fd6b95ebb24626a0d745afcf1"><div class="ttname"><a href="_matched_filter_8hpp.html#aff0c5b2fd6b95ebb24626a0d745afcf1">y</a></div><div class="ttdeci">KernelTraitsBase&lt; Kernel &gt;::space_type::ordinate_type y</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_matched_filter_8hpp_source.html#l00143">MatchedFilter.hpp:143</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_std_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="_std_8hpp.html">Std.hpp</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aerf_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="erf_8hpp.html">erf.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aerf_test_8cpp_html_a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97"><div class="ttname"><a href="erf_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">main</a></div><div class="ttdeci">int main(int argc, char *argv[])</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="erf_test_8cpp_source.html#l00164">erfTest.cpp:164</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aerf_test_8cpp_html_a3bef15176ad555dab658511d7dd2c37a"><div class="ttname"><a href="erf_test_8cpp.html#a3bef15176ad555dab658511d7dd2c37a">test_real_wrapper</a></div><div class="ttdeci">void test_real_wrapper()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="erf_test_8cpp_source.html#l00147">erfTest.cpp:147</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aerf_test_8cpp_html_a60cbeae1c2dcefc53a8e2822b8ece94c"><div class="ttname"><a href="erf_test_8cpp.html#a60cbeae1c2dcefc53a8e2822b8ece94c">epsilon_</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="erf_test_8cpp_source.html#l00039">erfTest.cpp:39</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aerf_test_8cpp_html_a6a1b7ec438a9d372481adb0b6ed3f442"><div class="ttname"><a href="erf_test_8cpp.html#a6a1b7ec438a9d372481adb0b6ed3f442">test_real</a></div><div class="ttdeci">void test_real()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="erf_test_8cpp_source.html#l00107">erfTest.cpp:107</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aerf_test_8cpp_html_ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><div class="ttname"><a href="erf_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a></div><div class="ttdeci">ostream * os_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="erf_test_8cpp_source.html#l00038">erfTest.cpp:38</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aerf_test_8cpp_html_aca90a7b24fa1f67d9705bdbe9adea778"><div class="ttname"><a href="erf_test_8cpp.html#aca90a7b24fa1f67d9705bdbe9adea778">test_series</a></div><div class="ttdeci">void test_series()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="erf_test_8cpp_source.html#l00127">erfTest.cpp:127</a></div></div>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/files.html
│ │ │ │ @@ -242,16 +242,16 @@
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_0_14_" class="even" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="_param_types_test_8cpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="_param_types_test_8cpp.html" target="_self">ParamTypesTest.cpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_0_15_" class="even" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="_unimod_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="_unimod_8hpp.html" target="_self">Unimod.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_0_16_" class="even" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="_unimod_test_8cpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="_unimod_test_8cpp.html" target="_self">UnimodTest.cpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_1_" class="even"><td class="entry"><span style="width:32px;display:inline-block;">&#160;</span><span id="arr_0_1_1_" class="arrow" onclick="toggleFolder('0_1_1_')">&#9658;</span><span id="img_0_1_1_" class="iconfclosed" onclick="toggleFolder('0_1_1_')">&#160;</span><a class="el" href="dir_e53132443946aa664ee84e0cfa9f478c.html" target="_self">identdata</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_1_0_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="identdata_2_default_reader_list_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="identdata_2_default_reader_list_8hpp.html" target="_self">DefaultReaderList.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_1_1_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="_delim_reader_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="_delim_reader_8hpp.html" target="_self">DelimReader.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_1_2_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="_delim_writer_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="_delim_writer_8hpp.html" target="_self">DelimWriter.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │ -<tr id="row_0_1_1_3_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="data_2identdata_2diff_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="data_2identdata_2diff_8hpp.html" target="_self">Diff.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │ -<tr id="row_0_1_1_4_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html" target="_self">DiffTest.cpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │ +<tr id="row_0_1_1_3_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="data_2identdata_2_diff_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_8hpp.html" target="_self">Diff.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │ +<tr id="row_0_1_1_4_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html" target="_self">DiffTest.cpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_1_5_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="identdata_2examples_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="identdata_2examples_8hpp.html" target="_self">examples.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_1_6_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="_extended_read_test_8cpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="_extended_read_test_8cpp.html" target="_self">ExtendedReadTest.cpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_1_7_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="_ident_data_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="_ident_data_8hpp.html" target="_self">IdentData.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_1_8_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="_ident_data_file_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="_ident_data_file_8hpp.html" target="_self">IdentDataFile.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_1_9_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="_ident_data_test_8cpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="_ident_data_test_8cpp.html" target="_self">IdentDataTest.cpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_1_10_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="identdata_2_i_o_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="identdata_2_i_o_8hpp.html" target="_self">IO.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_1_11_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html" target="_self">IOTest.cpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │ @@ -291,16 +291,16 @@
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_3_0_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="_binary_data_encoder_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="_binary_data_encoder_8hpp.html" target="_self">BinaryDataEncoder.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_3_1_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="_binary_data_encoder_test_8cpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="_binary_data_encoder_test_8cpp.html" target="_self">BinaryDataEncoderTest.cpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_3_2_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="_chromatogram_list__mz_m_l_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="_chromatogram_list__mz_m_l_8hpp.html" target="_self">ChromatogramList_mzML.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_3_3_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="_chromatogram_list__mz_m_l___test_8cpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="_chromatogram_list__mz_m_l___test_8cpp.html" target="_self">ChromatogramList_mzML_Test.cpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_3_4_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="_chromatogram_list_base_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="_chromatogram_list_base_8hpp.html" target="_self">ChromatogramListBase.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_3_5_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="_chromatogram_list_base_test_8cpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="_chromatogram_list_base_test_8cpp.html" target="_self">ChromatogramListBaseTest.cpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_3_6_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="msdata_2_default_reader_list_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="msdata_2_default_reader_list_8hpp.html" target="_self">DefaultReaderList.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │ -<tr id="row_0_1_3_7_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="data_2msdata_2diff_8hpp.html" target="_self">Diff.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │ -<tr id="row_0_1_3_8_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html" target="_self">DiffTest.cpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │ +<tr id="row_0_1_3_7_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="data_2msdata_2_diff_8hpp.html" target="_self">Diff.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │ +<tr id="row_0_1_3_8_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html" target="_self">DiffTest.cpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_3_9_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="msdata_2examples_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="msdata_2examples_8hpp.html" target="_self">examples.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_3_10_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="_index__mz_m_l_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="_index__mz_m_l_8hpp.html" target="_self">Index_mzML.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_3_11_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="msdata_2_i_o_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="msdata_2_i_o_8hpp.html" target="_self">IO.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_3_12_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html" target="_self">IOTest.cpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_3_13_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="_legacy_adapter_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="_legacy_adapter_8hpp.html" target="_self">LegacyAdapter.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_3_14_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="_legacy_adapter_test_8cpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp.html" target="_self">LegacyAdapterTest.cpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_3_15_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="_memory_m_r_u_cache_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="_memory_m_r_u_cache_8hpp.html" target="_self">MemoryMRUCache.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │ @@ -347,16 +347,16 @@
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_3_56_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="_spectrum_worker_threads_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="_spectrum_worker_threads_8hpp.html" target="_self">SpectrumWorkerThreads.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_3_57_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp.html" target="_self">TextWriter.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_3_58_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="data_2msdata_2_version_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="data_2msdata_2_version_8hpp.html" target="_self">Version.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_4_"><td class="entry"><span style="width:32px;display:inline-block;">&#160;</span><span id="arr_0_1_4_" class="arrow" onclick="toggleFolder('0_1_4_')">&#9658;</span><span id="img_0_1_4_" class="iconfclosed" onclick="toggleFolder('0_1_4_')">&#160;</span><a class="el" href="dir_5c791206e4ce169a6c046059298ff13a.html" target="_self">proteome</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_4_0_" class="even" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="_amino_acid_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="_amino_acid_8hpp.html" target="_self">AminoAcid.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_4_1_" class="even" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="_amino_acid_test_8cpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="_amino_acid_test_8cpp.html" target="_self">AminoAcidTest.cpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_4_2_" class="even" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="proteome_2_default_reader_list_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="proteome_2_default_reader_list_8hpp.html" target="_self">DefaultReaderList.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │ -<tr id="row_0_1_4_3_" class="even" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="data_2proteome_2diff_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="data_2proteome_2diff_8hpp.html" target="_self">Diff.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │ -<tr id="row_0_1_4_4_" class="even" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="data_2proteome_2difftest_8cpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="data_2proteome_2difftest_8cpp.html" target="_self">DiffTest.cpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │ +<tr id="row_0_1_4_3_" class="even" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="data_2proteome_2_diff_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="data_2proteome_2_diff_8hpp.html" target="_self">Diff.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │ +<tr id="row_0_1_4_4_" class="even" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp.html" target="_self">DiffTest.cpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_4_5_" class="even" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="_digestion_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="_digestion_8hpp.html" target="_self">Digestion.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_4_6_" class="even" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="_digestion_test_8cpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="_digestion_test_8cpp.html" target="_self">DigestionTest.cpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_4_7_" class="even" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="proteome_2examples_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="proteome_2examples_8hpp.html" target="_self">examples.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_4_8_" class="even" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="_modification_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="_modification_8hpp.html" target="_self">Modification.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_4_9_" class="even" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="_peptide_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="_peptide_8hpp.html" target="_self">Peptide.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_4_10_" class="even" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="_peptide_test_8cpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="_peptide_test_8cpp.html" target="_self">PeptideTest.cpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_4_11_" class="even" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="_protein_list_cache_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="_protein_list_cache_8hpp.html" target="_self">ProteinListCache.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │ @@ -372,16 +372,16 @@
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_4_21_" class="even" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="proteome_2_reader_test_8cpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="proteome_2_reader_test_8cpp.html" target="_self">ReaderTest.cpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_4_22_" class="even" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="_serializer___f_a_s_t_a_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="_serializer___f_a_s_t_a_8hpp.html" target="_self">Serializer_FASTA.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_4_23_" class="even" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="_serializer___f_a_s_t_a___test_8cpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="_serializer___f_a_s_t_a___test_8cpp.html" target="_self">Serializer_FASTA_Test.cpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_4_24_" class="even" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="proteome_2_text_writer_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="proteome_2_text_writer_8hpp.html" target="_self">TextWriter.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_4_25_" class="even" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="data_2proteome_2_version_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="data_2proteome_2_version_8hpp.html" target="_self">Version.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_5_" class="even"><td class="entry"><span style="width:32px;display:inline-block;">&#160;</span><span id="arr_0_1_5_" class="arrow" onclick="toggleFolder('0_1_5_')">&#9658;</span><span id="img_0_1_5_" class="iconfclosed" onclick="toggleFolder('0_1_5_')">&#160;</span><a class="el" href="dir_e3c2a31b0a611889cc011a8135ee656d.html" target="_self">tradata</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_5_0_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="tradata_2_default_reader_list_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="tradata_2_default_reader_list_8hpp.html" target="_self">DefaultReaderList.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │ -<tr id="row_0_1_5_1_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="data_2tradata_2diff_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="data_2tradata_2diff_8hpp.html" target="_self">Diff.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │ -<tr id="row_0_1_5_2_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html" target="_self">DiffTest.cpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │ +<tr id="row_0_1_5_1_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="data_2tradata_2_diff_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="data_2tradata_2_diff_8hpp.html" target="_self">Diff.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │ +<tr id="row_0_1_5_2_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html" target="_self">DiffTest.cpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_5_3_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="tradata_2examples_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="tradata_2examples_8hpp.html" target="_self">examples.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_5_4_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="tradata_2_i_o_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="tradata_2_i_o_8hpp.html" target="_self">IO.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_5_5_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="tradata_2_i_o_test_8cpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="tradata_2_i_o_test_8cpp.html" target="_self">IOTest.cpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_5_6_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="tradata_2_reader_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="tradata_2_reader_8hpp.html" target="_self">Reader.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_5_7_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="tradata_2_reader_test_8cpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="tradata_2_reader_test_8cpp.html" target="_self">ReaderTest.cpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_5_8_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="tradata_2_references_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="tradata_2_references_8hpp.html" target="_self">References.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_1_5_9_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="tradata_2_references_test_8cpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="tradata_2_references_test_8cpp.html" target="_self">ReferencesTest.cpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │ @@ -462,16 +462,16 @@
│ │ │ │  <tr id="row_0_2_1_0_0_1_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:96px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="base_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="base_8hpp.html" target="_self">base.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_2_1_0_0_2_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:96px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="basetest_8cpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="basetest_8cpp.html" target="_self">basetest.cpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_2_1_0_0_3_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:96px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="constants_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="constants_8hpp.html" target="_self">constants.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_2_1_0_0_4_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:96px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="copy__iftest_8cpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="copy__iftest_8cpp.html" target="_self">copy_iftest.cpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_2_1_0_0_5_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:96px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="copyif_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="copyif_8hpp.html" target="_self">copyif.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_2_1_0_0_6_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:96px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="cumsum_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="cumsum_8hpp.html" target="_self">cumsum.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_2_1_0_0_7_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:96px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="cumsumtest_8cpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="cumsumtest_8cpp.html" target="_self">cumsumtest.cpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │ -<tr id="row_0_2_1_0_0_8_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:96px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp.html" target="_self">diff.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │ -<tr id="row_0_2_1_0_0_9_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:96px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="utility_2findmf_2base_2base_2difftest_8cpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="utility_2findmf_2base_2base_2difftest_8cpp.html" target="_self">difftest.cpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │ +<tr id="row_0_2_1_0_0_8_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:96px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp.html" target="_self">diff.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │ +<tr id="row_0_2_1_0_0_9_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:96px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_test_8cpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_test_8cpp.html" target="_self">difftest.cpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_2_1_0_0_10_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:96px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="equispaceinterpolationtest_8cpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="equispaceinterpolationtest_8cpp.html" target="_self">equispaceinterpolationtest.cpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_2_1_0_0_11_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:96px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="interpolate_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="interpolate_8hpp.html" target="_self">interpolate.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_2_1_0_0_12_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:96px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="scale_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="scale_8hpp.html" target="_self">scale.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_2_1_0_1_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:64px;display:inline-block;">&#160;</span><span id="arr_0_2_1_0_1_" class="arrow" onclick="toggleFolder('0_2_1_0_1_')">&#9658;</span><span id="img_0_2_1_0_1_" class="iconfclosed" onclick="toggleFolder('0_2_1_0_1_')">&#160;</span><a class="el" href="dir_b2023447d22e04d5daa230b0d03283b5.html" target="_self">filter</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_2_1_0_1_0_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:80px;display:inline-block;">&#160;</span><span id="arr_0_2_1_0_1_0_" class="arrow" onclick="toggleFolder('0_2_1_0_1_0_')">&#9658;</span><span id="img_0_2_1_0_1_0_" class="iconfclosed" onclick="toggleFolder('0_2_1_0_1_0_')">&#160;</span><a class="el" href="dir_5e029220f693a53211666afe8aa52836.html" target="_self">utilities</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_2_1_0_1_0_0_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:112px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="gauss_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="gauss_8hpp.html" target="_self">gauss.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ │  <tr id="row_0_2_1_0_1_0_1_" style="display:none;"><td class="entry"><span style="width:112px;display:inline-block;">&#160;</span><a href="mexhat_8hpp_source.html"><span class="icondoc"></span></a><a class="el" href="mexhat_8hpp.html" target="_self">mexhat.hpp</a></td><td class="desc"></td></tr>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/filterutilstest_8cpp_source.html
│ │ │ │ @@ -75,24 +75,24 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00027" name="l00027"></a><span class="lineno">   27</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="unit_8hpp.html">pwiz/utility/misc/unit.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00028" name="l00028"></a><span class="lineno">   28</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00029" name="l00029"></a><span class="lineno">   29</span><span class="keyword">namespace </span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00030" name="l00030"></a><span class="lineno">   30</span><span class="keyword">using namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a>;<span class="comment"></span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00031" name="l00031"></a><span class="lineno">   31</span><span class="comment">  /*! \brief test filter function */</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00032" name="l00032"></a><span class="lineno">   32</span>  <span class="keywordtype">void</span> filterTest()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00033" name="l00033"></a><span class="lineno">   33</span>  {</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00034" name="l00034"></a><span class="lineno">   34</span>    <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 0.000001;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00035" name="l00035"></a><span class="lineno">   35</span>    <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00034" name="l00034"></a><span class="lineno">   34</span>    <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 0.000001;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00035" name="l00035"></a><span class="lineno">   35</span>    <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00036" name="l00036"></a><span class="lineno">   36</span>    std::vector&lt;double&gt; data;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00037" name="l00037"></a><span class="lineno">   37</span>    <a class="code hl_function" href="namespaceralab_1_1base_1_1base.html#a7a9402f01168292184f256397d49b833">ralab::base::base::seq</a>(-500., 500., .1, data);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00038" name="l00038"></a><span class="lineno">   38</span>    std::vector&lt;double&gt; <a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#aff0c5b2fd6b95ebb24626a0d745afcf1">y</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00039" name="l00039"></a><span class="lineno">   39</span>    std::transform(data.begin(), data.end(), std::back_inserter(<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#aff0c5b2fd6b95ebb24626a0d745afcf1">y</a>), <span class="keyword">static_cast&lt;</span><span class="keywordtype">double</span>(*)(<span class="keywordtype">double</span>)<span class="keyword">&gt;</span>(sin) );</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00040" name="l00040"></a><span class="lineno">   40</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00041" name="l00041"></a><span class="lineno">   41</span>    std::vector&lt;double&gt; filt3(21,1./21.); <span class="comment">// mean filter</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00042" name="l00042"></a><span class="lineno">   42</span>    <span class="keywordtype">double</span> sumfilt =   std::accumulate(filt3.begin(), filt3.end(), 0.0 );</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00043" name="l00043"></a><span class="lineno">   43</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(sumfilt, 1.0,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> );</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00043" name="l00043"></a><span class="lineno">   43</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(sumfilt, 1.0,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> );</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00044" name="l00044"></a><span class="lineno">   44</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00045" name="l00045"></a><span class="lineno">   45</span>    std::vector&lt;double&gt; result;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00046" name="l00046"></a><span class="lineno">   46</span>    <a class="code hl_function" href="namespaceralab_1_1base_1_1filter.html#a3c62cde3a401615b6f65c7ed8de37c77">ralab::base::filter::filter</a>(</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00047" name="l00047"></a><span class="lineno">   47</span>          <a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#aff0c5b2fd6b95ebb24626a0d745afcf1">y</a>,</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00048" name="l00048"></a><span class="lineno">   48</span>          filt3,</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00049" name="l00049"></a><span class="lineno">   49</span>          result</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00050" name="l00050"></a><span class="lineno">   50</span>          );</div>
│ │ │ │ @@ -151,15 +151,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00103" name="l00103"></a><span class="lineno">  103</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00104" name="l00104"></a><span class="lineno">  104</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00105" name="l00105"></a><span class="lineno">  105</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00106" name="l00106"></a><span class="lineno">  106</span> </div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_matched_filter_8hpp_html_aff0c5b2fd6b95ebb24626a0d745afcf1"><div class="ttname"><a href="_matched_filter_8hpp.html#aff0c5b2fd6b95ebb24626a0d745afcf1">y</a></div><div class="ttdeci">KernelTraitsBase&lt; Kernel &gt;::space_type::ordinate_type y</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_matched_filter_8hpp_source.html#l00143">MatchedFilter.hpp:143</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="abase_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="base_8hpp.html">base.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acumsum_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="cumsum_8hpp.html">cumsum.hpp</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="afilter_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="filter_8hpp.html">filter.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="afilterutilstest_8cpp_html_a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627"><div class="ttname"><a href="filterutilstest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">main</a></div><div class="ttdeci">int main(int argc, char **argv)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="filterutilstest_8cpp_source.html#l00098">filterutilstest.cpp:98</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="amasscomparefunctors_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="masscomparefunctors_8hpp.html">masscomparefunctors.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1util_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="almost__equal_8hpp_source.html#l00033">almost_equal.hpp:33</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespaceralab_1_1base_1_1base_html_a7a9402f01168292184f256397d49b833"><div class="ttname"><a href="namespaceralab_1_1base_1_1base.html#a7a9402f01168292184f256397d49b833">ralab::base::base::seq</a></div><div class="ttdeci">void seq(TReal from, TReal to, std::vector&lt; TReal &gt; &amp;result)</div><div class="ttdoc">generates the sequence from, from+/-1, ..., to (identical to from:to).</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="base_8hpp_source.html#l00048">base.hpp:49</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespaceralab_1_1base_1_1filter_1_1utilities_html_ade6c725288b30f53164c31da2359ea2e"><div class="ttname"><a href="namespaceralab_1_1base_1_1filter_1_1utilities.html#ade6c725288b30f53164c31da2359ea2e">ralab::base::filter::utilities::prepareData</a></div><div class="ttdeci">TContainer::iterator prepareData(TIterator dataBeg, TIterator dataEnd, size_t fsize, TContainer &amp;res, bool mirror=false)</div><div class="ttdoc">Example Sequence : 1 2 3 4 5; width 5 and mirror false: 4 5 1 2 3 4 5 1 2, if mirror true than: 2 1 1...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="preparedata_8hpp_source.html#l00039">preparedata.hpp:40</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespaceralab_1_1base_1_1filter_html_a3c62cde3a401615b6f65c7ed8de37c77"><div class="ttname"><a href="namespaceralab_1_1base_1_1filter.html#a3c62cde3a401615b6f65c7ed8de37c77">ralab::base::filter::filter</a></div><div class="ttdeci">void filter(const TContainer &amp;data, const TContainer &amp;filter, TContainer &amp;result, bool circular=false, uint32_t sides=2)</div><div class="ttdoc">Applies linear convolution (filtering) to a univariate time series.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="filter_8hpp_source.html#l00112">filter.hpp:112</a></div></div>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/gaussfiltertest_8cpp_source.html
│ │ │ │ @@ -76,54 +76,54 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00028" name="l00028"></a><span class="lineno">   28</span><span class="keyword">namespace </span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00029" name="l00029"></a><span class="lineno">   29</span>   <span class="keyword">using namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00030" name="l00030"></a><span class="lineno">   30</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00031" name="l00031"></a><span class="lineno">   31</span>  <span class="keywordtype">void</span> testGaussian()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00032" name="l00032"></a><span class="lineno">   32</span>  {</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00033" name="l00033"></a><span class="lineno">   33</span>    std::vector&lt;double&gt; <a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00034" name="l00034"></a><span class="lineno">   34</span>    std::vector&lt;double&gt; <a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#aff0c5b2fd6b95ebb24626a0d745afcf1">y</a>;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00035" name="l00035"></a><span class="lineno">   35</span>    <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 5e-5;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00035" name="l00035"></a><span class="lineno">   35</span>    <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 5e-5;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00036" name="l00036"></a><span class="lineno">   36</span>    <span class="comment">//generate x values</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00037" name="l00037"></a><span class="lineno">   37</span>    <a class="code hl_function" href="namespaceralab_1_1base_1_1base.html#a7a9402f01168292184f256397d49b833">ralab::base::base::seq</a>(-10.,10.,1.,<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00038" name="l00038"></a><span class="lineno">   38</span>    std::transform(<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a>.begin(),<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a>.end(),std::back_inserter(<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#aff0c5b2fd6b95ebb24626a0d745afcf1">y</a>),<a class="code hl_struct" href="structralab_1_1base_1_1filter_1_1utilities_1_1_gauss.html">ralab::base::filter::utilities::Gauss&lt;double&gt;</a>(0.,1.));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00039" name="l00039"></a><span class="lineno">   39</span>    <span class="keywordtype">double</span> result[21] ={ 7.694599e-23, 1.027977e-18, 5.052271e-15, 9.134720e-12, 6.075883e-09,</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00040" name="l00040"></a><span class="lineno">   40</span>                         1.486720e-06, 1.338302e-04, 4.431848e-03, 5.399097e-02, 2.419707e-01,</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00041" name="l00041"></a><span class="lineno">   41</span>                         3.989423e-01, 2.419707e-01, 5.399097e-02, 4.431848e-03, 1.338302e-04,</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00042" name="l00042"></a><span class="lineno">   42</span>                         1.486720e-06, 6.075883e-09, 9.134720e-12, 5.052271e-15, 1.027977e-18,</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00043" name="l00043"></a><span class="lineno">   43</span>                         7.694599e-23};</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00044" name="l00044"></a><span class="lineno">   44</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00045" name="l00045"></a><span class="lineno">   45</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(std::equal(<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#aff0c5b2fd6b95ebb24626a0d745afcf1">y</a>.begin(),<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#aff0c5b2fd6b95ebb24626a0d745afcf1">y</a>.end(),result,<a class="code hl_struct" href="structralab_1_1base_1_1resample_1_1_da_comp_functor.html">ralab::base::resample::DaCompFunctor&lt;double&gt;</a>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>)));</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00045" name="l00045"></a><span class="lineno">   45</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(std::equal(<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#aff0c5b2fd6b95ebb24626a0d745afcf1">y</a>.begin(),<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#aff0c5b2fd6b95ebb24626a0d745afcf1">y</a>.end(),result,<a class="code hl_struct" href="structralab_1_1base_1_1resample_1_1_da_comp_functor.html">ralab::base::resample::DaCompFunctor&lt;double&gt;</a>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>)));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00046" name="l00046"></a><span class="lineno">   46</span>    <span class="keywordtype">double</span> sumfilter = std::accumulate(<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#aff0c5b2fd6b95ebb24626a0d745afcf1">y</a>.begin(),<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#aff0c5b2fd6b95ebb24626a0d745afcf1">y</a>.end(),0.);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00047" name="l00047"></a><span class="lineno">   47</span>    std::pair&lt;double,double&gt; tmp;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00048" name="l00048"></a><span class="lineno">   48</span>    <a class="code hl_function" href="namespaceralab_1_1base_1_1stats.html#a46227f87f036d482b27bb3d60aec62df">ralab::base::stats::scale</a>(<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#aff0c5b2fd6b95ebb24626a0d745afcf1">y</a>.begin(),<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#aff0c5b2fd6b95ebb24626a0d745afcf1">y</a>.end(),tmp,<span class="keyword">true</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00049" name="l00049"></a><span class="lineno">   49</span>    std::transform(<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#aff0c5b2fd6b95ebb24626a0d745afcf1">y</a>.begin(),<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#aff0c5b2fd6b95ebb24626a0d745afcf1">y</a>.end(),<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#aff0c5b2fd6b95ebb24626a0d745afcf1">y</a>.begin(),std::bind2nd(std::plus&lt;double&gt;(),( 1./<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a>.size() ) ) );</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00050" name="l00050"></a><span class="lineno">   50</span>    sumfilter = std::accumulate(<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#aff0c5b2fd6b95ebb24626a0d745afcf1">y</a>.begin(),<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#aff0c5b2fd6b95ebb24626a0d745afcf1">y</a>.end(),0.);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00051" name="l00051"></a><span class="lineno">   51</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(sumfilter,1.,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00051" name="l00051"></a><span class="lineno">   51</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(sumfilter,1.,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00052" name="l00052"></a><span class="lineno">   52</span>  }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00053" name="l00053"></a><span class="lineno">   53</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00054" name="l00054"></a><span class="lineno">   54</span>  <span class="keywordtype">void</span> testGauss_1deriv()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00055" name="l00055"></a><span class="lineno">   55</span>  {</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00056" name="l00056"></a><span class="lineno">   56</span>    <span class="comment">//code to compare goes here</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00057" name="l00057"></a><span class="lineno">   57</span>    std::vector&lt;double&gt; <a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00058" name="l00058"></a><span class="lineno">   58</span>    std::vector&lt;double&gt; <a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#aff0c5b2fd6b95ebb24626a0d745afcf1">y</a>;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00059" name="l00059"></a><span class="lineno">   59</span>    <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 5e-5;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00059" name="l00059"></a><span class="lineno">   59</span>    <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 5e-5;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00060" name="l00060"></a><span class="lineno">   60</span>    <span class="comment">//generate x values</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00061" name="l00061"></a><span class="lineno">   61</span>    <a class="code hl_function" href="namespaceralab_1_1base_1_1base.html#a7a9402f01168292184f256397d49b833">ralab::base::base::seq</a>(-10.,10.,1.,<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00062" name="l00062"></a><span class="lineno">   62</span>    std::transform(<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a>.begin(),<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a>.end(),std::back_inserter(<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#aff0c5b2fd6b95ebb24626a0d745afcf1">y</a>),<a class="code hl_struct" href="structralab_1_1base_1_1filter_1_1utilities_1_1_gauss__1deriv.html">ralab::base::filter::utilities::Gauss_1deriv&lt;double&gt;</a>(.0,1.));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00063" name="l00063"></a><span class="lineno">   63</span>    <span class="keywordtype">double</span> firstderiv[21] = {</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00064" name="l00064"></a><span class="lineno">   64</span>      7.694599e-22,  9.251796e-18,  4.041817e-14,  6.394304e-11,  3.645530e-08,  7.433598e-06,  5.353209e-04 , 1.329555e-02,  1.079819e-01,  2.419707e-01,</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00065" name="l00065"></a><span class="lineno">   65</span>      0.000000e+00, -2.419707e-01, -1.079819e-01, -1.329555e-02, -5.353209e-04, -7.433598e-06, -3.645530e-08, -6.394304e-11 -4.041817e-14 -9.251796e-18,</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00066" name="l00066"></a><span class="lineno">   66</span>      -7.694599e-22</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00067" name="l00067"></a><span class="lineno">   67</span>    };</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00068" name="l00068"></a><span class="lineno">   68</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00069" name="l00069"></a><span class="lineno">   69</span>    <span class="comment">// std::vector&lt;double&gt; fristderivV(firstderiv,firstderiv+21);</span></div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00070" name="l00070"></a><span class="lineno">   70</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(std::equal(<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#aff0c5b2fd6b95ebb24626a0d745afcf1">y</a>.begin(),<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#aff0c5b2fd6b95ebb24626a0d745afcf1">y</a>.end(),firstderiv,<a class="code hl_struct" href="structralab_1_1base_1_1resample_1_1_da_comp_functor.html">ralab::base::resample::DaCompFunctor&lt;double&gt;</a>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>)));</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00070" name="l00070"></a><span class="lineno">   70</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(std::equal(<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#aff0c5b2fd6b95ebb24626a0d745afcf1">y</a>.begin(),<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#aff0c5b2fd6b95ebb24626a0d745afcf1">y</a>.end(),firstderiv,<a class="code hl_struct" href="structralab_1_1base_1_1resample_1_1_da_comp_functor.html">ralab::base::resample::DaCompFunctor&lt;double&gt;</a>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>)));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00071" name="l00071"></a><span class="lineno">   71</span>    std::pair&lt;double,double&gt; tmp;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00072" name="l00072"></a><span class="lineno">   72</span>    <a class="code hl_function" href="namespaceralab_1_1base_1_1stats.html#a46227f87f036d482b27bb3d60aec62df">ralab::base::stats::scale</a>(<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#aff0c5b2fd6b95ebb24626a0d745afcf1">y</a>.begin(),<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#aff0c5b2fd6b95ebb24626a0d745afcf1">y</a>.end(),tmp,<span class="keyword">true</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00073" name="l00073"></a><span class="lineno">   73</span>    <span class="keywordtype">double</span> sumfilter = std::accumulate(<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#aff0c5b2fd6b95ebb24626a0d745afcf1">y</a>.begin(),<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#aff0c5b2fd6b95ebb24626a0d745afcf1">y</a>.end(),0.0);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00074" name="l00074"></a><span class="lineno">   74</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(sumfilter,0.,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00074" name="l00074"></a><span class="lineno">   74</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(sumfilter,0.,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00075" name="l00075"></a><span class="lineno">   75</span>    <span class="keywordtype">double</span> t = <a class="code hl_function" href="namespaceralab_1_1base_1_1filter.html#a131cbf25b3fe338bbd7210b867c153b1">ralab::base::filter::getGaussian1DerFilter</a>(<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00076" name="l00076"></a><span class="lineno">   76</span>    sumfilter = std::accumulate(<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a>.begin(),<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a>.end(),0.0);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00077" name="l00077"></a><span class="lineno">   77</span>    t;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00078" name="l00078"></a><span class="lineno">   78</span>  }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00079" name="l00079"></a><span class="lineno">   79</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00080" name="l00080"></a><span class="lineno">   80</span>  <span class="keywordtype">void</span> testGetGaussian()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00081" name="l00081"></a><span class="lineno">   81</span>  {</div>
│ │ │ │ @@ -142,15 +142,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00094" name="l00094"></a><span class="lineno">   94</span>  testGauss_1deriv();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00095" name="l00095"></a><span class="lineno">   95</span>  testGetGaussian();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00096" name="l00096"></a><span class="lineno">   96</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_matched_filter_8hpp_html_a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd"><div class="ttname"><a href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a></div><div class="ttdeci">KernelTraitsBase&lt; Kernel &gt;::space_type::abscissa_type x</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_matched_filter_8hpp_source.html#l00142">MatchedFilter.hpp:142</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_matched_filter_8hpp_html_aff0c5b2fd6b95ebb24626a0d745afcf1"><div class="ttname"><a href="_matched_filter_8hpp.html#aff0c5b2fd6b95ebb24626a0d745afcf1">y</a></div><div class="ttdeci">KernelTraitsBase&lt; Kernel &gt;::space_type::ordinate_type y</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_matched_filter_8hpp_source.html#l00143">MatchedFilter.hpp:143</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="abase_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="base_8hpp.html">base.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acumsum_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="cumsum_8hpp.html">cumsum.hpp</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="agaussfilter_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="gaussfilter_8hpp.html">gaussfilter.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="agaussfiltertest_8cpp_html_a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627"><div class="ttname"><a href="gaussfiltertest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">main</a></div><div class="ttdeci">int main(int argc, char **argv)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="gaussfiltertest_8cpp_source.html#l00092">gaussfiltertest.cpp:92</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="amasscomparefunctors_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="masscomparefunctors_8hpp.html">masscomparefunctors.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1util_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="almost__equal_8hpp_source.html#l00033">almost_equal.hpp:33</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespaceralab_1_1base_1_1base_html_a7a9402f01168292184f256397d49b833"><div class="ttname"><a href="namespaceralab_1_1base_1_1base.html#a7a9402f01168292184f256397d49b833">ralab::base::base::seq</a></div><div class="ttdeci">void seq(TReal from, TReal to, std::vector&lt; TReal &gt; &amp;result)</div><div class="ttdoc">generates the sequence from, from+/-1, ..., to (identical to from:to).</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="base_8hpp_source.html#l00048">base.hpp:49</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespaceralab_1_1base_1_1filter_html_a0ca5f21bdf2a3d947b2c15b96266be0a"><div class="ttname"><a href="namespaceralab_1_1base_1_1filter.html#a0ca5f21bdf2a3d947b2c15b96266be0a">ralab::base::filter::getGaussianFilter</a></div><div class="ttdeci">TReal getGaussianFilter(std::vector&lt; TReal &gt; &amp;gauss, TReal fwhm=20)</div><div class="ttdoc">generate the gauss filter function for filtering of peaks with fwhm (full width at half max)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="gaussfilter_8hpp_source.html#l00039">gaussfilter.hpp:40</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespaceralab_1_1base_1_1filter_html_a131cbf25b3fe338bbd7210b867c153b1"><div class="ttname"><a href="namespaceralab_1_1base_1_1filter.html#a131cbf25b3fe338bbd7210b867c153b1">ralab::base::filter::getGaussian1DerFilter</a></div><div class="ttdeci">TReal getGaussian1DerFilter(std::vector&lt; TReal &gt; &amp;gauss1d, TReal fwhm=20)</div><div class="ttdoc">generate first derivative Gauss</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="gaussfilter_8hpp_source.html#l00087">gaussfilter.hpp:87</a></div></div>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/globals_e.html
│ │ │ │ @@ -38,15 +38,15 @@
│ │ │ │  </script>
│ │ │ │  <div id="main-nav"></div>
│ │ │ │  </div><!-- top -->
│ │ │ │  <div class="contents">
│ │ │ │  <div class="textblock">Here is a list of all file members with links to the files they belong to:</div>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <h3><a id="index_e" name="index_e"></a>- e -</h3><ul>
│ │ │ │ -<li>epsilon&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="_linear_least_squares_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">LinearLeastSquaresTest.cpp</a>, <a class="el" href="qr_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">qrTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>epsilon&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="_linear_least_squares_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">LinearLeastSquaresTest.cpp</a>, <a class="el" href="qr_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">qrTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>epsilon_&#160;:&#160;<a class="el" href="_magnitude_lorentzian_test_8cpp.html#a2dbee5c3528b25493ecded7e22083138">MagnitudeLorentzianTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s_data_cache_test_8cpp.html#a60cbeae1c2dcefc53a8e2822b8ece94c">MSDataCacheTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_info_test_8cpp.html#a60cbeae1c2dcefc53a8e2822b8ece94c">SpectrumInfoTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_z_tolerance_test_8cpp.html#a60cbeae1c2dcefc53a8e2822b8ece94c">MZToleranceTest.cpp</a>, <a class="el" href="erf_test_8cpp.html#a60cbeae1c2dcefc53a8e2822b8ece94c">erfTest.cpp</a>, <a class="el" href="_parabola_test_8cpp.html#a2dbee5c3528b25493ecded7e22083138">ParabolaTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>equals()&#160;:&#160;<a class="el" href="_binary_data_test_8cpp.html#a41d62c2f89d104664c73c9286f41198d">BinaryDataTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>Er&#160;:&#160;<a class="el" href="_chemistry_8hpp.html#a99eb853d6f1d68d6a09764be56394b13">Chemistry.hpp</a></li>
│ │ │ │  <li>Es&#160;:&#160;<a class="el" href="_chemistry_8hpp.html#af586c2e97c659cc844aaee1d1ac8e6ea">Chemistry.hpp</a></li>
│ │ │ │  <li>Eu&#160;:&#160;<a class="el" href="_chemistry_8hpp.html#a5f879191d3cf336a01b1c8abf3d1e88d">Chemistry.hpp</a></li>
│ │ │ │  <li>EXPECTED_TEST_COUNT&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___ion_mobility___test_8cpp.html#a6cc6f78c354cc0fd943ea06b261367bb">SpectrumList_IonMobility_Test.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>extractPeaks()&#160;:&#160;<a class="el" href="_feature_detector_tuning_test_8cpp.html#aeb1590d0eb9e0a6833bf876a34f31e6b">FeatureDetectorTuningTest.cpp</a></li>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/globals_func_g.html
│ │ │ │ @@ -43,15 +43,15 @@
│ │ │ │  
│ │ │ │  <h3><a id="index_g" name="index_g"></a>- g -</h3><ul>
│ │ │ │  <li>generateNoise()&#160;:&#160;<a class="el" href="_noise_test_8cpp.html#a2bd66b1c09126f7ba48a54b8ccba2673">NoiseTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>getColHighBound()&#160;:&#160;<a class="el" href="_cwt_peak_detector_8hpp.html#a7ef5401365e94132d3156b916695e9e0">CwtPeakDetector.hpp</a></li>
│ │ │ │  <li>getColLowBound()&#160;:&#160;<a class="el" href="_cwt_peak_detector_8hpp.html#a2d5cd5d1e380dd79fd3ca7d3b8a291e8">CwtPeakDetector.hpp</a></li>
│ │ │ │  <li>getFeature()&#160;:&#160;<a class="el" href="_feature_modeler_test_8cpp.html#a5e8ba564bc666ec3029dcc99a033f13e">FeatureModelerTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>getKLscore()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___charge_from_isotope_8hpp.html#a6b5b51457625ee82463cb57f8a7ba52a">SpectrumList_ChargeFromIsotope.hpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>getMaxPrecisionDiff()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a6ef4897e4a6e9d96970b6ca30300722c">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>getMaxPrecisionDiff()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a6ef4897e4a6e9d96970b6ca30300722c">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>getScanNumber()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_iterator_test_8cpp.html#a2bb70832fd066d264b1b69dc51c90fd1">SpectrumIteratorTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>gjinverse()&#160;:&#160;<a class="el" href="_matrix_inverse_8hpp.html#ae894f3fe81b0a34dd08644652811c3bb">MatrixInverse.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
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│ │ │ │  <!-- start footer part -->
│ │ │ │  <hr class="footer"/><address class="footer"><small>
│ │ │ │  Generated by&#160;<a href="https://www.doxygen.org/index.html"><img class="footer" src="doxygen.svg" width="104" height="31" alt="doxygen"/></a> 1.9.4
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│ │ │ │ @@ -38,15 +38,15 @@
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│ │ │ │  <div id="main-nav"></div>
│ │ │ │  </div><!-- top -->
│ │ │ │  <div class="contents">
│ │ │ │  &#160;
│ │ │ │  
│ │ │ │  <h3><a id="index_m" name="index_m"></a>- m -</h3><ul>
│ │ │ │ -<li>main()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_wrapper_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumListWrapperTest.cpp</a>, <a class="el" href="_amino_acid_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">AminoAcidTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2proteome_2difftest_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="_digestion_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">DigestionTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peptide_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PeptideTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list_cache_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ProteinListCacheTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list_wrapper_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ProteinListWrapperTest.cpp</a>, <a class="el" href="_proteome_data_file_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ProteomeDataFileTest.cpp</a>, <a class="el" href="_proteome_data_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ProteomeDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="proteome_2_reader_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer___f_a_s_t_a___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">Serializer_FASTA_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumListCacheTest.cpp</a>, <a class="el" href="tradata_2_i_o_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="tradata_2_reader_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="tradata_2_references_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__tra_m_l___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">Serializer_traML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_tra_data_file_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">TraDataFileTest.cpp</a>, <a class="el" href="_tra_data_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">TraDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="_reader___a_b_i___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">Reader_ABI_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_reader___a_b_i___t2_d___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">Reader_ABI_T2D_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_reader___agilent___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">Reader_Agilent_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_reader___bruker___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">Reader_Bruker_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer___m_g_f___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">Serializer_MGF_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list_base_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ChromatogramListBaseTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">LegacyAdapterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MSDataFileTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s_data_merger_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MSDataMergerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s_data_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MSDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_sn_reader_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MSnReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_reader_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="_reader___thermo___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">Reader_Thermo_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">Serializer_MSn_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__mz_m_l___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">Serializer_mzML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__mz_x_m_l___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">Serializer_mzXML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_info_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumInfoTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_iterator_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumIteratorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_g_f___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_MGF_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_sn___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_MSn_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__mz_m_l___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_mzML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__mz_x_m_l___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_mzXML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_base_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumListBaseTest.cpp</a>, <a class="el" href="endian__test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">endian_test.cpp</a>, <a class="el" href="_ordered_pair_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">OrderedPairTest.cpp</a>, <a class="el" href="_parabola_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ParabolaTest.cpp</a>, <a class="el" href="qr_test_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">qrTest.cpp</a>, <a class="el" href="_stats_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">StatsTest.cpp</a>, <a class="el" href="_s_a_x_parser_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SAXParserTest.cpp</a>, <a class="el" href="_x_m_l_writer_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">XMLWriterTest.cpp</a>, <a class="el" href="almost__equal__test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">almost_equal_test.cpp</a>, <a class="el" href="_base64_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">Base64Test.cpp</a>, <a class="el" href="_binary_data_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">BinaryDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="_clickwrap_prompter_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ClickwrapPrompterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_date_time_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">DateTimeTest.cpp</a>, <a class="el" href="_matched_filter_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MatchedFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_exception_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ExceptionTest.cpp</a>, <a class="el" href="_fail_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">FailTest.cpp</a>, <a class="el" href="_filesystem_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">FilesystemTest.cpp</a>, <a class="el" href="_integer_set_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">IntegerSetTest.cpp</a>, <a class="el" href="_iteration_listener_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">IterationListenerTest.cpp</a>, <a class="el" href="mru__list__test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">mru_list_test.cpp</a>, <a class="el" href="_s_h_a1__ostream__test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SHA1_ostream_test.cpp</a>, <a class="el" href="_s_h_a1_calculator_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SHA1CalculatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_tab_reader_test_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">TabReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_i_p_i_f_a_s_t_a_database_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">IPIFASTADatabaseTest.cpp</a>, <a class="el" href="equispaceinterpolationtest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">equispaceinterpolationtest.cpp</a>, <a class="el" href="_reader___waters___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">Reader_Waters_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_chemistry_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ChemistryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_isotope_calculator_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">IsotopeCalculatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_isotope_envelope_estimator_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">IsotopeEnvelopeEstimatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_isotope_table_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">IsotopeTableTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_z_tolerance_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MZToleranceTest.cpp</a>, <a class="el" href="basetest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">basetest.cpp</a>, <a class="el" href="copy__iftest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">copy_iftest.cpp</a>, <a class="el" href="cumsumtest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">cumsumtest.cpp</a>, <a class="el" href="utility_2findmf_2base_2base_2difftest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">difftest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list___lockmass_refiner_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ChromatogramList_LockmassRefinerTest.cpp</a>, <a class="el" href="filterutilstest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">filterutilstest.cpp</a>, <a class="el" href="gaussfiltertest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">gaussfiltertest.cpp</a>, <a class="el" href="simplepickertest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">simplepickertest.cpp</a>, <a class="el" href="bucket1dtest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">bucket1dtest.cpp</a>, <a class="el" href="convert2densetest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">convert2densetest.cpp</a>, <a class="el" href="determinbinwithtest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">determinbinwithtest.cpp</a>, <a class="el" href="erf_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">erfTest.cpp</a>, <a class="el" href="_householder_q_r_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">HouseholderQRTest.cpp</a>, <a class="el" href="_linear_least_squares_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">LinearLeastSquaresTest.cpp</a>, <a class="el" href="_linear_solver_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">LinearSolverTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peakel_picker_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PeakelPickerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_truncated_lorentzian_parameters_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">TruncatedLorentzianParametersTest.cpp</a>, <a class="el" href="_truncated_lorentzian_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">TruncatedLorentzianTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s_data_analyzer_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MSDataAnalyzerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s_data_cache_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MSDataCacheTest.cpp</a>, <a class="el" href="_feature_detector_peakel_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">FeatureDetectorPeakelTest.cpp</a>, <a class="el" href="_feature_detector_simple_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">FeatureDetectorSimpleTest.cpp</a>, <a class="el" href="_feature_detector_tuning_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">FeatureDetectorTuningTest.cpp</a>, <a class="el" href="_feature_modeler_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">FeatureModelerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_z_r_t_field_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MZRTFieldTest.cpp</a>, <a class="el" href="_noise_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">NoiseTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peakel_grower_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PeakelGrowerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_detector_naive_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PeakDetectorNaiveTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_extractor_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PeakExtractorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_family_detector_f_t_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PeakFamilyDetectorFTTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_finder_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PeakFinderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_fitter_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PeakFitterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peptide_i_d__flat_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PeptideID_flatTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peptide_i_d__pep_x_m_l_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PeptideID_pepXMLTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peptide_i_d_map_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PeptideIDMapTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list___decoy_generator_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ProteinList_DecoyGeneratorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list___filter_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ProteinList_FilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list_factory_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ProteinListFactoryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_cubic_hermite_spline_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">CubicHermiteSplineTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list___filter_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ChromatogramList_FilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list_factory_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ChromatogramListFactoryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list_wrapper_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ChromatogramListWrapperTest.cpp</a>, <a class="el" href="chromatogram__processing_2_savitzky_golay_smoother_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SavitzkyGolaySmootherTest.cpp</a>, <a class="el" href="_cwt_peak_detector_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">CwtPeakDetectorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_extra_zero_samples_filter_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ExtraZeroSamplesFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_local_maximum_peak_detector_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">LocalMaximumPeakDetectorTest.cpp</a>, <a class="el" href="common_2_savitzky_golay_smoother_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SavitzkyGolaySmootherTest.cpp</a>, <a class="el" href="_whittaker_smoother_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">WhittakerSmootherTest.cpp</a>, <a class="el" href="_zero_sample_filler_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ZeroSampleFillerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_binary_data_encoder_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">BinaryDataEncoderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_demux_debug_read_write_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">DemuxDebugReadWriteTest.cpp</a>, <a class="el" href="_demux_helpers_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">DemuxHelpersTest.cpp</a>, <a class="el" href="_demux_solver_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">DemuxSolverTest.cpp</a>, <a class="el" href="_matrix_i_o_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MatrixIOTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_peak_extractor_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumPeakExtractorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_frequency_estimator_physical_model_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">FrequencyEstimatorPhysicalModelTest.cpp</a>, <a class="el" href="_frequency_estimator_simple_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">FrequencyEstimatorSimpleTest.cpp</a>, <a class="el" href="_magnitude_lorentzian_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MagnitudeLorentzianTest.cpp</a>, <a class="el" href="_parametrized_function_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ParametrizedFunctionTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_detector_matched_filter_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PeakDetectorMatchedFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="obotest_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">obotest.cpp</a>, <a class="el" href="_param_types_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ParamTypesTest.cpp</a>, <a class="el" href="_unimod_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">UnimodTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="_extended_read_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ExtendedReadTest.cpp</a>, <a class="el" href="_ident_data_test_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">IdentDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="_kw_c_v_map_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">KwCVMapTest.cpp</a>, <a class="el" href="_pep2_mz_ident_test_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">Pep2MzIdentTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_reader_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_precursor_recalculator_default_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PrecursorRecalculatorDefaultTest.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__mzid___test_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">Serializer_mzid_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">Serializer_pepXML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__prot_x_m_l___test_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">Serializer_protXML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer___text___test_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">Serializer_Text_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_calibration_parameters_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">CalibrationParametersTest.cpp</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">FrequencyDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MinimumPepXMLTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_data_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PeakDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="_sample_datum_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SampleDatumTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list__mz_m_l___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ChromatogramList_mzML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="diff__std__test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">diff_std_test.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s2_deisotoper_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MS2DeisotoperTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__3_d___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_3D_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___charge_from_isotope_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_ChargeFromIsotopeTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___charge_state_calculator_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_ChargeStateCalculatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___demux_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_DemuxTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_FilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___ion_mobility___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_IonMobility_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___lockmass_refiner_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_LockmassRefinerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___metadata_fixer_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_MetadataFixerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_MZRefinerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___peak_filter_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_PeakFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_recalculator_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_PrecursorRecalculatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_PrecursorRefineTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___scan_summer_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_ScanSummerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___sorter_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_SorterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumListFactoryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_binary_index_stream_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">BinaryIndexStreamTest.cpp</a>, <a class="el" href="cvtest_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">cvtest.cpp</a>, <a class="el" href="_c_v_translator_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">CVTranslatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_memory_index_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MemoryIndexTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_window_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_MZWindowTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>main()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_wrapper_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumListWrapperTest.cpp</a>, <a class="el" href="_amino_acid_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">AminoAcidTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="_digestion_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">DigestionTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peptide_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PeptideTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list_cache_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ProteinListCacheTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list_wrapper_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ProteinListWrapperTest.cpp</a>, <a class="el" href="_proteome_data_file_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ProteomeDataFileTest.cpp</a>, <a class="el" href="_proteome_data_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ProteomeDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="proteome_2_reader_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer___f_a_s_t_a___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">Serializer_FASTA_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumListCacheTest.cpp</a>, <a class="el" href="tradata_2_i_o_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="tradata_2_reader_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="tradata_2_references_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__tra_m_l___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">Serializer_traML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_tra_data_file_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">TraDataFileTest.cpp</a>, <a class="el" href="_tra_data_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">TraDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="_reader___a_b_i___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">Reader_ABI_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_reader___a_b_i___t2_d___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">Reader_ABI_T2D_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_reader___agilent___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">Reader_Agilent_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_reader___bruker___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">Reader_Bruker_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer___m_g_f___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">Serializer_MGF_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list_base_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ChromatogramListBaseTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">LegacyAdapterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MSDataFileTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s_data_merger_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MSDataMergerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s_data_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MSDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_sn_reader_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MSnReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_reader_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="_reader___thermo___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">Reader_Thermo_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">Serializer_MSn_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__mz_m_l___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">Serializer_mzML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__mz_x_m_l___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">Serializer_mzXML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_info_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumInfoTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_iterator_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumIteratorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_g_f___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_MGF_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_sn___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_MSn_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__mz_m_l___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_mzML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__mz_x_m_l___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_mzXML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_base_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumListBaseTest.cpp</a>, <a class="el" href="endian__test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">endian_test.cpp</a>, <a class="el" href="_ordered_pair_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">OrderedPairTest.cpp</a>, <a class="el" href="_parabola_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ParabolaTest.cpp</a>, <a class="el" href="qr_test_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">qrTest.cpp</a>, <a class="el" href="_stats_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">StatsTest.cpp</a>, <a class="el" href="_s_a_x_parser_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SAXParserTest.cpp</a>, <a class="el" href="_x_m_l_writer_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">XMLWriterTest.cpp</a>, <a class="el" href="almost__equal__test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">almost_equal_test.cpp</a>, <a class="el" href="_base64_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">Base64Test.cpp</a>, <a class="el" href="_binary_data_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">BinaryDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="_clickwrap_prompter_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ClickwrapPrompterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_date_time_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">DateTimeTest.cpp</a>, <a class="el" href="_matched_filter_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MatchedFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_exception_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ExceptionTest.cpp</a>, <a class="el" href="_fail_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">FailTest.cpp</a>, <a class="el" href="_filesystem_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">FilesystemTest.cpp</a>, <a class="el" href="_integer_set_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">IntegerSetTest.cpp</a>, <a class="el" href="_iteration_listener_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">IterationListenerTest.cpp</a>, <a class="el" href="mru__list__test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">mru_list_test.cpp</a>, <a class="el" href="_s_h_a1__ostream__test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SHA1_ostream_test.cpp</a>, <a class="el" href="_s_h_a1_calculator_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SHA1CalculatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_tab_reader_test_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">TabReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_i_p_i_f_a_s_t_a_database_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">IPIFASTADatabaseTest.cpp</a>, <a class="el" href="equispaceinterpolationtest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">equispaceinterpolationtest.cpp</a>, <a class="el" href="_reader___waters___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">Reader_Waters_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_chemistry_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ChemistryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_isotope_calculator_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">IsotopeCalculatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_isotope_envelope_estimator_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">IsotopeEnvelopeEstimatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_isotope_table_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">IsotopeTableTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_z_tolerance_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MZToleranceTest.cpp</a>, <a class="el" href="basetest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">basetest.cpp</a>, <a class="el" href="copy__iftest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">copy_iftest.cpp</a>, <a class="el" href="cumsumtest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">cumsumtest.cpp</a>, <a class="el" href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_test_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">difftest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list___lockmass_refiner_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ChromatogramList_LockmassRefinerTest.cpp</a>, <a class="el" href="filterutilstest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">filterutilstest.cpp</a>, <a class="el" href="gaussfiltertest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">gaussfiltertest.cpp</a>, <a class="el" href="simplepickertest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">simplepickertest.cpp</a>, <a class="el" href="bucket1dtest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">bucket1dtest.cpp</a>, <a class="el" href="convert2densetest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">convert2densetest.cpp</a>, <a class="el" href="determinbinwithtest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">determinbinwithtest.cpp</a>, <a class="el" href="erf_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">erfTest.cpp</a>, <a class="el" href="_householder_q_r_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">HouseholderQRTest.cpp</a>, <a class="el" href="_linear_least_squares_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">LinearLeastSquaresTest.cpp</a>, <a class="el" href="_linear_solver_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">LinearSolverTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peakel_picker_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PeakelPickerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_truncated_lorentzian_parameters_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">TruncatedLorentzianParametersTest.cpp</a>, <a class="el" href="_truncated_lorentzian_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">TruncatedLorentzianTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s_data_analyzer_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MSDataAnalyzerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s_data_cache_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MSDataCacheTest.cpp</a>, <a class="el" href="_feature_detector_peakel_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">FeatureDetectorPeakelTest.cpp</a>, <a class="el" href="_feature_detector_simple_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">FeatureDetectorSimpleTest.cpp</a>, <a class="el" href="_feature_detector_tuning_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">FeatureDetectorTuningTest.cpp</a>, <a class="el" href="_feature_modeler_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">FeatureModelerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_z_r_t_field_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MZRTFieldTest.cpp</a>, <a class="el" href="_noise_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">NoiseTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peakel_grower_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PeakelGrowerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_detector_naive_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PeakDetectorNaiveTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_extractor_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PeakExtractorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_family_detector_f_t_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PeakFamilyDetectorFTTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_finder_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PeakFinderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_fitter_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PeakFitterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peptide_i_d__flat_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PeptideID_flatTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peptide_i_d__pep_x_m_l_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PeptideID_pepXMLTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peptide_i_d_map_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PeptideIDMapTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list___decoy_generator_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ProteinList_DecoyGeneratorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list___filter_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ProteinList_FilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list_factory_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ProteinListFactoryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_cubic_hermite_spline_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">CubicHermiteSplineTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list___filter_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ChromatogramList_FilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list_factory_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ChromatogramListFactoryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list_wrapper_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ChromatogramListWrapperTest.cpp</a>, <a class="el" href="chromatogram__processing_2_savitzky_golay_smoother_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SavitzkyGolaySmootherTest.cpp</a>, <a class="el" href="_cwt_peak_detector_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">CwtPeakDetectorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_extra_zero_samples_filter_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ExtraZeroSamplesFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_local_maximum_peak_detector_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">LocalMaximumPeakDetectorTest.cpp</a>, <a class="el" href="common_2_savitzky_golay_smoother_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SavitzkyGolaySmootherTest.cpp</a>, <a class="el" href="_whittaker_smoother_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">WhittakerSmootherTest.cpp</a>, <a class="el" href="_zero_sample_filler_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ZeroSampleFillerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_binary_data_encoder_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">BinaryDataEncoderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_demux_debug_read_write_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">DemuxDebugReadWriteTest.cpp</a>, <a class="el" href="_demux_helpers_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">DemuxHelpersTest.cpp</a>, <a class="el" href="_demux_solver_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">DemuxSolverTest.cpp</a>, <a class="el" href="_matrix_i_o_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MatrixIOTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_peak_extractor_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumPeakExtractorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_frequency_estimator_physical_model_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">FrequencyEstimatorPhysicalModelTest.cpp</a>, <a class="el" href="_frequency_estimator_simple_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">FrequencyEstimatorSimpleTest.cpp</a>, <a class="el" href="_magnitude_lorentzian_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MagnitudeLorentzianTest.cpp</a>, <a class="el" href="_parametrized_function_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ParametrizedFunctionTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_detector_matched_filter_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PeakDetectorMatchedFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="obotest_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">obotest.cpp</a>, <a class="el" href="_param_types_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ParamTypesTest.cpp</a>, <a class="el" href="_unimod_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">UnimodTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="_extended_read_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ExtendedReadTest.cpp</a>, <a class="el" href="_ident_data_test_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">IdentDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="_kw_c_v_map_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">KwCVMapTest.cpp</a>, <a class="el" href="_pep2_mz_ident_test_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">Pep2MzIdentTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_reader_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_precursor_recalculator_default_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PrecursorRecalculatorDefaultTest.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__mzid___test_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">Serializer_mzid_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">Serializer_pepXML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__prot_x_m_l___test_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">Serializer_protXML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer___text___test_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">Serializer_Text_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_calibration_parameters_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">CalibrationParametersTest.cpp</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">FrequencyDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MinimumPepXMLTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_data_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PeakDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="_sample_datum_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SampleDatumTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list__mz_m_l___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ChromatogramList_mzML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="diff__std__test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">diff_std_test.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s2_deisotoper_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MS2DeisotoperTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__3_d___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_3D_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___charge_from_isotope_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_ChargeFromIsotopeTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___charge_state_calculator_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_ChargeStateCalculatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___demux_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_DemuxTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_FilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___ion_mobility___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_IonMobility_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___lockmass_refiner_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_LockmassRefinerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___metadata_fixer_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_MetadataFixerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_MZRefinerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___peak_filter_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_PeakFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_recalculator_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_PrecursorRecalculatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_PrecursorRefineTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___scan_summer_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_ScanSummerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___sorter_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_SorterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumListFactoryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_binary_index_stream_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">BinaryIndexStreamTest.cpp</a>, <a class="el" href="cvtest_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">cvtest.cpp</a>, <a class="el" href="_c_v_translator_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">CVTranslatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_memory_index_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MemoryIndexTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_window_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_MZWindowTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>makeAlternativeProtein()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#a3c16c541a6f45f3ad31707977fe78080">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>makeAminoAcidModification()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#a623fcaecfa0df4f01647820279bc59b9">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>makeAnalysisResult()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#aea55d669443af96aabece9c690f28f67">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>makeEnzymaticSearchConstraint()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#af6e15e8726572f89dcd608ae81e34152">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>makeMatch()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#a7f2d61370a1f43b1a47972087799e483">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>makeModAminoAcidMass()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#a8139d9a5ff166459e43aeb05103b51c6">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>makeModificationInfo()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#acfb10f1277554b2a9014647a7a260ec5">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/globals_func_t.html
│ │ │ │ @@ -38,15 +38,15 @@
│ │ │ │  </script>
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│ │ │ │  <div class="contents">
│ │ │ │  &#160;
│ │ │ │  
│ │ │ │  <h3><a id="index_t" name="index_t"></a>- t -</h3><ul>
│ │ │ │ -<li>test()&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">MSDataFileTest.cpp</a>, <a class="el" href="_amino_acid_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">AminoAcidTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_wrapper_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumListWrapperTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumListCacheTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_base_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumListBaseTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__mz_x_m_l___test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumList_mzXML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__mz_m_l___test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumList_mzML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_sn___test_8cpp.html#a99821b66b54c147a80aff41bf535e368">SpectrumList_MSn_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_g_f___test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumList_MGF_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_info_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumInfoTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_reader_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_sn_reader_test_8cpp.html#ad206082ff615b7956e647763804eb4a0">MSnReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s_data_merger_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">MSDataMergerTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2proteome_2difftest_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">LegacyAdapterTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list_base_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ChromatogramListBaseTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list__mz_m_l___test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ChromatogramList_mzML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_binary_data_encoder_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">BinaryDataEncoderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_sample_datum_test_8cpp.html#a801cf41d42b5459349d914fb534cc6d2">SampleDatumTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_data_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PeakDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">FrequencyDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="_calibration_parameters_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">CalibrationParametersTest.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer___text___test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">Serializer_Text_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__mzid___test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">Serializer_mzid_Test.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="_s_a_x_parser_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SAXParserTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list___filter_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ChromatogramList_FilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_i_p_i_f_a_s_t_a_database_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">IPIFASTADatabaseTest.cpp</a>, <a class="el" href="_s_h_a1_calculator_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SHA1CalculatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_s_h_a1__ostream__test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SHA1_ostream_test.cpp</a>, <a class="el" href="mru__list__test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">mru_list_test.cpp</a>, <a class="el" href="_iteration_listener_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">IterationListenerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_integer_set_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">IntegerSetTest.cpp</a>, <a class="el" href="_exception_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ExceptionTest.cpp</a>, <a class="el" href="endian__test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">endian_test.cpp</a>, <a class="el" href="_clickwrap_prompter_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ClickwrapPrompterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_binary_data_test_8cpp.html#aa58a0724948739f0f6d65caa78986366">BinaryDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="_base64_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">Base64Test.cpp</a>, <a class="el" href="almost__equal__test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">almost_equal_test.cpp</a>, <a class="el" href="_x_m_l_writer_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">XMLWriterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list___lockmass_refiner_test_8cpp.html#a61ecc00cb92e4ab6b39485de74920dc3">ChromatogramList_LockmassRefinerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_stats_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">StatsTest.cpp</a>, <a class="el" href="_ordered_pair_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">OrderedPairTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_z_tolerance_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">MZToleranceTest.cpp</a>, <a class="el" href="_isotope_envelope_estimator_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">IsotopeEnvelopeEstimatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_tra_data_file_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">TraDataFileTest.cpp</a>, <a class="el" href="tradata_2_references_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="tradata_2_reader_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="tradata_2_i_o_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="proteome_2_reader_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_proteome_data_file_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ProteomeDataFileTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list_wrapper_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ProteinListWrapperTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list_cache_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ProteinListCacheTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peptide_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PeptideTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s_data_analyzer_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">MSDataAnalyzerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list_factory_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ProteinListFactoryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list___filter_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ProteinList_FilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list___decoy_generator_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ProteinList_DecoyGeneratorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peptide_i_d_map_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PeptideIDMapTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_fitter_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PeakFitterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_finder_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PeakFinderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_family_detector_f_t_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PeakFamilyDetectorFTTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_extractor_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PeakExtractorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peakel_picker_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PeakelPickerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peakel_grower_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PeakelGrowerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_noise_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">NoiseTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_z_r_t_field_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">MZRTFieldTest.cpp</a>, <a class="el" href="_feature_modeler_test_8cpp.html#adfd632408235fa03e20660a4d061c05d">FeatureModelerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_feature_detector_tuning_test_8cpp.html#adfd632408235fa03e20660a4d061c05d">FeatureDetectorTuningTest.cpp</a>, <a class="el" href="_feature_detector_peakel_test_8cpp.html#adfd632408235fa03e20660a4d061c05d">FeatureDetectorPeakelTest.cpp</a>, <a class="el" href="_pep2_mz_ident_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">Pep2MzIdentTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_detector_naive_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PeakDetectorNaiveTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_detector_matched_filter_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PeakDetectorMatchedFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_frequency_estimator_simple_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">FrequencyEstimatorSimpleTest.cpp</a>, <a class="el" href="_frequency_estimator_physical_model_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">FrequencyEstimatorPhysicalModelTest.cpp</a>, <a class="el" href="_zero_sample_filler_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ZeroSampleFillerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_whittaker_smoother_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">WhittakerSmootherTest.cpp</a>, <a class="el" href="common_2_savitzky_golay_smoother_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SavitzkyGolaySmootherTest.cpp</a>, <a class="el" href="_local_maximum_peak_detector_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">LocalMaximumPeakDetectorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_extra_zero_samples_filter_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ExtraZeroSamplesFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_cwt_peak_detector_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">CwtPeakDetectorTest.cpp</a>, <a class="el" href="chromatogram__processing_2_savitzky_golay_smoother_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SavitzkyGolaySmootherTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list_wrapper_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ChromatogramListWrapperTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list_factory_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ChromatogramListFactoryTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_reader_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s2_deisotoper_test_8cpp.html#ac8da963855e09bf929c085486f4a3b47">MS2DeisotoperTest.cpp</a>, <a class="el" href="_kw_c_v_map_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">KwCVMapTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="_unimod_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">UnimodTest.cpp</a>, <a class="el" href="_param_types_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ParamTypesTest.cpp</a>, <a class="el" href="obotest_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">obotest.cpp</a>, <a class="el" href="_memory_index_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">MemoryIndexTest.cpp</a>, <a class="el" href="diff__std__test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">diff_std_test.cpp</a>, <a class="el" href="_c_v_translator_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">CVTranslatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="cvtest_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">cvtest.cpp</a>, <a class="el" href="_binary_index_stream_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">BinaryIndexStreamTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumListFactoryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___sorter_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumList_SorterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp.html#adfd632408235fa03e20660a4d061c05d">SpectrumList_PrecursorRefineTest.cpp</a>, <a class="el" href="_precursor_recalculator_default_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PrecursorRecalculatorDefaultTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__3_d___test_8cpp.html#ac937c75b52cb710717b3793598dc1582">SpectrumList_3D_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___charge_from_isotope_test_8cpp.html#ac8da963855e09bf929c085486f4a3b47">SpectrumList_ChargeFromIsotopeTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___charge_state_calculator_test_8cpp.html#ac8da963855e09bf929c085486f4a3b47">SpectrumList_ChargeStateCalculatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumList_FilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___ion_mobility___test_8cpp.html#a76627c2914c7ea98e69a90bcf97ad2fa">SpectrumList_IonMobility_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___metadata_fixer_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumList_MetadataFixerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___scan_summer_test_8cpp.html#ac8da963855e09bf929c085486f4a3b47">SpectrumList_ScanSummerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_recalculator_test_8cpp.html#adfd632408235fa03e20660a4d061c05d">SpectrumList_PrecursorRecalculatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___peak_filter_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumList_PeakFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___lockmass_refiner_test_8cpp.html#a61ecc00cb92e4ab6b39485de74920dc3">SpectrumList_LockmassRefinerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#adfd632408235fa03e20660a4d061c05d">SpectrumList_MZRefinerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_window_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumList_MZWindowTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>test()&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">MSDataFileTest.cpp</a>, <a class="el" href="_amino_acid_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">AminoAcidTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_wrapper_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumListWrapperTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumListCacheTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_base_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumListBaseTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__mz_x_m_l___test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumList_mzXML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__mz_m_l___test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumList_mzML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_sn___test_8cpp.html#a99821b66b54c147a80aff41bf535e368">SpectrumList_MSn_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_g_f___test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumList_MGF_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_info_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumInfoTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_reader_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_sn_reader_test_8cpp.html#ad206082ff615b7956e647763804eb4a0">MSnReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s_data_merger_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">MSDataMergerTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">LegacyAdapterTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list_base_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ChromatogramListBaseTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list__mz_m_l___test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ChromatogramList_mzML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_binary_data_encoder_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">BinaryDataEncoderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_sample_datum_test_8cpp.html#a801cf41d42b5459349d914fb534cc6d2">SampleDatumTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_data_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PeakDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">FrequencyDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="_calibration_parameters_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">CalibrationParametersTest.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer___text___test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">Serializer_Text_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__mzid___test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">Serializer_mzid_Test.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="_s_a_x_parser_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SAXParserTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list___filter_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ChromatogramList_FilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_i_p_i_f_a_s_t_a_database_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">IPIFASTADatabaseTest.cpp</a>, <a class="el" href="_s_h_a1_calculator_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SHA1CalculatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_s_h_a1__ostream__test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SHA1_ostream_test.cpp</a>, <a class="el" href="mru__list__test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">mru_list_test.cpp</a>, <a class="el" href="_iteration_listener_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">IterationListenerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_integer_set_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">IntegerSetTest.cpp</a>, <a class="el" href="_exception_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ExceptionTest.cpp</a>, <a class="el" href="endian__test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">endian_test.cpp</a>, <a class="el" href="_clickwrap_prompter_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ClickwrapPrompterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_binary_data_test_8cpp.html#aa58a0724948739f0f6d65caa78986366">BinaryDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="_base64_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">Base64Test.cpp</a>, <a class="el" href="almost__equal__test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">almost_equal_test.cpp</a>, <a class="el" href="_x_m_l_writer_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">XMLWriterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list___lockmass_refiner_test_8cpp.html#a61ecc00cb92e4ab6b39485de74920dc3">ChromatogramList_LockmassRefinerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_stats_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">StatsTest.cpp</a>, <a class="el" href="_ordered_pair_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">OrderedPairTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_z_tolerance_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">MZToleranceTest.cpp</a>, <a class="el" href="_isotope_envelope_estimator_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">IsotopeEnvelopeEstimatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_tra_data_file_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">TraDataFileTest.cpp</a>, <a class="el" href="tradata_2_references_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="tradata_2_reader_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="tradata_2_i_o_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="proteome_2_reader_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_proteome_data_file_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ProteomeDataFileTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list_wrapper_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ProteinListWrapperTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list_cache_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ProteinListCacheTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peptide_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PeptideTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s_data_analyzer_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">MSDataAnalyzerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list_factory_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ProteinListFactoryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list___filter_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ProteinList_FilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list___decoy_generator_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ProteinList_DecoyGeneratorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peptide_i_d_map_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PeptideIDMapTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_fitter_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PeakFitterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_finder_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PeakFinderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_family_detector_f_t_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PeakFamilyDetectorFTTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_extractor_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PeakExtractorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peakel_picker_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PeakelPickerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peakel_grower_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PeakelGrowerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_noise_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">NoiseTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_z_r_t_field_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">MZRTFieldTest.cpp</a>, <a class="el" href="_feature_modeler_test_8cpp.html#adfd632408235fa03e20660a4d061c05d">FeatureModelerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_feature_detector_tuning_test_8cpp.html#adfd632408235fa03e20660a4d061c05d">FeatureDetectorTuningTest.cpp</a>, <a class="el" href="_feature_detector_peakel_test_8cpp.html#adfd632408235fa03e20660a4d061c05d">FeatureDetectorPeakelTest.cpp</a>, <a class="el" href="_pep2_mz_ident_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">Pep2MzIdentTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_detector_naive_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PeakDetectorNaiveTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_detector_matched_filter_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PeakDetectorMatchedFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_frequency_estimator_simple_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">FrequencyEstimatorSimpleTest.cpp</a>, <a class="el" href="_frequency_estimator_physical_model_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">FrequencyEstimatorPhysicalModelTest.cpp</a>, <a class="el" href="_zero_sample_filler_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ZeroSampleFillerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_whittaker_smoother_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">WhittakerSmootherTest.cpp</a>, <a class="el" href="common_2_savitzky_golay_smoother_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SavitzkyGolaySmootherTest.cpp</a>, <a class="el" href="_local_maximum_peak_detector_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">LocalMaximumPeakDetectorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_extra_zero_samples_filter_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ExtraZeroSamplesFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_cwt_peak_detector_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">CwtPeakDetectorTest.cpp</a>, <a class="el" href="chromatogram__processing_2_savitzky_golay_smoother_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SavitzkyGolaySmootherTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list_wrapper_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ChromatogramListWrapperTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list_factory_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ChromatogramListFactoryTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_reader_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s2_deisotoper_test_8cpp.html#ac8da963855e09bf929c085486f4a3b47">MS2DeisotoperTest.cpp</a>, <a class="el" href="_kw_c_v_map_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">KwCVMapTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="_unimod_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">UnimodTest.cpp</a>, <a class="el" href="_param_types_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ParamTypesTest.cpp</a>, <a class="el" href="obotest_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">obotest.cpp</a>, <a class="el" href="_memory_index_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">MemoryIndexTest.cpp</a>, <a class="el" href="diff__std__test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">diff_std_test.cpp</a>, <a class="el" href="_c_v_translator_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">CVTranslatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="cvtest_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">cvtest.cpp</a>, <a class="el" href="_binary_index_stream_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">BinaryIndexStreamTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumListFactoryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___sorter_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumList_SorterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp.html#adfd632408235fa03e20660a4d061c05d">SpectrumList_PrecursorRefineTest.cpp</a>, <a class="el" href="_precursor_recalculator_default_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PrecursorRecalculatorDefaultTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__3_d___test_8cpp.html#ac937c75b52cb710717b3793598dc1582">SpectrumList_3D_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___charge_from_isotope_test_8cpp.html#ac8da963855e09bf929c085486f4a3b47">SpectrumList_ChargeFromIsotopeTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___charge_state_calculator_test_8cpp.html#ac8da963855e09bf929c085486f4a3b47">SpectrumList_ChargeStateCalculatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumList_FilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___ion_mobility___test_8cpp.html#a76627c2914c7ea98e69a90bcf97ad2fa">SpectrumList_IonMobility_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___metadata_fixer_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumList_MetadataFixerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___scan_summer_test_8cpp.html#ac8da963855e09bf929c085486f4a3b47">SpectrumList_ScanSummerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_recalculator_test_8cpp.html#adfd632408235fa03e20660a4d061c05d">SpectrumList_PrecursorRecalculatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___peak_filter_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumList_PeakFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___lockmass_refiner_test_8cpp.html#a61ecc00cb92e4ab6b39485de74920dc3">SpectrumList_LockmassRefinerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#adfd632408235fa03e20660a4d061c05d">SpectrumList_MZRefinerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_window_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumList_MZWindowTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>test1()&#160;:&#160;<a class="el" href="_isotope_table_test_8cpp.html#a1440a7779ac56f47a3f355ce4a8c7da0">IsotopeTableTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>test2()&#160;:&#160;<a class="el" href="_precursor_recalculator_default_test_8cpp.html#a0283886819c7c140a023582b7269e2d0">PrecursorRecalculatorDefaultTest.cpp</a>, <a class="el" href="_isotope_table_test_8cpp.html#a0283886819c7c140a023582b7269e2d0">IsotopeTableTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>test256()&#160;:&#160;<a class="el" href="_base64_test_8cpp.html#a10f66ef628c1147034c2ac9dc141b1c8">Base64Test.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>test3()&#160;:&#160;<a class="el" href="_isotope_table_test_8cpp.html#a6d0455dd5c30adda100e95f0423c786e">IsotopeTableTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>test4()&#160;:&#160;<a class="el" href="_isotope_table_test_8cpp.html#a327d8cef466a7560ead5eb3995c0cbae">IsotopeTableTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>test5peptide()&#160;:&#160;<a class="el" href="_precursor_recalculator_default_test_8cpp.html#ace2460da2f895e76079e27476f897dc5">PrecursorRecalculatorDefaultTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>test5peptideFT()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___precursor_recalculator_test_8cpp.html#ac7d26723b8c4cab735714bf0657b426e">SpectrumList_PrecursorRecalculatorTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ @@ -71,67 +71,67 @@
│ │ │ │  <li>test_v3()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___m_sn___test_8cpp.html#ae0da1837a2f6446b0a87eb56df05aeb6">SpectrumList_MSn_Test.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>test_xml_datetime()&#160;:&#160;<a class="el" href="_date_time_test_8cpp.html#a8d8ed1d869afa1d4171f905c6d67f5d2">DateTimeTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testAbbreviateByteSize()&#160;:&#160;<a class="el" href="_filesystem_test_8cpp.html#a3134dc53db3d6b8d396b1e08d218ddf1">FilesystemTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testAccept()&#160;:&#160;<a class="el" href="identdata_2_reader_test_8cpp.html#acabc737c968290d02f09b8c30855cb1d">ReaderTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testAddition()&#160;:&#160;<a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp.html#ad69549773b92027c9f7f89c18cfba76f">FrequencyDataTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testAllDataProcessing()&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_s_data_test_8cpp.html#ab95e45caa934b567b9d769ac93ba6dde">MSDataTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testAlternativeProtein()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#ad657346b0b05da625720d54d64e9eb0a">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testAmbiguousResidue()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a45faae728fd4729cf65352cd92db8240">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a45faae728fd4729cf65352cd92db8240">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testAmbiguousResidue()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a45faae728fd4729cf65352cd92db8240">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a45faae728fd4729cf65352cd92db8240">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testAminoAcidModification()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#aaa7542044b610e4a6c2ca29ac162cec7">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testAnalysisCollection()&#160;:&#160;<a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ae41359160263b06edb4ad590085ce0fc">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ae41359160263b06edb4ad590085ce0fc">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testAnalysisData()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a41c3740a427544b0fdd3c3f9cfc6bc39">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a41c3740a427544b0fdd3c3f9cfc6bc39">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testAnalysisProtocolCollection()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#af3fbcef23e6165e0d4d0c4a836b79da3">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#af3fbcef23e6165e0d4d0c4a836b79da3">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testAnalysisCollection()&#160;:&#160;<a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ae41359160263b06edb4ad590085ce0fc">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ae41359160263b06edb4ad590085ce0fc">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testAnalysisData()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a41c3740a427544b0fdd3c3f9cfc6bc39">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a41c3740a427544b0fdd3c3f9cfc6bc39">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testAnalysisProtocolCollection()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#af3fbcef23e6165e0d4d0c4a836b79da3">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#af3fbcef23e6165e0d4d0c4a836b79da3">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testAnalysisResult()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#a52788df525b6d02a3595bc3043568282">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testAnalysisSampleCollection()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#aee05c1513912937f5842329b7abfbd5a">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#aee05c1513912937f5842329b7abfbd5a">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp.html#aee05c1513912937f5842329b7abfbd5a">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testAnalysisSoftware()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#afb82c5a0eff82b707d60b1b082546a72">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#afb82c5a0eff82b707d60b1b082546a72">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testAnalysisSampleCollection()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#aee05c1513912937f5842329b7abfbd5a">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#aee05c1513912937f5842329b7abfbd5a">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp.html#aee05c1513912937f5842329b7abfbd5a">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testAnalysisSoftware()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#afb82c5a0eff82b707d60b1b082546a72">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#afb82c5a0eff82b707d60b1b082546a72">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testAnalyzer()&#160;:&#160;<a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp.html#a04ed0941984f385d8a7171cc16eff6cb">LegacyAdapterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testArray()&#160;:&#160;<a class="el" href="_ordered_pair_test_8cpp.html#ae91b0c271eaab9025354f4517ed2d308">OrderedPairTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testAutomaticUpdate()&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_s_data_cache_test_8cpp.html#a62c56eefaaf2a9dd16dd79ff9a6b2985">MSDataCacheTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testBadFile()&#160;:&#160;<a class="el" href="_binary_data_encoder_test_8cpp.html#aa4e33ebe3f083dffe9f6585d4dd399ca">BinaryDataEncoderTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testBadXML()&#160;:&#160;<a class="el" href="_s_a_x_parser_test_8cpp.html#a1a86b4d7f2ebf26b08be7e04b717a3b5">SAXParserTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testBanded()&#160;:&#160;<a class="el" href="_linear_solver_test_8cpp.html#a24e1e2b7656ed54597a18eaea043734a">LinearSolverTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testBandedComplex()&#160;:&#160;<a class="el" href="_linear_solver_test_8cpp.html#a1492055deedf6e945f61240126f814ba">LinearSolverTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testBasic()&#160;:&#160;<a class="el" href="_magnitude_lorentzian_test_8cpp.html#a6e937f67b247e1dc7ab05258ff504750">MagnitudeLorentzianTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_iterator_test_8cpp.html#a26fdedc856dd9592fe965685341482d3">SpectrumIteratorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_parabola_test_8cpp.html#a6e937f67b247e1dc7ab05258ff504750">ParabolaTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testBibliographicReference()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a8ba06bba0f516d63226a94e22938b89e">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a8ba06bba0f516d63226a94e22938b89e">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testBinaryDataArray()&#160;:&#160;<a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#aed819a671dd91394244e51992c647151">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#aed819a671dd91394244e51992c647151">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#aed819a671dd91394244e51992c647151">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testBibliographicReference()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a8ba06bba0f516d63226a94e22938b89e">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a8ba06bba0f516d63226a94e22938b89e">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testBinaryDataArray()&#160;:&#160;<a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#aed819a671dd91394244e51992c647151">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#aed819a671dd91394244e51992c647151">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#aed819a671dd91394244e51992c647151">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testBinaryDataArrayExternalMetadata()&#160;:&#160;<a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a60fd3850e30d34a2c5cd0daabd4d0a1a">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testBinaryDataOnly()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a5d4f62c58b6db5fa52bd9666b1613264">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testBinaryDataOnly()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a5d4f62c58b6db5fa52bd9666b1613264">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testBombesin()&#160;:&#160;<a class="el" href="_feature_detector_peakel_test_8cpp.html#a0a08ad9dcb33f06f980f10378e31d5cf">FeatureDetectorPeakelTest.cpp</a>, <a class="el" href="_feature_detector_tuning_test_8cpp.html#a0a08ad9dcb33f06f980f10378e31d5cf">FeatureDetectorTuningTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testBSADigestion()&#160;:&#160;<a class="el" href="_digestion_test_8cpp.html#ae7c4a61daef9974cf748cff09a090061">DigestionTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testCancel()&#160;:&#160;<a class="el" href="_iteration_listener_test_8cpp.html#ae2a4efb3711185ed68ba7f86ececbb34">IterationListenerTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testChromatogram()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#ac1e55316a96e4cc45abb2edeb608b509">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#ac1e55316a96e4cc45abb2edeb608b509">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#ac1e55316a96e4cc45abb2edeb608b509">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testChromatogramList()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a54532e0c2029b4825cce293302d52354">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a54532e0c2029b4825cce293302d52354">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testChromatogram()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#ac1e55316a96e4cc45abb2edeb608b509">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#ac1e55316a96e4cc45abb2edeb608b509">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#ac1e55316a96e4cc45abb2edeb608b509">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testChromatogramList()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a54532e0c2029b4825cce293302d52354">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a54532e0c2029b4825cce293302d52354">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testChromatogramListWithPositions()&#160;:&#160;<a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a8c79a0933c2c534dfbe2bfe735567f51">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testChromatograms()&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_s_data_test_8cpp.html#ab292d1989d5b1b01a01c5906f71a0555">MSDataTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testCleavageAgent()&#160;:&#160;<a class="el" href="_ident_data_test_8cpp.html#a28850c749527303217d2ea9c83386b95">IdentDataTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testCleavageAgents()&#160;:&#160;<a class="el" href="_digestion_test_8cpp.html#a720ca762a22d4792995a6ecd3ef078e0">DigestionTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testComplex()&#160;:&#160;<a class="el" href="_linear_solver_test_8cpp.html#a435554c8d6f3710b26f06a629aa18f0b">LinearSolverTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testComponent()&#160;:&#160;<a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a71baf45c88cc05efe16c3e53ebce236c">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a71baf45c88cc05efe16c3e53ebce236c">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testComponentList()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#aa7ddc61dd4295a5eb99362145ae924e7">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#aa7ddc61dd4295a5eb99362145ae924e7">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#aa7ddc61dd4295a5eb99362145ae924e7">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testCompound()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a88e7dba897541f750d9104fb7196b927">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testComponent()&#160;:&#160;<a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a71baf45c88cc05efe16c3e53ebce236c">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a71baf45c88cc05efe16c3e53ebce236c">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testComponentList()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#aa7ddc61dd4295a5eb99362145ae924e7">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#aa7ddc61dd4295a5eb99362145ae924e7">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#aa7ddc61dd4295a5eb99362145ae924e7">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testCompound()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a88e7dba897541f750d9104fb7196b927">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testConceptChecking()&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_z_r_t_field_test_8cpp.html#ab5981f57bdb8a6decd8045946b17488b">MZRTFieldTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testConfiguration()&#160;:&#160;<a class="el" href="_binary_data_encoder_test_8cpp.html#a837114e1f4ac0da87fc44c8944508fe0">BinaryDataEncoderTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a6cf4381b629e30ba8267429c27a821c1">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testContact()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#afc5a38f6d3b4f52e00189d54a2989b39">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testContactRole()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a09b3ac89fd976280c9e0ebdbd316feaa">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a09b3ac89fd976280c9e0ebdbd316feaa">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp.html#a09b3ac89fd976280c9e0ebdbd316feaa">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testConfiguration()&#160;:&#160;<a class="el" href="_binary_data_encoder_test_8cpp.html#a837114e1f4ac0da87fc44c8944508fe0">BinaryDataEncoderTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a6cf4381b629e30ba8267429c27a821c1">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testContact()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#afc5a38f6d3b4f52e00189d54a2989b39">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testContactRole()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a09b3ac89fd976280c9e0ebdbd316feaa">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a09b3ac89fd976280c9e0ebdbd316feaa">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp.html#a09b3ac89fd976280c9e0ebdbd316feaa">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testContacts()&#160;:&#160;<a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp.html#a9aad381365e4fa9c1f1f6d92fa62b528">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testContainer()&#160;:&#160;<a class="el" href="_ordered_pair_test_8cpp.html#aa3b97d76b613b6c84868145d9f9998e1">OrderedPairTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testContains()&#160;:&#160;<a class="el" href="_integer_set_test_8cpp.html#a0bc724fae44d358885f273c28d45b10f">IntegerSetTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testConversion()&#160;:&#160;<a class="el" href="_ident_data_test_8cpp.html#acac50039853455ace7ee85366dfbbeb4">IdentDataTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testCreation()&#160;:&#160;<a class="el" href="_peak_detector_matched_filter_test_8cpp.html#a6d6c11eb1422e1781b7c57c059c523ea">PeakDetectorMatchedFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_detector_naive_test_8cpp.html#a1027c6abf7f8a6f3c5dd2529f70b832d">PeakDetectorNaiveTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testCV()&#160;:&#160;<a class="el" href="diff__std__test_8cpp.html#a90daba4154a86a8e2c378a6a7fe26b44">diff_std_test.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a90daba4154a86a8e2c378a6a7fe26b44">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testCVMap()&#160;:&#160;<a class="el" href="_kw_c_v_map_test_8cpp.html#a75131210f9fa3e34f271617406d76242">KwCVMapTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testCVMapIO()&#160;:&#160;<a class="el" href="_kw_c_v_map_test_8cpp.html#a1c82478941e3d9780c0b3c0fbb0352b9">KwCVMapTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testCVParam()&#160;:&#160;<a class="el" href="diff__std__test_8cpp.html#a3f7dc03d9b8c1ac8f1f418bb8a91c5ed">diff_std_test.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a3f7dc03d9b8c1ac8f1f418bb8a91c5ed">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testData()&#160;:&#160;<a class="el" href="_frequency_estimator_simple_test_8cpp.html#a6b066c2f447b0042bb140f87e3604337">FrequencyEstimatorSimpleTest.cpp</a>, <a class="el" href="_magnitude_lorentzian_test_8cpp.html#a6b066c2f447b0042bb140f87e3604337">MagnitudeLorentzianTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testData2_LocalMax()&#160;:&#160;<a class="el" href="_frequency_estimator_simple_test_8cpp.html#a0e09d13b98f153b6f47054e2a7e7b953">FrequencyEstimatorSimpleTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testData2_Parabola()&#160;:&#160;<a class="el" href="_frequency_estimator_simple_test_8cpp.html#a73add717c1528381e1e1637e95b9fcda">FrequencyEstimatorSimpleTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testDatabaseTranslation()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a59845c7367180f04e05a9ba0fbe38f89">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testDataCollection()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a53213511b015016059c702def35dd00f">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a53213511b015016059c702def35dd00f">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testDataProcessing()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#ae1bc10396b7ec479fb119de5daeb4569">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#ae1bc10396b7ec479fb119de5daeb4569">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#ae1bc10396b7ec479fb119de5daeb4569">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testDBSequence()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a4b1a0c98dfb47069bdc2fad58364be1b">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a4b1a0c98dfb47069bdc2fad58364be1b">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp.html#a4b1a0c98dfb47069bdc2fad58364be1b">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testDatabaseTranslation()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a59845c7367180f04e05a9ba0fbe38f89">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testDataCollection()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a53213511b015016059c702def35dd00f">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a53213511b015016059c702def35dd00f">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testDataProcessing()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#ae1bc10396b7ec479fb119de5daeb4569">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#ae1bc10396b7ec479fb119de5daeb4569">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#ae1bc10396b7ec479fb119de5daeb4569">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testDBSequence()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a4b1a0c98dfb47069bdc2fad58364be1b">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a4b1a0c98dfb47069bdc2fad58364be1b">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp.html#a4b1a0c98dfb47069bdc2fad58364be1b">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testDecoding()&#160;:&#160;<a class="el" href="_s_a_x_parser_test_8cpp.html#a5ddc911263185062c80f2c2404c0cc36">SAXParserTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testDefault()&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_s_data_cache_test_8cpp.html#a9d2f481c901fbfd272dfab7f44e37a9e">MSDataCacheTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testDefaultTabHandler()&#160;:&#160;<a class="el" href="_tab_reader_test_8cpp.html#a7a78309522274eb19965cdd4a2512d5d">TabReaderTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testDeisotoping()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___peak_filter_test_8cpp.html#afcb0db9abfefe8f17ac3ecbc885523c4">SpectrumList_PeakFilterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testDerivatives()&#160;:&#160;<a class="el" href="_parametrized_function_test_8cpp.html#a085e20e91910b58567cc622a20e80bfc">ParametrizedFunctionTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testDetector()&#160;:&#160;<a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp.html#af93a95cf2be660cded82e8ea9216c5b6">LegacyAdapterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testDifferenceQuotient()&#160;:&#160;<a class="el" href="_parametrized_function_test_8cpp.html#ac891572efd6b4f2df228506fd4ab345a">ParametrizedFunctionTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ @@ -139,106 +139,106 @@
│ │ │ │  <li>testDigestionCriteria()&#160;:&#160;<a class="el" href="_digestion_test_8cpp.html#aee9736626ac8ca3cfba99707d190bfbe">DigestionTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testDigestionMetadata()&#160;:&#160;<a class="el" href="_digestion_test_8cpp.html#af4b2bdd745a60331a97d2a058b4bd77b">DigestionTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testDone()&#160;:&#160;<a class="el" href="_s_a_x_parser_test_8cpp.html#a7bdd04e4ab286c5311b6de70cade302f">SAXParserTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testDouble()&#160;:&#160;<a class="el" href="_linear_least_squares_test_8cpp.html#ac88982bc350efc4e5fc511b3645b8aab">LinearLeastSquaresTest.cpp</a>, <a class="el" href="_linear_solver_test_8cpp.html#ac88982bc350efc4e5fc511b3645b8aab">LinearSolverTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testDoubleQR()&#160;:&#160;<a class="el" href="_linear_least_squares_test_8cpp.html#a6d1047f9763f5a0d19e0288293571997">LinearLeastSquaresTest.cpp</a>, <a class="el" href="_linear_solver_test_8cpp.html#a6d1047f9763f5a0d19e0288293571997">LinearSolverTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testDuplicateId()&#160;:&#160;<a class="el" href="_serializer___f_a_s_t_a___test_8cpp.html#a3b8060b485423090f907cf72e16534ea">Serializer_FASTA_Test.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testEnzymaticSearchConstraint()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#a53a3354dcc9b23823b505059aa6aa808">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testEnzyme()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a1e134fd121c0aff1b97752fe2c9b5691">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a1e134fd121c0aff1b97752fe2c9b5691">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testEnzymes()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ab88f6761f743dfbe53b6fe963296ae93">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ab88f6761f743dfbe53b6fe963296ae93">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testEnzyme()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a1e134fd121c0aff1b97752fe2c9b5691">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a1e134fd121c0aff1b97752fe2c9b5691">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testEnzymes()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ab88f6761f743dfbe53b6fe963296ae93">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ab88f6761f743dfbe53b6fe963296ae93">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testEquality()&#160;:&#160;<a class="el" href="_ordered_pair_test_8cpp.html#aab34259fc44d1039fb340224251f1f8e">OrderedPairTest.cpp</a>, <a class="el" href="_truncated_lorentzian_parameters_test_8cpp.html#aab34259fc44d1039fb340224251f1f8e">TruncatedLorentzianParametersTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testErrorFunction()&#160;:&#160;<a class="el" href="_parametrized_function_test_8cpp.html#aa24c9e6c4a654965a19c3f3e215b1873">ParametrizedFunctionTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testErrorLorentzian()&#160;:&#160;<a class="el" href="_parametrized_function_test_8cpp.html#a94779d85e479063b87fc5b92490b279c">ParametrizedFunctionTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testEven()&#160;:&#160;<a class="el" href="_chromatogram_list___filter_test_8cpp.html#a378f450c69da4b2d5081711cd54c831e">ChromatogramList_FilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp.html#a416590b701a04c5f4ae2357b02120961">SpectrumList_FilterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testEvenMS2()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp.html#a3d9e2f2245a525da38f3975b6878244e">SpectrumList_FilterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testEvidence()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#adce68aefa1fe2042b1f9fa19e82540f7">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testEvidence()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#adce68aefa1fe2042b1f9fa19e82540f7">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testExactFit()&#160;:&#160;<a class="el" href="_parabola_test_8cpp.html#a2effbdb15ad1bbff8168d4af0ec5bc31">ParabolaTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testExactFitQR()&#160;:&#160;<a class="el" href="_linear_least_squares_test_8cpp.html#a999ee78da54bc1bc49f49c0bd6c717bf">LinearLeastSquaresTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testExpandPathmask()&#160;:&#160;<a class="el" href="_filesystem_test_8cpp.html#a5f0d44f8e4efef66b5a5e6fe86a84da9">FilesystemTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testExtraction()&#160;:&#160;<a class="el" href="_ordered_pair_test_8cpp.html#a129231d0e9fbe389770c4e2a9c1ed76d">OrderedPairTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testFeature()&#160;:&#160;<a class="el" href="_peak_data_test_8cpp.html#ac94ad20b11858ecf19928996722e1f33">PeakDataTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testFeatureAux()&#160;:&#160;<a class="el" href="_peak_data_test_8cpp.html#a158c8e8b3e55912eeb9e468f24b1b13a">PeakDataTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testFeatureDetectorSimple()&#160;:&#160;<a class="el" href="_feature_detector_simple_test_8cpp.html#a91a0771557ccd329c16f067dc9d18e0d">FeatureDetectorSimpleTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testFeatureField()&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_z_r_t_field_test_8cpp.html#a1eafb47431eac05a1e715a0492b402ed">MZRTFieldTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testFile()&#160;:&#160;<a class="el" href="_extended_read_test_8cpp.html#ad739ac61f1c4f1ea0f7bf8ff00051de9">ExtendedReadTest.cpp</a>, <a class="el" href="_s_h_a1__ostream__test_8cpp.html#a3e0fbd3478fcaf3413612a0348810267">SHA1_ostream_test.cpp</a>, <a class="el" href="_s_h_a1_calculator_test_8cpp.html#a3e0fbd3478fcaf3413612a0348810267">SHA1CalculatorTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testFileContent()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a965da1fd1a337ab2bfd8dac4a538ae40">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testFileDescription()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a897e59dfb7b212af08f72e33ccce434d">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a897e59dfb7b212af08f72e33ccce434d">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#a897e59dfb7b212af08f72e33ccce434d">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testFileContent()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a965da1fd1a337ab2bfd8dac4a538ae40">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testFileDescription()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a897e59dfb7b212af08f72e33ccce434d">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a897e59dfb7b212af08f72e33ccce434d">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#a897e59dfb7b212af08f72e33ccce434d">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testFilename()&#160;:&#160;<a class="el" href="_peptide_i_d__pep_x_m_l_test_8cpp.html#a9390a49a7d7ba84314d592ecf22edb91">PeptideID_pepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testFileReads()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp.html#a003f14568b1f6f8b09f1dcefb1d97157">SpectrumListCacheTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testFilter()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a7f97458e5b4895d7e9bebd8ca3363d73">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a7f97458e5b4895d7e9bebd8ca3363d73">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testFilter()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a7f97458e5b4895d7e9bebd8ca3363d73">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a7f97458e5b4895d7e9bebd8ca3363d73">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testFind()&#160;:&#160;<a class="el" href="_peak_detector_matched_filter_test_8cpp.html#af9acdcc7a51c9ac65cdc339ee09fab31">PeakDetectorMatchedFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_detector_naive_test_8cpp.html#a35c1c67fc7236f65640f3d01631402e4">PeakDetectorNaiveTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_z_r_t_field_test_8cpp.html#a35c1c67fc7236f65640f3d01631402e4">MZRTFieldTest.cpp</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a35c1c67fc7236f65640f3d01631402e4">FrequencyDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="_digestion_test_8cpp.html#a35c1c67fc7236f65640f3d01631402e4">DigestionTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testFit()&#160;:&#160;<a class="el" href="_magnitude_lorentzian_test_8cpp.html#ab0e24ea87bcb3c6a3c52afde07cb83a4">MagnitudeLorentzianTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testFloating()&#160;:&#160;<a class="el" href="diff__std__test_8cpp.html#a5d4492aebcc89be9927427f28a28e86f">diff_std_test.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testForEach()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_iterator_test_8cpp.html#a372b2c3bb6ad8d4d10be6677f7334c43">SpectrumIteratorTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testFormula()&#160;:&#160;<a class="el" href="_chemistry_test_8cpp.html#a35fa783a4692b735e54914b8d09696f9">ChemistryTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testFormulaOperations()&#160;:&#160;<a class="el" href="_chemistry_test_8cpp.html#a115e7e2c9acf15e6c0a276fe3ede8168">ChemistryTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testFragmentArray()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ab50e6dd44ba1f634a222d2212e169b10">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ab50e6dd44ba1f634a222d2212e169b10">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testFragmentArray()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ab50e6dd44ba1f634a222d2212e169b10">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ab50e6dd44ba1f634a222d2212e169b10">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testGaussian_Bombesin2()&#160;:&#160;<a class="el" href="_feature_modeler_test_8cpp.html#a3b5df08c7e169a44828482e876f969db">FeatureModelerTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testGaussian_Bombesin3()&#160;:&#160;<a class="el" href="_feature_modeler_test_8cpp.html#ac8e4c3931588ab06ee36fa0f9803f3a6">FeatureModelerTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testGet()&#160;:&#160;<a class="el" href="identdata_2_reader_test_8cpp.html#ae34f7c6c5570c6e570b2b69d74fba402">ReaderTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testHasBinaryData()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp.html#a1adce810283975eecb4a6ea4530fda71">SpectrumList_FilterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testIdentData()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#abe75c27046fcc441152c7dc3daf1d0c3">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#abe75c27046fcc441152c7dc3daf1d0c3">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testIdentifiable()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a2153c606a301fd07983221e5fedc04df">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a2153c606a301fd07983221e5fedc04df">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testIdentData()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#abe75c27046fcc441152c7dc3daf1d0c3">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#abe75c27046fcc441152c7dc3daf1d0c3">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testIdentifiable()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a2153c606a301fd07983221e5fedc04df">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a2153c606a301fd07983221e5fedc04df">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testIdentifiableParamContainer()&#160;:&#160;<a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a9fe6843ec2a73fc8efe9823673d48b46">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testIdentifyFileFormat()&#160;:&#160;<a class="el" href="msdata_2_reader_test_8cpp.html#a7d86e4df9f6e8497f4a8904d799af919">ReaderTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testIDParsing()&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_s_data_test_8cpp.html#a8c66b2596607f1b3aff5f145452defef">MSDataTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testIdSet()&#160;:&#160;<a class="el" href="_protein_list___filter_test_8cpp.html#a68e8d24f56981cf6340486c47b8b9c68">ProteinList_FilterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testIDTranslation()&#160;:&#160;<a class="el" href="cvtest_8cpp.html#a1bb9f0b68c4131f159ed9ce7f9b22956">cvtest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testIndexSet()&#160;:&#160;<a class="el" href="_chromatogram_list___filter_test_8cpp.html#a015eff1e9c4b522bb165053645863ac3">ChromatogramList_FilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list___filter_test_8cpp.html#a109c7a8638d7693329b8e840843b120e">ProteinList_FilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp.html#af2ad66a60dc1f32fdf9656d789b06519">SpectrumList_FilterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testInfo()&#160;:&#160;<a class="el" href="_chemistry_test_8cpp.html#a6421f66c09c4b11bfb3e9e3ff251b01e">ChemistryTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testInputs()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a232e9008913cc7b8e56fbdefc99d1d93">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a232e9008913cc7b8e56fbdefc99d1d93">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testInputs()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a232e9008913cc7b8e56fbdefc99d1d93">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a232e9008913cc7b8e56fbdefc99d1d93">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testInstantiation()&#160;:&#160;<a class="el" href="_integer_set_test_8cpp.html#ac76cbc8e3c6a6fab225b5f8194e98f6d">IntegerSetTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testInstantiationWithNull()&#160;:&#160;<a class="el" href="_isotope_envelope_estimator_test_8cpp.html#ae82f1b94321726941b47959e129c1500">IsotopeEnvelopeEstimatorTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testInstrument()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#af8cc70875e3a5671a4bfced595b4d636">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testInstrumentConfiguration()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a954c31818eeef019731db39968bf80ad">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a954c31818eeef019731db39968bf80ad">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp.html#a954c31818eeef019731db39968bf80ad">LegacyAdapterTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#a954c31818eeef019731db39968bf80ad">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testInstrument()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#af8cc70875e3a5671a4bfced595b4d636">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testInstrumentConfiguration()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a954c31818eeef019731db39968bf80ad">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a954c31818eeef019731db39968bf80ad">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp.html#a954c31818eeef019731db39968bf80ad">LegacyAdapterTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#a954c31818eeef019731db39968bf80ad">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testIntegerSet()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_iterator_test_8cpp.html#a447bed3ebd42ac8608595eccd684907e">SpectrumIteratorTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testIntegral()&#160;:&#160;<a class="el" href="diff__std__test_8cpp.html#a5d9ca2cefa5ac5061d8544eb56692e50">diff_std_test.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testIntegralReally()&#160;:&#160;<a class="el" href="diff__std__test_8cpp.html#aa931e61230123d6fe70e5e7d4aed5127">diff_std_test.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testIntensityThresholding()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___peak_filter_test_8cpp.html#a65cecae90d98399293c1f931b8e4f58e">SpectrumList_PeakFilterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testIntervalExtraction()&#160;:&#160;<a class="el" href="_integer_set_test_8cpp.html#a909c8130129d30056fd69c3f13a56da8">IntegerSetTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testIntervalExtraction2()&#160;:&#160;<a class="el" href="_integer_set_test_8cpp.html#afb41fe571b6336f0754bf0d7f5bea51b">IntegerSetTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testIntExtraction()&#160;:&#160;<a class="el" href="_integer_set_test_8cpp.html#a93835196e9ce90dd26169f64d4469202">IntegerSetTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testInvarianceUnderProteinProphet()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#a094c0224785095451a8a0f5a74dde216">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testIO()&#160;:&#160;<a class="el" href="_truncated_lorentzian_parameters_test_8cpp.html#a1d85bfd9975a9d7d444726b176d747d7">TruncatedLorentzianParametersTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_z_tolerance_test_8cpp.html#a1d85bfd9975a9d7d444726b176d747d7">MZToleranceTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testIonisation()&#160;:&#160;<a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp.html#a7d29ba64f89313bcd4d5ffa71f4b9905">LegacyAdapterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testIonType()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a9dbec95392ecb039dfef2d6eb5b8f41c">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a9dbec95392ecb039dfef2d6eb5b8f41c">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testIonType()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a9dbec95392ecb039dfef2d6eb5b8f41c">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a9dbec95392ecb039dfef2d6eb5b8f41c">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testIs()&#160;:&#160;<a class="el" href="_param_types_test_8cpp.html#ac90499dc44812f90e142c84891f3e2ca">ParamTypesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testIsA()&#160;:&#160;<a class="el" href="cvtest_8cpp.html#aa84ca82e4ceff1f2d3c79eef5bb2f699">cvtest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testIsChildOf()&#160;:&#160;<a class="el" href="_param_types_test_8cpp.html#a8728c46cbcddd346fabe5164165541a9">ParamTypesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testIsolationWindowFilter()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___peak_filter_test_8cpp.html#a8d76e7c81a9f074f12b520924e73820a">SpectrumList_PeakFilterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testIStream()&#160;:&#160;<a class="el" href="_peptide_i_d__flat_test_8cpp.html#abaea371fa47c59203d4c258c5ab20d73">PeptideID_flatTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peptide_i_d__pep_x_m_l_test_8cpp.html#abaea371fa47c59203d4c258c5ab20d73">PeptideID_pepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testIsWithinTolerance()&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_z_tolerance_test_8cpp.html#a117aff85832a8a8c086285d8646092c8">MZToleranceTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testIteratorEquality()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_iterator_test_8cpp.html#a166d7cd318b350c17ac722b9979b62d4">SpectrumIteratorTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testLeastSquares()&#160;:&#160;<a class="el" href="_parabola_test_8cpp.html#ad2430dbe65c671b6804ad9284b804f5c">ParabolaTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testLeastSquaresQR()&#160;:&#160;<a class="el" href="_linear_least_squares_test_8cpp.html#a75e1f058201cc1240e190cdad5d6a4e5">LinearLeastSquaresTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testMassAbundance()&#160;:&#160;<a class="el" href="_chemistry_test_8cpp.html#a08105eacba519335f2514c610eedda06">ChemistryTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testMassAnalyzerFilter()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp.html#a48f51494fa73b30f22bb91489bab3491">SpectrumList_FilterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testMassTable()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#aed63bd7841670a47c4720f86d58275be">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#aed63bd7841670a47c4720f86d58275be">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testMassTable()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#aed63bd7841670a47c4720f86d58275be">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#aed63bd7841670a47c4720f86d58275be">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testMatch()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#a81c41a0bc8bbd4f91fdaf2d975f8e372">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testMatchData()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#a21698665b6670eeea15e58a89b6fa6af">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testMaxPrecisionDiff()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a0d184b132765a1682b7cde7dd6b69251">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testMeasure()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#afc11e34032ac4a576637b9141bd0c91e">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#afc11e34032ac4a576637b9141bd0c91e">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp.html#afc11e34032ac4a576637b9141bd0c91e">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testMaxPrecisionDiff()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a0d184b132765a1682b7cde7dd6b69251">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testMeasure()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#afc11e34032ac4a576637b9141bd0c91e">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#afc11e34032ac4a576637b9141bd0c91e">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp.html#afc11e34032ac4a576637b9141bd0c91e">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testMemoryMRUCache()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp.html#a381172c260fb3d97c395327cc78bbd0b">SpectrumListCacheTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testMetadata()&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_s_data_cache_test_8cpp.html#a8d5a86cbc3f0afa8348203b678cb1ba0">MSDataCacheTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testMillion()&#160;:&#160;<a class="el" href="_s_h_a1_calculator_test_8cpp.html#ab99fc5a8386018138e2679a962ee8ca7">SHA1CalculatorTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testModAminoAcidMass()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#a6d4795acc6c6c31ccb178466e1995120">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testModeBinaryDataOnly()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp.html#a41de17d881393f0839b4a8d298db7765">SpectrumListCacheTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testModelAndManufacturer()&#160;:&#160;<a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp.html#a51c7de579555303b0ca0d18e28ff44c8">LegacyAdapterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testModeMetaDataAndBinaryData()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp.html#a224e3fd93cf9c88740e06c83b31ac6b7">SpectrumListCacheTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testModeMetaDataAndSequence()&#160;:&#160;<a class="el" href="_protein_list_cache_test_8cpp.html#aec48a8b6a0a651fd1b5d44f4769984ac">ProteinListCacheTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testModeMetaDataOnly()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp.html#ab53219ad1242867e73c4c060e97eba5d">SpectrumListCacheTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list_cache_test_8cpp.html#ab53219ad1242867e73c4c060e97eba5d">ProteinListCacheTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testModeOff()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp.html#ab579eb787255ebcd8a45fa7e8ceb9890">SpectrumListCacheTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list_cache_test_8cpp.html#ab579eb787255ebcd8a45fa7e8ceb9890">ProteinListCacheTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testModification()&#160;:&#160;<a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ac9226767d3a411f0d01a96044beec92e">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#ac9226767d3a411f0d01a96044beec92e">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testModification()&#160;:&#160;<a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ac9226767d3a411f0d01a96044beec92e">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#ac9226767d3a411f0d01a96044beec92e">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testModificationInfo()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#a5cf82e9277ff8d6f41c203eecadfb86c">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testMRU()&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_s_data_cache_test_8cpp.html#a9639cf743e8a307e632810367bfd6d65">MSDataCacheTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testMS2Activation()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp.html#ac75d5326c9ebc0520179bf5587d0998a">SpectrumList_FilterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testMS2Denoising()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___peak_filter_test_8cpp.html#a41c4b769c7d328e51f07963398641cc3">SpectrumList_PeakFilterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testMSData()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#af99a41d330719ceb0646b801fdcf82d3">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#af99a41d330719ceb0646b801fdcf82d3">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#af99a41d330719ceb0646b801fdcf82d3">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testMSData()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#af99a41d330719ceb0646b801fdcf82d3">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#af99a41d330719ceb0646b801fdcf82d3">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#af99a41d330719ceb0646b801fdcf82d3">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testMSDataConstruction()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_iterator_test_8cpp.html#a48c55a3244986adaa557f2a6e35e3f3e">SpectrumIteratorTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testMSDiffUpdate()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a82de181333f8c177916cb81b48c7f3f2">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testMSDiffUpdate()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a82de181333f8c177916cb81b48c7f3f2">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testMSIHandler()&#160;:&#160;<a class="el" href="_tab_reader_test_8cpp.html#a4c888639a99fe246c896fb7b6cfdfd91">TabReaderTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testMSInspectIStream()&#160;:&#160;<a class="el" href="_peptide_i_d__flat_test_8cpp.html#a8c6a8c29045469f720e9de07eefba130">PeptideID_flatTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testMSLevelSet()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp.html#a15e2dedb164952555427702f29401dea">SpectrumList_FilterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testMSMSPipelineAnalysis()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#ab8797858c583c77cd003d94b59afd30c">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testMSMSRunSummary()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#a6434c0e0063d3f8cfe897e2977e6cfcc">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testMSXOnly()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___demux_test_8cpp.html#a502f5c60bdc6045037936a943847a184">SpectrumList_DemuxTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testMulti()&#160;:&#160;<a class="el" href="_feature_modeler_test_8cpp.html#a2a25ff6d4c957bd32620326837095503">FeatureModelerTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ @@ -252,15 +252,15 @@
│ │ │ │  <li>testNoiseFloorVarianceCalculation()&#160;:&#160;<a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp.html#ab62f394f6fba729a9c16f83bdd444ce3">FrequencyDataTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testNontrypticBSA()&#160;:&#160;<a class="el" href="_digestion_test_8cpp.html#a29258eda450d1728aa67c74f3701d5ef">DigestionTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testNormalization()&#160;:&#160;<a class="el" href="_isotope_calculator_test_8cpp.html#a1ddf4e7a81b448428bc5fc5eb13cbf20">IsotopeCalculatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_x_m_l_writer_test_8cpp.html#a24431f7ddbae1379cc8286a56fddc28b">XMLWriterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testObject()&#160;:&#160;<a class="el" href="tradata_2_i_o_test_8cpp.html#a78452c3c210007692144628342abad8c">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testObject_ChromatogramList()&#160;:&#160;<a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a8c0ce860267368895d708b62848401a5">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testObject_SpectrumList()&#160;:&#160;<a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a0bab1d67ccecb6fbf4e2153460a882b0">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testObjectWithMSData()&#160;:&#160;<a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a600e7f818ee800c977e2460fb42f8509">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testOrganization()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a38e05f33d61d1b49604eee2d1c45c75e">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a38e05f33d61d1b49604eee2d1c45c75e">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testOrganization()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a38e05f33d61d1b49604eee2d1c45c75e">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a38e05f33d61d1b49604eee2d1c45c75e">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testOtherRelations()&#160;:&#160;<a class="el" href="cvtest_8cpp.html#aa35dcf9aa9c99133c1eb4813b564709e">cvtest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testOverlapOnly()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___demux_test_8cpp.html#ad9b5107b462b3c8f29f7fa1244fdcc03">SpectrumList_DemuxTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testParabola()&#160;:&#160;<a class="el" href="_peak_fitter_test_8cpp.html#aeea8a8b2088a79183f95a44640b69bf0">PeakFitterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testParamContainer()&#160;:&#160;<a class="el" href="diff__std__test_8cpp.html#a1e123c99191b0ff9cd8cf43dd6f59b22">diff_std_test.cpp</a>, <a class="el" href="_tra_data_test_8cpp.html#a1e123c99191b0ff9cd8cf43dd6f59b22">TraDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="_param_types_test_8cpp.html#a1e123c99191b0ff9cd8cf43dd6f59b22">ParamTypesTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#a1e123c99191b0ff9cd8cf43dd6f59b22">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testParameterConversion()&#160;:&#160;<a class="el" href="_truncated_lorentzian_parameters_test_8cpp.html#a17deb163d92950b7fb7cb46399992422">TruncatedLorentzianParametersTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testParamGroup()&#160;:&#160;<a class="el" href="diff__std__test_8cpp.html#af4d1f0e0203de770c7912656977d5ad9">diff_std_test.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#af4d1f0e0203de770c7912656977d5ad9">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testParse()&#160;:&#160;<a class="el" href="_integer_set_test_8cpp.html#a505822b6fc1b195b6187c094f276d6ab">IntegerSetTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ @@ -269,128 +269,128 @@
│ │ │ │  <li>testPeakData()&#160;:&#160;<a class="el" href="_peak_data_test_8cpp.html#a37b9015b6dca309aadf3daca35e03f5c">PeakDataTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testPeakel()&#160;:&#160;<a class="el" href="_peak_data_test_8cpp.html#ab56cdaddd43eff8e98683f52594e855a">PeakDataTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testPeakelAux()&#160;:&#160;<a class="el" href="_peak_data_test_8cpp.html#aa61eb4781ea07a9e4116ae9f84b9138c">PeakDataTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testPeakelConstruction()&#160;:&#160;<a class="el" href="_peak_data_test_8cpp.html#a69f3d8022cc1512b1e840cfb62e65b1a">PeakDataTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testPeakelField()&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_z_r_t_field_test_8cpp.html#aa37638ed62274ceccde04a79efdad5d9">MZRTFieldTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testPeakEquality()&#160;:&#160;<a class="el" href="_peak_data_test_8cpp.html#a82d06a456ae47888f4205c919cd46592">PeakDataTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testPeakFamily()&#160;:&#160;<a class="el" href="_peak_data_test_8cpp.html#aa509b09dff9c00311fd97443e5d91db7">PeakDataTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testPeptide()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a623cc8cd52944c2b6f7fbac548bf562e">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a623cc8cd52944c2b6f7fbac548bf562e">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a623cc8cd52944c2b6f7fbac548bf562e">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testPeptideEvidence()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#aeb4c6559d6453202c41b7bdd0c0e417c">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#aeb4c6559d6453202c41b7bdd0c0e417c">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testPeptideHypothesis()&#160;:&#160;<a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a2ec588e4ba308ce346fde6bc6b510cd5">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a8d7f53201e88e1fe071641592ac6e946">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testPeptide()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a623cc8cd52944c2b6f7fbac548bf562e">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a623cc8cd52944c2b6f7fbac548bf562e">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a623cc8cd52944c2b6f7fbac548bf562e">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testPeptideEvidence()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#aeb4c6559d6453202c41b7bdd0c0e417c">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#aeb4c6559d6453202c41b7bdd0c0e417c">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testPeptideHypothesis()&#160;:&#160;<a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a2ec588e4ba308ce346fde6bc6b510cd5">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a8d7f53201e88e1fe071641592ac6e946">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testPeptideProphetResult()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#a4457f102f4b6c4ff4eb4f503f3c27c04">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testPepXMLSpecificity()&#160;:&#160;<a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp.html#a0573332b85edad1274648a2459a5b058">Serializer_pepXML_Test.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testPerson()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a4dca0cb8d67aa365a994307f552fe4f3">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a4dca0cb8d67aa365a994307f552fe4f3">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testPerson()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a4dca0cb8d67aa365a994307f552fe4f3">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a4dca0cb8d67aa365a994307f552fe4f3">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testPolysiloxane()&#160;:&#160;<a class="el" href="_chemistry_test_8cpp.html#a0bcaf2819ff3b87ec1f11787720f5d91">ChemistryTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testPPM()&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_z_tolerance_test_8cpp.html#a0e0bb98af1b7fa706ee2e3df7c17bfdb">MZToleranceTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testPrecursor()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a52ec78cb2cb2e5d24313827dd9f7a2ff">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a52ec78cb2cb2e5d24313827dd9f7a2ff">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#a52ec78cb2cb2e5d24313827dd9f7a2ff">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testPrecursor()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a52ec78cb2cb2e5d24313827dd9f7a2ff">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a52ec78cb2cb2e5d24313827dd9f7a2ff">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#a52ec78cb2cb2e5d24313827dd9f7a2ff">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testPrecursorMassRemoval()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___peak_filter_test_8cpp.html#a451bf423ddb9b0842fba34aece1c91eb">SpectrumList_PeakFilterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testPrecursorRefine()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp.html#a46138eace8fc54e1a321258ce9e04fa0">SpectrumList_PrecursorRefineTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testPredicate()&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_z_r_t_field_test_8cpp.html#a3778d04b553b0f57237362b8c2f3f041">MZRTFieldTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testPredicate_Feature()&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_z_r_t_field_test_8cpp.html#a0992231d1a8b1e64698d036e15a6e88b">MZRTFieldTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testPrediction()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a8fcd627e143f9a8e2ebc10fda3c34d11">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testPrediction()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a8fcd627e143f9a8e2ebc10fda3c34d11">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testProbabilites()&#160;:&#160;<a class="el" href="_isotope_calculator_test_8cpp.html#a4fafdba979598ed5b4d9f1e973f5dc12">IsotopeCalculatorTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testProcessingMethod()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a4999623827ea7b13aaf5ab0d0878a6b2">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a4999623827ea7b13aaf5ab0d0878a6b2">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testProduct()&#160;:&#160;<a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#a5ad6c4f924813fb1fb33074c2a94d17b">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a5ad6c4f924813fb1fb33074c2a94d17b">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a5ad6c4f924813fb1fb33074c2a94d17b">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testProcessingMethod()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a4999623827ea7b13aaf5ab0d0878a6b2">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a4999623827ea7b13aaf5ab0d0878a6b2">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testProduct()&#160;:&#160;<a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#a5ad6c4f924813fb1fb33074c2a94d17b">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a5ad6c4f924813fb1fb33074c2a94d17b">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a5ad6c4f924813fb1fb33074c2a94d17b">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testProjected()&#160;:&#160;<a class="el" href="_s_h_a1_calculator_test_8cpp.html#ae23c8056020144611e8f3cb29355a3e7">SHA1CalculatorTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testPropertyValues()&#160;:&#160;<a class="el" href="cvtest_8cpp.html#a0dbd3151a7e7213a5777c0aaeb9167bf">cvtest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testProtein()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a08c5ee7ae80e203806186b18ee655d3e">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testProteinAmbiguityGroup()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ae5acbcf72aa432c7d07139f711b3a21f">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ae5acbcf72aa432c7d07139f711b3a21f">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testProteinDetection()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#aede96c2df74a69f17bd370bab7e26133">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#aede96c2df74a69f17bd370bab7e26133">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testProteinDetectionHypothesis()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a467cc13e2a2464cd21c797a30fc59ffe">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a467cc13e2a2464cd21c797a30fc59ffe">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testProteinDetectionList()&#160;:&#160;<a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a4d4929b1aa5964438db41e09ea0fe81d">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a4d4929b1aa5964438db41e09ea0fe81d">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testProteinDetectionProtocol()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a76ffc67dc801a37bb7e553a117777279">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a76ffc67dc801a37bb7e553a117777279">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testProteinList()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2proteome_2difftest_8cpp.html#a5649fb5790f866235338321a039db925">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testProtein()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a08c5ee7ae80e203806186b18ee655d3e">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testProteinAmbiguityGroup()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ae5acbcf72aa432c7d07139f711b3a21f">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ae5acbcf72aa432c7d07139f711b3a21f">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testProteinDetection()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#aede96c2df74a69f17bd370bab7e26133">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#aede96c2df74a69f17bd370bab7e26133">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testProteinDetectionHypothesis()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a467cc13e2a2464cd21c797a30fc59ffe">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a467cc13e2a2464cd21c797a30fc59ffe">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testProteinDetectionList()&#160;:&#160;<a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a4d4929b1aa5964438db41e09ea0fe81d">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a4d4929b1aa5964438db41e09ea0fe81d">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testProteinDetectionProtocol()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a76ffc67dc801a37bb7e553a117777279">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a76ffc67dc801a37bb7e553a117777279">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testProteinList()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp.html#a5649fb5790f866235338321a039db925">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testProteinListSimple()&#160;:&#160;<a class="el" href="_proteome_data_test_8cpp.html#abe15f95a0828b967943e973163632770">ProteomeDataTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testProteomeData()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2proteome_2difftest_8cpp.html#af617aca9c1682ff907b18eabfcc93971">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testProvider()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac246ea17edb605f1d365f9fcbe94048e">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ac246ea17edb605f1d365f9fcbe94048e">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testProteomeData()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp.html#af617aca9c1682ff907b18eabfcc93971">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testProvider()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac246ea17edb605f1d365f9fcbe94048e">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ac246ea17edb605f1d365f9fcbe94048e">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testQ3RatioResult()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#ad73f18ace217e9225df4bb15e6fda074">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testQR()&#160;:&#160;<a class="el" href="qr_test_8cpp.html#a125439b2e3aed8a889969d39c5178c5d">qrTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testRead()&#160;:&#160;<a class="el" href="msdata_2_reader_test_8cpp.html#a4bf30f6727eef7da514cee042c492959">ReaderTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testReader()&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp.html#ac6cf2a48fe0d6d8ea3c83a0e8bc296f4">MSDataFileTest.cpp</a>, <a class="el" href="_proteome_data_file_test_8cpp.html#ac6cf2a48fe0d6d8ea3c83a0e8bc296f4">ProteomeDataFileTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testRealDatabase()&#160;:&#160;<a class="el" href="_i_p_i_f_a_s_t_a_database_test_8cpp.html#ae266bd99a9ca06946418daf3eec98ad6">IPIFASTADatabaseTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testRectangularQR()&#160;:&#160;<a class="el" href="qr_test_8cpp.html#ac3edbe65294133f01e06beff5c8cd1c3">qrTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testReflector()&#160;:&#160;<a class="el" href="qr_test_8cpp.html#aaa5ef0610d6bdd4bb429b57b6e238558">qrTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testRegexCVMap()&#160;:&#160;<a class="el" href="_kw_c_v_map_test_8cpp.html#a662f3458cf99fd77526beb58a0cfcef0">KwCVMapTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testRegexCVMapIO()&#160;:&#160;<a class="el" href="_kw_c_v_map_test_8cpp.html#ad6b4328ae409de321b2e7b26ac807e96">KwCVMapTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testRemove()&#160;:&#160;<a class="el" href="_iteration_listener_test_8cpp.html#a888e4c43255cc157f5bb1234cfcd05c5">IterationListenerTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testResidue()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ae9ce672245ebef8027ddbb91c8a0380b">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ae9ce672245ebef8027ddbb91c8a0380b">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testRetentionTime()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a7232f510d8ce5cebab6309d77af725e6">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testResidue()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ae9ce672245ebef8027ddbb91c8a0380b">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ae9ce672245ebef8027ddbb91c8a0380b">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testRetentionTime()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a7232f510d8ce5cebab6309d77af725e6">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testReversedList()&#160;:&#160;<a class="el" href="_protein_list___decoy_generator_test_8cpp.html#afc51b3f97b81a40805f7e7d9a35a45c6">ProteinList_DecoyGeneratorTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testRootElement()&#160;:&#160;<a class="el" href="_s_a_x_parser_test_8cpp.html#a02663232f635d35ec38b6c3eb0b00c39">SAXParserTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testRun()&#160;:&#160;<a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#a65ed223c6c0c23c27e8083eeb22036c4">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a65ed223c6c0c23c27e8083eeb22036c4">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a65ed223c6c0c23c27e8083eeb22036c4">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testSample()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a286231885b4fd779bb9737e6e680942b">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a286231885b4fd779bb9737e6e680942b">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a286231885b4fd779bb9737e6e680942b">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testSampleComponent()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a19820c4d84301e679214164b1dfcdd68">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testRun()&#160;:&#160;<a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#a65ed223c6c0c23c27e8083eeb22036c4">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a65ed223c6c0c23c27e8083eeb22036c4">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a65ed223c6c0c23c27e8083eeb22036c4">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testSample()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a286231885b4fd779bb9737e6e680942b">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a286231885b4fd779bb9737e6e680942b">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a286231885b4fd779bb9737e6e680942b">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testSampleComponent()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a19820c4d84301e679214164b1dfcdd68">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSampleEnzyme()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#aba9a502879e7ac353fbf138896fff03a">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSamples()&#160;:&#160;<a class="el" href="_truncated_lorentzian_parameters_test_8cpp.html#a9292e9a9df1e5e406350a60a145c35b3">TruncatedLorentzianParametersTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSaxParserString()&#160;:&#160;<a class="el" href="_s_a_x_parser_test_8cpp.html#a15ca09181d60a13cf7184ff8fbab84f8">SAXParserTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testScan()&#160;:&#160;<a class="el" href="_peak_data_test_8cpp.html#a82513bbf1fbb217c96f62afcd518e06e">PeakDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a82513bbf1fbb217c96f62afcd518e06e">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a82513bbf1fbb217c96f62afcd518e06e">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#a82513bbf1fbb217c96f62afcd518e06e">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testScan()&#160;:&#160;<a class="el" href="_peak_data_test_8cpp.html#a82513bbf1fbb217c96f62afcd518e06e">PeakDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a82513bbf1fbb217c96f62afcd518e06e">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a82513bbf1fbb217c96f62afcd518e06e">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#a82513bbf1fbb217c96f62afcd518e06e">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testScanEventSet()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp.html#a00a6f38bc07b6ca68fd9b6e205f69864">SpectrumList_FilterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testScanList()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#ae8b169a3c25a69542922b6450d97f98a">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#ae8b169a3c25a69542922b6450d97f98a">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#ae8b169a3c25a69542922b6450d97f98a">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testScanList()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#ae8b169a3c25a69542922b6450d97f98a">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#ae8b169a3c25a69542922b6450d97f98a">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#ae8b169a3c25a69542922b6450d97f98a">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testScanNumberSet()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp.html#a3efa0192a56f4aa08709d71b862b1dc1">SpectrumList_FilterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testScanSettings()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a35ca5f579f1daf90213e19b4da7ac079">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a35ca5f579f1daf90213e19b4da7ac079">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#a35ca5f579f1daf90213e19b4da7ac079">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testScanSettings()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a35ca5f579f1daf90213e19b4da7ac079">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a35ca5f579f1daf90213e19b4da7ac079">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#a35ca5f579f1daf90213e19b4da7ac079">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testScanTimeRange()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp.html#aa5bbaaa30cf9b46532e68ecd130c5f5a">SpectrumList_FilterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testSearchDatabase()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#a0945b7ca689b1791492e25e4b466d3fd">MinimumPepXMLTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a0945b7ca689b1791492e25e4b466d3fd">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a0945b7ca689b1791492e25e4b466d3fd">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testSearchDatabase()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#a0945b7ca689b1791492e25e4b466d3fd">MinimumPepXMLTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a0945b7ca689b1791492e25e4b466d3fd">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a0945b7ca689b1791492e25e4b466d3fd">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSearchHit()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#ada785c70326566b4281e20d7eaeafb1a">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testSearchModification()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a171f8d901fc1b9e3866724cc48c8b89d">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a171f8d901fc1b9e3866724cc48c8b89d">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testSearchModification()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a171f8d901fc1b9e3866724cc48c8b89d">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a171f8d901fc1b9e3866724cc48c8b89d">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSearchResult()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#ad58c229bce8e45d0f89e5309d7cc5c29">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSearchSummary()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#a5df787b6df84486cfe606ff28cb2a3c2">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSelectedIndices()&#160;:&#160;<a class="el" href="_chromatogram_list___filter_test_8cpp.html#a179605bc17361cc1e39602601babe818">ChromatogramList_FilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list___filter_test_8cpp.html#aa9742191a81c6cb589cab8f57432a9f1">ProteinList_FilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp.html#af579b06eba7c3f65205ac9e3bd88a1e9">SpectrumList_FilterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSemitrypticBSA()&#160;:&#160;<a class="el" href="_digestion_test_8cpp.html#ac413fc44cd5ae70de44cc673c98f6353">DigestionTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSemitrypticMethionineClippingBSA()&#160;:&#160;<a class="el" href="_digestion_test_8cpp.html#ae573327b30d2a6c5479d8da55442545b">DigestionTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testSequenceCollection()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ae731f7224e19329771659f839d798f31">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ae731f7224e19329771659f839d798f31">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testSequenceCollection()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ae731f7224e19329771659f839d798f31">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ae731f7224e19329771659f839d798f31">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSerialize()&#160;:&#160;<a class="el" href="_serializer__mzid___test_8cpp.html#a9429e432165e02094dd95ea6ed3294b3">Serializer_mzid_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp.html#a9429e432165e02094dd95ea6ed3294b3">Serializer_pepXML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__prot_x_m_l___test_8cpp.html#aa5852a4ab7a11a57fbf806f308d92493">Serializer_protXML_Test.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSerializeRead()&#160;:&#160;<a class="el" href="_serializer___text___test_8cpp.html#ad1dc9b397c9556ae86a23ea958ae2cfc">Serializer_Text_Test.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSerializeReally()&#160;:&#160;<a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp.html#a216860cbf7b650fe3b705426f60b4313">Serializer_pepXML_Test.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSerializeWrite()&#160;:&#160;<a class="el" href="_serializer___text___test_8cpp.html#a9213daa5e43b550e2f9e21f5c2b15196">Serializer_Text_Test.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSHA1()&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp.html#a16d7c73156dccb84b928c926ce59195d">MSDataFileTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testShift()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a21da8c568d9b568bbd95c77a63afa0d8">SpectrumList_MZRefinerTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testShuffledList()&#160;:&#160;<a class="el" href="_protein_list___decoy_generator_test_8cpp.html#afc1e7d2432d9265b75904d530fe132ce">ProteinList_DecoyGeneratorTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSieve()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_iterator_test_8cpp.html#ada3dd0554e6644246ce47e9cc2d1f1d7">SpectrumIteratorTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSimpleRectangleQR()&#160;:&#160;<a class="el" href="_linear_least_squares_test_8cpp.html#aca232d79d153dc0dedeb0c78c8768ba5">LinearLeastSquaresTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSnapModifications()&#160;:&#160;<a class="el" href="_ident_data_test_8cpp.html#a2849c02c020c8f4a838ddb5413e59dbc">IdentDataTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testSoftware()&#160;:&#160;<a class="el" href="_peak_data_test_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">PeakDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">LegacyAdapterTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="tradata_2_i_o_test_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testSource()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a62f144c30bc930b9da0b54e4b630d016">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testSourceFile()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testSoftware()&#160;:&#160;<a class="el" href="_peak_data_test_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">PeakDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">LegacyAdapterTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="tradata_2_i_o_test_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testSource()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a62f144c30bc930b9da0b54e4b630d016">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testSourceFile()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSparse()&#160;:&#160;<a class="el" href="_linear_solver_test_8cpp.html#a18e17055d2526edc0a86223f6ba8f882">LinearSolverTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSpecificity()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#a6fe804b72b257929814fe6e190394dc8">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testSpectraData()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a0b517c4af12686550a14595a1d9aa84e">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a0b517c4af12686550a14595a1d9aa84e">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testSpectrum()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#aafcd093c0d78a5aca4984053f3631bf8">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#aafcd093c0d78a5aca4984053f3631bf8">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#aafcd093c0d78a5aca4984053f3631bf8">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testSpectrumIdentification()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ae4fae45f0e1a3517129db515bfb5408a">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ae4fae45f0e1a3517129db515bfb5408a">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testSpectrumIdentificationItem()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ad3a822da87ee45d1f8ada2b346767bf9">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ad3a822da87ee45d1f8ada2b346767bf9">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testSpectrumIdentificationList()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#af5e764972216766143d88b9497827f7c">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#af5e764972216766143d88b9497827f7c">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testSpectrumIdentificationProtocol()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a98faa12ab677d5bfbc8ef62a6f25e307">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a98faa12ab677d5bfbc8ef62a6f25e307">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testSpectrumIdentificationResult()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a4bba8691b2d28f7aea6b7ac81bbbe7df">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a4bba8691b2d28f7aea6b7ac81bbbe7df">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testSpectrumList()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a671384f46c0640710e586038587f8a2c">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a671384f46c0640710e586038587f8a2c">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testSpectraData()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a0b517c4af12686550a14595a1d9aa84e">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a0b517c4af12686550a14595a1d9aa84e">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testSpectrum()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#aafcd093c0d78a5aca4984053f3631bf8">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#aafcd093c0d78a5aca4984053f3631bf8">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#aafcd093c0d78a5aca4984053f3631bf8">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testSpectrumIdentification()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ae4fae45f0e1a3517129db515bfb5408a">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ae4fae45f0e1a3517129db515bfb5408a">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testSpectrumIdentificationItem()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ad3a822da87ee45d1f8ada2b346767bf9">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ad3a822da87ee45d1f8ada2b346767bf9">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testSpectrumIdentificationList()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#af5e764972216766143d88b9497827f7c">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#af5e764972216766143d88b9497827f7c">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testSpectrumIdentificationProtocol()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a98faa12ab677d5bfbc8ef62a6f25e307">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a98faa12ab677d5bfbc8ef62a6f25e307">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testSpectrumIdentificationResult()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a4bba8691b2d28f7aea6b7ac81bbbe7df">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a4bba8691b2d28f7aea6b7ac81bbbe7df">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testSpectrumList()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a671384f46c0640710e586038587f8a2c">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a671384f46c0640710e586038587f8a2c">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSpectrumListSimple()&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_s_data_test_8cpp.html#a8a0f808d59ac26344fb208c59c26bbbd">MSDataTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSpectrumListWithPositions()&#160;:&#160;<a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a93d0a6c296135cf799e9a318c0119f8d">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSpectrumListWriteProgress()&#160;:&#160;<a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#aa824aef0fc8df5d12ee4c2252cf48ce1">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSpectrumQuery()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#acf5689c5851de096682c4414e0e94062">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testStatic()&#160;:&#160;<a class="el" href="_s_h_a1_calculator_test_8cpp.html#afcf56cbbcc34427d9dbc282d958f3b48">SHA1CalculatorTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testStream()&#160;:&#160;<a class="el" href="_s_h_a1_calculator_test_8cpp.html#a4d0bf1c5cf1f8aed9b92b50a97396994">SHA1CalculatorTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testString()&#160;:&#160;<a class="el" href="diff__std__test_8cpp.html#a97c563b8549993ccc10e9e1744a168c5">diff_std_test.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testStripChargeFromConventionalSpectrumId()&#160;:&#160;<a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp.html#a834fe9ee949f9d24d3406e8f8e8f7a47">Serializer_pepXML_Test.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testSubstitutionModification()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a3d06fd1e7cf4cf703cceed3b95f89772">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a3d06fd1e7cf4cf703cceed3b95f89772">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testSubstitutionModification()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a3d06fd1e7cf4cf703cceed3b95f89772">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a3d06fd1e7cf4cf703cceed3b95f89772">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSulfur()&#160;:&#160;<a class="el" href="_isotope_table_test_8cpp.html#a419b68e4d4fc234fb40e9eb643f3ad1f">IsotopeTableTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSynonyms()&#160;:&#160;<a class="el" href="cvtest_8cpp.html#a2714d1e1ae9422f8ea236372989e746c">cvtest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testTarget()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#afc2dceda76e251c5414bb035a3e48f3b">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testTarget()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#afc2dceda76e251c5414bb035a3e48f3b">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testThermoFilterFilter()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp.html#a9faefaf98e3fdabdfdb8506766bd6a0e">SpectrumList_FilterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testThreadSafety()&#160;:&#160;<a class="el" href="cvtest_8cpp.html#a378fd8f3296defcf967fbfe423c51ef4">cvtest.cpp</a>, <a class="el" href="_chemistry_test_8cpp.html#a378fd8f3296defcf967fbfe423c51ef4">ChemistryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer___f_a_s_t_a___test_8cpp.html#a378fd8f3296defcf967fbfe423c51ef4">Serializer_FASTA_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_peptide_test_8cpp.html#a378fd8f3296defcf967fbfe423c51ef4">PeptideTest.cpp</a>, <a class="el" href="_digestion_test_8cpp.html#a378fd8f3296defcf967fbfe423c51ef4">DigestionTest.cpp</a>, <a class="el" href="_amino_acid_test_8cpp.html#a378fd8f3296defcf967fbfe423c51ef4">AminoAcidTest.cpp</a>, <a class="el" href="_binary_index_stream_test_8cpp.html#a3c1a3c3e467e4d6b1f0eed68f40ed09c">BinaryIndexStreamTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testThreadSafetyWorker()&#160;:&#160;<a class="el" href="_chemistry_test_8cpp.html#a8aa36561e43e1b4c3a51493183f0bd11">ChemistryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer___f_a_s_t_a___test_8cpp.html#a28e5dec1527a6f9bf2867a6eba1710ad">Serializer_FASTA_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_peptide_test_8cpp.html#a4ecf824db842c33dcbdb0e944da5ff99">PeptideTest.cpp</a>, <a class="el" href="_amino_acid_test_8cpp.html#a4ecf824db842c33dcbdb0e944da5ff99">AminoAcidTest.cpp</a>, <a class="el" href="cvtest_8cpp.html#a4ecf824db842c33dcbdb0e944da5ff99">cvtest.cpp</a>, <a class="el" href="_binary_index_stream_test_8cpp.html#a313174e496e72bd2f53c9a025a8e59cc">BinaryIndexStreamTest.cpp</a>, <a class="el" href="_digestion_test_8cpp.html#ad1e4803626d3541f768ea057522df312">DigestionTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testTime()&#160;:&#160;<a class="el" href="_iteration_listener_test_8cpp.html#a7bc85bc327625a6982d503787dad9650">IterationListenerTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testToy()&#160;:&#160;<a class="el" href="_peakel_picker_test_8cpp.html#a5e1fc9a80f0eb856ba9725b95cc21888">PeakelPickerTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testToyExample()&#160;:&#160;<a class="el" href="_peakel_grower_test_8cpp.html#ae7394b9c0cdb7e7ad2ee53687fd56b6a">PeakelGrowerTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testTraData()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a91db55ae68790fb8ed0b2efec3b0ab58">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="tradata_2_i_o_test_8cpp.html#a91db55ae68790fb8ed0b2efec3b0ab58">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="tradata_2_references_test_8cpp.html#a91db55ae68790fb8ed0b2efec3b0ab58">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testTransition()&#160;:&#160;<a class="el" href="tradata_2_references_test_8cpp.html#ad088d50c3455558ccfdd4a38f5c620c3">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#ad088d50c3455558ccfdd4a38f5c620c3">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testTraData()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a91db55ae68790fb8ed0b2efec3b0ab58">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="tradata_2_i_o_test_8cpp.html#a91db55ae68790fb8ed0b2efec3b0ab58">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="tradata_2_references_test_8cpp.html#a91db55ae68790fb8ed0b2efec3b0ab58">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testTransition()&#160;:&#160;<a class="el" href="tradata_2_references_test_8cpp.html#ad088d50c3455558ccfdd4a38f5c620c3">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#ad088d50c3455558ccfdd4a38f5c620c3">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testTranslation()&#160;:&#160;<a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp.html#a070d83f210e2a46d481f70815e8ccbdc">Serializer_pepXML_Test.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testTrypticBSA()&#160;:&#160;<a class="el" href="_digestion_test_8cpp.html#a70875969fff05732bec3568cb8ad49ce">DigestionTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testUpdateRequest()&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_s_data_cache_test_8cpp.html#a82936cc92de2a442850ed495cbd3a314">MSDataCacheTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testUpperBound()&#160;:&#160;<a class="el" href="_integer_set_test_8cpp.html#ac010f9a66df3c601b26849dbc0267f0b">IntegerSetTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testUsage()&#160;:&#160;<a class="el" href="_chromatogram_list_factory_test_8cpp.html#af945dae97c2fe91637beccf6a26d8584">ChromatogramListFactoryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list_factory_test_8cpp.html#af945dae97c2fe91637beccf6a26d8584">ProteinListFactoryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp.html#af945dae97c2fe91637beccf6a26d8584">SpectrumListFactoryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_isotope_calculator_test_8cpp.html#adc95fa05a66bad04a5fc0dcaa60e9913">IsotopeCalculatorTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testUserParam()&#160;:&#160;<a class="el" href="tradata_2_i_o_test_8cpp.html#a24ab3115c44c78da861de09ff41fcfd0">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="diff__std__test_8cpp.html#a24ab3115c44c78da861de09ff41fcfd0">diff_std_test.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testValidation()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a666d0a3a3d20d9a24343059bc56e1d45">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testValidation()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a666d0a3a3d20d9a24343059bc56e1d45">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testVectorCustomPair()&#160;:&#160;<a class="el" href="_ordered_pair_test_8cpp.html#a0074a05e3a7d0f6561a161fd1aa05239">OrderedPairTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testVectorDouble()&#160;:&#160;<a class="el" href="_ordered_pair_test_8cpp.html#a97b6f4c60a017c1c5dc4a08f1442f286">OrderedPairTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testVectorIO()&#160;:&#160;<a class="el" href="_kw_c_v_map_test_8cpp.html#a1370f0d5bfcf62c5d0bd0781e1e1b0a7">KwCVMapTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testVectorOrderedPair()&#160;:&#160;<a class="el" href="_ordered_pair_test_8cpp.html#a5d200ffeebe32c3e2ae776edfa79248a">OrderedPairTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testWeightedLeastSquares()&#160;:&#160;<a class="el" href="_parabola_test_8cpp.html#abe83a9cb203d7c11a3cceb56208ef58b">ParabolaTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testWrap()&#160;:&#160;<a class="el" href="_chromatogram_list_factory_test_8cpp.html#a9fe5a8cd74847af9e4ae68faf81d0aa7">ChromatogramListFactoryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list_factory_test_8cpp.html#a9fe5a8cd74847af9e4ae68faf81d0aa7">ProteinListFactoryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp.html#a9fe5a8cd74847af9e4ae68faf81d0aa7">SpectrumListFactoryTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testWrapActivation()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp.html#ad6adbc88fe518c2666be3178cc18d1db">SpectrumListFactoryTest.cpp</a></li>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/globals_g.html
│ │ │ │ @@ -46,15 +46,15 @@
│ │ │ │  <li>Gd&#160;:&#160;<a class="el" href="_chemistry_8hpp.html#a96b3cf1147927d5bdc9a34bd7ea3c5d1">Chemistry.hpp</a></li>
│ │ │ │  <li>Ge&#160;:&#160;<a class="el" href="_chemistry_8hpp.html#a9e3bb4a01c16b797c294b5a67ac7643e">Chemistry.hpp</a></li>
│ │ │ │  <li>generateNoise()&#160;:&#160;<a class="el" href="_noise_test_8cpp.html#a2bd66b1c09126f7ba48a54b8ccba2673">NoiseTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>getColHighBound()&#160;:&#160;<a class="el" href="_cwt_peak_detector_8hpp.html#a7ef5401365e94132d3156b916695e9e0">CwtPeakDetector.hpp</a></li>
│ │ │ │  <li>getColLowBound()&#160;:&#160;<a class="el" href="_cwt_peak_detector_8hpp.html#a2d5cd5d1e380dd79fd3ca7d3b8a291e8">CwtPeakDetector.hpp</a></li>
│ │ │ │  <li>getFeature()&#160;:&#160;<a class="el" href="_feature_modeler_test_8cpp.html#a5e8ba564bc666ec3029dcc99a033f13e">FeatureModelerTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>getKLscore()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___charge_from_isotope_8hpp.html#a6b5b51457625ee82463cb57f8a7ba52a">SpectrumList_ChargeFromIsotope.hpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>getMaxPrecisionDiff()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a6ef4897e4a6e9d96970b6ca30300722c">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>getMaxPrecisionDiff()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a6ef4897e4a6e9d96970b6ca30300722c">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>getScanNumber()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_iterator_test_8cpp.html#a2bb70832fd066d264b1b69dc51c90fd1">SpectrumIteratorTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>gjinverse()&#160;:&#160;<a class="el" href="_matrix_inverse_8hpp.html#ae894f3fe81b0a34dd08644652811c3bb">MatrixInverse.hpp</a></li>
│ │ │ │  <li>GlutamicAcid&#160;:&#160;<a class="el" href="_amino_acid_8hpp.html#a1041bfdbad8c1c9dd597bfdc4d9336a1">AminoAcid.hpp</a></li>
│ │ │ │  <li>Glutamine&#160;:&#160;<a class="el" href="_amino_acid_8hpp.html#a900dade0cc4e975032f2ff6c4726e575">AminoAcid.hpp</a></li>
│ │ │ │  <li>GlutX&#160;:&#160;<a class="el" href="_amino_acid_8hpp.html#aef0d1a66598bd85a991d1b6a06908542">AminoAcid.hpp</a></li>
│ │ │ │  <li>Glycine&#160;:&#160;<a class="el" href="_amino_acid_8hpp.html#a6c10bd2fb076774a4178c303bc6f0ead">AminoAcid.hpp</a></li>
│ │ │ │  <li>goldStandard&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_s2_deisotoper_test_8cpp.html#a1da5761b67511c6c2636800bc507ebbf">MS2DeisotoperTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___scan_summer_test_8cpp.html#a217b8c54887ce4f8ddb94ffdb960975e">SpectrumList_ScanSummerTest.cpp</a></li>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/globals_m.html
│ │ │ │ @@ -38,15 +38,15 @@
│ │ │ │  </script>
│ │ │ │  <div id="main-nav"></div>
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│ │ │ │ -<li>main()&#160;:&#160;<a class="el" href="tradata_2_i_o_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="_amino_acid_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">AminoAcidTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2proteome_2difftest_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="_digestion_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">DigestionTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peptide_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PeptideTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list_cache_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ProteinListCacheTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list_wrapper_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ProteinListWrapperTest.cpp</a>, <a class="el" href="_proteome_data_file_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ProteomeDataFileTest.cpp</a>, <a class="el" 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href="_filesystem_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">FilesystemTest.cpp</a>, <a class="el" href="_integer_set_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">IntegerSetTest.cpp</a>, <a class="el" href="_iteration_listener_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">IterationListenerTest.cpp</a>, <a class="el" href="mru__list__test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">mru_list_test.cpp</a>, <a class="el" href="_s_h_a1__ostream__test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SHA1_ostream_test.cpp</a>, <a class="el" href="_s_h_a1_calculator_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SHA1CalculatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_tab_reader_test_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">TabReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_i_p_i_f_a_s_t_a_database_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">IPIFASTADatabaseTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list___filter_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ChromatogramList_FilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="filterutilstest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">filterutilstest.cpp</a>, <a class="el" href="_chemistry_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ChemistryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_isotope_calculator_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">IsotopeCalculatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_isotope_envelope_estimator_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">IsotopeEnvelopeEstimatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_isotope_table_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">IsotopeTableTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_z_tolerance_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MZToleranceTest.cpp</a>, <a class="el" href="basetest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">basetest.cpp</a>, <a class="el" href="copy__iftest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">copy_iftest.cpp</a>, <a class="el" href="cumsumtest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">cumsumtest.cpp</a>, <a class="el" href="utility_2findmf_2base_2base_2difftest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">difftest.cpp</a>, <a class="el" href="equispaceinterpolationtest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">equispaceinterpolationtest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list___lockmass_refiner_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ChromatogramList_LockmassRefinerTest.cpp</a>, <a class="el" href="gaussfiltertest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">gaussfiltertest.cpp</a>, <a class="el" href="simplepickertest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">simplepickertest.cpp</a>, <a class="el" href="bucket1dtest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">bucket1dtest.cpp</a>, <a class="el" href="convert2densetest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">convert2densetest.cpp</a>, <a class="el" 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href="_peptide_i_d__pep_x_m_l_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PeptideID_pepXMLTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peptide_i_d_map_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PeptideIDMapTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list___decoy_generator_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ProteinList_DecoyGeneratorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list___filter_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ProteinList_FilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list_factory_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ProteinListFactoryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_cubic_hermite_spline_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">CubicHermiteSplineTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list_base_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ChromatogramListBaseTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list_factory_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ChromatogramListFactoryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list_wrapper_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ChromatogramListWrapperTest.cpp</a>, <a class="el" href="chromatogram__processing_2_savitzky_golay_smoother_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SavitzkyGolaySmootherTest.cpp</a>, <a class="el" href="_cwt_peak_detector_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">CwtPeakDetectorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_extra_zero_samples_filter_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ExtraZeroSamplesFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_local_maximum_peak_detector_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">LocalMaximumPeakDetectorTest.cpp</a>, <a class="el" href="common_2_savitzky_golay_smoother_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SavitzkyGolaySmootherTest.cpp</a>, <a class="el" href="_whittaker_smoother_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">WhittakerSmootherTest.cpp</a>, <a class="el" href="_zero_sample_filler_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ZeroSampleFillerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list__mz_m_l___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ChromatogramList_mzML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_demux_debug_read_write_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">DemuxDebugReadWriteTest.cpp</a>, <a class="el" href="_demux_helpers_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">DemuxHelpersTest.cpp</a>, <a class="el" href="_demux_solver_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">DemuxSolverTest.cpp</a>, <a class="el" href="_matrix_i_o_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MatrixIOTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_peak_extractor_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumPeakExtractorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_frequency_estimator_physical_model_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">FrequencyEstimatorPhysicalModelTest.cpp</a>, <a class="el" href="_frequency_estimator_simple_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">FrequencyEstimatorSimpleTest.cpp</a>, <a class="el" href="_magnitude_lorentzian_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MagnitudeLorentzianTest.cpp</a>, <a class="el" href="_parametrized_function_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ParametrizedFunctionTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_detector_matched_filter_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PeakDetectorMatchedFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__mzid___test_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">Serializer_mzid_Test.cpp</a>, <a class="el" href="obotest_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">obotest.cpp</a>, <a class="el" href="_param_types_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ParamTypesTest.cpp</a>, <a class="el" href="_unimod_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">UnimodTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="_extended_read_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ExtendedReadTest.cpp</a>, <a class="el" href="_ident_data_test_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">IdentDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="_kw_c_v_map_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">KwCVMapTest.cpp</a>, <a class="el" href="_pep2_mz_ident_test_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">Pep2MzIdentTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_reader_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="_precursor_recalculator_default_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PrecursorRecalculatorDefaultTest.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">Serializer_pepXML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__prot_x_m_l___test_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">Serializer_protXML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer___text___test_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">Serializer_Text_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_calibration_parameters_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">CalibrationParametersTest.cpp</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">FrequencyDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MinimumPepXMLTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_data_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PeakDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="_sample_datum_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SampleDatumTest.cpp</a>, <a class="el" href="_binary_data_encoder_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">BinaryDataEncoderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s2_deisotoper_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MS2DeisotoperTest.cpp</a>, <a class="el" href="diff__std__test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">diff_std_test.cpp</a>, <a class="el" href="_memory_index_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MemoryIndexTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__3_d___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_3D_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___charge_from_isotope_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_ChargeFromIsotopeTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___charge_state_calculator_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_ChargeStateCalculatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___demux_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_DemuxTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_FilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___ion_mobility___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_IonMobility_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___lockmass_refiner_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_LockmassRefinerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___metadata_fixer_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_MetadataFixerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_MZRefinerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___peak_filter_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_PeakFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_window_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_MZWindowTest.cpp</a>, <a class="el" href="_c_v_translator_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">CVTranslatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="cvtest_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">cvtest.cpp</a>, <a class="el" href="_binary_index_stream_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">BinaryIndexStreamTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumListFactoryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___scan_summer_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_ScanSummerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___sorter_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_SorterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_recalculator_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_PrecursorRecalculatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_PrecursorRefineTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>main()&#160;:&#160;<a class="el" href="tradata_2_i_o_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="_amino_acid_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">AminoAcidTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="_digestion_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">DigestionTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peptide_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PeptideTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list_cache_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ProteinListCacheTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list_wrapper_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ProteinListWrapperTest.cpp</a>, <a class="el" href="_proteome_data_file_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ProteomeDataFileTest.cpp</a>, <a class="el" href="_proteome_data_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ProteomeDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="proteome_2_reader_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer___f_a_s_t_a___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">Serializer_FASTA_Test.cpp</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_wrapper_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumListWrapperTest.cpp</a>, <a class="el" href="tradata_2_reader_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="tradata_2_references_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__tra_m_l___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">Serializer_traML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_tra_data_file_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">TraDataFileTest.cpp</a>, <a class="el" href="_tra_data_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">TraDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="_reader___a_b_i___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">Reader_ABI_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_reader___a_b_i___t2_d___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">Reader_ABI_T2D_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_reader___agilent___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">Reader_Agilent_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_reader___bruker___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">Reader_Bruker_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_reader___thermo___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">Reader_Thermo_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">Serializer_MSn_Test.cpp</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">LegacyAdapterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MSDataFileTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s_data_merger_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MSDataMergerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s_data_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MSDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_sn_reader_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MSnReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_reader_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer___m_g_f___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">Serializer_MGF_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_reader___waters___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">Reader_Waters_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__mz_m_l___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">Serializer_mzML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__mz_x_m_l___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">Serializer_mzXML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_info_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumInfoTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_iterator_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumIteratorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_g_f___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_MGF_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_sn___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_MSn_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__mz_m_l___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_mzML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__mz_x_m_l___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_mzXML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_base_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumListBaseTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumListCacheTest.cpp</a>, <a class="el" href="_exception_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ExceptionTest.cpp</a>, <a class="el" href="_parabola_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ParabolaTest.cpp</a>, <a class="el" href="qr_test_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">qrTest.cpp</a>, <a class="el" href="_stats_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">StatsTest.cpp</a>, <a class="el" href="_s_a_x_parser_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SAXParserTest.cpp</a>, <a class="el" href="_x_m_l_writer_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">XMLWriterTest.cpp</a>, <a class="el" href="almost__equal__test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">almost_equal_test.cpp</a>, <a class="el" href="_base64_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">Base64Test.cpp</a>, <a class="el" href="_binary_data_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">BinaryDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="_clickwrap_prompter_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ClickwrapPrompterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_date_time_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">DateTimeTest.cpp</a>, <a class="el" href="endian__test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">endian_test.cpp</a>, <a class="el" href="_ordered_pair_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">OrderedPairTest.cpp</a>, <a class="el" href="_fail_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">FailTest.cpp</a>, <a class="el" href="_filesystem_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">FilesystemTest.cpp</a>, <a class="el" href="_integer_set_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">IntegerSetTest.cpp</a>, <a class="el" href="_iteration_listener_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">IterationListenerTest.cpp</a>, <a class="el" href="mru__list__test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">mru_list_test.cpp</a>, <a class="el" href="_s_h_a1__ostream__test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SHA1_ostream_test.cpp</a>, <a class="el" href="_s_h_a1_calculator_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SHA1CalculatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_tab_reader_test_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">TabReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_i_p_i_f_a_s_t_a_database_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">IPIFASTADatabaseTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list___filter_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ChromatogramList_FilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="filterutilstest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">filterutilstest.cpp</a>, <a class="el" href="_chemistry_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ChemistryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_isotope_calculator_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">IsotopeCalculatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_isotope_envelope_estimator_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">IsotopeEnvelopeEstimatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_isotope_table_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">IsotopeTableTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_z_tolerance_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MZToleranceTest.cpp</a>, <a class="el" href="basetest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">basetest.cpp</a>, <a class="el" href="copy__iftest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">copy_iftest.cpp</a>, <a class="el" href="cumsumtest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">cumsumtest.cpp</a>, <a class="el" href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_test_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">difftest.cpp</a>, <a class="el" href="equispaceinterpolationtest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">equispaceinterpolationtest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list___lockmass_refiner_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ChromatogramList_LockmassRefinerTest.cpp</a>, <a class="el" href="gaussfiltertest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">gaussfiltertest.cpp</a>, <a class="el" href="simplepickertest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">simplepickertest.cpp</a>, <a class="el" href="bucket1dtest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">bucket1dtest.cpp</a>, <a class="el" href="convert2densetest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">convert2densetest.cpp</a>, <a class="el" href="determinbinwithtest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">determinbinwithtest.cpp</a>, <a class="el" href="erf_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">erfTest.cpp</a>, <a class="el" href="_householder_q_r_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">HouseholderQRTest.cpp</a>, <a class="el" href="_linear_least_squares_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">LinearLeastSquaresTest.cpp</a>, <a class="el" href="_linear_solver_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">LinearSolverTest.cpp</a>, <a class="el" href="_matched_filter_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MatchedFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peakel_picker_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PeakelPickerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_truncated_lorentzian_parameters_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">TruncatedLorentzianParametersTest.cpp</a>, <a class="el" href="_truncated_lorentzian_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">TruncatedLorentzianTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s_data_analyzer_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MSDataAnalyzerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s_data_cache_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MSDataCacheTest.cpp</a>, <a class="el" href="_feature_detector_peakel_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">FeatureDetectorPeakelTest.cpp</a>, <a class="el" href="_feature_detector_simple_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">FeatureDetectorSimpleTest.cpp</a>, <a class="el" href="_feature_detector_tuning_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">FeatureDetectorTuningTest.cpp</a>, <a class="el" href="_feature_modeler_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">FeatureModelerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_z_r_t_field_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MZRTFieldTest.cpp</a>, <a class="el" href="_noise_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">NoiseTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peakel_grower_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PeakelGrowerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_detector_naive_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PeakDetectorNaiveTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_extractor_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PeakExtractorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_family_detector_f_t_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PeakFamilyDetectorFTTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_finder_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PeakFinderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_fitter_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PeakFitterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peptide_i_d__flat_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PeptideID_flatTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peptide_i_d__pep_x_m_l_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PeptideID_pepXMLTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peptide_i_d_map_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PeptideIDMapTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list___decoy_generator_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ProteinList_DecoyGeneratorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list___filter_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ProteinList_FilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list_factory_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ProteinListFactoryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_cubic_hermite_spline_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">CubicHermiteSplineTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list_base_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ChromatogramListBaseTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list_factory_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ChromatogramListFactoryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list_wrapper_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ChromatogramListWrapperTest.cpp</a>, <a class="el" href="chromatogram__processing_2_savitzky_golay_smoother_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SavitzkyGolaySmootherTest.cpp</a>, <a class="el" href="_cwt_peak_detector_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">CwtPeakDetectorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_extra_zero_samples_filter_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ExtraZeroSamplesFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_local_maximum_peak_detector_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">LocalMaximumPeakDetectorTest.cpp</a>, <a class="el" href="common_2_savitzky_golay_smoother_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SavitzkyGolaySmootherTest.cpp</a>, <a class="el" href="_whittaker_smoother_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">WhittakerSmootherTest.cpp</a>, <a class="el" href="_zero_sample_filler_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ZeroSampleFillerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list__mz_m_l___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ChromatogramList_mzML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_demux_debug_read_write_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">DemuxDebugReadWriteTest.cpp</a>, <a class="el" href="_demux_helpers_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">DemuxHelpersTest.cpp</a>, <a class="el" href="_demux_solver_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">DemuxSolverTest.cpp</a>, <a class="el" href="_matrix_i_o_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MatrixIOTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_peak_extractor_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumPeakExtractorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_frequency_estimator_physical_model_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">FrequencyEstimatorPhysicalModelTest.cpp</a>, <a class="el" href="_frequency_estimator_simple_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">FrequencyEstimatorSimpleTest.cpp</a>, <a class="el" href="_magnitude_lorentzian_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MagnitudeLorentzianTest.cpp</a>, <a class="el" href="_parametrized_function_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ParametrizedFunctionTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_detector_matched_filter_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PeakDetectorMatchedFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__mzid___test_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">Serializer_mzid_Test.cpp</a>, <a class="el" href="obotest_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">obotest.cpp</a>, <a class="el" href="_param_types_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ParamTypesTest.cpp</a>, <a class="el" href="_unimod_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">UnimodTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="_extended_read_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ExtendedReadTest.cpp</a>, <a class="el" href="_ident_data_test_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">IdentDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="_kw_c_v_map_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">KwCVMapTest.cpp</a>, <a class="el" href="_pep2_mz_ident_test_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">Pep2MzIdentTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_reader_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="_precursor_recalculator_default_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PrecursorRecalculatorDefaultTest.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">Serializer_pepXML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__prot_x_m_l___test_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">Serializer_protXML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer___text___test_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">Serializer_Text_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_calibration_parameters_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">CalibrationParametersTest.cpp</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">FrequencyDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MinimumPepXMLTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_data_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">PeakDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="_sample_datum_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SampleDatumTest.cpp</a>, <a class="el" href="_binary_data_encoder_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">BinaryDataEncoderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s2_deisotoper_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MS2DeisotoperTest.cpp</a>, <a class="el" href="diff__std__test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">diff_std_test.cpp</a>, <a class="el" href="_memory_index_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">MemoryIndexTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__3_d___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_3D_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___charge_from_isotope_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_ChargeFromIsotopeTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___charge_state_calculator_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_ChargeStateCalculatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___demux_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_DemuxTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_FilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___ion_mobility___test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_IonMobility_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___lockmass_refiner_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_LockmassRefinerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___metadata_fixer_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_MetadataFixerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_MZRefinerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___peak_filter_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_PeakFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_window_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_MZWindowTest.cpp</a>, <a class="el" href="_c_v_translator_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">CVTranslatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="cvtest_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">cvtest.cpp</a>, <a class="el" href="_binary_index_stream_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">BinaryIndexStreamTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumListFactoryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___scan_summer_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_ScanSummerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___sorter_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_SorterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_recalculator_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_PrecursorRecalculatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">SpectrumList_PrecursorRefineTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>makeAlternativeProtein()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#a3c16c541a6f45f3ad31707977fe78080">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>makeAminoAcidModification()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#a623fcaecfa0df4f01647820279bc59b9">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>makeAnalysisResult()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#aea55d669443af96aabece9c690f28f67">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>makeEnzymaticSearchConstraint()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#af6e15e8726572f89dcd608ae81e34152">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>makeMatch()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#a7f2d61370a1f43b1a47972087799e483">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>makeModAminoAcidMass()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#a8139d9a5ff166459e43aeb05103b51c6">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>makeModificationInfo()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#acfb10f1277554b2a9014647a7a260ec5">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/globals_o.html
│ │ │ │ @@ -45,15 +45,15 @@
│ │ │ │  <li>O&#160;:&#160;<a class="el" href="_chemistry_8hpp.html#ae48bf9dad3f5d442f9d14d931be6f43e">Chemistry.hpp</a></li>
│ │ │ │  <li>oboText_&#160;:&#160;<a class="el" href="obotest_8cpp.html#af88d5758cdc4204f736bc07e2177e8e0">obotest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>OneMinusAbsComplex()&#160;:&#160;<a class="el" href="_matched_filter_test_8cpp.html#a382aeb3ca784766c0af59b8d1514464f">MatchedFilterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>operator&lt;&lt;()&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_s2_deisotoper_test_8cpp.html#a0f4f117126ebad3e479bb0af82865f4d">MS2DeisotoperTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___charge_from_isotope_test_8cpp.html#a0f4f117126ebad3e479bb0af82865f4d">SpectrumList_ChargeFromIsotopeTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___charge_state_calculator_test_8cpp.html#a0f4f117126ebad3e479bb0af82865f4d">SpectrumList_ChargeStateCalculatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___peak_filter_test_8cpp.html#a0f4f117126ebad3e479bb0af82865f4d">SpectrumList_PeakFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___scan_summer_test_8cpp.html#a0f4f117126ebad3e479bb0af82865f4d">SpectrumList_ScanSummerTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>operatorTest()&#160;:&#160;<a class="el" href="_peptide_test_8cpp.html#a209d10992fe6f3a8a91c33c81f649b46">PeptideTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>OPTIMIZED_LEXICAL_CAST&#160;:&#160;<a class="el" href="optimized__lexical__cast_8hpp.html#a4544d6428d6df19b0726ab187b520eed">optimized_lexical_cast.hpp</a></li>
│ │ │ │  <li>Os&#160;:&#160;<a class="el" href="_chemistry_8hpp.html#a8153ed41d0fa202555263494e01bcc19">Chemistry.hpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>os_&#160;:&#160;<a class="el" href="msdata_2_reader_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peptide_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PeptideTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer___m_g_f___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Serializer_MGF_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Serializer_MSn_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__mz_m_l___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Serializer_mzML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__mz_x_m_l___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Serializer_mzXML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_info_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumInfoTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_iterator_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumIteratorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_g_f___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_MGF_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_sn___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_MSn_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__mz_m_l___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_mzML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__mz_x_m_l___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_mzXML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumListCacheTest.cpp</a>, <a class="el" href="_amino_acid_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">AminoAcidTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2proteome_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="_digestion_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">DigestionTest.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__mzid___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Serializer_mzid_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_sample_datum_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SampleDatumTest.cpp</a>, <a class="el" href="_i_p_i_f_a_s_t_a_database_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">IPIFASTADatabaseTest.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Serializer_pepXML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__prot_x_m_l___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Serializer_protXML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer___text___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Serializer_Text_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_calibration_parameters_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">CalibrationParametersTest.cpp</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">FrequencyDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">MinimumPepXMLTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_data_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PeakDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_sn_reader_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">MSnReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_binary_data_encoder_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">BinaryDataEncoderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list__mz_m_l___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ChromatogramList_mzML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">LegacyAdapterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">MSDataFileTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s_data_merger_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">MSDataMergerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_binary_data_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">BinaryDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="_matched_filter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">MatchedFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_ordered_pair_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">OrderedPairTest.cpp</a>, <a class="el" href="_parabola_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ParabolaTest.cpp</a>, <a class="el" href="qr_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">qrTest.cpp</a>, <a class="el" href="_stats_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">StatsTest.cpp</a>, <a class="el" href="_s_a_x_parser_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SAXParserTest.cpp</a>, <a class="el" href="_x_m_l_writer_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">XMLWriterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_base64_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Base64Test.cpp</a>, <a class="el" href="_linear_solver_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">LinearSolverTest.cpp</a>, <a class="el" href="_clickwrap_prompter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ClickwrapPrompterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_date_time_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">DateTimeTest.cpp</a>, <a class="el" href="_exception_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ExceptionTest.cpp</a>, <a class="el" href="_integer_set_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">IntegerSetTest.cpp</a>, <a class="el" href="_iteration_listener_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">IterationListenerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_s_h_a1__ostream__test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SHA1_ostream_test.cpp</a>, <a class="el" href="_s_h_a1_calculator_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SHA1CalculatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_tab_reader_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">TabReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_tra_data_file_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">TraDataFileTest.cpp</a>, <a class="el" href="_proteome_data_file_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ProteomeDataFileTest.cpp</a>, <a class="el" href="proteome_2_reader_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer___f_a_s_t_a___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Serializer_FASTA_Test.cpp</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="tradata_2_i_o_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="tradata_2_reader_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="tradata_2_references_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__tra_m_l___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Serializer_traML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list_cache_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ProteinListCacheTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chemistry_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ChemistryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_isotope_calculator_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">IsotopeCalculatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_isotope_envelope_estimator_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">IsotopeEnvelopeEstimatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_isotope_table_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">IsotopeTableTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_z_tolerance_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">MZToleranceTest.cpp</a>, <a class="el" href="erf_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">erfTest.cpp</a>, <a class="el" href="_linear_least_squares_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">LinearLeastSquaresTest.cpp</a>, <a class="el" href="_noise_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">NoiseTest.cpp</a>, <a class="el" href="_truncated_lorentzian_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">TruncatedLorentzianTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s_data_analyzer_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">MSDataAnalyzerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s_data_cache_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">MSDataCacheTest.cpp</a>, <a class="el" href="_feature_detector_peakel_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">FeatureDetectorPeakelTest.cpp</a>, <a class="el" href="_feature_detector_simple_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">FeatureDetectorSimpleTest.cpp</a>, <a class="el" href="_feature_detector_tuning_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">FeatureDetectorTuningTest.cpp</a>, <a class="el" href="_feature_modeler_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">FeatureModelerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_z_r_t_field_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">MZRTFieldTest.cpp</a>, <a class="el" href="_truncated_lorentzian_parameters_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">TruncatedLorentzianParametersTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peakel_grower_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PeakelGrowerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peakel_picker_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PeakelPickerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_extractor_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PeakExtractorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_family_detector_f_t_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PeakFamilyDetectorFTTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_finder_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PeakFinderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_fitter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PeakFitterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peptide_i_d__flat_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PeptideID_flatTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peptide_i_d__pep_x_m_l_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PeptideID_pepXMLTest.cpp</a>, <a class="el" href="_whittaker_smoother_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">WhittakerSmootherTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list___filter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ChromatogramList_FilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list___lockmass_refiner_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ChromatogramList_LockmassRefinerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list_factory_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ChromatogramListFactoryTest.cpp</a>, <a class="el" href="chromatogram__processing_2_savitzky_golay_smoother_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SavitzkyGolaySmootherTest.cpp</a>, <a class="el" href="_cwt_peak_detector_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">CwtPeakDetectorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_extra_zero_samples_filter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ExtraZeroSamplesFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_local_maximum_peak_detector_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">LocalMaximumPeakDetectorTest.cpp</a>, <a class="el" href="common_2_savitzky_golay_smoother_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SavitzkyGolaySmootherTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list___decoy_generator_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ProteinList_DecoyGeneratorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_zero_sample_filler_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ZeroSampleFillerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_frequency_estimator_physical_model_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">FrequencyEstimatorPhysicalModelTest.cpp</a>, <a class="el" href="_frequency_estimator_simple_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">FrequencyEstimatorSimpleTest.cpp</a>, <a class="el" href="_magnitude_lorentzian_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">MagnitudeLorentzianTest.cpp</a>, <a class="el" href="_parametrized_function_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ParametrizedFunctionTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_detector_matched_filter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PeakDetectorMatchedFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_detector_naive_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PeakDetectorNaiveTest.cpp</a>, <a class="el" href="obotest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">obotest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___scan_summer_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_ScanSummerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___sorter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_SorterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumListFactoryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_binary_index_stream_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">BinaryIndexStreamTest.cpp</a>, <a class="el" href="cvtest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">cvtest.cpp</a>, <a class="el" href="_c_v_translator_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">CVTranslatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="diff__std__test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">diff_std_test.cpp</a>, <a class="el" href="_memory_index_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">MemoryIndexTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_PrecursorRefineTest.cpp</a>, <a class="el" href="_param_types_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ParamTypesTest.cpp</a>, <a class="el" href="_unimod_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">UnimodTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="_ident_data_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">IdentDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="_kw_c_v_map_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">KwCVMapTest.cpp</a>, <a class="el" href="_pep2_mz_ident_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Pep2MzIdentTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_reader_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_FilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list___filter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ProteinList_FilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list_factory_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ProteinListFactoryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s2_deisotoper_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">MS2DeisotoperTest.cpp</a>, <a class="el" href="_precursor_recalculator_default_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PrecursorRecalculatorDefaultTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__3_d___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_3D_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___charge_from_isotope_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_ChargeFromIsotopeTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___charge_state_calculator_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_ChargeStateCalculatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___demux_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_DemuxTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___ion_mobility___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_IonMobility_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___lockmass_refiner_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_LockmassRefinerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___metadata_fixer_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_MetadataFixerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_MZRefinerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_window_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_MZWindowTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___peak_filter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_PeakFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_recalculator_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_PrecursorRecalculatorTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>os_&#160;:&#160;<a class="el" href="msdata_2_reader_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peptide_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PeptideTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer___m_g_f___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Serializer_MGF_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Serializer_MSn_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__mz_m_l___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Serializer_mzML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__mz_x_m_l___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Serializer_mzXML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_info_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumInfoTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_iterator_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumIteratorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_g_f___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_MGF_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_sn___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_MSn_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__mz_m_l___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_mzML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__mz_x_m_l___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_mzXML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumListCacheTest.cpp</a>, <a class="el" href="_amino_acid_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">AminoAcidTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="_digestion_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">DigestionTest.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__mzid___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Serializer_mzid_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_sample_datum_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SampleDatumTest.cpp</a>, <a class="el" href="_i_p_i_f_a_s_t_a_database_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">IPIFASTADatabaseTest.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Serializer_pepXML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__prot_x_m_l___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Serializer_protXML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer___text___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Serializer_Text_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_calibration_parameters_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">CalibrationParametersTest.cpp</a>, <a class="el" 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<a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">MSDataFileTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s_data_merger_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">MSDataMergerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_binary_data_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">BinaryDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="_matched_filter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">MatchedFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_ordered_pair_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">OrderedPairTest.cpp</a>, <a class="el" href="_parabola_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ParabolaTest.cpp</a>, <a class="el" href="qr_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">qrTest.cpp</a>, <a class="el" href="_stats_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">StatsTest.cpp</a>, <a class="el" href="_s_a_x_parser_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SAXParserTest.cpp</a>, <a class="el" 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href="_s_h_a1_calculator_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SHA1CalculatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_tab_reader_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">TabReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_tra_data_file_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">TraDataFileTest.cpp</a>, <a class="el" href="_proteome_data_file_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ProteomeDataFileTest.cpp</a>, <a class="el" href="proteome_2_reader_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer___f_a_s_t_a___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Serializer_FASTA_Test.cpp</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="tradata_2_i_o_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="tradata_2_reader_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="tradata_2_references_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__tra_m_l___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Serializer_traML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list_cache_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ProteinListCacheTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chemistry_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ChemistryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_isotope_calculator_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">IsotopeCalculatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_isotope_envelope_estimator_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">IsotopeEnvelopeEstimatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_isotope_table_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">IsotopeTableTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_z_tolerance_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">MZToleranceTest.cpp</a>, <a class="el" href="erf_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">erfTest.cpp</a>, <a class="el" href="_linear_least_squares_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">LinearLeastSquaresTest.cpp</a>, <a class="el" href="_noise_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">NoiseTest.cpp</a>, <a class="el" href="_truncated_lorentzian_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">TruncatedLorentzianTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s_data_analyzer_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">MSDataAnalyzerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s_data_cache_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">MSDataCacheTest.cpp</a>, <a class="el" href="_feature_detector_peakel_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">FeatureDetectorPeakelTest.cpp</a>, <a class="el" href="_feature_detector_simple_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">FeatureDetectorSimpleTest.cpp</a>, <a class="el" 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href="_peak_finder_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PeakFinderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_fitter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PeakFitterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peptide_i_d__flat_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PeptideID_flatTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peptide_i_d__pep_x_m_l_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PeptideID_pepXMLTest.cpp</a>, <a class="el" href="_whittaker_smoother_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">WhittakerSmootherTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list___filter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ChromatogramList_FilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list___lockmass_refiner_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ChromatogramList_LockmassRefinerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list_factory_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ChromatogramListFactoryTest.cpp</a>, <a class="el" href="chromatogram__processing_2_savitzky_golay_smoother_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SavitzkyGolaySmootherTest.cpp</a>, <a class="el" href="_cwt_peak_detector_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">CwtPeakDetectorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_extra_zero_samples_filter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ExtraZeroSamplesFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_local_maximum_peak_detector_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">LocalMaximumPeakDetectorTest.cpp</a>, <a class="el" href="common_2_savitzky_golay_smoother_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SavitzkyGolaySmootherTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list___decoy_generator_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ProteinList_DecoyGeneratorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_zero_sample_filler_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ZeroSampleFillerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_frequency_estimator_physical_model_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">FrequencyEstimatorPhysicalModelTest.cpp</a>, <a class="el" href="_frequency_estimator_simple_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">FrequencyEstimatorSimpleTest.cpp</a>, <a class="el" href="_magnitude_lorentzian_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">MagnitudeLorentzianTest.cpp</a>, <a class="el" href="_parametrized_function_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ParametrizedFunctionTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_detector_matched_filter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PeakDetectorMatchedFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_detector_naive_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PeakDetectorNaiveTest.cpp</a>, <a class="el" href="obotest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">obotest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___scan_summer_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_ScanSummerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___sorter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_SorterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumListFactoryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_binary_index_stream_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">BinaryIndexStreamTest.cpp</a>, <a class="el" href="cvtest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">cvtest.cpp</a>, <a class="el" href="_c_v_translator_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">CVTranslatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="diff__std__test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">diff_std_test.cpp</a>, <a class="el" href="_memory_index_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">MemoryIndexTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_PrecursorRefineTest.cpp</a>, <a class="el" href="_param_types_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ParamTypesTest.cpp</a>, <a class="el" href="_unimod_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">UnimodTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="_ident_data_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">IdentDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="_kw_c_v_map_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">KwCVMapTest.cpp</a>, <a class="el" href="_pep2_mz_ident_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Pep2MzIdentTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_reader_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_FilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list___filter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ProteinList_FilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list_factory_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ProteinListFactoryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s2_deisotoper_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">MS2DeisotoperTest.cpp</a>, <a class="el" href="_precursor_recalculator_default_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PrecursorRecalculatorDefaultTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__3_d___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_3D_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___charge_from_isotope_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_ChargeFromIsotopeTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___charge_state_calculator_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_ChargeStateCalculatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___demux_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_DemuxTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___ion_mobility___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_IonMobility_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___lockmass_refiner_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_LockmassRefinerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___metadata_fixer_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_MetadataFixerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_MZRefinerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_window_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_MZWindowTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___peak_filter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_PeakFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_recalculator_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_PrecursorRecalculatorTest.cpp</a></li>
