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between the source code modules, computed from include statements in the code. For documented modules (those that do not have a gray background), clicking on the module takes you to the module documentation. Legend for the graph can be found below the graph.</p> │ │ │ │ <div class="dotgraph"> │ │ │ │ -<iframe scrolling="no" frameborder="0" src="dot_module-deps.svg" width="3866" height="1916"><p><b>This browser is not able to show SVG: try Firefox, Chrome, Safari, or Opera instead.</b></p></iframe></div> │ │ │ │ +<iframe scrolling="no" frameborder="0" src="dot_module-deps.svg" width="3916" height="1664"><p><b>This browser is not able to show SVG: try Firefox, Chrome, Safari, or Opera instead.</b></p></iframe></div> │ │ │ │ <h1><a class="anchor" id="autotoc_md49"></a> │ │ │ │ Legend</h1> │ │ │ │ <p>The graph below annotates the colors and line styles used in the module dependency graph above. More detailed textual annotation is below the graph.</p> │ │ │ │ <div class="dotgraph"> │ │ │ │ <iframe scrolling="no" frameborder="0" src="dot_inline_dotgraph_2.svg" width="440" height="407"><p><b>This browser is not able to show SVG: try Firefox, Chrome, Safari, or Opera instead.</b></p></iframe></div> │ │ │ │ <p>Node colors: </p><dl> │ │ │ │ <dt>gray background </dt> │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_10.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -105,16 +105,16 @@ │ │ │ │ │ ['makeperturbedlj14params_74', ['makePerturbedLJ14Params', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02topsort_8cpp_03.xhtml#a219912ab4897d2bd79841029e509036f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{topsort.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['makeplan_75', ['makePlan', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02gpu__3dfft__sycl__rocfft_8cpp_03.xhtml#aac2d74bc36d942b818b853a7a2fe0819', 1, 'gmx::anonymous_namespace{gpu_3dfft_sycl_rocfft.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['makepreprocessoroptions_76', ['makePreprocessorOptions', ['../ocl__compiler_8cpp.xhtml#a153ca6bd9b7d0c8003b267169ab0b0e1', 1, 'gmx::ocl']]], │ │ │ │ │ ['makeprogramfromcache_77', ['makeProgramFromCache', ['../ocl__caching_8cpp.xhtml#a9f9b1fc653bcb02f7f46e5bd6bb2f05d', 1, 'gmx::ocl']]], │ │ │ │ │ ['makerandomseed_78', ['makeRandomSeed', ['../namespacegmx.xhtml#a36cfc66dfee3ab6a934e04486bbf05e6', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['makerandomseedinternal_79', ['makeRandomSeedInternal', ['../namespacegmx.xhtml#ab08f1195b83d7128d3c4000aa22ba0e8', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['makerealstrides_80', ['makeRealStrides', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02gpu__3dfft__sycl__rocfft_8cpp_03.xhtml#a0c29c98856bc6245820f6bd5ca830bba', 1, 'gmx::anonymous_namespace{gpu_3dfft_sycl_rocfft.cpp}']]], │ │ │ │ │ - ['makerefdatafilename_81', ['makerefdatafilename', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmetest_8cpp_03.xhtml#af070fa4b5e37706561c293db35d39f1f', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmetest.cpp}::makeRefDataFileName()'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a186c4a54149691e05141d4bd2355a861', 1, 'gmx::test::makeRefDataFileName()'] │ │ │ │ │ + ['makerefdatafilename_81', ['makerefdatafilename', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a186c4a54149691e05141d4bd2355a861', 1, 'gmx::test::makeRefDataFileName()'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmetest_8cpp_03.xhtml#af070fa4b5e37706561c293db35d39f1f', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmetest.cpp}::makeRefDataFileName()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['makereffrompointer_82', ['makeRefFromPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a0c88c8ee70d81b75a8377ee38ed659b9', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['makervecarray_83', ['makeRvecArray', ['../state_8h.xhtml#aa69dfdec392ef5ac146b0b4f508ee9d9', 1, 'state.cpp']]], │ │ │ │ │ ['makesimpletopology_84', ['makeSimpleTopology', ['../classanonymous__namespace_02indexutil_8cpp_03_1_1IndexBlockTest.xhtml#ae2a783ea7f644aec26c5c36688e73c0b', 1, 'anonymous_namespace{indexutil.cpp}::IndexBlockTest']]], │ │ │ │ │ ['makesimulationinput_85', ['makeSimulationInput', ['../group__module__mdrun.xhtml#gae18c40e552af59d3ac816c1b943a57bc', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['makesolvekernel_86', ['makeSolveKernel', ['../pme__solve__sycl_8cpp.xhtml#a64e706e97c6587265b3b42ceace902ce', 1, 'pme_solve_sycl.cpp']]], │ │ │ │ │ ['makespreadkernel_87', ['makeSpreadKernel', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02densityfittingforceprovider_8cpp_03.xhtml#a71d9cb1e033ddafcc72c5c7285386360', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfittingforceprovider.cpp}']]], │ │ │ │ │ @@ -127,17 +127,17 @@ │ │ │ │ │ ['makeunperturbedlj14params_94', ['makeUnperturbedLJ14Params', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02topsort_8cpp_03.xhtml#a1a653dc65c6030e9a3825cf07c884f22', 1, 'gmx::anonymous_namespace{topsort.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['makeupdategroupingspermoleculetype_95', ['makeupdategroupingspermoleculetype', ['../namespacegmx.xhtml#aa51b331e6dc5454e57b96838b2d503af', 1, 'gmx::makeUpdateGroupingsPerMoleculeType(const gmx_moltype_t &moltype, gmx::ArrayRef< const t_iparams > iparams)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a716fe4766d0dbb653552d9287feb563f', 1, 'gmx::makeUpdateGroupingsPerMoleculeType(const gmx_mtop_t &mtop)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['makeupdategroups_96', ['makeUpdateGroups', ['../namespacegmx.xhtml#aa9a218f8e5b8bfe5091a159e7a6a9d45', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['makevendorflavorchoice_97', ['makeVendorFlavorChoice', ['../ocl__compiler_8cpp.xhtml#ab7da5ff7c4af27a4a1789dbd342a8966', 1, 'gmx::ocl']]], │ │ │ │ │ ['makevirtualsiteshandler_98', ['makeVirtualSitesHandler', ['../namespacegmx.xhtml#ad59dd2687a751a26481a0a774f51146a', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['malloc_99', ['malloc', ['../classgmx_1_1HostAllocationPolicy.xhtml#abea041287228e8b33c288bd9b3713b6c', 1, 'gmx::HostAllocationPolicy::malloc()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AlignedAllocationPolicy.xhtml#ae8815b9093593a20638c4071395a1ca6', 1, 'gmx::AlignedAllocationPolicy::malloc()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PageAlignedAllocationPolicy.xhtml#aefa29138219cff2f879abf3e92d2aa20', 1, 'gmx::PageAlignedAllocationPolicy::malloc()'] │ │ │ │ │ + ['malloc_99', ['malloc', ['../classgmx_1_1PageAlignedAllocationPolicy.xhtml#aefa29138219cff2f879abf3e92d2aa20', 1, 'gmx::PageAlignedAllocationPolicy::malloc()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1HostAllocationPolicy.xhtml#abea041287228e8b33c288bd9b3713b6c', 1, 'gmx::HostAllocationPolicy::malloc()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AlignedAllocationPolicy.xhtml#ae8815b9093593a20638c4071395a1ca6', 1, 'gmx::AlignedAllocationPolicy::malloc()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mallocimpl_100', ['mallocImpl', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02alignedallocator_8cpp_03.xhtml#a824a99e0446104045db4c13ac052f953', 1, 'gmx::anonymous_namespace{alignedallocator.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['manage_5fthreading_2ecpp_101', ['manage_threading.cpp', ['../manage__threading_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['manage_5fthreading_2eh_102', ['manage_threading.h', ['../manage__threading_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['managedevelopmentfeatures_103', ['manageDevelopmentFeatures', ['../namespacegmx.xhtml#a4543c745531b85d84f1da8d06d1b82a8', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['managegeneratedoutputfile_104', ['manageGeneratedOutputFile', ['../classgmx_1_1test_1_1TestFileManager.xhtml#af0ffc0ec6e12b37178c20f775d58c10f', 1, 'gmx::test::TestFileManager']]], │ │ │ │ │ ['management_105', ['Data management', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md39', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -152,35 +152,35 @@ │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionsImpl.xhtml#ac6b12c0ab7bd35f3223562488836479f', 1, 'gmx::internal::OptionsImpl::managers_'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['managesyncwithppcoordinatesendergpu_111', ['manageSyncWithPpCoordinateSenderGpu', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#accf882be0b30fca6ededabd9470cfbc7', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ │ ['manualoutputfile_112', ['ManualOutputFile', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02extract__cluster_8cpp_03_1_1ManualOutputFile.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{extract_cluster.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['many_5fauto_5fcorrel_113', ['many_auto_correl', ['../manyautocorrelation_8h.xhtml#ad3b9966ff6279f6316c3c898e31f0dee', 1, 'many_auto_correl(std::vector< std::vector< real > > *c): manyautocorrelation.cpp'], │ │ │ │ │ ['../manyautocorrelation_8cpp.xhtml#ad3b9966ff6279f6316c3c898e31f0dee', 1, 'many_auto_correl(std::vector< std::vector< real > > *c): manyautocorrelation.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['many_5fcross_5fcorr_114', ['many_cross_corr', ['../crosscorr_8cpp.xhtml#a953d512f8171310c10a4d0f4121d1a33', 1, 'many_cross_corr(int nFunc, int *nData, real **f, real **g, real **corr): crosscorr.