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│ │ │ │  <!-- start footer part -->
│ │ │ │  <hr class="footer"/><address class="footer"><small>
│ │ │ │  Generated by&#160;<a href="https://www.doxygen.org/index.html"><img class="footer" src="doxygen.svg" width="104" height="31" alt="doxygen"/></a> 1.9.4
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│ │ │ │  </body>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/globals_t.html
│ │ │ │ @@ -47,15 +47,15 @@
│ │ │ │  <li>TABULARCONFIG_DELIMITER_USAGE_STR&#160;:&#160;<a class="el" href="_tabular_config_8hpp.html#a44152c4d2b4e0933ed97b17e52445f2c">TabularConfig.hpp</a></li>
│ │ │ │  <li>targetXML&#160;:&#160;<a class="el" href="_x_m_l_writer_test_8cpp.html#a9bb21add9cf40f337fd74a5a15e9feda">XMLWriterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>Tau&#160;:&#160;<a class="el" href="_truncated_lorentzian_8hpp.html#af2c0a05c530c8d43fe7a0eab3042f5a9">TruncatedLorentzian.hpp</a></li>
│ │ │ │  <li>Tb&#160;:&#160;<a class="el" href="_chemistry_8hpp.html#af3b2a66736c298e52098cc7caedbeabe">Chemistry.hpp</a></li>
│ │ │ │  <li>Tc&#160;:&#160;<a class="el" href="_chemistry_8hpp.html#aabe8a15c211e7cd11663da12cb5e5503">Chemistry.hpp</a></li>
│ │ │ │  <li>TCHAR&#160;:&#160;<a class="el" href="_s_h_a1_8h.html#a65c91f8d7af3c67b8a21e089fdddd0fe">SHA1.h</a></li>
│ │ │ │  <li>Te&#160;:&#160;<a class="el" href="_chemistry_8hpp.html#a745edd16e6bd47330b7050dfea3139d3">Chemistry.hpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>test()&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">MSDataFileTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_reader_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s_data_merger_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">MSDataMergerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_sn_reader_test_8cpp.html#ad206082ff615b7956e647763804eb4a0">MSnReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_reader_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_info_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumInfoTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_g_f___test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumList_MGF_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_sn___test_8cpp.html#a99821b66b54c147a80aff41bf535e368">SpectrumList_MSn_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__mz_m_l___test_8cpp.html#a468af58f876f4e0d7c344232aa48868c">SpectrumList_mzML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__mz_x_m_l___test_8cpp.html#a468af58f876f4e0d7c344232aa48868c">SpectrumList_mzXML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_base_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumListBaseTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumListCacheTest.cpp</a>, <a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">LegacyAdapterTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list_base_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ChromatogramListBaseTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list__mz_m_l___test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ChromatogramList_mzML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_binary_data_encoder_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">BinaryDataEncoderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_sample_datum_test_8cpp.html#a801cf41d42b5459349d914fb534cc6d2">SampleDatumTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_data_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PeakDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">FrequencyDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="_calibration_parameters_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">CalibrationParametersTest.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer___text___test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">Serializer_Text_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__mzid___test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">Serializer_mzid_Test.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="_amino_acid_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">AminoAcidTest.cpp</a>, <a class="el" href="_stats_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">StatsTest.cpp</a>, <a class="el" href="_i_p_i_f_a_s_t_a_database_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">IPIFASTADatabaseTest.cpp</a>, <a class="el" href="_s_h_a1_calculator_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SHA1CalculatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_s_h_a1__ostream__test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SHA1_ostream_test.cpp</a>, <a class="el" href="mru__list__test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">mru_list_test.cpp</a>, <a class="el" href="_iteration_listener_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">IterationListenerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_integer_set_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">IntegerSetTest.cpp</a>, <a class="el" href="_exception_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ExceptionTest.cpp</a>, <a class="el" href="endian__test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">endian_test.cpp</a>, <a class="el" href="_clickwrap_prompter_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ClickwrapPrompterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_binary_data_test_8cpp.html#aa58a0724948739f0f6d65caa78986366">BinaryDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="_base64_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">Base64Test.cpp</a>, <a class="el" href="almost__equal__test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">almost_equal_test.cpp</a>, <a class="el" href="_x_m_l_writer_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">XMLWriterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_s_a_x_parser_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SAXParserTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_wrapper_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumListWrapperTest.cpp</a>, <a class="el" href="_ordered_pair_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">OrderedPairTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_z_tolerance_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">MZToleranceTest.cpp</a>, <a class="el" href="_isotope_envelope_estimator_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">IsotopeEnvelopeEstimatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_tra_data_file_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">TraDataFileTest.cpp</a>, <a class="el" href="tradata_2_references_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="tradata_2_reader_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="tradata_2_i_o_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="proteome_2_reader_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_proteome_data_file_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ProteomeDataFileTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list_wrapper_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ProteinListWrapperTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list_cache_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ProteinListCacheTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peptide_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PeptideTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2proteome_2difftest_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_detector_matched_filter_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PeakDetectorMatchedFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list___filter_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ProteinList_FilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peptide_i_d_map_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PeptideIDMapTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_fitter_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PeakFitterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_finder_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PeakFinderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_family_detector_f_t_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PeakFamilyDetectorFTTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_extractor_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PeakExtractorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peakel_picker_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PeakelPickerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peakel_grower_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PeakelGrowerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_noise_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">NoiseTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_z_r_t_field_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">MZRTFieldTest.cpp</a>, <a class="el" href="_feature_modeler_test_8cpp.html#adfd632408235fa03e20660a4d061c05d">FeatureModelerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_feature_detector_tuning_test_8cpp.html#adfd632408235fa03e20660a4d061c05d">FeatureDetectorTuningTest.cpp</a>, <a class="el" href="_feature_detector_peakel_test_8cpp.html#adfd632408235fa03e20660a4d061c05d">FeatureDetectorPeakelTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s_data_analyzer_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">MSDataAnalyzerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_detector_naive_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PeakDetectorNaiveTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list___decoy_generator_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ProteinList_DecoyGeneratorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_frequency_estimator_simple_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">FrequencyEstimatorSimpleTest.cpp</a>, <a class="el" href="_frequency_estimator_physical_model_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">FrequencyEstimatorPhysicalModelTest.cpp</a>, <a class="el" href="_zero_sample_filler_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ZeroSampleFillerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_whittaker_smoother_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">WhittakerSmootherTest.cpp</a>, <a class="el" href="common_2_savitzky_golay_smoother_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SavitzkyGolaySmootherTest.cpp</a>, <a class="el" href="_local_maximum_peak_detector_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">LocalMaximumPeakDetectorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_extra_zero_samples_filter_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ExtraZeroSamplesFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_cwt_peak_detector_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">CwtPeakDetectorTest.cpp</a>, <a class="el" href="chromatogram__processing_2_savitzky_golay_smoother_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SavitzkyGolaySmootherTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list_wrapper_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ChromatogramListWrapperTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list_factory_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ChromatogramListFactoryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list___lockmass_refiner_test_8cpp.html#a61ecc00cb92e4ab6b39485de74920dc3">ChromatogramList_LockmassRefinerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list___filter_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ChromatogramList_FilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_pep2_mz_ident_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">Pep2MzIdentTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___sorter_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumList_SorterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_kw_c_v_map_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">KwCVMapTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="_unimod_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">UnimodTest.cpp</a>, <a class="el" href="_param_types_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ParamTypesTest.cpp</a>, <a class="el" href="obotest_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">obotest.cpp</a>, <a class="el" href="_memory_index_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">MemoryIndexTest.cpp</a>, <a class="el" href="diff__std__test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">diff_std_test.cpp</a>, <a class="el" href="_c_v_translator_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">CVTranslatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="cvtest_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">cvtest.cpp</a>, <a class="el" href="_binary_index_stream_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">BinaryIndexStreamTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumListFactoryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list_factory_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ProteinListFactoryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___scan_summer_test_8cpp.html#ac8da963855e09bf929c085486f4a3b47">SpectrumList_ScanSummerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_recalculator_test_8cpp.html#adfd632408235fa03e20660a4d061c05d">SpectrumList_PrecursorRecalculatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s2_deisotoper_test_8cpp.html#ac8da963855e09bf929c085486f4a3b47">MS2DeisotoperTest.cpp</a>, <a class="el" href="_precursor_recalculator_default_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PrecursorRecalculatorDefaultTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__3_d___test_8cpp.html#ac937c75b52cb710717b3793598dc1582">SpectrumList_3D_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___charge_from_isotope_test_8cpp.html#ac8da963855e09bf929c085486f4a3b47">SpectrumList_ChargeFromIsotopeTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___charge_state_calculator_test_8cpp.html#ac8da963855e09bf929c085486f4a3b47">SpectrumList_ChargeStateCalculatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumList_FilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___ion_mobility___test_8cpp.html#a76627c2914c7ea98e69a90bcf97ad2fa">SpectrumList_IonMobility_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___lockmass_refiner_test_8cpp.html#a61ecc00cb92e4ab6b39485de74920dc3">SpectrumList_LockmassRefinerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___metadata_fixer_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumList_MetadataFixerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#adfd632408235fa03e20660a4d061c05d">SpectrumList_MZRefinerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_window_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumList_MZWindowTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___peak_filter_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumList_PeakFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp.html#adfd632408235fa03e20660a4d061c05d">SpectrumList_PrecursorRefineTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>test()&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">MSDataFileTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_reader_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s_data_merger_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">MSDataMergerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_sn_reader_test_8cpp.html#ad206082ff615b7956e647763804eb4a0">MSnReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_reader_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_info_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumInfoTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_g_f___test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumList_MGF_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_sn___test_8cpp.html#a99821b66b54c147a80aff41bf535e368">SpectrumList_MSn_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__mz_m_l___test_8cpp.html#a468af58f876f4e0d7c344232aa48868c">SpectrumList_mzML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__mz_x_m_l___test_8cpp.html#a468af58f876f4e0d7c344232aa48868c">SpectrumList_mzXML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_base_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumListBaseTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumListCacheTest.cpp</a>, <a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">LegacyAdapterTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list_base_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ChromatogramListBaseTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list__mz_m_l___test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ChromatogramList_mzML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_binary_data_encoder_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">BinaryDataEncoderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_sample_datum_test_8cpp.html#a801cf41d42b5459349d914fb534cc6d2">SampleDatumTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_data_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PeakDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">FrequencyDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="_calibration_parameters_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">CalibrationParametersTest.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer___text___test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">Serializer_Text_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__mzid___test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">Serializer_mzid_Test.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="_amino_acid_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">AminoAcidTest.cpp</a>, <a class="el" href="_stats_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">StatsTest.cpp</a>, <a class="el" href="_i_p_i_f_a_s_t_a_database_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">IPIFASTADatabaseTest.cpp</a>, <a class="el" href="_s_h_a1_calculator_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SHA1CalculatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_s_h_a1__ostream__test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SHA1_ostream_test.cpp</a>, <a class="el" href="mru__list__test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">mru_list_test.cpp</a>, <a class="el" href="_iteration_listener_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">IterationListenerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_integer_set_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">IntegerSetTest.cpp</a>, <a class="el" href="_exception_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ExceptionTest.cpp</a>, <a class="el" href="endian__test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">endian_test.cpp</a>, <a class="el" href="_clickwrap_prompter_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ClickwrapPrompterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_binary_data_test_8cpp.html#aa58a0724948739f0f6d65caa78986366">BinaryDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="_base64_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">Base64Test.cpp</a>, <a class="el" href="almost__equal__test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">almost_equal_test.cpp</a>, <a class="el" href="_x_m_l_writer_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">XMLWriterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_s_a_x_parser_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SAXParserTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_wrapper_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumListWrapperTest.cpp</a>, <a class="el" href="_ordered_pair_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">OrderedPairTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_z_tolerance_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">MZToleranceTest.cpp</a>, <a class="el" href="_isotope_envelope_estimator_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">IsotopeEnvelopeEstimatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_tra_data_file_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">TraDataFileTest.cpp</a>, <a class="el" href="tradata_2_references_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="tradata_2_reader_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="tradata_2_i_o_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="proteome_2_reader_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_proteome_data_file_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ProteomeDataFileTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list_wrapper_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ProteinListWrapperTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list_cache_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ProteinListCacheTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peptide_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PeptideTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_detector_matched_filter_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PeakDetectorMatchedFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list___filter_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ProteinList_FilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peptide_i_d_map_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PeptideIDMapTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_fitter_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PeakFitterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_finder_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PeakFinderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_family_detector_f_t_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PeakFamilyDetectorFTTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_extractor_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PeakExtractorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peakel_picker_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PeakelPickerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peakel_grower_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PeakelGrowerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_noise_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">NoiseTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_z_r_t_field_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">MZRTFieldTest.cpp</a>, <a class="el" href="_feature_modeler_test_8cpp.html#adfd632408235fa03e20660a4d061c05d">FeatureModelerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_feature_detector_tuning_test_8cpp.html#adfd632408235fa03e20660a4d061c05d">FeatureDetectorTuningTest.cpp</a>, <a class="el" href="_feature_detector_peakel_test_8cpp.html#adfd632408235fa03e20660a4d061c05d">FeatureDetectorPeakelTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s_data_analyzer_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">MSDataAnalyzerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_detector_naive_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PeakDetectorNaiveTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list___decoy_generator_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ProteinList_DecoyGeneratorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_frequency_estimator_simple_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">FrequencyEstimatorSimpleTest.cpp</a>, <a class="el" href="_frequency_estimator_physical_model_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">FrequencyEstimatorPhysicalModelTest.cpp</a>, <a class="el" href="_zero_sample_filler_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ZeroSampleFillerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_whittaker_smoother_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">WhittakerSmootherTest.cpp</a>, <a class="el" href="common_2_savitzky_golay_smoother_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SavitzkyGolaySmootherTest.cpp</a>, <a class="el" href="_local_maximum_peak_detector_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">LocalMaximumPeakDetectorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_extra_zero_samples_filter_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ExtraZeroSamplesFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_cwt_peak_detector_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">CwtPeakDetectorTest.cpp</a>, <a class="el" href="chromatogram__processing_2_savitzky_golay_smoother_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SavitzkyGolaySmootherTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list_wrapper_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ChromatogramListWrapperTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list_factory_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ChromatogramListFactoryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list___lockmass_refiner_test_8cpp.html#a61ecc00cb92e4ab6b39485de74920dc3">ChromatogramList_LockmassRefinerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list___filter_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ChromatogramList_FilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_pep2_mz_ident_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">Pep2MzIdentTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___sorter_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumList_SorterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_kw_c_v_map_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">KwCVMapTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="_unimod_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">UnimodTest.cpp</a>, <a class="el" href="_param_types_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ParamTypesTest.cpp</a>, <a class="el" href="obotest_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">obotest.cpp</a>, <a class="el" href="_memory_index_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">MemoryIndexTest.cpp</a>, <a class="el" href="diff__std__test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">diff_std_test.cpp</a>, <a class="el" href="_c_v_translator_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">CVTranslatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="cvtest_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">cvtest.cpp</a>, <a class="el" href="_binary_index_stream_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">BinaryIndexStreamTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumListFactoryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list_factory_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">ProteinListFactoryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___scan_summer_test_8cpp.html#ac8da963855e09bf929c085486f4a3b47">SpectrumList_ScanSummerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_recalculator_test_8cpp.html#adfd632408235fa03e20660a4d061c05d">SpectrumList_PrecursorRecalculatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s2_deisotoper_test_8cpp.html#ac8da963855e09bf929c085486f4a3b47">MS2DeisotoperTest.cpp</a>, <a class="el" href="_precursor_recalculator_default_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">PrecursorRecalculatorDefaultTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__3_d___test_8cpp.html#ac937c75b52cb710717b3793598dc1582">SpectrumList_3D_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___charge_from_isotope_test_8cpp.html#ac8da963855e09bf929c085486f4a3b47">SpectrumList_ChargeFromIsotopeTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___charge_state_calculator_test_8cpp.html#ac8da963855e09bf929c085486f4a3b47">SpectrumList_ChargeStateCalculatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumList_FilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___ion_mobility___test_8cpp.html#a76627c2914c7ea98e69a90bcf97ad2fa">SpectrumList_IonMobility_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___lockmass_refiner_test_8cpp.html#a61ecc00cb92e4ab6b39485de74920dc3">SpectrumList_LockmassRefinerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___metadata_fixer_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumList_MetadataFixerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#adfd632408235fa03e20660a4d061c05d">SpectrumList_MZRefinerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_window_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumList_MZWindowTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___peak_filter_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">SpectrumList_PeakFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp.html#adfd632408235fa03e20660a4d061c05d">SpectrumList_PrecursorRefineTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>test1()&#160;:&#160;<a class="el" href="_isotope_table_test_8cpp.html#a1440a7779ac56f47a3f355ce4a8c7da0">IsotopeTableTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>test2()&#160;:&#160;<a class="el" href="_precursor_recalculator_default_test_8cpp.html#a0283886819c7c140a023582b7269e2d0">PrecursorRecalculatorDefaultTest.cpp</a>, <a class="el" href="_isotope_table_test_8cpp.html#a0283886819c7c140a023582b7269e2d0">IsotopeTableTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>test256()&#160;:&#160;<a class="el" href="_base64_test_8cpp.html#a10f66ef628c1147034c2ac9dc141b1c8">Base64Test.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>test3()&#160;:&#160;<a class="el" href="_isotope_table_test_8cpp.html#a6d0455dd5c30adda100e95f0423c786e">IsotopeTableTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>test4()&#160;:&#160;<a class="el" href="_isotope_table_test_8cpp.html#a327d8cef466a7560ead5eb3995c0cbae">IsotopeTableTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>test5peptide()&#160;:&#160;<a class="el" href="_precursor_recalculator_default_test_8cpp.html#ace2460da2f895e76079e27476f897dc5">PrecursorRecalculatorDefaultTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>test5peptideFT()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___precursor_recalculator_test_8cpp.html#ac7d26723b8c4cab735714bf0657b426e">SpectrumList_PrecursorRecalculatorTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ @@ -90,85 +90,85 @@
│ │ │ │  <li>test_v3()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___m_sn___test_8cpp.html#ae0da1837a2f6446b0a87eb56df05aeb6">SpectrumList_MSn_Test.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>test_xml_datetime()&#160;:&#160;<a class="el" href="_date_time_test_8cpp.html#a8d8ed1d869afa1d4171f905c6d67f5d2">DateTimeTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testAbbreviateByteSize()&#160;:&#160;<a class="el" href="_filesystem_test_8cpp.html#a3134dc53db3d6b8d396b1e08d218ddf1">FilesystemTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testAccept()&#160;:&#160;<a class="el" href="identdata_2_reader_test_8cpp.html#acabc737c968290d02f09b8c30855cb1d">ReaderTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testAddition()&#160;:&#160;<a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp.html#ad69549773b92027c9f7f89c18cfba76f">FrequencyDataTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testAllDataProcessing()&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_s_data_test_8cpp.html#ab95e45caa934b567b9d769ac93ba6dde">MSDataTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testAlternativeProtein()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#ad657346b0b05da625720d54d64e9eb0a">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testAmbiguousResidue()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a45faae728fd4729cf65352cd92db8240">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a45faae728fd4729cf65352cd92db8240">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testAmbiguousResidue()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a45faae728fd4729cf65352cd92db8240">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a45faae728fd4729cf65352cd92db8240">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testAminoAcidModification()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#aaa7542044b610e4a6c2ca29ac162cec7">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testAminoAcids&#160;:&#160;<a class="el" href="_amino_acid_test_8cpp.html#a962e2d5a4e48ec56218992f02233ae54">AminoAcidTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testAnalysisCollection()&#160;:&#160;<a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ae41359160263b06edb4ad590085ce0fc">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ae41359160263b06edb4ad590085ce0fc">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testAnalysisData()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a41c3740a427544b0fdd3c3f9cfc6bc39">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a41c3740a427544b0fdd3c3f9cfc6bc39">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testAnalysisProtocolCollection()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#af3fbcef23e6165e0d4d0c4a836b79da3">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#af3fbcef23e6165e0d4d0c4a836b79da3">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testAnalysisCollection()&#160;:&#160;<a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ae41359160263b06edb4ad590085ce0fc">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ae41359160263b06edb4ad590085ce0fc">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testAnalysisData()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a41c3740a427544b0fdd3c3f9cfc6bc39">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a41c3740a427544b0fdd3c3f9cfc6bc39">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testAnalysisProtocolCollection()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#af3fbcef23e6165e0d4d0c4a836b79da3">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#af3fbcef23e6165e0d4d0c4a836b79da3">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testAnalysisResult()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#a52788df525b6d02a3595bc3043568282">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testAnalysisSampleCollection()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#aee05c1513912937f5842329b7abfbd5a">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#aee05c1513912937f5842329b7abfbd5a">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp.html#aee05c1513912937f5842329b7abfbd5a">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testAnalysisSoftware()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#afb82c5a0eff82b707d60b1b082546a72">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#afb82c5a0eff82b707d60b1b082546a72">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testAnalysisSampleCollection()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#aee05c1513912937f5842329b7abfbd5a">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#aee05c1513912937f5842329b7abfbd5a">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp.html#aee05c1513912937f5842329b7abfbd5a">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testAnalysisSoftware()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#afb82c5a0eff82b707d60b1b082546a72">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#afb82c5a0eff82b707d60b1b082546a72">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testAnalyzer()&#160;:&#160;<a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp.html#a04ed0941984f385d8a7171cc16eff6cb">LegacyAdapterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testArray&#160;:&#160;<a class="el" href="chromatogram__processing_2_savitzky_golay_smoother_test_8cpp.html#af70bd56600c736311c895ee288cd1b25">SavitzkyGolaySmootherTest.cpp</a>, <a class="el" href="_ordered_pair_test_8cpp.html#ae91b0c271eaab9025354f4517ed2d308">OrderedPairTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testArrayX&#160;:&#160;<a class="el" href="_whittaker_smoother_test_8cpp.html#aee34eba6c2de7724931b685153fe3988">WhittakerSmootherTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testArrayY&#160;:&#160;<a class="el" href="_whittaker_smoother_test_8cpp.html#a87f57517c4dd3eb23aa8ee4e394b2284">WhittakerSmootherTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testAutomaticUpdate()&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_s_data_cache_test_8cpp.html#a62c56eefaaf2a9dd16dd79ff9a6b2985">MSDataCacheTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testBadFile()&#160;:&#160;<a class="el" href="_binary_data_encoder_test_8cpp.html#aa4e33ebe3f083dffe9f6585d4dd399ca">BinaryDataEncoderTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testBadXML()&#160;:&#160;<a class="el" href="_s_a_x_parser_test_8cpp.html#a1a86b4d7f2ebf26b08be7e04b717a3b5">SAXParserTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testBanded()&#160;:&#160;<a class="el" href="_linear_solver_test_8cpp.html#a24e1e2b7656ed54597a18eaea043734a">LinearSolverTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testBandedComplex()&#160;:&#160;<a class="el" href="_linear_solver_test_8cpp.html#a1492055deedf6e945f61240126f814ba">LinearSolverTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testBasic()&#160;:&#160;<a class="el" href="_magnitude_lorentzian_test_8cpp.html#a6e937f67b247e1dc7ab05258ff504750">MagnitudeLorentzianTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_iterator_test_8cpp.html#a26fdedc856dd9592fe965685341482d3">SpectrumIteratorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_parabola_test_8cpp.html#a6e937f67b247e1dc7ab05258ff504750">ParabolaTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testBibliographicReference()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a8ba06bba0f516d63226a94e22938b89e">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a8ba06bba0f516d63226a94e22938b89e">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testBinaryDataArray()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#aed819a671dd91394244e51992c647151">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#aa50d4ada397909460e438f1f6a96a929">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#aed819a671dd91394244e51992c647151">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testBibliographicReference()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a8ba06bba0f516d63226a94e22938b89e">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a8ba06bba0f516d63226a94e22938b89e">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testBinaryDataArray()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#aed819a671dd91394244e51992c647151">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#aa50d4ada397909460e438f1f6a96a929">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#aed819a671dd91394244e51992c647151">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testBinaryDataArrayExternalMetadata()&#160;:&#160;<a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a60fd3850e30d34a2c5cd0daabd4d0a1a">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testBinaryDataOnly()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a5d4f62c58b6db5fa52bd9666b1613264">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testBinaryDataOnly()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a5d4f62c58b6db5fa52bd9666b1613264">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testBMS1&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___m_sn___test_8cpp.html#a73ef029268f38721a033569f9277be2b">SpectrumList_MSn_Test.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testBMS2&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___m_sn___test_8cpp.html#a4a7dafd2ede0dd80f4f047115545a1dd">SpectrumList_MSn_Test.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testBombesin()&#160;:&#160;<a class="el" href="_feature_detector_peakel_test_8cpp.html#a0a08ad9dcb33f06f980f10378e31d5cf">FeatureDetectorPeakelTest.cpp</a>, <a class="el" href="_feature_detector_tuning_test_8cpp.html#a0a08ad9dcb33f06f980f10378e31d5cf">FeatureDetectorTuningTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testBSADigestion()&#160;:&#160;<a class="el" href="_digestion_test_8cpp.html#ae7c4a61daef9974cf748cff09a090061">DigestionTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testCancel()&#160;:&#160;<a class="el" href="_iteration_listener_test_8cpp.html#ae2a4efb3711185ed68ba7f86ececbb34">IterationListenerTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testChargeStateCalculators&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___charge_from_isotope_test_8cpp.html#a4d4034a2edbfa2ba0198e0de73ebe529">SpectrumList_ChargeFromIsotopeTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___charge_state_calculator_test_8cpp.html#a4d4034a2edbfa2ba0198e0de73ebe529">SpectrumList_ChargeStateCalculatorTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testChargeStateCalculatorsSize&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___charge_from_isotope_test_8cpp.html#aa063cc102832aff4cb86bcb4bc20c739">SpectrumList_ChargeFromIsotopeTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___charge_state_calculator_test_8cpp.html#aa063cc102832aff4cb86bcb4bc20c739">SpectrumList_ChargeStateCalculatorTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testChromatogram()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#ac1e55316a96e4cc45abb2edeb608b509">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#ac1e55316a96e4cc45abb2edeb608b509">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#ac1e55316a96e4cc45abb2edeb608b509">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testChromatogramList()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a54532e0c2029b4825cce293302d52354">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a54532e0c2029b4825cce293302d52354">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testChromatogram()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#ac1e55316a96e4cc45abb2edeb608b509">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#ac1e55316a96e4cc45abb2edeb608b509">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#ac1e55316a96e4cc45abb2edeb608b509">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testChromatogramList()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a54532e0c2029b4825cce293302d52354">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a54532e0c2029b4825cce293302d52354">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testChromatogramListWithPositions()&#160;:&#160;<a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a8c79a0933c2c534dfbe2bfe735567f51">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testChromatograms()&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_s_data_test_8cpp.html#ab292d1989d5b1b01a01c5906f71a0555">MSDataTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testCleavageAgent()&#160;:&#160;<a class="el" href="_ident_data_test_8cpp.html#a28850c749527303217d2ea9c83386b95">IdentDataTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testCleavageAgents()&#160;:&#160;<a class="el" href="_digestion_test_8cpp.html#a720ca762a22d4792995a6ecd3ef078e0">DigestionTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testCMS1_v3&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___m_sn___test_8cpp.html#a510d963cc4497bce34ae95552f3570af">SpectrumList_MSn_Test.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testCMS2&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___m_sn___test_8cpp.html#a23cd04fd0a1d75375f0e19ee0193e5d1">SpectrumList_MSn_Test.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testCMS2_v3&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___m_sn___test_8cpp.html#a7c313cc461685adb36248a7f893886c7">SpectrumList_MSn_Test.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testComplex()&#160;:&#160;<a class="el" href="_linear_solver_test_8cpp.html#a435554c8d6f3710b26f06a629aa18f0b">LinearSolverTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testComponent()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a71baf45c88cc05efe16c3e53ebce236c">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a71baf45c88cc05efe16c3e53ebce236c">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testComponentList()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#aa7ddc61dd4295a5eb99362145ae924e7">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#aa7ddc61dd4295a5eb99362145ae924e7">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#aa7ddc61dd4295a5eb99362145ae924e7">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testCompound()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a88e7dba897541f750d9104fb7196b927">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testComponent()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a71baf45c88cc05efe16c3e53ebce236c">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a71baf45c88cc05efe16c3e53ebce236c">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testComponentList()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#aa7ddc61dd4295a5eb99362145ae924e7">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#aa7ddc61dd4295a5eb99362145ae924e7">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#aa7ddc61dd4295a5eb99362145ae924e7">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testCompound()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a88e7dba897541f750d9104fb7196b927">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testConceptChecking()&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_z_r_t_field_test_8cpp.html#ab5981f57bdb8a6decd8045946b17488b">MZRTFieldTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testConfiguration()&#160;:&#160;<a class="el" href="_binary_data_encoder_test_8cpp.html#a837114e1f4ac0da87fc44c8944508fe0">BinaryDataEncoderTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a6cf4381b629e30ba8267429c27a821c1">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testContact()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#afc5a38f6d3b4f52e00189d54a2989b39">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testContactRole()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a09b3ac89fd976280c9e0ebdbd316feaa">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a09b3ac89fd976280c9e0ebdbd316feaa">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp.html#a09b3ac89fd976280c9e0ebdbd316feaa">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testConfiguration()&#160;:&#160;<a class="el" href="_binary_data_encoder_test_8cpp.html#a837114e1f4ac0da87fc44c8944508fe0">BinaryDataEncoderTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a6cf4381b629e30ba8267429c27a821c1">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testContact()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#afc5a38f6d3b4f52e00189d54a2989b39">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testContactRole()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a09b3ac89fd976280c9e0ebdbd316feaa">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a09b3ac89fd976280c9e0ebdbd316feaa">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp.html#a09b3ac89fd976280c9e0ebdbd316feaa">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testContacts()&#160;:&#160;<a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp.html#a9aad381365e4fa9c1f1f6d92fa62b528">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testContainer()&#160;:&#160;<a class="el" href="_ordered_pair_test_8cpp.html#aa3b97d76b613b6c84868145d9f9998e1">OrderedPairTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testContains()&#160;:&#160;<a class="el" href="_integer_set_test_8cpp.html#a0bc724fae44d358885f273c28d45b10f">IntegerSetTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testConversion()&#160;:&#160;<a class="el" href="_ident_data_test_8cpp.html#acac50039853455ace7ee85366dfbbeb4">IdentDataTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testCreation()&#160;:&#160;<a class="el" href="_peak_detector_matched_filter_test_8cpp.html#a6d6c11eb1422e1781b7c57c059c523ea">PeakDetectorMatchedFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_detector_naive_test_8cpp.html#a1027c6abf7f8a6f3c5dd2529f70b832d">PeakDetectorNaiveTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testCV()&#160;:&#160;<a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a90daba4154a86a8e2c378a6a7fe26b44">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="diff__std__test_8cpp.html#a90daba4154a86a8e2c378a6a7fe26b44">diff_std_test.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testCVMap()&#160;:&#160;<a class="el" href="_kw_c_v_map_test_8cpp.html#a75131210f9fa3e34f271617406d76242">KwCVMapTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testCVMapIO()&#160;:&#160;<a class="el" href="_kw_c_v_map_test_8cpp.html#a1c82478941e3d9780c0b3c0fbb0352b9">KwCVMapTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testCVParam()&#160;:&#160;<a class="el" href="diff__std__test_8cpp.html#a3f7dc03d9b8c1ac8f1f418bb8a91c5ed">diff_std_test.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a3f7dc03d9b8c1ac8f1f418bb8a91c5ed">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testData()&#160;:&#160;<a class="el" href="_frequency_estimator_simple_test_8cpp.html#a6b066c2f447b0042bb140f87e3604337">FrequencyEstimatorSimpleTest.cpp</a>, <a class="el" href="_magnitude_lorentzian_test_8cpp.html#a6b066c2f447b0042bb140f87e3604337">MagnitudeLorentzianTest.cpp</a>, <a class="el" href="_zero_sample_filler_test_8cpp.html#aa117d9003b38ab9e3c5d06102456eb52">ZeroSampleFillerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_local_maximum_peak_detector_test_8cpp.html#aa117d9003b38ab9e3c5d06102456eb52">LocalMaximumPeakDetectorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_cwt_peak_detector_test_8cpp.html#aa117d9003b38ab9e3c5d06102456eb52">CwtPeakDetectorTest.cpp</a>, <a class="el" href="common_2_savitzky_golay_smoother_test_8cpp.html#aa117d9003b38ab9e3c5d06102456eb52">SavitzkyGolaySmootherTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testData2_LocalMax()&#160;:&#160;<a class="el" href="_frequency_estimator_simple_test_8cpp.html#a0e09d13b98f153b6f47054e2a7e7b953">FrequencyEstimatorSimpleTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testData2_Parabola()&#160;:&#160;<a class="el" href="_frequency_estimator_simple_test_8cpp.html#a73add717c1528381e1e1637e95b9fcda">FrequencyEstimatorSimpleTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testData_&#160;:&#160;<a class="el" href="_peak_detector_matched_filter_test_data_8hpp.html#a5f666db3ffb773383b7ad9368454e46b">PeakDetectorMatchedFilterTestData.hpp</a>, <a class="el" href="_peak_extractor_test_8cpp.html#a48e63a80e1d5e9f5933510070bc849b9">PeakExtractorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_precursor_recalculator_default_test_8cpp.html#a2440e1803ab78c823c89f605f9e519d0">PrecursorRecalculatorDefaultTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testDatabaseTranslation()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a59845c7367180f04e05a9ba0fbe38f89">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testDatabaseTranslation()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a59845c7367180f04e05a9ba0fbe38f89">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testDataBegin_&#160;:&#160;<a class="el" href="_precursor_recalculator_default_test_8cpp.html#a2ade3e54d97569e314fc21a0ad7e03d6">PrecursorRecalculatorDefaultTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testDataCalibrationA_&#160;:&#160;<a class="el" href="_peak_detector_matched_filter_test_data_8hpp.html#acc2b72e445c9468a2a50761e1189ebab">PeakDetectorMatchedFilterTestData.hpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testDataCalibrationB_&#160;:&#160;<a class="el" href="_peak_detector_matched_filter_test_data_8hpp.html#abdbe0bb60a75a3dd1d2730be4625f6e8">PeakDetectorMatchedFilterTestData.hpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testDataCollection()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a53213511b015016059c702def35dd00f">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a53213511b015016059c702def35dd00f">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testDataCollection()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a53213511b015016059c702def35dd00f">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a53213511b015016059c702def35dd00f">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testDataEnd_&#160;:&#160;<a class="el" href="_precursor_recalculator_default_test_8cpp.html#a01076826bbe70c99e33f9f1d148f6f7c">PrecursorRecalculatorDefaultTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testDataObservationDuration_&#160;:&#160;<a class="el" href="_peak_detector_matched_filter_test_data_8hpp.html#a938eb7ce46ac1cc7d4a4d2d9a2ea8dcf">PeakDetectorMatchedFilterTestData.hpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testDataProcessing()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#ae1bc10396b7ec479fb119de5daeb4569">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#ae1bc10396b7ec479fb119de5daeb4569">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#ae1bc10396b7ec479fb119de5daeb4569">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testDataProcessing()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#ae1bc10396b7ec479fb119de5daeb4569">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#ae1bc10396b7ec479fb119de5daeb4569">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#ae1bc10396b7ec479fb119de5daeb4569">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testDataSize&#160;:&#160;<a class="el" href="_cwt_peak_detector_test_8cpp.html#a751b8c1dc0cedd082afeeddfb61ba44e">CwtPeakDetectorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_local_maximum_peak_detector_test_8cpp.html#a751b8c1dc0cedd082afeeddfb61ba44e">LocalMaximumPeakDetectorTest.cpp</a>, <a class="el" href="common_2_savitzky_golay_smoother_test_8cpp.html#a751b8c1dc0cedd082afeeddfb61ba44e">SavitzkyGolaySmootherTest.cpp</a>, <a class="el" href="_zero_sample_filler_test_8cpp.html#a751b8c1dc0cedd082afeeddfb61ba44e">ZeroSampleFillerTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testDataSize_&#160;:&#160;<a class="el" href="_precursor_recalculator_default_test_8cpp.html#a6afe0c8fc5d98425fae924be17f808a5">PrecursorRecalculatorDefaultTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_detector_matched_filter_test_data_8hpp.html#a99dbcb4e9226d387a7f5f975439e9009">PeakDetectorMatchedFilterTestData.hpp</a>, <a class="el" href="_peak_extractor_test_8cpp.html#a6afe0c8fc5d98425fae924be17f808a5">PeakExtractorTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testDBSequence()&#160;:&#160;<a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a4b1a0c98dfb47069bdc2fad58364be1b">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a4b1a0c98dfb47069bdc2fad58364be1b">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp.html#a4b1a0c98dfb47069bdc2fad58364be1b">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testDBSequence()&#160;:&#160;<a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a4b1a0c98dfb47069bdc2fad58364be1b">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a4b1a0c98dfb47069bdc2fad58364be1b">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp.html#a4b1a0c98dfb47069bdc2fad58364be1b">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testDecoding()&#160;:&#160;<a class="el" href="_s_a_x_parser_test_8cpp.html#a5ddc911263185062c80f2c2404c0cc36">SAXParserTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testDefault()&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_s_data_cache_test_8cpp.html#a9d2f481c901fbfd272dfab7f44e37a9e">MSDataCacheTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testDefaultTabHandler()&#160;:&#160;<a class="el" href="_tab_reader_test_8cpp.html#a7a78309522274eb19965cdd4a2512d5d">TabReaderTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testDeisotopeCalculators&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_s2_deisotoper_test_8cpp.html#a48d2fd7e529c42759d49cd6e927db54d">MS2DeisotoperTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>TestDeisotopers&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___peak_filter_test_8cpp.html#adc8837d84ea9e9b3570ff0699d984a33">SpectrumList_PeakFilterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testDeisotopersSize&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___peak_filter_test_8cpp.html#a7c33589512ce1e339dd0f1d93aa5a595">SpectrumList_PeakFilterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testDeisotopeSize&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_s2_deisotoper_test_8cpp.html#ade9aabceddc95df8c5f9aaf2269eacae">MS2DeisotoperTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ @@ -180,124 +180,124 @@
│ │ │ │  <li>testDigestionCriteria()&#160;:&#160;<a class="el" href="_digestion_test_8cpp.html#aee9736626ac8ca3cfba99707d190bfbe">DigestionTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testDigestionMetadata()&#160;:&#160;<a class="el" href="_digestion_test_8cpp.html#af4b2bdd745a60331a97d2a058b4bd77b">DigestionTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testDone()&#160;:&#160;<a class="el" href="_s_a_x_parser_test_8cpp.html#a7bdd04e4ab286c5311b6de70cade302f">SAXParserTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testDouble()&#160;:&#160;<a class="el" href="_linear_least_squares_test_8cpp.html#ac88982bc350efc4e5fc511b3645b8aab">LinearLeastSquaresTest.cpp</a>, <a class="el" href="_linear_solver_test_8cpp.html#ac88982bc350efc4e5fc511b3645b8aab">LinearSolverTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testDoubleQR()&#160;:&#160;<a class="el" href="_linear_least_squares_test_8cpp.html#a6d1047f9763f5a0d19e0288293571997">LinearLeastSquaresTest.cpp</a>, <a class="el" href="_linear_solver_test_8cpp.html#a6d1047f9763f5a0d19e0288293571997">LinearSolverTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testDuplicateId()&#160;:&#160;<a class="el" href="_serializer___f_a_s_t_a___test_8cpp.html#a3b8060b485423090f907cf72e16534ea">Serializer_FASTA_Test.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testEnzymaticSearchConstraint()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#a53a3354dcc9b23823b505059aa6aa808">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testEnzyme()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a1e134fd121c0aff1b97752fe2c9b5691">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a1e134fd121c0aff1b97752fe2c9b5691">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testEnzymes()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ab88f6761f743dfbe53b6fe963296ae93">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ab88f6761f743dfbe53b6fe963296ae93">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testEnzyme()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a1e134fd121c0aff1b97752fe2c9b5691">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a1e134fd121c0aff1b97752fe2c9b5691">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testEnzymes()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ab88f6761f743dfbe53b6fe963296ae93">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ab88f6761f743dfbe53b6fe963296ae93">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testEquality()&#160;:&#160;<a class="el" href="_truncated_lorentzian_parameters_test_8cpp.html#aab34259fc44d1039fb340224251f1f8e">TruncatedLorentzianParametersTest.cpp</a>, <a class="el" href="_ordered_pair_test_8cpp.html#aab34259fc44d1039fb340224251f1f8e">OrderedPairTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testErrorFunction()&#160;:&#160;<a class="el" href="_parametrized_function_test_8cpp.html#aa24c9e6c4a654965a19c3f3e215b1873">ParametrizedFunctionTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testErrorLorentzian()&#160;:&#160;<a class="el" href="_parametrized_function_test_8cpp.html#a94779d85e479063b87fc5b92490b279c">ParametrizedFunctionTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testETDMassFilterData&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___peak_filter_test_8cpp.html#a6de6cd0c5061246a2f7bbabfa316539b">SpectrumList_PeakFilterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testETDMassFilterDataSize&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___peak_filter_test_8cpp.html#a276338acd98da5ff50d06e557bbcd959">SpectrumList_PeakFilterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testEven()&#160;:&#160;<a class="el" href="_chromatogram_list___filter_test_8cpp.html#a378f450c69da4b2d5081711cd54c831e">ChromatogramList_FilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp.html#a416590b701a04c5f4ae2357b02120961">SpectrumList_FilterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testEvenMS2()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp.html#a3d9e2f2245a525da38f3975b6878244e">SpectrumList_FilterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testEvidence()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#adce68aefa1fe2042b1f9fa19e82540f7">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testEvidence()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#adce68aefa1fe2042b1f9fa19e82540f7">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testExactFit()&#160;:&#160;<a class="el" href="_parabola_test_8cpp.html#a2effbdb15ad1bbff8168d4af0ec5bc31">ParabolaTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testExactFitQR()&#160;:&#160;<a class="el" href="_linear_least_squares_test_8cpp.html#a999ee78da54bc1bc49f49c0bd6c717bf">LinearLeastSquaresTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testExpandPathmask()&#160;:&#160;<a class="el" href="_filesystem_test_8cpp.html#a5f0d44f8e4efef66b5a5e6fe86a84da9">FilesystemTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testExtraction()&#160;:&#160;<a class="el" href="_ordered_pair_test_8cpp.html#a129231d0e9fbe389770c4e2a9c1ed76d">OrderedPairTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testFeature()&#160;:&#160;<a class="el" href="_peak_data_test_8cpp.html#ac94ad20b11858ecf19928996722e1f33">PeakDataTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testFeatureAux()&#160;:&#160;<a class="el" href="_peak_data_test_8cpp.html#a158c8e8b3e55912eeb9e468f24b1b13a">PeakDataTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testFeatureDetectorSimple()&#160;:&#160;<a class="el" href="_feature_detector_simple_test_8cpp.html#a91a0771557ccd329c16f067dc9d18e0d">FeatureDetectorSimpleTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testFeatureField()&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_z_r_t_field_test_8cpp.html#a1eafb47431eac05a1e715a0492b402ed">MZRTFieldTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testFile()&#160;:&#160;<a class="el" href="_s_h_a1_calculator_test_8cpp.html#a3e0fbd3478fcaf3413612a0348810267">SHA1CalculatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_s_h_a1__ostream__test_8cpp.html#a3e0fbd3478fcaf3413612a0348810267">SHA1_ostream_test.cpp</a>, <a class="el" href="_extended_read_test_8cpp.html#ad739ac61f1c4f1ea0f7bf8ff00051de9">ExtendedReadTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testFileContent()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a965da1fd1a337ab2bfd8dac4a538ae40">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testFileDescription()&#160;:&#160;<a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a897e59dfb7b212af08f72e33ccce434d">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#a897e59dfb7b212af08f72e33ccce434d">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a897e59dfb7b212af08f72e33ccce434d">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testFileContent()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a965da1fd1a337ab2bfd8dac4a538ae40">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testFileDescription()&#160;:&#160;<a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a897e59dfb7b212af08f72e33ccce434d">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#a897e59dfb7b212af08f72e33ccce434d">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a897e59dfb7b212af08f72e33ccce434d">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testFilename()&#160;:&#160;<a class="el" href="_peptide_i_d__pep_x_m_l_test_8cpp.html#a9390a49a7d7ba84314d592ecf22edb91">PeptideID_pepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testFileReads()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp.html#a003f14568b1f6f8b09f1dcefb1d97157">SpectrumListCacheTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testFilter()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a7f97458e5b4895d7e9bebd8ca3363d73">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a7f97458e5b4895d7e9bebd8ca3363d73">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testFilter()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a7f97458e5b4895d7e9bebd8ca3363d73">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a7f97458e5b4895d7e9bebd8ca3363d73">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testFind()&#160;:&#160;<a class="el" href="_digestion_test_8cpp.html#a35c1c67fc7236f65640f3d01631402e4">DigestionTest.cpp</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a35c1c67fc7236f65640f3d01631402e4">FrequencyDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_z_r_t_field_test_8cpp.html#a35c1c67fc7236f65640f3d01631402e4">MZRTFieldTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_detector_naive_test_8cpp.html#a35c1c67fc7236f65640f3d01631402e4">PeakDetectorNaiveTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_detector_matched_filter_test_8cpp.html#af9acdcc7a51c9ac65cdc339ee09fab31">PeakDetectorMatchedFilterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testFit()&#160;:&#160;<a class="el" href="_magnitude_lorentzian_test_8cpp.html#ab0e24ea87bcb3c6a3c52afde07cb83a4">MagnitudeLorentzianTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testFloating()&#160;:&#160;<a class="el" href="diff__std__test_8cpp.html#a5d4492aebcc89be9927427f28a28e86f">diff_std_test.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testForEach()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_iterator_test_8cpp.html#a372b2c3bb6ad8d4d10be6677f7334c43">SpectrumIteratorTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testFormula()&#160;:&#160;<a class="el" href="_chemistry_test_8cpp.html#a35fa783a4692b735e54914b8d09696f9">ChemistryTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testFormulaData&#160;:&#160;<a class="el" href="_chemistry_test_8cpp.html#a943df4ebb36d7002a5bfa1ff2c5523b6">ChemistryTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testFormulaDataSize&#160;:&#160;<a class="el" href="_chemistry_test_8cpp.html#a53670495f791f00dc0ce15f8f861927b">ChemistryTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testFormulaOperations()&#160;:&#160;<a class="el" href="_chemistry_test_8cpp.html#a115e7e2c9acf15e6c0a276fe3ede8168">ChemistryTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testFragmentArray()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ab50e6dd44ba1f634a222d2212e169b10">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ab50e6dd44ba1f634a222d2212e169b10">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testFragmentArray()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ab50e6dd44ba1f634a222d2212e169b10">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ab50e6dd44ba1f634a222d2212e169b10">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testFragmentations&#160;:&#160;<a class="el" href="_peptide_test_8cpp.html#a505d5b710d48efa7dd4f9cf910d6a145">PeptideTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testFragmentationsSize&#160;:&#160;<a class="el" href="_peptide_test_8cpp.html#a81a0a9233565479088c71dec4443f0a2">PeptideTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testGaussian_Bombesin2()&#160;:&#160;<a class="el" href="_feature_modeler_test_8cpp.html#a3b5df08c7e169a44828482e876f969db">FeatureModelerTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testGaussian_Bombesin3()&#160;:&#160;<a class="el" href="_feature_modeler_test_8cpp.html#ac8e4c3931588ab06ee36fa0f9803f3a6">FeatureModelerTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testGet()&#160;:&#160;<a class="el" href="identdata_2_reader_test_8cpp.html#ae34f7c6c5570c6e570b2b69d74fba402">ReaderTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testHasBinaryData()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp.html#a1adce810283975eecb4a6ea4530fda71">SpectrumList_FilterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testIdentData()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#abe75c27046fcc441152c7dc3daf1d0c3">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#abe75c27046fcc441152c7dc3daf1d0c3">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testIdentifiable()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a2153c606a301fd07983221e5fedc04df">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a2153c606a301fd07983221e5fedc04df">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testIdentData()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#abe75c27046fcc441152c7dc3daf1d0c3">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#abe75c27046fcc441152c7dc3daf1d0c3">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testIdentifiable()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a2153c606a301fd07983221e5fedc04df">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a2153c606a301fd07983221e5fedc04df">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testIdentifiableParamContainer()&#160;:&#160;<a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a9fe6843ec2a73fc8efe9823673d48b46">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testIdentifyFileFormat()&#160;:&#160;<a class="el" href="msdata_2_reader_test_8cpp.html#a7d86e4df9f6e8497f4a8904d799af919">ReaderTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testIDParsing()&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_s_data_test_8cpp.html#a8c66b2596607f1b3aff5f145452defef">MSDataTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testIdSet()&#160;:&#160;<a class="el" href="_protein_list___filter_test_8cpp.html#a68e8d24f56981cf6340486c47b8b9c68">ProteinList_FilterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testIDTranslation()&#160;:&#160;<a class="el" href="cvtest_8cpp.html#a1bb9f0b68c4131f159ed9ce7f9b22956">cvtest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testIndexSet()&#160;:&#160;<a class="el" href="_chromatogram_list___filter_test_8cpp.html#a015eff1e9c4b522bb165053645863ac3">ChromatogramList_FilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list___filter_test_8cpp.html#a109c7a8638d7693329b8e840843b120e">ProteinList_FilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp.html#af2ad66a60dc1f32fdf9656d789b06519">SpectrumList_FilterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testInfo()&#160;:&#160;<a class="el" href="_chemistry_test_8cpp.html#a6421f66c09c4b11bfb3e9e3ff251b01e">ChemistryTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testInputs()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a232e9008913cc7b8e56fbdefc99d1d93">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a232e9008913cc7b8e56fbdefc99d1d93">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testInputs()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a232e9008913cc7b8e56fbdefc99d1d93">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a232e9008913cc7b8e56fbdefc99d1d93">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testInstantiation()&#160;:&#160;<a class="el" href="_integer_set_test_8cpp.html#ac76cbc8e3c6a6fab225b5f8194e98f6d">IntegerSetTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testInstantiationWithNull()&#160;:&#160;<a class="el" href="_isotope_envelope_estimator_test_8cpp.html#ae82f1b94321726941b47959e129c1500">IsotopeEnvelopeEstimatorTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testInstrument()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#af8cc70875e3a5671a4bfced595b4d636">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testInstrumentConfiguration()&#160;:&#160;<a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a954c31818eeef019731db39968bf80ad">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a954c31818eeef019731db39968bf80ad">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#a954c31818eeef019731db39968bf80ad">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp.html#a954c31818eeef019731db39968bf80ad">LegacyAdapterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testInstrument()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#af8cc70875e3a5671a4bfced595b4d636">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testInstrumentConfiguration()&#160;:&#160;<a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a954c31818eeef019731db39968bf80ad">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a954c31818eeef019731db39968bf80ad">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#a954c31818eeef019731db39968bf80ad">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp.html#a954c31818eeef019731db39968bf80ad">LegacyAdapterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testIntegerSet()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_iterator_test_8cpp.html#a447bed3ebd42ac8608595eccd684907e">SpectrumIteratorTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testIntegral()&#160;:&#160;<a class="el" href="diff__std__test_8cpp.html#a5d9ca2cefa5ac5061d8544eb56692e50">diff_std_test.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testIntegralReally()&#160;:&#160;<a class="el" href="diff__std__test_8cpp.html#aa931e61230123d6fe70e5e7d4aed5127">diff_std_test.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testIntensityThresholding()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___peak_filter_test_8cpp.html#a65cecae90d98399293c1f931b8e4f58e">SpectrumList_PeakFilterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testIntervalExtraction()&#160;:&#160;<a class="el" href="_integer_set_test_8cpp.html#a909c8130129d30056fd69c3f13a56da8">IntegerSetTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testIntervalExtraction2()&#160;:&#160;<a class="el" href="_integer_set_test_8cpp.html#afb41fe571b6336f0754bf0d7f5bea51b">IntegerSetTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testIntExtraction()&#160;:&#160;<a class="el" href="_integer_set_test_8cpp.html#a93835196e9ce90dd26169f64d4469202">IntegerSetTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testInvarianceUnderProteinProphet()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#a094c0224785095451a8a0f5a74dde216">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testIO()&#160;:&#160;<a class="el" href="_truncated_lorentzian_parameters_test_8cpp.html#a1d85bfd9975a9d7d444726b176d747d7">TruncatedLorentzianParametersTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_z_tolerance_test_8cpp.html#a1d85bfd9975a9d7d444726b176d747d7">MZToleranceTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testIonisation()&#160;:&#160;<a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp.html#a7d29ba64f89313bcd4d5ffa71f4b9905">LegacyAdapterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testIonType()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a9dbec95392ecb039dfef2d6eb5b8f41c">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a9dbec95392ecb039dfef2d6eb5b8f41c">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testIonType()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a9dbec95392ecb039dfef2d6eb5b8f41c">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a9dbec95392ecb039dfef2d6eb5b8f41c">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testIs()&#160;:&#160;<a class="el" href="_param_types_test_8cpp.html#ac90499dc44812f90e142c84891f3e2ca">ParamTypesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testIsA()&#160;:&#160;<a class="el" href="cvtest_8cpp.html#aa84ca82e4ceff1f2d3c79eef5bb2f699">cvtest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testIsChildOf()&#160;:&#160;<a class="el" href="_param_types_test_8cpp.html#a8728c46cbcddd346fabe5164165541a9">ParamTypesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testIsolationWindowFilter()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___peak_filter_test_8cpp.html#a8d76e7c81a9f074f12b520924e73820a">SpectrumList_PeakFilterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testIStream()&#160;:&#160;<a class="el" href="_peptide_i_d__flat_test_8cpp.html#abaea371fa47c59203d4c258c5ab20d73">PeptideID_flatTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peptide_i_d__pep_x_m_l_test_8cpp.html#abaea371fa47c59203d4c258c5ab20d73">PeptideID_pepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testIsWithinTolerance()&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_z_tolerance_test_8cpp.html#a117aff85832a8a8c086285d8646092c8">MZToleranceTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testIteratorEquality()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_iterator_test_8cpp.html#a166d7cd318b350c17ac722b9979b62d4">SpectrumIteratorTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testLeastSquares()&#160;:&#160;<a class="el" href="_parabola_test_8cpp.html#ad2430dbe65c671b6804ad9284b804f5c">ParabolaTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testLeastSquaresQR()&#160;:&#160;<a class="el" href="_linear_least_squares_test_8cpp.html#a75e1f058201cc1240e190cdad5d6a4e5">LinearLeastSquaresTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testMassAbundance()&#160;:&#160;<a class="el" href="_chemistry_test_8cpp.html#a08105eacba519335f2514c610eedda06">ChemistryTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testMassAnalyzerFilter()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp.html#a48f51494fa73b30f22bb91489bab3491">SpectrumList_FilterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testMassTable()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#aed63bd7841670a47c4720f86d58275be">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#aed63bd7841670a47c4720f86d58275be">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testMassTable()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#aed63bd7841670a47c4720f86d58275be">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#aed63bd7841670a47c4720f86d58275be">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testMatch()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#a81c41a0bc8bbd4f91fdaf2d975f8e372">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testMatchData()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#a21698665b6670eeea15e58a89b6fa6af">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testMaxPrecisionDiff()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a0d184b132765a1682b7cde7dd6b69251">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testMeasure()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#afc11e34032ac4a576637b9141bd0c91e">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#afc11e34032ac4a576637b9141bd0c91e">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp.html#afc11e34032ac4a576637b9141bd0c91e">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testMaxPrecisionDiff()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a0d184b132765a1682b7cde7dd6b69251">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testMeasure()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#afc11e34032ac4a576637b9141bd0c91e">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#afc11e34032ac4a576637b9141bd0c91e">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp.html#afc11e34032ac4a576637b9141bd0c91e">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testMemoryMRUCache()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp.html#a381172c260fb3d97c395327cc78bbd0b">SpectrumListCacheTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testMetadata()&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_s_data_cache_test_8cpp.html#a8d5a86cbc3f0afa8348203b678cb1ba0">MSDataCacheTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testMetadataFixers&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___metadata_fixer_test_8cpp.html#a932b9d409a8b68b8162cee73c42a1934">SpectrumList_MetadataFixerTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testMetadataFixersSize&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___metadata_fixer_test_8cpp.html#ab4b7a847c8431dfb9c9f00206403dabe">SpectrumList_MetadataFixerTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testMGF&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___m_g_f___test_8cpp.html#a16175d46e34fc5348fe3d72271317e47">SpectrumList_MGF_Test.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testMillion()&#160;:&#160;<a class="el" href="_s_h_a1_calculator_test_8cpp.html#ab99fc5a8386018138e2679a962ee8ca7">SHA1CalculatorTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testModAminoAcidMass()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#a6d4795acc6c6c31ccb178466e1995120">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testModeBinaryDataOnly()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp.html#a41de17d881393f0839b4a8d298db7765">SpectrumListCacheTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testModelAndManufacturer()&#160;:&#160;<a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp.html#a51c7de579555303b0ca0d18e28ff44c8">LegacyAdapterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testModeMetaDataAndBinaryData()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp.html#a224e3fd93cf9c88740e06c83b31ac6b7">SpectrumListCacheTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testModeMetaDataAndSequence()&#160;:&#160;<a class="el" href="_protein_list_cache_test_8cpp.html#aec48a8b6a0a651fd1b5d44f4769984ac">ProteinListCacheTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testModeMetaDataOnly()&#160;:&#160;<a class="el" href="_protein_list_cache_test_8cpp.html#ab53219ad1242867e73c4c060e97eba5d">ProteinListCacheTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp.html#ab53219ad1242867e73c4c060e97eba5d">SpectrumListCacheTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testModeOff()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp.html#ab579eb787255ebcd8a45fa7e8ceb9890">SpectrumListCacheTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list_cache_test_8cpp.html#ab579eb787255ebcd8a45fa7e8ceb9890">ProteinListCacheTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testModification()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac9226767d3a411f0d01a96044beec92e">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ac9226767d3a411f0d01a96044beec92e">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#ac9226767d3a411f0d01a96044beec92e">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testModification()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac9226767d3a411f0d01a96044beec92e">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ac9226767d3a411f0d01a96044beec92e">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#ac9226767d3a411f0d01a96044beec92e">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testModificationInfo()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#a5cf82e9277ff8d6f41c203eecadfb86c">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testModifications&#160;:&#160;<a class="el" href="_peptide_test_8cpp.html#ac315cf3a45fdb61124641b354b43b9d5">PeptideTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testModificationsSize&#160;:&#160;<a class="el" href="_peptide_test_8cpp.html#ad865883df6f68fd17a4c5e2bf54ad2e0">PeptideTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testModifiedPeptides&#160;:&#160;<a class="el" href="_peptide_test_8cpp.html#aaff9bcb9ff2aabfc2ef12ad9cd2faf9a">PeptideTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testModifiedPeptidesSize&#160;:&#160;<a class="el" href="_peptide_test_8cpp.html#ae4f6c638551639a90d21be0a953f7a5e">PeptideTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testMRU()&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_s_data_cache_test_8cpp.html#a9639cf743e8a307e632810367bfd6d65">MSDataCacheTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testMS1&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___m_sn___test_8cpp.html#a5e9f931b5f6aa35737d954d1fd9074ec">SpectrumList_MSn_Test.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testMS2&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___m_sn___test_8cpp.html#ad6cdf243695839a47a11c38b7a9b1e3e">SpectrumList_MSn_Test.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testMS2_v3&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___m_sn___test_8cpp.html#a64146200ce46518ff66ff25dff99cdd8">SpectrumList_MSn_Test.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testMS2Activation()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp.html#ac75d5326c9ebc0520179bf5587d0998a">SpectrumList_FilterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>TestMS2DenoiseArr&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___peak_filter_test_8cpp.html#ae24971e3a365d0dbd25f649bacf6adfb">SpectrumList_PeakFilterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testMS2DenoiseSize&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___peak_filter_test_8cpp.html#a621942e1945f2b6e0b50e73e78bb3a0a">SpectrumList_PeakFilterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testMS2Denoising()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___peak_filter_test_8cpp.html#a41c4b769c7d328e51f07963398641cc3">SpectrumList_PeakFilterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testMSData()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#af99a41d330719ceb0646b801fdcf82d3">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#af99a41d330719ceb0646b801fdcf82d3">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#af99a41d330719ceb0646b801fdcf82d3">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testMSData()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#af99a41d330719ceb0646b801fdcf82d3">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#af99a41d330719ceb0646b801fdcf82d3">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#af99a41d330719ceb0646b801fdcf82d3">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testMSDataConstruction()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_iterator_test_8cpp.html#a48c55a3244986adaa557f2a6e35e3f3e">SpectrumIteratorTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testMSDiffUpdate()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a82de181333f8c177916cb81b48c7f3f2">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testMSDiffUpdate()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a82de181333f8c177916cb81b48c7f3f2">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testMSIHandler()&#160;:&#160;<a class="el" href="_tab_reader_test_8cpp.html#a4c888639a99fe246c896fb7b6cfdfd91">TabReaderTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testMSInspectIStream()&#160;:&#160;<a class="el" href="_peptide_i_d__flat_test_8cpp.html#a8c6a8c29045469f720e9de07eefba130">PeptideID_flatTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testMSLevelSet()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp.html#a15e2dedb164952555427702f29401dea">SpectrumList_FilterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testMSMSPipelineAnalysis()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#ab8797858c583c77cd003d94b59afd30c">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testMSMSRunSummary()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#a6434c0e0063d3f8cfe897e2977e6cfcc">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testMSXOnly()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___demux_test_8cpp.html#a502f5c60bdc6045037936a943847a184">SpectrumList_DemuxTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testMulti()&#160;:&#160;<a class="el" href="_feature_modeler_test_8cpp.html#a2a25ff6d4c957bd32620326837095503">FeatureModelerTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ @@ -314,15 +314,15 @@
│ │ │ │  <li>testNormalization()&#160;:&#160;<a class="el" href="_isotope_calculator_test_8cpp.html#a1ddf4e7a81b448428bc5fc5eb13cbf20">IsotopeCalculatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_x_m_l_writer_test_8cpp.html#a24431f7ddbae1379cc8286a56fddc28b">XMLWriterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testObject()&#160;:&#160;<a class="el" href="tradata_2_i_o_test_8cpp.html#a78452c3c210007692144628342abad8c">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testObject_ChromatogramList()&#160;:&#160;<a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a8c0ce860267368895d708b62848401a5">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testObject_SpectrumList()&#160;:&#160;<a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a0bab1d67ccecb6fbf4e2153460a882b0">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testObjectWithMSData()&#160;:&#160;<a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a600e7f818ee800c977e2460fb42f8509">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testOperators&#160;:&#160;<a class="el" href="_peptide_test_8cpp.html#a3a2aa905b16179ff595bd5e6ce52b052">PeptideTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testOperatorsSize&#160;:&#160;<a class="el" href="_peptide_test_8cpp.html#a72bf15a4268047d5811420941cae333a">PeptideTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testOrganization()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a38e05f33d61d1b49604eee2d1c45c75e">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a38e05f33d61d1b49604eee2d1c45c75e">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testOrganization()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a38e05f33d61d1b49604eee2d1c45c75e">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a38e05f33d61d1b49604eee2d1c45c75e">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testOtherRelations()&#160;:&#160;<a class="el" href="cvtest_8cpp.html#aa35dcf9aa9c99133c1eb4813b564709e">cvtest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testOverlapOnly()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___demux_test_8cpp.html#ad9b5107b462b3c8f29f7fa1244fdcc03">SpectrumList_DemuxTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testPairCount_&#160;:&#160;<a class="el" href="_base64_test_8cpp.html#aee3ab040cc36374cd9b952a54107927a">Base64Test.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testPairs_&#160;:&#160;<a class="el" href="_base64_test_8cpp.html#af680072aed31eab5d9b2dacd32f8b450">Base64Test.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testParabola()&#160;:&#160;<a class="el" href="_peak_fitter_test_8cpp.html#aeea8a8b2088a79183f95a44640b69bf0">PeakFitterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testParamContainer()&#160;:&#160;<a class="el" href="_param_types_test_8cpp.html#a1e123c99191b0ff9cd8cf43dd6f59b22">ParamTypesTest.cpp</a>, <a class="el" href="_tra_data_test_8cpp.html#a1e123c99191b0ff9cd8cf43dd6f59b22">TraDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#a1e123c99191b0ff9cd8cf43dd6f59b22">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="diff__std__test_8cpp.html#a1e123c99191b0ff9cd8cf43dd6f59b22">diff_std_test.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testParameterConversion()&#160;:&#160;<a class="el" href="_truncated_lorentzian_parameters_test_8cpp.html#a17deb163d92950b7fb7cb46399992422">TruncatedLorentzianParametersTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ @@ -337,134 +337,134 @@
│ │ │ │  <li>testPeakData()&#160;:&#160;<a class="el" href="_peak_data_test_8cpp.html#a37b9015b6dca309aadf3daca35e03f5c">PeakDataTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testPeakel()&#160;:&#160;<a class="el" href="_peak_data_test_8cpp.html#ab56cdaddd43eff8e98683f52594e855a">PeakDataTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testPeakelAux()&#160;:&#160;<a class="el" href="_peak_data_test_8cpp.html#aa61eb4781ea07a9e4116ae9f84b9138c">PeakDataTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testPeakelConstruction()&#160;:&#160;<a class="el" href="_peak_data_test_8cpp.html#a69f3d8022cc1512b1e840cfb62e65b1a">PeakDataTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testPeakelField()&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_z_r_t_field_test_8cpp.html#aa37638ed62274ceccde04a79efdad5d9">MZRTFieldTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testPeakEquality()&#160;:&#160;<a class="el" href="_peak_data_test_8cpp.html#a82d06a456ae47888f4205c919cd46592">PeakDataTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testPeakFamily()&#160;:&#160;<a class="el" href="_peak_data_test_8cpp.html#aa509b09dff9c00311fd97443e5d91db7">PeakDataTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testPeptide()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a623cc8cd52944c2b6f7fbac548bf562e">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a623cc8cd52944c2b6f7fbac548bf562e">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a623cc8cd52944c2b6f7fbac548bf562e">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testPeptideEvidence()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#aeb4c6559d6453202c41b7bdd0c0e417c">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#aeb4c6559d6453202c41b7bdd0c0e417c">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testPeptideHypothesis()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a8d7f53201e88e1fe071641592ac6e946">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a2ec588e4ba308ce346fde6bc6b510cd5">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testPeptide()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a623cc8cd52944c2b6f7fbac548bf562e">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a623cc8cd52944c2b6f7fbac548bf562e">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a623cc8cd52944c2b6f7fbac548bf562e">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testPeptideEvidence()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#aeb4c6559d6453202c41b7bdd0c0e417c">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#aeb4c6559d6453202c41b7bdd0c0e417c">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testPeptideHypothesis()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a8d7f53201e88e1fe071641592ac6e946">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a2ec588e4ba308ce346fde6bc6b510cd5">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testPeptideProphetResult()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#a4457f102f4b6c4ff4eb4f503f3c27c04">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testPeptides&#160;:&#160;<a class="el" href="_peptide_test_8cpp.html#ab1cfd81dc28ceec4a8005c92350d75b6">PeptideTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testPeptidesSize&#160;:&#160;<a class="el" href="_peptide_test_8cpp.html#a70ae951465632d6d3e0d306fac6689d9">PeptideTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testPepXMLSpecificity()&#160;:&#160;<a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp.html#a0573332b85edad1274648a2459a5b058">Serializer_pepXML_Test.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testPerson()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a4dca0cb8d67aa365a994307f552fe4f3">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a4dca0cb8d67aa365a994307f552fe4f3">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testPerson()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a4dca0cb8d67aa365a994307f552fe4f3">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a4dca0cb8d67aa365a994307f552fe4f3">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testPolysiloxane()&#160;:&#160;<a class="el" href="_chemistry_test_8cpp.html#a0bcaf2819ff3b87ec1f11787720f5d91">ChemistryTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testPPM()&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_z_tolerance_test_8cpp.html#a0e0bb98af1b7fa706ee2e3df7c17bfdb">MZToleranceTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testPrecursor()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a52ec78cb2cb2e5d24313827dd9f7a2ff">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#a52ec78cb2cb2e5d24313827dd9f7a2ff">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a52ec78cb2cb2e5d24313827dd9f7a2ff">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testPrecursor()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a52ec78cb2cb2e5d24313827dd9f7a2ff">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#a52ec78cb2cb2e5d24313827dd9f7a2ff">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a52ec78cb2cb2e5d24313827dd9f7a2ff">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testPrecursorMassRemoval()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___peak_filter_test_8cpp.html#a451bf423ddb9b0842fba34aece1c91eb">SpectrumList_PeakFilterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testPrecursorRefine()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp.html#a46138eace8fc54e1a321258ce9e04fa0">SpectrumList_PrecursorRefineTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testPredicate()&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_z_r_t_field_test_8cpp.html#a3778d04b553b0f57237362b8c2f3f041">MZRTFieldTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testPredicate_Feature()&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_z_r_t_field_test_8cpp.html#a0992231d1a8b1e64698d036e15a6e88b">MZRTFieldTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testPrediction()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a8fcd627e143f9a8e2ebc10fda3c34d11">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testPrediction()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a8fcd627e143f9a8e2ebc10fda3c34d11">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testProbabilites()&#160;:&#160;<a class="el" href="_isotope_calculator_test_8cpp.html#a4fafdba979598ed5b4d9f1e973f5dc12">IsotopeCalculatorTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testProcessingMethod()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a4999623827ea7b13aaf5ab0d0878a6b2">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a4999623827ea7b13aaf5ab0d0878a6b2">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testProduct()&#160;:&#160;<a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#a5ad6c4f924813fb1fb33074c2a94d17b">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a5ad6c4f924813fb1fb33074c2a94d17b">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a5ad6c4f924813fb1fb33074c2a94d17b">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testProcessingMethod()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a4999623827ea7b13aaf5ab0d0878a6b2">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a4999623827ea7b13aaf5ab0d0878a6b2">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testProduct()&#160;:&#160;<a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#a5ad6c4f924813fb1fb33074c2a94d17b">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a5ad6c4f924813fb1fb33074c2a94d17b">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a5ad6c4f924813fb1fb33074c2a94d17b">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testProjected()&#160;:&#160;<a class="el" href="_s_h_a1_calculator_test_8cpp.html#ae23c8056020144611e8f3cb29355a3e7">SHA1CalculatorTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testPropertyValues()&#160;:&#160;<a class="el" href="cvtest_8cpp.html#a0dbd3151a7e7213a5777c0aaeb9167bf">cvtest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testProtein()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a08c5ee7ae80e203806186b18ee655d3e">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testProteinAmbiguityGroup()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ae5acbcf72aa432c7d07139f711b3a21f">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ae5acbcf72aa432c7d07139f711b3a21f">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testProteinDetection()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#aede96c2df74a69f17bd370bab7e26133">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#aede96c2df74a69f17bd370bab7e26133">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testProteinDetectionHypothesis()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a467cc13e2a2464cd21c797a30fc59ffe">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a467cc13e2a2464cd21c797a30fc59ffe">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testProteinDetectionList()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a4d4929b1aa5964438db41e09ea0fe81d">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a4d4929b1aa5964438db41e09ea0fe81d">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testProteinDetectionProtocol()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a76ffc67dc801a37bb7e553a117777279">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a76ffc67dc801a37bb7e553a117777279">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testProteinList()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2proteome_2difftest_8cpp.html#a5649fb5790f866235338321a039db925">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testProtein()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a08c5ee7ae80e203806186b18ee655d3e">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testProteinAmbiguityGroup()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ae5acbcf72aa432c7d07139f711b3a21f">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ae5acbcf72aa432c7d07139f711b3a21f">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testProteinDetection()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#aede96c2df74a69f17bd370bab7e26133">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#aede96c2df74a69f17bd370bab7e26133">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testProteinDetectionHypothesis()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a467cc13e2a2464cd21c797a30fc59ffe">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a467cc13e2a2464cd21c797a30fc59ffe">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testProteinDetectionList()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a4d4929b1aa5964438db41e09ea0fe81d">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a4d4929b1aa5964438db41e09ea0fe81d">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testProteinDetectionProtocol()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a76ffc67dc801a37bb7e553a117777279">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a76ffc67dc801a37bb7e553a117777279">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testProteinList()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp.html#a5649fb5790f866235338321a039db925">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testProteinListSimple()&#160;:&#160;<a class="el" href="_proteome_data_test_8cpp.html#abe15f95a0828b967943e973163632770">ProteomeDataTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testProteomeData()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2proteome_2difftest_8cpp.html#af617aca9c1682ff907b18eabfcc93971">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testProvider()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac246ea17edb605f1d365f9fcbe94048e">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ac246ea17edb605f1d365f9fcbe94048e">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testProteomeData()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp.html#af617aca9c1682ff907b18eabfcc93971">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testProvider()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac246ea17edb605f1d365f9fcbe94048e">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ac246ea17edb605f1d365f9fcbe94048e">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testQ3RatioResult()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#ad73f18ace217e9225df4bb15e6fda074">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testQR()&#160;:&#160;<a class="el" href="qr_test_8cpp.html#a125439b2e3aed8a889969d39c5178c5d">qrTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testRead()&#160;:&#160;<a class="el" href="msdata_2_reader_test_8cpp.html#a4bf30f6727eef7da514cee042c492959">ReaderTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testReader()&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp.html#ac6cf2a48fe0d6d8ea3c83a0e8bc296f4">MSDataFileTest.cpp</a>, <a class="el" href="_proteome_data_file_test_8cpp.html#ac6cf2a48fe0d6d8ea3c83a0e8bc296f4">ProteomeDataFileTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testRealDatabase()&#160;:&#160;<a class="el" href="_i_p_i_f_a_s_t_a_database_test_8cpp.html#ae266bd99a9ca06946418daf3eec98ad6">IPIFASTADatabaseTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testRectangularQR()&#160;:&#160;<a class="el" href="qr_test_8cpp.html#ac3edbe65294133f01e06beff5c8cd1c3">qrTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testReflector()&#160;:&#160;<a class="el" href="qr_test_8cpp.html#aaa5ef0610d6bdd4bb429b57b6e238558">qrTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testRegexCVMap()&#160;:&#160;<a class="el" href="_kw_c_v_map_test_8cpp.html#a662f3458cf99fd77526beb58a0cfcef0">KwCVMapTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testRegexCVMapIO()&#160;:&#160;<a class="el" href="_kw_c_v_map_test_8cpp.html#ad6b4328ae409de321b2e7b26ac807e96">KwCVMapTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testRemove()&#160;:&#160;<a class="el" href="_iteration_listener_test_8cpp.html#a888e4c43255cc157f5bb1234cfcd05c5">IterationListenerTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testResidue()&#160;:&#160;<a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ae9ce672245ebef8027ddbb91c8a0380b">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ae9ce672245ebef8027ddbb91c8a0380b">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testRetentionTime()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a7232f510d8ce5cebab6309d77af725e6">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testResidue()&#160;:&#160;<a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ae9ce672245ebef8027ddbb91c8a0380b">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ae9ce672245ebef8027ddbb91c8a0380b">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testRetentionTime()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a7232f510d8ce5cebab6309d77af725e6">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testReversedList()&#160;:&#160;<a class="el" href="_protein_list___decoy_generator_test_8cpp.html#afc51b3f97b81a40805f7e7d9a35a45c6">ProteinList_DecoyGeneratorTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testRootElement()&#160;:&#160;<a class="el" href="_s_a_x_parser_test_8cpp.html#a02663232f635d35ec38b6c3eb0b00c39">SAXParserTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testRun()&#160;:&#160;<a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a65ed223c6c0c23c27e8083eeb22036c4">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a65ed223c6c0c23c27e8083eeb22036c4">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#a65ed223c6c0c23c27e8083eeb22036c4">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testSample()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a286231885b4fd779bb9737e6e680942b">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a286231885b4fd779bb9737e6e680942b">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a286231885b4fd779bb9737e6e680942b">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a286231885b4fd779bb9737e6e680942b">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testSampleComponent()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a19820c4d84301e679214164b1dfcdd68">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testRun()&#160;:&#160;<a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a65ed223c6c0c23c27e8083eeb22036c4">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a65ed223c6c0c23c27e8083eeb22036c4">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#a65ed223c6c0c23c27e8083eeb22036c4">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testSample()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a286231885b4fd779bb9737e6e680942b">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a286231885b4fd779bb9737e6e680942b">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a286231885b4fd779bb9737e6e680942b">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a286231885b4fd779bb9737e6e680942b">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testSampleComponent()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a19820c4d84301e679214164b1dfcdd68">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSampleEnzyme()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#aba9a502879e7ac353fbf138896fff03a">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSamples()&#160;:&#160;<a class="el" href="_truncated_lorentzian_parameters_test_8cpp.html#a9292e9a9df1e5e406350a60a145c35b3">TruncatedLorentzianParametersTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSaxParserString()&#160;:&#160;<a class="el" href="_s_a_x_parser_test_8cpp.html#a15ca09181d60a13cf7184ff8fbab84f8">SAXParserTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testScan()&#160;:&#160;<a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a82513bbf1fbb217c96f62afcd518e06e">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#a82513bbf1fbb217c96f62afcd518e06e">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a82513bbf1fbb217c96f62afcd518e06e">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_data_test_8cpp.html#a82513bbf1fbb217c96f62afcd518e06e">PeakDataTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testScan()&#160;:&#160;<a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a82513bbf1fbb217c96f62afcd518e06e">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#a82513bbf1fbb217c96f62afcd518e06e">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a82513bbf1fbb217c96f62afcd518e06e">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_data_test_8cpp.html#a82513bbf1fbb217c96f62afcd518e06e">PeakDataTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testScanEventSet()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp.html#a00a6f38bc07b6ca68fd9b6e205f69864">SpectrumList_FilterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testScanList()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#ae8b169a3c25a69542922b6450d97f98a">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#ae8b169a3c25a69542922b6450d97f98a">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#ae8b169a3c25a69542922b6450d97f98a">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testScanList()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#ae8b169a3c25a69542922b6450d97f98a">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#ae8b169a3c25a69542922b6450d97f98a">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#ae8b169a3c25a69542922b6450d97f98a">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testScanNumberSet()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp.html#a3efa0192a56f4aa08709d71b862b1dc1">SpectrumList_FilterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testScanSettings()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a35ca5f579f1daf90213e19b4da7ac079">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a35ca5f579f1daf90213e19b4da7ac079">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#a35ca5f579f1daf90213e19b4da7ac079">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testScanSettings()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a35ca5f579f1daf90213e19b4da7ac079">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a35ca5f579f1daf90213e19b4da7ac079">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#a35ca5f579f1daf90213e19b4da7ac079">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testScanSummerCalculators&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___scan_summer_test_8cpp.html#a32b28ee68b3e70ee976b34723b94cb4c">SpectrumList_ScanSummerTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testScanSummerSize&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___scan_summer_test_8cpp.html#a3bfd550472c4e2bca4fc3cd46c5b4c31">SpectrumList_ScanSummerTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testScanTimeRange()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp.html#aa5bbaaa30cf9b46532e68ecd130c5f5a">SpectrumList_FilterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testSearchDatabase()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a0945b7ca689b1791492e25e4b466d3fd">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a0945b7ca689b1791492e25e4b466d3fd">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#a0945b7ca689b1791492e25e4b466d3fd">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testSearchDatabase()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a0945b7ca689b1791492e25e4b466d3fd">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a0945b7ca689b1791492e25e4b466d3fd">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#a0945b7ca689b1791492e25e4b466d3fd">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSearchHit()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#ada785c70326566b4281e20d7eaeafb1a">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testSearchModification()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a171f8d901fc1b9e3866724cc48c8b89d">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a171f8d901fc1b9e3866724cc48c8b89d">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testSearchModification()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a171f8d901fc1b9e3866724cc48c8b89d">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a171f8d901fc1b9e3866724cc48c8b89d">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSearchResult()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#ad58c229bce8e45d0f89e5309d7cc5c29">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSearchSummary()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#a5df787b6df84486cfe606ff28cb2a3c2">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSelectedIndices()&#160;:&#160;<a class="el" href="_protein_list___filter_test_8cpp.html#aa9742191a81c6cb589cab8f57432a9f1">ProteinList_FilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp.html#af579b06eba7c3f65205ac9e3bd88a1e9">SpectrumList_FilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list___filter_test_8cpp.html#a179605bc17361cc1e39602601babe818">ChromatogramList_FilterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSemitrypticBSA()&#160;:&#160;<a class="el" href="_digestion_test_8cpp.html#ac413fc44cd5ae70de44cc673c98f6353">DigestionTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSemitrypticMethionineClippingBSA()&#160;:&#160;<a class="el" href="_digestion_test_8cpp.html#ae573327b30d2a6c5479d8da55442545b">DigestionTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testSequenceCollection()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ae731f7224e19329771659f839d798f31">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ae731f7224e19329771659f839d798f31">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testSequenceCollection()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ae731f7224e19329771659f839d798f31">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ae731f7224e19329771659f839d798f31">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSerialize()&#160;:&#160;<a class="el" href="_serializer__mzid___test_8cpp.html#a9429e432165e02094dd95ea6ed3294b3">Serializer_mzid_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp.html#a9429e432165e02094dd95ea6ed3294b3">Serializer_pepXML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__prot_x_m_l___test_8cpp.html#aa5852a4ab7a11a57fbf806f308d92493">Serializer_protXML_Test.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSerializeRead()&#160;:&#160;<a class="el" href="_serializer___text___test_8cpp.html#ad1dc9b397c9556ae86a23ea958ae2cfc">Serializer_Text_Test.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSerializeReally()&#160;:&#160;<a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp.html#a216860cbf7b650fe3b705426f60b4313">Serializer_pepXML_Test.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSerializeWrite()&#160;:&#160;<a class="el" href="_serializer___text___test_8cpp.html#a9213daa5e43b550e2f9e21f5c2b15196">Serializer_Text_Test.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSHA1()&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp.html#a16d7c73156dccb84b928c926ce59195d">MSDataFileTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testShift()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#a21da8c568d9b568bbd95c77a63afa0d8">SpectrumList_MZRefinerTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testShuffledList()&#160;:&#160;<a class="el" href="_protein_list___decoy_generator_test_8cpp.html#afc1e7d2432d9265b75904d530fe132ce">ProteinList_DecoyGeneratorTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSieve()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_iterator_test_8cpp.html#ada3dd0554e6644246ce47e9cc2d1f1d7">SpectrumIteratorTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSimpleRectangleQR()&#160;:&#160;<a class="el" href="_linear_least_squares_test_8cpp.html#aca232d79d153dc0dedeb0c78c8768ba5">LinearLeastSquaresTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSnapModifications()&#160;:&#160;<a class="el" href="_ident_data_test_8cpp.html#a2849c02c020c8f4a838ddb5413e59dbc">IdentDataTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testSoftware()&#160;:&#160;<a class="el" href="_peak_data_test_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">PeakDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">LegacyAdapterTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="tradata_2_i_o_test_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testSource()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a62f144c30bc930b9da0b54e4b630d016">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testSourceFile()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testSoftware()&#160;:&#160;<a class="el" href="_peak_data_test_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">PeakDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">LegacyAdapterTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="tradata_2_i_o_test_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testSource()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a62f144c30bc930b9da0b54e4b630d016">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testSourceFile()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSparse()&#160;:&#160;<a class="el" href="_linear_solver_test_8cpp.html#a18e17055d2526edc0a86223f6ba8f882">LinearSolverTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSpecificity()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#a6fe804b72b257929814fe6e190394dc8">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testSpectraData()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a0b517c4af12686550a14595a1d9aa84e">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a0b517c4af12686550a14595a1d9aa84e">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testSpectrum()&#160;:&#160;<a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#aafcd093c0d78a5aca4984053f3631bf8">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#aafcd093c0d78a5aca4984053f3631bf8">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_sn_reader_test_8cpp.html#a1f5e4ee1b5ad0a2282459b3aaecbd620">MSnReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#aafcd093c0d78a5aca4984053f3631bf8">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testSpectrumIdentification()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ae4fae45f0e1a3517129db515bfb5408a">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ae4fae45f0e1a3517129db515bfb5408a">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testSpectrumIdentificationItem()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ad3a822da87ee45d1f8ada2b346767bf9">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ad3a822da87ee45d1f8ada2b346767bf9">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testSpectrumIdentificationList()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#af5e764972216766143d88b9497827f7c">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#af5e764972216766143d88b9497827f7c">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testSpectrumIdentificationProtocol()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a98faa12ab677d5bfbc8ef62a6f25e307">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a98faa12ab677d5bfbc8ef62a6f25e307">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testSpectrumIdentificationResult()&#160;:&#160;<a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a4bba8691b2d28f7aea6b7ac81bbbe7df">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a4bba8691b2d28f7aea6b7ac81bbbe7df">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testSpectrumList()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a671384f46c0640710e586038587f8a2c">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a671384f46c0640710e586038587f8a2c">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testSpectraData()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a0b517c4af12686550a14595a1d9aa84e">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a0b517c4af12686550a14595a1d9aa84e">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testSpectrum()&#160;:&#160;<a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#aafcd093c0d78a5aca4984053f3631bf8">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#aafcd093c0d78a5aca4984053f3631bf8">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_sn_reader_test_8cpp.html#a1f5e4ee1b5ad0a2282459b3aaecbd620">MSnReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#aafcd093c0d78a5aca4984053f3631bf8">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testSpectrumIdentification()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ae4fae45f0e1a3517129db515bfb5408a">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ae4fae45f0e1a3517129db515bfb5408a">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testSpectrumIdentificationItem()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ad3a822da87ee45d1f8ada2b346767bf9">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ad3a822da87ee45d1f8ada2b346767bf9">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testSpectrumIdentificationList()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#af5e764972216766143d88b9497827f7c">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#af5e764972216766143d88b9497827f7c">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testSpectrumIdentificationProtocol()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a98faa12ab677d5bfbc8ef62a6f25e307">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a98faa12ab677d5bfbc8ef62a6f25e307">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testSpectrumIdentificationResult()&#160;:&#160;<a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a4bba8691b2d28f7aea6b7ac81bbbe7df">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a4bba8691b2d28f7aea6b7ac81bbbe7df">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testSpectrumList()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a671384f46c0640710e586038587f8a2c">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a671384f46c0640710e586038587f8a2c">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSpectrumListSimple()&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_s_data_test_8cpp.html#a8a0f808d59ac26344fb208c59c26bbbd">MSDataTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSpectrumListWithPositions()&#160;:&#160;<a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a93d0a6c296135cf799e9a318c0119f8d">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSpectrumListWriteProgress()&#160;:&#160;<a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#aa824aef0fc8df5d12ee4c2252cf48ce1">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSpectrumQuery()&#160;:&#160;<a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#acf5689c5851de096682c4414e0e94062">MinimumPepXMLTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testStatic()&#160;:&#160;<a class="el" href="_s_h_a1_calculator_test_8cpp.html#afcf56cbbcc34427d9dbc282d958f3b48">SHA1CalculatorTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testStream()&#160;:&#160;<a class="el" href="_s_h_a1_calculator_test_8cpp.html#a4d0bf1c5cf1f8aed9b92b50a97396994">SHA1CalculatorTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testString()&#160;:&#160;<a class="el" href="diff__std__test_8cpp.html#a97c563b8549993ccc10e9e1744a168c5">diff_std_test.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testStripChargeFromConventionalSpectrumId()&#160;:&#160;<a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp.html#a834fe9ee949f9d24d3406e8f8e8f7a47">Serializer_pepXML_Test.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testSubstitutionModification()&#160;:&#160;<a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a3d06fd1e7cf4cf703cceed3b95f89772">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a3d06fd1e7cf4cf703cceed3b95f89772">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testSubstitutionModification()&#160;:&#160;<a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#a3d06fd1e7cf4cf703cceed3b95f89772">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a3d06fd1e7cf4cf703cceed3b95f89772">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSulfur()&#160;:&#160;<a class="el" href="_isotope_table_test_8cpp.html#a419b68e4d4fc234fb40e9eb643f3ad1f">IsotopeTableTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testSynonyms()&#160;:&#160;<a class="el" href="cvtest_8cpp.html#a2714d1e1ae9422f8ea236372989e746c">cvtest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testTarget()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#afc2dceda76e251c5414bb035a3e48f3b">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testTarget()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#afc2dceda76e251c5414bb035a3e48f3b">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testThermoFilterFilter()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp.html#a9faefaf98e3fdabdfdb8506766bd6a0e">SpectrumList_FilterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testThreadSafety()&#160;:&#160;<a class="el" href="_binary_index_stream_test_8cpp.html#a3c1a3c3e467e4d6b1f0eed68f40ed09c">BinaryIndexStreamTest.cpp</a>, <a class="el" href="cvtest_8cpp.html#a378fd8f3296defcf967fbfe423c51ef4">cvtest.cpp</a>, <a class="el" href="_amino_acid_test_8cpp.html#a378fd8f3296defcf967fbfe423c51ef4">AminoAcidTest.cpp</a>, <a class="el" href="_digestion_test_8cpp.html#a378fd8f3296defcf967fbfe423c51ef4">DigestionTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peptide_test_8cpp.html#a378fd8f3296defcf967fbfe423c51ef4">PeptideTest.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer___f_a_s_t_a___test_8cpp.html#a378fd8f3296defcf967fbfe423c51ef4">Serializer_FASTA_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_chemistry_test_8cpp.html#a378fd8f3296defcf967fbfe423c51ef4">ChemistryTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testThreadSafetyWorker()&#160;:&#160;<a class="el" href="_digestion_test_8cpp.html#ad1e4803626d3541f768ea057522df312">DigestionTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chemistry_test_8cpp.html#a8aa36561e43e1b4c3a51493183f0bd11">ChemistryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer___f_a_s_t_a___test_8cpp.html#a28e5dec1527a6f9bf2867a6eba1710ad">Serializer_FASTA_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_peptide_test_8cpp.html#a4ecf824db842c33dcbdb0e944da5ff99">PeptideTest.cpp</a>, <a class="el" href="_amino_acid_test_8cpp.html#a4ecf824db842c33dcbdb0e944da5ff99">AminoAcidTest.cpp</a>, <a class="el" href="cvtest_8cpp.html#a4ecf824db842c33dcbdb0e944da5ff99">cvtest.cpp</a>, <a class="el" href="_binary_index_stream_test_8cpp.html#a313174e496e72bd2f53c9a025a8e59cc">BinaryIndexStreamTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testThresholders&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___peak_filter_test_8cpp.html#a3de9df53ba5fa22d009fa96dd015732e">SpectrumList_PeakFilterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testThresholdersSize&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___peak_filter_test_8cpp.html#a84cf01a12ea2ca56530c55f367af9b5f">SpectrumList_PeakFilterTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testTime()&#160;:&#160;<a class="el" href="_iteration_listener_test_8cpp.html#a7bc85bc327625a6982d503787dad9650">IterationListenerTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testToy()&#160;:&#160;<a class="el" href="_peakel_picker_test_8cpp.html#a5e1fc9a80f0eb856ba9725b95cc21888">PeakelPickerTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testToyExample()&#160;:&#160;<a class="el" href="_peakel_grower_test_8cpp.html#ae7394b9c0cdb7e7ad2ee53687fd56b6a">PeakelGrowerTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testTraData()&#160;:&#160;<a class="el" href="tradata_2_references_test_8cpp.html#a91db55ae68790fb8ed0b2efec3b0ab58">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="tradata_2_i_o_test_8cpp.html#a91db55ae68790fb8ed0b2efec3b0ab58">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a91db55ae68790fb8ed0b2efec3b0ab58">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testTransition()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#ad088d50c3455558ccfdd4a38f5c620c3">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="tradata_2_references_test_8cpp.html#ad088d50c3455558ccfdd4a38f5c620c3">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testTraData()&#160;:&#160;<a class="el" href="tradata_2_references_test_8cpp.html#a91db55ae68790fb8ed0b2efec3b0ab58">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="tradata_2_i_o_test_8cpp.html#a91db55ae68790fb8ed0b2efec3b0ab58">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a91db55ae68790fb8ed0b2efec3b0ab58">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testTransition()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#ad088d50c3455558ccfdd4a38f5c620c3">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="tradata_2_references_test_8cpp.html#ad088d50c3455558ccfdd4a38f5c620c3">ReferencesTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testTranslation()&#160;:&#160;<a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp.html#a070d83f210e2a46d481f70815e8ccbdc">Serializer_pepXML_Test.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testTrypticBSA()&#160;:&#160;<a class="el" href="_digestion_test_8cpp.html#a70875969fff05732bec3568cb8ad49ce">DigestionTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testUpdateRequest()&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_s_data_cache_test_8cpp.html#a82936cc92de2a442850ed495cbd3a314">MSDataCacheTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testUpperBound()&#160;:&#160;<a class="el" href="_integer_set_test_8cpp.html#ac010f9a66df3c601b26849dbc0267f0b">IntegerSetTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testUsage()&#160;:&#160;<a class="el" href="_isotope_calculator_test_8cpp.html#adc95fa05a66bad04a5fc0dcaa60e9913">IsotopeCalculatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp.html#af945dae97c2fe91637beccf6a26d8584">SpectrumListFactoryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list_factory_test_8cpp.html#af945dae97c2fe91637beccf6a26d8584">ProteinListFactoryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list_factory_test_8cpp.html#af945dae97c2fe91637beccf6a26d8584">ChromatogramListFactoryTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testUserParam()&#160;:&#160;<a class="el" href="diff__std__test_8cpp.html#a24ab3115c44c78da861de09ff41fcfd0">diff_std_test.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#a24ab3115c44c78da861de09ff41fcfd0">IOTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>testValidation()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a666d0a3a3d20d9a24343059bc56e1d45">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>testValidation()&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a666d0a3a3d20d9a24343059bc56e1d45">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testVectorCustomPair()&#160;:&#160;<a class="el" href="_ordered_pair_test_8cpp.html#a0074a05e3a7d0f6561a161fd1aa05239">OrderedPairTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testVectorDouble()&#160;:&#160;<a class="el" href="_ordered_pair_test_8cpp.html#a97b6f4c60a017c1c5dc4a08f1442f286">OrderedPairTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testVectorIO()&#160;:&#160;<a class="el" href="_kw_c_v_map_test_8cpp.html#a1370f0d5bfcf62c5d0bd0781e1e1b0a7">KwCVMapTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testVectorOrderedPair()&#160;:&#160;<a class="el" href="_ordered_pair_test_8cpp.html#a5d200ffeebe32c3e2ae776edfa79248a">OrderedPairTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testWeightedLeastSquares()&#160;:&#160;<a class="el" href="_parabola_test_8cpp.html#abe83a9cb203d7c11a3cceb56208ef58b">ParabolaTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testWrap()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp.html#a9fe5a8cd74847af9e4ae68faf81d0aa7">SpectrumListFactoryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list_factory_test_8cpp.html#a9fe5a8cd74847af9e4ae68faf81d0aa7">ProteinListFactoryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list_factory_test_8cpp.html#a9fe5a8cd74847af9e4ae68faf81d0aa7">ChromatogramListFactoryTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>testWrapActivation()&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp.html#ad6adbc88fe518c2666be3178cc18d1db">SpectrumListFactoryTest.cpp</a></li>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/globals_u.html
│ │ │ │ @@ -1902,15 +1902,15 @@
│ │ │ │  <li>UO_yocto&#160;:&#160;<a class="el" href="cv_8hpp.html#a8e064bf5ad60efd30a6f9c01d95aee64">cv.hpp</a></li>
│ │ │ │  <li>UO_yotta&#160;:&#160;<a class="el" href="cv_8hpp.html#a89370a340e708cd54a80ef4a64bf9f6d">cv.hpp</a></li>
│ │ │ │  <li>UO_zepto&#160;:&#160;<a class="el" href="cv_8hpp.html#a94c3968975cdd52c4ec3d3b93b41324a">cv.hpp</a></li>
│ │ │ │  <li>UO_zetta&#160;:&#160;<a class="el" href="cv_8hpp.html#a25416655ba3740e52fbb27a53f4e5374">cv.hpp</a></li>
│ │ │ │  <li>UpdateRequest_NoBinary&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_s_data_analyzer_8hpp.html#a1ad6907bb45be3cbf5e7b811494a4d29">MSDataAnalyzer.hpp</a></li>
│ │ │ │  <li>UpdateRequest_None&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_s_data_analyzer_8hpp.html#af174a41ace76a1852dc607ca44daa36d">MSDataAnalyzer.hpp</a></li>
│ │ │ │  <li>UpdateRequest_Ok&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_s_data_analyzer_8hpp.html#a4b3e80c3410435dc86a6349455c4a5c7">MSDataAnalyzer.hpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>userParamName_MaxBinaryDataArrayDifference_&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a9df8d6239f963749300327e3687cdf86">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>userParamName_MaxBinaryDataArrayDifference_&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a9df8d6239f963749300327e3687cdf86">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>Uub&#160;:&#160;<a class="el" href="_chemistry_8hpp.html#a15cf90f18b3321e130eacc52f870a15d">Chemistry.hpp</a></li>
│ │ │ │  <li>Uuh&#160;:&#160;<a class="el" href="_chemistry_8hpp.html#a307cb873dffe768ec3ab3ff13252634c">Chemistry.hpp</a></li>
│ │ │ │  <li>Uun&#160;:&#160;<a class="el" href="_chemistry_8hpp.html#a10ad233fc0e985054ebb387fd524cb38">Chemistry.hpp</a></li>
│ │ │ │  <li>Uuq&#160;:&#160;<a class="el" href="_chemistry_8hpp.html#afb042958684b758a1ca5d7141360d08d">Chemistry.hpp</a></li>
│ │ │ │  <li>Uuu&#160;:&#160;<a class="el" href="_chemistry_8hpp.html#a32e79fd668fdae87f1c8d478c82a7327">Chemistry.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/globals_vars_e.html
│ │ │ │ @@ -38,15 +38,15 @@
│ │ │ │  </script>
│ │ │ │  <div id="main-nav"></div>
│ │ │ │  </div><!-- top -->
│ │ │ │  <div class="contents">
│ │ │ │  &#160;
│ │ │ │  
│ │ │ │  <h3><a id="index_e" name="index_e"></a>- e -</h3><ul>
│ │ │ │ -<li>epsilon&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="_linear_least_squares_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">LinearLeastSquaresTest.cpp</a>, <a class="el" href="qr_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">qrTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>epsilon&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="_linear_least_squares_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">LinearLeastSquaresTest.cpp</a>, <a class="el" href="qr_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">qrTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>epsilon_&#160;:&#160;<a class="el" href="_magnitude_lorentzian_test_8cpp.html#a2dbee5c3528b25493ecded7e22083138">MagnitudeLorentzianTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s_data_cache_test_8cpp.html#a60cbeae1c2dcefc53a8e2822b8ece94c">MSDataCacheTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_info_test_8cpp.html#a60cbeae1c2dcefc53a8e2822b8ece94c">SpectrumInfoTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_z_tolerance_test_8cpp.html#a60cbeae1c2dcefc53a8e2822b8ece94c">MZToleranceTest.cpp</a>, <a class="el" href="erf_test_8cpp.html#a60cbeae1c2dcefc53a8e2822b8ece94c">erfTest.cpp</a>, <a class="el" href="_parabola_test_8cpp.html#a2dbee5c3528b25493ecded7e22083138">ParabolaTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>Er&#160;:&#160;<a class="el" href="_chemistry_8hpp.html#a99eb853d6f1d68d6a09764be56394b13">Chemistry.hpp</a></li>
│ │ │ │  <li>Es&#160;:&#160;<a class="el" href="_chemistry_8hpp.html#af586c2e97c659cc844aaee1d1ac8e6ea">Chemistry.hpp</a></li>
│ │ │ │  <li>Eu&#160;:&#160;<a class="el" href="_chemistry_8hpp.html#a5f879191d3cf336a01b1c8abf3d1e88d">Chemistry.hpp</a></li>
│ │ │ │  <li>EXPECTED_TEST_COUNT&#160;:&#160;<a class="el" href="_spectrum_list___ion_mobility___test_8cpp.html#a6cc6f78c354cc0fd943ea06b261367bb">SpectrumList_IonMobility_Test.cpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/globals_vars_o.html
│ │ │ │ @@ -41,15 +41,15 @@
│ │ │ │  <div class="contents">
│ │ │ │  &#160;
│ │ │ │  
│ │ │ │  <h3><a id="index_o" name="index_o"></a>- o -</h3><ul>
│ │ │ │  <li>O&#160;:&#160;<a class="el" href="_chemistry_8hpp.html#ae48bf9dad3f5d442f9d14d931be6f43e">Chemistry.hpp</a></li>
│ │ │ │  <li>oboText_&#160;:&#160;<a class="el" href="obotest_8cpp.html#af88d5758cdc4204f736bc07e2177e8e0">obotest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>Os&#160;:&#160;<a class="el" href="_chemistry_8hpp.html#a8153ed41d0fa202555263494e01bcc19">Chemistry.hpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>os_&#160;:&#160;<a class="el" href="msdata_2_reader_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peptide_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PeptideTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer___m_g_f___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Serializer_MGF_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Serializer_MSn_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__mz_m_l___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Serializer_mzML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__mz_x_m_l___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Serializer_mzXML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_info_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumInfoTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_iterator_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumIteratorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_g_f___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_MGF_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_sn___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_MSn_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__mz_m_l___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_mzML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__mz_x_m_l___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_mzXML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumListCacheTest.cpp</a>, <a class="el" href="_amino_acid_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">AminoAcidTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2proteome_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="_digestion_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">DigestionTest.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__mzid___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Serializer_mzid_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_sample_datum_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SampleDatumTest.cpp</a>, <a class="el" href="_i_p_i_f_a_s_t_a_database_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">IPIFASTADatabaseTest.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Serializer_pepXML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__prot_x_m_l___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Serializer_protXML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer___text___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Serializer_Text_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_calibration_parameters_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">CalibrationParametersTest.cpp</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">FrequencyDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">MinimumPepXMLTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_data_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PeakDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_sn_reader_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">MSnReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_binary_data_encoder_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">BinaryDataEncoderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list__mz_m_l___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ChromatogramList_mzML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">LegacyAdapterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">MSDataFileTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s_data_merger_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">MSDataMergerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_binary_data_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">BinaryDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="_matched_filter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">MatchedFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_ordered_pair_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">OrderedPairTest.cpp</a>, <a class="el" href="_parabola_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ParabolaTest.cpp</a>, <a class="el" href="qr_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">qrTest.cpp</a>, <a class="el" href="_stats_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">StatsTest.cpp</a>, <a class="el" href="_s_a_x_parser_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SAXParserTest.cpp</a>, <a class="el" href="_x_m_l_writer_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">XMLWriterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_base64_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Base64Test.cpp</a>, <a class="el" href="_linear_solver_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">LinearSolverTest.cpp</a>, <a class="el" href="_clickwrap_prompter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ClickwrapPrompterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_date_time_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">DateTimeTest.cpp</a>, <a class="el" href="_exception_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ExceptionTest.cpp</a>, <a class="el" href="_integer_set_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">IntegerSetTest.cpp</a>, <a class="el" href="_iteration_listener_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">IterationListenerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_s_h_a1__ostream__test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SHA1_ostream_test.cpp</a>, <a class="el" href="_s_h_a1_calculator_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SHA1CalculatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_tab_reader_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">TabReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_tra_data_file_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">TraDataFileTest.cpp</a>, <a class="el" href="_proteome_data_file_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ProteomeDataFileTest.cpp</a>, <a class="el" href="proteome_2_reader_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer___f_a_s_t_a___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Serializer_FASTA_Test.cpp</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="tradata_2_i_o_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="tradata_2_reader_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="tradata_2_references_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__tra_m_l___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Serializer_traML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list_cache_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ProteinListCacheTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chemistry_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ChemistryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_isotope_calculator_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">IsotopeCalculatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_isotope_envelope_estimator_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">IsotopeEnvelopeEstimatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_isotope_table_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">IsotopeTableTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_z_tolerance_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">MZToleranceTest.cpp</a>, <a class="el" href="erf_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">erfTest.cpp</a>, <a class="el" href="_linear_least_squares_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">LinearLeastSquaresTest.cpp</a>, <a class="el" href="_noise_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">NoiseTest.cpp</a>, <a class="el" href="_truncated_lorentzian_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">TruncatedLorentzianTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s_data_analyzer_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">MSDataAnalyzerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s_data_cache_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">MSDataCacheTest.cpp</a>, <a class="el" href="_feature_detector_peakel_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">FeatureDetectorPeakelTest.cpp</a>, <a class="el" href="_feature_detector_simple_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">FeatureDetectorSimpleTest.cpp</a>, <a class="el" href="_feature_detector_tuning_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">FeatureDetectorTuningTest.cpp</a>, <a class="el" href="_feature_modeler_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">FeatureModelerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_z_r_t_field_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">MZRTFieldTest.cpp</a>, <a class="el" href="_truncated_lorentzian_parameters_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">TruncatedLorentzianParametersTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peakel_grower_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PeakelGrowerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peakel_picker_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PeakelPickerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_extractor_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PeakExtractorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_family_detector_f_t_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PeakFamilyDetectorFTTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_finder_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PeakFinderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_fitter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PeakFitterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peptide_i_d__flat_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PeptideID_flatTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peptide_i_d__pep_x_m_l_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PeptideID_pepXMLTest.cpp</a>, <a class="el" href="_whittaker_smoother_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">WhittakerSmootherTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list___filter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ChromatogramList_FilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list___lockmass_refiner_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ChromatogramList_LockmassRefinerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list_factory_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ChromatogramListFactoryTest.cpp</a>, <a class="el" href="chromatogram__processing_2_savitzky_golay_smoother_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SavitzkyGolaySmootherTest.cpp</a>, <a class="el" href="_cwt_peak_detector_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">CwtPeakDetectorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_extra_zero_samples_filter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ExtraZeroSamplesFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_local_maximum_peak_detector_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">LocalMaximumPeakDetectorTest.cpp</a>, <a class="el" href="common_2_savitzky_golay_smoother_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SavitzkyGolaySmootherTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list___decoy_generator_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ProteinList_DecoyGeneratorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_zero_sample_filler_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ZeroSampleFillerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_frequency_estimator_physical_model_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">FrequencyEstimatorPhysicalModelTest.cpp</a>, <a class="el" href="_frequency_estimator_simple_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">FrequencyEstimatorSimpleTest.cpp</a>, <a class="el" href="_magnitude_lorentzian_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">MagnitudeLorentzianTest.cpp</a>, <a class="el" href="_parametrized_function_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ParametrizedFunctionTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_detector_matched_filter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PeakDetectorMatchedFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_detector_naive_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PeakDetectorNaiveTest.cpp</a>, <a class="el" href="obotest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">obotest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___scan_summer_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_ScanSummerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___sorter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_SorterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumListFactoryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_binary_index_stream_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">BinaryIndexStreamTest.cpp</a>, <a class="el" href="cvtest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">cvtest.cpp</a>, <a class="el" href="_c_v_translator_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">CVTranslatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="diff__std__test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">diff_std_test.cpp</a>, <a class="el" href="_memory_index_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">MemoryIndexTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_PrecursorRefineTest.cpp</a>, <a class="el" href="_param_types_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ParamTypesTest.cpp</a>, <a class="el" href="_unimod_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">UnimodTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="_ident_data_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">IdentDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="_kw_c_v_map_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">KwCVMapTest.cpp</a>, <a class="el" href="_pep2_mz_ident_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Pep2MzIdentTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_reader_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_FilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list___filter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ProteinList_FilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list_factory_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ProteinListFactoryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s2_deisotoper_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">MS2DeisotoperTest.cpp</a>, <a class="el" href="_precursor_recalculator_default_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PrecursorRecalculatorDefaultTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__3_d___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_3D_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___charge_from_isotope_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_ChargeFromIsotopeTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___charge_state_calculator_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_ChargeStateCalculatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___demux_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_DemuxTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___ion_mobility___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_IonMobility_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___lockmass_refiner_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_LockmassRefinerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___metadata_fixer_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_MetadataFixerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_MZRefinerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_window_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_MZWindowTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___peak_filter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_PeakFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_recalculator_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_PrecursorRecalculatorTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>os_&#160;:&#160;<a class="el" href="msdata_2_reader_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peptide_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PeptideTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer___m_g_f___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Serializer_MGF_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Serializer_MSn_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__mz_m_l___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Serializer_mzML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__mz_x_m_l___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Serializer_mzXML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_info_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumInfoTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_iterator_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumIteratorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_g_f___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_MGF_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_sn___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_MSn_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__mz_m_l___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_mzML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__mz_x_m_l___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_mzXML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumListCacheTest.cpp</a>, <a class="el" href="_amino_acid_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">AminoAcidTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="_digestion_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">DigestionTest.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__mzid___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Serializer_mzid_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_sample_datum_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SampleDatumTest.cpp</a>, <a class="el" href="_i_p_i_f_a_s_t_a_database_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">IPIFASTADatabaseTest.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Serializer_pepXML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__prot_x_m_l___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Serializer_protXML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer___text___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Serializer_Text_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_calibration_parameters_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">CalibrationParametersTest.cpp</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">FrequencyDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="_minimum_pep_x_m_l_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">MinimumPepXMLTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_data_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PeakDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_sn_reader_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">MSnReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_binary_data_encoder_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">BinaryDataEncoderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list__mz_m_l___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ChromatogramList_mzML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">LegacyAdapterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">MSDataFileTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s_data_merger_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">MSDataMergerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_binary_data_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">BinaryDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="_matched_filter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">MatchedFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_ordered_pair_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">OrderedPairTest.cpp</a>, <a class="el" href="_parabola_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ParabolaTest.cpp</a>, <a class="el" href="qr_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">qrTest.cpp</a>, <a class="el" href="_stats_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">StatsTest.cpp</a>, <a class="el" href="_s_a_x_parser_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SAXParserTest.cpp</a>, <a class="el" href="_x_m_l_writer_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">XMLWriterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_base64_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Base64Test.cpp</a>, <a class="el" href="_linear_solver_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">LinearSolverTest.cpp</a>, <a class="el" href="_clickwrap_prompter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ClickwrapPrompterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_date_time_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">DateTimeTest.cpp</a>, <a class="el" href="_exception_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ExceptionTest.cpp</a>, <a class="el" href="_integer_set_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">IntegerSetTest.cpp</a>, <a class="el" href="_iteration_listener_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">IterationListenerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_s_h_a1__ostream__test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SHA1_ostream_test.cpp</a>, <a class="el" href="_s_h_a1_calculator_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SHA1CalculatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_tab_reader_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">TabReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_tra_data_file_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">TraDataFileTest.cpp</a>, <a class="el" href="_proteome_data_file_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ProteomeDataFileTest.cpp</a>, <a class="el" href="proteome_2_reader_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer___f_a_s_t_a___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Serializer_FASTA_Test.cpp</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="tradata_2_i_o_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="tradata_2_reader_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="tradata_2_references_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="_serializer__tra_m_l___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Serializer_traML_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list_cache_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ProteinListCacheTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chemistry_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ChemistryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_isotope_calculator_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">IsotopeCalculatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_isotope_envelope_estimator_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">IsotopeEnvelopeEstimatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_isotope_table_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">IsotopeTableTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_z_tolerance_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">MZToleranceTest.cpp</a>, <a class="el" href="erf_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">erfTest.cpp</a>, <a class="el" href="_linear_least_squares_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">LinearLeastSquaresTest.cpp</a>, <a class="el" href="_noise_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">NoiseTest.cpp</a>, <a class="el" href="_truncated_lorentzian_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">TruncatedLorentzianTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s_data_analyzer_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">MSDataAnalyzerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s_data_cache_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">MSDataCacheTest.cpp</a>, <a class="el" href="_feature_detector_peakel_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">FeatureDetectorPeakelTest.cpp</a>, <a class="el" href="_feature_detector_simple_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">FeatureDetectorSimpleTest.cpp</a>, <a class="el" href="_feature_detector_tuning_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">FeatureDetectorTuningTest.cpp</a>, <a class="el" href="_feature_modeler_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">FeatureModelerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_z_r_t_field_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">MZRTFieldTest.cpp</a>, <a class="el" href="_truncated_lorentzian_parameters_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">TruncatedLorentzianParametersTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peakel_grower_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PeakelGrowerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peakel_picker_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PeakelPickerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_extractor_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PeakExtractorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_family_detector_f_t_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PeakFamilyDetectorFTTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_finder_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PeakFinderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_fitter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PeakFitterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peptide_i_d__flat_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PeptideID_flatTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peptide_i_d__pep_x_m_l_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PeptideID_pepXMLTest.cpp</a>, <a class="el" href="_whittaker_smoother_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">WhittakerSmootherTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list___filter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ChromatogramList_FilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list___lockmass_refiner_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ChromatogramList_LockmassRefinerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list_factory_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ChromatogramListFactoryTest.cpp</a>, <a class="el" href="chromatogram__processing_2_savitzky_golay_smoother_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SavitzkyGolaySmootherTest.cpp</a>, <a class="el" href="_cwt_peak_detector_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">CwtPeakDetectorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_extra_zero_samples_filter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ExtraZeroSamplesFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_local_maximum_peak_detector_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">LocalMaximumPeakDetectorTest.cpp</a>, <a class="el" href="common_2_savitzky_golay_smoother_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SavitzkyGolaySmootherTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list___decoy_generator_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ProteinList_DecoyGeneratorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_zero_sample_filler_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ZeroSampleFillerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_frequency_estimator_physical_model_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">FrequencyEstimatorPhysicalModelTest.cpp</a>, <a class="el" href="_frequency_estimator_simple_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">FrequencyEstimatorSimpleTest.cpp</a>, <a class="el" href="_magnitude_lorentzian_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">MagnitudeLorentzianTest.cpp</a>, <a class="el" href="_parametrized_function_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ParametrizedFunctionTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_detector_matched_filter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PeakDetectorMatchedFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_peak_detector_naive_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PeakDetectorNaiveTest.cpp</a>, <a class="el" href="obotest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">obotest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___scan_summer_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_ScanSummerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___sorter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_SorterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumListFactoryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_binary_index_stream_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">BinaryIndexStreamTest.cpp</a>, <a class="el" href="cvtest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">cvtest.cpp</a>, <a class="el" href="_c_v_translator_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">CVTranslatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="diff__std__test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">diff_std_test.cpp</a>, <a class="el" href="_memory_index_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">MemoryIndexTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_PrecursorRefineTest.cpp</a>, <a class="el" href="_param_types_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ParamTypesTest.cpp</a>, <a class="el" href="_unimod_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">UnimodTest.cpp</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">DiffTest.cpp</a>, <a class="el" href="_ident_data_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">IdentDataTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">IOTest.cpp</a>, <a class="el" href="_kw_c_v_map_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">KwCVMapTest.cpp</a>, <a class="el" href="_pep2_mz_ident_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">Pep2MzIdentTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_reader_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ReaderTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_FilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list___filter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ProteinList_FilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_protein_list_factory_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ProteinListFactoryTest.cpp</a>, <a class="el" href="_m_s2_deisotoper_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">MS2DeisotoperTest.cpp</a>, <a class="el" href="_precursor_recalculator_default_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">PrecursorRecalculatorDefaultTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__3_d___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_3D_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___charge_from_isotope_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_ChargeFromIsotopeTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___charge_state_calculator_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_ChargeStateCalculatorTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___demux_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_DemuxTest.cpp</a>, <a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">ReferencesTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___ion_mobility___test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_IonMobility_Test.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___lockmass_refiner_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_LockmassRefinerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___metadata_fixer_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_MetadataFixerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_MZRefinerTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_window_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_MZWindowTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___peak_filter_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_PeakFilterTest.cpp</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_recalculator_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">SpectrumList_PrecursorRecalculatorTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ │  <!-- start footer part -->
│ │ │ │  <hr class="footer"/><address class="footer"><small>
│ │ │ │  Generated by&#160;<a href="https://www.doxygen.org/index.html"><img class="footer" src="doxygen.svg" width="104" height="31" alt="doxygen"/></a> 1.9.4
│ │ │ │  </small></address>
│ │ │ │  </body>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/globals_vars_u.html
│ │ │ │ @@ -1889,15 +1889,15 @@
│ │ │ │  <li>UO_yocto&#160;:&#160;<a class="el" href="cv_8hpp.html#a8e064bf5ad60efd30a6f9c01d95aee64">cv.hpp</a></li>
│ │ │ │  <li>UO_yotta&#160;:&#160;<a class="el" href="cv_8hpp.html#a89370a340e708cd54a80ef4a64bf9f6d">cv.hpp</a></li>
│ │ │ │  <li>UO_zepto&#160;:&#160;<a class="el" href="cv_8hpp.html#a94c3968975cdd52c4ec3d3b93b41324a">cv.hpp</a></li>
│ │ │ │  <li>UO_zetta&#160;:&#160;<a class="el" href="cv_8hpp.html#a25416655ba3740e52fbb27a53f4e5374">cv.hpp</a></li>
│ │ │ │  <li>UpdateRequest_NoBinary&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_s_data_analyzer_8hpp.html#a1ad6907bb45be3cbf5e7b811494a4d29">MSDataAnalyzer.hpp</a></li>
│ │ │ │  <li>UpdateRequest_None&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_s_data_analyzer_8hpp.html#af174a41ace76a1852dc607ca44daa36d">MSDataAnalyzer.hpp</a></li>
│ │ │ │  <li>UpdateRequest_Ok&#160;:&#160;<a class="el" href="_m_s_data_analyzer_8hpp.html#a4b3e80c3410435dc86a6349455c4a5c7">MSDataAnalyzer.hpp</a></li>
│ │ │ │ -<li>userParamName_MaxBinaryDataArrayDifference_&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a9df8d6239f963749300327e3687cdf86">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>userParamName_MaxBinaryDataArrayDifference_&#160;:&#160;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a9df8d6239f963749300327e3687cdf86">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  <li>Uub&#160;:&#160;<a class="el" href="_chemistry_8hpp.html#a15cf90f18b3321e130eacc52f870a15d">Chemistry.hpp</a></li>
│ │ │ │  <li>Uuh&#160;:&#160;<a class="el" href="_chemistry_8hpp.html#a307cb873dffe768ec3ab3ff13252634c">Chemistry.hpp</a></li>
│ │ │ │  <li>Uun&#160;:&#160;<a class="el" href="_chemistry_8hpp.html#a10ad233fc0e985054ebb387fd524cb38">Chemistry.hpp</a></li>
│ │ │ │  <li>Uuq&#160;:&#160;<a class="el" href="_chemistry_8hpp.html#afb042958684b758a1ca5d7141360d08d">Chemistry.hpp</a></li>
│ │ │ │  <li>Uuu&#160;:&#160;<a class="el" href="_chemistry_8hpp.html#a32e79fd668fdae87f1c8d478c82a7327">Chemistry.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/identdata_2_i_o_test_8cpp.html
│ │ │ │ @@ -46,15 +46,15 @@
│ │ │ │    <div class="summary">
│ │ │ │  <a href="#func-members">Functions</a> &#124;
│ │ │ │  <a href="#var-members">Variables</a>  </div>
│ │ │ │    <div class="headertitle"><div class="title">IOTest.cpp File Reference</div></div>
│ │ │ │  </div><!--header-->
│ │ │ │  <div class="contents">
│ │ │ │  <div class="textblock"><code>#include &quot;<a class="el" href="identdata_2_i_o_8hpp_source.html">IO.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │ -<code>#include &quot;<a class="el" href="data_2identdata_2diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │ +<code>#include &quot;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html">TextWriter.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="identdata_2examples_8hpp_source.html">examples.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="unit_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/unit.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_std_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/Std.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <p><a href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html">Go to the source code of this file.</a></p>
│ │ │ │  <table class="memberdecls">
│ │ │ │ @@ -2193,15 +2193,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  854</span>        if (<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &amp;&amp; <a class="code hl_variable" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="identdata_2_i_o_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; &quot;<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>:\n&quot; &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  855</span>        <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  856</span>    }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  857</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aidentdata_2_i_o_8hpp_html_a1d5570300d744c96750dbaf0a17330e0"><div class="ttname"><a href="identdata_2_i_o_8hpp.html#a1d5570300d744c96750dbaf0a17330e0">IgnoreSequenceCollection</a></div><div class="ttdeci">IgnoreSequenceCollection</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="identdata_2_i_o_8hpp_source.html#l00255">IO.hpp:255</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aidentdata_2_i_o_8hpp_html_a21bdcfe5654ba750b259f64c6e316d0c"><div class="ttname"><a href="identdata_2_i_o_8hpp.html#a21bdcfe5654ba750b259f64c6e316d0c">IgnoreAnalysisData</a></div><div class="ttdeci">IgnoreAnalysisData</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="identdata_2_i_o_8hpp_source.html#l00211">IO.hpp:211</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1identdata_1_1examples_html_abc4d348117dd8a20dda0f7747dbd109f"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1identdata_1_1examples.html#abc4d348117dd8a20dda0f7747dbd109f">pwiz::identdata::examples::initializeTiny</a></div><div class="ttdeci">PWIZ_API_DECL void initializeTiny(IdentData &amp;mzid)</div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config.html">pwiz::identdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2diff_8hpp_source.html#l00395">Diff.hpp:396</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config.html">pwiz::identdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_8hpp_source.html#l00395">Diff.hpp:396</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_ident_data_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_ident_data.html">pwiz::identdata::IdentData</a></div><div class="ttdoc">Implementation of the MzIdentMLType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00993">IdentData.hpp:994</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_ident_data_html_a1f189a2044afce00efc2486e0257a6dd"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_ident_data.html#a1f189a2044afce00efc2486e0257a6dd">pwiz::identdata::IdentData::sequenceCollection</a></div><div class="ttdeci">SequenceCollection sequenceCollection</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l01014">IdentData.hpp:1014</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_ident_data_html_abc2b14a34ed2ed0b7b84cebd557603c8"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_ident_data.html#abc2b14a34ed2ed0b7b84cebd557603c8">pwiz::identdata::IdentData::analysisCollection</a></div><div class="ttdeci">AnalysisCollection analysisCollection</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l01016">IdentData.hpp:1016</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │  <p class="reference">References <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l01016">pwiz::identdata::IdentData::analysisCollection</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00977">pwiz::identdata::DataCollection::analysisData</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l01020">pwiz::identdata::IdentData::dataCollection</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00654">pwiz::identdata::SequenceCollection::dbSequences</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_8hpp_source.html#l00211">IgnoreAnalysisData</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_8hpp_source.html#l00255">IgnoreSequenceCollection</a>, <a class="el" href="namespacepwiz_1_1identdata_1_1examples.html#abc4d348117dd8a20dda0f7747dbd109f">pwiz::identdata::examples::initializeTiny()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00038">os_</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00656">pwiz::identdata::SequenceCollection::peptideEvidence</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00655">pwiz::identdata::SequenceCollection::peptides</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00898">pwiz::identdata::AnalysisCollection::proteinDetection</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00963">pwiz::identdata::AnalysisData::proteinDetectionListPtr</a>, <a class="el" href="namespacepwiz_1_1identdata_1_1_i_o.html#a375cdb6f1ebabd408ecf0889f11240e2">pwiz::identdata::IO::read()</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l01014">pwiz::identdata::IdentData::sequenceCollection</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00897">pwiz::identdata::AnalysisCollection::spectrumIdentification</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00962">pwiz::identdata::AnalysisData::spectrumIdentificationList</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00041">testObject()</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="namespacepwiz_1_1identdata_1_1_i_o.html#a32465fae70c071143fb3651b17b4394a">pwiz::identdata::IO::write()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00860">test()</a>.</p>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html
│ │ │ │ @@ -66,15 +66,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00018" name="l00018"></a><span class="lineno">   18</span><span class="comment">// WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied. </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00019" name="l00019"></a><span class="lineno">   19</span><span class="comment">// See the License for the specific language governing permissions and </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00020" name="l00020"></a><span class="lineno">   20</span><span class="comment">// limitations under the License.</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00021" name="l00021"></a><span class="lineno">   21</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00022" name="l00022"></a><span class="lineno">   22</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00023" name="l00023"></a><span class="lineno">   23</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00024" name="l00024"></a><span class="lineno">   24</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="tradata_2_i_o_8hpp.html">IO.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00025" name="l00025"></a><span class="lineno">   25</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp.html">Diff.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00025" name="l00025"></a><span class="lineno">   25</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp.html">Diff.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00026" name="l00026"></a><span class="lineno">   26</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="tradata_2_text_writer_8hpp.html">TextWriter.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00027" name="l00027"></a><span class="lineno">   27</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="tradata_2examples_8hpp.html">examples.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00028" name="l00028"></a><span class="lineno">   28</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="unit_8hpp.html">pwiz/utility/misc/unit.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00029" name="l00029"></a><span class="lineno">   29</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_std_8hpp.html">pwiz/utility/misc/Std.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00030" name="l00030"></a><span class="lineno">   30</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00031" name="l00031"></a><span class="lineno">   31</span><span class="keyword">using namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00032" name="l00032"></a><span class="lineno">   32</span><span class="keyword">using namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacepwiz_1_1minimxml.html">pwiz::minimxml</a>;</div>
│ │ │ │ @@ -1294,15 +1294,15 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="atradata_2_text_writer_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="tradata_2_text_writer_8hpp.html">TextWriter.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="atradata_2examples_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="tradata_2examples_8hpp.html">examples.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html">unit.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a692991fff57cd9eb6ebdbc976e277ae7"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a692991fff57cd9eb6ebdbc976e277ae7">TEST_PROLOG_EX</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_PROLOG_EX(argc, argv, suffix)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00157">unit.hpp:157</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c">TEST_EPILOG</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_EPILOG</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00183">unit.hpp:183</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd">TEST_FAILED</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_FAILED(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00177">unit.hpp:177</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="autility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp.html">diff.hpp</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="autility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp.html">diff.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment --></div><!-- contents -->
│ │ │ │  <!-- start footer part -->
│ │ │ │  <hr class="footer"/><address class="footer"><small>
│ │ │ │  Generated by&#160;<a href="https://www.doxygen.org/index.html"><img class="footer" src="doxygen.svg" width="104" height="31" alt="doxygen"/></a> 1.9.4
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│ │ │ │  </body>
│ │ │ │  </html>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/interpolate_8hpp_source.html
│ │ │ │ @@ -106,20 +106,20 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00058" name="l00058"></a><span class="lineno"><a class="line" href="namespaceralab_1_1base_1_1base.html#a8734182d4315b2635e248c8fcec4b5dc">   58</a></span>      <span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="namespaceralab_1_1base_1_1base.html#a8734182d4315b2635e248c8fcec4b5dc">interpolate_linear</a>(</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00059" name="l00059"></a><span class="lineno">   59</span>          YInputIterator begY, <span class="comment">//!&lt; y values equidistantly spaced. spacing is [0,1,2, .... ,len(y)]</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00060" name="l00060"></a><span class="lineno">   60</span>          YInputIterator endY,</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00061" name="l00061"></a><span class="lineno">   61</span>          XInputIterator begX, <span class="comment">//!&lt; points to interpolate at</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00062" name="l00062"></a><span class="lineno">   62</span>          XInputIterator endX,</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00063" name="l00063"></a><span class="lineno">   63</span>          OutputIterator out, <span class="comment">//!&lt; interpolated values, same length as x.</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00064" name="l00064"></a><span class="lineno">   64</span>          <span class="keywordtype">int</span> start_index = 0, <span class="comment">//!&lt; if y values are placed on a grid with start_index != 0</span></div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00065" name="l00065"></a><span class="lineno">   65</span>          <span class="keyword">typename</span> std::iterator_traits&lt;OutputIterator&gt;::value_type <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> =</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00066" name="l00066"></a><span class="lineno">   66</span>          std::numeric_limits&lt;<span class="keyword">typename</span> std::iterator_traits&lt;OutputIterator&gt;::value_type&gt;<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">::epsilon</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00065" name="l00065"></a><span class="lineno">   65</span>          <span class="keyword">typename</span> std::iterator_traits&lt;OutputIterator&gt;::value_type <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> =</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00066" name="l00066"></a><span class="lineno">   66</span>          std::numeric_limits&lt;<span class="keyword">typename</span> std::iterator_traits&lt;OutputIterator&gt;::value_type&gt;<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">::epsilon</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00067" name="l00067"></a><span class="lineno">   67</span>          )</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00068" name="l00068"></a><span class="lineno">   68</span>      {</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00069" name="l00069"></a><span class="lineno">   69</span>        <span class="keyword">typedef</span> <span class="keyword">typename</span> std::iterator_traits&lt;OutputIterator&gt;::value_type TReal;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00070" name="l00070"></a><span class="lineno">   70</span>        <a class="code hl_struct" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_linear_interpolate.html">utilities::LinearInterpolate&lt;TReal&gt;</a> functor(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00070" name="l00070"></a><span class="lineno">   70</span>        <a class="code hl_struct" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_linear_interpolate.html">utilities::LinearInterpolate&lt;TReal&gt;</a> functor(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00071" name="l00071"></a><span class="lineno">   71</span>        <a class="code hl_function" href="namespaceralab_1_1base_1_1base_1_1utilities.html#af123d0185329ac37caac1067a9d7face">utilities::interpolateLinearCosine</a>(begY , endY , begX , endX , out , functor , start_index);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00072" name="l00072"></a><span class="lineno">   72</span>      }<span class="comment">// end interpolate cubic</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00073" name="l00073"></a><span class="lineno">   73</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00074" name="l00074"></a><span class="lineno">   74</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00075" name="l00075"></a><span class="lineno">   75</span><span class="comment"></span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00076" name="l00076"></a><span class="lineno">   76</span><span class="comment">      /// cosine interpolation on equidistantly spaced y. The y&#39;s are located at 0,1,2....,len(y).</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00077" name="l00077"></a><span class="lineno">   77</span><span class="comment">      /// For x&#39;s &lt; 0 or x&#39;s &gt; len(y) y[0] or y[len(y) -1 ] is used.</span></div>
│ │ │ │ @@ -153,20 +153,20 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00105" name="l00105"></a><span class="lineno"><a class="line" href="namespaceralab_1_1base_1_1base.html#a6bc7d3b460b50d20ce653f8819ebe998">  105</a></span>      <span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="namespaceralab_1_1base_1_1base.html#a6bc7d3b460b50d20ce653f8819ebe998">interpolate_cubic</a>(</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00106" name="l00106"></a><span class="lineno">  106</span>          YInputIterator begY, <span class="comment">//!&lt; y values equidistantly spaced. spacing is [0,1,2, .... ,len(y)]</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00107" name="l00107"></a><span class="lineno">  107</span>          YInputIterator endY,</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00108" name="l00108"></a><span class="lineno">  108</span>          XInputIterator begX, <span class="comment">//!&lt; points to interpolate at</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00109" name="l00109"></a><span class="lineno">  109</span>          XInputIterator endX,</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00110" name="l00110"></a><span class="lineno">  110</span>          OutputIterator out, <span class="comment">//!&lt; interpolated values, same length as x.</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00111" name="l00111"></a><span class="lineno">  111</span>          <span class="keywordtype">int</span> start_index = 0, <span class="comment">//!&lt; if y values are placed on a grid with start_index != 0</span></div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00112" name="l00112"></a><span class="lineno">  112</span>          <span class="keyword">typename</span> std::iterator_traits&lt;OutputIterator&gt;::value_type <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> =</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00113" name="l00113"></a><span class="lineno">  113</span>          std::numeric_limits&lt;<span class="keyword">typename</span> std::iterator_traits&lt;OutputIterator&gt;::value_type&gt;<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">::epsilon</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00112" name="l00112"></a><span class="lineno">  112</span>          <span class="keyword">typename</span> std::iterator_traits&lt;OutputIterator&gt;::value_type <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> =</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00113" name="l00113"></a><span class="lineno">  113</span>          std::numeric_limits&lt;<span class="keyword">typename</span> std::iterator_traits&lt;OutputIterator&gt;::value_type&gt;<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">::epsilon</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00114" name="l00114"></a><span class="lineno">  114</span>          )</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00115" name="l00115"></a><span class="lineno">  115</span>      {</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00116" name="l00116"></a><span class="lineno">  116</span>        <span class="keyword">typedef</span> <span class="keyword">typename</span> std::iterator_traits&lt;OutputIterator&gt;::value_type TReal;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00117" name="l00117"></a><span class="lineno">  117</span>        <a class="code hl_struct" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_cubic_interpolate.html">utilities::CubicInterpolate&lt;TReal&gt;</a> functor(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00117" name="l00117"></a><span class="lineno">  117</span>        <a class="code hl_struct" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_cubic_interpolate.html">utilities::CubicInterpolate&lt;TReal&gt;</a> functor(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00118" name="l00118"></a><span class="lineno">  118</span>        <a class="code hl_function" href="namespaceralab_1_1base_1_1base_1_1utilities.html#a37c1a7e604174e4a6d6de45a9349940f">utilities::interpolateCubicHermite</a>(begY,endY ,begX,endX, out,functor, start_index);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00119" name="l00119"></a><span class="lineno">  119</span>      }<span class="comment">// end interpolate cubic</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00120" name="l00120"></a><span class="lineno">  120</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00121" name="l00121"></a><span class="lineno">  121</span><span class="comment"></span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00122" name="l00122"></a><span class="lineno">  122</span><span class="comment">      /// Hermite interpolation on equidistantly spaced y&#39;s. The y&#39;s are located at 0,1,2....,len(y).</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00123" name="l00123"></a><span class="lineno">  123</span><span class="comment">      ///  For x&#39;s &lt; 0 or x&#39;s &gt; len(y) y[0] or y[len(y) -1 ] is used.</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00124" name="l00124"></a><span class="lineno">  124</span><span class="comment"></span> </div>
│ │ │ │ @@ -180,29 +180,29 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00132" name="l00132"></a><span class="lineno">  132</span>          YInputIterator endY,</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00133" name="l00133"></a><span class="lineno">  133</span>          XInputIterator begX, <span class="comment">//!&lt; points to interpolate at</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00134" name="l00134"></a><span class="lineno">  134</span>          XInputIterator endX,</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00135" name="l00135"></a><span class="lineno">  135</span>          OutputIterator out, <span class="comment">//!&lt; interpolated values, same length as x.</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00136" name="l00136"></a><span class="lineno">  136</span>          <span class="keywordtype">double</span> tension = 0, <span class="comment">//!&lt; 1 is high, 0 normal, -1 is low</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00137" name="l00137"></a><span class="lineno">  137</span>          <span class="keywordtype">double</span> bias = 0, <span class="comment">//!&lt; 0 is even, positive is towards first segment, negative towards the other</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00138" name="l00138"></a><span class="lineno">  138</span>          <span class="keywordtype">int</span> start_index = 0, <span class="comment">//!&lt; if y values are placed on a grid with start_index != 0</span></div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00139" name="l00139"></a><span class="lineno">  139</span>          <span class="keyword">typename</span> std::iterator_traits&lt;OutputIterator&gt;::value_type <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> =</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00140" name="l00140"></a><span class="lineno">  140</span>          std::numeric_limits&lt;<span class="keyword">typename</span> std::iterator_traits&lt;OutputIterator&gt;::value_type&gt;<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">::epsilon</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00139" name="l00139"></a><span class="lineno">  139</span>          <span class="keyword">typename</span> std::iterator_traits&lt;OutputIterator&gt;::value_type <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> =</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00140" name="l00140"></a><span class="lineno">  140</span>          std::numeric_limits&lt;<span class="keyword">typename</span> std::iterator_traits&lt;OutputIterator&gt;::value_type&gt;<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">::epsilon</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00141" name="l00141"></a><span class="lineno">  141</span>          )</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00142" name="l00142"></a><span class="lineno">  142</span>      {</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00143" name="l00143"></a><span class="lineno">  143</span>        <span class="keyword">typedef</span> <span class="keyword">typename</span> std::iterator_traits&lt;OutputIterator&gt;::value_type TReal;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00144" name="l00144"></a><span class="lineno">  144</span>        <a class="code hl_struct" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_hermite_interpolate.html">utilities::HermiteInterpolate&lt;TReal&gt;</a> functor(tension, bias, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00144" name="l00144"></a><span class="lineno">  144</span>        <a class="code hl_struct" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_hermite_interpolate.html">utilities::HermiteInterpolate&lt;TReal&gt;</a> functor(tension, bias, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00145" name="l00145"></a><span class="lineno">  145</span>        <a class="code hl_function" href="namespaceralab_1_1base_1_1base_1_1utilities.html#a37c1a7e604174e4a6d6de45a9349940f">utilities::interpolateCubicHermite</a>( begY , endY , begX , endX , out , functor , start_index );</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00146" name="l00146"></a><span class="lineno">  146</span>      }<span class="comment">// end interpolate cubic</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00147" name="l00147"></a><span class="lineno">  147</span>    }<span class="comment">//base</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00148" name="l00148"></a><span class="lineno">  148</span>  }<span class="comment">//namespace base</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00149" name="l00149"></a><span class="lineno">  149</span>}<span class="comment">//namespace ralab</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00150" name="l00150"></a><span class="lineno">  150</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00151" name="l00151"></a><span class="lineno">  151</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00152" name="l00152"></a><span class="lineno">  152</span><span class="preprocessor">#endif </span><span class="comment">// EQUISPACEINTERPOLATION_H</span></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="ainterpolation_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="interpolation_8hpp.html">interpolation.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespaceralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_html_a37c1a7e604174e4a6d6de45a9349940f"><div class="ttname"><a href="namespaceralab_1_1base_1_1base_1_1utilities.html#a37c1a7e604174e4a6d6de45a9349940f">ralab::base::base::utilities::interpolateCubicHermite</a></div><div class="ttdeci">static void interpolateCubicHermite(YInputIterator begY, YInputIterator endY, XInputIterator begX, XInputIterator endX, OutputIterator out, TFunctor &amp;functor, int start_index=0)</div><div class="ttdoc">Cubic or Hermite interpolation worker.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="interpolation_8hpp_source.html#l00199">interpolation.hpp:200</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespaceralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_html_af123d0185329ac37caac1067a9d7face"><div class="ttname"><a href="namespaceralab_1_1base_1_1base_1_1utilities.html#af123d0185329ac37caac1067a9d7face">ralab::base::base::utilities::interpolateLinearCosine</a></div><div class="ttdeci">static void interpolateLinearCosine(YInputIterator y_p, YInputIterator endY, XInputIterator x_p, XInputIterator endX, OutputIterator out_p, TFunctor &amp;interpolator, int start_index=0)</div><div class="ttdoc">Linear cubic interpolator worker.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="interpolation_8hpp_source.html#l00283">interpolation.hpp:284</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespaceralab_1_1base_1_1base_html_a47085b346c5d8038928bf782cf1addb9"><div class="ttname"><a href="namespaceralab_1_1base_1_1base.html#a47085b346c5d8038928bf782cf1addb9">ralab::base::base::interpolate_Hermite</a></div><div class="ttdeci">void interpolate_Hermite(YInputIterator begY, YInputIterator endY, XInputIterator begX, XInputIterator endX, OutputIterator out, double tension=0, double bias=0, int start_index=0, typename std::iterator_traits&lt; OutputIterator &gt;::value_type epsilon=std::numeric_limits&lt; typename std::iterator_traits&lt; OutputIterator &gt;::value_type &gt;::epsilon())</div><div class="ttdoc">Hermite interpolation on equidistantly spaced y's.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="interpolate_8hpp_source.html#l00130">interpolate.hpp:130</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespaceralab_1_1base_1_1base_html_a6bc7d3b460b50d20ce653f8819ebe998"><div class="ttname"><a href="namespaceralab_1_1base_1_1base.html#a6bc7d3b460b50d20ce653f8819ebe998">ralab::base::base::interpolate_cubic</a></div><div class="ttdeci">void interpolate_cubic(YInputIterator begY, YInputIterator endY, XInputIterator begX, XInputIterator endX, OutputIterator out, int start_index=0, typename std::iterator_traits&lt; OutputIterator &gt;::value_type epsilon=std::numeric_limits&lt; typename std::iterator_traits&lt; OutputIterator &gt;::value_type &gt;::epsilon())</div><div class="ttdoc">cubic interpolation on equidistantly spaced y's.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="interpolate_8hpp_source.html#l00105">interpolate.hpp:105</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespaceralab_1_1base_1_1base_html_a8734182d4315b2635e248c8fcec4b5dc"><div class="ttname"><a href="namespaceralab_1_1base_1_1base.html#a8734182d4315b2635e248c8fcec4b5dc">ralab::base::base::interpolate_linear</a></div><div class="ttdeci">void interpolate_linear(YInputIterator begY, YInputIterator endY, XInputIterator begX, XInputIterator endX, OutputIterator out, int start_index=0, typename std::iterator_traits&lt; OutputIterator &gt;::value_type epsilon=std::numeric_limits&lt; typename std::iterator_traits&lt; OutputIterator &gt;::value_type &gt;::epsilon())</div><div class="ttdoc">affine interpolation on equidistantly spaced y.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="interpolate_8hpp_source.html#l00058">interpolate.hpp:58</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespaceralab_1_1base_1_1base_html_af681093d61856a3d53a4c5f1aac907df"><div class="ttname"><a href="namespaceralab_1_1base_1_1base.html#af681093d61856a3d53a4c5f1aac907df">ralab::base::base::interpolate_cosine</a></div><div class="ttdeci">void interpolate_cosine(YInputIterator begY, YInputIterator endY, XInputIterator begX, XInputIterator endX, OutputIterator out, int start_index=0)</div><div class="ttdoc">cosine interpolation on equidistantly spaced y.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="interpolate_8hpp_source.html#l00083">interpolate.hpp:83</a></div></div>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/interpolation_8hpp_source.html
│ │ │ │ @@ -84,16 +84,16 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00036" name="l00036"></a><span class="lineno">   36</span>      <span class="keyword">namespace </span>utilities</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00037" name="l00037"></a><span class="lineno">   37</span>      {<span class="comment"></span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00038" name="l00038"></a><span class="lineno">   38</span><span class="comment">        /// LinearInterpolate Functor</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00039" name="l00039"></a><span class="lineno">   39</span><span class="comment"></span>        <span class="keyword">template</span>&lt;<span class="keyword">typename</span> TReal&gt;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00040" name="l00040"></a><span class="lineno"><a class="line" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_linear_interpolate.html">   40</a></span>        <span class="keyword">struct </span><a class="code hl_struct" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_linear_interpolate.html">LinearInterpolate</a></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00041" name="l00041"></a><span class="lineno">   41</span>        {</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00042" name="l00042"></a><span class="lineno"><a class="line" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_linear_interpolate.html#a0f58308a6ad41595cd147b2622186835">   42</a></span>          TReal <a class="code hl_variable" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_linear_interpolate.html#a0f58308a6ad41595cd147b2622186835">epsilon_</a>;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00043" name="l00043"></a><span class="lineno"><a class="line" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_linear_interpolate.html#a3a311554bac64e7316bec5cd20704df9">   43</a></span>          <a class="code hl_function" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_linear_interpolate.html#a3a311554bac64e7316bec5cd20704df9">LinearInterpolate</a>(TReal <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">std::numeric_limits&lt;TReal&gt;::epsilon</a>() )</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00044" name="l00044"></a><span class="lineno">   44</span>            :<a class="code hl_variable" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_linear_interpolate.html#a0f58308a6ad41595cd147b2622186835">epsilon_</a>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>){}</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00043" name="l00043"></a><span class="lineno"><a class="line" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_linear_interpolate.html#a3a311554bac64e7316bec5cd20704df9">   43</a></span>          <a class="code hl_function" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_linear_interpolate.html#a3a311554bac64e7316bec5cd20704df9">LinearInterpolate</a>(TReal <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">std::numeric_limits&lt;TReal&gt;::epsilon</a>() )</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00044" name="l00044"></a><span class="lineno">   44</span>            :<a class="code hl_variable" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_linear_interpolate.html#a0f58308a6ad41595cd147b2622186835">epsilon_</a>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>){}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00045" name="l00045"></a><span class="lineno">   45</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00046" name="l00046"></a><span class="lineno"><a class="line" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_linear_interpolate.html#aea973a3be6be2d98e6223f2830448507">   46</a></span>          <span class="keyword">inline</span> TReal operator()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00047" name="l00047"></a><span class="lineno">   47</span>          (</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00048" name="l00048"></a><span class="lineno">   48</span>              TReal y1, <span class="comment">//!&lt; y1</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00049" name="l00049"></a><span class="lineno">   49</span>              TReal y2, <span class="comment">//!&lt; y2</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00050" name="l00050"></a><span class="lineno">   50</span>              TReal mu <span class="comment">//!&lt; location parameter 0,1</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00051" name="l00051"></a><span class="lineno">   51</span>              )</div>
│ │ │ │ @@ -141,16 +141,16 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00093" name="l00093"></a><span class="lineno">   93</span><span class="comment">        /// A common solution is the dream up two extra points at the start and end of the sequence,</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00094" name="l00094"></a><span class="lineno">   94</span><span class="comment">        /// the new points are created so that they have a slope equal to the slope of the start or end segment.</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00095" name="l00095"></a><span class="lineno">   95</span><span class="comment"></span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00096" name="l00096"></a><span class="lineno">   96</span>        <span class="keyword">template</span>&lt;<span class="keyword">typename</span> TReal&gt;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00097" name="l00097"></a><span class="lineno"><a class="line" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_cubic_interpolate.html">   97</a></span>        <span class="keyword">struct </span><a class="code hl_struct" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_cubic_interpolate.html">CubicInterpolate</a></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00098" name="l00098"></a><span class="lineno">   98</span>        {</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00099" name="l00099"></a><span class="lineno"><a class="line" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_cubic_interpolate.html#a2c6c4da535bbf4ee987c2846219bf425">   99</a></span>          TReal <a class="code hl_variable" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_cubic_interpolate.html#a2c6c4da535bbf4ee987c2846219bf425">epsilon_</a>;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00100" name="l00100"></a><span class="lineno"><a class="line" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_cubic_interpolate.html#a1f8b0aafd18123a668fb05489f218cff">  100</a></span>          <a class="code hl_function" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_cubic_interpolate.html#a1f8b0aafd18123a668fb05489f218cff">CubicInterpolate</a>(TReal <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">std::numeric_limits&lt;TReal&gt;::epsilon</a>()</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00101" name="l00101"></a><span class="lineno">  101</span>              ):<a class="code hl_variable" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_cubic_interpolate.html#a2c6c4da535bbf4ee987c2846219bf425">epsilon_</a>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>)</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00100" name="l00100"></a><span class="lineno"><a class="line" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_cubic_interpolate.html#a1f8b0aafd18123a668fb05489f218cff">  100</a></span>          <a class="code hl_function" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_cubic_interpolate.html#a1f8b0aafd18123a668fb05489f218cff">CubicInterpolate</a>(TReal <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">std::numeric_limits&lt;TReal&gt;::epsilon</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00101" name="l00101"></a><span class="lineno">  101</span>              ):<a class="code hl_variable" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_cubic_interpolate.html#a2c6c4da535bbf4ee987c2846219bf425">epsilon_</a>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00102" name="l00102"></a><span class="lineno">  102</span>          {}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00103" name="l00103"></a><span class="lineno">  103</span><span class="comment"></span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00104" name="l00104"></a><span class="lineno">  104</span><span class="comment">          /*!\brief operator */</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00105" name="l00105"></a><span class="lineno"><a class="line" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_cubic_interpolate.html#a5efb96d9e0c19802cf2235035c6b3fbc">  105</a></span>          <span class="keyword">inline</span> TReal operator()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00106" name="l00106"></a><span class="lineno">  106</span>          (</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00107" name="l00107"></a><span class="lineno">  107</span>              TReal y0,<span class="comment">//!&lt; y0</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00108" name="l00108"></a><span class="lineno">  108</span>              TReal y1,<span class="comment">//!&lt; y1</span></div>
│ │ │ │ @@ -193,16 +193,16 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00145" name="l00145"></a><span class="lineno">  145</span>        {</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00146" name="l00146"></a><span class="lineno"><a class="line" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_hermite_interpolate.html#a50475facd90aaea9b28fb7afa3563c32">  146</a></span>          TReal <a class="code hl_variable" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_hermite_interpolate.html#a50475facd90aaea9b28fb7afa3563c32">tension_</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00147" name="l00147"></a><span class="lineno"><a class="line" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_hermite_interpolate.html#a42da4563b77f6c156767c843f525f46a">  147</a></span>          TReal <a class="code hl_variable" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_hermite_interpolate.html#a42da4563b77f6c156767c843f525f46a">bias_</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00148" name="l00148"></a><span class="lineno"><a class="line" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_hermite_interpolate.html#a8f62549ddfd1dc0668ff9ab53433bf7b">  148</a></span>          TReal <a class="code hl_variable" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_hermite_interpolate.html#a8f62549ddfd1dc0668ff9ab53433bf7b">epsilon_</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00149" name="l00149"></a><span class="lineno"><a class="line" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_hermite_interpolate.html#a8a481f62f3a07fc19cc8efd5d741302f">  149</a></span>          <a class="code hl_function" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_hermite_interpolate.html#a8a481f62f3a07fc19cc8efd5d741302f">HermiteInterpolate</a>(</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00150" name="l00150"></a><span class="lineno">  150</span>              TReal tension,<span class="comment">//!&lt; 1 is high, 0 normal, -1 is low</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00151" name="l00151"></a><span class="lineno">  151</span>              TReal bias,<span class="comment">//!&lt; 0 is even, positive is towards first segment, negative towards the other</span></div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00152" name="l00152"></a><span class="lineno">  152</span>              TReal <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">std::numeric_limits&lt;TReal&gt;::epsilon</a>()</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00153" name="l00153"></a><span class="lineno">  153</span>              ): <a class="code hl_variable" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_hermite_interpolate.html#a50475facd90aaea9b28fb7afa3563c32">tension_</a>(tension), <a class="code hl_variable" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_hermite_interpolate.html#a42da4563b77f6c156767c843f525f46a">bias_</a>(bias), <a class="code hl_variable" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_hermite_interpolate.html#a8f62549ddfd1dc0668ff9ab53433bf7b">epsilon_</a>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>)</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00152" name="l00152"></a><span class="lineno">  152</span>              TReal <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">std::numeric_limits&lt;TReal&gt;::epsilon</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00153" name="l00153"></a><span class="lineno">  153</span>              ): <a class="code hl_variable" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_hermite_interpolate.html#a50475facd90aaea9b28fb7afa3563c32">tension_</a>(tension), <a class="code hl_variable" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_hermite_interpolate.html#a42da4563b77f6c156767c843f525f46a">bias_</a>(bias), <a class="code hl_variable" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_hermite_interpolate.html#a8f62549ddfd1dc0668ff9ab53433bf7b">epsilon_</a>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00154" name="l00154"></a><span class="lineno">  154</span>          {}<span class="comment"></span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00155" name="l00155"></a><span class="lineno">  155</span><span class="comment">          /*!\brief operator */</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00156" name="l00156"></a><span class="lineno"><a class="line" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_hermite_interpolate.html#afe390b60bc4f173505ec53f8a3288df8">  156</a></span>          <span class="keyword">inline</span> TReal <a class="code hl_function" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_hermite_interpolate.html#afe390b60bc4f173505ec53f8a3288df8">operator ()</a>(</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00157" name="l00157"></a><span class="lineno">  157</span>              TReal y0,<span class="comment">//!&lt; y0</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00158" name="l00158"></a><span class="lineno">  158</span>              TReal y1,<span class="comment">//!&lt; y1</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00159" name="l00159"></a><span class="lineno">  159</span>              TReal y2,<span class="comment">//!&lt; y2</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00160" name="l00160"></a><span class="lineno">  160</span>              TReal y3,<span class="comment">//!&lt; y3</span></div>
│ │ │ │ @@ -372,15 +372,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00324" name="l00324"></a><span class="lineno">  324</span>      }<span class="comment">//end utilities</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00325" name="l00325"></a><span class="lineno">  325</span>    }<span class="comment">//end base</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00326" name="l00326"></a><span class="lineno">  326</span>  }<span class="comment">//base</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00327" name="l00327"></a><span class="lineno">  327</span>}<span class="comment">//ralab</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00328" name="l00328"></a><span class="lineno">  328</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00329" name="l00329"></a><span class="lineno">  329</span><span class="preprocessor">#endif</span></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aconstants_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="constants_8hpp.html">constants.hpp</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespaceralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_html_a37c1a7e604174e4a6d6de45a9349940f"><div class="ttname"><a href="namespaceralab_1_1base_1_1base_1_1utilities.html#a37c1a7e604174e4a6d6de45a9349940f">ralab::base::base::utilities::interpolateCubicHermite</a></div><div class="ttdeci">static void interpolateCubicHermite(YInputIterator begY, YInputIterator endY, XInputIterator begX, XInputIterator endX, OutputIterator out, TFunctor &amp;functor, int start_index=0)</div><div class="ttdoc">Cubic or Hermite interpolation worker.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="interpolation_8hpp_source.html#l00199">interpolation.hpp:200</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespaceralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_html_af123d0185329ac37caac1067a9d7face"><div class="ttname"><a href="namespaceralab_1_1base_1_1base_1_1utilities.html#af123d0185329ac37caac1067a9d7face">ralab::base::base::utilities::interpolateLinearCosine</a></div><div class="ttdeci">static void interpolateLinearCosine(YInputIterator y_p, YInputIterator endY, XInputIterator x_p, XInputIterator endX, OutputIterator out_p, TFunctor &amp;interpolator, int start_index=0)</div><div class="ttdoc">Linear cubic interpolator worker.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="interpolation_8hpp_source.html#l00283">interpolation.hpp:284</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespaceralab_1_1constants_html_a443307f12eb00cdefec3f349f643e6bb"><div class="ttname"><a href="namespaceralab_1_1constants.html#a443307f12eb00cdefec3f349f643e6bb">ralab::constants::PI</a></div><div class="ttdeci">const double PI(3.14159265358979323846264338327950288)</div><div class="ttdoc">the ratio of the circumference of a circle to its diameter;</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespaceralab_html"><div class="ttname"><a href="namespaceralab.html">ralab</a></div><div class="ttdoc">EQUISPACEINTERPOL Interpolation on a equidistantly spaced grid.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="base_8hpp_source.html#l00039">base.hpp:40</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_cosine_interpolate_html"><div class="ttname"><a href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_cosine_interpolate.html">ralab::base::base::utilities::CosineInterpolate</a></div><div class="ttdoc">CosineInterpolate Functor Linear interpolation results in discontinuities at each point.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="interpolation_8hpp_source.html#l00069">interpolation.hpp:70</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_cosine_interpolate_html_a5422c4a4688da27b4de3645aa4dbcc4d"><div class="ttname"><a href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_cosine_interpolate.html#a5422c4a4688da27b4de3645aa4dbcc4d">ralab::base::base::utilities::CosineInterpolate::operator()</a></div><div class="ttdeci">TReal operator()(TReal y1, TReal y2, TReal mu)</div><div class="ttdoc">operator</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="interpolation_8hpp_source.html#l00072">interpolation.hpp:72</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_cubic_interpolate_html"><div class="ttname"><a href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_cubic_interpolate.html">ralab::base::base::utilities::CubicInterpolate</a></div><div class="ttdoc">CubicInterpolate Functor.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="interpolation_8hpp_source.html#l00097">interpolation.hpp:98</a></div></div>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/msdata_2_i_o_test_8cpp.html
│ │ │ │ @@ -47,15 +47,15 @@
│ │ │ │  <a href="#nested-classes">Classes</a> &#124;
│ │ │ │  <a href="#func-members">Functions</a> &#124;
│ │ │ │  <a href="#var-members">Variables</a>  </div>
│ │ │ │    <div class="headertitle"><div class="title">IOTest.cpp File Reference</div></div>
│ │ │ │  </div><!--header-->
│ │ │ │  <div class="contents">
│ │ │ │  <div class="textblock"><code>#include &quot;<a class="el" href="msdata_2_i_o_8hpp_source.html">IO.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │ -<code>#include &quot;<a class="el" href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │ +<code>#include &quot;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="msdata_2_references_8hpp_source.html">References.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="unit_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/unit.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_std_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/Std.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <p><a href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html">Go to the source code of this file.</a></p>
│ │ │ │  <table class="memberdecls">
│ │ │ │  <tr class="heading"><td colspan="2"><h2 class="groupheader"><a id="nested-classes" name="nested-classes"></a>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html
│ │ │ │ @@ -66,15 +66,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00018" name="l00018"></a><span class="lineno">   18</span><span class="comment">// WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied. </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00019" name="l00019"></a><span class="lineno">   19</span><span class="comment">// See the License for the specific language governing permissions and </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00020" name="l00020"></a><span class="lineno">   20</span><span class="comment">// limitations under the License.</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00021" name="l00021"></a><span class="lineno">   21</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00022" name="l00022"></a><span class="lineno">   22</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00023" name="l00023"></a><span class="lineno">   23</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00024" name="l00024"></a><span class="lineno">   24</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="tradata_2_i_o_8hpp.html">IO.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00025" name="l00025"></a><span class="lineno">   25</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp.html">Diff.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00025" name="l00025"></a><span class="lineno">   25</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp.html">Diff.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00026" name="l00026"></a><span class="lineno">   26</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="tradata_2_references_8hpp.html">References.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00027" name="l00027"></a><span class="lineno">   27</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="unit_8hpp.html">pwiz/utility/misc/unit.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00028" name="l00028"></a><span class="lineno">   28</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_std_8hpp.html">pwiz/utility/misc/Std.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00029" name="l00029"></a><span class="lineno">   29</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00030" name="l00030"></a><span class="lineno">   30</span><span class="keyword">using namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00031" name="l00031"></a><span class="lineno">   31</span><span class="keyword">using namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacepwiz_1_1minimxml.html">pwiz::minimxml</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00032" name="l00032"></a><span class="lineno">   32</span><span class="keyword">using namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacepwiz_1_1cv.html">pwiz::cv</a>;</div>
│ │ │ │ @@ -1616,15 +1616,15 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="atradata_2_i_o_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="tradata_2_i_o_8hpp.html">IO.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="atradata_2_references_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="tradata_2_references_8hpp.html">References.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html">unit.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a692991fff57cd9eb6ebdbc976e277ae7"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a692991fff57cd9eb6ebdbc976e277ae7">TEST_PROLOG_EX</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_PROLOG_EX(argc, argv, suffix)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00157">unit.hpp:157</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c">TEST_EPILOG</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_EPILOG</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00183">unit.hpp:183</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd">TEST_FAILED</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_FAILED(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00177">unit.hpp:177</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="autility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp.html">diff.hpp</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="autility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp.html">diff.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment --></div><!-- contents -->
│ │ │ │  <!-- start footer part -->
│ │ │ │  <hr class="footer"/><address class="footer"><small>
│ │ │ │  Generated by&#160;<a href="https://www.doxygen.org/index.html"><img class="footer" src="doxygen.svg" width="104" height="31" alt="doxygen"/></a> 1.9.4
│ │ │ │  </small></address>
│ │ │ │  </body>
│ │ │ │  </html>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/namespacepwiz_1_1data_1_1diff__impl.html
│ │ │ │ @@ -315,15 +315,15 @@
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │            <td>)</td>
│ │ │ │            <td></td><td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00148">pwiz::data::Diff&lt; object_type, config_type, object_result_type &gt;::Diff()</a>, <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00164">pwiz::data::Diff&lt; object_type, config_type, object_result_type &gt;::operator()()</a>, <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00440">ptr_diff()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01042">testMaxPrecisionDiff()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00148">pwiz::data::Diff&lt; object_type, config_type, object_result_type &gt;::Diff()</a>, <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00164">pwiz::data::Diff&lt; object_type, config_type, object_result_type &gt;::operator()()</a>, <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00440">ptr_diff()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01042">testMaxPrecisionDiff()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a78e301cf439f4f09b3d60222602fe317" name="a78e301cf439f4f09b3d60222602fe317"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a78e301cf439f4f09b3d60222602fe317">&#9670;&nbsp;</a></span>diff_ids()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -908,24 +908,24 @@
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00276">276</a> of file <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html">diff_std.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  281</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  282</span>    a_b = 0;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  283</span>    b_a = 0;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  284</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  285</span>    <span class="keywordflow">if</span> (fabs(a - b) &gt; config.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html#a43e0b825a6703a1f5e827db20e8582cd">precision</a> + <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">std::numeric_limits&lt;floating_type&gt;::epsilon</a>())</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  285</span>    <span class="keywordflow">if</span> (fabs(a - b) &gt; config.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html#a43e0b825a6703a1f5e827db20e8582cd">precision</a> + <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">std::numeric_limits&lt;floating_type&gt;::epsilon</a>())</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  286</span>    {</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  287</span>        a_b = fabs(a - b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  288</span>        b_a = fabs(a - b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  289</span>    }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  290</span>}</div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config_html_a43e0b825a6703a1f5e827db20e8582cd"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html#a43e0b825a6703a1f5e827db20e8582cd">pwiz::data::BaseDiffConfig::precision</a></div><div class="ttdeci">double precision</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00044">diff_std.hpp:44</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, and <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00044">pwiz::data::BaseDiffConfig::precision</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, and <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00044">pwiz::data::BaseDiffConfig::precision</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="reference">Referenced by <a class="el" href="diff__std__test_8cpp_source.html#l00075">testFloating()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="afb31bf2cb1583f39f84351b44126f432" name="afb31bf2cb1583f39f84351b44126f432"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#afb31bf2cb1583f39f84351b44126f432">&#9670;&nbsp;</a></span>maxdiff()</h2>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/namespacepwiz_1_1frequency_1_1_derivative_test.html
│ │ │ │ @@ -137,30 +137,30 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  208</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  209</span>    <span class="keywordflow">if</span> (os) *os &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;f.dp: &quot;</span> &lt;&lt; f.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1frequency_1_1_parametrized_function.html#aaae985b62dd2cb62180e6a744cdd2fc9">dp</a>(<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a>,p) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  210</span>    ParametrizedFunctionSlice&lt;value_type&gt; slice(f,<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  211</span>    <span class="keywordflow">if</span> (os) slice.printDifferenceQuotientSequence(p, *os);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  212</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  213</span>    ublas::matrix&lt;value_type&gt; dp(f.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1frequency_1_1_parametrized_function.html#aaae985b62dd2cb62180e6a744cdd2fc9">dp</a>(<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a>,p).size(),1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  214</span>    column(dp,0) = f.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1frequency_1_1_parametrized_function.html#aaae985b62dd2cb62180e6a744cdd2fc9">dp</a>(<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a>,p);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  215</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a09e6e199dee7c20bd5a69429cea0cfb0">unit_assert_matrices_equal</a>(dp, slice.differenceQuotient(p,delta), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  215</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a09e6e199dee7c20bd5a69429cea0cfb0">unit_assert_matrices_equal</a>(dp, slice.differenceQuotient(p,delta), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  216</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  217</span>    <span class="keywordflow">if</span> (os) *os &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;f.dp2: &quot;</span> &lt;&lt; f.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1frequency_1_1_parametrized_function.html#a0c6635812227c3e00028bda0c9aa1e92">dp2</a>(<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a>,p) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  218</span>    ParametrizedDerivativeSlice&lt;value_type&gt; derivativeSlice(f,<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  219</span>    <span class="keywordflow">if</span> (os) derivativeSlice.printDifferenceQuotientSequence(p, *os);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  220</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  221</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a09e6e199dee7c20bd5a69429cea0cfb0">unit_assert_matrices_equal</a>(f.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1frequency_1_1_parametrized_function.html#a0c6635812227c3e00028bda0c9aa1e92">dp2</a>(<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a>,p), derivativeSlice.differenceQuotient(p,delta), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  221</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a09e6e199dee7c20bd5a69429cea0cfb0">unit_assert_matrices_equal</a>(f.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1frequency_1_1_parametrized_function.html#a0c6635812227c3e00028bda0c9aa1e92">dp2</a>(<a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a>,p), derivativeSlice.differenceQuotient(p,delta), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  222</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_matched_filter_8hpp_html_a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd"><div class="ttname"><a href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a></div><div class="ttdeci">KernelTraitsBase&lt; Kernel &gt;::space_type::abscissa_type x</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_matched_filter_8hpp_source.html#l00142">MatchedFilter.hpp:142</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1frequency_1_1_parametrized_function_html_a0c6635812227c3e00028bda0c9aa1e92"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1frequency_1_1_parametrized_function.html#a0c6635812227c3e00028bda0c9aa1e92">pwiz::frequency::ParametrizedFunction::dp2</a></div><div class="ttdeci">virtual ublas::matrix&lt; value_type &gt; dp2(double x, const ublas::vector&lt; double &gt; &amp;p) const =0</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1frequency_1_1_parametrized_function_html_aaae985b62dd2cb62180e6a744cdd2fc9"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1frequency_1_1_parametrized_function.html#aaae985b62dd2cb62180e6a744cdd2fc9">pwiz::frequency::ParametrizedFunction::dp</a></div><div class="ttdeci">virtual ublas::vector&lt; value_type &gt; dp(double x, const ublas::vector&lt; double &gt; &amp;p) const =0</div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacestd_html"><div class="ttname"><a href="namespacestd.html">std</a></div><div class="ttdoc">STL namespace.</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a09e6e199dee7c20bd5a69429cea0cfb0"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a09e6e199dee7c20bd5a69429cea0cfb0">unit_assert_matrices_equal</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert_matrices_equal(A, B, epsilon)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00135">unit.hpp:135</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_derivative_test_8hpp_source.html#l00067">pwiz::frequency::DerivativeTest::VectorFunction&lt; value_type &gt;::differenceQuotient()</a>, <a class="el" href="classpwiz_1_1frequency_1_1_parametrized_function.html#aaae985b62dd2cb62180e6a744cdd2fc9">pwiz::frequency::ParametrizedFunction&lt; value_type &gt;::dp()</a>, <a class="el" href="classpwiz_1_1frequency_1_1_parametrized_function.html#a0c6635812227c3e00028bda0c9aa1e92">pwiz::frequency::ParametrizedFunction&lt; value_type &gt;::dp2()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="_derivative_test_8hpp_source.html#l00082">pwiz::frequency::DerivativeTest::VectorFunction&lt; value_type &gt;::printDifferenceQuotientSequence()</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00135">unit_assert_matrices_equal</a>, and <a class="el" href="_matched_filter_8hpp_source.html#l00142">x</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_derivative_test_8hpp_source.html#l00067">pwiz::frequency::DerivativeTest::VectorFunction&lt; value_type &gt;::differenceQuotient()</a>, <a class="el" href="classpwiz_1_1frequency_1_1_parametrized_function.html#aaae985b62dd2cb62180e6a744cdd2fc9">pwiz::frequency::ParametrizedFunction&lt; value_type &gt;::dp()</a>, <a class="el" href="classpwiz_1_1frequency_1_1_parametrized_function.html#a0c6635812227c3e00028bda0c9aa1e92">pwiz::frequency::ParametrizedFunction&lt; value_type &gt;::dp2()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="_derivative_test_8hpp_source.html#l00082">pwiz::frequency::DerivativeTest::VectorFunction&lt; value_type &gt;::printDifferenceQuotientSequence()</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00135">unit_assert_matrices_equal</a>, and <a class="el" href="_matched_filter_8hpp_source.html#l00142">x</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="af9901f95542b106e4ffea9fa163ef015" name="af9901f95542b106e4ffea9fa163ef015"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#af9901f95542b106e4ffea9fa163ef015">&#9670;&nbsp;</a></span>testDerivatives() <span class="overload">[2/2]</span></h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -214,26 +214,26 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  235</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  236</span>    <span class="keywordflow">if</span> (os) *os &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;e.dp: &quot;</span> &lt;&lt; e.dp(p) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  237</span>    <a class="code hl_class" href="classpwiz_1_1frequency_1_1_derivative_test_1_1_adapted_error_function.html">AdaptedErrorFunction&lt;value_type&gt;</a> adapted(e);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  238</span>    <span class="keywordflow">if</span> (os) adapted.printDifferenceQuotientSequence(p, *os);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  239</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  240</span>    ublas::matrix&lt;value_type&gt; dp(e.dp(p).size(), 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  241</span>    column(dp,0) = e.dp(p);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  242</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a09e6e199dee7c20bd5a69429cea0cfb0">unit_assert_matrices_equal</a>(dp, adapted.differenceQuotient(p,delta), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  242</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a09e6e199dee7c20bd5a69429cea0cfb0">unit_assert_matrices_equal</a>(dp, adapted.differenceQuotient(p,delta), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  243</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  244</span>    <span class="keywordflow">if</span> (os) *os &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;e.dp2: &quot;</span> &lt;&lt; e.dp2(p) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  245</span>    <a class="code hl_class" href="classpwiz_1_1frequency_1_1_derivative_test_1_1_adapted_error_derivative.html">AdaptedErrorDerivative&lt;value_type&gt;</a> adaptedDerivative(e);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  246</span>    <span class="keywordflow">if</span> (os) adaptedDerivative.printDifferenceQuotientSequence(p, *os);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  247</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  248</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a09e6e199dee7c20bd5a69429cea0cfb0">unit_assert_matrices_equal</a>(e.dp2(p), adaptedDerivative.differenceQuotient(p,delta), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  248</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a09e6e199dee7c20bd5a69429cea0cfb0">unit_assert_matrices_equal</a>(e.dp2(p), adaptedDerivative.differenceQuotient(p,delta), <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  249</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1frequency_1_1_derivative_test_1_1_adapted_error_derivative_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1frequency_1_1_derivative_test_1_1_adapted_error_derivative.html">pwiz::frequency::DerivativeTest::AdaptedErrorDerivative</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_derivative_test_8hpp_source.html#l00170">DerivativeTest.hpp:171</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1frequency_1_1_derivative_test_1_1_adapted_error_function_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1frequency_1_1_derivative_test_1_1_adapted_error_function.html">pwiz::frequency::DerivativeTest::AdaptedErrorFunction</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_derivative_test_8hpp_source.html#l00147">DerivativeTest.hpp:148</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_derivative_test_8hpp_source.html#l00067">pwiz::frequency::DerivativeTest::VectorFunction&lt; value_type &gt;::differenceQuotient()</a>, <a class="el" href="_parametrized_function_8hpp_source.html#l00085">pwiz::frequency::ParametrizedFunction&lt; value_type &gt;::ErrorFunction::dp()</a>, <a class="el" href="_parametrized_function_8hpp_source.html#l00097">pwiz::frequency::ParametrizedFunction&lt; value_type &gt;::ErrorFunction::dp2()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="_derivative_test_8hpp_source.html#l00082">pwiz::frequency::DerivativeTest::VectorFunction&lt; value_type &gt;::printDifferenceQuotientSequence()</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00135">unit_assert_matrices_equal</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_derivative_test_8hpp_source.html#l00067">pwiz::frequency::DerivativeTest::VectorFunction&lt; value_type &gt;::differenceQuotient()</a>, <a class="el" href="_parametrized_function_8hpp_source.html#l00085">pwiz::frequency::ParametrizedFunction&lt; value_type &gt;::ErrorFunction::dp()</a>, <a class="el" href="_parametrized_function_8hpp_source.html#l00097">pwiz::frequency::ParametrizedFunction&lt; value_type &gt;::ErrorFunction::dp2()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="_derivative_test_8hpp_source.html#l00082">pwiz::frequency::DerivativeTest::VectorFunction&lt; value_type &gt;::printDifferenceQuotientSequence()</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00135">unit_assert_matrices_equal</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ │  <!-- start footer part -->
│ │ │ │  <hr class="footer"/><address class="footer"><small>
│ │ │ │  Generated by&#160;<a href="https://www.doxygen.org/index.html"><img class="footer" src="doxygen.svg" width="104" height="31" alt="doxygen"/></a> 1.9.4
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/namespacepwiz_1_1identdata_1_1examples.html
│ │ │ │ @@ -89,15 +89,15 @@
│ │ │ │            <td class="paramtype"><a class="el" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_ident_data.html">IdentData</a> &amp;&#160;</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"><em>mzid</em></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp_source.html#l00259">demo()</a>, <a class="el" href="_spectrum_peak_extractor_test_8cpp_source.html#l00049">SpectrumPeakExtractorTest::ExtractPeaksTest()</a>, <a class="el" href="_demux_helpers_test_8cpp_source.html#l00076">DemuxHelpersTest::initializeLarge()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00451">intializeTinyWithThermoFilter()</a>, <a class="el" href="_demux_helpers_test_8cpp_source.html#l00048">DemuxHelpersTest::SetUp()</a>, <a class="el" href="_protein_list___decoy_generator_test_8cpp_source.html#l00086">test()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00951">testBinaryDataOnly()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_cache_test_8cpp_source.html#l00076">testDefault()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp_source.html#l00321">testHasBinaryData()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00816">testIdentData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_reader_test_8cpp_source.html#l00212">testIdentifyFileFormat()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01261">testMSDiffUpdate()</a>, <a class="el" href="_serializer__mzid___test_8cpp_source.html#l00041">testSerialize()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp_source.html#l00348">testSHA1()</a>, <a class="el" href="_serializer___f_a_s_t_a___test_8cpp_source.html#l00100">testThreadSafety()</a>, <a class="el" href="tradata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00166">testTraData()</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list_factory_test_8cpp_source.html#l00045">testWrap()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00270">testWrapActivation()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00169">testWrapChargeState()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00196">testWrapChargeStatePredictor()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00209">testWrapDefaultArrayLength()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00313">testWrapMassAnalyzer()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00154">testWrapMSLevel()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00605">testWrapMZPresent()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00130">testWrapMZWindow()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00364">testWrapPolarity()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00522">testWrapPrecursorMzSet()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00091">testWrapScanTimeRange()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00110">testWrapSortScanTime()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00414">testWrapTitleMaker()</a>, <a class="el" href="_serializer__mz_m_l___test_8cpp_source.html#l00065">testWriteRead()</a>, <a class="el" href="_proteome_data_file_test_8cpp_source.html#l00049">validateReadIndexed()</a>, and <a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp_source.html#l00101">validateWriteRead()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp_source.html#l00259">demo()</a>, <a class="el" href="_spectrum_peak_extractor_test_8cpp_source.html#l00049">SpectrumPeakExtractorTest::ExtractPeaksTest()</a>, <a class="el" href="_demux_helpers_test_8cpp_source.html#l00076">DemuxHelpersTest::initializeLarge()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00451">intializeTinyWithThermoFilter()</a>, <a class="el" href="_demux_helpers_test_8cpp_source.html#l00048">DemuxHelpersTest::SetUp()</a>, <a class="el" href="_protein_list___decoy_generator_test_8cpp_source.html#l00086">test()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00951">testBinaryDataOnly()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_cache_test_8cpp_source.html#l00076">testDefault()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp_source.html#l00321">testHasBinaryData()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01287">testIdentData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_reader_test_8cpp_source.html#l00212">testIdentifyFileFormat()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01261">testMSDiffUpdate()</a>, <a class="el" href="_serializer__mzid___test_8cpp_source.html#l00041">testSerialize()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp_source.html#l00348">testSHA1()</a>, <a class="el" href="_serializer___f_a_s_t_a___test_8cpp_source.html#l00100">testThreadSafety()</a>, <a class="el" href="tradata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00166">testTraData()</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list_factory_test_8cpp_source.html#l00045">testWrap()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00270">testWrapActivation()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00169">testWrapChargeState()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00196">testWrapChargeStatePredictor()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00209">testWrapDefaultArrayLength()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00313">testWrapMassAnalyzer()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00154">testWrapMSLevel()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00605">testWrapMZPresent()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00130">testWrapMZWindow()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00364">testWrapPolarity()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00522">testWrapPrecursorMzSet()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00091">testWrapScanTimeRange()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00110">testWrapSortScanTime()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00414">testWrapTitleMaker()</a>, <a class="el" href="_serializer__mz_m_l___test_8cpp_source.html#l00065">testWriteRead()</a>, <a class="el" href="_proteome_data_file_test_8cpp_source.html#l00049">validateReadIndexed()</a>, and <a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp_source.html#l00101">validateWriteRead()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ │  <!-- start footer part -->
│ │ │ │  <hr class="footer"/><address class="footer"><small>
│ │ │ │  Generated by&#160;<a href="https://www.doxygen.org/index.html"><img class="footer" src="doxygen.svg" width="104" height="31" alt="doxygen"/></a> 1.9.4
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/namespacepwiz_1_1util.html
│ │ │ │ @@ -375,20 +375,20 @@
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="almost__equal_8hpp_source.html#l00037">37</a> of file <a class="el" href="almost__equal_8hpp_source.html">almost_equal.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">   38</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   39</span>    float_type <a class="code hl_function" href="namespaceralab_1_1base_1_1stats.html#a46227f87f036d482b27bb3d60aec62df">scale</a> = a==float_type(0.0) ? float_type(1.0) : a;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   40</span>    <span class="keywordflow">return</span> std::abs((a-b)/<a class="code hl_function" href="namespaceralab_1_1base_1_1stats.html#a46227f87f036d482b27bb3d60aec62df">scale</a>) &lt; float_type(multiplier) * <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">std::numeric_limits&lt;float_type&gt;::epsilon</a>();</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   40</span>    <span class="keywordflow">return</span> std::abs((a-b)/<a class="code hl_function" href="namespaceralab_1_1base_1_1stats.html#a46227f87f036d482b27bb3d60aec62df">scale</a>) &lt; float_type(multiplier) * <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">std::numeric_limits&lt;float_type&gt;::epsilon</a>();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   41</span>}</div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespaceralab_1_1base_1_1stats_html_a46227f87f036d482b27bb3d60aec62df"><div class="ttname"><a href="namespaceralab_1_1base_1_1stats.html#a46227f87f036d482b27bb3d60aec62df">ralab::base::stats::scale</a></div><div class="ttdeci">void scale(InputIterator begin, InputIterator end, std::pair&lt; typename std::iterator_traits&lt; InputIterator &gt;::value_type, typename std::iterator_traits&lt; InputIterator &gt;::value_type &gt; &amp;scaled, bool center=true, bool scale=true)</div><div class="ttdoc">scale centers and/or scales all values from begin in to end.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="scale_8hpp_source.html#l00077">scale.hpp:77</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, and <a class="el" href="scale_8hpp_source.html#l00077">ralab::base::stats::scale()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, and <a class="el" href="scale_8hpp_source.html#l00077">ralab::base::stats::scale()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="reference">Referenced by <a class="el" href="almost__equal__test_8cpp_source.html#l00041">test_default_double()</a>, <a class="el" href="almost__equal__test_8cpp_source.html#l00032">test_default_float()</a>, and <a class="el" href="almost__equal__test_8cpp_source.html#l00050">test_multiplier()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a25e5d54e23a216f2ca52d101eb7bdc9f" name="a25e5d54e23a216f2ca52d101eb7bdc9f"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a25e5d54e23a216f2ca52d101eb7bdc9f">&#9670;&nbsp;</a></span>ToStdString()</h2>
│ │ │ │ @@ -1845,19 +1845,19 @@
│ │ │ │  </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00067">67</a> of file <a class="el" href="unit_8hpp_source.html">unit.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">   68</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   69</span>    std::ostringstream oss;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   70</span>    oss.precision(10);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   71</span>    oss &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;[&quot;</span> &lt;&lt; filename &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;:&quot;</span> &lt;&lt; line &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;] Assertion failed: |&quot;</span> &lt;&lt; <a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot; - &quot;</span> &lt;&lt; <a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#aff0c5b2fd6b95ebb24626a0d745afcf1">y</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;| &lt; &quot;</span> &lt;&lt; <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   71</span>    oss &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;[&quot;</span> &lt;&lt; filename &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;:&quot;</span> &lt;&lt; line &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;] Assertion failed: |&quot;</span> &lt;&lt; <a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot; - &quot;</span> &lt;&lt; <a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#aff0c5b2fd6b95ebb24626a0d745afcf1">y</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;| &lt; &quot;</span> &lt;&lt; <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   72</span>    <span class="keywordflow">return</span> oss.str();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   73</span>}</div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="_matched_filter_8hpp_source.html#l00142">x</a>, and <a class="el" href="_matched_filter_8hpp_source.html#l00143">y</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="_matched_filter_8hpp_source.html#l00142">x</a>, and <a class="el" href="_matched_filter_8hpp_source.html#l00143">y</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a1f6c7e508853354d21ded663b3dcbb9b" name="a1f6c7e508853354d21ded663b3dcbb9b"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a1f6c7e508853354d21ded663b3dcbb9b">&#9670;&nbsp;</a></span>unit_assert_exception_message()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/namespaceralab_1_1base_1_1base.html
│ │ │ │ @@ -856,15 +856,15 @@
│ │ │ │      <tr><td class="paramdir">[in]</td><td class="paramname">end</td><td>end</td></tr>
│ │ │ │      <tr><td class="paramdir">[out]</td><td class="paramname">destBegin</td><td>dest begin</td></tr>
│ │ │ │      <tr><td class="paramdir">[in]</td><td class="paramname">lag</td><td>an integer indicating which lag to use. </td></tr>
│ │ │ │    </table>
│ │ │ │    </dd>
│ │ │ │  </dl>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp_source.html#l00057">57</a> of file <a class="el" href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp_source.html">diff.hpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp_source.html#l00057">57</a> of file <a class="el" href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp_source.html">diff.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">   64</span>      {</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   65</span>        <span class="keyword">typedef</span> <span class="keyword">typename</span> InputIterator::value_type vtype;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   66</span>        <span class="keywordflow">return</span>( std::transform(begin + lag</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   67</span>                               , end</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   68</span>                               , begin</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   69</span>                               , destBegin</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   70</span>                               , std::minus&lt; vtype &gt;())</div>
│ │ │ │ @@ -924,15 +924,15 @@
│ │ │ │      <tr><td class="paramname">end</td><td>end</td></tr>
│ │ │ │      <tr><td class="paramname">lag</td><td>An integer indicating which lag to use.</td></tr>
│ │ │ │      <tr><td class="paramname">differences</td><td>An integer indicating the order of the difference. </td></tr>
│ │ │ │    </table>
│ │ │ │    </dd>
│ │ │ │  </dl>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp_source.html#l00082">82</a> of file <a class="el" href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp_source.html">diff.hpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp_source.html#l00082">82</a> of file <a class="el" href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp_source.html">diff.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">   89</span>      {</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   90</span>                  <span class="keywordflow">if</span>(std::distance( begin,end ) &lt;= <span class="keyword">static_cast&lt;</span><span class="keywordtype">int</span><span class="keyword">&gt;</span>(lag * differences) ){</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   91</span>          <span class="keywordflow">return</span>(begin);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   92</span>                  }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   93</span>                  <span class="keywordflow">else</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   94</span>        TN i = TN();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   95</span>        InputIterator itmp(end) ;</div>
│ │ │ │ @@ -1023,22 +1023,22 @@
│ │ │ │    </table>
│ │ │ │    </dd>
│ │ │ │  </dl>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="interpolate_8hpp_source.html#l00058">58</a> of file <a class="el" href="interpolate_8hpp_source.html">interpolate.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">   68</span>      {</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   69</span>        <span class="keyword">typedef</span> <span class="keyword">typename</span> std::iterator_traits&lt;OutputIterator&gt;::value_type TReal;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   70</span>        <a class="code hl_struct" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_linear_interpolate.html">utilities::LinearInterpolate&lt;TReal&gt;</a> functor(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   70</span>        <a class="code hl_struct" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_linear_interpolate.html">utilities::LinearInterpolate&lt;TReal&gt;</a> functor(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   71</span>        <a class="code hl_function" href="namespaceralab_1_1base_1_1base_1_1utilities.html#af123d0185329ac37caac1067a9d7face">utilities::interpolateLinearCosine</a>(begY , endY , begX , endX , out , functor , start_index);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   72</span>      }<span class="comment">// end interpolate cubic</span></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespaceralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_html_af123d0185329ac37caac1067a9d7face"><div class="ttname"><a href="namespaceralab_1_1base_1_1base_1_1utilities.html#af123d0185329ac37caac1067a9d7face">ralab::base::base::utilities::interpolateLinearCosine</a></div><div class="ttdeci">static void interpolateLinearCosine(YInputIterator y_p, YInputIterator endY, XInputIterator x_p, XInputIterator endX, OutputIterator out_p, TFunctor &amp;interpolator, int start_index=0)</div><div class="ttdoc">Linear cubic interpolator worker.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="interpolation_8hpp_source.html#l00283">interpolation.hpp:284</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_linear_interpolate_html"><div class="ttname"><a href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_linear_interpolate.html">ralab::base::base::utilities::LinearInterpolate</a></div><div class="ttdoc">LinearInterpolate Functor.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="interpolation_8hpp_source.html#l00040">interpolation.hpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, and <a class="el" href="interpolation_8hpp_source.html#l00284">ralab::base::base::utilities::interpolateLinearCosine()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, and <a class="el" href="interpolation_8hpp_source.html#l00284">ralab::base::base::utilities::interpolateLinearCosine()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="reference">Referenced by <a class="el" href="peakpickerqtof_8hpp_source.html#l00196">ralab::base::ms::PeakPicker&lt; TReal, TIntegrator &gt;::operator()()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="af681093d61856a3d53a4c5f1aac907df" name="af681093d61856a3d53a4c5f1aac907df"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#af681093d61856a3d53a4c5f1aac907df">&#9670;&nbsp;</a></span>interpolate_cosine()</h2>
│ │ │ │ @@ -1185,21 +1185,21 @@
│ │ │ │    </table>
│ │ │ │    </dd>
│ │ │ │  </dl>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="interpolate_8hpp_source.html#l00105">105</a> of file <a class="el" href="interpolate_8hpp_source.html">interpolate.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  115</span>      {</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  116</span>        <span class="keyword">typedef</span> <span class="keyword">typename</span> std::iterator_traits&lt;OutputIterator&gt;::value_type TReal;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  117</span>        <a class="code hl_struct" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_cubic_interpolate.html">utilities::CubicInterpolate&lt;TReal&gt;</a> functor(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  117</span>        <a class="code hl_struct" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_cubic_interpolate.html">utilities::CubicInterpolate&lt;TReal&gt;</a> functor(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  118</span>        <a class="code hl_function" href="namespaceralab_1_1base_1_1base_1_1utilities.html#a37c1a7e604174e4a6d6de45a9349940f">utilities::interpolateCubicHermite</a>(begY,endY ,begX,endX, out,functor, start_index);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  119</span>      }<span class="comment">// end interpolate cubic</span></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespaceralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_html_a37c1a7e604174e4a6d6de45a9349940f"><div class="ttname"><a href="namespaceralab_1_1base_1_1base_1_1utilities.html#a37c1a7e604174e4a6d6de45a9349940f">ralab::base::base::utilities::interpolateCubicHermite</a></div><div class="ttdeci">static void interpolateCubicHermite(YInputIterator begY, YInputIterator endY, XInputIterator begX, XInputIterator endX, OutputIterator out, TFunctor &amp;functor, int start_index=0)</div><div class="ttdoc">Cubic or Hermite interpolation worker.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="interpolation_8hpp_source.html#l00199">interpolation.hpp:200</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_cubic_interpolate_html"><div class="ttname"><a href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_cubic_interpolate.html">ralab::base::base::utilities::CubicInterpolate</a></div><div class="ttdoc">CubicInterpolate Functor.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="interpolation_8hpp_source.html#l00097">interpolation.hpp:98</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, and <a class="el" href="interpolation_8hpp_source.html#l00200">ralab::base::base::utilities::interpolateCubicHermite()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, and <a class="el" href="interpolation_8hpp_source.html#l00200">ralab::base::base::utilities::interpolateCubicHermite()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="reference">Referenced by <a class="el" href="peakpickerqtof_8hpp_source.html#l00196">ralab::base::ms::PeakPicker&lt; TReal, TIntegrator &gt;::operator()()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a47085b346c5d8038928bf782cf1addb9" name="a47085b346c5d8038928bf782cf1addb9"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a47085b346c5d8038928bf782cf1addb9">&#9670;&nbsp;</a></span>interpolate_Hermite()</h2>
│ │ │ │ @@ -1284,20 +1284,20 @@
│ │ │ │    </table>
│ │ │ │    </dd>
│ │ │ │  </dl>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="interpolate_8hpp_source.html#l00130">130</a> of file <a class="el" href="interpolate_8hpp_source.html">interpolate.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  142</span>      {</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  143</span>        <span class="keyword">typedef</span> <span class="keyword">typename</span> std::iterator_traits&lt;OutputIterator&gt;::value_type TReal;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  144</span>        <a class="code hl_struct" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_hermite_interpolate.html">utilities::HermiteInterpolate&lt;TReal&gt;</a> functor(tension, bias, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  144</span>        <a class="code hl_struct" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_hermite_interpolate.html">utilities::HermiteInterpolate&lt;TReal&gt;</a> functor(tension, bias, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  145</span>        <a class="code hl_function" href="namespaceralab_1_1base_1_1base_1_1utilities.html#a37c1a7e604174e4a6d6de45a9349940f">utilities::interpolateCubicHermite</a>( begY , endY , begX , endX , out , functor , start_index );</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  146</span>      }<span class="comment">// end interpolate cubic</span></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_hermite_interpolate_html"><div class="ttname"><a href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_hermite_interpolate.html">ralab::base::base::utilities::HermiteInterpolate</a></div><div class="ttdoc">HermiteInterpolation.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="interpolation_8hpp_source.html#l00144">interpolation.hpp:145</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, and <a class="el" href="interpolation_8hpp_source.html#l00200">ralab::base::base::utilities::interpolateCubicHermite()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, and <a class="el" href="interpolation_8hpp_source.html#l00200">ralab::base::base::utilities::interpolateCubicHermite()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ │  <!-- start footer part -->
│ │ │ │  <hr class="footer"/><address class="footer"><small>
│ │ │ │  Generated by&#160;<a href="https://www.doxygen.org/index.html"><img class="footer" src="doxygen.svg" width="104" height="31" alt="doxygen"/></a> 1.9.4
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/namespaceralab_1_1base_1_1filter.html
│ │ │ │ @@ -298,15 +298,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  130</span>              );</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  131</span>      }<span class="comment">// filter end</span></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespaceralab_1_1base_1_1filter_html_a3c62cde3a401615b6f65c7ed8de37c77"><div class="ttname"><a href="namespaceralab_1_1base_1_1filter.html#a3c62cde3a401615b6f65c7ed8de37c77">ralab::base::filter::filter</a></div><div class="ttdeci">void filter(const TContainer &amp;data, const TContainer &amp;filter, TContainer &amp;result, bool circular=false, uint32_t sides=2)</div><div class="ttdoc">Applies linear convolution (filtering) to a univariate time series.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="filter_8hpp_source.html#l00112">filter.hpp:112</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespaceralab_1_1base_1_1filter_html_aa0c743b92812c5c8f11ea067ef51dfbf"><div class="ttname"><a href="namespaceralab_1_1base_1_1filter.html#aa0c743b92812c5c8f11ea067ef51dfbf">ralab::base::filter::filter_sequence</a></div><div class="ttdeci">void filter_sequence(TIterator dataBeg, TIterator dataEnd, TFilterIterator filterBeg, size_t fsize, TOutputIterator resBeg, bool circular=false, uint32_t sides=2)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="filter_8hpp_source.html#l00049">filter.hpp:49</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │  <p class="reference">References <a class="el" href="filter_8hpp_source.html#l00112">filter()</a>, and <a class="el" href="filter_8hpp_source.html#l00049">filter_sequence()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_matched_filter_8hpp_source.html#l00261">pwiz::math::MatchedFilter::details::computeCorrelation()</a>, <a class="el" href="_matched_filter_8hpp_source.html#l00206">pwiz::math::MatchedFilter::details::createFilter()</a>, <a class="el" href="filter_8hpp_source.html#l00112">filter()</a>, <a class="el" href="_s_h_a1__ostream_8hpp_source.html#l00082">pwiz::util::SHA1Filter::hash()</a>, <a class="el" href="_matched_filter_8hpp_source.html#l00226">pwiz::math::MatchedFilter::details::normalizeFilter()</a>, <a class="el" href="peakpickerqtof_8hpp_source.html#l00196">ralab::base::ms::PeakPicker&lt; TReal, TIntegrator &gt;::operator()()</a>, <a class="el" href="_m_s2_deisotoper_test_8cpp_source.html#l00098">test()</a>, <a class="el" href="_matched_filter_test_8cpp_source.html#l00093">test_createFilter()</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list___filter_test_8cpp_source.html#l00118">testEven()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp_source.html#l00236">testEvenMS2()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp_source.html#l00321">testHasBinaryData()</a>, <a class="el" href="_protein_list___filter_test_8cpp_source.html#l00143">testIdSet()</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list___filter_test_8cpp_source.html#l00178">testIndexSet()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp_source.html#l00602">testMassAnalyzerFilter()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp_source.html#l00518">testMS2Activation()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp_source.html#l00457">testMSLevelSet()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp_source.html#l00639">testMZPresentFilter()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___peak_filter_test_8cpp_source.html#l00149">testPrecursorMassRemoval()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp_source.html#l00406">testScanEventSet()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp_source.html#l00382">testScanNumberSet()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp_source.html#l00433">testScanTimeRange()</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list___filter_test_8cpp_source.html#l00160">testSelectedIndices()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00921">testSpectrumIdentificationProtocol()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_matched_filter_8hpp_source.html#l00261">pwiz::math::MatchedFilter::details::computeCorrelation()</a>, <a class="el" href="_matched_filter_8hpp_source.html#l00206">pwiz::math::MatchedFilter::details::createFilter()</a>, <a class="el" href="filter_8hpp_source.html#l00112">filter()</a>, <a class="el" href="_s_h_a1__ostream_8hpp_source.html#l00082">pwiz::util::SHA1Filter::hash()</a>, <a class="el" href="_matched_filter_8hpp_source.html#l00226">pwiz::math::MatchedFilter::details::normalizeFilter()</a>, <a class="el" href="peakpickerqtof_8hpp_source.html#l00196">ralab::base::ms::PeakPicker&lt; TReal, TIntegrator &gt;::operator()()</a>, <a class="el" href="_m_s2_deisotoper_test_8cpp_source.html#l00098">test()</a>, <a class="el" href="_matched_filter_test_8cpp_source.html#l00093">test_createFilter()</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list___filter_test_8cpp_source.html#l00118">testEven()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp_source.html#l00236">testEvenMS2()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp_source.html#l00321">testHasBinaryData()</a>, <a class="el" href="_protein_list___filter_test_8cpp_source.html#l00143">testIdSet()</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list___filter_test_8cpp_source.html#l00178">testIndexSet()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp_source.html#l00602">testMassAnalyzerFilter()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp_source.html#l00518">testMS2Activation()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp_source.html#l00457">testMSLevelSet()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp_source.html#l00639">testMZPresentFilter()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___peak_filter_test_8cpp_source.html#l00149">testPrecursorMassRemoval()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp_source.html#l00406">testScanEventSet()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp_source.html#l00382">testScanNumberSet()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp_source.html#l00433">testScanTimeRange()</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list___filter_test_8cpp_source.html#l00160">testSelectedIndices()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00921">testSpectrumIdentificationProtocol()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a0ca5f21bdf2a3d947b2c15b96266be0a" name="a0ca5f21bdf2a3d947b2c15b96266be0a"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a0ca5f21bdf2a3d947b2c15b96266be0a">&#9670;&nbsp;</a></span>getGaussianFilter()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/simplepicker_8hpp_source.html
│ │ │ │ @@ -85,15 +85,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00037" name="l00037"></a><span class="lineno">   37</span><span class="comment">       */</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00038" name="l00038"></a><span class="lineno">   38</span>      <span class="keyword">template</span>&lt;<span class="keyword">class</span> TReal&gt;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00039" name="l00039"></a><span class="lineno"><a class="line" href="structralab_1_1base_1_1ms_1_1_simple_picker.html">   39</a></span>      <span class="keyword">struct </span><a class="code hl_struct" href="structralab_1_1base_1_1ms_1_1_simple_picker.html">SimplePicker</a>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00040" name="l00040"></a><span class="lineno"><a class="line" href="structralab_1_1base_1_1ms_1_1_simple_picker.html#a9d583ce41fcec7841e824cb2cf2b00e5">   40</a></span>        std::vector&lt;TReal&gt; <a class="code hl_variable" href="structralab_1_1base_1_1ms_1_1_simple_picker.html#a9d583ce41fcec7841e824cb2cf2b00e5">worker_</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00041" name="l00041"></a><span class="lineno"><a class="line" href="structralab_1_1base_1_1ms_1_1_simple_picker.html#aee8177e7ff6a1084fb6dd6460ade2bb6">   41</a></span>        <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="structralab_1_1base_1_1ms_1_1_simple_picker.html#aee8177e7ff6a1084fb6dd6460ade2bb6">epsilon_</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00042" name="l00042"></a><span class="lineno"><a class="line" href="structralab_1_1base_1_1ms_1_1_simple_picker.html#adfeff7aa999520a8b032c231a3c2d056">   42</a></span>        <span class="keywordtype">bool</span> <a class="code hl_variable" href="structralab_1_1base_1_1ms_1_1_simple_picker.html#adfeff7aa999520a8b032c231a3c2d056">problem_</a>; <span class="comment">//indicates if not the whole signal was picked.</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00043" name="l00043"></a><span class="lineno">   43</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00044" name="l00044"></a><span class="lineno"><a class="line" href="structralab_1_1base_1_1ms_1_1_simple_picker.html#a47f1c6a79706f9f2a644725cd992db75">   44</a></span>        <a class="code hl_function" href="structralab_1_1base_1_1ms_1_1_simple_picker.html#a47f1c6a79706f9f2a644725cd992db75">SimplePicker</a>(TReal <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 1e-3):<a class="code hl_variable" href="structralab_1_1base_1_1ms_1_1_simple_picker.html#aee8177e7ff6a1084fb6dd6460ade2bb6">epsilon_</a>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>),<a class="code hl_variable" href="structralab_1_1base_1_1ms_1_1_simple_picker.html#adfeff7aa999520a8b032c231a3c2d056">problem_</a>(false){}<span class="comment"></span></div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00044" name="l00044"></a><span class="lineno"><a class="line" href="structralab_1_1base_1_1ms_1_1_simple_picker.html#a47f1c6a79706f9f2a644725cd992db75">   44</a></span>        <a class="code hl_function" href="structralab_1_1base_1_1ms_1_1_simple_picker.html#a47f1c6a79706f9f2a644725cd992db75">SimplePicker</a>(TReal <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 1e-3):<a class="code hl_variable" href="structralab_1_1base_1_1ms_1_1_simple_picker.html#aee8177e7ff6a1084fb6dd6460ade2bb6">epsilon_</a>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>),<a class="code hl_variable" href="structralab_1_1base_1_1ms_1_1_simple_picker.html#adfeff7aa999520a8b032c231a3c2d056">problem_</a>(false){}<span class="comment"></span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00045" name="l00045"></a><span class="lineno">   45</span><span class="comment">        /*!</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00046" name="l00046"></a><span class="lineno">   46</span><span class="comment">         *returns number of zero crossings found</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00047" name="l00047"></a><span class="lineno">   47</span><span class="comment">         */</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00048" name="l00048"></a><span class="lineno">   48</span>        <span class="keyword">template</span>&lt;<span class="keyword">typename</span> Tit, <span class="keyword">typename</span> Outit&gt;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00049" name="l00049"></a><span class="lineno"><a class="line" href="structralab_1_1base_1_1ms_1_1_simple_picker.html#a0868c7df7896d3859c577a36c8ba0bcb">   49</a></span>        <span class="keywordtype">size_t</span> <a class="code hl_function" href="structralab_1_1base_1_1ms_1_1_simple_picker.html#a0868c7df7896d3859c577a36c8ba0bcb">operator()</a>(Tit beg, Tit end ,</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00050" name="l00050"></a><span class="lineno">   50</span>                          Outit zerocrossings, <span class="comment">//! picked peaks</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00051" name="l00051"></a><span class="lineno">   51</span>                          <span class="keywordtype">size_t</span> nzercross,</div>
│ │ │ │ @@ -166,15 +166,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00118" name="l00118"></a><span class="lineno">  118</span>      };</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00119" name="l00119"></a><span class="lineno">  119</span>    }<span class="comment">//ms</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00120" name="l00120"></a><span class="lineno">  120</span>  }<span class="comment">//base</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00121" name="l00121"></a><span class="lineno">  121</span>}<span class="comment">//ralab</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00122" name="l00122"></a><span class="lineno">  122</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00123" name="l00123"></a><span class="lineno">  123</span><span class="preprocessor">#endif </span><span class="comment">// SIMPLEPICKER_H</span></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_matched_filter_8hpp_html_a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd"><div class="ttname"><a href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a></div><div class="ttdeci">KernelTraitsBase&lt; Kernel &gt;::space_type::abscissa_type x</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_matched_filter_8hpp_source.html#l00142">MatchedFilter.hpp:142</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespaceralab_html"><div class="ttname"><a href="namespaceralab.html">ralab</a></div><div class="ttdoc">EQUISPACEINTERPOL Interpolation on a equidistantly spaced grid.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="base_8hpp_source.html#l00039">base.hpp:40</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructralab_1_1base_1_1ms_1_1_simple_picker_html"><div class="ttname"><a href="structralab_1_1base_1_1ms_1_1_simple_picker.html">ralab::base::ms::SimplePicker</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="simplepicker_8hpp_source.html#l00039">simplepicker.hpp:39</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructralab_1_1base_1_1ms_1_1_simple_picker_html_a0868c7df7896d3859c577a36c8ba0bcb"><div class="ttname"><a href="structralab_1_1base_1_1ms_1_1_simple_picker.html#a0868c7df7896d3859c577a36c8ba0bcb">ralab::base::ms::SimplePicker::operator()</a></div><div class="ttdeci">size_t operator()(Tit beg, Tit end, Outit zerocrossings, size_t nzercross, std::ptrdiff_t lag=2)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="simplepicker_8hpp_source.html#l00049">simplepicker.hpp:49</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructralab_1_1base_1_1ms_1_1_simple_picker_html_a47f1c6a79706f9f2a644725cd992db75"><div class="ttname"><a href="structralab_1_1base_1_1ms_1_1_simple_picker.html#a47f1c6a79706f9f2a644725cd992db75">ralab::base::ms::SimplePicker::SimplePicker</a></div><div class="ttdeci">SimplePicker(TReal epsilon=1e-3)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="simplepicker_8hpp_source.html#l00044">simplepicker.hpp:44</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructralab_1_1base_1_1ms_1_1_simple_picker_html_a9d583ce41fcec7841e824cb2cf2b00e5"><div class="ttname"><a href="structralab_1_1base_1_1ms_1_1_simple_picker.html#a9d583ce41fcec7841e824cb2cf2b00e5">ralab::base::ms::SimplePicker::worker_</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; TReal &gt; worker_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="simplepicker_8hpp_source.html#l00040">simplepicker.hpp:40</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructralab_1_1base_1_1ms_1_1_simple_picker_html_adfeff7aa999520a8b032c231a3c2d056"><div class="ttname"><a href="structralab_1_1base_1_1ms_1_1_simple_picker.html#adfeff7aa999520a8b032c231a3c2d056">ralab::base::ms::SimplePicker::problem_</a></div><div class="ttdeci">bool problem_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="simplepicker_8hpp_source.html#l00042">simplepicker.hpp:42</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructralab_1_1base_1_1ms_1_1_simple_picker_html_ae6a28d869d2ae61c43b5d44be2a6196f"><div class="ttname"><a href="structralab_1_1base_1_1ms_1_1_simple_picker.html#ae6a28d869d2ae61c43b5d44be2a6196f">ralab::base::ms::SimplePicker::getProblem</a></div><div class="ttdeci">bool getProblem() const</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="simplepicker_8hpp_source.html#l00114">simplepicker.hpp:114</a></div></div>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/struct_m_s_data_with_settable_version.html
│ │ │ │ @@ -117,15 +117,15 @@
│ │ │ │  <tr class="memitem:a6e50087c72dacfee5e5a2209ffc23ca9 inherit pro_attribs_structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">std::string&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a6e50087c72dacfee5e5a2209ffc23ca9">version_</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a6e50087c72dacfee5e5a2209ffc23ca9 inherit pro_attribs_structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memitem:a1f28598d2421341b2125552979870829 inherit pro_attribs_structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">int&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1f28598d2421341b2125552979870829">nFiltersApplied_</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a1f28598d2421341b2125552979870829 inherit pro_attribs_structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  </table>
│ │ │ │  <a name="details" id="details"></a><h2 class="groupheader">Detailed Description</h2>
│ │ │ │  <div class="textblock">
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00886">886</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00886">886</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  </div><h2 class="groupheader">Member Function Documentation</h2>
│ │ │ │  <a id="a14eae4cd196a635dc136cafed6f89c64" name="a14eae4cd196a635dc136cafed6f89c64"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a14eae4cd196a635dc136cafed6f89c64">&#9670;&nbsp;</a></span>version()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │  <div class="memproto">
│ │ │ │  <table class="mlabels">
│ │ │ │ @@ -143,28 +143,28 @@
│ │ │ │    </td>
│ │ │ │    <td class="mlabels-right">
│ │ │ │  <span class="mlabels"><span class="mlabel">inline</span></span>  </td>
│ │ │ │    </tr>
│ │ │ │  </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00886">886</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00886">886</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  886</span>: <span class="keyword">public</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html">MSData</a> {<span class="keyword">using </span>MSData::version; <span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a12e04620f24cd13688e8e0bf2c191688">version</a>(<span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">string</span>&amp; v) {<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a6e50087c72dacfee5e5a2209ffc23ca9">version_</a> = v;}};</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html">pwiz::msdata::MSData</a></div><div class="ttdoc">This is the root element of ProteoWizard; it represents the mzML element, defined as: intended to cap...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00849">MSData.hpp:850</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_html_a12e04620f24cd13688e8e0bf2c191688"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a12e04620f24cd13688e8e0bf2c191688">pwiz::msdata::MSData::version</a></div><div class="ttdeci">const std::string &amp; version() const</div><div class="ttdoc">returns the version of this mzML document; for a document created programmatically,...</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_html_a6e50087c72dacfee5e5a2209ffc23ca9"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a6e50087c72dacfee5e5a2209ffc23ca9">pwiz::msdata::MSData::version_</a></div><div class="ttdeci">std::string version_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00907">MSData.hpp:907</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00886">version()</a>, and <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00907">pwiz::msdata::MSData::version_</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00886">version()</a>, and <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00907">pwiz::msdata::MSData::version_</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00888">testMSData()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00886">version()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00888">testMSData()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00886">version()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │ -<li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/<a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ │  <!-- start footer part -->
│ │ │ │  <hr class="footer"/><address class="footer"><small>
│ │ │ │  Generated by&#160;<a href="https://www.doxygen.org/index.html"><img class="footer" src="doxygen.svg" width="104" height="31" alt="doxygen"/></a> 1.9.4
│ │ │ │  </small></address>
│ │ │ │  </body>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html
│ │ │ │ @@ -126,15 +126,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">double pwiz::data::BaseDiffConfig::precision</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00044">44</a> of file <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html">diff_std.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00276">pwiz::data::diff_impl::diff_floating()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00487">testBinaryDataArray()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00600">testChromatogram()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00725">testChromatogramList()</a>, <a class="el" href="diff__std__test_8cpp_source.html#l00075">testFloating()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01042">testMaxPrecisionDiff()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00521">testSpectrum()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00637">testSpectrumList()</a>, and <a class="el" href="_serializer__mz_m_l___test_8cpp_source.html#l00065">testWriteRead()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00276">pwiz::data::diff_impl::diff_floating()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00487">testBinaryDataArray()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00600">testChromatogram()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00725">testChromatogramList()</a>, <a class="el" href="diff__std__test_8cpp_source.html#l00075">testFloating()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01042">testMaxPrecisionDiff()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00521">testSpectrum()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00637">testSpectrumList()</a>, and <a class="el" href="_serializer__mz_m_l___test_8cpp_source.html#l00065">testWriteRead()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a82785e1acd0d6786a994138880923e25" name="a82785e1acd0d6786a994138880923e25"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a82785e1acd0d6786a994138880923e25">&#9670;&nbsp;</a></span>partialDiffOK</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -160,15 +160,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">bool pwiz::data::BaseDiffConfig::ignoreVersions</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00046">46</a> of file <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html">diff_std.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00043">testIdentifiable()</a>, and <a class="el" href="_serializer__prot_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00050">testSerialize()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00043">testIdentifiable()</a>, and <a class="el" href="_serializer__prot_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00050">testSerialize()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/common/<a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html">diff_std.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html
│ │ │ │ @@ -892,15 +892,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">CVID pwiz::data::CVParam::cvid</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00046">46</a> of file <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html">ParamTypes.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp_source.html#l00219">EvenMS2Predicate::accept()</a>, <a class="el" href="_m_sn_reader_test_8cpp_source.html#l00058">checkSpectrumInfo()</a>, <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00072">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00064">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="tradata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00059">pwiz::tradata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_param_types_test_8cpp_source.html#l00044">WriteCVParam::operator()()</a>, <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00154">pwiz::data::CVParamIs::operator()()</a>, <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00167">pwiz::data::CVParamIsChildOf::operator()()</a>, <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00131">operator==()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___charge_from_isotope_test_8cpp_source.html#l00147">test()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_sn___test_8cpp_source.html#l00686">test_v3()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00168">testContactRole()</a>, <a class="el" href="diff__std__test_8cpp_source.html#l00149">testCVParam()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00626">testIonType()</a>, <a class="el" href="_param_types_test_8cpp_source.html#l00187">testParamContainer()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00547">testSearchDatabase()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00368">testSearchModification()</a>, <a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp_source.html#l00178">testSoftware()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00566">testSourceFile()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00533">testSpectraData()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00476">testSpectrumIdentificationProtocol()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp_source.html#l00219">EvenMS2Predicate::accept()</a>, <a class="el" href="_m_sn_reader_test_8cpp_source.html#l00058">checkSpectrumInfo()</a>, <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00072">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00064">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="tradata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00059">pwiz::tradata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_param_types_test_8cpp_source.html#l00044">WriteCVParam::operator()()</a>, <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00154">pwiz::data::CVParamIs::operator()()</a>, <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00167">pwiz::data::CVParamIsChildOf::operator()()</a>, <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00131">operator==()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___charge_from_isotope_test_8cpp_source.html#l00147">test()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_sn___test_8cpp_source.html#l00686">test_v3()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01212">testContactRole()</a>, <a class="el" href="diff__std__test_8cpp_source.html#l00149">testCVParam()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00128">testIonType()</a>, <a class="el" href="_param_types_test_8cpp_source.html#l00187">testParamContainer()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00519">testSearchDatabase()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00368">testSearchModification()</a>, <a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp_source.html#l00178">testSoftware()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00601">testSourceFile()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00567">testSpectraData()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00921">testSpectrumIdentificationProtocol()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ae67a33c2c8c829f27a398c0fce6aaeac" name="ae67a33c2c8c829f27a398c0fce6aaeac"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ae67a33c2c8c829f27a398c0fce6aaeac">&#9670;&nbsp;</a></span>value</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1data_1_1_diff.html
│ │ │ │ @@ -275,15 +275,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">object_result_type <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">pwiz::data::Diff</a>&lt; object_type, config_type, object_result_type &gt;::a_b</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00156">156</a> of file <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html">diff_std.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00148">pwiz::data::Diff&lt; object_type, config_type, object_result_type &gt;::Diff()</a>, <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00162">pwiz::data::Diff&lt; object_type, config_type, object_result_type &gt;::operator bool()</a>, <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00164">pwiz::data::Diff&lt; object_type, config_type, object_result_type &gt;::operator()()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01042">testMaxPrecisionDiff()</a>, and <a class="el" href="data_2proteome_2difftest_8cpp_source.html#l00054">testProteinList()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00148">pwiz::data::Diff&lt; object_type, config_type, object_result_type &gt;::Diff()</a>, <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00162">pwiz::data::Diff&lt; object_type, config_type, object_result_type &gt;::operator bool()</a>, <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00164">pwiz::data::Diff&lt; object_type, config_type, object_result_type &gt;::operator()()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01042">testMaxPrecisionDiff()</a>, and <a class="el" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp_source.html#l00054">testProteinList()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a5f9af3c3e7407b7f8a3924704f4584f9" name="a5f9af3c3e7407b7f8a3924704f4584f9"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a5f9af3c3e7407b7f8a3924704f4584f9">&#9670;&nbsp;</a></span>b_a</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -295,15 +295,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">object_result_type <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">pwiz::data::Diff</a>&lt; object_type, config_type, object_result_type &gt;::b_a</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00157">157</a> of file <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html">diff_std.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00148">pwiz::data::Diff&lt; object_type, config_type, object_result_type &gt;::Diff()</a>, <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00162">pwiz::data::Diff&lt; object_type, config_type, object_result_type &gt;::operator bool()</a>, <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00164">pwiz::data::Diff&lt; object_type, config_type, object_result_type &gt;::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01042">testMaxPrecisionDiff()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00148">pwiz::data::Diff&lt; object_type, config_type, object_result_type &gt;::Diff()</a>, <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00162">pwiz::data::Diff&lt; object_type, config_type, object_result_type &gt;::operator bool()</a>, <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00164">pwiz::data::Diff&lt; object_type, config_type, object_result_type &gt;::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01042">testMaxPrecisionDiff()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a4782cbb5e9edf32f12228aa60f9134b5" name="a4782cbb5e9edf32f12228aa60f9134b5"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a4782cbb5e9edf32f12228aa60f9134b5">&#9670;&nbsp;</a></span>config_</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html
│ │ │ │ @@ -477,15 +477,15 @@
│ │ │ │            <td></td><td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>set/add a <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html" title="represents a tag-value pair, where the tag comes from the controlled vocabulary">CVParam</a> (not recursive) </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_demux_helpers_test_8cpp_source.html#l00076">DemuxHelpersTest::initializeLarge()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_g_f___test_8cpp_source.html#l00040">initializeTinyMGF()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00039">initializeTinyMS1()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00086">initializeTinyMS2()</a>, <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00339">set()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00432">testAmbiguousResidue()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00210">testAnalysisSoftware()</a>, <a class="el" href="_ident_data_test_8cpp_source.html#l00382">testCleavageAgent()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01008">testContact()</a>, <a class="el" href="_ident_data_test_8cpp_source.html#l00329">testConversion()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00240">testDBSequence()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00385">testEnzyme()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00152">testEvidence()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00464">testFilter()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00078">testIdentifiableParamContainer()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00249">testInstrumentConfiguration()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00601">testMeasure()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00256">testModification()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00150">testOrganization()</a>, <a class="el" href="_param_types_test_8cpp_source.html#l00187">testParamContainer()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00286">testPeptide()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00644">testPeptideEvidence()</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00263">testPepXMLSpecificity()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00128">testPerson()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00345">testPrecursor()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00366">testProduct()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00736">testProteinAmbiguityGroup()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00722">testProteinDetectionHypothesis()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00770">testProteinDetectionList()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00503">testProteinDetectionProtocol()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00173">testRetentionTime()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00193">testSample()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00456">testScanList()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00324">testScanSettings()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00519">testSearchDatabase()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00368">testSearchModification()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00264">testSoftware()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00566">testSourceFile()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00491">testSpectrum()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00664">testSpectrumIdentificationItem()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00476">testSpectrumIdentificationProtocol()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00691">testSpectrumIdentificationResult()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00311">testTarget()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00411">testTraData()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00284">testTransition()</a>, and <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00131">testValidation()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_demux_helpers_test_8cpp_source.html#l00076">DemuxHelpersTest::initializeLarge()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_g_f___test_8cpp_source.html#l00040">initializeTinyMGF()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00039">initializeTinyMS1()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00086">initializeTinyMS2()</a>, <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00339">set()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00813">testAmbiguousResidue()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00210">testAnalysisSoftware()</a>, <a class="el" href="_ident_data_test_8cpp_source.html#l00382">testCleavageAgent()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01008">testContact()</a>, <a class="el" href="_ident_data_test_8cpp_source.html#l00329">testConversion()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00240">testDBSequence()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00679">testEnzyme()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00152">testEvidence()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00841">testFilter()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00078">testIdentifiableParamContainer()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00249">testInstrumentConfiguration()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00170">testMeasure()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00256">testModification()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00150">testOrganization()</a>, <a class="el" href="_param_types_test_8cpp_source.html#l00187">testParamContainer()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00286">testPeptide()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00233">testPeptideEvidence()</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00263">testPepXMLSpecificity()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00128">testPerson()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00375">testPrecursor()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00407">testProduct()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00301">testProteinAmbiguityGroup()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00366">testProteinDetectionHypothesis()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00453">testProteinDetectionList()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00503">testProteinDetectionProtocol()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00173">testRetentionTime()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01151">testSample()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00456">testScanList()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00324">testScanSettings()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00519">testSearchDatabase()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00195">testSearchModification()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00227">testSoftware()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00601">testSourceFile()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00491">testSpectrum()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00664">testSpectrumIdentificationItem()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00921">testSpectrumIdentificationProtocol()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00691">testSpectrumIdentificationResult()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00311">testTarget()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00411">testTraData()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00284">testTransition()</a>, and <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00131">testValidation()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a156c2d7db28e52a8084b984531bb4d0d" name="a156c2d7db28e52a8084b984531bb4d0d"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a156c2d7db28e52a8084b984531bb4d0d">&#9670;&nbsp;</a></span>set() <span class="overload">[2/5]</span></h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -646,15 +646,15 @@
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>clears the collections </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00067">stripUnmappedMetadata()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00841">testFilter()</a>, and <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00263">testPepXMLSpecificity()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00067">stripUnmappedMetadata()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00841">testFilter()</a>, and <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00263">testPepXMLSpecificity()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ab1789e92d58835505a6abddff556ad93" name="ab1789e92d58835505a6abddff556ad93"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ab1789e92d58835505a6abddff556ad93">&#9670;&nbsp;</a></span>operator==()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -783,15 +783,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>a collection of controlled vocabulary terms </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00250">250</a> of file <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html">ParamTypes.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_m_sn_reader_test_8cpp_source.html#l00058">checkSpectrumInfo()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00147">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="tradata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00135">pwiz::tradata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00141">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp_source.html#l00106">spectrumHasMetadata()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__mz_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00041">test()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_sn___test_8cpp_source.html#l00686">test_v3()</a>, <a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp_source.html#l00109">testAnalyzer()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00569">testChromatogram()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00243">testComponent()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00262">testCompound()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00083">testConfiguration()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00037">testContact()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00300">testDataProcessing()</a>, <a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp_source.html#l00139">testDetector()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00152">testEvidence()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00214">testFileDescription()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00060">testInstrument()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00274">testInstrumentConfiguration()</a>, <a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp_source.html#l00079">testIonisation()</a>, <a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp_source.html#l00043">testModelAndManufacturer()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00888">testMSData()</a>, <a class="el" href="diff__std__test_8cpp_source.html#l00203">testParamContainer()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00180">testParamGroup()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00375">testPrecursor()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00108">testPrediction()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00288">testProcessingMethod()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00173">testRetentionTime()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00232">testSample()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00378">testScan()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00393">testScanList()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00195">testSearchModification()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00203">testSourceFile()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00491">testSpectrum()</a>, and <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00131">testValidation()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_m_sn_reader_test_8cpp_source.html#l00058">checkSpectrumInfo()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00147">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="tradata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00135">pwiz::tradata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00141">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp_source.html#l00106">spectrumHasMetadata()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__mz_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00041">test()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_sn___test_8cpp_source.html#l00686">test_v3()</a>, <a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp_source.html#l00109">testAnalyzer()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00569">testChromatogram()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00243">testComponent()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00262">testCompound()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00083">testConfiguration()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00037">testContact()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00300">testDataProcessing()</a>, <a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp_source.html#l00139">testDetector()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00152">testEvidence()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00084">testFileDescription()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00060">testInstrument()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00249">testInstrumentConfiguration()</a>, <a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp_source.html#l00079">testIonisation()</a>, <a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp_source.html#l00043">testModelAndManufacturer()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00888">testMSData()</a>, <a class="el" href="diff__std__test_8cpp_source.html#l00203">testParamContainer()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00180">testParamGroup()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00375">testPrecursor()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00108">testPrediction()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00288">testProcessingMethod()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00173">testRetentionTime()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00232">testSample()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00430">testScan()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00456">testScanList()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00195">testSearchModification()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00203">testSourceFile()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00491">testSpectrum()</a>, and <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00131">testValidation()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4" name="ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">&#9670;&nbsp;</a></span>userParams</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -803,15 +803,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>a collection of uncontrolled user terms </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00253">253</a> of file <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html">ParamTypes.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00147">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="tradata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00135">pwiz::tradata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00141">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp_source.html#l00106">spectrumHasMetadata()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__mz_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00041">test()</a>, <a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp_source.html#l00109">testAnalyzer()</a>, <a class="el" href="_ident_data_test_8cpp_source.html#l00382">testCleavageAgent()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00243">testComponent()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00262">testCompound()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00083">testConfiguration()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00037">testContact()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00300">testDataProcessing()</a>, <a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp_source.html#l00139">testDetector()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00152">testEvidence()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">testFileContent()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00084">testFileDescription()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00078">testIdentifiableParamContainer()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00060">testInstrument()</a>, <a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp_source.html#l00079">testIonisation()</a>, <a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp_source.html#l00043">testModelAndManufacturer()</a>, <a class="el" href="diff__std__test_8cpp_source.html#l00203">testParamContainer()</a>, <a class="el" href="diff__std__test_8cpp_source.html#l00250">testParamGroup()</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00263">testPepXMLSpecificity()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00375">testPrecursor()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00108">testPrediction()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00281">testProcessingMethod()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00173">testRetentionTime()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00232">testSample()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00324">testScanSettings()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00547">testSearchDatabase()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00175">testSource()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00203">testSourceFile()</a>, and <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00131">testValidation()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00147">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="tradata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00135">pwiz::tradata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00141">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp_source.html#l00106">spectrumHasMetadata()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__mz_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00041">test()</a>, <a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp_source.html#l00109">testAnalyzer()</a>, <a class="el" href="_ident_data_test_8cpp_source.html#l00382">testCleavageAgent()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00156">testComponent()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00262">testCompound()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00083">testConfiguration()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00037">testContact()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00311">testDataProcessing()</a>, <a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp_source.html#l00139">testDetector()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00152">testEvidence()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">testFileContent()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00084">testFileDescription()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00078">testIdentifiableParamContainer()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00060">testInstrument()</a>, <a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp_source.html#l00079">testIonisation()</a>, <a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp_source.html#l00043">testModelAndManufacturer()</a>, <a class="el" href="diff__std__test_8cpp_source.html#l00203">testParamContainer()</a>, <a class="el" href="diff__std__test_8cpp_source.html#l00250">testParamGroup()</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00263">testPepXMLSpecificity()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00375">testPrecursor()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00108">testPrediction()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00281">testProcessingMethod()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00173">testRetentionTime()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00138">testSample()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00324">testScanSettings()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00547">testSearchDatabase()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00175">testSource()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00066">testSourceFile()</a>, and <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00131">testValidation()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/common/<a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html">ParamTypes.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1identdata_1_1_ambiguous_residue.html
│ │ │ │ @@ -195,15 +195,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">char pwiz::identdata::AmbiguousResidue::code</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00467">467</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00814">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00432">testAmbiguousResidue()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00814">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00813">testAmbiguousResidue()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/<a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1identdata_1_1_analysis_data.html
│ │ │ │ @@ -104,15 +104,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::vector&lt;SpectrumIdentificationListPtr&gt; pwiz::identdata::AnalysisData::spectrumIdentificationList</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00962">962</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00404">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00067">stripUnmappedMetadata()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00784">testAnalysisData()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00800">testDataCollection()</a>, <a class="el" href="_ident_data_test_8cpp_source.html#l00046">testDigestedPeptides()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00816">testIdentData()</a>, <a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00185">testMeasure()</a>, and <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00201">testSerialize()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00404">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00067">stripUnmappedMetadata()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00484">testAnalysisData()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01265">testDataCollection()</a>, <a class="el" href="_ident_data_test_8cpp_source.html#l00046">testDigestedPeptides()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00816">testIdentData()</a>, <a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00185">testMeasure()</a>, and <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00201">testSerialize()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="aa649fa2ef9911f9c098c1d8e6fab3d47" name="aa649fa2ef9911f9c098c1d8e6fab3d47"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#aa649fa2ef9911f9c098c1d8e6fab3d47">&#9670;&nbsp;</a></span>proteinDetectionListPtr</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -122,15 +122,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">ProteinDetectionListPtr pwiz::identdata::AnalysisData::proteinDetectionListPtr</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00963">963</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00404">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00067">stripUnmappedMetadata()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00784">testAnalysisData()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00816">testIdentData()</a>, and <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00201">testSerialize()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00404">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00067">stripUnmappedMetadata()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00484">testAnalysisData()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00816">testIdentData()</a>, and <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00201">testSerialize()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/<a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1identdata_1_1_analysis_software.html
│ │ │ │ @@ -170,15 +170,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::string pwiz::identdata::AnalysisSoftware::version</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00217">217</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00210">testAnalysisSoftware()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01243">testAnalysisSoftware()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a7d5b471edb6e4434ddd2f728b1c1e3e8" name="a7d5b471edb6e4434ddd2f728b1c1e3e8"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a7d5b471edb6e4434ddd2f728b1c1e3e8">&#9670;&nbsp;</a></span>URI</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -188,15 +188,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::string pwiz::identdata::AnalysisSoftware::URI</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00218">218</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00210">testAnalysisSoftware()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01243">testAnalysisSoftware()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a107a73b76ef168527be581768cf2e894" name="a107a73b76ef168527be581768cf2e894"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a107a73b76ef168527be581768cf2e894">&#9670;&nbsp;</a></span>customizations</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -206,15 +206,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::string pwiz::identdata::AnalysisSoftware::customizations</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00219">219</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00210">testAnalysisSoftware()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01243">testAnalysisSoftware()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="aa64db7e6204c2326649695d17529ece8" name="aa64db7e6204c2326649695d17529ece8"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#aa64db7e6204c2326649695d17529ece8">&#9670;&nbsp;</a></span>contactRolePtr</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1identdata_1_1_contact_role.html
│ │ │ │ @@ -200,15 +200,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">ContactPtr pwiz::identdata::ContactRole::contactPtr</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00180">180</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00697">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00168">testContactRole()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00697">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01212">testContactRole()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/<a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1identdata_1_1_data_collection.html
│ │ │ │ @@ -104,15 +104,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname"><a class="el" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_inputs.html">Inputs</a> pwiz::identdata::DataCollection::inputs</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00976">976</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00463">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00067">stripUnmappedMetadata()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00800">testDataCollection()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00151">testDBSequence()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00463">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00067">stripUnmappedMetadata()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01265">testDataCollection()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00151">testDBSequence()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a8e06ff541cf6817cbc595d25a51d1cc2" name="a8e06ff541cf6817cbc595d25a51d1cc2"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a8e06ff541cf6817cbc595d25a51d1cc2">&#9670;&nbsp;</a></span>analysisData</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -122,15 +122,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname"><a class="el" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_analysis_data.html">AnalysisData</a> pwiz::identdata::DataCollection::analysisData</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00977">977</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00463">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00067">stripUnmappedMetadata()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00800">testDataCollection()</a>, <a class="el" href="_ident_data_test_8cpp_source.html#l00046">testDigestedPeptides()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00816">testIdentData()</a>, <a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00185">testMeasure()</a>, and <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00201">testSerialize()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00463">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00067">stripUnmappedMetadata()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01265">testDataCollection()</a>, <a class="el" href="_ident_data_test_8cpp_source.html#l00046">testDigestedPeptides()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00816">testIdentData()</a>, <a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00185">testMeasure()</a>, and <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00201">testSerialize()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/<a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1identdata_1_1_database_translation.html
│ │ │ │ @@ -102,15 +102,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::vector&lt;int&gt; pwiz::identdata::DatabaseTranslation::frames</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00532">532</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00193">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00876">testDatabaseTranslation()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00193">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00876">testDatabaseTranslation()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a760a7b89a9ace6571cd0f2b39368a0e9" name="a760a7b89a9ace6571cd0f2b39368a0e9"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a760a7b89a9ace6571cd0f2b39368a0e9">&#9670;&nbsp;</a></span>translationTable</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -120,15 +120,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::vector&lt;TranslationTablePtr&gt; pwiz::identdata::DatabaseTranslation::translationTable</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00533">533</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00193">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00876">testDatabaseTranslation()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00193">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00876">testDatabaseTranslation()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/<a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config.html
│ │ │ │ @@ -46,15 +46,15 @@
│ │ │ │    <div class="summary">
│ │ │ │  <a href="#pub-methods">Public Member Functions</a> &#124;
│ │ │ │  <a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config-members.html">List of all members</a>  </div>
│ │ │ │    <div class="headertitle"><div class="title">pwiz::identdata::DiffConfig Struct Reference</div></div>
│ │ │ │  </div><!--header-->
│ │ │ │  <div class="contents">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p><code>#include &lt;<a class="el" href="data_2identdata_2diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>&gt;</code></p>
│ │ │ │ +<p><code>#include &lt;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>&gt;</code></p>
│ │ │ │  <div class="dynheader">
│ │ │ │  Inheritance diagram for pwiz::identdata::DiffConfig:</div>
│ │ │ │  <div class="dyncontent">
│ │ │ │   <div class="center">
│ │ │ │    <img src="structpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config.png" usemap="#pwiz::identdata::DiffConfig_map" alt=""/>
│ │ │ │    <map id="pwiz::identdata::DiffConfig_map" name="pwiz::identdata::DiffConfig_map">
│ │ │ │  <area href="structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html" alt="pwiz::data::BaseDiffConfig" shape="rect" coords="0,0,158,24"/>
│ │ │ │ @@ -77,15 +77,15 @@
│ │ │ │  <tr class="memitem:a82785e1acd0d6786a994138880923e25 inherit pub_attribs_structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">bool&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html#a82785e1acd0d6786a994138880923e25">partialDiffOK</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a82785e1acd0d6786a994138880923e25 inherit pub_attribs_structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memitem:a0bd80b8e3b2040ffdcdbcf77f9a6cf8c inherit pub_attribs_structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">bool&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html#a0bd80b8e3b2040ffdcdbcf77f9a6cf8c">ignoreVersions</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a0bd80b8e3b2040ffdcdbcf77f9a6cf8c inherit pub_attribs_structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  </table>
│ │ │ │  <a name="details" id="details"></a><h2 class="groupheader">Detailed Description</h2>
│ │ │ │  <div class="textblock">
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2diff_8hpp_source.html#l00395">395</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_8hpp_source.html#l00395">395</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  </div><h2 class="groupheader">Constructor &amp; Destructor Documentation</h2>
│ │ │ │  <a id="a815f35e311444168238e33c43e624f20" name="a815f35e311444168238e33c43e624f20"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a815f35e311444168238e33c43e624f20">&#9670;&nbsp;</a></span>DiffConfig()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │  <div class="memproto">
│ │ │ │  <table class="mlabels">
│ │ │ │ @@ -102,23 +102,23 @@
│ │ │ │    </td>
│ │ │ │    <td class="mlabels-right">
│ │ │ │  <span class="mlabels"><span class="mlabel">inline</span></span>  </td>
│ │ │ │    </tr>
│ │ │ │  </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2diff_8hpp_source.html#l00397">397</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_8hpp_source.html#l00397">397</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  398</span>        :   <a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html#a0fb639d33c1bc4ae272f37f1637290ae">BaseDiffConfig</a>(1.2e-6) <span class="comment">// Hack to make the maxdiff work</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  399</span>    {}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config_html_a0fb639d33c1bc4ae272f37f1637290ae"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html#a0fb639d33c1bc4ae272f37f1637290ae">pwiz::data::BaseDiffConfig::BaseDiffConfig</a></div><div class="ttdeci">BaseDiffConfig(double _precision=1e-6)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00043">diff_std.hpp:43</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │ -<li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/<a class="el" href="data_2identdata_2diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ │  <!-- start footer part -->
│ │ │ │  <hr class="footer"/><address class="footer"><small>
│ │ │ │  Generated by&#160;<a href="https://www.doxygen.org/index.html"><img class="footer" src="doxygen.svg" width="104" height="31" alt="doxygen"/></a> 1.9.4
│ │ │ │  </small></address>
│ │ │ │  </body>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme.html
│ │ │ │ @@ -174,15 +174,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::string pwiz::identdata::Enzyme::nTermGain</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00413">413</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00756">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00385">testEnzyme()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00756">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00679">testEnzyme()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="aa0b84f68c3dd910e4b27c8bc12e23e0f" name="aa0b84f68c3dd910e4b27c8bc12e23e0f"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#aa0b84f68c3dd910e4b27c8bc12e23e0f">&#9670;&nbsp;</a></span>cTermGain</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -192,15 +192,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::string pwiz::identdata::Enzyme::cTermGain</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00414">414</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00756">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00385">testEnzyme()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00756">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00679">testEnzyme()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ab1cbe7d7006de980bb3b05f3153273d5" name="ab1cbe7d7006de980bb3b05f3153273d5"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ab1cbe7d7006de980bb3b05f3153273d5">&#9670;&nbsp;</a></span>terminalSpecificity</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -210,15 +210,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">proteome::Digestion::Specificity pwiz::identdata::Enzyme::terminalSpecificity</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00415">415</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00756">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00385">testEnzyme()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00756">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00679">testEnzyme()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a221f7b5462f1a1d7b1ec74e8ebd49321" name="a221f7b5462f1a1d7b1ec74e8ebd49321"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a221f7b5462f1a1d7b1ec74e8ebd49321">&#9670;&nbsp;</a></span>missedCleavages</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -228,15 +228,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">int pwiz::identdata::Enzyme::missedCleavages</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00416">416</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00756">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00385">testEnzyme()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00756">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00679">testEnzyme()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a2626d7ab3029d5a9d690f9915c07932b" name="a2626d7ab3029d5a9d690f9915c07932b"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a2626d7ab3029d5a9d690f9915c07932b">&#9670;&nbsp;</a></span>minDistance</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -246,15 +246,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">int pwiz::identdata::Enzyme::minDistance</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00417">417</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00756">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00385">testEnzyme()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00756">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00679">testEnzyme()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a3e7fd2450d71d463d8303875fa4a4280" name="a3e7fd2450d71d463d8303875fa4a4280"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a3e7fd2450d71d463d8303875fa4a4280">&#9670;&nbsp;</a></span>siteRegexp</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -264,15 +264,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::string pwiz::identdata::Enzyme::siteRegexp</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00419">419</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00756">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_ident_data_test_8cpp_source.html#l00382">testCleavageAgent()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00385">testEnzyme()</a>, and <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00263">testPepXMLSpecificity()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00756">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_ident_data_test_8cpp_source.html#l00382">testCleavageAgent()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00679">testEnzyme()</a>, and <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00263">testPepXMLSpecificity()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="af5eb9b575d586be1ec159db1f2b9b524" name="af5eb9b575d586be1ec159db1f2b9b524"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#af5eb9b575d586be1ec159db1f2b9b524">&#9670;&nbsp;</a></span>enzymeName</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -282,15 +282,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname"><a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html">ParamContainer</a> pwiz::identdata::Enzyme::enzymeName</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00420">420</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00756">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_ident_data_test_8cpp_source.html#l00382">testCleavageAgent()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00385">testEnzyme()</a>, and <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00263">testPepXMLSpecificity()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00756">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_ident_data_test_8cpp_source.html#l00382">testCleavageAgent()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00679">testEnzyme()</a>, and <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00263">testPepXMLSpecificity()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/<a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1identdata_1_1_enzymes.html
│ │ │ │ @@ -104,15 +104,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">boost::logic::tribool pwiz::identdata::Enzymes::independent</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00433">433</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00505">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00405">testEnzymes()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00476">testSpectrumIdentificationProtocol()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00505">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00732">testEnzymes()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00476">testSpectrumIdentificationProtocol()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a66db72681742989e9d0b4482e322bb4f" name="a66db72681742989e9d0b4482e322bb4f"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a66db72681742989e9d0b4482e322bb4f">&#9670;&nbsp;</a></span>enzymes</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -122,15 +122,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::vector&lt;EnzymePtr&gt; pwiz::identdata::Enzymes::enzymes</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00435">435</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00505">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00067">stripUnmappedMetadata()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00405">testEnzymes()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00921">testSpectrumIdentificationProtocol()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00505">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00067">stripUnmappedMetadata()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00732">testEnzymes()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00921">testSpectrumIdentificationProtocol()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/<a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1identdata_1_1_filter.html
│ │ │ │ @@ -104,15 +104,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname"><a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html">ParamContainer</a> pwiz::identdata::Filter::filterType</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00503">503</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00476">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00464">testFilter()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00476">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00841">testFilter()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ad73a0c290a58d45a758679a20e232631" name="ad73a0c290a58d45a758679a20e232631"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ad73a0c290a58d45a758679a20e232631">&#9670;&nbsp;</a></span>include</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -122,15 +122,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname"><a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html">ParamContainer</a> pwiz::identdata::Filter::include</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00504">504</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00476">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00464">testFilter()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00476">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00841">testFilter()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a0aaa1f0074773328c001e258fe4abf6c" name="a0aaa1f0074773328c001e258fe4abf6c"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a0aaa1f0074773328c001e258fe4abf6c">&#9670;&nbsp;</a></span>exclude</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -140,15 +140,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname"><a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html">ParamContainer</a> pwiz::identdata::Filter::exclude</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00505">505</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00476">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00464">testFilter()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00476">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00841">testFilter()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/<a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1identdata_1_1_fragment_array.html
│ │ │ │ @@ -102,15 +102,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::vector&lt;double&gt; pwiz::identdata::FragmentArray::values</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00591">591</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00418">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00612">testFragmentArray()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00418">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00090">testFragmentArray()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a317db7059dc504060d7e7bc6d7521626" name="a317db7059dc504060d7e7bc6d7521626"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a317db7059dc504060d7e7bc6d7521626">&#9670;&nbsp;</a></span>measurePtr</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -120,15 +120,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">MeasurePtr pwiz::identdata::FragmentArray::measurePtr</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00592">592</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00418">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00612">testFragmentArray()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00418">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00090">testFragmentArray()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/<a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1identdata_1_1_ident_data.html
│ │ │ │ @@ -260,15 +260,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::vector&lt;<a class="el" href="structpwiz_1_1cv_1_1_c_v.html">CV</a>&gt; pwiz::identdata::IdentData::cvs</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l01004">1004</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00883">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01287">testIdentData()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00883">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01287">testIdentData()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a627983c7484acf698b27f07699e2f03f" name="a627983c7484acf698b27f07699e2f03f"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a627983c7484acf698b27f07699e2f03f">&#9670;&nbsp;</a></span>analysisSoftwareList</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -278,15 +278,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::vector&lt;AnalysisSoftwarePtr&gt; pwiz::identdata::IdentData::analysisSoftwareList</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l01006">1006</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00883">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00067">stripUnmappedMetadata()</a>, <a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00054">testContactRole()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01287">testIdentData()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00883">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00067">stripUnmappedMetadata()</a>, <a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00054">testContactRole()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01287">testIdentData()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a3fa98b1ec84b5a202f1654bef6dd94fe" name="a3fa98b1ec84b5a202f1654bef6dd94fe"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a3fa98b1ec84b5a202f1654bef6dd94fe">&#9670;&nbsp;</a></span>provider</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -314,15 +314,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::vector&lt;ContactPtr&gt; pwiz::identdata::IdentData::auditCollection</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l01010">1010</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00038">createMzid()</a>, <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00883">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00067">stripUnmappedMetadata()</a>, <a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00054">testContactRole()</a>, <a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00114">testContacts()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01287">testIdentData()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00038">createMzid()</a>, <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00883">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00067">stripUnmappedMetadata()</a>, <a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00054">testContactRole()</a>, <a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00114">testContacts()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01287">testIdentData()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ab919fd4f879e2e70b715995be91638c6" name="ab919fd4f879e2e70b715995be91638c6"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ab919fd4f879e2e70b715995be91638c6">&#9670;&nbsp;</a></span>analysisSampleCollection</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -422,15 +422,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::vector&lt;BibliographicReferencePtr&gt; pwiz::identdata::IdentData::bibliographicReference</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l01022">1022</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00883">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00067">stripUnmappedMetadata()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01287">testIdentData()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00883">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00067">stripUnmappedMetadata()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01287">testIdentData()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a7bfa6f02ef9e3571c4de633c40320e0c" name="a7bfa6f02ef9e3571c4de633c40320e0c"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a7bfa6f02ef9e3571c4de633c40320e0c">&#9670;&nbsp;</a></span>version_</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable.html
│ │ │ │ @@ -191,15 +191,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::string pwiz::identdata::Identifiable::id</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00070">70</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00756">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00107">testBibliographicReference()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00385">testEnzyme()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00066">testIdentifiable()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00337">testProteinDetection()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00503">testProteinDetectionProtocol()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00533">testSpectraData()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00476">testSpectrumIdentificationProtocol()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00756">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00107">testBibliographicReference()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00679">testEnzyme()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00043">testIdentifiable()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00337">testProteinDetection()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00976">testProteinDetectionProtocol()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00533">testSpectraData()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00921">testSpectrumIdentificationProtocol()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="af67268b911f95441e333d22a49e90ddb" name="af67268b911f95441e333d22a49e90ddb"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#af67268b911f95441e333d22a49e90ddb">&#9670;&nbsp;</a></span>name</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -209,15 +209,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::string pwiz::identdata::Identifiable::name</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00071">71</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_ident_data_test_8cpp_source.html#l00382">testCleavageAgent()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00066">testIdentifiable()</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00263">testPepXMLSpecificity()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00337">testProteinDetection()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00976">testProteinDetectionProtocol()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00921">testSpectrumIdentificationProtocol()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_ident_data_test_8cpp_source.html#l00382">testCleavageAgent()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00043">testIdentifiable()</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00263">testPepXMLSpecificity()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00337">testProteinDetection()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00976">testProteinDetectionProtocol()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00921">testSpectrumIdentificationProtocol()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/<a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable_param_container.html
│ │ │ │ @@ -263,15 +263,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::string pwiz::identdata::IdentifiableParamContainer::id</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00085">85</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00329">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01008">testContact()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00240">testDBSequence()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00078">testIdentifiableParamContainer()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00601">testMeasure()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00286">testPeptide()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00644">testPeptideEvidence()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00736">testProteinAmbiguityGroup()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00722">testProteinDetectionHypothesis()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00770">testProteinDetectionList()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00547">testSearchDatabase()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00566">testSourceFile()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00664">testSpectrumIdentificationItem()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00750">testSpectrumIdentificationList()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00691">testSpectrumIdentificationResult()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00329">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01008">testContact()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00240">testDBSequence()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00078">testIdentifiableParamContainer()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00601">testMeasure()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00286">testPeptide()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00644">testPeptideEvidence()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00736">testProteinAmbiguityGroup()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00722">testProteinDetectionHypothesis()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00770">testProteinDetectionList()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00547">testSearchDatabase()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00566">testSourceFile()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00664">testSpectrumIdentificationItem()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00750">testSpectrumIdentificationList()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00691">testSpectrumIdentificationResult()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a0c7444a20bc42a00287fa344b062b737" name="a0c7444a20bc42a00287fa344b062b737"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a0c7444a20bc42a00287fa344b062b737">&#9670;&nbsp;</a></span>name</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -281,15 +281,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::string pwiz::identdata::IdentifiableParamContainer::name</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00086">86</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00329">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01008">testContact()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00240">testDBSequence()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00078">testIdentifiableParamContainer()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00286">testPeptide()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00329">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01008">testContact()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00240">testDBSequence()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00078">testIdentifiableParamContainer()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00286">testPeptide()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/<a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1identdata_1_1_inputs.html
│ │ │ │ @@ -107,15 +107,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::vector&lt;SourceFilePtr&gt; pwiz::identdata::Inputs::sourceFile</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00946">946</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00448">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00067">stripUnmappedMetadata()</a>, <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00800">testDataCollection()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00581">testInputs()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00448">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00067">stripUnmappedMetadata()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01265">testDataCollection()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00641">testInputs()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a6c1eb288e0f6bfa31a49ba409d3bbaeb" name="a6c1eb288e0f6bfa31a49ba409d3bbaeb"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a6c1eb288e0f6bfa31a49ba409d3bbaeb">&#9670;&nbsp;</a></span>searchDatabase</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -125,15 +125,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::vector&lt;SearchDatabasePtr&gt; pwiz::identdata::Inputs::searchDatabase</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00947">947</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00448">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01265">testDataCollection()</a>, <a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00151">testDBSequence()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00581">testInputs()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00448">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01265">testDataCollection()</a>, <a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00151">testDBSequence()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00641">testInputs()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="acf4af52555130cbd104dc5ac2e7b31ca" name="acf4af52555130cbd104dc5ac2e7b31ca"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#acf4af52555130cbd104dc5ac2e7b31ca">&#9670;&nbsp;</a></span>spectraData</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -143,15 +143,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::vector&lt;SpectraDataPtr&gt; pwiz::identdata::Inputs::spectraData</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00948">948</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00448">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01265">testDataCollection()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00581">testInputs()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00448">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01265">testDataCollection()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00641">testInputs()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/<a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1identdata_1_1_ion_type.html
│ │ │ │ @@ -193,15 +193,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::vector&lt;int&gt; pwiz::identdata::IonType::index</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00611">611</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00269">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00626">testIonType()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00269">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00128">testIonType()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="aad5035ba001be10211a2d7a1acc32328" name="aad5035ba001be10211a2d7a1acc32328"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#aad5035ba001be10211a2d7a1acc32328">&#9670;&nbsp;</a></span>charge</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -211,15 +211,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">int pwiz::identdata::IonType::charge</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00612">612</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00269">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00626">testIonType()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00269">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00128">testIonType()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a239cdc2042a680da516d51b35be00b2d" name="a239cdc2042a680da516d51b35be00b2d"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a239cdc2042a680da516d51b35be00b2d">&#9670;&nbsp;</a></span>fragmentArray</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -229,15 +229,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::vector&lt;FragmentArrayPtr&gt; pwiz::identdata::IonType::fragmentArray</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00613">613</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00269">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00626">testIonType()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00269">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00128">testIonType()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/<a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1identdata_1_1_mass_table.html
│ │ │ │ @@ -127,15 +127,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::string pwiz::identdata::MassTable::id</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00484">484</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00516">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00445">testMassTable()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00516">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00745">testMassTable()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ac7f68b877ae36779f9b528345e7b50c1" name="ac7f68b877ae36779f9b528345e7b50c1"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ac7f68b877ae36779f9b528345e7b50c1">&#9670;&nbsp;</a></span>msLevel</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -145,15 +145,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::vector&lt;int&gt; pwiz::identdata::MassTable::msLevel</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00485">485</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00516">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00445">testMassTable()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00516">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00745">testMassTable()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a5a7eb49caddbbe13afceed035be10ebe" name="a5a7eb49caddbbe13afceed035be10ebe"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a5a7eb49caddbbe13afceed035be10ebe">&#9670;&nbsp;</a></span>residues</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -163,15 +163,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::vector&lt;ResiduePtr&gt; pwiz::identdata::MassTable::residues</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00487">487</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00516">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00445">testMassTable()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00516">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00745">testMassTable()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a74e11cb6029ced826949c8a320df74da" name="a74e11cb6029ced826949c8a320df74da"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a74e11cb6029ced826949c8a320df74da">&#9670;&nbsp;</a></span>ambiguousResidue</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -181,15 +181,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::vector&lt;AmbiguousResiduePtr&gt; pwiz::identdata::MassTable::ambiguousResidue</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00488">488</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00516">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00445">testMassTable()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00516">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00745">testMassTable()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/<a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_evidence.html
│ │ │ │ @@ -263,15 +263,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">DBSequencePtr pwiz::identdata::PeptideEvidence::dbSequencePtr</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00632">632</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00857">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00644">testPeptideEvidence()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00857">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00233">testPeptideEvidence()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a9f47da8defc5bd6c2cd41857aad7b596" name="a9f47da8defc5bd6c2cd41857aad7b596"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a9f47da8defc5bd6c2cd41857aad7b596">&#9670;&nbsp;</a></span>start</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -281,15 +281,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">int pwiz::identdata::PeptideEvidence::start</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00633">633</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00857">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00067">stripUnmappedMetadata()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00644">testPeptideEvidence()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00857">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00067">stripUnmappedMetadata()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00233">testPeptideEvidence()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ad80a4451c1049c39f2eb31d4039c6ea2" name="ad80a4451c1049c39f2eb31d4039c6ea2"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ad80a4451c1049c39f2eb31d4039c6ea2">&#9670;&nbsp;</a></span>end</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -299,15 +299,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">int pwiz::identdata::PeptideEvidence::end</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00634">634</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00857">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00067">stripUnmappedMetadata()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00644">testPeptideEvidence()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00857">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00067">stripUnmappedMetadata()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00233">testPeptideEvidence()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a1c6196a6500a24e0ba3692919507276a" name="a1c6196a6500a24e0ba3692919507276a"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a1c6196a6500a24e0ba3692919507276a">&#9670;&nbsp;</a></span>pre</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -317,15 +317,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">char pwiz::identdata::PeptideEvidence::pre</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00635">635</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00857">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00067">stripUnmappedMetadata()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00644">testPeptideEvidence()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00857">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00067">stripUnmappedMetadata()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00233">testPeptideEvidence()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ac796a3f0b2ca070aa70e0b35789e610e" name="ac796a3f0b2ca070aa70e0b35789e610e"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ac796a3f0b2ca070aa70e0b35789e610e">&#9670;&nbsp;</a></span>post</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -335,15 +335,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">char pwiz::identdata::PeptideEvidence::post</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00636">636</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00857">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00067">stripUnmappedMetadata()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00644">testPeptideEvidence()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00857">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00067">stripUnmappedMetadata()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00233">testPeptideEvidence()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="af40d5c25cbf28986efd8d9a6aa65a16d" name="af40d5c25cbf28986efd8d9a6aa65a16d"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#af40d5c25cbf28986efd8d9a6aa65a16d">&#9670;&nbsp;</a></span>translationTablePtr</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -353,15 +353,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">TranslationTablePtr pwiz::identdata::PeptideEvidence::translationTablePtr</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00637">637</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00857">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00644">testPeptideEvidence()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00857">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00233">testPeptideEvidence()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a2a81ab7ab169bd533088d9f54852d16f" name="a2a81ab7ab169bd533088d9f54852d16f"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a2a81ab7ab169bd533088d9f54852d16f">&#9670;&nbsp;</a></span>frame</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -371,15 +371,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">int pwiz::identdata::PeptideEvidence::frame</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00638">638</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00857">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00644">testPeptideEvidence()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00857">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00233">testPeptideEvidence()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a49f4012da2a2d8c14856eb362f83d341" name="a49f4012da2a2d8c14856eb362f83d341"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a49f4012da2a2d8c14856eb362f83d341">&#9670;&nbsp;</a></span>isDecoy</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -389,15 +389,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">bool pwiz::identdata::PeptideEvidence::isDecoy</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00639">639</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00857">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00644">testPeptideEvidence()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00857">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00233">testPeptideEvidence()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/<a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_hypothesis.html
│ │ │ │ @@ -102,15 +102,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">PeptideEvidencePtr pwiz::identdata::PeptideHypothesis::peptideEvidencePtr</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00808">808</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00544">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00710">testPeptideHypothesis()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00544">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00335">testPeptideHypothesis()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a500a051f27e16a5bf027bfbf1abb53d2" name="a500a051f27e16a5bf027bfbf1abb53d2"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a500a051f27e16a5bf027bfbf1abb53d2">&#9670;&nbsp;</a></span>spectrumIdentificationItemPtr</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -120,15 +120,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::vector&lt;SpectrumIdentificationItemPtr&gt; pwiz::identdata::PeptideHypothesis::spectrumIdentificationItemPtr</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00809">809</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00544">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00710">testPeptideHypothesis()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00544">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00335">testPeptideHypothesis()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/<a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1identdata_1_1_person.html
│ │ │ │ @@ -243,15 +243,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::string pwiz::identdata::Person::lastName</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00157">157</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00647">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00128">testPerson()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00647">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01047">testPerson()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="abac751c8520c28aa45d40040ba346e3e" name="abac751c8520c28aa45d40040ba346e3e"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#abac751c8520c28aa45d40040ba346e3e">&#9670;&nbsp;</a></span>firstName</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -261,15 +261,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::string pwiz::identdata::Person::firstName</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00158">158</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00647">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00128">testPerson()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00647">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01047">testPerson()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ac014496648eb2e65ff8e05d28c5fc073" name="ac014496648eb2e65ff8e05d28c5fc073"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ac014496648eb2e65ff8e05d28c5fc073">&#9670;&nbsp;</a></span>midInitials</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -279,15 +279,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::string pwiz::identdata::Person::midInitials</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00159">159</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00647">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00128">testPerson()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00647">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01047">testPerson()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="afa9fe1cdff254c65516fbf91a63ce959" name="afa9fe1cdff254c65516fbf91a63ce959"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#afa9fe1cdff254c65516fbf91a63ce959">&#9670;&nbsp;</a></span>affiliations</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -297,15 +297,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::vector&lt;OrganizationPtr&gt; pwiz::identdata::Person::affiliations</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00161">161</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00647">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00114">testContacts()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00128">testPerson()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00647">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="identdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00114">testContacts()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01047">testPerson()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/<a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_ambiguity_group.html
│ │ │ │ @@ -229,15 +229,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::vector&lt;ProteinDetectionHypothesisPtr&gt; pwiz::identdata::ProteinAmbiguityGroup::proteinDetectionHypothesis</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00844">844</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00570">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00736">testProteinAmbiguityGroup()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00570">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00301">testProteinAmbiguityGroup()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/<a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_hypothesis.html
│ │ │ │ @@ -234,15 +234,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">DBSequencePtr pwiz::identdata::ProteinDetectionHypothesis::dbSequencePtr</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00824">824</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00555">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00722">testProteinDetectionHypothesis()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00555">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00366">testProteinDetectionHypothesis()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a5453d42a7c820fc7c73f1119e4a0cb5d" name="a5453d42a7c820fc7c73f1119e4a0cb5d"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a5453d42a7c820fc7c73f1119e4a0cb5d">&#9670;&nbsp;</a></span>passThreshold</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -252,15 +252,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">bool pwiz::identdata::ProteinDetectionHypothesis::passThreshold</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00825">825</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00722">testProteinDetectionHypothesis()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00366">testProteinDetectionHypothesis()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a0d9976b587b7b8684d6d57bf744add8a" name="a0d9976b587b7b8684d6d57bf744add8a"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a0d9976b587b7b8684d6d57bf744add8a">&#9670;&nbsp;</a></span>peptideHypothesis</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -270,15 +270,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::vector&lt;<a class="el" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_hypothesis.html">PeptideHypothesis</a>&gt; pwiz::identdata::ProteinDetectionHypothesis::peptideHypothesis</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00826">826</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00555">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00722">testProteinDetectionHypothesis()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00555">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00366">testProteinDetectionHypothesis()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/<a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_list.html
│ │ │ │ @@ -229,15 +229,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::vector&lt;ProteinAmbiguityGroupPtr&gt; pwiz::identdata::ProteinDetectionList::proteinAmbiguityGroup</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00860">860</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00394">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00770">testProteinDetectionList()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00394">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00453">testProteinDetectionList()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/<a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_protocol.html
│ │ │ │ @@ -166,15 +166,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">AnalysisSoftwarePtr pwiz::identdata::ProteinDetectionProtocol::analysisSoftwarePtr</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00791">791</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00503">testProteinDetectionProtocol()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00976">testProteinDetectionProtocol()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a20ed9682347dc223936e0180c560a40a" name="a20ed9682347dc223936e0180c560a40a"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a20ed9682347dc223936e0180c560a40a">&#9670;&nbsp;</a></span>analysisParams</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1identdata_1_1_residue.html
│ │ │ │ @@ -122,15 +122,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">char pwiz::identdata::Residue::code</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00449">449</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00803">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00419">testResidue()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00803">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00785">testResidue()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a63f339cddb31d8e31cc2300bb7796050" name="a63f339cddb31d8e31cc2300bb7796050"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a63f339cddb31d8e31cc2300bb7796050">&#9670;&nbsp;</a></span>mass</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -140,15 +140,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">double pwiz::identdata::Residue::mass</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00450">450</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00803">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00419">testResidue()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00803">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00785">testResidue()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/<a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1identdata_1_1_sample.html
│ │ │ │ @@ -231,15 +231,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::vector&lt;ContactRolePtr&gt; pwiz::identdata::Sample::contactRole</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00200">200</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00718">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00193">testSample()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00718">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01151">testSample()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="aa784e5662a3c6b0311c3153e95649d9b" name="aa784e5662a3c6b0311c3153e95649d9b"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#aa784e5662a3c6b0311c3153e95649d9b">&#9670;&nbsp;</a></span>subSamples</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1identdata_1_1_search_database.html
│ │ │ │ @@ -259,15 +259,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::string pwiz::identdata::SearchDatabase::version</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00276">276</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00292">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00547">testSearchDatabase()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00292">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00519">testSearchDatabase()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a4ce5ebd65b95e1b17e8e39ec0d55274e" name="a4ce5ebd65b95e1b17e8e39ec0d55274e"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a4ce5ebd65b95e1b17e8e39ec0d55274e">&#9670;&nbsp;</a></span>releaseDate</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -277,15 +277,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::string pwiz::identdata::SearchDatabase::releaseDate</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00277">277</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00292">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00547">testSearchDatabase()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00292">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00519">testSearchDatabase()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a4b1b977117403139588b10e46904b2dd" name="a4b1b977117403139588b10e46904b2dd"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a4b1b977117403139588b10e46904b2dd">&#9670;&nbsp;</a></span>numDatabaseSequences</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -295,15 +295,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">long pwiz::identdata::SearchDatabase::numDatabaseSequences</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00278">278</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00292">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00547">testSearchDatabase()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00292">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00519">testSearchDatabase()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ad336b5080924ddb38ca5fd7088cafba9" name="ad336b5080924ddb38ca5fd7088cafba9"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ad336b5080924ddb38ca5fd7088cafba9">&#9670;&nbsp;</a></span>numResidues</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -313,15 +313,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">long pwiz::identdata::SearchDatabase::numResidues</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00279">279</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00292">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00547">testSearchDatabase()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00292">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00519">testSearchDatabase()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a6a6f25b9ddd71d48ce586f7501ea5a10" name="a6a6f25b9ddd71d48ce586f7501ea5a10"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a6a6f25b9ddd71d48ce586f7501ea5a10">&#9670;&nbsp;</a></span>fileFormat</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -331,15 +331,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname"><a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html">CVParam</a> pwiz::identdata::SearchDatabase::fileFormat</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00281">281</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00292">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00547">testSearchDatabase()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00292">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00519">testSearchDatabase()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="aefbc2e1edc0dd73dac980e619a00422a" name="aefbc2e1edc0dd73dac980e619a00422a"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#aefbc2e1edc0dd73dac980e619a00422a">&#9670;&nbsp;</a></span>databaseName</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -349,15 +349,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname"><a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html">ParamContainer</a> pwiz::identdata::SearchDatabase::databaseName</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00282">282</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00292">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00547">testSearchDatabase()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00292">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00519">testSearchDatabase()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/<a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1identdata_1_1_search_modification.html
│ │ │ │ @@ -219,15 +219,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">double pwiz::identdata::SearchModification::massDelta</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00393">393</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00489">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00368">testSearchModification()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00489">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00195">testSearchModification()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="aa26733e4773fac1162fbddbacfa3df36" name="aa26733e4773fac1162fbddbacfa3df36"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#aa26733e4773fac1162fbddbacfa3df36">&#9670;&nbsp;</a></span>residues</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -237,15 +237,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::vector&lt;char&gt; pwiz::identdata::SearchModification::residues</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00394">394</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00489">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00368">testSearchModification()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00489">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00195">testSearchModification()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ab44956a316841232851298d69b2dbd9e" name="ab44956a316841232851298d69b2dbd9e"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ab44956a316841232851298d69b2dbd9e">&#9670;&nbsp;</a></span>specificityRules</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1identdata_1_1_source_file.html
│ │ │ │ @@ -202,15 +202,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::string pwiz::identdata::SourceFile::location</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00925">925</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00431">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00566">testSourceFile()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00431">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00601">testSourceFile()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a83805e62a32395d9ce6f513b2155d1fd" name="a83805e62a32395d9ce6f513b2155d1fd"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a83805e62a32395d9ce6f513b2155d1fd">&#9670;&nbsp;</a></span>fileFormat</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -220,15 +220,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname"><a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html">CVParam</a> pwiz::identdata::SourceFile::fileFormat</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00926">926</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00431">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00566">testSourceFile()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00431">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00601">testSourceFile()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ad2b6fb3743eea096ad2fdd6f4b0e4aea" name="ad2b6fb3743eea096ad2fdd6f4b0e4aea"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ad2b6fb3743eea096ad2fdd6f4b0e4aea">&#9670;&nbsp;</a></span>externalFormatDocumentation</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -238,15 +238,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::vector&lt;std::string&gt; pwiz::identdata::SourceFile::externalFormatDocumentation</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00928">928</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00431">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00566">testSourceFile()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00431">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00601">testSourceFile()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/<a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1identdata_1_1_spectra_data.html
│ │ │ │ @@ -168,15 +168,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::string pwiz::identdata::SpectraData::location</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00702">702</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00314">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00533">testSpectraData()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00314">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00567">testSpectraData()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="affed8000b1e9981d024a7b3a558ef1c4" name="affed8000b1e9981d024a7b3a558ef1c4"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#affed8000b1e9981d024a7b3a558ef1c4">&#9670;&nbsp;</a></span>externalFormatDocumentation</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -186,15 +186,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::vector&lt;std::string&gt; pwiz::identdata::SpectraData::externalFormatDocumentation</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00704">704</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00314">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00533">testSpectraData()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00314">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00567">testSpectraData()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a1ec4011f051c844db85d6566abcd14a9" name="a1ec4011f051c844db85d6566abcd14a9"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a1ec4011f051c844db85d6566abcd14a9">&#9670;&nbsp;</a></span>fileFormat</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -204,15 +204,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname"><a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html">CVParam</a> pwiz::identdata::SpectraData::fileFormat</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00705">705</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00314">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00533">testSpectraData()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00314">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00567">testSpectraData()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a96c8d1effd8f8ff2c34c917f51369729" name="a96c8d1effd8f8ff2c34c917f51369729"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a96c8d1effd8f8ff2c34c917f51369729">&#9670;&nbsp;</a></span>spectrumIDFormat</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_list.html
│ │ │ │ @@ -235,15 +235,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">long pwiz::identdata::SpectrumIdentificationList::numSequencesSearched</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00748">748</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00380">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00750">testSpectrumIdentificationList()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00380">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00415">testSpectrumIdentificationList()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a83b35e89fe03c50e0b69717adfc8770c" name="a83b35e89fe03c50e0b69717adfc8770c"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a83b35e89fe03c50e0b69717adfc8770c">&#9670;&nbsp;</a></span>fragmentationTable</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -253,15 +253,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::vector&lt;MeasurePtr&gt; pwiz::identdata::SpectrumIdentificationList::fragmentationTable</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00750">750</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00380">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00750">testSpectrumIdentificationList()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00380">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00415">testSpectrumIdentificationList()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a6fca7937b41a9a69e747cc4a5ca2539a" name="a6fca7937b41a9a69e747cc4a5ca2539a"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a6fca7937b41a9a69e747cc4a5ca2539a">&#9670;&nbsp;</a></span>spectrumIdentificationResult</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -271,15 +271,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::vector&lt;SpectrumIdentificationResultPtr&gt; pwiz::identdata::SpectrumIdentificationList::spectrumIdentificationResult</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00751">751</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00380">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00750">testSpectrumIdentificationList()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00380">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00415">testSpectrumIdentificationList()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/<a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_protocol.html
│ │ │ │ @@ -182,15 +182,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">AnalysisSoftwarePtr pwiz::identdata::SpectrumIdentificationProtocol::analysisSoftwarePtr</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00550">550</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00204">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00476">testSpectrumIdentificationProtocol()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00204">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00921">testSpectrumIdentificationProtocol()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a36890f75e9ffdcc6feb9ca371f906c64" name="a36890f75e9ffdcc6feb9ca371f906c64"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a36890f75e9ffdcc6feb9ca371f906c64">&#9670;&nbsp;</a></span>searchType</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -200,15 +200,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname"><a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html">CVParam</a> pwiz::identdata::SpectrumIdentificationProtocol::searchType</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00552">552</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00204">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00476">testSpectrumIdentificationProtocol()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00204">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00921">testSpectrumIdentificationProtocol()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a1061f3f1386ea249e7d29dcc4d3fe109" name="a1061f3f1386ea249e7d29dcc4d3fe109"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a1061f3f1386ea249e7d29dcc4d3fe109">&#9670;&nbsp;</a></span>additionalSearchParams</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -218,15 +218,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname"><a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html">ParamContainer</a> pwiz::identdata::SpectrumIdentificationProtocol::additionalSearchParams</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00553">553</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00204">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00476">testSpectrumIdentificationProtocol()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00204">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00921">testSpectrumIdentificationProtocol()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a51abf15498c44e1a3e1defafcbe9deb4" name="a51abf15498c44e1a3e1defafcbe9deb4"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a51abf15498c44e1a3e1defafcbe9deb4">&#9670;&nbsp;</a></span>modificationParams</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -236,15 +236,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::vector&lt;SearchModificationPtr&gt; pwiz::identdata::SpectrumIdentificationProtocol::modificationParams</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00554">554</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00204">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00476">testSpectrumIdentificationProtocol()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00204">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00921">testSpectrumIdentificationProtocol()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ac01c0889ca628dec563bfbd2506c6740" name="ac01c0889ca628dec563bfbd2506c6740"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ac01c0889ca628dec563bfbd2506c6740">&#9670;&nbsp;</a></span>enzymes</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -254,15 +254,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname"><a class="el" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_enzymes.html">Enzymes</a> pwiz::identdata::SpectrumIdentificationProtocol::enzymes</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00555">555</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00204">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00067">stripUnmappedMetadata()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00476">testSpectrumIdentificationProtocol()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00204">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00067">stripUnmappedMetadata()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00921">testSpectrumIdentificationProtocol()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="aca3304da67269f1340d8b34bb9bf82a3" name="aca3304da67269f1340d8b34bb9bf82a3"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#aca3304da67269f1340d8b34bb9bf82a3">&#9670;&nbsp;</a></span>massTable</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -272,15 +272,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::vector&lt;MassTablePtr&gt; pwiz::identdata::SpectrumIdentificationProtocol::massTable</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00556">556</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00204">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00067">stripUnmappedMetadata()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00476">testSpectrumIdentificationProtocol()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00204">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00067">stripUnmappedMetadata()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00921">testSpectrumIdentificationProtocol()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ab2459f66893df5951d4b3f01adbe9fdb" name="ab2459f66893df5951d4b3f01adbe9fdb"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ab2459f66893df5951d4b3f01adbe9fdb">&#9670;&nbsp;</a></span>fragmentTolerance</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -290,15 +290,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname"><a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html">ParamContainer</a> pwiz::identdata::SpectrumIdentificationProtocol::fragmentTolerance</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00557">557</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00204">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00476">testSpectrumIdentificationProtocol()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00204">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00921">testSpectrumIdentificationProtocol()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="adb4a840b02b21bdf693c9cf5f3f3c53c" name="adb4a840b02b21bdf693c9cf5f3f3c53c"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#adb4a840b02b21bdf693c9cf5f3f3c53c">&#9670;&nbsp;</a></span>parentTolerance</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -308,15 +308,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname"><a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html">ParamContainer</a> pwiz::identdata::SpectrumIdentificationProtocol::parentTolerance</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00558">558</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00204">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00476">testSpectrumIdentificationProtocol()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00204">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00921">testSpectrumIdentificationProtocol()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ae755795f470d5ea6c6bb0b95db40bfdf" name="ae755795f470d5ea6c6bb0b95db40bfdf"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ae755795f470d5ea6c6bb0b95db40bfdf">&#9670;&nbsp;</a></span>threshold</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -326,15 +326,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname"><a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html">ParamContainer</a> pwiz::identdata::SpectrumIdentificationProtocol::threshold</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00559">559</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00204">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00067">stripUnmappedMetadata()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00476">testSpectrumIdentificationProtocol()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00204">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00067">stripUnmappedMetadata()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00921">testSpectrumIdentificationProtocol()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ac3eb5e6217ec6dcb3592dc4d43cce0b7" name="ac3eb5e6217ec6dcb3592dc4d43cce0b7"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ac3eb5e6217ec6dcb3592dc4d43cce0b7">&#9670;&nbsp;</a></span>databaseFilters</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -344,15 +344,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::vector&lt;FilterPtr&gt; pwiz::identdata::SpectrumIdentificationProtocol::databaseFilters</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00560">560</a> of file <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00204">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00067">stripUnmappedMetadata()</a>, and <a class="el" href="identdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00476">testSpectrumIdentificationProtocol()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00204">pwiz::identdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_serializer__pep_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00067">stripUnmappedMetadata()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00921">testSpectrumIdentificationProtocol()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="aba540000249eb79e15e091e03ed477c8" name="aba540000249eb79e15e091e03ed477c8"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#aba540000249eb79e15e091e03ed477c8">&#9670;&nbsp;</a></span>databaseTranslation</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array.html
│ │ │ │ @@ -183,15 +183,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>this optional attribute may reference the 'id' attribute of the appropriate dataProcessing. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00407">407</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00412">testBinaryDataArray()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00487">testBinaryDataArray()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="aa005a9d4d2fa55fabeb58448e4f7542b" name="aa005a9d4d2fa55fabeb58448e4f7542b"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#aa005a9d4d2fa55fabeb58448e4f7542b">&#9670;&nbsp;</a></span>data</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -203,15 +203,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>the binary data. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00410">410</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp_source.html#l00086">makeSpectrumPtr()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00412">testBinaryDataArray()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00466">testBinaryDataArrayExternalMetadata()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp_source.html#l00086">makeSpectrumPtr()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00487">testBinaryDataArray()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00466">testBinaryDataArrayExternalMetadata()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/<a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram.html
│ │ │ │ @@ -487,15 +487,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>this attribute can optionally reference the 'id' of the appropriate dataProcessing. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00583">583</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00380">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00569">testChromatogram()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00380">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00600">testChromatogram()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="aa3b6c6bf786e89580db142fcb41f7275" name="aa3b6c6bf786e89580db142fcb41f7275"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#aa3b6c6bf786e89580db142fcb41f7275">&#9670;&nbsp;</a></span>precursor</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -547,15 +547,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>list of binary data arrays. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00592">592</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00380">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00569">testChromatogram()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00380">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00600">testChromatogram()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/<a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram_identity.html
│ │ │ │ @@ -131,15 +131,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>the zero-based, consecutive index of the chromatogram in the <a class="el" href="classpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram_list.html" title="Interface for accessing chromatograms, which may be stored in memory or backed by a data file (RAW,...">ChromatogramList</a>. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00492">492</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_chromatogram_list___filter_test_8cpp_source.html#l00111">EvenPredicate::accept()</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list___filter_test_8cpp_source.html#l00145">SelectedIndexPredicate::accept()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00380">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list_wrapper_test_8cpp_source.html#l00050">test()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00569">testChromatogram()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_chromatogram_list___filter_test_8cpp_source.html#l00111">EvenPredicate::accept()</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list___filter_test_8cpp_source.html#l00145">SelectedIndexPredicate::accept()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00380">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list_wrapper_test_8cpp_source.html#l00050">test()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00600">testChromatogram()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a0e9706cb46d18774e6856fcaac73dcb6" name="a0e9706cb46d18774e6856fcaac73dcb6"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a0e9706cb46d18774e6856fcaac73dcb6">&#9670;&nbsp;</a></span>id</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -151,15 +151,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>a unique identifier for this chromatogram. It should be expected that external files may use this identifier together with the mzML filename or accession to reference a particular chromatogram. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00495">495</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00380">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list_wrapper_test_8cpp_source.html#l00050">test()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00569">testChromatogram()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00380">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list_wrapper_test_8cpp_source.html#l00050">test()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00600">testChromatogram()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a85794bba3cf7ec88cd6745e2b270a321" name="a85794bba3cf7ec88cd6745e2b270a321"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a85794bba3cf7ec88cd6745e2b270a321">&#9670;&nbsp;</a></span>sourceFilePosition</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram_list_simple.html
│ │ │ │ @@ -296,15 +296,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::vector&lt;<a class="el" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a926d2288e47c1567971bcf2380c97007">ChromatogramPtr</a>&gt; pwiz::msdata::ChromatogramListSimple::chromatograms</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00792">792</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00788">testChromatogramList()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00810">testChromatogramListWithPositions()</a>, and <a class="el" href="_m_s_data_test_8cpp_source.html#l00168">testChromatograms()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00725">testChromatogramList()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00810">testChromatogramListWithPositions()</a>, and <a class="el" href="_m_s_data_test_8cpp_source.html#l00168">testChromatograms()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ad8690ffdbd15120a0d5c958de68406f5" name="ad8690ffdbd15120a0d5c958de68406f5"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ad8690ffdbd15120a0d5c958de68406f5">&#9670;&nbsp;</a></span>dp</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -314,15 +314,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname"><a class="el" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a014a758f7a4ba67d1c0c57b1c70a2879">DataProcessingPtr</a> pwiz::msdata::ChromatogramListSimple::dp</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00793">793</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00788">testChromatogramList()</a>, and <a class="el" href="_m_s_data_test_8cpp_source.html#l00168">testChromatograms()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00725">testChromatogramList()</a>, and <a class="el" href="_m_s_data_test_8cpp_source.html#l00168">testChromatograms()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/<a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1msdata_1_1_component.html
│ │ │ │ @@ -350,15 +350,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>this attribute MUST be used to indicate the order in which the components are encountered from source to detector (e.g., in a Q-TOF, the quadrupole would have the lower order number, and the TOF the higher number of the two). </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00137">137</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00222">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00156">testComponent()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00249">testInstrumentConfiguration()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00175">testSource()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00222">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00156">testComponent()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00249">testInstrumentConfiguration()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00175">testSource()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/<a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1msdata_1_1_component_list.html
│ │ │ │ @@ -101,15 +101,15 @@
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>returns the source component with ordinal &lt;index+1&gt; </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00110">testComponentList()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00134">testInstrumentConfiguration()</a>, and <a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp_source.html#l00079">testIonisation()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00110">testComponentList()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00249">testInstrumentConfiguration()</a>, and <a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp_source.html#l00079">testIonisation()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ae55f466e23932f44979d20d7aef2f405" name="ae55f466e23932f44979d20d7aef2f405"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ae55f466e23932f44979d20d7aef2f405">&#9670;&nbsp;</a></span>analyzer() <span class="overload">[1/2]</span></h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -145,15 +145,15 @@
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>returns the detector component with ordinal &lt;index+1&gt; </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00110">testComponentList()</a>, <a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp_source.html#l00139">testDetector()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00249">testInstrumentConfiguration()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00110">testComponentList()</a>, <a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp_source.html#l00139">testDetector()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00249">testInstrumentConfiguration()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="aa597ad802eab6b8fb0d970a1448e641e" name="aa597ad802eab6b8fb0d970a1448e641e"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#aa597ad802eab6b8fb0d970a1448e641e">&#9670;&nbsp;</a></span>source() <span class="overload">[2/2]</span></h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1msdata_1_1_data_processing.html
│ │ │ │ @@ -129,15 +129,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>a unique identifier for this data processing that is unique across all DataProcessingTypes. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00276">276</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00266">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00300">testDataProcessing()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00266">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00311">testDataProcessing()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="aacbfc8dbff7732ca2c85f9af3f11ebc3" name="aacbfc8dbff7732ca2c85f9af3f11ebc3"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#aacbfc8dbff7732ca2c85f9af3f11ebc3">&#9670;&nbsp;</a></span>processingMethods</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -149,15 +149,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>description of the default peak processing method(s). This element describes the base method used in the generation of a particular mzML file. Variable methods should be described in the appropriate acquisition section - if no acquisition-specific details are found, then this information serves as the default. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00279">279</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00266">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00300">testDataProcessing()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00266">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00311">testDataProcessing()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/<a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html
│ │ │ │ @@ -50,15 +50,15 @@
│ │ │ │    <div class="headertitle"><div class="title">pwiz::msdata::DiffConfig Struct Reference</div></div>
│ │ │ │  </div><!--header-->
│ │ │ │  <div class="contents">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>configuration struct for diffing <a class="el" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html" title="This is the root element of ProteoWizard; it represents the mzML element, defined as: intended to cap...">MSData</a> types  
│ │ │ │   <a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#details">More...</a></p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p><code>#include &lt;<a class="el" href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>&gt;</code></p>
│ │ │ │ +<p><code>#include &lt;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>&gt;</code></p>
│ │ │ │  <div class="dynheader">
│ │ │ │  Inheritance diagram for pwiz::msdata::DiffConfig:</div>
│ │ │ │  <div class="dyncontent">
│ │ │ │   <div class="center">
│ │ │ │    <img src="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.png" usemap="#pwiz::msdata::DiffConfig_map" alt=""/>
│ │ │ │    <map id="pwiz::msdata::DiffConfig_map" name="pwiz::msdata::DiffConfig_map">
│ │ │ │  <area href="structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html" alt="pwiz::data::BaseDiffConfig" shape="rect" coords="0,0,158,24"/>
│ │ │ │ @@ -97,15 +97,15 @@
│ │ │ │  <tr class="separator:a82785e1acd0d6786a994138880923e25 inherit pub_attribs_structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memitem:a0bd80b8e3b2040ffdcdbcf77f9a6cf8c inherit pub_attribs_structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">bool&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html#a0bd80b8e3b2040ffdcdbcf77f9a6cf8c">ignoreVersions</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a0bd80b8e3b2040ffdcdbcf77f9a6cf8c inherit pub_attribs_structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  </table>
│ │ │ │  <a name="details" id="details"></a><h2 class="groupheader">Detailed Description</h2>
│ │ │ │  <div class="textblock"><p >configuration struct for diffing <a class="el" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html" title="This is the root element of ProteoWizard; it represents the mzML element, defined as: intended to cap...">MSData</a> types </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00205">205</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00205">205</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  </div><h2 class="groupheader">Constructor &amp; Destructor Documentation</h2>
│ │ │ │  <a id="a713162f2990ed076b3e67b6d0715cb8f" name="a713162f2990ed076b3e67b6d0715cb8f"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a713162f2990ed076b3e67b6d0715cb8f">&#9670;&nbsp;</a></span>DiffConfig()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │  <div class="memproto">
│ │ │ │  <table class="mlabels">
│ │ │ │ @@ -122,30 +122,30 @@
│ │ │ │    </td>
│ │ │ │    <td class="mlabels-right">
│ │ │ │  <span class="mlabels"><span class="mlabel">inline</span></span>  </td>
│ │ │ │    </tr>
│ │ │ │  </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00224">224</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00224">224</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  225</span>    :   <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html">pwiz::data::BaseDiffConfig</a>(),</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  226</span>        <a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a66b2e2c296f354f2acc5f4b7461c87da">ignoreIdentity</a>(<span class="keyword">false</span>),</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  227</span>        <a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a">ignoreMetadata</a>(<span class="keyword">false</span>),</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  228</span>        <a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a1cda6ed2acc8a046a0e32910a2c79c81">ignoreExtraBinaryDataArrays</a>(<span class="keyword">false</span>),</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  229</span>        <a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a663c46fc71667568ef89abf804973c2a">ignoreSpectra</a>(<span class="keyword">false</span>),</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  230</span>        <a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#ae0bb4b67247d54cf960936921af98951">ignoreChromatograms</a>(<span class="keyword">false</span>),</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  231</span>        <a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a467b31c113a88383b277d5cc4841ba4c">ignoreDataProcessing</a>(<span class="keyword">false</span>)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  232</span>    {}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html">pwiz::data::BaseDiffConfig</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00041">diff_std.hpp:42</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreMetadata</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreMetadata</div><div class="ttdoc">ignore all file level metadata, and most scan level metadata, i.e.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00214">Diff.hpp:214</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a1cda6ed2acc8a046a0e32910a2c79c81"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a1cda6ed2acc8a046a0e32910a2c79c81">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreExtraBinaryDataArrays</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreExtraBinaryDataArrays</div><div class="ttdoc">ignore arrays like mobility, charge state, noise, SNR, etc.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00217">Diff.hpp:217</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a467b31c113a88383b277d5cc4841ba4c"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a467b31c113a88383b277d5cc4841ba4c">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreDataProcessing</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreDataProcessing</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00222">Diff.hpp:222</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a663c46fc71667568ef89abf804973c2a"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a663c46fc71667568ef89abf804973c2a">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreSpectra</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreSpectra</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00219">Diff.hpp:219</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a66b2e2c296f354f2acc5f4b7461c87da"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a66b2e2c296f354f2acc5f4b7461c87da">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreIdentity</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreIdentity</div><div class="ttdoc">ignore members of SpectrumIdentity and ChromatogramIdentity</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00208">Diff.hpp:208</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_ae0bb4b67247d54cf960936921af98951"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#ae0bb4b67247d54cf960936921af98951">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreChromatograms</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreChromatograms</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00220">Diff.hpp:220</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreMetadata</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreMetadata</div><div class="ttdoc">ignore all file level metadata, and most scan level metadata, i.e.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00214">Diff.hpp:214</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a1cda6ed2acc8a046a0e32910a2c79c81"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a1cda6ed2acc8a046a0e32910a2c79c81">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreExtraBinaryDataArrays</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreExtraBinaryDataArrays</div><div class="ttdoc">ignore arrays like mobility, charge state, noise, SNR, etc.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00217">Diff.hpp:217</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a467b31c113a88383b277d5cc4841ba4c"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a467b31c113a88383b277d5cc4841ba4c">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreDataProcessing</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreDataProcessing</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00222">Diff.hpp:222</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a663c46fc71667568ef89abf804973c2a"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a663c46fc71667568ef89abf804973c2a">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreSpectra</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreSpectra</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00219">Diff.hpp:219</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a66b2e2c296f354f2acc5f4b7461c87da"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a66b2e2c296f354f2acc5f4b7461c87da">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreIdentity</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreIdentity</div><div class="ttdoc">ignore members of SpectrumIdentity and ChromatogramIdentity</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00208">Diff.hpp:208</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_ae0bb4b67247d54cf960936921af98951"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#ae0bb4b67247d54cf960936921af98951">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreChromatograms</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreChromatograms</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00220">Diff.hpp:220</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <h2 class="groupheader">Member Data Documentation</h2>
│ │ │ │  <a id="a66b2e2c296f354f2acc5f4b7461c87da" name="a66b2e2c296f354f2acc5f4b7461c87da"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a66b2e2c296f354f2acc5f4b7461c87da">&#9670;&nbsp;</a></span>ignoreIdentity</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │ @@ -156,15 +156,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">bool pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreIdentity</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>ignore members of <a class="el" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_identity.html" title="Identifying information for a spectrum.">SpectrumIdentity</a> and <a class="el" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram_identity.html" title="Identifying information for a chromatogram.">ChromatogramIdentity</a> </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00208">208</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00208">208</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_serializer___m_g_f___test_8cpp_source.html#l00141">testWriteRead()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a" name="a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a">&#9670;&nbsp;</a></span>ignoreMetadata</h2>
│ │ │ │ @@ -180,15 +180,15 @@
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>ignore all file level metadata, and most scan level metadata, i.e. </p>
│ │ │ │  <p >verify scan binary data, plus important scan metadata:</p><ul>
│ │ │ │  <li>msLevel</li>
│ │ │ │  <li>precursor.ionSelection </li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00214">214</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00214">214</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_chromatogram_list___lockmass_refiner_test_8cpp_source.html#l00040">test()</a>, <a class="el" href="_serializer__mz_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00044">testWriteRead()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00162">testWriteReadBMS1()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00224">testWriteReadBMS2()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00183">testWriteReadCMS1()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00245">testWriteReadCMS2()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00141">testWriteReadMS1()</a>, and <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00204">testWriteReadMS2()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a1cda6ed2acc8a046a0e32910a2c79c81" name="a1cda6ed2acc8a046a0e32910a2c79c81"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a1cda6ed2acc8a046a0e32910a2c79c81">&#9670;&nbsp;</a></span>ignoreExtraBinaryDataArrays</h2>
│ │ │ │ @@ -200,15 +200,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">bool pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreExtraBinaryDataArrays</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>ignore arrays like mobility, charge state, noise, SNR, etc. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00217">217</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00217">217</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a663c46fc71667568ef89abf804973c2a" name="a663c46fc71667568ef89abf804973c2a"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a663c46fc71667568ef89abf804973c2a">&#9670;&nbsp;</a></span>ignoreSpectra</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -216,15 +216,15 @@
│ │ │ │        <table class="memname">
│ │ │ │          <tr>
│ │ │ │            <td class="memname">bool pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreSpectra</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00219">219</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00219">219</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ae0bb4b67247d54cf960936921af98951" name="ae0bb4b67247d54cf960936921af98951"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ae0bb4b67247d54cf960936921af98951">&#9670;&nbsp;</a></span>ignoreChromatograms</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -232,15 +232,15 @@
│ │ │ │        <table class="memname">
│ │ │ │          <tr>
│ │ │ │            <td class="memname">bool pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreChromatograms</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00220">220</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00220">220</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp_source.html#l00225">test()</a>, and <a class="el" href="_serializer___m_g_f___test_8cpp_source.html#l00141">testWriteRead()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a467b31c113a88383b277d5cc4841ba4c" name="a467b31c113a88383b277d5cc4841ba4c"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a467b31c113a88383b277d5cc4841ba4c">&#9670;&nbsp;</a></span>ignoreDataProcessing</h2>
│ │ │ │ @@ -250,22 +250,22 @@
│ │ │ │        <table class="memname">
│ │ │ │          <tr>
│ │ │ │            <td class="memname">bool pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreDataProcessing</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00222">222</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00222">222</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00162">testWriteReadBMS1()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00224">testWriteReadBMS2()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00183">testWriteReadCMS1()</a>, and <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00245">testWriteReadCMS2()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │ -<li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/<a class="el" href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ │  <!-- start footer part -->
│ │ │ │  <hr class="footer"/><address class="footer"><small>
│ │ │ │  Generated by&#160;<a href="https://www.doxygen.org/index.html"><img class="footer" src="doxygen.svg" width="104" height="31" alt="doxygen"/></a> 1.9.4
│ │ │ │  </small></address>
│ │ │ │  </body>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1msdata_1_1_file_description.html
│ │ │ │ @@ -113,15 +113,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>this summarizes the different types of spectra that can be expected in the file. This is expected to aid processing software in skipping files that do not contain appropriate spectrum types for it. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00087">87</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_g_f___test_8cpp_source.html#l00040">initializeTinyMGF()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00039">initializeTinyMS1()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00086">initializeTinyMS2()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00137">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_merger_test_8cpp_source.html#l00036">test()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00214">testFileDescription()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00464">testMSData()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_g_f___test_8cpp_source.html#l00040">initializeTinyMGF()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00039">initializeTinyMS1()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00086">initializeTinyMS2()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00137">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_merger_test_8cpp_source.html#l00036">test()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00084">testFileDescription()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00888">testMSData()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="af4332e803756d9dc627694cda1c5ab1a" name="af4332e803756d9dc627694cda1c5ab1a"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#af4332e803756d9dc627694cda1c5ab1a">&#9670;&nbsp;</a></span>sourceFilePtrs</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -133,15 +133,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>list and descriptions of the source files this mzML document was generated or derived from. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00090">90</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp_source.html#l00051">hackInMemoryMSData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00039">initializeTinyMS1()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00086">initializeTinyMS2()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00137">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_merger_test_8cpp_source.html#l00036">test()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00214">testFileDescription()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00428">testRun()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00188">testScanSettings()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp_source.html#l00348">testSHA1()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00346">testSpectrum()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp_source.html#l00051">hackInMemoryMSData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00039">initializeTinyMS1()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00086">initializeTinyMS2()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00137">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_merger_test_8cpp_source.html#l00036">test()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00084">testFileDescription()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00428">testRun()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00188">testScanSettings()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp_source.html#l00348">testSHA1()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00346">testSpectrum()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a1dc95627cff573c02bf1ac30a8b2746c" name="a1dc95627cff573c02bf1ac30a8b2746c"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a1dc95627cff573c02bf1ac30a8b2746c">&#9670;&nbsp;</a></span>contacts</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -153,15 +153,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>structure allowing the use of a controlled (cvParam) or uncontrolled vocabulary (userParam), or a reference to a predefined set of these in this mzML file (paramGroupRef) </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00093">93</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00137">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00214">testFileDescription()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00137">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00084">testFileDescription()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/<a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1msdata_1_1_instrument_configuration.html
│ │ │ │ @@ -210,15 +210,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>an identifier for this instrument configuration. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00232">232</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00201">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00274">testInstrumentConfiguration()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00201">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00249">testInstrumentConfiguration()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a02166dc2bcd79876e586a8e8c6682ae8" name="a02166dc2bcd79876e586a8e8c6682ae8"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a02166dc2bcd79876e586a8e8c6682ae8">&#9670;&nbsp;</a></span>componentList</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -230,15 +230,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>list with the different components used in the mass spectrometer. At least one source, one mass analyzer and one detector need to be specified. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00235">235</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00201">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp_source.html#l00109">testAnalyzer()</a>, <a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp_source.html#l00139">testDetector()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00274">testInstrumentConfiguration()</a>, and <a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp_source.html#l00079">testIonisation()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00201">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp_source.html#l00109">testAnalyzer()</a>, <a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp_source.html#l00139">testDetector()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00249">testInstrumentConfiguration()</a>, and <a class="el" href="_legacy_adapter_test_8cpp_source.html#l00079">testIonisation()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="adc3be91bf35b135f617462a43b9287ea" name="adc3be91bf35b135f617462a43b9287ea"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#adc3be91bf35b135f617462a43b9287ea">&#9670;&nbsp;</a></span>softwarePtr</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -250,15 +250,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>reference to a previously defined software element. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00238">238</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00201">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00274">testInstrumentConfiguration()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00201">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00249">testInstrumentConfiguration()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="aede182035aee62cf756c49382ce9d027" name="aede182035aee62cf756c49382ce9d027"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#aede182035aee62cf756c49382ce9d027">&#9670;&nbsp;</a></span>scanSettingsPtr</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html
│ │ │ │ @@ -398,15 +398,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>an optional accession number for the mzML document. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00852">852</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00094">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00888">testMSData()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00094">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00888">testMSData()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a8997fac00442c1b113110e0539c83626" name="a8997fac00442c1b113110e0539c83626"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a8997fac00442c1b113110e0539c83626">&#9670;&nbsp;</a></span>id</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -418,15 +418,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>an optional id for the mzML document. It is recommended to use LSIDs when possible. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00855">855</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00094">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_merger_test_8cpp_source.html#l00036">test()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00888">testMSData()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01261">testMSDiffUpdate()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00094">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_merger_test_8cpp_source.html#l00036">test()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00888">testMSData()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01261">testMSDiffUpdate()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="aec7b5f6db7a767b7872302670172554b" name="aec7b5f6db7a767b7872302670172554b"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#aec7b5f6db7a767b7872302670172554b">&#9670;&nbsp;</a></span>cvs</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -439,15 +439,15 @@
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>container for one or more controlled vocabulary definitions. </p>
│ │ │ │  <p >note: one of the &lt;cv&gt; elements in this list MUST be the PSI MS controlled vocabulary. All &lt;cvParam&gt; elements in the document MUST refer to one of the &lt;cv&gt; elements in this list. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00859">859</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00094">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00888">testMSData()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00094">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00888">testMSData()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a8ee3631b7e027416637e5159a39a57a9" name="a8ee3631b7e027416637e5159a39a57a9"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a8ee3631b7e027416637e5159a39a57a9">&#9670;&nbsp;</a></span>fileDescription</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -459,15 +459,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>information pertaining to the entire mzML file (i.e. not specific to any part of the data set) is stored here. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00862">862</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp_source.html#l00051">hackInMemoryMSData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_g_f___test_8cpp_source.html#l00040">initializeTinyMGF()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00039">initializeTinyMS1()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00086">initializeTinyMS2()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00094">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_merger_test_8cpp_source.html#l00036">test()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00464">testMSData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00428">testRun()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00188">testScanSettings()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp_source.html#l00348">testSHA1()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00346">testSpectrum()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp_source.html#l00051">hackInMemoryMSData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_g_f___test_8cpp_source.html#l00040">initializeTinyMGF()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00039">initializeTinyMS1()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00086">initializeTinyMS2()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00094">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_merger_test_8cpp_source.html#l00036">test()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00888">testMSData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00428">testRun()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00188">testScanSettings()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp_source.html#l00348">testSHA1()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00346">testSpectrum()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a9c12b0f401b787a399ad3cecd29a84d3" name="a9c12b0f401b787a399ad3cecd29a84d3"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a9c12b0f401b787a399ad3cecd29a84d3">&#9670;&nbsp;</a></span>paramGroupPtrs</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -479,15 +479,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>container for a list of referenceableParamGroups </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00865">865</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00094">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__mz_m_l___test_8cpp_source.html#l00040">test()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00320">testBinaryDataArray()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00466">testBinaryDataArrayExternalMetadata()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00398">testChromatogram()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00110">testComponentList()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00162">testDataProcessing()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00064">testFileDescription()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00134">testInstrumentConfiguration()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00464">testMSData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00038">testParamContainer()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00219">testPrecursor()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00248">testProduct()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00428">testRun()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00267">testScan()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00295">testScanList()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00188">testScanSettings()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00346">testSpectrum()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00094">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__mz_m_l___test_8cpp_source.html#l00040">test()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00320">testBinaryDataArray()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00466">testBinaryDataArrayExternalMetadata()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00398">testChromatogram()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00110">testComponentList()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00162">testDataProcessing()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00064">testFileDescription()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00134">testInstrumentConfiguration()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00888">testMSData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00038">testParamContainer()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00219">testPrecursor()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00248">testProduct()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00428">testRun()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00267">testScan()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00295">testScanList()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00188">testScanSettings()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00346">testSpectrum()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="aeba6ef0adab06de3790517bd9f561bb9" name="aeba6ef0adab06de3790517bd9f561bb9"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#aeba6ef0adab06de3790517bd9f561bb9">&#9670;&nbsp;</a></span>samplePtrs</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -499,15 +499,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>list and descriptions of samples. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00868">868</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00094">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00464">testMSData()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00428">testRun()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00094">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00888">testMSData()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00428">testRun()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a3f41fa46076698d221c0d6a7cb425a09" name="a3f41fa46076698d221c0d6a7cb425a09"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a3f41fa46076698d221c0d6a7cb425a09">&#9670;&nbsp;</a></span>softwarePtrs</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -519,15 +519,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>list and descriptions of software used to acquire and/or process the data in this mzML file. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00871">871</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp_source.html#l00051">hackInMemoryMSData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00094">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__mz_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00041">test()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00162">testDataProcessing()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00134">testInstrumentConfiguration()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00888">testMSData()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp_source.html#l00051">hackInMemoryMSData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00094">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__mz_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00041">test()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00162">testDataProcessing()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00134">testInstrumentConfiguration()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00888">testMSData()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a129e1167107e54a4401f3cf4462992c6" name="a129e1167107e54a4401f3cf4462992c6"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a129e1167107e54a4401f3cf4462992c6">&#9670;&nbsp;</a></span>scanSettingsPtrs</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -539,15 +539,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>list with the descriptions of the acquisition settings applied prior to the start of data acquisition. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00874">874</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00094">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00888">testMSData()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00094">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00888">testMSData()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a99bd582a6b2a105469ea421696b343b9" name="a99bd582a6b2a105469ea421696b343b9"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a99bd582a6b2a105469ea421696b343b9">&#9670;&nbsp;</a></span>instrumentConfigurationPtrs</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -559,15 +559,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>list and descriptions of instrument configurations. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00877">877</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_sn___test_8cpp_source.html#l00850">main()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00094">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_g_f___test_8cpp_source.html#l00069">test()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00464">testMSData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00428">testRun()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00267">testScan()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_sn___test_8cpp_source.html#l00850">main()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00094">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_g_f___test_8cpp_source.html#l00069">test()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00888">testMSData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00428">testRun()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00267">testScan()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="aec6ea9726fa7b68da5eadfabec58326c" name="aec6ea9726fa7b68da5eadfabec58326c"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#aec6ea9726fa7b68da5eadfabec58326c">&#9670;&nbsp;</a></span>dataProcessingPtrs</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -579,15 +579,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>list and descriptions of data processing applied to this data. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00880">880</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00094">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list__mz_m_l___test_8cpp_source.html#l00040">test()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_test_8cpp_source.html#l00251">testAllDataProcessing()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00320">testBinaryDataArray()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00398">testChromatogram()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00464">testMSData()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00346">testSpectrum()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00094">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list__mz_m_l___test_8cpp_source.html#l00040">test()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_test_8cpp_source.html#l00251">testAllDataProcessing()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00320">testBinaryDataArray()</a>, <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00398">testChromatogram()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00888">testMSData()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_references_test_8cpp_source.html#l00346">testSpectrum()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f" name="a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">&#9670;&nbsp;</a></span>run</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -599,15 +599,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>a run in mzML should correspond to a single, consecutive and coherent set of scans on an instrument. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00886">886</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_spectrum_peak_extractor_test_8cpp_source.html#l00049">SpectrumPeakExtractorTest::ExtractPeaksTest()</a>, <a class="el" href="_demux_helpers_test_8cpp_source.html#l00291">DemuxHelpersTest::FindNearbySpectraTest()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp_source.html#l00051">hackInMemoryMSData()</a>, <a class="el" href="_demux_helpers_test_8cpp_source.html#l00076">DemuxHelpersTest::initializeLarge()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_g_f___test_8cpp_source.html#l00040">initializeTinyMGF()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00039">initializeTinyMS1()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00086">initializeTinyMS2()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00451">intializeTinyWithThermoFilter()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00094">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_demux_helpers_test_8cpp_source.html#l00048">DemuxHelpersTest::SetUp()</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list___lockmass_refiner_test_8cpp_source.html#l00040">test()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_recalculator_test_8cpp_source.html#l00064">test5peptideFT()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_test_8cpp_source.html#l00251">testAllDataProcessing()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_cache_test_8cpp_source.html#l00230">testAutomaticUpdate()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00951">testBinaryDataOnly()</a>, <a class="el" href="_feature_detector_peakel_test_8cpp_source.html#l00103">testBombesin()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_cache_test_8cpp_source.html#l00076">testDefault()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp_source.html#l00399">testFileReads()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp_source.html#l00321">testHasBinaryData()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp_source.html#l00237">testModeBinaryDataOnly()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp_source.html#l00316">testModeMetaDataAndBinaryData()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp_source.html#l00151">testModeMetaDataOnly()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_cache_test_8cpp_source.html#l00110">testMRU()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l01211">testMSData()</a>, <a class="el" href="_spectrum_iterator_test_8cpp_source.html#l00234">testMSDataConstruction()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01261">testMSDiffUpdate()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp_source.html#l00065">testPrecursorRefine()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp_source.html#l00086">testShift()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_test_8cpp_source.html#l00033">testSpectrumListSimple()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_cache_test_8cpp_source.html#l00188">testUpdateRequest()</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list_factory_test_8cpp_source.html#l00045">testWrap()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00270">testWrapActivation()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00169">testWrapChargeState()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00196">testWrapChargeStatePredictor()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00209">testWrapDefaultArrayLength()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00313">testWrapMassAnalyzer()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00154">testWrapMSLevel()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00605">testWrapMZPresent()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00130">testWrapMZWindow()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00364">testWrapPolarity()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00522">testWrapPrecursorMzSet()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00091">testWrapScanTimeRange()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00110">testWrapSortScanTime()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00475">testWrapThermoScanFilter()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00414">testWrapTitleMaker()</a>, <a class="el" href="_serializer__mz_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00083">testWriteRead()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp_source.html#l00066">validateMmgfMzxmlRoundTrip()</a>, and <a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp_source.html#l00101">validateWriteRead()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_spectrum_peak_extractor_test_8cpp_source.html#l00049">SpectrumPeakExtractorTest::ExtractPeaksTest()</a>, <a class="el" href="_demux_helpers_test_8cpp_source.html#l00291">DemuxHelpersTest::FindNearbySpectraTest()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp_source.html#l00051">hackInMemoryMSData()</a>, <a class="el" href="_demux_helpers_test_8cpp_source.html#l00076">DemuxHelpersTest::initializeLarge()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_g_f___test_8cpp_source.html#l00040">initializeTinyMGF()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00039">initializeTinyMS1()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00086">initializeTinyMS2()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00451">intializeTinyWithThermoFilter()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00094">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_demux_helpers_test_8cpp_source.html#l00048">DemuxHelpersTest::SetUp()</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list___lockmass_refiner_test_8cpp_source.html#l00040">test()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_recalculator_test_8cpp_source.html#l00064">test5peptideFT()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_test_8cpp_source.html#l00251">testAllDataProcessing()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_cache_test_8cpp_source.html#l00230">testAutomaticUpdate()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00951">testBinaryDataOnly()</a>, <a class="el" href="_feature_detector_peakel_test_8cpp_source.html#l00103">testBombesin()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_cache_test_8cpp_source.html#l00076">testDefault()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp_source.html#l00399">testFileReads()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp_source.html#l00321">testHasBinaryData()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp_source.html#l00237">testModeBinaryDataOnly()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp_source.html#l00316">testModeMetaDataAndBinaryData()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp_source.html#l00151">testModeMetaDataOnly()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_cache_test_8cpp_source.html#l00110">testMRU()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00888">testMSData()</a>, <a class="el" href="_spectrum_iterator_test_8cpp_source.html#l00234">testMSDataConstruction()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01261">testMSDiffUpdate()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp_source.html#l00065">testPrecursorRefine()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp_source.html#l00086">testShift()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_test_8cpp_source.html#l00033">testSpectrumListSimple()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_cache_test_8cpp_source.html#l00188">testUpdateRequest()</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list_factory_test_8cpp_source.html#l00045">testWrap()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00270">testWrapActivation()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00169">testWrapChargeState()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00196">testWrapChargeStatePredictor()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00209">testWrapDefaultArrayLength()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00313">testWrapMassAnalyzer()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00154">testWrapMSLevel()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00605">testWrapMZPresent()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00130">testWrapMZWindow()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00364">testWrapPolarity()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00522">testWrapPrecursorMzSet()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00091">testWrapScanTimeRange()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00110">testWrapSortScanTime()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00475">testWrapThermoScanFilter()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00414">testWrapTitleMaker()</a>, <a class="el" href="_serializer__mz_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00083">testWriteRead()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp_source.html#l00066">validateMmgfMzxmlRoundTrip()</a>, and <a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp_source.html#l00101">validateWriteRead()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a6e50087c72dacfee5e5a2209ffc23ca9" name="a6e50087c72dacfee5e5a2209ffc23ca9"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a6e50087c72dacfee5e5a2209ffc23ca9">&#9670;&nbsp;</a></span>version_</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -625,15 +625,15 @@
│ │ │ │  <span class="mlabels"><span class="mlabel">protected</span></span>  </td>
│ │ │ │    </tr>
│ │ │ │  </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00907">907</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00886">MSDataWithSettableVersion::version()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00886">MSDataWithSettableVersion::version()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a1f28598d2421341b2125552979870829" name="a1f28598d2421341b2125552979870829"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a1f28598d2421341b2125552979870829">&#9670;&nbsp;</a></span>nFiltersApplied_</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html
│ │ │ │ @@ -427,15 +427,15 @@
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>reference to the id attribute of the spectrum from which the precursor was selected. </p>
│ │ │ │  <p >note: this attribute is mutually exclusive with externalSpectrumID; i.e. use one or the other but not both </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00323">323</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_demux_helpers_test_8cpp_source.html#l00076">DemuxHelpersTest::initializeLarge()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00445">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__mz_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00041">test()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00345">testPrecursor()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_demux_helpers_test_8cpp_source.html#l00076">DemuxHelpersTest::initializeLarge()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00445">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__mz_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00041">test()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00375">testPrecursor()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a5661b02a669272af191cb1880c18e664" name="a5661b02a669272af191cb1880c18e664"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a5661b02a669272af191cb1880c18e664">&#9670;&nbsp;</a></span>isolationWindow</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -447,15 +447,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>this element captures the isolation (or 'selection') window configured to isolate one or more precursors. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00326">326</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_demux_helpers_test_8cpp_source.html#l00076">DemuxHelpersTest::initializeLarge()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00086">initializeTinyMS2()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00445">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_i_precursor_mask_codec_8hpp_source.html#l00040">pwiz::analysis::precursor_lower_offset()</a>, <a class="el" href="_i_precursor_mask_codec_8hpp_source.html#l00051">pwiz::analysis::precursor_target()</a>, <a class="el" href="_i_precursor_mask_codec_8hpp_source.html#l00029">pwiz::analysis::precursor_upper_offset()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_sn___test_8cpp_source.html#l00549">test()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_sn___test_8cpp_source.html#l00686">test_v3()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00345">testPrecursor()</a>, and <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp_source.html#l00066">verifyPrecursorInfo()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_demux_helpers_test_8cpp_source.html#l00076">DemuxHelpersTest::initializeLarge()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00086">initializeTinyMS2()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00445">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_i_precursor_mask_codec_8hpp_source.html#l00040">pwiz::analysis::precursor_lower_offset()</a>, <a class="el" href="_i_precursor_mask_codec_8hpp_source.html#l00051">pwiz::analysis::precursor_target()</a>, <a class="el" href="_i_precursor_mask_codec_8hpp_source.html#l00029">pwiz::analysis::precursor_upper_offset()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_sn___test_8cpp_source.html#l00549">test()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_sn___test_8cpp_source.html#l00686">test_v3()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00375">testPrecursor()</a>, and <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp_source.html#l00066">verifyPrecursorInfo()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a4d02d4e7090e20675375057d57a79e2b" name="a4d02d4e7090e20675375057d57a79e2b"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a4d02d4e7090e20675375057d57a79e2b">&#9670;&nbsp;</a></span>selectedIons</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -467,15 +467,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>this list of precursor ions that were selected. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00329">329</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_m_sn_reader_test_8cpp_source.html#l00058">checkSpectrumInfo()</a>, <a class="el" href="_demux_helpers_test_8cpp_source.html#l00076">DemuxHelpersTest::initializeLarge()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_g_f___test_8cpp_source.html#l00040">initializeTinyMGF()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00086">initializeTinyMS2()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00445">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___scan_summer_test_8cpp_source.html#l00132">test()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_sn___test_8cpp_source.html#l00686">test_v3()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00951">testBinaryDataOnly()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00345">testPrecursor()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp_source.html#l00066">verifyPrecursorInfo()</a>, and <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp_source.html#l00042">verifyPrecursorMZ()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_m_sn_reader_test_8cpp_source.html#l00058">checkSpectrumInfo()</a>, <a class="el" href="_demux_helpers_test_8cpp_source.html#l00076">DemuxHelpersTest::initializeLarge()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_g_f___test_8cpp_source.html#l00040">initializeTinyMGF()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00086">initializeTinyMS2()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00445">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___scan_summer_test_8cpp_source.html#l00132">test()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_sn___test_8cpp_source.html#l00686">test_v3()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00951">testBinaryDataOnly()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00375">testPrecursor()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp_source.html#l00066">verifyPrecursorInfo()</a>, and <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp_source.html#l00042">verifyPrecursorMZ()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a768dc5dd26dfed30f7e19278bc132972" name="a768dc5dd26dfed30f7e19278bc132972"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a768dc5dd26dfed30f7e19278bc132972">&#9670;&nbsp;</a></span>activation</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -487,15 +487,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>the type and energy level used for activation. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00332">332</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_demux_helpers_test_8cpp_source.html#l00076">DemuxHelpersTest::initializeLarge()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00445">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__mz_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00041">test()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00345">testPrecursor()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_demux_helpers_test_8cpp_source.html#l00076">DemuxHelpersTest::initializeLarge()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00445">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__mz_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00041">test()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00375">testPrecursor()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/<a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1msdata_1_1_processing_method.html
│ │ │ │ @@ -215,15 +215,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>this attributes allows a series of consecutive steps to be placed in the correct order. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00257">257</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00254">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00300">testDataProcessing()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00288">testProcessingMethod()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00254">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00300">testDataProcessing()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00281">testProcessingMethod()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a9f9338ffde19c6b13c7d05b0ab375cba" name="a9f9338ffde19c6b13c7d05b0ab375cba"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a9f9338ffde19c6b13c7d05b0ab375cba">&#9670;&nbsp;</a></span>softwarePtr</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -235,15 +235,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>this attribute MUST reference the 'id' of the appropriate SoftwareType. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00260">260</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00254">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00300">testDataProcessing()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00288">testProcessingMethod()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00254">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00311">testDataProcessing()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00281">testProcessingMethod()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/<a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1msdata_1_1_product.html
│ │ │ │ @@ -130,15 +130,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>this element captures the isolation (or 'selection') window configured to isolate one or more precursors. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00350">350</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00472">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00366">testProduct()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00472">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00407">testProduct()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/<a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html
│ │ │ │ @@ -288,15 +288,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>a unique identifier for this run. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00812">812</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00292">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list___lockmass_refiner_test_8cpp_source.html#l00040">test()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00888">testMSData()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01261">testMSDiffUpdate()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00847">testRun()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00292">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list___lockmass_refiner_test_8cpp_source.html#l00040">test()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00888">testMSData()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01261">testMSDiffUpdate()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00828">testRun()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="aa06c06245cdee29c856b83f0f491c5f1" name="aa06c06245cdee29c856b83f0f491c5f1"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#aa06c06245cdee29c856b83f0f491c5f1">&#9670;&nbsp;</a></span>defaultInstrumentConfigurationPtr</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -308,15 +308,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>this attribute MUST reference the 'id' of the default instrument configuration. If a scan does not reference an instrument configuration, it implicitly refers to this configuration. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00815">815</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00292">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00847">testRun()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00292">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00828">testRun()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ac7d4c63d3dff780f69495643f0328db4" name="ac7d4c63d3dff780f69495643f0328db4"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ac7d4c63d3dff780f69495643f0328db4">&#9670;&nbsp;</a></span>samplePtr</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -328,15 +328,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>this attribute MUST reference the 'id' of the appropriate sample. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00818">818</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00292">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00847">testRun()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00292">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00828">testRun()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a95e8a497a3e2428dc940797f68c70950" name="a95e8a497a3e2428dc940797f68c70950"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a95e8a497a3e2428dc940797f68c70950">&#9670;&nbsp;</a></span>startTimeStamp</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -348,15 +348,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>the optional start timestamp of the run, in UT. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00821">821</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00292">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00847">testRun()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00292">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00828">testRun()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a6f34737a84c242f28366a211e006da53" name="a6f34737a84c242f28366a211e006da53"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a6f34737a84c242f28366a211e006da53">&#9670;&nbsp;</a></span>defaultSourceFilePtr</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -368,15 +368,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>default source file reference </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00824">824</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00292">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00847">testRun()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00292">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00828">testRun()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94" name="ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">&#9670;&nbsp;</a></span>spectrumListPtr</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -388,15 +388,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>all mass spectra and the acquisitions underlying them are described and attached here. Subsidiary data arrays are also both described and attached here. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00827">827</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_spectrum_peak_extractor_test_8cpp_source.html#l00049">SpectrumPeakExtractorTest::ExtractPeaksTest()</a>, <a class="el" href="_demux_helpers_test_8cpp_source.html#l00291">DemuxHelpersTest::FindNearbySpectraTest()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp_source.html#l00051">hackInMemoryMSData()</a>, <a class="el" href="_demux_helpers_test_8cpp_source.html#l00076">DemuxHelpersTest::initializeLarge()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_g_f___test_8cpp_source.html#l00040">initializeTinyMGF()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00039">initializeTinyMS1()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00086">initializeTinyMS2()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00451">intializeTinyWithThermoFilter()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00292">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_demux_helpers_test_8cpp_source.html#l00048">DemuxHelpersTest::SetUp()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_analyzer_test_8cpp_source.html#l00109">test()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_recalculator_test_8cpp_source.html#l00064">test5peptideFT()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_test_8cpp_source.html#l00251">testAllDataProcessing()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_cache_test_8cpp_source.html#l00230">testAutomaticUpdate()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00951">testBinaryDataOnly()</a>, <a class="el" href="_feature_detector_peakel_test_8cpp_source.html#l00103">testBombesin()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_cache_test_8cpp_source.html#l00076">testDefault()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp_source.html#l00399">testFileReads()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp_source.html#l00321">testHasBinaryData()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01042">testMaxPrecisionDiff()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp_source.html#l00237">testModeBinaryDataOnly()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp_source.html#l00316">testModeMetaDataAndBinaryData()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp_source.html#l00151">testModeMetaDataOnly()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_cache_test_8cpp_source.html#l00110">testMRU()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l01211">testMSData()</a>, <a class="el" href="_spectrum_iterator_test_8cpp_source.html#l00234">testMSDataConstruction()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01261">testMSDiffUpdate()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp_source.html#l00065">testPrecursorRefine()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00847">testRun()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp_source.html#l00086">testShift()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_test_8cpp_source.html#l00033">testSpectrumListSimple()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_cache_test_8cpp_source.html#l00188">testUpdateRequest()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00045">testWrap()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00270">testWrapActivation()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00169">testWrapChargeState()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00196">testWrapChargeStatePredictor()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00209">testWrapDefaultArrayLength()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00313">testWrapMassAnalyzer()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00154">testWrapMSLevel()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00605">testWrapMZPresent()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00130">testWrapMZWindow()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00364">testWrapPolarity()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00522">testWrapPrecursorMzSet()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00091">testWrapScanTimeRange()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00110">testWrapSortScanTime()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00475">testWrapThermoScanFilter()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00414">testWrapTitleMaker()</a>, <a class="el" href="_serializer__mz_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00083">testWriteRead()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp_source.html#l00066">validateMmgfMzxmlRoundTrip()</a>, and <a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp_source.html#l00101">validateWriteRead()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_spectrum_peak_extractor_test_8cpp_source.html#l00049">SpectrumPeakExtractorTest::ExtractPeaksTest()</a>, <a class="el" href="_demux_helpers_test_8cpp_source.html#l00291">DemuxHelpersTest::FindNearbySpectraTest()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp_source.html#l00051">hackInMemoryMSData()</a>, <a class="el" href="_demux_helpers_test_8cpp_source.html#l00076">DemuxHelpersTest::initializeLarge()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_g_f___test_8cpp_source.html#l00040">initializeTinyMGF()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00039">initializeTinyMS1()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00086">initializeTinyMS2()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00451">intializeTinyWithThermoFilter()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00292">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_demux_helpers_test_8cpp_source.html#l00048">DemuxHelpersTest::SetUp()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_analyzer_test_8cpp_source.html#l00109">test()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_recalculator_test_8cpp_source.html#l00064">test5peptideFT()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_test_8cpp_source.html#l00251">testAllDataProcessing()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_cache_test_8cpp_source.html#l00230">testAutomaticUpdate()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00951">testBinaryDataOnly()</a>, <a class="el" href="_feature_detector_peakel_test_8cpp_source.html#l00103">testBombesin()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_cache_test_8cpp_source.html#l00076">testDefault()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp_source.html#l00399">testFileReads()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp_source.html#l00321">testHasBinaryData()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01042">testMaxPrecisionDiff()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp_source.html#l00237">testModeBinaryDataOnly()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp_source.html#l00316">testModeMetaDataAndBinaryData()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp_source.html#l00151">testModeMetaDataOnly()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_cache_test_8cpp_source.html#l00110">testMRU()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l01211">testMSData()</a>, <a class="el" href="_spectrum_iterator_test_8cpp_source.html#l00234">testMSDataConstruction()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01261">testMSDiffUpdate()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp_source.html#l00065">testPrecursorRefine()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00828">testRun()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp_source.html#l00086">testShift()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_test_8cpp_source.html#l00033">testSpectrumListSimple()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_cache_test_8cpp_source.html#l00188">testUpdateRequest()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00045">testWrap()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00270">testWrapActivation()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00169">testWrapChargeState()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00196">testWrapChargeStatePredictor()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00209">testWrapDefaultArrayLength()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00313">testWrapMassAnalyzer()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00154">testWrapMSLevel()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00605">testWrapMZPresent()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00130">testWrapMZWindow()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00364">testWrapPolarity()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00522">testWrapPrecursorMzSet()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00091">testWrapScanTimeRange()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00110">testWrapSortScanTime()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00475">testWrapThermoScanFilter()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_factory_test_8cpp_source.html#l00414">testWrapTitleMaker()</a>, <a class="el" href="_serializer__mz_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00083">testWriteRead()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp_source.html#l00066">validateMmgfMzxmlRoundTrip()</a>, and <a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp_source.html#l00101">validateWriteRead()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ac9785097ed8b5e48599aef68d2d9af97" name="ac9785097ed8b5e48599aef68d2d9af97"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ac9785097ed8b5e48599aef68d2d9af97">&#9670;&nbsp;</a></span>chromatogramListPtr</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -408,15 +408,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>all chromatograms for this run. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00830">830</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp_source.html#l00051">hackInMemoryMSData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00292">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list___lockmass_refiner_test_8cpp_source.html#l00040">test()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00951">testBinaryDataOnly()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01042">testMaxPrecisionDiff()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l01211">testMSData()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01261">testMSDiffUpdate()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00847">testRun()</a>, and <a class="el" href="_chromatogram_list_factory_test_8cpp_source.html#l00045">testWrap()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_m_s_data_file_test_8cpp_source.html#l00051">hackInMemoryMSData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00292">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_chromatogram_list___lockmass_refiner_test_8cpp_source.html#l00040">test()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00951">testBinaryDataOnly()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01042">testMaxPrecisionDiff()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l01211">testMSData()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01261">testMSDiffUpdate()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00828">testRun()</a>, and <a class="el" href="_chromatogram_list_factory_test_8cpp_source.html#l00045">testWrap()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/<a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1msdata_1_1_scan.html
│ │ │ │ @@ -255,15 +255,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>this attribute MUST reference the 'id' attribute of the appropriate instrument configuration. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00384">384</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00397">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__mz_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00041">test()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00378">testScan()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00397">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list__mz_x_m_l___test_8cpp_source.html#l00041">test()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00430">testScan()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="adf1629753ee5287d2990834670489fa3" name="adf1629753ee5287d2990834670489fa3"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#adf1629753ee5287d2990834670489fa3">&#9670;&nbsp;</a></span>scanWindows</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -275,15 +275,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>container for a list of select windows. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00387">387</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00397">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00378">testScan()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00397">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00430">testScan()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/<a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1msdata_1_1_scan_list.html
│ │ │ │ @@ -176,15 +176,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::vector&lt;<a class="el" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_scan.html">Scan</a>&gt; pwiz::msdata::ScanList::scans</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00397">397</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_demux_helpers_test_8cpp_source.html#l00076">DemuxHelpersTest::initializeLarge()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_g_f___test_8cpp_source.html#l00040">initializeTinyMGF()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00039">initializeTinyMS1()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00086">initializeTinyMS2()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00485">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00393">testScanList()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00491">testSpectrum()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_demux_helpers_test_8cpp_source.html#l00076">DemuxHelpersTest::initializeLarge()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_g_f___test_8cpp_source.html#l00040">initializeTinyMGF()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00039">initializeTinyMS1()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00086">initializeTinyMS2()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00485">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00456">testScanList()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00521">testSpectrum()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/<a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1msdata_1_1_scan_settings.html
│ │ │ │ @@ -132,15 +132,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>a unique identifier for this acquisition setting. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00209">209</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00282">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00324">testScanSettings()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00282">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00349">testScanSettings()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="af392859b2c20a2744aeb48e42dd33fe8" name="af392859b2c20a2744aeb48e42dd33fe8"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#af392859b2c20a2744aeb48e42dd33fe8">&#9670;&nbsp;</a></span>sourceFilePtrs</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -152,15 +152,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>container for a list of source file references. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00212">212</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00282">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00324">testScanSettings()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00282">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00349">testScanSettings()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a4fed22fad5614f3e7b539794afffa3f2" name="a4fed22fad5614f3e7b539794afffa3f2"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a4fed22fad5614f3e7b539794afffa3f2">&#9670;&nbsp;</a></span>targets</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -172,15 +172,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>target list (or 'inclusion list') configured prior to the run. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00215">215</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00282">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00324">testScanSettings()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00282">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00349">testScanSettings()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/<a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1msdata_1_1_software.html
│ │ │ │ @@ -240,15 +240,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>an identifier for this software that is unique across all SoftwareTypes. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00182">182</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00244">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00264">testSoftware()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00244">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00227">testSoftware()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a53eadbb8a2002e1c06c6027d7480e933" name="a53eadbb8a2002e1c06c6027d7480e933"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a53eadbb8a2002e1c06c6027d7480e933">&#9670;&nbsp;</a></span>version</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -260,15 +260,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>the software version. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00185">185</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00244">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00264">testSoftware()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00244">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00227">testSoftware()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/<a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html
│ │ │ │ @@ -569,15 +569,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>default length of binary data arrays contained in this element. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00508">508</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_demux_helpers_test_8cpp_source.html#l00076">DemuxHelpersTest::initializeLarge()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_g_f___test_8cpp_source.html#l00040">initializeTinyMGF()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00039">initializeTinyMS1()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00086">initializeTinyMS2()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___sorter_test_8cpp_source.html#l00050">DefaultArrayLengthSorter::less()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00358">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00491">testSpectrum()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_demux_helpers_test_8cpp_source.html#l00076">DemuxHelpersTest::initializeLarge()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_g_f___test_8cpp_source.html#l00040">initializeTinyMGF()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00039">initializeTinyMS1()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00086">initializeTinyMS2()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___sorter_test_8cpp_source.html#l00050">DefaultArrayLengthSorter::less()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00358">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00521">testSpectrum()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a51b4ecda535b76fda19ebc1c690782aa" name="a51b4ecda535b76fda19ebc1c690782aa"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a51b4ecda535b76fda19ebc1c690782aa">&#9670;&nbsp;</a></span>dataProcessingPtr</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -589,15 +589,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>this attribute can optionally reference the 'id' of the appropriate dataProcessing. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00511">511</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00358">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp_source.html#l00106">spectrumHasMetadata()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00491">testSpectrum()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00358">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp_source.html#l00106">spectrumHasMetadata()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00521">testSpectrum()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a33786f779e298fcbd46238df600759e0" name="a33786f779e298fcbd46238df600759e0"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a33786f779e298fcbd46238df600759e0">&#9670;&nbsp;</a></span>sourceFilePtr</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -609,15 +609,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>this attribute can optionally reference the 'id' of the appropriate sourceFile. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00514">514</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00358">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp_source.html#l00106">spectrumHasMetadata()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00491">testSpectrum()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00358">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp_source.html#l00106">spectrumHasMetadata()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00521">testSpectrum()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="aa5e159a6739f55bbb847ee7afe801b7b" name="aa5e159a6739f55bbb847ee7afe801b7b"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#aa5e159a6739f55bbb847ee7afe801b7b">&#9670;&nbsp;</a></span>scanList</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -629,15 +629,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>list of scans </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00517">517</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_demux_helpers_test_8cpp_source.html#l00076">DemuxHelpersTest::initializeLarge()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_g_f___test_8cpp_source.html#l00040">initializeTinyMGF()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00039">initializeTinyMS1()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00086">initializeTinyMS2()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00358">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp_source.html#l00106">spectrumHasMetadata()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00491">testSpectrum()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_demux_helpers_test_8cpp_source.html#l00076">DemuxHelpersTest::initializeLarge()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_g_f___test_8cpp_source.html#l00040">initializeTinyMGF()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00039">initializeTinyMS1()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00086">initializeTinyMS2()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00358">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp_source.html#l00106">spectrumHasMetadata()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00521">testSpectrum()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="afa0c8fcf1dc582cd4a06feb9aeea3728" name="afa0c8fcf1dc582cd4a06feb9aeea3728"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#afa0c8fcf1dc582cd4a06feb9aeea3728">&#9670;&nbsp;</a></span>precursors</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -649,15 +649,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>list and descriptions of precursors to the spectrum currently being described. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00520">520</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_demux_helpers_test_8cpp_source.html#l00076">DemuxHelpersTest::initializeLarge()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_g_f___test_8cpp_source.html#l00040">initializeTinyMGF()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00086">initializeTinyMS2()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00358">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp_source.html#l00106">spectrumHasMetadata()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00491">testSpectrum()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp_source.html#l00066">verifyPrecursorInfo()</a>, and <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp_source.html#l00042">verifyPrecursorMZ()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_demux_helpers_test_8cpp_source.html#l00076">DemuxHelpersTest::initializeLarge()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_g_f___test_8cpp_source.html#l00040">initializeTinyMGF()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00086">initializeTinyMS2()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00358">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list_cache_test_8cpp_source.html#l00106">spectrumHasMetadata()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00521">testSpectrum()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp_source.html#l00066">verifyPrecursorInfo()</a>, and <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp_source.html#l00042">verifyPrecursorMZ()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a401149d36e127c440f08d35765ab1e15" name="a401149d36e127c440f08d35765ab1e15"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a401149d36e127c440f08d35765ab1e15">&#9670;&nbsp;</a></span>products</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -669,15 +669,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>list and descriptions of product ion information </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00523">523</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00491">testSpectrum()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00521">testSpectrum()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="abae265915234fff37cea7c8bee104636" name="abae265915234fff37cea7c8bee104636"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#abae265915234fff37cea7c8bee104636">&#9670;&nbsp;</a></span>binaryDataArrayPtrs</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -689,15 +689,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>list of binary data arrays. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00526">526</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp_source.html#l00310">HasBinaryDataPredicate::accept()</a>, <a class="el" href="_demux_helpers_test_8cpp_source.html#l00076">DemuxHelpersTest::initializeLarge()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00358">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_spectrum_iterator_test_8cpp_source.html#l00108">testBasic()</a>, and <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00491">testSpectrum()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp_source.html#l00310">HasBinaryDataPredicate::accept()</a>, <a class="el" href="_demux_helpers_test_8cpp_source.html#l00076">DemuxHelpersTest::initializeLarge()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00358">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_spectrum_iterator_test_8cpp_source.html#l00108">testBasic()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00521">testSpectrum()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/<a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_identity.html
│ │ │ │ @@ -136,15 +136,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>the zero-based, consecutive index of the spectrum in the <a class="el" href="classpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_list.html" title="Interface for accessing spectra, which may be stored in memory or backed by a data file (RAW,...">SpectrumList</a>. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00473">473</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp_source.html#l00175">EvenPredicate::accept()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp_source.html#l00213">EvenMS2Predicate::accept()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp_source.html#l00261">SelectedIndexPredicate::accept()</a>, <a class="el" href="_demux_helpers_test_8cpp_source.html#l00076">DemuxHelpersTest::initializeLarge()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_g_f___test_8cpp_source.html#l00040">initializeTinyMGF()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00039">initializeTinyMS1()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00086">initializeTinyMS2()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___sorter_8hpp_source.html#l00059">pwiz::analysis::SpectrumList_Sorter::Predicate::less()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00358">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_merger_test_8cpp_source.html#l00036">test()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00491">testSpectrum()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_test_8cpp_source.html#l00033">testSpectrumListSimple()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_analyzer_test_8cpp_source.html#l00064">SimpleAnalyzer::update()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_analyzer_test_8cpp_source.html#l00057">SimpleAnalyzer::updateRequested()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_cache_test_8cpp_source.html#l00180">EvenRequester::updateRequested()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp_source.html#l00066">verifyPrecursorInfo()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp_source.html#l00042">verifyPrecursorMZ()</a>, and <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp_source.html#l00043">verifyScanInfo()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp_source.html#l00175">EvenPredicate::accept()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp_source.html#l00213">EvenMS2Predicate::accept()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp_source.html#l00261">SelectedIndexPredicate::accept()</a>, <a class="el" href="_demux_helpers_test_8cpp_source.html#l00076">DemuxHelpersTest::initializeLarge()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_g_f___test_8cpp_source.html#l00040">initializeTinyMGF()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00039">initializeTinyMS1()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00086">initializeTinyMS2()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___sorter_8hpp_source.html#l00059">pwiz::analysis::SpectrumList_Sorter::Predicate::less()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00358">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_merger_test_8cpp_source.html#l00036">test()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00521">testSpectrum()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_test_8cpp_source.html#l00033">testSpectrumListSimple()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_analyzer_test_8cpp_source.html#l00064">SimpleAnalyzer::update()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_analyzer_test_8cpp_source.html#l00057">SimpleAnalyzer::updateRequested()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_cache_test_8cpp_source.html#l00180">EvenRequester::updateRequested()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp_source.html#l00066">verifyPrecursorInfo()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp_source.html#l00042">verifyPrecursorMZ()</a>, and <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp_source.html#l00043">verifyScanInfo()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a66077e5b15931d86d9aed37a90518c5f" name="a66077e5b15931d86d9aed37a90518c5f"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a66077e5b15931d86d9aed37a90518c5f">&#9670;&nbsp;</a></span>id</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -156,15 +156,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>a unique identifier for this spectrum. It should be expected that external files may use this identifier together with the mzML filename or accession to reference a particular spectrum. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00476">476</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_spectrum_iterator_test_8cpp_source.html#l00127">doSomething()</a>, <a class="el" href="_spectrum_iterator_test_8cpp_source.html#l00172">getScanNumber()</a>, <a class="el" href="_demux_helpers_test_8cpp_source.html#l00076">DemuxHelpersTest::initializeLarge()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_g_f___test_8cpp_source.html#l00040">initializeTinyMGF()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00039">initializeTinyMS1()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00086">initializeTinyMS2()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___sorter_test_8cpp_source.html#l00050">DefaultArrayLengthSorter::less()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00358">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_merger_test_8cpp_source.html#l00036">test()</a>, <a class="el" href="_spectrum_iterator_test_8cpp_source.html#l00108">testBasic()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp_source.html#l00602">testMassAnalyzerFilter()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp_source.html#l00518">testMS2Activation()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp_source.html#l00639">testMZPresentFilter()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00491">testSpectrum()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_test_8cpp_source.html#l00033">testSpectrumListSimple()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp_source.html#l00687">testThermoFilterFilter()</a>, <a class="el" href="_demux_helpers_test_8cpp_source.html#l00223">DemuxHelpersTest::TryGetDemuxIndexTest()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp_source.html#l00066">verifyPrecursorInfo()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp_source.html#l00042">verifyPrecursorMZ()</a>, and <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp_source.html#l00043">verifyScanInfo()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_spectrum_iterator_test_8cpp_source.html#l00127">doSomething()</a>, <a class="el" href="_spectrum_iterator_test_8cpp_source.html#l00172">getScanNumber()</a>, <a class="el" href="_demux_helpers_test_8cpp_source.html#l00076">DemuxHelpersTest::initializeLarge()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00944">initializeTestData()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_g_f___test_8cpp_source.html#l00040">initializeTinyMGF()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00039">initializeTinyMS1()</a>, <a class="el" href="_serializer___m_sn___test_8cpp_source.html#l00086">initializeTinyMS2()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___sorter_test_8cpp_source.html#l00050">DefaultArrayLengthSorter::less()</a>, <a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00358">pwiz::msdata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_merger_test_8cpp_source.html#l00036">test()</a>, <a class="el" href="_spectrum_iterator_test_8cpp_source.html#l00108">testBasic()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp_source.html#l00602">testMassAnalyzerFilter()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp_source.html#l00518">testMS2Activation()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp_source.html#l00639">testMZPresentFilter()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00521">testSpectrum()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_test_8cpp_source.html#l00033">testSpectrumListSimple()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___filter_test_8cpp_source.html#l00687">testThermoFilterFilter()</a>, <a class="el" href="_demux_helpers_test_8cpp_source.html#l00223">DemuxHelpersTest::TryGetDemuxIndexTest()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp_source.html#l00066">verifyPrecursorInfo()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp_source.html#l00042">verifyPrecursorMZ()</a>, and <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp_source.html#l00043">verifyScanInfo()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a99481ee3288383104deb5438190c1b88" name="a99481ee3288383104deb5438190c1b88"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a99481ee3288383104deb5438190c1b88">&#9670;&nbsp;</a></span>spotID</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_list_simple.html
│ │ │ │ @@ -319,15 +319,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::vector&lt;<a class="el" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa9d6a30f39ca4f490b42ff009feef0b7">SpectrumPtr</a>&gt; pwiz::msdata::SpectrumListSimple::spectra</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00718">718</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_spectrum_iterator_test_8cpp_source.html#l00040">initializeSpectrumList()</a>, <a class="el" href="_m_s2_deisotoper_test_8cpp_source.html#l00098">test()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___peak_filter_test_8cpp_source.html#l00445">testDeisotoping()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___peak_filter_test_8cpp_source.html#l00352">testIntensityThresholding()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___peak_filter_test_8cpp_source.html#l00664">testIsolationWindowFilter()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___peak_filter_test_8cpp_source.html#l00531">testMS2Denoising()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___peak_filter_test_8cpp_source.html#l00149">testPrecursorMassRemoval()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00623">testSpectrumList()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00647">testSpectrumListWithPositions()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00722">testSpectrumListWriteProgress()</a>, and <a class="el" href="_spectrum_list___peak_filter_test_8cpp_source.html#l00571">testZeroSamplesFilter()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_spectrum_iterator_test_8cpp_source.html#l00040">initializeSpectrumList()</a>, <a class="el" href="_m_s2_deisotoper_test_8cpp_source.html#l00098">test()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___peak_filter_test_8cpp_source.html#l00445">testDeisotoping()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___peak_filter_test_8cpp_source.html#l00352">testIntensityThresholding()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___peak_filter_test_8cpp_source.html#l00664">testIsolationWindowFilter()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___peak_filter_test_8cpp_source.html#l00531">testMS2Denoising()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___peak_filter_test_8cpp_source.html#l00149">testPrecursorMassRemoval()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00637">testSpectrumList()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00647">testSpectrumListWithPositions()</a>, <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00722">testSpectrumListWriteProgress()</a>, and <a class="el" href="_spectrum_list___peak_filter_test_8cpp_source.html#l00571">testZeroSamplesFilter()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a508f85e704eb43ae74927a9d6edf06a6" name="a508f85e704eb43ae74927a9d6edf06a6"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a508f85e704eb43ae74927a9d6edf06a6">&#9670;&nbsp;</a></span>dp</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -337,15 +337,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname"><a class="el" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a014a758f7a4ba67d1c0c57b1c70a2879">DataProcessingPtr</a> pwiz::msdata::SpectrumListSimple::dp</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00719">719</a> of file <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="msdata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00623">testSpectrumList()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00637">testSpectrumList()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/<a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config.html
│ │ │ │ @@ -50,15 +50,15 @@
│ │ │ │    <div class="headertitle"><div class="title">pwiz::proteome::DiffConfig Struct Reference</div></div>
│ │ │ │  </div><!--header-->
│ │ │ │  <div class="contents">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>configuration struct for diffs  
│ │ │ │   <a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config.html#details">More...</a></p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p><code>#include &lt;<a class="el" href="data_2proteome_2diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>&gt;</code></p>
│ │ │ │ +<p><code>#include &lt;<a class="el" href="data_2proteome_2_diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>&gt;</code></p>
│ │ │ │  <div class="dynheader">
│ │ │ │  Inheritance diagram for pwiz::proteome::DiffConfig:</div>
│ │ │ │  <div class="dyncontent">
│ │ │ │   <div class="center">
│ │ │ │    <img src="structpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config.png" usemap="#pwiz::proteome::DiffConfig_map" alt=""/>
│ │ │ │    <map id="pwiz::proteome::DiffConfig_map" name="pwiz::proteome::DiffConfig_map">
│ │ │ │  <area href="structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html" alt="pwiz::data::BaseDiffConfig" shape="rect" coords="0,0,158,24"/>
│ │ │ │ @@ -84,15 +84,15 @@
│ │ │ │  <tr class="separator:a82785e1acd0d6786a994138880923e25 inherit pub_attribs_structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memitem:a0bd80b8e3b2040ffdcdbcf77f9a6cf8c inherit pub_attribs_structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">bool&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html#a0bd80b8e3b2040ffdcdbcf77f9a6cf8c">ignoreVersions</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a0bd80b8e3b2040ffdcdbcf77f9a6cf8c inherit pub_attribs_structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  </table>
│ │ │ │  <a name="details" id="details"></a><h2 class="groupheader">Detailed Description</h2>
│ │ │ │  <div class="textblock"><p >configuration struct for diffs </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2proteome_2diff_8hpp_source.html#l00072">72</a> of file <a class="el" href="data_2proteome_2diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2proteome_2_diff_8hpp_source.html#l00072">72</a> of file <a class="el" href="data_2proteome_2_diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  </div><h2 class="groupheader">Constructor &amp; Destructor Documentation</h2>
│ │ │ │  <a id="a64a305ee7cbf488dc2ebca82b70bf139" name="a64a305ee7cbf488dc2ebca82b70bf139"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a64a305ee7cbf488dc2ebca82b70bf139">&#9670;&nbsp;</a></span>DiffConfig()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │  <div class="memproto">
│ │ │ │  <table class="mlabels">
│ │ │ │ @@ -109,20 +109,20 @@
│ │ │ │    </td>
│ │ │ │    <td class="mlabels-right">
│ │ │ │  <span class="mlabels"><span class="mlabel">inline</span></span>  </td>
│ │ │ │    </tr>
│ │ │ │  </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2proteome_2diff_8hpp_source.html#l00076">76</a> of file <a class="el" href="data_2proteome_2diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2proteome_2_diff_8hpp_source.html#l00076">76</a> of file <a class="el" href="data_2proteome_2_diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">   77</span>    :   <a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html#a0fb639d33c1bc4ae272f37f1637290ae">BaseDiffConfig</a>(1e-6),</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   78</span>        <a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config.html#a2c68665cc66371faa9f857e83dcfb4c7">ignoreMetadata</a>(<span class="keyword">false</span>)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   79</span>    {}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config_html_a0fb639d33c1bc4ae272f37f1637290ae"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html#a0fb639d33c1bc4ae272f37f1637290ae">pwiz::data::BaseDiffConfig::BaseDiffConfig</a></div><div class="ttdeci">BaseDiffConfig(double _precision=1e-6)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00043">diff_std.hpp:43</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config_html_a2c68665cc66371faa9f857e83dcfb4c7"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config.html#a2c68665cc66371faa9f857e83dcfb4c7">pwiz::proteome::DiffConfig::ignoreMetadata</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreMetadata</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2proteome_2diff_8hpp_source.html#l00074">Diff.hpp:74</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config_html_a2c68665cc66371faa9f857e83dcfb4c7"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config.html#a2c68665cc66371faa9f857e83dcfb4c7">pwiz::proteome::DiffConfig::ignoreMetadata</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreMetadata</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2proteome_2_diff_8hpp_source.html#l00074">Diff.hpp:74</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <h2 class="groupheader">Member Data Documentation</h2>
│ │ │ │  <a id="a2c68665cc66371faa9f857e83dcfb4c7" name="a2c68665cc66371faa9f857e83dcfb4c7"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a2c68665cc66371faa9f857e83dcfb4c7">&#9670;&nbsp;</a></span>ignoreMetadata</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │ @@ -131,22 +131,22 @@
│ │ │ │        <table class="memname">
│ │ │ │          <tr>
│ │ │ │            <td class="memname">bool pwiz::proteome::DiffConfig::ignoreMetadata</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2proteome_2diff_8hpp_source.html#l00074">74</a> of file <a class="el" href="data_2proteome_2diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2proteome_2_diff_8hpp_source.html#l00074">74</a> of file <a class="el" href="data_2proteome_2_diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2proteome_2difftest_8cpp_source.html#l00054">testProteinList()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp_source.html#l00054">testProteinList()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │ -<li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/<a class="el" href="data_2proteome_2diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/<a class="el" href="data_2proteome_2_diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ │  <!-- start footer part -->
│ │ │ │  <hr class="footer"/><address class="footer"><small>
│ │ │ │  Generated by&#160;<a href="https://www.doxygen.org/index.html"><img class="footer" src="doxygen.svg" width="104" height="31" alt="doxygen"/></a> 1.9.4
│ │ │ │  </small></address>
│ │ │ │  </body>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1proteome_1_1_protein.html
│ │ │ │ @@ -195,15 +195,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::string pwiz::proteome::Protein::id</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_proteome_data_8hpp_source.html#l00042">42</a> of file <a class="el" href="_proteome_data_8hpp_source.html">ProteomeData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="proteome_2_text_writer_8hpp_source.html#l00076">pwiz::proteome::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="tradata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00199">pwiz::tradata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00194">testProtein()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="proteome_2_text_writer_8hpp_source.html#l00076">pwiz::proteome::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="tradata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00199">pwiz::tradata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00194">testProtein()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ad09b2d6a33d3cb35973e661a657ced2a" name="ad09b2d6a33d3cb35973e661a657ced2a"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ad09b2d6a33d3cb35973e661a657ced2a">&#9670;&nbsp;</a></span>index</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1proteome_1_1_protein_list_simple.html
│ │ │ │ @@ -203,15 +203,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::vector&lt;<a class="el" href="namespacepwiz_1_1proteome.html#a7944edaf92cfc6ea70e4009ebaaf153c">ProteinPtr</a>&gt; pwiz::proteome::ProteinListSimple::proteins</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_proteome_data_8hpp_source.html#l00078">78</a> of file <a class="el" href="_proteome_data_8hpp_source.html">ProteomeData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2proteome_2difftest_8cpp_source.html#l00054">testProteinList()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp_source.html#l00054">testProteinList()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/<a class="el" href="_proteome_data_8hpp_source.html">ProteomeData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1proteome_1_1_proteome_data.html
│ │ │ │ @@ -227,15 +227,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::string pwiz::proteome::ProteomeData::id</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_proteome_data_8hpp_source.html#l00090">90</a> of file <a class="el" href="_proteome_data_8hpp_source.html">ProteomeData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="proteome_2_text_writer_8hpp_source.html#l00064">pwiz::proteome::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_serializer___f_a_s_t_a___test_8cpp_source.html#l00112">testDuplicateId()</a>, and <a class="el" href="data_2proteome_2difftest_8cpp_source.html#l00138">testProteomeData()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="proteome_2_text_writer_8hpp_source.html#l00064">pwiz::proteome::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_serializer___f_a_s_t_a___test_8cpp_source.html#l00112">testDuplicateId()</a>, and <a class="el" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp_source.html#l00138">testProteomeData()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="aa9597b87b94d2dbc9027d67f12f91e65" name="aa9597b87b94d2dbc9027d67f12f91e65"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#aa9597b87b94d2dbc9027d67f12f91e65">&#9670;&nbsp;</a></span>proteinListPtr</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -245,15 +245,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname"><a class="el" href="namespacepwiz_1_1proteome.html#a8cc0ee1cd1fad7aecb5ab75c690d0a3c">ProteinListPtr</a> pwiz::proteome::ProteomeData::proteinListPtr</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_proteome_data_8hpp_source.html#l00092">92</a> of file <a class="el" href="_proteome_data_8hpp_source.html">ProteomeData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="proteome_2_text_writer_8hpp_source.html#l00064">pwiz::proteome::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_protein_list___decoy_generator_test_8cpp_source.html#l00086">test()</a>, <a class="el" href="_serializer___f_a_s_t_a___test_8cpp_source.html#l00112">testDuplicateId()</a>, <a class="el" href="_protein_list_cache_test_8cpp_source.html#l00173">testModeMetaDataAndSequence()</a>, <a class="el" href="_protein_list_cache_test_8cpp_source.html#l00089">testModeMetaDataOnly()</a>, <a class="el" href="_protein_list_cache_test_8cpp_source.html#l00049">testModeOff()</a>, <a class="el" href="_proteome_data_test_8cpp_source.html#l00031">testProteinListSimple()</a>, <a class="el" href="data_2proteome_2difftest_8cpp_source.html#l00138">testProteomeData()</a>, and <a class="el" href="_protein_list_factory_test_8cpp_source.html#l00044">testWrap()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="proteome_2_text_writer_8hpp_source.html#l00064">pwiz::proteome::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="_protein_list___decoy_generator_test_8cpp_source.html#l00086">test()</a>, <a class="el" href="_serializer___f_a_s_t_a___test_8cpp_source.html#l00112">testDuplicateId()</a>, <a class="el" href="_protein_list_cache_test_8cpp_source.html#l00173">testModeMetaDataAndSequence()</a>, <a class="el" href="_protein_list_cache_test_8cpp_source.html#l00089">testModeMetaDataOnly()</a>, <a class="el" href="_protein_list_cache_test_8cpp_source.html#l00049">testModeOff()</a>, <a class="el" href="_proteome_data_test_8cpp_source.html#l00031">testProteinListSimple()</a>, <a class="el" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp_source.html#l00138">testProteomeData()</a>, and <a class="el" href="_protein_list_factory_test_8cpp_source.html#l00044">testWrap()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/<a class="el" href="_proteome_data_8hpp_source.html">ProteomeData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1tradata_1_1_compound.html
│ │ │ │ @@ -204,15 +204,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>Identifier for the compound to be used for referencing within a document. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00243">243</a> of file <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html">TraData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="tradata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00236">pwiz::tradata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00262">testCompound()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="tradata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00236">pwiz::tradata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00262">testCompound()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ade855aad5099ce7ba8101ba6361134cc" name="ade855aad5099ce7ba8101ba6361134cc"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ade855aad5099ce7ba8101ba6361134cc">&#9670;&nbsp;</a></span>retentionTimes</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -224,15 +224,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>List of retention time information entries. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00246">246</a> of file <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html">TraData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="tradata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00236">pwiz::tradata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00262">testCompound()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="tradata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00236">pwiz::tradata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00262">testCompound()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/<a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html">TraData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1tradata_1_1_configuration.html
│ │ │ │ @@ -183,15 +183,15 @@
│ │ │ │            <td class="memname">std::vector&lt;<a class="el" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_validation.html">Validation</a>&gt; pwiz::tradata::Configuration::validations</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00149">149</a> of file <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html">TraData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00311">testTarget()</a>, and <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00284">testTransition()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00311">testTarget()</a>, and <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00284">testTransition()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ac38765f2b97418de2ed6f279db28ff8b" name="ac38765f2b97418de2ed6f279db28ff8b"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ac38765f2b97418de2ed6f279db28ff8b">&#9670;&nbsp;</a></span>contactPtr</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -203,15 +203,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>Reference to a contact person originating this information. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00152">152</a> of file <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html">TraData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00083">testConfiguration()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00083">testConfiguration()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a829f6e1fd9ad685b9fb5065ab3d7b6f9" name="a829f6e1fd9ad685b9fb5065ab3d7b6f9"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a829f6e1fd9ad685b9fb5065ab3d7b6f9">&#9670;&nbsp;</a></span>instrumentPtr</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -223,15 +223,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>Reference to an instrument for which this configuration information is appropriate. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00155">155</a> of file <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html">TraData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00083">testConfiguration()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00083">testConfiguration()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/<a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html">TraData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1tradata_1_1_contact.html
│ │ │ │ @@ -197,15 +197,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>Identifier for the contact to be used for referencing within a document. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00049">49</a> of file <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html">TraData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00037">testContact()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00037">testContact()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/<a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html">TraData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1tradata_1_1_diff_config.html
│ │ │ │ @@ -49,15 +49,15 @@
│ │ │ │    <div class="headertitle"><div class="title">pwiz::tradata::DiffConfig Struct Reference</div></div>
│ │ │ │  </div><!--header-->
│ │ │ │  <div class="contents">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>configuration struct for diffs  
│ │ │ │   <a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_diff_config.html#details">More...</a></p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p><code>#include &lt;<a class="el" href="data_2tradata_2diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>&gt;</code></p>
│ │ │ │ +<p><code>#include &lt;<a class="el" href="data_2tradata_2_diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>&gt;</code></p>
│ │ │ │  <div class="dynheader">
│ │ │ │  Inheritance diagram for pwiz::tradata::DiffConfig:</div>
│ │ │ │  <div class="dyncontent">
│ │ │ │   <div class="center">
│ │ │ │    <img src="structpwiz_1_1tradata_1_1_diff_config.png" usemap="#pwiz::tradata::DiffConfig_map" alt=""/>
│ │ │ │    <map id="pwiz::tradata::DiffConfig_map" name="pwiz::tradata::DiffConfig_map">
│ │ │ │  <area href="structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html" alt="pwiz::data::BaseDiffConfig" shape="rect" coords="0,0,158,24"/>
│ │ │ │ @@ -81,15 +81,15 @@
│ │ │ │  <tr class="separator:a82785e1acd0d6786a994138880923e25 inherit pub_attribs_structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memitem:a0bd80b8e3b2040ffdcdbcf77f9a6cf8c inherit pub_attribs_structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">bool&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html#a0bd80b8e3b2040ffdcdbcf77f9a6cf8c">ignoreVersions</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a0bd80b8e3b2040ffdcdbcf77f9a6cf8c inherit pub_attribs_structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  </table>
│ │ │ │  <a name="details" id="details"></a><h2 class="groupheader">Detailed Description</h2>
│ │ │ │  <div class="textblock"><p >configuration struct for diffs </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2tradata_2diff_8hpp_source.html#l00175">175</a> of file <a class="el" href="data_2tradata_2diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_8hpp_source.html#l00175">175</a> of file <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  </div><h2 class="groupheader">Constructor &amp; Destructor Documentation</h2>
│ │ │ │  <a id="a6e94fe1fa7143375c72df723016f92cf" name="a6e94fe1fa7143375c72df723016f92cf"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a6e94fe1fa7143375c72df723016f92cf">&#9670;&nbsp;</a></span>DiffConfig()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │  <div class="memproto">
│ │ │ │  <table class="mlabels">
│ │ │ │ @@ -106,23 +106,23 @@
│ │ │ │    </td>
│ │ │ │    <td class="mlabels-right">
│ │ │ │  <span class="mlabels"><span class="mlabel">inline</span></span>  </td>
│ │ │ │    </tr>
│ │ │ │  </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2tradata_2diff_8hpp_source.html#l00177">177</a> of file <a class="el" href="data_2tradata_2diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_8hpp_source.html#l00177">177</a> of file <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  178</span>    :   <a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html#a0fb639d33c1bc4ae272f37f1637290ae">BaseDiffConfig</a>(1e-6)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  179</span>    {}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config_html_a0fb639d33c1bc4ae272f37f1637290ae"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html#a0fb639d33c1bc4ae272f37f1637290ae">pwiz::data::BaseDiffConfig::BaseDiffConfig</a></div><div class="ttdeci">BaseDiffConfig(double _precision=1e-6)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00043">diff_std.hpp:43</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │ -<li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/<a class="el" href="data_2tradata_2diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a></li>
│ │ │ │ +<li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/<a class="el" href="data_2tradata_2_diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ │  <!-- start footer part -->
│ │ │ │  <hr class="footer"/><address class="footer"><small>
│ │ │ │  Generated by&#160;<a href="https://www.doxygen.org/index.html"><img class="footer" src="doxygen.svg" width="104" height="31" alt="doxygen"/></a> 1.9.4
│ │ │ │  </small></address>
│ │ │ │  </body>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1tradata_1_1_instrument.html