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../crosscorr_8h.xhtml#a953d512f8171310c10a4d0f4121d1a33', 1, 'many_cross_corr(int nFunc, int *nData, real **f, real **g, real **corr): crosscorr.cpp'] │ │ │ │ │ + ['many_5fcross_5fcorr_114', ['many_cross_corr', ['../crosscorr_8h.xhtml#a953d512f8171310c10a4d0f4121d1a33', 1, 'many_cross_corr(int nFunc, int *nData, real **f, real **g, real **corr): crosscorr.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../crosscorr_8cpp.xhtml#a953d512f8171310c10a4d0f4121d1a33', 1, 'many_cross_corr(int nFunc, int *nData, real **f, real **g, real **corr): crosscorr.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['manyautocorrelation_2ecpp_115', ['manyautocorrelation.cpp', ['../manyautocorrelation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2manyautocorrelation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['manyautocorrelation_2eh_116', ['manyautocorrelation.h', ['../manyautocorrelation_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['map_117', ['map', ['../structt__matrix.xhtml#a4cfcb489019e79bf56990ce36cefe00f', 1, 't_matrix']]], │ │ │ │ │ ['mapb_118', ['mapb', ['../structgmx__ana__indexmap__t.xhtml#aabf74268915bc1a13aaaa95c236d5e08', 1, 'gmx_ana_indexmap_t']]], │ │ │ │ │ ['mapconstiterator_119', ['MapConstIterator', ['../classgmx_1_1EnergyFrame.xhtml#a5b3ca67a8497cc2cf77f3c0da771fa95', 1, 'gmx::EnergyFrame']]], │ │ │ │ │ ['mapgridtodatagrid_120', ['mapGridToDataGrid', ['../namespacegmx.xhtml#ad49aba237e75034450c40885fccde22c', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['mapid_121', ['mapid', ['../structgmx__ana__indexmap__t.xhtml#a2675a18d204f864f94da0d616c115884', 1, 'gmx_ana_indexmap_t']]], │ │ │ │ │ ['mappedid_122', ['mappedId', ['../classgmx_1_1SelectionPosition.xhtml#a9b2a183cd94c03a9aabe10c89e73648b', 1, 'gmx::SelectionPosition']]], │ │ │ │ │ ['mappedids_123', ['mappedIds', ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#a44d2c2cd4db4eade34cac95f5916a2a0', 1, 'gmx::Selection']]], │ │ │ │ │ ['mappedunionfinder_124', ['MappedUnionFinder', ['../classgmx_1_1MappedUnionFinder.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['mapping_125', ['mapping', ['../classgmx_1_1layout__right_1_1mapping.xhtml', 1, 'gmx::layout_right::mapping< Extents >'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1layout__right_1_1mapping.xhtml#ad632683c77288c28df614ea7915917ce', 1, 'gmx::layout_right::mapping::mapping()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a02c710cacde0166f1c5f4c67b9971cee', 1, 'gmx::basic_mdspan::mapping()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1layout__right_1_1mapping.xhtml#a7aa3312a770a6a3946d60a7e23cb2002', 1, 'gmx::layout_right::mapping::mapping(const Extents &ext) noexcept'], │ │ │ │ │ + ['mapping_125', ['mapping', ['../classgmx_1_1layout__right_1_1mapping.xhtml#ad632683c77288c28df614ea7915917ce', 1, 'gmx::layout_right::mapping::mapping()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1layout__right_1_1mapping.xhtml', 1, 'gmx::layout_right::mapping< Extents >'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1layout__right_1_1mapping.xhtml#a80905ecdaf35273d7f7c303e7d2ff909', 1, 'gmx::layout_right::mapping::mapping() noexcept=default'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1layout__right_1_1mapping.xhtml#afc7b2299be673f6d37d0a570e061da72', 1, 'gmx::layout_right::mapping::mapping(mapping &&) noexcept=default'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1layout__right_1_1mapping.xhtml#a80905ecdaf35273d7f7c303e7d2ff909', 1, 'gmx::layout_right::mapping::mapping() noexcept=default'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1layout__right_1_1mapping.xhtml#a7aa3312a770a6a3946d60a7e23cb2002', 1, 'gmx::layout_right::mapping::mapping(const Extents &ext) noexcept'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a02c710cacde0166f1c5f4c67b9971cee', 1, 'gmx::basic_mdspan::mapping() const noexcept'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mapping_5ftype_126', ['mapping_type', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a41c0126e07c9b922b4b838b578af7888', 1, 'gmx::basic_mdspan']]], │ │ │ │ │ ['maptoframeatoms_5f_127', ['mapToFrameAtoms_', ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection_1_1Impl.xhtml#a028b638ac6bf4c5c76f4c78819d94cff', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection::Impl']]], │ │ │ │ │ ['maptype_128', ['MapType', ['../classgmx_1_1EnergyFrame.xhtml#ae7cbc6aabfeacd2447563d8f137045f4', 1, 'gmx::EnergyFrame']]], │ │ │ │ │ ['mark_5fsubexpr_5fdynamic_129', ['mark_subexpr_dynamic', ['../compiler_8cpp.xhtml#a2ce676e6caff3877910cd9cfc27cb955', 1, 'compiler.cpp']]], │ │ │ │ │ ['mark_5fsurface_5fcovered_130', ['mark_surface_covered', ['../sm__insolidangle_8cpp.xhtml#ad016ba6ae3e4a77948222f08f4004e4f', 1, 'sm_insolidangle.cpp']]], │ │ │ │ │ ['markasreadytoreduce_131', ['markAsReadyToReduce', ['../classgmx_1_1ObservablesReducer.xhtml#aa76fb912aca1c30275e567685626f515', 1, 'gmx::ObservablesReducer']]], │ │ │ │ │ @@ -754,16 +754,16 @@ │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1MrcDensityMapOfFloatReader.xhtml', 1, 'gmx::MrcDensityMapOfFloatReader'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mrcdensitymapoffloatwriter_469', ['mrcdensitymapoffloatwriter', ['../classgmx_1_1MrcDensityMapOfFloatWriter.xhtml#aaed6893c7ae8d1df0d7950d0d22e2d03', 1, 'gmx::MrcDensityMapOfFloatWriter::MrcDensityMapOfFloatWriter()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1MrcDensityMapOfFloatWriter.xhtml', 1, 'gmx::MrcDensityMapOfFloatWriter'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mrcdensityskewdata_470', ['MrcDensitySkewData', ['../structgmx_1_1MrcDensitySkewData.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['mrcheaderissane_471', ['mrcHeaderIsSane', ['../namespacegmx.xhtml#ae0952e5f8ebf3384064550e3a74596f2', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['mrcserializer_2ecpp_472', ['mrcserializer.cpp', ['../tests_2mrcserializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../mrcserializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['mrcserializer_2ecpp_472', ['mrcserializer.cpp', ['../mrcserializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2mrcserializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mrcserializer_2eh_473', ['mrcserializer.h', ['../mrcserializer_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mrcunitstonm_474', ['mrcUnitsToNm', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02mrcserializer_8cpp_03.xhtml#a2c88f65071129ab9ec7530cc3ce4458c', 1, 'gmx::anonymous_namespace{mrcserializer.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['ms_475', ['ms', ['../classanonymous__namespace_02minimize_8cpp_03_1_1EnergyEvaluator.xhtml#a0dca275a1044093cee09ab07b74262c8', 1, 'anonymous_namespace{minimize.cpp}::EnergyEvaluator']]], │ │ │ │ │ ['ms_5f_476', ['ms_', ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#a44fde7ee1ab975eac60d5232f7d8e023', 1, 'gmx::LegacySimulatorData']]], │ │ │ │ │ ['msd_477', ['Msd', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1Msd.xhtml', 1, 'gmx::analysismodules']]], │ │ │ │ │ ['msd_2ecpp_478', ['msd.cpp', ['../modules_2msd_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_11.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -460,63 +460,63 @@ │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#abab20f57d9df210c6b3f6384c54f7212a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::None'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#aa9e7df55e017bd726d027d65551bbd0ca6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::None'], │ │ │ │ │ ['../pme_8h.xhtml#adc082ed1af9a4868af13352373ed3791a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'None: pme.h'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#aab37976982b986b87613d521381fcb6aa334c4a4c42fdb79d7ebc3e73b517e6f8', 1, 'gmx::none'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['nonexistent_286', ['Nonexistent', ['../device__information_8h.xhtml#a0b85af2bfbb9599409b639e98717c888a4ae5e9809862b352a35922a5bcb1bdf3', 1, 'device_information.h']]], │ │ │ │ │ ['nonfunctional_287', ['NonFunctional', ['../device__information_8h.xhtml#a0b85af2bfbb9599409b639e98717c888a836c1376187303303ffb10b26f2a4422', 1, 'device_information.h']]], │ │ │ │ │ - ['nonlinear_288', ['nonlinear', ['../classgmx_1_1VirtualSitesHandler.xhtml#a9bc9f8f9c0f9558d09bf4b5ed0273e3ba47e3d35ab4249db25f1467971d8aba21', 1, 'gmx::VirtualSitesHandler::NonLinear'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a63cf11bdf7c50436e7a754d50689f362a47e3d35ab4249db25f1467971d8aba21', 1, 'gmx::NonLinear'] │ │ │ │ │ + ['nonlinear_288', ['nonlinear', ['../namespacegmx.xhtml#a63cf11bdf7c50436e7a754d50689f362a47e3d35ab4249db25f1467971d8aba21', 1, 'gmx::NonLinear'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1VirtualSitesHandler.xhtml#a9bc9f8f9c0f9558d09bf4b5ed0273e3ba47e3d35ab4249db25f1467971d8aba21', 1, 'gmx::VirtualSitesHandler::NonLinear'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['nonlocal_289', ['nonlocal', ['../namespacegmx.xhtml#a84de1dccdfb142b80c42b0b19f8c6548aedf6f2af1e5ce85c8f9ff667192169d0', 1, 'gmx::NonLocal'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a8593d10460a38e0d418692d63f962521aedf6f2af1e5ce85c8f9ff667192169d0', 1, 'gmx::NonLocal'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['nonlocal_5fdone_290', ['nonlocal_done', ['../structNbnxmGpu.xhtml#a7c7aea1f8edd8460d24b4a36d07f1984', 1, 'NbnxmGpu']]], │ │ │ │ │ ['nooptionaloutput_291', ['NoOptionalOutput', ['../classgmx_1_1test_1_1NoOptionalOutput.