│ │ │ │ @@ -201,15 +201,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>Identifier for the instrument to be used for referencing within a document. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00135">135</a> of file <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html">TraData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00060">testInstrument()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00060">testInstrument()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/<a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html">TraData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1tradata_1_1_prediction.html
│ │ │ │ @@ -185,15 +185,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>Reference to a software package from which this prediction is derived. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00105">105</a> of file <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html">TraData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00108">testPrediction()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00108">testPrediction()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="aa44dadaab7db65c0957f65e74b0498d6" name="aa44dadaab7db65c0957f65e74b0498d6"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#aa44dadaab7db65c0957f65e74b0498d6">&#9670;&nbsp;</a></span>contactPtr</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -205,15 +205,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>Reference to a contact person that generated this prediction. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00108">108</a> of file <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html">TraData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00108">testPrediction()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00108">testPrediction()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/<a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html">TraData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1tradata_1_1_publication.html
│ │ │ │ @@ -176,15 +176,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>Identifier for the publication to be used for referencing within a document. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00063">63</a> of file <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html">TraData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="tradata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00142">pwiz::tradata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00411">testTraData()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="tradata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00142">pwiz::tradata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00411">testTraData()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/<a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html">TraData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1tradata_1_1_software.html
│ │ │ │ @@ -236,15 +236,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>Identifier for the software to be used for referencing within a document. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00073">73</a> of file <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html">TraData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="tradata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00151">pwiz::tradata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="tradata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00112">testSoftware()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="tradata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00151">pwiz::tradata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00337">testSoftware()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a63f36e599eaab458ca8b7e4217b56c97" name="a63f36e599eaab458ca8b7e4217b56c97"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a63f36e599eaab458ca8b7e4217b56c97">&#9670;&nbsp;</a></span>version</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -256,15 +256,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p><a class="el" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_version.html">Version</a> of the software program described. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00076">76</a> of file <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html">TraData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="tradata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00151">pwiz::tradata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="tradata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00112">testSoftware()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="tradata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00151">pwiz::tradata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00337">testSoftware()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/<a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html">TraData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1tradata_1_1_target.html
│ │ │ │ @@ -195,15 +195,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>String label for this target. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00311">311</a> of file <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html">TraData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="tradata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00280">pwiz::tradata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00311">testTarget()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="tradata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00280">pwiz::tradata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00311">testTarget()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a155da1b57a1970c1010819011eaf1727" name="a155da1b57a1970c1010819011eaf1727"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a155da1b57a1970c1010819011eaf1727">&#9670;&nbsp;</a></span>peptidePtr</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -215,15 +215,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>Reference to a peptide for which this target is the trigger. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00314">314</a> of file <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html">TraData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="tradata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00280">pwiz::tradata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00311">testTarget()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="tradata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00280">pwiz::tradata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00311">testTarget()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a606d881c04801841991ac1b0f562546a" name="a606d881c04801841991ac1b0f562546a"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a606d881c04801841991ac1b0f562546a">&#9670;&nbsp;</a></span>compoundPtr</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -255,15 +255,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p><a class="el" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_precursor.html" title="Precursor (Q1) of the transition.">Precursor</a> (Q1) of the target. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00320">320</a> of file <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html">TraData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="tradata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00280">pwiz::tradata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00311">testTarget()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="tradata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00280">pwiz::tradata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00311">testTarget()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a1d67d8a7556a45e07888412ea24afb47" name="a1d67d8a7556a45e07888412ea24afb47"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a1d67d8a7556a45e07888412ea24afb47">&#9670;&nbsp;</a></span>retentionTime</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -293,15 +293,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>List of instrument configurations used in the validation or optimization of the target. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00326">326</a> of file <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html">TraData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="tradata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00280">pwiz::tradata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00311">testTarget()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="tradata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00280">pwiz::tradata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00311">testTarget()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/<a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html">TraData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1tradata_1_1_tra_data.html
│ │ │ │ @@ -326,15 +326,15 @@
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>List of controlled vocabularies used in a TraML document note: one of the &lt;cv&gt; elements in this list MUST be the PSI MS controlled vocabulary. </p>
│ │ │ │  <p >All &lt;cvParam&gt; elements in the document MUST refer to one of the &lt;cv&gt; elements in this list. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00357">357</a> of file <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html">TraData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="tradata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00096">pwiz::tradata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00411">testTraData()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="tradata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00096">pwiz::tradata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00411">testTraData()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a081a8a162c2450ce19d3bbf43af87821" name="a081a8a162c2450ce19d3bbf43af87821"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a081a8a162c2450ce19d3bbf43af87821">&#9670;&nbsp;</a></span>contactPtrs</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -366,15 +366,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>List of publications from which the transitions were collected or wherein they are published. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00363">363</a> of file <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html">TraData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="tradata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00096">pwiz::tradata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00411">testTraData()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="tradata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00096">pwiz::tradata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00411">testTraData()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a3b871a7511abc089fdbee9b419f58884" name="a3b871a7511abc089fdbee9b419f58884"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a3b871a7511abc089fdbee9b419f58884">&#9670;&nbsp;</a></span>instrumentPtrs</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -406,15 +406,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>List of software packages used in the generation of one of more transitions described in the document. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00369">369</a> of file <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html">TraData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_tra_data_file_test_8cpp_source.html#l00047">hackInMemoryTraData()</a>, <a class="el" href="tradata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00096">pwiz::tradata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00411">testTraData()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="_tra_data_file_test_8cpp_source.html#l00047">hackInMemoryTraData()</a>, <a class="el" href="tradata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00096">pwiz::tradata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00411">testTraData()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a490b0d4ab096413664c8dd826c1336a4" name="a490b0d4ab096413664c8dd826c1336a4"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a490b0d4ab096413664c8dd826c1336a4">&#9670;&nbsp;</a></span>proteinPtrs</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structpwiz_1_1tradata_1_1_transition.html
│ │ │ │ @@ -200,15 +200,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>String label for this transition. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00276">276</a> of file <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html">TraData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="tradata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00259">pwiz::tradata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00284">testTransition()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="tradata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00259">pwiz::tradata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00284">testTransition()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a05bb049f2837f0940cd1f3edeec2d3e0" name="a05bb049f2837f0940cd1f3edeec2d3e0"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a05bb049f2837f0940cd1f3edeec2d3e0">&#9670;&nbsp;</a></span>peptidePtr</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -220,15 +220,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>Reference to a peptide which this transition is intended to identify. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00279">279</a> of file <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html">TraData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="tradata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00259">pwiz::tradata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="tradata_2_references_test_8cpp_source.html#l00067">testTraData()</a>, and <a class="el" href="tradata_2_references_test_8cpp_source.html#l00038">testTransition()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="tradata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00259">pwiz::tradata::TextWriter::operator()()</a>, <a class="el" href="tradata_2_references_test_8cpp_source.html#l00067">testTraData()</a>, and <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00284">testTransition()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ab91ab8e6c690b62fa60211ebc98f5ee3" name="ab91ab8e6c690b62fa60211ebc98f5ee3"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ab91ab8e6c690b62fa60211ebc98f5ee3">&#9670;&nbsp;</a></span>compoundPtr</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -260,15 +260,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p><a class="el" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_precursor.html" title="Precursor (Q1) of the transition.">Precursor</a> (Q1) of the transition. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00285">285</a> of file <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html">TraData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="tradata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00259">pwiz::tradata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00284">testTransition()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="tradata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00259">pwiz::tradata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00284">testTransition()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a3e4f8af66b1a6e264109a132039b0e1a" name="a3e4f8af66b1a6e264109a132039b0e1a"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a3e4f8af66b1a6e264109a132039b0e1a">&#9670;&nbsp;</a></span>product</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -280,15 +280,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p><a class="el" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_product.html" title="Product (Q3) of the transition.">Product</a> (Q3) of the transition. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00288">288</a> of file <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html">TraData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="tradata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00259">pwiz::tradata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00284">testTransition()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="tradata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00259">pwiz::tradata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00284">testTransition()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a1a6b3938769c56c07432c29d2b4c07e4" name="a1a6b3938769c56c07432c29d2b4c07e4"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a1a6b3938769c56c07432c29d2b4c07e4">&#9670;&nbsp;</a></span>prediction</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -358,15 +358,15 @@
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p>List of insutrument configurations used in the validation or optimization of the transitions. </p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00300">300</a> of file <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html">TraData.hpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="tradata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00259">pwiz::tradata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00284">testTransition()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="tradata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00259">pwiz::tradata::TextWriter::operator()()</a>, and <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00284">testTransition()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <hr/>The documentation for this struct was generated from the following file:<ul>
│ │ │ │  <li>/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/<a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html">TraData.hpp</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_cubic_interpolate.html
│ │ │ │ @@ -99,17 +99,17 @@
│ │ │ │    <td class="mlabels-right">
│ │ │ │  <span class="mlabels"><span class="mlabel">inline</span></span>  </td>
│ │ │ │    </tr>
│ │ │ │  </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="interpolation_8hpp_source.html#l00100">100</a> of file <a class="el" href="interpolation_8hpp_source.html">interpolation.hpp</a>.</p>
│ │ │ │ -<div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  101</span>               :<a class="code hl_variable" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_cubic_interpolate.html#a2c6c4da535bbf4ee987c2846219bf425">epsilon_</a>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>)</div>
│ │ │ │ +<div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  101</span>               :<a class="code hl_variable" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_cubic_interpolate.html#a2c6c4da535bbf4ee987c2846219bf425">epsilon_</a>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  102</span>          {}</div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_cubic_interpolate_html_a2c6c4da535bbf4ee987c2846219bf425"><div class="ttname"><a href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_cubic_interpolate.html#a2c6c4da535bbf4ee987c2846219bf425">ralab::base::base::utilities::CubicInterpolate::epsilon_</a></div><div class="ttdeci">TReal epsilon_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="interpolation_8hpp_source.html#l00099">interpolation.hpp:99</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <h2 class="groupheader">Member Function Documentation</h2>
│ │ │ │  <a id="a5efb96d9e0c19802cf2235035c6b3fbc" name="a5efb96d9e0c19802cf2235035c6b3fbc"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a5efb96d9e0c19802cf2235035c6b3fbc">&#9670;&nbsp;</a></span>operator()()</h2>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_hermite_interpolate.html
│ │ │ │ @@ -126,17 +126,17 @@
│ │ │ │      <tr><td class="paramname">tension</td><td>1 is high, 0 normal, -1 is low</td></tr>
│ │ │ │      <tr><td class="paramname">bias</td><td>0 is even, positive is towards first segment, negative towards the other </td></tr>
│ │ │ │    </table>
│ │ │ │    </dd>
│ │ │ │  </dl>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="interpolation_8hpp_source.html#l00149">149</a> of file <a class="el" href="interpolation_8hpp_source.html">interpolation.hpp</a>.</p>
│ │ │ │ -<div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  153</span>               : <a class="code hl_variable" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_hermite_interpolate.html#a50475facd90aaea9b28fb7afa3563c32">tension_</a>(tension), <a class="code hl_variable" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_hermite_interpolate.html#a42da4563b77f6c156767c843f525f46a">bias_</a>(bias), <a class="code hl_variable" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_hermite_interpolate.html#a8f62549ddfd1dc0668ff9ab53433bf7b">epsilon_</a>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>)</div>
│ │ │ │ +<div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  153</span>               : <a class="code hl_variable" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_hermite_interpolate.html#a50475facd90aaea9b28fb7afa3563c32">tension_</a>(tension), <a class="code hl_variable" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_hermite_interpolate.html#a42da4563b77f6c156767c843f525f46a">bias_</a>(bias), <a class="code hl_variable" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_hermite_interpolate.html#a8f62549ddfd1dc0668ff9ab53433bf7b">epsilon_</a>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  154</span>          {}</div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_hermite_interpolate_html_a42da4563b77f6c156767c843f525f46a"><div class="ttname"><a href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_hermite_interpolate.html#a42da4563b77f6c156767c843f525f46a">ralab::base::base::utilities::HermiteInterpolate::bias_</a></div><div class="ttdeci">TReal bias_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="interpolation_8hpp_source.html#l00147">interpolation.hpp:147</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_hermite_interpolate_html_a50475facd90aaea9b28fb7afa3563c32"><div class="ttname"><a href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_hermite_interpolate.html#a50475facd90aaea9b28fb7afa3563c32">ralab::base::base::utilities::HermiteInterpolate::tension_</a></div><div class="ttdeci">TReal tension_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="interpolation_8hpp_source.html#l00146">interpolation.hpp:146</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_hermite_interpolate_html_a8f62549ddfd1dc0668ff9ab53433bf7b"><div class="ttname"><a href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_hermite_interpolate.html#a8f62549ddfd1dc0668ff9ab53433bf7b">ralab::base::base::utilities::HermiteInterpolate::epsilon_</a></div><div class="ttdeci">TReal epsilon_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="interpolation_8hpp_source.html#l00148">interpolation.hpp:148</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <h2 class="groupheader">Member Function Documentation</h2>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_linear_interpolate.html
│ │ │ │ @@ -97,16 +97,16 @@
│ │ │ │    <td class="mlabels-right">
│ │ │ │  <span class="mlabels"><span class="mlabel">inline</span></span>  </td>
│ │ │ │    </tr>
│ │ │ │  </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="interpolation_8hpp_source.html#l00043">43</a> of file <a class="el" href="interpolation_8hpp_source.html">interpolation.hpp</a>.</p>
│ │ │ │ -<div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">   44</span>            :<a class="code hl_variable" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_linear_interpolate.html#a0f58308a6ad41595cd147b2622186835">epsilon_</a>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>){}</div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">   44</span>            :<a class="code hl_variable" href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_linear_interpolate.html#a0f58308a6ad41595cd147b2622186835">epsilon_</a>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>){}</div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_linear_interpolate_html_a0f58308a6ad41595cd147b2622186835"><div class="ttname"><a href="structralab_1_1base_1_1base_1_1utilities_1_1_linear_interpolate.html#a0f58308a6ad41595cd147b2622186835">ralab::base::base::utilities::LinearInterpolate::epsilon_</a></div><div class="ttdeci">TReal epsilon_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="interpolation_8hpp_source.html#l00042">interpolation.hpp:42</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <h2 class="groupheader">Member Function Documentation</h2>
│ │ │ │  <a id="aea973a3be6be2d98e6223f2830448507" name="aea973a3be6be2d98e6223f2830448507"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#aea973a3be6be2d98e6223f2830448507">&#9670;&nbsp;</a></span>operator()()</h2>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structralab_1_1base_1_1ms_1_1_simple_picker.html
│ │ │ │ @@ -101,16 +101,16 @@
│ │ │ │    <td class="mlabels-right">
│ │ │ │  <span class="mlabels"><span class="mlabel">inline</span></span>  </td>
│ │ │ │    </tr>
│ │ │ │  </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │  <p class="definition">Definition at line <a class="el" href="simplepicker_8hpp_source.html#l00044">44</a> of file <a class="el" href="simplepicker_8hpp_source.html">simplepicker.hpp</a>.</p>
│ │ │ │ -<div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">   44</span>:<a class="code hl_variable" href="structralab_1_1base_1_1ms_1_1_simple_picker.html#aee8177e7ff6a1084fb6dd6460ade2bb6">epsilon_</a>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>),<a class="code hl_variable" href="structralab_1_1base_1_1ms_1_1_simple_picker.html#adfeff7aa999520a8b032c231a3c2d056">problem_</a>(<span class="keyword">false</span>){}</div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">   44</span>:<a class="code hl_variable" href="structralab_1_1base_1_1ms_1_1_simple_picker.html#aee8177e7ff6a1084fb6dd6460ade2bb6">epsilon_</a>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>),<a class="code hl_variable" href="structralab_1_1base_1_1ms_1_1_simple_picker.html#adfeff7aa999520a8b032c231a3c2d056">problem_</a>(<span class="keyword">false</span>){}</div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructralab_1_1base_1_1ms_1_1_simple_picker_html_adfeff7aa999520a8b032c231a3c2d056"><div class="ttname"><a href="structralab_1_1base_1_1ms_1_1_simple_picker.html#adfeff7aa999520a8b032c231a3c2d056">ralab::base::ms::SimplePicker::problem_</a></div><div class="ttdeci">bool problem_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="simplepicker_8hpp_source.html#l00042">simplepicker.hpp:42</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructralab_1_1base_1_1ms_1_1_simple_picker_html_aee8177e7ff6a1084fb6dd6460ade2bb6"><div class="ttname"><a href="structralab_1_1base_1_1ms_1_1_simple_picker.html#aee8177e7ff6a1084fb6dd6460ade2bb6">ralab::base::ms::SimplePicker::epsilon_</a></div><div class="ttdeci">double epsilon_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="simplepicker_8hpp_source.html#l00041">simplepicker.hpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <h2 class="groupheader">Member Function Documentation</h2>
│ │ │ │  <a id="a0868c7df7896d3859c577a36c8ba0bcb" name="a0868c7df7896d3859c577a36c8ba0bcb"></a>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/structralab_1_1base_1_1resample_1_1_sampling_with.html
│ │ │ │ @@ -129,22 +129,22 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   73</span>                                                am = <a class="code hl_function" href="namespaceralab_1_1base_1_1resample_1_1utilities.html#aa77b2e099f095c663c42d4460d92a5c2">utilities::determine</a>(<a class="code hl_variable" href="structralab_1_1base_1_1resample_1_1_sampling_with.html#a72a18ae339b571d44357d728344e9919">am_</a>.begin(),<a class="code hl_variable" href="structralab_1_1base_1_1resample_1_1_sampling_with.html#a72a18ae339b571d44357d728344e9919">am_</a>.end());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   74</span>                                        }<span class="keywordflow">else</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   75</span>                                                am = 0.;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   76</span>                                        }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   77</span>                                        <span class="keywordflow">return</span> am;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   78</span>                                }</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_chemistry_8hpp_html_a8cc2e7240164328fdc3f0e5e21032c56"><div class="ttname"><a href="_chemistry_8hpp.html#a8cc2e7240164328fdc3f0e5e21032c56">N</a></div><div class="ttdeci">N</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_chemistry_8hpp_source.html#l00080">Chemistry.hpp:80</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="anamespaceralab_1_1base_1_1base_html_a1e695c32e2b7807b3e8dc7307ce533ff"><div class="ttname"><a href="namespaceralab_1_1base_1_1base.html#a1e695c32e2b7807b3e8dc7307ce533ff">ralab::base::base::diff</a></div><div class="ttdeci">OutputIterator diff(InputIterator begin, InputIterator end, OutputIterator destBegin, TN lag)</div><div class="ttdoc">lagged differences</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp_source.html#l00057">diff.hpp:58</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="anamespaceralab_1_1base_1_1base_html_a1e695c32e2b7807b3e8dc7307ce533ff"><div class="ttname"><a href="namespaceralab_1_1base_1_1base.html#a1e695c32e2b7807b3e8dc7307ce533ff">ralab::base::base::diff</a></div><div class="ttdeci">OutputIterator diff(InputIterator begin, InputIterator end, OutputIterator destBegin, TN lag)</div><div class="ttdoc">lagged differences</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp_source.html#l00057">diff.hpp:58</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespaceralab_1_1base_1_1resample_1_1utilities_html_a9a55d0636351c81183308ce47b068783"><div class="ttname"><a href="namespaceralab_1_1base_1_1resample_1_1utilities.html#a9a55d0636351c81183308ce47b068783">ralab::base::resample::utilities::summ</a></div><div class="ttdeci">OutputIterator summ(InputIterator begin, InputIterator end, OutputIterator destBegin, TN lag=1)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="utilities_2determinebinwidth_8hpp_source.html#l00051">determinebinwidth.hpp:52</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespaceralab_1_1base_1_1resample_1_1utilities_html_aa77b2e099f095c663c42d4460d92a5c2"><div class="ttname"><a href="namespaceralab_1_1base_1_1resample_1_1utilities.html#aa77b2e099f095c663c42d4460d92a5c2">ralab::base::resample::utilities::determine</a></div><div class="ttdeci">double determine(TRealI begin, TRealI end, double maxj=5.)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="utilities_2determinebinwidth_8hpp_source.html#l00068">determinebinwidth.hpp:68</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructralab_1_1base_1_1resample_1_1_sampling_with_html_a72a18ae339b571d44357d728344e9919"><div class="ttname"><a href="structralab_1_1base_1_1resample_1_1_sampling_with.html#a72a18ae339b571d44357d728344e9919">ralab::base::resample::SamplingWith::am_</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; double &gt; am_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="determinebinwidth_8hpp_source.html#l00051">determinebinwidth.hpp:51</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructralab_1_1base_1_1resample_1_1_sampling_with_html_a813af20a5a4466c0867c95113e80f6ea"><div class="ttname"><a href="structralab_1_1base_1_1resample_1_1_sampling_with.html#a813af20a5a4466c0867c95113e80f6ea">ralab::base::resample::SamplingWith::summ_</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; double &gt; summ_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="determinebinwidth_8hpp_source.html#l00050">determinebinwidth.hpp:50</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructralab_1_1base_1_1resample_1_1_sampling_with_html_ae544b46a3d0d01a9c9cbe4c0160f0a04"><div class="ttname"><a href="structralab_1_1base_1_1resample_1_1_sampling_with.html#ae544b46a3d0d01a9c9cbe4c0160f0a04">ralab::base::resample::SamplingWith::diff_</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; double &gt; diff_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="determinebinwidth_8hpp_source.html#l00049">determinebinwidth.hpp:49</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="determinebinwidth_8hpp_source.html#l00051">am_</a>, <a class="el" href="utilities_2determinebinwidth_8hpp_source.html#l00068">ralab::base::resample::utilities::determine()</a>, <a class="el" href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp_source.html#l00058">ralab::base::base::diff()</a>, <a class="el" href="determinebinwidth_8hpp_source.html#l00049">diff_</a>, <a class="el" href="_chemistry_8hpp_source.html#l00080">N</a>, <a class="el" href="utilities_2determinebinwidth_8hpp_source.html#l00052">ralab::base::resample::utilities::summ()</a>, and <a class="el" href="determinebinwidth_8hpp_source.html#l00050">summ_</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="determinebinwidth_8hpp_source.html#l00051">am_</a>, <a class="el" href="utilities_2determinebinwidth_8hpp_source.html#l00068">ralab::base::resample::utilities::determine()</a>, <a class="el" href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp_source.html#l00058">ralab::base::base::diff()</a>, <a class="el" href="determinebinwidth_8hpp_source.html#l00049">diff_</a>, <a class="el" href="_chemistry_8hpp_source.html#l00080">N</a>, <a class="el" href="utilities_2determinebinwidth_8hpp_source.html#l00052">ralab::base::resample::utilities::summ()</a>, and <a class="el" href="determinebinwidth_8hpp_source.html#l00050">summ_</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <h2 class="groupheader">Member Data Documentation</h2>
│ │ │ │  <a id="ae544b46a3d0d01a9c9cbe4c0160f0a04" name="ae544b46a3d0d01a9c9cbe4c0160f0a04"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ae544b46a3d0d01a9c9cbe4c0160f0a04">&#9670;&nbsp;</a></span>diff_</h2>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/tradata_2_i_o_test_8cpp.html
│ │ │ │ @@ -46,15 +46,15 @@
│ │ │ │    <div class="summary">
│ │ │ │  <a href="#func-members">Functions</a> &#124;
│ │ │ │  <a href="#var-members">Variables</a>  </div>
│ │ │ │    <div class="headertitle"><div class="title">IOTest.cpp File Reference</div></div>
│ │ │ │  </div><!--header-->
│ │ │ │  <div class="contents">
│ │ │ │  <div class="textblock"><code>#include &quot;<a class="el" href="tradata_2_i_o_8hpp_source.html">IO.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │ -<code>#include &quot;<a class="el" href="data_2tradata_2diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │ +<code>#include &quot;<a class="el" href="data_2tradata_2_diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="tradata_2examples_8hpp_source.html">examples.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="unit_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/unit.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_std_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/Std.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <p><a href="tradata_2_i_o_test_8cpp_source.html">Go to the source code of this file.</a></p>
│ │ │ │  <table class="memberdecls">
│ │ │ │  <tr class="heading"><td colspan="2"><h2 class="groupheader"><a id="func-members" name="func-members"></a>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/tradata_2_i_o_test_8cpp_source.html
│ │ │ │ @@ -65,15 +65,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00017" name="l00017"></a><span class="lineno">   17</span><span class="comment">// WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied. </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00018" name="l00018"></a><span class="lineno">   18</span><span class="comment">// See the License for the specific language governing permissions and </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00019" name="l00019"></a><span class="lineno">   19</span><span class="comment">// limitations under the License.</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00020" name="l00020"></a><span class="lineno">   20</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00021" name="l00021"></a><span class="lineno">   21</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00022" name="l00022"></a><span class="lineno">   22</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00023" name="l00023"></a><span class="lineno">   23</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="tradata_2_i_o_8hpp.html">IO.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00024" name="l00024"></a><span class="lineno">   24</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp.html">Diff.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00024" name="l00024"></a><span class="lineno">   24</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp.html">Diff.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00025" name="l00025"></a><span class="lineno">   25</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="tradata_2examples_8hpp.html">examples.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00026" name="l00026"></a><span class="lineno">   26</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="unit_8hpp.html">pwiz/utility/misc/unit.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00027" name="l00027"></a><span class="lineno">   27</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_std_8hpp.html">pwiz/utility/misc/Std.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00028" name="l00028"></a><span class="lineno">   28</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00029" name="l00029"></a><span class="lineno">   29</span><span class="keyword">using namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacepwiz_1_1cv.html">pwiz::cv</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00030" name="l00030"></a><span class="lineno">   30</span><span class="keyword">using namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00031" name="l00031"></a><span class="lineno">   31</span><span class="keyword">using namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacepwiz_1_1minimxml.html">pwiz::minimxml</a>;</div>
│ │ │ │ @@ -320,15 +320,15 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="atradata_2_i_o_test_8cpp_html_a91db55ae68790fb8ed0b2efec3b0ab58"><div class="ttname"><a href="tradata_2_i_o_test_8cpp.html#a91db55ae68790fb8ed0b2efec3b0ab58">testTraData</a></div><div class="ttdeci">void testTraData()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="tradata_2_i_o_test_8cpp_source.html#l00166">IOTest.cpp:166</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="atradata_2examples_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="tradata_2examples_8hpp.html">examples.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html">unit.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a692991fff57cd9eb6ebdbc976e277ae7"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a692991fff57cd9eb6ebdbc976e277ae7">TEST_PROLOG_EX</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_PROLOG_EX(argc, argv, suffix)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00157">unit.hpp:157</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c">TEST_EPILOG</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_EPILOG</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00183">unit.hpp:183</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd">TEST_FAILED</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_FAILED(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00177">unit.hpp:177</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="autility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp.html">diff.hpp</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="autility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp.html">diff.hpp</a></div></div>
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│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00060" name="l00060"></a><span class="lineno"><a class="line" href="namespacepwiz_1_1util.html#acaafd3f63091ef9c4a5c34043f9f782b">   60</a></span><span class="keyword">inline</span> std::string <a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1util.html#acaafd3f63091ef9c4a5c34043f9f782b">unit_assert_equal_message</a>(<span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">char</span>* filename, <span class="keywordtype">int</span> line, <span class="keyword">const</span> std::string&amp; <a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a>, <span class="keyword">const</span> std::string&amp; <a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#aff0c5b2fd6b95ebb24626a0d745afcf1">y</a>, <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">char</span>* expression)</div>
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│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00064" name="l00064"></a><span class="lineno">   64</span>    <span class="keywordflow">return</span> oss.str();</div>
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│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00067" name="l00067"></a><span class="lineno"><a class="line" href="namespacepwiz_1_1util.html#a3d5004108a8a110eb824274779ae0e67">   67</a></span><span class="keyword">inline</span> std::string <a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1util.html#a3d5004108a8a110eb824274779ae0e67">unit_assert_numeric_equal_message</a>(<span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">char</span>* filename, <span class="keywordtype">int</span> line, <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a>, <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="_matched_filter_8hpp.html#aff0c5b2fd6b95ebb24626a0d745afcf1">y</a>, <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>)</div>
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│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00072" name="l00072"></a><span class="lineno">   72</span>    <span class="keywordflow">return</span> oss.str();</div>
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│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00078" name="l00078"></a><span class="lineno">   78</span>    oss &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;[&quot;</span> &lt;&lt; filename &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;:&quot;</span> &lt;&lt; line &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;] Assertion \&quot;&quot;</span> &lt;&lt; expression &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;\&quot; failed to throw &quot;</span> &lt;&lt; exception;</div>
│ │ │ │ @@ -315,15 +315,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00267" name="l00267"></a><span class="lineno">  267</span> </div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_chromatogram_list___filter_test_8cpp_html_a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97"><div class="ttname"><a href="_chromatogram_list___filter_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">main</a></div><div class="ttdeci">int main(int argc, char *argv[])</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_chromatogram_list___filter_test_8cpp_source.html#l00209">ChromatogramList_FilterTest.cpp:209</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_date_time_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="_date_time_8hpp.html">DateTime.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_exception_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="_exception_8hpp.html">Exception.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_filesystem_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="_filesystem_8hpp.html">Filesystem.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_matched_filter_8hpp_html_a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd"><div class="ttname"><a href="_matched_filter_8hpp.html#a9b890963bd5e8d1671fbba398667d7cd">x</a></div><div class="ttdeci">KernelTraitsBase&lt; Kernel &gt;::space_type::abscissa_type x</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_matched_filter_8hpp_source.html#l00142">MatchedFilter.hpp:142</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_matched_filter_8hpp_html_aff0c5b2fd6b95ebb24626a0d745afcf1"><div class="ttname"><a href="_matched_filter_8hpp.html#aff0c5b2fd6b95ebb24626a0d745afcf1">y</a></div><div class="ttdeci">KernelTraitsBase&lt; Kernel &gt;::space_type::ordinate_type y</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_matched_filter_8hpp_source.html#l00143">MatchedFilter.hpp:143</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1frequency_html_a72bd57ac260399a0872131660a43fe4a"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1frequency.html#a72bd57ac260399a0872131660a43fe4a">pwiz::frequency::operator==</a></div><div class="ttdeci">PWIZ_API_DECL bool operator==(const TruncatedLorentzianParameters &amp;t, const TruncatedLorentzianParameters &amp;u)</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1util_html_a090f0f55546266fb9cd2728f7e28b5ec"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1util.html#a090f0f55546266fb9cd2728f7e28b5ec">pwiz::util::unit_assert_message</a></div><div class="ttdeci">std::string unit_assert_message(const char *filename, int line, const char *expression)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00053">unit.hpp:53</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1util_html_a1f6c7e508853354d21ded663b3dcbb9b"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1util.html#a1f6c7e508853354d21ded663b3dcbb9b">pwiz::util::unit_assert_exception_message</a></div><div class="ttdeci">std::string unit_assert_exception_message(const char *filename, int line, const char *expression, const std::string &amp;exception)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00075">unit.hpp:75</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1util_html_a3d5004108a8a110eb824274779ae0e67"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1util.html#a3d5004108a8a110eb824274779ae0e67">pwiz::util::unit_assert_numeric_equal_message</a></div><div class="ttdeci">std::string unit_assert_numeric_equal_message(const char *filename, int line, double x, double y, double epsilon)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00067">unit.hpp:67</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1util_html_a8b3127de278cca4a29c4d5369dc4b576"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1util.html#a8b3127de278cca4a29c4d5369dc4b576">pwiz::util::escape_teamcity_string</a></div><div class="ttdeci">std::string escape_teamcity_string(const std::string &amp;str)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00145">unit.hpp:145</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1util_html_acaafd3f63091ef9c4a5c34043f9f782b"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1util.html#acaafd3f63091ef9c4a5c34043f9f782b">pwiz::util::unit_assert_equal_message</a></div><div class="ttdeci">std::string unit_assert_equal_message(const char *filename, int line, const std::string &amp;x, const std::string &amp;y, const char *expression)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00060">unit.hpp:60</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1util_html_aec0d465c8cc899b947fdf8fa7b09dea9"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1util.html#aec0d465c8cc899b947fdf8fa7b09dea9">pwiz::util::quote_string</a></div><div class="ttdeci">std::string quote_string(const string &amp;str)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00082">unit.hpp:82</a></div></div>
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│ │ │ ├── +++ ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/data_2identdata_2_diff_8hpp.html
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│ │ │ │    <div class="headertitle"><div class="title">Diff.hpp File Reference</div></div>
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│ │ │ │  <div class="contents">
│ │ │ │  <div class="textblock"><code>#include &quot;<a class="el" href="_export_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/Export.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html">IdentData.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html">pwiz/data/common/diff_std.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │ -<p><a href="data_2identdata_2diff_8hpp_source.html">Go to the source code of this file.</a></p>
│ │ │ │ +<p><a href="data_2identdata_2_diff_8hpp_source.html">Go to the source code of this file.</a></p>
│ │ │ │  <table class="memberdecls">
│ │ │ │  <tr class="heading"><td colspan="2"><h2 class="groupheader"><a id="nested-classes" name="nested-classes"></a>
│ │ │ │  Classes</h2></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">struct &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config.html">pwiz::identdata::DiffConfig</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  </table><table class="memberdecls">
│ │ │ │  <tr class="heading"><td colspan="2"><h2 class="groupheader"><a id="namespaces" name="namespaces"></a>
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│ │ │ ├── +++ ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/data_2identdata_2_diff_8hpp_source.html
│ │ │ │┄ Files 0% similar despite different names
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│ │ │ │  <li class="navelem"><a class="el" href="dir_45c7ef8544c9622a4c49808ad228f176.html">pwiz</a></li><li class="navelem"><a class="el" href="dir_f88a24e2e306ea4f9f3861037e755022.html">data</a></li><li class="navelem"><a class="el" href="dir_e53132443946aa664ee84e0cfa9f478c.html">identdata</a></li>  </ul>
│ │ │ │  </div>
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│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00005" name="l00005"></a><span class="lineno">    5</span><span class="comment">// Original author: Robert Burke &lt;robert.burke@proteowizard.org&gt;</span></div>
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│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00007" name="l00007"></a><span class="lineno">    7</span><span class="comment">// Copyright 2009 Spielberg Family Center for Applied Proteomics</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00008" name="l00008"></a><span class="lineno">    8</span><span class="comment">//   University of Southern California, Los Angeles, California  90033</span></div>
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│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_analysis_software_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_analysis_software.html">pwiz::identdata::AnalysisSoftware</a></div><div class="ttdoc">Implementation of AnalysisSoftwareType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00211">IdentData.hpp:212</a></div></div>
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│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_contact_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_contact.html">pwiz::identdata::Contact</a></div><div class="ttdoc">Implementation of ContactType from mzIdentML.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00117">IdentData.hpp:118</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_contact_role_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_contact_role.html">pwiz::identdata::ContactRole</a></div><div class="ttdoc">Implementation of ContactRoleType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00175">IdentData.hpp:176</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_d_b_sequence_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_d_b_sequence.html">pwiz::identdata::DBSequence</a></div><div class="ttdoc">Implementation of DBSequenceType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00296">IdentData.hpp:297</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_data_collection_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_data_collection.html">pwiz::identdata::DataCollection</a></div><div class="ttdoc">Implementation of DataCollectionType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00974">IdentData.hpp:975</a></div></div>
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│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config_html_a815f35e311444168238e33c43e624f20"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config.html#a815f35e311444168238e33c43e624f20">pwiz::identdata::DiffConfig::DiffConfig</a></div><div class="ttdeci">DiffConfig()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_8hpp_source.html#l00397">Diff.hpp:397</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme.html">pwiz::identdata::Enzyme</a></div><div class="ttdoc">Implementation of EnzymeType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00408">IdentData.hpp:409</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_enzymes_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_enzymes.html">pwiz::identdata::Enzymes</a></div><div class="ttdoc">Implementation of EnzymesType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00431">IdentData.hpp:432</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_filter_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_filter.html">pwiz::identdata::Filter</a></div><div class="ttdoc">Implementation of FilterType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00501">IdentData.hpp:502</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_fragment_array_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_fragment_array.html">pwiz::identdata::FragmentArray</a></div><div class="ttdoc">Implementation of FragmentArrayType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00589">IdentData.hpp:590</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_ident_data_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_ident_data.html">pwiz::identdata::IdentData</a></div><div class="ttdoc">Implementation of the MzIdentMLType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00993">IdentData.hpp:994</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable.html">pwiz::identdata::Identifiable</a></div><div class="ttdoc">Parent class representing extensions of the IdentifiableType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00064">IdentData.hpp:65</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable_param_container_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable_param_container.html">pwiz::identdata::IdentifiableParamContainer</a></div><div class="ttdoc">Parent class of all Identifiable objects that have ParamGroups.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00079">IdentData.hpp:80</a></div></div>
│ │ │ │   --- ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/data_2identdata_2difftest_8cpp.html
│ │ │ ├── +++ ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html
│ │ │ │┄ Files 9% similar despite different names
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│ │ │ │  <div class="header">
│ │ │ │    <div class="summary">
│ │ │ │  <a href="#func-members">Functions</a> &#124;
│ │ │ │  <a href="#var-members">Variables</a>  </div>
│ │ │ │    <div class="headertitle"><div class="title">DiffTest.cpp File Reference</div></div>
│ │ │ │  </div><!--header-->
│ │ │ │  <div class="contents">
│ │ │ │ -<div class="textblock"><code>#include &quot;<a class="el" href="data_2identdata_2diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │ +<div class="textblock"><code>#include &quot;<a class="el" href="data_2identdata_2_diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html">TextWriter.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="identdata_2examples_8hpp_source.html">examples.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="unit_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/unit.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_std_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/Std.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &lt;cstring&gt;</code><br />
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │ -<p><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">Go to the source code of this file.</a></p>
│ │ │ │ +<p><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">Go to the source code of this file.</a></p>
│ │ │ │  <table class="memberdecls">
│ │ │ │  <tr class="heading"><td colspan="2"><h2 class="groupheader"><a id="func-members" name="func-members"></a>
│ │ │ │  Functions</h2></td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a2153c606a301fd07983221e5fedc04df"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a2153c606a301fd07983221e5fedc04df">testIdentifiable</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a2153c606a301fd07983221e5fedc04df"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a2153c606a301fd07983221e5fedc04df">testIdentifiable</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a2153c606a301fd07983221e5fedc04df"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:ab50e6dd44ba1f634a222d2212e169b10"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ab50e6dd44ba1f634a222d2212e169b10">testFragmentArray</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:ab50e6dd44ba1f634a222d2212e169b10"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ab50e6dd44ba1f634a222d2212e169b10">testFragmentArray</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:ab50e6dd44ba1f634a222d2212e169b10"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a9dbec95392ecb039dfef2d6eb5b8f41c"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a9dbec95392ecb039dfef2d6eb5b8f41c">testIonType</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a9dbec95392ecb039dfef2d6eb5b8f41c"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a9dbec95392ecb039dfef2d6eb5b8f41c">testIonType</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a9dbec95392ecb039dfef2d6eb5b8f41c"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:afc11e34032ac4a576637b9141bd0c91e"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#afc11e34032ac4a576637b9141bd0c91e">testMeasure</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:afc11e34032ac4a576637b9141bd0c91e"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#afc11e34032ac4a576637b9141bd0c91e">testMeasure</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:afc11e34032ac4a576637b9141bd0c91e"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a171f8d901fc1b9e3866724cc48c8b89d"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a171f8d901fc1b9e3866724cc48c8b89d">testSearchModification</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a171f8d901fc1b9e3866724cc48c8b89d"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a171f8d901fc1b9e3866724cc48c8b89d">testSearchModification</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a171f8d901fc1b9e3866724cc48c8b89d"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:aeb4c6559d6453202c41b7bdd0c0e417c"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#aeb4c6559d6453202c41b7bdd0c0e417c">testPeptideEvidence</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:aeb4c6559d6453202c41b7bdd0c0e417c"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#aeb4c6559d6453202c41b7bdd0c0e417c">testPeptideEvidence</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:aeb4c6559d6453202c41b7bdd0c0e417c"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:ae5acbcf72aa432c7d07139f711b3a21f"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ae5acbcf72aa432c7d07139f711b3a21f">testProteinAmbiguityGroup</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:ae5acbcf72aa432c7d07139f711b3a21f"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ae5acbcf72aa432c7d07139f711b3a21f">testProteinAmbiguityGroup</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:ae5acbcf72aa432c7d07139f711b3a21f"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a8d7f53201e88e1fe071641592ac6e946"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a8d7f53201e88e1fe071641592ac6e946">testPeptideHypothesis</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a8d7f53201e88e1fe071641592ac6e946"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a8d7f53201e88e1fe071641592ac6e946">testPeptideHypothesis</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a8d7f53201e88e1fe071641592ac6e946"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a467cc13e2a2464cd21c797a30fc59ffe"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a467cc13e2a2464cd21c797a30fc59ffe">testProteinDetectionHypothesis</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a467cc13e2a2464cd21c797a30fc59ffe"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a467cc13e2a2464cd21c797a30fc59ffe">testProteinDetectionHypothesis</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a467cc13e2a2464cd21c797a30fc59ffe"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:af5e764972216766143d88b9497827f7c"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#af5e764972216766143d88b9497827f7c">testSpectrumIdentificationList</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:af5e764972216766143d88b9497827f7c"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#af5e764972216766143d88b9497827f7c">testSpectrumIdentificationList</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:af5e764972216766143d88b9497827f7c"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a4d4929b1aa5964438db41e09ea0fe81d"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a4d4929b1aa5964438db41e09ea0fe81d">testProteinDetectionList</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a4d4929b1aa5964438db41e09ea0fe81d"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a4d4929b1aa5964438db41e09ea0fe81d">testProteinDetectionList</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a4d4929b1aa5964438db41e09ea0fe81d"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a41c3740a427544b0fdd3c3f9cfc6bc39"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a41c3740a427544b0fdd3c3f9cfc6bc39">testAnalysisData</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a41c3740a427544b0fdd3c3f9cfc6bc39"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a41c3740a427544b0fdd3c3f9cfc6bc39">testAnalysisData</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a41c3740a427544b0fdd3c3f9cfc6bc39"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a0945b7ca689b1791492e25e4b466d3fd"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a0945b7ca689b1791492e25e4b466d3fd">testSearchDatabase</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a0945b7ca689b1791492e25e4b466d3fd"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a0945b7ca689b1791492e25e4b466d3fd">testSearchDatabase</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a0945b7ca689b1791492e25e4b466d3fd"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a0b517c4af12686550a14595a1d9aa84e"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a0b517c4af12686550a14595a1d9aa84e">testSpectraData</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a0b517c4af12686550a14595a1d9aa84e"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a0b517c4af12686550a14595a1d9aa84e">testSpectraData</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a0b517c4af12686550a14595a1d9aa84e"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3">testSourceFile</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3">testSourceFile</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a232e9008913cc7b8e56fbdefc99d1d93"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a232e9008913cc7b8e56fbdefc99d1d93">testInputs</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a232e9008913cc7b8e56fbdefc99d1d93"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a232e9008913cc7b8e56fbdefc99d1d93">testInputs</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a232e9008913cc7b8e56fbdefc99d1d93"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a1e134fd121c0aff1b97752fe2c9b5691"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a1e134fd121c0aff1b97752fe2c9b5691">testEnzyme</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a1e134fd121c0aff1b97752fe2c9b5691"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a1e134fd121c0aff1b97752fe2c9b5691">testEnzyme</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a1e134fd121c0aff1b97752fe2c9b5691"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:ab88f6761f743dfbe53b6fe963296ae93"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ab88f6761f743dfbe53b6fe963296ae93">testEnzymes</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:ab88f6761f743dfbe53b6fe963296ae93"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ab88f6761f743dfbe53b6fe963296ae93">testEnzymes</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:ab88f6761f743dfbe53b6fe963296ae93"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:aed63bd7841670a47c4720f86d58275be"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#aed63bd7841670a47c4720f86d58275be">testMassTable</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:aed63bd7841670a47c4720f86d58275be"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#aed63bd7841670a47c4720f86d58275be">testMassTable</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:aed63bd7841670a47c4720f86d58275be"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:ae9ce672245ebef8027ddbb91c8a0380b"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ae9ce672245ebef8027ddbb91c8a0380b">testResidue</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:ae9ce672245ebef8027ddbb91c8a0380b"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ae9ce672245ebef8027ddbb91c8a0380b">testResidue</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:ae9ce672245ebef8027ddbb91c8a0380b"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a45faae728fd4729cf65352cd92db8240"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a45faae728fd4729cf65352cd92db8240">testAmbiguousResidue</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a45faae728fd4729cf65352cd92db8240"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a45faae728fd4729cf65352cd92db8240">testAmbiguousResidue</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a45faae728fd4729cf65352cd92db8240"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a7f97458e5b4895d7e9bebd8ca3363d73"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a7f97458e5b4895d7e9bebd8ca3363d73">testFilter</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a7f97458e5b4895d7e9bebd8ca3363d73"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a7f97458e5b4895d7e9bebd8ca3363d73">testFilter</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a7f97458e5b4895d7e9bebd8ca3363d73"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a59845c7367180f04e05a9ba0fbe38f89"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a59845c7367180f04e05a9ba0fbe38f89">testDatabaseTranslation</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a59845c7367180f04e05a9ba0fbe38f89"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a59845c7367180f04e05a9ba0fbe38f89">testDatabaseTranslation</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a59845c7367180f04e05a9ba0fbe38f89"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a98faa12ab677d5bfbc8ef62a6f25e307"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a98faa12ab677d5bfbc8ef62a6f25e307">testSpectrumIdentificationProtocol</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a98faa12ab677d5bfbc8ef62a6f25e307"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a98faa12ab677d5bfbc8ef62a6f25e307">testSpectrumIdentificationProtocol</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a98faa12ab677d5bfbc8ef62a6f25e307"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a76ffc67dc801a37bb7e553a117777279"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a76ffc67dc801a37bb7e553a117777279">testProteinDetectionProtocol</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a76ffc67dc801a37bb7e553a117777279"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a76ffc67dc801a37bb7e553a117777279">testProteinDetectionProtocol</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a76ffc67dc801a37bb7e553a117777279"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:af3fbcef23e6165e0d4d0c4a836b79da3"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#af3fbcef23e6165e0d4d0c4a836b79da3">testAnalysisProtocolCollection</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:af3fbcef23e6165e0d4d0c4a836b79da3"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#af3fbcef23e6165e0d4d0c4a836b79da3">testAnalysisProtocolCollection</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:af3fbcef23e6165e0d4d0c4a836b79da3"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:afc5a38f6d3b4f52e00189d54a2989b39"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#afc5a38f6d3b4f52e00189d54a2989b39">testContact</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:afc5a38f6d3b4f52e00189d54a2989b39"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#afc5a38f6d3b4f52e00189d54a2989b39">testContact</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:afc5a38f6d3b4f52e00189d54a2989b39"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a4dca0cb8d67aa365a994307f552fe4f3"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a4dca0cb8d67aa365a994307f552fe4f3">testPerson</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a4dca0cb8d67aa365a994307f552fe4f3"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a4dca0cb8d67aa365a994307f552fe4f3">testPerson</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a4dca0cb8d67aa365a994307f552fe4f3"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a38e05f33d61d1b49604eee2d1c45c75e"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a38e05f33d61d1b49604eee2d1c45c75e">testOrganization</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a38e05f33d61d1b49604eee2d1c45c75e"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a38e05f33d61d1b49604eee2d1c45c75e">testOrganization</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a38e05f33d61d1b49604eee2d1c45c75e"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a8ba06bba0f516d63226a94e22938b89e"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a8ba06bba0f516d63226a94e22938b89e">testBibliographicReference</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a8ba06bba0f516d63226a94e22938b89e"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a8ba06bba0f516d63226a94e22938b89e">testBibliographicReference</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a8ba06bba0f516d63226a94e22938b89e"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:aede96c2df74a69f17bd370bab7e26133"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#aede96c2df74a69f17bd370bab7e26133">testProteinDetection</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:aede96c2df74a69f17bd370bab7e26133"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#aede96c2df74a69f17bd370bab7e26133">testProteinDetection</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:aede96c2df74a69f17bd370bab7e26133"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:ae4fae45f0e1a3517129db515bfb5408a"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ae4fae45f0e1a3517129db515bfb5408a">testSpectrumIdentification</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:ae4fae45f0e1a3517129db515bfb5408a"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ae4fae45f0e1a3517129db515bfb5408a">testSpectrumIdentification</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:ae4fae45f0e1a3517129db515bfb5408a"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:ae41359160263b06edb4ad590085ce0fc"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ae41359160263b06edb4ad590085ce0fc">testAnalysisCollection</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:ae41359160263b06edb4ad590085ce0fc"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ae41359160263b06edb4ad590085ce0fc">testAnalysisCollection</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:ae41359160263b06edb4ad590085ce0fc"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a4b1a0c98dfb47069bdc2fad58364be1b"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a4b1a0c98dfb47069bdc2fad58364be1b">testDBSequence</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a4b1a0c98dfb47069bdc2fad58364be1b"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a4b1a0c98dfb47069bdc2fad58364be1b">testDBSequence</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a4b1a0c98dfb47069bdc2fad58364be1b"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:ac9226767d3a411f0d01a96044beec92e"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac9226767d3a411f0d01a96044beec92e">testModification</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:ac9226767d3a411f0d01a96044beec92e"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac9226767d3a411f0d01a96044beec92e">testModification</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:ac9226767d3a411f0d01a96044beec92e"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a3d06fd1e7cf4cf703cceed3b95f89772"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a3d06fd1e7cf4cf703cceed3b95f89772">testSubstitutionModification</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a3d06fd1e7cf4cf703cceed3b95f89772"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a3d06fd1e7cf4cf703cceed3b95f89772">testSubstitutionModification</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a3d06fd1e7cf4cf703cceed3b95f89772"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a623cc8cd52944c2b6f7fbac548bf562e"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a623cc8cd52944c2b6f7fbac548bf562e">testPeptide</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a623cc8cd52944c2b6f7fbac548bf562e"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a623cc8cd52944c2b6f7fbac548bf562e">testPeptide</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a623cc8cd52944c2b6f7fbac548bf562e"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:ae731f7224e19329771659f839d798f31"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ae731f7224e19329771659f839d798f31">testSequenceCollection</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:ae731f7224e19329771659f839d798f31"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ae731f7224e19329771659f839d798f31">testSequenceCollection</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:ae731f7224e19329771659f839d798f31"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a19820c4d84301e679214164b1dfcdd68"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a19820c4d84301e679214164b1dfcdd68">testSampleComponent</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a19820c4d84301e679214164b1dfcdd68"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a19820c4d84301e679214164b1dfcdd68">testSampleComponent</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a19820c4d84301e679214164b1dfcdd68"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a286231885b4fd779bb9737e6e680942b"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a286231885b4fd779bb9737e6e680942b">testSample</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a286231885b4fd779bb9737e6e680942b"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a286231885b4fd779bb9737e6e680942b">testSample</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a286231885b4fd779bb9737e6e680942b"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:ad3a822da87ee45d1f8ada2b346767bf9"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ad3a822da87ee45d1f8ada2b346767bf9">testSpectrumIdentificationItem</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:ad3a822da87ee45d1f8ada2b346767bf9"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ad3a822da87ee45d1f8ada2b346767bf9">testSpectrumIdentificationItem</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:ad3a822da87ee45d1f8ada2b346767bf9"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a4bba8691b2d28f7aea6b7ac81bbbe7df"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a4bba8691b2d28f7aea6b7ac81bbbe7df">testSpectrumIdentificationResult</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a4bba8691b2d28f7aea6b7ac81bbbe7df"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a4bba8691b2d28f7aea6b7ac81bbbe7df">testSpectrumIdentificationResult</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a4bba8691b2d28f7aea6b7ac81bbbe7df"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:aee05c1513912937f5842329b7abfbd5a"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#aee05c1513912937f5842329b7abfbd5a">testAnalysisSampleCollection</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:aee05c1513912937f5842329b7abfbd5a"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#aee05c1513912937f5842329b7abfbd5a">testAnalysisSampleCollection</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:aee05c1513912937f5842329b7abfbd5a"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:ac246ea17edb605f1d365f9fcbe94048e"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac246ea17edb605f1d365f9fcbe94048e">testProvider</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:ac246ea17edb605f1d365f9fcbe94048e"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac246ea17edb605f1d365f9fcbe94048e">testProvider</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:ac246ea17edb605f1d365f9fcbe94048e"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a09b3ac89fd976280c9e0ebdbd316feaa"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a09b3ac89fd976280c9e0ebdbd316feaa">testContactRole</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a09b3ac89fd976280c9e0ebdbd316feaa"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a09b3ac89fd976280c9e0ebdbd316feaa">testContactRole</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a09b3ac89fd976280c9e0ebdbd316feaa"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:afb82c5a0eff82b707d60b1b082546a72"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#afb82c5a0eff82b707d60b1b082546a72">testAnalysisSoftware</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:afb82c5a0eff82b707d60b1b082546a72"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#afb82c5a0eff82b707d60b1b082546a72">testAnalysisSoftware</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:afb82c5a0eff82b707d60b1b082546a72"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a53213511b015016059c702def35dd00f"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a53213511b015016059c702def35dd00f">testDataCollection</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a53213511b015016059c702def35dd00f"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a53213511b015016059c702def35dd00f">testDataCollection</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a53213511b015016059c702def35dd00f"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:abe75c27046fcc441152c7dc3daf1d0c3"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#abe75c27046fcc441152c7dc3daf1d0c3">testIdentData</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:abe75c27046fcc441152c7dc3daf1d0c3"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#abe75c27046fcc441152c7dc3daf1d0c3">testIdentData</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:abe75c27046fcc441152c7dc3daf1d0c3"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">int&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">main</a> (int argc, char *argv[])</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">int&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">main</a> (int argc, char *argv[])</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  </table><table class="memberdecls">
│ │ │ │  <tr class="heading"><td colspan="2"><h2 class="groupheader"><a id="var-members" name="var-members"></a>
│ │ │ │  Variables</h2></td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">ostream *&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> = 0</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">ostream *&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> = 0</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">const double&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = numeric_limits&lt;double&gt;::epsilon()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">const double&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = numeric_limits&lt;double&gt;::epsilon()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  </table>
│ │ │ │  <h2 class="groupheader">Function Documentation</h2>
│ │ │ │  <a id="a2153c606a301fd07983221e5fedc04df" name="a2153c606a301fd07983221e5fedc04df"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a2153c606a301fd07983221e5fedc04df">&#9670;&nbsp;</a></span>testIdentifiable()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -180,73 +180,73 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00043">43</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00043">43</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">   44</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   45</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testIdentifiable()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   45</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testIdentifiable()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   46</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   47</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable.html">Identifiable</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   48</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable.html#a050b8b44c98433f61a7c712cefe7d9e1">id</a>=<span class="stringliteral">&quot;id1&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   49</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable.html#af67268b911f95441e333d22a49e90ddb">name</a>=<span class="stringliteral">&quot;a_name&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   50</span>    b = a;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   51</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   52</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Identifiable, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   53</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &amp;&amp; <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   53</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &amp;&amp; <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   54</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   55</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   56</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable.html#a050b8b44c98433f61a7c712cefe7d9e1">id</a>=<span class="stringliteral">&quot;id2&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   57</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable.html#af67268b911f95441e333d22a49e90ddb">name</a>=<span class="stringliteral">&quot;b_name&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   58</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   59</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   60</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   60</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   61</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   62</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   63</span>    <span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   64</span>    <span class="comment">// test handling for ids which often differ only </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   65</span>    <span class="comment">// by a trailing version number</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   66</span>    <span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   67</span>    b=a;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   68</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable.html#a050b8b44c98433f61a7c712cefe7d9e1">id</a> += <span class="stringliteral">&quot;_1.2.3&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   69</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable.html#a050b8b44c98433f61a7c712cefe7d9e1">id</a> += <span class="stringliteral">&quot;_1.2.4&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   70</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config.html">DiffConfig</a> config;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   71</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Identifiable, DiffConfig&gt;</a> diff0(config);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   72</span>    diff0(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   73</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(diff0) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   73</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(diff0) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   74</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(diff0);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   75</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   76</span>    config.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html#a0bd80b8e3b2040ffdcdbcf77f9a6cf8c">ignoreVersions</a> = <span class="keyword">true</span>;   </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   77</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Identifiable, DiffConfig&gt;</a> diff1(config);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   78</span>    diff1(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   79</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(diff1) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   79</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(diff1) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   80</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!diff1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   81</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   82</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable.html#a050b8b44c98433f61a7c712cefe7d9e1">id</a> += <span class="stringliteral">&quot;x&quot;</span>; <span class="comment">// no longer looks like one of our version strings</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   83</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Identifiable, DiffConfig&gt;</a> diff2(config);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   84</span>    diff2(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   85</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(diff2) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   85</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(diff2) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   86</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(diff2);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   87</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   88</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_frequency_data_test_8cpp_html_a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f"><div class="ttname"><a href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a></div><div class="ttdeci">void diff(const string &amp;filename1, const string &amp;filename2)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">FrequencyDataTest.cpp:40</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a></div><div class="ttdeci">ostream * os_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">DiffTest.cpp:40</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a></div><div class="ttdeci">ostream * os_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">DiffTest.cpp:40</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config_html_a0bd80b8e3b2040ffdcdbcf77f9a6cf8c"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html#a0bd80b8e3b2040ffdcdbcf77f9a6cf8c">pwiz::data::BaseDiffConfig::ignoreVersions</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreVersions</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00046">diff_std.hpp:46</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_diff_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">pwiz::data::Diff</a></div><div class="ttdoc">Calculate diffs of objects in a ProteoWizard data model hierarchy.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00142">diff_std.hpp:143</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config.html">pwiz::identdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2diff_8hpp_source.html#l00395">Diff.hpp:396</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config.html">pwiz::identdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_8hpp_source.html#l00395">Diff.hpp:396</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable.html">pwiz::identdata::Identifiable</a></div><div class="ttdoc">Parent class representing extensions of the IdentifiableType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00064">IdentData.hpp:65</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable_html_a050b8b44c98433f61a7c712cefe7d9e1"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable.html#a050b8b44c98433f61a7c712cefe7d9e1">pwiz::identdata::Identifiable::id</a></div><div class="ttdeci">std::string id</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00070">IdentData.hpp:70</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable_html_af67268b911f95441e333d22a49e90ddb"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable.html#af67268b911f95441e333d22a49e90ddb">pwiz::identdata::Identifiable::name</a></div><div class="ttdeci">std::string name</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00071">IdentData.hpp:71</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00070">pwiz::identdata::Identifiable::id</a>, <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00046">pwiz::data::BaseDiffConfig::ignoreVersions</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00071">pwiz::identdata::Identifiable::name</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00070">pwiz::identdata::Identifiable::id</a>, <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00046">pwiz::data::BaseDiffConfig::ignoreVersions</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00071">pwiz::identdata::Identifiable::name</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ab50e6dd44ba1f634a222d2212e169b10" name="ab50e6dd44ba1f634a222d2212e169b10"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ab50e6dd44ba1f634a222d2212e169b10">&#9670;&nbsp;</a></span>testFragmentArray()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -257,27 +257,27 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00090">90</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00090">90</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">   91</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   92</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testFragmentArray()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   92</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testFragmentArray()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   93</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   94</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_fragment_array.html">FragmentArray</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   95</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   96</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_fragment_array.html#a17139c01d9ed0dd90118f9c02b05dc9e">values</a>.push_back(1.0);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   97</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_fragment_array.html#a317db7059dc504060d7e7bc6d7521626">measurePtr</a> = MeasurePtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_measure.html">Measure</a>(<span class="stringliteral">&quot;Measure_ref&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   98</span>    b = a;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   99</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  100</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;FragmentArray, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  101</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  102</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  102</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  103</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  104</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_fragment_array.html#a17139c01d9ed0dd90118f9c02b05dc9e">values</a>.push_back(2.1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  105</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_fragment_array.html#a17139c01d9ed0dd90118f9c02b05dc9e">values</a>.push_back(2.0);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  106</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_fragment_array.html#a317db7059dc504060d7e7bc6d7521626">measurePtr</a> = MeasurePtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_measure.html">Measure</a>(<span class="stringliteral">&quot;fer_erusaeM&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  107</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  108</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  109</span>    <span class="comment">// a diff was found</span></div>
│ │ │ │ @@ -292,25 +292,25 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  118</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(-0.1, <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.values[1], 1e-6);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  119</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  120</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.measurePtr.get());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  121</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.measurePtr-&gt;id == <span class="stringliteral">&quot;Measure_ref&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  122</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.measurePtr.get());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  123</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.measurePtr-&gt;id == <span class="stringliteral">&quot;fer_erusaeM&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  124</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  125</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  125</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  126</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_fragment_array_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_fragment_array.html">pwiz::identdata::FragmentArray</a></div><div class="ttdoc">Implementation of FragmentArrayType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00589">IdentData.hpp:590</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_fragment_array_html_a17139c01d9ed0dd90118f9c02b05dc9e"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_fragment_array.html#a17139c01d9ed0dd90118f9c02b05dc9e">pwiz::identdata::FragmentArray::values</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; double &gt; values</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00591">IdentData.hpp:591</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_fragment_array_html_a317db7059dc504060d7e7bc6d7521626"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_fragment_array.html#a317db7059dc504060d7e7bc6d7521626">pwiz::identdata::FragmentArray::measurePtr</a></div><div class="ttdeci">MeasurePtr measurePtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00592">IdentData.hpp:592</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_measure_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_measure.html">pwiz::identdata::Measure</a></div><div class="ttdoc">Implementation of MeasureType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00573">IdentData.hpp:574</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_acbd450df99370be00778913f140d5ec0"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert_equal(x, y, epsilon)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit.hpp:99</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00592">pwiz::identdata::FragmentArray::measurePtr</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>, and <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00591">pwiz::identdata::FragmentArray::values</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00592">pwiz::identdata::FragmentArray::measurePtr</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>, and <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00591">pwiz::identdata::FragmentArray::values</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a9dbec95392ecb039dfef2d6eb5b8f41c" name="a9dbec95392ecb039dfef2d6eb5b8f41c"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a9dbec95392ecb039dfef2d6eb5b8f41c">&#9670;&nbsp;</a></span>testIonType()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -321,66 +321,66 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00128">128</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00128">128</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  129</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  130</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testIonType()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  130</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testIonType()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  131</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  132</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_ion_type.html">IonType</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  133</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_ion_type.html#a197486c0f690befaefde27065fbd7182">index</a>.push_back(1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  134</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_ion_type.html#aad5035ba001be10211a2d7a1acc32328">charge</a> = 1;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  135</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#ae6e35653318b4d87deedb705b3397d63">cvid</a> = <a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#abf28182a4d3f0873824398a41f7ef9d5">MS_frag__a_ion</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  136</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_ion_type.html#a239cdc2042a680da516d51b35be00b2d">fragmentArray</a>.push_back(FragmentArrayPtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_fragment_array.html">FragmentArray</a>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  137</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  138</span>    b = a;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  139</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  140</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;IonType, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  141</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  142</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &amp;&amp; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  142</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &amp;&amp; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  143</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  144</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_ion_type.html#a197486c0f690befaefde27065fbd7182">index</a>.back() = 2;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  145</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_ion_type.html#aad5035ba001be10211a2d7a1acc32328">charge</a> = 2;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  146</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#ae6e35653318b4d87deedb705b3397d63">cvid</a> = <a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a5fbac92a3dce56486d09d696c3f357cd">MS_frag__z_ion</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  147</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_ion_type.html#a239cdc2042a680da516d51b35be00b2d">fragmentArray</a>.push_back(FragmentArrayPtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_fragment_array.html">FragmentArray</a>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  148</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_ion_type.html#a239cdc2042a680da516d51b35be00b2d">fragmentArray</a>.back()-&gt;measurePtr = MeasurePtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_measure.html">Measure</a>(<span class="stringliteral">&quot;Graduated_cylinder&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  149</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  150</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  151</span>    <span class="comment">// a diff was found</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  152</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  153</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  153</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  154</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  155</span>    <span class="comment">// and correctly</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  156</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.index.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  157</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.index.size() == 1);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  158</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(*<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.index.begin(), 1.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  159</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(*<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.index.begin(), 2.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  160</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.charge, 1.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  161</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.charge, 2.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  158</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(*<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.index.begin(), 1.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  159</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(*<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.index.begin(), 2.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  160</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.charge, 1.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  161</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.charge, 2.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  162</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.cvid == <a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#abf28182a4d3f0873824398a41f7ef9d5">MS_frag__a_ion</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  163</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.cvid == <a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a5fbac92a3dce56486d09d696c3f357cd">MS_frag__z_ion</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  164</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.fragmentArray.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  165</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.fragmentArray.back()-&gt;measurePtr.get());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  166</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.fragmentArray.back()-&gt;measurePtr-&gt;id == <span class="stringliteral">&quot;Graduated_cylinder&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  167</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_a5fbac92a3dce56486d09d696c3f357cd"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#a5fbac92a3dce56486d09d696c3f357cd">MS_frag__z_ion</a></div><div class="ttdeci">MS_frag__z_ion</div><div class="ttdoc">frag: z ion: Fragmentation information, type of product: z ion.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l04122">cv.hpp:4122</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_abf28182a4d3f0873824398a41f7ef9d5"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#abf28182a4d3f0873824398a41f7ef9d5">MS_frag__a_ion</a></div><div class="ttdeci">MS_frag__a_ion</div><div class="ttdoc">frag: a ion: Fragmentation information, type of product: a ion.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l04119">cv.hpp:4119</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_c_v_param_html_ae6e35653318b4d87deedb705b3397d63"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#ae6e35653318b4d87deedb705b3397d63">pwiz::data::CVParam::cvid</a></div><div class="ttdeci">CVID cvid</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_param_types_8hpp_source.html#l00046">ParamTypes.hpp:46</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_ion_type_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_ion_type.html">pwiz::identdata::IonType</a></div><div class="ttdoc">Implementation of IonTypeType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00607">IdentData.hpp:608</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_ion_type_html_a197486c0f690befaefde27065fbd7182"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_ion_type.html#a197486c0f690befaefde27065fbd7182">pwiz::identdata::IonType::index</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; int &gt; index</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00611">IdentData.hpp:611</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_ion_type_html_a239cdc2042a680da516d51b35be00b2d"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_ion_type.html#a239cdc2042a680da516d51b35be00b2d">pwiz::identdata::IonType::fragmentArray</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; FragmentArrayPtr &gt; fragmentArray</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00613">IdentData.hpp:613</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_ion_type_html_aad5035ba001be10211a2d7a1acc32328"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_ion_type.html#aad5035ba001be10211a2d7a1acc32328">pwiz::identdata::IonType::charge</a></div><div class="ttdeci">int charge</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00612">IdentData.hpp:612</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00612">pwiz::identdata::IonType::charge</a>, <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00046">pwiz::data::CVParam::cvid</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00613">pwiz::identdata::IonType::fragmentArray</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00611">pwiz::identdata::IonType::index</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l04119">MS_frag__a_ion</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l04122">MS_frag__z_ion</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00612">pwiz::identdata::IonType::charge</a>, <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00046">pwiz::data::CVParam::cvid</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00613">pwiz::identdata::IonType::fragmentArray</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00611">pwiz::identdata::IonType::index</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l04119">MS_frag__a_ion</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l04122">MS_frag__z_ion</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="afc11e34032ac4a576637b9141bd0c91e" name="afc11e34032ac4a576637b9141bd0c91e"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#afc11e34032ac4a576637b9141bd0c91e">&#9670;&nbsp;</a></span>testMeasure()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -391,45 +391,45 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00170">170</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00170">170</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  171</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  172</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testMeasure()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  172</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testMeasure()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  173</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  174</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_measure.html">Measure</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  175</span>    a.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a32e5e24ad8d7ba4dc5ed3fb7ba27ecbc">MS_product_ion_m_z</a>, 200);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  176</span>    b = a;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  177</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  178</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Measure, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  179</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  180</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  181</span>    b.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#afa242fceb5f785141c224ac805260dd7">MS_product_ion_intensity</a>, 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  182</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  183</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  184</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  184</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  185</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  186</span>    <span class="comment">// diff was found</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  187</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  188</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  189</span>    <span class="comment">// and correctly</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  190</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.cvParams.size() == 0);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  191</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.cvParams.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  192</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.hasCVParam(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#afa242fceb5f785141c224ac805260dd7">MS_product_ion_intensity</a>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  193</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_a32e5e24ad8d7ba4dc5ed3fb7ba27ecbc"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#a32e5e24ad8d7ba4dc5ed3fb7ba27ecbc">MS_product_ion_m_z</a></div><div class="ttdeci">MS_product_ion_m_z</div><div class="ttdoc">product ion m/z: The m/z of the product ion.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l04101">cv.hpp:4101</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_afa242fceb5f785141c224ac805260dd7"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#afa242fceb5f785141c224ac805260dd7">MS_product_ion_intensity</a></div><div class="ttdeci">MS_product_ion_intensity</div><div class="ttdoc">product ion intensity: The intensity of a single product ion.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l04107">cv.hpp:4107</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_param_container_html_a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set</a></div><div class="ttdeci">void set(CVID cvid, const std::string &amp;value=&quot;&quot;, CVID units=CVID_Unknown)</div><div class="ttdoc">set/add a CVParam (not recursive)</div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l04107">MS_product_ion_intensity</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l04101">MS_product_ion_m_z</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l04107">MS_product_ion_intensity</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l04101">MS_product_ion_m_z</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00415">testSpectrumIdentificationList()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00415">testSpectrumIdentificationList()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a171f8d901fc1b9e3866724cc48c8b89d" name="a171f8d901fc1b9e3866724cc48c8b89d"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a171f8d901fc1b9e3866724cc48c8b89d">&#9670;&nbsp;</a></span>testSearchModification()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -440,17 +440,17 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00195">195</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00195">195</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  196</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  197</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSearchModification()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  197</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSearchModification()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  198</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  199</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_search_modification.html">SearchModification</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  200</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  201</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_search_modification.html#aca3c7c3ff4f3729066f5c4a99a1d47b2">massDelta</a> = 1;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  202</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_search_modification.html#aa26733e4773fac1162fbddbacfa3df36">residues</a>.push_back(<span class="charliteral">&#39;A&#39;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  203</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_search_modification.html#aa26733e4773fac1162fbddbacfa3df36">residues</a>.push_back(<span class="charliteral">&#39;B&#39;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  204</span>    a.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a659ed1245da17b73f868f7478b2a0c9d">UNIMOD_Gln__pyro_Glu</a>);</div>
│ │ │ │ @@ -461,39 +461,39 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  209</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  210</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_search_modification.html#aca3c7c3ff4f3729066f5c4a99a1d47b2">massDelta</a> = 10;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  211</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_search_modification.html#aa26733e4773fac1162fbddbacfa3df36">residues</a>.push_back(<span class="charliteral">&#39;C&#39;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  212</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">cvParams</a>.clear();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  213</span>    b.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a527b2f6ae90757820b94dbd5dd7a4926">UNIMOD_Oxidation</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  214</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  215</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  216</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  216</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  217</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  218</span>    <span class="comment">// diff was found</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  219</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  220</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  221</span>    <span class="comment">// and correctly</span></div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  222</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.massDelta, 9, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  223</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.massDelta, 9, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  222</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.massDelta, 9, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  223</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.massDelta, 9, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  224</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.residues.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  225</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.residues.size() == 1 &amp;&amp; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.residues[0] == <span class="charliteral">&#39;C&#39;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  226</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.cvParams.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  227</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.cvParams[0].cvid == <a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a659ed1245da17b73f868f7478b2a0c9d">UNIMOD_Gln__pyro_Glu</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  228</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.cvParams.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  229</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.cvParams[0].cvid == <a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a527b2f6ae90757820b94dbd5dd7a4926">UNIMOD_Oxidation</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  230</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_a527b2f6ae90757820b94dbd5dd7a4926"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#a527b2f6ae90757820b94dbd5dd7a4926">UNIMOD_Oxidation</a></div><div class="ttdeci">UNIMOD_Oxidation</div><div class="ttdoc">Oxidation: Oxidation or Hydroxylation.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l09450">cv.hpp:9450</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_a659ed1245da17b73f868f7478b2a0c9d"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#a659ed1245da17b73f868f7478b2a0c9d">UNIMOD_Gln__pyro_Glu</a></div><div class="ttdeci">UNIMOD_Gln__pyro_Glu</div><div class="ttdoc">Gln-&gt;pyro-Glu: Pyro-glu from Q.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l09435">cv.hpp:9435</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_param_container_html_a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">pwiz::data::ParamContainer::cvParams</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; CVParam &gt; cvParams</div><div class="ttdoc">a collection of controlled vocabulary terms</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_param_types_8hpp_source.html#l00250">ParamTypes.hpp:250</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_search_modification_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_search_modification.html">pwiz::identdata::SearchModification</a></div><div class="ttdoc">Implementation of SearchModificationType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00388">IdentData.hpp:389</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_search_modification_html_aa26733e4773fac1162fbddbacfa3df36"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_search_modification.html#aa26733e4773fac1162fbddbacfa3df36">pwiz::identdata::SearchModification::residues</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; char &gt; residues</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00394">IdentData.hpp:394</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_search_modification_html_aca3c7c3ff4f3729066f5c4a99a1d47b2"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_search_modification.html#aca3c7c3ff4f3729066f5c4a99a1d47b2">pwiz::identdata::SearchModification::massDelta</a></div><div class="ttdeci">double massDelta</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00393">IdentData.hpp:393</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00250">pwiz::data::ParamContainer::cvParams</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00393">pwiz::identdata::SearchModification::massDelta</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00394">pwiz::identdata::SearchModification::residues</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l09435">UNIMOD_Gln__pyro_Glu</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l09450">UNIMOD_Oxidation</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00250">pwiz::data::ParamContainer::cvParams</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00393">pwiz::identdata::SearchModification::massDelta</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00394">pwiz::identdata::SearchModification::residues</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l09435">UNIMOD_Gln__pyro_Glu</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l09450">UNIMOD_Oxidation</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="aeb4c6559d6453202c41b7bdd0c0e417c" name="aeb4c6559d6453202c41b7bdd0c0e417c"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#aeb4c6559d6453202c41b7bdd0c0e417c">&#9670;&nbsp;</a></span>testPeptideEvidence()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -504,22 +504,22 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00233">233</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00233">233</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  234</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  235</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testPeptideEvidence()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  235</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testPeptideEvidence()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  236</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  237</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_evidence.html">PeptideEvidence</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  238</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  239</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;PeptideEvidence, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  240</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  240</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  241</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  242</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  243</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_evidence.html#a25c6e38d80983b57fcdd44632cd76e9a">dbSequencePtr</a> = DBSequencePtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_d_b_sequence.html">DBSequence</a>(<span class="stringliteral">&quot;DBSequence_ref&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  244</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_evidence.html#a9f47da8defc5bd6c2cd41857aad7b596">start</a> = 1;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  245</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_evidence.html#ad80a4451c1049c39f2eb31d4039c6ea2">end</a> = 6;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  246</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_evidence.html#a1c6196a6500a24e0ba3692919507276a">pre</a> = <span class="charliteral">&#39;-&#39;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  247</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_evidence.html#ac796a3f0b2ca070aa70e0b35789e610e">post</a> = <span class="charliteral">&#39;-&#39;</span>;</div>
│ │ │ │ @@ -539,38 +539,38 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  261</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_evidence.html#ac796a3f0b2ca070aa70e0b35789e610e">post</a> = <span class="charliteral">&#39;A&#39;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  262</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_evidence.html#af40d5c25cbf28986efd8d9a6aa65a16d">translationTablePtr</a> = TranslationTablePtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_translation_table.html">TranslationTable</a>(<span class="stringliteral">&quot;fer_elbaTnoitalsnarT&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  263</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_evidence.html#a2a81ab7ab169bd533088d9f54852d16f">frame</a> = 1;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  264</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_evidence.html#a49f4012da2a2d8c14856eb362f83d341">isDecoy</a> = <span class="keyword">false</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  265</span>    b.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#ad538bb606de0591279b3d362782e984e">MS_Mascot_expectation_value</a>, 0.0268534444565851);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  266</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  267</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  268</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  268</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  269</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  270</span>    <span class="comment">// a diff was found</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  271</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  272</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  273</span>    <span class="comment">// and correctly</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  274</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.dbSequencePtr.get());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  275</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.dbSequencePtr-&gt;id == <span class="stringliteral">&quot;DBSequence_ref&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  276</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.dbSequencePtr.get());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  277</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.dbSequencePtr-&gt;id == <span class="stringliteral">&quot;fer_ecneuqeSBD&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  278</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.translationTablePtr.get());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  279</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.translationTablePtr-&gt;id == <span class="stringliteral">&quot;TranslationTable_ref&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  280</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.translationTablePtr.get());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  281</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.translationTablePtr-&gt;id == <span class="stringliteral">&quot;fer_elbaTnoitalsnarT&quot;</span>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  282</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.start, 1.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  283</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.start, 2.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  284</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.end, 6.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  285</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.end, 7.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  282</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.start, 1.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  283</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.start, 2.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  284</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.end, 6.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  285</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.end, 7.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  286</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.pre == <span class="charliteral">&#39;-&#39;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  287</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.pre == <span class="charliteral">&#39;A&#39;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  288</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.post == <span class="charliteral">&#39;-&#39;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  289</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.post == <span class="charliteral">&#39;A&#39;</span>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  290</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.frame, 0.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  291</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.frame, 1.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  290</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.frame, 0.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  291</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.frame, 1.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  292</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.isDecoy == <span class="keyword">true</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  293</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.isDecoy == <span class="keyword">false</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  294</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.cvParams.size() == 0);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  295</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.cvParams.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  296</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.hasCVParam(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#ad538bb606de0591279b3d362782e984e">MS_Mascot_expectation_value</a>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  297</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  298</span>}</div>
│ │ │ │ @@ -584,17 +584,17 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_evidence_html_a49f4012da2a2d8c14856eb362f83d341"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_evidence.html#a49f4012da2a2d8c14856eb362f83d341">pwiz::identdata::PeptideEvidence::isDecoy</a></div><div class="ttdeci">bool isDecoy</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00639">IdentData.hpp:639</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_evidence_html_a9f47da8defc5bd6c2cd41857aad7b596"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_evidence.html#a9f47da8defc5bd6c2cd41857aad7b596">pwiz::identdata::PeptideEvidence::start</a></div><div class="ttdeci">int start</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00633">IdentData.hpp:633</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_evidence_html_ac796a3f0b2ca070aa70e0b35789e610e"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_evidence.html#ac796a3f0b2ca070aa70e0b35789e610e">pwiz::identdata::PeptideEvidence::post</a></div><div class="ttdeci">char post</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00636">IdentData.hpp:636</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_evidence_html_ad80a4451c1049c39f2eb31d4039c6ea2"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_evidence.html#ad80a4451c1049c39f2eb31d4039c6ea2">pwiz::identdata::PeptideEvidence::end</a></div><div class="ttdeci">int end</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00634">IdentData.hpp:634</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_evidence_html_af40d5c25cbf28986efd8d9a6aa65a16d"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_evidence.html#af40d5c25cbf28986efd8d9a6aa65a16d">pwiz::identdata::PeptideEvidence::translationTablePtr</a></div><div class="ttdeci">TranslationTablePtr translationTablePtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00637">IdentData.hpp:637</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_translation_table_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_translation_table.html">pwiz::identdata::TranslationTable</a></div><div class="ttdoc">Implementation of TranslationTableType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00517">IdentData.hpp:518</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00632">pwiz::identdata::PeptideEvidence::dbSequencePtr</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00634">pwiz::identdata::PeptideEvidence::end</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00638">pwiz::identdata::PeptideEvidence::frame</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00639">pwiz::identdata::PeptideEvidence::isDecoy</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l03975">MS_Mascot_expectation_value</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l03972">MS_Mascot_score</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00636">pwiz::identdata::PeptideEvidence::post</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00635">pwiz::identdata::PeptideEvidence::pre</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00633">pwiz::identdata::PeptideEvidence::start</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00637">pwiz::identdata::PeptideEvidence::translationTablePtr</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00632">pwiz::identdata::PeptideEvidence::dbSequencePtr</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00634">pwiz::identdata::PeptideEvidence::end</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00638">pwiz::identdata::PeptideEvidence::frame</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00639">pwiz::identdata::PeptideEvidence::isDecoy</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l03975">MS_Mascot_expectation_value</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l03972">MS_Mascot_score</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00636">pwiz::identdata::PeptideEvidence::post</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00635">pwiz::identdata::PeptideEvidence::pre</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00633">pwiz::identdata::PeptideEvidence::start</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00637">pwiz::identdata::PeptideEvidence::translationTablePtr</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ae5acbcf72aa432c7d07139f711b3a21f" name="ae5acbcf72aa432c7d07139f711b3a21f"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ae5acbcf72aa432c7d07139f711b3a21f">&#9670;&nbsp;</a></span>testProteinAmbiguityGroup()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -605,17 +605,17 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00301">301</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00301">301</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  302</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  303</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testProteinAmbiguityGroup()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  303</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testProteinAmbiguityGroup()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  304</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  305</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_ambiguity_group.html">ProteinAmbiguityGroup</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  306</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  307</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_ambiguity_group.html#a2f64d2f3c0b7eba38fc62f5237ebfd1a">proteinDetectionHypothesis</a>.push_back(ProteinDetectionHypothesisPtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_hypothesis.html">ProteinDetectionHypothesis</a>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  308</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_ambiguity_group.html#a2f64d2f3c0b7eba38fc62f5237ebfd1a">proteinDetectionHypothesis</a>.back()-&gt;dbSequencePtr = DBSequencePtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_d_b_sequence.html">DBSequence</a>(<span class="stringliteral">&quot;DBSequence_ref&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  309</span>    a.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#abe9d1a5908b534805324b8cee2ba3c96">MS_Mascot_score</a>, 164.4);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  310</span>    b = a;</div>
│ │ │ │ @@ -623,15 +623,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  312</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;ProteinAmbiguityGroup, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  313</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  314</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  315</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_ambiguity_group.html#a2f64d2f3c0b7eba38fc62f5237ebfd1a">proteinDetectionHypothesis</a>.clear();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  316</span>    b.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#ad538bb606de0591279b3d362782e984e">MS_Mascot_expectation_value</a>, 0.0268534444565851);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  317</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  318</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  319</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  319</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  320</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  321</span>    <span class="comment">// a diff was found</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  322</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  323</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  324</span>    <span class="comment">// and correctly</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  325</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.proteinDetectionHypothesis.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  326</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.proteinDetectionHypothesis.size() == 0);</div>
│ │ │ │ @@ -641,17 +641,17 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  330</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.hasCVParam(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#ad538bb606de0591279b3d362782e984e">MS_Mascot_expectation_value</a>)); <span class="comment">// TODO check vals also?</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  331</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  332</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_protein_ambiguity_group_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_ambiguity_group.html">pwiz::identdata::ProteinAmbiguityGroup</a></div><div class="ttdoc">Implementation of ProteinAmbiguityGroupType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00839">IdentData.hpp:840</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_protein_ambiguity_group_html_a2f64d2f3c0b7eba38fc62f5237ebfd1a"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_ambiguity_group.html#a2f64d2f3c0b7eba38fc62f5237ebfd1a">pwiz::identdata::ProteinAmbiguityGroup::proteinDetectionHypothesis</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; ProteinDetectionHypothesisPtr &gt; proteinDetectionHypothesis</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00844">IdentData.hpp:844</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_hypothesis_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_hypothesis.html">pwiz::identdata::ProteinDetectionHypothesis</a></div><div class="ttdoc">Implementation of ProteinDetectionHypothesisType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00819">IdentData.hpp:820</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l03975">MS_Mascot_expectation_value</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l03972">MS_Mascot_score</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00844">pwiz::identdata::ProteinAmbiguityGroup::proteinDetectionHypothesis</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l03975">MS_Mascot_expectation_value</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l03972">MS_Mascot_score</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00844">pwiz::identdata::ProteinAmbiguityGroup::proteinDetectionHypothesis</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a8d7f53201e88e1fe071641592ac6e946" name="a8d7f53201e88e1fe071641592ac6e946"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a8d7f53201e88e1fe071641592ac6e946">&#9670;&nbsp;</a></span>testPeptideHypothesis()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -662,29 +662,29 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00335">335</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00335">335</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  336</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  337</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testPeptideHypothesis()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  337</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testPeptideHypothesis()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  338</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  339</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_hypothesis.html">PeptideHypothesis</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  340</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;PeptideHypothesis, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  341</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  342</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  343</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_hypothesis.html#a21506fbfb3d919cd4e61fc6342e9d919">peptideEvidencePtr</a> = PeptideEvidencePtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_evidence.html">PeptideEvidence</a>(<span class="stringliteral">&quot;pe_a&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  344</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_hypothesis.html#a500a051f27e16a5bf027bfbf1abb53d2">spectrumIdentificationItemPtr</a>.push_back(SpectrumIdentificationItemPtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_item.html">SpectrumIdentificationItem</a>(<span class="stringliteral">&quot;sii_a&quot;</span>)));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  345</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_hypothesis.html#a21506fbfb3d919cd4e61fc6342e9d919">peptideEvidencePtr</a> = PeptideEvidencePtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_evidence.html">PeptideEvidence</a>(<span class="stringliteral">&quot;pe_b&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  346</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_hypothesis.html#a500a051f27e16a5bf027bfbf1abb53d2">spectrumIdentificationItemPtr</a>.push_back(SpectrumIdentificationItemPtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_item.html">SpectrumIdentificationItem</a>(<span class="stringliteral">&quot;sii_b&quot;</span>)));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  347</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  348</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  349</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  349</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  350</span>    </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  351</span>    <span class="comment">// a diff was found</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  352</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  353</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  354</span>    <span class="comment">// and correctly</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  355</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.peptideEvidencePtr.get());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  356</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.peptideEvidencePtr-&gt;id ==<span class="stringliteral">&quot;pe_a&quot;</span>);</div>
│ │ │ │ @@ -696,15 +696,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  362</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.spectrumIdentificationItemPtr.back()-&gt;id == <span class="stringliteral">&quot;sii_b&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  363</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_hypothesis_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_hypothesis.html">pwiz::identdata::PeptideHypothesis</a></div><div class="ttdoc">Implementation of PeptideHypothesisType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00806">IdentData.hpp:807</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_hypothesis_html_a21506fbfb3d919cd4e61fc6342e9d919"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_hypothesis.html#a21506fbfb3d919cd4e61fc6342e9d919">pwiz::identdata::PeptideHypothesis::peptideEvidencePtr</a></div><div class="ttdeci">PeptideEvidencePtr peptideEvidencePtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00808">IdentData.hpp:808</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_hypothesis_html_a500a051f27e16a5bf027bfbf1abb53d2"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_hypothesis.html#a500a051f27e16a5bf027bfbf1abb53d2">pwiz::identdata::PeptideHypothesis::spectrumIdentificationItemPtr</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; SpectrumIdentificationItemPtr &gt; spectrumIdentificationItemPtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00809">IdentData.hpp:809</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_item_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_item.html">pwiz::identdata::SpectrumIdentificationItem</a></div><div class="ttdoc">Implementation of SpectrumIdentificationItemType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00669">IdentData.hpp:670</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00808">pwiz::identdata::PeptideHypothesis::peptideEvidencePtr</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00809">pwiz::identdata::PeptideHypothesis::spectrumIdentificationItemPtr</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00808">pwiz::identdata::PeptideHypothesis::peptideEvidencePtr</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00809">pwiz::identdata::PeptideHypothesis::spectrumIdentificationItemPtr</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a467cc13e2a2464cd21c797a30fc59ffe" name="a467cc13e2a2464cd21c797a30fc59ffe"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a467cc13e2a2464cd21c797a30fc59ffe">&#9670;&nbsp;</a></span>testProteinDetectionHypothesis()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -715,17 +715,17 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00366">366</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00366">366</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  367</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  368</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testProteinDetectionHypothesis()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  368</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testProteinDetectionHypothesis()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  369</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  370</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_hypothesis.html">ProteinDetectionHypothesis</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  371</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;ProteinDetectionHypothesis, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  372</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  373</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  374</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_hypothesis.html#a35308402bdd97f5c029da9dc8be1c399">dbSequencePtr</a> = DBSequencePtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_d_b_sequence.html">DBSequence</a>(<span class="stringliteral">&quot;DBSequence_ref&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  375</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_hypothesis.html#a35308402bdd97f5c029da9dc8be1c399">dbSequencePtr</a> = DBSequencePtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_d_b_sequence.html">DBSequence</a>(<span class="stringliteral">&quot;fer_ecneuqeSBD&quot;</span>));</div>
│ │ │ │ @@ -738,15 +738,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  382</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_hypothesis.html#a0d9976b587b7b8684d6d57bf744add8a">peptideHypothesis</a>.back().spectrumIdentificationItemPtr.push_back(SpectrumIdentificationItemPtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_item.html">SpectrumIdentificationItem</a>(<span class="stringliteral">&quot;sii_a&quot;</span>)));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  383</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_hypothesis.html#a0d9976b587b7b8684d6d57bf744add8a">peptideHypothesis</a>.back().peptideEvidencePtr = PeptideEvidencePtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_evidence.html">PeptideEvidence</a>(<span class="stringliteral">&quot;pe_b&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  384</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_hypothesis.html#a0d9976b587b7b8684d6d57bf744add8a">peptideHypothesis</a>.back().spectrumIdentificationItemPtr.push_back(SpectrumIdentificationItemPtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_item.html">SpectrumIdentificationItem</a>(<span class="stringliteral">&quot;sii_b&quot;</span>)));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  385</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  386</span>    a.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#ad538bb606de0591279b3d362782e984e">MS_Mascot_expectation_value</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  387</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  388</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  389</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  389</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  390</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  391</span>    <span class="comment">// a diff was found</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  392</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  393</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  394</span>    <span class="comment">// and correctly</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  395</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.dbSequencePtr.get());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  396</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.dbSequencePtr-&gt;id ==<span class="stringliteral">&quot;DBSequence_ref&quot;</span>);</div>
│ │ │ │ @@ -767,17 +767,17 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  411</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.hasCVParam(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#ad538bb606de0591279b3d362782e984e">MS_Mascot_expectation_value</a>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  412</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  413</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_hypothesis_html_a0d9976b587b7b8684d6d57bf744add8a"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_hypothesis.html#a0d9976b587b7b8684d6d57bf744add8a">pwiz::identdata::ProteinDetectionHypothesis::peptideHypothesis</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; PeptideHypothesis &gt; peptideHypothesis</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00826">IdentData.hpp:826</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_hypothesis_html_a35308402bdd97f5c029da9dc8be1c399"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_hypothesis.html#a35308402bdd97f5c029da9dc8be1c399">pwiz::identdata::ProteinDetectionHypothesis::dbSequencePtr</a></div><div class="ttdeci">DBSequencePtr dbSequencePtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00824">IdentData.hpp:824</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_hypothesis_html_a5453d42a7c820fc7c73f1119e4a0cb5d"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_hypothesis.html#a5453d42a7c820fc7c73f1119e4a0cb5d">pwiz::identdata::ProteinDetectionHypothesis::passThreshold</a></div><div class="ttdeci">bool passThreshold</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00825">IdentData.hpp:825</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00824">pwiz::identdata::ProteinDetectionHypothesis::dbSequencePtr</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l03975">MS_Mascot_expectation_value</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00825">pwiz::identdata::ProteinDetectionHypothesis::passThreshold</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00826">pwiz::identdata::ProteinDetectionHypothesis::peptideHypothesis</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00824">pwiz::identdata::ProteinDetectionHypothesis::dbSequencePtr</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l03975">MS_Mascot_expectation_value</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00825">pwiz::identdata::ProteinDetectionHypothesis::passThreshold</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00826">pwiz::identdata::ProteinDetectionHypothesis::peptideHypothesis</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="af5e764972216766143d88b9497827f7c" name="af5e764972216766143d88b9497827f7c"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#af5e764972216766143d88b9497827f7c">&#9670;&nbsp;</a></span>testSpectrumIdentificationList()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -788,60 +788,60 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00415">415</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00415">415</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  416</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  417</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSpectrumIdentificationList()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  417</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSpectrumIdentificationList()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  418</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  419</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_list.html">SpectrumIdentificationList</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  420</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;SpectrumIdentificationList, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  421</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  422</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  423</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_list.html#ab4bfd9e5e1e7dd92322876f74c13b8ce">numSequencesSearched</a> = 9;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  424</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_list.html#ab4bfd9e5e1e7dd92322876f74c13b8ce">numSequencesSearched</a> = 5;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  425</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  426</span>    MeasurePtr <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#afc11e34032ac4a576637b9141bd0c91e">testMeasure</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_measure.html">Measure</a>());</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  427</span>    <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#afc11e34032ac4a576637b9141bd0c91e">testMeasure</a>-&gt;set(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#ad538bb606de0591279b3d362782e984e">MS_Mascot_expectation_value</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  428</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_list.html#a83b35e89fe03c50e0b69717adfc8770c">fragmentationTable</a>.push_back(<a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#afc11e34032ac4a576637b9141bd0c91e">testMeasure</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  426</span>    MeasurePtr <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#afc11e34032ac4a576637b9141bd0c91e">testMeasure</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_measure.html">Measure</a>());</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  427</span>    <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#afc11e34032ac4a576637b9141bd0c91e">testMeasure</a>-&gt;set(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#ad538bb606de0591279b3d362782e984e">MS_Mascot_expectation_value</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  428</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_list.html#a83b35e89fe03c50e0b69717adfc8770c">fragmentationTable</a>.push_back(<a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#afc11e34032ac4a576637b9141bd0c91e">testMeasure</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  429</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  430</span>    SpectrumIdentificationResultPtr testSIRPtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_result.html">SpectrumIdentificationResult</a>());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  431</span>    testSIRPtr-&gt;set(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#ad538bb606de0591279b3d362782e984e">MS_Mascot_expectation_value</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  432</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_list.html#a6fca7937b41a9a69e747cc4a5ca2539a">spectrumIdentificationResult</a>.push_back(testSIRPtr);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  433</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  434</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  435</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  435</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  436</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  437</span>    <span class="comment">// a diff was found</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  438</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  439</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  440</span>    <span class="comment">// and correctly</span></div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  441</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.numSequencesSearched,9.0,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  442</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.numSequencesSearched,5.0,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  441</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.numSequencesSearched,9.0,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  442</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.numSequencesSearched,5.0,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  443</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.fragmentationTable.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  444</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.fragmentationTable.size() == 0);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  445</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.fragmentationTable.back()-&gt;hasCVParam(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#ad538bb606de0591279b3d362782e984e">MS_Mascot_expectation_value</a>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  446</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.spectrumIdentificationResult.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  447</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.spectrumIdentificationResult.size() == 0);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  448</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.spectrumIdentificationResult.back()-&gt;hasCVParam(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#ad538bb606de0591279b3d362782e984e">MS_Mascot_expectation_value</a>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  449</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  450</span>}</div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_afc11e34032ac4a576637b9141bd0c91e"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#afc11e34032ac4a576637b9141bd0c91e">testMeasure</a></div><div class="ttdeci">void testMeasure()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00170">DiffTest.cpp:170</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_afc11e34032ac4a576637b9141bd0c91e"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#afc11e34032ac4a576637b9141bd0c91e">testMeasure</a></div><div class="ttdeci">void testMeasure()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00170">DiffTest.cpp:170</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_list_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_list.html">pwiz::identdata::SpectrumIdentificationList</a></div><div class="ttdoc">Implementation of SpectrumIdentificationListType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00743">IdentData.hpp:744</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_list_html_a6fca7937b41a9a69e747cc4a5ca2539a"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_list.html#a6fca7937b41a9a69e747cc4a5ca2539a">pwiz::identdata::SpectrumIdentificationList::spectrumIdentificationResult</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; SpectrumIdentificationResultPtr &gt; spectrumIdentificationResult</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00751">IdentData.hpp:751</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_list_html_a83b35e89fe03c50e0b69717adfc8770c"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_list.html#a83b35e89fe03c50e0b69717adfc8770c">pwiz::identdata::SpectrumIdentificationList::fragmentationTable</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; MeasurePtr &gt; fragmentationTable</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00750">IdentData.hpp:750</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_list_html_ab4bfd9e5e1e7dd92322876f74c13b8ce"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_list.html#ab4bfd9e5e1e7dd92322876f74c13b8ce">pwiz::identdata::SpectrumIdentificationList::numSequencesSearched</a></div><div class="ttdeci">long numSequencesSearched</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00748">IdentData.hpp:748</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_result_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_result.html">pwiz::identdata::SpectrumIdentificationResult</a></div><div class="ttdoc">Implementation of SpectrumIdentificationResultType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00722">IdentData.hpp:723</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00750">pwiz::identdata::SpectrumIdentificationList::fragmentationTable</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l03975">MS_Mascot_expectation_value</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00748">pwiz::identdata::SpectrumIdentificationList::numSequencesSearched</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00751">pwiz::identdata::SpectrumIdentificationList::spectrumIdentificationResult</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00170">testMeasure()</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00750">pwiz::identdata::SpectrumIdentificationList::fragmentationTable</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l03975">MS_Mascot_expectation_value</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00748">pwiz::identdata::SpectrumIdentificationList::numSequencesSearched</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00751">pwiz::identdata::SpectrumIdentificationList::spectrumIdentificationResult</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00170">testMeasure()</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a4d4929b1aa5964438db41e09ea0fe81d" name="a4d4929b1aa5964438db41e09ea0fe81d"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a4d4929b1aa5964438db41e09ea0fe81d">&#9670;&nbsp;</a></span>testProteinDetectionList()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -852,29 +852,29 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00453">453</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00453">453</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  454</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  455</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testProteinDetectionList()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  455</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testProteinDetectionList()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  456</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  457</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_list.html">ProteinDetectionList</a> a,b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  458</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;ProteinDetectionList, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  459</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  460</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  461</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_list.html#a4b146125bedbd335cdee0eed65e7e341">proteinAmbiguityGroup</a>.push_back(ProteinAmbiguityGroupPtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_ambiguity_group.html">ProteinAmbiguityGroup</a>()));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  462</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_list.html#a4b146125bedbd335cdee0eed65e7e341">proteinAmbiguityGroup</a>.back()-&gt;set(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#ad538bb606de0591279b3d362782e984e">MS_Mascot_expectation_value</a>, 0.0268534444565851);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  463</span>    a.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a5fbac92a3dce56486d09d696c3f357cd">MS_frag__z_ion</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  464</span>    b.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a8b1ff561febdfd4f46fd7f769310b86e">MS_frag__b_ion</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  465</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  466</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  467</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  467</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  468</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  469</span>    <span class="comment">// a diff was found</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  470</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  471</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  472</span>    <span class="comment">// and correctly</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  473</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.proteinAmbiguityGroup.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  474</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.proteinAmbiguityGroup.size() == 0);</div>
│ │ │ │ @@ -885,17 +885,17 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  479</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.hasCVParam(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a8b1ff561febdfd4f46fd7f769310b86e">MS_frag__b_ion</a>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  480</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  481</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_a8b1ff561febdfd4f46fd7f769310b86e"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#a8b1ff561febdfd4f46fd7f769310b86e">MS_frag__b_ion</a></div><div class="ttdeci">MS_frag__b_ion</div><div class="ttdoc">frag: b ion: Fragmentation information, type of product: b ion.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l04098">cv.hpp:4098</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_list_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_list.html">pwiz::identdata::ProteinDetectionList</a></div><div class="ttdoc">Implementation of ProteinDetectionListType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00855">IdentData.hpp:856</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_list_html_a4b146125bedbd335cdee0eed65e7e341"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_list.html#a4b146125bedbd335cdee0eed65e7e341">pwiz::identdata::ProteinDetectionList::proteinAmbiguityGroup</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; ProteinAmbiguityGroupPtr &gt; proteinAmbiguityGroup</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00860">IdentData.hpp:860</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l04098">MS_frag__b_ion</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l04122">MS_frag__z_ion</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l03975">MS_Mascot_expectation_value</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00860">pwiz::identdata::ProteinDetectionList::proteinAmbiguityGroup</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l04098">MS_frag__b_ion</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l04122">MS_frag__z_ion</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l03975">MS_Mascot_expectation_value</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00860">pwiz::identdata::ProteinDetectionList::proteinAmbiguityGroup</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a41c3740a427544b0fdd3c3f9cfc6bc39" name="a41c3740a427544b0fdd3c3f9cfc6bc39"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a41c3740a427544b0fdd3c3f9cfc6bc39">&#9670;&nbsp;</a></span>testAnalysisData()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -906,54 +906,54 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00484">484</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00484">484</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  485</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  486</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testAnalysisData()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  486</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testAnalysisData()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  487</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  488</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_analysis_data.html">AnalysisData</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  489</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;AnalysisData, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  490</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  491</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  492</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_analysis_data.html#a6bd81d02c108678ae630007e6f53e076">spectrumIdentificationList</a>.push_back(boost::shared_ptr&lt;SpectrumIdentificationList&gt;(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_list.html">SpectrumIdentificationList</a>()));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  493</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_analysis_data.html#a6bd81d02c108678ae630007e6f53e076">spectrumIdentificationList</a>.back()-&gt;numSequencesSearched = 5;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  494</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_analysis_data.html#a6bd81d02c108678ae630007e6f53e076">spectrumIdentificationList</a>.push_back(boost::shared_ptr&lt;SpectrumIdentificationList&gt;(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_list.html">SpectrumIdentificationList</a>()));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  495</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_analysis_data.html#a6bd81d02c108678ae630007e6f53e076">spectrumIdentificationList</a>.back()-&gt;numSequencesSearched = 15;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  496</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  497</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_analysis_data.html#aa649fa2ef9911f9c098c1d8e6fab3d47">proteinDetectionListPtr</a> = ProteinDetectionListPtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_list.html">ProteinDetectionList</a>(<span class="stringliteral">&quot;rosemary&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  498</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_analysis_data.html#aa649fa2ef9911f9c098c1d8e6fab3d47">proteinDetectionListPtr</a> = ProteinDetectionListPtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_list.html">ProteinDetectionList</a>(<span class="stringliteral">&quot;sage&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  499</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  500</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  501</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  501</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  502</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  503</span>    <span class="comment">// a diff was found</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  504</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  505</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  506</span>    <span class="comment">// and correctly</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  507</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.spectrumIdentificationList.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  508</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.spectrumIdentificationList.size() == 1);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  509</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.spectrumIdentificationList.back()-&gt;numSequencesSearched, 5.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  510</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.spectrumIdentificationList.back()-&gt;numSequencesSearched, 15.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  509</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.spectrumIdentificationList.back()-&gt;numSequencesSearched, 5.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  510</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.spectrumIdentificationList.back()-&gt;numSequencesSearched, 15.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  511</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.proteinDetectionListPtr.get());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  512</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.proteinDetectionListPtr.get());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  513</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.proteinDetectionListPtr-&gt;id == <span class="stringliteral">&quot;rosemary&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  514</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.proteinDetectionListPtr-&gt;id == <span class="stringliteral">&quot;sage&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  515</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  516</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_analysis_data_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_analysis_data.html">pwiz::identdata::AnalysisData</a></div><div class="ttdoc">Implementation of AnalysisDataType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00960">IdentData.hpp:961</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_analysis_data_html_a6bd81d02c108678ae630007e6f53e076"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_analysis_data.html#a6bd81d02c108678ae630007e6f53e076">pwiz::identdata::AnalysisData::spectrumIdentificationList</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; SpectrumIdentificationListPtr &gt; spectrumIdentificationList</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00962">IdentData.hpp:962</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_analysis_data_html_aa649fa2ef9911f9c098c1d8e6fab3d47"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_analysis_data.html#aa649fa2ef9911f9c098c1d8e6fab3d47">pwiz::identdata::AnalysisData::proteinDetectionListPtr</a></div><div class="ttdeci">ProteinDetectionListPtr proteinDetectionListPtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00963">IdentData.hpp:963</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00963">pwiz::identdata::AnalysisData::proteinDetectionListPtr</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00962">pwiz::identdata::AnalysisData::spectrumIdentificationList</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00963">pwiz::identdata::AnalysisData::proteinDetectionListPtr</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00962">pwiz::identdata::AnalysisData::spectrumIdentificationList</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a0945b7ca689b1791492e25e4b466d3fd" name="a0945b7ca689b1791492e25e4b466d3fd"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a0945b7ca689b1791492e25e4b466d3fd">&#9670;&nbsp;</a></span>testSearchDatabase()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -964,17 +964,17 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00519">519</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00519">519</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  520</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  521</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSearchDatabase()&quot;</span> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  521</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSearchDatabase()&quot;</span> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  522</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  523</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_search_database.html">SearchDatabase</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  524</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;SearchDatabase, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  525</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  526</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  527</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_search_database.html#a068526e20566aa7b4603f47ef86e0f79">version</a> = <span class="stringliteral">&quot;1.0&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  528</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_search_database.html#a068526e20566aa7b4603f47ef86e0f79">version</a> = <span class="stringliteral">&quot;1.1&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ @@ -988,28 +988,28 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  536</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_search_database.html#ad336b5080924ddb38ca5fd7088cafba9">numResidues</a> = 3;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  537</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_search_database.html#ad336b5080924ddb38ca5fd7088cafba9">numResidues</a> = 13;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  538</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  539</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_search_database.html#a6a6f25b9ddd71d48ce586f7501ea5a10">fileFormat</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#ae6e35653318b4d87deedb705b3397d63">cvid</a> = <a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a5fbac92a3dce56486d09d696c3f357cd">MS_frag__z_ion</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  540</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_search_database.html#aefbc2e1edc0dd73dac980e619a00422a">databaseName</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a5fbac92a3dce56486d09d696c3f357cd">MS_frag__z_ion</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  541</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  542</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  543</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  543</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  544</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  545</span>    <span class="comment">// a diff was found</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  546</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  547</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  548</span>    <span class="comment">// and correctly</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  549</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.version == <span class="stringliteral">&quot;1.0&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  550</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.version == <span class="stringliteral">&quot;1.1&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  551</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.releaseDate == <span class="stringliteral">&quot;20090726&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  552</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.releaseDate == <span class="stringliteral">&quot;20090727&quot;</span>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  553</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.numDatabaseSequences, 5.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  554</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.numDatabaseSequences, 15.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  555</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.numResidues, 3.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  556</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.numResidues, 13.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  553</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.numDatabaseSequences, 5.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  554</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.numDatabaseSequences, 15.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  555</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.numResidues, 3.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  556</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.numResidues, 13.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  557</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.fileFormat.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  558</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.fileFormat.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  559</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.fileFormat.cvid == <a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a5fbac92a3dce56486d09d696c3f357cd">MS_frag__z_ion</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  560</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.databaseName.cvParams.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  561</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.databaseName.cvParams.size() == 0);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  562</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.databaseName.hasCVParam(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a5fbac92a3dce56486d09d696c3f357cd">MS_frag__z_ion</a>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  563</span> </div>
│ │ │ │ @@ -1018,17 +1018,17 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_search_database_html_a068526e20566aa7b4603f47ef86e0f79"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_search_database.html#a068526e20566aa7b4603f47ef86e0f79">pwiz::identdata::SearchDatabase::version</a></div><div class="ttdeci">std::string version</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00276">IdentData.hpp:276</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_search_database_html_a4b1b977117403139588b10e46904b2dd"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_search_database.html#a4b1b977117403139588b10e46904b2dd">pwiz::identdata::SearchDatabase::numDatabaseSequences</a></div><div class="ttdeci">long numDatabaseSequences</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00278">IdentData.hpp:278</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_search_database_html_a4ce5ebd65b95e1b17e8e39ec0d55274e"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_search_database.html#a4ce5ebd65b95e1b17e8e39ec0d55274e">pwiz::identdata::SearchDatabase::releaseDate</a></div><div class="ttdeci">std::string releaseDate</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00277">IdentData.hpp:277</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_search_database_html_a6a6f25b9ddd71d48ce586f7501ea5a10"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_search_database.html#a6a6f25b9ddd71d48ce586f7501ea5a10">pwiz::identdata::SearchDatabase::fileFormat</a></div><div class="ttdeci">CVParam fileFormat</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00281">IdentData.hpp:281</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_search_database_html_ad336b5080924ddb38ca5fd7088cafba9"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_search_database.html#ad336b5080924ddb38ca5fd7088cafba9">pwiz::identdata::SearchDatabase::numResidues</a></div><div class="ttdeci">long numResidues</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00279">IdentData.hpp:279</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_search_database_html_aefbc2e1edc0dd73dac980e619a00422a"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_search_database.html#aefbc2e1edc0dd73dac980e619a00422a">pwiz::identdata::SearchDatabase::databaseName</a></div><div class="ttdeci">ParamContainer databaseName</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00282">IdentData.hpp:282</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00046">pwiz::data::CVParam::cvid</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00282">pwiz::identdata::SearchDatabase::databaseName</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00281">pwiz::identdata::SearchDatabase::fileFormat</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l04122">MS_frag__z_ion</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00278">pwiz::identdata::SearchDatabase::numDatabaseSequences</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00279">pwiz::identdata::SearchDatabase::numResidues</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00277">pwiz::identdata::SearchDatabase::releaseDate</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>, and <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00276">pwiz::identdata::SearchDatabase::version</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00046">pwiz::data::CVParam::cvid</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00282">pwiz::identdata::SearchDatabase::databaseName</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00281">pwiz::identdata::SearchDatabase::fileFormat</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l04122">MS_frag__z_ion</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00278">pwiz::identdata::SearchDatabase::numDatabaseSequences</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00279">pwiz::identdata::SearchDatabase::numResidues</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00277">pwiz::identdata::SearchDatabase::releaseDate</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>, and <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00276">pwiz::identdata::SearchDatabase::version</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a0b517c4af12686550a14595a1d9aa84e" name="a0b517c4af12686550a14595a1d9aa84e"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a0b517c4af12686550a14595a1d9aa84e">&#9670;&nbsp;</a></span>testSpectraData()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -1039,30 +1039,30 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00567">567</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00567">567</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  568</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  569</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSpectraData()\n&quot;</span> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  569</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSpectraData()\n&quot;</span> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  570</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  571</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectra_data.html">SpectraData</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  572</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;SpectraData, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  573</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  574</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  575</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectra_data.html#a75a8671c73f97e8c1683381c8d1f91da">location</a> = <span class="stringliteral">&quot;mahtomedi&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  576</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectra_data.html#a75a8671c73f97e8c1683381c8d1f91da">location</a> = <span class="stringliteral">&quot;white_bear_lake&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  577</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectra_data.html#affed8000b1e9981d024a7b3a558ef1c4">externalFormatDocumentation</a>.push_back(<span class="stringliteral">&quot;wikipedia&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  578</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectra_data.html#affed8000b1e9981d024a7b3a558ef1c4">externalFormatDocumentation</a>.push_back(<span class="stringliteral">&quot;ehow&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  579</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectra_data.html#a1ec4011f051c844db85d6566abcd14a9">fileFormat</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#ae6e35653318b4d87deedb705b3397d63">cvid</a> = <a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a8b1ff561febdfd4f46fd7f769310b86e">MS_frag__b_ion</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  580</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  581</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  582</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  582</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  583</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  584</span>    <span class="comment">// a diff was found</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  585</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  586</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  587</span>    <span class="comment">// and correctly</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  588</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.location == <span class="stringliteral">&quot;mahtomedi&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  589</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.location == <span class="stringliteral">&quot;white_bear_lake&quot;</span>);</div>
│ │ │ │ @@ -1076,17 +1076,17 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  597</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  598</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_spectra_data_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectra_data.html">pwiz::identdata::SpectraData</a></div><div class="ttdoc">Implementation of SpectraDataType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00697">IdentData.hpp:698</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_spectra_data_html_a1ec4011f051c844db85d6566abcd14a9"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectra_data.html#a1ec4011f051c844db85d6566abcd14a9">pwiz::identdata::SpectraData::fileFormat</a></div><div class="ttdeci">CVParam fileFormat</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00705">IdentData.hpp:705</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_spectra_data_html_a75a8671c73f97e8c1683381c8d1f91da"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectra_data.html#a75a8671c73f97e8c1683381c8d1f91da">pwiz::identdata::SpectraData::location</a></div><div class="ttdeci">std::string location</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00702">IdentData.hpp:702</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_spectra_data_html_affed8000b1e9981d024a7b3a558ef1c4"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectra_data.html#affed8000b1e9981d024a7b3a558ef1c4">pwiz::identdata::SpectraData::externalFormatDocumentation</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; std::string &gt; externalFormatDocumentation</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00704">IdentData.hpp:704</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00046">pwiz::data::CVParam::cvid</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00704">pwiz::identdata::SpectraData::externalFormatDocumentation</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00705">pwiz::identdata::SpectraData::fileFormat</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00702">pwiz::identdata::SpectraData::location</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l04098">MS_frag__b_ion</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00046">pwiz::data::CVParam::cvid</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00704">pwiz::identdata::SpectraData::externalFormatDocumentation</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00705">pwiz::identdata::SpectraData::fileFormat</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00702">pwiz::identdata::SpectraData::location</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l04098">MS_frag__b_ion</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3" name="a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3">&#9670;&nbsp;</a></span>testSourceFile()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -1097,32 +1097,32 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00601">601</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00601">601</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  602</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  603</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSourceFile()\n&quot;</span> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  603</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSourceFile()\n&quot;</span> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  604</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  605</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_source_file.html">SourceFile</a> a,b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  606</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;SourceFile, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  607</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  608</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  609</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_source_file.html#af0608644bfd90b87e33b4134c3fef72c">location</a> = <span class="stringliteral">&quot;madison&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  610</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_source_file.html#af0608644bfd90b87e33b4134c3fef72c">location</a> = <span class="stringliteral">&quot;middleton&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  611</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_source_file.html#a83805e62a32395d9ce6f513b2155d1fd">fileFormat</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#ae6e35653318b4d87deedb705b3397d63">cvid</a> = <a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a57c1ce12b5cfe5d9598f23622f68fde5">MS_wolf</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  612</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_source_file.html#ad2b6fb3743eea096ad2fdd6f4b0e4aea">externalFormatDocumentation</a>.push_back(<span class="stringliteral">&quot;The Idiot&#39;s Guide to External Formats&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  613</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_source_file.html#ad2b6fb3743eea096ad2fdd6f4b0e4aea">externalFormatDocumentation</a>.push_back(<span class="stringliteral">&quot;External Formats for Dummies&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  614</span>    a.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#ae58837df7353c919ba5a8a55136c1319">MS_sample_number</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  615</span>    b.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a012de7dfbdcf10cc7c6f7916989e2a88">MS_sample_name</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  616</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  617</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  618</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  618</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  619</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  620</span>    <span class="comment">// a diff was found</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  621</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  622</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  623</span>    <span class="comment">// and correctly</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  624</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.location == <span class="stringliteral">&quot;madison&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  625</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.location == <span class="stringliteral">&quot;middleton&quot;</span>);</div>
│ │ │ │ @@ -1143,17 +1143,17 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_a57c1ce12b5cfe5d9598f23622f68fde5"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#a57c1ce12b5cfe5d9598f23622f68fde5">MS_wolf</a></div><div class="ttdeci">MS_wolf</div><div class="ttdoc">wolf (massWolf): A software for converting Waters raw directory format to mzXML or mzML....</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l02223">cv.hpp:2223</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_ae58837df7353c919ba5a8a55136c1319"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#ae58837df7353c919ba5a8a55136c1319">MS_sample_number</a></div><div class="ttdeci">MS_sample_number</div><div class="ttdoc">sample number: A reference number relevant to the sample under study.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l00264">cv.hpp:264</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_source_file_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_source_file.html">pwiz::identdata::SourceFile</a></div><div class="ttdoc">Implementation of SourceFileType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00923">IdentData.hpp:924</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_source_file_html_a83805e62a32395d9ce6f513b2155d1fd"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_source_file.html#a83805e62a32395d9ce6f513b2155d1fd">pwiz::identdata::SourceFile::fileFormat</a></div><div class="ttdeci">CVParam fileFormat</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00926">IdentData.hpp:926</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_source_file_html_ad2b6fb3743eea096ad2fdd6f4b0e4aea"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_source_file.html#ad2b6fb3743eea096ad2fdd6f4b0e4aea">pwiz::identdata::SourceFile::externalFormatDocumentation</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; std::string &gt; externalFormatDocumentation</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00928">IdentData.hpp:928</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_source_file_html_af0608644bfd90b87e33b4134c3fef72c"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_source_file.html#af0608644bfd90b87e33b4134c3fef72c">pwiz::identdata::SourceFile::location</a></div><div class="ttdeci">std::string location</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00925">IdentData.hpp:925</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00046">pwiz::data::CVParam::cvid</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00928">pwiz::identdata::SourceFile::externalFormatDocumentation</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00926">pwiz::identdata::SourceFile::fileFormat</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00925">pwiz::identdata::SourceFile::location</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00267">MS_sample_name</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00264">MS_sample_number</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l02223">MS_wolf</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00046">pwiz::data::CVParam::cvid</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00928">pwiz::identdata::SourceFile::externalFormatDocumentation</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00926">pwiz::identdata::SourceFile::fileFormat</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00925">pwiz::identdata::SourceFile::location</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00267">MS_sample_name</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00264">MS_sample_number</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l02223">MS_wolf</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a232e9008913cc7b8e56fbdefc99d1d93" name="a232e9008913cc7b8e56fbdefc99d1d93"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a232e9008913cc7b8e56fbdefc99d1d93">&#9670;&nbsp;</a></span>testInputs()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -1164,18 +1164,18 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00641">641</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00641">641</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  642</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  643</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  644</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testInputs()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  644</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testInputs()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  645</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  646</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_inputs.html">Inputs</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  647</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Inputs, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  648</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  649</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  650</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_inputs.html#a03463f5e49dd65fc57bf61056d6d2108">sourceFile</a>.push_back(<a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#ae17416cf76b238b5675ad9f4d241d604">SourceFilePtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_source_file.html">SourceFile</a>()));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  651</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_inputs.html#a03463f5e49dd65fc57bf61056d6d2108">sourceFile</a>.back()-&gt;location = <span class="stringliteral">&quot;Sector 9&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ @@ -1183,40 +1183,40 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  653</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_inputs.html#a6c1eb288e0f6bfa31a49ba409d3bbaeb">searchDatabase</a>.push_back(SearchDatabasePtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_search_database.html">SearchDatabase</a>()));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  654</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_inputs.html#a6c1eb288e0f6bfa31a49ba409d3bbaeb">searchDatabase</a>.back()-&gt;numDatabaseSequences = 100;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  655</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  656</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_inputs.html#acf4af52555130cbd104dc5ac2e7b31ca">spectraData</a>.push_back(SpectraDataPtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectra_data.html">SpectraData</a>()));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  657</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_inputs.html#acf4af52555130cbd104dc5ac2e7b31ca">spectraData</a>.back()-&gt;location = <span class="stringliteral">&quot;Cloud 9&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  658</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  659</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  660</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  660</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  661</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  662</span>    <span class="comment">// a diff was found</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  663</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  664</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  665</span>    <span class="comment">// and correctly</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  666</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.sourceFile.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  667</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.sourceFile.size() == 0);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  668</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.sourceFile.back()-&gt;location == <span class="stringliteral">&quot;Sector 9&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  669</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.searchDatabase.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  670</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.searchDatabase.size() == 0);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  671</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.searchDatabase.back()-&gt;numDatabaseSequences, 100.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  671</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.searchDatabase.back()-&gt;numDatabaseSequences, 100.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  672</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.spectraData.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  673</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.spectraData.size() == 0);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  674</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.spectraData.back()-&gt;location == <span class="stringliteral">&quot;Cloud 9&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  675</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  676</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html_ae17416cf76b238b5675ad9f4d241d604"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html#ae17416cf76b238b5675ad9f4d241d604">pwiz::msdata::SourceFilePtr</a></div><div class="ttdeci">boost::shared_ptr&lt; SourceFile &gt; SourceFilePtr</div><div class="ttdoc">Description of the source file, including location and type.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00076">MSData.hpp:76</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_inputs_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_inputs.html">pwiz::identdata::Inputs</a></div><div class="ttdoc">Implementation of the InputsType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00943">IdentData.hpp:944</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_inputs_html_a03463f5e49dd65fc57bf61056d6d2108"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_inputs.html#a03463f5e49dd65fc57bf61056d6d2108">pwiz::identdata::Inputs::sourceFile</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; SourceFilePtr &gt; sourceFile</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00946">IdentData.hpp:946</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_inputs_html_a6c1eb288e0f6bfa31a49ba409d3bbaeb"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_inputs.html#a6c1eb288e0f6bfa31a49ba409d3bbaeb">pwiz::identdata::Inputs::searchDatabase</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; SearchDatabasePtr &gt; searchDatabase</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00947">IdentData.hpp:947</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_inputs_html_acf4af52555130cbd104dc5ac2e7b31ca"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_inputs.html#acf4af52555130cbd104dc5ac2e7b31ca">pwiz::identdata::Inputs::spectraData</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; SpectraDataPtr &gt; spectraData</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00948">IdentData.hpp:948</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00947">pwiz::identdata::Inputs::searchDatabase</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00946">pwiz::identdata::Inputs::sourceFile</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00948">pwiz::identdata::Inputs::spectraData</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00947">pwiz::identdata::Inputs::searchDatabase</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00946">pwiz::identdata::Inputs::sourceFile</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00948">pwiz::identdata::Inputs::spectraData</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a1e134fd121c0aff1b97752fe2c9b5691" name="a1e134fd121c0aff1b97752fe2c9b5691"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a1e134fd121c0aff1b97752fe2c9b5691">&#9670;&nbsp;</a></span>testEnzyme()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -1227,21 +1227,21 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00679">679</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00679">679</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  680</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  681</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testEnzyme()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  681</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testEnzyme()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  682</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  683</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme.html">Enzyme</a> a,b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  684</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Enzyme, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  685</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &amp;&amp; <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  685</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &amp;&amp; <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  686</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  687</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  688</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable.html#a050b8b44c98433f61a7c712cefe7d9e1">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;Donald Trump&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  689</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable.html#a050b8b44c98433f61a7c712cefe7d9e1">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;Donald Duck&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  690</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme.html#afc60bd183f733bf2b43708307183c763">nTermGain</a> = <span class="stringliteral">&quot;y&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  691</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme.html#afc60bd183f733bf2b43708307183c763">nTermGain</a> = <span class="stringliteral">&quot;n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  692</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme.html#aa0b84f68c3dd910e4b27c8bc12e23e0f">cTermGain</a> = <span class="stringliteral">&quot;y&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ @@ -1253,15 +1253,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  698</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme.html#a2626d7ab3029d5a9d690f9915c07932b">minDistance</a> = 2;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  699</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme.html#a2626d7ab3029d5a9d690f9915c07932b">minDistance</a> = 4;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  700</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme.html#a3e7fd2450d71d463d8303875fa4a4280">siteRegexp</a> = <span class="stringliteral">&quot;^&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  701</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme.html#a3e7fd2450d71d463d8303875fa4a4280">siteRegexp</a> = <span class="stringliteral">&quot;$&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  702</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme.html#af5eb9b575d586be1ec159db1f2b9b524">enzymeName</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a0abdbb1fc9ddc5bd753fdd61105f9383">MS_Trypsin</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  703</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  704</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  705</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  705</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  706</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  707</span>    <span class="comment">// a diff was found</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  708</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  709</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  710</span>    <span class="comment">// and correctly</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  711</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.id == <span class="stringliteral">&quot;Donald Trump&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  712</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.id == <span class="stringliteral">&quot;Donald Duck&quot;</span>);</div>
│ │ │ │ @@ -1289,17 +1289,17 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme_html_a2626d7ab3029d5a9d690f9915c07932b"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme.html#a2626d7ab3029d5a9d690f9915c07932b">pwiz::identdata::Enzyme::minDistance</a></div><div class="ttdeci">int minDistance</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00417">IdentData.hpp:417</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme_html_a3e7fd2450d71d463d8303875fa4a4280"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme.html#a3e7fd2450d71d463d8303875fa4a4280">pwiz::identdata::Enzyme::siteRegexp</a></div><div class="ttdeci">std::string siteRegexp</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00419">IdentData.hpp:419</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme_html_aa0b84f68c3dd910e4b27c8bc12e23e0f"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme.html#aa0b84f68c3dd910e4b27c8bc12e23e0f">pwiz::identdata::Enzyme::cTermGain</a></div><div class="ttdeci">std::string cTermGain</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00414">IdentData.hpp:414</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme_html_ab1cbe7d7006de980bb3b05f3153273d5"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme.html#ab1cbe7d7006de980bb3b05f3153273d5">pwiz::identdata::Enzyme::terminalSpecificity</a></div><div class="ttdeci">proteome::Digestion::Specificity terminalSpecificity</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00415">IdentData.hpp:415</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme_html_af5eb9b575d586be1ec159db1f2b9b524"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme.html#af5eb9b575d586be1ec159db1f2b9b524">pwiz::identdata::Enzyme::enzymeName</a></div><div class="ttdeci">ParamContainer enzymeName</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00420">IdentData.hpp:420</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme_html_afc60bd183f733bf2b43708307183c763"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme.html#afc60bd183f733bf2b43708307183c763">pwiz::identdata::Enzyme::nTermGain</a></div><div class="ttdeci">std::string nTermGain</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00413">IdentData.hpp:413</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00414">pwiz::identdata::Enzyme::cTermGain</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00420">pwiz::identdata::Enzyme::enzymeName</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00070">pwiz::identdata::Identifiable::id</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00417">pwiz::identdata::Enzyme::minDistance</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00416">pwiz::identdata::Enzyme::missedCleavages</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l04179">MS_Trypsin</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00413">pwiz::identdata::Enzyme::nTermGain</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_digestion_8hpp_source.html#l00120">SemiSpecific</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00419">pwiz::identdata::Enzyme::siteRegexp</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00415">pwiz::identdata::Enzyme::terminalSpecificity</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00414">pwiz::identdata::Enzyme::cTermGain</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00420">pwiz::identdata::Enzyme::enzymeName</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00070">pwiz::identdata::Identifiable::id</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00417">pwiz::identdata::Enzyme::minDistance</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00416">pwiz::identdata::Enzyme::missedCleavages</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l04179">MS_Trypsin</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00413">pwiz::identdata::Enzyme::nTermGain</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_digestion_8hpp_source.html#l00120">SemiSpecific</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00419">pwiz::identdata::Enzyme::siteRegexp</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00415">pwiz::identdata::Enzyme::terminalSpecificity</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ab88f6761f743dfbe53b6fe963296ae93" name="ab88f6761f743dfbe53b6fe963296ae93"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ab88f6761f743dfbe53b6fe963296ae93">&#9670;&nbsp;</a></span>testEnzymes()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -1310,32 +1310,32 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00732">732</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00732">732</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  733</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  734</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testEnzymes()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  734</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testEnzymes()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  735</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  736</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_enzymes.html">Enzymes</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  737</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Enzymes, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  738</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &amp;&amp; <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  738</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &amp;&amp; <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  739</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  740</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_enzymes.html#adc9aeef08601daa9117be6900b011b38">independent</a> = <span class="stringliteral">&quot;indep&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  741</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_enzymes.html#a66db72681742989e9d0b4482e322bb4f">enzymes</a>.push_back(EnzymePtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme.html">Enzyme</a>()));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  742</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_enzymes_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_enzymes.html">pwiz::identdata::Enzymes</a></div><div class="ttdoc">Implementation of EnzymesType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00431">IdentData.hpp:432</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_enzymes_html_a66db72681742989e9d0b4482e322bb4f"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_enzymes.html#a66db72681742989e9d0b4482e322bb4f">pwiz::identdata::Enzymes::enzymes</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; EnzymePtr &gt; enzymes</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00435">IdentData.hpp:435</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_enzymes_html_adc9aeef08601daa9117be6900b011b38"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_enzymes.html#adc9aeef08601daa9117be6900b011b38">pwiz::identdata::Enzymes::independent</a></div><div class="ttdeci">boost::logic::tribool independent</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00433">IdentData.hpp:433</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00435">pwiz::identdata::Enzymes::enzymes</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00433">pwiz::identdata::Enzymes::independent</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00435">pwiz::identdata::Enzymes::enzymes</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00433">pwiz::identdata::Enzymes::independent</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="aed63bd7841670a47c4720f86d58275be" name="aed63bd7841670a47c4720f86d58275be"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#aed63bd7841670a47c4720f86d58275be">&#9670;&nbsp;</a></span>testMassTable()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -1346,17 +1346,17 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00745">745</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00745">745</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  746</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  747</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testMassTable()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  747</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testMassTable()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  748</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  749</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_mass_table.html">MassTable</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  750</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  751</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_mass_table.html#a9edb79e3d413cf49e1249acc26c433a0">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;id&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  752</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_mass_table.html#ac7f68b877ae36779f9b528345e7b50c1">msLevel</a>.push_back(1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  753</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  754</span>    ResiduePtr c(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_residue.html">Residue</a>());</div>
│ │ │ │ @@ -1392,17 +1392,17 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_mass_table_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_mass_table.html">pwiz::identdata::MassTable</a></div><div class="ttdoc">Implementation of MassTableType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00480">IdentData.hpp:481</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_mass_table_html_a5a7eb49caddbbe13afceed035be10ebe"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_mass_table.html#a5a7eb49caddbbe13afceed035be10ebe">pwiz::identdata::MassTable::residues</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; ResiduePtr &gt; residues</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00487">IdentData.hpp:487</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_mass_table_html_a74e11cb6029ced826949c8a320df74da"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_mass_table.html#a74e11cb6029ced826949c8a320df74da">pwiz::identdata::MassTable::ambiguousResidue</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; AmbiguousResiduePtr &gt; ambiguousResidue</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00488">IdentData.hpp:488</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_mass_table_html_a9edb79e3d413cf49e1249acc26c433a0"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_mass_table.html#a9edb79e3d413cf49e1249acc26c433a0">pwiz::identdata::MassTable::id</a></div><div class="ttdeci">std::string id</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00484">IdentData.hpp:484</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_mass_table_html_ac7f68b877ae36779f9b528345e7b50c1"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_mass_table.html#ac7f68b877ae36779f9b528345e7b50c1">pwiz::identdata::MassTable::msLevel</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; int &gt; msLevel</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00485">IdentData.hpp:485</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_residue_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_residue.html">pwiz::identdata::Residue</a></div><div class="ttdoc">Implementation of ResidueType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00445">IdentData.hpp:446</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00488">pwiz::identdata::MassTable::ambiguousResidue</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00484">pwiz::identdata::MassTable::id</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00485">pwiz::identdata::MassTable::msLevel</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00487">pwiz::identdata::MassTable::residues</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00488">pwiz::identdata::MassTable::ambiguousResidue</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00484">pwiz::identdata::MassTable::id</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00485">pwiz::identdata::MassTable::msLevel</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00487">pwiz::identdata::MassTable::residues</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ae9ce672245ebef8027ddbb91c8a0380b" name="ae9ce672245ebef8027ddbb91c8a0380b"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ae9ce672245ebef8027ddbb91c8a0380b">&#9670;&nbsp;</a></span>testResidue()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -1413,46 +1413,46 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00785">785</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00785">785</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  786</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  787</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testResidue()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  787</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testResidue()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  788</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  789</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_residue.html">Residue</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  790</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  791</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_residue.html#a5ec0569a1943b56f2d9a17f5cc513b2d">code</a> = <span class="charliteral">&#39;A&#39;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  792</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_residue.html#a63f339cddb31d8e31cc2300bb7796050">mass</a> = 1.0;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  793</span>    b = a;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  794</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  795</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Residue, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  796</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  797</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  798</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_residue.html#a5ec0569a1943b56f2d9a17f5cc513b2d">code</a> = <span class="charliteral">&#39;C&#39;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  799</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_residue.html#a63f339cddb31d8e31cc2300bb7796050">mass</a> = 2.0;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  800</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  801</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  802</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  802</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  803</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  804</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  805</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  806</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.code == <span class="charliteral">&#39;A&#39;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  807</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.code == <span class="charliteral">&#39;C&#39;</span>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  808</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.mass, 1.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  809</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.mass, 1.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  808</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.mass, 1.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  809</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.mass, 1.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  810</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_residue_html_a5ec0569a1943b56f2d9a17f5cc513b2d"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_residue.html#a5ec0569a1943b56f2d9a17f5cc513b2d">pwiz::identdata::Residue::code</a></div><div class="ttdeci">char code</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00449">IdentData.hpp:449</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_residue_html_a63f339cddb31d8e31cc2300bb7796050"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_residue.html#a63f339cddb31d8e31cc2300bb7796050">pwiz::identdata::Residue::mass</a></div><div class="ttdeci">double mass</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00450">IdentData.hpp:450</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00449">pwiz::identdata::Residue::code</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00450">pwiz::identdata::Residue::mass</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00449">pwiz::identdata::Residue::code</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00450">pwiz::identdata::Residue::mass</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a45faae728fd4729cf65352cd92db8240" name="a45faae728fd4729cf65352cd92db8240"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a45faae728fd4729cf65352cd92db8240">&#9670;&nbsp;</a></span>testAmbiguousResidue()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -1463,46 +1463,46 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00813">813</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00813">813</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  814</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  815</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testAmbiguousResidue()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  815</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testAmbiguousResidue()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  816</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  817</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_ambiguous_residue.html">AmbiguousResidue</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  818</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  819</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_ambiguous_residue.html#a0ea204bb13d56b013688f3e4a1edd75e">code</a> = <span class="charliteral">&#39;Z&#39;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  820</span>    a.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a16825ab8e8320fb5e0815690dcabfab8">MS_alternate_single_letter_codes</a>, <span class="stringliteral">&quot;E Q&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  821</span>    b = a;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  822</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  823</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;AmbiguousResidue, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  824</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  825</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  826</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_ambiguous_residue.html#a0ea204bb13d56b013688f3e4a1edd75e">code</a> = <span class="charliteral">&#39;B&#39;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  827</span>    b.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a16825ab8e8320fb5e0815690dcabfab8">MS_alternate_single_letter_codes</a>, <span class="stringliteral">&quot;D N&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  828</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  829</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  830</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  830</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  831</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  832</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  833</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  834</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.code == <span class="charliteral">&#39;Z&#39;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  835</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.code == <span class="charliteral">&#39;B&#39;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  836</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.cvParam(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a16825ab8e8320fb5e0815690dcabfab8">MS_alternate_single_letter_codes</a>).value == <span class="stringliteral">&quot;E Q&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  837</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.cvParam(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a16825ab8e8320fb5e0815690dcabfab8">MS_alternate_single_letter_codes</a>).value == <span class="stringliteral">&quot;D N&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  838</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_a16825ab8e8320fb5e0815690dcabfab8"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#a16825ab8e8320fb5e0815690dcabfab8">MS_alternate_single_letter_codes</a></div><div class="ttdeci">MS_alternate_single_letter_codes</div><div class="ttdoc">alternate single letter codes: List of standard residue one letter codes which are used to replace a ...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l04488">cv.hpp:4488</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_ambiguous_residue_html_a0ea204bb13d56b013688f3e4a1edd75e"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_ambiguous_residue.html#a0ea204bb13d56b013688f3e4a1edd75e">pwiz::identdata::AmbiguousResidue::code</a></div><div class="ttdeci">char code</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00467">IdentData.hpp:467</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00467">pwiz::identdata::AmbiguousResidue::code</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l04488">MS_alternate_single_letter_codes</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00467">pwiz::identdata::AmbiguousResidue::code</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l04488">MS_alternate_single_letter_codes</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a7f97458e5b4895d7e9bebd8ca3363d73" name="a7f97458e5b4895d7e9bebd8ca3363d73"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a7f97458e5b4895d7e9bebd8ca3363d73">&#9670;&nbsp;</a></span>testFilter()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -1513,17 +1513,17 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00841">841</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00841">841</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  842</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  843</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testFilter()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  843</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testFilter()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  844</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  845</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_filter.html">Filter</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  846</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  847</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_filter.html#a1f46ea819d8c76f9205fb7aa6cd378ec">filterType</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a9408ad33b703d31d7c87bdd8eba4e945">MS_DB_filter_taxonomy</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  848</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_filter.html#ad73a0c290a58d45a758679a20e232631">include</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#ace14136d800d0e1b71ca50eabf5026b8">MS_DB_PI_filter</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  849</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_filter.html#a0aaa1f0074773328c001e258fe4abf6c">exclude</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a55af194afa9c76c606e98fb1d1c7bce2">MS_translation_table</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  850</span>    b = a;</div>
│ │ │ │ @@ -1535,15 +1535,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  856</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_filter.html#a1f46ea819d8c76f9205fb7aa6cd378ec">filterType</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a8f37cb278a516d18e5df5e2222b022ad">MS_database_filtering</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  857</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_filter.html#ad73a0c290a58d45a758679a20e232631">include</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ace72a4f18147a1da5231bd6c3bec6e43">clear</a>();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  858</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_filter.html#ad73a0c290a58d45a758679a20e232631">include</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a67f834799b8bbb11199eddfd2d3b8579">MS_DB_filter_on_accession_numbers</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  859</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_filter.html#a0aaa1f0074773328c001e258fe4abf6c">exclude</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ace72a4f18147a1da5231bd6c3bec6e43">clear</a>();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  860</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_filter.html#a0aaa1f0074773328c001e258fe4abf6c">exclude</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a1a9b54cacea8c549fced53775e659c98">MS_DB_MW_filter</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  861</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  862</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  863</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  863</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  864</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  865</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  866</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  867</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.filterType.hasCVParam(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a9408ad33b703d31d7c87bdd8eba4e945">MS_DB_filter_taxonomy</a>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  868</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.filterType.hasCVParam(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a8f37cb278a516d18e5df5e2222b022ad">MS_database_filtering</a>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  869</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.include.hasCVParam(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#ace14136d800d0e1b71ca50eabf5026b8">MS_DB_PI_filter</a>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  870</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.include.hasCVParam(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a67f834799b8bbb11199eddfd2d3b8579">MS_DB_filter_on_accession_numbers</a>));</div>
│ │ │ │ @@ -1558,17 +1558,17 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_ace14136d800d0e1b71ca50eabf5026b8"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#ace14136d800d0e1b71ca50eabf5026b8">MS_DB_PI_filter</a></div><div class="ttdeci">MS_DB_PI_filter</div><div class="ttdoc">DB PI filter: Filtering applied specifically by predicted protein isoelectric focussing point (pI),...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l03567">cv.hpp:3567</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_param_container_html_ace72a4f18147a1da5231bd6c3bec6e43"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ace72a4f18147a1da5231bd6c3bec6e43">pwiz::data::ParamContainer::clear</a></div><div class="ttdeci">void clear()</div><div class="ttdoc">clears the collections</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_filter_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_filter.html">pwiz::identdata::Filter</a></div><div class="ttdoc">Implementation of FilterType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00501">IdentData.hpp:502</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_filter_html_a0aaa1f0074773328c001e258fe4abf6c"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_filter.html#a0aaa1f0074773328c001e258fe4abf6c">pwiz::identdata::Filter::exclude</a></div><div class="ttdeci">ParamContainer exclude</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00505">IdentData.hpp:505</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_filter_html_a1f46ea819d8c76f9205fb7aa6cd378ec"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_filter.html#a1f46ea819d8c76f9205fb7aa6cd378ec">pwiz::identdata::Filter::filterType</a></div><div class="ttdeci">ParamContainer filterType</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00503">IdentData.hpp:503</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_filter_html_ad73a0c290a58d45a758679a20e232631"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_filter.html#ad73a0c290a58d45a758679a20e232631">pwiz::identdata::Filter::include</a></div><div class="ttdeci">ParamContainer include</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00504">IdentData.hpp:504</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ace72a4f18147a1da5231bd6c3bec6e43">pwiz::data::ParamContainer::clear()</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00505">pwiz::identdata::Filter::exclude</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00503">pwiz::identdata::Filter::filterType</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00504">pwiz::identdata::Filter::include</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l03555">MS_database_filtering</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l03561">MS_DB_filter_on_accession_numbers</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l03558">MS_DB_filter_taxonomy</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l03564">MS_DB_MW_filter</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l03567">MS_DB_PI_filter</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l03573">MS_translation_table</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ace72a4f18147a1da5231bd6c3bec6e43">pwiz::data::ParamContainer::clear()</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00505">pwiz::identdata::Filter::exclude</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00503">pwiz::identdata::Filter::filterType</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00504">pwiz::identdata::Filter::include</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l03555">MS_database_filtering</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l03561">MS_DB_filter_on_accession_numbers</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l03558">MS_DB_filter_taxonomy</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l03564">MS_DB_MW_filter</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l03567">MS_DB_PI_filter</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l03573">MS_translation_table</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a59845c7367180f04e05a9ba0fbe38f89" name="a59845c7367180f04e05a9ba0fbe38f89"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a59845c7367180f04e05a9ba0fbe38f89">&#9670;&nbsp;</a></span>testDatabaseTranslation()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -1579,17 +1579,17 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00876">876</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00876">876</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  877</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  878</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testDatabaseTranslation()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  878</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testDatabaseTranslation()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  879</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  880</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_database_translation.html">DatabaseTranslation</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  881</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  882</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_database_translation.html#af01fa95e2a285595da6360fe769ee3d4">frames</a>.push_back(1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  883</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_database_translation.html#af01fa95e2a285595da6360fe769ee3d4">frames</a>.push_back(2);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  884</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  885</span>    TranslationTablePtr tt(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_translation_table.html">TranslationTable</a>(<span class="stringliteral">&quot;TT_1&quot;</span>, <span class="stringliteral">&quot;TT_1&quot;</span>));</div>
│ │ │ │ @@ -1600,45 +1600,45 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  890</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  891</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;DatabaseTranslation, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  892</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  893</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  894</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_database_translation.html#a760a7b89a9ace6571cd0f2b39368a0e9">translationTable</a>.clear();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  895</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  896</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  897</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  897</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  898</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  899</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  900</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  901</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#aea324641e684d3b405e947a8b2427812">unit_assert_operator_equal</a>(0, <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.frames.size());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  902</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#aea324641e684d3b405e947a8b2427812">unit_assert_operator_equal</a>(0, <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.frames.size());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  903</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#aea324641e684d3b405e947a8b2427812">unit_assert_operator_equal</a>(1, <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.translationTable.size());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  904</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#aea324641e684d3b405e947a8b2427812">unit_assert_operator_equal</a>(0, <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.translationTable.size());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  905</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  906</span>    b = a;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  907</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_database_translation.html#af01fa95e2a285595da6360fe769ee3d4">frames</a>.push_back(3);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  908</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  909</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  910</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  910</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  911</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  912</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  913</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  914</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#aea324641e684d3b405e947a8b2427812">unit_assert_operator_equal</a>(0, <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.frames.size());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  915</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#aea324641e684d3b405e947a8b2427812">unit_assert_operator_equal</a>(1, <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.frames.size());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  916</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#aea324641e684d3b405e947a8b2427812">unit_assert_operator_equal</a>(0, <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.translationTable.size());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  917</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#aea324641e684d3b405e947a8b2427812">unit_assert_operator_equal</a>(0, <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.translationTable.size());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  918</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_a7247f9427bb12a95725ff6ef6b5372c5"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#a7247f9427bb12a95725ff6ef6b5372c5">MS_translation_table_description</a></div><div class="ttdeci">MS_translation_table_description</div><div class="ttdoc">translation table description: A URL that describes the translation table used to translate the nucle...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l04668">cv.hpp:4668</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_database_translation_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_database_translation.html">pwiz::identdata::DatabaseTranslation</a></div><div class="ttdoc">Implementation of DatabaseTranslationType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00530">IdentData.hpp:531</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_database_translation_html_a760a7b89a9ace6571cd0f2b39368a0e9"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_database_translation.html#a760a7b89a9ace6571cd0f2b39368a0e9">pwiz::identdata::DatabaseTranslation::translationTable</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; TranslationTablePtr &gt; translationTable</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00533">IdentData.hpp:533</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_database_translation_html_af01fa95e2a285595da6360fe769ee3d4"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_database_translation.html#af01fa95e2a285595da6360fe769ee3d4">pwiz::identdata::DatabaseTranslation::frames</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; int &gt; frames</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00532">IdentData.hpp:532</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_aea324641e684d3b405e947a8b2427812"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#aea324641e684d3b405e947a8b2427812">unit_assert_operator_equal</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert_operator_equal(expected, actual)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00092">unit.hpp:92</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00532">pwiz::identdata::DatabaseTranslation::frames</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l03573">MS_translation_table</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l04668">MS_translation_table_description</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00533">pwiz::identdata::DatabaseTranslation::translationTable</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00092">unit_assert_operator_equal</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00532">pwiz::identdata::DatabaseTranslation::frames</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l03573">MS_translation_table</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l04668">MS_translation_table_description</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00533">pwiz::identdata::DatabaseTranslation::translationTable</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00092">unit_assert_operator_equal</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a98faa12ab677d5bfbc8ef62a6f25e307" name="a98faa12ab677d5bfbc8ef62a6f25e307"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a98faa12ab677d5bfbc8ef62a6f25e307">&#9670;&nbsp;</a></span>testSpectrumIdentificationProtocol()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -1649,17 +1649,17 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00921">921</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00921">921</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  922</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  923</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSpectrumIdentificationProtocol()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  923</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSpectrumIdentificationProtocol()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  924</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  925</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_protocol.html">SpectrumIdentificationProtocol</a> a(<span class="stringliteral">&quot;a_id&quot;</span>, <span class="stringliteral">&quot;a_name&quot;</span>), b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  926</span>    </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  927</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_protocol.html#af5a9a3da43d0c262dabe6e5e8729b528">analysisSoftwarePtr</a> = AnalysisSoftwarePtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_analysis_software.html">AnalysisSoftware</a>(<span class="stringliteral">&quot;a_as&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  928</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  929</span>    a.searchType.cvid = <a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#acc8240cd6adc3b8733e34cfa6f6c8f77">MS_pmf_search</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  930</span>    a.additionalSearchParams.set(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a39d6a403e24da5898c50ec4e143eee4d">MS_SEQUEST_CleavesAt</a>, <span class="stringliteral">&quot;cleavage&quot;</span>);</div>
│ │ │ │ @@ -1680,15 +1680,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  945</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;SpectrumIdentificationProtocol, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  946</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  947</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  948</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable.html#a050b8b44c98433f61a7c712cefe7d9e1">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;b_id&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  949</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable.html#af67268b911f95441e333d22a49e90ddb">name</a> = <span class="stringliteral">&quot;b_name&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  950</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  951</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  952</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  952</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  953</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  954</span>    <span class="comment">// TODO debug removal - put it back</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  955</span>    <span class="comment">//unit_assert(diff);</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  956</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  957</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_protocol.html#af5a9a3da43d0c262dabe6e5e8729b528">analysisSoftwarePtr</a> = AnalysisSoftwarePtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_analysis_software.html">AnalysisSoftware</a>(<span class="stringliteral">&quot;b_as&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  958</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  959</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_protocol.html#a36890f75e9ffdcc6feb9ca371f906c64">searchType</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#ae6e35653318b4d87deedb705b3397d63">cvid</a> = <a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a3c693b05208facb918bddd742d6a5895">MS_ms_ms_search</a>;</div>
│ │ │ │ @@ -1698,15 +1698,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  963</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_protocol.html#aca3304da67269f1340d8b34bb9bf82a3">massTable</a>.clear();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  964</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_protocol.html#ab2459f66893df5951d4b3f01adbe9fdb">fragmentTolerance</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#acdd1f39e58727031cd0d0e01d0c1bcd8">MS_search_tolerance_plus_value</a>, 4.0);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  965</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_protocol.html#adb4a840b02b21bdf693c9cf5f3f3c53c">parentTolerance</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#acdd1f39e58727031cd0d0e01d0c1bcd8">MS_search_tolerance_plus_value</a>, 5.0);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  966</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_protocol.html#ae755795f470d5ea6c6bb0b95db40bfdf">threshold</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#af24369f253c6b34dfcebfbb6b72484e5">MS_search_tolerance_minus_value</a>, 6.0);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  967</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_protocol.html#ac3eb5e6217ec6dcb3592dc4d43cce0b7">databaseFilters</a>.clear();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  968</span>        </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  969</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  970</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  970</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  971</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  972</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  973</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_a39d6a403e24da5898c50ec4e143eee4d"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#a39d6a403e24da5898c50ec4e143eee4d">MS_SEQUEST_CleavesAt</a></div><div class="ttdeci">MS_SEQUEST_CleavesAt</div><div class="ttdoc">SEQUEST:CleavesAt:</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l03516">cv.hpp:3516</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_a3c3db24beee795e7eb483778831e0eab"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#a3c3db24beee795e7eb483778831e0eab">MS_FileFilter</a></div><div class="ttdeci">MS_FileFilter</div><div class="ttdoc">FileFilter: Extracts or manipulates portions of data from peak, feature or consensus feature files.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l02940">cv.hpp:2940</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_a3c693b05208facb918bddd742d6a5895"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#a3c693b05208facb918bddd742d6a5895">MS_ms_ms_search</a></div><div class="ttdeci">MS_ms_ms_search</div><div class="ttdoc">ms-ms search: An MS2 search (with fragment ions).</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l03708">cv.hpp:3708</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_acc8240cd6adc3b8733e34cfa6f6c8f77"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#acc8240cd6adc3b8733e34cfa6f6c8f77">MS_pmf_search</a></div><div class="ttdeci">MS_pmf_search</div><div class="ttdoc">pmf search: A peptide mass fingerprint search.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l03702">cv.hpp:3702</a></div></div>
│ │ │ │ @@ -1722,17 +1722,17 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_protocol_html_ac01c0889ca628dec563bfbd2506c6740"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_protocol.html#ac01c0889ca628dec563bfbd2506c6740">pwiz::identdata::SpectrumIdentificationProtocol::enzymes</a></div><div class="ttdeci">Enzymes enzymes</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00555">IdentData.hpp:555</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_protocol_html_ac3eb5e6217ec6dcb3592dc4d43cce0b7"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_protocol.html#ac3eb5e6217ec6dcb3592dc4d43cce0b7">pwiz::identdata::SpectrumIdentificationProtocol::databaseFilters</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; FilterPtr &gt; databaseFilters</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00560">IdentData.hpp:560</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_protocol_html_aca3304da67269f1340d8b34bb9bf82a3"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_protocol.html#aca3304da67269f1340d8b34bb9bf82a3">pwiz::identdata::SpectrumIdentificationProtocol::massTable</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; MassTablePtr &gt; massTable</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00556">IdentData.hpp:556</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_protocol_html_adb4a840b02b21bdf693c9cf5f3f3c53c"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_protocol.html#adb4a840b02b21bdf693c9cf5f3f3c53c">pwiz::identdata::SpectrumIdentificationProtocol::parentTolerance</a></div><div class="ttdeci">ParamContainer parentTolerance</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00558">IdentData.hpp:558</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_protocol_html_ae755795f470d5ea6c6bb0b95db40bfdf"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_protocol.html#ae755795f470d5ea6c6bb0b95db40bfdf">pwiz::identdata::SpectrumIdentificationProtocol::threshold</a></div><div class="ttdeci">ParamContainer threshold</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00559">IdentData.hpp:559</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_protocol_html_af5a9a3da43d0c262dabe6e5e8729b528"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_protocol.html#af5a9a3da43d0c262dabe6e5e8729b528">pwiz::identdata::SpectrumIdentificationProtocol::analysisSoftwarePtr</a></div><div class="ttdeci">AnalysisSoftwarePtr analysisSoftwarePtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00550">IdentData.hpp:550</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00553">pwiz::identdata::SpectrumIdentificationProtocol::additionalSearchParams</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00550">pwiz::identdata::SpectrumIdentificationProtocol::analysisSoftwarePtr</a>, <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00046">pwiz::data::CVParam::cvid</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00560">pwiz::identdata::SpectrumIdentificationProtocol::databaseFilters</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00435">pwiz::identdata::Enzymes::enzymes</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00555">pwiz::identdata::SpectrumIdentificationProtocol::enzymes</a>, <a class="el" href="filter_8hpp_source.html#l00112">ralab::base::filter::filter()</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00557">pwiz::identdata::SpectrumIdentificationProtocol::fragmentTolerance</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00070">pwiz::identdata::Identifiable::id</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00556">pwiz::identdata::SpectrumIdentificationProtocol::massTable</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00554">pwiz::identdata::SpectrumIdentificationProtocol::modificationParams</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l02940">MS_FileFilter</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l03708">MS_ms_ms_search</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l03702">MS_pmf_search</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l04638">MS_search_tolerance_minus_value</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l04635">MS_search_tolerance_plus_value</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l03516">MS_SEQUEST_CleavesAt</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00071">pwiz::identdata::Identifiable::name</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00558">pwiz::identdata::SpectrumIdentificationProtocol::parentTolerance</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00552">pwiz::identdata::SpectrumIdentificationProtocol::searchType</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00559">pwiz::identdata::SpectrumIdentificationProtocol::threshold</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00553">pwiz::identdata::SpectrumIdentificationProtocol::additionalSearchParams</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00550">pwiz::identdata::SpectrumIdentificationProtocol::analysisSoftwarePtr</a>, <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00046">pwiz::data::CVParam::cvid</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00560">pwiz::identdata::SpectrumIdentificationProtocol::databaseFilters</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00435">pwiz::identdata::Enzymes::enzymes</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00555">pwiz::identdata::SpectrumIdentificationProtocol::enzymes</a>, <a class="el" href="filter_8hpp_source.html#l00112">ralab::base::filter::filter()</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00557">pwiz::identdata::SpectrumIdentificationProtocol::fragmentTolerance</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00070">pwiz::identdata::Identifiable::id</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00556">pwiz::identdata::SpectrumIdentificationProtocol::massTable</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00554">pwiz::identdata::SpectrumIdentificationProtocol::modificationParams</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l02940">MS_FileFilter</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l03708">MS_ms_ms_search</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l03702">MS_pmf_search</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l04638">MS_search_tolerance_minus_value</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l04635">MS_search_tolerance_plus_value</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l03516">MS_SEQUEST_CleavesAt</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00071">pwiz::identdata::Identifiable::name</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00558">pwiz::identdata::SpectrumIdentificationProtocol::parentTolerance</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00552">pwiz::identdata::SpectrumIdentificationProtocol::searchType</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00559">pwiz::identdata::SpectrumIdentificationProtocol::threshold</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a76ffc67dc801a37bb7e553a117777279" name="a76ffc67dc801a37bb7e553a117777279"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a76ffc67dc801a37bb7e553a117777279">&#9670;&nbsp;</a></span>testProteinDetectionProtocol()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -1743,17 +1743,17 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00976">976</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00976">976</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  977</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  978</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testProteinDetectionProtocol()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  978</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testProteinDetectionProtocol()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  979</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  980</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_protocol.html">ProteinDetectionProtocol</a> a(<span class="stringliteral">&quot;a_id&quot;</span>, <span class="stringliteral">&quot;a_name&quot;</span>), b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  981</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  982</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_protocol.html#ac588cd5e2c99a9517212a3196e240d7e">analysisSoftwarePtr</a> = AnalysisSoftwarePtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_analysis_software.html">AnalysisSoftware</a>());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  983</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  984</span>    a.analysisParams.set(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a7c69b6db05f7db1c1846074ec43094e6">MS_low_intensity_threshold</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  985</span>    a.threshold.set(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a7c69b6db05f7db1c1846074ec43094e6">MS_low_intensity_threshold</a>);</div>
│ │ │ │ @@ -1763,25 +1763,25 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  989</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;ProteinDetectionProtocol, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  990</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  991</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  992</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable.html#a050b8b44c98433f61a7c712cefe7d9e1">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;b_id&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  993</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable.html#af67268b911f95441e333d22a49e90ddb">name</a> = <span class="stringliteral">&quot;b_name&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  994</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  995</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  996</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  996</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  997</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  998</span>    <span class="comment">//unit_assert(diff);</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  999</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_a7c69b6db05f7db1c1846074ec43094e6"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#a7c69b6db05f7db1c1846074ec43094e6">MS_low_intensity_threshold</a></div><div class="ttdeci">MS_low_intensity_threshold</div><div class="ttdoc">low intensity threshold: Threshold below which some action is taken.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l02559">cv.hpp:2559</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_protocol_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_protocol.html">pwiz::identdata::ProteinDetectionProtocol</a></div><div class="ttdoc">Implementation of ProteinDetectionProtocolType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00786">IdentData.hpp:787</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_protocol_html_ac588cd5e2c99a9517212a3196e240d7e"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_protocol.html#ac588cd5e2c99a9517212a3196e240d7e">pwiz::identdata::ProteinDetectionProtocol::analysisSoftwarePtr</a></div><div class="ttdeci">AnalysisSoftwarePtr analysisSoftwarePtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00791">IdentData.hpp:791</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00791">pwiz::identdata::ProteinDetectionProtocol::analysisSoftwarePtr</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00070">pwiz::identdata::Identifiable::id</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l02559">MS_low_intensity_threshold</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00071">pwiz::identdata::Identifiable::name</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00791">pwiz::identdata::ProteinDetectionProtocol::analysisSoftwarePtr</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00070">pwiz::identdata::Identifiable::id</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l02559">MS_low_intensity_threshold</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00071">pwiz::identdata::Identifiable::name</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="af3fbcef23e6165e0d4d0c4a836b79da3" name="af3fbcef23e6165e0d4d0c4a836b79da3"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#af3fbcef23e6165e0d4d0c4a836b79da3">&#9670;&nbsp;</a></span>testAnalysisProtocolCollection()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -1792,22 +1792,22 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01002">1002</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01002">1002</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno"> 1003</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1004</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testAnalysisProtocolCollection()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1004</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testAnalysisProtocolCollection()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1005</span>}</div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="afc5a38f6d3b4f52e00189d54a2989b39" name="afc5a38f6d3b4f52e00189d54a2989b39"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#afc5a38f6d3b4f52e00189d54a2989b39">&#9670;&nbsp;</a></span>testContact()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -1818,17 +1818,17 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01008">1008</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01008">1008</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno"> 1009</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1010</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testContact()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1010</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testContact()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1011</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1012</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_contact.html">Contact</a> a(<span class="stringliteral">&quot;a_id&quot;</span>, <span class="stringliteral">&quot;a_name&quot;</span>), b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1013</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1014</span>    a.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aee9c21f3336c9bddf58abe42a318eb3a">MS_contact_address</a>, <span class="stringliteral">&quot;address&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1015</span>    a.set(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a63fbcedaa3730d71ef0394077a9adcd5">MS_contact_phone_number</a>, <span class="stringliteral">&quot;phone&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1016</span>    a.set(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aa4b2ad10ecd3f1e97488db26de4d731f">MS_contact_email</a>, <span class="stringliteral">&quot;email&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1017</span>    a.set(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#ab289b8f4074d1a389b174702c2e66001">MS_contact_fax_number</a>, <span class="stringliteral">&quot;fax&quot;</span>);</div>
│ │ │ │ @@ -1839,42 +1839,42 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1022</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Contact, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1023</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1024</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1025</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable_param_container.html#a1b160404eb52dfab135bb7f3c33f8e40">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;b_id&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1026</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable_param_container.html#a0c7444a20bc42a00287fa344b062b737">name</a> = <span class="stringliteral">&quot;b_name&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1027</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1028</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1029</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1029</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1030</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1031</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1032</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1033</span>    b.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aee9c21f3336c9bddf58abe42a318eb3a">MS_contact_address</a>, <span class="stringliteral">&quot;b_address&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1034</span>    b.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a63fbcedaa3730d71ef0394077a9adcd5">MS_contact_phone_number</a>, <span class="stringliteral">&quot;b_phone&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1035</span>    b.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aa4b2ad10ecd3f1e97488db26de4d731f">MS_contact_email</a>, <span class="stringliteral">&quot;b_email&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1036</span>    b.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#ab289b8f4074d1a389b174702c2e66001">MS_contact_fax_number</a>, <span class="stringliteral">&quot;b_fax&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1037</span>    b.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aefedaea5a11d584a0f021510910cb60e">MS_contact_toll_free_phone_number</a>, <span class="stringliteral">&quot;b_tollFreePhone&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1038</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1039</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1040</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1041</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1041</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1042</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1043</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1044</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_a63fbcedaa3730d71ef0394077a9adcd5"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#a63fbcedaa3730d71ef0394077a9adcd5">MS_contact_phone_number</a></div><div class="ttdeci">MS_contact_phone_number</div><div class="ttdoc">contact phone number: Phone number of the contact person or organization.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l05679">cv.hpp:5679</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_aa4b2ad10ecd3f1e97488db26de4d731f"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#aa4b2ad10ecd3f1e97488db26de4d731f">MS_contact_email</a></div><div class="ttdeci">MS_contact_email</div><div class="ttdoc">contact email: Email address of the contact person or organization.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l02418">cv.hpp:2418</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_ab289b8f4074d1a389b174702c2e66001"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#ab289b8f4074d1a389b174702c2e66001">MS_contact_fax_number</a></div><div class="ttdeci">MS_contact_fax_number</div><div class="ttdoc">contact fax number: Fax number for the contact person or organization.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l05682">cv.hpp:5682</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_aee9c21f3336c9bddf58abe42a318eb3a"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#aee9c21f3336c9bddf58abe42a318eb3a">MS_contact_address</a></div><div class="ttdeci">MS_contact_address</div><div class="ttdoc">contact address: Postal address of the contact person or organization.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l02412">cv.hpp:2412</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_aefedaea5a11d584a0f021510910cb60e"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#aefedaea5a11d584a0f021510910cb60e">MS_contact_toll_free_phone_number</a></div><div class="ttdeci">MS_contact_toll_free_phone_number</div><div class="ttdoc">contact toll-free phone number: Toll-free phone number of the contact person or organization.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l05685">cv.hpp:5685</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_contact_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_contact.html">pwiz::identdata::Contact</a></div><div class="ttdoc">Implementation of ContactType from mzIdentML.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00117">IdentData.hpp:118</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable_param_container_html_a0c7444a20bc42a00287fa344b062b737"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable_param_container.html#a0c7444a20bc42a00287fa344b062b737">pwiz::identdata::IdentifiableParamContainer::name</a></div><div class="ttdeci">std::string name</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00086">IdentData.hpp:86</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable_param_container_html_a1b160404eb52dfab135bb7f3c33f8e40"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable_param_container.html#a1b160404eb52dfab135bb7f3c33f8e40">pwiz::identdata::IdentifiableParamContainer::id</a></div><div class="ttdeci">std::string id</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00085">IdentData.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00085">pwiz::identdata::IdentifiableParamContainer::id</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l02412">MS_contact_address</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l02418">MS_contact_email</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l05682">MS_contact_fax_number</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l05679">MS_contact_phone_number</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l05685">MS_contact_toll_free_phone_number</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00086">pwiz::identdata::IdentifiableParamContainer::name</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00085">pwiz::identdata::IdentifiableParamContainer::id</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l02412">MS_contact_address</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l02418">MS_contact_email</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l05682">MS_contact_fax_number</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l05679">MS_contact_phone_number</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l05685">MS_contact_toll_free_phone_number</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00086">pwiz::identdata::IdentifiableParamContainer::name</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a4dca0cb8d67aa365a994307f552fe4f3" name="a4dca0cb8d67aa365a994307f552fe4f3"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a4dca0cb8d67aa365a994307f552fe4f3">&#9670;&nbsp;</a></span>testPerson()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -1885,17 +1885,17 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01047">1047</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01047">1047</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno"> 1048</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1049</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testPerson()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1049</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testPerson()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1050</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1051</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_person.html">Person</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1052</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1053</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_person.html#a93c1d72914785e7271cfccbc1abc1c6b">lastName</a> = <span class="stringliteral">&quot;last&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1054</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_person.html#abac751c8520c28aa45d40040ba346e3e">firstName</a> = <span class="stringliteral">&quot;first&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1055</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_person.html#ac014496648eb2e65ff8e05d28c5fc073">midInitials</a> = <span class="stringliteral">&quot;mi&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1056</span> </div>
│ │ │ │ @@ -1927,17 +1927,17 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_organization_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_organization.html">pwiz::identdata::Organization</a></div><div class="ttdoc">Implementation of AbstractOrganizationType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00135">IdentData.hpp:136</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_person_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_person.html">pwiz::identdata::Person</a></div><div class="ttdoc">Implementation of PersonType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00152">IdentData.hpp:153</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_person_html_a93c1d72914785e7271cfccbc1abc1c6b"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_person.html#a93c1d72914785e7271cfccbc1abc1c6b">pwiz::identdata::Person::lastName</a></div><div class="ttdeci">std::string lastName</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00157">IdentData.hpp:157</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_person_html_abac751c8520c28aa45d40040ba346e3e"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_person.html#abac751c8520c28aa45d40040ba346e3e">pwiz::identdata::Person::firstName</a></div><div class="ttdeci">std::string firstName</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00158">IdentData.hpp:158</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_person_html_ac014496648eb2e65ff8e05d28c5fc073"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_person.html#ac014496648eb2e65ff8e05d28c5fc073">pwiz::identdata::Person::midInitials</a></div><div class="ttdeci">std::string midInitials</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00159">IdentData.hpp:159</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_person_html_afa9fe1cdff254c65516fbf91a63ce959"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_person.html#afa9fe1cdff254c65516fbf91a63ce959">pwiz::identdata::Person::affiliations</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; OrganizationPtr &gt; affiliations</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00161">IdentData.hpp:161</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00161">pwiz::identdata::Person::affiliations</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00158">pwiz::identdata::Person::firstName</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00157">pwiz::identdata::Person::lastName</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00159">pwiz::identdata::Person::midInitials</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00161">pwiz::identdata::Person::affiliations</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00158">pwiz::identdata::Person::firstName</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00157">pwiz::identdata::Person::lastName</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00159">pwiz::identdata::Person::midInitials</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a38e05f33d61d1b49604eee2d1c45c75e" name="a38e05f33d61d1b49604eee2d1c45c75e"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a38e05f33d61d1b49604eee2d1c45c75e">&#9670;&nbsp;</a></span>testOrganization()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -1948,22 +1948,22 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01084">1084</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01084">1084</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno"> 1085</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1086</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testOrganization()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1086</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testOrganization()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1087</span>}</div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a8ba06bba0f516d63226a94e22938b89e" name="a8ba06bba0f516d63226a94e22938b89e"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a8ba06bba0f516d63226a94e22938b89e">&#9670;&nbsp;</a></span>testBibliographicReference()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -1974,22 +1974,22 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01090">1090</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01090">1090</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno"> 1091</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1092</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testBibliographicReference()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1092</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testBibliographicReference()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1093</span>}</div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="aede96c2df74a69f17bd370bab7e26133" name="aede96c2df74a69f17bd370bab7e26133"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#aede96c2df74a69f17bd370bab7e26133">&#9670;&nbsp;</a></span>testProteinDetection()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -2000,22 +2000,22 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01096">1096</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01096">1096</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno"> 1097</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1098</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testProteinDetection()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1098</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testProteinDetection()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1099</span>}</div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ae4fae45f0e1a3517129db515bfb5408a" name="ae4fae45f0e1a3517129db515bfb5408a"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ae4fae45f0e1a3517129db515bfb5408a">&#9670;&nbsp;</a></span>testSpectrumIdentification()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -2026,22 +2026,22 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01102">1102</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01102">1102</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno"> 1103</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1104</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSpectrumIdentification()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1104</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSpectrumIdentification()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1105</span>}</div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ae41359160263b06edb4ad590085ce0fc" name="ae41359160263b06edb4ad590085ce0fc"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ae41359160263b06edb4ad590085ce0fc">&#9670;&nbsp;</a></span>testAnalysisCollection()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -2052,23 +2052,23 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01108">1108</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01108">1108</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno"> 1109</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1110</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testAnalysisCollection()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1110</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testAnalysisCollection()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1111</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1112</span>}</div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a4b1a0c98dfb47069bdc2fad58364be1b" name="a4b1a0c98dfb47069bdc2fad58364be1b"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a4b1a0c98dfb47069bdc2fad58364be1b">&#9670;&nbsp;</a></span>testDBSequence()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -2079,22 +2079,22 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01115">1115</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01115">1115</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno"> 1116</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1117</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testDBSequence()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1117</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testDBSequence()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1118</span>}</div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ac9226767d3a411f0d01a96044beec92e" name="ac9226767d3a411f0d01a96044beec92e"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ac9226767d3a411f0d01a96044beec92e">&#9670;&nbsp;</a></span>testModification()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -2105,22 +2105,22 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01121">1121</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01121">1121</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno"> 1122</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1123</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testModification()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1123</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testModification()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1124</span>}</div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a3d06fd1e7cf4cf703cceed3b95f89772" name="a3d06fd1e7cf4cf703cceed3b95f89772"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a3d06fd1e7cf4cf703cceed3b95f89772">&#9670;&nbsp;</a></span>testSubstitutionModification()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -2131,22 +2131,22 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01127">1127</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01127">1127</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno"> 1128</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1129</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSubstitutionModification()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1129</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSubstitutionModification()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1130</span>}</div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a623cc8cd52944c2b6f7fbac548bf562e" name="a623cc8cd52944c2b6f7fbac548bf562e"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a623cc8cd52944c2b6f7fbac548bf562e">&#9670;&nbsp;</a></span>testPeptide()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -2157,22 +2157,22 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01133">1133</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01133">1133</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno"> 1134</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1135</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testPeptide()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1135</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testPeptide()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1136</span>}</div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ae731f7224e19329771659f839d798f31" name="ae731f7224e19329771659f839d798f31"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ae731f7224e19329771659f839d798f31">&#9670;&nbsp;</a></span>testSequenceCollection()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -2183,22 +2183,22 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01139">1139</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01139">1139</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno"> 1140</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1141</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSequenceCollection()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1141</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSequenceCollection()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1142</span>}</div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a19820c4d84301e679214164b1dfcdd68" name="a19820c4d84301e679214164b1dfcdd68"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a19820c4d84301e679214164b1dfcdd68">&#9670;&nbsp;</a></span>testSampleComponent()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -2209,22 +2209,22 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01145">1145</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01145">1145</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno"> 1146</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1147</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSampleComponent()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1147</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSampleComponent()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1148</span>}</div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a286231885b4fd779bb9737e6e680942b" name="a286231885b4fd779bb9737e6e680942b"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a286231885b4fd779bb9737e6e680942b">&#9670;&nbsp;</a></span>testSample()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -2235,32 +2235,32 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01151">1151</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01151">1151</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno"> 1152</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1153</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSample()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1153</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSample()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1154</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1155</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_sample.html">Sample</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1156</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1157</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_sample.html#ad88e18bc700d609618a41cb336da70b2">contactRole</a>.push_back(ContactRolePtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_contact_role.html">ContactRole</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#afbceb41bde42b7aa8cbad275ac4212cf">MS_role_type</a>, <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1tradata.html#a197a8fc93191712fa1e7ecbac93532eb">ContactPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_person.html">Person</a>(<span class="stringliteral">&quot;contactPtr&quot;</span>)))));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1158</span>    b = a;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1159</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1160</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Sample, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1161</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1161</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1162</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1163</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1164</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_sample.html#ad88e18bc700d609618a41cb336da70b2">contactRole</a>.back().reset(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_contact_role.html">ContactRole</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#afbceb41bde42b7aa8cbad275ac4212cf">MS_role_type</a>, <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1tradata.html#a197a8fc93191712fa1e7ecbac93532eb">ContactPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_person.html">Person</a>(<span class="stringliteral">&quot;fer_rehto&quot;</span>))));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1165</span>    b.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a012de7dfbdcf10cc7c6f7916989e2a88">MS_sample_name</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1166</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1167</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1168</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1168</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1169</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1170</span>    <span class="comment">// a diff was found</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1171</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1172</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1173</span>    <span class="comment">// and correctly</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1174</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.cvParams.size() == 0);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1175</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.cvParams.size() == 1);</div>
│ │ │ │ @@ -2276,17 +2276,17 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1185</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_afbceb41bde42b7aa8cbad275ac4212cf"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#afbceb41bde42b7aa8cbad275ac4212cf">MS_role_type</a></div><div class="ttdeci">MS_role_type</div><div class="ttdoc">role type: Role of a Person or Organization.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l04218">cv.hpp:4218</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1tradata_html_a197a8fc93191712fa1e7ecbac93532eb"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1tradata.html#a197a8fc93191712fa1e7ecbac93532eb">pwiz::tradata::ContactPtr</a></div><div class="ttdeci">boost::shared_ptr&lt; Contact &gt; ContactPtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00057">TraData.hpp:57</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_contact_role_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_contact_role.html">pwiz::identdata::ContactRole</a></div><div class="ttdoc">Implementation of ContactRoleType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00175">IdentData.hpp:176</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_sample_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_sample.html">pwiz::identdata::Sample</a></div><div class="ttdoc">Implementation of the SampleType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00195">IdentData.hpp:196</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_sample_html_ad88e18bc700d609618a41cb336da70b2"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_sample.html#ad88e18bc700d609618a41cb336da70b2">pwiz::identdata::Sample::contactRole</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; ContactRolePtr &gt; contactRole</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00200">IdentData.hpp:200</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00200">pwiz::identdata::Sample::contactRole</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l04218">MS_role_type</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00267">MS_sample_name</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00200">pwiz::identdata::Sample::contactRole</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l04218">MS_role_type</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00267">MS_sample_name</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ad3a822da87ee45d1f8ada2b346767bf9" name="ad3a822da87ee45d1f8ada2b346767bf9"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ad3a822da87ee45d1f8ada2b346767bf9">&#9670;&nbsp;</a></span>testSpectrumIdentificationItem()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -2297,22 +2297,22 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01188">1188</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01188">1188</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno"> 1189</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1190</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSpectrumIdentificationItem()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1190</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSpectrumIdentificationItem()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1191</span>}</div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a4bba8691b2d28f7aea6b7ac81bbbe7df" name="a4bba8691b2d28f7aea6b7ac81bbbe7df"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a4bba8691b2d28f7aea6b7ac81bbbe7df">&#9670;&nbsp;</a></span>testSpectrumIdentificationResult()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -2323,22 +2323,22 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01194">1194</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01194">1194</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno"> 1195</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1196</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSpectrumIdentificationResult()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1196</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSpectrumIdentificationResult()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1197</span>}</div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="aee05c1513912937f5842329b7abfbd5a" name="aee05c1513912937f5842329b7abfbd5a"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#aee05c1513912937f5842329b7abfbd5a">&#9670;&nbsp;</a></span>testAnalysisSampleCollection()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -2349,22 +2349,22 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01200">1200</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01200">1200</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno"> 1201</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1202</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testAnalysisSampleCollection()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1202</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testAnalysisSampleCollection()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1203</span>}</div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ac246ea17edb605f1d365f9fcbe94048e" name="ac246ea17edb605f1d365f9fcbe94048e"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ac246ea17edb605f1d365f9fcbe94048e">&#9670;&nbsp;</a></span>testProvider()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -2375,22 +2375,22 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01206">1206</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01206">1206</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno"> 1207</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1208</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testProvider()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1208</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testProvider()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1209</span>}</div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a09b3ac89fd976280c9e0ebdbd316feaa" name="a09b3ac89fd976280c9e0ebdbd316feaa"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a09b3ac89fd976280c9e0ebdbd316feaa">&#9670;&nbsp;</a></span>testContactRole()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -2401,49 +2401,49 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01212">1212</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01212">1212</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno"> 1213</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1214</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testContactRole()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1214</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testContactRole()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1215</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1216</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_contact_role.html">ContactRole</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1217</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1218</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_contact_role.html#a1691fb0d7200bbda17eeec2655d0ff8c">contactPtr</a> = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1tradata.html#a197a8fc93191712fa1e7ecbac93532eb">ContactPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_person.html">Person</a>(<span class="stringliteral">&quot;cid&quot;</span>, <span class="stringliteral">&quot;cname&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1219</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#ae6e35653318b4d87deedb705b3397d63">cvid</a> = <a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#ab241d1665bf8b26b98ee57cee66dfcb8">MS_software_vendor</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1220</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1221</span>    b = a;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1222</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1223</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;ContactRole, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1224</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1224</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1225</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1226</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1227</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_contact_role.html#a1691fb0d7200bbda17eeec2655d0ff8c">contactPtr</a> = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1tradata.html#a197a8fc93191712fa1e7ecbac93532eb">ContactPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_organization.html">Organization</a>(<span class="stringliteral">&quot;cid2&quot;</span>, <span class="stringliteral">&quot;cname2&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1228</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1229</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1230</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1231</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1231</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1232</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1233</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1234</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.contactPtr.get());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1235</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.contactPtr.get());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1236</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.contactPtr-&gt;id == <span class="stringliteral">&quot;cid&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1237</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.contactPtr-&gt;id == <span class="stringliteral">&quot;cid2&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1238</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.contactPtr-&gt;name == <span class="stringliteral">&quot;cname&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1239</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.contactPtr-&gt;name == <span class="stringliteral">&quot;cname2&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1240</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_ab241d1665bf8b26b98ee57cee66dfcb8"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#ab241d1665bf8b26b98ee57cee66dfcb8">MS_software_vendor</a></div><div class="ttdeci">MS_software_vendor</div><div class="ttdoc">software vendor: Software vendor role.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l04221">cv.hpp:4221</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_contact_role_html_a1691fb0d7200bbda17eeec2655d0ff8c"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_contact_role.html#a1691fb0d7200bbda17eeec2655d0ff8c">pwiz::identdata::ContactRole::contactPtr</a></div><div class="ttdeci">ContactPtr contactPtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00180">IdentData.hpp:180</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00180">pwiz::identdata::ContactRole::contactPtr</a>, <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00046">pwiz::data::CVParam::cvid</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l04221">MS_software_vendor</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00180">pwiz::identdata::ContactRole::contactPtr</a>, <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00046">pwiz::data::CVParam::cvid</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l04221">MS_software_vendor</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="afb82c5a0eff82b707d60b1b082546a72" name="afb82c5a0eff82b707d60b1b082546a72"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#afb82c5a0eff82b707d60b1b082546a72">&#9670;&nbsp;</a></span>testAnalysisSoftware()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -2454,17 +2454,17 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01243">1243</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01243">1243</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno"> 1244</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1245</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testAnalysisSoftware()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1245</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testAnalysisSoftware()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1246</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1247</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_analysis_software.html">AnalysisSoftware</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1248</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1249</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;AnalysisSoftware, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1250</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1251</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1252</span>    <span class="comment">// a.version</span></div>
│ │ │ │ @@ -2478,17 +2478,17 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1260</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1261</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1262</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_analysis_software_html_a107a73b76ef168527be581768cf2e894"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_analysis_software.html#a107a73b76ef168527be581768cf2e894">pwiz::identdata::AnalysisSoftware::customizations</a></div><div class="ttdeci">std::string customizations</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00219">IdentData.hpp:219</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_analysis_software_html_a7d5b471edb6e4434ddd2f728b1c1e3e8"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_analysis_software.html#a7d5b471edb6e4434ddd2f728b1c1e3e8">pwiz::identdata::AnalysisSoftware::URI</a></div><div class="ttdeci">std::string URI</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00218">IdentData.hpp:218</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_analysis_software_html_a9d43cb0d53c7159e4030af9085df3916"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_analysis_software.html#a9d43cb0d53c7159e4030af9085df3916">pwiz::identdata::AnalysisSoftware::version</a></div><div class="ttdeci">std::string version</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00217">IdentData.hpp:217</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00219">pwiz::identdata::AnalysisSoftware::customizations</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00218">pwiz::identdata::AnalysisSoftware::URI</a>, and <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00217">pwiz::identdata::AnalysisSoftware::version</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00219">pwiz::identdata::AnalysisSoftware::customizations</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00218">pwiz::identdata::AnalysisSoftware::URI</a>, and <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00217">pwiz::identdata::AnalysisSoftware::version</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a53213511b015016059c702def35dd00f" name="a53213511b015016059c702def35dd00f"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a53213511b015016059c702def35dd00f">&#9670;&nbsp;</a></span>testDataCollection()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -2499,41 +2499,41 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01265">1265</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01265">1265</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno"> 1266</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1267</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testDataCollection()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1267</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testDataCollection()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1268</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1269</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_data_collection.html">DataCollection</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1270</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;DataCollection, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1271</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1272</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1273</span>    <span class="comment">// a.inputs</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1274</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_data_collection.html#acf80be740a823a798f4ad2fddb2c18d8">inputs</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_inputs.html#a03463f5e49dd65fc57bf61056d6d2108">sourceFile</a>.push_back(<a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#ae17416cf76b238b5675ad9f4d241d604">SourceFilePtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_source_file.html">SourceFile</a>()));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1275</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_data_collection.html#acf80be740a823a798f4ad2fddb2c18d8">inputs</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_inputs.html#a6c1eb288e0f6bfa31a49ba409d3bbaeb">searchDatabase</a>.push_back(SearchDatabasePtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_search_database.html">SearchDatabase</a>()));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1276</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_data_collection.html#acf80be740a823a798f4ad2fddb2c18d8">inputs</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_inputs.html#acf4af52555130cbd104dc5ac2e7b31ca">spectraData</a>.push_back(SpectraDataPtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectra_data.html">SpectraData</a>()));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1277</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1278</span>    <span class="comment">// b.analysisData</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1279</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_data_collection.html#a8e06ff541cf6817cbc595d25a51d1cc2">analysisData</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_analysis_data.html#a6bd81d02c108678ae630007e6f53e076">spectrumIdentificationList</a>.push_back(SpectrumIdentificationListPtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_list.html">SpectrumIdentificationList</a>()));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1280</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1281</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1282</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1282</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1283</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1284</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_data_collection_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_data_collection.html">pwiz::identdata::DataCollection</a></div><div class="ttdoc">Implementation of DataCollectionType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00974">IdentData.hpp:975</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_data_collection_html_a8e06ff541cf6817cbc595d25a51d1cc2"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_data_collection.html#a8e06ff541cf6817cbc595d25a51d1cc2">pwiz::identdata::DataCollection::analysisData</a></div><div class="ttdeci">AnalysisData analysisData</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00977">IdentData.hpp:977</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_data_collection_html_acf80be740a823a798f4ad2fddb2c18d8"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_data_collection.html#acf80be740a823a798f4ad2fddb2c18d8">pwiz::identdata::DataCollection::inputs</a></div><div class="ttdeci">Inputs inputs</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00976">IdentData.hpp:976</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00977">pwiz::identdata::DataCollection::analysisData</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00976">pwiz::identdata::DataCollection::inputs</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00947">pwiz::identdata::Inputs::searchDatabase</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00946">pwiz::identdata::Inputs::sourceFile</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00948">pwiz::identdata::Inputs::spectraData</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00962">pwiz::identdata::AnalysisData::spectrumIdentificationList</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00977">pwiz::identdata::DataCollection::analysisData</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00976">pwiz::identdata::DataCollection::inputs</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00947">pwiz::identdata::Inputs::searchDatabase</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00946">pwiz::identdata::Inputs::sourceFile</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00948">pwiz::identdata::Inputs::spectraData</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00962">pwiz::identdata::AnalysisData::spectrumIdentificationList</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="abe75c27046fcc441152c7dc3daf1d0c3" name="abe75c27046fcc441152c7dc3daf1d0c3"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#abe75c27046fcc441152c7dc3daf1d0c3">&#9670;&nbsp;</a></span>testIdentData()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -2544,17 +2544,17 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01287">1287</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01287">1287</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno"> 1288</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1289</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testIdentData()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1289</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testIdentData()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1290</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1291</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_ident_data.html">IdentData</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1292</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1293</span>    <a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1identdata_1_1examples.html#abc4d348117dd8a20dda0f7747dbd109f">examples::initializeTiny</a>(a);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1294</span>    <a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1identdata_1_1examples.html#abc4d348117dd8a20dda0f7747dbd109f">examples::initializeTiny</a>(b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1295</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1296</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;IdentData, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ @@ -2568,15 +2568,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1304</span>    <span class="comment">// b.sequenceCollection</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1305</span>    <span class="comment">// a.analysisCollection</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1306</span>    <span class="comment">// b.analysisProtocolCollection</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1307</span>    <span class="comment">// a.dataCollection</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1308</span>    <span class="comment">// b.bibliographicReference</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1309</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1310</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1311</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1311</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1312</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1313</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1314</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1315</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.cvs.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1316</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.cvs.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1317</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1identdata_1_1examples_html_abc4d348117dd8a20dda0f7747dbd109f"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1identdata_1_1examples.html#abc4d348117dd8a20dda0f7747dbd109f">pwiz::identdata::examples::initializeTiny</a></div><div class="ttdeci">PWIZ_API_DECL void initializeTiny(IdentData &amp;mzid)</div></div>
│ │ │ │ @@ -2584,17 +2584,17 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_bibliographic_reference_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_bibliographic_reference.html">pwiz::identdata::BibliographicReference</a></div><div class="ttdoc">Implementation for the BibliographicReferenceType tag in the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00095">IdentData.hpp:96</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_ident_data_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_ident_data.html">pwiz::identdata::IdentData</a></div><div class="ttdoc">Implementation of the MzIdentMLType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00993">IdentData.hpp:994</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_ident_data_html_a627983c7484acf698b27f07699e2f03f"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_ident_data.html#a627983c7484acf698b27f07699e2f03f">pwiz::identdata::IdentData::analysisSoftwareList</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; AnalysisSoftwarePtr &gt; analysisSoftwareList</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l01006">IdentData.hpp:1006</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_ident_data_html_a670bae00489a5fa3034680c1e8758d31"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_ident_data.html#a670bae00489a5fa3034680c1e8758d31">pwiz::identdata::IdentData::auditCollection</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; ContactPtr &gt; auditCollection</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l01010">IdentData.hpp:1010</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_ident_data_html_aa13c9c4bb2b98bcde71640e6ae184a5b"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_ident_data.html#aa13c9c4bb2b98bcde71640e6ae184a5b">pwiz::identdata::IdentData::bibliographicReference</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; BibliographicReferencePtr &gt; bibliographicReference</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l01022">IdentData.hpp:1022</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_ident_data_html_ad2459f4f2df60521f8f6b4f3cf021c6f"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_ident_data.html#ad2459f4f2df60521f8f6b4f3cf021c6f">pwiz::identdata::IdentData::cvs</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; CV &gt; cvs</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l01004">IdentData.hpp:1004</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l01006">pwiz::identdata::IdentData::analysisSoftwareList</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l01010">pwiz::identdata::IdentData::auditCollection</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l01022">pwiz::identdata::IdentData::bibliographicReference</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l01004">pwiz::identdata::IdentData::cvs</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="namespacepwiz_1_1identdata_1_1examples.html#abc4d348117dd8a20dda0f7747dbd109f">pwiz::identdata::examples::initializeTiny()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l01006">pwiz::identdata::IdentData::analysisSoftwareList</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l01010">pwiz::identdata::IdentData::auditCollection</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l01022">pwiz::identdata::IdentData::bibliographicReference</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l01004">pwiz::identdata::IdentData::cvs</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="namespacepwiz_1_1identdata_1_1examples.html#abc4d348117dd8a20dda0f7747dbd109f">pwiz::identdata::examples::initializeTiny()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002" name="ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">&#9670;&nbsp;</a></span>test()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -2605,115 +2605,115 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">1319</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">1319</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno"> 1320</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1321</span>    <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a2153c606a301fd07983221e5fedc04df">testIdentifiable</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1322</span>    <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#afc5a38f6d3b4f52e00189d54a2989b39">testContact</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1323</span>    <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a09b3ac89fd976280c9e0ebdbd316feaa">testContactRole</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1324</span>    <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ab50e6dd44ba1f634a222d2212e169b10">testFragmentArray</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1325</span>    <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a9dbec95392ecb039dfef2d6eb5b8f41c">testIonType</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1326</span>    <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#afc11e34032ac4a576637b9141bd0c91e">testMeasure</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1327</span>    <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#aeb4c6559d6453202c41b7bdd0c0e417c">testPeptideEvidence</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1328</span>    <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ae5acbcf72aa432c7d07139f711b3a21f">testProteinAmbiguityGroup</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1329</span>    <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a467cc13e2a2464cd21c797a30fc59ffe">testProteinDetectionHypothesis</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1330</span>    <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a53213511b015016059c702def35dd00f">testDataCollection</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1331</span>    <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#af5e764972216766143d88b9497827f7c">testSpectrumIdentificationList</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1332</span>    <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a4d4929b1aa5964438db41e09ea0fe81d">testProteinDetectionList</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1333</span>    <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a41c3740a427544b0fdd3c3f9cfc6bc39">testAnalysisData</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1334</span>    <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a0945b7ca689b1791492e25e4b466d3fd">testSearchDatabase</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1335</span>    <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a0b517c4af12686550a14595a1d9aa84e">testSpectraData</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1336</span>    <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3">testSourceFile</a>();</div>
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│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1338</span>    <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a1e134fd121c0aff1b97752fe2c9b5691">testEnzyme</a>();</div>
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│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_a7f97458e5b4895d7e9bebd8ca3363d73"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a7f97458e5b4895d7e9bebd8ca3363d73">testFilter</a></div><div class="ttdeci">void testFilter()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00841">DiffTest.cpp:841</a></div></div>
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│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_afc5a38f6d3b4f52e00189d54a2989b39"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#afc5a38f6d3b4f52e00189d54a2989b39">testContact</a></div><div class="ttdeci">void testContact()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01008">DiffTest.cpp:1008</a></div></div>
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│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_a1e134fd121c0aff1b97752fe2c9b5691"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a1e134fd121c0aff1b97752fe2c9b5691">testEnzyme</a></div><div class="ttdeci">void testEnzyme()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00679">DiffTest.cpp:679</a></div></div>
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│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_a232e9008913cc7b8e56fbdefc99d1d93"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a232e9008913cc7b8e56fbdefc99d1d93">testInputs</a></div><div class="ttdeci">void testInputs()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00641">DiffTest.cpp:641</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_a286231885b4fd779bb9737e6e680942b"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a286231885b4fd779bb9737e6e680942b">testSample</a></div><div class="ttdeci">void testSample()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01151">DiffTest.cpp:1151</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3">testSourceFile</a></div><div class="ttdeci">void testSourceFile()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00601">DiffTest.cpp:601</a></div></div>
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│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_a59845c7367180f04e05a9ba0fbe38f89"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a59845c7367180f04e05a9ba0fbe38f89">testDatabaseTranslation</a></div><div class="ttdeci">void testDatabaseTranslation()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00876">DiffTest.cpp:876</a></div></div>
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│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_a7f97458e5b4895d7e9bebd8ca3363d73"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a7f97458e5b4895d7e9bebd8ca3363d73">testFilter</a></div><div class="ttdeci">void testFilter()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00841">DiffTest.cpp:841</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_a8ba06bba0f516d63226a94e22938b89e"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a8ba06bba0f516d63226a94e22938b89e">testBibliographicReference</a></div><div class="ttdeci">void testBibliographicReference()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01090">DiffTest.cpp:1090</a></div></div>
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│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac246ea17edb605f1d365f9fcbe94048e"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac246ea17edb605f1d365f9fcbe94048e">testProvider</a></div><div class="ttdeci">void testProvider()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01206">DiffTest.cpp:1206</a></div></div>
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│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ad3a822da87ee45d1f8ada2b346767bf9"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ad3a822da87ee45d1f8ada2b346767bf9">testSpectrumIdentificationItem</a></div><div class="ttdeci">void testSpectrumIdentificationItem()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01188">DiffTest.cpp:1188</a></div></div>
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│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ae4fae45f0e1a3517129db515bfb5408a"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ae4fae45f0e1a3517129db515bfb5408a">testSpectrumIdentification</a></div><div class="ttdeci">void testSpectrumIdentification()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01102">DiffTest.cpp:1102</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ae5acbcf72aa432c7d07139f711b3a21f"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ae5acbcf72aa432c7d07139f711b3a21f">testProteinAmbiguityGroup</a></div><div class="ttdeci">void testProteinAmbiguityGroup()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00301">DiffTest.cpp:301</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ae731f7224e19329771659f839d798f31"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ae731f7224e19329771659f839d798f31">testSequenceCollection</a></div><div class="ttdeci">void testSequenceCollection()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01139">DiffTest.cpp:1139</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ae9ce672245ebef8027ddbb91c8a0380b"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ae9ce672245ebef8027ddbb91c8a0380b">testResidue</a></div><div class="ttdeci">void testResidue()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00785">DiffTest.cpp:785</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_aeb4c6559d6453202c41b7bdd0c0e417c"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#aeb4c6559d6453202c41b7bdd0c0e417c">testPeptideEvidence</a></div><div class="ttdeci">void testPeptideEvidence()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00233">DiffTest.cpp:233</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_aed63bd7841670a47c4720f86d58275be"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#aed63bd7841670a47c4720f86d58275be">testMassTable</a></div><div class="ttdeci">void testMassTable()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00745">DiffTest.cpp:745</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_aede96c2df74a69f17bd370bab7e26133"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#aede96c2df74a69f17bd370bab7e26133">testProteinDetection</a></div><div class="ttdeci">void testProteinDetection()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01096">DiffTest.cpp:1096</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_aee05c1513912937f5842329b7abfbd5a"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#aee05c1513912937f5842329b7abfbd5a">testAnalysisSampleCollection</a></div><div class="ttdeci">void testAnalysisSampleCollection()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01200">DiffTest.cpp:1200</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_af3fbcef23e6165e0d4d0c4a836b79da3"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#af3fbcef23e6165e0d4d0c4a836b79da3">testAnalysisProtocolCollection</a></div><div class="ttdeci">void testAnalysisProtocolCollection()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01002">DiffTest.cpp:1002</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_af5e764972216766143d88b9497827f7c"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#af5e764972216766143d88b9497827f7c">testSpectrumIdentificationList</a></div><div class="ttdeci">void testSpectrumIdentificationList()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00415">DiffTest.cpp:415</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_afb82c5a0eff82b707d60b1b082546a72"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#afb82c5a0eff82b707d60b1b082546a72">testAnalysisSoftware</a></div><div class="ttdeci">void testAnalysisSoftware()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01243">DiffTest.cpp:1243</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_afc5a38f6d3b4f52e00189d54a2989b39"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#afc5a38f6d3b4f52e00189d54a2989b39">testContact</a></div><div class="ttdeci">void testContact()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01008">DiffTest.cpp:1008</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00813">testAmbiguousResidue()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01108">testAnalysisCollection()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00484">testAnalysisData()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01002">testAnalysisProtocolCollection()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01200">testAnalysisSampleCollection()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01243">testAnalysisSoftware()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01090">testBibliographicReference()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01008">testContact()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01212">testContactRole()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00876">testDatabaseTranslation()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01265">testDataCollection()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01115">testDBSequence()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00679">testEnzyme()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00732">testEnzymes()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00841">testFilter()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00090">testFragmentArray()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01287">testIdentData()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00043">testIdentifiable()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00641">testInputs()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00128">testIonType()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00745">testMassTable()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00170">testMeasure()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01121">testModification()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01084">testOrganization()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01133">testPeptide()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00233">testPeptideEvidence()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01047">testPerson()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00301">testProteinAmbiguityGroup()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01096">testProteinDetection()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00366">testProteinDetectionHypothesis()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00453">testProteinDetectionList()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00976">testProteinDetectionProtocol()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01206">testProvider()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00785">testResidue()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01151">testSample()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01145">testSampleComponent()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00519">testSearchDatabase()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00195">testSearchModification()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01139">testSequenceCollection()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00601">testSourceFile()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00567">testSpectraData()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01102">testSpectrumIdentification()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01188">testSpectrumIdentificationItem()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00415">testSpectrumIdentificationList()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00921">testSpectrumIdentificationProtocol()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01194">testSpectrumIdentificationResult()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01127">testSubstitutionModification()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00813">testAmbiguousResidue()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01108">testAnalysisCollection()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00484">testAnalysisData()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01002">testAnalysisProtocolCollection()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01200">testAnalysisSampleCollection()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01243">testAnalysisSoftware()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01090">testBibliographicReference()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01008">testContact()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01212">testContactRole()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00876">testDatabaseTranslation()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01265">testDataCollection()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01115">testDBSequence()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00679">testEnzyme()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00732">testEnzymes()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00841">testFilter()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00090">testFragmentArray()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01287">testIdentData()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00043">testIdentifiable()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00641">testInputs()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00128">testIonType()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00745">testMassTable()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00170">testMeasure()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01121">testModification()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01084">testOrganization()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01133">testPeptide()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00233">testPeptideEvidence()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01047">testPerson()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00301">testProteinAmbiguityGroup()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01096">testProteinDetection()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00366">testProteinDetectionHypothesis()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00453">testProteinDetectionList()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00976">testProteinDetectionProtocol()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01206">testProvider()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00785">testResidue()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01151">testSample()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01145">testSampleComponent()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00519">testSearchDatabase()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00195">testSearchModification()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01139">testSequenceCollection()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00601">testSourceFile()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00567">testSpectraData()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01102">testSpectrumIdentification()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01188">testSpectrumIdentificationItem()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00415">testSpectrumIdentificationList()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00921">testSpectrumIdentificationProtocol()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01194">testSpectrumIdentificationResult()</a>, and <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01127">testSubstitutionModification()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01371">main()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01371">main()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97" name="a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">&#9670;&nbsp;</a></span>main()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -2735,40 +2735,40 @@
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │            <td>)</td>
│ │ │ │            <td></td><td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01371">1371</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01371">1371</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno"> 1372</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1373</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a692991fff57cd9eb6ebdbc976e277ae7">TEST_PROLOG_EX</a>(argc, argv, <span class="stringliteral">&quot;_IdentData&quot;</span>)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1374</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1375</span>    <span class="keyword">try</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1376</span>    {</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1377</span>        <span class="keywordflow">if</span> (argc&gt;1 &amp;&amp; !strcmp(argv[1],<span class="stringliteral">&quot;-v&quot;</span>)) <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> = &amp;cout;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1378</span>        <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a>();</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1377</span>        <span class="keywordflow">if</span> (argc&gt;1 &amp;&amp; !strcmp(argv[1],<span class="stringliteral">&quot;-v&quot;</span>)) <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> = &amp;cout;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1378</span>        <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a>();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1379</span>    }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1380</span>    <span class="keywordflow">catch</span> (exception&amp; e)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1381</span>    {</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1382</span>        <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd">TEST_FAILED</a>(e.what())</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1383</span>    }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1384</span>    <span class="keywordflow">catch</span> (...)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1385</span>    {</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1386</span>        <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd">TEST_FAILED</a>(<span class="stringliteral">&quot;Caught unknown exception.&quot;</span>)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1387</span>    }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1388</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1389</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c">TEST_EPILOG</a></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1390</span>}</div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a></div><div class="ttdeci">void test()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">DiffTest.cpp:1319</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a></div><div class="ttdeci">void test()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">DiffTest.cpp:1319</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a692991fff57cd9eb6ebdbc976e277ae7"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a692991fff57cd9eb6ebdbc976e277ae7">TEST_PROLOG_EX</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_PROLOG_EX(argc, argv, suffix)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00157">unit.hpp:157</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c">TEST_EPILOG</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_EPILOG</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00183">unit.hpp:183</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd">TEST_FAILED</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_FAILED(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00177">unit.hpp:177</a></div></div>
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│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00183">TEST_EPILOG</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00177">TEST_FAILED</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00157">TEST_PROLOG_EX</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00183">TEST_EPILOG</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00177">TEST_FAILED</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00157">TEST_PROLOG_EX</a>.</p>
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│ │ │ │  <h2 class="groupheader">Variable Documentation</h2>
│ │ │ │  <a id="ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf" name="ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">&#9670;&nbsp;</a></span>os_</h2>
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│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">40</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">40</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01371">main()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00813">testAmbiguousResidue()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01108">testAnalysisCollection()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00484">testAnalysisData()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01002">testAnalysisProtocolCollection()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01200">testAnalysisSampleCollection()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01243">testAnalysisSoftware()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01090">testBibliographicReference()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00487">testBinaryDataArray()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00951">testBinaryDataOnly()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00600">testChromatogram()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00725">testChromatogramList()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00156">testComponent()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00194">testComponentList()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00262">testCompound()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00083">testConfiguration()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01008">testContact()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01212">testContactRole()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00876">testDatabaseTranslation()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01265">testDataCollection()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00311">testDataProcessing()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01115">testDBSequence()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00679">testEnzyme()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00732">testEnzymes()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00152">testEvidence()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">testFileContent()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00084">testFileDescription()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00841">testFilter()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00090">testFragmentArray()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01287">testIdentData()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00043">testIdentifiable()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00641">testInputs()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00060">testInstrument()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00249">testInstrumentConfiguration()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00128">testIonType()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00745">testMassTable()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01042">testMaxPrecisionDiff()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00170">testMeasure()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01121">testModification()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00888">testMSData()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01261">testMSDiffUpdate()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01084">testOrganization()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01133">testPeptide()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00233">testPeptideEvidence()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00335">testPeptideHypothesis()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01047">testPerson()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00375">testPrecursor()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00108">testPrediction()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00281">testProcessingMethod()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00407">testProduct()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00194">testProtein()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00301">testProteinAmbiguityGroup()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01096">testProteinDetection()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00366">testProteinDetectionHypothesis()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00453">testProteinDetectionList()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00976">testProteinDetectionProtocol()</a>, <a class="el" href="data_2proteome_2difftest_8cpp_source.html#l00054">testProteinList()</a>, <a class="el" href="data_2proteome_2difftest_8cpp_source.html#l00138">testProteomeData()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01206">testProvider()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00785">testResidue()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00173">testRetentionTime()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00828">testRun()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01151">testSample()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01145">testSampleComponent()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00430">testScan()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00456">testScanList()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00349">testScanSettings()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00519">testSearchDatabase()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00195">testSearchModification()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01139">testSequenceCollection()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00227">testSoftware()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00175">testSource()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00601">testSourceFile()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00567">testSpectraData()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00521">testSpectrum()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01102">testSpectrumIdentification()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01188">testSpectrumIdentificationItem()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00415">testSpectrumIdentificationList()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00921">testSpectrumIdentificationProtocol()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01194">testSpectrumIdentificationResult()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00637">testSpectrumList()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01127">testSubstitutionModification()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00311">testTarget()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00411">testTraData()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00284">testTransition()</a>, and <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00131">testValidation()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01371">main()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00813">testAmbiguousResidue()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01108">testAnalysisCollection()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00484">testAnalysisData()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01002">testAnalysisProtocolCollection()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01200">testAnalysisSampleCollection()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01243">testAnalysisSoftware()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01090">testBibliographicReference()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00487">testBinaryDataArray()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00951">testBinaryDataOnly()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00600">testChromatogram()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00725">testChromatogramList()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00156">testComponent()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00194">testComponentList()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00262">testCompound()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00083">testConfiguration()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01008">testContact()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01212">testContactRole()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00876">testDatabaseTranslation()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01265">testDataCollection()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00311">testDataProcessing()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01115">testDBSequence()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00679">testEnzyme()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00732">testEnzymes()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00152">testEvidence()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">testFileContent()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00084">testFileDescription()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00841">testFilter()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00090">testFragmentArray()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01287">testIdentData()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00043">testIdentifiable()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00641">testInputs()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00060">testInstrument()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00249">testInstrumentConfiguration()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00128">testIonType()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00745">testMassTable()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01042">testMaxPrecisionDiff()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00170">testMeasure()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01121">testModification()</a>, <a class="el" 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href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01139">testSequenceCollection()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00227">testSoftware()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00175">testSource()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00601">testSourceFile()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00567">testSpectraData()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00521">testSpectrum()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01102">testSpectrumIdentification()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01188">testSpectrumIdentificationItem()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00415">testSpectrumIdentificationList()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00921">testSpectrumIdentificationProtocol()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01194">testSpectrumIdentificationResult()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00637">testSpectrumList()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01127">testSubstitutionModification()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00311">testTarget()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00411">testTraData()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00284">testTransition()</a>, and <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00131">testValidation()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025" name="ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">&#9670;&nbsp;</a></span>epsilon</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -2795,17 +2795,17 @@
│ │ │ │        <table class="memname">
│ │ │ │          <tr>
│ │ │ │            <td class="memname">const double epsilon = numeric_limits&lt;double&gt;::epsilon()</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">41</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">41</a> of file <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="almost__equal_8hpp_source.html#l00037">pwiz::util::almost_equal()</a>, <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00276">pwiz::data::diff_impl::diff_floating()</a>, <a class="el" href="interpolate_8hpp_source.html#l00105">ralab::base::base::interpolate_cubic()</a>, <a class="el" href="interpolate_8hpp_source.html#l00130">ralab::base::base::interpolate_Hermite()</a>, <a class="el" href="interpolate_8hpp_source.html#l00058">ralab::base::base::interpolate_linear()</a>, <a class="el" href="_peak_extractor_test_8cpp_source.html#l00170">test()</a>, <a class="el" href="_noise_test_8cpp_source.html#l00087">test_2Pass()</a>, <a class="el" href="_noise_test_8cpp_source.html#l00068">test_2Pass_NoSignal()</a>, <a class="el" href="almost__equal__test_8cpp_source.html#l00041">test_default_double()</a>, <a class="el" href="almost__equal__test_8cpp_source.html#l00032">test_default_float()</a>, <a class="el" href="almost__equal__test_8cpp_source.html#l00050">test_multiplier()</a>, <a class="el" href="_noise_test_8cpp_source.html#l00110">test_pvalue()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00484">testAnalysisData()</a>, <a class="el" href="_binary_data_encoder_test_8cpp_source.html#l00146">testConfiguration()</a>, <a class="el" href="_derivative_test_8hpp_source.html#l00194">pwiz::frequency::DerivativeTest::testDerivatives()</a>, <a class="el" href="_parametrized_function_test_8cpp_source.html#l00038">testDifferenceQuotient()</a>, <a class="el" href="diff__std__test_8cpp_source.html#l00075">testFloating()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00641">testInputs()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00128">testIonType()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01042">testMaxPrecisionDiff()</a>, <a class="el" href="_peak_fitter_test_8cpp_source.html#l00075">testMultiplePeaks()</a>, <a class="el" href="_peak_fitter_test_8cpp_source.html#l00039">testParabola()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00233">testPeptideEvidence()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00785">testResidue()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00519">testSearchDatabase()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00195">testSearchModification()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp_source.html#l00086">testShift()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00415">testSpectrumIdentificationList()</a>, <a class="el" href="_peakel_grower_test_8cpp_source.html#l00076">testToyExample()</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00067">pwiz::util::unit_assert_numeric_equal_message()</a>, <a class="el" href="_feature_detector_peakel_test_8cpp_source.html#l00042">verifyBombesinFeatures()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp_source.html#l00066">verifyPrecursorInfo()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp_source.html#l00042">verifyPrecursorMZ()</a>, and <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp_source.html#l00043">verifyScanInfo()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="almost__equal_8hpp_source.html#l00037">pwiz::util::almost_equal()</a>, <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00276">pwiz::data::diff_impl::diff_floating()</a>, <a class="el" href="interpolate_8hpp_source.html#l00105">ralab::base::base::interpolate_cubic()</a>, <a class="el" href="interpolate_8hpp_source.html#l00130">ralab::base::base::interpolate_Hermite()</a>, <a class="el" href="interpolate_8hpp_source.html#l00058">ralab::base::base::interpolate_linear()</a>, <a class="el" href="_peak_extractor_test_8cpp_source.html#l00170">test()</a>, <a class="el" href="_noise_test_8cpp_source.html#l00087">test_2Pass()</a>, <a class="el" href="_noise_test_8cpp_source.html#l00068">test_2Pass_NoSignal()</a>, <a class="el" href="almost__equal__test_8cpp_source.html#l00041">test_default_double()</a>, <a class="el" href="almost__equal__test_8cpp_source.html#l00032">test_default_float()</a>, <a class="el" href="almost__equal__test_8cpp_source.html#l00050">test_multiplier()</a>, <a class="el" href="_noise_test_8cpp_source.html#l00110">test_pvalue()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00484">testAnalysisData()</a>, <a class="el" href="_binary_data_encoder_test_8cpp_source.html#l00146">testConfiguration()</a>, <a class="el" href="_derivative_test_8hpp_source.html#l00194">pwiz::frequency::DerivativeTest::testDerivatives()</a>, <a class="el" href="_parametrized_function_test_8cpp_source.html#l00038">testDifferenceQuotient()</a>, <a class="el" href="diff__std__test_8cpp_source.html#l00075">testFloating()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00641">testInputs()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00128">testIonType()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01042">testMaxPrecisionDiff()</a>, <a class="el" href="_peak_fitter_test_8cpp_source.html#l00075">testMultiplePeaks()</a>, <a class="el" href="_peak_fitter_test_8cpp_source.html#l00039">testParabola()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00233">testPeptideEvidence()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00785">testResidue()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00519">testSearchDatabase()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00195">testSearchModification()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp_source.html#l00086">testShift()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00415">testSpectrumIdentificationList()</a>, <a class="el" href="_peakel_grower_test_8cpp_source.html#l00076">testToyExample()</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00067">pwiz::util::unit_assert_numeric_equal_message()</a>, <a class="el" href="_feature_detector_peakel_test_8cpp_source.html#l00042">verifyBombesinFeatures()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp_source.html#l00066">verifyPrecursorInfo()</a>, <a class="el" href="_spectrum_list___precursor_refine_test_8cpp_source.html#l00042">verifyPrecursorMZ()</a>, and <a class="el" href="_spectrum_list___m_z_refiner_test_8cpp_source.html#l00043">verifyScanInfo()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
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│ │ │ │  <!-- start footer part -->
│ │ │ │  <hr class="footer"/><address class="footer"><small>
│ │ │ │  Generated by&#160;<a href="https://www.doxygen.org/index.html"><img class="footer" src="doxygen.svg" width="104" height="31" alt="doxygen"/></a> 1.9.4
│ │ │ │   --- ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html
│ │ │ ├── +++ ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html
│ │ │ │┄ Files 5% similar despite different names
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│ │ │ │  <li class="navelem"><a class="el" href="dir_45c7ef8544c9622a4c49808ad228f176.html">pwiz</a></li><li class="navelem"><a class="el" href="dir_f88a24e2e306ea4f9f3861037e755022.html">data</a></li><li class="navelem"><a class="el" href="dir_e53132443946aa664ee84e0cfa9f478c.html">identdata</a></li>  </ul>
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│ │ │ │  <div class="header">
│ │ │ │    <div class="headertitle"><div class="title">DiffTest.cpp</div></div>
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│ │ │ │ +<a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html">Go to the documentation of this file.</a><div class="fragment"><div class="line"><a id="l00001" name="l00001"></a><span class="lineno">    1</span><span class="comment">//</span></div>
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│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00008" name="l00008"></a><span class="lineno">    8</span><span class="comment">//   University of Southern California, Los Angeles, California  90033</span></div>
│ │ │ │ @@ -64,15 +64,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00016" name="l00016"></a><span class="lineno">   16</span><span class="comment">// Unless required by applicable law or agreed to in writing, software</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00017" name="l00017"></a><span class="lineno">   17</span><span class="comment">// distributed under the License is distributed on an &quot;AS IS&quot; BASIS,</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00018" name="l00018"></a><span class="lineno">   18</span><span class="comment">// WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied.</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00019" name="l00019"></a><span class="lineno">   19</span><span class="comment">// See the License for the specific language governing permissions and</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00020" name="l00020"></a><span class="lineno">   20</span><span class="comment">// limitations under the License.</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00021" name="l00021"></a><span class="lineno">   21</span><span class="comment">//</span></div>
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│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00023" name="l00023"></a><span class="lineno">   23</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp.html">Diff.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00023" name="l00023"></a><span class="lineno">   23</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp.html">Diff.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00024" name="l00024"></a><span class="lineno">   24</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="tradata_2_text_writer_8hpp.html">TextWriter.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00025" name="l00025"></a><span class="lineno">   25</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="tradata_2examples_8hpp.html">examples.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00026" name="l00026"></a><span class="lineno">   26</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="unit_8hpp.html">pwiz/utility/misc/unit.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00027" name="l00027"></a><span class="lineno">   27</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_std_8hpp.html">pwiz/utility/misc/Std.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00028" name="l00028"></a><span class="lineno">   28</span><span class="preprocessor">#include &lt;cstring&gt;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00029" name="l00029"></a><span class="lineno">   29</span> </div>
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│ │ │ │ @@ -81,77 +81,77 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00033" name="l00033"></a><span class="lineno">   33</span><span class="keyword">using namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacepwiz_1_1data_1_1diff__impl.html">pwiz::data::diff_impl</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00034" name="l00034"></a><span class="lineno">   34</span><span class="keyword">using namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacepwiz_1_1identdata.html">pwiz::identdata</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00035" name="l00035"></a><span class="lineno">   35</span><span class="keyword">namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacepwiz_1_1proteome.html">proteome</a> = <a class="code hl_namespace" href="namespacepwiz_1_1proteome.html">pwiz::proteome</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00036" name="l00036"></a><span class="lineno">   36</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00037" name="l00037"></a><span class="lineno">   37</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00038" name="l00038"></a><span class="lineno">   38</span><span class="comment">// TODO: Add Identifiable diff to all subclasses of Identifiable</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00039" name="l00039"></a><span class="lineno">   39</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00040" name="l00040"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">   40</a></span>ostream* <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> = 0;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00041" name="l00041"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">   41</a></span><span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">numeric_limits&lt;double&gt;::epsilon</a>();</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00040" name="l00040"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">   40</a></span>ostream* <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> = 0;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00041" name="l00041"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">   41</a></span><span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">numeric_limits&lt;double&gt;::epsilon</a>();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00042" name="l00042"></a><span class="lineno">   42</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00043" name="l00043"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a2153c606a301fd07983221e5fedc04df">   43</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a2153c606a301fd07983221e5fedc04df">testIdentifiable</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00043" name="l00043"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a2153c606a301fd07983221e5fedc04df">   43</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a2153c606a301fd07983221e5fedc04df">testIdentifiable</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00044" name="l00044"></a><span class="lineno">   44</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00045" name="l00045"></a><span class="lineno">   45</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testIdentifiable()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00045" name="l00045"></a><span class="lineno">   45</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testIdentifiable()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00046" name="l00046"></a><span class="lineno">   46</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00047" name="l00047"></a><span class="lineno">   47</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable.html">Identifiable</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00048" name="l00048"></a><span class="lineno">   48</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable.html#a050b8b44c98433f61a7c712cefe7d9e1">id</a>=<span class="stringliteral">&quot;id1&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00049" name="l00049"></a><span class="lineno">   49</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable.html#af67268b911f95441e333d22a49e90ddb">name</a>=<span class="stringliteral">&quot;a_name&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00050" name="l00050"></a><span class="lineno">   50</span>    b = a;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00051" name="l00051"></a><span class="lineno">   51</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00052" name="l00052"></a><span class="lineno">   52</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Identifiable, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00053" name="l00053"></a><span class="lineno">   53</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &amp;&amp; <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00053" name="l00053"></a><span class="lineno">   53</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &amp;&amp; <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00054" name="l00054"></a><span class="lineno">   54</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00055" name="l00055"></a><span class="lineno">   55</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00056" name="l00056"></a><span class="lineno">   56</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable.html#a050b8b44c98433f61a7c712cefe7d9e1">id</a>=<span class="stringliteral">&quot;id2&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00057" name="l00057"></a><span class="lineno">   57</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable.html#af67268b911f95441e333d22a49e90ddb">name</a>=<span class="stringliteral">&quot;b_name&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00058" name="l00058"></a><span class="lineno">   58</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00059" name="l00059"></a><span class="lineno">   59</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00060" name="l00060"></a><span class="lineno">   60</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00060" name="l00060"></a><span class="lineno">   60</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00061" name="l00061"></a><span class="lineno">   61</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00062" name="l00062"></a><span class="lineno">   62</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00063" name="l00063"></a><span class="lineno">   63</span>    <span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00064" name="l00064"></a><span class="lineno">   64</span>    <span class="comment">// test handling for ids which often differ only </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00065" name="l00065"></a><span class="lineno">   65</span>    <span class="comment">// by a trailing version number</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00066" name="l00066"></a><span class="lineno">   66</span>    <span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00067" name="l00067"></a><span class="lineno">   67</span>    b=a;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00068" name="l00068"></a><span class="lineno">   68</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable.html#a050b8b44c98433f61a7c712cefe7d9e1">id</a> += <span class="stringliteral">&quot;_1.2.3&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00069" name="l00069"></a><span class="lineno">   69</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable.html#a050b8b44c98433f61a7c712cefe7d9e1">id</a> += <span class="stringliteral">&quot;_1.2.4&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00070" name="l00070"></a><span class="lineno">   70</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config.html">DiffConfig</a> config;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00071" name="l00071"></a><span class="lineno">   71</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Identifiable, DiffConfig&gt;</a> diff0(config);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00072" name="l00072"></a><span class="lineno">   72</span>    diff0(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00073" name="l00073"></a><span class="lineno">   73</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(diff0) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00073" name="l00073"></a><span class="lineno">   73</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(diff0) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00074" name="l00074"></a><span class="lineno">   74</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(diff0);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00075" name="l00075"></a><span class="lineno">   75</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00076" name="l00076"></a><span class="lineno">   76</span>    config.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html#a0bd80b8e3b2040ffdcdbcf77f9a6cf8c">ignoreVersions</a> = <span class="keyword">true</span>;   </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00077" name="l00077"></a><span class="lineno">   77</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Identifiable, DiffConfig&gt;</a> diff1(config);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00078" name="l00078"></a><span class="lineno">   78</span>    diff1(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00079" name="l00079"></a><span class="lineno">   79</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(diff1) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00079" name="l00079"></a><span class="lineno">   79</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(diff1) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00080" name="l00080"></a><span class="lineno">   80</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!diff1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00081" name="l00081"></a><span class="lineno">   81</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00082" name="l00082"></a><span class="lineno">   82</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable.html#a050b8b44c98433f61a7c712cefe7d9e1">id</a> += <span class="stringliteral">&quot;x&quot;</span>; <span class="comment">// no longer looks like one of our version strings</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00083" name="l00083"></a><span class="lineno">   83</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Identifiable, DiffConfig&gt;</a> diff2(config);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00084" name="l00084"></a><span class="lineno">   84</span>    diff2(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00085" name="l00085"></a><span class="lineno">   85</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(diff2) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00085" name="l00085"></a><span class="lineno">   85</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(diff2) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00086" name="l00086"></a><span class="lineno">   86</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(diff2);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00087" name="l00087"></a><span class="lineno">   87</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00088" name="l00088"></a><span class="lineno">   88</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00089" name="l00089"></a><span class="lineno">   89</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00090" name="l00090"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ab50e6dd44ba1f634a222d2212e169b10">   90</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ab50e6dd44ba1f634a222d2212e169b10">testFragmentArray</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00090" name="l00090"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ab50e6dd44ba1f634a222d2212e169b10">   90</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ab50e6dd44ba1f634a222d2212e169b10">testFragmentArray</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00091" name="l00091"></a><span class="lineno">   91</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00092" name="l00092"></a><span class="lineno">   92</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testFragmentArray()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00092" name="l00092"></a><span class="lineno">   92</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testFragmentArray()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00093" name="l00093"></a><span class="lineno">   93</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00094" name="l00094"></a><span class="lineno">   94</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_fragment_array.html">FragmentArray</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00095" name="l00095"></a><span class="lineno">   95</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00096" name="l00096"></a><span class="lineno">   96</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_fragment_array.html#a17139c01d9ed0dd90118f9c02b05dc9e">values</a>.push_back(1.0);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00097" name="l00097"></a><span class="lineno">   97</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_fragment_array.html#a317db7059dc504060d7e7bc6d7521626">measurePtr</a> = MeasurePtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_measure.html">Measure</a>(<span class="stringliteral">&quot;Measure_ref&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00098" name="l00098"></a><span class="lineno">   98</span>    b = a;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00099" name="l00099"></a><span class="lineno">   99</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00100" name="l00100"></a><span class="lineno">  100</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;FragmentArray, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00101" name="l00101"></a><span class="lineno">  101</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00102" name="l00102"></a><span class="lineno">  102</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00102" name="l00102"></a><span class="lineno">  102</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00103" name="l00103"></a><span class="lineno">  103</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00104" name="l00104"></a><span class="lineno">  104</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_fragment_array.html#a17139c01d9ed0dd90118f9c02b05dc9e">values</a>.push_back(2.1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00105" name="l00105"></a><span class="lineno">  105</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_fragment_array.html#a17139c01d9ed0dd90118f9c02b05dc9e">values</a>.push_back(2.0);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00106" name="l00106"></a><span class="lineno">  106</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_fragment_array.html#a317db7059dc504060d7e7bc6d7521626">measurePtr</a> = MeasurePtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_measure.html">Measure</a>(<span class="stringliteral">&quot;fer_erusaeM&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00107" name="l00107"></a><span class="lineno">  107</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00108" name="l00108"></a><span class="lineno">  108</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00109" name="l00109"></a><span class="lineno">  109</span>    <span class="comment">// a diff was found</span></div>
│ │ │ │ @@ -166,87 +166,87 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00118" name="l00118"></a><span class="lineno">  118</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(-0.1, <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.values[1], 1e-6);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00119" name="l00119"></a><span class="lineno">  119</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00120" name="l00120"></a><span class="lineno">  120</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.measurePtr.get());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00121" name="l00121"></a><span class="lineno">  121</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.measurePtr-&gt;id == <span class="stringliteral">&quot;Measure_ref&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00122" name="l00122"></a><span class="lineno">  122</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.measurePtr.get());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00123" name="l00123"></a><span class="lineno">  123</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.measurePtr-&gt;id == <span class="stringliteral">&quot;fer_erusaeM&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00124" name="l00124"></a><span class="lineno">  124</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00125" name="l00125"></a><span class="lineno">  125</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00125" name="l00125"></a><span class="lineno">  125</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00126" name="l00126"></a><span class="lineno">  126</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00127" name="l00127"></a><span class="lineno">  127</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00128" name="l00128"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a9dbec95392ecb039dfef2d6eb5b8f41c">  128</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a9dbec95392ecb039dfef2d6eb5b8f41c">testIonType</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00128" name="l00128"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a9dbec95392ecb039dfef2d6eb5b8f41c">  128</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a9dbec95392ecb039dfef2d6eb5b8f41c">testIonType</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00129" name="l00129"></a><span class="lineno">  129</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00130" name="l00130"></a><span class="lineno">  130</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testIonType()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00130" name="l00130"></a><span class="lineno">  130</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testIonType()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00131" name="l00131"></a><span class="lineno">  131</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00132" name="l00132"></a><span class="lineno">  132</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_ion_type.html">IonType</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00133" name="l00133"></a><span class="lineno">  133</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_ion_type.html#a197486c0f690befaefde27065fbd7182">index</a>.push_back(1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00134" name="l00134"></a><span class="lineno">  134</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_ion_type.html#aad5035ba001be10211a2d7a1acc32328">charge</a> = 1;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00135" name="l00135"></a><span class="lineno">  135</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#ae6e35653318b4d87deedb705b3397d63">cvid</a> = <a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#abf28182a4d3f0873824398a41f7ef9d5">MS_frag__a_ion</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00136" name="l00136"></a><span class="lineno">  136</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_ion_type.html#a239cdc2042a680da516d51b35be00b2d">fragmentArray</a>.push_back(FragmentArrayPtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_fragment_array.html">FragmentArray</a>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00137" name="l00137"></a><span class="lineno">  137</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00138" name="l00138"></a><span class="lineno">  138</span>    b = a;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00139" name="l00139"></a><span class="lineno">  139</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00140" name="l00140"></a><span class="lineno">  140</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;IonType, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00141" name="l00141"></a><span class="lineno">  141</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00142" name="l00142"></a><span class="lineno">  142</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &amp;&amp; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00142" name="l00142"></a><span class="lineno">  142</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &amp;&amp; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00143" name="l00143"></a><span class="lineno">  143</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00144" name="l00144"></a><span class="lineno">  144</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_ion_type.html#a197486c0f690befaefde27065fbd7182">index</a>.back() = 2;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00145" name="l00145"></a><span class="lineno">  145</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_ion_type.html#aad5035ba001be10211a2d7a1acc32328">charge</a> = 2;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00146" name="l00146"></a><span class="lineno">  146</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#ae6e35653318b4d87deedb705b3397d63">cvid</a> = <a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a5fbac92a3dce56486d09d696c3f357cd">MS_frag__z_ion</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00147" name="l00147"></a><span class="lineno">  147</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_ion_type.html#a239cdc2042a680da516d51b35be00b2d">fragmentArray</a>.push_back(FragmentArrayPtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_fragment_array.html">FragmentArray</a>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00148" name="l00148"></a><span class="lineno">  148</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_ion_type.html#a239cdc2042a680da516d51b35be00b2d">fragmentArray</a>.back()-&gt;measurePtr = MeasurePtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_measure.html">Measure</a>(<span class="stringliteral">&quot;Graduated_cylinder&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00149" name="l00149"></a><span class="lineno">  149</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00150" name="l00150"></a><span class="lineno">  150</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00151" name="l00151"></a><span class="lineno">  151</span>    <span class="comment">// a diff was found</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00152" name="l00152"></a><span class="lineno">  152</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00153" name="l00153"></a><span class="lineno">  153</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00153" name="l00153"></a><span class="lineno">  153</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00154" name="l00154"></a><span class="lineno">  154</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00155" name="l00155"></a><span class="lineno">  155</span>    <span class="comment">// and correctly</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00156" name="l00156"></a><span class="lineno">  156</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.index.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00157" name="l00157"></a><span class="lineno">  157</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.index.size() == 1);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00158" name="l00158"></a><span class="lineno">  158</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(*<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.index.begin(), 1.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00159" name="l00159"></a><span class="lineno">  159</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(*<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.index.begin(), 2.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00160" name="l00160"></a><span class="lineno">  160</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.charge, 1.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00161" name="l00161"></a><span class="lineno">  161</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.charge, 2.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00158" name="l00158"></a><span class="lineno">  158</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(*<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.index.begin(), 1.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00159" name="l00159"></a><span class="lineno">  159</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(*<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.index.begin(), 2.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00160" name="l00160"></a><span class="lineno">  160</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.charge, 1.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00161" name="l00161"></a><span class="lineno">  161</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.charge, 2.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00162" name="l00162"></a><span class="lineno">  162</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.cvid == <a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#abf28182a4d3f0873824398a41f7ef9d5">MS_frag__a_ion</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00163" name="l00163"></a><span class="lineno">  163</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.cvid == <a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a5fbac92a3dce56486d09d696c3f357cd">MS_frag__z_ion</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00164" name="l00164"></a><span class="lineno">  164</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.fragmentArray.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00165" name="l00165"></a><span class="lineno">  165</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.fragmentArray.back()-&gt;measurePtr.get());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00166" name="l00166"></a><span class="lineno">  166</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.fragmentArray.back()-&gt;measurePtr-&gt;id == <span class="stringliteral">&quot;Graduated_cylinder&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00167" name="l00167"></a><span class="lineno">  167</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00168" name="l00168"></a><span class="lineno">  168</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00169" name="l00169"></a><span class="lineno">  169</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00170" name="l00170"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#afc11e34032ac4a576637b9141bd0c91e">  170</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#afc11e34032ac4a576637b9141bd0c91e">testMeasure</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00170" name="l00170"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#afc11e34032ac4a576637b9141bd0c91e">  170</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#afc11e34032ac4a576637b9141bd0c91e">testMeasure</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00171" name="l00171"></a><span class="lineno">  171</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00172" name="l00172"></a><span class="lineno">  172</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testMeasure()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00172" name="l00172"></a><span class="lineno">  172</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testMeasure()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00173" name="l00173"></a><span class="lineno">  173</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00174" name="l00174"></a><span class="lineno">  174</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_measure.html">Measure</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00175" name="l00175"></a><span class="lineno">  175</span>    a.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a32e5e24ad8d7ba4dc5ed3fb7ba27ecbc">MS_product_ion_m_z</a>, 200);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00176" name="l00176"></a><span class="lineno">  176</span>    b = a;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00177" name="l00177"></a><span class="lineno">  177</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00178" name="l00178"></a><span class="lineno">  178</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Measure, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00179" name="l00179"></a><span class="lineno">  179</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00180" name="l00180"></a><span class="lineno">  180</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00181" name="l00181"></a><span class="lineno">  181</span>    b.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#afa242fceb5f785141c224ac805260dd7">MS_product_ion_intensity</a>, 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00182" name="l00182"></a><span class="lineno">  182</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00183" name="l00183"></a><span class="lineno">  183</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00184" name="l00184"></a><span class="lineno">  184</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00184" name="l00184"></a><span class="lineno">  184</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00185" name="l00185"></a><span class="lineno">  185</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00186" name="l00186"></a><span class="lineno">  186</span>    <span class="comment">// diff was found</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00187" name="l00187"></a><span class="lineno">  187</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00188" name="l00188"></a><span class="lineno">  188</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00189" name="l00189"></a><span class="lineno">  189</span>    <span class="comment">// and correctly</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00190" name="l00190"></a><span class="lineno">  190</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.cvParams.size() == 0);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00191" name="l00191"></a><span class="lineno">  191</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.cvParams.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00192" name="l00192"></a><span class="lineno">  192</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.hasCVParam(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#afa242fceb5f785141c224ac805260dd7">MS_product_ion_intensity</a>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00193" name="l00193"></a><span class="lineno">  193</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00194" name="l00194"></a><span class="lineno">  194</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00195" name="l00195"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a171f8d901fc1b9e3866724cc48c8b89d">  195</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a171f8d901fc1b9e3866724cc48c8b89d">testSearchModification</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00195" name="l00195"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a171f8d901fc1b9e3866724cc48c8b89d">  195</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a171f8d901fc1b9e3866724cc48c8b89d">testSearchModification</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00196" name="l00196"></a><span class="lineno">  196</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00197" name="l00197"></a><span class="lineno">  197</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSearchModification()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00197" name="l00197"></a><span class="lineno">  197</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSearchModification()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00198" name="l00198"></a><span class="lineno">  198</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00199" name="l00199"></a><span class="lineno">  199</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_search_modification.html">SearchModification</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00200" name="l00200"></a><span class="lineno">  200</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00201" name="l00201"></a><span class="lineno">  201</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_search_modification.html#aca3c7c3ff4f3729066f5c4a99a1d47b2">massDelta</a> = 1;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00202" name="l00202"></a><span class="lineno">  202</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_search_modification.html#aa26733e4773fac1162fbddbacfa3df36">residues</a>.push_back(<span class="charliteral">&#39;A&#39;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00203" name="l00203"></a><span class="lineno">  203</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_search_modification.html#aa26733e4773fac1162fbddbacfa3df36">residues</a>.push_back(<span class="charliteral">&#39;B&#39;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00204" name="l00204"></a><span class="lineno">  204</span>    a.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a659ed1245da17b73f868f7478b2a0c9d">UNIMOD_Gln__pyro_Glu</a>);</div>
│ │ │ │ @@ -257,39 +257,39 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00209" name="l00209"></a><span class="lineno">  209</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00210" name="l00210"></a><span class="lineno">  210</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_search_modification.html#aca3c7c3ff4f3729066f5c4a99a1d47b2">massDelta</a> = 10;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00211" name="l00211"></a><span class="lineno">  211</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_search_modification.html#aa26733e4773fac1162fbddbacfa3df36">residues</a>.push_back(<span class="charliteral">&#39;C&#39;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00212" name="l00212"></a><span class="lineno">  212</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">cvParams</a>.clear();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00213" name="l00213"></a><span class="lineno">  213</span>    b.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a527b2f6ae90757820b94dbd5dd7a4926">UNIMOD_Oxidation</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00214" name="l00214"></a><span class="lineno">  214</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00215" name="l00215"></a><span class="lineno">  215</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00216" name="l00216"></a><span class="lineno">  216</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00216" name="l00216"></a><span class="lineno">  216</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00217" name="l00217"></a><span class="lineno">  217</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00218" name="l00218"></a><span class="lineno">  218</span>    <span class="comment">// diff was found</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00219" name="l00219"></a><span class="lineno">  219</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00220" name="l00220"></a><span class="lineno">  220</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00221" name="l00221"></a><span class="lineno">  221</span>    <span class="comment">// and correctly</span></div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00222" name="l00222"></a><span class="lineno">  222</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.massDelta, 9, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00223" name="l00223"></a><span class="lineno">  223</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.massDelta, 9, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00222" name="l00222"></a><span class="lineno">  222</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.massDelta, 9, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00223" name="l00223"></a><span class="lineno">  223</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.massDelta, 9, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00224" name="l00224"></a><span class="lineno">  224</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.residues.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00225" name="l00225"></a><span class="lineno">  225</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.residues.size() == 1 &amp;&amp; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.residues[0] == <span class="charliteral">&#39;C&#39;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00226" name="l00226"></a><span class="lineno">  226</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.cvParams.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00227" name="l00227"></a><span class="lineno">  227</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.cvParams[0].cvid == <a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a659ed1245da17b73f868f7478b2a0c9d">UNIMOD_Gln__pyro_Glu</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00228" name="l00228"></a><span class="lineno">  228</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.cvParams.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00229" name="l00229"></a><span class="lineno">  229</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.cvParams[0].cvid == <a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a527b2f6ae90757820b94dbd5dd7a4926">UNIMOD_Oxidation</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00230" name="l00230"></a><span class="lineno">  230</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00231" name="l00231"></a><span class="lineno">  231</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00232" name="l00232"></a><span class="lineno">  232</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00233" name="l00233"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#aeb4c6559d6453202c41b7bdd0c0e417c">  233</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#aeb4c6559d6453202c41b7bdd0c0e417c">testPeptideEvidence</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00233" name="l00233"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#aeb4c6559d6453202c41b7bdd0c0e417c">  233</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#aeb4c6559d6453202c41b7bdd0c0e417c">testPeptideEvidence</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00234" name="l00234"></a><span class="lineno">  234</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00235" name="l00235"></a><span class="lineno">  235</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testPeptideEvidence()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00235" name="l00235"></a><span class="lineno">  235</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testPeptideEvidence()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00236" name="l00236"></a><span class="lineno">  236</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00237" name="l00237"></a><span class="lineno">  237</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_evidence.html">PeptideEvidence</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00238" name="l00238"></a><span class="lineno">  238</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00239" name="l00239"></a><span class="lineno">  239</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;PeptideEvidence, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00240" name="l00240"></a><span class="lineno">  240</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00240" name="l00240"></a><span class="lineno">  240</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00241" name="l00241"></a><span class="lineno">  241</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00242" name="l00242"></a><span class="lineno">  242</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00243" name="l00243"></a><span class="lineno">  243</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_evidence.html#a25c6e38d80983b57fcdd44632cd76e9a">dbSequencePtr</a> = DBSequencePtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_d_b_sequence.html">DBSequence</a>(<span class="stringliteral">&quot;DBSequence_ref&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00244" name="l00244"></a><span class="lineno">  244</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_evidence.html#a9f47da8defc5bd6c2cd41857aad7b596">start</a> = 1;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00245" name="l00245"></a><span class="lineno">  245</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_evidence.html#ad80a4451c1049c39f2eb31d4039c6ea2">end</a> = 6;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00246" name="l00246"></a><span class="lineno">  246</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_evidence.html#a1c6196a6500a24e0ba3692919507276a">pre</a> = <span class="charliteral">&#39;-&#39;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00247" name="l00247"></a><span class="lineno">  247</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_evidence.html#ac796a3f0b2ca070aa70e0b35789e610e">post</a> = <span class="charliteral">&#39;-&#39;</span>;</div>
│ │ │ │ @@ -309,50 +309,50 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00261" name="l00261"></a><span class="lineno">  261</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_evidence.html#ac796a3f0b2ca070aa70e0b35789e610e">post</a> = <span class="charliteral">&#39;A&#39;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00262" name="l00262"></a><span class="lineno">  262</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_evidence.html#af40d5c25cbf28986efd8d9a6aa65a16d">translationTablePtr</a> = TranslationTablePtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_translation_table.html">TranslationTable</a>(<span class="stringliteral">&quot;fer_elbaTnoitalsnarT&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00263" name="l00263"></a><span class="lineno">  263</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_evidence.html#a2a81ab7ab169bd533088d9f54852d16f">frame</a> = 1;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00264" name="l00264"></a><span class="lineno">  264</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_evidence.html#a49f4012da2a2d8c14856eb362f83d341">isDecoy</a> = <span class="keyword">false</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00265" name="l00265"></a><span class="lineno">  265</span>    b.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#ad538bb606de0591279b3d362782e984e">MS_Mascot_expectation_value</a>, 0.0268534444565851);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00266" name="l00266"></a><span class="lineno">  266</span> </div>
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│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00305" name="l00305"></a><span class="lineno">  305</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_ambiguity_group.html">ProteinAmbiguityGroup</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00306" name="l00306"></a><span class="lineno">  306</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00307" name="l00307"></a><span class="lineno">  307</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_ambiguity_group.html#a2f64d2f3c0b7eba38fc62f5237ebfd1a">proteinDetectionHypothesis</a>.push_back(ProteinDetectionHypothesisPtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_hypothesis.html">ProteinDetectionHypothesis</a>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00308" name="l00308"></a><span class="lineno">  308</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_ambiguity_group.html#a2f64d2f3c0b7eba38fc62f5237ebfd1a">proteinDetectionHypothesis</a>.back()-&gt;dbSequencePtr = DBSequencePtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_d_b_sequence.html">DBSequence</a>(<span class="stringliteral">&quot;DBSequence_ref&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00309" name="l00309"></a><span class="lineno">  309</span>    a.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#abe9d1a5908b534805324b8cee2ba3c96">MS_Mascot_score</a>, 164.4);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00310" name="l00310"></a><span class="lineno">  310</span>    b = a;</div>
│ │ │ │ @@ -360,15 +360,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00312" name="l00312"></a><span class="lineno">  312</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;ProteinAmbiguityGroup, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00313" name="l00313"></a><span class="lineno">  313</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00314" name="l00314"></a><span class="lineno">  314</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00315" name="l00315"></a><span class="lineno">  315</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_ambiguity_group.html#a2f64d2f3c0b7eba38fc62f5237ebfd1a">proteinDetectionHypothesis</a>.clear();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00316" name="l00316"></a><span class="lineno">  316</span>    b.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#ad538bb606de0591279b3d362782e984e">MS_Mascot_expectation_value</a>, 0.0268534444565851);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00317" name="l00317"></a><span class="lineno">  317</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00318" name="l00318"></a><span class="lineno">  318</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00319" name="l00319"></a><span class="lineno">  319</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00319" name="l00319"></a><span class="lineno">  319</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00320" name="l00320"></a><span class="lineno">  320</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00321" name="l00321"></a><span class="lineno">  321</span>    <span class="comment">// a diff was found</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00322" name="l00322"></a><span class="lineno">  322</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00323" name="l00323"></a><span class="lineno">  323</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00324" name="l00324"></a><span class="lineno">  324</span>    <span class="comment">// and correctly</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00325" name="l00325"></a><span class="lineno">  325</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.proteinDetectionHypothesis.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00326" name="l00326"></a><span class="lineno">  326</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.proteinDetectionHypothesis.size() == 0);</div>
│ │ │ │ @@ -376,29 +376,29 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00328" name="l00328"></a><span class="lineno">  328</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.cvParams.size() == 0);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00329" name="l00329"></a><span class="lineno">  329</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.cvParams.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00330" name="l00330"></a><span class="lineno">  330</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.hasCVParam(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#ad538bb606de0591279b3d362782e984e">MS_Mascot_expectation_value</a>)); <span class="comment">// TODO check vals also?</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00331" name="l00331"></a><span class="lineno">  331</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00332" name="l00332"></a><span class="lineno">  332</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00333" name="l00333"></a><span class="lineno">  333</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00334" name="l00334"></a><span class="lineno">  334</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00335" name="l00335"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a8d7f53201e88e1fe071641592ac6e946">  335</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a8d7f53201e88e1fe071641592ac6e946">testPeptideHypothesis</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00335" name="l00335"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a8d7f53201e88e1fe071641592ac6e946">  335</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a8d7f53201e88e1fe071641592ac6e946">testPeptideHypothesis</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00336" name="l00336"></a><span class="lineno">  336</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00337" name="l00337"></a><span class="lineno">  337</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testPeptideHypothesis()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00337" name="l00337"></a><span class="lineno">  337</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testPeptideHypothesis()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00338" name="l00338"></a><span class="lineno">  338</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00339" name="l00339"></a><span class="lineno">  339</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_hypothesis.html">PeptideHypothesis</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00340" name="l00340"></a><span class="lineno">  340</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;PeptideHypothesis, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00341" name="l00341"></a><span class="lineno">  341</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00342" name="l00342"></a><span class="lineno">  342</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00343" name="l00343"></a><span class="lineno">  343</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_hypothesis.html#a21506fbfb3d919cd4e61fc6342e9d919">peptideEvidencePtr</a> = PeptideEvidencePtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_evidence.html">PeptideEvidence</a>(<span class="stringliteral">&quot;pe_a&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00344" name="l00344"></a><span class="lineno">  344</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_hypothesis.html#a500a051f27e16a5bf027bfbf1abb53d2">spectrumIdentificationItemPtr</a>.push_back(SpectrumIdentificationItemPtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_item.html">SpectrumIdentificationItem</a>(<span class="stringliteral">&quot;sii_a&quot;</span>)));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00345" name="l00345"></a><span class="lineno">  345</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_hypothesis.html#a21506fbfb3d919cd4e61fc6342e9d919">peptideEvidencePtr</a> = PeptideEvidencePtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_evidence.html">PeptideEvidence</a>(<span class="stringliteral">&quot;pe_b&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00346" name="l00346"></a><span class="lineno">  346</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_hypothesis.html#a500a051f27e16a5bf027bfbf1abb53d2">spectrumIdentificationItemPtr</a>.push_back(SpectrumIdentificationItemPtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_item.html">SpectrumIdentificationItem</a>(<span class="stringliteral">&quot;sii_b&quot;</span>)));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00347" name="l00347"></a><span class="lineno">  347</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00348" name="l00348"></a><span class="lineno">  348</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00349" name="l00349"></a><span class="lineno">  349</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00349" name="l00349"></a><span class="lineno">  349</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00350" name="l00350"></a><span class="lineno">  350</span>    </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00351" name="l00351"></a><span class="lineno">  351</span>    <span class="comment">// a diff was found</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00352" name="l00352"></a><span class="lineno">  352</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00353" name="l00353"></a><span class="lineno">  353</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00354" name="l00354"></a><span class="lineno">  354</span>    <span class="comment">// and correctly</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00355" name="l00355"></a><span class="lineno">  355</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.peptideEvidencePtr.get());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00356" name="l00356"></a><span class="lineno">  356</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.peptideEvidencePtr-&gt;id ==<span class="stringliteral">&quot;pe_a&quot;</span>);</div>
│ │ │ │ @@ -407,17 +407,17 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00359" name="l00359"></a><span class="lineno">  359</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.spectrumIdentificationItemPtr.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00360" name="l00360"></a><span class="lineno">  360</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.spectrumIdentificationItemPtr.back()-&gt;id ==<span class="stringliteral">&quot;sii_a&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00361" name="l00361"></a><span class="lineno">  361</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.spectrumIdentificationItemPtr.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00362" name="l00362"></a><span class="lineno">  362</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.spectrumIdentificationItemPtr.back()-&gt;id == <span class="stringliteral">&quot;sii_b&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00363" name="l00363"></a><span class="lineno">  363</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00364" name="l00364"></a><span class="lineno">  364</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00365" name="l00365"></a><span class="lineno">  365</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00366" name="l00366"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a467cc13e2a2464cd21c797a30fc59ffe">  366</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a467cc13e2a2464cd21c797a30fc59ffe">testProteinDetectionHypothesis</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00366" name="l00366"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a467cc13e2a2464cd21c797a30fc59ffe">  366</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a467cc13e2a2464cd21c797a30fc59ffe">testProteinDetectionHypothesis</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00367" name="l00367"></a><span class="lineno">  367</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00368" name="l00368"></a><span class="lineno">  368</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testProteinDetectionHypothesis()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00368" name="l00368"></a><span class="lineno">  368</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testProteinDetectionHypothesis()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00369" name="l00369"></a><span class="lineno">  369</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00370" name="l00370"></a><span class="lineno">  370</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_hypothesis.html">ProteinDetectionHypothesis</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00371" name="l00371"></a><span class="lineno">  371</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;ProteinDetectionHypothesis, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00372" name="l00372"></a><span class="lineno">  372</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00373" name="l00373"></a><span class="lineno">  373</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00374" name="l00374"></a><span class="lineno">  374</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_hypothesis.html#a35308402bdd97f5c029da9dc8be1c399">dbSequencePtr</a> = DBSequencePtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_d_b_sequence.html">DBSequence</a>(<span class="stringliteral">&quot;DBSequence_ref&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00375" name="l00375"></a><span class="lineno">  375</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_hypothesis.html#a35308402bdd97f5c029da9dc8be1c399">dbSequencePtr</a> = DBSequencePtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_d_b_sequence.html">DBSequence</a>(<span class="stringliteral">&quot;fer_ecneuqeSBD&quot;</span>));</div>
│ │ │ │ @@ -430,15 +430,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00382" name="l00382"></a><span class="lineno">  382</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_hypothesis.html#a0d9976b587b7b8684d6d57bf744add8a">peptideHypothesis</a>.back().spectrumIdentificationItemPtr.push_back(SpectrumIdentificationItemPtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_item.html">SpectrumIdentificationItem</a>(<span class="stringliteral">&quot;sii_a&quot;</span>)));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00383" name="l00383"></a><span class="lineno">  383</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_hypothesis.html#a0d9976b587b7b8684d6d57bf744add8a">peptideHypothesis</a>.back().peptideEvidencePtr = PeptideEvidencePtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_evidence.html">PeptideEvidence</a>(<span class="stringliteral">&quot;pe_b&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00384" name="l00384"></a><span class="lineno">  384</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_hypothesis.html#a0d9976b587b7b8684d6d57bf744add8a">peptideHypothesis</a>.back().spectrumIdentificationItemPtr.push_back(SpectrumIdentificationItemPtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_item.html">SpectrumIdentificationItem</a>(<span class="stringliteral">&quot;sii_b&quot;</span>)));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00385" name="l00385"></a><span class="lineno">  385</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00386" name="l00386"></a><span class="lineno">  386</span>    a.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#ad538bb606de0591279b3d362782e984e">MS_Mascot_expectation_value</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00387" name="l00387"></a><span class="lineno">  387</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00388" name="l00388"></a><span class="lineno">  388</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00389" name="l00389"></a><span class="lineno">  389</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00389" name="l00389"></a><span class="lineno">  389</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00390" name="l00390"></a><span class="lineno">  390</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00391" name="l00391"></a><span class="lineno">  391</span>    <span class="comment">// a diff was found</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00392" name="l00392"></a><span class="lineno">  392</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00393" name="l00393"></a><span class="lineno">  393</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00394" name="l00394"></a><span class="lineno">  394</span>    <span class="comment">// and correctly</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00395" name="l00395"></a><span class="lineno">  395</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.dbSequencePtr.get());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00396" name="l00396"></a><span class="lineno">  396</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.dbSequencePtr-&gt;id ==<span class="stringliteral">&quot;DBSequence_ref&quot;</span>);</div>
│ │ │ │ @@ -456,67 +456,67 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00408" name="l00408"></a><span class="lineno">  408</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.peptideHypothesis.back().spectrumIdentificationItemPtr.back()-&gt;id == <span class="stringliteral">&quot;sii_b&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00409" name="l00409"></a><span class="lineno">  409</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.cvParams.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00410" name="l00410"></a><span class="lineno">  410</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.cvParams.size() == 0);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00411" name="l00411"></a><span class="lineno">  411</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.hasCVParam(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#ad538bb606de0591279b3d362782e984e">MS_Mascot_expectation_value</a>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00412" name="l00412"></a><span class="lineno">  412</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00413" name="l00413"></a><span class="lineno">  413</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00414" name="l00414"></a><span class="lineno">  414</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00415" name="l00415"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#af5e764972216766143d88b9497827f7c">  415</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#af5e764972216766143d88b9497827f7c">testSpectrumIdentificationList</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00415" name="l00415"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#af5e764972216766143d88b9497827f7c">  415</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#af5e764972216766143d88b9497827f7c">testSpectrumIdentificationList</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00416" name="l00416"></a><span class="lineno">  416</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00417" name="l00417"></a><span class="lineno">  417</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSpectrumIdentificationList()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00417" name="l00417"></a><span class="lineno">  417</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSpectrumIdentificationList()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00418" name="l00418"></a><span class="lineno">  418</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00419" name="l00419"></a><span class="lineno">  419</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_list.html">SpectrumIdentificationList</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00420" name="l00420"></a><span class="lineno">  420</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;SpectrumIdentificationList, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00421" name="l00421"></a><span class="lineno">  421</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00422" name="l00422"></a><span class="lineno">  422</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00423" name="l00423"></a><span class="lineno">  423</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_list.html#ab4bfd9e5e1e7dd92322876f74c13b8ce">numSequencesSearched</a> = 9;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00424" name="l00424"></a><span class="lineno">  424</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_list.html#ab4bfd9e5e1e7dd92322876f74c13b8ce">numSequencesSearched</a> = 5;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00425" name="l00425"></a><span class="lineno">  425</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00426" name="l00426"></a><span class="lineno">  426</span>    MeasurePtr <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#afc11e34032ac4a576637b9141bd0c91e">testMeasure</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_measure.html">Measure</a>());</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00427" name="l00427"></a><span class="lineno">  427</span>    <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#afc11e34032ac4a576637b9141bd0c91e">testMeasure</a>-&gt;set(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#ad538bb606de0591279b3d362782e984e">MS_Mascot_expectation_value</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00428" name="l00428"></a><span class="lineno">  428</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_list.html#a83b35e89fe03c50e0b69717adfc8770c">fragmentationTable</a>.push_back(<a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#afc11e34032ac4a576637b9141bd0c91e">testMeasure</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00426" name="l00426"></a><span class="lineno">  426</span>    MeasurePtr <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#afc11e34032ac4a576637b9141bd0c91e">testMeasure</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_measure.html">Measure</a>());</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00427" name="l00427"></a><span class="lineno">  427</span>    <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#afc11e34032ac4a576637b9141bd0c91e">testMeasure</a>-&gt;set(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#ad538bb606de0591279b3d362782e984e">MS_Mascot_expectation_value</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00428" name="l00428"></a><span class="lineno">  428</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_list.html#a83b35e89fe03c50e0b69717adfc8770c">fragmentationTable</a>.push_back(<a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#afc11e34032ac4a576637b9141bd0c91e">testMeasure</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00429" name="l00429"></a><span class="lineno">  429</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00430" name="l00430"></a><span class="lineno">  430</span>    SpectrumIdentificationResultPtr testSIRPtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_result.html">SpectrumIdentificationResult</a>());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00431" name="l00431"></a><span class="lineno">  431</span>    testSIRPtr-&gt;set(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#ad538bb606de0591279b3d362782e984e">MS_Mascot_expectation_value</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00432" name="l00432"></a><span class="lineno">  432</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_list.html#a6fca7937b41a9a69e747cc4a5ca2539a">spectrumIdentificationResult</a>.push_back(testSIRPtr);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00433" name="l00433"></a><span class="lineno">  433</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00434" name="l00434"></a><span class="lineno">  434</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00435" name="l00435"></a><span class="lineno">  435</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00435" name="l00435"></a><span class="lineno">  435</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
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│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00437" name="l00437"></a><span class="lineno">  437</span>    <span class="comment">// a diff was found</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00438" name="l00438"></a><span class="lineno">  438</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00439" name="l00439"></a><span class="lineno">  439</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00440" name="l00440"></a><span class="lineno">  440</span>    <span class="comment">// and correctly</span></div>
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│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00441" name="l00441"></a><span class="lineno">  441</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.numSequencesSearched,9.0,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00442" name="l00442"></a><span class="lineno">  442</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.numSequencesSearched,5.0,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00443" name="l00443"></a><span class="lineno">  443</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.fragmentationTable.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00444" name="l00444"></a><span class="lineno">  444</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.fragmentationTable.size() == 0);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00445" name="l00445"></a><span class="lineno">  445</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.fragmentationTable.back()-&gt;hasCVParam(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#ad538bb606de0591279b3d362782e984e">MS_Mascot_expectation_value</a>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00446" name="l00446"></a><span class="lineno">  446</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.spectrumIdentificationResult.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00447" name="l00447"></a><span class="lineno">  447</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.spectrumIdentificationResult.size() == 0);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00448" name="l00448"></a><span class="lineno">  448</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.spectrumIdentificationResult.back()-&gt;hasCVParam(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#ad538bb606de0591279b3d362782e984e">MS_Mascot_expectation_value</a>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00449" name="l00449"></a><span class="lineno">  449</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00450" name="l00450"></a><span class="lineno">  450</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00451" name="l00451"></a><span class="lineno">  451</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00452" name="l00452"></a><span class="lineno">  452</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00453" name="l00453"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a4d4929b1aa5964438db41e09ea0fe81d">  453</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a4d4929b1aa5964438db41e09ea0fe81d">testProteinDetectionList</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00453" name="l00453"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a4d4929b1aa5964438db41e09ea0fe81d">  453</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a4d4929b1aa5964438db41e09ea0fe81d">testProteinDetectionList</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00454" name="l00454"></a><span class="lineno">  454</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00455" name="l00455"></a><span class="lineno">  455</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testProteinDetectionList()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00455" name="l00455"></a><span class="lineno">  455</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testProteinDetectionList()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00456" name="l00456"></a><span class="lineno">  456</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00457" name="l00457"></a><span class="lineno">  457</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_list.html">ProteinDetectionList</a> a,b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00458" name="l00458"></a><span class="lineno">  458</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;ProteinDetectionList, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00459" name="l00459"></a><span class="lineno">  459</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00460" name="l00460"></a><span class="lineno">  460</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00461" name="l00461"></a><span class="lineno">  461</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_list.html#a4b146125bedbd335cdee0eed65e7e341">proteinAmbiguityGroup</a>.push_back(ProteinAmbiguityGroupPtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_ambiguity_group.html">ProteinAmbiguityGroup</a>()));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00462" name="l00462"></a><span class="lineno">  462</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_list.html#a4b146125bedbd335cdee0eed65e7e341">proteinAmbiguityGroup</a>.back()-&gt;set(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#ad538bb606de0591279b3d362782e984e">MS_Mascot_expectation_value</a>, 0.0268534444565851);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00463" name="l00463"></a><span class="lineno">  463</span>    a.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a5fbac92a3dce56486d09d696c3f357cd">MS_frag__z_ion</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00464" name="l00464"></a><span class="lineno">  464</span>    b.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a8b1ff561febdfd4f46fd7f769310b86e">MS_frag__b_ion</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00465" name="l00465"></a><span class="lineno">  465</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00466" name="l00466"></a><span class="lineno">  466</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
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│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00467" name="l00467"></a><span class="lineno">  467</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00468" name="l00468"></a><span class="lineno">  468</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00469" name="l00469"></a><span class="lineno">  469</span>    <span class="comment">// a diff was found</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00470" name="l00470"></a><span class="lineno">  470</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00471" name="l00471"></a><span class="lineno">  471</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00472" name="l00472"></a><span class="lineno">  472</span>    <span class="comment">// and correctly</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00473" name="l00473"></a><span class="lineno">  473</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.proteinAmbiguityGroup.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00474" name="l00474"></a><span class="lineno">  474</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.proteinAmbiguityGroup.size() == 0);</div>
│ │ │ │ @@ -525,52 +525,52 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00477" name="l00477"></a><span class="lineno">  477</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.cvParams.size() == 1);</div>
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│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00480" name="l00480"></a><span class="lineno">  480</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00481" name="l00481"></a><span class="lineno">  481</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00482" name="l00482"></a><span class="lineno">  482</span> </div>
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│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00484" name="l00484"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a41c3740a427544b0fdd3c3f9cfc6bc39">  484</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a41c3740a427544b0fdd3c3f9cfc6bc39">testAnalysisData</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00485" name="l00485"></a><span class="lineno">  485</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00486" name="l00486"></a><span class="lineno">  486</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testAnalysisData()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00486" name="l00486"></a><span class="lineno">  486</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testAnalysisData()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00487" name="l00487"></a><span class="lineno">  487</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00488" name="l00488"></a><span class="lineno">  488</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_analysis_data.html">AnalysisData</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00489" name="l00489"></a><span class="lineno">  489</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;AnalysisData, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00490" name="l00490"></a><span class="lineno">  490</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00491" name="l00491"></a><span class="lineno">  491</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00492" name="l00492"></a><span class="lineno">  492</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_analysis_data.html#a6bd81d02c108678ae630007e6f53e076">spectrumIdentificationList</a>.push_back(boost::shared_ptr&lt;SpectrumIdentificationList&gt;(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_list.html">SpectrumIdentificationList</a>()));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00493" name="l00493"></a><span class="lineno">  493</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_analysis_data.html#a6bd81d02c108678ae630007e6f53e076">spectrumIdentificationList</a>.back()-&gt;numSequencesSearched = 5;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00494" name="l00494"></a><span class="lineno">  494</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_analysis_data.html#a6bd81d02c108678ae630007e6f53e076">spectrumIdentificationList</a>.push_back(boost::shared_ptr&lt;SpectrumIdentificationList&gt;(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_list.html">SpectrumIdentificationList</a>()));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00495" name="l00495"></a><span class="lineno">  495</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_analysis_data.html#a6bd81d02c108678ae630007e6f53e076">spectrumIdentificationList</a>.back()-&gt;numSequencesSearched = 15;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00496" name="l00496"></a><span class="lineno">  496</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00497" name="l00497"></a><span class="lineno">  497</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_analysis_data.html#aa649fa2ef9911f9c098c1d8e6fab3d47">proteinDetectionListPtr</a> = ProteinDetectionListPtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_list.html">ProteinDetectionList</a>(<span class="stringliteral">&quot;rosemary&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00498" name="l00498"></a><span class="lineno">  498</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_analysis_data.html#aa649fa2ef9911f9c098c1d8e6fab3d47">proteinDetectionListPtr</a> = ProteinDetectionListPtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_list.html">ProteinDetectionList</a>(<span class="stringliteral">&quot;sage&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00499" name="l00499"></a><span class="lineno">  499</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00500" name="l00500"></a><span class="lineno">  500</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00501" name="l00501"></a><span class="lineno">  501</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00501" name="l00501"></a><span class="lineno">  501</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00502" name="l00502"></a><span class="lineno">  502</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00503" name="l00503"></a><span class="lineno">  503</span>    <span class="comment">// a diff was found</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00504" name="l00504"></a><span class="lineno">  504</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00505" name="l00505"></a><span class="lineno">  505</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00506" name="l00506"></a><span class="lineno">  506</span>    <span class="comment">// and correctly</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00507" name="l00507"></a><span class="lineno">  507</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.spectrumIdentificationList.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00508" name="l00508"></a><span class="lineno">  508</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.spectrumIdentificationList.size() == 1);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00509" name="l00509"></a><span class="lineno">  509</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.spectrumIdentificationList.back()-&gt;numSequencesSearched, 5.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00510" name="l00510"></a><span class="lineno">  510</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.spectrumIdentificationList.back()-&gt;numSequencesSearched, 15.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00509" name="l00509"></a><span class="lineno">  509</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.spectrumIdentificationList.back()-&gt;numSequencesSearched, 5.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00510" name="l00510"></a><span class="lineno">  510</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.spectrumIdentificationList.back()-&gt;numSequencesSearched, 15.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00511" name="l00511"></a><span class="lineno">  511</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.proteinDetectionListPtr.get());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00512" name="l00512"></a><span class="lineno">  512</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.proteinDetectionListPtr.get());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00513" name="l00513"></a><span class="lineno">  513</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.proteinDetectionListPtr-&gt;id == <span class="stringliteral">&quot;rosemary&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00514" name="l00514"></a><span class="lineno">  514</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.proteinDetectionListPtr-&gt;id == <span class="stringliteral">&quot;sage&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00515" name="l00515"></a><span class="lineno">  515</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00516" name="l00516"></a><span class="lineno">  516</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00517" name="l00517"></a><span class="lineno">  517</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00518" name="l00518"></a><span class="lineno">  518</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00519" name="l00519"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a0945b7ca689b1791492e25e4b466d3fd">  519</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a0945b7ca689b1791492e25e4b466d3fd">testSearchDatabase</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00519" name="l00519"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a0945b7ca689b1791492e25e4b466d3fd">  519</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a0945b7ca689b1791492e25e4b466d3fd">testSearchDatabase</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00520" name="l00520"></a><span class="lineno">  520</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00521" name="l00521"></a><span class="lineno">  521</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSearchDatabase()&quot;</span> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00521" name="l00521"></a><span class="lineno">  521</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSearchDatabase()&quot;</span> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00522" name="l00522"></a><span class="lineno">  522</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00523" name="l00523"></a><span class="lineno">  523</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_search_database.html">SearchDatabase</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00524" name="l00524"></a><span class="lineno">  524</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;SearchDatabase, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00525" name="l00525"></a><span class="lineno">  525</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00526" name="l00526"></a><span class="lineno">  526</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00527" name="l00527"></a><span class="lineno">  527</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_search_database.html#a068526e20566aa7b4603f47ef86e0f79">version</a> = <span class="stringliteral">&quot;1.0&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00528" name="l00528"></a><span class="lineno">  528</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_search_database.html#a068526e20566aa7b4603f47ef86e0f79">version</a> = <span class="stringliteral">&quot;1.1&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ @@ -584,54 +584,54 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00536" name="l00536"></a><span class="lineno">  536</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_search_database.html#ad336b5080924ddb38ca5fd7088cafba9">numResidues</a> = 3;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00537" name="l00537"></a><span class="lineno">  537</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_search_database.html#ad336b5080924ddb38ca5fd7088cafba9">numResidues</a> = 13;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00538" name="l00538"></a><span class="lineno">  538</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00539" name="l00539"></a><span class="lineno">  539</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_search_database.html#a6a6f25b9ddd71d48ce586f7501ea5a10">fileFormat</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#ae6e35653318b4d87deedb705b3397d63">cvid</a> = <a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a5fbac92a3dce56486d09d696c3f357cd">MS_frag__z_ion</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00540" name="l00540"></a><span class="lineno">  540</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_search_database.html#aefbc2e1edc0dd73dac980e619a00422a">databaseName</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a5fbac92a3dce56486d09d696c3f357cd">MS_frag__z_ion</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00541" name="l00541"></a><span class="lineno">  541</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00542" name="l00542"></a><span class="lineno">  542</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00543" name="l00543"></a><span class="lineno">  543</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
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│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00559" name="l00559"></a><span class="lineno">  559</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.fileFormat.cvid == <a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a5fbac92a3dce56486d09d696c3f357cd">MS_frag__z_ion</a>);</div>
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│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00562" name="l00562"></a><span class="lineno">  562</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.databaseName.hasCVParam(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a5fbac92a3dce56486d09d696c3f357cd">MS_frag__z_ion</a>));</div>
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│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00568" name="l00568"></a><span class="lineno">  568</span>{</div>
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│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00569" name="l00569"></a><span class="lineno">  569</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSpectraData()\n&quot;</span> &lt;&lt; endl;</div>
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│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00587" name="l00587"></a><span class="lineno">  587</span>    <span class="comment">// and correctly</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00588" name="l00588"></a><span class="lineno">  588</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.location == <span class="stringliteral">&quot;mahtomedi&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00589" name="l00589"></a><span class="lineno">  589</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.location == <span class="stringliteral">&quot;white_bear_lake&quot;</span>);</div>
│ │ │ │ @@ -642,32 +642,32 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00594" name="l00594"></a><span class="lineno">  594</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.fileFormat.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00595" name="l00595"></a><span class="lineno">  595</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.fileFormat.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00596" name="l00596"></a><span class="lineno">  596</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.fileFormat.cvid == <a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a8b1ff561febdfd4f46fd7f769310b86e">MS_frag__b_ion</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00597" name="l00597"></a><span class="lineno">  597</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00598" name="l00598"></a><span class="lineno">  598</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00599" name="l00599"></a><span class="lineno">  599</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00600" name="l00600"></a><span class="lineno">  600</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00601" name="l00601"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3">  601</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3">testSourceFile</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00601" name="l00601"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3">  601</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3">testSourceFile</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00602" name="l00602"></a><span class="lineno">  602</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00603" name="l00603"></a><span class="lineno">  603</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSourceFile()\n&quot;</span> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00603" name="l00603"></a><span class="lineno">  603</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSourceFile()\n&quot;</span> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00604" name="l00604"></a><span class="lineno">  604</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00605" name="l00605"></a><span class="lineno">  605</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_source_file.html">SourceFile</a> a,b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00606" name="l00606"></a><span class="lineno">  606</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;SourceFile, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00607" name="l00607"></a><span class="lineno">  607</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00608" name="l00608"></a><span class="lineno">  608</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00609" name="l00609"></a><span class="lineno">  609</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_source_file.html#af0608644bfd90b87e33b4134c3fef72c">location</a> = <span class="stringliteral">&quot;madison&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00610" name="l00610"></a><span class="lineno">  610</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_source_file.html#af0608644bfd90b87e33b4134c3fef72c">location</a> = <span class="stringliteral">&quot;middleton&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00611" name="l00611"></a><span class="lineno">  611</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_source_file.html#a83805e62a32395d9ce6f513b2155d1fd">fileFormat</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#ae6e35653318b4d87deedb705b3397d63">cvid</a> = <a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a57c1ce12b5cfe5d9598f23622f68fde5">MS_wolf</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00612" name="l00612"></a><span class="lineno">  612</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_source_file.html#ad2b6fb3743eea096ad2fdd6f4b0e4aea">externalFormatDocumentation</a>.push_back(<span class="stringliteral">&quot;The Idiot&#39;s Guide to External Formats&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00613" name="l00613"></a><span class="lineno">  613</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_source_file.html#ad2b6fb3743eea096ad2fdd6f4b0e4aea">externalFormatDocumentation</a>.push_back(<span class="stringliteral">&quot;External Formats for Dummies&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00614" name="l00614"></a><span class="lineno">  614</span>    a.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#ae58837df7353c919ba5a8a55136c1319">MS_sample_number</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00615" name="l00615"></a><span class="lineno">  615</span>    b.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a012de7dfbdcf10cc7c6f7916989e2a88">MS_sample_name</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00616" name="l00616"></a><span class="lineno">  616</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00617" name="l00617"></a><span class="lineno">  617</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00618" name="l00618"></a><span class="lineno">  618</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00618" name="l00618"></a><span class="lineno">  618</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00619" name="l00619"></a><span class="lineno">  619</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00620" name="l00620"></a><span class="lineno">  620</span>    <span class="comment">// a diff was found</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00621" name="l00621"></a><span class="lineno">  621</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00622" name="l00622"></a><span class="lineno">  622</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00623" name="l00623"></a><span class="lineno">  623</span>    <span class="comment">// and correctly</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00624" name="l00624"></a><span class="lineno">  624</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.location == <span class="stringliteral">&quot;madison&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00625" name="l00625"></a><span class="lineno">  625</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.location == <span class="stringliteral">&quot;middleton&quot;</span>);</div>
│ │ │ │ @@ -682,18 +682,18 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00634" name="l00634"></a><span class="lineno">  634</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.cvParams.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00635" name="l00635"></a><span class="lineno">  635</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.hasCVParam(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#ae58837df7353c919ba5a8a55136c1319">MS_sample_number</a>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00636" name="l00636"></a><span class="lineno">  636</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.hasCVParam(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a012de7dfbdcf10cc7c6f7916989e2a88">MS_sample_name</a>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00637" name="l00637"></a><span class="lineno">  637</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00638" name="l00638"></a><span class="lineno">  638</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00639" name="l00639"></a><span class="lineno">  639</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00640" name="l00640"></a><span class="lineno">  640</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00641" name="l00641"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a232e9008913cc7b8e56fbdefc99d1d93">  641</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a232e9008913cc7b8e56fbdefc99d1d93">testInputs</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00641" name="l00641"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a232e9008913cc7b8e56fbdefc99d1d93">  641</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a232e9008913cc7b8e56fbdefc99d1d93">testInputs</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00642" name="l00642"></a><span class="lineno">  642</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00643" name="l00643"></a><span class="lineno">  643</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00644" name="l00644"></a><span class="lineno">  644</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testInputs()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00644" name="l00644"></a><span class="lineno">  644</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testInputs()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00645" name="l00645"></a><span class="lineno">  645</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00646" name="l00646"></a><span class="lineno">  646</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_inputs.html">Inputs</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00647" name="l00647"></a><span class="lineno">  647</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Inputs, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00648" name="l00648"></a><span class="lineno">  648</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00649" name="l00649"></a><span class="lineno">  649</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00650" name="l00650"></a><span class="lineno">  650</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_inputs.html#a03463f5e49dd65fc57bf61056d6d2108">sourceFile</a>.push_back(<a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#ae17416cf76b238b5675ad9f4d241d604">SourceFilePtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_source_file.html">SourceFile</a>()));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00651" name="l00651"></a><span class="lineno">  651</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_inputs.html#a03463f5e49dd65fc57bf61056d6d2108">sourceFile</a>.back()-&gt;location = <span class="stringliteral">&quot;Sector 9&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ @@ -701,40 +701,40 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00653" name="l00653"></a><span class="lineno">  653</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_inputs.html#a6c1eb288e0f6bfa31a49ba409d3bbaeb">searchDatabase</a>.push_back(SearchDatabasePtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_search_database.html">SearchDatabase</a>()));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00654" name="l00654"></a><span class="lineno">  654</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_inputs.html#a6c1eb288e0f6bfa31a49ba409d3bbaeb">searchDatabase</a>.back()-&gt;numDatabaseSequences = 100;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00655" name="l00655"></a><span class="lineno">  655</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00656" name="l00656"></a><span class="lineno">  656</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_inputs.html#acf4af52555130cbd104dc5ac2e7b31ca">spectraData</a>.push_back(SpectraDataPtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectra_data.html">SpectraData</a>()));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00657" name="l00657"></a><span class="lineno">  657</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_inputs.html#acf4af52555130cbd104dc5ac2e7b31ca">spectraData</a>.back()-&gt;location = <span class="stringliteral">&quot;Cloud 9&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00658" name="l00658"></a><span class="lineno">  658</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00659" name="l00659"></a><span class="lineno">  659</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00660" name="l00660"></a><span class="lineno">  660</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00660" name="l00660"></a><span class="lineno">  660</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00661" name="l00661"></a><span class="lineno">  661</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00662" name="l00662"></a><span class="lineno">  662</span>    <span class="comment">// a diff was found</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00663" name="l00663"></a><span class="lineno">  663</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00664" name="l00664"></a><span class="lineno">  664</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00665" name="l00665"></a><span class="lineno">  665</span>    <span class="comment">// and correctly</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00666" name="l00666"></a><span class="lineno">  666</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.sourceFile.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00667" name="l00667"></a><span class="lineno">  667</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.sourceFile.size() == 0);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00668" name="l00668"></a><span class="lineno">  668</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.sourceFile.back()-&gt;location == <span class="stringliteral">&quot;Sector 9&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00669" name="l00669"></a><span class="lineno">  669</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.searchDatabase.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00670" name="l00670"></a><span class="lineno">  670</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.searchDatabase.size() == 0);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00671" name="l00671"></a><span class="lineno">  671</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.searchDatabase.back()-&gt;numDatabaseSequences, 100.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00671" name="l00671"></a><span class="lineno">  671</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.searchDatabase.back()-&gt;numDatabaseSequences, 100.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00672" name="l00672"></a><span class="lineno">  672</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.spectraData.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00673" name="l00673"></a><span class="lineno">  673</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.spectraData.size() == 0);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00674" name="l00674"></a><span class="lineno">  674</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.spectraData.back()-&gt;location == <span class="stringliteral">&quot;Cloud 9&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00675" name="l00675"></a><span class="lineno">  675</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00676" name="l00676"></a><span class="lineno">  676</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00677" name="l00677"></a><span class="lineno">  677</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00678" name="l00678"></a><span class="lineno">  678</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00679" name="l00679"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a1e134fd121c0aff1b97752fe2c9b5691">  679</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a1e134fd121c0aff1b97752fe2c9b5691">testEnzyme</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00679" name="l00679"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a1e134fd121c0aff1b97752fe2c9b5691">  679</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a1e134fd121c0aff1b97752fe2c9b5691">testEnzyme</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00680" name="l00680"></a><span class="lineno">  680</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00681" name="l00681"></a><span class="lineno">  681</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testEnzyme()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00681" name="l00681"></a><span class="lineno">  681</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testEnzyme()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00682" name="l00682"></a><span class="lineno">  682</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00683" name="l00683"></a><span class="lineno">  683</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme.html">Enzyme</a> a,b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00684" name="l00684"></a><span class="lineno">  684</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Enzyme, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00685" name="l00685"></a><span class="lineno">  685</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &amp;&amp; <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00685" name="l00685"></a><span class="lineno">  685</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &amp;&amp; <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00686" name="l00686"></a><span class="lineno">  686</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00687" name="l00687"></a><span class="lineno">  687</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00688" name="l00688"></a><span class="lineno">  688</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable.html#a050b8b44c98433f61a7c712cefe7d9e1">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;Donald Trump&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00689" name="l00689"></a><span class="lineno">  689</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable.html#a050b8b44c98433f61a7c712cefe7d9e1">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;Donald Duck&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00690" name="l00690"></a><span class="lineno">  690</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme.html#afc60bd183f733bf2b43708307183c763">nTermGain</a> = <span class="stringliteral">&quot;y&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00691" name="l00691"></a><span class="lineno">  691</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme.html#afc60bd183f733bf2b43708307183c763">nTermGain</a> = <span class="stringliteral">&quot;n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00692" name="l00692"></a><span class="lineno">  692</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme.html#aa0b84f68c3dd910e4b27c8bc12e23e0f">cTermGain</a> = <span class="stringliteral">&quot;y&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ @@ -746,15 +746,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00698" name="l00698"></a><span class="lineno">  698</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme.html#a2626d7ab3029d5a9d690f9915c07932b">minDistance</a> = 2;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00699" name="l00699"></a><span class="lineno">  699</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme.html#a2626d7ab3029d5a9d690f9915c07932b">minDistance</a> = 4;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00700" name="l00700"></a><span class="lineno">  700</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme.html#a3e7fd2450d71d463d8303875fa4a4280">siteRegexp</a> = <span class="stringliteral">&quot;^&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00701" name="l00701"></a><span class="lineno">  701</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme.html#a3e7fd2450d71d463d8303875fa4a4280">siteRegexp</a> = <span class="stringliteral">&quot;$&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00702" name="l00702"></a><span class="lineno">  702</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme.html#af5eb9b575d586be1ec159db1f2b9b524">enzymeName</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a0abdbb1fc9ddc5bd753fdd61105f9383">MS_Trypsin</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00703" name="l00703"></a><span class="lineno">  703</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00704" name="l00704"></a><span class="lineno">  704</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00705" name="l00705"></a><span class="lineno">  705</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00705" name="l00705"></a><span class="lineno">  705</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00706" name="l00706"></a><span class="lineno">  706</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00707" name="l00707"></a><span class="lineno">  707</span>    <span class="comment">// a diff was found</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00708" name="l00708"></a><span class="lineno">  708</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00709" name="l00709"></a><span class="lineno">  709</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00710" name="l00710"></a><span class="lineno">  710</span>    <span class="comment">// and correctly</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00711" name="l00711"></a><span class="lineno">  711</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.id == <span class="stringliteral">&quot;Donald Trump&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00712" name="l00712"></a><span class="lineno">  712</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.id == <span class="stringliteral">&quot;Donald Duck&quot;</span>);</div>
│ │ │ │ @@ -773,30 +773,30 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00725" name="l00725"></a><span class="lineno">  725</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.enzymeName.cvParams.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00726" name="l00726"></a><span class="lineno">  726</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.enzymeName.cvParams.size() == 0);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00727" name="l00727"></a><span class="lineno">  727</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.enzymeName.hasCVParam(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a0abdbb1fc9ddc5bd753fdd61105f9383">MS_Trypsin</a>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00728" name="l00728"></a><span class="lineno">  728</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00729" name="l00729"></a><span class="lineno">  729</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00730" name="l00730"></a><span class="lineno">  730</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00731" name="l00731"></a><span class="lineno">  731</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00732" name="l00732"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ab88f6761f743dfbe53b6fe963296ae93">  732</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ab88f6761f743dfbe53b6fe963296ae93">testEnzymes</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00732" name="l00732"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ab88f6761f743dfbe53b6fe963296ae93">  732</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ab88f6761f743dfbe53b6fe963296ae93">testEnzymes</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00733" name="l00733"></a><span class="lineno">  733</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00734" name="l00734"></a><span class="lineno">  734</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testEnzymes()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00734" name="l00734"></a><span class="lineno">  734</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testEnzymes()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00735" name="l00735"></a><span class="lineno">  735</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00736" name="l00736"></a><span class="lineno">  736</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_enzymes.html">Enzymes</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00737" name="l00737"></a><span class="lineno">  737</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Enzymes, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00738" name="l00738"></a><span class="lineno">  738</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &amp;&amp; <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00738" name="l00738"></a><span class="lineno">  738</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &amp;&amp; <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00739" name="l00739"></a><span class="lineno">  739</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00740" name="l00740"></a><span class="lineno">  740</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_enzymes.html#adc9aeef08601daa9117be6900b011b38">independent</a> = <span class="stringliteral">&quot;indep&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00741" name="l00741"></a><span class="lineno">  741</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_enzymes.html#a66db72681742989e9d0b4482e322bb4f">enzymes</a>.push_back(EnzymePtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme.html">Enzyme</a>()));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00742" name="l00742"></a><span class="lineno">  742</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00743" name="l00743"></a><span class="lineno">  743</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00744" name="l00744"></a><span class="lineno">  744</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00745" name="l00745"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#aed63bd7841670a47c4720f86d58275be">  745</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#aed63bd7841670a47c4720f86d58275be">testMassTable</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00745" name="l00745"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#aed63bd7841670a47c4720f86d58275be">  745</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#aed63bd7841670a47c4720f86d58275be">testMassTable</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00746" name="l00746"></a><span class="lineno">  746</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00747" name="l00747"></a><span class="lineno">  747</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testMassTable()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00747" name="l00747"></a><span class="lineno">  747</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testMassTable()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00748" name="l00748"></a><span class="lineno">  748</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00749" name="l00749"></a><span class="lineno">  749</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_mass_table.html">MassTable</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00750" name="l00750"></a><span class="lineno">  750</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00751" name="l00751"></a><span class="lineno">  751</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_mass_table.html#a9edb79e3d413cf49e1249acc26c433a0">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;id&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00752" name="l00752"></a><span class="lineno">  752</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_mass_table.html#ac7f68b877ae36779f9b528345e7b50c1">msLevel</a>.push_back(1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00753" name="l00753"></a><span class="lineno">  753</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00754" name="l00754"></a><span class="lineno">  754</span>    ResiduePtr c(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_residue.html">Residue</a>());</div>
│ │ │ │ @@ -826,73 +826,73 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00778" name="l00778"></a><span class="lineno">  778</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_mass_table.html#a5a7eb49caddbbe13afceed035be10ebe">residues</a>.clear();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00779" name="l00779"></a><span class="lineno">  779</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_mass_table.html#a74e11cb6029ced826949c8a320df74da">ambiguousResidue</a>.clear();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00780" name="l00780"></a><span class="lineno">  780</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00781" name="l00781"></a><span class="lineno">  781</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00782" name="l00782"></a><span class="lineno">  782</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00783" name="l00783"></a><span class="lineno">  783</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00784" name="l00784"></a><span class="lineno">  784</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00785" name="l00785"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ae9ce672245ebef8027ddbb91c8a0380b">  785</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ae9ce672245ebef8027ddbb91c8a0380b">testResidue</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00785" name="l00785"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ae9ce672245ebef8027ddbb91c8a0380b">  785</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ae9ce672245ebef8027ddbb91c8a0380b">testResidue</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00786" name="l00786"></a><span class="lineno">  786</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00787" name="l00787"></a><span class="lineno">  787</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testResidue()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00787" name="l00787"></a><span class="lineno">  787</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testResidue()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00788" name="l00788"></a><span class="lineno">  788</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00789" name="l00789"></a><span class="lineno">  789</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_residue.html">Residue</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00790" name="l00790"></a><span class="lineno">  790</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00791" name="l00791"></a><span class="lineno">  791</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_residue.html#a5ec0569a1943b56f2d9a17f5cc513b2d">code</a> = <span class="charliteral">&#39;A&#39;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00792" name="l00792"></a><span class="lineno">  792</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_residue.html#a63f339cddb31d8e31cc2300bb7796050">mass</a> = 1.0;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00793" name="l00793"></a><span class="lineno">  793</span>    b = a;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00794" name="l00794"></a><span class="lineno">  794</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00795" name="l00795"></a><span class="lineno">  795</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Residue, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00796" name="l00796"></a><span class="lineno">  796</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00797" name="l00797"></a><span class="lineno">  797</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00798" name="l00798"></a><span class="lineno">  798</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_residue.html#a5ec0569a1943b56f2d9a17f5cc513b2d">code</a> = <span class="charliteral">&#39;C&#39;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00799" name="l00799"></a><span class="lineno">  799</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_residue.html#a63f339cddb31d8e31cc2300bb7796050">mass</a> = 2.0;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00800" name="l00800"></a><span class="lineno">  800</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00801" name="l00801"></a><span class="lineno">  801</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00802" name="l00802"></a><span class="lineno">  802</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00802" name="l00802"></a><span class="lineno">  802</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00803" name="l00803"></a><span class="lineno">  803</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00804" name="l00804"></a><span class="lineno">  804</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00805" name="l00805"></a><span class="lineno">  805</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00806" name="l00806"></a><span class="lineno">  806</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.code == <span class="charliteral">&#39;A&#39;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00807" name="l00807"></a><span class="lineno">  807</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.code == <span class="charliteral">&#39;C&#39;</span>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00808" name="l00808"></a><span class="lineno">  808</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.mass, 1.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00809" name="l00809"></a><span class="lineno">  809</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.mass, 1.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00808" name="l00808"></a><span class="lineno">  808</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.mass, 1.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00809" name="l00809"></a><span class="lineno">  809</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.mass, 1.0, <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00810" name="l00810"></a><span class="lineno">  810</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00811" name="l00811"></a><span class="lineno">  811</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00812" name="l00812"></a><span class="lineno">  812</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00813" name="l00813"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a45faae728fd4729cf65352cd92db8240">  813</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a45faae728fd4729cf65352cd92db8240">testAmbiguousResidue</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00813" name="l00813"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a45faae728fd4729cf65352cd92db8240">  813</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a45faae728fd4729cf65352cd92db8240">testAmbiguousResidue</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00814" name="l00814"></a><span class="lineno">  814</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00815" name="l00815"></a><span class="lineno">  815</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testAmbiguousResidue()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00815" name="l00815"></a><span class="lineno">  815</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testAmbiguousResidue()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00816" name="l00816"></a><span class="lineno">  816</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00817" name="l00817"></a><span class="lineno">  817</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_ambiguous_residue.html">AmbiguousResidue</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00818" name="l00818"></a><span class="lineno">  818</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00819" name="l00819"></a><span class="lineno">  819</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_ambiguous_residue.html#a0ea204bb13d56b013688f3e4a1edd75e">code</a> = <span class="charliteral">&#39;Z&#39;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00820" name="l00820"></a><span class="lineno">  820</span>    a.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a16825ab8e8320fb5e0815690dcabfab8">MS_alternate_single_letter_codes</a>, <span class="stringliteral">&quot;E Q&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00821" name="l00821"></a><span class="lineno">  821</span>    b = a;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00822" name="l00822"></a><span class="lineno">  822</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00823" name="l00823"></a><span class="lineno">  823</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;AmbiguousResidue, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00824" name="l00824"></a><span class="lineno">  824</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00825" name="l00825"></a><span class="lineno">  825</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00826" name="l00826"></a><span class="lineno">  826</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_ambiguous_residue.html#a0ea204bb13d56b013688f3e4a1edd75e">code</a> = <span class="charliteral">&#39;B&#39;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00827" name="l00827"></a><span class="lineno">  827</span>    b.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a16825ab8e8320fb5e0815690dcabfab8">MS_alternate_single_letter_codes</a>, <span class="stringliteral">&quot;D N&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00828" name="l00828"></a><span class="lineno">  828</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00829" name="l00829"></a><span class="lineno">  829</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00830" name="l00830"></a><span class="lineno">  830</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00830" name="l00830"></a><span class="lineno">  830</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00831" name="l00831"></a><span class="lineno">  831</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00832" name="l00832"></a><span class="lineno">  832</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00833" name="l00833"></a><span class="lineno">  833</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00834" name="l00834"></a><span class="lineno">  834</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.code == <span class="charliteral">&#39;Z&#39;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00835" name="l00835"></a><span class="lineno">  835</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.code == <span class="charliteral">&#39;B&#39;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00836" name="l00836"></a><span class="lineno">  836</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.cvParam(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a16825ab8e8320fb5e0815690dcabfab8">MS_alternate_single_letter_codes</a>).value == <span class="stringliteral">&quot;E Q&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00837" name="l00837"></a><span class="lineno">  837</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.cvParam(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a16825ab8e8320fb5e0815690dcabfab8">MS_alternate_single_letter_codes</a>).value == <span class="stringliteral">&quot;D N&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00838" name="l00838"></a><span class="lineno">  838</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00839" name="l00839"></a><span class="lineno">  839</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00840" name="l00840"></a><span class="lineno">  840</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00841" name="l00841"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a7f97458e5b4895d7e9bebd8ca3363d73">  841</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a7f97458e5b4895d7e9bebd8ca3363d73">testFilter</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00841" name="l00841"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a7f97458e5b4895d7e9bebd8ca3363d73">  841</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a7f97458e5b4895d7e9bebd8ca3363d73">testFilter</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00842" name="l00842"></a><span class="lineno">  842</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00843" name="l00843"></a><span class="lineno">  843</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testFilter()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00843" name="l00843"></a><span class="lineno">  843</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testFilter()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00844" name="l00844"></a><span class="lineno">  844</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00845" name="l00845"></a><span class="lineno">  845</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_filter.html">Filter</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00846" name="l00846"></a><span class="lineno">  846</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00847" name="l00847"></a><span class="lineno">  847</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_filter.html#a1f46ea819d8c76f9205fb7aa6cd378ec">filterType</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a9408ad33b703d31d7c87bdd8eba4e945">MS_DB_filter_taxonomy</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00848" name="l00848"></a><span class="lineno">  848</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_filter.html#ad73a0c290a58d45a758679a20e232631">include</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#ace14136d800d0e1b71ca50eabf5026b8">MS_DB_PI_filter</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00849" name="l00849"></a><span class="lineno">  849</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_filter.html#a0aaa1f0074773328c001e258fe4abf6c">exclude</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a55af194afa9c76c606e98fb1d1c7bce2">MS_translation_table</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00850" name="l00850"></a><span class="lineno">  850</span>    b = a;</div>
│ │ │ │ @@ -904,30 +904,30 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00856" name="l00856"></a><span class="lineno">  856</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_filter.html#a1f46ea819d8c76f9205fb7aa6cd378ec">filterType</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a8f37cb278a516d18e5df5e2222b022ad">MS_database_filtering</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00857" name="l00857"></a><span class="lineno">  857</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_filter.html#ad73a0c290a58d45a758679a20e232631">include</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ace72a4f18147a1da5231bd6c3bec6e43">clear</a>();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00858" name="l00858"></a><span class="lineno">  858</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_filter.html#ad73a0c290a58d45a758679a20e232631">include</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a67f834799b8bbb11199eddfd2d3b8579">MS_DB_filter_on_accession_numbers</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00859" name="l00859"></a><span class="lineno">  859</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_filter.html#a0aaa1f0074773328c001e258fe4abf6c">exclude</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ace72a4f18147a1da5231bd6c3bec6e43">clear</a>();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00860" name="l00860"></a><span class="lineno">  860</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_filter.html#a0aaa1f0074773328c001e258fe4abf6c">exclude</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a1a9b54cacea8c549fced53775e659c98">MS_DB_MW_filter</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00861" name="l00861"></a><span class="lineno">  861</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00862" name="l00862"></a><span class="lineno">  862</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00863" name="l00863"></a><span class="lineno">  863</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00863" name="l00863"></a><span class="lineno">  863</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00864" name="l00864"></a><span class="lineno">  864</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00865" name="l00865"></a><span class="lineno">  865</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00866" name="l00866"></a><span class="lineno">  866</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00867" name="l00867"></a><span class="lineno">  867</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.filterType.hasCVParam(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a9408ad33b703d31d7c87bdd8eba4e945">MS_DB_filter_taxonomy</a>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00868" name="l00868"></a><span class="lineno">  868</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.filterType.hasCVParam(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a8f37cb278a516d18e5df5e2222b022ad">MS_database_filtering</a>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00869" name="l00869"></a><span class="lineno">  869</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.include.hasCVParam(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#ace14136d800d0e1b71ca50eabf5026b8">MS_DB_PI_filter</a>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00870" name="l00870"></a><span class="lineno">  870</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.include.hasCVParam(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a67f834799b8bbb11199eddfd2d3b8579">MS_DB_filter_on_accession_numbers</a>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00871" name="l00871"></a><span class="lineno">  871</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.exclude.hasCVParam(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a55af194afa9c76c606e98fb1d1c7bce2">MS_translation_table</a>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00872" name="l00872"></a><span class="lineno">  872</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.exclude.hasCVParam(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a1a9b54cacea8c549fced53775e659c98">MS_DB_MW_filter</a>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00873" name="l00873"></a><span class="lineno">  873</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00874" name="l00874"></a><span class="lineno">  874</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00875" name="l00875"></a><span class="lineno">  875</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00876" name="l00876"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a59845c7367180f04e05a9ba0fbe38f89">  876</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a59845c7367180f04e05a9ba0fbe38f89">testDatabaseTranslation</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00876" name="l00876"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a59845c7367180f04e05a9ba0fbe38f89">  876</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a59845c7367180f04e05a9ba0fbe38f89">testDatabaseTranslation</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00877" name="l00877"></a><span class="lineno">  877</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00878" name="l00878"></a><span class="lineno">  878</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testDatabaseTranslation()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00878" name="l00878"></a><span class="lineno">  878</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testDatabaseTranslation()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00879" name="l00879"></a><span class="lineno">  879</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00880" name="l00880"></a><span class="lineno">  880</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_database_translation.html">DatabaseTranslation</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00881" name="l00881"></a><span class="lineno">  881</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00882" name="l00882"></a><span class="lineno">  882</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_database_translation.html#af01fa95e2a285595da6360fe769ee3d4">frames</a>.push_back(1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00883" name="l00883"></a><span class="lineno">  883</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_database_translation.html#af01fa95e2a285595da6360fe769ee3d4">frames</a>.push_back(2);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00884" name="l00884"></a><span class="lineno">  884</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00885" name="l00885"></a><span class="lineno">  885</span>    TranslationTablePtr tt(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_translation_table.html">TranslationTable</a>(<span class="stringliteral">&quot;TT_1&quot;</span>, <span class="stringliteral">&quot;TT_1&quot;</span>));</div>
│ │ │ │ @@ -938,41 +938,41 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00890" name="l00890"></a><span class="lineno">  890</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00891" name="l00891"></a><span class="lineno">  891</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;DatabaseTranslation, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00892" name="l00892"></a><span class="lineno">  892</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00893" name="l00893"></a><span class="lineno">  893</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00894" name="l00894"></a><span class="lineno">  894</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_database_translation.html#a760a7b89a9ace6571cd0f2b39368a0e9">translationTable</a>.clear();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00895" name="l00895"></a><span class="lineno">  895</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00896" name="l00896"></a><span class="lineno">  896</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00897" name="l00897"></a><span class="lineno">  897</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00897" name="l00897"></a><span class="lineno">  897</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00898" name="l00898"></a><span class="lineno">  898</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00899" name="l00899"></a><span class="lineno">  899</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00900" name="l00900"></a><span class="lineno">  900</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00901" name="l00901"></a><span class="lineno">  901</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#aea324641e684d3b405e947a8b2427812">unit_assert_operator_equal</a>(0, <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.frames.size());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00902" name="l00902"></a><span class="lineno">  902</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#aea324641e684d3b405e947a8b2427812">unit_assert_operator_equal</a>(0, <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.frames.size());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00903" name="l00903"></a><span class="lineno">  903</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#aea324641e684d3b405e947a8b2427812">unit_assert_operator_equal</a>(1, <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.translationTable.size());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00904" name="l00904"></a><span class="lineno">  904</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#aea324641e684d3b405e947a8b2427812">unit_assert_operator_equal</a>(0, <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.translationTable.size());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00905" name="l00905"></a><span class="lineno">  905</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00906" name="l00906"></a><span class="lineno">  906</span>    b = a;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00907" name="l00907"></a><span class="lineno">  907</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_database_translation.html#af01fa95e2a285595da6360fe769ee3d4">frames</a>.push_back(3);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00908" name="l00908"></a><span class="lineno">  908</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00909" name="l00909"></a><span class="lineno">  909</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00910" name="l00910"></a><span class="lineno">  910</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00910" name="l00910"></a><span class="lineno">  910</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00911" name="l00911"></a><span class="lineno">  911</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00912" name="l00912"></a><span class="lineno">  912</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00913" name="l00913"></a><span class="lineno">  913</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00914" name="l00914"></a><span class="lineno">  914</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#aea324641e684d3b405e947a8b2427812">unit_assert_operator_equal</a>(0, <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.frames.size());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00915" name="l00915"></a><span class="lineno">  915</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#aea324641e684d3b405e947a8b2427812">unit_assert_operator_equal</a>(1, <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.frames.size());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00916" name="l00916"></a><span class="lineno">  916</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#aea324641e684d3b405e947a8b2427812">unit_assert_operator_equal</a>(0, <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.translationTable.size());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00917" name="l00917"></a><span class="lineno">  917</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#aea324641e684d3b405e947a8b2427812">unit_assert_operator_equal</a>(0, <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.translationTable.size());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00918" name="l00918"></a><span class="lineno">  918</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00919" name="l00919"></a><span class="lineno">  919</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00920" name="l00920"></a><span class="lineno">  920</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00921" name="l00921"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a98faa12ab677d5bfbc8ef62a6f25e307">  921</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a98faa12ab677d5bfbc8ef62a6f25e307">testSpectrumIdentificationProtocol</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00921" name="l00921"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a98faa12ab677d5bfbc8ef62a6f25e307">  921</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a98faa12ab677d5bfbc8ef62a6f25e307">testSpectrumIdentificationProtocol</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00922" name="l00922"></a><span class="lineno">  922</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00923" name="l00923"></a><span class="lineno">  923</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSpectrumIdentificationProtocol()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00923" name="l00923"></a><span class="lineno">  923</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSpectrumIdentificationProtocol()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00924" name="l00924"></a><span class="lineno">  924</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00925" name="l00925"></a><span class="lineno">  925</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_protocol.html">SpectrumIdentificationProtocol</a> a(<span class="stringliteral">&quot;a_id&quot;</span>, <span class="stringliteral">&quot;a_name&quot;</span>), b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00926" name="l00926"></a><span class="lineno">  926</span>    </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00927" name="l00927"></a><span class="lineno">  927</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_protocol.html#af5a9a3da43d0c262dabe6e5e8729b528">analysisSoftwarePtr</a> = AnalysisSoftwarePtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_analysis_software.html">AnalysisSoftware</a>(<span class="stringliteral">&quot;a_as&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00928" name="l00928"></a><span class="lineno">  928</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00929" name="l00929"></a><span class="lineno">  929</span>    a.searchType.cvid = <a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#acc8240cd6adc3b8733e34cfa6f6c8f77">MS_pmf_search</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00930" name="l00930"></a><span class="lineno">  930</span>    a.additionalSearchParams.set(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a39d6a403e24da5898c50ec4e143eee4d">MS_SEQUEST_CleavesAt</a>, <span class="stringliteral">&quot;cleavage&quot;</span>);</div>
│ │ │ │ @@ -993,15 +993,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00945" name="l00945"></a><span class="lineno">  945</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;SpectrumIdentificationProtocol, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00946" name="l00946"></a><span class="lineno">  946</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00947" name="l00947"></a><span class="lineno">  947</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00948" name="l00948"></a><span class="lineno">  948</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable.html#a050b8b44c98433f61a7c712cefe7d9e1">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;b_id&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00949" name="l00949"></a><span class="lineno">  949</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable.html#af67268b911f95441e333d22a49e90ddb">name</a> = <span class="stringliteral">&quot;b_name&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00950" name="l00950"></a><span class="lineno">  950</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00951" name="l00951"></a><span class="lineno">  951</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00952" name="l00952"></a><span class="lineno">  952</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00952" name="l00952"></a><span class="lineno">  952</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00953" name="l00953"></a><span class="lineno">  953</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00954" name="l00954"></a><span class="lineno">  954</span>    <span class="comment">// TODO debug removal - put it back</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00955" name="l00955"></a><span class="lineno">  955</span>    <span class="comment">//unit_assert(diff);</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00956" name="l00956"></a><span class="lineno">  956</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00957" name="l00957"></a><span class="lineno">  957</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_protocol.html#af5a9a3da43d0c262dabe6e5e8729b528">analysisSoftwarePtr</a> = AnalysisSoftwarePtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_analysis_software.html">AnalysisSoftware</a>(<span class="stringliteral">&quot;b_as&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00958" name="l00958"></a><span class="lineno">  958</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00959" name="l00959"></a><span class="lineno">  959</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_protocol.html#a36890f75e9ffdcc6feb9ca371f906c64">searchType</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#ae6e35653318b4d87deedb705b3397d63">cvid</a> = <a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a3c693b05208facb918bddd742d6a5895">MS_ms_ms_search</a>;</div>
│ │ │ │ @@ -1011,23 +1011,23 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00963" name="l00963"></a><span class="lineno">  963</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_protocol.html#aca3304da67269f1340d8b34bb9bf82a3">massTable</a>.clear();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00964" name="l00964"></a><span class="lineno">  964</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_protocol.html#ab2459f66893df5951d4b3f01adbe9fdb">fragmentTolerance</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#acdd1f39e58727031cd0d0e01d0c1bcd8">MS_search_tolerance_plus_value</a>, 4.0);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00965" name="l00965"></a><span class="lineno">  965</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_protocol.html#adb4a840b02b21bdf693c9cf5f3f3c53c">parentTolerance</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#acdd1f39e58727031cd0d0e01d0c1bcd8">MS_search_tolerance_plus_value</a>, 5.0);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00966" name="l00966"></a><span class="lineno">  966</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_protocol.html#ae755795f470d5ea6c6bb0b95db40bfdf">threshold</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#af24369f253c6b34dfcebfbb6b72484e5">MS_search_tolerance_minus_value</a>, 6.0);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00967" name="l00967"></a><span class="lineno">  967</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_protocol.html#ac3eb5e6217ec6dcb3592dc4d43cce0b7">databaseFilters</a>.clear();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00968" name="l00968"></a><span class="lineno">  968</span>        </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00969" name="l00969"></a><span class="lineno">  969</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00970" name="l00970"></a><span class="lineno">  970</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00970" name="l00970"></a><span class="lineno">  970</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00971" name="l00971"></a><span class="lineno">  971</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00972" name="l00972"></a><span class="lineno">  972</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00973" name="l00973"></a><span class="lineno">  973</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00974" name="l00974"></a><span class="lineno">  974</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00975" name="l00975"></a><span class="lineno">  975</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00976" name="l00976"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a76ffc67dc801a37bb7e553a117777279">  976</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a76ffc67dc801a37bb7e553a117777279">testProteinDetectionProtocol</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00976" name="l00976"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a76ffc67dc801a37bb7e553a117777279">  976</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a76ffc67dc801a37bb7e553a117777279">testProteinDetectionProtocol</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00977" name="l00977"></a><span class="lineno">  977</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00978" name="l00978"></a><span class="lineno">  978</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testProteinDetectionProtocol()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00978" name="l00978"></a><span class="lineno">  978</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testProteinDetectionProtocol()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00979" name="l00979"></a><span class="lineno">  979</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00980" name="l00980"></a><span class="lineno">  980</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_protocol.html">ProteinDetectionProtocol</a> a(<span class="stringliteral">&quot;a_id&quot;</span>, <span class="stringliteral">&quot;a_name&quot;</span>), b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00981" name="l00981"></a><span class="lineno">  981</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00982" name="l00982"></a><span class="lineno">  982</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_protein_detection_protocol.html#ac588cd5e2c99a9517212a3196e240d7e">analysisSoftwarePtr</a> = AnalysisSoftwarePtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_analysis_software.html">AnalysisSoftware</a>());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00983" name="l00983"></a><span class="lineno">  983</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00984" name="l00984"></a><span class="lineno">  984</span>    a.analysisParams.set(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a7c69b6db05f7db1c1846074ec43094e6">MS_low_intensity_threshold</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00985" name="l00985"></a><span class="lineno">  985</span>    a.threshold.set(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a7c69b6db05f7db1c1846074ec43094e6">MS_low_intensity_threshold</a>);</div>
│ │ │ │ @@ -1037,29 +1037,29 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00989" name="l00989"></a><span class="lineno">  989</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;ProteinDetectionProtocol, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00990" name="l00990"></a><span class="lineno">  990</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00991" name="l00991"></a><span class="lineno">  991</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00992" name="l00992"></a><span class="lineno">  992</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable.html#a050b8b44c98433f61a7c712cefe7d9e1">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;b_id&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00993" name="l00993"></a><span class="lineno">  993</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable.html#af67268b911f95441e333d22a49e90ddb">name</a> = <span class="stringliteral">&quot;b_name&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00994" name="l00994"></a><span class="lineno">  994</span> </div>
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│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00996" name="l00996"></a><span class="lineno">  996</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00996" name="l00996"></a><span class="lineno">  996</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00997" name="l00997"></a><span class="lineno">  997</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00998" name="l00998"></a><span class="lineno">  998</span>    <span class="comment">//unit_assert(diff);</span></div>
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│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01000" name="l01000"></a><span class="lineno"> 1000</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01001" name="l01001"></a><span class="lineno"> 1001</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01002" name="l01002"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#af3fbcef23e6165e0d4d0c4a836b79da3"> 1002</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#af3fbcef23e6165e0d4d0c4a836b79da3">testAnalysisProtocolCollection</a>()</div>
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│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01003" name="l01003"></a><span class="lineno"> 1003</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01004" name="l01004"></a><span class="lineno"> 1004</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testAnalysisProtocolCollection()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01004" name="l01004"></a><span class="lineno"> 1004</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testAnalysisProtocolCollection()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01005" name="l01005"></a><span class="lineno"> 1005</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01006" name="l01006"></a><span class="lineno"> 1006</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01007" name="l01007"></a><span class="lineno"> 1007</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01008" name="l01008"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#afc5a38f6d3b4f52e00189d54a2989b39"> 1008</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#afc5a38f6d3b4f52e00189d54a2989b39">testContact</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01008" name="l01008"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#afc5a38f6d3b4f52e00189d54a2989b39"> 1008</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#afc5a38f6d3b4f52e00189d54a2989b39">testContact</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01009" name="l01009"></a><span class="lineno"> 1009</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01010" name="l01010"></a><span class="lineno"> 1010</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testContact()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01010" name="l01010"></a><span class="lineno"> 1010</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testContact()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01011" name="l01011"></a><span class="lineno"> 1011</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01012" name="l01012"></a><span class="lineno"> 1012</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_contact.html">Contact</a> a(<span class="stringliteral">&quot;a_id&quot;</span>, <span class="stringliteral">&quot;a_name&quot;</span>), b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01013" name="l01013"></a><span class="lineno"> 1013</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01014" name="l01014"></a><span class="lineno"> 1014</span>    a.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aee9c21f3336c9bddf58abe42a318eb3a">MS_contact_address</a>, <span class="stringliteral">&quot;address&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01015" name="l01015"></a><span class="lineno"> 1015</span>    a.set(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a63fbcedaa3730d71ef0394077a9adcd5">MS_contact_phone_number</a>, <span class="stringliteral">&quot;phone&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01016" name="l01016"></a><span class="lineno"> 1016</span>    a.set(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aa4b2ad10ecd3f1e97488db26de4d731f">MS_contact_email</a>, <span class="stringliteral">&quot;email&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01017" name="l01017"></a><span class="lineno"> 1017</span>    a.set(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#ab289b8f4074d1a389b174702c2e66001">MS_contact_fax_number</a>, <span class="stringliteral">&quot;fax&quot;</span>);</div>
│ │ │ │ @@ -1070,35 +1070,35 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01022" name="l01022"></a><span class="lineno"> 1022</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Contact, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01023" name="l01023"></a><span class="lineno"> 1023</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01024" name="l01024"></a><span class="lineno"> 1024</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01025" name="l01025"></a><span class="lineno"> 1025</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable_param_container.html#a1b160404eb52dfab135bb7f3c33f8e40">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;b_id&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01026" name="l01026"></a><span class="lineno"> 1026</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_identifiable_param_container.html#a0c7444a20bc42a00287fa344b062b737">name</a> = <span class="stringliteral">&quot;b_name&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01027" name="l01027"></a><span class="lineno"> 1027</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01028" name="l01028"></a><span class="lineno"> 1028</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01029" name="l01029"></a><span class="lineno"> 1029</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01029" name="l01029"></a><span class="lineno"> 1029</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01030" name="l01030"></a><span class="lineno"> 1030</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01031" name="l01031"></a><span class="lineno"> 1031</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01032" name="l01032"></a><span class="lineno"> 1032</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01033" name="l01033"></a><span class="lineno"> 1033</span>    b.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aee9c21f3336c9bddf58abe42a318eb3a">MS_contact_address</a>, <span class="stringliteral">&quot;b_address&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01034" name="l01034"></a><span class="lineno"> 1034</span>    b.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a63fbcedaa3730d71ef0394077a9adcd5">MS_contact_phone_number</a>, <span class="stringliteral">&quot;b_phone&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01035" name="l01035"></a><span class="lineno"> 1035</span>    b.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aa4b2ad10ecd3f1e97488db26de4d731f">MS_contact_email</a>, <span class="stringliteral">&quot;b_email&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01036" name="l01036"></a><span class="lineno"> 1036</span>    b.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#ab289b8f4074d1a389b174702c2e66001">MS_contact_fax_number</a>, <span class="stringliteral">&quot;b_fax&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01037" name="l01037"></a><span class="lineno"> 1037</span>    b.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aefedaea5a11d584a0f021510910cb60e">MS_contact_toll_free_phone_number</a>, <span class="stringliteral">&quot;b_tollFreePhone&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01038" name="l01038"></a><span class="lineno"> 1038</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01039" name="l01039"></a><span class="lineno"> 1039</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01040" name="l01040"></a><span class="lineno"> 1040</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
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│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01042" name="l01042"></a><span class="lineno"> 1042</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01043" name="l01043"></a><span class="lineno"> 1043</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01044" name="l01044"></a><span class="lineno"> 1044</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01045" name="l01045"></a><span class="lineno"> 1045</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01046" name="l01046"></a><span class="lineno"> 1046</span> </div>
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│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01047" name="l01047"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a4dca0cb8d67aa365a994307f552fe4f3"> 1047</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a4dca0cb8d67aa365a994307f552fe4f3">testPerson</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01048" name="l01048"></a><span class="lineno"> 1048</span>{</div>
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│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01053" name="l01053"></a><span class="lineno"> 1053</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_person.html#a93c1d72914785e7271cfccbc1abc1c6b">lastName</a> = <span class="stringliteral">&quot;last&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01054" name="l01054"></a><span class="lineno"> 1054</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_person.html#abac751c8520c28aa45d40040ba346e3e">firstName</a> = <span class="stringliteral">&quot;first&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01055" name="l01055"></a><span class="lineno"> 1055</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_person.html#ac014496648eb2e65ff8e05d28c5fc073">midInitials</a> = <span class="stringliteral">&quot;mi&quot;</span>;</div>
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│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01078" name="l01078"></a><span class="lineno"> 1078</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_person.html#afa9fe1cdff254c65516fbf91a63ce959">affiliations</a>.clear();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01079" name="l01079"></a><span class="lineno"> 1079</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
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│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01121" name="l01121"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac9226767d3a411f0d01a96044beec92e"> 1121</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac9226767d3a411f0d01a96044beec92e">testModification</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01122" name="l01122"></a><span class="lineno"> 1122</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01123" name="l01123"></a><span class="lineno"> 1123</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testModification()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01123" name="l01123"></a><span class="lineno"> 1123</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testModification()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01124" name="l01124"></a><span class="lineno"> 1124</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01125" name="l01125"></a><span class="lineno"> 1125</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01126" name="l01126"></a><span class="lineno"> 1126</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01127" name="l01127"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a3d06fd1e7cf4cf703cceed3b95f89772"> 1127</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a3d06fd1e7cf4cf703cceed3b95f89772">testSubstitutionModification</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01127" name="l01127"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a3d06fd1e7cf4cf703cceed3b95f89772"> 1127</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a3d06fd1e7cf4cf703cceed3b95f89772">testSubstitutionModification</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01128" name="l01128"></a><span class="lineno"> 1128</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01129" name="l01129"></a><span class="lineno"> 1129</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSubstitutionModification()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01129" name="l01129"></a><span class="lineno"> 1129</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSubstitutionModification()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01130" name="l01130"></a><span class="lineno"> 1130</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01131" name="l01131"></a><span class="lineno"> 1131</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01132" name="l01132"></a><span class="lineno"> 1132</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01133" name="l01133"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a623cc8cd52944c2b6f7fbac548bf562e"> 1133</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a623cc8cd52944c2b6f7fbac548bf562e">testPeptide</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01133" name="l01133"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a623cc8cd52944c2b6f7fbac548bf562e"> 1133</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a623cc8cd52944c2b6f7fbac548bf562e">testPeptide</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01134" name="l01134"></a><span class="lineno"> 1134</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01135" name="l01135"></a><span class="lineno"> 1135</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testPeptide()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01135" name="l01135"></a><span class="lineno"> 1135</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testPeptide()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01136" name="l01136"></a><span class="lineno"> 1136</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01137" name="l01137"></a><span class="lineno"> 1137</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01138" name="l01138"></a><span class="lineno"> 1138</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01139" name="l01139"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ae731f7224e19329771659f839d798f31"> 1139</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ae731f7224e19329771659f839d798f31">testSequenceCollection</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01139" name="l01139"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ae731f7224e19329771659f839d798f31"> 1139</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ae731f7224e19329771659f839d798f31">testSequenceCollection</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01140" name="l01140"></a><span class="lineno"> 1140</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01141" name="l01141"></a><span class="lineno"> 1141</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSequenceCollection()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01141" name="l01141"></a><span class="lineno"> 1141</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSequenceCollection()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01142" name="l01142"></a><span class="lineno"> 1142</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01143" name="l01143"></a><span class="lineno"> 1143</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01144" name="l01144"></a><span class="lineno"> 1144</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01145" name="l01145"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a19820c4d84301e679214164b1dfcdd68"> 1145</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a19820c4d84301e679214164b1dfcdd68">testSampleComponent</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01145" name="l01145"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a19820c4d84301e679214164b1dfcdd68"> 1145</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a19820c4d84301e679214164b1dfcdd68">testSampleComponent</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01146" name="l01146"></a><span class="lineno"> 1146</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01147" name="l01147"></a><span class="lineno"> 1147</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSampleComponent()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01147" name="l01147"></a><span class="lineno"> 1147</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSampleComponent()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01148" name="l01148"></a><span class="lineno"> 1148</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01149" name="l01149"></a><span class="lineno"> 1149</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01150" name="l01150"></a><span class="lineno"> 1150</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01151" name="l01151"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a286231885b4fd779bb9737e6e680942b"> 1151</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a286231885b4fd779bb9737e6e680942b">testSample</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01151" name="l01151"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a286231885b4fd779bb9737e6e680942b"> 1151</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a286231885b4fd779bb9737e6e680942b">testSample</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01152" name="l01152"></a><span class="lineno"> 1152</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01153" name="l01153"></a><span class="lineno"> 1153</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSample()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01153" name="l01153"></a><span class="lineno"> 1153</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSample()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01154" name="l01154"></a><span class="lineno"> 1154</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01155" name="l01155"></a><span class="lineno"> 1155</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_sample.html">Sample</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01156" name="l01156"></a><span class="lineno"> 1156</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01157" name="l01157"></a><span class="lineno"> 1157</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_sample.html#ad88e18bc700d609618a41cb336da70b2">contactRole</a>.push_back(ContactRolePtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_contact_role.html">ContactRole</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#afbceb41bde42b7aa8cbad275ac4212cf">MS_role_type</a>, <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1tradata.html#a197a8fc93191712fa1e7ecbac93532eb">ContactPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_person.html">Person</a>(<span class="stringliteral">&quot;contactPtr&quot;</span>)))));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01158" name="l01158"></a><span class="lineno"> 1158</span>    b = a;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01159" name="l01159"></a><span class="lineno"> 1159</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01160" name="l01160"></a><span class="lineno"> 1160</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Sample, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01161" name="l01161"></a><span class="lineno"> 1161</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01161" name="l01161"></a><span class="lineno"> 1161</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01162" name="l01162"></a><span class="lineno"> 1162</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01163" name="l01163"></a><span class="lineno"> 1163</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01164" name="l01164"></a><span class="lineno"> 1164</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_sample.html#ad88e18bc700d609618a41cb336da70b2">contactRole</a>.back().reset(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_contact_role.html">ContactRole</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#afbceb41bde42b7aa8cbad275ac4212cf">MS_role_type</a>, <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1tradata.html#a197a8fc93191712fa1e7ecbac93532eb">ContactPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_person.html">Person</a>(<span class="stringliteral">&quot;fer_rehto&quot;</span>))));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01165" name="l01165"></a><span class="lineno"> 1165</span>    b.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a012de7dfbdcf10cc7c6f7916989e2a88">MS_sample_name</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01166" name="l01166"></a><span class="lineno"> 1166</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01167" name="l01167"></a><span class="lineno"> 1167</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01168" name="l01168"></a><span class="lineno"> 1168</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01168" name="l01168"></a><span class="lineno"> 1168</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01169" name="l01169"></a><span class="lineno"> 1169</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01170" name="l01170"></a><span class="lineno"> 1170</span>    <span class="comment">// a diff was found</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01171" name="l01171"></a><span class="lineno"> 1171</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01172" name="l01172"></a><span class="lineno"> 1172</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01173" name="l01173"></a><span class="lineno"> 1173</span>    <span class="comment">// and correctly</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01174" name="l01174"></a><span class="lineno"> 1174</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.cvParams.size() == 0);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01175" name="l01175"></a><span class="lineno"> 1175</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.cvParams.size() == 1);</div>
│ │ │ │ @@ -1229,72 +1229,72 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01181" name="l01181"></a><span class="lineno"> 1181</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.contactRole.back()-&gt;contactPtr.get());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01182" name="l01182"></a><span class="lineno"> 1182</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.contactRole.back()-&gt;contactPtr-&gt;id == <span class="stringliteral">&quot;contactPtr&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01183" name="l01183"></a><span class="lineno"> 1183</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.contactRole.back()-&gt;contactPtr-&gt;id == <span class="stringliteral">&quot;fer_rehto&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01184" name="l01184"></a><span class="lineno"> 1184</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.hasCVParam(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a012de7dfbdcf10cc7c6f7916989e2a88">MS_sample_name</a>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01185" name="l01185"></a><span class="lineno"> 1185</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01186" name="l01186"></a><span class="lineno"> 1186</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01187" name="l01187"></a><span class="lineno"> 1187</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01188" name="l01188"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ad3a822da87ee45d1f8ada2b346767bf9"> 1188</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ad3a822da87ee45d1f8ada2b346767bf9">testSpectrumIdentificationItem</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01188" name="l01188"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ad3a822da87ee45d1f8ada2b346767bf9"> 1188</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ad3a822da87ee45d1f8ada2b346767bf9">testSpectrumIdentificationItem</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01189" name="l01189"></a><span class="lineno"> 1189</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01190" name="l01190"></a><span class="lineno"> 1190</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSpectrumIdentificationItem()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01190" name="l01190"></a><span class="lineno"> 1190</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSpectrumIdentificationItem()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01191" name="l01191"></a><span class="lineno"> 1191</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01192" name="l01192"></a><span class="lineno"> 1192</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01193" name="l01193"></a><span class="lineno"> 1193</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01194" name="l01194"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a4bba8691b2d28f7aea6b7ac81bbbe7df"> 1194</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a4bba8691b2d28f7aea6b7ac81bbbe7df">testSpectrumIdentificationResult</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01194" name="l01194"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a4bba8691b2d28f7aea6b7ac81bbbe7df"> 1194</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a4bba8691b2d28f7aea6b7ac81bbbe7df">testSpectrumIdentificationResult</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01195" name="l01195"></a><span class="lineno"> 1195</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01196" name="l01196"></a><span class="lineno"> 1196</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSpectrumIdentificationResult()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01196" name="l01196"></a><span class="lineno"> 1196</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSpectrumIdentificationResult()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01197" name="l01197"></a><span class="lineno"> 1197</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01198" name="l01198"></a><span class="lineno"> 1198</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01199" name="l01199"></a><span class="lineno"> 1199</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01200" name="l01200"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#aee05c1513912937f5842329b7abfbd5a"> 1200</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#aee05c1513912937f5842329b7abfbd5a">testAnalysisSampleCollection</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01200" name="l01200"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#aee05c1513912937f5842329b7abfbd5a"> 1200</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#aee05c1513912937f5842329b7abfbd5a">testAnalysisSampleCollection</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01201" name="l01201"></a><span class="lineno"> 1201</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01202" name="l01202"></a><span class="lineno"> 1202</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testAnalysisSampleCollection()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01202" name="l01202"></a><span class="lineno"> 1202</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testAnalysisSampleCollection()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01203" name="l01203"></a><span class="lineno"> 1203</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01204" name="l01204"></a><span class="lineno"> 1204</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01205" name="l01205"></a><span class="lineno"> 1205</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01206" name="l01206"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac246ea17edb605f1d365f9fcbe94048e"> 1206</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac246ea17edb605f1d365f9fcbe94048e">testProvider</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01206" name="l01206"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac246ea17edb605f1d365f9fcbe94048e"> 1206</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac246ea17edb605f1d365f9fcbe94048e">testProvider</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01207" name="l01207"></a><span class="lineno"> 1207</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01208" name="l01208"></a><span class="lineno"> 1208</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testProvider()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01208" name="l01208"></a><span class="lineno"> 1208</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testProvider()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01209" name="l01209"></a><span class="lineno"> 1209</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01210" name="l01210"></a><span class="lineno"> 1210</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01211" name="l01211"></a><span class="lineno"> 1211</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01212" name="l01212"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a09b3ac89fd976280c9e0ebdbd316feaa"> 1212</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a09b3ac89fd976280c9e0ebdbd316feaa">testContactRole</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01212" name="l01212"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a09b3ac89fd976280c9e0ebdbd316feaa"> 1212</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a09b3ac89fd976280c9e0ebdbd316feaa">testContactRole</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01213" name="l01213"></a><span class="lineno"> 1213</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01214" name="l01214"></a><span class="lineno"> 1214</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testContactRole()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01214" name="l01214"></a><span class="lineno"> 1214</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testContactRole()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01215" name="l01215"></a><span class="lineno"> 1215</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01216" name="l01216"></a><span class="lineno"> 1216</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_contact_role.html">ContactRole</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01217" name="l01217"></a><span class="lineno"> 1217</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01218" name="l01218"></a><span class="lineno"> 1218</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_contact_role.html#a1691fb0d7200bbda17eeec2655d0ff8c">contactPtr</a> = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1tradata.html#a197a8fc93191712fa1e7ecbac93532eb">ContactPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_person.html">Person</a>(<span class="stringliteral">&quot;cid&quot;</span>, <span class="stringliteral">&quot;cname&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01219" name="l01219"></a><span class="lineno"> 1219</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html#ae6e35653318b4d87deedb705b3397d63">cvid</a> = <a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#ab241d1665bf8b26b98ee57cee66dfcb8">MS_software_vendor</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01220" name="l01220"></a><span class="lineno"> 1220</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01221" name="l01221"></a><span class="lineno"> 1221</span>    b = a;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01222" name="l01222"></a><span class="lineno"> 1222</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01223" name="l01223"></a><span class="lineno"> 1223</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;ContactRole, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01224" name="l01224"></a><span class="lineno"> 1224</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01224" name="l01224"></a><span class="lineno"> 1224</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01225" name="l01225"></a><span class="lineno"> 1225</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01226" name="l01226"></a><span class="lineno"> 1226</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01227" name="l01227"></a><span class="lineno"> 1227</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_contact_role.html#a1691fb0d7200bbda17eeec2655d0ff8c">contactPtr</a> = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1tradata.html#a197a8fc93191712fa1e7ecbac93532eb">ContactPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_organization.html">Organization</a>(<span class="stringliteral">&quot;cid2&quot;</span>, <span class="stringliteral">&quot;cname2&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01228" name="l01228"></a><span class="lineno"> 1228</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01229" name="l01229"></a><span class="lineno"> 1229</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01230" name="l01230"></a><span class="lineno"> 1230</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01231" name="l01231"></a><span class="lineno"> 1231</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01231" name="l01231"></a><span class="lineno"> 1231</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01232" name="l01232"></a><span class="lineno"> 1232</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01233" name="l01233"></a><span class="lineno"> 1233</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01234" name="l01234"></a><span class="lineno"> 1234</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.contactPtr.get());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01235" name="l01235"></a><span class="lineno"> 1235</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.contactPtr.get());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01236" name="l01236"></a><span class="lineno"> 1236</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.contactPtr-&gt;id == <span class="stringliteral">&quot;cid&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01237" name="l01237"></a><span class="lineno"> 1237</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.contactPtr-&gt;id == <span class="stringliteral">&quot;cid2&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01238" name="l01238"></a><span class="lineno"> 1238</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.contactPtr-&gt;name == <span class="stringliteral">&quot;cname&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01239" name="l01239"></a><span class="lineno"> 1239</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.contactPtr-&gt;name == <span class="stringliteral">&quot;cname2&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01240" name="l01240"></a><span class="lineno"> 1240</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01241" name="l01241"></a><span class="lineno"> 1241</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01242" name="l01242"></a><span class="lineno"> 1242</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01243" name="l01243"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#afb82c5a0eff82b707d60b1b082546a72"> 1243</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#afb82c5a0eff82b707d60b1b082546a72">testAnalysisSoftware</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01243" name="l01243"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#afb82c5a0eff82b707d60b1b082546a72"> 1243</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#afb82c5a0eff82b707d60b1b082546a72">testAnalysisSoftware</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01244" name="l01244"></a><span class="lineno"> 1244</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01245" name="l01245"></a><span class="lineno"> 1245</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testAnalysisSoftware()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01245" name="l01245"></a><span class="lineno"> 1245</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testAnalysisSoftware()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01246" name="l01246"></a><span class="lineno"> 1246</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01247" name="l01247"></a><span class="lineno"> 1247</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_analysis_software.html">AnalysisSoftware</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01248" name="l01248"></a><span class="lineno"> 1248</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01249" name="l01249"></a><span class="lineno"> 1249</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;AnalysisSoftware, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01250" name="l01250"></a><span class="lineno"> 1250</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01251" name="l01251"></a><span class="lineno"> 1251</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01252" name="l01252"></a><span class="lineno"> 1252</span>    <span class="comment">// a.version</span></div>