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['nopbcjumps_292', ['NoPBCJumps', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9a3c9450d09d1b92477398f1a26bbb11bf', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['norder_293', ['nOrder', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a916d6e0a08223001ef38a5b74043ab38', 1, 'gmx::Lincs']]], │ │ │ │ │ - ['norm_294', ['norm', ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#aad63bfd2384a9d1f876b925ee95de1dc', 1, 'gmx::BasicVector::norm()'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#ac4968e669f258a20e94e885b49ef2934', 1, 'gmx::norm(BasicVector< ValueType > v)'], │ │ │ │ │ + ['norm_294', ['norm', ['../namespacegmx.xhtml#ac4968e669f258a20e94e885b49ef2934', 1, 'gmx::norm()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#aad63bfd2384a9d1f876b925ee95de1dc', 1, 'gmx::BasicVector::norm()'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#abfc89b990a48f86125d9437b6050be46', 1, 'gmx::norm(T *v)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['norm2_295', ['norm2', ['../namespacegmx.xhtml#a9e1713a0b402535e1f59ebd7cf4d1b5b', 1, 'gmx::norm2()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#aac10162bd5e4aeae070a245d55404164', 1, 'gmx::BasicVector::norm2()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['norm_5fand_5fscale_5fvectors_296', ['norm_and_scale_vectors', ['../autocorr_8cpp.xhtml#ae225e0667d9a6856ba697f31ecc40ade', 1, 'autocorr.cpp']]], │ │ │ │ │ ['normal_297', ['Normal', ['../device__stream_8h.xhtml#a745c3a25d092600ae45b68d7e73d8319a960b44c579bc2f6818d2daaf9e4c16f0', 1, 'device_stream.h']]], │ │ │ │ │ - ['normaldistribution_298', ['normaldistribution', ['../structUmbrellaOptions.xhtml#a473f1363f6af80b169a66c49e0806794', 1, 'UmbrellaOptions::normalDistribution'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml#a06215348b437434202cda73d44de8c99', 1, 'gmx::NormalDistribution::NormalDistribution()'], │ │ │ │ │ + ['normaldistribution_298', ['normaldistribution', ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml#a96caccdbb3d6390fcb152f6f6a38a2e1', 1, 'gmx::NormalDistribution::NormalDistribution(result_type mean=0.0, result_type stddev=1.0)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml#a06215348b437434202cda73d44de8c99', 1, 'gmx::NormalDistribution::NormalDistribution(const param_type &param)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml', 1, 'gmx::NormalDistribution< RealType >'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml#a96caccdbb3d6390fcb152f6f6a38a2e1', 1, 'gmx::NormalDistribution::NormalDistribution()'] │ │ │ │ │ + ['../structUmbrellaOptions.xhtml#a473f1363f6af80b169a66c49e0806794', 1, 'UmbrellaOptions::normalDistribution'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['normaldistribution_2ecpp_299', ['normaldistribution.cpp', ['../normaldistribution_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['normaldistribution_2eh_300', ['normaldistribution.h', ['../normaldistribution_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['normalization_301', ['normalization', ['../group__module__trajectoryanalysis.xhtml#ga8dc818a96d0962c8bcb8f3c080d565c8', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{rdf.cpp}::Normalization'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a35a656f58d79c7258c8b6e0141bd440b', 1, 'gmx::Normalization'] │ │ │ │ │ + ['normalization_301', ['normalization', ['../namespacegmx.xhtml#a35a656f58d79c7258c8b6e0141bd440b', 1, 'gmx::Normalization'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__trajectoryanalysis.xhtml#ga8dc818a96d0962c8bcb8f3c080d565c8', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{rdf.cpp}::Normalization'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['normalizationtype_5f_302', ['normalizationType_', ['../classgmx_1_1AwhEnergyBlock.xhtml#a13a7cdfa3b51a59d927b3a6dc101bb48', 1, 'gmx::AwhEnergyBlock']]], │ │ │ │ │ ['normalizationvalue_5f_303', ['normalizationValue_', ['../classgmx_1_1AwhEnergyBlock.xhtml#ad7c3727d885b1c8276f38bcb8d770dd4', 1, 'gmx::AwhEnergyBlock']]], │ │ │ │ │ ['normalize_5facf_304', ['normalize_acf', ['../autocorr_8cpp.xhtml#a415d5aa1ec90e0366c9754df28f3e180', 1, 'autocorr.cpp']]], │ │ │ │ │ ['normalizeblock_305', ['normalizeBlock', ['../namespacegmx.xhtml#a70bac9d01a06d35dc45d86a6bdba4f06', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['normalizedensities_5f_306', ['normalizeDensities_', ['../structgmx_1_1DensityFittingParameters.xhtml#a108b0f7f69ade1010f60a941430e1434', 1, 'gmx::DensityFittingParameters']]], │ │ │ │ │ ['normalizefreeenergyandpmfsum_307', ['normalizefreeenergyandpmfsum', ['../namespacegmx.xhtml#ac1a9213632dd1a11d0ad5eb64eb211cc', 1, 'gmx::normalizeFreeEnergyAndPmfSum()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PointState.xhtml#a9734176eb05174d67c84c4f6c1d44a6d', 1, 'gmx::PointState::normalizeFreeEnergyAndPmfSum()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['normalizeprobability_308', ['normalizeProbability', ['../classgmx_1_1AbstractAverageHistogram.xhtml#abc1ff464523654b5de9dd88ee7c036b4', 1, 'gmx::AbstractAverageHistogram']]], │ │ │ │ │ ['normalizereferencedensity_309', ['normalizeReferenceDensity', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfitting_8cpp_03_1_1DensityFittingSimulationParameterSetup.xhtml#aba089e24c17d4a809955ccb7fbcadd74', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfitting.cpp}::DensityFittingSimulationParameterSetup']]], │ │ │ │ │ ['normalizesumpositivevaluestounity_310', ['normalizeSumPositiveValuesToUnity', ['../namespacegmx.xhtml#a327f10cbb6dad34a7a108b93d3f5d4e1', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['normalizevalue_311', ['normalizevalue', ['../classgmx_1_1EnumOptionStorage.xhtml#a714ef64c0797beedd1ffe8193b7b35a8', 1, 'gmx::EnumOptionStorage::normalizeValue()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplateSimple.xhtml#a7b800b3a96308ce591b6ae34cf5817b6', 1, 'gmx::OptionStorageTemplateSimple::normalizeValue()'] │ │ │ │ │ + ['normalizevalue_311', ['normalizevalue', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplateSimple.xhtml#a7b800b3a96308ce591b6ae34cf5817b6', 1, 'gmx::OptionStorageTemplateSimple::normalizeValue()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnumOptionStorage.xhtml#a714ef64c0797beedd1ffe8193b7b35a8', 1, 'gmx::EnumOptionStorage::normalizeValue()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['normalizevalues_312', ['normalizevalues', ['../classanonymous__namespace_02abstractoptionstorage_8cpp_03_1_1MockOptionStorage.xhtml#a41d05ec823b0c59328fe0272416509cf', 1, 'anonymous_namespace{abstractoptionstorage.cpp}::MockOptionStorage::normalizeValues()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml#afa99b6a8d6f5e06151d7f3b0f8817cfa', 1, 'gmx::OptionInfo::normalizeValues()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#a238bb8bb4773156da77fc2828453773e', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage::normalizeValues()'], │ │ │ │ │ + ['normalizevalues_312', ['normalizevalues', ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml#afa99b6a8d6f5e06151d7f3b0f8817cfa', 1, 'gmx::OptionInfo::normalizeValues()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionOptionStorage.xhtml#acfb88582bb18c5a1876b8299e3097bc3', 1, 'gmx::SelectionOptionStorage::normalizeValues()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionFileOptionStorage.xhtml#a3ae5bffb43f83750b8784665cafed6c2', 1, 'gmx::SelectionFileOptionStorage::normalizeValues()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplateSimple.xhtml#a24fb31501a4f2bcc6b4f8f4308b9737c', 1, 'gmx::OptionStorageTemplateSimple::normalizeValues()'] │ │ │ │ │ + ['../classanonymous__namespace_02abstractoptionstorage_8cpp_03_1_1MockOptionStorage.xhtml#a41d05ec823b0c59328fe0272416509cf', 1, 'anonymous_namespace{abstractoptionstorage.cpp}::MockOptionStorage::normalizeValues()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplateSimple.xhtml#a24fb31501a4f2bcc6b4f8f4308b9737c', 1, 'gmx::OptionStorageTemplateSimple::normalizeValues()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#a238bb8bb4773156da77fc2828453773e', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage::normalizeValues()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['normalmodes_2ecpp_313', ['normalmodes.cpp', ['../normalmodes_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['normalmodestest_314', ['NormalModesTest', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02normalmodes_8cpp_03_1_1NormalModesTest.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{normalmodes.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['nosehoover_5fvxi_315', ['nosehoover_vxi', ['../classt__state.xhtml#a349969aa77c689a1aa3d2a3f903ad2b3', 1, 't_state::nosehoover_vxi'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1PTCouplingArrays.xhtml#a6af6f95f1d4a30e290f6b724f0a313af', 1, 'gmx::PTCouplingArrays::nosehoover_vxi'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['nosehoover_5fxi_316', ['nosehoover_xi', ['../structgmx_1_1PTCouplingArrays.xhtml#a611790ef9fc3907feed3c81b1c29b1db', 1, 'gmx::PTCouplingArrays::nosehoover_xi'], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_13.