│ │ │ │ @@ -1306,39 +1306,39 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01258" name="l01258"></a><span class="lineno"> 1258</span>    <span class="comment">// a.customizations</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01259" name="l01259"></a><span class="lineno"> 1259</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_analysis_software.html#a107a73b76ef168527be581768cf2e894">customizations</a>=<span class="stringliteral">&quot;customizations&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01260" name="l01260"></a><span class="lineno"> 1260</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01261" name="l01261"></a><span class="lineno"> 1261</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01262" name="l01262"></a><span class="lineno"> 1262</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01263" name="l01263"></a><span class="lineno"> 1263</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01264" name="l01264"></a><span class="lineno"> 1264</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01265" name="l01265"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a53213511b015016059c702def35dd00f"> 1265</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a53213511b015016059c702def35dd00f">testDataCollection</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01265" name="l01265"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a53213511b015016059c702def35dd00f"> 1265</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a53213511b015016059c702def35dd00f">testDataCollection</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01266" name="l01266"></a><span class="lineno"> 1266</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01267" name="l01267"></a><span class="lineno"> 1267</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testDataCollection()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01267" name="l01267"></a><span class="lineno"> 1267</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testDataCollection()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01268" name="l01268"></a><span class="lineno"> 1268</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01269" name="l01269"></a><span class="lineno"> 1269</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_data_collection.html">DataCollection</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01270" name="l01270"></a><span class="lineno"> 1270</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;DataCollection, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01271" name="l01271"></a><span class="lineno"> 1271</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01272" name="l01272"></a><span class="lineno"> 1272</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01273" name="l01273"></a><span class="lineno"> 1273</span>    <span class="comment">// a.inputs</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01274" name="l01274"></a><span class="lineno"> 1274</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_data_collection.html#acf80be740a823a798f4ad2fddb2c18d8">inputs</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_inputs.html#a03463f5e49dd65fc57bf61056d6d2108">sourceFile</a>.push_back(<a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#ae17416cf76b238b5675ad9f4d241d604">SourceFilePtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_source_file.html">SourceFile</a>()));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01275" name="l01275"></a><span class="lineno"> 1275</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_data_collection.html#acf80be740a823a798f4ad2fddb2c18d8">inputs</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_inputs.html#a6c1eb288e0f6bfa31a49ba409d3bbaeb">searchDatabase</a>.push_back(SearchDatabasePtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_search_database.html">SearchDatabase</a>()));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01276" name="l01276"></a><span class="lineno"> 1276</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_data_collection.html#acf80be740a823a798f4ad2fddb2c18d8">inputs</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_inputs.html#acf4af52555130cbd104dc5ac2e7b31ca">spectraData</a>.push_back(SpectraDataPtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectra_data.html">SpectraData</a>()));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01277" name="l01277"></a><span class="lineno"> 1277</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01278" name="l01278"></a><span class="lineno"> 1278</span>    <span class="comment">// b.analysisData</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01279" name="l01279"></a><span class="lineno"> 1279</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_data_collection.html#a8e06ff541cf6817cbc595d25a51d1cc2">analysisData</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_analysis_data.html#a6bd81d02c108678ae630007e6f53e076">spectrumIdentificationList</a>.push_back(SpectrumIdentificationListPtr(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_spectrum_identification_list.html">SpectrumIdentificationList</a>()));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01280" name="l01280"></a><span class="lineno"> 1280</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01281" name="l01281"></a><span class="lineno"> 1281</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01282" name="l01282"></a><span class="lineno"> 1282</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01282" name="l01282"></a><span class="lineno"> 1282</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *os_ &lt;&lt; diff_string&lt;TextWriter&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01283" name="l01283"></a><span class="lineno"> 1283</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01284" name="l01284"></a><span class="lineno"> 1284</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01285" name="l01285"></a><span class="lineno"> 1285</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01286" name="l01286"></a><span class="lineno"> 1286</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01287" name="l01287"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#abe75c27046fcc441152c7dc3daf1d0c3"> 1287</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#abe75c27046fcc441152c7dc3daf1d0c3">testIdentData</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01287" name="l01287"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#abe75c27046fcc441152c7dc3daf1d0c3"> 1287</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#abe75c27046fcc441152c7dc3daf1d0c3">testIdentData</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01288" name="l01288"></a><span class="lineno"> 1288</span>{</div>
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│ │ │ │ @@ -1352,82 +1352,82 @@
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│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01378" name="l01378"></a><span class="lineno"> 1378</span>        <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a>();</div>
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│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_abe75c27046fcc441152c7dc3daf1d0c3"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#abe75c27046fcc441152c7dc3daf1d0c3">testIdentData</a></div><div class="ttdeci">void testIdentData()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01287">DiffTest.cpp:1287</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac246ea17edb605f1d365f9fcbe94048e"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac246ea17edb605f1d365f9fcbe94048e">testProvider</a></div><div class="ttdeci">void testProvider()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01206">DiffTest.cpp:1206</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a></div><div class="ttdeci">ostream * os_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">DiffTest.cpp:40</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac9226767d3a411f0d01a96044beec92e"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac9226767d3a411f0d01a96044beec92e">testModification</a></div><div class="ttdeci">void testModification()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01121">DiffTest.cpp:1121</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ad3a822da87ee45d1f8ada2b346767bf9"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ad3a822da87ee45d1f8ada2b346767bf9">testSpectrumIdentificationItem</a></div><div class="ttdeci">void testSpectrumIdentificationItem()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01188">DiffTest.cpp:1188</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a></div><div class="ttdeci">void test()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">DiffTest.cpp:1319</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ae41359160263b06edb4ad590085ce0fc"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ae41359160263b06edb4ad590085ce0fc">testAnalysisCollection</a></div><div class="ttdeci">void testAnalysisCollection()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01108">DiffTest.cpp:1108</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ae4fae45f0e1a3517129db515bfb5408a"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ae4fae45f0e1a3517129db515bfb5408a">testSpectrumIdentification</a></div><div class="ttdeci">void testSpectrumIdentification()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01102">DiffTest.cpp:1102</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ae5acbcf72aa432c7d07139f711b3a21f"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ae5acbcf72aa432c7d07139f711b3a21f">testProteinAmbiguityGroup</a></div><div class="ttdeci">void testProteinAmbiguityGroup()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00301">DiffTest.cpp:301</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ae731f7224e19329771659f839d798f31"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ae731f7224e19329771659f839d798f31">testSequenceCollection</a></div><div class="ttdeci">void testSequenceCollection()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01139">DiffTest.cpp:1139</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ae9ce672245ebef8027ddbb91c8a0380b"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ae9ce672245ebef8027ddbb91c8a0380b">testResidue</a></div><div class="ttdeci">void testResidue()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00785">DiffTest.cpp:785</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_aeb4c6559d6453202c41b7bdd0c0e417c"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#aeb4c6559d6453202c41b7bdd0c0e417c">testPeptideEvidence</a></div><div class="ttdeci">void testPeptideEvidence()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00233">DiffTest.cpp:233</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_aed63bd7841670a47c4720f86d58275be"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#aed63bd7841670a47c4720f86d58275be">testMassTable</a></div><div class="ttdeci">void testMassTable()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00745">DiffTest.cpp:745</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_aede96c2df74a69f17bd370bab7e26133"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#aede96c2df74a69f17bd370bab7e26133">testProteinDetection</a></div><div class="ttdeci">void testProteinDetection()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01096">DiffTest.cpp:1096</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_aee05c1513912937f5842329b7abfbd5a"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#aee05c1513912937f5842329b7abfbd5a">testAnalysisSampleCollection</a></div><div class="ttdeci">void testAnalysisSampleCollection()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01200">DiffTest.cpp:1200</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_af3fbcef23e6165e0d4d0c4a836b79da3"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#af3fbcef23e6165e0d4d0c4a836b79da3">testAnalysisProtocolCollection</a></div><div class="ttdeci">void testAnalysisProtocolCollection()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01002">DiffTest.cpp:1002</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_af5e764972216766143d88b9497827f7c"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#af5e764972216766143d88b9497827f7c">testSpectrumIdentificationList</a></div><div class="ttdeci">void testSpectrumIdentificationList()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00415">DiffTest.cpp:415</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_afb82c5a0eff82b707d60b1b082546a72"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#afb82c5a0eff82b707d60b1b082546a72">testAnalysisSoftware</a></div><div class="ttdeci">void testAnalysisSoftware()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01243">DiffTest.cpp:1243</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_afc11e34032ac4a576637b9141bd0c91e"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#afc11e34032ac4a576637b9141bd0c91e">testMeasure</a></div><div class="ttdeci">void testMeasure()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00170">DiffTest.cpp:170</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_afc5a38f6d3b4f52e00189d54a2989b39"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#afc5a38f6d3b4f52e00189d54a2989b39">testContact</a></div><div class="ttdeci">void testContact()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01008">DiffTest.cpp:1008</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_a0945b7ca689b1791492e25e4b466d3fd"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a0945b7ca689b1791492e25e4b466d3fd">testSearchDatabase</a></div><div class="ttdeci">void testSearchDatabase()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00519">DiffTest.cpp:519</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_a09b3ac89fd976280c9e0ebdbd316feaa"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a09b3ac89fd976280c9e0ebdbd316feaa">testContactRole</a></div><div class="ttdeci">void testContactRole()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01212">DiffTest.cpp:1212</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_a0b517c4af12686550a14595a1d9aa84e"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a0b517c4af12686550a14595a1d9aa84e">testSpectraData</a></div><div class="ttdeci">void testSpectraData()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00567">DiffTest.cpp:567</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">main</a></div><div class="ttdeci">int main(int argc, char *argv[])</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01371">DiffTest.cpp:1371</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_a171f8d901fc1b9e3866724cc48c8b89d"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a171f8d901fc1b9e3866724cc48c8b89d">testSearchModification</a></div><div class="ttdeci">void testSearchModification()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00195">DiffTest.cpp:195</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_a19820c4d84301e679214164b1dfcdd68"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a19820c4d84301e679214164b1dfcdd68">testSampleComponent</a></div><div class="ttdeci">void testSampleComponent()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01145">DiffTest.cpp:1145</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_a1e134fd121c0aff1b97752fe2c9b5691"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a1e134fd121c0aff1b97752fe2c9b5691">testEnzyme</a></div><div class="ttdeci">void testEnzyme()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00679">DiffTest.cpp:679</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_a2153c606a301fd07983221e5fedc04df"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a2153c606a301fd07983221e5fedc04df">testIdentifiable</a></div><div class="ttdeci">void testIdentifiable()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00043">DiffTest.cpp:43</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_a232e9008913cc7b8e56fbdefc99d1d93"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a232e9008913cc7b8e56fbdefc99d1d93">testInputs</a></div><div class="ttdeci">void testInputs()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00641">DiffTest.cpp:641</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_a286231885b4fd779bb9737e6e680942b"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a286231885b4fd779bb9737e6e680942b">testSample</a></div><div class="ttdeci">void testSample()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01151">DiffTest.cpp:1151</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3">testSourceFile</a></div><div class="ttdeci">void testSourceFile()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00601">DiffTest.cpp:601</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_a38e05f33d61d1b49604eee2d1c45c75e"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a38e05f33d61d1b49604eee2d1c45c75e">testOrganization</a></div><div class="ttdeci">void testOrganization()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01084">DiffTest.cpp:1084</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_a3d06fd1e7cf4cf703cceed3b95f89772"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a3d06fd1e7cf4cf703cceed3b95f89772">testSubstitutionModification</a></div><div class="ttdeci">void testSubstitutionModification()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01127">DiffTest.cpp:1127</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_a41c3740a427544b0fdd3c3f9cfc6bc39"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a41c3740a427544b0fdd3c3f9cfc6bc39">testAnalysisData</a></div><div class="ttdeci">void testAnalysisData()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00484">DiffTest.cpp:484</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_a45faae728fd4729cf65352cd92db8240"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a45faae728fd4729cf65352cd92db8240">testAmbiguousResidue</a></div><div class="ttdeci">void testAmbiguousResidue()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00813">DiffTest.cpp:813</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_a467cc13e2a2464cd21c797a30fc59ffe"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a467cc13e2a2464cd21c797a30fc59ffe">testProteinDetectionHypothesis</a></div><div class="ttdeci">void testProteinDetectionHypothesis()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00366">DiffTest.cpp:366</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_a4b1a0c98dfb47069bdc2fad58364be1b"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a4b1a0c98dfb47069bdc2fad58364be1b">testDBSequence</a></div><div class="ttdeci">void testDBSequence()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01115">DiffTest.cpp:1115</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_a4bba8691b2d28f7aea6b7ac81bbbe7df"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a4bba8691b2d28f7aea6b7ac81bbbe7df">testSpectrumIdentificationResult</a></div><div class="ttdeci">void testSpectrumIdentificationResult()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01194">DiffTest.cpp:1194</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_a4d4929b1aa5964438db41e09ea0fe81d"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a4d4929b1aa5964438db41e09ea0fe81d">testProteinDetectionList</a></div><div class="ttdeci">void testProteinDetectionList()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00453">DiffTest.cpp:453</a></div></div>
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│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_a53213511b015016059c702def35dd00f"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a53213511b015016059c702def35dd00f">testDataCollection</a></div><div class="ttdeci">void testDataCollection()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01265">DiffTest.cpp:1265</a></div></div>
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│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_a9dbec95392ecb039dfef2d6eb5b8f41c"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a9dbec95392ecb039dfef2d6eb5b8f41c">testIonType</a></div><div class="ttdeci">void testIonType()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00128">DiffTest.cpp:128</a></div></div>
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│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac246ea17edb605f1d365f9fcbe94048e"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac246ea17edb605f1d365f9fcbe94048e">testProvider</a></div><div class="ttdeci">void testProvider()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01206">DiffTest.cpp:1206</a></div></div>
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│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_data_collection_html_a8e06ff541cf6817cbc595d25a51d1cc2"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_data_collection.html#a8e06ff541cf6817cbc595d25a51d1cc2">pwiz::identdata::DataCollection::analysisData</a></div><div class="ttdeci">AnalysisData analysisData</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00977">IdentData.hpp:977</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_data_collection_html_acf80be740a823a798f4ad2fddb2c18d8"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_data_collection.html#acf80be740a823a798f4ad2fddb2c18d8">pwiz::identdata::DataCollection::inputs</a></div><div class="ttdeci">Inputs inputs</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00976">IdentData.hpp:976</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_database_translation_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_database_translation.html">pwiz::identdata::DatabaseTranslation</a></div><div class="ttdoc">Implementation of DatabaseTranslationType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00530">IdentData.hpp:531</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_database_translation_html_a760a7b89a9ace6571cd0f2b39368a0e9"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_database_translation.html#a760a7b89a9ace6571cd0f2b39368a0e9">pwiz::identdata::DatabaseTranslation::translationTable</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; TranslationTablePtr &gt; translationTable</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00533">IdentData.hpp:533</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_database_translation_html_af01fa95e2a285595da6360fe769ee3d4"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_database_translation.html#af01fa95e2a285595da6360fe769ee3d4">pwiz::identdata::DatabaseTranslation::frames</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; int &gt; frames</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00532">IdentData.hpp:532</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config.html">pwiz::identdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2diff_8hpp_source.html#l00395">Diff.hpp:396</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config.html">pwiz::identdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_8hpp_source.html#l00395">Diff.hpp:396</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme.html">pwiz::identdata::Enzyme</a></div><div class="ttdoc">Implementation of EnzymeType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00408">IdentData.hpp:409</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme_html_a221f7b5462f1a1d7b1ec74e8ebd49321"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme.html#a221f7b5462f1a1d7b1ec74e8ebd49321">pwiz::identdata::Enzyme::missedCleavages</a></div><div class="ttdeci">int missedCleavages</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00416">IdentData.hpp:416</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme_html_a2626d7ab3029d5a9d690f9915c07932b"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme.html#a2626d7ab3029d5a9d690f9915c07932b">pwiz::identdata::Enzyme::minDistance</a></div><div class="ttdeci">int minDistance</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00417">IdentData.hpp:417</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme_html_a3e7fd2450d71d463d8303875fa4a4280"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme.html#a3e7fd2450d71d463d8303875fa4a4280">pwiz::identdata::Enzyme::siteRegexp</a></div><div class="ttdeci">std::string siteRegexp</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00419">IdentData.hpp:419</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme_html_aa0b84f68c3dd910e4b27c8bc12e23e0f"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme.html#aa0b84f68c3dd910e4b27c8bc12e23e0f">pwiz::identdata::Enzyme::cTermGain</a></div><div class="ttdeci">std::string cTermGain</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00414">IdentData.hpp:414</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme_html_ab1cbe7d7006de980bb3b05f3153273d5"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme.html#ab1cbe7d7006de980bb3b05f3153273d5">pwiz::identdata::Enzyme::terminalSpecificity</a></div><div class="ttdeci">proteome::Digestion::Specificity terminalSpecificity</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00415">IdentData.hpp:415</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme_html_af5eb9b575d586be1ec159db1f2b9b524"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_enzyme.html#af5eb9b575d586be1ec159db1f2b9b524">pwiz::identdata::Enzyme::enzymeName</a></div><div class="ttdeci">ParamContainer enzymeName</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00420">IdentData.hpp:420</a></div></div>
│ │ │ │ @@ -1680,15 +1680,15 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html">unit.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a692991fff57cd9eb6ebdbc976e277ae7"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a692991fff57cd9eb6ebdbc976e277ae7">TEST_PROLOG_EX</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_PROLOG_EX(argc, argv, suffix)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00157">unit.hpp:157</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c">TEST_EPILOG</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_EPILOG</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00183">unit.hpp:183</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd">TEST_FAILED</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_FAILED(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00177">unit.hpp:177</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_acbd450df99370be00778913f140d5ec0"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert_equal(x, y, epsilon)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit.hpp:99</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_aea324641e684d3b405e947a8b2427812"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#aea324641e684d3b405e947a8b2427812">unit_assert_operator_equal</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert_operator_equal(expected, actual)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00092">unit.hpp:92</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="autility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp.html">diff.hpp</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="autility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp.html">diff.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment --></div><!-- contents -->
│ │ │ │  <!-- start footer part -->
│ │ │ │  <hr class="footer"/><address class="footer"><small>
│ │ │ │  Generated by&#160;<a href="https://www.doxygen.org/index.html"><img class="footer" src="doxygen.svg" width="104" height="31" alt="doxygen"/></a> 1.9.4
│ │ │ │  </small></address>
│ │ │ │  </body>
│ │ │ │  </html>
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│ │ │ ├── +++ ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/data_2msdata_2_diff_8hpp.html
│ │ │ │┄ Files 0% similar despite different names
│ │ │ │ @@ -50,15 +50,15 @@
│ │ │ │    <div class="headertitle"><div class="title">Diff.hpp File Reference</div></div>
│ │ │ │  </div><!--header-->
│ │ │ │  <div class="contents">
│ │ │ │  <div class="textblock"><code>#include &quot;<a class="el" href="_export_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/Export.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html">MSData.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html">pwiz/data/common/diff_std.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │ -<p><a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html">Go to the source code of this file.</a></p>
│ │ │ │ +<p><a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html">Go to the source code of this file.</a></p>
│ │ │ │  <table class="memberdecls">
│ │ │ │  <tr class="heading"><td colspan="2"><h2 class="groupheader"><a id="nested-classes" name="nested-classes"></a>
│ │ │ │  Classes</h2></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">struct &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html">pwiz::msdata::DiffConfig</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memdesc:"><td class="mdescLeft">&#160;</td><td class="mdescRight">configuration struct for diffing <a class="el" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html" title="This is the root element of ProteoWizard; it represents the mzML element, defined as: intended to cap...">MSData</a> types  <a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#details">More...</a><br /></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  </table><table class="memberdecls">
│ │ │ │   --- ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/data_2msdata_2diff_8hpp_source.html
│ │ │ ├── +++ ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html
│ │ │ │┄ Files 0% similar despite different names
│ │ │ │ @@ -42,15 +42,15 @@
│ │ │ │  <li class="navelem"><a class="el" href="dir_45c7ef8544c9622a4c49808ad228f176.html">pwiz</a></li><li class="navelem"><a class="el" href="dir_f88a24e2e306ea4f9f3861037e755022.html">data</a></li><li class="navelem"><a class="el" href="dir_ba990afc352f2129f813cbf8586e50b6.html">msdata</a></li>  </ul>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div><!-- top -->
│ │ │ │  <div class="header">
│ │ │ │    <div class="headertitle"><div class="title">Diff.hpp</div></div>
│ │ │ │  </div><!--header-->
│ │ │ │  <div class="contents">
│ │ │ │ -<a href="data_2msdata_2diff_8hpp.html">Go to the documentation of this file.</a><div class="fragment"><div class="line"><a id="l00001" name="l00001"></a><span class="lineno">    1</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │ +<a href="data_2msdata_2_diff_8hpp.html">Go to the documentation of this file.</a><div class="fragment"><div class="line"><a id="l00001" name="l00001"></a><span class="lineno">    1</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00002" name="l00002"></a><span class="lineno">    2</span><span class="comment">// $Id$</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00003" name="l00003"></a><span class="lineno">    3</span><span class="comment">//</span></div>
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│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00005" name="l00005"></a><span class="lineno">    5</span><span class="comment">// Original author: Darren Kessner &lt;darren@proteowizard.org&gt;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00006" name="l00006"></a><span class="lineno">    6</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00007" name="l00007"></a><span class="lineno">    7</span><span class="comment">// Copyright 2007 Spielberg Family Center for Applied Proteomics</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00008" name="l00008"></a><span class="lineno">    8</span><span class="comment">//   Cedars-Sinai Medical Center, Los Angeles, California  90048</span></div>
│ │ │ │ @@ -297,30 +297,30 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_list_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_list.html">pwiz::msdata::SpectrumList</a></div><div class="ttdoc">Interface for accessing spectra, which may be stored in memory or backed by a data file (RAW,...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00660">MSData.hpp:661</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="adiff__std_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="diff__std_8hpp.html">diff_std.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1data_1_1diff__impl_html_a94bc7e764263e33b62d6d471ed0a3e4d"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1data_1_1diff__impl.html#a94bc7e764263e33b62d6d471ed0a3e4d">pwiz::data::diff_impl::diff</a></div><div class="ttdeci">PWIZ_API_DECL void diff(const std::string &amp;a, const std::string &amp;b, std::string &amp;a_b, std::string &amp;b_a, const BaseDiffConfig &amp;config)</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html_ad91dce2f11cf3f7f8a5265028a1b18e0"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html#ad91dce2f11cf3f7f8a5265028a1b18e0">pwiz::msdata::operator&lt;&lt;</a></div><div class="ttdeci">PWIZ_API_DECL std::ostream &amp; operator&lt;&lt;(std::ostream &amp;os, const BinaryDataEncoder::Config &amp;config)</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz.html">pwiz</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_chromatogram_list___filter_8hpp_source.html#l00036">ChromatogramList_Filter.hpp:36</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html">pwiz::data::BaseDiffConfig</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00041">diff_std.hpp:42</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_diff_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">pwiz::data::Diff</a></div><div class="ttdoc">Calculate diffs of objects in a ProteoWizard data model hierarchy.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00142">diff_std.hpp:143</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config.html">pwiz::identdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2diff_8hpp_source.html#l00395">Diff.hpp:396</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config.html">pwiz::identdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_8hpp_source.html#l00395">Diff.hpp:396</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_sample_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_sample.html">pwiz::identdata::Sample</a></div><div class="ttdoc">Implementation of the SampleType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00195">IdentData.hpp:196</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array.html">pwiz::msdata::BinaryDataArray</a></div><div class="ttdoc">The structure into which encoded binary data goes. Byte ordering is always little endian (Intel style...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00404">MSData.hpp:405</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram.html">pwiz::msdata::Chromatogram</a></div><div class="ttdoc">A single chromatogram.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00577">MSData.hpp:578</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram_list_simple_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram_list_simple.html">pwiz::msdata::ChromatogramListSimple</a></div><div class="ttdoc">Simple writeable in-memory implementation of ChromatogramList.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00790">MSData.hpp:791</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_component_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_component.html">pwiz::msdata::Component</a></div><div class="ttdoc">A component of an instrument corresponding to a source (i.e. ion source), an analyzer (i....</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00131">MSData.hpp:132</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_component_list_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_component_list.html">pwiz::msdata::ComponentList</a></div><div class="ttdoc">List with the different components used in the mass spectrometer. At least one source,...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00156">MSData.hpp:157</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_data_processing_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_data_processing.html">pwiz::msdata::DataProcessing</a></div><div class="ttdoc">Description of the way in which a particular software was used.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00273">MSData.hpp:274</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html">pwiz::msdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdoc">configuration struct for diffing MSData types</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00205">Diff.hpp:206</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreMetadata</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreMetadata</div><div class="ttdoc">ignore all file level metadata, and most scan level metadata, i.e.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00214">Diff.hpp:214</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a1cda6ed2acc8a046a0e32910a2c79c81"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a1cda6ed2acc8a046a0e32910a2c79c81">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreExtraBinaryDataArrays</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreExtraBinaryDataArrays</div><div class="ttdoc">ignore arrays like mobility, charge state, noise, SNR, etc.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00217">Diff.hpp:217</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a467b31c113a88383b277d5cc4841ba4c"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a467b31c113a88383b277d5cc4841ba4c">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreDataProcessing</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreDataProcessing</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00222">Diff.hpp:222</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a663c46fc71667568ef89abf804973c2a"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a663c46fc71667568ef89abf804973c2a">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreSpectra</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreSpectra</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00219">Diff.hpp:219</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a66b2e2c296f354f2acc5f4b7461c87da"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a66b2e2c296f354f2acc5f4b7461c87da">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreIdentity</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreIdentity</div><div class="ttdoc">ignore members of SpectrumIdentity and ChromatogramIdentity</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00208">Diff.hpp:208</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a713162f2990ed076b3e67b6d0715cb8f"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a713162f2990ed076b3e67b6d0715cb8f">pwiz::msdata::DiffConfig::DiffConfig</a></div><div class="ttdeci">DiffConfig()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00224">Diff.hpp:224</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_ae0bb4b67247d54cf960936921af98951"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#ae0bb4b67247d54cf960936921af98951">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreChromatograms</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreChromatograms</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html#l00220">Diff.hpp:220</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html">pwiz::msdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdoc">configuration struct for diffing MSData types</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00205">Diff.hpp:206</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a0e4059feec64329bc127232f7eaa5e5a">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreMetadata</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreMetadata</div><div class="ttdoc">ignore all file level metadata, and most scan level metadata, i.e.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00214">Diff.hpp:214</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a1cda6ed2acc8a046a0e32910a2c79c81"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a1cda6ed2acc8a046a0e32910a2c79c81">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreExtraBinaryDataArrays</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreExtraBinaryDataArrays</div><div class="ttdoc">ignore arrays like mobility, charge state, noise, SNR, etc.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00217">Diff.hpp:217</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a467b31c113a88383b277d5cc4841ba4c"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a467b31c113a88383b277d5cc4841ba4c">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreDataProcessing</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreDataProcessing</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00222">Diff.hpp:222</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a663c46fc71667568ef89abf804973c2a"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a663c46fc71667568ef89abf804973c2a">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreSpectra</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreSpectra</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00219">Diff.hpp:219</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a66b2e2c296f354f2acc5f4b7461c87da"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a66b2e2c296f354f2acc5f4b7461c87da">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreIdentity</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreIdentity</div><div class="ttdoc">ignore members of SpectrumIdentity and ChromatogramIdentity</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00208">Diff.hpp:208</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_a713162f2990ed076b3e67b6d0715cb8f"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#a713162f2990ed076b3e67b6d0715cb8f">pwiz::msdata::DiffConfig::DiffConfig</a></div><div class="ttdeci">DiffConfig()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00224">Diff.hpp:224</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config_html_ae0bb4b67247d54cf960936921af98951"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_diff_config.html#ae0bb4b67247d54cf960936921af98951">pwiz::msdata::DiffConfig::ignoreChromatograms</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreChromatograms</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html#l00220">Diff.hpp:220</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_file_description_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_file_description.html">pwiz::msdata::FileDescription</a></div><div class="ttdoc">Information pertaining to the entire mzML file (i.e. not specific to any part of the data set) is sto...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00084">MSData.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_instrument_configuration_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_instrument_configuration.html">pwiz::msdata::InstrumentConfiguration</a></div><div class="ttdoc">Description of a particular hardware configuration of a mass spectrometer. Each configuration MUST ha...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00229">MSData.hpp:230</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html">pwiz::msdata::MSData</a></div><div class="ttdoc">This is the root element of ProteoWizard; it represents the mzML element, defined as: intended to cap...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00849">MSData.hpp:850</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_precursor_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html">pwiz::msdata::Precursor</a></div><div class="ttdoc">The method of precursor ion selection and activation.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00311">MSData.hpp:312</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_processing_method_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_processing_method.html">pwiz::msdata::ProcessingMethod</a></div><div class="ttdoc">Description of the default peak processing method. This element describes the base method used in the...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00254">MSData.hpp:255</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_product_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_product.html">pwiz::msdata::Product</a></div><div class="ttdoc">product ion information</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00347">MSData.hpp:348</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_run_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html">pwiz::msdata::Run</a></div><div class="ttdoc">A run in mzML should correspond to a single, consecutive and coherent set of scans on an instrument.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00809">MSData.hpp:810</a></div></div>
│ │ │ │   --- ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/data_2msdata_2difftest_8cpp.html
│ │ │ ├── +++ ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html
│ │ │ │┄ Files 6% similar despite different names
│ │ │ │ @@ -46,95 +46,95 @@
│ │ │ │    <div class="summary">
│ │ │ │  <a href="#nested-classes">Classes</a> &#124;
│ │ │ │  <a href="#func-members">Functions</a> &#124;
│ │ │ │  <a href="#var-members">Variables</a>  </div>
│ │ │ │    <div class="headertitle"><div class="title">DiffTest.cpp File Reference</div></div>
│ │ │ │  </div><!--header-->
│ │ │ │  <div class="contents">
│ │ │ │ -<div class="textblock"><code>#include &quot;<a class="el" href="data_2msdata_2diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │ +<div class="textblock"><code>#include &quot;<a class="el" href="data_2msdata_2_diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="msdata_2_text_writer_8hpp_source.html">TextWriter.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="msdata_2examples_8hpp_source.html">examples.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="unit_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/unit.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_std_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/Std.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &lt;cstring&gt;</code><br />
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │ -<p><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html">Go to the source code of this file.</a></p>
│ │ │ │ +<p><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html">Go to the source code of this file.</a></p>
│ │ │ │  <table class="memberdecls">
│ │ │ │  <tr class="heading"><td colspan="2"><h2 class="groupheader"><a id="nested-classes" name="nested-classes"></a>
│ │ │ │  Classes</h2></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">struct &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="struct_m_s_data_with_settable_version.html">MSDataWithSettableVersion</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  </table><table class="memberdecls">
│ │ │ │  <tr class="heading"><td colspan="2"><h2 class="groupheader"><a id="func-members" name="func-members"></a>
│ │ │ │  Functions</h2></td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a965da1fd1a337ab2bfd8dac4a538ae40"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a965da1fd1a337ab2bfd8dac4a538ae40">testFileContent</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a965da1fd1a337ab2bfd8dac4a538ae40"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a965da1fd1a337ab2bfd8dac4a538ae40">testFileContent</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a965da1fd1a337ab2bfd8dac4a538ae40"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3">testSourceFile</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3">testSourceFile</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a897e59dfb7b212af08f72e33ccce434d"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a897e59dfb7b212af08f72e33ccce434d">testFileDescription</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a897e59dfb7b212af08f72e33ccce434d"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a897e59dfb7b212af08f72e33ccce434d">testFileDescription</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a897e59dfb7b212af08f72e33ccce434d"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a286231885b4fd779bb9737e6e680942b"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a286231885b4fd779bb9737e6e680942b">testSample</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a286231885b4fd779bb9737e6e680942b"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a286231885b4fd779bb9737e6e680942b">testSample</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a286231885b4fd779bb9737e6e680942b"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a71baf45c88cc05efe16c3e53ebce236c"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a71baf45c88cc05efe16c3e53ebce236c">testComponent</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a71baf45c88cc05efe16c3e53ebce236c"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a71baf45c88cc05efe16c3e53ebce236c">testComponent</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a71baf45c88cc05efe16c3e53ebce236c"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a62f144c30bc930b9da0b54e4b630d016"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a62f144c30bc930b9da0b54e4b630d016">testSource</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a62f144c30bc930b9da0b54e4b630d016"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a62f144c30bc930b9da0b54e4b630d016">testSource</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a62f144c30bc930b9da0b54e4b630d016"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:aa7ddc61dd4295a5eb99362145ae924e7"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#aa7ddc61dd4295a5eb99362145ae924e7">testComponentList</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:aa7ddc61dd4295a5eb99362145ae924e7"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#aa7ddc61dd4295a5eb99362145ae924e7">testComponentList</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:aa7ddc61dd4295a5eb99362145ae924e7"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">testSoftware</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">testSoftware</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a954c31818eeef019731db39968bf80ad"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a954c31818eeef019731db39968bf80ad">testInstrumentConfiguration</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a954c31818eeef019731db39968bf80ad"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a954c31818eeef019731db39968bf80ad">testInstrumentConfiguration</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a954c31818eeef019731db39968bf80ad"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a4999623827ea7b13aaf5ab0d0878a6b2"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a4999623827ea7b13aaf5ab0d0878a6b2">testProcessingMethod</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a4999623827ea7b13aaf5ab0d0878a6b2"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a4999623827ea7b13aaf5ab0d0878a6b2">testProcessingMethod</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a4999623827ea7b13aaf5ab0d0878a6b2"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:ae1bc10396b7ec479fb119de5daeb4569"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#ae1bc10396b7ec479fb119de5daeb4569">testDataProcessing</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:ae1bc10396b7ec479fb119de5daeb4569"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#ae1bc10396b7ec479fb119de5daeb4569">testDataProcessing</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:ae1bc10396b7ec479fb119de5daeb4569"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a35ca5f579f1daf90213e19b4da7ac079"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a35ca5f579f1daf90213e19b4da7ac079">testScanSettings</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a35ca5f579f1daf90213e19b4da7ac079"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a35ca5f579f1daf90213e19b4da7ac079">testScanSettings</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a35ca5f579f1daf90213e19b4da7ac079"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a52ec78cb2cb2e5d24313827dd9f7a2ff"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a52ec78cb2cb2e5d24313827dd9f7a2ff">testPrecursor</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a52ec78cb2cb2e5d24313827dd9f7a2ff"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a52ec78cb2cb2e5d24313827dd9f7a2ff">testPrecursor</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a52ec78cb2cb2e5d24313827dd9f7a2ff"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a5ad6c4f924813fb1fb33074c2a94d17b"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a5ad6c4f924813fb1fb33074c2a94d17b">testProduct</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a5ad6c4f924813fb1fb33074c2a94d17b"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a5ad6c4f924813fb1fb33074c2a94d17b">testProduct</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a5ad6c4f924813fb1fb33074c2a94d17b"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a82513bbf1fbb217c96f62afcd518e06e"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a82513bbf1fbb217c96f62afcd518e06e">testScan</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a82513bbf1fbb217c96f62afcd518e06e"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a82513bbf1fbb217c96f62afcd518e06e">testScan</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a82513bbf1fbb217c96f62afcd518e06e"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:ae8b169a3c25a69542922b6450d97f98a"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#ae8b169a3c25a69542922b6450d97f98a">testScanList</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:ae8b169a3c25a69542922b6450d97f98a"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#ae8b169a3c25a69542922b6450d97f98a">testScanList</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:ae8b169a3c25a69542922b6450d97f98a"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:aed819a671dd91394244e51992c647151"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#aed819a671dd91394244e51992c647151">testBinaryDataArray</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:aed819a671dd91394244e51992c647151"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#aed819a671dd91394244e51992c647151">testBinaryDataArray</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:aed819a671dd91394244e51992c647151"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:aafcd093c0d78a5aca4984053f3631bf8"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#aafcd093c0d78a5aca4984053f3631bf8">testSpectrum</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:aafcd093c0d78a5aca4984053f3631bf8"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#aafcd093c0d78a5aca4984053f3631bf8">testSpectrum</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:aafcd093c0d78a5aca4984053f3631bf8"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:ac1e55316a96e4cc45abb2edeb608b509"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#ac1e55316a96e4cc45abb2edeb608b509">testChromatogram</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:ac1e55316a96e4cc45abb2edeb608b509"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#ac1e55316a96e4cc45abb2edeb608b509">testChromatogram</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:ac1e55316a96e4cc45abb2edeb608b509"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a671384f46c0640710e586038587f8a2c"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a671384f46c0640710e586038587f8a2c">testSpectrumList</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a671384f46c0640710e586038587f8a2c"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a671384f46c0640710e586038587f8a2c">testSpectrumList</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a671384f46c0640710e586038587f8a2c"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a54532e0c2029b4825cce293302d52354"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a54532e0c2029b4825cce293302d52354">testChromatogramList</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a54532e0c2029b4825cce293302d52354"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a54532e0c2029b4825cce293302d52354">testChromatogramList</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a54532e0c2029b4825cce293302d52354"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a65ed223c6c0c23c27e8083eeb22036c4"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a65ed223c6c0c23c27e8083eeb22036c4">testRun</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a65ed223c6c0c23c27e8083eeb22036c4"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a65ed223c6c0c23c27e8083eeb22036c4">testRun</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a65ed223c6c0c23c27e8083eeb22036c4"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:af99a41d330719ceb0646b801fdcf82d3"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#af99a41d330719ceb0646b801fdcf82d3">testMSData</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:af99a41d330719ceb0646b801fdcf82d3"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#af99a41d330719ceb0646b801fdcf82d3">testMSData</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:af99a41d330719ceb0646b801fdcf82d3"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a5d4f62c58b6db5fa52bd9666b1613264"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a5d4f62c58b6db5fa52bd9666b1613264">testBinaryDataOnly</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a5d4f62c58b6db5fa52bd9666b1613264"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a5d4f62c58b6db5fa52bd9666b1613264">testBinaryDataOnly</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a5d4f62c58b6db5fa52bd9666b1613264"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memitem:a6ef4897e4a6e9d96970b6ca30300722c"><td class="memTemplParams" colspan="2">template&lt;typename list_type &gt; </td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a6ef4897e4a6e9d96970b6ca30300722c"><td class="memTemplItemLeft" align="right" valign="top">double&#160;</td><td class="memTemplItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a6ef4897e4a6e9d96970b6ca30300722c">getMaxPrecisionDiff</a> (const list_type &amp;list)</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a6ef4897e4a6e9d96970b6ca30300722c"><td class="memTemplItemLeft" align="right" valign="top">double&#160;</td><td class="memTemplItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a6ef4897e4a6e9d96970b6ca30300722c">getMaxPrecisionDiff</a> (const list_type &amp;list)</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a6ef4897e4a6e9d96970b6ca30300722c"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a0d184b132765a1682b7cde7dd6b69251"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a0d184b132765a1682b7cde7dd6b69251">testMaxPrecisionDiff</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a0d184b132765a1682b7cde7dd6b69251"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a0d184b132765a1682b7cde7dd6b69251">testMaxPrecisionDiff</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a0d184b132765a1682b7cde7dd6b69251"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a82de181333f8c177916cb81b48c7f3f2"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a82de181333f8c177916cb81b48c7f3f2">testMSDiffUpdate</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a82de181333f8c177916cb81b48c7f3f2"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a82de181333f8c177916cb81b48c7f3f2">testMSDiffUpdate</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a82de181333f8c177916cb81b48c7f3f2"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">int&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">main</a> (int argc, char *argv[])</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">int&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">main</a> (int argc, char *argv[])</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  </table><table class="memberdecls">
│ │ │ │  <tr class="heading"><td colspan="2"><h2 class="groupheader"><a id="var-members" name="var-members"></a>
│ │ │ │  Variables</h2></td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">ostream *&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> = 0</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">ostream *&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> = 0</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a9df8d6239f963749300327e3687cdf86"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">static const char *&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a9df8d6239f963749300327e3687cdf86">userParamName_MaxBinaryDataArrayDifference_</a> = &quot;Maximum binary data array difference&quot;</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a9df8d6239f963749300327e3687cdf86"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">static const char *&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a9df8d6239f963749300327e3687cdf86">userParamName_MaxBinaryDataArrayDifference_</a> = &quot;Maximum binary data array difference&quot;</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a9df8d6239f963749300327e3687cdf86"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  </table>
│ │ │ │  <h2 class="groupheader">Function Documentation</h2>
│ │ │ │  <a id="a965da1fd1a337ab2bfd8dac4a538ae40" name="a965da1fd1a337ab2bfd8dac4a538ae40"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a965da1fd1a337ab2bfd8dac4a538ae40">&#9670;&nbsp;</a></span>testFileContent()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -145,48 +145,48 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">41</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">41</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">   42</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   43</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testFileContent()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   43</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testFileContent()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   44</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   45</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_file_content.html">FileContent</a> a, b; </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   46</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   47</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   48</span>  </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   49</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;FileContent, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   50</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   51</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   52</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;different&quot;</span>, <span class="stringliteral">&quot;1&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   53</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;different&quot;</span>, <span class="stringliteral">&quot;2&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   54</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   55</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   56</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   56</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   57</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   58</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   59</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.userParams.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   60</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.userParams[0] == <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;different&quot;</span>,<span class="stringliteral">&quot;1&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   61</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.userParams.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   62</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.userParams[0] == <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;different&quot;</span>,<span class="stringliteral">&quot;2&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   63</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_frequency_data_test_8cpp_html_a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f"><div class="ttname"><a href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a></div><div class="ttdeci">void diff(const string &amp;filename1, const string &amp;filename2)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">FrequencyDataTest.cpp:40</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a></div><div class="ttdeci">ostream * os_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">DiffTest.cpp:40</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a></div><div class="ttdeci">ostream * os_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">DiffTest.cpp:40</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_diff_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">pwiz::data::Diff</a></div><div class="ttdoc">Calculate diffs of objects in a ProteoWizard data model hierarchy.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00142">diff_std.hpp:143</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_param_container_html_ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">pwiz::data::ParamContainer::userParams</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; UserParam &gt; userParams</div><div class="ttdoc">a collection of uncontrolled user terms</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_param_types_8hpp_source.html#l00253">ParamTypes.hpp:253</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_user_param_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">pwiz::data::UserParam</a></div><div class="ttdoc">Uncontrolled user parameters (essentially allowing free text). Before using these,...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_param_types_8hpp_source.html#l00185">ParamTypes.hpp:186</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_file_content_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_file_content.html">pwiz::msdata::FileContent</a></div><div class="ttdoc">This summarizes the different types of spectra that can be expected in the file. This is expected to ...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00050">MSData.hpp:50</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00253">pwiz::data::ParamContainer::userParams</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00253">pwiz::data::ParamContainer::userParams</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3" name="a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3">&#9670;&nbsp;</a></span>testSourceFile()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -197,33 +197,33 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00066">66</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00066">66</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">   67</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   68</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSourceFile()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   68</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSourceFile()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   69</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   70</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_source_file.html">SourceFile</a> a(<span class="stringliteral">&quot;id1&quot;</span>,<span class="stringliteral">&quot;name1&quot;</span>,<span class="stringliteral">&quot;location1&quot;</span>), b(<span class="stringliteral">&quot;id1&quot;</span>,<span class="stringliteral">&quot;name1&quot;</span>,<span class="stringliteral">&quot;location1&quot;</span>); </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   71</span>    a.userParams.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   72</span>    b.userParams.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   73</span>  </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   74</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;SourceFile, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   75</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   76</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   77</span>    b.location = <span class="stringliteral">&quot;location2&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   78</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   79</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   79</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   80</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   81</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_source_file_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_source_file.html">pwiz::identdata::SourceFile</a></div><div class="ttdoc">Implementation of SourceFileType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00923">IdentData.hpp:924</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00925">pwiz::identdata::SourceFile::location</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00253">pwiz::data::ParamContainer::userParams</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_ident_data_8hpp_source.html#l00925">pwiz::identdata::SourceFile::location</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00253">pwiz::data::ParamContainer::userParams</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a897e59dfb7b212af08f72e33ccce434d" name="a897e59dfb7b212af08f72e33ccce434d"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a897e59dfb7b212af08f72e33ccce434d">&#9670;&nbsp;</a></span>testFileDescription()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -234,17 +234,17 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00084">84</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00084">84</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">   85</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   86</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testFileDescription()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   86</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testFileDescription()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   87</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   88</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_file_description.html">FileDescription</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   89</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   90</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_file_description.html#a6751dc1a757c8388360be5ed4f696413">fileContent</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;user param 1&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   91</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_file_description.html#a6751dc1a757c8388360be5ed4f696413">fileContent</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;user param 1&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   92</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   93</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_contact.html">Contact</a> contact1, contact2, contact3, contact4;</div>
│ │ │ │ @@ -273,15 +273,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  116</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_file_description.html#a1dc95627cff573c02bf1ac30a8b2746c">contacts</a>.push_back(contact3);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  117</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_file_description.html#a1dc95627cff573c02bf1ac30a8b2746c">contacts</a>.push_back(contact4);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  118</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  119</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_file_description.html#af4332e803756d9dc627694cda1c5ab1a">sourceFilePtrs</a>.push_back(source2a);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  120</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_file_description.html#af4332e803756d9dc627694cda1c5ab1a">sourceFilePtrs</a>.push_back(source2b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  121</span>    </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  122</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  123</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  123</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  124</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  125</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  126</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.contacts.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  127</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.contacts[0].cvParam(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#ae15f97f35716783c9a9e1eb7cec56373">MS_contact_name</a>).value == <span class="stringliteral">&quot;Emma Lee&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  128</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.contacts.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  129</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.contacts[0].cvParam(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#ae15f97f35716783c9a9e1eb7cec56373">MS_contact_name</a>).value == <span class="stringliteral">&quot;Isabelle Lynn&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  130</span> </div>
│ │ │ │ @@ -297,17 +297,17 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_param_container_html_a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">pwiz::data::ParamContainer::cvParams</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; CVParam &gt; cvParams</div><div class="ttdoc">a collection of controlled vocabulary terms</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_param_types_8hpp_source.html#l00250">ParamTypes.hpp:250</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_contact_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_contact.html">pwiz::identdata::Contact</a></div><div class="ttdoc">Implementation of ContactType from mzIdentML.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00117">IdentData.hpp:118</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_file_description_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_file_description.html">pwiz::msdata::FileDescription</a></div><div class="ttdoc">Information pertaining to the entire mzML file (i.e. not specific to any part of the data set) is sto...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00084">MSData.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_file_description_html_a1dc95627cff573c02bf1ac30a8b2746c"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_file_description.html#a1dc95627cff573c02bf1ac30a8b2746c">pwiz::msdata::FileDescription::contacts</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; Contact &gt; contacts</div><div class="ttdoc">structure allowing the use of a controlled (cvParam) or uncontrolled vocabulary (userParam),...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00093">MSData.hpp:93</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_file_description_html_a6751dc1a757c8388360be5ed4f696413"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_file_description.html#a6751dc1a757c8388360be5ed4f696413">pwiz::msdata::FileDescription::fileContent</a></div><div class="ttdeci">FileContent fileContent</div><div class="ttdoc">this summarizes the different types of spectra that can be expected in the file. This is expected to ...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00087">MSData.hpp:87</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_file_description_html_af4332e803756d9dc627694cda1c5ab1a"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_file_description.html#af4332e803756d9dc627694cda1c5ab1a">pwiz::msdata::FileDescription::sourceFilePtrs</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; SourceFilePtr &gt; sourceFilePtrs</div><div class="ttdoc">list and descriptions of the source files this mzML document was generated or derived from.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00090">MSData.hpp:90</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00093">pwiz::msdata::FileDescription::contacts</a>, <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00250">pwiz::data::ParamContainer::cvParams</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00087">pwiz::msdata::FileDescription::fileContent</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l02409">MS_contact_name</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l02298">MS_Thermo_RAW_format</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00090">pwiz::msdata::FileDescription::sourceFilePtrs</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00253">pwiz::data::ParamContainer::userParams</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00093">pwiz::msdata::FileDescription::contacts</a>, <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00250">pwiz::data::ParamContainer::cvParams</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00087">pwiz::msdata::FileDescription::fileContent</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l02409">MS_contact_name</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l02298">MS_Thermo_RAW_format</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00090">pwiz::msdata::FileDescription::sourceFilePtrs</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00253">pwiz::data::ParamContainer::userParams</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a286231885b4fd779bb9737e6e680942b" name="a286231885b4fd779bb9737e6e680942b"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a286231885b4fd779bb9737e6e680942b">&#9670;&nbsp;</a></span>testSample()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -318,34 +318,34 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00138">138</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00138">138</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  139</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  140</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSample()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  140</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSample()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  141</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  142</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_sample.html">Sample</a> a(<span class="stringliteral">&quot;id1&quot;</span>,<span class="stringliteral">&quot;name1&quot;</span>), b(<span class="stringliteral">&quot;id1&quot;</span>,<span class="stringliteral">&quot;name1&quot;</span>); </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  143</span>    a.userParams.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  144</span>    b.userParams.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  145</span>  </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  146</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Sample, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  147</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  148</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  149</span>    a.cvParams.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#afbee415fb37187d53b6972257dac5a46">MS_peak_intensity</a>); </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  150</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  151</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  151</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  152</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  153</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_afbee415fb37187d53b6972257dac5a46"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#afbee415fb37187d53b6972257dac5a46">MS_peak_intensity</a></div><div class="ttdeci">MS_peak_intensity</div><div class="ttdoc">peak intensity: Intensity of ions as measured by the height or area of a peak in a mass spectrum.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l00402">cv.hpp:402</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_sample_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_sample.html">pwiz::identdata::Sample</a></div><div class="ttdoc">Implementation of the SampleType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00195">IdentData.hpp:196</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00402">MS_peak_intensity</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00253">pwiz::data::ParamContainer::userParams</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00402">MS_peak_intensity</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00253">pwiz::data::ParamContainer::userParams</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a71baf45c88cc05efe16c3e53ebce236c" name="a71baf45c88cc05efe16c3e53ebce236c"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a71baf45c88cc05efe16c3e53ebce236c">&#9670;&nbsp;</a></span>testComponent()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -356,37 +356,37 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00156">156</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00156">156</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  157</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  158</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testComponent()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  158</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testComponent()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  159</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  160</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_component.html">Component</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  161</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  162</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  163</span>  </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  164</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Component, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  165</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  166</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  167</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_component.html#af427cf48d2b2d5c72261323290b4332e">order</a> = 420;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  168</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_component.html#af427cf48d2b2d5c72261323290b4332e">order</a> = 421;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  169</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  170</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  170</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  171</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  172</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_component_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_component.html">pwiz::msdata::Component</a></div><div class="ttdoc">A component of an instrument corresponding to a source (i.e. ion source), an analyzer (i....</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00131">MSData.hpp:132</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_component_html_af427cf48d2b2d5c72261323290b4332e"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_component.html#af427cf48d2b2d5c72261323290b4332e">pwiz::msdata::Component::order</a></div><div class="ttdeci">int order</div><div class="ttdoc">this attribute MUST be used to indicate the order in which the components are encountered from source...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00137">MSData.hpp:137</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00137">pwiz::msdata::Component::order</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00253">pwiz::data::ParamContainer::userParams</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00137">pwiz::msdata::Component::order</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00253">pwiz::data::ParamContainer::userParams</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a62f144c30bc930b9da0b54e4b630d016" name="a62f144c30bc930b9da0b54e4b630d016"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a62f144c30bc930b9da0b54e4b630d016">&#9670;&nbsp;</a></span>testSource()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -397,35 +397,35 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00175">175</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00175">175</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  176</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  177</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSource()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  177</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSource()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  178</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  179</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_component.html">Component</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  180</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  181</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  182</span>  </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  183</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Component, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  184</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  185</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  186</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_component.html#af427cf48d2b2d5c72261323290b4332e">order</a> = 420;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  187</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_component.html#af427cf48d2b2d5c72261323290b4332e">order</a> = 421;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  188</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  189</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  189</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  190</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  191</span>}</div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00137">pwiz::msdata::Component::order</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00253">pwiz::data::ParamContainer::userParams</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00137">pwiz::msdata::Component::order</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00253">pwiz::data::ParamContainer::userParams</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="aa7ddc61dd4295a5eb99362145ae924e7" name="aa7ddc61dd4295a5eb99362145ae924e7"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#aa7ddc61dd4295a5eb99362145ae924e7">&#9670;&nbsp;</a></span>testComponentList()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -436,17 +436,17 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00194">194</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00194">194</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  195</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  196</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testComponentList()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  196</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testComponentList()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  197</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  198</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_component_list.html">ComponentList</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  199</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  200</span>    a.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_component.html">Component</a>(<a class="code hl_enumvalue" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a00215f147d9d5af690e9d3eb8566a834a76cf5e557ed8265094f1e71920afc38c">ComponentType_Source</a>, 1));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  201</span>    b.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_component.html">Component</a>(<a class="code hl_enumvalue" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a00215f147d9d5af690e9d3eb8566a834a76cf5e557ed8265094f1e71920afc38c">ComponentType_Source</a>, 1));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  202</span>    a.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_component.html">Component</a>(<a class="code hl_enumvalue" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a00215f147d9d5af690e9d3eb8566a834a27ac2b1f369ed3c90e7845b7a208c402">ComponentType_Analyzer</a>, 2));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  203</span>    b.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_component.html">Component</a>(<a class="code hl_enumvalue" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a00215f147d9d5af690e9d3eb8566a834a27ac2b1f369ed3c90e7845b7a208c402">ComponentType_Analyzer</a>, 2));</div>
│ │ │ │ @@ -464,25 +464,25 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  215</span>    a[1].userParams.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;a only&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  216</span>    b[1].userParams.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;b only&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  217</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  218</span>    a[2].userParams.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;a only&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  219</span>    b[2].userParams.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;b only&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  220</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  221</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  222</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  222</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  223</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  224</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html_a00215f147d9d5af690e9d3eb8566a834a27ac2b1f369ed3c90e7845b7a208c402"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a00215f147d9d5af690e9d3eb8566a834a27ac2b1f369ed3c90e7845b7a208c402">pwiz::msdata::ComponentType_Analyzer</a></div><div class="ttdeci">@ ComponentType_Analyzer</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00125">MSData.hpp:125</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html_a00215f147d9d5af690e9d3eb8566a834a38e881e5ec494709a20962572af5737a"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a00215f147d9d5af690e9d3eb8566a834a38e881e5ec494709a20962572af5737a">pwiz::msdata::ComponentType_Detector</a></div><div class="ttdeci">@ ComponentType_Detector</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00127">MSData.hpp:126</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html_a00215f147d9d5af690e9d3eb8566a834a76cf5e557ed8265094f1e71920afc38c"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a00215f147d9d5af690e9d3eb8566a834a76cf5e557ed8265094f1e71920afc38c">pwiz::msdata::ComponentType_Source</a></div><div class="ttdeci">@ ComponentType_Source</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00124">MSData.hpp:124</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_component_list_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_component_list.html">pwiz::msdata::ComponentList</a></div><div class="ttdoc">List with the different components used in the mass spectrometer. At least one source,...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00156">MSData.hpp:157</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00125">pwiz::msdata::ComponentType_Analyzer</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00126">pwiz::msdata::ComponentType_Detector</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00124">pwiz::msdata::ComponentType_Source</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00125">pwiz::msdata::ComponentType_Analyzer</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00126">pwiz::msdata::ComponentType_Detector</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00124">pwiz::msdata::ComponentType_Source</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0" name="af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">&#9670;&nbsp;</a></span>testSoftware()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -493,43 +493,43 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00227">227</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00227">227</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  228</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  229</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSoftware()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  229</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSoftware()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  230</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  231</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_software.html">Software</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  232</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  233</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_software.html#a3e06debf06c4a44b04b650c5254fc533">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;msdata&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  234</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_software.html#a53eadbb8a2002e1c06c6027d7480e933">version</a> = <span class="stringliteral">&quot;4.20&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  235</span>    a.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#adfa5f6102a293562e0bff0f399ee1676">MS_ionization_type</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  236</span>    b = a;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  237</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  238</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Software, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  239</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  240</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  241</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_software.html#a53eadbb8a2002e1c06c6027d7480e933">version</a> = <span class="stringliteral">&quot;4.21&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  242</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  243</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  244</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  244</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  245</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  246</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_adfa5f6102a293562e0bff0f399ee1676"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#adfa5f6102a293562e0bff0f399ee1676">MS_ionization_type</a></div><div class="ttdeci">MS_ionization_type</div><div class="ttdoc">ionization type: The method by which gas phase ions are generated from the sample.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l00285">cv.hpp:285</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_param_container_html_a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set</a></div><div class="ttdeci">void set(CVID cvid, const std::string &amp;value=&quot;&quot;, CVID units=CVID_Unknown)</div><div class="ttdoc">set/add a CVParam (not recursive)</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_software_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_software.html">pwiz::msdata::Software</a></div><div class="ttdoc">A piece of software.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00179">MSData.hpp:180</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_software_html_a3e06debf06c4a44b04b650c5254fc533"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_software.html#a3e06debf06c4a44b04b650c5254fc533">pwiz::msdata::Software::id</a></div><div class="ttdeci">std::string id</div><div class="ttdoc">an identifier for this software that is unique across all SoftwareTypes.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00182">MSData.hpp:182</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_software_html_a53eadbb8a2002e1c06c6027d7480e933"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_software.html#a53eadbb8a2002e1c06c6027d7480e933">pwiz::msdata::Software::version</a></div><div class="ttdeci">std::string version</div><div class="ttdoc">the software version.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00185">MSData.hpp:185</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00182">pwiz::msdata::Software::id</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00285">MS_ionization_type</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00185">pwiz::msdata::Software::version</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00182">pwiz::msdata::Software::id</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00285">MS_ionization_type</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00185">pwiz::msdata::Software::version</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a954c31818eeef019731db39968bf80ad" name="a954c31818eeef019731db39968bf80ad"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a954c31818eeef019731db39968bf80ad">&#9670;&nbsp;</a></span>testInstrumentConfiguration()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -540,15 +540,15 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00249">249</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00249">249</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  250</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  251</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_instrument_configuration.html">InstrumentConfiguration</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  252</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  253</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_instrument_configuration.html#a3f5536669dd624d4a29229ad044ff22f">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;LCQ Deca&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  254</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">cvParams</a>.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#abeff5f1ae63165c2f7c3121834b447fb">MS_LCQ_Deca</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  255</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">cvParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html">CVParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a0aa888a3c646dd9def207debfbd2b5b8">MS_instrument_serial_number</a>, 23433));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  256</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_instrument_configuration.html#a02166dc2bcd79876e586a8e8c6682ae8">componentList</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_component.html">Component</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a765d91fa1d06e0517b41f54639e1b3b1">MS_nanoelectrospray</a>, 1));</div>
│ │ │ │ @@ -567,15 +567,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  269</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  270</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  271</span>    b.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#af7943b3cee826ee5ceeaf35a3b83e278">MS_reflectron_off</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  272</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_instrument_configuration.html#a02166dc2bcd79876e586a8e8c6682ae8">componentList</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_component_list.html#acbf16ac9eb2f9372ebd79f6d57c29420">source</a>(0).<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_component.html#af427cf48d2b2d5c72261323290b4332e">order</a> = 2; </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  273</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_instrument_configuration.html#a02166dc2bcd79876e586a8e8c6682ae8">componentList</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_component_list.html#a005a220e42493f2c7b5a3ced2d762845">detector</a>(0).<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_component.html#af427cf48d2b2d5c72261323290b4332e">order</a> = 1; </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  274</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  275</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  276</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  276</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  277</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  278</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_a0aa888a3c646dd9def207debfbd2b5b8"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#a0aa888a3c646dd9def207debfbd2b5b8">MS_instrument_serial_number</a></div><div class="ttdeci">MS_instrument_serial_number</div><div class="ttdoc">instrument serial number: Serial Number of the instrument.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l02193">cv.hpp:2193</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_a3633eb79f052628290cd8fdc8bf32f6b"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#a3633eb79f052628290cd8fdc8bf32f6b">MS_quadrupole_ion_trap</a></div><div class="ttdeci">MS_quadrupole_ion_trap</div><div class="ttdoc">quadrupole ion trap: Quadrupole Ion Trap mass analyzer captures the ions in a three dimensional ion t...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l00546">cv.hpp:546</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_a765d91fa1d06e0517b41f54639e1b3b1"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#a765d91fa1d06e0517b41f54639e1b3b1">MS_nanoelectrospray</a></div><div class="ttdeci">MS_nanoelectrospray</div><div class="ttdoc">nanoelectrospray: Electrospray ionization at a flow rate less than ~25 nL/min. Nanoelectrospray is sy...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l01764">cv.hpp:1764</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_abeff5f1ae63165c2f7c3121834b447fb"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#abeff5f1ae63165c2f7c3121834b447fb">MS_LCQ_Deca</a></div><div class="ttdeci">MS_LCQ_Deca</div><div class="ttdoc">LCQ Deca: ThermoFinnigan LCQ Deca.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l02271">cv.hpp:2271</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_adbe2a4aff95b2c02e64bb3581222fe6b"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#adbe2a4aff95b2c02e64bb3581222fe6b">MS_electron_multiplier</a></div><div class="ttdeci">MS_electron_multiplier</div><div class="ttdoc">electron multiplier: A device to amplify the current of a beam or packet of charged particles or phot...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l01212">cv.hpp:1212</a></div></div>
│ │ │ │ @@ -584,17 +584,17 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_component_list_html_a005a220e42493f2c7b5a3ced2d762845"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_component_list.html#a005a220e42493f2c7b5a3ced2d762845">pwiz::msdata::ComponentList::detector</a></div><div class="ttdeci">Component &amp; detector(size_t index)</div><div class="ttdoc">returns the detector component with ordinal &lt;index+1&gt;</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_component_list_html_acbf16ac9eb2f9372ebd79f6d57c29420"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_component_list.html#acbf16ac9eb2f9372ebd79f6d57c29420">pwiz::msdata::ComponentList::source</a></div><div class="ttdeci">Component &amp; source(size_t index)</div><div class="ttdoc">returns the source component with ordinal &lt;index+1&gt;</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_instrument_configuration_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_instrument_configuration.html">pwiz::msdata::InstrumentConfiguration</a></div><div class="ttdoc">Description of a particular hardware configuration of a mass spectrometer. Each configuration MUST ha...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00229">MSData.hpp:230</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_instrument_configuration_html_a02166dc2bcd79876e586a8e8c6682ae8"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_instrument_configuration.html#a02166dc2bcd79876e586a8e8c6682ae8">pwiz::msdata::InstrumentConfiguration::componentList</a></div><div class="ttdeci">ComponentList componentList</div><div class="ttdoc">list with the different components used in the mass spectrometer. At least one source,...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00235">MSData.hpp:235</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_instrument_configuration_html_a3f5536669dd624d4a29229ad044ff22f"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_instrument_configuration.html#a3f5536669dd624d4a29229ad044ff22f">pwiz::msdata::InstrumentConfiguration::id</a></div><div class="ttdeci">std::string id</div><div class="ttdoc">an identifier for this instrument configuration.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00232">MSData.hpp:232</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_instrument_configuration_html_adc3be91bf35b135f617462a43b9287ea"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_instrument_configuration.html#adc3be91bf35b135f617462a43b9287ea">pwiz::msdata::InstrumentConfiguration::softwarePtr</a></div><div class="ttdeci">SoftwarePtr softwarePtr</div><div class="ttdoc">reference to a previously defined software element.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00238">MSData.hpp:238</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00235">pwiz::msdata::InstrumentConfiguration::componentList</a>, <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00250">pwiz::data::ParamContainer::cvParams</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_component_list.html#a005a220e42493f2c7b5a3ced2d762845">pwiz::msdata::ComponentList::detector()</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00232">pwiz::msdata::InstrumentConfiguration::id</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l01212">MS_electron_multiplier</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l02193">MS_instrument_serial_number</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l02271">MS_LCQ_Deca</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l01764">MS_nanoelectrospray</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00546">MS_quadrupole_ion_trap</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00633">MS_reflectron_off</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00137">pwiz::msdata::Component::order</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00238">pwiz::msdata::InstrumentConfiguration::softwarePtr</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_component_list.html#acbf16ac9eb2f9372ebd79f6d57c29420">pwiz::msdata::ComponentList::source()</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00235">pwiz::msdata::InstrumentConfiguration::componentList</a>, <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00250">pwiz::data::ParamContainer::cvParams</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_component_list.html#a005a220e42493f2c7b5a3ced2d762845">pwiz::msdata::ComponentList::detector()</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00232">pwiz::msdata::InstrumentConfiguration::id</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l01212">MS_electron_multiplier</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l02193">MS_instrument_serial_number</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l02271">MS_LCQ_Deca</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l01764">MS_nanoelectrospray</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00546">MS_quadrupole_ion_trap</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00633">MS_reflectron_off</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00137">pwiz::msdata::Component::order</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00238">pwiz::msdata::InstrumentConfiguration::softwarePtr</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_component_list.html#acbf16ac9eb2f9372ebd79f6d57c29420">pwiz::msdata::ComponentList::source()</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a4999623827ea7b13aaf5ab0d0878a6b2" name="a4999623827ea7b13aaf5ab0d0878a6b2"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a4999623827ea7b13aaf5ab0d0878a6b2">&#9670;&nbsp;</a></span>testProcessingMethod()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -605,49 +605,49 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00281">281</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00281">281</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  282</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  283</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testProcessingMethod()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  283</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testProcessingMethod()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  284</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  285</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_processing_method.html">ProcessingMethod</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  286</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  287</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  288</span>  </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  289</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;ProcessingMethod, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  290</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  291</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  292</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_processing_method.html#a443ee89f412bb75ffccbd1bb052d8556">order</a> = 420;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  293</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_processing_method.html#a443ee89f412bb75ffccbd1bb052d8556">order</a> = 421;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  294</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  295</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  295</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  296</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  297</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  298</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_processing_method.html#a443ee89f412bb75ffccbd1bb052d8556">order</a> = 420;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  299</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  300</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  300</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  301</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  302</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  303</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_processing_method.html#a9f9338ffde19c6b13c7d05b0ab375cba">softwarePtr</a> = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a5a48684ceb78f2d848f506bfb51a3cbe">SoftwarePtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_software.html">Software</a>(<span class="stringliteral">&quot;pwiz&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  304</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_processing_method.html#a9f9338ffde19c6b13c7d05b0ab375cba">softwarePtr</a> = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a5a48684ceb78f2d848f506bfb51a3cbe">SoftwarePtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_software.html">Software</a>(<span class="stringliteral">&quot;pwiz2&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  305</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  306</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  306</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  307</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  308</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_processing_method_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_processing_method.html">pwiz::msdata::ProcessingMethod</a></div><div class="ttdoc">Description of the default peak processing method. This element describes the base method used in the...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00254">MSData.hpp:255</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_processing_method_html_a443ee89f412bb75ffccbd1bb052d8556"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_processing_method.html#a443ee89f412bb75ffccbd1bb052d8556">pwiz::msdata::ProcessingMethod::order</a></div><div class="ttdeci">int order</div><div class="ttdoc">this attributes allows a series of consecutive steps to be placed in the correct order.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00257">MSData.hpp:257</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_processing_method_html_a9f9338ffde19c6b13c7d05b0ab375cba"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_processing_method.html#a9f9338ffde19c6b13c7d05b0ab375cba">pwiz::msdata::ProcessingMethod::softwarePtr</a></div><div class="ttdeci">SoftwarePtr softwarePtr</div><div class="ttdoc">this attribute MUST reference the 'id' of the appropriate SoftwareType.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00260">MSData.hpp:260</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00257">pwiz::msdata::ProcessingMethod::order</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00260">pwiz::msdata::ProcessingMethod::softwarePtr</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00253">pwiz::data::ParamContainer::userParams</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00257">pwiz::msdata::ProcessingMethod::order</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00260">pwiz::msdata::ProcessingMethod::softwarePtr</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00253">pwiz::data::ParamContainer::userParams</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ae1bc10396b7ec479fb119de5daeb4569" name="ae1bc10396b7ec479fb119de5daeb4569"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ae1bc10396b7ec479fb119de5daeb4569">&#9670;&nbsp;</a></span>testDataProcessing()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -658,17 +658,17 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00311">311</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00311">311</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  312</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  313</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testDataProcessing()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  313</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testDataProcessing()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  314</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  315</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_data_processing.html">DataProcessing</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  316</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_data_processing.html#aed898bdb8dd2b2364d9e65732be34a66">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;dp1&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  317</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  318</span>    b = a;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  319</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  320</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_processing_method.html">ProcessingMethod</a> pm1, pm2, pm3;</div>
│ │ │ │ @@ -691,24 +691,24 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  337</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  338</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  339</span>    pm2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_processing_method.html#a9f9338ffde19c6b13c7d05b0ab375cba">softwarePtr</a> = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a5a48684ceb78f2d848f506bfb51a3cbe">SoftwarePtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_software.html">Software</a>(<span class="stringliteral">&quot;Xcalibur&quot;</span>)); </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  340</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_data_processing.html#aacbfc8dbff7732ca2c85f9af3f11ebc3">processingMethods</a>.push_back(pm3);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  341</span>    </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  342</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  343</span>        </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  344</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  344</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  345</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  346</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_data_processing_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_data_processing.html">pwiz::msdata::DataProcessing</a></div><div class="ttdoc">Description of the way in which a particular software was used.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00273">MSData.hpp:274</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_data_processing_html_aacbfc8dbff7732ca2c85f9af3f11ebc3"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_data_processing.html#aacbfc8dbff7732ca2c85f9af3f11ebc3">pwiz::msdata::DataProcessing::processingMethods</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; ProcessingMethod &gt; processingMethods</div><div class="ttdoc">description of the default peak processing method(s). This element describes the base method used in ...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00279">MSData.hpp:279</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_data_processing_html_aed898bdb8dd2b2364d9e65732be34a66"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_data_processing.html#aed898bdb8dd2b2364d9e65732be34a66">pwiz::msdata::DataProcessing::id</a></div><div class="ttdeci">std::string id</div><div class="ttdoc">a unique identifier for this data processing that is unique across all DataProcessingTypes.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00276">MSData.hpp:276</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00276">pwiz::msdata::DataProcessing::id</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00279">pwiz::msdata::DataProcessing::processingMethods</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00260">pwiz::msdata::ProcessingMethod::softwarePtr</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00253">pwiz::data::ParamContainer::userParams</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00276">pwiz::msdata::DataProcessing::id</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00279">pwiz::msdata::DataProcessing::processingMethods</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00260">pwiz::msdata::ProcessingMethod::softwarePtr</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00253">pwiz::data::ParamContainer::userParams</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a35ca5f579f1daf90213e19b4da7ac079" name="a35ca5f579f1daf90213e19b4da7ac079"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a35ca5f579f1daf90213e19b4da7ac079">&#9670;&nbsp;</a></span>testScanSettings()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -719,46 +719,46 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00349">349</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00349">349</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  350</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  351</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testScanSettings()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  351</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testScanSettings()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  352</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  353</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_scan_settings.html">ScanSettings</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  354</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_scan_settings.html#a5e5bba29f0433265a9e511b0ada36a2f">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;as1&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  355</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  356</span>    b = a;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  357</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  358</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;ScanSettings, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  359</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  360</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  361</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_scan_settings.html#af392859b2c20a2744aeb48e42dd33fe8">sourceFilePtrs</a>.push_back(<a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#ae17416cf76b238b5675ad9f4d241d604">SourceFilePtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_source_file.html">SourceFile</a>(<span class="stringliteral">&quot;source file&quot;</span>)));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  362</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_scan_settings.html#a4fed22fad5614f3e7b539794afffa3f2">targets</a>.resize(2);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  363</span>   </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  364</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  365</span>        </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  366</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  366</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  367</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  368</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.sourceFilePtrs.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  369</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.sourceFilePtrs.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  370</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.targets.size() == 2);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  371</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.targets.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  372</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_scan_settings_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_scan_settings.html">pwiz::msdata::ScanSettings</a></div><div class="ttdoc">Description of the acquisition settings of the instrument prior to the start of the run.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00206">MSData.hpp:207</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_scan_settings_html_a4fed22fad5614f3e7b539794afffa3f2"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_scan_settings.html#a4fed22fad5614f3e7b539794afffa3f2">pwiz::msdata::ScanSettings::targets</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; Target &gt; targets</div><div class="ttdoc">target list (or 'inclusion list') configured prior to the run.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00215">MSData.hpp:215</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_scan_settings_html_a5e5bba29f0433265a9e511b0ada36a2f"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_scan_settings.html#a5e5bba29f0433265a9e511b0ada36a2f">pwiz::msdata::ScanSettings::id</a></div><div class="ttdeci">std::string id</div><div class="ttdoc">a unique identifier for this acquisition setting.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00209">MSData.hpp:209</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_scan_settings_html_af392859b2c20a2744aeb48e42dd33fe8"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_scan_settings.html#af392859b2c20a2744aeb48e42dd33fe8">pwiz::msdata::ScanSettings::sourceFilePtrs</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; SourceFilePtr &gt; sourceFilePtrs</div><div class="ttdoc">container for a list of source file references.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00212">MSData.hpp:212</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00209">pwiz::msdata::ScanSettings::id</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00212">pwiz::msdata::ScanSettings::sourceFilePtrs</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00215">pwiz::msdata::ScanSettings::targets</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00209">pwiz::msdata::ScanSettings::id</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00212">pwiz::msdata::ScanSettings::sourceFilePtrs</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00215">pwiz::msdata::ScanSettings::targets</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a52ec78cb2cb2e5d24313827dd9f7a2ff" name="a52ec78cb2cb2e5d24313827dd9f7a2ff"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a52ec78cb2cb2e5d24313827dd9f7a2ff">&#9670;&nbsp;</a></span>testPrecursor()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -769,17 +769,17 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00375">375</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00375">375</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  376</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  377</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testPrecursor()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  377</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testPrecursor()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  378</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  379</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html">Precursor</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  380</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  381</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html#a8a1665cb103908074668099edfb1f60a">spectrumID</a> = <span class="stringliteral">&quot;1234&quot;</span>; </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  382</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html#a768dc5dd26dfed30f7e19278bc132972">activation</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">cvParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html">CVParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#adfa5f6102a293562e0bff0f399ee1676">MS_ionization_type</a>, 420));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  383</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html#a4d02d4e7090e20675375057d57a79e2b">selectedIons</a>.resize(1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  384</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html#a4d02d4e7090e20675375057d57a79e2b">selectedIons</a>[0].cvParams.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a3e73773df81f43060f1b6ed9ae24a3a8">MS_reflectron_on</a>);</div>
│ │ │ │ @@ -792,32 +792,32 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  391</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">cvParams</a>.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a3e73773df81f43060f1b6ed9ae24a3a8">MS_reflectron_on</a>); </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  392</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html#a4d02d4e7090e20675375057d57a79e2b">selectedIons</a>[0].userParams.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;aaaa&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  393</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html#a768dc5dd26dfed30f7e19278bc132972">activation</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;bbbb&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  394</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html#a5661b02a669272af191cb1880c18e664">isolationWindow</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>, 200);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  395</span>    </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  396</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  397</span>        </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  398</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  398</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  399</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  400</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.selectedIons.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  401</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.selectedIons[0].userParams.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  402</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.selectedIons.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  403</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.isolationWindow.cvParam(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>).valueAs&lt;<span class="keywordtype">int</span>&gt;() == 200);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  404</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_a3e73773df81f43060f1b6ed9ae24a3a8"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#a3e73773df81f43060f1b6ed9ae24a3a8">MS_reflectron_on</a></div><div class="ttdeci">MS_reflectron_on</div><div class="ttdoc">reflectron on: Reflectron is on.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l00636">cv.hpp:636</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a></div><div class="ttdeci">MS_m_z</div><div class="ttdoc">m/z: Three-character symbol m/z is used to denote the quantity formed by dividing the mass of an ion ...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l00384">cv.hpp:384</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_precursor_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html">pwiz::msdata::Precursor</a></div><div class="ttdoc">The method of precursor ion selection and activation.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00311">MSData.hpp:312</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_precursor_html_a4d02d4e7090e20675375057d57a79e2b"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html#a4d02d4e7090e20675375057d57a79e2b">pwiz::msdata::Precursor::selectedIons</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; SelectedIon &gt; selectedIons</div><div class="ttdoc">this list of precursor ions that were selected.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00329">MSData.hpp:329</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_precursor_html_a5661b02a669272af191cb1880c18e664"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html#a5661b02a669272af191cb1880c18e664">pwiz::msdata::Precursor::isolationWindow</a></div><div class="ttdeci">IsolationWindow isolationWindow</div><div class="ttdoc">this element captures the isolation (or 'selection') window configured to isolate one or more precurs...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00326">MSData.hpp:326</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_precursor_html_a768dc5dd26dfed30f7e19278bc132972"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html#a768dc5dd26dfed30f7e19278bc132972">pwiz::msdata::Precursor::activation</a></div><div class="ttdeci">Activation activation</div><div class="ttdoc">the type and energy level used for activation.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00332">MSData.hpp:332</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_precursor_html_a8a1665cb103908074668099edfb1f60a"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html#a8a1665cb103908074668099edfb1f60a">pwiz::msdata::Precursor::spectrumID</a></div><div class="ttdeci">std::string spectrumID</div><div class="ttdoc">reference to the id attribute of the spectrum from which the precursor was selected.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00323">MSData.hpp:323</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00332">pwiz::msdata::Precursor::activation</a>, <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00250">pwiz::data::ParamContainer::cvParams</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00326">pwiz::msdata::Precursor::isolationWindow</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00285">MS_ionization_type</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00384">MS_m_z</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00633">MS_reflectron_off</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00636">MS_reflectron_on</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00329">pwiz::msdata::Precursor::selectedIons</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00323">pwiz::msdata::Precursor::spectrumID</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00253">pwiz::data::ParamContainer::userParams</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00332">pwiz::msdata::Precursor::activation</a>, <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00250">pwiz::data::ParamContainer::cvParams</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00326">pwiz::msdata::Precursor::isolationWindow</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00285">MS_ionization_type</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00384">MS_m_z</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00633">MS_reflectron_off</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00636">MS_reflectron_on</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00329">pwiz::msdata::Precursor::selectedIons</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00323">pwiz::msdata::Precursor::spectrumID</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00253">pwiz::data::ParamContainer::userParams</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a5ad6c4f924813fb1fb33074c2a94d17b" name="a5ad6c4f924813fb1fb33074c2a94d17b"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a5ad6c4f924813fb1fb33074c2a94d17b">&#9670;&nbsp;</a></span>testProduct()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -828,41 +828,41 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00407">407</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00407">407</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  408</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  409</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testProduct()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  409</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testProduct()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  410</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  411</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_product.html">Product</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  412</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  413</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_product.html#ac8a8b961d7720fbcbafa0b24b0de1cce">isolationWindow</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#adfa5f6102a293562e0bff0f399ee1676">MS_ionization_type</a>, 420);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  414</span>    b = a; </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  415</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  416</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Product, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  417</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  418</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  419</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_product.html#ac8a8b961d7720fbcbafa0b24b0de1cce">isolationWindow</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>, 200);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  420</span>    </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  421</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  422</span>        </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  423</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  423</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  424</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  425</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.isolationWindow.cvParams.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  426</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.isolationWindow.cvParams.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  427</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_product_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_product.html">pwiz::msdata::Product</a></div><div class="ttdoc">product ion information</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00347">MSData.hpp:348</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_product_html_ac8a8b961d7720fbcbafa0b24b0de1cce"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_product.html#ac8a8b961d7720fbcbafa0b24b0de1cce">pwiz::msdata::Product::isolationWindow</a></div><div class="ttdeci">IsolationWindow isolationWindow</div><div class="ttdoc">this element captures the isolation (or 'selection') window configured to isolate one or more precurs...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00350">MSData.hpp:350</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00350">pwiz::msdata::Product::isolationWindow</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00285">MS_ionization_type</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00384">MS_m_z</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00350">pwiz::msdata::Product::isolationWindow</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00285">MS_ionization_type</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00384">MS_m_z</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a82513bbf1fbb217c96f62afcd518e06e" name="a82513bbf1fbb217c96f62afcd518e06e"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a82513bbf1fbb217c96f62afcd518e06e">&#9670;&nbsp;</a></span>testScan()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -873,17 +873,17 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00430">430</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00430">430</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  431</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  432</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testScan()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  432</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testScan()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  433</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  434</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_scan.html">Scan</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  435</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  436</span>    <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aaccfe7bc7139ec3f4013e8aedbb21c8c">InstrumentConfigurationPtr</a> ip = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aaccfe7bc7139ec3f4013e8aedbb21c8c">InstrumentConfigurationPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_instrument_configuration.html">InstrumentConfiguration</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  437</span>    ip-&gt;id = <span class="stringliteral">&quot;LTQ FT&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  438</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  439</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">cvParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html">CVParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#adfa5f6102a293562e0bff0f399ee1676">MS_ionization_type</a>, 420));</div>
│ │ │ │ @@ -893,27 +893,27 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  443</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  444</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Scan, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  445</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  446</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  447</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_scan.html#adf1629753ee5287d2990834670489fa3">scanWindows</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_scan_window.html">ScanWindow</a>(250.0, 2000.0, <a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  448</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  449</span>        </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  450</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  450</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  451</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  452</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.scanWindows.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  453</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html_aaccfe7bc7139ec3f4013e8aedbb21c8c"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aaccfe7bc7139ec3f4013e8aedbb21c8c">pwiz::msdata::InstrumentConfigurationPtr</a></div><div class="ttdeci">boost::shared_ptr&lt; InstrumentConfiguration &gt; InstrumentConfigurationPtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00250">MSData.hpp:250</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_scan_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_scan.html">pwiz::msdata::Scan</a></div><div class="ttdoc">Scan or acquisition from original raw file used to create this peak list, as specified in sourceFile.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00369">MSData.hpp:370</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_scan_html_a70108a75106803025402560363a2c62e"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_scan.html#a70108a75106803025402560363a2c62e">pwiz::msdata::Scan::instrumentConfigurationPtr</a></div><div class="ttdeci">InstrumentConfigurationPtr instrumentConfigurationPtr</div><div class="ttdoc">this attribute MUST reference the 'id' attribute of the appropriate instrument configuration.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00384">MSData.hpp:384</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_scan_html_adf1629753ee5287d2990834670489fa3"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_scan.html#adf1629753ee5287d2990834670489fa3">pwiz::msdata::Scan::scanWindows</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; ScanWindow &gt; scanWindows</div><div class="ttdoc">container for a list of select windows.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00387">MSData.hpp:387</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_scan_window_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_scan_window.html">pwiz::msdata::ScanWindow</a></div><div class="ttdoc">TODO.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00361">MSData.hpp:362</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00250">pwiz::data::ParamContainer::cvParams</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00384">pwiz::msdata::Scan::instrumentConfigurationPtr</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00285">MS_ionization_type</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00384">MS_m_z</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00387">pwiz::msdata::Scan::scanWindows</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00250">pwiz::data::ParamContainer::cvParams</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00384">pwiz::msdata::Scan::instrumentConfigurationPtr</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00285">MS_ionization_type</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00384">MS_m_z</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00387">pwiz::msdata::Scan::scanWindows</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ae8b169a3c25a69542922b6450d97f98a" name="ae8b169a3c25a69542922b6450d97f98a"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ae8b169a3c25a69542922b6450d97f98a">&#9670;&nbsp;</a></span>testScanList()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -924,17 +924,17 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00456">456</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00456">456</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  457</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  458</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testScanList()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  458</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testScanList()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  459</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  460</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_scan_list.html">ScanList</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  461</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  462</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_scan.html">Scan</a> a1;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  463</span>    a1.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a930d0c52fc89b0ff801f8f83849c4116">MS_filter_string</a>, <span class="stringliteral">&quot;booger&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  464</span>    a1.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#abc3b78f72a1d9b54ed0ea447b9f7e56f">MS_scan_start_time</a>, <span class="stringliteral">&quot;4.20&quot;</span>, <a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a2b4943f00a8f4c6bea17b92a8f9ecdf9">UO_minute</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  465</span> </div>
│ │ │ │ @@ -950,26 +950,26 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  475</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;ScanList, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  476</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  477</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  478</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">cvParams</a>.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a3e73773df81f43060f1b6ed9ae24a3a8">MS_reflectron_on</a>); </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  479</span>    </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  480</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  481</span>        </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  482</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  482</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  483</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  484</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_a2b4943f00a8f4c6bea17b92a8f9ecdf9"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#a2b4943f00a8f4c6bea17b92a8f9ecdf9">UO_minute</a></div><div class="ttdeci">UO_minute</div><div class="ttdoc">minute: A time unit which is equal to 60 seconds.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l13896">cv.hpp:13896</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_a930d0c52fc89b0ff801f8f83849c4116"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#a930d0c52fc89b0ff801f8f83849c4116">MS_filter_string</a></div><div class="ttdeci">MS_filter_string</div><div class="ttdoc">filter string: A string unique to Thermo instrument describing instrument settings for the scan.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l02142">cv.hpp:2142</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_abc3b78f72a1d9b54ed0ea447b9f7e56f"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#abc3b78f72a1d9b54ed0ea447b9f7e56f">MS_scan_start_time</a></div><div class="ttdeci">MS_scan_start_time</div><div class="ttdoc">scan start time: The time that an analyzer started a scan, relative to the start of the MS run.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l00309">cv.hpp:309</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_scan_list_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_scan_list.html">pwiz::msdata::ScanList</a></div><div class="ttdoc">List and descriptions of scans.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00395">MSData.hpp:396</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_scan_list_html_a46c494180129fd781b58b85850df851d"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_scan_list.html#a46c494180129fd781b58b85850df851d">pwiz::msdata::ScanList::scans</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; Scan &gt; scans</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00397">MSData.hpp:397</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00250">pwiz::data::ParamContainer::cvParams</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l02142">MS_filter_string</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00636">MS_reflectron_on</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00309">MS_scan_start_time</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00397">pwiz::msdata::ScanList::scans</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l13896">UO_minute</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00250">pwiz::data::ParamContainer::cvParams</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l02142">MS_filter_string</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00636">MS_reflectron_on</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00309">MS_scan_start_time</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00397">pwiz::msdata::ScanList::scans</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l13896">UO_minute</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="aed819a671dd91394244e51992c647151" name="aed819a671dd91394244e51992c647151"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#aed819a671dd91394244e51992c647151">&#9670;&nbsp;</a></span>testBinaryDataArray()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -980,17 +980,17 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00487">487</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00487">487</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  488</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  489</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testBinaryDataArray()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  489</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testBinaryDataArray()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  490</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  491</span>    vector&lt;double&gt; data;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  492</span>    <span class="keywordflow">for</span> (<span class="keywordtype">int</span> i=0; i&lt;10; i++) data.push_back(i);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  493</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  494</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array.html">BinaryDataArray</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  495</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array.html#aa005a9d4d2fa55fabeb58448e4f7542b">data</a> = data; </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  496</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array.html#a7a8ea2f0ec36e99c92ae1698ba9888e1">dataProcessingPtr</a> = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a014a758f7a4ba67d1c0c57b1c70a2879">DataProcessingPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_data_processing.html">DataProcessing</a>(<span class="stringliteral">&quot;dp1&quot;</span>));</div>
│ │ │ │ @@ -1002,34 +1002,34 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  502</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array.html#aa005a9d4d2fa55fabeb58448e4f7542b">data</a>[9] = 1.00001e10;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  503</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array.html#aa005a9d4d2fa55fabeb58448e4f7542b">data</a>[9] = 1.00000e10;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  504</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  505</span>    <span class="comment">// we want to verify relative precision diff (1e-5),</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  506</span>    <span class="comment">// not absolute diff (1e5)</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  507</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  508</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;BinaryDataArray, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b, config);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  509</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &amp;&amp; <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  509</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &amp;&amp; <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  510</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  511</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  512</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array.html#aa005a9d4d2fa55fabeb58448e4f7542b">data</a>[9] = 1.0002e10;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  513</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  514</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  515</span>        </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  516</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &amp;&amp; <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  516</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &amp;&amp; <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  517</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  518</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html_a014a758f7a4ba67d1c0c57b1c70a2879"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a014a758f7a4ba67d1c0c57b1c70a2879">pwiz::msdata::DataProcessingPtr</a></div><div class="ttdeci">boost::shared_ptr&lt; DataProcessing &gt; DataProcessingPtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00288">MSData.hpp:288</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config_html_a43e0b825a6703a1f5e827db20e8582cd"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html#a43e0b825a6703a1f5e827db20e8582cd">pwiz::data::BaseDiffConfig::precision</a></div><div class="ttdeci">double precision</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00044">diff_std.hpp:44</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config.html">pwiz::identdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2diff_8hpp_source.html#l00395">Diff.hpp:396</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config.html">pwiz::identdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_8hpp_source.html#l00395">Diff.hpp:396</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array.html">pwiz::msdata::BinaryDataArray</a></div><div class="ttdoc">The structure into which encoded binary data goes. Byte ordering is always little endian (Intel style...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00404">MSData.hpp:405</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array_html_a7a8ea2f0ec36e99c92ae1698ba9888e1"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array.html#a7a8ea2f0ec36e99c92ae1698ba9888e1">pwiz::msdata::BinaryDataArray::dataProcessingPtr</a></div><div class="ttdeci">DataProcessingPtr dataProcessingPtr</div><div class="ttdoc">this optional attribute may reference the 'id' attribute of the appropriate dataProcessing.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00407">MSData.hpp:407</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array_html_aa005a9d4d2fa55fabeb58448e4f7542b"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array.html#aa005a9d4d2fa55fabeb58448e4f7542b">pwiz::msdata::BinaryDataArray::data</a></div><div class="ttdeci">pwiz::util::BinaryData&lt; double &gt; data</div><div class="ttdoc">the binary data.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00410">MSData.hpp:410</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00410">pwiz::msdata::BinaryDataArray::data</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00407">pwiz::msdata::BinaryDataArray::dataProcessingPtr</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00044">pwiz::data::BaseDiffConfig::precision</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00410">pwiz::msdata::BinaryDataArray::data</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00407">pwiz::msdata::BinaryDataArray::dataProcessingPtr</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00044">pwiz::data::BaseDiffConfig::precision</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="aafcd093c0d78a5aca4984053f3631bf8" name="aafcd093c0d78a5aca4984053f3631bf8"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#aafcd093c0d78a5aca4984053f3631bf8">&#9670;&nbsp;</a></span>testSpectrum()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -1040,17 +1040,17 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00521">521</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00521">521</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  522</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  523</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSpectrum()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  523</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSpectrum()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  524</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  525</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html">Spectrum</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  526</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  527</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_identity.html#a66077e5b15931d86d9aed37a90518c5f">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;goober&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  528</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_identity.html#ad39ab127d1d0347c0bfe3f396d5430e2">index</a> = 1;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  529</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html#a51b4ecda535b76fda19ebc1c690782aa">dataProcessingPtr</a> = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a014a758f7a4ba67d1c0c57b1c70a2879">DataProcessingPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_data_processing.html">DataProcessing</a>(<span class="stringliteral">&quot;msdata&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  530</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html#aa5e159a6739f55bbb847ee7afe801b7b">scanList</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_scan_list.html#a46c494180129fd781b58b85850df851d">scans</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_scan.html">Scan</a>());</div>
│ │ │ │ @@ -1080,15 +1080,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  554</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html#abae265915234fff37cea7c8bee104636">binaryDataArrayPtrs</a>.back()-&gt;data.resize(6);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  555</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html#abae265915234fff37cea7c8bee104636">binaryDataArrayPtrs</a>.push_back(<a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa0303b5e9ba2c6c62aad646fb63670ae">BinaryDataArrayPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array.html">BinaryDataArray</a>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  556</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html#abae265915234fff37cea7c8bee104636">binaryDataArrayPtrs</a>.back()-&gt;data.resize(7);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  557</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html#abae265915234fff37cea7c8bee104636">binaryDataArrayPtrs</a>.push_back(a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html#abae265915234fff37cea7c8bee104636">binaryDataArrayPtrs</a>[0]);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  558</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  559</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  560</span>        </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  561</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  561</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  562</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  563</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  564</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.index == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  565</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.id == <span class="stringliteral">&quot;goober&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  566</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.defaultArrayLength == 0);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  567</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.dataProcessingPtr-&gt;id == <span class="stringliteral">&quot;msdata 2&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  568</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.precursors.size() == 1);</div>
│ │ │ │ @@ -1109,20 +1109,20 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  583</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html#abae265915234fff37cea7c8bee104636">binaryDataArrayPtrs</a>[0] = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa0303b5e9ba2c6c62aad646fb63670ae">BinaryDataArrayPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array.html">BinaryDataArray</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  584</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html#abae265915234fff37cea7c8bee104636">binaryDataArrayPtrs</a>[0]-&gt;data.resize(6);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  585</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  586</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html#abae265915234fff37cea7c8bee104636">binaryDataArrayPtrs</a>[0]-&gt;data[0] = 420;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  587</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html#abae265915234fff37cea7c8bee104636">binaryDataArrayPtrs</a>[0]-&gt;data[0] = 420 + 1e-12;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  588</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  589</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  590</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &amp;&amp; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  590</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &amp;&amp; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  591</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  592</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  593</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html#abae265915234fff37cea7c8bee104636">binaryDataArrayPtrs</a>[0]-&gt;data[0] += 1e-3;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  594</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  595</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &amp;&amp; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  595</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &amp;&amp; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  596</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  597</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1data_html_a2be32b2cc10c75c77d7dbe27dcc738ff"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1data.html#a2be32b2cc10c75c77d7dbe27dcc738ff">pwiz::data::ParamGroupPtr</a></div><div class="ttdeci">boost::shared_ptr&lt; ParamGroup &gt; ParamGroupPtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_param_types_8hpp_source.html#l00240">ParamTypes.hpp:240</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html_aa0303b5e9ba2c6c62aad646fb63670ae"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa0303b5e9ba2c6c62aad646fb63670ae">pwiz::msdata::BinaryDataArrayPtr</a></div><div class="ttdeci">boost::shared_ptr&lt; BinaryDataArray &gt; BinaryDataArrayPtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00417">MSData.hpp:417</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_param_group_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_param_group.html">pwiz::data::ParamGroup</a></div><div class="ttdoc">A collection of CVParam and UserParam elements that can be referenced from elsewhere in this mzML doc...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_param_types_8hpp_source.html#l00346">ParamTypes.hpp:347</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html">pwiz::msdata::Spectrum</a></div><div class="ttdoc">The structure that captures the generation of a peak list (including the underlying acquisitions)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00505">MSData.hpp:506</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_html_a33786f779e298fcbd46238df600759e0"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html#a33786f779e298fcbd46238df600759e0">pwiz::msdata::Spectrum::sourceFilePtr</a></div><div class="ttdeci">SourceFilePtr sourceFilePtr</div><div class="ttdoc">this attribute can optionally reference the 'id' of the appropriate sourceFile.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00514">MSData.hpp:514</a></div></div>
│ │ │ │ @@ -1131,17 +1131,17 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_html_a9a609271ba71c71dae81743657417c87"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html#a9a609271ba71c71dae81743657417c87">pwiz::msdata::Spectrum::defaultArrayLength</a></div><div class="ttdeci">size_t defaultArrayLength</div><div class="ttdoc">default length of binary data arrays contained in this element.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00508">MSData.hpp:508</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_html_aa5e159a6739f55bbb847ee7afe801b7b"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html#aa5e159a6739f55bbb847ee7afe801b7b">pwiz::msdata::Spectrum::scanList</a></div><div class="ttdeci">ScanList scanList</div><div class="ttdoc">list of scans</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00517">MSData.hpp:517</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_html_abae265915234fff37cea7c8bee104636"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html#abae265915234fff37cea7c8bee104636">pwiz::msdata::Spectrum::binaryDataArrayPtrs</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; BinaryDataArrayPtr &gt; binaryDataArrayPtrs</div><div class="ttdoc">list of binary data arrays.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00526">MSData.hpp:526</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_html_afa0c8fcf1dc582cd4a06feb9aeea3728"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html#afa0c8fcf1dc582cd4a06feb9aeea3728">pwiz::msdata::Spectrum::precursors</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; Precursor &gt; precursors</div><div class="ttdoc">list and descriptions of precursors to the spectrum currently being described.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00520">MSData.hpp:520</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_identity_html_a66077e5b15931d86d9aed37a90518c5f"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_identity.html#a66077e5b15931d86d9aed37a90518c5f">pwiz::msdata::SpectrumIdentity::id</a></div><div class="ttdeci">std::string id</div><div class="ttdoc">a unique identifier for this spectrum. It should be expected that external files may use this identif...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00476">MSData.hpp:476</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_identity_html_ad39ab127d1d0347c0bfe3f396d5430e2"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_identity.html#ad39ab127d1d0347c0bfe3f396d5430e2">pwiz::msdata::SpectrumIdentity::index</a></div><div class="ttdeci">size_t index</div><div class="ttdoc">the zero-based, consecutive index of the spectrum in the SpectrumList.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00473">MSData.hpp:473</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00526">pwiz::msdata::Spectrum::binaryDataArrayPtrs</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00511">pwiz::msdata::Spectrum::dataProcessingPtr</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00508">pwiz::msdata::Spectrum::defaultArrayLength</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00476">pwiz::msdata::SpectrumIdentity::id</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00473">pwiz::msdata::SpectrumIdentity::index</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l02142">MS_filter_string</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00285">MS_ionization_type</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00384">MS_m_z</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00309">MS_scan_start_time</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00044">pwiz::data::BaseDiffConfig::precision</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00520">pwiz::msdata::Spectrum::precursors</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00523">pwiz::msdata::Spectrum::products</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00517">pwiz::msdata::Spectrum::scanList</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00397">pwiz::msdata::ScanList::scans</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00514">pwiz::msdata::Spectrum::sourceFilePtr</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l13896">UO_minute</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00526">pwiz::msdata::Spectrum::binaryDataArrayPtrs</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00511">pwiz::msdata::Spectrum::dataProcessingPtr</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00508">pwiz::msdata::Spectrum::defaultArrayLength</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00476">pwiz::msdata::SpectrumIdentity::id</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00473">pwiz::msdata::SpectrumIdentity::index</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l02142">MS_filter_string</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00285">MS_ionization_type</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00384">MS_m_z</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00309">MS_scan_start_time</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00044">pwiz::data::BaseDiffConfig::precision</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00520">pwiz::msdata::Spectrum::precursors</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00523">pwiz::msdata::Spectrum::products</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00517">pwiz::msdata::Spectrum::scanList</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00397">pwiz::msdata::ScanList::scans</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00514">pwiz::msdata::Spectrum::sourceFilePtr</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l13896">UO_minute</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ac1e55316a96e4cc45abb2edeb608b509" name="ac1e55316a96e4cc45abb2edeb608b509"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ac1e55316a96e4cc45abb2edeb608b509">&#9670;&nbsp;</a></span>testChromatogram()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -1152,17 +1152,17 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00600">600</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00600">600</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  601</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  602</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testChromatogram()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  602</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testChromatogram()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  603</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  604</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram.html">Chromatogram</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  605</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  606</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram_identity.html#a0e9706cb46d18774e6856fcaac73dcb6">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;goober&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  607</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram_identity.html#a504f441c490905fa4d70d29440cc200b">index</a> = 1;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  608</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram.html#a4115ae317bd26d2b8f13246f4e41c80e">dataProcessingPtr</a> = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a014a758f7a4ba67d1c0c57b1c70a2879">DataProcessingPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_data_processing.html">DataProcessing</a>(<span class="stringliteral">&quot;msdata&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  609</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram.html#a7b8076c15c11f13d42c6a13b1b67c8a1">binaryDataArrayPtrs</a>.push_back(<a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa0303b5e9ba2c6c62aad646fb63670ae">BinaryDataArrayPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array.html">BinaryDataArray</a>));</div>
│ │ │ │ @@ -1179,31 +1179,31 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  620</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram.html#a7b8076c15c11f13d42c6a13b1b67c8a1">binaryDataArrayPtrs</a>[0] = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa0303b5e9ba2c6c62aad646fb63670ae">BinaryDataArrayPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array.html">BinaryDataArray</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  621</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram.html#a7b8076c15c11f13d42c6a13b1b67c8a1">binaryDataArrayPtrs</a>[0]-&gt;data.resize(6);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  622</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  623</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram.html#a7b8076c15c11f13d42c6a13b1b67c8a1">binaryDataArrayPtrs</a>[0]-&gt;data[0] = 420;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  624</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram.html#a7b8076c15c11f13d42c6a13b1b67c8a1">binaryDataArrayPtrs</a>[0]-&gt;data[0] = 420 + 1e-12;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  625</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  626</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  627</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &amp;&amp; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  627</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &amp;&amp; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  628</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  629</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  630</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram.html#a7b8076c15c11f13d42c6a13b1b67c8a1">binaryDataArrayPtrs</a>[0]-&gt;data[0] += 1e-3;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  631</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  632</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &amp;&amp; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  632</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &amp;&amp; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  633</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  634</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram.html">pwiz::msdata::Chromatogram</a></div><div class="ttdoc">A single chromatogram.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00577">MSData.hpp:578</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram_html_a4115ae317bd26d2b8f13246f4e41c80e"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram.html#a4115ae317bd26d2b8f13246f4e41c80e">pwiz::msdata::Chromatogram::dataProcessingPtr</a></div><div class="ttdeci">DataProcessingPtr dataProcessingPtr</div><div class="ttdoc">this attribute can optionally reference the 'id' of the appropriate dataProcessing.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00583">MSData.hpp:583</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram_html_a7b8076c15c11f13d42c6a13b1b67c8a1"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram.html#a7b8076c15c11f13d42c6a13b1b67c8a1">pwiz::msdata::Chromatogram::binaryDataArrayPtrs</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; BinaryDataArrayPtr &gt; binaryDataArrayPtrs</div><div class="ttdoc">list of binary data arrays.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00592">MSData.hpp:592</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram_identity_html_a0e9706cb46d18774e6856fcaac73dcb6"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram_identity.html#a0e9706cb46d18774e6856fcaac73dcb6">pwiz::msdata::ChromatogramIdentity::id</a></div><div class="ttdeci">std::string id</div><div class="ttdoc">a unique identifier for this chromatogram. It should be expected that external files may use this ide...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00495">MSData.hpp:495</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram_identity_html_a504f441c490905fa4d70d29440cc200b"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram_identity.html#a504f441c490905fa4d70d29440cc200b">pwiz::msdata::ChromatogramIdentity::index</a></div><div class="ttdeci">size_t index</div><div class="ttdoc">the zero-based, consecutive index of the chromatogram in the ChromatogramList.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00492">MSData.hpp:492</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00592">pwiz::msdata::Chromatogram::binaryDataArrayPtrs</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00583">pwiz::msdata::Chromatogram::dataProcessingPtr</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00495">pwiz::msdata::ChromatogramIdentity::id</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00492">pwiz::msdata::ChromatogramIdentity::index</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00044">pwiz::data::BaseDiffConfig::precision</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00592">pwiz::msdata::Chromatogram::binaryDataArrayPtrs</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00583">pwiz::msdata::Chromatogram::dataProcessingPtr</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00495">pwiz::msdata::ChromatogramIdentity::id</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00492">pwiz::msdata::ChromatogramIdentity::index</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00044">pwiz::data::BaseDiffConfig::precision</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a671384f46c0640710e586038587f8a2c" name="a671384f46c0640710e586038587f8a2c"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a671384f46c0640710e586038587f8a2c">&#9670;&nbsp;</a></span>testSpectrumList()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -1214,17 +1214,17 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00637">637</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00637">637</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  638</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  639</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSpectrumList()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  639</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSpectrumList()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  640</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  641</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_list_simple.html">SpectrumListSimple</a> aSimple, bSimple;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  642</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  643</span>    <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa9d6a30f39ca4f490b42ff009feef0b7">SpectrumPtr</a> spectrum1a = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa9d6a30f39ca4f490b42ff009feef0b7">SpectrumPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html">Spectrum</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  644</span>    spectrum1a-&gt;id = <span class="stringliteral">&quot;420&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  645</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  646</span>    <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa9d6a30f39ca4f490b42ff009feef0b7">SpectrumPtr</a> spectrum1b = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa9d6a30f39ca4f490b42ff009feef0b7">SpectrumPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html">Spectrum</a>);</div>
│ │ │ │ @@ -1257,27 +1257,27 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  673</span>    <span class="comment">// check: different SpectrumList::size()</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  674</span>    </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  675</span>    <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa9d6a30f39ca4f490b42ff009feef0b7">SpectrumPtr</a> spectrum2 = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa9d6a30f39ca4f490b42ff009feef0b7">SpectrumPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html">Spectrum</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  676</span>    spectrum2-&gt;id = <span class="stringliteral">&quot;421&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  677</span>    aSimple.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_list_simple.html#ab56474a18e7b890a87b7ae9ad1c64654">spectra</a>.push_back(spectrum2);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  678</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  679</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  680</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  680</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  681</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  682</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.spectra.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  683</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.spectra[0]-&gt;userParams.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  684</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  685</span>    <span class="comment">// check: same SpectrumList::size(), different last scan number </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  686</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  687</span>    <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa9d6a30f39ca4f490b42ff009feef0b7">SpectrumPtr</a> spectrum3 = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa9d6a30f39ca4f490b42ff009feef0b7">SpectrumPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html">Spectrum</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  688</span>    spectrum3-&gt;id = <span class="stringliteral">&quot;422&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  689</span>    bSimple.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_list_simple.html#ab56474a18e7b890a87b7ae9ad1c64654">spectra</a>.push_back(spectrum3);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  690</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  691</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  692</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  692</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  693</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  694</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.spectra.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  695</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.spectra[0]-&gt;id == <span class="stringliteral">&quot;421&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  696</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.spectra.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  697</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.spectra[0]-&gt;id == <span class="stringliteral">&quot;422&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  698</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  699</span>    <span class="comment">// check: scan numbers match, binary data slightly different</span></div>
│ │ │ │ @@ -1297,26 +1297,26 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  713</span>    config.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html#a43e0b825a6703a1f5e827db20e8582cd">precision</a> = 1e-6;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  714</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  715</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;SpectrumList, DiffConfig, SpectrumListSimple&gt;</a> diffWide(a, b, config);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  716</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!diffWide);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  717</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  718</span>    config.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html#a43e0b825a6703a1f5e827db20e8582cd">precision</a> = 1e-12;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  719</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;SpectrumList, DiffConfig, SpectrumListSimple&gt;</a> diffNarrow(a, b, config);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  720</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; diffNarrow &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  720</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; diffNarrow &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  721</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(diffNarrow);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  722</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_list_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_list.html">pwiz::msdata::SpectrumList</a></div><div class="ttdoc">Interface for accessing spectra, which may be stored in memory or backed by a data file (RAW,...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00660">MSData.hpp:661</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html_aa9d6a30f39ca4f490b42ff009feef0b7"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa9d6a30f39ca4f490b42ff009feef0b7">pwiz::msdata::SpectrumPtr</a></div><div class="ttdeci">boost::shared_ptr&lt; Spectrum &gt; SpectrumPtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00573">MSData.hpp:573</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_list_simple_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_list_simple.html">pwiz::msdata::SpectrumListSimple</a></div><div class="ttdoc">Simple writeable in-memory implementation of SpectrumList.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00716">MSData.hpp:717</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_list_simple_html_a508f85e704eb43ae74927a9d6edf06a6"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_list_simple.html#a508f85e704eb43ae74927a9d6edf06a6">pwiz::msdata::SpectrumListSimple::dp</a></div><div class="ttdeci">DataProcessingPtr dp</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00719">MSData.hpp:719</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_list_simple_html_ab56474a18e7b890a87b7ae9ad1c64654"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_list_simple.html#ab56474a18e7b890a87b7ae9ad1c64654">pwiz::msdata::SpectrumListSimple::spectra</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; SpectrumPtr &gt; spectra</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00718">MSData.hpp:718</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00719">pwiz::msdata::SpectrumListSimple::dp</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00044">pwiz::data::BaseDiffConfig::precision</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00718">pwiz::msdata::SpectrumListSimple::spectra</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00719">pwiz::msdata::SpectrumListSimple::dp</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00044">pwiz::data::BaseDiffConfig::precision</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00718">pwiz::msdata::SpectrumListSimple::spectra</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a54532e0c2029b4825cce293302d52354" name="a54532e0c2029b4825cce293302d52354"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a54532e0c2029b4825cce293302d52354">&#9670;&nbsp;</a></span>testChromatogramList()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -1327,17 +1327,17 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00725">725</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00725">725</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  726</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  727</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testChromatogramList()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  727</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testChromatogramList()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  728</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  729</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram_list_simple.html">ChromatogramListSimple</a> aSimple, bSimple;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  730</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  731</span>    <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a926d2288e47c1567971bcf2380c97007">ChromatogramPtr</a> chromatogram1a = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a926d2288e47c1567971bcf2380c97007">ChromatogramPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram.html">Chromatogram</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  732</span>    chromatogram1a-&gt;id = <span class="stringliteral">&quot;420&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  733</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  734</span>    <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a926d2288e47c1567971bcf2380c97007">ChromatogramPtr</a> chromatogram1b = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a926d2288e47c1567971bcf2380c97007">ChromatogramPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram.html">Chromatogram</a>);</div>
│ │ │ │ @@ -1375,31 +1375,31 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  766</span>    <span class="comment">// check: different ChromatogramList::size()</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  767</span>    </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  768</span>    <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a926d2288e47c1567971bcf2380c97007">ChromatogramPtr</a> chromatogram2 = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a926d2288e47c1567971bcf2380c97007">ChromatogramPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram.html">Chromatogram</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  769</span>    chromatogram2-&gt;id = <span class="stringliteral">&quot;421&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  770</span>    aSimple.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram_list_simple.html#a5d9c4704b6bde4afde534b71bf51535b">chromatograms</a>.push_back(chromatogram2);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  771</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  772</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  773</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  773</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  774</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  775</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.chromatograms.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  776</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.chromatograms[0]-&gt;userParams.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  777</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  778</span>    diffIgnore(a,b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  779</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; diffIgnore &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  779</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; diffIgnore &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  780</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!diffIgnore);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  781</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  782</span>    <span class="comment">// check: same ChromatogramList::size(), different last scan number </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  783</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  784</span>    <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a926d2288e47c1567971bcf2380c97007">ChromatogramPtr</a> chromatogram3 = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a926d2288e47c1567971bcf2380c97007">ChromatogramPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram.html">Chromatogram</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  785</span>    chromatogram3-&gt;id = <span class="stringliteral">&quot;422&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  786</span>    bSimple.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram_list_simple.html#a5d9c4704b6bde4afde534b71bf51535b">chromatograms</a>.push_back(chromatogram3);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  787</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  788</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  789</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  789</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  790</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  791</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.chromatograms.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  792</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.chromatograms[0]-&gt;id == <span class="stringliteral">&quot;421&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  793</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.chromatograms.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  794</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.chromatograms[0]-&gt;id == <span class="stringliteral">&quot;422&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  795</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  796</span>    diffIgnore(a,b);</div>
│ │ │ │ @@ -1422,29 +1422,29 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  813</span>    config.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html#a43e0b825a6703a1f5e827db20e8582cd">precision</a> = 1e-6;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  814</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  815</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;ChromatogramList, DiffConfig, ChromatogramListSimple&gt;</a> diffWide(a, b, config);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  816</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!diffWide);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  817</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  818</span>    config.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html#a43e0b825a6703a1f5e827db20e8582cd">precision</a> = 1e-12;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  819</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;ChromatogramList, DiffConfig, ChromatogramListSimple&gt;</a> diffNarrow(a, b, config);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  820</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; diffNarrow &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  820</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; diffNarrow &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  821</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(diffNarrow);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  822</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  823</span>    diffIgnore(a,b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  824</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!diffIgnore);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  825</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram_list_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram_list.html">pwiz::msdata::ChromatogramList</a></div><div class="ttdoc">Interface for accessing chromatograms, which may be stored in memory or backed by a data file (RAW,...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00756">MSData.hpp:757</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html_a926d2288e47c1567971bcf2380c97007"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a926d2288e47c1567971bcf2380c97007">pwiz::msdata::ChromatogramPtr</a></div><div class="ttdeci">boost::shared_ptr&lt; Chromatogram &gt; ChromatogramPtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00624">MSData.hpp:624</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram_list_simple_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram_list_simple.html">pwiz::msdata::ChromatogramListSimple</a></div><div class="ttdoc">Simple writeable in-memory implementation of ChromatogramList.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00790">MSData.hpp:791</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram_list_simple_html_a5d9c4704b6bde4afde534b71bf51535b"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram_list_simple.html#a5d9c4704b6bde4afde534b71bf51535b">pwiz::msdata::ChromatogramListSimple::chromatograms</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; ChromatogramPtr &gt; chromatograms</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00792">MSData.hpp:792</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram_list_simple_html_ad8690ffdbd15120a0d5c958de68406f5"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram_list_simple.html#ad8690ffdbd15120a0d5c958de68406f5">pwiz::msdata::ChromatogramListSimple::dp</a></div><div class="ttdeci">DataProcessingPtr dp</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00793">MSData.hpp:793</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00792">pwiz::msdata::ChromatogramListSimple::chromatograms</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00793">pwiz::msdata::ChromatogramListSimple::dp</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00044">pwiz::data::BaseDiffConfig::precision</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00792">pwiz::msdata::ChromatogramListSimple::chromatograms</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00793">pwiz::msdata::ChromatogramListSimple::dp</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00044">pwiz::data::BaseDiffConfig::precision</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a65ed223c6c0c23c27e8083eeb22036c4" name="a65ed223c6c0c23c27e8083eeb22036c4"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a65ed223c6c0c23c27e8083eeb22036c4">&#9670;&nbsp;</a></span>testRun()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -1455,17 +1455,17 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00828">828</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00828">828</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  829</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  830</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testRun()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  830</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testRun()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  831</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  832</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html">Run</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  833</span>   </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  834</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#a88fa7524cc39efd08cb6e9a9521443e0">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;goober&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  835</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#a95e8a497a3e2428dc940797f68c70950">startTimeStamp</a> = <span class="stringliteral">&quot;20 April 2004 4:20pm&quot;</span>;  </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  836</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#a88fa7524cc39efd08cb6e9a9521443e0">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;goober&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  837</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#a95e8a497a3e2428dc940797f68c70950">startTimeStamp</a> = <span class="stringliteral">&quot;20 April 2004 4:20pm&quot;</span>;  </div>
│ │ │ │ @@ -1489,15 +1489,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  855</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#aa06c06245cdee29c856b83f0f491c5f1">defaultInstrumentConfigurationPtr</a> = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aaccfe7bc7139ec3f4013e8aedbb21c8c">InstrumentConfigurationPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_instrument_configuration.html">InstrumentConfiguration</a>(<span class="stringliteral">&quot;instrumentConfiguration&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  856</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#aa06c06245cdee29c856b83f0f491c5f1">defaultInstrumentConfigurationPtr</a> = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aaccfe7bc7139ec3f4013e8aedbb21c8c">InstrumentConfigurationPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_instrument_configuration.html">InstrumentConfiguration</a>(<span class="stringliteral">&quot;instrumentConfiguration&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  857</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  858</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ac7d4c63d3dff780f69495643f0328db4">samplePtr</a> = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a741ec03e93ee4c47de6a902bfc5e8fea">SamplePtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_sample.html">Sample</a>(<span class="stringliteral">&quot;sample&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  859</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#a6f34737a84c242f28366a211e006da53">defaultSourceFilePtr</a> = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#ae17416cf76b238b5675ad9f4d241d604">SourceFilePtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_source_file.html">SourceFile</a>(<span class="stringliteral">&quot;source file&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  860</span>    </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  861</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  862</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  862</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  863</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  864</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  865</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.spectrumListPtr-&gt;size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  866</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.spectrumListPtr-&gt;spectrum(0)-&gt;userParams.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  867</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  868</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.chromatogramListPtr.get());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  869</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.chromatogramListPtr-&gt;size() == 1);</div>
│ │ │ │ @@ -1521,17 +1521,17 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_run_html_a88fa7524cc39efd08cb6e9a9521443e0"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#a88fa7524cc39efd08cb6e9a9521443e0">pwiz::msdata::Run::id</a></div><div class="ttdeci">std::string id</div><div class="ttdoc">a unique identifier for this run.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00812">MSData.hpp:812</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_run_html_a95e8a497a3e2428dc940797f68c70950"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#a95e8a497a3e2428dc940797f68c70950">pwiz::msdata::Run::startTimeStamp</a></div><div class="ttdeci">std::string startTimeStamp</div><div class="ttdoc">the optional start timestamp of the run, in UT.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00821">MSData.hpp:821</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_run_html_aa06c06245cdee29c856b83f0f491c5f1"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#aa06c06245cdee29c856b83f0f491c5f1">pwiz::msdata::Run::defaultInstrumentConfigurationPtr</a></div><div class="ttdeci">InstrumentConfigurationPtr defaultInstrumentConfigurationPtr</div><div class="ttdoc">this attribute MUST reference the 'id' of the default instrument configuration. If a scan does not re...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00815">MSData.hpp:815</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_run_html_ac7d4c63d3dff780f69495643f0328db4"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ac7d4c63d3dff780f69495643f0328db4">pwiz::msdata::Run::samplePtr</a></div><div class="ttdeci">SamplePtr samplePtr</div><div class="ttdoc">this attribute MUST reference the 'id' of the appropriate sample.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00818">MSData.hpp:818</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_run_html_ac9785097ed8b5e48599aef68d2d9af97"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ac9785097ed8b5e48599aef68d2d9af97">pwiz::msdata::Run::chromatogramListPtr</a></div><div class="ttdeci">ChromatogramListPtr chromatogramListPtr</div><div class="ttdoc">all chromatograms for this run.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00830">MSData.hpp:830</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_run_html_ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">pwiz::msdata::Run::spectrumListPtr</a></div><div class="ttdeci">SpectrumListPtr spectrumListPtr</div><div class="ttdoc">all mass spectra and the acquisitions underlying them are described and attached here....</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00827">MSData.hpp:827</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00830">pwiz::msdata::Run::chromatogramListPtr</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00815">pwiz::msdata::Run::defaultInstrumentConfigurationPtr</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00824">pwiz::msdata::Run::defaultSourceFilePtr</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00812">pwiz::msdata::Run::id</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00818">pwiz::msdata::Run::samplePtr</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00827">pwiz::msdata::Run::spectrumListPtr</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00821">pwiz::msdata::Run::startTimeStamp</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00830">pwiz::msdata::Run::chromatogramListPtr</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00815">pwiz::msdata::Run::defaultInstrumentConfigurationPtr</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00824">pwiz::msdata::Run::defaultSourceFilePtr</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00812">pwiz::msdata::Run::id</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00818">pwiz::msdata::Run::samplePtr</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00827">pwiz::msdata::Run::spectrumListPtr</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00821">pwiz::msdata::Run::startTimeStamp</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="af99a41d330719ceb0646b801fdcf82d3" name="af99a41d330719ceb0646b801fdcf82d3"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#af99a41d330719ceb0646b801fdcf82d3">&#9670;&nbsp;</a></span>testMSData()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -1542,17 +1542,17 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00888">888</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00888">888</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  889</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  890</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testMSData()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  890</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testMSData()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  891</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  892</span>    <a class="code hl_struct" href="struct_m_s_data_with_settable_version.html">MSDataWithSettableVersion</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  893</span>   </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  894</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a8997fac00442c1b113110e0539c83626">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;goober&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  895</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a8997fac00442c1b113110e0539c83626">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;goober&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  896</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  897</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;MSData, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ @@ -1567,15 +1567,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  906</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a99bd582a6b2a105469ea421696b343b9">instrumentConfigurationPtrs</a>.push_back(<a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aaccfe7bc7139ec3f4013e8aedbb21c8c">InstrumentConfigurationPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_instrument_configuration.html">InstrumentConfiguration</a>(<span class="stringliteral">&quot;instrumentConfiguration&quot;</span>)));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  907</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a3f41fa46076698d221c0d6a7cb425a09">softwarePtrs</a>.push_back(<a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a5a48684ceb78f2d848f506bfb51a3cbe">SoftwarePtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_software.html">Software</a>(<span class="stringliteral">&quot;software&quot;</span>)));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  908</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#aec6ea9726fa7b68da5eadfabec58326c">dataProcessingPtrs</a>.push_back(<a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a014a758f7a4ba67d1c0c57b1c70a2879">DataProcessingPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_data_processing.html">DataProcessing</a>(<span class="stringliteral">&quot;dataProcessing&quot;</span>)));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  909</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#a88fa7524cc39efd08cb6e9a9521443e0">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;run&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  910</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a129e1167107e54a4401f3cf4462992c6">scanSettingsPtrs</a>.push_back(<a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a60ad9dc1e689871886c40da4deb48869">ScanSettingsPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_scan_settings.html">ScanSettings</a>(<span class="stringliteral">&quot;scanSettings&quot;</span>)));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  911</span>   </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  912</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  913</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  913</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  914</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  915</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  916</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.accession == <span class="stringliteral">&quot;different&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  917</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.accession.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  918</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  919</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.id == (a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a8997fac00442c1b113110e0539c83626">id</a> + <span class="stringliteral">&quot; (&quot;</span> + a.<a class="code hl_function" href="struct_m_s_data_with_settable_version.html#a14eae4cd196a635dc136cafed6f89c64">version</a>() + <span class="stringliteral">&quot;)&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  920</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.id == (b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a8997fac00442c1b113110e0539c83626">id</a> + <span class="stringliteral">&quot; (&quot;</span> + b.<a class="code hl_function" href="struct_m_s_data_with_settable_version.html#a14eae4cd196a635dc136cafed6f89c64">version</a>() + <span class="stringliteral">&quot;)&quot;</span>));</div>
│ │ │ │ @@ -1604,32 +1604,32 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  943</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.run.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  944</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.run.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  945</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  946</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.scanSettingsPtrs.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  947</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.scanSettingsPtrs.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  948</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html_a60ad9dc1e689871886c40da4deb48869"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a60ad9dc1e689871886c40da4deb48869">pwiz::msdata::ScanSettingsPtr</a></div><div class="ttdeci">boost::shared_ptr&lt; ScanSettings &gt; ScanSettingsPtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00225">MSData.hpp:225</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astruct_m_s_data_with_settable_version_html"><div class="ttname"><a href="struct_m_s_data_with_settable_version.html">MSDataWithSettableVersion</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00886">DiffTest.cpp:886</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astruct_m_s_data_with_settable_version_html_a14eae4cd196a635dc136cafed6f89c64"><div class="ttname"><a href="struct_m_s_data_with_settable_version.html#a14eae4cd196a635dc136cafed6f89c64">MSDataWithSettableVersion::version</a></div><div class="ttdeci">void version(const string &amp;v)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00886">DiffTest.cpp:886</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astruct_m_s_data_with_settable_version_html"><div class="ttname"><a href="struct_m_s_data_with_settable_version.html">MSDataWithSettableVersion</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00886">DiffTest.cpp:886</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astruct_m_s_data_with_settable_version_html_a14eae4cd196a635dc136cafed6f89c64"><div class="ttname"><a href="struct_m_s_data_with_settable_version.html#a14eae4cd196a635dc136cafed6f89c64">MSDataWithSettableVersion::version</a></div><div class="ttdeci">void version(const string &amp;v)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00886">DiffTest.cpp:886</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1cv_1_1_c_v_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1cv_1_1_c_v.html">pwiz::cv::CV</a></div><div class="ttdoc">Information about an ontology or CV source and a short 'lookup' tag to refer to.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l14915">cv.hpp:14916</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_html_a129e1167107e54a4401f3cf4462992c6"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a129e1167107e54a4401f3cf4462992c6">pwiz::msdata::MSData::scanSettingsPtrs</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; ScanSettingsPtr &gt; scanSettingsPtrs</div><div class="ttdoc">list with the descriptions of the acquisition settings applied prior to the start of data acquisition...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00874">MSData.hpp:874</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_html_a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">pwiz::msdata::MSData::run</a></div><div class="ttdeci">Run run</div><div class="ttdoc">a run in mzML should correspond to a single, consecutive and coherent set of scans on an instrument.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00886">MSData.hpp:886</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_html_a3f41fa46076698d221c0d6a7cb425a09"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a3f41fa46076698d221c0d6a7cb425a09">pwiz::msdata::MSData::softwarePtrs</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; SoftwarePtr &gt; softwarePtrs</div><div class="ttdoc">list and descriptions of software used to acquire and/or process the data in this mzML file.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00871">MSData.hpp:871</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_html_a53972ceab25f07db6dcc72c4f69196f1"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a53972ceab25f07db6dcc72c4f69196f1">pwiz::msdata::MSData::accession</a></div><div class="ttdeci">std::string accession</div><div class="ttdoc">an optional accession number for the mzML document.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00852">MSData.hpp:852</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_html_a8997fac00442c1b113110e0539c83626"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a8997fac00442c1b113110e0539c83626">pwiz::msdata::MSData::id</a></div><div class="ttdeci">std::string id</div><div class="ttdoc">an optional id for the mzML document. It is recommended to use LSIDs when possible.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00855">MSData.hpp:855</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_html_a8ee3631b7e027416637e5159a39a57a9"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a8ee3631b7e027416637e5159a39a57a9">pwiz::msdata::MSData::fileDescription</a></div><div class="ttdeci">FileDescription fileDescription</div><div class="ttdoc">information pertaining to the entire mzML file (i.e. not specific to any part of the data set) is sto...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00862">MSData.hpp:862</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_html_a99bd582a6b2a105469ea421696b343b9"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a99bd582a6b2a105469ea421696b343b9">pwiz::msdata::MSData::instrumentConfigurationPtrs</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; InstrumentConfigurationPtr &gt; instrumentConfigurationPtrs</div><div class="ttdoc">list and descriptions of instrument configurations.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00877">MSData.hpp:877</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_html_a9c12b0f401b787a399ad3cecd29a84d3"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a9c12b0f401b787a399ad3cecd29a84d3">pwiz::msdata::MSData::paramGroupPtrs</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; ParamGroupPtr &gt; paramGroupPtrs</div><div class="ttdoc">container for a list of referenceableParamGroups</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00865">MSData.hpp:865</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_html_aeba6ef0adab06de3790517bd9f561bb9"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#aeba6ef0adab06de3790517bd9f561bb9">pwiz::msdata::MSData::samplePtrs</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; SamplePtr &gt; samplePtrs</div><div class="ttdoc">list and descriptions of samples.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00868">MSData.hpp:868</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_html_aec6ea9726fa7b68da5eadfabec58326c"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#aec6ea9726fa7b68da5eadfabec58326c">pwiz::msdata::MSData::dataProcessingPtrs</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; DataProcessingPtr &gt; dataProcessingPtrs</div><div class="ttdoc">list and descriptions of data processing applied to this data.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00880">MSData.hpp:880</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_html_aec7b5f6db7a767b7872302670172554b"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#aec7b5f6db7a767b7872302670172554b">pwiz::msdata::MSData::cvs</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; CV &gt; cvs</div><div class="ttdoc">container for one or more controlled vocabulary definitions.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00859">MSData.hpp:859</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00852">pwiz::msdata::MSData::accession</a>, <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00250">pwiz::data::ParamContainer::cvParams</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00859">pwiz::msdata::MSData::cvs</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00880">pwiz::msdata::MSData::dataProcessingPtrs</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00087">pwiz::msdata::FileDescription::fileContent</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00862">pwiz::msdata::MSData::fileDescription</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00812">pwiz::msdata::Run::id</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00855">pwiz::msdata::MSData::id</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00877">pwiz::msdata::MSData::instrumentConfigurationPtrs</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00636">MS_reflectron_on</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00865">pwiz::msdata::MSData::paramGroupPtrs</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00886">pwiz::msdata::MSData::run</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00868">pwiz::msdata::MSData::samplePtrs</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00874">pwiz::msdata::MSData::scanSettingsPtrs</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00871">pwiz::msdata::MSData::softwarePtrs</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00886">MSDataWithSettableVersion::version()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00852">pwiz::msdata::MSData::accession</a>, <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00250">pwiz::data::ParamContainer::cvParams</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00859">pwiz::msdata::MSData::cvs</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00880">pwiz::msdata::MSData::dataProcessingPtrs</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00087">pwiz::msdata::FileDescription::fileContent</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00862">pwiz::msdata::MSData::fileDescription</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00812">pwiz::msdata::Run::id</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00855">pwiz::msdata::MSData::id</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00877">pwiz::msdata::MSData::instrumentConfigurationPtrs</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00636">MS_reflectron_on</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00865">pwiz::msdata::MSData::paramGroupPtrs</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00886">pwiz::msdata::MSData::run</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00868">pwiz::msdata::MSData::samplePtrs</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00874">pwiz::msdata::MSData::scanSettingsPtrs</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00871">pwiz::msdata::MSData::softwarePtrs</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00886">MSDataWithSettableVersion::version()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a5d4f62c58b6db5fa52bd9666b1613264" name="a5d4f62c58b6db5fa52bd9666b1613264"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a5d4f62c58b6db5fa52bd9666b1613264">&#9670;&nbsp;</a></span>testBinaryDataOnly()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -1640,15 +1640,15 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00951">951</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00951">951</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  952</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  953</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html">MSData</a> tiny;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  954</span>    <a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1identdata_1_1examples.html#abc4d348117dd8a20dda0f7747dbd109f">examples::initializeTiny</a>(tiny);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  955</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  956</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html">MSData</a> tinier;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  957</span>    <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#ab152ecfe549baeb14cdef299963acab9">SpectrumListSimplePtr</a> sl(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_list_simple.html">SpectrumListSimple</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  958</span>    <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#ab3424b39d92547d6ce1c910aafd00fc5">ChromatogramListSimplePtr</a> cl(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram_list_simple.html">ChromatogramListSimple</a>);</div>
│ │ │ │ @@ -1698,40 +1698,40 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1002</span>        }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1003</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1004</span>        <span class="comment">// copy &quot;important&quot; scan metadata</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1005</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1006</span>        to-&gt;defaultArrayLength = from-&gt;defaultArrayLength;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1007</span>    }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1008</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1009</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>)</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1009</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1010</span>    {</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1011</span>        *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;tinier::&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1012</span>        <a class="code hl_class" href="classpwiz_1_1identdata_1_1_text_writer.html">TextWriter</a>(*<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>,0)(tinier);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1011</span>        *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;tinier::&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1012</span>        <a class="code hl_class" href="classpwiz_1_1identdata_1_1_text_writer.html">TextWriter</a>(*<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>,0)(tinier);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1013</span>    }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1014</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1015</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;MSData, DiffConfig&gt;</a> diff_full(tiny, tinier);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1016</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(diff_full);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1017</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1018</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config.html">DiffConfig</a> config;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1019</span>    config.ignoreMetadata = <span class="keyword">true</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1020</span>    config.ignoreIdentity = <span class="keyword">true</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1021</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1022</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;MSData, DiffConfig&gt;</a> diff_data(tiny, tinier, config);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1023</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &amp;&amp; diff_data) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; diff_data &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1023</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &amp;&amp; diff_data) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; diff_data &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1024</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!diff_data); </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1025</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1identdata_1_1_text_writer_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1identdata_1_1_text_writer.html">pwiz::identdata::TextWriter</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="identdata_2_text_writer_8hpp_source.html#l00044">TextWriter.hpp:45</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1identdata_1_1examples_html_abc4d348117dd8a20dda0f7747dbd109f"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1identdata_1_1examples.html#abc4d348117dd8a20dda0f7747dbd109f">pwiz::identdata::examples::initializeTiny</a></div><div class="ttdeci">PWIZ_API_DECL void initializeTiny(IdentData &amp;mzid)</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html_ab152ecfe549baeb14cdef299963acab9"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html#ab152ecfe549baeb14cdef299963acab9">pwiz::msdata::SpectrumListSimplePtr</a></div><div class="ttdeci">boost::shared_ptr&lt; SpectrumListSimple &gt; SpectrumListSimplePtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00731">MSData.hpp:731</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html_ab3424b39d92547d6ce1c910aafd00fc5"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html#ab3424b39d92547d6ce1c910aafd00fc5">pwiz::msdata::ChromatogramListSimplePtr</a></div><div class="ttdeci">boost::shared_ptr&lt; ChromatogramListSimple &gt; ChromatogramListSimplePtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00805">MSData.hpp:805</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html">pwiz::msdata::MSData</a></div><div class="ttdoc">This is the root element of ProteoWizard; it represents the mzML element, defined as: intended to cap...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00849">MSData.hpp:850</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00830">pwiz::msdata::Run::chromatogramListPtr</a>, <a class="el" href="namespacepwiz_1_1identdata_1_1examples.html#abc4d348117dd8a20dda0f7747dbd109f">pwiz::identdata::examples::initializeTiny()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00886">pwiz::msdata::MSData::run</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00329">pwiz::msdata::Precursor::selectedIons</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00827">pwiz::msdata::Run::spectrumListPtr</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00830">pwiz::msdata::Run::chromatogramListPtr</a>, <a class="el" href="namespacepwiz_1_1identdata_1_1examples.html#abc4d348117dd8a20dda0f7747dbd109f">pwiz::identdata::examples::initializeTiny()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00886">pwiz::msdata::MSData::run</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00329">pwiz::msdata::Precursor::selectedIons</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00827">pwiz::msdata::Run::spectrumListPtr</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a6ef4897e4a6e9d96970b6ca30300722c" name="a6ef4897e4a6e9d96970b6ca30300722c"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a6ef4897e4a6e9d96970b6ca30300722c">&#9670;&nbsp;</a></span>getMaxPrecisionDiff()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -1745,27 +1745,27 @@
│ │ │ │            <td class="paramtype">const list_type &amp;&#160;</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"><em>list</em></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01032">1032</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01032">1032</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno"> 1033</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1034</span>    <span class="keywordflow">if</span> (list.dp.get() &amp;&amp;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1035</span>        !list.dp-&gt;processingMethods.empty() &amp;&amp;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1036</span>        !list.dp-&gt;processingMethods.back().userParam(<a class="code hl_variable" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a9df8d6239f963749300327e3687cdf86">userParamName_MaxBinaryDataArrayDifference_</a>).empty())</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1037</span>        <span class="keywordflow">return</span> lexical_cast&lt;double&gt;(list.dp-&gt;processingMethods.back().userParam(<a class="code hl_variable" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a9df8d6239f963749300327e3687cdf86">userParamName_MaxBinaryDataArrayDifference_</a>).value);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1036</span>        !list.dp-&gt;processingMethods.back().userParam(<a class="code hl_variable" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a9df8d6239f963749300327e3687cdf86">userParamName_MaxBinaryDataArrayDifference_</a>).empty())</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1037</span>        <span class="keywordflow">return</span> lexical_cast&lt;double&gt;(list.dp-&gt;processingMethods.back().userParam(<a class="code hl_variable" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a9df8d6239f963749300327e3687cdf86">userParamName_MaxBinaryDataArrayDifference_</a>).value);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1038</span>    <span class="keywordflow">return</span> 0;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1039</span>}</div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_a9df8d6239f963749300327e3687cdf86"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a9df8d6239f963749300327e3687cdf86">userParamName_MaxBinaryDataArrayDifference_</a></div><div class="ttdeci">static const char * userParamName_MaxBinaryDataArrayDifference_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01028">DiffTest.cpp:1028</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_a9df8d6239f963749300327e3687cdf86"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a9df8d6239f963749300327e3687cdf86">userParamName_MaxBinaryDataArrayDifference_</a></div><div class="ttdeci">static const char * userParamName_MaxBinaryDataArrayDifference_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01028">DiffTest.cpp:1028</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01028">userParamName_MaxBinaryDataArrayDifference_</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01028">userParamName_MaxBinaryDataArrayDifference_</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01042">testMaxPrecisionDiff()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01042">testMaxPrecisionDiff()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a0d184b132765a1682b7cde7dd6b69251" name="a0d184b132765a1682b7cde7dd6b69251"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a0d184b132765a1682b7cde7dd6b69251">&#9670;&nbsp;</a></span>testMaxPrecisionDiff()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -1776,22 +1776,22 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01042">1042</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01042">1042</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno"> 1044</span>{ </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1045</span>  <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>)</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1045</span>  <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1046</span>    {</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1047</span>      *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt;<span class="stringliteral">&quot;testMaxPrecisionDiff()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1047</span>      *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt;<span class="stringliteral">&quot;testMaxPrecisionDiff()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1048</span>    }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1049</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1050</span>  <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">numeric_limits&lt;double&gt;::epsilon</a>(); </div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1050</span>  <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">numeric_limits&lt;double&gt;::epsilon</a>(); </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1051</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1052</span>  <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa0303b5e9ba2c6c62aad646fb63670ae">BinaryDataArrayPtr</a> a(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array.html">BinaryDataArray</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1053</span>  <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa0303b5e9ba2c6c62aad646fb63670ae">BinaryDataArrayPtr</a> b(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array.html">BinaryDataArray</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1054</span>  <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa0303b5e9ba2c6c62aad646fb63670ae">BinaryDataArrayPtr</a> c(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array.html">BinaryDataArray</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1055</span>  <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa0303b5e9ba2c6c62aad646fb63670ae">BinaryDataArrayPtr</a> d(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array.html">BinaryDataArray</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1056</span>  <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa0303b5e9ba2c6c62aad646fb63670ae">BinaryDataArrayPtr</a> e(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array.html">BinaryDataArray</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1057</span>  <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa0303b5e9ba2c6c62aad646fb63670ae">BinaryDataArrayPtr</a> f(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array.html">BinaryDataArray</a>);</div>
│ │ │ │ @@ -1826,34 +1826,34 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1086</span>  b-&gt;data = data2;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1087</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1088</span>  <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;BinaryDataArray, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(*a,*b,config);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1089</span>  </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1090</span>  <span class="comment">//diff </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1091</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1092</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1093</span>  <span class="keywordflow">if</span>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>&lt;&lt;<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>&lt;&lt;endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1093</span>  <span class="keywordflow">if</span>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>&lt;&lt;<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>&lt;&lt;endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1094</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1095</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1096</span>  <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;BinaryDataArray, DiffConfig&gt;</a> diff2(*c,*d,config);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1097</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1098</span>  <span class="comment">//diff</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1099</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(diff2);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1100</span>  </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1101</span>  <span class="keywordflow">if</span>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>&lt;&lt;diff2&lt;&lt;endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1101</span>  <span class="keywordflow">if</span>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>&lt;&lt;diff2&lt;&lt;endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1102</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1103</span>  <span class="comment">// BinaryDataArray UserParam is set</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1104</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.userParams.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1105</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.userParams.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1106</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1107</span>  <span class="comment">// and correctly </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1108</span>  <span class="keywordtype">double</span> maxBin_a_b=boost::lexical_cast&lt;double&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.userParam(<span class="stringliteral">&quot;Binary data array difference&quot;</span>).value); </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1109</span>  <span class="keywordtype">double</span> maxBin_b_a=boost::lexical_cast&lt;double&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.userParam(<span class="stringliteral">&quot;Binary data array difference&quot;</span>).value); </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1110</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1111</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxBin_a_b,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1112</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxBin_b_a,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>); </div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1111</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxBin_a_b,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1112</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxBin_b_a,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>); </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1113</span>  </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1114</span>  <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html">Run</a> run_a, run_b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1115</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1116</span>  shared_ptr&lt;SpectrumListSimple&gt; sls_a(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_list_simple.html">SpectrumListSimple</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1117</span>  shared_ptr&lt;SpectrumListSimple&gt; sls_b(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_list_simple.html">SpectrumListSimple</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1118</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1119</span>  <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa9d6a30f39ca4f490b42ff009feef0b7">SpectrumPtr</a> spa(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html">Spectrum</a>);</div>
│ │ │ │ @@ -1914,100 +1914,100 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1174</span>  </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1175</span>  <span class="keywordtype">double</span> maxSpecList_a_b=boost::lexical_cast&lt;double&gt;(diff_run.a_b.userParam(<span class="stringliteral">&quot;Spectrum binary data array difference&quot;</span>).value);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1176</span>  <span class="keywordtype">double</span> maxSpecList_b_a=boost::lexical_cast&lt;double&gt;(diff_run.b_a.userParam(<span class="stringliteral">&quot;Spectrum binary data array difference&quot;</span>).value);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1177</span>  </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1178</span>  <span class="keywordtype">double</span> maxChrList_a_b=boost::lexical_cast&lt;double&gt;(diff_run.a_b.userParam(<span class="stringliteral">&quot;Chromatogram binary data array difference&quot;</span>).value);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1179</span>  <span class="keywordtype">double</span> maxChrList_b_a=boost::lexical_cast&lt;double&gt;(diff_run.b_a.userParam(<span class="stringliteral">&quot;Chromatogram binary data array difference&quot;</span>).value);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1180</span>  </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1181</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxSpecList_a_b,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1182</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxSpecList_b_a,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1183</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxChrList_a_b,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1184</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxChrList_b_a,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1181</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxSpecList_a_b,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1182</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxSpecList_b_a,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1183</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxChrList_a_b,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1184</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxChrList_b_a,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1185</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1186</span>  <span class="comment">// test that Spectrum UserParam is written upon finding a binary data diff, with the correct value</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1187</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1188</span>  <span class="comment">// user params are set  </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1189</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!diff_run.a_b.spectrumListPtr-&gt;spectrum(0)-&gt;userParams.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1190</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!diff_run.b_a.spectrumListPtr-&gt;spectrum(0)-&gt;userParams.empty()); <span class="comment">//user params are set</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1191</span>  </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1192</span>  <span class="comment">// and correctly</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1193</span>  </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1194</span>  <span class="keywordtype">double</span> maxSpec_a_b=boost::lexical_cast&lt;double&gt;(diff_run.a_b.spectrumListPtr-&gt;spectrum(0)-&gt;userParam(<span class="stringliteral">&quot;Binary data array difference&quot;</span>).value);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1195</span>  <span class="keywordtype">double</span> maxSpec_b_a=boost::lexical_cast&lt;double&gt;(diff_run.b_a.spectrumListPtr-&gt;spectrum(0)-&gt;userParam(<span class="stringliteral">&quot;Binary data array difference&quot;</span>).value);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1196</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1197</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxSpec_a_b,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1198</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxSpec_b_a,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>); </div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1197</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxSpec_a_b,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1198</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxSpec_b_a,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>); </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1199</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1200</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1201</span>  <span class="comment">// test that Chromatogram UserParam is written upon finding a binary data diff, with the correct value</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1202</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1203</span>  <span class="comment">// user params are set</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1204</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!diff_run.a_b.chromatogramListPtr-&gt;chromatogram(0)-&gt;userParams.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1205</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!diff_run.b_a.chromatogramListPtr-&gt;chromatogram(0)-&gt;userParams.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1206</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1207</span>  <span class="comment">// and correctly</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1208</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1209</span>  <span class="keywordtype">double</span> maxChr_a_b=boost::lexical_cast&lt;double&gt;(diff_run.a_b.chromatogramListPtr-&gt;chromatogram(0)-&gt;userParam(<span class="stringliteral">&quot;Binary data array difference&quot;</span>).value);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1210</span>  <span class="keywordtype">double</span> maxChr_b_a=boost::lexical_cast&lt;double&gt;(diff_run.b_a.chromatogramListPtr-&gt;chromatogram(0)-&gt;userParam(<span class="stringliteral">&quot;Binary data array difference&quot;</span>).value);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1211</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1212</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxChr_a_b,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1213</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxChr_b_a,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1212</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxChr_a_b,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1213</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxChr_b_a,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1214</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1215</span>  <span class="keywordflow">if</span>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>&lt;&lt;diff_run&lt;&lt;endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1215</span>  <span class="keywordflow">if</span>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>&lt;&lt;diff_run&lt;&lt;endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1216</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1217</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1218</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1219</span>  <span class="comment">// test that maxPrecisionDiff is being returned correctly for a zero diff within diff_impl::diff(SpectrumList, SpectrumList, SpectrumList, SpectrumList, DiffConfig)</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1220</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1221</span>  shared_ptr&lt;SpectrumListSimple&gt; sls_a_a(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_list_simple.html">SpectrumListSimple</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1222</span>  shared_ptr&lt;SpectrumListSimple&gt; sls_A_A(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_list_simple.html">SpectrumListSimple</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1223</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1224</span>  <a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1data_1_1diff__impl.html#a94bc7e764263e33b62d6d471ed0a3e4d">pwiz::data::diff_impl::diff</a>(*sls_a, *sls_a,*sls_a_a,*sls_A_A,config);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1225</span>  <span class="keywordtype">double</span> maxPrecisionNonDiffSpec = <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a6ef4897e4a6e9d96970b6ca30300722c">getMaxPrecisionDiff</a>(*sls_a_a);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1226</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxPrecisionNonDiffSpec,0,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1225</span>  <span class="keywordtype">double</span> maxPrecisionNonDiffSpec = <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a6ef4897e4a6e9d96970b6ca30300722c">getMaxPrecisionDiff</a>(*sls_a_a);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1226</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxPrecisionNonDiffSpec,0,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1227</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1228</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1229</span>  <span class="comment">// test that maxPrecisionDiff is being returned correctly for a non-zero diff within diff_impl::diff(SpectrumList, SpectrumList, SpectrumList, SpectrumList, DiffConfig)</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1230</span>  </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1231</span>  shared_ptr&lt;SpectrumListSimple&gt; sls_a_b(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_list_simple.html">SpectrumListSimple</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1232</span>  shared_ptr&lt;SpectrumListSimple&gt; sls_b_a(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_list_simple.html">SpectrumListSimple</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1233</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1234</span>  <a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1data_1_1diff__impl.html#a94bc7e764263e33b62d6d471ed0a3e4d">pwiz::data::diff_impl::diff</a>(*sls_a, *sls_b,*sls_a_b,*sls_b_a,config);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1235</span>  <span class="keywordtype">double</span> maxPrecisionDiffSpec = <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a6ef4897e4a6e9d96970b6ca30300722c">getMaxPrecisionDiff</a>(*sls_a_b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1236</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxPrecisionDiffSpec,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1235</span>  <span class="keywordtype">double</span> maxPrecisionDiffSpec = <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a6ef4897e4a6e9d96970b6ca30300722c">getMaxPrecisionDiff</a>(*sls_a_b);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1236</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxPrecisionDiffSpec,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1237</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1238</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1239</span>  <span class="comment">// test that maxPrecisionDiff is being returned correctly for a zero diff within diff_impl::diff(ChromatogramList, ChromatogramList, ChromatogramList, ChromatogramList, DiffConfig)</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1240</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1241</span>  shared_ptr&lt;ChromatogramListSimple&gt; cls_a_a(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram_list_simple.html">ChromatogramListSimple</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1242</span>  shared_ptr&lt;ChromatogramListSimple&gt; cls_A_A(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram_list_simple.html">ChromatogramListSimple</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1243</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1244</span>  <a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1data_1_1diff__impl.html#a94bc7e764263e33b62d6d471ed0a3e4d">pwiz::data::diff_impl::diff</a>(*cls_a, *cls_a,*cls_a_a,*cls_A_A,config);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1245</span>  <span class="keywordtype">double</span> maxPrecisionNonDiffChr = <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a6ef4897e4a6e9d96970b6ca30300722c">getMaxPrecisionDiff</a>(*cls_a_a);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1246</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxPrecisionNonDiffChr,0,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1245</span>  <span class="keywordtype">double</span> maxPrecisionNonDiffChr = <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a6ef4897e4a6e9d96970b6ca30300722c">getMaxPrecisionDiff</a>(*cls_a_a);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1246</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxPrecisionNonDiffChr,0,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1247</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1248</span>  <span class="comment">// test that maxPrecisionDiff is being returned correctly for a non-zero diff within diff_impl::diff(ChromatogramList, ChromatogramList, ChromatogramList, ChromatogramList, DiffConfig)</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1249</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1250</span>  shared_ptr&lt;ChromatogramListSimple&gt; cls_a_b(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram_list_simple.html">ChromatogramListSimple</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1251</span>  shared_ptr&lt;ChromatogramListSimple&gt; cls_b_a(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram_list_simple.html">ChromatogramListSimple</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1252</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1253</span>  <a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1data_1_1diff__impl.html#a94bc7e764263e33b62d6d471ed0a3e4d">pwiz::data::diff_impl::diff</a>(*cls_a,*cls_b,*cls_a_b,*cls_b_a,config);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1254</span>  <span class="keywordtype">double</span> maxPrecisionDiffChr = <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a6ef4897e4a6e9d96970b6ca30300722c">getMaxPrecisionDiff</a>(*cls_a_b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1255</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxPrecisionDiffChr,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1254</span>  <span class="keywordtype">double</span> maxPrecisionDiffChr = <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a6ef4897e4a6e9d96970b6ca30300722c">getMaxPrecisionDiff</a>(*cls_a_b);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1255</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxPrecisionDiffChr,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1256</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1257</span>  </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1258</span>}</div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_a6ef4897e4a6e9d96970b6ca30300722c"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a6ef4897e4a6e9d96970b6ca30300722c">getMaxPrecisionDiff</a></div><div class="ttdeci">double getMaxPrecisionDiff(const list_type &amp;list)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01032">DiffTest.cpp:1032</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_a6ef4897e4a6e9d96970b6ca30300722c"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a6ef4897e4a6e9d96970b6ca30300722c">getMaxPrecisionDiff</a></div><div class="ttdeci">double getMaxPrecisionDiff(const list_type &amp;list)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01032">DiffTest.cpp:1032</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1data_1_1diff__impl_html_a94bc7e764263e33b62d6d471ed0a3e4d"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1data_1_1diff__impl.html#a94bc7e764263e33b62d6d471ed0a3e4d">pwiz::data::diff_impl::diff</a></div><div class="ttdeci">PWIZ_API_DECL void diff(const std::string &amp;a, const std::string &amp;b, std::string &amp;a_b, std::string &amp;b_a, const BaseDiffConfig &amp;config)</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_acbd450df99370be00778913f140d5ec0"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert_equal(x, y, epsilon)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit.hpp:99</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00156">pwiz::data::Diff&lt; object_type, config_type, object_result_type &gt;::a_b</a>, <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00157">pwiz::data::Diff&lt; object_type, config_type, object_result_type &gt;::b_a</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00830">pwiz::msdata::Run::chromatogramListPtr</a>, <a class="el" href="namespacepwiz_1_1data_1_1diff__impl.html#a94bc7e764263e33b62d6d471ed0a3e4d">pwiz::data::diff_impl::diff()</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01032">getMaxPrecisionDiff()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00044">pwiz::data::BaseDiffConfig::precision</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00827">pwiz::msdata::Run::spectrumListPtr</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00156">pwiz::data::Diff&lt; object_type, config_type, object_result_type &gt;::a_b</a>, <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00157">pwiz::data::Diff&lt; object_type, config_type, object_result_type &gt;::b_a</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00830">pwiz::msdata::Run::chromatogramListPtr</a>, <a class="el" href="namespacepwiz_1_1data_1_1diff__impl.html#a94bc7e764263e33b62d6d471ed0a3e4d">pwiz::data::diff_impl::diff()</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">epsilon</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01032">getMaxPrecisionDiff()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00044">pwiz::data::BaseDiffConfig::precision</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00827">pwiz::msdata::Run::spectrumListPtr</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit_assert_equal</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a82de181333f8c177916cb81b48c7f3f2" name="a82de181333f8c177916cb81b48c7f3f2"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a82de181333f8c177916cb81b48c7f3f2">&#9670;&nbsp;</a></span>testMSDiffUpdate()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -2018,17 +2018,17 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01261">1261</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01261">1261</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno"> 1262</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1263</span>  <span class="keywordflow">if</span>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>&lt;&lt;<span class="stringliteral">&quot;testMSDiffUpdate()&quot;</span>&lt;&lt;endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1263</span>  <span class="keywordflow">if</span>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>&lt;&lt;<span class="stringliteral">&quot;testMSDiffUpdate()&quot;</span>&lt;&lt;endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1264</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1265</span>  <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html">MSData</a> tiny1;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1266</span>  <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html">MSData</a> tiny2;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1267</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1268</span>  <a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1identdata_1_1examples.html#abc4d348117dd8a20dda0f7747dbd109f">examples::initializeTiny</a>(tiny1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1269</span>  <a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1identdata_1_1examples.html#abc4d348117dd8a20dda0f7747dbd109f">examples::initializeTiny</a>(tiny2);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1270</span> </div>
│ │ │ │ @@ -2055,27 +2055,27 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1291</span>  tiny1_c0-&gt;id=<span class="stringliteral">&quot;zumas&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1292</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1293</span>  <span class="comment">//test metadata, spectral, chromatogram differences</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1294</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1295</span>  <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;MSData, DiffConfig&gt;</a> diff_changed(tiny1,tiny2);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1296</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(diff_changed);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1297</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1298</span>  <span class="keywordflow">if</span>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>&lt;&lt;diff_changed&lt;&lt;endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1298</span>  <span class="keywordflow">if</span>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>&lt;&lt;diff_changed&lt;&lt;endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1299</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1300</span>  tiny1.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>.reset();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1301</span>  </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1302</span>  <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;MSData, DiffConfig&gt;</a> diff_changed_changed(tiny1,tiny2);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1303</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(diff_changed_changed);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1304</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1305</span>  <span class="keywordflow">if</span>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>&lt;&lt;diff_changed_changed&lt;&lt;endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1305</span>  <span class="keywordflow">if</span>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>&lt;&lt;diff_changed_changed&lt;&lt;endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1306</span>}</div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00830">pwiz::msdata::Run::chromatogramListPtr</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00812">pwiz::msdata::Run::id</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00855">pwiz::msdata::MSData::id</a>, <a class="el" href="namespacepwiz_1_1identdata_1_1examples.html#abc4d348117dd8a20dda0f7747dbd109f">pwiz::identdata::examples::initializeTiny()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00886">pwiz::msdata::MSData::run</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00827">pwiz::msdata::Run::spectrumListPtr</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00830">pwiz::msdata::Run::chromatogramListPtr</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00812">pwiz::msdata::Run::id</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00855">pwiz::msdata::MSData::id</a>, <a class="el" href="namespacepwiz_1_1identdata_1_1examples.html#abc4d348117dd8a20dda0f7747dbd109f">pwiz::identdata::examples::initializeTiny()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00886">pwiz::msdata::MSData::run</a>, <a class="el" href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00827">pwiz::msdata::Run::spectrumListPtr</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01309">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002" name="ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">&#9670;&nbsp;</a></span>test()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -2086,71 +2086,71 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01309">1309</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01309">1309</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno"> 1310</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1311</span>    <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a965da1fd1a337ab2bfd8dac4a538ae40">testFileContent</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1312</span>    <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3">testSourceFile</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1313</span>    <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a897e59dfb7b212af08f72e33ccce434d">testFileDescription</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1314</span>    <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a286231885b4fd779bb9737e6e680942b">testSample</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1315</span>    <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a71baf45c88cc05efe16c3e53ebce236c">testComponent</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1316</span>    <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a62f144c30bc930b9da0b54e4b630d016">testSource</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1317</span>    <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#aa7ddc61dd4295a5eb99362145ae924e7">testComponentList</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1318</span>    <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">testSoftware</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1319</span>    <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a954c31818eeef019731db39968bf80ad">testInstrumentConfiguration</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1320</span>    <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a4999623827ea7b13aaf5ab0d0878a6b2">testProcessingMethod</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1321</span>    <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#ae1bc10396b7ec479fb119de5daeb4569">testDataProcessing</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1322</span>    <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a35ca5f579f1daf90213e19b4da7ac079">testScanSettings</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1323</span>    <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a52ec78cb2cb2e5d24313827dd9f7a2ff">testPrecursor</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1324</span>    <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a5ad6c4f924813fb1fb33074c2a94d17b">testProduct</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1325</span>    <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a82513bbf1fbb217c96f62afcd518e06e">testScan</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1326</span>    <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#ae8b169a3c25a69542922b6450d97f98a">testScanList</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1327</span>    <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#aed819a671dd91394244e51992c647151">testBinaryDataArray</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1328</span>    <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#aafcd093c0d78a5aca4984053f3631bf8">testSpectrum</a>();</div>
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│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1337</span>}</div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_a286231885b4fd779bb9737e6e680942b"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a286231885b4fd779bb9737e6e680942b">testSample</a></div><div class="ttdeci">void testSample()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01151">DiffTest.cpp:1151</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3">testSourceFile</a></div><div class="ttdeci">void testSourceFile()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00601">DiffTest.cpp:601</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_a0d184b132765a1682b7cde7dd6b69251"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a0d184b132765a1682b7cde7dd6b69251">testMaxPrecisionDiff</a></div><div class="ttdeci">void testMaxPrecisionDiff()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01042">DiffTest.cpp:1042</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_a35ca5f579f1daf90213e19b4da7ac079"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a35ca5f579f1daf90213e19b4da7ac079">testScanSettings</a></div><div class="ttdeci">void testScanSettings()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00349">DiffTest.cpp:349</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_a4999623827ea7b13aaf5ab0d0878a6b2"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a4999623827ea7b13aaf5ab0d0878a6b2">testProcessingMethod</a></div><div class="ttdeci">void testProcessingMethod()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00281">DiffTest.cpp:281</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_a52ec78cb2cb2e5d24313827dd9f7a2ff"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a52ec78cb2cb2e5d24313827dd9f7a2ff">testPrecursor</a></div><div class="ttdeci">void testPrecursor()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00375">DiffTest.cpp:375</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_a54532e0c2029b4825cce293302d52354"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a54532e0c2029b4825cce293302d52354">testChromatogramList</a></div><div class="ttdeci">void testChromatogramList()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00725">DiffTest.cpp:725</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_a5ad6c4f924813fb1fb33074c2a94d17b"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a5ad6c4f924813fb1fb33074c2a94d17b">testProduct</a></div><div class="ttdeci">void testProduct()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00407">DiffTest.cpp:407</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_a5d4f62c58b6db5fa52bd9666b1613264"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a5d4f62c58b6db5fa52bd9666b1613264">testBinaryDataOnly</a></div><div class="ttdeci">void testBinaryDataOnly()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00951">DiffTest.cpp:951</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_a62f144c30bc930b9da0b54e4b630d016"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a62f144c30bc930b9da0b54e4b630d016">testSource</a></div><div class="ttdeci">void testSource()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00175">DiffTest.cpp:175</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_a65ed223c6c0c23c27e8083eeb22036c4"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a65ed223c6c0c23c27e8083eeb22036c4">testRun</a></div><div class="ttdeci">void testRun()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00828">DiffTest.cpp:828</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_a671384f46c0640710e586038587f8a2c"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a671384f46c0640710e586038587f8a2c">testSpectrumList</a></div><div class="ttdeci">void testSpectrumList()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00637">DiffTest.cpp:637</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_a71baf45c88cc05efe16c3e53ebce236c"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a71baf45c88cc05efe16c3e53ebce236c">testComponent</a></div><div class="ttdeci">void testComponent()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00156">DiffTest.cpp:156</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_a82513bbf1fbb217c96f62afcd518e06e"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a82513bbf1fbb217c96f62afcd518e06e">testScan</a></div><div class="ttdeci">void testScan()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00430">DiffTest.cpp:430</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_a82de181333f8c177916cb81b48c7f3f2"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a82de181333f8c177916cb81b48c7f3f2">testMSDiffUpdate</a></div><div class="ttdeci">void testMSDiffUpdate()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01261">DiffTest.cpp:1261</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_a897e59dfb7b212af08f72e33ccce434d"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a897e59dfb7b212af08f72e33ccce434d">testFileDescription</a></div><div class="ttdeci">void testFileDescription()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00084">DiffTest.cpp:84</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_a954c31818eeef019731db39968bf80ad"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a954c31818eeef019731db39968bf80ad">testInstrumentConfiguration</a></div><div class="ttdeci">void testInstrumentConfiguration()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00249">DiffTest.cpp:249</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_a965da1fd1a337ab2bfd8dac4a538ae40"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a965da1fd1a337ab2bfd8dac4a538ae40">testFileContent</a></div><div class="ttdeci">void testFileContent()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_aa7ddc61dd4295a5eb99362145ae924e7"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#aa7ddc61dd4295a5eb99362145ae924e7">testComponentList</a></div><div class="ttdeci">void testComponentList()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00194">DiffTest.cpp:194</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_aafcd093c0d78a5aca4984053f3631bf8"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#aafcd093c0d78a5aca4984053f3631bf8">testSpectrum</a></div><div class="ttdeci">void testSpectrum()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00521">DiffTest.cpp:521</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_ac1e55316a96e4cc45abb2edeb608b509"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#ac1e55316a96e4cc45abb2edeb608b509">testChromatogram</a></div><div class="ttdeci">void testChromatogram()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00600">DiffTest.cpp:600</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_ae1bc10396b7ec479fb119de5daeb4569"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#ae1bc10396b7ec479fb119de5daeb4569">testDataProcessing</a></div><div class="ttdeci">void testDataProcessing()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00311">DiffTest.cpp:311</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_ae8b169a3c25a69542922b6450d97f98a"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#ae8b169a3c25a69542922b6450d97f98a">testScanList</a></div><div class="ttdeci">void testScanList()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00456">DiffTest.cpp:456</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_aed819a671dd91394244e51992c647151"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#aed819a671dd91394244e51992c647151">testBinaryDataArray</a></div><div class="ttdeci">void testBinaryDataArray()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00487">DiffTest.cpp:487</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">testSoftware</a></div><div class="ttdeci">void testSoftware()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00227">DiffTest.cpp:227</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_af99a41d330719ceb0646b801fdcf82d3"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#af99a41d330719ceb0646b801fdcf82d3">testMSData</a></div><div class="ttdeci">void testMSData()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00888">DiffTest.cpp:888</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_a286231885b4fd779bb9737e6e680942b"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a286231885b4fd779bb9737e6e680942b">testSample</a></div><div class="ttdeci">void testSample()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01151">DiffTest.cpp:1151</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3">testSourceFile</a></div><div class="ttdeci">void testSourceFile()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00601">DiffTest.cpp:601</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_a0d184b132765a1682b7cde7dd6b69251"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a0d184b132765a1682b7cde7dd6b69251">testMaxPrecisionDiff</a></div><div class="ttdeci">void testMaxPrecisionDiff()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01042">DiffTest.cpp:1042</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_a35ca5f579f1daf90213e19b4da7ac079"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a35ca5f579f1daf90213e19b4da7ac079">testScanSettings</a></div><div class="ttdeci">void testScanSettings()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00349">DiffTest.cpp:349</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_a4999623827ea7b13aaf5ab0d0878a6b2"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a4999623827ea7b13aaf5ab0d0878a6b2">testProcessingMethod</a></div><div class="ttdeci">void testProcessingMethod()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00281">DiffTest.cpp:281</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_a52ec78cb2cb2e5d24313827dd9f7a2ff"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a52ec78cb2cb2e5d24313827dd9f7a2ff">testPrecursor</a></div><div class="ttdeci">void testPrecursor()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00375">DiffTest.cpp:375</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_a54532e0c2029b4825cce293302d52354"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a54532e0c2029b4825cce293302d52354">testChromatogramList</a></div><div class="ttdeci">void testChromatogramList()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00725">DiffTest.cpp:725</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_a5ad6c4f924813fb1fb33074c2a94d17b"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a5ad6c4f924813fb1fb33074c2a94d17b">testProduct</a></div><div class="ttdeci">void testProduct()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00407">DiffTest.cpp:407</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_a5d4f62c58b6db5fa52bd9666b1613264"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a5d4f62c58b6db5fa52bd9666b1613264">testBinaryDataOnly</a></div><div class="ttdeci">void testBinaryDataOnly()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00951">DiffTest.cpp:951</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_a62f144c30bc930b9da0b54e4b630d016"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a62f144c30bc930b9da0b54e4b630d016">testSource</a></div><div class="ttdeci">void testSource()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00175">DiffTest.cpp:175</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_a65ed223c6c0c23c27e8083eeb22036c4"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a65ed223c6c0c23c27e8083eeb22036c4">testRun</a></div><div class="ttdeci">void testRun()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00828">DiffTest.cpp:828</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_a671384f46c0640710e586038587f8a2c"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a671384f46c0640710e586038587f8a2c">testSpectrumList</a></div><div class="ttdeci">void testSpectrumList()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00637">DiffTest.cpp:637</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_a71baf45c88cc05efe16c3e53ebce236c"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a71baf45c88cc05efe16c3e53ebce236c">testComponent</a></div><div class="ttdeci">void testComponent()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00156">DiffTest.cpp:156</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_a82513bbf1fbb217c96f62afcd518e06e"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a82513bbf1fbb217c96f62afcd518e06e">testScan</a></div><div class="ttdeci">void testScan()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00430">DiffTest.cpp:430</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_a82de181333f8c177916cb81b48c7f3f2"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a82de181333f8c177916cb81b48c7f3f2">testMSDiffUpdate</a></div><div class="ttdeci">void testMSDiffUpdate()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01261">DiffTest.cpp:1261</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_a897e59dfb7b212af08f72e33ccce434d"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a897e59dfb7b212af08f72e33ccce434d">testFileDescription</a></div><div class="ttdeci">void testFileDescription()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00084">DiffTest.cpp:84</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_a954c31818eeef019731db39968bf80ad"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a954c31818eeef019731db39968bf80ad">testInstrumentConfiguration</a></div><div class="ttdeci">void testInstrumentConfiguration()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00249">DiffTest.cpp:249</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_a965da1fd1a337ab2bfd8dac4a538ae40"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a965da1fd1a337ab2bfd8dac4a538ae40">testFileContent</a></div><div class="ttdeci">void testFileContent()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_aa7ddc61dd4295a5eb99362145ae924e7"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#aa7ddc61dd4295a5eb99362145ae924e7">testComponentList</a></div><div class="ttdeci">void testComponentList()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00194">DiffTest.cpp:194</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_aafcd093c0d78a5aca4984053f3631bf8"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#aafcd093c0d78a5aca4984053f3631bf8">testSpectrum</a></div><div class="ttdeci">void testSpectrum()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00521">DiffTest.cpp:521</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_ac1e55316a96e4cc45abb2edeb608b509"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#ac1e55316a96e4cc45abb2edeb608b509">testChromatogram</a></div><div class="ttdeci">void testChromatogram()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00600">DiffTest.cpp:600</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_ae1bc10396b7ec479fb119de5daeb4569"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#ae1bc10396b7ec479fb119de5daeb4569">testDataProcessing</a></div><div class="ttdeci">void testDataProcessing()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00311">DiffTest.cpp:311</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_ae8b169a3c25a69542922b6450d97f98a"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#ae8b169a3c25a69542922b6450d97f98a">testScanList</a></div><div class="ttdeci">void testScanList()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00456">DiffTest.cpp:456</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_aed819a671dd91394244e51992c647151"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#aed819a671dd91394244e51992c647151">testBinaryDataArray</a></div><div class="ttdeci">void testBinaryDataArray()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00487">DiffTest.cpp:487</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">testSoftware</a></div><div class="ttdeci">void testSoftware()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00227">DiffTest.cpp:227</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_af99a41d330719ceb0646b801fdcf82d3"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#af99a41d330719ceb0646b801fdcf82d3">testMSData</a></div><div class="ttdeci">void testMSData()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00888">DiffTest.cpp:888</a></div></div>
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│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00487">testBinaryDataArray()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00951">testBinaryDataOnly()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00600">testChromatogram()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00725">testChromatogramList()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00156">testComponent()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00194">testComponentList()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00311">testDataProcessing()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">testFileContent()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00084">testFileDescription()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00249">testInstrumentConfiguration()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01042">testMaxPrecisionDiff()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00888">testMSData()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01261">testMSDiffUpdate()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00375">testPrecursor()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00281">testProcessingMethod()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00407">testProduct()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00828">testRun()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01151">testSample()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00430">testScan()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00456">testScanList()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00349">testScanSettings()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00227">testSoftware()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00175">testSource()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00601">testSourceFile()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00521">testSpectrum()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00637">testSpectrumList()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00487">testBinaryDataArray()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00951">testBinaryDataOnly()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00600">testChromatogram()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00725">testChromatogramList()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00156">testComponent()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00194">testComponentList()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00311">testDataProcessing()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">testFileContent()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00084">testFileDescription()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00249">testInstrumentConfiguration()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01042">testMaxPrecisionDiff()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00888">testMSData()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01261">testMSDiffUpdate()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00375">testPrecursor()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00281">testProcessingMethod()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00407">testProduct()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00828">testRun()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01151">testSample()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00430">testScan()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00456">testScanList()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00349">testScanSettings()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00227">testSoftware()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00175">testSource()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00601">testSourceFile()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00521">testSpectrum()</a>, and <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00637">testSpectrumList()</a>.</p>
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│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -2172,40 +2172,40 @@
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │            <td>)</td>
│ │ │ │            <td></td><td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01340">1340</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01340">1340</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno"> 1341</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1342</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a692991fff57cd9eb6ebdbc976e277ae7">TEST_PROLOG_EX</a>(argc, argv, <span class="stringliteral">&quot;_MSData&quot;</span>)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1343</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1344</span>    <span class="keyword">try</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1345</span>    {</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1346</span>        <span class="keywordflow">if</span> (argc&gt;1 &amp;&amp; !strcmp(argv[1],<span class="stringliteral">&quot;-v&quot;</span>)) <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> = &amp;cout;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno"> 1347</span>        <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a>();</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1346</span>        <span class="keywordflow">if</span> (argc&gt;1 &amp;&amp; !strcmp(argv[1],<span class="stringliteral">&quot;-v&quot;</span>)) <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> = &amp;cout;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno"> 1347</span>        <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a>();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1348</span>    }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1349</span>    <span class="keywordflow">catch</span> (exception&amp; e)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1350</span>    {</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1351</span>        <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd">TEST_FAILED</a>(e.what())</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1352</span>    }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1353</span>    <span class="keywordflow">catch</span> (...)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1354</span>    {</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1355</span>        <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd">TEST_FAILED</a>(<span class="stringliteral">&quot;Caught unknown exception.&quot;</span>)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1356</span>    }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1357</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1358</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c">TEST_EPILOG</a></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno"> 1359</span>}</div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a></div><div class="ttdeci">void test()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">DiffTest.cpp:1319</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a></div><div class="ttdeci">void test()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">DiffTest.cpp:1319</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a692991fff57cd9eb6ebdbc976e277ae7"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a692991fff57cd9eb6ebdbc976e277ae7">TEST_PROLOG_EX</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_PROLOG_EX(argc, argv, suffix)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00157">unit.hpp:157</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c">TEST_EPILOG</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_EPILOG</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00183">unit.hpp:183</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd">TEST_FAILED</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_FAILED(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00177">unit.hpp:177</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00183">TEST_EPILOG</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00177">TEST_FAILED</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00157">TEST_PROLOG_EX</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00183">TEST_EPILOG</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00177">TEST_FAILED</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00157">TEST_PROLOG_EX</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <h2 class="groupheader">Variable Documentation</h2>
│ │ │ │  <a id="ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf" name="ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">&#9670;&nbsp;</a></span>os_</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │ @@ -2214,15 +2214,15 @@
│ │ │ │        <table class="memname">
│ │ │ │          <tr>
│ │ │ │            <td class="memname">ostream* os_ = 0</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00038">38</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00038">38</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a9df8d6239f963749300327e3687cdf86" name="a9df8d6239f963749300327e3687cdf86"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a9df8d6239f963749300327e3687cdf86">&#9670;&nbsp;</a></span>userParamName_MaxBinaryDataArrayDifference_</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -2238,17 +2238,17 @@
│ │ │ │    </td>
│ │ │ │    <td class="mlabels-right">
│ │ │ │  <span class="mlabels"><span class="mlabel">static</span></span>  </td>
│ │ │ │    </tr>
│ │ │ │  </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01028">1028</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01028">1028</a> of file <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01032">getMaxPrecisionDiff()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01032">getMaxPrecisionDiff()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ │  <!-- start footer part -->
│ │ │ │  <hr class="footer"/><address class="footer"><small>
│ │ │ │  Generated by&#160;<a href="https://www.doxygen.org/index.html"><img class="footer" src="doxygen.svg" width="104" height="31" alt="doxygen"/></a> 1.9.4
│ │ │ │   --- ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html
│ │ │ ├── +++ ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html
│ │ │ │┄ Files 3% similar despite different names
│ │ │ │ @@ -42,15 +42,15 @@
│ │ │ │  <li class="navelem"><a class="el" href="dir_45c7ef8544c9622a4c49808ad228f176.html">pwiz</a></li><li class="navelem"><a class="el" href="dir_f88a24e2e306ea4f9f3861037e755022.html">data</a></li><li class="navelem"><a class="el" href="dir_ba990afc352f2129f813cbf8586e50b6.html">msdata</a></li>  </ul>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div><!-- top -->
│ │ │ │  <div class="header">
│ │ │ │    <div class="headertitle"><div class="title">DiffTest.cpp</div></div>
│ │ │ │  </div><!--header-->
│ │ │ │  <div class="contents">
│ │ │ │ -<a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html">Go to the documentation of this file.</a><div class="fragment"><div class="line"><a id="l00001" name="l00001"></a><span class="lineno">    1</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │ +<a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html">Go to the documentation of this file.</a><div class="fragment"><div class="line"><a id="l00001" name="l00001"></a><span class="lineno">    1</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00002" name="l00002"></a><span class="lineno">    2</span><span class="comment">// $Id$</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00003" name="l00003"></a><span class="lineno">    3</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00004" name="l00004"></a><span class="lineno">    4</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00005" name="l00005"></a><span class="lineno">    5</span><span class="comment">// Original author: Darren Kessner &lt;darren@proteowizard.org&gt;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00006" name="l00006"></a><span class="lineno">    6</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00007" name="l00007"></a><span class="lineno">    7</span><span class="comment">// Copyright 2007 Spielberg Family Center for Applied Proteomics</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00008" name="l00008"></a><span class="lineno">    8</span><span class="comment">//   Cedars-Sinai Medical Center, Los Angeles, California  90048</span></div>
│ │ │ │ @@ -64,78 +64,78 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00016" name="l00016"></a><span class="lineno">   16</span><span class="comment">// Unless required by applicable law or agreed to in writing, software </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00017" name="l00017"></a><span class="lineno">   17</span><span class="comment">// distributed under the License is distributed on an &quot;AS IS&quot; BASIS, </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00018" name="l00018"></a><span class="lineno">   18</span><span class="comment">// WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied. </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00019" name="l00019"></a><span class="lineno">   19</span><span class="comment">// See the License for the specific language governing permissions and </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00020" name="l00020"></a><span class="lineno">   20</span><span class="comment">// limitations under the License.</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00021" name="l00021"></a><span class="lineno">   21</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00022" name="l00022"></a><span class="lineno">   22</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00023" name="l00023"></a><span class="lineno">   23</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp.html">Diff.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00023" name="l00023"></a><span class="lineno">   23</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp.html">Diff.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00024" name="l00024"></a><span class="lineno">   24</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="tradata_2_text_writer_8hpp.html">TextWriter.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00025" name="l00025"></a><span class="lineno">   25</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="tradata_2examples_8hpp.html">examples.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00026" name="l00026"></a><span class="lineno">   26</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="unit_8hpp.html">pwiz/utility/misc/unit.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00027" name="l00027"></a><span class="lineno">   27</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_std_8hpp.html">pwiz/utility/misc/Std.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00028" name="l00028"></a><span class="lineno">   28</span><span class="preprocessor">#include &lt;cstring&gt;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00029" name="l00029"></a><span class="lineno">   29</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00030" name="l00030"></a><span class="lineno">   30</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00031" name="l00031"></a><span class="lineno">   31</span><span class="keyword">using namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00032" name="l00032"></a><span class="lineno">   32</span><span class="keyword">using namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacepwiz_1_1cv.html">pwiz::cv</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00033" name="l00033"></a><span class="lineno">   33</span><span class="keyword">using namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacepwiz_1_1data.html">pwiz::data</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00034" name="l00034"></a><span class="lineno">   34</span><span class="keyword">using namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacepwiz_1_1data_1_1diff__impl.html">pwiz::data::diff_impl</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00035" name="l00035"></a><span class="lineno">   35</span><span class="keyword">using namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacepwiz_1_1msdata.html">pwiz::msdata</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00036" name="l00036"></a><span class="lineno">   36</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00037" name="l00037"></a><span class="lineno">   37</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00038" name="l00038"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">   38</a></span>ostream* <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> = 0;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00038" name="l00038"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">   38</a></span>ostream* <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> = 0;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00039" name="l00039"></a><span class="lineno">   39</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00040" name="l00040"></a><span class="lineno">   40</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00041" name="l00041"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a965da1fd1a337ab2bfd8dac4a538ae40">   41</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a965da1fd1a337ab2bfd8dac4a538ae40">testFileContent</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00041" name="l00041"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a965da1fd1a337ab2bfd8dac4a538ae40">   41</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a965da1fd1a337ab2bfd8dac4a538ae40">testFileContent</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00042" name="l00042"></a><span class="lineno">   42</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00043" name="l00043"></a><span class="lineno">   43</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testFileContent()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00043" name="l00043"></a><span class="lineno">   43</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testFileContent()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00044" name="l00044"></a><span class="lineno">   44</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00045" name="l00045"></a><span class="lineno">   45</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_file_content.html">FileContent</a> a, b; </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00046" name="l00046"></a><span class="lineno">   46</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00047" name="l00047"></a><span class="lineno">   47</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00048" name="l00048"></a><span class="lineno">   48</span>  </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00049" name="l00049"></a><span class="lineno">   49</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;FileContent, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00050" name="l00050"></a><span class="lineno">   50</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00051" name="l00051"></a><span class="lineno">   51</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00052" name="l00052"></a><span class="lineno">   52</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;different&quot;</span>, <span class="stringliteral">&quot;1&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00053" name="l00053"></a><span class="lineno">   53</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;different&quot;</span>, <span class="stringliteral">&quot;2&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00054" name="l00054"></a><span class="lineno">   54</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00055" name="l00055"></a><span class="lineno">   55</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00056" name="l00056"></a><span class="lineno">   56</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00056" name="l00056"></a><span class="lineno">   56</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00057" name="l00057"></a><span class="lineno">   57</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00058" name="l00058"></a><span class="lineno">   58</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00059" name="l00059"></a><span class="lineno">   59</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.userParams.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00060" name="l00060"></a><span class="lineno">   60</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.userParams[0] == <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;different&quot;</span>,<span class="stringliteral">&quot;1&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00061" name="l00061"></a><span class="lineno">   61</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.userParams.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00062" name="l00062"></a><span class="lineno">   62</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.userParams[0] == <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;different&quot;</span>,<span class="stringliteral">&quot;2&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00063" name="l00063"></a><span class="lineno">   63</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00064" name="l00064"></a><span class="lineno">   64</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00065" name="l00065"></a><span class="lineno">   65</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00066" name="l00066"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3">   66</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3">testSourceFile</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00066" name="l00066"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3">   66</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3">testSourceFile</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00067" name="l00067"></a><span class="lineno">   67</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00068" name="l00068"></a><span class="lineno">   68</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSourceFile()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00068" name="l00068"></a><span class="lineno">   68</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSourceFile()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00069" name="l00069"></a><span class="lineno">   69</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00070" name="l00070"></a><span class="lineno">   70</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_source_file.html">SourceFile</a> a(<span class="stringliteral">&quot;id1&quot;</span>,<span class="stringliteral">&quot;name1&quot;</span>,<span class="stringliteral">&quot;location1&quot;</span>), b(<span class="stringliteral">&quot;id1&quot;</span>,<span class="stringliteral">&quot;name1&quot;</span>,<span class="stringliteral">&quot;location1&quot;</span>); </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00071" name="l00071"></a><span class="lineno">   71</span>    a.userParams.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00072" name="l00072"></a><span class="lineno">   72</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00073" name="l00073"></a><span class="lineno">   73</span>  </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00074" name="l00074"></a><span class="lineno">   74</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;SourceFile, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00075" name="l00075"></a><span class="lineno">   75</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00076" name="l00076"></a><span class="lineno">   76</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00077" name="l00077"></a><span class="lineno">   77</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_source_file.html#af0608644bfd90b87e33b4134c3fef72c">location</a> = <span class="stringliteral">&quot;location2&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00078" name="l00078"></a><span class="lineno">   78</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00079" name="l00079"></a><span class="lineno">   79</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00079" name="l00079"></a><span class="lineno">   79</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00080" name="l00080"></a><span class="lineno">   80</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00081" name="l00081"></a><span class="lineno">   81</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00082" name="l00082"></a><span class="lineno">   82</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00083" name="l00083"></a><span class="lineno">   83</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00084" name="l00084"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a897e59dfb7b212af08f72e33ccce434d">   84</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a897e59dfb7b212af08f72e33ccce434d">testFileDescription</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00084" name="l00084"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a897e59dfb7b212af08f72e33ccce434d">   84</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a897e59dfb7b212af08f72e33ccce434d">testFileDescription</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00085" name="l00085"></a><span class="lineno">   85</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00086" name="l00086"></a><span class="lineno">   86</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testFileDescription()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00086" name="l00086"></a><span class="lineno">   86</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testFileDescription()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00087" name="l00087"></a><span class="lineno">   87</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00088" name="l00088"></a><span class="lineno">   88</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_file_description.html">FileDescription</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00089" name="l00089"></a><span class="lineno">   89</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00090" name="l00090"></a><span class="lineno">   90</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_file_description.html#a6751dc1a757c8388360be5ed4f696413">fileContent</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;user param 1&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00091" name="l00091"></a><span class="lineno">   91</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_file_description.html#a6751dc1a757c8388360be5ed4f696413">fileContent</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;user param 1&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00092" name="l00092"></a><span class="lineno">   92</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00093" name="l00093"></a><span class="lineno">   93</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_contact.html">Contact</a> contact1, contact2, contact3, contact4;</div>
│ │ │ │ @@ -164,88 +164,88 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00116" name="l00116"></a><span class="lineno">  116</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_file_description.html#a1dc95627cff573c02bf1ac30a8b2746c">contacts</a>.push_back(contact3);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00117" name="l00117"></a><span class="lineno">  117</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_file_description.html#a1dc95627cff573c02bf1ac30a8b2746c">contacts</a>.push_back(contact4);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00118" name="l00118"></a><span class="lineno">  118</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00119" name="l00119"></a><span class="lineno">  119</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_file_description.html#af4332e803756d9dc627694cda1c5ab1a">sourceFilePtrs</a>.push_back(source2a);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00120" name="l00120"></a><span class="lineno">  120</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_file_description.html#af4332e803756d9dc627694cda1c5ab1a">sourceFilePtrs</a>.push_back(source2b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00121" name="l00121"></a><span class="lineno">  121</span>    </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00122" name="l00122"></a><span class="lineno">  122</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00123" name="l00123"></a><span class="lineno">  123</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00123" name="l00123"></a><span class="lineno">  123</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00124" name="l00124"></a><span class="lineno">  124</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00125" name="l00125"></a><span class="lineno">  125</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00126" name="l00126"></a><span class="lineno">  126</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.contacts.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00127" name="l00127"></a><span class="lineno">  127</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.contacts[0].cvParam(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#ae15f97f35716783c9a9e1eb7cec56373">MS_contact_name</a>).value == <span class="stringliteral">&quot;Emma Lee&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00128" name="l00128"></a><span class="lineno">  128</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.contacts.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00129" name="l00129"></a><span class="lineno">  129</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.contacts[0].cvParam(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#ae15f97f35716783c9a9e1eb7cec56373">MS_contact_name</a>).value == <span class="stringliteral">&quot;Isabelle Lynn&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00130" name="l00130"></a><span class="lineno">  130</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00131" name="l00131"></a><span class="lineno">  131</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.sourceFilePtrs.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00132" name="l00132"></a><span class="lineno">  132</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.sourceFilePtrs[0]-&gt;hasCVParam(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a1de72fa15b62e2545c3f6b1afc66b161">MS_Thermo_RAW_format</a>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00133" name="l00133"></a><span class="lineno">  133</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.sourceFilePtrs.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00134" name="l00134"></a><span class="lineno">  134</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.sourceFilePtrs[0]-&gt;hasCVParam(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a1de72fa15b62e2545c3f6b1afc66b161">MS_Thermo_RAW_format</a>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00135" name="l00135"></a><span class="lineno">  135</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00136" name="l00136"></a><span class="lineno">  136</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00137" name="l00137"></a><span class="lineno">  137</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00138" name="l00138"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a286231885b4fd779bb9737e6e680942b">  138</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a286231885b4fd779bb9737e6e680942b">testSample</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00138" name="l00138"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a286231885b4fd779bb9737e6e680942b">  138</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a286231885b4fd779bb9737e6e680942b">testSample</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00139" name="l00139"></a><span class="lineno">  139</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00140" name="l00140"></a><span class="lineno">  140</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSample()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00140" name="l00140"></a><span class="lineno">  140</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSample()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00141" name="l00141"></a><span class="lineno">  141</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00142" name="l00142"></a><span class="lineno">  142</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_sample.html">Sample</a> a(<span class="stringliteral">&quot;id1&quot;</span>,<span class="stringliteral">&quot;name1&quot;</span>), b(<span class="stringliteral">&quot;id1&quot;</span>,<span class="stringliteral">&quot;name1&quot;</span>); </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00143" name="l00143"></a><span class="lineno">  143</span>    a.userParams.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00144" name="l00144"></a><span class="lineno">  144</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00145" name="l00145"></a><span class="lineno">  145</span>  </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00146" name="l00146"></a><span class="lineno">  146</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Sample, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00147" name="l00147"></a><span class="lineno">  147</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00148" name="l00148"></a><span class="lineno">  148</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00149" name="l00149"></a><span class="lineno">  149</span>    a.cvParams.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#afbee415fb37187d53b6972257dac5a46">MS_peak_intensity</a>); </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00150" name="l00150"></a><span class="lineno">  150</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00151" name="l00151"></a><span class="lineno">  151</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00151" name="l00151"></a><span class="lineno">  151</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00152" name="l00152"></a><span class="lineno">  152</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00153" name="l00153"></a><span class="lineno">  153</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00154" name="l00154"></a><span class="lineno">  154</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00155" name="l00155"></a><span class="lineno">  155</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00156" name="l00156"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a71baf45c88cc05efe16c3e53ebce236c">  156</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a71baf45c88cc05efe16c3e53ebce236c">testComponent</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00156" name="l00156"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a71baf45c88cc05efe16c3e53ebce236c">  156</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a71baf45c88cc05efe16c3e53ebce236c">testComponent</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00157" name="l00157"></a><span class="lineno">  157</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00158" name="l00158"></a><span class="lineno">  158</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testComponent()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00158" name="l00158"></a><span class="lineno">  158</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testComponent()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00159" name="l00159"></a><span class="lineno">  159</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00160" name="l00160"></a><span class="lineno">  160</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_component.html">Component</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00161" name="l00161"></a><span class="lineno">  161</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00162" name="l00162"></a><span class="lineno">  162</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00163" name="l00163"></a><span class="lineno">  163</span>  </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00164" name="l00164"></a><span class="lineno">  164</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Component, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00165" name="l00165"></a><span class="lineno">  165</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00166" name="l00166"></a><span class="lineno">  166</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00167" name="l00167"></a><span class="lineno">  167</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_component.html#af427cf48d2b2d5c72261323290b4332e">order</a> = 420;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00168" name="l00168"></a><span class="lineno">  168</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_component.html#af427cf48d2b2d5c72261323290b4332e">order</a> = 421;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00169" name="l00169"></a><span class="lineno">  169</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00170" name="l00170"></a><span class="lineno">  170</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00170" name="l00170"></a><span class="lineno">  170</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00171" name="l00171"></a><span class="lineno">  171</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00172" name="l00172"></a><span class="lineno">  172</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00173" name="l00173"></a><span class="lineno">  173</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00174" name="l00174"></a><span class="lineno">  174</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00175" name="l00175"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a62f144c30bc930b9da0b54e4b630d016">  175</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a62f144c30bc930b9da0b54e4b630d016">testSource</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00175" name="l00175"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a62f144c30bc930b9da0b54e4b630d016">  175</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a62f144c30bc930b9da0b54e4b630d016">testSource</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00176" name="l00176"></a><span class="lineno">  176</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00177" name="l00177"></a><span class="lineno">  177</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSource()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00177" name="l00177"></a><span class="lineno">  177</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSource()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00178" name="l00178"></a><span class="lineno">  178</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00179" name="l00179"></a><span class="lineno">  179</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_component.html">Component</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00180" name="l00180"></a><span class="lineno">  180</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00181" name="l00181"></a><span class="lineno">  181</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00182" name="l00182"></a><span class="lineno">  182</span>  </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00183" name="l00183"></a><span class="lineno">  183</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Component, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00184" name="l00184"></a><span class="lineno">  184</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00185" name="l00185"></a><span class="lineno">  185</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00186" name="l00186"></a><span class="lineno">  186</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_component.html#af427cf48d2b2d5c72261323290b4332e">order</a> = 420;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00187" name="l00187"></a><span class="lineno">  187</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_component.html#af427cf48d2b2d5c72261323290b4332e">order</a> = 421;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00188" name="l00188"></a><span class="lineno">  188</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00189" name="l00189"></a><span class="lineno">  189</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00189" name="l00189"></a><span class="lineno">  189</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00190" name="l00190"></a><span class="lineno">  190</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00191" name="l00191"></a><span class="lineno">  191</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00192" name="l00192"></a><span class="lineno">  192</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00193" name="l00193"></a><span class="lineno">  193</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00194" name="l00194"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#aa7ddc61dd4295a5eb99362145ae924e7">  194</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#aa7ddc61dd4295a5eb99362145ae924e7">testComponentList</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00194" name="l00194"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#aa7ddc61dd4295a5eb99362145ae924e7">  194</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#aa7ddc61dd4295a5eb99362145ae924e7">testComponentList</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00195" name="l00195"></a><span class="lineno">  195</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00196" name="l00196"></a><span class="lineno">  196</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testComponentList()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00196" name="l00196"></a><span class="lineno">  196</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testComponentList()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00197" name="l00197"></a><span class="lineno">  197</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00198" name="l00198"></a><span class="lineno">  198</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_component_list.html">ComponentList</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00199" name="l00199"></a><span class="lineno">  199</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00200" name="l00200"></a><span class="lineno">  200</span>    a.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_component.html">Component</a>(<a class="code hl_enumvalue" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a00215f147d9d5af690e9d3eb8566a834a76cf5e557ed8265094f1e71920afc38c">ComponentType_Source</a>, 1));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00201" name="l00201"></a><span class="lineno">  201</span>    b.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_component.html">Component</a>(<a class="code hl_enumvalue" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a00215f147d9d5af690e9d3eb8566a834a76cf5e557ed8265094f1e71920afc38c">ComponentType_Source</a>, 1));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00202" name="l00202"></a><span class="lineno">  202</span>    a.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_component.html">Component</a>(<a class="code hl_enumvalue" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a00215f147d9d5af690e9d3eb8566a834a27ac2b1f369ed3c90e7845b7a208c402">ComponentType_Analyzer</a>, 2));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00203" name="l00203"></a><span class="lineno">  203</span>    b.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_component.html">Component</a>(<a class="code hl_enumvalue" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a00215f147d9d5af690e9d3eb8566a834a27ac2b1f369ed3c90e7845b7a208c402">ComponentType_Analyzer</a>, 2));</div>
│ │ │ │ @@ -263,42 +263,42 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00215" name="l00215"></a><span class="lineno">  215</span>    a[1].userParams.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;a only&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00216" name="l00216"></a><span class="lineno">  216</span>    b[1].userParams.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;b only&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00217" name="l00217"></a><span class="lineno">  217</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00218" name="l00218"></a><span class="lineno">  218</span>    a[2].userParams.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;a only&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00219" name="l00219"></a><span class="lineno">  219</span>    b[2].userParams.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;b only&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00220" name="l00220"></a><span class="lineno">  220</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00221" name="l00221"></a><span class="lineno">  221</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00222" name="l00222"></a><span class="lineno">  222</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00222" name="l00222"></a><span class="lineno">  222</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00223" name="l00223"></a><span class="lineno">  223</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00224" name="l00224"></a><span class="lineno">  224</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00225" name="l00225"></a><span class="lineno">  225</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00226" name="l00226"></a><span class="lineno">  226</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00227" name="l00227"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">  227</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">testSoftware</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00227" name="l00227"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">  227</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">testSoftware</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00228" name="l00228"></a><span class="lineno">  228</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00229" name="l00229"></a><span class="lineno">  229</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSoftware()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00229" name="l00229"></a><span class="lineno">  229</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSoftware()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00230" name="l00230"></a><span class="lineno">  230</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00231" name="l00231"></a><span class="lineno">  231</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_software.html">Software</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00232" name="l00232"></a><span class="lineno">  232</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00233" name="l00233"></a><span class="lineno">  233</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_software.html#a3e06debf06c4a44b04b650c5254fc533">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;msdata&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00234" name="l00234"></a><span class="lineno">  234</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_software.html#a53eadbb8a2002e1c06c6027d7480e933">version</a> = <span class="stringliteral">&quot;4.20&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00235" name="l00235"></a><span class="lineno">  235</span>    a.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#adfa5f6102a293562e0bff0f399ee1676">MS_ionization_type</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00236" name="l00236"></a><span class="lineno">  236</span>    b = a;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00237" name="l00237"></a><span class="lineno">  237</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00238" name="l00238"></a><span class="lineno">  238</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Software, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00239" name="l00239"></a><span class="lineno">  239</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00240" name="l00240"></a><span class="lineno">  240</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00241" name="l00241"></a><span class="lineno">  241</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_software.html#a53eadbb8a2002e1c06c6027d7480e933">version</a> = <span class="stringliteral">&quot;4.21&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00242" name="l00242"></a><span class="lineno">  242</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00243" name="l00243"></a><span class="lineno">  243</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00244" name="l00244"></a><span class="lineno">  244</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00244" name="l00244"></a><span class="lineno">  244</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00245" name="l00245"></a><span class="lineno">  245</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00246" name="l00246"></a><span class="lineno">  246</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00247" name="l00247"></a><span class="lineno">  247</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00248" name="l00248"></a><span class="lineno">  248</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00249" name="l00249"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a954c31818eeef019731db39968bf80ad">  249</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a954c31818eeef019731db39968bf80ad">testInstrumentConfiguration</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00249" name="l00249"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a954c31818eeef019731db39968bf80ad">  249</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a954c31818eeef019731db39968bf80ad">testInstrumentConfiguration</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00250" name="l00250"></a><span class="lineno">  250</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00251" name="l00251"></a><span class="lineno">  251</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_instrument_configuration.html">InstrumentConfiguration</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00252" name="l00252"></a><span class="lineno">  252</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00253" name="l00253"></a><span class="lineno">  253</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_instrument_configuration.html#a3f5536669dd624d4a29229ad044ff22f">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;LCQ Deca&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00254" name="l00254"></a><span class="lineno">  254</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">cvParams</a>.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#abeff5f1ae63165c2f7c3121834b447fb">MS_LCQ_Deca</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00255" name="l00255"></a><span class="lineno">  255</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">cvParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html">CVParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a0aa888a3c646dd9def207debfbd2b5b8">MS_instrument_serial_number</a>, 23433));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00256" name="l00256"></a><span class="lineno">  256</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_instrument_configuration.html#a02166dc2bcd79876e586a8e8c6682ae8">componentList</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_component.html">Component</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a765d91fa1d06e0517b41f54639e1b3b1">MS_nanoelectrospray</a>, 1));</div>
│ │ │ │ @@ -317,52 +317,52 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00269" name="l00269"></a><span class="lineno">  269</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00270" name="l00270"></a><span class="lineno">  270</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00271" name="l00271"></a><span class="lineno">  271</span>    b.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#af7943b3cee826ee5ceeaf35a3b83e278">MS_reflectron_off</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00272" name="l00272"></a><span class="lineno">  272</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_instrument_configuration.html#a02166dc2bcd79876e586a8e8c6682ae8">componentList</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_component_list.html#acbf16ac9eb2f9372ebd79f6d57c29420">source</a>(0).<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_component.html#af427cf48d2b2d5c72261323290b4332e">order</a> = 2; </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00273" name="l00273"></a><span class="lineno">  273</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_instrument_configuration.html#a02166dc2bcd79876e586a8e8c6682ae8">componentList</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_component_list.html#a005a220e42493f2c7b5a3ced2d762845">detector</a>(0).<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_component.html#af427cf48d2b2d5c72261323290b4332e">order</a> = 1; </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00274" name="l00274"></a><span class="lineno">  274</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00275" name="l00275"></a><span class="lineno">  275</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00276" name="l00276"></a><span class="lineno">  276</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00276" name="l00276"></a><span class="lineno">  276</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00277" name="l00277"></a><span class="lineno">  277</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00278" name="l00278"></a><span class="lineno">  278</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00279" name="l00279"></a><span class="lineno">  279</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00280" name="l00280"></a><span class="lineno">  280</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00281" name="l00281"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a4999623827ea7b13aaf5ab0d0878a6b2">  281</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a4999623827ea7b13aaf5ab0d0878a6b2">testProcessingMethod</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00281" name="l00281"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a4999623827ea7b13aaf5ab0d0878a6b2">  281</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a4999623827ea7b13aaf5ab0d0878a6b2">testProcessingMethod</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00282" name="l00282"></a><span class="lineno">  282</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00283" name="l00283"></a><span class="lineno">  283</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testProcessingMethod()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00283" name="l00283"></a><span class="lineno">  283</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testProcessingMethod()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00284" name="l00284"></a><span class="lineno">  284</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00285" name="l00285"></a><span class="lineno">  285</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_processing_method.html">ProcessingMethod</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00286" name="l00286"></a><span class="lineno">  286</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00287" name="l00287"></a><span class="lineno">  287</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00288" name="l00288"></a><span class="lineno">  288</span>  </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00289" name="l00289"></a><span class="lineno">  289</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;ProcessingMethod, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00290" name="l00290"></a><span class="lineno">  290</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00291" name="l00291"></a><span class="lineno">  291</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00292" name="l00292"></a><span class="lineno">  292</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_processing_method.html#a443ee89f412bb75ffccbd1bb052d8556">order</a> = 420;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00293" name="l00293"></a><span class="lineno">  293</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_processing_method.html#a443ee89f412bb75ffccbd1bb052d8556">order</a> = 421;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00294" name="l00294"></a><span class="lineno">  294</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00295" name="l00295"></a><span class="lineno">  295</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00295" name="l00295"></a><span class="lineno">  295</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00296" name="l00296"></a><span class="lineno">  296</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00297" name="l00297"></a><span class="lineno">  297</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00298" name="l00298"></a><span class="lineno">  298</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_processing_method.html#a443ee89f412bb75ffccbd1bb052d8556">order</a> = 420;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00299" name="l00299"></a><span class="lineno">  299</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00300" name="l00300"></a><span class="lineno">  300</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00300" name="l00300"></a><span class="lineno">  300</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00301" name="l00301"></a><span class="lineno">  301</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00302" name="l00302"></a><span class="lineno">  302</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00303" name="l00303"></a><span class="lineno">  303</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_processing_method.html#a9f9338ffde19c6b13c7d05b0ab375cba">softwarePtr</a> = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a5a48684ceb78f2d848f506bfb51a3cbe">SoftwarePtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_software.html">Software</a>(<span class="stringliteral">&quot;pwiz&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00304" name="l00304"></a><span class="lineno">  304</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_processing_method.html#a9f9338ffde19c6b13c7d05b0ab375cba">softwarePtr</a> = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a5a48684ceb78f2d848f506bfb51a3cbe">SoftwarePtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_software.html">Software</a>(<span class="stringliteral">&quot;pwiz2&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00305" name="l00305"></a><span class="lineno">  305</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00306" name="l00306"></a><span class="lineno">  306</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00306" name="l00306"></a><span class="lineno">  306</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00307" name="l00307"></a><span class="lineno">  307</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00308" name="l00308"></a><span class="lineno">  308</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00309" name="l00309"></a><span class="lineno">  309</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00310" name="l00310"></a><span class="lineno">  310</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00311" name="l00311"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#ae1bc10396b7ec479fb119de5daeb4569">  311</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#ae1bc10396b7ec479fb119de5daeb4569">testDataProcessing</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00311" name="l00311"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#ae1bc10396b7ec479fb119de5daeb4569">  311</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#ae1bc10396b7ec479fb119de5daeb4569">testDataProcessing</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00312" name="l00312"></a><span class="lineno">  312</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00313" name="l00313"></a><span class="lineno">  313</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testDataProcessing()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00313" name="l00313"></a><span class="lineno">  313</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testDataProcessing()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00314" name="l00314"></a><span class="lineno">  314</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00315" name="l00315"></a><span class="lineno">  315</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_data_processing.html">DataProcessing</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00316" name="l00316"></a><span class="lineno">  316</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_data_processing.html#aed898bdb8dd2b2364d9e65732be34a66">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;dp1&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00317" name="l00317"></a><span class="lineno">  317</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00318" name="l00318"></a><span class="lineno">  318</span>    b = a;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00319" name="l00319"></a><span class="lineno">  319</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00320" name="l00320"></a><span class="lineno">  320</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_processing_method.html">ProcessingMethod</a> pm1, pm2, pm3;</div>
│ │ │ │ @@ -385,48 +385,48 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00337" name="l00337"></a><span class="lineno">  337</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00338" name="l00338"></a><span class="lineno">  338</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00339" name="l00339"></a><span class="lineno">  339</span>    pm2.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_processing_method.html#a9f9338ffde19c6b13c7d05b0ab375cba">softwarePtr</a> = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a5a48684ceb78f2d848f506bfb51a3cbe">SoftwarePtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_software.html">Software</a>(<span class="stringliteral">&quot;Xcalibur&quot;</span>)); </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00340" name="l00340"></a><span class="lineno">  340</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_data_processing.html#aacbfc8dbff7732ca2c85f9af3f11ebc3">processingMethods</a>.push_back(pm3);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00341" name="l00341"></a><span class="lineno">  341</span>    </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00342" name="l00342"></a><span class="lineno">  342</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00343" name="l00343"></a><span class="lineno">  343</span>        </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00344" name="l00344"></a><span class="lineno">  344</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00344" name="l00344"></a><span class="lineno">  344</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00345" name="l00345"></a><span class="lineno">  345</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00346" name="l00346"></a><span class="lineno">  346</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00347" name="l00347"></a><span class="lineno">  347</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00348" name="l00348"></a><span class="lineno">  348</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00349" name="l00349"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a35ca5f579f1daf90213e19b4da7ac079">  349</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a35ca5f579f1daf90213e19b4da7ac079">testScanSettings</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00349" name="l00349"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a35ca5f579f1daf90213e19b4da7ac079">  349</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a35ca5f579f1daf90213e19b4da7ac079">testScanSettings</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00350" name="l00350"></a><span class="lineno">  350</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00351" name="l00351"></a><span class="lineno">  351</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testScanSettings()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00351" name="l00351"></a><span class="lineno">  351</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testScanSettings()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00352" name="l00352"></a><span class="lineno">  352</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00353" name="l00353"></a><span class="lineno">  353</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_scan_settings.html">ScanSettings</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00354" name="l00354"></a><span class="lineno">  354</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_scan_settings.html#a5e5bba29f0433265a9e511b0ada36a2f">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;as1&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00355" name="l00355"></a><span class="lineno">  355</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00356" name="l00356"></a><span class="lineno">  356</span>    b = a;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00357" name="l00357"></a><span class="lineno">  357</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00358" name="l00358"></a><span class="lineno">  358</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;ScanSettings, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00359" name="l00359"></a><span class="lineno">  359</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00360" name="l00360"></a><span class="lineno">  360</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00361" name="l00361"></a><span class="lineno">  361</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_scan_settings.html#af392859b2c20a2744aeb48e42dd33fe8">sourceFilePtrs</a>.push_back(<a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#ae17416cf76b238b5675ad9f4d241d604">SourceFilePtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_source_file.html">SourceFile</a>(<span class="stringliteral">&quot;source file&quot;</span>)));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00362" name="l00362"></a><span class="lineno">  362</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_scan_settings.html#a4fed22fad5614f3e7b539794afffa3f2">targets</a>.resize(2);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00363" name="l00363"></a><span class="lineno">  363</span>   </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00364" name="l00364"></a><span class="lineno">  364</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00365" name="l00365"></a><span class="lineno">  365</span>        </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00366" name="l00366"></a><span class="lineno">  366</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00366" name="l00366"></a><span class="lineno">  366</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00367" name="l00367"></a><span class="lineno">  367</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00368" name="l00368"></a><span class="lineno">  368</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.sourceFilePtrs.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00369" name="l00369"></a><span class="lineno">  369</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.sourceFilePtrs.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00370" name="l00370"></a><span class="lineno">  370</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.targets.size() == 2);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00371" name="l00371"></a><span class="lineno">  371</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.targets.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00372" name="l00372"></a><span class="lineno">  372</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00373" name="l00373"></a><span class="lineno">  373</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00374" name="l00374"></a><span class="lineno">  374</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00375" name="l00375"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a52ec78cb2cb2e5d24313827dd9f7a2ff">  375</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a52ec78cb2cb2e5d24313827dd9f7a2ff">testPrecursor</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00375" name="l00375"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a52ec78cb2cb2e5d24313827dd9f7a2ff">  375</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a52ec78cb2cb2e5d24313827dd9f7a2ff">testPrecursor</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00376" name="l00376"></a><span class="lineno">  376</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00377" name="l00377"></a><span class="lineno">  377</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testPrecursor()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00377" name="l00377"></a><span class="lineno">  377</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testPrecursor()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00378" name="l00378"></a><span class="lineno">  378</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00379" name="l00379"></a><span class="lineno">  379</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html">Precursor</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00380" name="l00380"></a><span class="lineno">  380</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00381" name="l00381"></a><span class="lineno">  381</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html#a8a1665cb103908074668099edfb1f60a">spectrumID</a> = <span class="stringliteral">&quot;1234&quot;</span>; </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00382" name="l00382"></a><span class="lineno">  382</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html#a768dc5dd26dfed30f7e19278bc132972">activation</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">cvParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html">CVParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#adfa5f6102a293562e0bff0f399ee1676">MS_ionization_type</a>, 420));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00383" name="l00383"></a><span class="lineno">  383</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html#a4d02d4e7090e20675375057d57a79e2b">selectedIons</a>.resize(1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00384" name="l00384"></a><span class="lineno">  384</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html#a4d02d4e7090e20675375057d57a79e2b">selectedIons</a>[0].cvParams.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a3e73773df81f43060f1b6ed9ae24a3a8">MS_reflectron_on</a>);</div>
│ │ │ │ @@ -439,49 +439,49 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00391" name="l00391"></a><span class="lineno">  391</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">cvParams</a>.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a3e73773df81f43060f1b6ed9ae24a3a8">MS_reflectron_on</a>); </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00392" name="l00392"></a><span class="lineno">  392</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html#a4d02d4e7090e20675375057d57a79e2b">selectedIons</a>[0].userParams.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;aaaa&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00393" name="l00393"></a><span class="lineno">  393</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html#a768dc5dd26dfed30f7e19278bc132972">activation</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;bbbb&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00394" name="l00394"></a><span class="lineno">  394</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_precursor.html#a5661b02a669272af191cb1880c18e664">isolationWindow</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>, 200);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00395" name="l00395"></a><span class="lineno">  395</span>    </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00396" name="l00396"></a><span class="lineno">  396</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00397" name="l00397"></a><span class="lineno">  397</span>        </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00398" name="l00398"></a><span class="lineno">  398</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00398" name="l00398"></a><span class="lineno">  398</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00399" name="l00399"></a><span class="lineno">  399</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00400" name="l00400"></a><span class="lineno">  400</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.selectedIons.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00401" name="l00401"></a><span class="lineno">  401</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.selectedIons[0].userParams.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00402" name="l00402"></a><span class="lineno">  402</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.selectedIons.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00403" name="l00403"></a><span class="lineno">  403</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.isolationWindow.cvParam(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>).valueAs&lt;<span class="keywordtype">int</span>&gt;() == 200);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00404" name="l00404"></a><span class="lineno">  404</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00405" name="l00405"></a><span class="lineno">  405</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00406" name="l00406"></a><span class="lineno">  406</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00407" name="l00407"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a5ad6c4f924813fb1fb33074c2a94d17b">  407</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a5ad6c4f924813fb1fb33074c2a94d17b">testProduct</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00407" name="l00407"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a5ad6c4f924813fb1fb33074c2a94d17b">  407</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a5ad6c4f924813fb1fb33074c2a94d17b">testProduct</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00408" name="l00408"></a><span class="lineno">  408</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00409" name="l00409"></a><span class="lineno">  409</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testProduct()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00409" name="l00409"></a><span class="lineno">  409</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testProduct()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00410" name="l00410"></a><span class="lineno">  410</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00411" name="l00411"></a><span class="lineno">  411</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_product.html">Product</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00412" name="l00412"></a><span class="lineno">  412</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00413" name="l00413"></a><span class="lineno">  413</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_product.html#ac8a8b961d7720fbcbafa0b24b0de1cce">isolationWindow</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#adfa5f6102a293562e0bff0f399ee1676">MS_ionization_type</a>, 420);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00414" name="l00414"></a><span class="lineno">  414</span>    b = a; </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00415" name="l00415"></a><span class="lineno">  415</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00416" name="l00416"></a><span class="lineno">  416</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Product, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00417" name="l00417"></a><span class="lineno">  417</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00418" name="l00418"></a><span class="lineno">  418</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00419" name="l00419"></a><span class="lineno">  419</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_product.html#ac8a8b961d7720fbcbafa0b24b0de1cce">isolationWindow</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>, 200);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00420" name="l00420"></a><span class="lineno">  420</span>    </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00421" name="l00421"></a><span class="lineno">  421</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00422" name="l00422"></a><span class="lineno">  422</span>        </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00423" name="l00423"></a><span class="lineno">  423</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00423" name="l00423"></a><span class="lineno">  423</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00424" name="l00424"></a><span class="lineno">  424</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00425" name="l00425"></a><span class="lineno">  425</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.isolationWindow.cvParams.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00426" name="l00426"></a><span class="lineno">  426</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.isolationWindow.cvParams.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00427" name="l00427"></a><span class="lineno">  427</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00428" name="l00428"></a><span class="lineno">  428</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00429" name="l00429"></a><span class="lineno">  429</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00430" name="l00430"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a82513bbf1fbb217c96f62afcd518e06e">  430</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a82513bbf1fbb217c96f62afcd518e06e">testScan</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00430" name="l00430"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a82513bbf1fbb217c96f62afcd518e06e">  430</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a82513bbf1fbb217c96f62afcd518e06e">testScan</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00431" name="l00431"></a><span class="lineno">  431</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00432" name="l00432"></a><span class="lineno">  432</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testScan()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00432" name="l00432"></a><span class="lineno">  432</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testScan()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00433" name="l00433"></a><span class="lineno">  433</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00434" name="l00434"></a><span class="lineno">  434</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_scan.html">Scan</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00435" name="l00435"></a><span class="lineno">  435</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00436" name="l00436"></a><span class="lineno">  436</span>    <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aaccfe7bc7139ec3f4013e8aedbb21c8c">InstrumentConfigurationPtr</a> ip = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aaccfe7bc7139ec3f4013e8aedbb21c8c">InstrumentConfigurationPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_instrument_configuration.html">InstrumentConfiguration</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00437" name="l00437"></a><span class="lineno">  437</span>    ip-&gt;id = <span class="stringliteral">&quot;LTQ FT&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00438" name="l00438"></a><span class="lineno">  438</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00439" name="l00439"></a><span class="lineno">  439</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">cvParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html">CVParam</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#adfa5f6102a293562e0bff0f399ee1676">MS_ionization_type</a>, 420));</div>
│ │ │ │ @@ -491,23 +491,23 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00443" name="l00443"></a><span class="lineno">  443</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00444" name="l00444"></a><span class="lineno">  444</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Scan, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00445" name="l00445"></a><span class="lineno">  445</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00446" name="l00446"></a><span class="lineno">  446</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00447" name="l00447"></a><span class="lineno">  447</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_scan.html#adf1629753ee5287d2990834670489fa3">scanWindows</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_scan_window.html">ScanWindow</a>(250.0, 2000.0, <a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00448" name="l00448"></a><span class="lineno">  448</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00449" name="l00449"></a><span class="lineno">  449</span>        </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00450" name="l00450"></a><span class="lineno">  450</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00450" name="l00450"></a><span class="lineno">  450</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00451" name="l00451"></a><span class="lineno">  451</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00452" name="l00452"></a><span class="lineno">  452</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.scanWindows.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00453" name="l00453"></a><span class="lineno">  453</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00454" name="l00454"></a><span class="lineno">  454</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00455" name="l00455"></a><span class="lineno">  455</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00456" name="l00456"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#ae8b169a3c25a69542922b6450d97f98a">  456</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#ae8b169a3c25a69542922b6450d97f98a">testScanList</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00456" name="l00456"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#ae8b169a3c25a69542922b6450d97f98a">  456</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#ae8b169a3c25a69542922b6450d97f98a">testScanList</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00457" name="l00457"></a><span class="lineno">  457</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00458" name="l00458"></a><span class="lineno">  458</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testScanList()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00458" name="l00458"></a><span class="lineno">  458</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testScanList()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00459" name="l00459"></a><span class="lineno">  459</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00460" name="l00460"></a><span class="lineno">  460</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_scan_list.html">ScanList</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00461" name="l00461"></a><span class="lineno">  461</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00462" name="l00462"></a><span class="lineno">  462</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_scan.html">Scan</a> a1;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00463" name="l00463"></a><span class="lineno">  463</span>    a1.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a930d0c52fc89b0ff801f8f83849c4116">MS_filter_string</a>, <span class="stringliteral">&quot;booger&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00464" name="l00464"></a><span class="lineno">  464</span>    a1.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#abc3b78f72a1d9b54ed0ea447b9f7e56f">MS_scan_start_time</a>, <span class="stringliteral">&quot;4.20&quot;</span>, <a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a2b4943f00a8f4c6bea17b92a8f9ecdf9">UO_minute</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00465" name="l00465"></a><span class="lineno">  465</span> </div>
│ │ │ │ @@ -523,22 +523,22 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00475" name="l00475"></a><span class="lineno">  475</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;ScanList, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00476" name="l00476"></a><span class="lineno">  476</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00477" name="l00477"></a><span class="lineno">  477</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00478" name="l00478"></a><span class="lineno">  478</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">cvParams</a>.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a3e73773df81f43060f1b6ed9ae24a3a8">MS_reflectron_on</a>); </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00479" name="l00479"></a><span class="lineno">  479</span>    </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00480" name="l00480"></a><span class="lineno">  480</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00481" name="l00481"></a><span class="lineno">  481</span>        </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00482" name="l00482"></a><span class="lineno">  482</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00482" name="l00482"></a><span class="lineno">  482</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00483" name="l00483"></a><span class="lineno">  483</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00484" name="l00484"></a><span class="lineno">  484</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00485" name="l00485"></a><span class="lineno">  485</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00486" name="l00486"></a><span class="lineno">  486</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00487" name="l00487"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#aed819a671dd91394244e51992c647151">  487</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#aed819a671dd91394244e51992c647151">testBinaryDataArray</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00487" name="l00487"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#aed819a671dd91394244e51992c647151">  487</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#aed819a671dd91394244e51992c647151">testBinaryDataArray</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00488" name="l00488"></a><span class="lineno">  488</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00489" name="l00489"></a><span class="lineno">  489</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testBinaryDataArray()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00489" name="l00489"></a><span class="lineno">  489</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testBinaryDataArray()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00490" name="l00490"></a><span class="lineno">  490</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00491" name="l00491"></a><span class="lineno">  491</span>    vector&lt;double&gt; data;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00492" name="l00492"></a><span class="lineno">  492</span>    <span class="keywordflow">for</span> (<span class="keywordtype">int</span> i=0; i&lt;10; i++) data.push_back(i);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00493" name="l00493"></a><span class="lineno">  493</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00494" name="l00494"></a><span class="lineno">  494</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array.html">BinaryDataArray</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00495" name="l00495"></a><span class="lineno">  495</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array.html#aa005a9d4d2fa55fabeb58448e4f7542b">data</a> = data; </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00496" name="l00496"></a><span class="lineno">  496</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array.html#a7a8ea2f0ec36e99c92ae1698ba9888e1">dataProcessingPtr</a> = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a014a758f7a4ba67d1c0c57b1c70a2879">DataProcessingPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_data_processing.html">DataProcessing</a>(<span class="stringliteral">&quot;dp1&quot;</span>));</div>
│ │ │ │ @@ -550,29 +550,29 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00502" name="l00502"></a><span class="lineno">  502</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array.html#aa005a9d4d2fa55fabeb58448e4f7542b">data</a>[9] = 1.00001e10;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00503" name="l00503"></a><span class="lineno">  503</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array.html#aa005a9d4d2fa55fabeb58448e4f7542b">data</a>[9] = 1.00000e10;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00504" name="l00504"></a><span class="lineno">  504</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00505" name="l00505"></a><span class="lineno">  505</span>    <span class="comment">// we want to verify relative precision diff (1e-5),</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00506" name="l00506"></a><span class="lineno">  506</span>    <span class="comment">// not absolute diff (1e5)</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00507" name="l00507"></a><span class="lineno">  507</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00508" name="l00508"></a><span class="lineno">  508</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;BinaryDataArray, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b, config);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00509" name="l00509"></a><span class="lineno">  509</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &amp;&amp; <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00509" name="l00509"></a><span class="lineno">  509</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &amp;&amp; <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00510" name="l00510"></a><span class="lineno">  510</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00511" name="l00511"></a><span class="lineno">  511</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00512" name="l00512"></a><span class="lineno">  512</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array.html#aa005a9d4d2fa55fabeb58448e4f7542b">data</a>[9] = 1.0002e10;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00513" name="l00513"></a><span class="lineno">  513</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00514" name="l00514"></a><span class="lineno">  514</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00515" name="l00515"></a><span class="lineno">  515</span>        </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00516" name="l00516"></a><span class="lineno">  516</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &amp;&amp; <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00516" name="l00516"></a><span class="lineno">  516</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &amp;&amp; <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00517" name="l00517"></a><span class="lineno">  517</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00518" name="l00518"></a><span class="lineno">  518</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00519" name="l00519"></a><span class="lineno">  519</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00520" name="l00520"></a><span class="lineno">  520</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00521" name="l00521"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#aafcd093c0d78a5aca4984053f3631bf8">  521</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#aafcd093c0d78a5aca4984053f3631bf8">testSpectrum</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00521" name="l00521"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#aafcd093c0d78a5aca4984053f3631bf8">  521</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#aafcd093c0d78a5aca4984053f3631bf8">testSpectrum</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00522" name="l00522"></a><span class="lineno">  522</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00523" name="l00523"></a><span class="lineno">  523</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSpectrum()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00523" name="l00523"></a><span class="lineno">  523</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSpectrum()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00524" name="l00524"></a><span class="lineno">  524</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00525" name="l00525"></a><span class="lineno">  525</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html">Spectrum</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00526" name="l00526"></a><span class="lineno">  526</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00527" name="l00527"></a><span class="lineno">  527</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_identity.html#a66077e5b15931d86d9aed37a90518c5f">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;goober&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00528" name="l00528"></a><span class="lineno">  528</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_identity.html#ad39ab127d1d0347c0bfe3f396d5430e2">index</a> = 1;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00529" name="l00529"></a><span class="lineno">  529</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html#a51b4ecda535b76fda19ebc1c690782aa">dataProcessingPtr</a> = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a014a758f7a4ba67d1c0c57b1c70a2879">DataProcessingPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_data_processing.html">DataProcessing</a>(<span class="stringliteral">&quot;msdata&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00530" name="l00530"></a><span class="lineno">  530</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html#aa5e159a6739f55bbb847ee7afe801b7b">scanList</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_scan_list.html#a46c494180129fd781b58b85850df851d">scans</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_scan.html">Scan</a>());</div>
│ │ │ │ @@ -602,15 +602,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00554" name="l00554"></a><span class="lineno">  554</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html#abae265915234fff37cea7c8bee104636">binaryDataArrayPtrs</a>.back()-&gt;data.resize(6);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00555" name="l00555"></a><span class="lineno">  555</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html#abae265915234fff37cea7c8bee104636">binaryDataArrayPtrs</a>.push_back(<a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa0303b5e9ba2c6c62aad646fb63670ae">BinaryDataArrayPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array.html">BinaryDataArray</a>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00556" name="l00556"></a><span class="lineno">  556</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html#abae265915234fff37cea7c8bee104636">binaryDataArrayPtrs</a>.back()-&gt;data.resize(7);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00557" name="l00557"></a><span class="lineno">  557</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html#abae265915234fff37cea7c8bee104636">binaryDataArrayPtrs</a>.push_back(a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html#abae265915234fff37cea7c8bee104636">binaryDataArrayPtrs</a>[0]);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00558" name="l00558"></a><span class="lineno">  558</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00559" name="l00559"></a><span class="lineno">  559</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00560" name="l00560"></a><span class="lineno">  560</span>        </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00561" name="l00561"></a><span class="lineno">  561</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00561" name="l00561"></a><span class="lineno">  561</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00562" name="l00562"></a><span class="lineno">  562</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00563" name="l00563"></a><span class="lineno">  563</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00564" name="l00564"></a><span class="lineno">  564</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.index == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00565" name="l00565"></a><span class="lineno">  565</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.id == <span class="stringliteral">&quot;goober&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00566" name="l00566"></a><span class="lineno">  566</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.defaultArrayLength == 0);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00567" name="l00567"></a><span class="lineno">  567</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.dataProcessingPtr-&gt;id == <span class="stringliteral">&quot;msdata 2&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00568" name="l00568"></a><span class="lineno">  568</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.precursors.size() == 1);</div>
│ │ │ │ @@ -631,27 +631,27 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00583" name="l00583"></a><span class="lineno">  583</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html#abae265915234fff37cea7c8bee104636">binaryDataArrayPtrs</a>[0] = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa0303b5e9ba2c6c62aad646fb63670ae">BinaryDataArrayPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array.html">BinaryDataArray</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00584" name="l00584"></a><span class="lineno">  584</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html#abae265915234fff37cea7c8bee104636">binaryDataArrayPtrs</a>[0]-&gt;data.resize(6);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00585" name="l00585"></a><span class="lineno">  585</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00586" name="l00586"></a><span class="lineno">  586</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html#abae265915234fff37cea7c8bee104636">binaryDataArrayPtrs</a>[0]-&gt;data[0] = 420;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00587" name="l00587"></a><span class="lineno">  587</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html#abae265915234fff37cea7c8bee104636">binaryDataArrayPtrs</a>[0]-&gt;data[0] = 420 + 1e-12;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00588" name="l00588"></a><span class="lineno">  588</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00589" name="l00589"></a><span class="lineno">  589</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00590" name="l00590"></a><span class="lineno">  590</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &amp;&amp; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00590" name="l00590"></a><span class="lineno">  590</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &amp;&amp; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00591" name="l00591"></a><span class="lineno">  591</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00592" name="l00592"></a><span class="lineno">  592</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00593" name="l00593"></a><span class="lineno">  593</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html#abae265915234fff37cea7c8bee104636">binaryDataArrayPtrs</a>[0]-&gt;data[0] += 1e-3;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00594" name="l00594"></a><span class="lineno">  594</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00595" name="l00595"></a><span class="lineno">  595</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &amp;&amp; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00595" name="l00595"></a><span class="lineno">  595</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &amp;&amp; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00596" name="l00596"></a><span class="lineno">  596</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00597" name="l00597"></a><span class="lineno">  597</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00598" name="l00598"></a><span class="lineno">  598</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00599" name="l00599"></a><span class="lineno">  599</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00600" name="l00600"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#ac1e55316a96e4cc45abb2edeb608b509">  600</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#ac1e55316a96e4cc45abb2edeb608b509">testChromatogram</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00600" name="l00600"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#ac1e55316a96e4cc45abb2edeb608b509">  600</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#ac1e55316a96e4cc45abb2edeb608b509">testChromatogram</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00601" name="l00601"></a><span class="lineno">  601</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00602" name="l00602"></a><span class="lineno">  602</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testChromatogram()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00602" name="l00602"></a><span class="lineno">  602</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testChromatogram()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00603" name="l00603"></a><span class="lineno">  603</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00604" name="l00604"></a><span class="lineno">  604</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram.html">Chromatogram</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00605" name="l00605"></a><span class="lineno">  605</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00606" name="l00606"></a><span class="lineno">  606</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram_identity.html#a0e9706cb46d18774e6856fcaac73dcb6">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;goober&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00607" name="l00607"></a><span class="lineno">  607</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram_identity.html#a504f441c490905fa4d70d29440cc200b">index</a> = 1;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00608" name="l00608"></a><span class="lineno">  608</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram.html#a4115ae317bd26d2b8f13246f4e41c80e">dataProcessingPtr</a> = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a014a758f7a4ba67d1c0c57b1c70a2879">DataProcessingPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_data_processing.html">DataProcessing</a>(<span class="stringliteral">&quot;msdata&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00609" name="l00609"></a><span class="lineno">  609</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram.html#a7b8076c15c11f13d42c6a13b1b67c8a1">binaryDataArrayPtrs</a>.push_back(<a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa0303b5e9ba2c6c62aad646fb63670ae">BinaryDataArrayPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array.html">BinaryDataArray</a>));</div>
│ │ │ │ @@ -668,27 +668,27 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00620" name="l00620"></a><span class="lineno">  620</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram.html#a7b8076c15c11f13d42c6a13b1b67c8a1">binaryDataArrayPtrs</a>[0] = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa0303b5e9ba2c6c62aad646fb63670ae">BinaryDataArrayPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array.html">BinaryDataArray</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00621" name="l00621"></a><span class="lineno">  621</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram.html#a7b8076c15c11f13d42c6a13b1b67c8a1">binaryDataArrayPtrs</a>[0]-&gt;data.resize(6);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00622" name="l00622"></a><span class="lineno">  622</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00623" name="l00623"></a><span class="lineno">  623</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram.html#a7b8076c15c11f13d42c6a13b1b67c8a1">binaryDataArrayPtrs</a>[0]-&gt;data[0] = 420;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00624" name="l00624"></a><span class="lineno">  624</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram.html#a7b8076c15c11f13d42c6a13b1b67c8a1">binaryDataArrayPtrs</a>[0]-&gt;data[0] = 420 + 1e-12;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00625" name="l00625"></a><span class="lineno">  625</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00626" name="l00626"></a><span class="lineno">  626</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00627" name="l00627"></a><span class="lineno">  627</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &amp;&amp; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00627" name="l00627"></a><span class="lineno">  627</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &amp;&amp; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00628" name="l00628"></a><span class="lineno">  628</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00629" name="l00629"></a><span class="lineno">  629</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00630" name="l00630"></a><span class="lineno">  630</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram.html#a7b8076c15c11f13d42c6a13b1b67c8a1">binaryDataArrayPtrs</a>[0]-&gt;data[0] += 1e-3;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00631" name="l00631"></a><span class="lineno">  631</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a,b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00632" name="l00632"></a><span class="lineno">  632</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &amp;&amp; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00632" name="l00632"></a><span class="lineno">  632</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &amp;&amp; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00633" name="l00633"></a><span class="lineno">  633</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00634" name="l00634"></a><span class="lineno">  634</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00635" name="l00635"></a><span class="lineno">  635</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00636" name="l00636"></a><span class="lineno">  636</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00637" name="l00637"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a671384f46c0640710e586038587f8a2c">  637</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a671384f46c0640710e586038587f8a2c">testSpectrumList</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00637" name="l00637"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a671384f46c0640710e586038587f8a2c">  637</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a671384f46c0640710e586038587f8a2c">testSpectrumList</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00638" name="l00638"></a><span class="lineno">  638</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00639" name="l00639"></a><span class="lineno">  639</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSpectrumList()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00639" name="l00639"></a><span class="lineno">  639</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSpectrumList()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00640" name="l00640"></a><span class="lineno">  640</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00641" name="l00641"></a><span class="lineno">  641</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_list_simple.html">SpectrumListSimple</a> aSimple, bSimple;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00642" name="l00642"></a><span class="lineno">  642</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00643" name="l00643"></a><span class="lineno">  643</span>    <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa9d6a30f39ca4f490b42ff009feef0b7">SpectrumPtr</a> spectrum1a = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa9d6a30f39ca4f490b42ff009feef0b7">SpectrumPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html">Spectrum</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00644" name="l00644"></a><span class="lineno">  644</span>    spectrum1a-&gt;id = <span class="stringliteral">&quot;420&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00645" name="l00645"></a><span class="lineno">  645</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00646" name="l00646"></a><span class="lineno">  646</span>    <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa9d6a30f39ca4f490b42ff009feef0b7">SpectrumPtr</a> spectrum1b = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa9d6a30f39ca4f490b42ff009feef0b7">SpectrumPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html">Spectrum</a>);</div>
│ │ │ │ @@ -721,27 +721,27 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00673" name="l00673"></a><span class="lineno">  673</span>    <span class="comment">// check: different SpectrumList::size()</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00674" name="l00674"></a><span class="lineno">  674</span>    </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00675" name="l00675"></a><span class="lineno">  675</span>    <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa9d6a30f39ca4f490b42ff009feef0b7">SpectrumPtr</a> spectrum2 = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa9d6a30f39ca4f490b42ff009feef0b7">SpectrumPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html">Spectrum</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00676" name="l00676"></a><span class="lineno">  676</span>    spectrum2-&gt;id = <span class="stringliteral">&quot;421&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00677" name="l00677"></a><span class="lineno">  677</span>    aSimple.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_list_simple.html#ab56474a18e7b890a87b7ae9ad1c64654">spectra</a>.push_back(spectrum2);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00678" name="l00678"></a><span class="lineno">  678</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00679" name="l00679"></a><span class="lineno">  679</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00680" name="l00680"></a><span class="lineno">  680</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00680" name="l00680"></a><span class="lineno">  680</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00681" name="l00681"></a><span class="lineno">  681</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00682" name="l00682"></a><span class="lineno">  682</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.spectra.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00683" name="l00683"></a><span class="lineno">  683</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.spectra[0]-&gt;userParams.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00684" name="l00684"></a><span class="lineno">  684</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00685" name="l00685"></a><span class="lineno">  685</span>    <span class="comment">// check: same SpectrumList::size(), different last scan number </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00686" name="l00686"></a><span class="lineno">  686</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00687" name="l00687"></a><span class="lineno">  687</span>    <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa9d6a30f39ca4f490b42ff009feef0b7">SpectrumPtr</a> spectrum3 = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa9d6a30f39ca4f490b42ff009feef0b7">SpectrumPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html">Spectrum</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00688" name="l00688"></a><span class="lineno">  688</span>    spectrum3-&gt;id = <span class="stringliteral">&quot;422&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00689" name="l00689"></a><span class="lineno">  689</span>    bSimple.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_list_simple.html#ab56474a18e7b890a87b7ae9ad1c64654">spectra</a>.push_back(spectrum3);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00690" name="l00690"></a><span class="lineno">  690</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00691" name="l00691"></a><span class="lineno">  691</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00692" name="l00692"></a><span class="lineno">  692</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00692" name="l00692"></a><span class="lineno">  692</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00693" name="l00693"></a><span class="lineno">  693</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00694" name="l00694"></a><span class="lineno">  694</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.spectra.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00695" name="l00695"></a><span class="lineno">  695</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.spectra[0]-&gt;id == <span class="stringliteral">&quot;421&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00696" name="l00696"></a><span class="lineno">  696</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.spectra.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00697" name="l00697"></a><span class="lineno">  697</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.spectra[0]-&gt;id == <span class="stringliteral">&quot;422&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00698" name="l00698"></a><span class="lineno">  698</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00699" name="l00699"></a><span class="lineno">  699</span>    <span class="comment">// check: scan numbers match, binary data slightly different</span></div>
│ │ │ │ @@ -761,22 +761,22 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00713" name="l00713"></a><span class="lineno">  713</span>    config.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html#a43e0b825a6703a1f5e827db20e8582cd">precision</a> = 1e-6;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00714" name="l00714"></a><span class="lineno">  714</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00715" name="l00715"></a><span class="lineno">  715</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;SpectrumList, DiffConfig, SpectrumListSimple&gt;</a> diffWide(a, b, config);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00716" name="l00716"></a><span class="lineno">  716</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!diffWide);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00717" name="l00717"></a><span class="lineno">  717</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00718" name="l00718"></a><span class="lineno">  718</span>    config.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html#a43e0b825a6703a1f5e827db20e8582cd">precision</a> = 1e-12;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00719" name="l00719"></a><span class="lineno">  719</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;SpectrumList, DiffConfig, SpectrumListSimple&gt;</a> diffNarrow(a, b, config);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00720" name="l00720"></a><span class="lineno">  720</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; diffNarrow &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00720" name="l00720"></a><span class="lineno">  720</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; diffNarrow &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00721" name="l00721"></a><span class="lineno">  721</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(diffNarrow);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00722" name="l00722"></a><span class="lineno">  722</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00723" name="l00723"></a><span class="lineno">  723</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00724" name="l00724"></a><span class="lineno">  724</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00725" name="l00725"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a54532e0c2029b4825cce293302d52354">  725</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a54532e0c2029b4825cce293302d52354">testChromatogramList</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00725" name="l00725"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a54532e0c2029b4825cce293302d52354">  725</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a54532e0c2029b4825cce293302d52354">testChromatogramList</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00726" name="l00726"></a><span class="lineno">  726</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00727" name="l00727"></a><span class="lineno">  727</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testChromatogramList()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00727" name="l00727"></a><span class="lineno">  727</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testChromatogramList()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00728" name="l00728"></a><span class="lineno">  728</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00729" name="l00729"></a><span class="lineno">  729</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram_list_simple.html">ChromatogramListSimple</a> aSimple, bSimple;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00730" name="l00730"></a><span class="lineno">  730</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00731" name="l00731"></a><span class="lineno">  731</span>    <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a926d2288e47c1567971bcf2380c97007">ChromatogramPtr</a> chromatogram1a = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a926d2288e47c1567971bcf2380c97007">ChromatogramPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram.html">Chromatogram</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00732" name="l00732"></a><span class="lineno">  732</span>    chromatogram1a-&gt;id = <span class="stringliteral">&quot;420&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00733" name="l00733"></a><span class="lineno">  733</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00734" name="l00734"></a><span class="lineno">  734</span>    <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a926d2288e47c1567971bcf2380c97007">ChromatogramPtr</a> chromatogram1b = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a926d2288e47c1567971bcf2380c97007">ChromatogramPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram.html">Chromatogram</a>);</div>
│ │ │ │ @@ -814,31 +814,31 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00766" name="l00766"></a><span class="lineno">  766</span>    <span class="comment">// check: different ChromatogramList::size()</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00767" name="l00767"></a><span class="lineno">  767</span>    </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00768" name="l00768"></a><span class="lineno">  768</span>    <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a926d2288e47c1567971bcf2380c97007">ChromatogramPtr</a> chromatogram2 = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a926d2288e47c1567971bcf2380c97007">ChromatogramPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram.html">Chromatogram</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00769" name="l00769"></a><span class="lineno">  769</span>    chromatogram2-&gt;id = <span class="stringliteral">&quot;421&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00770" name="l00770"></a><span class="lineno">  770</span>    aSimple.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram_list_simple.html#a5d9c4704b6bde4afde534b71bf51535b">chromatograms</a>.push_back(chromatogram2);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00771" name="l00771"></a><span class="lineno">  771</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00772" name="l00772"></a><span class="lineno">  772</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00773" name="l00773"></a><span class="lineno">  773</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00773" name="l00773"></a><span class="lineno">  773</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00774" name="l00774"></a><span class="lineno">  774</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00775" name="l00775"></a><span class="lineno">  775</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.chromatograms.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00776" name="l00776"></a><span class="lineno">  776</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.chromatograms[0]-&gt;userParams.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00777" name="l00777"></a><span class="lineno">  777</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00778" name="l00778"></a><span class="lineno">  778</span>    diffIgnore(a,b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00779" name="l00779"></a><span class="lineno">  779</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; diffIgnore &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00779" name="l00779"></a><span class="lineno">  779</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; diffIgnore &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00780" name="l00780"></a><span class="lineno">  780</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!diffIgnore);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00781" name="l00781"></a><span class="lineno">  781</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00782" name="l00782"></a><span class="lineno">  782</span>    <span class="comment">// check: same ChromatogramList::size(), different last scan number </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00783" name="l00783"></a><span class="lineno">  783</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00784" name="l00784"></a><span class="lineno">  784</span>    <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a926d2288e47c1567971bcf2380c97007">ChromatogramPtr</a> chromatogram3 = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a926d2288e47c1567971bcf2380c97007">ChromatogramPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram.html">Chromatogram</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00785" name="l00785"></a><span class="lineno">  785</span>    chromatogram3-&gt;id = <span class="stringliteral">&quot;422&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00786" name="l00786"></a><span class="lineno">  786</span>    bSimple.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram_list_simple.html#a5d9c4704b6bde4afde534b71bf51535b">chromatograms</a>.push_back(chromatogram3);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00787" name="l00787"></a><span class="lineno">  787</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00788" name="l00788"></a><span class="lineno">  788</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00789" name="l00789"></a><span class="lineno">  789</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00789" name="l00789"></a><span class="lineno">  789</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00790" name="l00790"></a><span class="lineno">  790</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00791" name="l00791"></a><span class="lineno">  791</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.chromatograms.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00792" name="l00792"></a><span class="lineno">  792</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.chromatograms[0]-&gt;id == <span class="stringliteral">&quot;421&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00793" name="l00793"></a><span class="lineno">  793</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.chromatograms.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00794" name="l00794"></a><span class="lineno">  794</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.chromatograms[0]-&gt;id == <span class="stringliteral">&quot;422&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00795" name="l00795"></a><span class="lineno">  795</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00796" name="l00796"></a><span class="lineno">  796</span>    diffIgnore(a,b);</div>
│ │ │ │ @@ -861,25 +861,25 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00813" name="l00813"></a><span class="lineno">  813</span>    config.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html#a43e0b825a6703a1f5e827db20e8582cd">precision</a> = 1e-6;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00814" name="l00814"></a><span class="lineno">  814</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00815" name="l00815"></a><span class="lineno">  815</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;ChromatogramList, DiffConfig, ChromatogramListSimple&gt;</a> diffWide(a, b, config);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00816" name="l00816"></a><span class="lineno">  816</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!diffWide);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00817" name="l00817"></a><span class="lineno">  817</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00818" name="l00818"></a><span class="lineno">  818</span>    config.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html#a43e0b825a6703a1f5e827db20e8582cd">precision</a> = 1e-12;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00819" name="l00819"></a><span class="lineno">  819</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;ChromatogramList, DiffConfig, ChromatogramListSimple&gt;</a> diffNarrow(a, b, config);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00820" name="l00820"></a><span class="lineno">  820</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; diffNarrow &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00820" name="l00820"></a><span class="lineno">  820</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; diffNarrow &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00821" name="l00821"></a><span class="lineno">  821</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(diffNarrow);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00822" name="l00822"></a><span class="lineno">  822</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00823" name="l00823"></a><span class="lineno">  823</span>    diffIgnore(a,b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00824" name="l00824"></a><span class="lineno">  824</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!diffIgnore);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00825" name="l00825"></a><span class="lineno">  825</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00826" name="l00826"></a><span class="lineno">  826</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00827" name="l00827"></a><span class="lineno">  827</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00828" name="l00828"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a65ed223c6c0c23c27e8083eeb22036c4">  828</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a65ed223c6c0c23c27e8083eeb22036c4">testRun</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00828" name="l00828"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a65ed223c6c0c23c27e8083eeb22036c4">  828</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a65ed223c6c0c23c27e8083eeb22036c4">testRun</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00829" name="l00829"></a><span class="lineno">  829</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00830" name="l00830"></a><span class="lineno">  830</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testRun()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00830" name="l00830"></a><span class="lineno">  830</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testRun()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00831" name="l00831"></a><span class="lineno">  831</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00832" name="l00832"></a><span class="lineno">  832</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html">Run</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00833" name="l00833"></a><span class="lineno">  833</span>   </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00834" name="l00834"></a><span class="lineno">  834</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#a88fa7524cc39efd08cb6e9a9521443e0">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;goober&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00835" name="l00835"></a><span class="lineno">  835</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#a95e8a497a3e2428dc940797f68c70950">startTimeStamp</a> = <span class="stringliteral">&quot;20 April 2004 4:20pm&quot;</span>;  </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00836" name="l00836"></a><span class="lineno">  836</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#a88fa7524cc39efd08cb6e9a9521443e0">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;goober&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00837" name="l00837"></a><span class="lineno">  837</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#a95e8a497a3e2428dc940797f68c70950">startTimeStamp</a> = <span class="stringliteral">&quot;20 April 2004 4:20pm&quot;</span>;  </div>
│ │ │ │ @@ -903,15 +903,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00855" name="l00855"></a><span class="lineno">  855</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#aa06c06245cdee29c856b83f0f491c5f1">defaultInstrumentConfigurationPtr</a> = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aaccfe7bc7139ec3f4013e8aedbb21c8c">InstrumentConfigurationPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_instrument_configuration.html">InstrumentConfiguration</a>(<span class="stringliteral">&quot;instrumentConfiguration&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00856" name="l00856"></a><span class="lineno">  856</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#aa06c06245cdee29c856b83f0f491c5f1">defaultInstrumentConfigurationPtr</a> = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aaccfe7bc7139ec3f4013e8aedbb21c8c">InstrumentConfigurationPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_instrument_configuration.html">InstrumentConfiguration</a>(<span class="stringliteral">&quot;instrumentConfiguration&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00857" name="l00857"></a><span class="lineno">  857</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00858" name="l00858"></a><span class="lineno">  858</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ac7d4c63d3dff780f69495643f0328db4">samplePtr</a> = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a741ec03e93ee4c47de6a902bfc5e8fea">SamplePtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_sample.html">Sample</a>(<span class="stringliteral">&quot;sample&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00859" name="l00859"></a><span class="lineno">  859</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#a6f34737a84c242f28366a211e006da53">defaultSourceFilePtr</a> = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#ae17416cf76b238b5675ad9f4d241d604">SourceFilePtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_source_file.html">SourceFile</a>(<span class="stringliteral">&quot;source file&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00860" name="l00860"></a><span class="lineno">  860</span>    </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00861" name="l00861"></a><span class="lineno">  861</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00862" name="l00862"></a><span class="lineno">  862</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00862" name="l00862"></a><span class="lineno">  862</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00863" name="l00863"></a><span class="lineno">  863</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00864" name="l00864"></a><span class="lineno">  864</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00865" name="l00865"></a><span class="lineno">  865</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.spectrumListPtr-&gt;size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00866" name="l00866"></a><span class="lineno">  866</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.spectrumListPtr-&gt;spectrum(0)-&gt;userParams.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00867" name="l00867"></a><span class="lineno">  867</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00868" name="l00868"></a><span class="lineno">  868</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.chromatogramListPtr.get());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00869" name="l00869"></a><span class="lineno">  869</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.chromatogramListPtr-&gt;size() == 1);</div>
│ │ │ │ @@ -929,17 +929,17 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00881" name="l00881"></a><span class="lineno">  881</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.startTimeStamp.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00882" name="l00882"></a><span class="lineno">  882</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.startTimeStamp.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00883" name="l00883"></a><span class="lineno">  883</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00884" name="l00884"></a><span class="lineno">  884</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00885" name="l00885"></a><span class="lineno">  885</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00886" name="l00886"></a><span class="lineno"><a class="line" href="struct_m_s_data_with_settable_version.html#a14eae4cd196a635dc136cafed6f89c64">  886</a></span><span class="keyword">struct </span><a class="code hl_struct" href="struct_m_s_data_with_settable_version.html">MSDataWithSettableVersion</a> : <span class="keyword">public</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html">MSData</a> {<span class="keyword">using </span>MSData::version; <span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="struct_m_s_data_with_settable_version.html#a14eae4cd196a635dc136cafed6f89c64">version</a>(<span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">string</span>&amp; v) {<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a6e50087c72dacfee5e5a2209ffc23ca9">version_</a> = v;}};</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00887" name="l00887"></a><span class="lineno">  887</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00888" name="l00888"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#af99a41d330719ceb0646b801fdcf82d3">  888</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#af99a41d330719ceb0646b801fdcf82d3">testMSData</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00888" name="l00888"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#af99a41d330719ceb0646b801fdcf82d3">  888</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#af99a41d330719ceb0646b801fdcf82d3">testMSData</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00889" name="l00889"></a><span class="lineno">  889</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00890" name="l00890"></a><span class="lineno">  890</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testMSData()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00890" name="l00890"></a><span class="lineno">  890</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testMSData()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00891" name="l00891"></a><span class="lineno">  891</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00892" name="l00892"></a><span class="lineno">  892</span>    <a class="code hl_struct" href="struct_m_s_data_with_settable_version.html">MSDataWithSettableVersion</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00893" name="l00893"></a><span class="lineno">  893</span>   </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00894" name="l00894"></a><span class="lineno">  894</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a8997fac00442c1b113110e0539c83626">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;goober&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00895" name="l00895"></a><span class="lineno">  895</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a8997fac00442c1b113110e0539c83626">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;goober&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00896" name="l00896"></a><span class="lineno">  896</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00897" name="l00897"></a><span class="lineno">  897</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;MSData, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ @@ -954,15 +954,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00906" name="l00906"></a><span class="lineno">  906</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a99bd582a6b2a105469ea421696b343b9">instrumentConfigurationPtrs</a>.push_back(<a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aaccfe7bc7139ec3f4013e8aedbb21c8c">InstrumentConfigurationPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_instrument_configuration.html">InstrumentConfiguration</a>(<span class="stringliteral">&quot;instrumentConfiguration&quot;</span>)));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00907" name="l00907"></a><span class="lineno">  907</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a3f41fa46076698d221c0d6a7cb425a09">softwarePtrs</a>.push_back(<a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a5a48684ceb78f2d848f506bfb51a3cbe">SoftwarePtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_software.html">Software</a>(<span class="stringliteral">&quot;software&quot;</span>)));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00908" name="l00908"></a><span class="lineno">  908</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#aec6ea9726fa7b68da5eadfabec58326c">dataProcessingPtrs</a>.push_back(<a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a014a758f7a4ba67d1c0c57b1c70a2879">DataProcessingPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_data_processing.html">DataProcessing</a>(<span class="stringliteral">&quot;dataProcessing&quot;</span>)));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00909" name="l00909"></a><span class="lineno">  909</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#a88fa7524cc39efd08cb6e9a9521443e0">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;run&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00910" name="l00910"></a><span class="lineno">  910</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a129e1167107e54a4401f3cf4462992c6">scanSettingsPtrs</a>.push_back(<a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a60ad9dc1e689871886c40da4deb48869">ScanSettingsPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_scan_settings.html">ScanSettings</a>(<span class="stringliteral">&quot;scanSettings&quot;</span>)));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00911" name="l00911"></a><span class="lineno">  911</span>   </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00912" name="l00912"></a><span class="lineno">  912</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00913" name="l00913"></a><span class="lineno">  913</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00913" name="l00913"></a><span class="lineno">  913</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00914" name="l00914"></a><span class="lineno">  914</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00915" name="l00915"></a><span class="lineno">  915</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00916" name="l00916"></a><span class="lineno">  916</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.accession == <span class="stringliteral">&quot;different&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00917" name="l00917"></a><span class="lineno">  917</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.accession.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00918" name="l00918"></a><span class="lineno">  918</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00919" name="l00919"></a><span class="lineno">  919</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.id == (a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a8997fac00442c1b113110e0539c83626">id</a> + <span class="stringliteral">&quot; (&quot;</span> + a.<a class="code hl_function" href="struct_m_s_data_with_settable_version.html#a14eae4cd196a635dc136cafed6f89c64">version</a>() + <span class="stringliteral">&quot;)&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00920" name="l00920"></a><span class="lineno">  920</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.id == (b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a8997fac00442c1b113110e0539c83626">id</a> + <span class="stringliteral">&quot; (&quot;</span> + b.<a class="code hl_function" href="struct_m_s_data_with_settable_version.html#a14eae4cd196a635dc136cafed6f89c64">version</a>() + <span class="stringliteral">&quot;)&quot;</span>));</div>
│ │ │ │ @@ -992,15 +992,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00944" name="l00944"></a><span class="lineno">  944</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.run.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00945" name="l00945"></a><span class="lineno">  945</span> </div>
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│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00947" name="l00947"></a><span class="lineno">  947</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.scanSettingsPtrs.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00948" name="l00948"></a><span class="lineno">  948</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00949" name="l00949"></a><span class="lineno">  949</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00950" name="l00950"></a><span class="lineno">  950</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00951" name="l00951"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a5d4f62c58b6db5fa52bd9666b1613264">  951</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a5d4f62c58b6db5fa52bd9666b1613264">testBinaryDataOnly</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00951" name="l00951"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a5d4f62c58b6db5fa52bd9666b1613264">  951</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a5d4f62c58b6db5fa52bd9666b1613264">testBinaryDataOnly</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00952" name="l00952"></a><span class="lineno">  952</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00953" name="l00953"></a><span class="lineno">  953</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html">MSData</a> tiny;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00954" name="l00954"></a><span class="lineno">  954</span>    <a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1identdata_1_1examples.html#abc4d348117dd8a20dda0f7747dbd109f">examples::initializeTiny</a>(tiny);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00955" name="l00955"></a><span class="lineno">  955</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00956" name="l00956"></a><span class="lineno">  956</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html">MSData</a> tinier;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00957" name="l00957"></a><span class="lineno">  957</span>    <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#ab152ecfe549baeb14cdef299963acab9">SpectrumListSimplePtr</a> sl(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_list_simple.html">SpectrumListSimple</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00958" name="l00958"></a><span class="lineno">  958</span>    <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#ab3424b39d92547d6ce1c910aafd00fc5">ChromatogramListSimplePtr</a> cl(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram_list_simple.html">ChromatogramListSimple</a>);</div>
│ │ │ │ @@ -1050,56 +1050,56 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01002" name="l01002"></a><span class="lineno"> 1002</span>        }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01003" name="l01003"></a><span class="lineno"> 1003</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01004" name="l01004"></a><span class="lineno"> 1004</span>        <span class="comment">// copy &quot;important&quot; scan metadata</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01005" name="l01005"></a><span class="lineno"> 1005</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01006" name="l01006"></a><span class="lineno"> 1006</span>        to-&gt;defaultArrayLength = from-&gt;defaultArrayLength;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01007" name="l01007"></a><span class="lineno"> 1007</span>    }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01008" name="l01008"></a><span class="lineno"> 1008</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01009" name="l01009"></a><span class="lineno"> 1009</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>)</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01009" name="l01009"></a><span class="lineno"> 1009</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01010" name="l01010"></a><span class="lineno"> 1010</span>    {</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01011" name="l01011"></a><span class="lineno"> 1011</span>        *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;tinier::&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01012" name="l01012"></a><span class="lineno"> 1012</span>        <a class="code hl_class" href="classpwiz_1_1identdata_1_1_text_writer.html">TextWriter</a>(*<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>,0)(tinier);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01011" name="l01011"></a><span class="lineno"> 1011</span>        *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;tinier::&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01012" name="l01012"></a><span class="lineno"> 1012</span>        <a class="code hl_class" href="classpwiz_1_1identdata_1_1_text_writer.html">TextWriter</a>(*<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>,0)(tinier);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01013" name="l01013"></a><span class="lineno"> 1013</span>    }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01014" name="l01014"></a><span class="lineno"> 1014</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01015" name="l01015"></a><span class="lineno"> 1015</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;MSData, DiffConfig&gt;</a> diff_full(tiny, tinier);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01016" name="l01016"></a><span class="lineno"> 1016</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(diff_full);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01017" name="l01017"></a><span class="lineno"> 1017</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01018" name="l01018"></a><span class="lineno"> 1018</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config.html">DiffConfig</a> config;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01019" name="l01019"></a><span class="lineno"> 1019</span>    config.ignoreMetadata = <span class="keyword">true</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01020" name="l01020"></a><span class="lineno"> 1020</span>    config.ignoreIdentity = <span class="keyword">true</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01021" name="l01021"></a><span class="lineno"> 1021</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01022" name="l01022"></a><span class="lineno"> 1022</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;MSData, DiffConfig&gt;</a> diff_data(tiny, tinier, config);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01023" name="l01023"></a><span class="lineno"> 1023</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &amp;&amp; diff_data) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; diff_data &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01023" name="l01023"></a><span class="lineno"> 1023</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &amp;&amp; diff_data) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; diff_data &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01024" name="l01024"></a><span class="lineno"> 1024</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!diff_data); </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01025" name="l01025"></a><span class="lineno"> 1025</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01026" name="l01026"></a><span class="lineno"> 1026</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01027" name="l01027"></a><span class="lineno"> 1027</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01028" name="l01028"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a9df8d6239f963749300327e3687cdf86"> 1028</a></span><span class="keyword">static</span> <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">char</span>* <a class="code hl_variable" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a9df8d6239f963749300327e3687cdf86">userParamName_MaxBinaryDataArrayDifference_</a> = <span class="stringliteral">&quot;Maximum binary data array difference&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01028" name="l01028"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a9df8d6239f963749300327e3687cdf86"> 1028</a></span><span class="keyword">static</span> <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">char</span>* <a class="code hl_variable" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a9df8d6239f963749300327e3687cdf86">userParamName_MaxBinaryDataArrayDifference_</a> = <span class="stringliteral">&quot;Maximum binary data array difference&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01029" name="l01029"></a><span class="lineno"> 1029</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01030" name="l01030"></a><span class="lineno"> 1030</span><span class="comment">// gets value of MaxBinaryDataArrayDifference userParam if present, else 0</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01031" name="l01031"></a><span class="lineno"> 1031</span><span class="keyword">template</span> &lt;<span class="keyword">typename</span> list_type&gt;</div>
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│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01032" name="l01032"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a6ef4897e4a6e9d96970b6ca30300722c"> 1032</a></span><span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a6ef4897e4a6e9d96970b6ca30300722c">getMaxPrecisionDiff</a>(<span class="keyword">const</span> list_type&amp; list)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01033" name="l01033"></a><span class="lineno"> 1033</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01034" name="l01034"></a><span class="lineno"> 1034</span>    <span class="keywordflow">if</span> (list.dp.get() &amp;&amp;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01035" name="l01035"></a><span class="lineno"> 1035</span>        !list.dp-&gt;processingMethods.empty() &amp;&amp;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01036" name="l01036"></a><span class="lineno"> 1036</span>        !list.dp-&gt;processingMethods.back().userParam(<a class="code hl_variable" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a9df8d6239f963749300327e3687cdf86">userParamName_MaxBinaryDataArrayDifference_</a>).empty())</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01037" name="l01037"></a><span class="lineno"> 1037</span>        <span class="keywordflow">return</span> lexical_cast&lt;double&gt;(list.dp-&gt;processingMethods.back().userParam(<a class="code hl_variable" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a9df8d6239f963749300327e3687cdf86">userParamName_MaxBinaryDataArrayDifference_</a>).value);</div>
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│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01037" name="l01037"></a><span class="lineno"> 1037</span>        <span class="keywordflow">return</span> lexical_cast&lt;double&gt;(list.dp-&gt;processingMethods.back().userParam(<a class="code hl_variable" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a9df8d6239f963749300327e3687cdf86">userParamName_MaxBinaryDataArrayDifference_</a>).value);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01038" name="l01038"></a><span class="lineno"> 1038</span>    <span class="keywordflow">return</span> 0;</div>
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│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01040" name="l01040"></a><span class="lineno"> 1040</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01041" name="l01041"></a><span class="lineno"> 1041</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01042" name="l01042"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a0d184b132765a1682b7cde7dd6b69251"> 1042</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a0d184b132765a1682b7cde7dd6b69251">testMaxPrecisionDiff</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01042" name="l01042"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a0d184b132765a1682b7cde7dd6b69251"> 1042</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a0d184b132765a1682b7cde7dd6b69251">testMaxPrecisionDiff</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01043" name="l01043"></a><span class="lineno"> 1043</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01044" name="l01044"></a><span class="lineno"> 1044</span>{ </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01045" name="l01045"></a><span class="lineno"> 1045</span>  <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>)</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01045" name="l01045"></a><span class="lineno"> 1045</span>  <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01046" name="l01046"></a><span class="lineno"> 1046</span>    {</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01047" name="l01047"></a><span class="lineno"> 1047</span>      *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt;<span class="stringliteral">&quot;testMaxPrecisionDiff()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01047" name="l01047"></a><span class="lineno"> 1047</span>      *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt;<span class="stringliteral">&quot;testMaxPrecisionDiff()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01048" name="l01048"></a><span class="lineno"> 1048</span>    }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01049" name="l01049"></a><span class="lineno"> 1049</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01050" name="l01050"></a><span class="lineno"> 1050</span>  <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">numeric_limits&lt;double&gt;::epsilon</a>(); </div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01050" name="l01050"></a><span class="lineno"> 1050</span>  <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">numeric_limits&lt;double&gt;::epsilon</a>(); </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01051" name="l01051"></a><span class="lineno"> 1051</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01052" name="l01052"></a><span class="lineno"> 1052</span>  <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa0303b5e9ba2c6c62aad646fb63670ae">BinaryDataArrayPtr</a> a(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array.html">BinaryDataArray</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01053" name="l01053"></a><span class="lineno"> 1053</span>  <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa0303b5e9ba2c6c62aad646fb63670ae">BinaryDataArrayPtr</a> b(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array.html">BinaryDataArray</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01054" name="l01054"></a><span class="lineno"> 1054</span>  <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa0303b5e9ba2c6c62aad646fb63670ae">BinaryDataArrayPtr</a> c(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array.html">BinaryDataArray</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01055" name="l01055"></a><span class="lineno"> 1055</span>  <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa0303b5e9ba2c6c62aad646fb63670ae">BinaryDataArrayPtr</a> d(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array.html">BinaryDataArray</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01056" name="l01056"></a><span class="lineno"> 1056</span>  <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa0303b5e9ba2c6c62aad646fb63670ae">BinaryDataArrayPtr</a> e(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array.html">BinaryDataArray</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01057" name="l01057"></a><span class="lineno"> 1057</span>  <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa0303b5e9ba2c6c62aad646fb63670ae">BinaryDataArrayPtr</a> f(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array.html">BinaryDataArray</a>);</div>
│ │ │ │ @@ -1134,34 +1134,34 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01086" name="l01086"></a><span class="lineno"> 1086</span>  b-&gt;data = data2;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01087" name="l01087"></a><span class="lineno"> 1087</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01088" name="l01088"></a><span class="lineno"> 1088</span>  <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;BinaryDataArray, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(*a,*b,config);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01089" name="l01089"></a><span class="lineno"> 1089</span>  </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01090" name="l01090"></a><span class="lineno"> 1090</span>  <span class="comment">//diff </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01091" name="l01091"></a><span class="lineno"> 1091</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01092" name="l01092"></a><span class="lineno"> 1092</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01093" name="l01093"></a><span class="lineno"> 1093</span>  <span class="keywordflow">if</span>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>&lt;&lt;<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>&lt;&lt;endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01093" name="l01093"></a><span class="lineno"> 1093</span>  <span class="keywordflow">if</span>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>&lt;&lt;<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>&lt;&lt;endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01094" name="l01094"></a><span class="lineno"> 1094</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01095" name="l01095"></a><span class="lineno"> 1095</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01096" name="l01096"></a><span class="lineno"> 1096</span>  <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;BinaryDataArray, DiffConfig&gt;</a> diff2(*c,*d,config);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01097" name="l01097"></a><span class="lineno"> 1097</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01098" name="l01098"></a><span class="lineno"> 1098</span>  <span class="comment">//diff</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01099" name="l01099"></a><span class="lineno"> 1099</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(diff2);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01100" name="l01100"></a><span class="lineno"> 1100</span>  </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01101" name="l01101"></a><span class="lineno"> 1101</span>  <span class="keywordflow">if</span>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>&lt;&lt;diff2&lt;&lt;endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01101" name="l01101"></a><span class="lineno"> 1101</span>  <span class="keywordflow">if</span>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>&lt;&lt;diff2&lt;&lt;endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01102" name="l01102"></a><span class="lineno"> 1102</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01103" name="l01103"></a><span class="lineno"> 1103</span>  <span class="comment">// BinaryDataArray UserParam is set</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01104" name="l01104"></a><span class="lineno"> 1104</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.userParams.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01105" name="l01105"></a><span class="lineno"> 1105</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.userParams.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01106" name="l01106"></a><span class="lineno"> 1106</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01107" name="l01107"></a><span class="lineno"> 1107</span>  <span class="comment">// and correctly </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01108" name="l01108"></a><span class="lineno"> 1108</span>  <span class="keywordtype">double</span> maxBin_a_b=boost::lexical_cast&lt;double&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.userParam(<span class="stringliteral">&quot;Binary data array difference&quot;</span>).value); </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01109" name="l01109"></a><span class="lineno"> 1109</span>  <span class="keywordtype">double</span> maxBin_b_a=boost::lexical_cast&lt;double&gt;(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.userParam(<span class="stringliteral">&quot;Binary data array difference&quot;</span>).value); </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01110" name="l01110"></a><span class="lineno"> 1110</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01111" name="l01111"></a><span class="lineno"> 1111</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxBin_a_b,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01112" name="l01112"></a><span class="lineno"> 1112</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxBin_b_a,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>); </div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01111" name="l01111"></a><span class="lineno"> 1111</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxBin_a_b,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01112" name="l01112"></a><span class="lineno"> 1112</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxBin_b_a,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>); </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01113" name="l01113"></a><span class="lineno"> 1113</span>  </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01114" name="l01114"></a><span class="lineno"> 1114</span>  <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html">Run</a> run_a, run_b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01115" name="l01115"></a><span class="lineno"> 1115</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01116" name="l01116"></a><span class="lineno"> 1116</span>  shared_ptr&lt;SpectrumListSimple&gt; sls_a(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_list_simple.html">SpectrumListSimple</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01117" name="l01117"></a><span class="lineno"> 1117</span>  shared_ptr&lt;SpectrumListSimple&gt; sls_b(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_list_simple.html">SpectrumListSimple</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01118" name="l01118"></a><span class="lineno"> 1118</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01119" name="l01119"></a><span class="lineno"> 1119</span>  <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa9d6a30f39ca4f490b42ff009feef0b7">SpectrumPtr</a> spa(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum.html">Spectrum</a>);</div>
│ │ │ │ @@ -1222,97 +1222,97 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01174" name="l01174"></a><span class="lineno"> 1174</span>  </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01175" name="l01175"></a><span class="lineno"> 1175</span>  <span class="keywordtype">double</span> maxSpecList_a_b=boost::lexical_cast&lt;double&gt;(diff_run.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html#a085f68b525bb48e5861ffd46e96bdeed">a_b</a>.userParam(<span class="stringliteral">&quot;Spectrum binary data array difference&quot;</span>).value);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01176" name="l01176"></a><span class="lineno"> 1176</span>  <span class="keywordtype">double</span> maxSpecList_b_a=boost::lexical_cast&lt;double&gt;(diff_run.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html#a5f9af3c3e7407b7f8a3924704f4584f9">b_a</a>.userParam(<span class="stringliteral">&quot;Spectrum binary data array difference&quot;</span>).value);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01177" name="l01177"></a><span class="lineno"> 1177</span>  </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01178" name="l01178"></a><span class="lineno"> 1178</span>  <span class="keywordtype">double</span> maxChrList_a_b=boost::lexical_cast&lt;double&gt;(diff_run.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html#a085f68b525bb48e5861ffd46e96bdeed">a_b</a>.userParam(<span class="stringliteral">&quot;Chromatogram binary data array difference&quot;</span>).value);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01179" name="l01179"></a><span class="lineno"> 1179</span>  <span class="keywordtype">double</span> maxChrList_b_a=boost::lexical_cast&lt;double&gt;(diff_run.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html#a5f9af3c3e7407b7f8a3924704f4584f9">b_a</a>.userParam(<span class="stringliteral">&quot;Chromatogram binary data array difference&quot;</span>).value);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01180" name="l01180"></a><span class="lineno"> 1180</span>  </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01181" name="l01181"></a><span class="lineno"> 1181</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxSpecList_a_b,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01182" name="l01182"></a><span class="lineno"> 1182</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxSpecList_b_a,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01183" name="l01183"></a><span class="lineno"> 1183</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxChrList_a_b,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01184" name="l01184"></a><span class="lineno"> 1184</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxChrList_b_a,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01181" name="l01181"></a><span class="lineno"> 1181</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxSpecList_a_b,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01182" name="l01182"></a><span class="lineno"> 1182</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxSpecList_b_a,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01183" name="l01183"></a><span class="lineno"> 1183</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxChrList_a_b,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01184" name="l01184"></a><span class="lineno"> 1184</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxChrList_b_a,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01185" name="l01185"></a><span class="lineno"> 1185</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01186" name="l01186"></a><span class="lineno"> 1186</span>  <span class="comment">// test that Spectrum UserParam is written upon finding a binary data diff, with the correct value</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01187" name="l01187"></a><span class="lineno"> 1187</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01188" name="l01188"></a><span class="lineno"> 1188</span>  <span class="comment">// user params are set  </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01189" name="l01189"></a><span class="lineno"> 1189</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!diff_run.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html#a085f68b525bb48e5861ffd46e96bdeed">a_b</a>.spectrumListPtr-&gt;spectrum(0)-&gt;userParams.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01190" name="l01190"></a><span class="lineno"> 1190</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!diff_run.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html#a5f9af3c3e7407b7f8a3924704f4584f9">b_a</a>.spectrumListPtr-&gt;spectrum(0)-&gt;userParams.empty()); <span class="comment">//user params are set</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01191" name="l01191"></a><span class="lineno"> 1191</span>  </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01192" name="l01192"></a><span class="lineno"> 1192</span>  <span class="comment">// and correctly</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01193" name="l01193"></a><span class="lineno"> 1193</span>  </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01194" name="l01194"></a><span class="lineno"> 1194</span>  <span class="keywordtype">double</span> maxSpec_a_b=boost::lexical_cast&lt;double&gt;(diff_run.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html#a085f68b525bb48e5861ffd46e96bdeed">a_b</a>.spectrumListPtr-&gt;spectrum(0)-&gt;userParam(<span class="stringliteral">&quot;Binary data array difference&quot;</span>).value);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01195" name="l01195"></a><span class="lineno"> 1195</span>  <span class="keywordtype">double</span> maxSpec_b_a=boost::lexical_cast&lt;double&gt;(diff_run.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html#a5f9af3c3e7407b7f8a3924704f4584f9">b_a</a>.spectrumListPtr-&gt;spectrum(0)-&gt;userParam(<span class="stringliteral">&quot;Binary data array difference&quot;</span>).value);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01196" name="l01196"></a><span class="lineno"> 1196</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01197" name="l01197"></a><span class="lineno"> 1197</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxSpec_a_b,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01198" name="l01198"></a><span class="lineno"> 1198</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxSpec_b_a,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>); </div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01197" name="l01197"></a><span class="lineno"> 1197</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxSpec_a_b,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01198" name="l01198"></a><span class="lineno"> 1198</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxSpec_b_a,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>); </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01199" name="l01199"></a><span class="lineno"> 1199</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01200" name="l01200"></a><span class="lineno"> 1200</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01201" name="l01201"></a><span class="lineno"> 1201</span>  <span class="comment">// test that Chromatogram UserParam is written upon finding a binary data diff, with the correct value</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01202" name="l01202"></a><span class="lineno"> 1202</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01203" name="l01203"></a><span class="lineno"> 1203</span>  <span class="comment">// user params are set</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01204" name="l01204"></a><span class="lineno"> 1204</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!diff_run.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html#a085f68b525bb48e5861ffd46e96bdeed">a_b</a>.chromatogramListPtr-&gt;chromatogram(0)-&gt;userParams.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01205" name="l01205"></a><span class="lineno"> 1205</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!diff_run.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html#a5f9af3c3e7407b7f8a3924704f4584f9">b_a</a>.chromatogramListPtr-&gt;chromatogram(0)-&gt;userParams.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01206" name="l01206"></a><span class="lineno"> 1206</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01207" name="l01207"></a><span class="lineno"> 1207</span>  <span class="comment">// and correctly</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01208" name="l01208"></a><span class="lineno"> 1208</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01209" name="l01209"></a><span class="lineno"> 1209</span>  <span class="keywordtype">double</span> maxChr_a_b=boost::lexical_cast&lt;double&gt;(diff_run.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html#a085f68b525bb48e5861ffd46e96bdeed">a_b</a>.chromatogramListPtr-&gt;chromatogram(0)-&gt;userParam(<span class="stringliteral">&quot;Binary data array difference&quot;</span>).value);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01210" name="l01210"></a><span class="lineno"> 1210</span>  <span class="keywordtype">double</span> maxChr_b_a=boost::lexical_cast&lt;double&gt;(diff_run.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html#a5f9af3c3e7407b7f8a3924704f4584f9">b_a</a>.chromatogramListPtr-&gt;chromatogram(0)-&gt;userParam(<span class="stringliteral">&quot;Binary data array difference&quot;</span>).value);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01211" name="l01211"></a><span class="lineno"> 1211</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01212" name="l01212"></a><span class="lineno"> 1212</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxChr_a_b,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01213" name="l01213"></a><span class="lineno"> 1213</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxChr_b_a,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01212" name="l01212"></a><span class="lineno"> 1212</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxChr_a_b,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01213" name="l01213"></a><span class="lineno"> 1213</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxChr_b_a,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01214" name="l01214"></a><span class="lineno"> 1214</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01215" name="l01215"></a><span class="lineno"> 1215</span>  <span class="keywordflow">if</span>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>&lt;&lt;diff_run&lt;&lt;endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01215" name="l01215"></a><span class="lineno"> 1215</span>  <span class="keywordflow">if</span>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>&lt;&lt;diff_run&lt;&lt;endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01216" name="l01216"></a><span class="lineno"> 1216</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01217" name="l01217"></a><span class="lineno"> 1217</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01218" name="l01218"></a><span class="lineno"> 1218</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01219" name="l01219"></a><span class="lineno"> 1219</span>  <span class="comment">// test that maxPrecisionDiff is being returned correctly for a zero diff within diff_impl::diff(SpectrumList, SpectrumList, SpectrumList, SpectrumList, DiffConfig)</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01220" name="l01220"></a><span class="lineno"> 1220</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01221" name="l01221"></a><span class="lineno"> 1221</span>  shared_ptr&lt;SpectrumListSimple&gt; sls_a_a(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_list_simple.html">SpectrumListSimple</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01222" name="l01222"></a><span class="lineno"> 1222</span>  shared_ptr&lt;SpectrumListSimple&gt; sls_A_A(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_list_simple.html">SpectrumListSimple</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01223" name="l01223"></a><span class="lineno"> 1223</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01224" name="l01224"></a><span class="lineno"> 1224</span>  <a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1data_1_1diff__impl.html#a94bc7e764263e33b62d6d471ed0a3e4d">pwiz::data::diff_impl::diff</a>(*sls_a, *sls_a,*sls_a_a,*sls_A_A,config);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01225" name="l01225"></a><span class="lineno"> 1225</span>  <span class="keywordtype">double</span> maxPrecisionNonDiffSpec = <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a6ef4897e4a6e9d96970b6ca30300722c">getMaxPrecisionDiff</a>(*sls_a_a);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01226" name="l01226"></a><span class="lineno"> 1226</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxPrecisionNonDiffSpec,0,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01225" name="l01225"></a><span class="lineno"> 1225</span>  <span class="keywordtype">double</span> maxPrecisionNonDiffSpec = <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a6ef4897e4a6e9d96970b6ca30300722c">getMaxPrecisionDiff</a>(*sls_a_a);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01226" name="l01226"></a><span class="lineno"> 1226</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxPrecisionNonDiffSpec,0,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01227" name="l01227"></a><span class="lineno"> 1227</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01228" name="l01228"></a><span class="lineno"> 1228</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01229" name="l01229"></a><span class="lineno"> 1229</span>  <span class="comment">// test that maxPrecisionDiff is being returned correctly for a non-zero diff within diff_impl::diff(SpectrumList, SpectrumList, SpectrumList, SpectrumList, DiffConfig)</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01230" name="l01230"></a><span class="lineno"> 1230</span>  </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01231" name="l01231"></a><span class="lineno"> 1231</span>  shared_ptr&lt;SpectrumListSimple&gt; sls_a_b(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_list_simple.html">SpectrumListSimple</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01232" name="l01232"></a><span class="lineno"> 1232</span>  shared_ptr&lt;SpectrumListSimple&gt; sls_b_a(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_spectrum_list_simple.html">SpectrumListSimple</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01233" name="l01233"></a><span class="lineno"> 1233</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01234" name="l01234"></a><span class="lineno"> 1234</span>  <a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1data_1_1diff__impl.html#a94bc7e764263e33b62d6d471ed0a3e4d">pwiz::data::diff_impl::diff</a>(*sls_a, *sls_b,*sls_a_b,*sls_b_a,config);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01235" name="l01235"></a><span class="lineno"> 1235</span>  <span class="keywordtype">double</span> maxPrecisionDiffSpec = <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a6ef4897e4a6e9d96970b6ca30300722c">getMaxPrecisionDiff</a>(*sls_a_b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01236" name="l01236"></a><span class="lineno"> 1236</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxPrecisionDiffSpec,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01235" name="l01235"></a><span class="lineno"> 1235</span>  <span class="keywordtype">double</span> maxPrecisionDiffSpec = <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a6ef4897e4a6e9d96970b6ca30300722c">getMaxPrecisionDiff</a>(*sls_a_b);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01236" name="l01236"></a><span class="lineno"> 1236</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxPrecisionDiffSpec,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01237" name="l01237"></a><span class="lineno"> 1237</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01238" name="l01238"></a><span class="lineno"> 1238</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01239" name="l01239"></a><span class="lineno"> 1239</span>  <span class="comment">// test that maxPrecisionDiff is being returned correctly for a zero diff within diff_impl::diff(ChromatogramList, ChromatogramList, ChromatogramList, ChromatogramList, DiffConfig)</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01240" name="l01240"></a><span class="lineno"> 1240</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01241" name="l01241"></a><span class="lineno"> 1241</span>  shared_ptr&lt;ChromatogramListSimple&gt; cls_a_a(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram_list_simple.html">ChromatogramListSimple</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01242" name="l01242"></a><span class="lineno"> 1242</span>  shared_ptr&lt;ChromatogramListSimple&gt; cls_A_A(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram_list_simple.html">ChromatogramListSimple</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01243" name="l01243"></a><span class="lineno"> 1243</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01244" name="l01244"></a><span class="lineno"> 1244</span>  <a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1data_1_1diff__impl.html#a94bc7e764263e33b62d6d471ed0a3e4d">pwiz::data::diff_impl::diff</a>(*cls_a, *cls_a,*cls_a_a,*cls_A_A,config);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01245" name="l01245"></a><span class="lineno"> 1245</span>  <span class="keywordtype">double</span> maxPrecisionNonDiffChr = <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a6ef4897e4a6e9d96970b6ca30300722c">getMaxPrecisionDiff</a>(*cls_a_a);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01246" name="l01246"></a><span class="lineno"> 1246</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxPrecisionNonDiffChr,0,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01245" name="l01245"></a><span class="lineno"> 1245</span>  <span class="keywordtype">double</span> maxPrecisionNonDiffChr = <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a6ef4897e4a6e9d96970b6ca30300722c">getMaxPrecisionDiff</a>(*cls_a_a);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01246" name="l01246"></a><span class="lineno"> 1246</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxPrecisionNonDiffChr,0,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01247" name="l01247"></a><span class="lineno"> 1247</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01248" name="l01248"></a><span class="lineno"> 1248</span>  <span class="comment">// test that maxPrecisionDiff is being returned correctly for a non-zero diff within diff_impl::diff(ChromatogramList, ChromatogramList, ChromatogramList, ChromatogramList, DiffConfig)</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01249" name="l01249"></a><span class="lineno"> 1249</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01250" name="l01250"></a><span class="lineno"> 1250</span>  shared_ptr&lt;ChromatogramListSimple&gt; cls_a_b(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram_list_simple.html">ChromatogramListSimple</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01251" name="l01251"></a><span class="lineno"> 1251</span>  shared_ptr&lt;ChromatogramListSimple&gt; cls_b_a(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram_list_simple.html">ChromatogramListSimple</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01252" name="l01252"></a><span class="lineno"> 1252</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01253" name="l01253"></a><span class="lineno"> 1253</span>  <a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1data_1_1diff__impl.html#a94bc7e764263e33b62d6d471ed0a3e4d">pwiz::data::diff_impl::diff</a>(*cls_a,*cls_b,*cls_a_b,*cls_b_a,config);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01254" name="l01254"></a><span class="lineno"> 1254</span>  <span class="keywordtype">double</span> maxPrecisionDiffChr = <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a6ef4897e4a6e9d96970b6ca30300722c">getMaxPrecisionDiff</a>(*cls_a_b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01255" name="l01255"></a><span class="lineno"> 1255</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxPrecisionDiffChr,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01254" name="l01254"></a><span class="lineno"> 1254</span>  <span class="keywordtype">double</span> maxPrecisionDiffChr = <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a6ef4897e4a6e9d96970b6ca30300722c">getMaxPrecisionDiff</a>(*cls_a_b);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01255" name="l01255"></a><span class="lineno"> 1255</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>(maxPrecisionDiffChr,.001,<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01256" name="l01256"></a><span class="lineno"> 1256</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01257" name="l01257"></a><span class="lineno"> 1257</span>  </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01258" name="l01258"></a><span class="lineno"> 1258</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01259" name="l01259"></a><span class="lineno"> 1259</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01260" name="l01260"></a><span class="lineno"> 1260</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01261" name="l01261"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a82de181333f8c177916cb81b48c7f3f2"> 1261</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a82de181333f8c177916cb81b48c7f3f2">testMSDiffUpdate</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01261" name="l01261"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a82de181333f8c177916cb81b48c7f3f2"> 1261</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a82de181333f8c177916cb81b48c7f3f2">testMSDiffUpdate</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01262" name="l01262"></a><span class="lineno"> 1262</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01263" name="l01263"></a><span class="lineno"> 1263</span>  <span class="keywordflow">if</span>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>&lt;&lt;<span class="stringliteral">&quot;testMSDiffUpdate()&quot;</span>&lt;&lt;endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01263" name="l01263"></a><span class="lineno"> 1263</span>  <span class="keywordflow">if</span>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>&lt;&lt;<span class="stringliteral">&quot;testMSDiffUpdate()&quot;</span>&lt;&lt;endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01264" name="l01264"></a><span class="lineno"> 1264</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01265" name="l01265"></a><span class="lineno"> 1265</span>  <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html">MSData</a> tiny1;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01266" name="l01266"></a><span class="lineno"> 1266</span>  <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html">MSData</a> tiny2;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01267" name="l01267"></a><span class="lineno"> 1267</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01268" name="l01268"></a><span class="lineno"> 1268</span>  <a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1identdata_1_1examples.html#abc4d348117dd8a20dda0f7747dbd109f">examples::initializeTiny</a>(tiny1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01269" name="l01269"></a><span class="lineno"> 1269</span>  <a class="code hl_function" href="namespacepwiz_1_1identdata_1_1examples.html#abc4d348117dd8a20dda0f7747dbd109f">examples::initializeTiny</a>(tiny2);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01270" name="l01270"></a><span class="lineno"> 1270</span> </div>
│ │ │ │ @@ -1339,64 +1339,64 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01291" name="l01291"></a><span class="lineno"> 1291</span>  tiny1_c0-&gt;id=<span class="stringliteral">&quot;zumas&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01292" name="l01292"></a><span class="lineno"> 1292</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01293" name="l01293"></a><span class="lineno"> 1293</span>  <span class="comment">//test metadata, spectral, chromatogram differences</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01294" name="l01294"></a><span class="lineno"> 1294</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01295" name="l01295"></a><span class="lineno"> 1295</span>  <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;MSData, DiffConfig&gt;</a> diff_changed(tiny1,tiny2);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01296" name="l01296"></a><span class="lineno"> 1296</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(diff_changed);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01297" name="l01297"></a><span class="lineno"> 1297</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01298" name="l01298"></a><span class="lineno"> 1298</span>  <span class="keywordflow">if</span>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>&lt;&lt;diff_changed&lt;&lt;endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01298" name="l01298"></a><span class="lineno"> 1298</span>  <span class="keywordflow">if</span>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>&lt;&lt;diff_changed&lt;&lt;endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01299" name="l01299"></a><span class="lineno"> 1299</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01300" name="l01300"></a><span class="lineno"> 1300</span>  tiny1.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_m_s_data.html#a1a3b85a0768ee420c2c33744e1d9911f">run</a>.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1msdata_1_1_run.html#ade54ebfdc01d5d786497f78458504f94">spectrumListPtr</a>.reset();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01301" name="l01301"></a><span class="lineno"> 1301</span>  </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01302" name="l01302"></a><span class="lineno"> 1302</span>  <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;MSData, DiffConfig&gt;</a> diff_changed_changed(tiny1,tiny2);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01303" name="l01303"></a><span class="lineno"> 1303</span>  <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(diff_changed_changed);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01304" name="l01304"></a><span class="lineno"> 1304</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01305" name="l01305"></a><span class="lineno"> 1305</span>  <span class="keywordflow">if</span>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>&lt;&lt;diff_changed_changed&lt;&lt;endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01305" name="l01305"></a><span class="lineno"> 1305</span>  <span class="keywordflow">if</span>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>&lt;&lt;diff_changed_changed&lt;&lt;endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01306" name="l01306"></a><span class="lineno"> 1306</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01307" name="l01307"></a><span class="lineno"> 1307</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01308" name="l01308"></a><span class="lineno"> 1308</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01309" name="l01309"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002"> 1309</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01309" name="l01309"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002"> 1309</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01310" name="l01310"></a><span class="lineno"> 1310</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01311" name="l01311"></a><span class="lineno"> 1311</span>    <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a965da1fd1a337ab2bfd8dac4a538ae40">testFileContent</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01312" name="l01312"></a><span class="lineno"> 1312</span>    <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3">testSourceFile</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01313" name="l01313"></a><span class="lineno"> 1313</span>    <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a897e59dfb7b212af08f72e33ccce434d">testFileDescription</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01314" name="l01314"></a><span class="lineno"> 1314</span>    <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a286231885b4fd779bb9737e6e680942b">testSample</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01315" name="l01315"></a><span class="lineno"> 1315</span>    <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a71baf45c88cc05efe16c3e53ebce236c">testComponent</a>();</div>
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│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01333" name="l01333"></a><span class="lineno"> 1333</span>    <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#af99a41d330719ceb0646b801fdcf82d3">testMSData</a>();</div>
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│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01337" name="l01337"></a><span class="lineno"> 1337</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01338" name="l01338"></a><span class="lineno"> 1338</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01339" name="l01339"></a><span class="lineno"> 1339</span> </div>
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│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01340" name="l01340"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97"> 1340</a></span><span class="keywordtype">int</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">main</a>(<span class="keywordtype">int</span> argc, <span class="keywordtype">char</span>* argv[])</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01341" name="l01341"></a><span class="lineno"> 1341</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01342" name="l01342"></a><span class="lineno"> 1342</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a692991fff57cd9eb6ebdbc976e277ae7">TEST_PROLOG_EX</a>(argc, argv, <span class="stringliteral">&quot;_MSData&quot;</span>)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01343" name="l01343"></a><span class="lineno"> 1343</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01344" name="l01344"></a><span class="lineno"> 1344</span>    <span class="keyword">try</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01345" name="l01345"></a><span class="lineno"> 1345</span>    {</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01346" name="l01346"></a><span class="lineno"> 1346</span>        <span class="keywordflow">if</span> (argc&gt;1 &amp;&amp; !strcmp(argv[1],<span class="stringliteral">&quot;-v&quot;</span>)) <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> = &amp;cout;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l01347" name="l01347"></a><span class="lineno"> 1347</span>        <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a>();</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01346" name="l01346"></a><span class="lineno"> 1346</span>        <span class="keywordflow">if</span> (argc&gt;1 &amp;&amp; !strcmp(argv[1],<span class="stringliteral">&quot;-v&quot;</span>)) <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> = &amp;cout;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l01347" name="l01347"></a><span class="lineno"> 1347</span>        <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a>();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01348" name="l01348"></a><span class="lineno"> 1348</span>    }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01349" name="l01349"></a><span class="lineno"> 1349</span>    <span class="keywordflow">catch</span> (exception&amp; e)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01350" name="l01350"></a><span class="lineno"> 1350</span>    {</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01351" name="l01351"></a><span class="lineno"> 1351</span>        <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd">TEST_FAILED</a>(e.what())</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01352" name="l01352"></a><span class="lineno"> 1352</span>    }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01353" name="l01353"></a><span class="lineno"> 1353</span>    <span class="keywordflow">catch</span> (...)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l01354" name="l01354"></a><span class="lineno"> 1354</span>    {</div>
│ │ │ │ @@ -1422,46 +1422,46 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_abc3b78f72a1d9b54ed0ea447b9f7e56f"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#abc3b78f72a1d9b54ed0ea447b9f7e56f">MS_scan_start_time</a></div><div class="ttdeci">MS_scan_start_time</div><div class="ttdoc">scan start time: The time that an analyzer started a scan, relative to the start of the MS run.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l00309">cv.hpp:309</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_abeff5f1ae63165c2f7c3121834b447fb"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#abeff5f1ae63165c2f7c3121834b447fb">MS_LCQ_Deca</a></div><div class="ttdeci">MS_LCQ_Deca</div><div class="ttdoc">LCQ Deca: ThermoFinnigan LCQ Deca.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l02271">cv.hpp:2271</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_adbe2a4aff95b2c02e64bb3581222fe6b"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#adbe2a4aff95b2c02e64bb3581222fe6b">MS_electron_multiplier</a></div><div class="ttdeci">MS_electron_multiplier</div><div class="ttdoc">electron multiplier: A device to amplify the current of a beam or packet of charged particles or phot...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l01212">cv.hpp:1212</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_adfa5f6102a293562e0bff0f399ee1676"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#adfa5f6102a293562e0bff0f399ee1676">MS_ionization_type</a></div><div class="ttdeci">MS_ionization_type</div><div class="ttdoc">ionization type: The method by which gas phase ions are generated from the sample.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l00285">cv.hpp:285</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_ae15f97f35716783c9a9e1eb7cec56373"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#ae15f97f35716783c9a9e1eb7cec56373">MS_contact_name</a></div><div class="ttdeci">MS_contact_name</div><div class="ttdoc">contact name: Name of the contact person or organization.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l02409">cv.hpp:2409</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_af7943b3cee826ee5ceeaf35a3b83e278"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#af7943b3cee826ee5ceeaf35a3b83e278">MS_reflectron_off</a></div><div class="ttdeci">MS_reflectron_off</div><div class="ttdoc">reflectron off: Reflectron is off.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l00633">cv.hpp:633</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_afbee415fb37187d53b6972257dac5a46"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#afbee415fb37187d53b6972257dac5a46">MS_peak_intensity</a></div><div class="ttdeci">MS_peak_intensity</div><div class="ttdoc">peak intensity: Intensity of ions as measured by the height or area of a peak in a mass spectrum.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l00402">cv.hpp:402</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">main</a></div><div class="ttdeci">int main(int argc, char *argv[])</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01371">DiffTest.cpp:1371</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_a286231885b4fd779bb9737e6e680942b"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a286231885b4fd779bb9737e6e680942b">testSample</a></div><div class="ttdeci">void testSample()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01151">DiffTest.cpp:1151</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3">testSourceFile</a></div><div class="ttdeci">void testSourceFile()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00601">DiffTest.cpp:601</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a></div><div class="ttdeci">ostream * os_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">DiffTest.cpp:40</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a></div><div class="ttdeci">void test()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">DiffTest.cpp:1319</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_a0d184b132765a1682b7cde7dd6b69251"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a0d184b132765a1682b7cde7dd6b69251">testMaxPrecisionDiff</a></div><div class="ttdeci">void testMaxPrecisionDiff()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01042">DiffTest.cpp:1042</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_a35ca5f579f1daf90213e19b4da7ac079"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a35ca5f579f1daf90213e19b4da7ac079">testScanSettings</a></div><div class="ttdeci">void testScanSettings()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00349">DiffTest.cpp:349</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_a4999623827ea7b13aaf5ab0d0878a6b2"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a4999623827ea7b13aaf5ab0d0878a6b2">testProcessingMethod</a></div><div class="ttdeci">void testProcessingMethod()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00281">DiffTest.cpp:281</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_a52ec78cb2cb2e5d24313827dd9f7a2ff"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a52ec78cb2cb2e5d24313827dd9f7a2ff">testPrecursor</a></div><div class="ttdeci">void testPrecursor()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00375">DiffTest.cpp:375</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_a54532e0c2029b4825cce293302d52354"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a54532e0c2029b4825cce293302d52354">testChromatogramList</a></div><div class="ttdeci">void testChromatogramList()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00725">DiffTest.cpp:725</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_a5ad6c4f924813fb1fb33074c2a94d17b"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a5ad6c4f924813fb1fb33074c2a94d17b">testProduct</a></div><div class="ttdeci">void testProduct()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00407">DiffTest.cpp:407</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_a5d4f62c58b6db5fa52bd9666b1613264"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a5d4f62c58b6db5fa52bd9666b1613264">testBinaryDataOnly</a></div><div class="ttdeci">void testBinaryDataOnly()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00951">DiffTest.cpp:951</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_a62f144c30bc930b9da0b54e4b630d016"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a62f144c30bc930b9da0b54e4b630d016">testSource</a></div><div class="ttdeci">void testSource()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00175">DiffTest.cpp:175</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_a65ed223c6c0c23c27e8083eeb22036c4"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a65ed223c6c0c23c27e8083eeb22036c4">testRun</a></div><div class="ttdeci">void testRun()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00828">DiffTest.cpp:828</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_a671384f46c0640710e586038587f8a2c"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a671384f46c0640710e586038587f8a2c">testSpectrumList</a></div><div class="ttdeci">void testSpectrumList()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00637">DiffTest.cpp:637</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_a6ef4897e4a6e9d96970b6ca30300722c"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a6ef4897e4a6e9d96970b6ca30300722c">getMaxPrecisionDiff</a></div><div class="ttdeci">double getMaxPrecisionDiff(const list_type &amp;list)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01032">DiffTest.cpp:1032</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_a71baf45c88cc05efe16c3e53ebce236c"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a71baf45c88cc05efe16c3e53ebce236c">testComponent</a></div><div class="ttdeci">void testComponent()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00156">DiffTest.cpp:156</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_a82513bbf1fbb217c96f62afcd518e06e"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a82513bbf1fbb217c96f62afcd518e06e">testScan</a></div><div class="ttdeci">void testScan()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00430">DiffTest.cpp:430</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_a82de181333f8c177916cb81b48c7f3f2"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a82de181333f8c177916cb81b48c7f3f2">testMSDiffUpdate</a></div><div class="ttdeci">void testMSDiffUpdate()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01261">DiffTest.cpp:1261</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_a897e59dfb7b212af08f72e33ccce434d"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a897e59dfb7b212af08f72e33ccce434d">testFileDescription</a></div><div class="ttdeci">void testFileDescription()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00084">DiffTest.cpp:84</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_a954c31818eeef019731db39968bf80ad"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a954c31818eeef019731db39968bf80ad">testInstrumentConfiguration</a></div><div class="ttdeci">void testInstrumentConfiguration()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00249">DiffTest.cpp:249</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_a965da1fd1a337ab2bfd8dac4a538ae40"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a965da1fd1a337ab2bfd8dac4a538ae40">testFileContent</a></div><div class="ttdeci">void testFileContent()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_a9df8d6239f963749300327e3687cdf86"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#a9df8d6239f963749300327e3687cdf86">userParamName_MaxBinaryDataArrayDifference_</a></div><div class="ttdeci">static const char * userParamName_MaxBinaryDataArrayDifference_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l01028">DiffTest.cpp:1028</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_aa7ddc61dd4295a5eb99362145ae924e7"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#aa7ddc61dd4295a5eb99362145ae924e7">testComponentList</a></div><div class="ttdeci">void testComponentList()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00194">DiffTest.cpp:194</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_aafcd093c0d78a5aca4984053f3631bf8"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#aafcd093c0d78a5aca4984053f3631bf8">testSpectrum</a></div><div class="ttdeci">void testSpectrum()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00521">DiffTest.cpp:521</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_ac1e55316a96e4cc45abb2edeb608b509"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#ac1e55316a96e4cc45abb2edeb608b509">testChromatogram</a></div><div class="ttdeci">void testChromatogram()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00600">DiffTest.cpp:600</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_ae1bc10396b7ec479fb119de5daeb4569"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#ae1bc10396b7ec479fb119de5daeb4569">testDataProcessing</a></div><div class="ttdeci">void testDataProcessing()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00311">DiffTest.cpp:311</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_ae8b169a3c25a69542922b6450d97f98a"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#ae8b169a3c25a69542922b6450d97f98a">testScanList</a></div><div class="ttdeci">void testScanList()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00456">DiffTest.cpp:456</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_aed819a671dd91394244e51992c647151"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#aed819a671dd91394244e51992c647151">testBinaryDataArray</a></div><div class="ttdeci">void testBinaryDataArray()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00487">DiffTest.cpp:487</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">testSoftware</a></div><div class="ttdeci">void testSoftware()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00227">DiffTest.cpp:227</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_af99a41d330719ceb0646b801fdcf82d3"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#af99a41d330719ceb0646b801fdcf82d3">testMSData</a></div><div class="ttdeci">void testMSData()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00888">DiffTest.cpp:888</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">main</a></div><div class="ttdeci">int main(int argc, char *argv[])</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01371">DiffTest.cpp:1371</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_a286231885b4fd779bb9737e6e680942b"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a286231885b4fd779bb9737e6e680942b">testSample</a></div><div class="ttdeci">void testSample()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01151">DiffTest.cpp:1151</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a364e6a78088d779f7a2e45622a5b49c3">testSourceFile</a></div><div class="ttdeci">void testSourceFile()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00601">DiffTest.cpp:601</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a></div><div class="ttdeci">ostream * os_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">DiffTest.cpp:40</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a></div><div class="ttdeci">void test()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">DiffTest.cpp:1319</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_a0d184b132765a1682b7cde7dd6b69251"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a0d184b132765a1682b7cde7dd6b69251">testMaxPrecisionDiff</a></div><div class="ttdeci">void testMaxPrecisionDiff()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01042">DiffTest.cpp:1042</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_a35ca5f579f1daf90213e19b4da7ac079"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a35ca5f579f1daf90213e19b4da7ac079">testScanSettings</a></div><div class="ttdeci">void testScanSettings()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00349">DiffTest.cpp:349</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_a4999623827ea7b13aaf5ab0d0878a6b2"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a4999623827ea7b13aaf5ab0d0878a6b2">testProcessingMethod</a></div><div class="ttdeci">void testProcessingMethod()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00281">DiffTest.cpp:281</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_a52ec78cb2cb2e5d24313827dd9f7a2ff"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a52ec78cb2cb2e5d24313827dd9f7a2ff">testPrecursor</a></div><div class="ttdeci">void testPrecursor()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00375">DiffTest.cpp:375</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_a54532e0c2029b4825cce293302d52354"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a54532e0c2029b4825cce293302d52354">testChromatogramList</a></div><div class="ttdeci">void testChromatogramList()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00725">DiffTest.cpp:725</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_a5ad6c4f924813fb1fb33074c2a94d17b"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a5ad6c4f924813fb1fb33074c2a94d17b">testProduct</a></div><div class="ttdeci">void testProduct()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00407">DiffTest.cpp:407</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_a5d4f62c58b6db5fa52bd9666b1613264"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a5d4f62c58b6db5fa52bd9666b1613264">testBinaryDataOnly</a></div><div class="ttdeci">void testBinaryDataOnly()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00951">DiffTest.cpp:951</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_a62f144c30bc930b9da0b54e4b630d016"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a62f144c30bc930b9da0b54e4b630d016">testSource</a></div><div class="ttdeci">void testSource()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00175">DiffTest.cpp:175</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_a65ed223c6c0c23c27e8083eeb22036c4"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a65ed223c6c0c23c27e8083eeb22036c4">testRun</a></div><div class="ttdeci">void testRun()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00828">DiffTest.cpp:828</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_a671384f46c0640710e586038587f8a2c"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a671384f46c0640710e586038587f8a2c">testSpectrumList</a></div><div class="ttdeci">void testSpectrumList()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00637">DiffTest.cpp:637</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_a6ef4897e4a6e9d96970b6ca30300722c"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a6ef4897e4a6e9d96970b6ca30300722c">getMaxPrecisionDiff</a></div><div class="ttdeci">double getMaxPrecisionDiff(const list_type &amp;list)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01032">DiffTest.cpp:1032</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_a71baf45c88cc05efe16c3e53ebce236c"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a71baf45c88cc05efe16c3e53ebce236c">testComponent</a></div><div class="ttdeci">void testComponent()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00156">DiffTest.cpp:156</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_a82513bbf1fbb217c96f62afcd518e06e"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a82513bbf1fbb217c96f62afcd518e06e">testScan</a></div><div class="ttdeci">void testScan()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00430">DiffTest.cpp:430</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_a82de181333f8c177916cb81b48c7f3f2"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a82de181333f8c177916cb81b48c7f3f2">testMSDiffUpdate</a></div><div class="ttdeci">void testMSDiffUpdate()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01261">DiffTest.cpp:1261</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_a897e59dfb7b212af08f72e33ccce434d"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a897e59dfb7b212af08f72e33ccce434d">testFileDescription</a></div><div class="ttdeci">void testFileDescription()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00084">DiffTest.cpp:84</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_a954c31818eeef019731db39968bf80ad"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a954c31818eeef019731db39968bf80ad">testInstrumentConfiguration</a></div><div class="ttdeci">void testInstrumentConfiguration()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00249">DiffTest.cpp:249</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_a965da1fd1a337ab2bfd8dac4a538ae40"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a965da1fd1a337ab2bfd8dac4a538ae40">testFileContent</a></div><div class="ttdeci">void testFileContent()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_a9df8d6239f963749300327e3687cdf86"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#a9df8d6239f963749300327e3687cdf86">userParamName_MaxBinaryDataArrayDifference_</a></div><div class="ttdeci">static const char * userParamName_MaxBinaryDataArrayDifference_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01028">DiffTest.cpp:1028</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_aa7ddc61dd4295a5eb99362145ae924e7"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#aa7ddc61dd4295a5eb99362145ae924e7">testComponentList</a></div><div class="ttdeci">void testComponentList()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00194">DiffTest.cpp:194</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_aafcd093c0d78a5aca4984053f3631bf8"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#aafcd093c0d78a5aca4984053f3631bf8">testSpectrum</a></div><div class="ttdeci">void testSpectrum()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00521">DiffTest.cpp:521</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_ac1e55316a96e4cc45abb2edeb608b509"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#ac1e55316a96e4cc45abb2edeb608b509">testChromatogram</a></div><div class="ttdeci">void testChromatogram()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00600">DiffTest.cpp:600</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_ae1bc10396b7ec479fb119de5daeb4569"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#ae1bc10396b7ec479fb119de5daeb4569">testDataProcessing</a></div><div class="ttdeci">void testDataProcessing()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00311">DiffTest.cpp:311</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_ae8b169a3c25a69542922b6450d97f98a"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#ae8b169a3c25a69542922b6450d97f98a">testScanList</a></div><div class="ttdeci">void testScanList()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00456">DiffTest.cpp:456</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_aed819a671dd91394244e51992c647151"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#aed819a671dd91394244e51992c647151">testBinaryDataArray</a></div><div class="ttdeci">void testBinaryDataArray()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00487">DiffTest.cpp:487</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">testSoftware</a></div><div class="ttdeci">void testSoftware()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00227">DiffTest.cpp:227</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_af99a41d330719ceb0646b801fdcf82d3"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#af99a41d330719ceb0646b801fdcf82d3">testMSData</a></div><div class="ttdeci">void testMSData()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00888">DiffTest.cpp:888</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1cv_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1cv.html">pwiz::cv</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l00108">cv.hpp:108</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1data_1_1diff__impl_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1data_1_1diff__impl.html">pwiz::data::diff_impl</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00050">diff_std.hpp:50</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1data_1_1diff__impl_html_a94bc7e764263e33b62d6d471ed0a3e4d"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1data_1_1diff__impl.html#a94bc7e764263e33b62d6d471ed0a3e4d">pwiz::data::diff_impl::diff</a></div><div class="ttdeci">PWIZ_API_DECL void diff(const std::string &amp;a, const std::string &amp;b, std::string &amp;a_b, std::string &amp;b_a, const BaseDiffConfig &amp;config)</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1data_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1data.html">pwiz::data</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_binary_index_stream_8hpp_source.html#l00031">BinaryIndexStream.hpp:31</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1data_html_a2be32b2cc10c75c77d7dbe27dcc738ff"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1data.html#a2be32b2cc10c75c77d7dbe27dcc738ff">pwiz::data::ParamGroupPtr</a></div><div class="ttdeci">boost::shared_ptr&lt; ParamGroup &gt; ParamGroupPtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_param_types_8hpp_source.html#l00240">ParamTypes.hpp:240</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1identdata_1_1examples_html_abc4d348117dd8a20dda0f7747dbd109f"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1identdata_1_1examples.html#abc4d348117dd8a20dda0f7747dbd109f">pwiz::identdata::examples::initializeTiny</a></div><div class="ttdeci">PWIZ_API_DECL void initializeTiny(IdentData &amp;mzid)</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html">pwiz::msdata</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_demux_types_8hpp_source.html#l00027">DemuxTypes.hpp:27</a></div></div>
│ │ │ │ @@ -1476,29 +1476,29 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html_aa0303b5e9ba2c6c62aad646fb63670ae"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa0303b5e9ba2c6c62aad646fb63670ae">pwiz::msdata::BinaryDataArrayPtr</a></div><div class="ttdeci">boost::shared_ptr&lt; BinaryDataArray &gt; BinaryDataArrayPtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00417">MSData.hpp:417</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html_aa9d6a30f39ca4f490b42ff009feef0b7"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aa9d6a30f39ca4f490b42ff009feef0b7">pwiz::msdata::SpectrumPtr</a></div><div class="ttdeci">boost::shared_ptr&lt; Spectrum &gt; SpectrumPtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00573">MSData.hpp:573</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html_aaccfe7bc7139ec3f4013e8aedbb21c8c"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html#aaccfe7bc7139ec3f4013e8aedbb21c8c">pwiz::msdata::InstrumentConfigurationPtr</a></div><div class="ttdeci">boost::shared_ptr&lt; InstrumentConfiguration &gt; InstrumentConfigurationPtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00250">MSData.hpp:250</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html_ab152ecfe549baeb14cdef299963acab9"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html#ab152ecfe549baeb14cdef299963acab9">pwiz::msdata::SpectrumListSimplePtr</a></div><div class="ttdeci">boost::shared_ptr&lt; SpectrumListSimple &gt; SpectrumListSimplePtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00731">MSData.hpp:731</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html_ab3424b39d92547d6ce1c910aafd00fc5"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html#ab3424b39d92547d6ce1c910aafd00fc5">pwiz::msdata::ChromatogramListSimplePtr</a></div><div class="ttdeci">boost::shared_ptr&lt; ChromatogramListSimple &gt; ChromatogramListSimplePtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00805">MSData.hpp:805</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html_ae17416cf76b238b5675ad9f4d241d604"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html#ae17416cf76b238b5675ad9f4d241d604">pwiz::msdata::SourceFilePtr</a></div><div class="ttdeci">boost::shared_ptr&lt; SourceFile &gt; SourceFilePtr</div><div class="ttdoc">Description of the source file, including location and type.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00076">MSData.hpp:76</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1util_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="almost__equal_8hpp_source.html#l00033">almost_equal.hpp:33</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astruct_m_s_data_with_settable_version_html"><div class="ttname"><a href="struct_m_s_data_with_settable_version.html">MSDataWithSettableVersion</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00886">DiffTest.cpp:886</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astruct_m_s_data_with_settable_version_html_a14eae4cd196a635dc136cafed6f89c64"><div class="ttname"><a href="struct_m_s_data_with_settable_version.html#a14eae4cd196a635dc136cafed6f89c64">MSDataWithSettableVersion::version</a></div><div class="ttdeci">void version(const string &amp;v)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00886">DiffTest.cpp:886</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astruct_m_s_data_with_settable_version_html"><div class="ttname"><a href="struct_m_s_data_with_settable_version.html">MSDataWithSettableVersion</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00886">DiffTest.cpp:886</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astruct_m_s_data_with_settable_version_html_a14eae4cd196a635dc136cafed6f89c64"><div class="ttname"><a href="struct_m_s_data_with_settable_version.html#a14eae4cd196a635dc136cafed6f89c64">MSDataWithSettableVersion::version</a></div><div class="ttdeci">void version(const string &amp;v)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00886">DiffTest.cpp:886</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1cv_1_1_c_v_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1cv_1_1_c_v.html">pwiz::cv::CV</a></div><div class="ttdoc">Information about an ontology or CV source and a short 'lookup' tag to refer to.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l14915">cv.hpp:14916</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config_html_a43e0b825a6703a1f5e827db20e8582cd"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html#a43e0b825a6703a1f5e827db20e8582cd">pwiz::data::BaseDiffConfig::precision</a></div><div class="ttdeci">double precision</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00044">diff_std.hpp:44</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_c_v_param_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_c_v_param.html">pwiz::data::CVParam</a></div><div class="ttdoc">represents a tag-value pair, where the tag comes from the controlled vocabulary</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_param_types_8hpp_source.html#l00044">ParamTypes.hpp:45</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_diff_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">pwiz::data::Diff</a></div><div class="ttdoc">Calculate diffs of objects in a ProteoWizard data model hierarchy.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00142">diff_std.hpp:143</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_diff_html_a085f68b525bb48e5861ffd46e96bdeed"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html#a085f68b525bb48e5861ffd46e96bdeed">pwiz::data::Diff::a_b</a></div><div class="ttdeci">object_result_type a_b</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00156">diff_std.hpp:156</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_diff_html_a5f9af3c3e7407b7f8a3924704f4584f9"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html#a5f9af3c3e7407b7f8a3924704f4584f9">pwiz::data::Diff::b_a</a></div><div class="ttdeci">object_result_type b_a</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00157">diff_std.hpp:157</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_param_container_html_a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set</a></div><div class="ttdeci">void set(CVID cvid, const std::string &amp;value=&quot;&quot;, CVID units=CVID_Unknown)</div><div class="ttdoc">set/add a CVParam (not recursive)</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_param_container_html_a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">pwiz::data::ParamContainer::cvParams</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; CVParam &gt; cvParams</div><div class="ttdoc">a collection of controlled vocabulary terms</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_param_types_8hpp_source.html#l00250">ParamTypes.hpp:250</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_param_container_html_ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">pwiz::data::ParamContainer::userParams</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; UserParam &gt; userParams</div><div class="ttdoc">a collection of uncontrolled user terms</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_param_types_8hpp_source.html#l00253">ParamTypes.hpp:253</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_param_group_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_param_group.html">pwiz::data::ParamGroup</a></div><div class="ttdoc">A collection of CVParam and UserParam elements that can be referenced from elsewhere in this mzML doc...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_param_types_8hpp_source.html#l00346">ParamTypes.hpp:347</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_user_param_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">pwiz::data::UserParam</a></div><div class="ttdoc">Uncontrolled user parameters (essentially allowing free text). Before using these,...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_param_types_8hpp_source.html#l00185">ParamTypes.hpp:186</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_contact_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_contact.html">pwiz::identdata::Contact</a></div><div class="ttdoc">Implementation of ContactType from mzIdentML.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00117">IdentData.hpp:118</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config.html">pwiz::identdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2diff_8hpp_source.html#l00395">Diff.hpp:396</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config.html">pwiz::identdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_8hpp_source.html#l00395">Diff.hpp:396</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_sample_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_sample.html">pwiz::identdata::Sample</a></div><div class="ttdoc">Implementation of the SampleType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00195">IdentData.hpp:196</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_source_file_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_source_file.html">pwiz::identdata::SourceFile</a></div><div class="ttdoc">Implementation of SourceFileType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00923">IdentData.hpp:924</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_source_file_html_af0608644bfd90b87e33b4134c3fef72c"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_source_file.html#af0608644bfd90b87e33b4134c3fef72c">pwiz::identdata::SourceFile::location</a></div><div class="ttdeci">std::string location</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00925">IdentData.hpp:925</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array.html">pwiz::msdata::BinaryDataArray</a></div><div class="ttdoc">The structure into which encoded binary data goes. Byte ordering is always little endian (Intel style...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00404">MSData.hpp:405</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array_html_a7a8ea2f0ec36e99c92ae1698ba9888e1"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array.html#a7a8ea2f0ec36e99c92ae1698ba9888e1">pwiz::msdata::BinaryDataArray::dataProcessingPtr</a></div><div class="ttdeci">DataProcessingPtr dataProcessingPtr</div><div class="ttdoc">this optional attribute may reference the 'id' attribute of the appropriate dataProcessing.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00407">MSData.hpp:407</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array_html_aa005a9d4d2fa55fabeb58448e4f7542b"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_binary_data_array.html#aa005a9d4d2fa55fabeb58448e4f7542b">pwiz::msdata::BinaryDataArray::data</a></div><div class="ttdeci">pwiz::util::BinaryData&lt; double &gt; data</div><div class="ttdoc">the binary data.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00410">MSData.hpp:410</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_chromatogram.html">pwiz::msdata::Chromatogram</a></div><div class="ttdoc">A single chromatogram.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00577">MSData.hpp:578</a></div></div>
│ │ │ │ @@ -1587,15 +1587,15 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="atradata_2examples_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="tradata_2examples_8hpp.html">examples.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html">unit.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a692991fff57cd9eb6ebdbc976e277ae7"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a692991fff57cd9eb6ebdbc976e277ae7">TEST_PROLOG_EX</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_PROLOG_EX(argc, argv, suffix)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00157">unit.hpp:157</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c">TEST_EPILOG</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_EPILOG</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00183">unit.hpp:183</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd">TEST_FAILED</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_FAILED(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00177">unit.hpp:177</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_acbd450df99370be00778913f140d5ec0"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert_equal(x, y, epsilon)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit.hpp:99</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="autility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp.html">diff.hpp</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="autility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp.html">diff.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment --></div><!-- contents -->
│ │ │ │  <!-- start footer part -->
│ │ │ │  <hr class="footer"/><address class="footer"><small>
│ │ │ │  Generated by&#160;<a href="https://www.doxygen.org/index.html"><img class="footer" src="doxygen.svg" width="104" height="31" alt="doxygen"/></a> 1.9.4
│ │ │ │  </small></address>
│ │ │ │  </body>
│ │ │ │  </html>
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│ │ │ ├── +++ ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/data_2proteome_2_diff_8hpp.html
│ │ │ │┄ Files 1% similar despite different names
│ │ │ │ @@ -50,15 +50,15 @@
│ │ │ │    <div class="headertitle"><div class="title">Diff.hpp File Reference</div></div>
│ │ │ │  </div><!--header-->
│ │ │ │  <div class="contents">
│ │ │ │  <div class="textblock"><code>#include &quot;<a class="el" href="_export_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/Export.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_proteome_data_8hpp_source.html">ProteomeData.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html">pwiz/data/common/diff_std.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │ -<p><a href="data_2proteome_2diff_8hpp_source.html">Go to the source code of this file.</a></p>
│ │ │ │ +<p><a href="data_2proteome_2_diff_8hpp_source.html">Go to the source code of this file.</a></p>
│ │ │ │  <table class="memberdecls">
│ │ │ │  <tr class="heading"><td colspan="2"><h2 class="groupheader"><a id="nested-classes" name="nested-classes"></a>
│ │ │ │  Classes</h2></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">struct &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="structpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config.html">pwiz::proteome::DiffConfig</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memdesc:"><td class="mdescLeft">&#160;</td><td class="mdescRight">configuration struct for diffs  <a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config.html#details">More...</a><br /></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  </table><table class="memberdecls">
│ │ │ │   --- ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/data_2proteome_2diff_8hpp_source.html
│ │ │ ├── +++ ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/data_2proteome_2_diff_8hpp_source.html
│ │ │ │┄ Files 0% similar despite different names
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│ │ │ │  <li class="navelem"><a class="el" href="dir_45c7ef8544c9622a4c49808ad228f176.html">pwiz</a></li><li class="navelem"><a class="el" href="dir_f88a24e2e306ea4f9f3861037e755022.html">data</a></li><li class="navelem"><a class="el" href="dir_5c791206e4ce169a6c046059298ff13a.html">proteome</a></li>  </ul>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div><!-- top -->
│ │ │ │  <div class="header">
│ │ │ │    <div class="headertitle"><div class="title">Diff.hpp</div></div>
│ │ │ │  </div><!--header-->
│ │ │ │  <div class="contents">
│ │ │ │ -<a href="data_2proteome_2diff_8hpp.html">Go to the documentation of this file.</a><div class="fragment"><div class="line"><a id="l00001" name="l00001"></a><span class="lineno">    1</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │ +<a href="data_2proteome_2_diff_8hpp.html">Go to the documentation of this file.</a><div class="fragment"><div class="line"><a id="l00001" name="l00001"></a><span class="lineno">    1</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00002" name="l00002"></a><span class="lineno">    2</span><span class="comment">// $Id$</span></div>
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│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00005" name="l00005"></a><span class="lineno">    5</span><span class="comment">// Original author: Darren Kessner &lt;darren@proteowizard.org&gt;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00006" name="l00006"></a><span class="lineno">    6</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00007" name="l00007"></a><span class="lineno">    7</span><span class="comment">// Copyright 2007 Spielberg Family Center for Applied Proteomics</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00008" name="l00008"></a><span class="lineno">    8</span><span class="comment">//   Cedars-Sinai Medical Center, Los Angeles, California  90048</span></div>
│ │ │ │ @@ -144,18 +144,18 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="adiff__std_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="diff__std_8hpp.html">diff_std.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1data_1_1diff__impl_html_a94bc7e764263e33b62d6d471ed0a3e4d"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1data_1_1diff__impl.html#a94bc7e764263e33b62d6d471ed0a3e4d">pwiz::data::diff_impl::diff</a></div><div class="ttdeci">PWIZ_API_DECL void diff(const std::string &amp;a, const std::string &amp;b, std::string &amp;a_b, std::string &amp;b_a, const BaseDiffConfig &amp;config)</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1proteome_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1proteome.html">pwiz::proteome</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_amino_acid_8hpp_source.html#l00035">AminoAcid.hpp:35</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1proteome_html_a0daf24172881f69dde050648bca29786"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1proteome.html#a0daf24172881f69dde050648bca29786">pwiz::proteome::operator&lt;&lt;</a></div><div class="ttdeci">PWIZ_API_DECL std::ostream &amp; operator&lt;&lt;(std::ostream &amp;os, const data::Diff&lt; ProteomeData, DiffConfig &gt; &amp;diff)</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz.html">pwiz</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_chromatogram_list___filter_8hpp_source.html#l00036">ChromatogramList_Filter.hpp:36</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html">pwiz::data::BaseDiffConfig</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00041">diff_std.hpp:42</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_diff_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">pwiz::data::Diff</a></div><div class="ttdoc">Calculate diffs of objects in a ProteoWizard data model hierarchy.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00142">diff_std.hpp:143</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config.html">pwiz::identdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2diff_8hpp_source.html#l00395">Diff.hpp:396</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config.html">pwiz::proteome::DiffConfig</a></div><div class="ttdoc">configuration struct for diffs</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2proteome_2diff_8hpp_source.html#l00072">Diff.hpp:73</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config_html_a2c68665cc66371faa9f857e83dcfb4c7"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config.html#a2c68665cc66371faa9f857e83dcfb4c7">pwiz::proteome::DiffConfig::ignoreMetadata</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreMetadata</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2proteome_2diff_8hpp_source.html#l00074">Diff.hpp:74</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config_html_a64a305ee7cbf488dc2ebca82b70bf139"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config.html#a64a305ee7cbf488dc2ebca82b70bf139">pwiz::proteome::DiffConfig::DiffConfig</a></div><div class="ttdeci">DiffConfig()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2proteome_2diff_8hpp_source.html#l00076">Diff.hpp:76</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config.html">pwiz::identdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_8hpp_source.html#l00395">Diff.hpp:396</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config.html">pwiz::proteome::DiffConfig</a></div><div class="ttdoc">configuration struct for diffs</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2proteome_2_diff_8hpp_source.html#l00072">Diff.hpp:73</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config_html_a2c68665cc66371faa9f857e83dcfb4c7"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config.html#a2c68665cc66371faa9f857e83dcfb4c7">pwiz::proteome::DiffConfig::ignoreMetadata</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreMetadata</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2proteome_2_diff_8hpp_source.html#l00074">Diff.hpp:74</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config_html_a64a305ee7cbf488dc2ebca82b70bf139"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config.html#a64a305ee7cbf488dc2ebca82b70bf139">pwiz::proteome::DiffConfig::DiffConfig</a></div><div class="ttdeci">DiffConfig()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2proteome_2_diff_8hpp_source.html#l00076">Diff.hpp:76</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_protein_list_simple_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_protein_list_simple.html">pwiz::proteome::ProteinListSimple</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_proteome_data_8hpp_source.html#l00076">ProteomeData.hpp:77</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_proteome_data_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_proteome_data.html">pwiz::proteome::ProteomeData</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_proteome_data_8hpp_source.html#l00088">ProteomeData.hpp:89</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment --></div><!-- contents -->
│ │ │ │  <!-- start footer part -->
│ │ │ │  <hr class="footer"/><address class="footer"><small>
│ │ │ │  Generated by&#160;<a href="https://www.doxygen.org/index.html"><img class="footer" src="doxygen.svg" width="104" height="31" alt="doxygen"/></a> 1.9.4
│ │ │ │  </small></address>
│ │ │ │   --- ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/data_2proteome_2difftest_8cpp.html
│ │ │ ├── +++ ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/data_2proteome_2_diff_test_8cpp.html
│ │ │ │┄ Files 1% similar despite different names
│ │ │ │ @@ -45,35 +45,35 @@
│ │ │ │  <div class="header">
│ │ │ │    <div class="summary">
│ │ │ │  <a href="#func-members">Functions</a> &#124;
│ │ │ │  <a href="#var-members">Variables</a>  </div>
│ │ │ │    <div class="headertitle"><div class="title">DiffTest.cpp File Reference</div></div>
│ │ │ │  </div><!--header-->
│ │ │ │  <div class="contents">
│ │ │ │ -<div class="textblock"><code>#include &quot;<a class="el" href="data_2proteome_2diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │ +<div class="textblock"><code>#include &quot;<a class="el" href="data_2proteome_2_diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="unit_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/unit.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_std_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/Std.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &lt;cstring&gt;</code><br />
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │ -<p><a href="data_2proteome_2difftest_8cpp_source.html">Go to the source code of this file.</a></p>
│ │ │ │ +<p><a href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp_source.html">Go to the source code of this file.</a></p>
│ │ │ │  <table class="memberdecls">
│ │ │ │  <tr class="heading"><td colspan="2"><h2 class="groupheader"><a id="func-members" name="func-members"></a>
│ │ │ │  Functions</h2></td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a5649fb5790f866235338321a039db925"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2proteome_2difftest_8cpp.html#a5649fb5790f866235338321a039db925">testProteinList</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a5649fb5790f866235338321a039db925"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp.html#a5649fb5790f866235338321a039db925">testProteinList</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a5649fb5790f866235338321a039db925"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:af617aca9c1682ff907b18eabfcc93971"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2proteome_2difftest_8cpp.html#af617aca9c1682ff907b18eabfcc93971">testProteomeData</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:af617aca9c1682ff907b18eabfcc93971"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp.html#af617aca9c1682ff907b18eabfcc93971">testProteomeData</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:af617aca9c1682ff907b18eabfcc93971"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2proteome_2difftest_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">int&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2proteome_2difftest_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">main</a> (int argc, char *argv[])</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">int&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">main</a> (int argc, char *argv[])</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  </table><table class="memberdecls">
│ │ │ │  <tr class="heading"><td colspan="2"><h2 class="groupheader"><a id="var-members" name="var-members"></a>
│ │ │ │  Variables</h2></td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">ostream *&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2proteome_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> = 0</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">ostream *&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> = 0</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  </table>
│ │ │ │  <h2 class="groupheader">Function Documentation</h2>
│ │ │ │  <a id="a5649fb5790f866235338321a039db925" name="a5649fb5790f866235338321a039db925"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a5649fb5790f866235338321a039db925">&#9670;&nbsp;</a></span>testProteinList()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -84,17 +84,17 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2proteome_2difftest_8cpp_source.html#l00054">54</a> of file <a class="el" href="data_2proteome_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp_source.html#l00054">54</a> of file <a class="el" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">   55</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   56</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testProteinList()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   56</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testProteinList()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   57</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   58</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1proteome_1_1_protein_list_simple.html">ProteinListSimple</a> aSimple, bSimple;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   59</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   60</span>    <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1proteome.html#a7944edaf92cfc6ea70e4009ebaaf153c">ProteinPtr</a> protein1a = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1proteome.html#a7944edaf92cfc6ea70e4009ebaaf153c">ProteinPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1proteome_1_1_protein.html">Protein</a>(<span class="stringliteral">&quot;420&quot;</span>, 0, <span class="stringliteral">&quot;&quot;</span>, <span class="stringliteral">&quot;&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   61</span>    <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1proteome.html#a7944edaf92cfc6ea70e4009ebaaf153c">ProteinPtr</a> protein1b = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1proteome.html#a7944edaf92cfc6ea70e4009ebaaf153c">ProteinPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1proteome_1_1_protein.html">Protein</a>(<span class="stringliteral">&quot;420&quot;</span>, 0, <span class="stringliteral">&quot;&quot;</span>, <span class="stringliteral">&quot;&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   62</span>   </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   63</span>    aSimple.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1proteome_1_1_protein_list_simple.html#a4aa4d35fe724324cad68bf7b5203918f">proteins</a>.push_back(protein1a); </div>
│ │ │ │ @@ -114,30 +114,30 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   77</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   78</span>    <span class="comment">// check: different ProteinList::size()</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   79</span>    </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   80</span>    <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1proteome.html#a7944edaf92cfc6ea70e4009ebaaf153c">ProteinPtr</a> protein2 = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1proteome.html#a7944edaf92cfc6ea70e4009ebaaf153c">ProteinPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1proteome_1_1_protein.html">Protein</a>(<span class="stringliteral">&quot;421&quot;</span>, 0, <span class="stringliteral">&quot;&quot;</span>, <span class="stringliteral">&quot;&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   81</span>    aSimple.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1proteome_1_1_protein_list_simple.html#a4aa4d35fe724324cad68bf7b5203918f">proteins</a>.push_back(protein2);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   82</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   83</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   84</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   84</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   85</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   86</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.proteins.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   87</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   88</span>    diffIgnore(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   89</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; diffIgnore &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   89</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; diffIgnore &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   90</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(diffIgnore);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   91</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(diffIgnore.a_b.proteins.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   92</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   93</span>    <span class="comment">// check: same ProteinList::size(), different last id</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   94</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   95</span>    <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1proteome.html#a7944edaf92cfc6ea70e4009ebaaf153c">ProteinPtr</a> protein3 = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1proteome.html#a7944edaf92cfc6ea70e4009ebaaf153c">ProteinPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1proteome_1_1_protein.html">Protein</a>(<span class="stringliteral">&quot;422&quot;</span>, 0, <span class="stringliteral">&quot;&quot;</span>, <span class="stringliteral">&quot;&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   96</span>    bSimple.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1proteome_1_1_protein_list_simple.html#a4aa4d35fe724324cad68bf7b5203918f">proteins</a>.push_back(protein3);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   97</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   98</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   99</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   99</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  100</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  101</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.proteins.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  102</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.proteins[0]-&gt;id == <span class="stringliteral">&quot;421&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  103</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.proteins.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  104</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.proteins[0]-&gt;id == <span class="stringliteral">&quot;422&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  105</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  106</span>    <span class="comment">// id is not ignored</span></div>
│ │ │ │ @@ -145,15 +145,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  108</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(diffIgnore);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  109</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  110</span>    <span class="comment">// check: ids match, different description</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  111</span>   </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  112</span>    bSimple.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1proteome_1_1_protein_list_simple.html#a4aa4d35fe724324cad68bf7b5203918f">proteins</a>.back() = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1proteome.html#a7944edaf92cfc6ea70e4009ebaaf153c">ProteinPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1proteome_1_1_protein.html">Protein</a>(<span class="stringliteral">&quot;421&quot;</span>, 0, <span class="stringliteral">&quot;different metadata&quot;</span>, <span class="stringliteral">&quot;&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  113</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  114</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  115</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  115</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  116</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  117</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.proteins.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  118</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.proteins[0]-&gt;description == <span class="stringliteral">&quot;&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  119</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.proteins.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  120</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.proteins[0]-&gt;description == <span class="stringliteral">&quot;different metadata&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  121</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  122</span> </div>
│ │ │ │ @@ -168,27 +168,27 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  131</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  132</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  133</span>    diffIgnore(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  134</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(diffIgnore);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  135</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_frequency_data_test_8cpp_html_a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f"><div class="ttname"><a href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a></div><div class="ttdeci">void diff(const string &amp;filename1, const string &amp;filename2)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">FrequencyDataTest.cpp:40</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1proteome_1_1_protein_list_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1proteome_1_1_protein_list.html">pwiz::proteome::ProteinList</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_proteome_data_8hpp_source.html#l00055">ProteomeData.hpp:56</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a></div><div class="ttdeci">ostream * os_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">DiffTest.cpp:40</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a></div><div class="ttdeci">ostream * os_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">DiffTest.cpp:40</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1proteome_html_a7944edaf92cfc6ea70e4009ebaaf153c"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1proteome.html#a7944edaf92cfc6ea70e4009ebaaf153c">pwiz::proteome::ProteinPtr</a></div><div class="ttdeci">boost::shared_ptr&lt; Protein &gt; ProteinPtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_proteome_data_8hpp_source.html#l00048">ProteomeData.hpp:48</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_diff_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">pwiz::data::Diff</a></div><div class="ttdoc">Calculate diffs of objects in a ProteoWizard data model hierarchy.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00142">diff_std.hpp:143</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config.html">pwiz::proteome::DiffConfig</a></div><div class="ttdoc">configuration struct for diffs</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2proteome_2diff_8hpp_source.html#l00072">Diff.hpp:73</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config_html_a2c68665cc66371faa9f857e83dcfb4c7"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config.html#a2c68665cc66371faa9f857e83dcfb4c7">pwiz::proteome::DiffConfig::ignoreMetadata</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreMetadata</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2proteome_2diff_8hpp_source.html#l00074">Diff.hpp:74</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config.html">pwiz::proteome::DiffConfig</a></div><div class="ttdoc">configuration struct for diffs</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2proteome_2_diff_8hpp_source.html#l00072">Diff.hpp:73</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config_html_a2c68665cc66371faa9f857e83dcfb4c7"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config.html#a2c68665cc66371faa9f857e83dcfb4c7">pwiz::proteome::DiffConfig::ignoreMetadata</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreMetadata</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2proteome_2_diff_8hpp_source.html#l00074">Diff.hpp:74</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_protein_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_protein.html">pwiz::proteome::Protein</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_proteome_data_8hpp_source.html#l00036">ProteomeData.hpp:37</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_protein_list_simple_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_protein_list_simple.html">pwiz::proteome::ProteinListSimple</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_proteome_data_8hpp_source.html#l00076">ProteomeData.hpp:77</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_protein_list_simple_html_a4aa4d35fe724324cad68bf7b5203918f"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_protein_list_simple.html#a4aa4d35fe724324cad68bf7b5203918f">pwiz::proteome::ProteinListSimple::proteins</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; ProteinPtr &gt; proteins</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_proteome_data_8hpp_source.html#l00078">ProteomeData.hpp:78</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00156">pwiz::data::Diff&lt; object_type, config_type, object_result_type &gt;::a_b</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="data_2proteome_2diff_8hpp_source.html#l00074">pwiz::proteome::DiffConfig::ignoreMetadata</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_proteome_data_8hpp_source.html#l00078">pwiz::proteome::ProteinListSimple::proteins</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html#l00156">pwiz::data::Diff&lt; object_type, config_type, object_result_type &gt;::a_b</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="data_2proteome_2_diff_8hpp_source.html#l00074">pwiz::proteome::DiffConfig::ignoreMetadata</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_proteome_data_8hpp_source.html#l00078">pwiz::proteome::ProteinListSimple::proteins</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2proteome_2difftest_8cpp_source.html#l00165">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp_source.html#l00165">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="af617aca9c1682ff907b18eabfcc93971" name="af617aca9c1682ff907b18eabfcc93971"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#af617aca9c1682ff907b18eabfcc93971">&#9670;&nbsp;</a></span>testProteomeData()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -199,17 +199,17 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2proteome_2difftest_8cpp_source.html#l00138">138</a> of file <a class="el" href="data_2proteome_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp_source.html#l00138">138</a> of file <a class="el" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  139</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  140</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testProteomeData()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  140</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testProteomeData()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  141</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  142</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1proteome_1_1_proteome_data.html">ProteomeData</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  143</span>   </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  144</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1proteome_1_1_proteome_data.html#a6a2410483a1e4ad71056a0ed6c5db8f8">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;goober&quot;</span>;  </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  145</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1proteome_1_1_proteome_data.html#a6a2410483a1e4ad71056a0ed6c5db8f8">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;goober&quot;</span>;  </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  146</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  147</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;ProteomeData, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ @@ -218,27 +218,27 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  150</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1proteome_1_1_proteome_data.html#a6a2410483a1e4ad71056a0ed6c5db8f8">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;raisinet&quot;</span>;        </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  151</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  152</span>    shared_ptr&lt;ProteinListSimple&gt; proteinList1(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1proteome_1_1_protein_list_simple.html">ProteinListSimple</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  153</span>    proteinList1-&gt;proteins.push_back(<a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1proteome.html#a7944edaf92cfc6ea70e4009ebaaf153c">ProteinPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1proteome_1_1_protein.html">Protein</a>(<span class="stringliteral">&quot;p1&quot;</span>, 0, <span class="stringliteral">&quot;&quot;</span>, <span class="stringliteral">&quot;&quot;</span>)));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  154</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1proteome_1_1_proteome_data.html#aa9597b87b94d2dbc9027d67f12f91e65">proteinListPtr</a> = proteinList1;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  155</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  156</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  157</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  157</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  158</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  159</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  160</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.proteinListPtr.get());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  161</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.proteinListPtr-&gt;size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  162</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_proteome_data_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_proteome_data.html">pwiz::proteome::ProteomeData</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_proteome_data_8hpp_source.html#l00088">ProteomeData.hpp:89</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_proteome_data_html_a6a2410483a1e4ad71056a0ed6c5db8f8"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_proteome_data.html#a6a2410483a1e4ad71056a0ed6c5db8f8">pwiz::proteome::ProteomeData::id</a></div><div class="ttdeci">std::string id</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_proteome_data_8hpp_source.html#l00090">ProteomeData.hpp:90</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_proteome_data_html_aa9597b87b94d2dbc9027d67f12f91e65"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_proteome_data.html#aa9597b87b94d2dbc9027d67f12f91e65">pwiz::proteome::ProteomeData::proteinListPtr</a></div><div class="ttdeci">ProteinListPtr proteinListPtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_proteome_data_8hpp_source.html#l00092">ProteomeData.hpp:92</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_proteome_data_8hpp_source.html#l00090">pwiz::proteome::ProteomeData::id</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_proteome_data_8hpp_source.html#l00092">pwiz::proteome::ProteomeData::proteinListPtr</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_proteome_data_8hpp_source.html#l00090">pwiz::proteome::ProteomeData::id</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_proteome_data_8hpp_source.html#l00092">pwiz::proteome::ProteomeData::proteinListPtr</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2proteome_2difftest_8cpp_source.html#l00165">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp_source.html#l00165">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002" name="ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">&#9670;&nbsp;</a></span>test()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -249,24 +249,24 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2proteome_2difftest_8cpp_source.html#l00165">165</a> of file <a class="el" href="data_2proteome_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp_source.html#l00165">165</a> of file <a class="el" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  166</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  167</span>    <span class="comment">//testProtein();</span></div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  168</span>    <a class="code hl_function" href="data_2proteome_2difftest_8cpp.html#a5649fb5790f866235338321a039db925">testProteinList</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  169</span>    <a class="code hl_function" href="data_2proteome_2difftest_8cpp.html#af617aca9c1682ff907b18eabfcc93971">testProteomeData</a>();</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  168</span>    <a class="code hl_function" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp.html#a5649fb5790f866235338321a039db925">testProteinList</a>();</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  169</span>    <a class="code hl_function" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp.html#af617aca9c1682ff907b18eabfcc93971">testProteomeData</a>();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  170</span>}</div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2proteome_2difftest_8cpp_html_a5649fb5790f866235338321a039db925"><div class="ttname"><a href="data_2proteome_2difftest_8cpp.html#a5649fb5790f866235338321a039db925">testProteinList</a></div><div class="ttdeci">void testProteinList()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2proteome_2difftest_8cpp_source.html#l00054">DiffTest.cpp:54</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2proteome_2difftest_8cpp_html_af617aca9c1682ff907b18eabfcc93971"><div class="ttname"><a href="data_2proteome_2difftest_8cpp.html#af617aca9c1682ff907b18eabfcc93971">testProteomeData</a></div><div class="ttdeci">void testProteomeData()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2proteome_2difftest_8cpp_source.html#l00138">DiffTest.cpp:138</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2proteome_2_diff_test_8cpp_html_a5649fb5790f866235338321a039db925"><div class="ttname"><a href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp.html#a5649fb5790f866235338321a039db925">testProteinList</a></div><div class="ttdeci">void testProteinList()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp_source.html#l00054">DiffTest.cpp:54</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2proteome_2_diff_test_8cpp_html_af617aca9c1682ff907b18eabfcc93971"><div class="ttname"><a href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp.html#af617aca9c1682ff907b18eabfcc93971">testProteomeData</a></div><div class="ttdeci">void testProteomeData()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp_source.html#l00138">DiffTest.cpp:138</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="data_2proteome_2difftest_8cpp_source.html#l00054">testProteinList()</a>, and <a class="el" href="data_2proteome_2difftest_8cpp_source.html#l00138">testProteomeData()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp_source.html#l00054">testProteinList()</a>, and <a class="el" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp_source.html#l00138">testProteomeData()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97" name="a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">&#9670;&nbsp;</a></span>main()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -288,40 +288,40 @@
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │            <td>)</td>
│ │ │ │            <td></td><td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2proteome_2difftest_8cpp_source.html#l00173">173</a> of file <a class="el" href="data_2proteome_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp_source.html#l00173">173</a> of file <a class="el" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  174</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  175</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a692991fff57cd9eb6ebdbc976e277ae7">TEST_PROLOG_EX</a>(argc, argv, <span class="stringliteral">&quot;_ProteomeData&quot;</span>)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  176</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  177</span>    <span class="keyword">try</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  178</span>    {</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  179</span>        <span class="keywordflow">if</span> (argc&gt;1 &amp;&amp; !strcmp(argv[1],<span class="stringliteral">&quot;-v&quot;</span>)) <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> = &amp;cout;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  180</span>        <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a>();</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  179</span>        <span class="keywordflow">if</span> (argc&gt;1 &amp;&amp; !strcmp(argv[1],<span class="stringliteral">&quot;-v&quot;</span>)) <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> = &amp;cout;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  180</span>        <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a>();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  181</span>    }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  182</span>    <span class="keywordflow">catch</span> (exception&amp; e)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  183</span>    {</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  184</span>        <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd">TEST_FAILED</a>(e.what())</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  185</span>    }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  186</span>    <span class="keywordflow">catch</span> (...)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  187</span>    {</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  188</span>        <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd">TEST_FAILED</a>(<span class="stringliteral">&quot;Caught unknown exception.&quot;</span>)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  189</span>    }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  190</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  191</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c">TEST_EPILOG</a></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  192</span>}</div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a></div><div class="ttdeci">void test()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">DiffTest.cpp:1319</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a></div><div class="ttdeci">void test()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">DiffTest.cpp:1319</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a692991fff57cd9eb6ebdbc976e277ae7"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a692991fff57cd9eb6ebdbc976e277ae7">TEST_PROLOG_EX</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_PROLOG_EX(argc, argv, suffix)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00157">unit.hpp:157</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c">TEST_EPILOG</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_EPILOG</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00183">unit.hpp:183</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd">TEST_FAILED</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_FAILED(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00177">unit.hpp:177</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00183">TEST_EPILOG</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00177">TEST_FAILED</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00157">TEST_PROLOG_EX</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00183">TEST_EPILOG</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00177">TEST_FAILED</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00157">TEST_PROLOG_EX</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <h2 class="groupheader">Variable Documentation</h2>
│ │ │ │  <a id="ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf" name="ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">&#9670;&nbsp;</a></span>os_</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │ @@ -330,15 +330,15 @@
│ │ │ │        <table class="memname">
│ │ │ │          <tr>
│ │ │ │            <td class="memname">ostream* os_ = 0</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2proteome_2difftest_8cpp_source.html#l00035">35</a> of file <a class="el" href="data_2proteome_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp_source.html#l00035">35</a> of file <a class="el" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ │  <!-- start footer part -->
│ │ │ │  <hr class="footer"/><address class="footer"><small>
│ │ │ │  Generated by&#160;<a href="https://www.doxygen.org/index.html"><img class="footer" src="doxygen.svg" width="104" height="31" alt="doxygen"/></a> 1.9.4
│ │ │ │   --- ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/data_2proteome_2difftest_8cpp_source.html
│ │ │ ├── +++ ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/data_2proteome_2_diff_test_8cpp_source.html
│ │ │ │┄ Files 4% similar despite different names
│ │ │ │ @@ -42,15 +42,15 @@
│ │ │ │  <li class="navelem"><a class="el" href="dir_45c7ef8544c9622a4c49808ad228f176.html">pwiz</a></li><li class="navelem"><a class="el" href="dir_f88a24e2e306ea4f9f3861037e755022.html">data</a></li><li class="navelem"><a class="el" href="dir_5c791206e4ce169a6c046059298ff13a.html">proteome</a></li>  </ul>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div><!-- top -->
│ │ │ │  <div class="header">
│ │ │ │    <div class="headertitle"><div class="title">DiffTest.cpp</div></div>
│ │ │ │  </div><!--header-->
│ │ │ │  <div class="contents">