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -2,42 +2,42 @@ │ │ │ │ │ ['p_0', ['p', ['../structgmx__ana__poscalc__t.xhtml#af8e621e3296236f51d768438758b7cfe', 1, 'gmx_ana_poscalc_t::p'], │ │ │ │ │ ['../structgmx__ana__selvalue__t.xhtml#a5ac7ec54e9c4bd24a4e1c525eb8ab996', 1, 'gmx_ana_selvalue_t::p'], │ │ │ │ │ ['../structt__methoddata__distance.xhtml#a4e60cc193bb2b70b0a199f573006cc2f', 1, 't_methoddata_distance::p'], │ │ │ │ │ ['../structpartition.xhtml#ae07c240cf01bfd862cd8233bb978e308', 1, 'partition::p'], │ │ │ │ │ ['../structt__methoddata__kweval.xhtml#a4652f5688fe92e8903f34b55572b6dd6', 1, 't_methoddata_kweval::p'], │ │ │ │ │ ['../structmethoddata__permute.xhtml#ab2ba3a38c146ec2ddf26bbade9938bdb', 1, 'methoddata_permute::p'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['p1_1', ['p1', ['../structmethoddata__merge.xhtml#a4cfa6a26abef34e7898cb95313808995', 1, 'methoddata_merge::p1'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a6e4ce54343e36af1edaf514bd298959fa5f2b9323c39ee3c861a7b382d205c3d3', 1, 'gmx::P1'] │ │ │ │ │ + ['p1_1', ['p1', ['../namespacegmx.xhtml#a6e4ce54343e36af1edaf514bd298959fa5f2b9323c39ee3c861a7b382d205c3d3', 1, 'gmx::P1'], │ │ │ │ │ + ['../structmethoddata__merge.xhtml#a4cfa6a26abef34e7898cb95313808995', 1, 'methoddata_merge::p1'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['p2_2', ['p2', ['../structmethoddata__merge.xhtml#a3b289de286d8a69f4d02910c3a246460', 1, 'methoddata_merge']]], │ │ │ │ │ ['package_3', ['Package', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Package.xhtml', 1, 'gmx::HardwareTopology']]], │ │ │ │ │ ['packageidinmachine_4', ['packageIdInMachine', ['../structgmx_1_1CpuInfo_1_1LogicalProcessor.xhtml#a4f9fa92734944301901b1dcd85093254', 1, 'gmx::CpuInfo::LogicalProcessor']]], │ │ │ │ │ ['packagerankintopology_5', ['packageRankInTopology', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1LogicalProcessor.xhtml#a1b9ad69ea5aa8aca7f5595c889df2e7c', 1, 'gmx::HardwareTopology::LogicalProcessor']]], │ │ │ │ │ ['packages_6', ['packages', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Machine.xhtml#a74871628a052ed8f5cb82d2d53cd7c97', 1, 'gmx::HardwareTopology::Machine']]], │ │ │ │ │ ['packed_20j_20clusters_20of_20warps_7', ['of packed j clusters * # of warps', ['../structNbnxm_1_1gpu__plist.xhtml#autotoc_md108', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['packedboundingboxes_8', ['packedBoundingBoxes', ['../classNbnxm_1_1Grid.xhtml#a353b04469531e9ab020abdd48aa0e351', 1, 'Nbnxm::Grid']]], │ │ │ │ │ ['packedjclusterlist_9', ['PackedJClusterList', ['../classPackedJClusterList.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['packhaloexternal_10', ['PackHaloExternal', ['../classPackHaloExternal.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['packhalointernal_11', ['PackHaloInternal', ['../classPackHaloInternal.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['paddedarrayref_12', ['paddedArrayRef', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#af96cdc4e2ae79fc9e3de0a7ac3291b1f', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding']]], │ │ │ │ │ ['paddedconstarrayref_13', ['paddedConstArrayRef', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#a3b87c53ddcde85eccd59b62fafc2fec3', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding']]], │ │ │ │ │ - ['paddedhostvector_14', ['paddedhostvector', ['../namespacegmx.xhtml#a5ec47a61b30ffcc249cc27ae5ea47da8', 1, 'gmx::PaddedHostVector'], │ │ │ │ │ - ['../state_8h.xhtml#ac8c51716c19f5f58463e856c19b39acb', 1, 'PaddedHostVector: state.h'] │ │ │ │ │ + ['paddedhostvector_14', ['paddedhostvector', ['../state_8h.xhtml#ac8c51716c19f5f58463e856c19b39acb', 1, 'PaddedHostVector: state.h'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a5ec47a61b30ffcc249cc27ae5ea47da8', 1, 'gmx::PaddedHostVector'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['paddednumatomsincolumn_15', ['paddedNumAtomsInColumn', ['../classNbnxm_1_1Grid.xhtml#a95f443a30f4a01b8cb23197a95e51443', 1, 'Nbnxm::Grid']]], │ │ │ │ │ ['paddedsize_16', ['paddedSize', ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#aa3d1b552af6106d1bb61426b4605add3', 1, 'gmx::PaddedVector']]], │ │ │ │ │ - ['paddedvector_17', ['paddedvector', ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#aae517037a7e2a04806a72deffe661437', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(std::initializer_list< value_type > const &il)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#ae8d292225db685d912d5be8f26d32d2d', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(size_type count, const allocator_type &allocator=Allocator())'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml', 1, 'gmx::PaddedVector< T, Allocator >'], │ │ │ │ │ + ['paddedvector_17', ['paddedvector', ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#ae8d292225db685d912d5be8f26d32d2d', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(size_type count, const allocator_type &allocator=Allocator())'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#ac090f26229cc0e5ca4cf4f70d500dd9e', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(size_type count, value_type const &v, const allocator_type &allocator=Allocator())'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#a8a5f5975b2207677f1e956060b02c1d2', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(allocator_type const &allocator)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#aae517037a7e2a04806a72deffe661437', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(std::initializer_list< value_type > const &il)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#a1455b09f0cb0dd2b5f6ff5b092ecea08', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(PaddedVector const &o)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#a99f036b6e7ea821ab24604474748c8f6', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(PaddedVector &&o) noexcept'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#af634e58ae15af112df64a6e9f42a5460', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(PaddedVector &&o, const Allocator &alloc) noexcept'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#af634e58ae15af112df64a6e9f42a5460', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(PaddedVector &&o, const Allocator &alloc) noexcept'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml', 1, 'gmx::PaddedVector< T, Allocator >'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['paddedvector_2ecpp_18', ['paddedvector.cpp', ['../paddedvector_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['paddedvector_2eh_19', ['paddedvector.h', ['../paddedvector_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['paddedvector_3c_20gmx_3a_3abasicvector_20_3e_20', ['PaddedVector< gmx::BasicVector >', ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['paddedvector_3c_20real_20_3e_21', ['PaddedVector< real >', ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['paddedvector_3c_20rvec_20_3e_22', ['PaddedVector< RVec >', ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['paddedvectortest_23', ['PaddedVectorTest', ['../classgmx_1_1test_1_1PaddedVectorTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ @@ -84,53 +84,53 @@ │ │ │ │ │ ['pairlistset_2ecpp_51', ['pairlistset.cpp', ['../pairlistset_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairlistset_2eh_52', ['pairlistset.h', ['../pairlistset_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairlistsets_53', ['pairlistsets', ['../classPairlistSets.xhtml', 1, 'PairlistSets'], │ │ │ │ │ ['../classPairlistSets.xhtml#aff659b5683c9ee577e14d59d00d54633', 1, 'PairlistSets::PairlistSets()'], │ │ │ │ │ ['../structnonbonded__verlet__t.xhtml#aa57ad98496e4e60d07e2f2ef32dd483d', 1, 'nonbonded_verlet_t::pairlistSets()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pairlistsets_2eh_54', ['pairlistsets.h', ['../pairlistsets_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['pairlisttype_55', ['pairlisttype', ['../pairlistparams_8h.xhtml#a624e06b7bd2338b346b59aba9650f6d0', 1, 'PairlistType: pairlistparams.h'], │ │ │ │ │ - ['../structPairlistParams.xhtml#a75f3a17ab82a7f2507529b6f178a57ef', 1, 'PairlistParams::pairlistType'] │ │ │ │ │ + ['pairlisttype_55', ['pairlisttype', ['../structPairlistParams.xhtml#a75f3a17ab82a7f2507529b6f178a57ef', 1, 'PairlistParams::pairlistType'], │ │ │ │ │ + ['../pairlistparams_8h.xhtml#a624e06b7bd2338b346b59aba9650f6d0', 1, 'PairlistType: pairlistparams.h'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pairlistwork_2ecpp_56', ['pairlistwork.cpp', ['../pairlistwork_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairlistwork_2eh_57', ['pairlistwork.h', ['../pairlistwork_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairs_58', ['Pairs', ['../classListedForces.xhtml#a73e4fa54dfd332da42036d5ae893da47aa07a589a90362b3346324844a3ad87ff', 1, 'ListedForces']]], │ │ │ │ │ - ['pairs_2ecpp_59', ['pairs.cpp', ['../tests_2pairs_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../pairs_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['pairs_2ecpp_59', ['pairs.cpp', ['../pairs_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2pairs_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pairs_2eh_60', ['pairs.h', ['../pairs_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['pairsearch_61', ['pairsearch', ['../classPairSearch.xhtml#a65dadfe6bac46af5c17defee9a328a28', 1, 'PairSearch::PairSearch()'], │ │ │ │ │ - ['../classPairSearch.xhtml', 1, 'PairSearch'] │ │ │ │ │ + ['pairsearch_61', ['pairsearch', ['../classPairSearch.xhtml', 1, 'PairSearch'], │ │ │ │ │ + ['../classPairSearch.xhtml#a65dadfe6bac46af5c17defee9a328a28', 1, 'PairSearch::PairSearch()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pairsearch_2ecpp_62', ['pairsearch.cpp', ['../pairsearch_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairsearch_2eh_63', ['pairsearch.h', ['../pairsearch_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairsearchcoordinates_64', ['pairSearchCoordinates', ['../classanonymous__namespace_02minimize_8cpp_03_1_1EnergyEvaluator.xhtml#af18643a5c0d8729b32e688d45fd7f8ca', 1, 'anonymous_namespace{minimize.cpp}::EnergyEvaluator']]], │ │ │ │ │ ['pairsearchwork_65', ['PairsearchWork', ['../structPairsearchWork.