│ │ │ │ -<a href="data_2proteome_2difftest_8cpp.html">Go to the documentation of this file.</a><div class="fragment"><div class="line"><a id="l00001" name="l00001"></a><span class="lineno">    1</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │ +<a href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp.html">Go to the documentation of this file.</a><div class="fragment"><div class="line"><a id="l00001" name="l00001"></a><span class="lineno">    1</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00002" name="l00002"></a><span class="lineno">    2</span><span class="comment">// $Id$</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00003" name="l00003"></a><span class="lineno">    3</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00004" name="l00004"></a><span class="lineno">    4</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00005" name="l00005"></a><span class="lineno">    5</span><span class="comment">// Original author: Darren Kessner &lt;darren@proteowizard.org&gt;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00006" name="l00006"></a><span class="lineno">    6</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00007" name="l00007"></a><span class="lineno">    7</span><span class="comment">// Copyright 2007 Spielberg Family Center for Applied Proteomics</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00008" name="l00008"></a><span class="lineno">    8</span><span class="comment">//   Cedars-Sinai Medical Center, Los Angeles, California  90048</span></div>
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│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00016" name="l00016"></a><span class="lineno">   16</span><span class="comment">// Unless required by applicable law or agreed to in writing, software </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00017" name="l00017"></a><span class="lineno">   17</span><span class="comment">// distributed under the License is distributed on an &quot;AS IS&quot; BASIS, </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00018" name="l00018"></a><span class="lineno">   18</span><span class="comment">// WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied. </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00019" name="l00019"></a><span class="lineno">   19</span><span class="comment">// See the License for the specific language governing permissions and </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00020" name="l00020"></a><span class="lineno">   20</span><span class="comment">// limitations under the License.</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00021" name="l00021"></a><span class="lineno">   21</span><span class="comment">//</span></div>
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│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00023" name="l00023"></a><span class="lineno">   23</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp.html">Diff.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00024" name="l00024"></a><span class="lineno">   24</span><span class="comment">//#include &quot;examples.hpp&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00025" name="l00025"></a><span class="lineno">   25</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="unit_8hpp.html">pwiz/utility/misc/unit.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00026" name="l00026"></a><span class="lineno">   26</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="_std_8hpp.html">pwiz/utility/misc/Std.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00027" name="l00027"></a><span class="lineno">   27</span><span class="preprocessor">#include &lt;cstring&gt;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00028" name="l00028"></a><span class="lineno">   28</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00029" name="l00029"></a><span class="lineno">   29</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00030" name="l00030"></a><span class="lineno">   30</span><span class="keyword">using namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00031" name="l00031"></a><span class="lineno">   31</span><span class="keyword">using namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacepwiz_1_1proteome.html">pwiz::proteome</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00032" name="l00032"></a><span class="lineno">   32</span><span class="keyword">using namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacepwiz_1_1data.html">pwiz::data</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00033" name="l00033"></a><span class="lineno">   33</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00034" name="l00034"></a><span class="lineno">   34</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00035" name="l00035"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2proteome_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">   35</a></span>ostream* <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> = 0;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00035" name="l00035"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">   35</a></span>ostream* <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> = 0;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00036" name="l00036"></a><span class="lineno">   36</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00037" name="l00037"></a><span class="lineno">   37</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00038" name="l00038"></a><span class="lineno">   38</span><span class="comment">// BUG: Protein doesn&#39;t have a default ctor, should it?</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00039" name="l00039"></a><span class="lineno">   39</span><span class="comment">/*void testProtein()</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00040" name="l00040"></a><span class="lineno">   40</span><span class="comment">{</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00041" name="l00041"></a><span class="lineno">   41</span><span class="comment">    if (os_) *os_ &lt;&lt; &quot;testProtein()\n&quot;;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00042" name="l00042"></a><span class="lineno">   42</span><span class="comment"></span> </div>
│ │ │ │ @@ -95,17 +95,17 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00047" name="l00047"></a><span class="lineno">   47</span><span class="comment">    unit_assert(!diff);</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00048" name="l00048"></a><span class="lineno">   48</span><span class="comment"></span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00049" name="l00049"></a><span class="lineno">   49</span><span class="comment">    b.id = &quot;421&quot;;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00050" name="l00050"></a><span class="lineno">   50</span><span class="comment">    unit_assert(diff);</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00051" name="l00051"></a><span class="lineno">   51</span><span class="comment">}*/</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00052" name="l00052"></a><span class="lineno">   52</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00053" name="l00053"></a><span class="lineno">   53</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00054" name="l00054"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2proteome_2difftest_8cpp.html#a5649fb5790f866235338321a039db925">   54</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2proteome_2difftest_8cpp.html#a5649fb5790f866235338321a039db925">testProteinList</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00054" name="l00054"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp.html#a5649fb5790f866235338321a039db925">   54</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp.html#a5649fb5790f866235338321a039db925">testProteinList</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00055" name="l00055"></a><span class="lineno">   55</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00056" name="l00056"></a><span class="lineno">   56</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testProteinList()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00056" name="l00056"></a><span class="lineno">   56</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testProteinList()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00057" name="l00057"></a><span class="lineno">   57</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00058" name="l00058"></a><span class="lineno">   58</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1proteome_1_1_protein_list_simple.html">ProteinListSimple</a> aSimple, bSimple;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00059" name="l00059"></a><span class="lineno">   59</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00060" name="l00060"></a><span class="lineno">   60</span>    <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1proteome.html#a7944edaf92cfc6ea70e4009ebaaf153c">ProteinPtr</a> protein1a = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1proteome.html#a7944edaf92cfc6ea70e4009ebaaf153c">ProteinPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1proteome_1_1_protein.html">Protein</a>(<span class="stringliteral">&quot;420&quot;</span>, 0, <span class="stringliteral">&quot;&quot;</span>, <span class="stringliteral">&quot;&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00061" name="l00061"></a><span class="lineno">   61</span>    <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1proteome.html#a7944edaf92cfc6ea70e4009ebaaf153c">ProteinPtr</a> protein1b = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1proteome.html#a7944edaf92cfc6ea70e4009ebaaf153c">ProteinPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1proteome_1_1_protein.html">Protein</a>(<span class="stringliteral">&quot;420&quot;</span>, 0, <span class="stringliteral">&quot;&quot;</span>, <span class="stringliteral">&quot;&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00062" name="l00062"></a><span class="lineno">   62</span>   </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00063" name="l00063"></a><span class="lineno">   63</span>    aSimple.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1proteome_1_1_protein_list_simple.html#a4aa4d35fe724324cad68bf7b5203918f">proteins</a>.push_back(protein1a); </div>
│ │ │ │ @@ -125,30 +125,30 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00077" name="l00077"></a><span class="lineno">   77</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00078" name="l00078"></a><span class="lineno">   78</span>    <span class="comment">// check: different ProteinList::size()</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00079" name="l00079"></a><span class="lineno">   79</span>    </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00080" name="l00080"></a><span class="lineno">   80</span>    <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1proteome.html#a7944edaf92cfc6ea70e4009ebaaf153c">ProteinPtr</a> protein2 = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1proteome.html#a7944edaf92cfc6ea70e4009ebaaf153c">ProteinPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1proteome_1_1_protein.html">Protein</a>(<span class="stringliteral">&quot;421&quot;</span>, 0, <span class="stringliteral">&quot;&quot;</span>, <span class="stringliteral">&quot;&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00081" name="l00081"></a><span class="lineno">   81</span>    aSimple.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1proteome_1_1_protein_list_simple.html#a4aa4d35fe724324cad68bf7b5203918f">proteins</a>.push_back(protein2);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00082" name="l00082"></a><span class="lineno">   82</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00083" name="l00083"></a><span class="lineno">   83</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00084" name="l00084"></a><span class="lineno">   84</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00084" name="l00084"></a><span class="lineno">   84</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00085" name="l00085"></a><span class="lineno">   85</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00086" name="l00086"></a><span class="lineno">   86</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.proteins.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00087" name="l00087"></a><span class="lineno">   87</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00088" name="l00088"></a><span class="lineno">   88</span>    diffIgnore(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00089" name="l00089"></a><span class="lineno">   89</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; diffIgnore &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00089" name="l00089"></a><span class="lineno">   89</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; diffIgnore &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00090" name="l00090"></a><span class="lineno">   90</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(diffIgnore);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00091" name="l00091"></a><span class="lineno">   91</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(diffIgnore.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html#a085f68b525bb48e5861ffd46e96bdeed">a_b</a>.proteins.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00092" name="l00092"></a><span class="lineno">   92</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00093" name="l00093"></a><span class="lineno">   93</span>    <span class="comment">// check: same ProteinList::size(), different last id</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00094" name="l00094"></a><span class="lineno">   94</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00095" name="l00095"></a><span class="lineno">   95</span>    <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1proteome.html#a7944edaf92cfc6ea70e4009ebaaf153c">ProteinPtr</a> protein3 = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1proteome.html#a7944edaf92cfc6ea70e4009ebaaf153c">ProteinPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1proteome_1_1_protein.html">Protein</a>(<span class="stringliteral">&quot;422&quot;</span>, 0, <span class="stringliteral">&quot;&quot;</span>, <span class="stringliteral">&quot;&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00096" name="l00096"></a><span class="lineno">   96</span>    bSimple.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1proteome_1_1_protein_list_simple.html#a4aa4d35fe724324cad68bf7b5203918f">proteins</a>.push_back(protein3);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00097" name="l00097"></a><span class="lineno">   97</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00098" name="l00098"></a><span class="lineno">   98</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00099" name="l00099"></a><span class="lineno">   99</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00099" name="l00099"></a><span class="lineno">   99</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00100" name="l00100"></a><span class="lineno">  100</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00101" name="l00101"></a><span class="lineno">  101</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.proteins.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00102" name="l00102"></a><span class="lineno">  102</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.proteins[0]-&gt;id == <span class="stringliteral">&quot;421&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00103" name="l00103"></a><span class="lineno">  103</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.proteins.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00104" name="l00104"></a><span class="lineno">  104</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.proteins[0]-&gt;id == <span class="stringliteral">&quot;422&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00105" name="l00105"></a><span class="lineno">  105</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00106" name="l00106"></a><span class="lineno">  106</span>    <span class="comment">// id is not ignored</span></div>
│ │ │ │ @@ -156,15 +156,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00108" name="l00108"></a><span class="lineno">  108</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(diffIgnore);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00109" name="l00109"></a><span class="lineno">  109</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00110" name="l00110"></a><span class="lineno">  110</span>    <span class="comment">// check: ids match, different description</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00111" name="l00111"></a><span class="lineno">  111</span>   </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00112" name="l00112"></a><span class="lineno">  112</span>    bSimple.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1proteome_1_1_protein_list_simple.html#a4aa4d35fe724324cad68bf7b5203918f">proteins</a>.back() = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1proteome.html#a7944edaf92cfc6ea70e4009ebaaf153c">ProteinPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1proteome_1_1_protein.html">Protein</a>(<span class="stringliteral">&quot;421&quot;</span>, 0, <span class="stringliteral">&quot;different metadata&quot;</span>, <span class="stringliteral">&quot;&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00113" name="l00113"></a><span class="lineno">  113</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00114" name="l00114"></a><span class="lineno">  114</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00115" name="l00115"></a><span class="lineno">  115</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00115" name="l00115"></a><span class="lineno">  115</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00116" name="l00116"></a><span class="lineno">  116</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00117" name="l00117"></a><span class="lineno">  117</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.proteins.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00118" name="l00118"></a><span class="lineno">  118</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.proteins[0]-&gt;description == <span class="stringliteral">&quot;&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00119" name="l00119"></a><span class="lineno">  119</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.proteins.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00120" name="l00120"></a><span class="lineno">  120</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.proteins[0]-&gt;description == <span class="stringliteral">&quot;different metadata&quot;</span>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00121" name="l00121"></a><span class="lineno">  121</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00122" name="l00122"></a><span class="lineno">  122</span> </div>
│ │ │ │ @@ -179,17 +179,17 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00131" name="l00131"></a><span class="lineno">  131</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00132" name="l00132"></a><span class="lineno">  132</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00133" name="l00133"></a><span class="lineno">  133</span>    diffIgnore(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00134" name="l00134"></a><span class="lineno">  134</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(diffIgnore);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00135" name="l00135"></a><span class="lineno">  135</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00136" name="l00136"></a><span class="lineno">  136</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00137" name="l00137"></a><span class="lineno">  137</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00138" name="l00138"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2proteome_2difftest_8cpp.html#af617aca9c1682ff907b18eabfcc93971">  138</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2proteome_2difftest_8cpp.html#af617aca9c1682ff907b18eabfcc93971">testProteomeData</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00138" name="l00138"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp.html#af617aca9c1682ff907b18eabfcc93971">  138</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp.html#af617aca9c1682ff907b18eabfcc93971">testProteomeData</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00139" name="l00139"></a><span class="lineno">  139</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00140" name="l00140"></a><span class="lineno">  140</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testProteomeData()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00140" name="l00140"></a><span class="lineno">  140</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testProteomeData()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00141" name="l00141"></a><span class="lineno">  141</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00142" name="l00142"></a><span class="lineno">  142</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1proteome_1_1_proteome_data.html">ProteomeData</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00143" name="l00143"></a><span class="lineno">  143</span>   </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00144" name="l00144"></a><span class="lineno">  144</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1proteome_1_1_proteome_data.html#a6a2410483a1e4ad71056a0ed6c5db8f8">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;goober&quot;</span>;  </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00145" name="l00145"></a><span class="lineno">  145</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1proteome_1_1_proteome_data.html#a6a2410483a1e4ad71056a0ed6c5db8f8">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;goober&quot;</span>;  </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00146" name="l00146"></a><span class="lineno">  146</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00147" name="l00147"></a><span class="lineno">  147</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;ProteomeData, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ @@ -198,38 +198,38 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00150" name="l00150"></a><span class="lineno">  150</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1proteome_1_1_proteome_data.html#a6a2410483a1e4ad71056a0ed6c5db8f8">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;raisinet&quot;</span>;        </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00151" name="l00151"></a><span class="lineno">  151</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00152" name="l00152"></a><span class="lineno">  152</span>    shared_ptr&lt;ProteinListSimple&gt; proteinList1(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1proteome_1_1_protein_list_simple.html">ProteinListSimple</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00153" name="l00153"></a><span class="lineno">  153</span>    proteinList1-&gt;proteins.push_back(<a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1proteome.html#a7944edaf92cfc6ea70e4009ebaaf153c">ProteinPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1proteome_1_1_protein.html">Protein</a>(<span class="stringliteral">&quot;p1&quot;</span>, 0, <span class="stringliteral">&quot;&quot;</span>, <span class="stringliteral">&quot;&quot;</span>)));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00154" name="l00154"></a><span class="lineno">  154</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1proteome_1_1_proteome_data.html#aa9597b87b94d2dbc9027d67f12f91e65">proteinListPtr</a> = proteinList1;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00155" name="l00155"></a><span class="lineno">  155</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00156" name="l00156"></a><span class="lineno">  156</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00157" name="l00157"></a><span class="lineno">  157</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00157" name="l00157"></a><span class="lineno">  157</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00158" name="l00158"></a><span class="lineno">  158</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00159" name="l00159"></a><span class="lineno">  159</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00160" name="l00160"></a><span class="lineno">  160</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.proteinListPtr.get());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00161" name="l00161"></a><span class="lineno">  161</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.proteinListPtr-&gt;size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00162" name="l00162"></a><span class="lineno">  162</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00163" name="l00163"></a><span class="lineno">  163</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00164" name="l00164"></a><span class="lineno">  164</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00165" name="l00165"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2proteome_2difftest_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">  165</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00165" name="l00165"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">  165</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00166" name="l00166"></a><span class="lineno">  166</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00167" name="l00167"></a><span class="lineno">  167</span>    <span class="comment">//testProtein();</span></div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00168" name="l00168"></a><span class="lineno">  168</span>    <a class="code hl_function" href="data_2proteome_2difftest_8cpp.html#a5649fb5790f866235338321a039db925">testProteinList</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00169" name="l00169"></a><span class="lineno">  169</span>    <a class="code hl_function" href="data_2proteome_2difftest_8cpp.html#af617aca9c1682ff907b18eabfcc93971">testProteomeData</a>();</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00168" name="l00168"></a><span class="lineno">  168</span>    <a class="code hl_function" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp.html#a5649fb5790f866235338321a039db925">testProteinList</a>();</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00169" name="l00169"></a><span class="lineno">  169</span>    <a class="code hl_function" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp.html#af617aca9c1682ff907b18eabfcc93971">testProteomeData</a>();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00170" name="l00170"></a><span class="lineno">  170</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00171" name="l00171"></a><span class="lineno">  171</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00172" name="l00172"></a><span class="lineno">  172</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00173" name="l00173"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2proteome_2difftest_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">  173</a></span><span class="keywordtype">int</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">main</a>(<span class="keywordtype">int</span> argc, <span class="keywordtype">char</span>* argv[])</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00173" name="l00173"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">  173</a></span><span class="keywordtype">int</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">main</a>(<span class="keywordtype">int</span> argc, <span class="keywordtype">char</span>* argv[])</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00174" name="l00174"></a><span class="lineno">  174</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00175" name="l00175"></a><span class="lineno">  175</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a692991fff57cd9eb6ebdbc976e277ae7">TEST_PROLOG_EX</a>(argc, argv, <span class="stringliteral">&quot;_ProteomeData&quot;</span>)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00176" name="l00176"></a><span class="lineno">  176</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00177" name="l00177"></a><span class="lineno">  177</span>    <span class="keyword">try</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00178" name="l00178"></a><span class="lineno">  178</span>    {</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00179" name="l00179"></a><span class="lineno">  179</span>        <span class="keywordflow">if</span> (argc&gt;1 &amp;&amp; !strcmp(argv[1],<span class="stringliteral">&quot;-v&quot;</span>)) <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> = &amp;cout;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00180" name="l00180"></a><span class="lineno">  180</span>        <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a>();</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00179" name="l00179"></a><span class="lineno">  179</span>        <span class="keywordflow">if</span> (argc&gt;1 &amp;&amp; !strcmp(argv[1],<span class="stringliteral">&quot;-v&quot;</span>)) <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> = &amp;cout;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00180" name="l00180"></a><span class="lineno">  180</span>        <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a>();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00181" name="l00181"></a><span class="lineno">  181</span>    }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00182" name="l00182"></a><span class="lineno">  182</span>    <span class="keywordflow">catch</span> (exception&amp; e)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00183" name="l00183"></a><span class="lineno">  183</span>    {</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00184" name="l00184"></a><span class="lineno">  184</span>        <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd">TEST_FAILED</a>(e.what())</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00185" name="l00185"></a><span class="lineno">  185</span>    }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00186" name="l00186"></a><span class="lineno">  186</span>    <span class="keywordflow">catch</span> (...)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00187" name="l00187"></a><span class="lineno">  187</span>    {</div>
│ │ │ │ @@ -238,39 +238,39 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00190" name="l00190"></a><span class="lineno">  190</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00191" name="l00191"></a><span class="lineno">  191</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c">TEST_EPILOG</a></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00192" name="l00192"></a><span class="lineno">  192</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00193" name="l00193"></a><span class="lineno">  193</span> </div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_frequency_data_test_8cpp_html_a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f"><div class="ttname"><a href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a></div><div class="ttdeci">void diff(const string &amp;filename1, const string &amp;filename2)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">FrequencyDataTest.cpp:40</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_std_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="_std_8hpp.html">Std.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1proteome_1_1_protein_list_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1proteome_1_1_protein_list.html">pwiz::proteome::ProteinList</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_proteome_data_8hpp_source.html#l00055">ProteomeData.hpp:56</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">main</a></div><div class="ttdeci">int main(int argc, char *argv[])</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01371">DiffTest.cpp:1371</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a></div><div class="ttdeci">ostream * os_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">DiffTest.cpp:40</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a></div><div class="ttdeci">void test()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">DiffTest.cpp:1319</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2proteome_2difftest_8cpp_html_a5649fb5790f866235338321a039db925"><div class="ttname"><a href="data_2proteome_2difftest_8cpp.html#a5649fb5790f866235338321a039db925">testProteinList</a></div><div class="ttdeci">void testProteinList()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2proteome_2difftest_8cpp_source.html#l00054">DiffTest.cpp:54</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2proteome_2difftest_8cpp_html_af617aca9c1682ff907b18eabfcc93971"><div class="ttname"><a href="data_2proteome_2difftest_8cpp.html#af617aca9c1682ff907b18eabfcc93971">testProteomeData</a></div><div class="ttdeci">void testProteomeData()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2proteome_2difftest_8cpp_source.html#l00138">DiffTest.cpp:138</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">main</a></div><div class="ttdeci">int main(int argc, char *argv[])</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01371">DiffTest.cpp:1371</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a></div><div class="ttdeci">ostream * os_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">DiffTest.cpp:40</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a></div><div class="ttdeci">void test()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">DiffTest.cpp:1319</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2proteome_2_diff_test_8cpp_html_a5649fb5790f866235338321a039db925"><div class="ttname"><a href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp.html#a5649fb5790f866235338321a039db925">testProteinList</a></div><div class="ttdeci">void testProteinList()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp_source.html#l00054">DiffTest.cpp:54</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2proteome_2_diff_test_8cpp_html_af617aca9c1682ff907b18eabfcc93971"><div class="ttname"><a href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp.html#af617aca9c1682ff907b18eabfcc93971">testProteomeData</a></div><div class="ttdeci">void testProteomeData()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2proteome_2_diff_test_8cpp_source.html#l00138">DiffTest.cpp:138</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1data_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1data.html">pwiz::data</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_binary_index_stream_8hpp_source.html#l00031">BinaryIndexStream.hpp:31</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1proteome_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1proteome.html">pwiz::proteome</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_amino_acid_8hpp_source.html#l00035">AminoAcid.hpp:35</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1proteome_html_a7944edaf92cfc6ea70e4009ebaaf153c"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1proteome.html#a7944edaf92cfc6ea70e4009ebaaf153c">pwiz::proteome::ProteinPtr</a></div><div class="ttdeci">boost::shared_ptr&lt; Protein &gt; ProteinPtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_proteome_data_8hpp_source.html#l00048">ProteomeData.hpp:48</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1util_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="almost__equal_8hpp_source.html#l00033">almost_equal.hpp:33</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_diff_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">pwiz::data::Diff</a></div><div class="ttdoc">Calculate diffs of objects in a ProteoWizard data model hierarchy.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00142">diff_std.hpp:143</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_diff_html_a085f68b525bb48e5861ffd46e96bdeed"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html#a085f68b525bb48e5861ffd46e96bdeed">pwiz::data::Diff::a_b</a></div><div class="ttdeci">object_result_type a_b</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00156">diff_std.hpp:156</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config.html">pwiz::proteome::DiffConfig</a></div><div class="ttdoc">configuration struct for diffs</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2proteome_2diff_8hpp_source.html#l00072">Diff.hpp:73</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config_html_a2c68665cc66371faa9f857e83dcfb4c7"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config.html#a2c68665cc66371faa9f857e83dcfb4c7">pwiz::proteome::DiffConfig::ignoreMetadata</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreMetadata</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2proteome_2diff_8hpp_source.html#l00074">Diff.hpp:74</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config.html">pwiz::proteome::DiffConfig</a></div><div class="ttdoc">configuration struct for diffs</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2proteome_2_diff_8hpp_source.html#l00072">Diff.hpp:73</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config_html_a2c68665cc66371faa9f857e83dcfb4c7"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config.html#a2c68665cc66371faa9f857e83dcfb4c7">pwiz::proteome::DiffConfig::ignoreMetadata</a></div><div class="ttdeci">bool ignoreMetadata</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2proteome_2_diff_8hpp_source.html#l00074">Diff.hpp:74</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_protein_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_protein.html">pwiz::proteome::Protein</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_proteome_data_8hpp_source.html#l00036">ProteomeData.hpp:37</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_protein_list_simple_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_protein_list_simple.html">pwiz::proteome::ProteinListSimple</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_proteome_data_8hpp_source.html#l00076">ProteomeData.hpp:77</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_protein_list_simple_html_a4aa4d35fe724324cad68bf7b5203918f"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_protein_list_simple.html#a4aa4d35fe724324cad68bf7b5203918f">pwiz::proteome::ProteinListSimple::proteins</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; ProteinPtr &gt; proteins</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_proteome_data_8hpp_source.html#l00078">ProteomeData.hpp:78</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_proteome_data_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_proteome_data.html">pwiz::proteome::ProteomeData</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_proteome_data_8hpp_source.html#l00088">ProteomeData.hpp:89</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_proteome_data_html_a6a2410483a1e4ad71056a0ed6c5db8f8"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_proteome_data.html#a6a2410483a1e4ad71056a0ed6c5db8f8">pwiz::proteome::ProteomeData::id</a></div><div class="ttdeci">std::string id</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_proteome_data_8hpp_source.html#l00090">ProteomeData.hpp:90</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_proteome_data_html_aa9597b87b94d2dbc9027d67f12f91e65"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_proteome_data.html#aa9597b87b94d2dbc9027d67f12f91e65">pwiz::proteome::ProteomeData::proteinListPtr</a></div><div class="ttdeci">ProteinListPtr proteinListPtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_proteome_data_8hpp_source.html#l00092">ProteomeData.hpp:92</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html">unit.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a692991fff57cd9eb6ebdbc976e277ae7"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a692991fff57cd9eb6ebdbc976e277ae7">TEST_PROLOG_EX</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_PROLOG_EX(argc, argv, suffix)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00157">unit.hpp:157</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c">TEST_EPILOG</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_EPILOG</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00183">unit.hpp:183</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd">TEST_FAILED</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_FAILED(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00177">unit.hpp:177</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="autility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp.html">diff.hpp</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="autility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp.html">diff.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment --></div><!-- contents -->
│ │ │ │  <!-- start footer part -->
│ │ │ │  <hr class="footer"/><address class="footer"><small>
│ │ │ │  Generated by&#160;<a href="https://www.doxygen.org/index.html"><img class="footer" src="doxygen.svg" width="104" height="31" alt="doxygen"/></a> 1.9.4
│ │ │ │  </small></address>
│ │ │ │  </body>
│ │ │ │  </html>
│ │ │ │   --- ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/data_2tradata_2diff_8hpp.html
│ │ │ ├── +++ ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/data_2tradata_2_diff_8hpp.html
│ │ │ │┄ Files 0% similar despite different names
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│ │ │ │    <div class="headertitle"><div class="title">Diff.hpp File Reference</div></div>
│ │ │ │  </div><!--header-->
│ │ │ │  <div class="contents">
│ │ │ │  <div class="textblock"><code>#include &quot;<a class="el" href="_export_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/Export.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html">TraData.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="diff__std_8hpp_source.html">pwiz/data/common/diff_std.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │ -<p><a href="data_2tradata_2diff_8hpp_source.html">Go to the source code of this file.</a></p>
│ │ │ │ +<p><a href="data_2tradata_2_diff_8hpp_source.html">Go to the source code of this file.</a></p>
│ │ │ │  <table class="memberdecls">
│ │ │ │  <tr class="heading"><td colspan="2"><h2 class="groupheader"><a id="nested-classes" name="nested-classes"></a>
│ │ │ │  Classes</h2></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memitem:"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">struct &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_diff_config.html">pwiz::tradata::DiffConfig</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memdesc:"><td class="mdescLeft">&#160;</td><td class="mdescRight">configuration struct for diffs  <a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_diff_config.html#details">More...</a><br /></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  </table><table class="memberdecls">
│ │ │ │   --- ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/data_2tradata_2diff_8hpp_source.html
│ │ │ ├── +++ ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/data_2tradata_2_diff_8hpp_source.html
│ │ │ │┄ Files 0% similar despite different names
│ │ │ │ @@ -42,15 +42,15 @@
│ │ │ │  <li class="navelem"><a class="el" href="dir_45c7ef8544c9622a4c49808ad228f176.html">pwiz</a></li><li class="navelem"><a class="el" href="dir_f88a24e2e306ea4f9f3861037e755022.html">data</a></li><li class="navelem"><a class="el" href="dir_e3c2a31b0a611889cc011a8135ee656d.html">tradata</a></li>  </ul>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div><!-- top -->
│ │ │ │  <div class="header">
│ │ │ │    <div class="headertitle"><div class="title">Diff.hpp</div></div>
│ │ │ │  </div><!--header-->
│ │ │ │  <div class="contents">
│ │ │ │ -<a href="data_2tradata_2diff_8hpp.html">Go to the documentation of this file.</a><div class="fragment"><div class="line"><a id="l00001" name="l00001"></a><span class="lineno">    1</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │ +<a href="data_2tradata_2_diff_8hpp.html">Go to the documentation of this file.</a><div class="fragment"><div class="line"><a id="l00001" name="l00001"></a><span class="lineno">    1</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00002" name="l00002"></a><span class="lineno">    2</span><span class="comment">// $Id$</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00003" name="l00003"></a><span class="lineno">    3</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00004" name="l00004"></a><span class="lineno">    4</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00005" name="l00005"></a><span class="lineno">    5</span><span class="comment">// Original author: Matt Chambers &lt;matt.chambers .@. vanderbilt.edu&gt;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00006" name="l00006"></a><span class="lineno">    6</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00007" name="l00007"></a><span class="lineno">    7</span><span class="comment">// Copyright 2009 Vanderbilt University - Nashville, TN 37232</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00008" name="l00008"></a><span class="lineno">    8</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │ @@ -241,24 +241,24 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_tra_data_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="_tra_data_8hpp.html">TraData.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="adiff__std_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="diff__std_8hpp.html">diff_std.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1data_1_1diff__impl_html_a94bc7e764263e33b62d6d471ed0a3e4d"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1data_1_1diff__impl.html#a94bc7e764263e33b62d6d471ed0a3e4d">pwiz::data::diff_impl::diff</a></div><div class="ttdeci">PWIZ_API_DECL void diff(const std::string &amp;a, const std::string &amp;b, std::string &amp;a_b, std::string &amp;b_a, const BaseDiffConfig &amp;config)</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1tradata_html_a99394fb0a2a46c40420ed0f3ce577c6c"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1tradata.html#a99394fb0a2a46c40420ed0f3ce577c6c">pwiz::tradata::operator&lt;&lt;</a></div><div class="ttdeci">PWIZ_API_DECL std::ostream &amp; operator&lt;&lt;(std::ostream &amp;os, const data::Diff&lt; TraData, DiffConfig &gt; &amp;diff)</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz.html">pwiz</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_chromatogram_list___filter_8hpp_source.html#l00036">ChromatogramList_Filter.hpp:36</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_base_diff_config.html">pwiz::data::BaseDiffConfig</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00041">diff_std.hpp:42</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_diff_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">pwiz::data::Diff</a></div><div class="ttdoc">Calculate diffs of objects in a ProteoWizard data model hierarchy.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00142">diff_std.hpp:143</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config.html">pwiz::identdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2diff_8hpp_source.html#l00395">Diff.hpp:396</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_diff_config.html">pwiz::identdata::DiffConfig</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_8hpp_source.html#l00395">Diff.hpp:396</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_modification_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_modification.html">pwiz::identdata::Modification</a></div><div class="ttdoc">Implementation of ModificationType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00329">IdentData.hpp:330</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1identdata_1_1_peptide_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1identdata_1_1_peptide.html">pwiz::identdata::Peptide</a></div><div class="ttdoc">Implementation of PeptideType from the mzIdentML schema.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_ident_data_8hpp_source.html#l00368">IdentData.hpp:369</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_software_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_software.html">pwiz::msdata::Software</a></div><div class="ttdoc">A piece of software.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00179">MSData.hpp:180</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1msdata_1_1_target_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1msdata_1_1_target.html">pwiz::msdata::Target</a></div><div class="ttdoc">TODO.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00202">MSData.hpp:202</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config.html">pwiz::proteome::DiffConfig</a></div><div class="ttdoc">configuration struct for diffs</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2proteome_2diff_8hpp_source.html#l00072">Diff.hpp:73</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_diff_config.html">pwiz::proteome::DiffConfig</a></div><div class="ttdoc">configuration struct for diffs</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2proteome_2_diff_8hpp_source.html#l00072">Diff.hpp:73</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_protein_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_protein.html">pwiz::proteome::Protein</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_proteome_data_8hpp_source.html#l00036">ProteomeData.hpp:37</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_compound_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_compound.html">pwiz::tradata::Compound</a></div><div class="ttdoc">Chemical compound other than a peptide for which one or more transitions.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00240">TraData.hpp:241</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_configuration_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_configuration.html">pwiz::tradata::Configuration</a></div><div class="ttdoc">Instrument configuration used in the validation or optimization of the transitions.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00147">TraData.hpp:148</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_diff_config_html_a6e94fe1fa7143375c72df723016f92cf"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_diff_config.html#a6e94fe1fa7143375c72df723016f92cf">pwiz::tradata::DiffConfig::DiffConfig</a></div><div class="ttdeci">DiffConfig()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2tradata_2diff_8hpp_source.html#l00177">Diff.hpp:177</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_diff_config_html_a6e94fe1fa7143375c72df723016f92cf"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_diff_config.html#a6e94fe1fa7143375c72df723016f92cf">pwiz::tradata::DiffConfig::DiffConfig</a></div><div class="ttdeci">DiffConfig()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2tradata_2_diff_8hpp_source.html#l00177">Diff.hpp:177</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_evidence_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_evidence.html">pwiz::tradata::Evidence</a></div><div class="ttdoc">Information about empirical mass spectrometer observations of the peptide.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00116">TraData.hpp:117</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_instrument_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_instrument.html">pwiz::tradata::Instrument</a></div><div class="ttdoc">Instrument on which transitions are validated.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00132">TraData.hpp:133</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_interpretation_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_interpretation.html">pwiz::tradata::Interpretation</a></div><div class="ttdoc">A possible interpration of the product ion for a transition.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00163">TraData.hpp:164</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_prediction_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_prediction.html">pwiz::tradata::Prediction</a></div><div class="ttdoc">Information about a prediction for a suitable transition using some software.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00102">TraData.hpp:103</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_publication_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_publication.html">pwiz::tradata::Publication</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00060">TraData.hpp:61</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_retention_time_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_retention_time.html">pwiz::tradata::RetentionTime</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00091">TraData.hpp:92</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_tra_data_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_tra_data.html">pwiz::tradata::TraData</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00350">TraData.hpp:351</a></div></div>
│ │ │ │   --- ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/data_2tradata_2difftest_8cpp.html
│ │ │ ├── +++ ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html
│ │ │ │┄ Files 5% similar despite different names
│ │ │ │ @@ -45,61 +45,61 @@
│ │ │ │  <div class="header">
│ │ │ │    <div class="summary">
│ │ │ │  <a href="#func-members">Functions</a> &#124;
│ │ │ │  <a href="#var-members">Variables</a>  </div>
│ │ │ │    <div class="headertitle"><div class="title">DiffTest.cpp File Reference</div></div>
│ │ │ │  </div><!--header-->
│ │ │ │  <div class="contents">
│ │ │ │ -<div class="textblock"><code>#include &quot;<a class="el" href="data_2tradata_2diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │ +<div class="textblock"><code>#include &quot;<a class="el" href="data_2tradata_2_diff_8hpp_source.html">Diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="unit_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/unit.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="_std_8hpp_source.html">pwiz/utility/misc/Std.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &lt;cstring&gt;</code><br />
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │ -<p><a href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html">Go to the source code of this file.</a></p>
│ │ │ │ +<p><a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html">Go to the source code of this file.</a></p>
│ │ │ │  <table class="memberdecls">
│ │ │ │  <tr class="heading"><td colspan="2"><h2 class="groupheader"><a id="func-members" name="func-members"></a>
│ │ │ │  Functions</h2></td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:afc5a38f6d3b4f52e00189d54a2989b39"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#afc5a38f6d3b4f52e00189d54a2989b39">testContact</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:afc5a38f6d3b4f52e00189d54a2989b39"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#afc5a38f6d3b4f52e00189d54a2989b39">testContact</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:afc5a38f6d3b4f52e00189d54a2989b39"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:af8cc70875e3a5671a4bfced595b4d636"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#af8cc70875e3a5671a4bfced595b4d636">testInstrument</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:af8cc70875e3a5671a4bfced595b4d636"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#af8cc70875e3a5671a4bfced595b4d636">testInstrument</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:af8cc70875e3a5671a4bfced595b4d636"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a6cf4381b629e30ba8267429c27a821c1"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a6cf4381b629e30ba8267429c27a821c1">testConfiguration</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a6cf4381b629e30ba8267429c27a821c1"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a6cf4381b629e30ba8267429c27a821c1">testConfiguration</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a6cf4381b629e30ba8267429c27a821c1"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a8fcd627e143f9a8e2ebc10fda3c34d11"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a8fcd627e143f9a8e2ebc10fda3c34d11">testPrediction</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a8fcd627e143f9a8e2ebc10fda3c34d11"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a8fcd627e143f9a8e2ebc10fda3c34d11">testPrediction</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a8fcd627e143f9a8e2ebc10fda3c34d11"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a666d0a3a3d20d9a24343059bc56e1d45"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a666d0a3a3d20d9a24343059bc56e1d45">testValidation</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a666d0a3a3d20d9a24343059bc56e1d45"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a666d0a3a3d20d9a24343059bc56e1d45">testValidation</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a666d0a3a3d20d9a24343059bc56e1d45"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:adce68aefa1fe2042b1f9fa19e82540f7"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#adce68aefa1fe2042b1f9fa19e82540f7">testEvidence</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:adce68aefa1fe2042b1f9fa19e82540f7"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#adce68aefa1fe2042b1f9fa19e82540f7">testEvidence</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:adce68aefa1fe2042b1f9fa19e82540f7"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a7232f510d8ce5cebab6309d77af725e6"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a7232f510d8ce5cebab6309d77af725e6">testRetentionTime</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a7232f510d8ce5cebab6309d77af725e6"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a7232f510d8ce5cebab6309d77af725e6">testRetentionTime</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a7232f510d8ce5cebab6309d77af725e6"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a08c5ee7ae80e203806186b18ee655d3e"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a08c5ee7ae80e203806186b18ee655d3e">testProtein</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a08c5ee7ae80e203806186b18ee655d3e"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a08c5ee7ae80e203806186b18ee655d3e">testProtein</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a08c5ee7ae80e203806186b18ee655d3e"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:ac9226767d3a411f0d01a96044beec92e"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#ac9226767d3a411f0d01a96044beec92e">testModification</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:ac9226767d3a411f0d01a96044beec92e"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#ac9226767d3a411f0d01a96044beec92e">testModification</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:ac9226767d3a411f0d01a96044beec92e"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a623cc8cd52944c2b6f7fbac548bf562e"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a623cc8cd52944c2b6f7fbac548bf562e">testPeptide</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a623cc8cd52944c2b6f7fbac548bf562e"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a623cc8cd52944c2b6f7fbac548bf562e">testPeptide</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a623cc8cd52944c2b6f7fbac548bf562e"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a88e7dba897541f750d9104fb7196b927"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a88e7dba897541f750d9104fb7196b927">testCompound</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a88e7dba897541f750d9104fb7196b927"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a88e7dba897541f750d9104fb7196b927">testCompound</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a88e7dba897541f750d9104fb7196b927"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:ad088d50c3455558ccfdd4a38f5c620c3"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#ad088d50c3455558ccfdd4a38f5c620c3">testTransition</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:ad088d50c3455558ccfdd4a38f5c620c3"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#ad088d50c3455558ccfdd4a38f5c620c3">testTransition</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:ad088d50c3455558ccfdd4a38f5c620c3"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:afc2dceda76e251c5414bb035a3e48f3b"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#afc2dceda76e251c5414bb035a3e48f3b">testTarget</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:afc2dceda76e251c5414bb035a3e48f3b"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#afc2dceda76e251c5414bb035a3e48f3b">testTarget</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:afc2dceda76e251c5414bb035a3e48f3b"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">testSoftware</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">testSoftware</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a91db55ae68790fb8ed0b2efec3b0ab58"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a91db55ae68790fb8ed0b2efec3b0ab58">testTraData</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a91db55ae68790fb8ed0b2efec3b0ab58"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a91db55ae68790fb8ed0b2efec3b0ab58">testTraData</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a91db55ae68790fb8ed0b2efec3b0ab58"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a> ()</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">void&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a> ()</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">int&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">main</a> (int argc, char *argv[])</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">int&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">main</a> (int argc, char *argv[])</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  </table><table class="memberdecls">
│ │ │ │  <tr class="heading"><td colspan="2"><h2 class="groupheader"><a id="var-members" name="var-members"></a>
│ │ │ │  Variables</h2></td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">ostream *&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> = 0</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">ostream *&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> = 0</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  </table>
│ │ │ │  <h2 class="groupheader">Function Documentation</h2>
│ │ │ │  <a id="afc5a38f6d3b4f52e00189d54a2989b39" name="afc5a38f6d3b4f52e00189d54a2989b39"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#afc5a38f6d3b4f52e00189d54a2989b39">&#9670;&nbsp;</a></span>testContact()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -110,17 +110,17 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00037">37</a> of file <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00037">37</a> of file <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">   38</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   39</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testContact()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   39</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testContact()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   40</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   41</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_contact.html">Contact</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   42</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   43</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   44</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">cvParams</a>.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   45</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">cvParams</a>.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   46</span> </div>
│ │ │ │ @@ -128,29 +128,29 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   48</span>   </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   49</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Contact, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   50</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   51</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   52</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_contact.html#abac95bad7c95065094252730a1bed3a2">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;bar&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   53</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   54</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   55</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   55</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   56</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   57</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_frequency_data_test_8cpp_html_a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f"><div class="ttname"><a href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a></div><div class="ttdeci">void diff(const string &amp;filename1, const string &amp;filename2)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">FrequencyDataTest.cpp:40</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a></div><div class="ttdeci">MS_m_z</div><div class="ttdoc">m/z: Three-character symbol m/z is used to denote the quantity formed by dividing the mass of an ion ...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l00384">cv.hpp:384</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a></div><div class="ttdeci">ostream * os_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">DiffTest.cpp:40</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a></div><div class="ttdeci">ostream * os_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">DiffTest.cpp:40</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_diff_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">pwiz::data::Diff</a></div><div class="ttdoc">Calculate diffs of objects in a ProteoWizard data model hierarchy.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="diff__std_8hpp_source.html#l00142">diff_std.hpp:143</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_param_container_html_a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">pwiz::data::ParamContainer::cvParams</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; CVParam &gt; cvParams</div><div class="ttdoc">a collection of controlled vocabulary terms</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_param_types_8hpp_source.html#l00250">ParamTypes.hpp:250</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_param_container_html_ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">pwiz::data::ParamContainer::userParams</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; UserParam &gt; userParams</div><div class="ttdoc">a collection of uncontrolled user terms</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_param_types_8hpp_source.html#l00253">ParamTypes.hpp:253</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_user_param_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">pwiz::data::UserParam</a></div><div class="ttdoc">Uncontrolled user parameters (essentially allowing free text). Before using these,...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_param_types_8hpp_source.html#l00185">ParamTypes.hpp:186</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_contact_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_contact.html">pwiz::tradata::Contact</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00046">TraData.hpp:47</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_contact_html_abac95bad7c95065094252730a1bed3a2"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_contact.html#abac95bad7c95065094252730a1bed3a2">pwiz::tradata::Contact::id</a></div><div class="ttdeci">std::string id</div><div class="ttdoc">Identifier for the contact to be used for referencing within a document.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00049">TraData.hpp:49</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00250">pwiz::data::ParamContainer::cvParams</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00049">pwiz::tradata::Contact::id</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00384">MS_m_z</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00253">pwiz::data::ParamContainer::userParams</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00250">pwiz::data::ParamContainer::cvParams</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00049">pwiz::tradata::Contact::id</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00384">MS_m_z</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00253">pwiz::data::ParamContainer::userParams</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="af8cc70875e3a5671a4bfced595b4d636" name="af8cc70875e3a5671a4bfced595b4d636"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#af8cc70875e3a5671a4bfced595b4d636">&#9670;&nbsp;</a></span>testInstrument()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -161,17 +161,17 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00060">60</a> of file <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00060">60</a> of file <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">   61</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   62</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testInstrument()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   62</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testInstrument()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   63</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   64</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_instrument.html">Instrument</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   65</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   66</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   67</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">cvParams</a>.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   68</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">cvParams</a>.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   69</span> </div>
│ │ │ │ @@ -179,23 +179,23 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   71</span>   </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   72</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Instrument, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   73</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   74</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   75</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_instrument.html#afa4769ffabb60537dc6e3d4e447f3813">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;bar&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   76</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   77</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   78</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   78</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   79</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   80</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_instrument_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_instrument.html">pwiz::tradata::Instrument</a></div><div class="ttdoc">Instrument on which transitions are validated.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00132">TraData.hpp:133</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_instrument_html_afa4769ffabb60537dc6e3d4e447f3813"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_instrument.html#afa4769ffabb60537dc6e3d4e447f3813">pwiz::tradata::Instrument::id</a></div><div class="ttdeci">std::string id</div><div class="ttdoc">Identifier for the instrument to be used for referencing within a document.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00135">TraData.hpp:135</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00250">pwiz::data::ParamContainer::cvParams</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00135">pwiz::tradata::Instrument::id</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00384">MS_m_z</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00253">pwiz::data::ParamContainer::userParams</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00250">pwiz::data::ParamContainer::cvParams</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00135">pwiz::tradata::Instrument::id</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00384">MS_m_z</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00253">pwiz::data::ParamContainer::userParams</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00444">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00444">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a6cf4381b629e30ba8267429c27a821c1" name="a6cf4381b629e30ba8267429c27a821c1"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a6cf4381b629e30ba8267429c27a821c1">&#9670;&nbsp;</a></span>testConfiguration()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -206,17 +206,17 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00083">83</a> of file <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00083">83</a> of file <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">   84</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">   85</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testConfiguration()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">   85</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testConfiguration()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   86</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   87</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_configuration.html">Configuration</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   88</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   89</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   90</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">cvParams</a>.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   91</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">cvParams</a>.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   92</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_configuration.html#a829f6e1fd9ad685b9fb5065ab3d7b6f9">instrumentPtr</a> = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1tradata.html#a632a00c3c2761adfbd97fc1c300e8985">InstrumentPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_instrument.html">Instrument</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │ @@ -226,26 +226,26 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   96</span>   </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   97</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Configuration, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   98</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   99</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  100</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_configuration.html#a829f6e1fd9ad685b9fb5065ab3d7b6f9">instrumentPtr</a>-&gt;id = <span class="stringliteral">&quot;different&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  101</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  102</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  103</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  103</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  104</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  105</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1tradata_html_a197a8fc93191712fa1e7ecbac93532eb"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1tradata.html#a197a8fc93191712fa1e7ecbac93532eb">pwiz::tradata::ContactPtr</a></div><div class="ttdeci">boost::shared_ptr&lt; Contact &gt; ContactPtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00057">TraData.hpp:57</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1tradata_html_a632a00c3c2761adfbd97fc1c300e8985"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1tradata.html#a632a00c3c2761adfbd97fc1c300e8985">pwiz::tradata::InstrumentPtr</a></div><div class="ttdeci">boost::shared_ptr&lt; Instrument &gt; InstrumentPtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00143">TraData.hpp:143</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_configuration_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_configuration.html">pwiz::tradata::Configuration</a></div><div class="ttdoc">Instrument configuration used in the validation or optimization of the transitions.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00147">TraData.hpp:148</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_configuration_html_a829f6e1fd9ad685b9fb5065ab3d7b6f9"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_configuration.html#a829f6e1fd9ad685b9fb5065ab3d7b6f9">pwiz::tradata::Configuration::instrumentPtr</a></div><div class="ttdeci">InstrumentPtr instrumentPtr</div><div class="ttdoc">Reference to an instrument for which this configuration information is appropriate.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00155">TraData.hpp:155</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_configuration_html_ac38765f2b97418de2ed6f279db28ff8b"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_configuration.html#ac38765f2b97418de2ed6f279db28ff8b">pwiz::tradata::Configuration::contactPtr</a></div><div class="ttdeci">ContactPtr contactPtr</div><div class="ttdoc">Reference to a contact person originating this information.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00152">TraData.hpp:152</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00152">pwiz::tradata::Configuration::contactPtr</a>, <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00250">pwiz::data::ParamContainer::cvParams</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00155">pwiz::tradata::Configuration::instrumentPtr</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00384">MS_m_z</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00253">pwiz::data::ParamContainer::userParams</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00152">pwiz::tradata::Configuration::contactPtr</a>, <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00250">pwiz::data::ParamContainer::cvParams</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00155">pwiz::tradata::Configuration::instrumentPtr</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00384">MS_m_z</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00253">pwiz::data::ParamContainer::userParams</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00444">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00444">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a8fcd627e143f9a8e2ebc10fda3c34d11" name="a8fcd627e143f9a8e2ebc10fda3c34d11"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a8fcd627e143f9a8e2ebc10fda3c34d11">&#9670;&nbsp;</a></span>testPrediction()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -256,17 +256,17 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00108">108</a> of file <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00108">108</a> of file <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  109</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  110</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testPrediction()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  110</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testPrediction()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  111</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  112</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_prediction.html">Prediction</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  113</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  114</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  115</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">cvParams</a>.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  116</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">cvParams</a>.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  117</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_prediction.html#aa44dadaab7db65c0957f65e74b0498d6">contactPtr</a> = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1tradata.html#a197a8fc93191712fa1e7ecbac93532eb">ContactPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_contact.html">Contact</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │ @@ -274,26 +274,26 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  119</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  120</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Prediction, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  121</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  122</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  123</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_prediction.html#a6370a13542cf797d65066157b1e1ac65">softwarePtr</a> = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a5a48684ceb78f2d848f506bfb51a3cbe">SoftwarePtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_software.html">Software</a>(<span class="stringliteral">&quot;different&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  124</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  125</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  126</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  126</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  127</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  128</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html_a5a48684ceb78f2d848f506bfb51a3cbe"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a5a48684ceb78f2d848f506bfb51a3cbe">pwiz::msdata::SoftwarePtr</a></div><div class="ttdeci">boost::shared_ptr&lt; Software &gt; SoftwarePtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00198">MSData.hpp:198</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_prediction_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_prediction.html">pwiz::tradata::Prediction</a></div><div class="ttdoc">Information about a prediction for a suitable transition using some software.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00102">TraData.hpp:103</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_prediction_html_a6370a13542cf797d65066157b1e1ac65"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_prediction.html#a6370a13542cf797d65066157b1e1ac65">pwiz::tradata::Prediction::softwarePtr</a></div><div class="ttdeci">SoftwarePtr softwarePtr</div><div class="ttdoc">Reference to a software package from which this prediction is derived.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00105">TraData.hpp:105</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_prediction_html_aa44dadaab7db65c0957f65e74b0498d6"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_prediction.html#aa44dadaab7db65c0957f65e74b0498d6">pwiz::tradata::Prediction::contactPtr</a></div><div class="ttdeci">ContactPtr contactPtr</div><div class="ttdoc">Reference to a contact person that generated this prediction.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00108">TraData.hpp:108</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_software_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_software.html">pwiz::tradata::Software</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00070">TraData.hpp:71</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00108">pwiz::tradata::Prediction::contactPtr</a>, <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00250">pwiz::data::ParamContainer::cvParams</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00384">MS_m_z</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00105">pwiz::tradata::Prediction::softwarePtr</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00253">pwiz::data::ParamContainer::userParams</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00108">pwiz::tradata::Prediction::contactPtr</a>, <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00250">pwiz::data::ParamContainer::cvParams</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00384">MS_m_z</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00105">pwiz::tradata::Prediction::softwarePtr</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00253">pwiz::data::ParamContainer::userParams</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00444">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00444">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a666d0a3a3d20d9a24343059bc56e1d45" name="a666d0a3a3d20d9a24343059bc56e1d45"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a666d0a3a3d20d9a24343059bc56e1d45">&#9670;&nbsp;</a></span>testValidation()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -304,40 +304,40 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00131">131</a> of file <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00131">131</a> of file <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  132</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  133</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testValidation()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  133</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testValidation()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  134</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  135</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_validation.html">Validation</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  136</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  137</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  138</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">cvParams</a>.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  139</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">cvParams</a>.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  140</span>   </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  141</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Validation, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  142</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  143</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  144</span>    b.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#afbee415fb37187d53b6972257dac5a46">MS_peak_intensity</a>, 42);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  145</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  146</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  147</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  147</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  148</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  149</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_afbee415fb37187d53b6972257dac5a46"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#afbee415fb37187d53b6972257dac5a46">MS_peak_intensity</a></div><div class="ttdeci">MS_peak_intensity</div><div class="ttdoc">peak intensity: Intensity of ions as measured by the height or area of a peak in a mass spectrum.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l00402">cv.hpp:402</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1data_1_1_param_container_html_a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set</a></div><div class="ttdeci">void set(CVID cvid, const std::string &amp;value=&quot;&quot;, CVID units=CVID_Unknown)</div><div class="ttdoc">set/add a CVParam (not recursive)</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_validation_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_validation.html">pwiz::tradata::Validation</a></div><div class="ttdoc">Information about the state of validation of a transition on a given instrument model.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00124">TraData.hpp:125</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00250">pwiz::data::ParamContainer::cvParams</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00384">MS_m_z</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00402">MS_peak_intensity</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00253">pwiz::data::ParamContainer::userParams</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00250">pwiz::data::ParamContainer::cvParams</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00384">MS_m_z</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00402">MS_peak_intensity</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00253">pwiz::data::ParamContainer::userParams</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00444">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00444">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="adce68aefa1fe2042b1f9fa19e82540f7" name="adce68aefa1fe2042b1f9fa19e82540f7"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#adce68aefa1fe2042b1f9fa19e82540f7">&#9670;&nbsp;</a></span>testEvidence()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -348,38 +348,38 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00152">152</a> of file <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00152">152</a> of file <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  153</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  154</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testEvidence()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  154</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testEvidence()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  155</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  156</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_evidence.html">Evidence</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  157</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  158</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  159</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">cvParams</a>.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  160</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">cvParams</a>.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  161</span>   </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  162</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Evidence, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  163</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  164</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  165</span>    a.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#afbee415fb37187d53b6972257dac5a46">MS_peak_intensity</a>, 42);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  166</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  167</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  168</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  168</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  169</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  170</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_evidence_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_evidence.html">pwiz::tradata::Evidence</a></div><div class="ttdoc">Information about empirical mass spectrometer observations of the peptide.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00116">TraData.hpp:117</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00250">pwiz::data::ParamContainer::cvParams</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00384">MS_m_z</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00402">MS_peak_intensity</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00253">pwiz::data::ParamContainer::userParams</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00250">pwiz::data::ParamContainer::cvParams</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00384">MS_m_z</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00402">MS_peak_intensity</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00253">pwiz::data::ParamContainer::userParams</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00444">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00444">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a7232f510d8ce5cebab6309d77af725e6" name="a7232f510d8ce5cebab6309d77af725e6"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a7232f510d8ce5cebab6309d77af725e6">&#9670;&nbsp;</a></span>testRetentionTime()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -390,38 +390,38 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00173">173</a> of file <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00173">173</a> of file <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  174</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  175</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testRetentionTime()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  175</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testRetentionTime()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  176</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  177</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_retention_time.html">RetentionTime</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  178</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  179</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  180</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">cvParams</a>.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  181</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">cvParams</a>.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  182</span>   </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  183</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;RetentionTime, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  184</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  185</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  186</span>    a.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#afbee415fb37187d53b6972257dac5a46">MS_peak_intensity</a>, 42);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  187</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  188</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  189</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  189</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  190</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  191</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_retention_time_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_retention_time.html">pwiz::tradata::RetentionTime</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00091">TraData.hpp:92</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00250">pwiz::data::ParamContainer::cvParams</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00384">MS_m_z</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00402">MS_peak_intensity</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00253">pwiz::data::ParamContainer::userParams</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00250">pwiz::data::ParamContainer::cvParams</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00384">MS_m_z</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00402">MS_peak_intensity</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00253">pwiz::data::ParamContainer::userParams</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00444">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00444">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a08c5ee7ae80e203806186b18ee655d3e" name="a08c5ee7ae80e203806186b18ee655d3e"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a08c5ee7ae80e203806186b18ee655d3e">&#9670;&nbsp;</a></span>testProtein()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -432,17 +432,17 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00194">194</a> of file <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00194">194</a> of file <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  195</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  196</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testProtein()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  196</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testProtein()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  197</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  198</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1proteome_1_1_protein.html">Protein</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  199</span>    a.userParams.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  200</span>    b.userParams.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  201</span>    a.cvParams.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  202</span>    b.cvParams.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  203</span>    a.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1proteome_1_1_peptide.html#a1e1953a85e7f0a4dc93508d389855382">sequence</a> = b.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1proteome_1_1_peptide.html#a1e1953a85e7f0a4dc93508d389855382">sequence</a> = <span class="stringliteral">&quot;ABCD&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ @@ -450,24 +450,24 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  205</span>   </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  206</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Protein, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  207</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  208</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  209</span>    a.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1proteome_1_1_peptide.html#a1e1953a85e7f0a4dc93508d389855382">sequence</a> = <span class="stringliteral">&quot;DCBA&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  210</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  211</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  212</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  212</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  213</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  214</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1proteome_1_1_peptide_html_a1e1953a85e7f0a4dc93508d389855382"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1proteome_1_1_peptide.html#a1e1953a85e7f0a4dc93508d389855382">pwiz::proteome::Peptide::sequence</a></div><div class="ttdeci">const std::string &amp; sequence() const</div><div class="ttdoc">returns the sequence of amino acids making up the peptide</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_protein_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_protein.html">pwiz::proteome::Protein</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_proteome_data_8hpp_source.html#l00036">ProteomeData.hpp:37</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1proteome_1_1_protein_html_a060ab908dc2b9f85be09af32ec2656ed"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1proteome_1_1_protein.html#a060ab908dc2b9f85be09af32ec2656ed">pwiz::proteome::Protein::id</a></div><div class="ttdeci">std::string id</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_proteome_data_8hpp_source.html#l00042">ProteomeData.hpp:42</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_proteome_data_8hpp_source.html#l00042">pwiz::proteome::Protein::id</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00384">MS_m_z</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="classpwiz_1_1proteome_1_1_peptide.html#a1e1953a85e7f0a4dc93508d389855382">pwiz::proteome::Peptide::sequence()</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_proteome_data_8hpp_source.html#l00042">pwiz::proteome::Protein::id</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00384">MS_m_z</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="classpwiz_1_1proteome_1_1_peptide.html#a1e1953a85e7f0a4dc93508d389855382">pwiz::proteome::Peptide::sequence()</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00444">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00444">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ac9226767d3a411f0d01a96044beec92e" name="ac9226767d3a411f0d01a96044beec92e"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ac9226767d3a411f0d01a96044beec92e">&#9670;&nbsp;</a></span>testModification()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -478,35 +478,35 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00217">217</a> of file <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00217">217</a> of file <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  218</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  219</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testModification()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  219</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testModification()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  220</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  221</span>    <a class="code hl_class" href="classpwiz_1_1proteome_1_1_modification.html">Modification</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  222</span>    a.location = b.location = 7;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  223</span>    a.monoisotopicMassDelta = b.monoisotopicMassDelta = 42;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  224</span>    a.averageMassDelta = b.averageMassDelta = 42;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  225</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  226</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Modification, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  227</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  228</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  229</span>    a.monoisotopicMassDelta = 84;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  230</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  231</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  232</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  232</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  233</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  234</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1proteome_1_1_modification_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1proteome_1_1_modification.html">pwiz::proteome::Modification</a></div><div class="ttdoc">represents a post-translational modification (PTM) modification formula or masses must be provided at...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_modification_8hpp_source.html#l00041">Modification.hpp:42</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a623cc8cd52944c2b6f7fbac548bf562e" name="a623cc8cd52944c2b6f7fbac548bf562e"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a623cc8cd52944c2b6f7fbac548bf562e">&#9670;&nbsp;</a></span>testPeptide()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -517,17 +517,17 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00237">237</a> of file <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00237">237</a> of file <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  238</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  239</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testPeptide()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  239</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testPeptide()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  240</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  241</span>    <a class="code hl_class" href="classpwiz_1_1proteome_1_1_peptide.html">Peptide</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  242</span>    a.userParams.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  243</span>    b.userParams.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  244</span>    a.cvParams.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  245</span>    b.cvParams.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  246</span>    a.evidence.set(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#afbee415fb37187d53b6972257dac5a46">MS_peak_intensity</a>, 42);</div>
│ │ │ │ @@ -537,20 +537,20 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  250</span>   </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  251</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Peptide, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  252</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  253</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  254</span>    a.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1proteome_1_1_peptide.html#a1e1953a85e7f0a4dc93508d389855382">sequence</a> = <span class="stringliteral">&quot;DCBA&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  255</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  256</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  257</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  257</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  258</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  259</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1proteome_1_1_peptide_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1proteome_1_1_peptide.html">pwiz::proteome::Peptide</a></div><div class="ttdoc">represents a peptide or polypeptide (a sequence of amino acids)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peptide_8hpp_source.html#l00061">Peptide.hpp:62</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00384">MS_m_z</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00402">MS_peak_intensity</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="classpwiz_1_1proteome_1_1_peptide.html#a1e1953a85e7f0a4dc93508d389855382">pwiz::proteome::Peptide::sequence()</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00384">MS_m_z</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00402">MS_peak_intensity</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="classpwiz_1_1proteome_1_1_peptide.html#a1e1953a85e7f0a4dc93508d389855382">pwiz::proteome::Peptide::sequence()</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a88e7dba897541f750d9104fb7196b927" name="a88e7dba897541f750d9104fb7196b927"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a88e7dba897541f750d9104fb7196b927">&#9670;&nbsp;</a></span>testCompound()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -561,41 +561,41 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00262">262</a> of file <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00262">262</a> of file <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  263</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  264</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testCompound()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  264</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testCompound()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  265</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  266</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_compound.html">Compound</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  267</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  268</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  269</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">cvParams</a>.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  270</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">cvParams</a>.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  271</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_compound.html#afae9216baa29172fdec241229a76bcbb">id</a> = b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_compound.html#afae9216baa29172fdec241229a76bcbb">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;foo&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  272</span>   </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  273</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Compound, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  274</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  275</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  276</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_compound.html#ade855aad5099ce7ba8101ba6361134cc">retentionTimes</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_retention_time.html">RetentionTime</a>());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  277</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  278</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  279</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  279</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  280</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  281</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_compound_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_compound.html">pwiz::tradata::Compound</a></div><div class="ttdoc">Chemical compound other than a peptide for which one or more transitions.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00240">TraData.hpp:241</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_compound_html_ade855aad5099ce7ba8101ba6361134cc"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_compound.html#ade855aad5099ce7ba8101ba6361134cc">pwiz::tradata::Compound::retentionTimes</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; RetentionTime &gt; retentionTimes</div><div class="ttdoc">List of retention time information entries.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00246">TraData.hpp:246</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_compound_html_afae9216baa29172fdec241229a76bcbb"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_compound.html#afae9216baa29172fdec241229a76bcbb">pwiz::tradata::Compound::id</a></div><div class="ttdeci">std::string id</div><div class="ttdoc">Identifier for the compound to be used for referencing within a document.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00243">TraData.hpp:243</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00250">pwiz::data::ParamContainer::cvParams</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00243">pwiz::tradata::Compound::id</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00384">MS_m_z</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00246">pwiz::tradata::Compound::retentionTimes</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00253">pwiz::data::ParamContainer::userParams</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00250">pwiz::data::ParamContainer::cvParams</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00243">pwiz::tradata::Compound::id</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00384">MS_m_z</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00246">pwiz::tradata::Compound::retentionTimes</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="_param_types_8hpp_source.html#l00253">pwiz::data::ParamContainer::userParams</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00444">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00444">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ad088d50c3455558ccfdd4a38f5c620c3" name="ad088d50c3455558ccfdd4a38f5c620c3"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ad088d50c3455558ccfdd4a38f5c620c3">&#9670;&nbsp;</a></span>testTransition()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -606,17 +606,17 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00284">284</a> of file <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00284">284</a> of file <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  285</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  286</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testTransition()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  286</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testTransition()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  287</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  288</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_transition.html">Transition</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  289</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_transition.html#aa944001995af430cfd4afe6f0799589c">id</a> = b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_transition.html#aa944001995af430cfd4afe6f0799589c">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;T1&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  290</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_transition.html#a955820663ec87e859ffa32658cceb1dc">precursor</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1">MS_selected_ion_m_z</a>, 123.45);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  291</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_transition.html#a955820663ec87e859ffa32658cceb1dc">precursor</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1">MS_selected_ion_m_z</a>, 123.45);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  292</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_transition.html#a3e4f8af66b1a6e264109a132039b0e1a">product</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1">MS_selected_ion_m_z</a>, 456.78);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  293</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_transition.html#a3e4f8af66b1a6e264109a132039b0e1a">product</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1">MS_selected_ion_m_z</a>, 456.78);</div>
│ │ │ │ @@ -629,30 +629,30 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  300</span>   </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  301</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Transition, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  302</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  303</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  304</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_transition.html#a05bb049f2837f0940cd1f3edeec2d3e0">peptidePtr</a>-&gt;sequence = <span class="stringliteral">&quot;different&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  305</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  306</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  307</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  307</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  308</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  309</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1">MS_selected_ion_m_z</a></div><div class="ttdeci">MS_selected_ion_m_z</div><div class="ttdoc">selected ion m/z: Mass-to-charge ratio of an selected ion.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l02901">cv.hpp:2901</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1tradata_html_aa379fe47446da3659adaf176c593cbe4"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1tradata.html#aa379fe47446da3659adaf176c593cbe4">pwiz::tradata::PeptidePtr</a></div><div class="ttdeci">boost::shared_ptr&lt; Peptide &gt; PeptidePtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00236">TraData.hpp:236</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_configuration_html_a50d56cfb3c40fae16d0d37b585abc18b"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_configuration.html#a50d56cfb3c40fae16d0d37b585abc18b">pwiz::tradata::Configuration::validations</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; Validation &gt; validations</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00149">TraData.hpp:149</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_transition_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_transition.html">pwiz::tradata::Transition</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00273">TraData.hpp:274</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_transition_html_a05bb049f2837f0940cd1f3edeec2d3e0"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_transition.html#a05bb049f2837f0940cd1f3edeec2d3e0">pwiz::tradata::Transition::peptidePtr</a></div><div class="ttdeci">PeptidePtr peptidePtr</div><div class="ttdoc">Reference to a peptide which this transition is intended to identify.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00279">TraData.hpp:279</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_transition_html_a3e4f8af66b1a6e264109a132039b0e1a"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_transition.html#a3e4f8af66b1a6e264109a132039b0e1a">pwiz::tradata::Transition::product</a></div><div class="ttdeci">Product product</div><div class="ttdoc">Product (Q3) of the transition.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00288">TraData.hpp:288</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_transition_html_a955820663ec87e859ffa32658cceb1dc"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_transition.html#a955820663ec87e859ffa32658cceb1dc">pwiz::tradata::Transition::precursor</a></div><div class="ttdeci">Precursor precursor</div><div class="ttdoc">Precursor (Q1) of the transition.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00285">TraData.hpp:285</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_transition_html_aa944001995af430cfd4afe6f0799589c"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_transition.html#aa944001995af430cfd4afe6f0799589c">pwiz::tradata::Transition::id</a></div><div class="ttdeci">std::string id</div><div class="ttdoc">String label for this transition.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00276">TraData.hpp:276</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_transition_html_acf5392a9cb471c6c242c811cfb3f1fef"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_transition.html#acf5392a9cb471c6c242c811cfb3f1fef">pwiz::tradata::Transition::configurationList</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; Configuration &gt; configurationList</div><div class="ttdoc">List of insutrument configurations used in the validation or optimization of the transitions.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00300">TraData.hpp:300</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00300">pwiz::tradata::Transition::configurationList</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00276">pwiz::tradata::Transition::id</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00402">MS_peak_intensity</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l02901">MS_selected_ion_m_z</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00279">pwiz::tradata::Transition::peptidePtr</a>, <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00285">pwiz::tradata::Transition::precursor</a>, <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00288">pwiz::tradata::Transition::product</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00149">pwiz::tradata::Configuration::validations</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00300">pwiz::tradata::Transition::configurationList</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00276">pwiz::tradata::Transition::id</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00402">MS_peak_intensity</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l02901">MS_selected_ion_m_z</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00279">pwiz::tradata::Transition::peptidePtr</a>, <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00285">pwiz::tradata::Transition::precursor</a>, <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00288">pwiz::tradata::Transition::product</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00149">pwiz::tradata::Configuration::validations</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00444">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00444">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="afc2dceda76e251c5414bb035a3e48f3b" name="afc2dceda76e251c5414bb035a3e48f3b"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#afc2dceda76e251c5414bb035a3e48f3b">&#9670;&nbsp;</a></span>testTarget()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -663,17 +663,17 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00311">311</a> of file <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00311">311</a> of file <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  312</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  313</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testTarget()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  313</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testTarget()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  314</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  315</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_target.html">Target</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  316</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_target.html#a1705da8b614dd90ffea770f4a0d2298a">id</a> = b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_target.html#a1705da8b614dd90ffea770f4a0d2298a">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;T1&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  317</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_target.html#a363758d9eee74fe10b857f86b1ac0288">precursor</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1">MS_selected_ion_m_z</a>, 123.45);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  318</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_target.html#a363758d9eee74fe10b857f86b1ac0288">precursor</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1">MS_selected_ion_m_z</a>, 123.45);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  319</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_validation.html">Validation</a> v; v.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#afbee415fb37187d53b6972257dac5a46">MS_peak_intensity</a>, 42);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  320</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_configuration.html">Configuration</a> c; c.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_configuration.html#a50d56cfb3c40fae16d0d37b585abc18b">validations</a>.push_back(v);</div>
│ │ │ │ @@ -684,26 +684,26 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  325</span>   </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  326</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Target, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  327</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  328</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  329</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_target.html#a155da1b57a1970c1010819011eaf1727">peptidePtr</a>-&gt;sequence = <span class="stringliteral">&quot;different&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  330</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  331</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  332</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  332</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  333</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  334</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_target_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_target.html">pwiz::tradata::Target</a></div><div class="ttdoc">A peptide or compound that is to be included or excluded from a target list of precursor m/z values.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00308">TraData.hpp:309</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_target_html_a155da1b57a1970c1010819011eaf1727"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_target.html#a155da1b57a1970c1010819011eaf1727">pwiz::tradata::Target::peptidePtr</a></div><div class="ttdeci">PeptidePtr peptidePtr</div><div class="ttdoc">Reference to a peptide for which this target is the trigger.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00314">TraData.hpp:314</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_target_html_a1705da8b614dd90ffea770f4a0d2298a"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_target.html#a1705da8b614dd90ffea770f4a0d2298a">pwiz::tradata::Target::id</a></div><div class="ttdeci">std::string id</div><div class="ttdoc">String label for this target.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00311">TraData.hpp:311</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_target_html_a363758d9eee74fe10b857f86b1ac0288"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_target.html#a363758d9eee74fe10b857f86b1ac0288">pwiz::tradata::Target::precursor</a></div><div class="ttdeci">Precursor precursor</div><div class="ttdoc">Precursor (Q1) of the target.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00320">TraData.hpp:320</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_target_html_aa0e1a931aa9c37903b0240fa6aba27a3"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_target.html#aa0e1a931aa9c37903b0240fa6aba27a3">pwiz::tradata::Target::configurationList</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; Configuration &gt; configurationList</div><div class="ttdoc">List of instrument configurations used in the validation or optimization of the target.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00326">TraData.hpp:326</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00326">pwiz::tradata::Target::configurationList</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00311">pwiz::tradata::Target::id</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00402">MS_peak_intensity</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l02901">MS_selected_ion_m_z</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00314">pwiz::tradata::Target::peptidePtr</a>, <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00320">pwiz::tradata::Target::precursor</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00149">pwiz::tradata::Configuration::validations</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00326">pwiz::tradata::Target::configurationList</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00311">pwiz::tradata::Target::id</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00402">MS_peak_intensity</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l02901">MS_selected_ion_m_z</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00314">pwiz::tradata::Target::peptidePtr</a>, <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00320">pwiz::tradata::Target::precursor</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00149">pwiz::tradata::Configuration::validations</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00444">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00444">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0" name="af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">&#9670;&nbsp;</a></span>testSoftware()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -714,39 +714,39 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00337">337</a> of file <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00337">337</a> of file <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  338</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  339</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSoftware()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  339</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSoftware()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  340</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  341</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_software.html">Software</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  342</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  343</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_software.html#a33481e2f2eff6f9b86c45c076b934854">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;msdata&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  344</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_software.html#a63f36e599eaab458ca8b7e4217b56c97">version</a> = <span class="stringliteral">&quot;4.20&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  345</span>    a.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#adfa5f6102a293562e0bff0f399ee1676">MS_ionization_type</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  346</span>    b = a;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  347</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  348</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Software, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  349</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  350</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  351</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_software.html#a63f36e599eaab458ca8b7e4217b56c97">version</a> = <span class="stringliteral">&quot;4.21&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  352</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  353</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  354</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  354</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  355</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  356</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_adfa5f6102a293562e0bff0f399ee1676"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#adfa5f6102a293562e0bff0f399ee1676">MS_ionization_type</a></div><div class="ttdeci">MS_ionization_type</div><div class="ttdoc">ionization type: The method by which gas phase ions are generated from the sample.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l00285">cv.hpp:285</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_software_html_a33481e2f2eff6f9b86c45c076b934854"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_software.html#a33481e2f2eff6f9b86c45c076b934854">pwiz::tradata::Software::id</a></div><div class="ttdeci">std::string id</div><div class="ttdoc">Identifier for the software to be used for referencing within a document.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00073">TraData.hpp:73</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_software_html_a63f36e599eaab458ca8b7e4217b56c97"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_software.html#a63f36e599eaab458ca8b7e4217b56c97">pwiz::tradata::Software::version</a></div><div class="ttdeci">std::string version</div><div class="ttdoc">Version of the software program described.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00076">TraData.hpp:76</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00073">pwiz::tradata::Software::id</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00285">MS_ionization_type</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00076">pwiz::tradata::Software::version</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00073">pwiz::tradata::Software::id</a>, <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l00285">MS_ionization_type</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00076">pwiz::tradata::Software::version</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a91db55ae68790fb8ed0b2efec3b0ab58" name="a91db55ae68790fb8ed0b2efec3b0ab58"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a91db55ae68790fb8ed0b2efec3b0ab58">&#9670;&nbsp;</a></span>testTraData()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -757,17 +757,17 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00411">411</a> of file <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00411">411</a> of file <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  412</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  413</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testTraData()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  413</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testTraData()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  414</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  415</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_tra_data.html">TraData</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  416</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  417</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;TraData, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  418</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  419</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  420</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_tra_data.html#a0037da894e627ade47c50d8c8a08a205">cvs</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1cv_1_1_c_v.html">CV</a>());</div>
│ │ │ │ @@ -776,15 +776,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  423</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_publication.html">Publication</a> pub;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  424</span>    pub.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_publication.html#ae083f519d082b12a35cf7e1910ca9d26">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;PUBMED1&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  425</span>    pub.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aadf8b943deb70030d72c49a12ad94d14">UO_dalton</a>, 123);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  426</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_tra_data.html#a48876a82dbc67340629976f9a365edc2">publications</a>.push_back(pub);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  427</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_tra_data.html#a48876a82dbc67340629976f9a365edc2">publications</a>.push_back(pub);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  428</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  429</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  430</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  430</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  431</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  432</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  433</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.cvs.size() == 1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  434</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.cvs.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  435</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  436</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.softwarePtrs.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  437</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.softwarePtrs.empty());</div>
│ │ │ │ @@ -797,17 +797,17 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_publication_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_publication.html">pwiz::tradata::Publication</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00060">TraData.hpp:61</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_publication_html_ae083f519d082b12a35cf7e1910ca9d26"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_publication.html#ae083f519d082b12a35cf7e1910ca9d26">pwiz::tradata::Publication::id</a></div><div class="ttdeci">std::string id</div><div class="ttdoc">Identifier for the publication to be used for referencing within a document.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00063">TraData.hpp:63</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_tra_data_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_tra_data.html">pwiz::tradata::TraData</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00350">TraData.hpp:351</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_tra_data_html_a0037da894e627ade47c50d8c8a08a205"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_tra_data.html#a0037da894e627ade47c50d8c8a08a205">pwiz::tradata::TraData::cvs</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; CV &gt; cvs</div><div class="ttdoc">List of controlled vocabularies used in a TraML document note: one of the &lt;cv&gt; elements in this list ...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00357">TraData.hpp:357</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_tra_data_html_a48876a82dbc67340629976f9a365edc2"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_tra_data.html#a48876a82dbc67340629976f9a365edc2">pwiz::tradata::TraData::publications</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; Publication &gt; publications</div><div class="ttdoc">List of publications from which the transitions were collected or wherein they are published.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00363">TraData.hpp:363</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_tra_data_html_adc8e987198ae9277c4f1d4bf391b5777"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_tra_data.html#adc8e987198ae9277c4f1d4bf391b5777">pwiz::tradata::TraData::softwarePtrs</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; SoftwarePtr &gt; softwarePtrs</div><div class="ttdoc">List of software packages used in the generation of one of more transitions described in the document...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00369">TraData.hpp:369</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00357">pwiz::tradata::TraData::cvs</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00063">pwiz::tradata::Publication::id</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00363">pwiz::tradata::TraData::publications</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00369">pwiz::tradata::TraData::softwarePtrs</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l14460">UO_dalton</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00357">pwiz::tradata::TraData::cvs</a>, <a class="el" href="_frequency_data_test_8cpp_source.html#l00040">diff()</a>, <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00063">pwiz::tradata::Publication::id</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00363">pwiz::tradata::TraData::publications</a>, <a class="el" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">pwiz::data::ParamContainer::set()</a>, <a class="el" href="_tra_data_8hpp_source.html#l00369">pwiz::tradata::TraData::softwarePtrs</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit_assert</a>, and <a class="el" href="cv_8hpp_source.html#l14460">UO_dalton</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00444">test()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">Referenced by <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00444">test()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002" name="ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">&#9670;&nbsp;</a></span>test()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -818,51 +818,51 @@
│ │ │ │            <td>(</td>
│ │ │ │            <td class="paramname"></td><td>)</td>
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00444">444</a> of file <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00444">444</a> of file <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  445</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  446</span>    <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#afc5a38f6d3b4f52e00189d54a2989b39">testContact</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  447</span>    <a class="code hl_function" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#af8cc70875e3a5671a4bfced595b4d636">testInstrument</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  448</span>    <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">testSoftware</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  449</span>    <a class="code hl_function" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a6cf4381b629e30ba8267429c27a821c1">testConfiguration</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  450</span>    <a class="code hl_function" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a8fcd627e143f9a8e2ebc10fda3c34d11">testPrediction</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  451</span>    <a class="code hl_function" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a666d0a3a3d20d9a24343059bc56e1d45">testValidation</a>();</div>
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│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  453</span>    <a class="code hl_function" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a7232f510d8ce5cebab6309d77af725e6">testRetentionTime</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  454</span>    <a class="code hl_function" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a08c5ee7ae80e203806186b18ee655d3e">testProtein</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  455</span>    <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac9226767d3a411f0d01a96044beec92e">testModification</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  456</span>    <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a623cc8cd52944c2b6f7fbac548bf562e">testPeptide</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  457</span>    <a class="code hl_function" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a88e7dba897541f750d9104fb7196b927">testCompound</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  458</span>    <a class="code hl_function" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#ad088d50c3455558ccfdd4a38f5c620c3">testTransition</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  459</span>    <a class="code hl_function" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#afc2dceda76e251c5414bb035a3e48f3b">testTarget</a>();</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  446</span>    <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#afc5a38f6d3b4f52e00189d54a2989b39">testContact</a>();</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  447</span>    <a class="code hl_function" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#af8cc70875e3a5671a4bfced595b4d636">testInstrument</a>();</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  448</span>    <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">testSoftware</a>();</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  449</span>    <a class="code hl_function" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a6cf4381b629e30ba8267429c27a821c1">testConfiguration</a>();</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  450</span>    <a class="code hl_function" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a8fcd627e143f9a8e2ebc10fda3c34d11">testPrediction</a>();</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  451</span>    <a class="code hl_function" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a666d0a3a3d20d9a24343059bc56e1d45">testValidation</a>();</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  452</span>    <a class="code hl_function" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#adce68aefa1fe2042b1f9fa19e82540f7">testEvidence</a>();</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  453</span>    <a class="code hl_function" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a7232f510d8ce5cebab6309d77af725e6">testRetentionTime</a>();</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  454</span>    <a class="code hl_function" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a08c5ee7ae80e203806186b18ee655d3e">testProtein</a>();</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  455</span>    <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac9226767d3a411f0d01a96044beec92e">testModification</a>();</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  456</span>    <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a623cc8cd52944c2b6f7fbac548bf562e">testPeptide</a>();</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  457</span>    <a class="code hl_function" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a88e7dba897541f750d9104fb7196b927">testCompound</a>();</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  458</span>    <a class="code hl_function" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#ad088d50c3455558ccfdd4a38f5c620c3">testTransition</a>();</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  459</span>    <a class="code hl_function" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#afc2dceda76e251c5414bb035a3e48f3b">testTarget</a>();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  460</span>    <span class="comment">//testPrecursor();</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  461</span>    <span class="comment">//testProduct();</span></div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  462</span>    <a class="code hl_function" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a91db55ae68790fb8ed0b2efec3b0ab58">testTraData</a>();</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  462</span>    <a class="code hl_function" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a91db55ae68790fb8ed0b2efec3b0ab58">testTraData</a>();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  463</span>}</div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_a623cc8cd52944c2b6f7fbac548bf562e"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a623cc8cd52944c2b6f7fbac548bf562e">testPeptide</a></div><div class="ttdeci">void testPeptide()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01133">DiffTest.cpp:1133</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac9226767d3a411f0d01a96044beec92e"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac9226767d3a411f0d01a96044beec92e">testModification</a></div><div class="ttdeci">void testModification()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01121">DiffTest.cpp:1121</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_afc5a38f6d3b4f52e00189d54a2989b39"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#afc5a38f6d3b4f52e00189d54a2989b39">testContact</a></div><div class="ttdeci">void testContact()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01008">DiffTest.cpp:1008</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">testSoftware</a></div><div class="ttdeci">void testSoftware()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00227">DiffTest.cpp:227</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2tradata_2difftest_8cpp_html_a08c5ee7ae80e203806186b18ee655d3e"><div class="ttname"><a href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a08c5ee7ae80e203806186b18ee655d3e">testProtein</a></div><div class="ttdeci">void testProtein()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00194">DiffTest.cpp:194</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2tradata_2difftest_8cpp_html_a666d0a3a3d20d9a24343059bc56e1d45"><div class="ttname"><a href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a666d0a3a3d20d9a24343059bc56e1d45">testValidation</a></div><div class="ttdeci">void testValidation()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00131">DiffTest.cpp:131</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2tradata_2difftest_8cpp_html_a6cf4381b629e30ba8267429c27a821c1"><div class="ttname"><a href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a6cf4381b629e30ba8267429c27a821c1">testConfiguration</a></div><div class="ttdeci">void testConfiguration()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00083">DiffTest.cpp:83</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2tradata_2difftest_8cpp_html_a7232f510d8ce5cebab6309d77af725e6"><div class="ttname"><a href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a7232f510d8ce5cebab6309d77af725e6">testRetentionTime</a></div><div class="ttdeci">void testRetentionTime()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00173">DiffTest.cpp:173</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2tradata_2difftest_8cpp_html_a88e7dba897541f750d9104fb7196b927"><div class="ttname"><a href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a88e7dba897541f750d9104fb7196b927">testCompound</a></div><div class="ttdeci">void testCompound()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00262">DiffTest.cpp:262</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2tradata_2difftest_8cpp_html_a8fcd627e143f9a8e2ebc10fda3c34d11"><div class="ttname"><a href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a8fcd627e143f9a8e2ebc10fda3c34d11">testPrediction</a></div><div class="ttdeci">void testPrediction()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00108">DiffTest.cpp:108</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2tradata_2difftest_8cpp_html_a91db55ae68790fb8ed0b2efec3b0ab58"><div class="ttname"><a href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a91db55ae68790fb8ed0b2efec3b0ab58">testTraData</a></div><div class="ttdeci">void testTraData()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00411">DiffTest.cpp:411</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2tradata_2difftest_8cpp_html_ad088d50c3455558ccfdd4a38f5c620c3"><div class="ttname"><a href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#ad088d50c3455558ccfdd4a38f5c620c3">testTransition</a></div><div class="ttdeci">void testTransition()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00284">DiffTest.cpp:284</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2tradata_2difftest_8cpp_html_adce68aefa1fe2042b1f9fa19e82540f7"><div class="ttname"><a href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#adce68aefa1fe2042b1f9fa19e82540f7">testEvidence</a></div><div class="ttdeci">void testEvidence()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00152">DiffTest.cpp:152</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2tradata_2difftest_8cpp_html_af8cc70875e3a5671a4bfced595b4d636"><div class="ttname"><a href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#af8cc70875e3a5671a4bfced595b4d636">testInstrument</a></div><div class="ttdeci">void testInstrument()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00060">DiffTest.cpp:60</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2tradata_2difftest_8cpp_html_afc2dceda76e251c5414bb035a3e48f3b"><div class="ttname"><a href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#afc2dceda76e251c5414bb035a3e48f3b">testTarget</a></div><div class="ttdeci">void testTarget()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00311">DiffTest.cpp:311</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_a623cc8cd52944c2b6f7fbac548bf562e"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a623cc8cd52944c2b6f7fbac548bf562e">testPeptide</a></div><div class="ttdeci">void testPeptide()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01133">DiffTest.cpp:1133</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac9226767d3a411f0d01a96044beec92e"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac9226767d3a411f0d01a96044beec92e">testModification</a></div><div class="ttdeci">void testModification()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01121">DiffTest.cpp:1121</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_afc5a38f6d3b4f52e00189d54a2989b39"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#afc5a38f6d3b4f52e00189d54a2989b39">testContact</a></div><div class="ttdeci">void testContact()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01008">DiffTest.cpp:1008</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">testSoftware</a></div><div class="ttdeci">void testSoftware()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00227">DiffTest.cpp:227</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2tradata_2_diff_test_8cpp_html_a08c5ee7ae80e203806186b18ee655d3e"><div class="ttname"><a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a08c5ee7ae80e203806186b18ee655d3e">testProtein</a></div><div class="ttdeci">void testProtein()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00194">DiffTest.cpp:194</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2tradata_2_diff_test_8cpp_html_a666d0a3a3d20d9a24343059bc56e1d45"><div class="ttname"><a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a666d0a3a3d20d9a24343059bc56e1d45">testValidation</a></div><div class="ttdeci">void testValidation()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00131">DiffTest.cpp:131</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2tradata_2_diff_test_8cpp_html_a6cf4381b629e30ba8267429c27a821c1"><div class="ttname"><a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a6cf4381b629e30ba8267429c27a821c1">testConfiguration</a></div><div class="ttdeci">void testConfiguration()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00083">DiffTest.cpp:83</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2tradata_2_diff_test_8cpp_html_a7232f510d8ce5cebab6309d77af725e6"><div class="ttname"><a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a7232f510d8ce5cebab6309d77af725e6">testRetentionTime</a></div><div class="ttdeci">void testRetentionTime()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00173">DiffTest.cpp:173</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2tradata_2_diff_test_8cpp_html_a88e7dba897541f750d9104fb7196b927"><div class="ttname"><a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a88e7dba897541f750d9104fb7196b927">testCompound</a></div><div class="ttdeci">void testCompound()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00262">DiffTest.cpp:262</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2tradata_2_diff_test_8cpp_html_a8fcd627e143f9a8e2ebc10fda3c34d11"><div class="ttname"><a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a8fcd627e143f9a8e2ebc10fda3c34d11">testPrediction</a></div><div class="ttdeci">void testPrediction()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00108">DiffTest.cpp:108</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2tradata_2_diff_test_8cpp_html_a91db55ae68790fb8ed0b2efec3b0ab58"><div class="ttname"><a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a91db55ae68790fb8ed0b2efec3b0ab58">testTraData</a></div><div class="ttdeci">void testTraData()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00411">DiffTest.cpp:411</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2tradata_2_diff_test_8cpp_html_ad088d50c3455558ccfdd4a38f5c620c3"><div class="ttname"><a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#ad088d50c3455558ccfdd4a38f5c620c3">testTransition</a></div><div class="ttdeci">void testTransition()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00284">DiffTest.cpp:284</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2tradata_2_diff_test_8cpp_html_adce68aefa1fe2042b1f9fa19e82540f7"><div class="ttname"><a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#adce68aefa1fe2042b1f9fa19e82540f7">testEvidence</a></div><div class="ttdeci">void testEvidence()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00152">DiffTest.cpp:152</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2tradata_2_diff_test_8cpp_html_af8cc70875e3a5671a4bfced595b4d636"><div class="ttname"><a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#af8cc70875e3a5671a4bfced595b4d636">testInstrument</a></div><div class="ttdeci">void testInstrument()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00060">DiffTest.cpp:60</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2tradata_2_diff_test_8cpp_html_afc2dceda76e251c5414bb035a3e48f3b"><div class="ttname"><a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#afc2dceda76e251c5414bb035a3e48f3b">testTarget</a></div><div class="ttdeci">void testTarget()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00311">DiffTest.cpp:311</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00262">testCompound()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00083">testConfiguration()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01008">testContact()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00152">testEvidence()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00060">testInstrument()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01121">testModification()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01133">testPeptide()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00108">testPrediction()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00194">testProtein()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00173">testRetentionTime()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00227">testSoftware()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00311">testTarget()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00411">testTraData()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00284">testTransition()</a>, and <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00131">testValidation()</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00262">testCompound()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00083">testConfiguration()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01008">testContact()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00152">testEvidence()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00060">testInstrument()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01121">testModification()</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01133">testPeptide()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00108">testPrediction()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00194">testProtein()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00173">testRetentionTime()</a>, <a class="el" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00227">testSoftware()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00311">testTarget()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00411">testTraData()</a>, <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00284">testTransition()</a>, and <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00131">testValidation()</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <a id="a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97" name="a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">&#9670;&nbsp;</a></span>main()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -884,40 +884,40 @@
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │            <td>)</td>
│ │ │ │            <td></td><td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00466">466</a> of file <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00466">466</a> of file <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">  467</span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  468</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a692991fff57cd9eb6ebdbc976e277ae7">TEST_PROLOG_EX</a>(argc, argv, <span class="stringliteral">&quot;_TraData&quot;</span>)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  469</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  470</span>    <span class="keyword">try</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  471</span>    {</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  472</span>        <span class="keywordflow">if</span> (argc&gt;1 &amp;&amp; !strcmp(argv[1],<span class="stringliteral">&quot;-v&quot;</span>)) <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> = &amp;cout;</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><span class="lineno">  473</span>        <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a>();</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  472</span>        <span class="keywordflow">if</span> (argc&gt;1 &amp;&amp; !strcmp(argv[1],<span class="stringliteral">&quot;-v&quot;</span>)) <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> = &amp;cout;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><span class="lineno">  473</span>        <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a>();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  474</span>    }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  475</span>    <span class="keywordflow">catch</span> (exception&amp; e)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  476</span>    {</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  477</span>        <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd">TEST_FAILED</a>(e.what())</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  478</span>    }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  479</span>    <span class="keywordflow">catch</span> (...)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  480</span>    {</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  481</span>        <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd">TEST_FAILED</a>(<span class="stringliteral">&quot;Caught unknown exception.&quot;</span>)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  482</span>    }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  483</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  484</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c">TEST_EPILOG</a></div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">  485</span>}</div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a></div><div class="ttdeci">void test()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">DiffTest.cpp:1319</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a></div><div class="ttdeci">void test()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">DiffTest.cpp:1319</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a692991fff57cd9eb6ebdbc976e277ae7"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a692991fff57cd9eb6ebdbc976e277ae7">TEST_PROLOG_EX</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_PROLOG_EX(argc, argv, suffix)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00157">unit.hpp:157</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c">TEST_EPILOG</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_EPILOG</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00183">unit.hpp:183</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd">TEST_FAILED</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_FAILED(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00177">unit.hpp:177</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │ -<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">test()</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00183">TEST_EPILOG</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00177">TEST_FAILED</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00157">TEST_PROLOG_EX</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="reference">References <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">os_</a>, <a class="el" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">test()</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00183">TEST_EPILOG</a>, <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00177">TEST_FAILED</a>, and <a class="el" href="unit_8hpp_source.html#l00157">TEST_PROLOG_EX</a>.</p>
│ │ │ │  
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  <h2 class="groupheader">Variable Documentation</h2>
│ │ │ │  <a id="ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf" name="ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">&#9670;&nbsp;</a></span>os_</h2>
│ │ │ │  
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│ │ │ │        <table class="memname">
│ │ │ │          <tr>
│ │ │ │            <td class="memname">ostream* os_ = 0</td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00034">34</a> of file <a class="el" href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00034">34</a> of file <a class="el" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html">DiffTest.cpp</a>.</p>
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│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ │  <!-- start footer part -->
│ │ │ │  <hr class="footer"/><address class="footer"><small>
│ │ │ │  Generated by&#160;<a href="https://www.doxygen.org/index.html"><img class="footer" src="doxygen.svg" width="104" height="31" alt="doxygen"/></a> 1.9.4
│ │ │ │   --- ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html
│ │ │ ├── +++ ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html
│ │ │ │┄ Files 6% similar despite different names
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│ │ │ │  <li class="navelem"><a class="el" href="dir_45c7ef8544c9622a4c49808ad228f176.html">pwiz</a></li><li class="navelem"><a class="el" href="dir_f88a24e2e306ea4f9f3861037e755022.html">data</a></li><li class="navelem"><a class="el" href="dir_e3c2a31b0a611889cc011a8135ee656d.html">tradata</a></li>  </ul>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div><!-- top -->
│ │ │ │  <div class="header">
│ │ │ │    <div class="headertitle"><div class="title">DiffTest.cpp</div></div>
│ │ │ │  </div><!--header-->
│ │ │ │  <div class="contents">
│ │ │ │ -<a href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html">Go to the documentation of this file.</a><div class="fragment"><div class="line"><a id="l00001" name="l00001"></a><span class="lineno">    1</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │ +<a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html">Go to the documentation of this file.</a><div class="fragment"><div class="line"><a id="l00001" name="l00001"></a><span class="lineno">    1</span><span class="comment">//</span></div>
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│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00003" name="l00003"></a><span class="lineno">    3</span><span class="comment">//</span></div>
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│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00005" name="l00005"></a><span class="lineno">    5</span><span class="comment">// Original author: Matt Chambers &lt;matt.chambers .@. vanderbilt.edu&gt;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00006" name="l00006"></a><span class="lineno">    6</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00007" name="l00007"></a><span class="lineno">    7</span><span class="comment">// Copyright 2009 Vanderbilt University - Nashville, TN 37232</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00008" name="l00008"></a><span class="lineno">    8</span><span class="comment">//</span></div>
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│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00015" name="l00015"></a><span class="lineno">   15</span><span class="comment">// Unless required by applicable law or agreed to in writing, software </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00016" name="l00016"></a><span class="lineno">   16</span><span class="comment">// distributed under the License is distributed on an &quot;AS IS&quot; BASIS, </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00017" name="l00017"></a><span class="lineno">   17</span><span class="comment">// WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied. </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00018" name="l00018"></a><span class="lineno">   18</span><span class="comment">// See the License for the specific language governing permissions and </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00019" name="l00019"></a><span class="lineno">   19</span><span class="comment">// limitations under the License.</span></div>
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│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00028" name="l00028"></a><span class="lineno">   28</span><span class="keyword">using namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacepwiz_1_1util.html">pwiz::util</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00029" name="l00029"></a><span class="lineno">   29</span><span class="keyword">using namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacepwiz_1_1cv.html">pwiz::cv</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00030" name="l00030"></a><span class="lineno">   30</span><span class="keyword">using namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacepwiz_1_1data.html">pwiz::data</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00031" name="l00031"></a><span class="lineno">   31</span><span class="keyword">using namespace </span><a class="code hl_namespace" href="namespacepwiz_1_1tradata.html">pwiz::tradata</a>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00032" name="l00032"></a><span class="lineno">   32</span> </div>
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│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00034" name="l00034"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">   34</a></span>ostream* <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> = 0;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00034" name="l00034"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">   34</a></span>ostream* <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> = 0;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00035" name="l00035"></a><span class="lineno">   35</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00036" name="l00036"></a><span class="lineno">   36</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00037" name="l00037"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#afc5a38f6d3b4f52e00189d54a2989b39">   37</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#afc5a38f6d3b4f52e00189d54a2989b39">testContact</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00037" name="l00037"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#afc5a38f6d3b4f52e00189d54a2989b39">   37</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#afc5a38f6d3b4f52e00189d54a2989b39">testContact</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00038" name="l00038"></a><span class="lineno">   38</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00039" name="l00039"></a><span class="lineno">   39</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testContact()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00039" name="l00039"></a><span class="lineno">   39</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testContact()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00040" name="l00040"></a><span class="lineno">   40</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00041" name="l00041"></a><span class="lineno">   41</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_contact.html">Contact</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00042" name="l00042"></a><span class="lineno">   42</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00043" name="l00043"></a><span class="lineno">   43</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00044" name="l00044"></a><span class="lineno">   44</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">cvParams</a>.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00045" name="l00045"></a><span class="lineno">   45</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">cvParams</a>.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00046" name="l00046"></a><span class="lineno">   46</span> </div>
│ │ │ │ @@ -96,22 +96,22 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00048" name="l00048"></a><span class="lineno">   48</span>   </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00049" name="l00049"></a><span class="lineno">   49</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Contact, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00050" name="l00050"></a><span class="lineno">   50</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00051" name="l00051"></a><span class="lineno">   51</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00052" name="l00052"></a><span class="lineno">   52</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_contact.html#abac95bad7c95065094252730a1bed3a2">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;bar&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00053" name="l00053"></a><span class="lineno">   53</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00054" name="l00054"></a><span class="lineno">   54</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00055" name="l00055"></a><span class="lineno">   55</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00055" name="l00055"></a><span class="lineno">   55</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00056" name="l00056"></a><span class="lineno">   56</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00057" name="l00057"></a><span class="lineno">   57</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00058" name="l00058"></a><span class="lineno">   58</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00059" name="l00059"></a><span class="lineno">   59</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00060" name="l00060"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#af8cc70875e3a5671a4bfced595b4d636">   60</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#af8cc70875e3a5671a4bfced595b4d636">testInstrument</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00060" name="l00060"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#af8cc70875e3a5671a4bfced595b4d636">   60</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#af8cc70875e3a5671a4bfced595b4d636">testInstrument</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00061" name="l00061"></a><span class="lineno">   61</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00062" name="l00062"></a><span class="lineno">   62</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testInstrument()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00062" name="l00062"></a><span class="lineno">   62</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testInstrument()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00063" name="l00063"></a><span class="lineno">   63</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00064" name="l00064"></a><span class="lineno">   64</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_instrument.html">Instrument</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00065" name="l00065"></a><span class="lineno">   65</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00066" name="l00066"></a><span class="lineno">   66</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00067" name="l00067"></a><span class="lineno">   67</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">cvParams</a>.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00068" name="l00068"></a><span class="lineno">   68</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">cvParams</a>.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00069" name="l00069"></a><span class="lineno">   69</span> </div>
│ │ │ │ @@ -119,22 +119,22 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00071" name="l00071"></a><span class="lineno">   71</span>   </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00072" name="l00072"></a><span class="lineno">   72</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Instrument, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00073" name="l00073"></a><span class="lineno">   73</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00074" name="l00074"></a><span class="lineno">   74</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00075" name="l00075"></a><span class="lineno">   75</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_instrument.html#afa4769ffabb60537dc6e3d4e447f3813">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;bar&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00076" name="l00076"></a><span class="lineno">   76</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00077" name="l00077"></a><span class="lineno">   77</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00078" name="l00078"></a><span class="lineno">   78</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00078" name="l00078"></a><span class="lineno">   78</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00079" name="l00079"></a><span class="lineno">   79</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00080" name="l00080"></a><span class="lineno">   80</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00081" name="l00081"></a><span class="lineno">   81</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00082" name="l00082"></a><span class="lineno">   82</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00083" name="l00083"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a6cf4381b629e30ba8267429c27a821c1">   83</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a6cf4381b629e30ba8267429c27a821c1">testConfiguration</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00083" name="l00083"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a6cf4381b629e30ba8267429c27a821c1">   83</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a6cf4381b629e30ba8267429c27a821c1">testConfiguration</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00084" name="l00084"></a><span class="lineno">   84</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00085" name="l00085"></a><span class="lineno">   85</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testConfiguration()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00085" name="l00085"></a><span class="lineno">   85</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testConfiguration()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00086" name="l00086"></a><span class="lineno">   86</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00087" name="l00087"></a><span class="lineno">   87</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_configuration.html">Configuration</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00088" name="l00088"></a><span class="lineno">   88</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00089" name="l00089"></a><span class="lineno">   89</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00090" name="l00090"></a><span class="lineno">   90</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">cvParams</a>.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00091" name="l00091"></a><span class="lineno">   91</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">cvParams</a>.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00092" name="l00092"></a><span class="lineno">   92</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_configuration.html#a829f6e1fd9ad685b9fb5065ab3d7b6f9">instrumentPtr</a> = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1tradata.html#a632a00c3c2761adfbd97fc1c300e8985">InstrumentPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_instrument.html">Instrument</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │ @@ -144,22 +144,22 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00096" name="l00096"></a><span class="lineno">   96</span>   </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00097" name="l00097"></a><span class="lineno">   97</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Configuration, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00098" name="l00098"></a><span class="lineno">   98</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00099" name="l00099"></a><span class="lineno">   99</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00100" name="l00100"></a><span class="lineno">  100</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_configuration.html#a829f6e1fd9ad685b9fb5065ab3d7b6f9">instrumentPtr</a>-&gt;id = <span class="stringliteral">&quot;different&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00101" name="l00101"></a><span class="lineno">  101</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00102" name="l00102"></a><span class="lineno">  102</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00103" name="l00103"></a><span class="lineno">  103</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00103" name="l00103"></a><span class="lineno">  103</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00104" name="l00104"></a><span class="lineno">  104</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00105" name="l00105"></a><span class="lineno">  105</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00106" name="l00106"></a><span class="lineno">  106</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00107" name="l00107"></a><span class="lineno">  107</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00108" name="l00108"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a8fcd627e143f9a8e2ebc10fda3c34d11">  108</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a8fcd627e143f9a8e2ebc10fda3c34d11">testPrediction</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00108" name="l00108"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a8fcd627e143f9a8e2ebc10fda3c34d11">  108</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a8fcd627e143f9a8e2ebc10fda3c34d11">testPrediction</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00109" name="l00109"></a><span class="lineno">  109</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00110" name="l00110"></a><span class="lineno">  110</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testPrediction()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00110" name="l00110"></a><span class="lineno">  110</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testPrediction()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00111" name="l00111"></a><span class="lineno">  111</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00112" name="l00112"></a><span class="lineno">  112</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_prediction.html">Prediction</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00113" name="l00113"></a><span class="lineno">  113</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00114" name="l00114"></a><span class="lineno">  114</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00115" name="l00115"></a><span class="lineno">  115</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">cvParams</a>.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00116" name="l00116"></a><span class="lineno">  116</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">cvParams</a>.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00117" name="l00117"></a><span class="lineno">  117</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_prediction.html#aa44dadaab7db65c0957f65e74b0498d6">contactPtr</a> = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1tradata.html#a197a8fc93191712fa1e7ecbac93532eb">ContactPtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_contact.html">Contact</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │ @@ -167,85 +167,85 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00119" name="l00119"></a><span class="lineno">  119</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00120" name="l00120"></a><span class="lineno">  120</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Prediction, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00121" name="l00121"></a><span class="lineno">  121</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00122" name="l00122"></a><span class="lineno">  122</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00123" name="l00123"></a><span class="lineno">  123</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_prediction.html#a6370a13542cf797d65066157b1e1ac65">softwarePtr</a> = <a class="code hl_typedef" href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a5a48684ceb78f2d848f506bfb51a3cbe">SoftwarePtr</a>(<span class="keyword">new</span> <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_software.html">Software</a>(<span class="stringliteral">&quot;different&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00124" name="l00124"></a><span class="lineno">  124</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00125" name="l00125"></a><span class="lineno">  125</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00126" name="l00126"></a><span class="lineno">  126</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00126" name="l00126"></a><span class="lineno">  126</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00127" name="l00127"></a><span class="lineno">  127</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00128" name="l00128"></a><span class="lineno">  128</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00129" name="l00129"></a><span class="lineno">  129</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00130" name="l00130"></a><span class="lineno">  130</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00131" name="l00131"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a666d0a3a3d20d9a24343059bc56e1d45">  131</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a666d0a3a3d20d9a24343059bc56e1d45">testValidation</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00131" name="l00131"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a666d0a3a3d20d9a24343059bc56e1d45">  131</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a666d0a3a3d20d9a24343059bc56e1d45">testValidation</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00132" name="l00132"></a><span class="lineno">  132</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00133" name="l00133"></a><span class="lineno">  133</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testValidation()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00133" name="l00133"></a><span class="lineno">  133</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testValidation()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00134" name="l00134"></a><span class="lineno">  134</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00135" name="l00135"></a><span class="lineno">  135</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_validation.html">Validation</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00136" name="l00136"></a><span class="lineno">  136</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00137" name="l00137"></a><span class="lineno">  137</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00138" name="l00138"></a><span class="lineno">  138</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">cvParams</a>.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00139" name="l00139"></a><span class="lineno">  139</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">cvParams</a>.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00140" name="l00140"></a><span class="lineno">  140</span>   </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00141" name="l00141"></a><span class="lineno">  141</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Validation, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00142" name="l00142"></a><span class="lineno">  142</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00143" name="l00143"></a><span class="lineno">  143</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00144" name="l00144"></a><span class="lineno">  144</span>    b.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#afbee415fb37187d53b6972257dac5a46">MS_peak_intensity</a>, 42);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00145" name="l00145"></a><span class="lineno">  145</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00146" name="l00146"></a><span class="lineno">  146</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00147" name="l00147"></a><span class="lineno">  147</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00147" name="l00147"></a><span class="lineno">  147</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00148" name="l00148"></a><span class="lineno">  148</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00149" name="l00149"></a><span class="lineno">  149</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00150" name="l00150"></a><span class="lineno">  150</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00151" name="l00151"></a><span class="lineno">  151</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00152" name="l00152"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#adce68aefa1fe2042b1f9fa19e82540f7">  152</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#adce68aefa1fe2042b1f9fa19e82540f7">testEvidence</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00152" name="l00152"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#adce68aefa1fe2042b1f9fa19e82540f7">  152</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#adce68aefa1fe2042b1f9fa19e82540f7">testEvidence</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00153" name="l00153"></a><span class="lineno">  153</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00154" name="l00154"></a><span class="lineno">  154</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testEvidence()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00154" name="l00154"></a><span class="lineno">  154</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testEvidence()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00155" name="l00155"></a><span class="lineno">  155</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00156" name="l00156"></a><span class="lineno">  156</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_evidence.html">Evidence</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00157" name="l00157"></a><span class="lineno">  157</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00158" name="l00158"></a><span class="lineno">  158</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00159" name="l00159"></a><span class="lineno">  159</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">cvParams</a>.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00160" name="l00160"></a><span class="lineno">  160</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">cvParams</a>.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00161" name="l00161"></a><span class="lineno">  161</span>   </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00162" name="l00162"></a><span class="lineno">  162</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Evidence, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00163" name="l00163"></a><span class="lineno">  163</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00164" name="l00164"></a><span class="lineno">  164</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00165" name="l00165"></a><span class="lineno">  165</span>    a.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#afbee415fb37187d53b6972257dac5a46">MS_peak_intensity</a>, 42);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00166" name="l00166"></a><span class="lineno">  166</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00167" name="l00167"></a><span class="lineno">  167</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00168" name="l00168"></a><span class="lineno">  168</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00168" name="l00168"></a><span class="lineno">  168</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00169" name="l00169"></a><span class="lineno">  169</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00170" name="l00170"></a><span class="lineno">  170</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00171" name="l00171"></a><span class="lineno">  171</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00172" name="l00172"></a><span class="lineno">  172</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00173" name="l00173"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a7232f510d8ce5cebab6309d77af725e6">  173</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a7232f510d8ce5cebab6309d77af725e6">testRetentionTime</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00173" name="l00173"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a7232f510d8ce5cebab6309d77af725e6">  173</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a7232f510d8ce5cebab6309d77af725e6">testRetentionTime</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00174" name="l00174"></a><span class="lineno">  174</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00175" name="l00175"></a><span class="lineno">  175</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testRetentionTime()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00175" name="l00175"></a><span class="lineno">  175</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testRetentionTime()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00176" name="l00176"></a><span class="lineno">  176</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00177" name="l00177"></a><span class="lineno">  177</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_retention_time.html">RetentionTime</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00178" name="l00178"></a><span class="lineno">  178</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00179" name="l00179"></a><span class="lineno">  179</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00180" name="l00180"></a><span class="lineno">  180</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">cvParams</a>.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00181" name="l00181"></a><span class="lineno">  181</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">cvParams</a>.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00182" name="l00182"></a><span class="lineno">  182</span>   </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00183" name="l00183"></a><span class="lineno">  183</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;RetentionTime, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00184" name="l00184"></a><span class="lineno">  184</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00185" name="l00185"></a><span class="lineno">  185</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00186" name="l00186"></a><span class="lineno">  186</span>    a.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#afbee415fb37187d53b6972257dac5a46">MS_peak_intensity</a>, 42);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00187" name="l00187"></a><span class="lineno">  187</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00188" name="l00188"></a><span class="lineno">  188</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00189" name="l00189"></a><span class="lineno">  189</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00189" name="l00189"></a><span class="lineno">  189</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00190" name="l00190"></a><span class="lineno">  190</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00191" name="l00191"></a><span class="lineno">  191</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00192" name="l00192"></a><span class="lineno">  192</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00193" name="l00193"></a><span class="lineno">  193</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00194" name="l00194"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a08c5ee7ae80e203806186b18ee655d3e">  194</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a08c5ee7ae80e203806186b18ee655d3e">testProtein</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00194" name="l00194"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a08c5ee7ae80e203806186b18ee655d3e">  194</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a08c5ee7ae80e203806186b18ee655d3e">testProtein</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00195" name="l00195"></a><span class="lineno">  195</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00196" name="l00196"></a><span class="lineno">  196</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testProtein()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00196" name="l00196"></a><span class="lineno">  196</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testProtein()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00197" name="l00197"></a><span class="lineno">  197</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00198" name="l00198"></a><span class="lineno">  198</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1proteome_1_1_protein.html">Protein</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00199" name="l00199"></a><span class="lineno">  199</span>    a.userParams.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00200" name="l00200"></a><span class="lineno">  200</span>    b.userParams.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00201" name="l00201"></a><span class="lineno">  201</span>    a.cvParams.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00202" name="l00202"></a><span class="lineno">  202</span>    b.cvParams.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00203" name="l00203"></a><span class="lineno">  203</span>    a.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1proteome_1_1_peptide.html#a1e1953a85e7f0a4dc93508d389855382">sequence</a> = b.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1proteome_1_1_peptide.html#a1e1953a85e7f0a4dc93508d389855382">sequence</a> = <span class="stringliteral">&quot;ABCD&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ @@ -253,42 +253,42 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00205" name="l00205"></a><span class="lineno">  205</span>   </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00206" name="l00206"></a><span class="lineno">  206</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Protein, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00207" name="l00207"></a><span class="lineno">  207</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00208" name="l00208"></a><span class="lineno">  208</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00209" name="l00209"></a><span class="lineno">  209</span>    a.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1proteome_1_1_peptide.html#a1e1953a85e7f0a4dc93508d389855382">sequence</a> = <span class="stringliteral">&quot;DCBA&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00210" name="l00210"></a><span class="lineno">  210</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00211" name="l00211"></a><span class="lineno">  211</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00212" name="l00212"></a><span class="lineno">  212</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00212" name="l00212"></a><span class="lineno">  212</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00213" name="l00213"></a><span class="lineno">  213</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00214" name="l00214"></a><span class="lineno">  214</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00215" name="l00215"></a><span class="lineno">  215</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00216" name="l00216"></a><span class="lineno">  216</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00217" name="l00217"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#ac9226767d3a411f0d01a96044beec92e">  217</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac9226767d3a411f0d01a96044beec92e">testModification</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00217" name="l00217"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#ac9226767d3a411f0d01a96044beec92e">  217</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac9226767d3a411f0d01a96044beec92e">testModification</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00218" name="l00218"></a><span class="lineno">  218</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00219" name="l00219"></a><span class="lineno">  219</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testModification()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00219" name="l00219"></a><span class="lineno">  219</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testModification()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00220" name="l00220"></a><span class="lineno">  220</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00221" name="l00221"></a><span class="lineno">  221</span>    <a class="code hl_class" href="classpwiz_1_1proteome_1_1_modification.html">Modification</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00222" name="l00222"></a><span class="lineno">  222</span>    a.location = b.location = 7;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00223" name="l00223"></a><span class="lineno">  223</span>    a.monoisotopicMassDelta = b.monoisotopicMassDelta = 42;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00224" name="l00224"></a><span class="lineno">  224</span>    a.averageMassDelta = b.averageMassDelta = 42;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00225" name="l00225"></a><span class="lineno">  225</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00226" name="l00226"></a><span class="lineno">  226</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Modification, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00227" name="l00227"></a><span class="lineno">  227</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00228" name="l00228"></a><span class="lineno">  228</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00229" name="l00229"></a><span class="lineno">  229</span>    a.monoisotopicMassDelta = 84;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00230" name="l00230"></a><span class="lineno">  230</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00231" name="l00231"></a><span class="lineno">  231</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00232" name="l00232"></a><span class="lineno">  232</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00232" name="l00232"></a><span class="lineno">  232</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00233" name="l00233"></a><span class="lineno">  233</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00234" name="l00234"></a><span class="lineno">  234</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00235" name="l00235"></a><span class="lineno">  235</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00236" name="l00236"></a><span class="lineno">  236</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00237" name="l00237"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a623cc8cd52944c2b6f7fbac548bf562e">  237</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a623cc8cd52944c2b6f7fbac548bf562e">testPeptide</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00237" name="l00237"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a623cc8cd52944c2b6f7fbac548bf562e">  237</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a623cc8cd52944c2b6f7fbac548bf562e">testPeptide</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00238" name="l00238"></a><span class="lineno">  238</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00239" name="l00239"></a><span class="lineno">  239</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testPeptide()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00239" name="l00239"></a><span class="lineno">  239</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testPeptide()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00240" name="l00240"></a><span class="lineno">  240</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00241" name="l00241"></a><span class="lineno">  241</span>    <a class="code hl_class" href="classpwiz_1_1proteome_1_1_peptide.html">Peptide</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00242" name="l00242"></a><span class="lineno">  242</span>    a.userParams.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00243" name="l00243"></a><span class="lineno">  243</span>    b.userParams.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00244" name="l00244"></a><span class="lineno">  244</span>    a.cvParams.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00245" name="l00245"></a><span class="lineno">  245</span>    b.cvParams.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00246" name="l00246"></a><span class="lineno">  246</span>    a.evidence.set(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#afbee415fb37187d53b6972257dac5a46">MS_peak_intensity</a>, 42);</div>
│ │ │ │ @@ -298,44 +298,44 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00250" name="l00250"></a><span class="lineno">  250</span>   </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00251" name="l00251"></a><span class="lineno">  251</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Peptide, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00252" name="l00252"></a><span class="lineno">  252</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00253" name="l00253"></a><span class="lineno">  253</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00254" name="l00254"></a><span class="lineno">  254</span>    a.<a class="code hl_function" href="classpwiz_1_1proteome_1_1_peptide.html#a1e1953a85e7f0a4dc93508d389855382">sequence</a> = <span class="stringliteral">&quot;DCBA&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00255" name="l00255"></a><span class="lineno">  255</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00256" name="l00256"></a><span class="lineno">  256</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00257" name="l00257"></a><span class="lineno">  257</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00257" name="l00257"></a><span class="lineno">  257</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00258" name="l00258"></a><span class="lineno">  258</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00259" name="l00259"></a><span class="lineno">  259</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00260" name="l00260"></a><span class="lineno">  260</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00261" name="l00261"></a><span class="lineno">  261</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00262" name="l00262"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a88e7dba897541f750d9104fb7196b927">  262</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a88e7dba897541f750d9104fb7196b927">testCompound</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00262" name="l00262"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a88e7dba897541f750d9104fb7196b927">  262</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a88e7dba897541f750d9104fb7196b927">testCompound</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00263" name="l00263"></a><span class="lineno">  263</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00264" name="l00264"></a><span class="lineno">  264</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testCompound()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00264" name="l00264"></a><span class="lineno">  264</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testCompound()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00265" name="l00265"></a><span class="lineno">  265</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00266" name="l00266"></a><span class="lineno">  266</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_compound.html">Compound</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00267" name="l00267"></a><span class="lineno">  267</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00268" name="l00268"></a><span class="lineno">  268</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#ad25ffd5fa609171c93dbd0b100ad4aa4">userParams</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_user_param.html">UserParam</a>(<span class="stringliteral">&quot;common&quot;</span>));</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00269" name="l00269"></a><span class="lineno">  269</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">cvParams</a>.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00270" name="l00270"></a><span class="lineno">  270</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a807f4bdcb240f4f5d14a66d750bc4220">cvParams</a>.push_back(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00271" name="l00271"></a><span class="lineno">  271</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_compound.html#afae9216baa29172fdec241229a76bcbb">id</a> = b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_compound.html#afae9216baa29172fdec241229a76bcbb">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;foo&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00272" name="l00272"></a><span class="lineno">  272</span>   </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00273" name="l00273"></a><span class="lineno">  273</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Compound, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00274" name="l00274"></a><span class="lineno">  274</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00275" name="l00275"></a><span class="lineno">  275</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00276" name="l00276"></a><span class="lineno">  276</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_compound.html#ade855aad5099ce7ba8101ba6361134cc">retentionTimes</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_retention_time.html">RetentionTime</a>());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00277" name="l00277"></a><span class="lineno">  277</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00278" name="l00278"></a><span class="lineno">  278</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00279" name="l00279"></a><span class="lineno">  279</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00279" name="l00279"></a><span class="lineno">  279</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00280" name="l00280"></a><span class="lineno">  280</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00281" name="l00281"></a><span class="lineno">  281</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00282" name="l00282"></a><span class="lineno">  282</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00283" name="l00283"></a><span class="lineno">  283</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00284" name="l00284"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#ad088d50c3455558ccfdd4a38f5c620c3">  284</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#ad088d50c3455558ccfdd4a38f5c620c3">testTransition</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00284" name="l00284"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#ad088d50c3455558ccfdd4a38f5c620c3">  284</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#ad088d50c3455558ccfdd4a38f5c620c3">testTransition</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00285" name="l00285"></a><span class="lineno">  285</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00286" name="l00286"></a><span class="lineno">  286</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testTransition()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00286" name="l00286"></a><span class="lineno">  286</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testTransition()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00287" name="l00287"></a><span class="lineno">  287</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00288" name="l00288"></a><span class="lineno">  288</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_transition.html">Transition</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00289" name="l00289"></a><span class="lineno">  289</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_transition.html#aa944001995af430cfd4afe6f0799589c">id</a> = b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_transition.html#aa944001995af430cfd4afe6f0799589c">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;T1&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00290" name="l00290"></a><span class="lineno">  290</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_transition.html#a955820663ec87e859ffa32658cceb1dc">precursor</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1">MS_selected_ion_m_z</a>, 123.45);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00291" name="l00291"></a><span class="lineno">  291</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_transition.html#a955820663ec87e859ffa32658cceb1dc">precursor</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1">MS_selected_ion_m_z</a>, 123.45);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00292" name="l00292"></a><span class="lineno">  292</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_transition.html#a3e4f8af66b1a6e264109a132039b0e1a">product</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1">MS_selected_ion_m_z</a>, 456.78);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00293" name="l00293"></a><span class="lineno">  293</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_transition.html#a3e4f8af66b1a6e264109a132039b0e1a">product</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1">MS_selected_ion_m_z</a>, 456.78);</div>
│ │ │ │ @@ -348,21 +348,21 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00300" name="l00300"></a><span class="lineno">  300</span>   </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00301" name="l00301"></a><span class="lineno">  301</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Transition, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00302" name="l00302"></a><span class="lineno">  302</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00303" name="l00303"></a><span class="lineno">  303</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00304" name="l00304"></a><span class="lineno">  304</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_transition.html#a05bb049f2837f0940cd1f3edeec2d3e0">peptidePtr</a>-&gt;sequence = <span class="stringliteral">&quot;different&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00305" name="l00305"></a><span class="lineno">  305</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00306" name="l00306"></a><span class="lineno">  306</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00307" name="l00307"></a><span class="lineno">  307</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00307" name="l00307"></a><span class="lineno">  307</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00308" name="l00308"></a><span class="lineno">  308</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00309" name="l00309"></a><span class="lineno">  309</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00310" name="l00310"></a><span class="lineno">  310</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00311" name="l00311"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#afc2dceda76e251c5414bb035a3e48f3b">  311</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#afc2dceda76e251c5414bb035a3e48f3b">testTarget</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00311" name="l00311"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#afc2dceda76e251c5414bb035a3e48f3b">  311</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#afc2dceda76e251c5414bb035a3e48f3b">testTarget</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00312" name="l00312"></a><span class="lineno">  312</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00313" name="l00313"></a><span class="lineno">  313</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testTarget()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00313" name="l00313"></a><span class="lineno">  313</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testTarget()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00314" name="l00314"></a><span class="lineno">  314</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00315" name="l00315"></a><span class="lineno">  315</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_target.html">Target</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00316" name="l00316"></a><span class="lineno">  316</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_target.html#a1705da8b614dd90ffea770f4a0d2298a">id</a> = b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_target.html#a1705da8b614dd90ffea770f4a0d2298a">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;T1&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00317" name="l00317"></a><span class="lineno">  317</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_target.html#a363758d9eee74fe10b857f86b1ac0288">precursor</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1">MS_selected_ion_m_z</a>, 123.45);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00318" name="l00318"></a><span class="lineno">  318</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_target.html#a363758d9eee74fe10b857f86b1ac0288">precursor</a>.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1">MS_selected_ion_m_z</a>, 123.45);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00319" name="l00319"></a><span class="lineno">  319</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_validation.html">Validation</a> v; v.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#afbee415fb37187d53b6972257dac5a46">MS_peak_intensity</a>, 42);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00320" name="l00320"></a><span class="lineno">  320</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_configuration.html">Configuration</a> c; c.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_configuration.html#a50d56cfb3c40fae16d0d37b585abc18b">validations</a>.push_back(v);</div>
│ │ │ │ @@ -373,37 +373,37 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00325" name="l00325"></a><span class="lineno">  325</span>   </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00326" name="l00326"></a><span class="lineno">  326</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Target, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00327" name="l00327"></a><span class="lineno">  327</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00328" name="l00328"></a><span class="lineno">  328</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00329" name="l00329"></a><span class="lineno">  329</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_target.html#a155da1b57a1970c1010819011eaf1727">peptidePtr</a>-&gt;sequence = <span class="stringliteral">&quot;different&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00330" name="l00330"></a><span class="lineno">  330</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00331" name="l00331"></a><span class="lineno">  331</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00332" name="l00332"></a><span class="lineno">  332</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00332" name="l00332"></a><span class="lineno">  332</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00333" name="l00333"></a><span class="lineno">  333</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00334" name="l00334"></a><span class="lineno">  334</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00335" name="l00335"></a><span class="lineno">  335</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00336" name="l00336"></a><span class="lineno">  336</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00337" name="l00337"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">  337</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">testSoftware</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00337" name="l00337"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">  337</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">testSoftware</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00338" name="l00338"></a><span class="lineno">  338</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00339" name="l00339"></a><span class="lineno">  339</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSoftware()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00339" name="l00339"></a><span class="lineno">  339</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testSoftware()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00340" name="l00340"></a><span class="lineno">  340</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00341" name="l00341"></a><span class="lineno">  341</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_software.html">Software</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00342" name="l00342"></a><span class="lineno">  342</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00343" name="l00343"></a><span class="lineno">  343</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_software.html#a33481e2f2eff6f9b86c45c076b934854">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;msdata&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00344" name="l00344"></a><span class="lineno">  344</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_software.html#a63f36e599eaab458ca8b7e4217b56c97">version</a> = <span class="stringliteral">&quot;4.20&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00345" name="l00345"></a><span class="lineno">  345</span>    a.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#adfa5f6102a293562e0bff0f399ee1676">MS_ionization_type</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00346" name="l00346"></a><span class="lineno">  346</span>    b = a;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00347" name="l00347"></a><span class="lineno">  347</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00348" name="l00348"></a><span class="lineno">  348</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;Software, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00349" name="l00349"></a><span class="lineno">  349</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00350" name="l00350"></a><span class="lineno">  350</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00351" name="l00351"></a><span class="lineno">  351</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_software.html#a63f36e599eaab458ca8b7e4217b56c97">version</a> = <span class="stringliteral">&quot;4.21&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00352" name="l00352"></a><span class="lineno">  352</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00353" name="l00353"></a><span class="lineno">  353</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00354" name="l00354"></a><span class="lineno">  354</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00354" name="l00354"></a><span class="lineno">  354</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00355" name="l00355"></a><span class="lineno">  355</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00356" name="l00356"></a><span class="lineno">  356</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00357" name="l00357"></a><span class="lineno">  357</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00358" name="l00358"></a><span class="lineno">  358</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00359" name="l00359"></a><span class="lineno">  359</span><span class="comment">/*void testPrecursor()</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00360" name="l00360"></a><span class="lineno">  360</span><span class="comment">{</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00361" name="l00361"></a><span class="lineno">  361</span><span class="comment">    if (os_) *os_ &lt;&lt; &quot;testPrecursor()\n&quot;;</span></div>
│ │ │ │ @@ -452,17 +452,17 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00404" name="l00404"></a><span class="lineno">  404</span><span class="comment">    unit_assert(diff.a_b.mz == 0);</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00405" name="l00405"></a><span class="lineno">  405</span><span class="comment">    unit_assert(diff.a_b.charge == -1);</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00406" name="l00406"></a><span class="lineno">  406</span><span class="comment">    unit_assert(diff.b_a.mz == 0);</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00407" name="l00407"></a><span class="lineno">  407</span><span class="comment">    unit_assert(diff.b_a.charge == 1);</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00408" name="l00408"></a><span class="lineno">  408</span><span class="comment">}*/</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00409" name="l00409"></a><span class="lineno">  409</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00410" name="l00410"></a><span class="lineno">  410</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00411" name="l00411"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a91db55ae68790fb8ed0b2efec3b0ab58">  411</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a91db55ae68790fb8ed0b2efec3b0ab58">testTraData</a>()</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00411" name="l00411"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a91db55ae68790fb8ed0b2efec3b0ab58">  411</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a91db55ae68790fb8ed0b2efec3b0ab58">testTraData</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00412" name="l00412"></a><span class="lineno">  412</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00413" name="l00413"></a><span class="lineno">  413</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testTraData()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00413" name="l00413"></a><span class="lineno">  413</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <span class="stringliteral">&quot;testTraData()\n&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00414" name="l00414"></a><span class="lineno">  414</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00415" name="l00415"></a><span class="lineno">  415</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_tra_data.html">TraData</a> a, b;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00416" name="l00416"></a><span class="lineno">  416</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00417" name="l00417"></a><span class="lineno">  417</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1data_1_1_diff.html">Diff&lt;TraData, DiffConfig&gt;</a> <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00418" name="l00418"></a><span class="lineno">  418</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(!<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00419" name="l00419"></a><span class="lineno">  419</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00420" name="l00420"></a><span class="lineno">  420</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_tra_data.html#a0037da894e627ade47c50d8c8a08a205">cvs</a>.push_back(<a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1cv_1_1_c_v.html">CV</a>());</div>
│ │ │ │ @@ -471,58 +471,58 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00423" name="l00423"></a><span class="lineno">  423</span>    <a class="code hl_struct" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_publication.html">Publication</a> pub;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00424" name="l00424"></a><span class="lineno">  424</span>    pub.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_publication.html#ae083f519d082b12a35cf7e1910ca9d26">id</a> = <span class="stringliteral">&quot;PUBMED1&quot;</span>;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00425" name="l00425"></a><span class="lineno">  425</span>    pub.<a class="code hl_function" href="structpwiz_1_1data_1_1_param_container.html#a0b5db9fc8d005ab9b12b1b75e9c2ef93">set</a>(<a class="code hl_variable" href="cv_8hpp.html#aadf8b943deb70030d72c49a12ad94d14">UO_dalton</a>, 123);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00426" name="l00426"></a><span class="lineno">  426</span>    a.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_tra_data.html#a48876a82dbc67340629976f9a365edc2">publications</a>.push_back(pub);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00427" name="l00427"></a><span class="lineno">  427</span>    b.<a class="code hl_variable" href="structpwiz_1_1tradata_1_1_tra_data.html#a48876a82dbc67340629976f9a365edc2">publications</a>.push_back(pub);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00428" name="l00428"></a><span class="lineno">  428</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00429" name="l00429"></a><span class="lineno">  429</span>    <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>(a, b);</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00430" name="l00430"></a><span class="lineno">  430</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00430" name="l00430"></a><span class="lineno">  430</span>    <span class="keywordflow">if</span> (<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a>) *<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> &lt;&lt; <a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a> &lt;&lt; endl;</div>
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│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00432" name="l00432"></a><span class="lineno">  432</span> </div>
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│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00435" name="l00435"></a><span class="lineno">  435</span> </div>
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│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00438" name="l00438"></a><span class="lineno">  438</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00439" name="l00439"></a><span class="lineno">  439</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.a_b.publications.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00440" name="l00440"></a><span class="lineno">  440</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a>(<a class="code hl_function" href="_frequency_data_test_8cpp.html#a2c9cdb198ebfa02613444286c81cbb6f">diff</a>.b_a.publications.empty());</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00441" name="l00441"></a><span class="lineno">  441</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00442" name="l00442"></a><span class="lineno">  442</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00443" name="l00443"></a><span class="lineno">  443</span> </div>
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│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00444" name="l00444"></a><span class="lineno"><a class="line" href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">  444</a></span><span class="keywordtype">void</span> <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a>()</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00445" name="l00445"></a><span class="lineno">  445</span>{</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00446" name="l00446"></a><span class="lineno">  446</span>    <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#afc5a38f6d3b4f52e00189d54a2989b39">testContact</a>();</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00447" name="l00447"></a><span class="lineno">  447</span>    <a class="code hl_function" href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#af8cc70875e3a5671a4bfced595b4d636">testInstrument</a>();</div>
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│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00473" name="l00473"></a><span class="lineno">  473</span>        <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a>();</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00472" name="l00472"></a><span class="lineno">  472</span>        <span class="keywordflow">if</span> (argc&gt;1 &amp;&amp; !strcmp(argv[1],<span class="stringliteral">&quot;-v&quot;</span>)) <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a> = &amp;cout;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00473" name="l00473"></a><span class="lineno">  473</span>        <a class="code hl_function" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a>();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00474" name="l00474"></a><span class="lineno">  474</span>    }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00475" name="l00475"></a><span class="lineno">  475</span>    <span class="keywordflow">catch</span> (exception&amp; e)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00476" name="l00476"></a><span class="lineno">  476</span>    {</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00477" name="l00477"></a><span class="lineno">  477</span>        <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd">TEST_FAILED</a>(e.what())</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00478" name="l00478"></a><span class="lineno">  478</span>    }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00479" name="l00479"></a><span class="lineno">  479</span>    <span class="keywordflow">catch</span> (...)</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00480" name="l00480"></a><span class="lineno">  480</span>    {</div>
│ │ │ │ @@ -538,32 +538,32 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1proteome_1_1_peptide_html"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1proteome_1_1_peptide.html">pwiz::proteome::Peptide</a></div><div class="ttdoc">represents a peptide or polypeptide (a sequence of amino acids)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_peptide_8hpp_source.html#l00061">Peptide.hpp:62</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aclasspwiz_1_1proteome_1_1_peptide_html_a1e1953a85e7f0a4dc93508d389855382"><div class="ttname"><a href="classpwiz_1_1proteome_1_1_peptide.html#a1e1953a85e7f0a4dc93508d389855382">pwiz::proteome::Peptide::sequence</a></div><div class="ttdeci">const std::string &amp; sequence() const</div><div class="ttdoc">returns the sequence of amino acids making up the peptide</div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#a97a613e1a30b268e027c9dbb600e9bf5">MS_m_z</a></div><div class="ttdeci">MS_m_z</div><div class="ttdoc">m/z: Three-character symbol m/z is used to denote the quantity formed by dividing the mass of an ion ...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l00384">cv.hpp:384</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_aadf8b943deb70030d72c49a12ad94d14"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#aadf8b943deb70030d72c49a12ad94d14">UO_dalton</a></div><div class="ttdeci">UO_dalton</div><div class="ttdoc">dalton: An independently to the base SI units defined mass unit which is equal to one twelfth of the ...</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l14460">cv.hpp:14460</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#aba0d4b69a474fcc20eef4af8462d3af1">MS_selected_ion_m_z</a></div><div class="ttdeci">MS_selected_ion_m_z</div><div class="ttdoc">selected ion m/z: Mass-to-charge ratio of an selected ion.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l02901">cv.hpp:2901</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_adfa5f6102a293562e0bff0f399ee1676"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#adfa5f6102a293562e0bff0f399ee1676">MS_ionization_type</a></div><div class="ttdeci">MS_ionization_type</div><div class="ttdoc">ionization type: The method by which gas phase ions are generated from the sample.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l00285">cv.hpp:285</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="acv_8hpp_html_afbee415fb37187d53b6972257dac5a46"><div class="ttname"><a href="cv_8hpp.html#afbee415fb37187d53b6972257dac5a46">MS_peak_intensity</a></div><div class="ttdeci">MS_peak_intensity</div><div class="ttdoc">peak intensity: Intensity of ions as measured by the height or area of a peak in a mass spectrum.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l00402">cv.hpp:402</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">main</a></div><div class="ttdeci">int main(int argc, char *argv[])</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01371">DiffTest.cpp:1371</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_a623cc8cd52944c2b6f7fbac548bf562e"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#a623cc8cd52944c2b6f7fbac548bf562e">testPeptide</a></div><div class="ttdeci">void testPeptide()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01133">DiffTest.cpp:1133</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a></div><div class="ttdeci">ostream * os_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00040">DiffTest.cpp:40</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac9226767d3a411f0d01a96044beec92e"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac9226767d3a411f0d01a96044beec92e">testModification</a></div><div class="ttdeci">void testModification()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01121">DiffTest.cpp:1121</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a></div><div class="ttdeci">void test()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01319">DiffTest.cpp:1319</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_afc5a38f6d3b4f52e00189d54a2989b39"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#afc5a38f6d3b4f52e00189d54a2989b39">testContact</a></div><div class="ttdeci">void testContact()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l01008">DiffTest.cpp:1008</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2msdata_2difftest_8cpp_html_af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2difftest_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">testSoftware</a></div><div class="ttdeci">void testSoftware()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2difftest_8cpp_source.html#l00227">DiffTest.cpp:227</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2tradata_2difftest_8cpp_html_a08c5ee7ae80e203806186b18ee655d3e"><div class="ttname"><a href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a08c5ee7ae80e203806186b18ee655d3e">testProtein</a></div><div class="ttdeci">void testProtein()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00194">DiffTest.cpp:194</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2tradata_2difftest_8cpp_html_a666d0a3a3d20d9a24343059bc56e1d45"><div class="ttname"><a href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a666d0a3a3d20d9a24343059bc56e1d45">testValidation</a></div><div class="ttdeci">void testValidation()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00131">DiffTest.cpp:131</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2tradata_2difftest_8cpp_html_a6cf4381b629e30ba8267429c27a821c1"><div class="ttname"><a href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a6cf4381b629e30ba8267429c27a821c1">testConfiguration</a></div><div class="ttdeci">void testConfiguration()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00083">DiffTest.cpp:83</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2tradata_2difftest_8cpp_html_a7232f510d8ce5cebab6309d77af725e6"><div class="ttname"><a href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a7232f510d8ce5cebab6309d77af725e6">testRetentionTime</a></div><div class="ttdeci">void testRetentionTime()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00173">DiffTest.cpp:173</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2tradata_2difftest_8cpp_html_a88e7dba897541f750d9104fb7196b927"><div class="ttname"><a href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a88e7dba897541f750d9104fb7196b927">testCompound</a></div><div class="ttdeci">void testCompound()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00262">DiffTest.cpp:262</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2tradata_2difftest_8cpp_html_a8fcd627e143f9a8e2ebc10fda3c34d11"><div class="ttname"><a href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a8fcd627e143f9a8e2ebc10fda3c34d11">testPrediction</a></div><div class="ttdeci">void testPrediction()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00108">DiffTest.cpp:108</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2tradata_2difftest_8cpp_html_a91db55ae68790fb8ed0b2efec3b0ab58"><div class="ttname"><a href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#a91db55ae68790fb8ed0b2efec3b0ab58">testTraData</a></div><div class="ttdeci">void testTraData()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00411">DiffTest.cpp:411</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2tradata_2difftest_8cpp_html_ad088d50c3455558ccfdd4a38f5c620c3"><div class="ttname"><a href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#ad088d50c3455558ccfdd4a38f5c620c3">testTransition</a></div><div class="ttdeci">void testTransition()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00284">DiffTest.cpp:284</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2tradata_2difftest_8cpp_html_adce68aefa1fe2042b1f9fa19e82540f7"><div class="ttname"><a href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#adce68aefa1fe2042b1f9fa19e82540f7">testEvidence</a></div><div class="ttdeci">void testEvidence()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00152">DiffTest.cpp:152</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2tradata_2difftest_8cpp_html_af8cc70875e3a5671a4bfced595b4d636"><div class="ttname"><a href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#af8cc70875e3a5671a4bfced595b4d636">testInstrument</a></div><div class="ttdeci">void testInstrument()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00060">DiffTest.cpp:60</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2tradata_2difftest_8cpp_html_afc2dceda76e251c5414bb035a3e48f3b"><div class="ttname"><a href="data_2tradata_2difftest_8cpp.html#afc2dceda76e251c5414bb035a3e48f3b">testTarget</a></div><div class="ttdeci">void testTarget()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2tradata_2difftest_8cpp_source.html#l00311">DiffTest.cpp:311</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97">main</a></div><div class="ttdeci">int main(int argc, char *argv[])</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01371">DiffTest.cpp:1371</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_a623cc8cd52944c2b6f7fbac548bf562e"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#a623cc8cd52944c2b6f7fbac548bf562e">testPeptide</a></div><div class="ttdeci">void testPeptide()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01133">DiffTest.cpp:1133</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac8eda51c2242c8a635fcceeee5a2e6cf">os_</a></div><div class="ttdeci">ostream * os_</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00040">DiffTest.cpp:40</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac9226767d3a411f0d01a96044beec92e"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac9226767d3a411f0d01a96044beec92e">testModification</a></div><div class="ttdeci">void testModification()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01121">DiffTest.cpp:1121</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ae1a3968e7947464bee7714f6d43b7002">test</a></div><div class="ttdeci">void test()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01319">DiffTest.cpp:1319</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_afc5a38f6d3b4f52e00189d54a2989b39"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#afc5a38f6d3b4f52e00189d54a2989b39">testContact</a></div><div class="ttdeci">void testContact()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l01008">DiffTest.cpp:1008</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2msdata_2_diff_test_8cpp_html_af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0"><div class="ttname"><a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp.html#af8c2cb7d0fbdd3187ebdaccde4c401e0">testSoftware</a></div><div class="ttdeci">void testSoftware()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2msdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00227">DiffTest.cpp:227</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2tradata_2_diff_test_8cpp_html_a08c5ee7ae80e203806186b18ee655d3e"><div class="ttname"><a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a08c5ee7ae80e203806186b18ee655d3e">testProtein</a></div><div class="ttdeci">void testProtein()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00194">DiffTest.cpp:194</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2tradata_2_diff_test_8cpp_html_a666d0a3a3d20d9a24343059bc56e1d45"><div class="ttname"><a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a666d0a3a3d20d9a24343059bc56e1d45">testValidation</a></div><div class="ttdeci">void testValidation()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00131">DiffTest.cpp:131</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2tradata_2_diff_test_8cpp_html_a6cf4381b629e30ba8267429c27a821c1"><div class="ttname"><a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a6cf4381b629e30ba8267429c27a821c1">testConfiguration</a></div><div class="ttdeci">void testConfiguration()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00083">DiffTest.cpp:83</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2tradata_2_diff_test_8cpp_html_a7232f510d8ce5cebab6309d77af725e6"><div class="ttname"><a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a7232f510d8ce5cebab6309d77af725e6">testRetentionTime</a></div><div class="ttdeci">void testRetentionTime()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00173">DiffTest.cpp:173</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2tradata_2_diff_test_8cpp_html_a88e7dba897541f750d9104fb7196b927"><div class="ttname"><a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a88e7dba897541f750d9104fb7196b927">testCompound</a></div><div class="ttdeci">void testCompound()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00262">DiffTest.cpp:262</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2tradata_2_diff_test_8cpp_html_a8fcd627e143f9a8e2ebc10fda3c34d11"><div class="ttname"><a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a8fcd627e143f9a8e2ebc10fda3c34d11">testPrediction</a></div><div class="ttdeci">void testPrediction()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00108">DiffTest.cpp:108</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2tradata_2_diff_test_8cpp_html_a91db55ae68790fb8ed0b2efec3b0ab58"><div class="ttname"><a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#a91db55ae68790fb8ed0b2efec3b0ab58">testTraData</a></div><div class="ttdeci">void testTraData()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00411">DiffTest.cpp:411</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2tradata_2_diff_test_8cpp_html_ad088d50c3455558ccfdd4a38f5c620c3"><div class="ttname"><a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#ad088d50c3455558ccfdd4a38f5c620c3">testTransition</a></div><div class="ttdeci">void testTransition()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00284">DiffTest.cpp:284</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2tradata_2_diff_test_8cpp_html_adce68aefa1fe2042b1f9fa19e82540f7"><div class="ttname"><a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#adce68aefa1fe2042b1f9fa19e82540f7">testEvidence</a></div><div class="ttdeci">void testEvidence()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00152">DiffTest.cpp:152</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2tradata_2_diff_test_8cpp_html_af8cc70875e3a5671a4bfced595b4d636"><div class="ttname"><a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#af8cc70875e3a5671a4bfced595b4d636">testInstrument</a></div><div class="ttdeci">void testInstrument()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00060">DiffTest.cpp:60</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2tradata_2_diff_test_8cpp_html_afc2dceda76e251c5414bb035a3e48f3b"><div class="ttname"><a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp.html#afc2dceda76e251c5414bb035a3e48f3b">testTarget</a></div><div class="ttdeci">void testTarget()</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2tradata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00311">DiffTest.cpp:311</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1cv_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1cv.html">pwiz::cv</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="cv_8hpp_source.html#l00108">cv.hpp:108</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1data_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1data.html">pwiz::data</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_binary_index_stream_8hpp_source.html#l00031">BinaryIndexStream.hpp:31</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1msdata_html_a5a48684ceb78f2d848f506bfb51a3cbe"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1msdata.html#a5a48684ceb78f2d848f506bfb51a3cbe">pwiz::msdata::SoftwarePtr</a></div><div class="ttdeci">boost::shared_ptr&lt; Software &gt; SoftwarePtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_m_s_data_8hpp_source.html#l00198">MSData.hpp:198</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1tradata_html"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1tradata.html">pwiz::tradata</a></div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="tradata_2_default_reader_list_8hpp_source.html#l00032">DefaultReaderList.hpp:32</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1tradata_html_a197a8fc93191712fa1e7ecbac93532eb"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1tradata.html#a197a8fc93191712fa1e7ecbac93532eb">pwiz::tradata::ContactPtr</a></div><div class="ttdeci">boost::shared_ptr&lt; Contact &gt; ContactPtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00057">TraData.hpp:57</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1tradata_html_a632a00c3c2761adfbd97fc1c300e8985"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1tradata.html#a632a00c3c2761adfbd97fc1c300e8985">pwiz::tradata::InstrumentPtr</a></div><div class="ttdeci">boost::shared_ptr&lt; Instrument &gt; InstrumentPtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00143">TraData.hpp:143</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespacepwiz_1_1tradata_html_aa379fe47446da3659adaf176c593cbe4"><div class="ttname"><a href="namespacepwiz_1_1tradata.html#aa379fe47446da3659adaf176c593cbe4">pwiz::tradata::PeptidePtr</a></div><div class="ttdeci">boost::shared_ptr&lt; Peptide &gt; PeptidePtr</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00236">TraData.hpp:236</a></div></div>
│ │ │ │ @@ -614,15 +614,15 @@
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_transition_html_acf5392a9cb471c6c242c811cfb3f1fef"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_transition.html#acf5392a9cb471c6c242c811cfb3f1fef">pwiz::tradata::Transition::configurationList</a></div><div class="ttdeci">std::vector&lt; Configuration &gt; configurationList</div><div class="ttdoc">List of insutrument configurations used in the validation or optimization of the transitions.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00300">TraData.hpp:300</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructpwiz_1_1tradata_1_1_validation_html"><div class="ttname"><a href="structpwiz_1_1tradata_1_1_validation.html">pwiz::tradata::Validation</a></div><div class="ttdoc">Information about the state of validation of a transition on a given instrument model.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_tra_data_8hpp_source.html#l00124">TraData.hpp:125</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html">unit.hpp</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a201012472a92237fcce6025f5c8b4bb9">unit_assert</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00085">unit.hpp:85</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a692991fff57cd9eb6ebdbc976e277ae7"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a692991fff57cd9eb6ebdbc976e277ae7">TEST_PROLOG_EX</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_PROLOG_EX(argc, argv, suffix)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00157">unit.hpp:157</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#a77c26ef545b5337c2b74c57771d5095c">TEST_EPILOG</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_EPILOG</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00183">unit.hpp:183</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#ab4c0d492bd3794b2841c54f72dad13dd">TEST_FAILED</a></div><div class="ttdeci">#define TEST_FAILED(x)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00177">unit.hpp:177</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="autility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp.html">diff.hpp</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="autility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp.html">diff.hpp</a></div></div>
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│ │ │ │  <hr class="footer"/><address class="footer"><small>
│ │ │ │  Generated by&#160;<a href="https://www.doxygen.org/index.html"><img class="footer" src="doxygen.svg" width="104" height="31" alt="doxygen"/></a> 1.9.4
│ │ │ │  </small></address>
│ │ │ │  </body>
│ │ │ │  </html>
│ │ │ │   --- ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp.html
│ │ │ ├── +++ ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp.html
│ │ │ │┄ Files 0% similar despite different names
│ │ │ │ @@ -52,15 +52,15 @@
│ │ │ │  <div class="textblock"><code>#include &lt;math.h&gt;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &lt;algorithm&gt;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &lt;vector&gt;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &lt;functional&gt;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &lt;numeric&gt;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &lt;assert.h&gt;</code><br />
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │ -<p><a href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp_source.html">Go to the source code of this file.</a></p>
│ │ │ │ +<p><a href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp_source.html">Go to the source code of this file.</a></p>
│ │ │ │  <table class="memberdecls">
│ │ │ │  <tr class="heading"><td colspan="2"><h2 class="groupheader"><a id="namespaces" name="namespaces"></a>
│ │ │ │  Namespaces</h2></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memitem:namespaceralab"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">namespace &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="namespaceralab.html">ralab</a></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memdesc:namespaceralab"><td class="mdescLeft">&#160;</td><td class="mdescRight">EQUISPACEINTERPOL Interpolation on a equidistantly spaced grid. <br /></td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="memitem:namespaceralab_1_1base"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">namespace &#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="namespaceralab_1_1base.html">ralab::base</a></td></tr>
│ │ │ │   --- ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp_source.html
│ │ │ ├── +++ ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp_source.html
│ │ │ │┄ Files 0% similar despite different names
│ │ │ │ @@ -42,15 +42,15 @@
│ │ │ │  <li class="navelem"><a class="el" href="dir_45c7ef8544c9622a4c49808ad228f176.html">pwiz</a></li><li class="navelem"><a class="el" href="dir_1749c587a8a4cfdd8b8e4cc2a8cc717a.html">utility</a></li><li class="navelem"><a class="el" href="dir_812b0ff19a954b6238c91a7fa1254a7a.html">findmf</a></li><li class="navelem"><a class="el" href="dir_a4e91f9c3ece4e2f5f49e19ab021b65b.html">base</a></li><li class="navelem"><a class="el" href="dir_9ff30945f491fb3cbe1384034884f06d.html">base</a></li>  </ul>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div><!-- top -->
│ │ │ │  <div class="header">
│ │ │ │    <div class="headertitle"><div class="title">diff.hpp</div></div>
│ │ │ │  </div><!--header-->
│ │ │ │  <div class="contents">
│ │ │ │ -<a href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp.html">Go to the documentation of this file.</a><div class="fragment"><div class="line"><a id="l00001" name="l00001"></a><span class="lineno">    1</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │ +<a href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp.html">Go to the documentation of this file.</a><div class="fragment"><div class="line"><a id="l00001" name="l00001"></a><span class="lineno">    1</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00002" name="l00002"></a><span class="lineno">    2</span><span class="comment">// $Id$</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00003" name="l00003"></a><span class="lineno">    3</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00004" name="l00004"></a><span class="lineno">    4</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00005" name="l00005"></a><span class="lineno">    5</span><span class="comment">// Original author: Witold Wolski &lt;wewolski@gmail.com&gt;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00006" name="l00006"></a><span class="lineno">    6</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00007" name="l00007"></a><span class="lineno">    7</span><span class="comment">// Copyright : ETH Zurich</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00008" name="l00008"></a><span class="lineno">    8</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │ @@ -159,15 +159,15 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00111" name="l00111"></a><span class="lineno">  111</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00112" name="l00112"></a><span class="lineno">  112</span>    }<span class="comment">//end base</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00113" name="l00113"></a><span class="lineno">  113</span>  }<span class="comment">//end ralab</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00114" name="l00114"></a><span class="lineno">  114</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00115" name="l00115"></a><span class="lineno">  115</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00116" name="l00116"></a><span class="lineno">  116</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00117" name="l00117"></a><span class="lineno">  117</span><span class="preprocessor">#endif </span><span class="comment">// DIFF_H</span></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="anamespaceralab_1_1base_1_1base_html_a1e695c32e2b7807b3e8dc7307ce533ff"><div class="ttname"><a href="namespaceralab_1_1base_1_1base.html#a1e695c32e2b7807b3e8dc7307ce533ff">ralab::base::base::diff</a></div><div class="ttdeci">OutputIterator diff(InputIterator begin, InputIterator end, OutputIterator destBegin, TN lag)</div><div class="ttdoc">lagged differences</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp_source.html#l00057">diff.hpp:58</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="anamespaceralab_1_1base_1_1base_html_a1e695c32e2b7807b3e8dc7307ce533ff"><div class="ttname"><a href="namespaceralab_1_1base_1_1base.html#a1e695c32e2b7807b3e8dc7307ce533ff">ralab::base::base::diff</a></div><div class="ttdeci">OutputIterator diff(InputIterator begin, InputIterator end, OutputIterator destBegin, TN lag)</div><div class="ttdoc">lagged differences</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp_source.html#l00057">diff.hpp:58</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="anamespaceralab_html"><div class="ttname"><a href="namespaceralab.html">ralab</a></div><div class="ttdoc">EQUISPACEINTERPOL Interpolation on a equidistantly spaced grid.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="base_8hpp_source.html#l00039">base.hpp:40</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment --></div><!-- contents -->
│ │ │ │  <!-- start footer part -->
│ │ │ │  <hr class="footer"/><address class="footer"><small>
│ │ │ │  Generated by&#160;<a href="https://www.doxygen.org/index.html"><img class="footer" src="doxygen.svg" width="104" height="31" alt="doxygen"/></a> 1.9.4
│ │ │ │  </small></address>
│ │ │ │  </body>
│ │ │ │   --- ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/utility_2findmf_2base_2base_2difftest_8cpp.html
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│ │ │ │┄ Files 2% similar despite different names
│ │ │ │ @@ -45,22 +45,22 @@
│ │ │ │  <div class="header">
│ │ │ │    <div class="summary">
│ │ │ │  <a href="#func-members">Functions</a>  </div>
│ │ │ │    <div class="headertitle"><div class="title">difftest.cpp File Reference</div></div>
│ │ │ │  </div><!--header-->
│ │ │ │  <div class="contents">
│ │ │ │  <div class="textblock"><code>#include &quot;gtest/gtest.hpp&quot;</code><br />
│ │ │ │ -<code>#include &quot;<a class="el" href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp_source.html">base/base/diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │ +<code>#include &quot;<a class="el" href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp_source.html">base/base/diff.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  <code>#include &quot;<a class="el" href="masscomparefunctors_8hpp_source.html">base/resample/masscomparefunctors.hpp</a>&quot;</code><br />
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │ -<p><a href="utility_2findmf_2base_2base_2difftest_8cpp_source.html">Go to the source code of this file.</a></p>
│ │ │ │ +<p><a href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_test_8cpp_source.html">Go to the source code of this file.</a></p>
│ │ │ │  <table class="memberdecls">
│ │ │ │  <tr class="heading"><td colspan="2"><h2 class="groupheader"><a id="func-members" name="func-members"></a>
│ │ │ │  Functions</h2></td></tr>
│ │ │ │ -<tr class="memitem:a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">int&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="utility_2findmf_2base_2base_2difftest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">main</a> (int argc, char **argv)</td></tr>
│ │ │ │ +<tr class="memitem:a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">int&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_test_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">main</a> (int argc, char **argv)</td></tr>
│ │ │ │  <tr class="separator:a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627"><td class="memSeparator" colspan="2">&#160;</td></tr>
│ │ │ │  </table>
│ │ │ │  <h2 class="groupheader">Function Documentation</h2>
│ │ │ │  <a id="a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627" name="a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627"></a>
│ │ │ │  <h2 class="memtitle"><span class="permalink"><a href="#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">&#9670;&nbsp;</a></span>main()</h2>
│ │ │ │  
│ │ │ │  <div class="memitem">
│ │ │ │ @@ -82,15 +82,15 @@
│ │ │ │            <td></td>
│ │ │ │            <td>)</td>
│ │ │ │            <td></td><td></td>
│ │ │ │          </tr>
│ │ │ │        </table>
│ │ │ │  </div><div class="memdoc">
│ │ │ │  
│ │ │ │ -<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="utility_2findmf_2base_2base_2difftest_8cpp_source.html#l00066">66</a> of file <a class="el" href="utility_2findmf_2base_2base_2difftest_8cpp_source.html">difftest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │ +<p class="definition">Definition at line <a class="el" href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_test_8cpp_source.html#l00066">66</a> of file <a class="el" href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_test_8cpp_source.html">difftest.cpp</a>.</p>
│ │ │ │  <div class="fragment"><div class="line"><span class="lineno">   66</span>                                {</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   67</span>  testdiff();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><span class="lineno">   68</span>}</div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment -->
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div><!-- contents -->
│ │ │ │   --- ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/utility_2findmf_2base_2base_2difftest_8cpp_source.html
│ │ │ ├── +++ ./usr/share/doc/libpwiz-doc/html/utility_2findmf_2base_2base_2_diff_test_8cpp_source.html
│ │ │ │┄ Files 4% similar despite different names
│ │ │ │ @@ -42,15 +42,15 @@
│ │ │ │  <li class="navelem"><a class="el" href="dir_45c7ef8544c9622a4c49808ad228f176.html">pwiz</a></li><li class="navelem"><a class="el" href="dir_1749c587a8a4cfdd8b8e4cc2a8cc717a.html">utility</a></li><li class="navelem"><a class="el" href="dir_812b0ff19a954b6238c91a7fa1254a7a.html">findmf</a></li><li class="navelem"><a class="el" href="dir_a4e91f9c3ece4e2f5f49e19ab021b65b.html">base</a></li><li class="navelem"><a class="el" href="dir_9ff30945f491fb3cbe1384034884f06d.html">base</a></li>  </ul>
│ │ │ │  </div>
│ │ │ │  </div><!-- top -->
│ │ │ │  <div class="header">
│ │ │ │    <div class="headertitle"><div class="title">difftest.cpp</div></div>
│ │ │ │  </div><!--header-->
│ │ │ │  <div class="contents">
│ │ │ │ -<a href="utility_2findmf_2base_2base_2difftest_8cpp.html">Go to the documentation of this file.</a><div class="fragment"><div class="line"><a id="l00001" name="l00001"></a><span class="lineno">    1</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │ +<a href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_test_8cpp.html">Go to the documentation of this file.</a><div class="fragment"><div class="line"><a id="l00001" name="l00001"></a><span class="lineno">    1</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00002" name="l00002"></a><span class="lineno">    2</span><span class="comment">// $Id$</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00003" name="l00003"></a><span class="lineno">    3</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00004" name="l00004"></a><span class="lineno">    4</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00005" name="l00005"></a><span class="lineno">    5</span><span class="comment">// Original author: Witold Wolski &lt;wewolski@gmail.com&gt;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00006" name="l00006"></a><span class="lineno">    6</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00007" name="l00007"></a><span class="lineno">    7</span><span class="comment">// Copyright : ETH Zurich</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00008" name="l00008"></a><span class="lineno">    8</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │ @@ -64,37 +64,37 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00016" name="l00016"></a><span class="lineno">   16</span><span class="comment">// distributed under the License is distributed on an &quot;AS IS&quot; BASIS, </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00017" name="l00017"></a><span class="lineno">   17</span><span class="comment">// WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied. </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00018" name="l00018"></a><span class="lineno">   18</span><span class="comment">// See the License for the specific language governing permissions and </span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00019" name="l00019"></a><span class="lineno">   19</span><span class="comment">// limitations under the License.</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00020" name="l00020"></a><span class="lineno">   20</span><span class="comment">//</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00021" name="l00021"></a><span class="lineno">   21</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00022" name="l00022"></a><span class="lineno">   22</span><span class="preprocessor">#include &quot;gtest/gtest.hpp&quot;</span></div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00023" name="l00023"></a><span class="lineno">   23</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp.html">base/base/diff.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00023" name="l00023"></a><span class="lineno">   23</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp.html">base/base/diff.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00024" name="l00024"></a><span class="lineno">   24</span><span class="preprocessor">#include &quot;<a class="code" href="masscomparefunctors_8hpp.html">base/resample/masscomparefunctors.hpp</a>&quot;</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00025" name="l00025"></a><span class="lineno">   25</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00026" name="l00026"></a><span class="lineno">   26</span><span class="keyword">namespace </span>{</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00027" name="l00027"></a><span class="lineno">   27</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00028" name="l00028"></a><span class="lineno">   28</span>  </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00029" name="l00029"></a><span class="lineno">   29</span>  <span class="keywordtype">void</span> testdiff(){</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00030" name="l00030"></a><span class="lineno">   30</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00031" name="l00031"></a><span class="lineno">   31</span>    <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 0.00001;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00031" name="l00031"></a><span class="lineno">   31</span>    <span class="keywordtype">double</span> <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a> = 0.00001;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00032" name="l00032"></a><span class="lineno">   32</span>    std::vector&lt;double&gt; tmp, res, ref; <span class="comment">// res- result, ref-reference</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00033" name="l00033"></a><span class="lineno">   33</span>    <span class="keywordtype">double</span> numbers_[] = {   2,  3,  4,  5,  6,  7,  8,  9, 10, 11 };</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00034" name="l00034"></a><span class="lineno">   34</span>    <span class="keyword">const</span> <span class="keywordtype">int</span> <a class="code hl_variable" href="_chemistry_8hpp.html#a8cc2e7240164328fdc3f0e5e21032c56">N</a> = <span class="keyword">sizeof</span>( numbers_ ) / <span class="keyword">sizeof</span>( <span class="keywordtype">double</span> );</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00035" name="l00035"></a><span class="lineno">   35</span>    tmp.assign( numbers_ , numbers_ + <a class="code hl_variable" href="_chemistry_8hpp.html#a8cc2e7240164328fdc3f0e5e21032c56">N</a> ) ;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00036" name="l00036"></a><span class="lineno">   36</span>    ref.assign( 10 , 1 );</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00037" name="l00037"></a><span class="lineno">   37</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00038" name="l00038"></a><span class="lineno">   38</span>    <a class="code hl_function" href="namespaceralab_1_1base_1_1base.html#a1e695c32e2b7807b3e8dc7307ce533ff">ralab::base::base::diff</a>(tmp.begin() , tmp.end() , std::back_inserter(res) , 1 );</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00039" name="l00039"></a><span class="lineno">   39</span>    <span class="keywordtype">bool</span> bb = std::equal( res.begin(), res.end(), ref.begin(), <a class="code hl_struct" href="structralab_1_1base_1_1resample_1_1_da_comp_functor.html">ralab::base::resample::DaCompFunctor&lt;double&gt;</a>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>) ) ;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00039" name="l00039"></a><span class="lineno">   39</span>    <span class="keywordtype">bool</span> bb = std::equal( res.begin(), res.end(), ref.begin(), <a class="code hl_struct" href="structralab_1_1base_1_1resample_1_1_da_comp_functor.html">ralab::base::resample::DaCompFunctor&lt;double&gt;</a>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>) ) ;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00040" name="l00040"></a><span class="lineno">   40</span>    ASSERT_TRUE( bb );</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00041" name="l00041"></a><span class="lineno">   41</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00042" name="l00042"></a><span class="lineno">   42</span>    res.clear();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00043" name="l00043"></a><span class="lineno">   43</span>    ref.assign(10,2);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00044" name="l00044"></a><span class="lineno">   44</span>    <a class="code hl_function" href="namespaceralab_1_1base_1_1base.html#a1e695c32e2b7807b3e8dc7307ce533ff">ralab::base::base::diff</a>(tmp.begin() , tmp.end() , std::back_inserter(res) , 2 );</div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00045" name="l00045"></a><span class="lineno">   45</span>    bb = std::equal( res.begin(), res.end(), ref.begin(), <a class="code hl_struct" href="structralab_1_1base_1_1resample_1_1_da_comp_functor.html">ralab::base::resample::DaCompFunctor&lt;double&gt;</a>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>) ) ;</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00045" name="l00045"></a><span class="lineno">   45</span>    bb = std::equal( res.begin(), res.end(), ref.begin(), <a class="code hl_struct" href="structralab_1_1base_1_1resample_1_1_da_comp_functor.html">ralab::base::resample::DaCompFunctor&lt;double&gt;</a>(<a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>) ) ;</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00046" name="l00046"></a><span class="lineno">   46</span>    ASSERT_TRUE( bb );</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00047" name="l00047"></a><span class="lineno">   47</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00048" name="l00048"></a><span class="lineno">   48</span>    std::vector&lt;double&gt; xxx(tmp);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00049" name="l00049"></a><span class="lineno">   49</span>    std::transform( xxx.begin() , xxx.end() , xxx.begin(), xxx.begin() , std::multiplies&lt;double&gt;() );</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00050" name="l00050"></a><span class="lineno">   50</span> </div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00051" name="l00051"></a><span class="lineno">   51</span>    std::vector&lt;double&gt;::iterator itmp =</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00052" name="l00052"></a><span class="lineno">   52</span>        <a class="code hl_function" href="namespaceralab_1_1base_1_1base.html#a1e695c32e2b7807b3e8dc7307ce533ff">ralab::base::base::diff</a></div>
│ │ │ │ @@ -102,30 +102,30 @@
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00054" name="l00054"></a><span class="lineno">   54</span>          xxx.begin(),</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00055" name="l00055"></a><span class="lineno">   55</span>          xxx.end(),</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00056" name="l00056"></a><span class="lineno">   56</span>          3,</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00057" name="l00057"></a><span class="lineno">   57</span>          3</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00058" name="l00058"></a><span class="lineno">   58</span>          );</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00059" name="l00059"></a><span class="lineno">   59</span>    <span class="comment">//long long xt = std::distance(xxx.begin(),itmp);</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00060" name="l00060"></a><span class="lineno">   60</span>    <span class="comment">//xt;</span></div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00061" name="l00061"></a><span class="lineno">   61</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>( *xxx.begin(),0.,  <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00061" name="l00061"></a><span class="lineno">   61</span>    <a class="code hl_define" href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a>( *xxx.begin(),0.,  <a class="code hl_variable" href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a>);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00062" name="l00062"></a><span class="lineno">   62</span>    nit_assert(std::distance(xxx.begin(),itmp) ,1);</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00063" name="l00063"></a><span class="lineno">   63</span>  }</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00064" name="l00064"></a><span class="lineno">   64</span>}<span class="comment">//end namespace</span></div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00065" name="l00065"></a><span class="lineno">   65</span> </div>
│ │ │ │ -<div class="line"><a id="l00066" name="l00066"></a><span class="lineno"><a class="line" href="utility_2findmf_2base_2base_2difftest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">   66</a></span><span class="keywordtype">int</span> <a class="code hl_function" href="utility_2findmf_2base_2base_2difftest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">main</a>(<span class="keywordtype">int</span> argc, <span class="keywordtype">char</span> **argv) {</div>
│ │ │ │ +<div class="line"><a id="l00066" name="l00066"></a><span class="lineno"><a class="line" href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_test_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">   66</a></span><span class="keywordtype">int</span> <a class="code hl_function" href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_test_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">main</a>(<span class="keywordtype">int</span> argc, <span class="keywordtype">char</span> **argv) {</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00067" name="l00067"></a><span class="lineno">   67</span>  testdiff();</div>
│ │ │ │  <div class="line"><a id="l00068" name="l00068"></a><span class="lineno">   68</span>}</div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="a_chemistry_8hpp_html_a8cc2e7240164328fdc3f0e5e21032c56"><div class="ttname"><a href="_chemistry_8hpp.html#a8cc2e7240164328fdc3f0e5e21032c56">N</a></div><div class="ttdeci">N</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="_chemistry_8hpp_source.html#l00080">Chemistry.hpp:80</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="adata_2identdata_2difftest_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2difftest_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2difftest_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="adata_2identdata_2_diff_test_8cpp_html_ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025"><div class="ttname"><a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp.html#ac29df3dcbefa1ce189e5990bde994025">epsilon</a></div><div class="ttdeci">const double epsilon</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="data_2identdata_2_diff_test_8cpp_source.html#l00041">DiffTest.cpp:41</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="amasscomparefunctors_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="masscomparefunctors_8hpp.html">masscomparefunctors.hpp</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="anamespaceralab_1_1base_1_1base_html_a1e695c32e2b7807b3e8dc7307ce533ff"><div class="ttname"><a href="namespaceralab_1_1base_1_1base.html#a1e695c32e2b7807b3e8dc7307ce533ff">ralab::base::base::diff</a></div><div class="ttdeci">OutputIterator diff(InputIterator begin, InputIterator end, OutputIterator destBegin, TN lag)</div><div class="ttdoc">lagged differences</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp_source.html#l00057">diff.hpp:58</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="anamespaceralab_1_1base_1_1base_html_a1e695c32e2b7807b3e8dc7307ce533ff"><div class="ttname"><a href="namespaceralab_1_1base_1_1base.html#a1e695c32e2b7807b3e8dc7307ce533ff">ralab::base::base::diff</a></div><div class="ttdeci">OutputIterator diff(InputIterator begin, InputIterator end, OutputIterator destBegin, TN lag)</div><div class="ttdoc">lagged differences</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp_source.html#l00057">diff.hpp:58</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="astructralab_1_1base_1_1resample_1_1_da_comp_functor_html"><div class="ttname"><a href="structralab_1_1base_1_1resample_1_1_da_comp_functor.html">ralab::base::resample::DaCompFunctor</a></div><div class="ttdoc">Da Comparator - constant mass error.</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="masscomparefunctors_8hpp_source.html#l00074">masscomparefunctors.hpp:75</a></div></div>
│ │ │ │  <div class="ttc" id="aunit_8hpp_html_acbd450df99370be00778913f140d5ec0"><div class="ttname"><a href="unit_8hpp.html#acbd450df99370be00778913f140d5ec0">unit_assert_equal</a></div><div class="ttdeci">#define unit_assert_equal(x, y, epsilon)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="unit_8hpp_source.html#l00099">unit.hpp:99</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="autility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="utility_2findmf_2base_2base_2diff_8hpp.html">diff.hpp</a></div></div>
│ │ │ │ -<div class="ttc" id="autility_2findmf_2base_2base_2difftest_8cpp_html_a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627"><div class="ttname"><a href="utility_2findmf_2base_2base_2difftest_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">main</a></div><div class="ttdeci">int main(int argc, char **argv)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="utility_2findmf_2base_2base_2difftest_8cpp_source.html#l00066">difftest.cpp:66</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="autility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp_html"><div class="ttname"><a href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_8hpp.html">diff.hpp</a></div></div>
│ │ │ │ +<div class="ttc" id="autility_2findmf_2base_2base_2_diff_test_8cpp_html_a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627"><div class="ttname"><a href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_test_8cpp.html#a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">main</a></div><div class="ttdeci">int main(int argc, char **argv)</div><div class="ttdef"><b>Definition:</b> <a href="utility_2findmf_2base_2base_2_diff_test_8cpp_source.html#l00066">difftest.cpp:66</a></div></div>
│ │ │ │  </div><!-- fragment --></div><!-- contents -->
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│ │ │ │  Generated by&#160;<a href="https://www.doxygen.org/index.html"><img class="footer" src="doxygen.svg" width="104" height="31" alt="doxygen"/></a> 1.9.4
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