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['paragraphbreak_66', ['paragraphBreak', ['../classgmx_1_1HelpWriterContext.xhtml#a6c24ca1470b3addda69ae236a6ea66b2', 1, 'gmx::HelpWriterContext']]], │ │ │ │ │ ['parallel_5f3dfft_5fexecute_5fgpu_5fwrapper_67', ['parallel_3dfft_execute_gpu_wrapper', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a13b15b5d3a7003ff0dfdba02aadbc97e', 1, 'pme_gpu.cpp']]], │ │ │ │ │ ['parallelconsistencyerror_68', ['parallelconsistencyerror', ['../classgmx_1_1ParallelConsistencyError.xhtml#a30850fa25d3059fa861607dd0eb20bd2', 1, 'gmx::ParallelConsistencyError::ParallelConsistencyError()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ParallelConsistencyError.xhtml', 1, 'gmx::ParallelConsistencyError'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['paralleldatastarted_69', ['paralleldatastarted', ['../classgmx_1_1IAnalysisDataModule.xhtml#aeca0c095b7f31aec0f58643bed0e0895', 1, 'gmx::IAnalysisDataModule::parallelDataStarted()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataProxy.xhtml#af4720264b81a508876c8e21731585ab0', 1, 'gmx::AnalysisDataProxy::parallelDataStarted()'], │ │ │ │ │ + ['paralleldatastarted_69', ['paralleldatastarted', ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule.xhtml#a3d06d76f51b9e41e945a997b21efd392', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::parallelDataStarted()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule.xhtml#aef9b177d826d8afe625be7056ef2c607', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::parallelDataStarted()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule.xhtml#a3d06d76f51b9e41e945a997b21efd392', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::parallelDataStarted()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleParallel.xhtml#ae58dd25d11bc02bd4af8b7f36df62edf', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleParallel::parallelDataStarted()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleParallel.xhtml#ae58dd25d11bc02bd4af8b7f36df62edf', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleParallel::parallelDataStarted()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1IAnalysisDataModule.xhtml#aeca0c095b7f31aec0f58643bed0e0895', 1, 'gmx::IAnalysisDataModule::parallelDataStarted()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataProxy.xhtml#af4720264b81a508876c8e21731585ab0', 1, 'gmx::AnalysisDataProxy::parallelDataStarted()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['parallelizable_20handling_20of_20output_20data_20analysisdata_70', ['Parallelizable Handling of Output Data (analysisdata)', ['../group__module__analysisdata.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['parallelization_71', ['Parallelization', ['../page_analysisdata.xhtml#section_analysisdata_parallelization', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['parallelization_20over_20mpi_72', ['Spatial domain decomposition (for parallelization over MPI)', ['../group__module__domdec.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['parallelizationfactor_73', ['parallelizationFactor', ['../classgmx_1_1AnalysisDataParallelOptions.xhtml#ad581353e29513839c7ab04f429f50b61', 1, 'gmx::AnalysisDataParallelOptions']]], │ │ │ │ │ ['paralleloptions_2eh_74', ['paralleloptions.h', ['../paralleloptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['parallelselection_75', ['parallelSelection', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModuleData.xhtml#a4e23dbf4cfd2554ac011664b49c1c7e0', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModuleData']]], │ │ │ │ │ ['parallelselections_76', ['parallelSelections', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModuleData.xhtml#a4ffe3dec6ef34ae7e6af7a46b9fc7d0b', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModuleData']]], │ │ │ │ │ - ['param_77', ['param', ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#a267faab6d4cd2e017603fe0f73500c38', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::param()'], │ │ │ │ │ + ['param_77', ['param', ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml#adaa8c7d5f4803f33e80d1811aa0af1f8', 1, 'gmx::NormalDistribution::param()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#a267faab6d4cd2e017603fe0f73500c38', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::param()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml#ace6c727298fe514a14a114f41d00e206', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::param()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml#a843c35d5997b5075c35125a57cd6b937', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::param()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml#adaa8c7d5f4803f33e80d1811aa0af1f8', 1, 'gmx::NormalDistribution::param()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GammaDistribution.xhtml#a35f0e16a9da71056786953c5095ae334', 1, 'gmx::GammaDistribution::param()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionTreeElement.xhtml#a0b4956164b6ed61094a550099fa90d3b', 1, 'gmx::SelectionTreeElement::param'], │ │ │ │ │ ['../structgmx__ana__selmethod__t.xhtml#afd48ccc940b2c37d46c65bbeb5fb7ff3', 1, 'gmx_ana_selmethod_t::param'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution.xhtml#ac5071065401d78716721b2d8512b9f75', 1, 'gmx::ExponentialDistribution::param() const'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['param_5ftype_78', ['param_type', ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::ExponentialDistribution< RealType >::param_type'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GammaDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::GammaDistribution< RealType >::param_type'], │ │ │ │ │ @@ -846,38 +846,38 @@ │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1EnumerationArray.xhtml#a49a356bfb08d78cfe5e4a9e31b96367e', 1, 'gmx::EnumerationArray::pointer'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#a7d3b7bcef0b244efc5d3da2fe2278390', 1, 'gmx::ArrayRef::pointer'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pointers_2ecpp_504', ['pointers.cpp', ['../pointers_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pointers_2eh_505', ['pointers.h', ['../pointers_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['points_506', ['points', ['../classgmx_1_1BiasState.xhtml#a3ac116746718cc0af400eb6c49e23e8b', 1, 'gmx::BiasState']]], │ │ │ │ │ ['pointsadded_507', ['pointsadded', ['../classgmx_1_1AnalysisDataVectorPlotModule.xhtml#a1f5b2dbab42eb4ca8ce85d8324432824', 1, 'gmx::AnalysisDataVectorPlotModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ - 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['../classgmx_1_1AnalysisDataBinAverageModule.xhtml#ada35de8665d5e2514f9b742fa668e3a2', 1, 'gmx::AnalysisDataBinAverageModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataLifetimeModule.xhtml#aa5bc505d9b2c6f4e28b2ae8279dc9635', 1, 'gmx::AnalysisDataLifetimeModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AbstractPlotModule.xhtml#adcf1de40fc5879c1a12532635e81d479', 1, 'gmx::AbstractPlotModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02select_8cpp_03_1_1IndexFileWriterModule.xhtml#abd4b1bd4f780c858218c2ed853002b20', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{select.cpp}::IndexFileWriterModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicAverageHistogramModule.xhtml#a76d3359cbb6ec62060a543b03ef18509', 1, 'gmx::internal::BasicAverageHistogramModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataProxy.xhtml#a59635a206ddc8987538955f3a36c5cd9', 1, 'gmx::AnalysisDataProxy::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataPlotModule.xhtml#a32ac3ced4c11a10e20775a32ee5d349b', 1, 'gmx::AnalysisDataPlotModule::pointsAdded()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pointsalonglambdaaxis_508', ['pointsAlongLambdaAxis', ['../namespacegmx.xhtml#aff07c7a9ebdd29aa1584af5d8820afcc', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['pointset_509', ['pointset', ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a780adb8176b23a810eb167b70723a8d9', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::pointSet()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInputFrame.xhtml#ad2e8bad8fb18c4e8a73342323bae7278', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInputFrame::pointSet()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageFrameData.xhtml#a98d9a081734b5a125b0f8d72013e5de6', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageFrameData::pointSet(int index) const'] │ │ │ │ │ - ]], │ │ │ │ │ - ['pointsetcount_510', ['pointsetcount', ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageFrameData.xhtml#a6e0a2eb1e875073499c25f0d692e728c', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageFrameData::pointSetCount()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInputFrame.xhtml#ac9c5ce5f1cf9f40a432a04e95c41b373', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInputFrame::pointSetCount()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a61c2ee6ccfc1bc2d0d53023676a18fba', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::pointSetCount()'] │ │ │ │ │ + ['pointset_509', ['pointset', ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageFrameData.xhtml#a98d9a081734b5a125b0f8d72013e5de6', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageFrameData::pointSet()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a780adb8176b23a810eb167b70723a8d9', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::pointSet()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInputFrame.xhtml#ad2e8bad8fb18c4e8a73342323bae7278', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInputFrame::pointSet(int index) const'] │ │ │ │ │ + ]], │ │ │ │ │ + ['pointsetcount_510', ['pointsetcount', ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInputFrame.xhtml#ac9c5ce5f1cf9f40a432a04e95c41b373', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInputFrame::pointSetCount()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a61c2ee6ccfc1bc2d0d53023676a18fba', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::pointSetCount()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageFrameData.xhtml#a6e0a2eb1e875073499c25f0d692e728c', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageFrameData::pointSetCount()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pointshavedifferentlambda_511', ['pointsHaveDifferentLambda', ['../namespacegmx.xhtml#aae9bf2b5e56f777f3c61fddadcbb78cb', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['pointstate_512', ['pointstate', ['../classgmx_1_1PointState.xhtml#a2141bf32d5fe8de87bd0769221d9d831', 1, 'gmx::PointState::PointState()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PointState.xhtml', 1, 'gmx::PointState'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pointstate_2ecpp_513', ['pointstate.cpp', ['../pointstate_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pointstate_2eh_514', ['pointstate.h', ['../pointstate_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -887,77 +887,77 @@ │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1KeyValueTreePath.xhtml#a6a499eede7dbd2c0df803d06f7a2fb1d', 1, 'gmx::KeyValueTreePath::pop_back()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pop_5flast_518', ['pop_last', ['../classgmx_1_1KeyValueTreePath.xhtml#a3d56878a0b33dd289ae7046d0ef86bd6', 1, 'gmx::KeyValueTreePath']]], │ │ │ │ │ ['populatemoleculetype_519', ['populateMoleculeType', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02com_8cpp_03.xhtml#aa7970a5640bd23bc600abb150f6e9691', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{com.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['port_520', ['port', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a1583187db4ad04a5c7ea5fbb8c58758a', 1, 'gmx::ImdSession::Impl::port'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1ImdOptions.xhtml#a6d9afb10ab4e701009c11db4875e1056', 1, 'gmx::ImdOptions::port'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pos_521', ['pos', ['../classgmx_1_1SelectionTreeElement.xhtml#ac78b536909e9843043af491cc3df4775', 1, 'gmx::SelectionTreeElement::pos'], │ │ │ │ │ - ['../structt__UmbrellaWindow.xhtml#ace1a860f95c6d3af285244aa15d3d172', 1, 't_UmbrellaWindow::pos'] │ │ │ │ │ + ['pos_521', ['pos', ['../structt__UmbrellaWindow.xhtml#ace1a860f95c6d3af285244aa15d3d172', 1, 't_UmbrellaWindow::pos'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionTreeElement.xhtml#ac78b536909e9843043af491cc3df4775', 1, 'gmx::SelectionTreeElement::pos'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pos_5fall_522', ['POS_ALL', ['../poscalc_8h.xhtml#abda45ad4bf42febbe957a08c4ee291c2a48ca90dd084e7d893fc320f2269a50d3', 1, 'poscalc.h']]], │ │ │ │ │ ['pos_5fall_5fpbc_523', ['POS_ALL_PBC', ['../poscalc_8h.xhtml#abda45ad4bf42febbe957a08c4ee291c2ad65f5f38fe21e3709ffa21fadf007fd7', 1, 'poscalc.h']]], │ │ │ │ │ ['pos_5fatom_524', ['POS_ATOM', ['../poscalc_8h.xhtml#abda45ad4bf42febbe957a08c4ee291c2a91ffdb6964763d88b5a784de222833d8', 1, 'poscalc.h']]], │ │ │ │ │ ['pos_5fcomplmax_525', ['POS_COMPLMAX', ['../poscalc_8h.xhtml#a51ff971fa79e81dad91a94091995de8a', 1, 'poscalc.h']]], │ │ │ │ │ ['pos_5fcomplwhole_526', ['POS_COMPLWHOLE', ['../poscalc_8h.xhtml#acb6721f6727690335c169552fcc860f5', 1, 'poscalc.h']]], │ │ │ │ │ ['pos_5fdynamic_527', ['POS_DYNAMIC', ['../poscalc_8h.xhtml#a62eb7b0a0896e61e43ad4345ee3bb2dd', 1, 'poscalc.h']]], │ │ │ │ │ ['pos_5fforces_528', ['POS_FORCES', ['../poscalc_8h.xhtml#a1d2128603326a76171d1d3c0e2cd2f44', 1, 'poscalc.h']]], │ │ │ │ │ ['pos_5fmaskonly_529', ['POS_MASKONLY', ['../poscalc_8h.xhtml#a3586daeaab8b4ff970ae759b3677e7fd', 1, 'poscalc.h']]], │ │ │ │ │ ['pos_5fmass_530', ['POS_MASS', ['../poscalc_8h.xhtml#ae2fb2ab85a6006e1061ed6af99c1f39f', 1, 'poscalc.h']]], │ │ │ │ │ ['pos_5fmol_531', ['POS_MOL', ['../poscalc_8h.xhtml#abda45ad4bf42febbe957a08c4ee291c2a832073c54a9cb1a05ae87c25315fcd7e', 1, 'poscalc.h']]], │ │ │ │ │ ['pos_5fres_532', ['POS_RES', ['../poscalc_8h.xhtml#abda45ad4bf42febbe957a08c4ee291c2a6e4eae73e805ce492df6c75c55ab712a', 1, 'poscalc.h']]], │ │ │ │ │ ['pos_5fvalue_533', ['POS_VALUE', ['../selvalue_8h.xhtml#a70b42b87d434580bf1493591857b8beca31a47fbfbc85ad1472ce3d2a168fd1ec', 1, 'selvalue.h']]], │ │ │ │ │ ['pos_5fvelocities_534', ['POS_VELOCITIES', ['../poscalc_8h.xhtml#a809bf5cbef405aeb9bc497aa54f3c5f0', 1, 'poscalc.h']]], │ │ │ │ │ - ['poscalc_2ecpp_535', ['poscalc.cpp', ['../poscalc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2poscalc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['poscalc_2ecpp_535', ['poscalc.cpp', ['../tests_2poscalc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../poscalc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['poscalc_2eh_536', ['poscalc.h', ['../poscalc_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['poscount_537', ['poscount', ['../classgmx_1_1internal_1_1SelectionData.xhtml#aad49c4ea69ef0cc81207383b4ba5cfb5', 1, 'gmx::internal::SelectionData::posCount()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#ac01e4247bdc9f727b4dffc28cf423f3c', 1, 'gmx::Selection::posCount() const'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['position_538', ['position', ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#a7b9d71d9e03043491c475a683f73587b', 1, 'gmx::Selection']]], │ │ │ │ │ ['position_20swapping_20swap_539', ['"Computational Electrophysiology" position swapping (swap)', ['../group__module__swap.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['position_2ecpp_540', ['position.cpp', ['../position_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['position_2eh_541', ['position.h', ['../position_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['position_5fdistance_542', ['position_distance', ['../classgmx_1_1ColvarProxyGromacs.xhtml#a14f11157569bf72288adc0fe5768e5fc', 1, 'gmx::ColvarProxyGromacs']]], │ │ │ │ │ - ['position_5frestraints_2ecpp_543', ['position_restraints.cpp', ['../tests_2position__restraints_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../position__restraints_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['position_5frestraints_2ecpp_543', ['position_restraints.cpp', ['../position__restraints_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2position__restraints_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['position_5frestraints_2eh_544', ['position_restraints.h', ['../position__restraints_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['positionandamplitude_545', ['PositionAndAmplitude', ['../structgmx_1_1GaussianSpreadKernelParameters_1_1PositionAndAmplitude.xhtml', 1, 'gmx::GaussianSpreadKernelParameters']]], │ │ │ │ │ ['positioncalculationcollection_546', ['positioncalculationcollection', ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection.xhtml', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection.xhtml#aef3a4272761b50e6f351a53360d89a3d', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection::PositionCalculationCollection()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['positionoffset_547', ['positionOffset', ['../structgmx_1_1MttkPropagatorConnectionDetails.xhtml#aea7d4003b9200b259afe520937dbfe3c', 1, 'gmx::MttkPropagatorConnectionDetails']]], │ │ │ │ │ - ['positions_548', ['positions', ['../namespacegmx.xhtml#acfece32c8b80f289300eab6a3d38796ca3160eb21973806e4291c3979d4aa242e', 1, 'gmx::Positions'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02updategroupscog_8cpp_03.xhtml#a73274bf23d08bc07d6dd330b2f60ef3e', 1, 'gmx::anonymous_namespace{updategroupscog.cpp}::positions'] │ │ │ │ │ + ['positions_548', ['positions', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02updategroupscog_8cpp_03.xhtml#a73274bf23d08bc07d6dd330b2f60ef3e', 1, 'gmx::anonymous_namespace{updategroupscog.cpp}::positions'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#acfece32c8b80f289300eab6a3d38796ca3160eb21973806e4291c3979d4aa242e', 1, 'gmx::Positions'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['positionsandvelocities_549', ['PositionsAndVelocities', ['../namespacegmx.xhtml#acfece32c8b80f289300eab6a3d38796cad3b078b311589ad4f94c755832ef725e', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['positionscalingcallback_550', ['positionScalingCallback', ['../classgmx_1_1Propagator.xhtml#ac9a40ecf45c6079ba2b3468daefb435f', 1, 'gmx::Propagator']]], │ │ │ │ │ ['positionsdatabase_5f_551', ['positionsDatabase_', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02shake_8cpp_03_1_1ShakeTest.xhtml#a3769054ae45b43a80c37182af391ae95', 1, 'gmx::anonymous_namespace{shake.cpp}::ShakeTest']]], │ │ │ │ │ ['positionsfromstatepointer_552', ['positionsFromStatePointer', ['../state_8h.xhtml#a22b7ca0d7d3996a20a72968938a80ba6', 1, 'state.h']]], │ │ │ │ │ ['positionsonly_553', ['PositionsOnly', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga93e79323b6317b2185ad6613a20fa290aa8c00c1476cfbfe7441cf0f15fa06bc1', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['positionsview_554', ['positionsView', ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml#af6c40b68aabb89ee5233dbabebf98864', 1, 'gmx::StatePropagatorData']]], │ │ │ │ │ ['positionsymbol_555', ['PositionSymbol', ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbol.xhtml#ae1aa823f90fa95c285240878c93d295fad0f3a23ad1e73286b34f61ee68672b3e', 1, 'gmx::SelectionParserSymbol']]], │ │ │ │ │ ['posres_556', ['posres', ['../namespaceanonymous__namespace_02position__restraints_8cpp_03.xhtml#adf00beae35a89f37c0d53ca985e23fe0', 1, 'anonymous_namespace{position_restraints.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['posres_5fdx_557', ['posres_dx', ['../namespaceanonymous__namespace_02position__restraints_8cpp_03.xhtml#a00f0403928b33d3323871b31dd1ac732', 1, 'anonymous_namespace{position_restraints.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['posres_5fwrapper_558', ['posres_wrapper', ['../position__restraints_8cpp.xhtml#a58f967e206a57fa6e6396d8b533f898f', 1, 'posres_wrapper(t_nrnb *nrnb, const InteractionDefinitions &idef, const struct t_pbc *pbc, const rvec *x, gmx_enerdata_t *enerd, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr, gmx::ForceWithVirial *forceWithVirial): position_restraints.cpp'], │ │ │ │ │ ['../position__restraints_8h.xhtml#a58f967e206a57fa6e6396d8b533f898f', 1, 'posres_wrapper(t_nrnb *nrnb, const InteractionDefinitions &idef, const struct t_pbc *pbc, const rvec *x, gmx_enerdata_t *enerd, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr, gmx::ForceWithVirial *forceWithVirial): position_restraints.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['posres_5fwrapper_5flambda_559', ['posres_wrapper_lambda', ['../position__restraints_8h.xhtml#ace8b83a624153c4898d9d18c0f87e887', 1, 'posres_wrapper_lambda(struct gmx_wallcycle *wcycle, const InteractionDefinitions &idef, const struct t_pbc *pbc, const rvec x[], gmx_enerdata_t *enerd, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr): position_restraints.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../position__restraints_8cpp.xhtml#ace8b83a624153c4898d9d18c0f87e887', 1, 'posres_wrapper_lambda(struct gmx_wallcycle *wcycle, const InteractionDefinitions &idef, const struct t_pbc *pbc, const rvec x[], gmx_enerdata_t *enerd, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr): position_restraints.cpp'] │ │ │ │ │ + ['posres_5fwrapper_5flambda_559', ['posres_wrapper_lambda', ['../position__restraints_8cpp.xhtml#ace8b83a624153c4898d9d18c0f87e887', 1, 'posres_wrapper_lambda(struct gmx_wallcycle *wcycle, const InteractionDefinitions &idef, const struct t_pbc *pbc, const rvec x[], gmx_enerdata_t *enerd, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr): position_restraints.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../position__restraints_8h.xhtml#ace8b83a624153c4898d9d18c0f87e887', 1, 'posres_wrapper_lambda(struct gmx_wallcycle *wcycle, const InteractionDefinitions &idef, const struct t_pbc *pbc, const rvec x[], gmx_enerdata_t *enerd, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr): position_restraints.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['posres_5fxa_560', ['posres_xA', ['../structgmx__molblock__t.xhtml#a91f1775f42ddf8a37ad39b0b7459d267', 1, 'gmx_molblock_t']]], │ │ │ │ │ ['posres_5fxb_561', ['posres_xB', ['../structgmx__molblock__t.xhtml#a5b3613d862d2a95219d7777ee428a636', 1, 'gmx_molblock_t']]], │ │ │ │ │ ['postprocess_5fitem_5fsubexpressions_562', ['postprocess_item_subexpressions', ['../compiler_8cpp.xhtml#a794bd695ad208084dc7018e4c90735c1', 1, 'compiler.cpp']]], │ │ │ │ │ ['potanglefit_563', ['PotAngleFit', ['../structgmx__enfrotgrp.xhtml#a4cc2873968b4ca417ed95b384e0071f6', 1, 'gmx_enfrotgrp']]], │ │ │ │ │ ['potential_564', ['potential', ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#acb463578c26791ab925cbccf9b80a54c', 1, 'gmx::AwhParams']]], │ │ │ │ │ ['potentialenergytoleranceforsystem_5fg_565', ['potentialEnergyToleranceForSystem_g', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02minimize_8cpp_03.xhtml#ad5974d97a10a30cde5ab5fd313209934', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{minimize.cpp}']]], │ │ │ │ │ - ['potentialpointdata_566', ['potentialpointdata', ['../classgmx_1_1PotentialPointData.xhtml#ac14487f6eed0c13f63ae059a67475ea9', 1, 'gmx::PotentialPointData::PotentialPointData()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PotentialPointData.xhtml', 1, 'gmx::PotentialPointData'], │ │ │ │ │ + ['potentialpointdata_566', ['potentialpointdata', ['../classgmx_1_1PotentialPointData.xhtml', 1, 'gmx::PotentialPointData'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PotentialPointData.xhtml#ac14487f6eed0c13f63ae059a67475ea9', 1, 'gmx::PotentialPointData::PotentialPointData(const Vector &f, const real e)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PotentialPointData.xhtml#a8e8485dce1b281d718953552e9d53f6b', 1, 'gmx::PotentialPointData::PotentialPointData()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['potentialswitchfunction_567', ['potentialSwitchFunction', ['../namespacegmx.xhtml#a590bff027abbf17255630f3832bdf0d5', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['potentialswitchfunctionderivative_568', ['potentialSwitchFunctionDerivative', ['../namespacegmx.xhtml#a76be08d6aa10394167c1f800488e5e86', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['power12_569', ['power12', ['../namespacegmx.xhtml#a800ac84e9ee71a2dc0eedda74bea1513', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['power3_570', ['power3', ['../namespacegmx.xhtml#abda6daf50f5129fb74816db29e411497', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['power4_571', ['power4', ['../namespacegmx.xhtml#a304b15bae3a2a8277f686d4dfc9fa946', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ @@ -1296,45 +1296,45 @@ │ │ │ │ │ ['pullcheckpbcwithingroup_809', ['pullCheckPbcWithinGroup', ['../pull_8h.xhtml#ab09591734914d2d04d712aebfbf23972', 1, 'pull.h']]], │ │ │ │ │ ['pullcheckpbcwithingroups_810', ['pullCheckPbcWithinGroups', ['../pull_8h.xhtml#a22765fba515ab711be631bbbe08310e7', 1, 'pull.h']]], │ │ │ │ │ ['pullcoordexpressionparser_811', ['pullcoordexpressionparser', ['../classgmx_1_1PullCoordExpressionParser.xhtml#a69a4582d47f4dbbfdee1fff7be371bb0', 1, 'gmx::PullCoordExpressionParser::PullCoordExpressionParser()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PullCoordExpressionParser.xhtml', 1, 'gmx::PullCoordExpressionParser'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pullcoordexpressionparser_2eh_812', ['pullcoordexpressionparser.h', ['../pullcoordexpressionparser_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pullcoordindex_5f_813', ['pullCoordIndex_', ['../structgmx_1_1BiasCoupledToSystem.xhtml#a2af1237e8b1f71f4130b923bd2ed1c7d', 1, 'gmx::BiasCoupledToSystem']]], │ │ │ │ │ - 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['put_5fsymtab_832', ['put_symtab', ['../symtab_8h.xhtml#a377a8638008626830ced16bb07f9c3ba', 1, 'put_symtab(t_symtab *symtab, const char *name): symtab.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../symtab_8cpp.xhtml#a377a8638008626830ced16bb07f9c3ba', 1, 'put_symtab(t_symtab *symtab, const char *name): symtab.cpp'] │ │ │ │ │ + ['put_5fsymtab_832', ['put_symtab', ['../symtab_8cpp.xhtml#a377a8638008626830ced16bb07f9c3ba', 1, 'put_symtab(t_symtab *symtab, const char *name): symtab.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../symtab_8h.xhtml#a377a8638008626830ced16bb07f9c3ba', 1, 'put_symtab(t_symtab *symtab, const char *name): symtab.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['putatomsinbox_833', ['putAtomsInBox', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a16e9acd28f4b4c994840404345c7e850', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['putatomsongrid_834', ['putAtomsOnGrid', ['../structnonbonded__verlet__t.xhtml#a7cde7e49fcded68b8e9538db340db2c4', 1, 'nonbonded_verlet_t']]], │ │ │ │ │ - ['putongrid_835', ['putongrid', ['../classNbnxm_1_1GridSet.xhtml#ad7b193dbbad6f777704d80d8da61edb8', 1, 'Nbnxm::GridSet::putOnGrid()'], │ │ │ │ │ - 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['qmmmtopologypreprocessor_2ecpp_33', ['qmmmtopologypreprocessor.cpp', ['../tests_2qmmmtopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../qmmmtopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['qmmmtopologypreprocessor_2ecpp_33', ['qmmmtopologypreprocessor.cpp', ['../qmmmtopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2qmmmtopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['qmmmtopologypreprocessor_2eh_34', ['qmmmtopologypreprocessor.h', ['../qmmmtopologypreprocessor_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['qmmmtypes_2eh_35', ['qmmmtypes.h', ['../qmmmtypes_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['qmmultiplicity_5f_36', ['qmMultiplicity_', ['../structgmx_1_1QMMMParameters.xhtml#a7a6462874d94f1796438498baf316205', 1, 'gmx::QMMMParameters']]], │ │ │ │ │ ['qmpdb_5f_37', ['qmPdb_', ['../structgmx_1_1QMMMParameters.xhtml#aa744e90d045c43378c79f232ad5569df', 1, 'gmx::QMMMParameters']]], │ │ │ │ │ ['qmtrans_38', ['qmTrans', ['../classgmx_1_1QMMMInputGenerator.xhtml#afe2a5eef7dcb5e0bb01b2cf091fb54b7', 1, 'gmx::QMMMInputGenerator']]], │ │ │ │ │ ['qmtrans_5f_39', ['qmTrans_', ['../structgmx_1_1QMMMParameters.xhtml#a8e2f8f012ba8f6d14a7acc0a6e7fa12a', 1, 'gmx::QMMMParameters']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_15.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -84,16 +84,16 @@ │ │ │ │ │ ['../structNBParamGpu.xhtml#a093f588a05a481f1622bc106386c7df5', 1, 'NBParamGpu::rcoulomb_sq'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['rcp_50', ['rcp', ['../group__module__simd.xhtml#ga48cb29271cf7ac44a06cfe20e5c29dc2', 1, 'gmx::rcp(SimdFloat x)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga4c2c3eae5c42d898373ec6e90dd99064', 1, 'gmx::rcp(SimdDouble x)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['rcut_5fcoulomb_51', ['rcut_coulomb', ['../structpme__setup__t.xhtml#a10b26bc4762a645db835d9e55df7324c', 1, 'pme_setup_t']]], │ │ │ │ │ ['rdf_52', ['Rdf', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02rdf_8cpp_03_1_1Rdf.xhtml', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{rdf.cpp}']]], │ │ │ │ │ - ['rdf_2ecpp_53', ['rdf.cpp', ['../tests_2rdf_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../modules_2rdf_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['rdf_2ecpp_53', ['rdf.cpp', ['../modules_2rdf_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2rdf_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['rdf_2eh_54', ['rdf.h', ['../rdf_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['rdfmoduledata_55', ['rdfmoduledata', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02rdf_8cpp_03_1_1RdfModuleData.xhtml#a1aaa209e9ec17919e6ed89cd2ba508d6', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{rdf.cpp}::RdfModuleData::RdfModuleData()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02rdf_8cpp_03_1_1RdfModuleData.xhtml', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{rdf.cpp}::RdfModuleData'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['rdfmoduletest_56', ['RdfModuleTest', ['../namespaceanonymous__namespace_02rdf_8cpp_03.xhtml#a557aa8a9fd514da1eb74ebecb02e01a5', 1, 'anonymous_namespace{rdf.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['reactionfieldexclusioncorrection_57', ['reactionFieldExclusionCorrection', ['../tpi_8cpp.xhtml#ab106b4dcf8da8736674dd5ad709e82e6', 1, 'tpi.cpp']]], │ │ │ │ │ @@ -106,31 +106,31 @@ │ │ │ │ │ ['read_5ftpr_5fheader_64', ['read_tpr_header', ['../gmx__wham_8cpp.xhtml#a7722683aae4a7fbeca3de229f7efedab', 1, 'gmx_wham.cpp']]], │ │ │ │ │ ['read_5ftpr_5fpullxf_5ffiles_65', ['read_tpr_pullxf_files', ['../gmx__wham_8cpp.xhtml#a9adfb4b234ea6645e67a85f6b1503fc5', 1, 'gmx_wham.cpp']]], │ │ │ │ │ ['read_5fwham_5fin_66', ['read_wham_in', ['../gmx__wham_8cpp.xhtml#a2b227e67bccc413b5352a9011f9dd2ce', 1, 'gmx_wham.cpp']]], │ │ │ │ │ ['readall_67', ['readAll', ['../classgmx_1_1TextReader.xhtml#a0fe2f628d9f57041bd5c14a712e5c0b1', 1, 'gmx::TextReader']]], │ │ │ │ │ ['readatomicstructurefactors_68', ['readAtomicStructureFactors', ['../namespacegmx.xhtml#a2a8d393afe70146222257f8bb955b627', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['readcharbufferfromfile_69', ['readCharBufferFromFile', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02mrcdensitymap_8cpp_03.xhtml#a251ae26a44272d5cd9fcf0f78898d0aa', 1, 'gmx::anonymous_namespace{mrcdensitymap.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['readcheckpoint_70', ['readcheckpoint', ['../classgmx_1_1ITemperatureCouplingImpl.xhtml#a94f280e3751b37b4b109a5ff63054b74', 1, 'gmx::ITemperatureCouplingImpl::readCheckpoint()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1NoseHooverTemperatureCoupling.xhtml#ad15e911e803e015e6473f7c1eb7f281c', 1, 'gmx::NoseHooverTemperatureCoupling::readCheckpoint()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1VRescaleTemperatureCoupling.xhtml#a90f8b87a5b2b0416bab500aebe63a996', 1, 'gmx::VRescaleTemperatureCoupling::readCheckpoint()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BerendsenTemperatureCoupling.xhtml#aa01f54a2056e9aa0a6fa87d52c4d027f', 1, 'gmx::BerendsenTemperatureCoupling::readCheckpoint()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1VRescaleTemperatureCoupling.xhtml#a90f8b87a5b2b0416bab500aebe63a996', 1, 'gmx::VRescaleTemperatureCoupling::readCheckpoint()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1NoseHooverTemperatureCoupling.xhtml#ad15e911e803e015e6473f7c1eb7f281c', 1, 'gmx::NoseHooverTemperatureCoupling::readCheckpoint()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['readcheckpointdata_71', ['ReadCheckpointData', ['../namespacegmx.xhtml#abd9cf155c3e31c8c699051ad1dea3d3b', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['readcheckpointdataholder_72', ['ReadCheckpointDataHolder', ['../classgmx_1_1ReadCheckpointDataHolder.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['readcheckpointtotrxframe_73', ['readcheckpointtotrxframe', ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml#a333328298283d95aa84be76408da4a7f', 1, 'gmx::StatePropagatorData::readCheckpointToTrxFrame()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FreeEnergyPerturbationData.xhtml#a7dd83b0ad9158a757e111837bc404731', 1, 'gmx::FreeEnergyPerturbationData::readCheckpointToTrxFrame()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ModularSimulator.xhtml#a14f99d57fa6ff26d83990460b8e0e097', 1, 'gmx::ModularSimulator::readCheckpointToTrxFrame()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ModularSimulator.xhtml#a14f99d57fa6ff26d83990460b8e0e097', 1, 'gmx::ModularSimulator::readCheckpointToTrxFrame()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FreeEnergyPerturbationData.xhtml#a7dd83b0ad9158a757e111837bc404731', 1, 'gmx::FreeEnergyPerturbationData::readCheckpointToTrxFrame()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['readchildentries_74', ['readChildEntries', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02refdata__xml_8cpp_03.xhtml#a69a563fe5bf6aca78b09435324e5fa06', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{refdata_xml.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['readcommand_75', ['readCommand', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a05320ddc33e42dbdd61c7b87eeca7f4b', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ │ ['readdouble_76', ['readDouble', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#a18e0f91a26a44eba0461f0b29db52b3a', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker']]], │ │ │ │ │ ['readedvecwithreferenceprojection_77', ['readEdVecWithReferenceProjection', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#ac6f9e82412778fba12ba7c87e6be5636', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['readentry_78', ['readEntry', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02refdata__xml_8cpp_03.xhtml#aff99e1e654b284a758c0a54737bb2171', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{refdata_xml.cpp}']]], │ │ │ │ │ - ['readfiletostring_79', ['readfiletostring', ['../classgmx_1_1TextReader.xhtml#a335a497245704967c1431f364ea0ca00', 1, 'gmx::TextReader::readFileToString(const std::string &filename)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TextReader.xhtml#a1b45b91d2bf6a6b0142a9a48d469ca25', 1, 'gmx::TextReader::readFileToString(const char *filename)'] │ │ │ │ │ + ['readfiletostring_79', ['readfiletostring', ['../classgmx_1_1TextReader.xhtml#a1b45b91d2bf6a6b0142a9a48d469ca25', 1, 'gmx::TextReader::readFileToString(const char *filename)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TextReader.xhtml#a335a497245704967c1431f364ea0ca00', 1, 'gmx::TextReader::readFileToString(const std::string &filename)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['readfloat_80', ['readFloat', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#a0d317c9ca0387d6e6a7bbab7eab5533f', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker']]], │ │ │ │ │ ['readgridsize_81', ['readGridSize', ['../pme__gather__sycl_8cpp.xhtml#afe2d46ad54be09003ac706146d2c82c1', 1, 'pme_gather_sycl.cpp']]], │ │ │ │ │ ['readindexfromserializer_82', ['readIndexFromSerializer', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#aea28757b483109810d993d9d1684ad10', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['reading_83', ['reading', ['../classgmx_1_1ISerializer.xhtml#aa5f04de61828ef7af2c1585e3e91a277', 1, 'gmx::ISerializer::reading()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#a7eca6d67ea8bea5006e111762492ca16', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer::reading()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ @@ -140,22 +140,22 @@ │ │ │ │ │ ['readinteger_87', ['readInteger', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#a0202a4ac0d2c52d64122f2f9165341fe', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker']]], │ │ │ │ │ ['readintegratedautocorrelationtimes_88', ['readIntegratedAutocorrelationTimes', ['../gmx__wham_8cpp.xhtml#a8ddf5450efbad4686970059912aa32d7', 1, 'gmx_wham.cpp']]], │ │ │ │ │ ['readinternalparametersfromkvt_89', ['readinternalparametersfromkvt', ['../classgmx_1_1QMMMOptions.xhtml#a7001a33f3f283c4912a3ab3cfdd5b0f9', 1, 'gmx::QMMMOptions::readInternalParametersFromKvt()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DensityFittingOptions.xhtml#aa1077af7e6cbeba8e1c052f653c45bac', 1, 'gmx::DensityFittingOptions::readInternalParametersFromKvt()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ColvarsOptions.xhtml#a70d2e05f69165b9126d74813f98f23fd', 1, 'gmx::ColvarsOptions::readInternalParametersFromKvt()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['readir_2ecpp_90', ['readir.cpp', ['../tests_2readir_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - 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['../classgmx_1_1TextReader.xhtml#a8a4578260ea39592894870109d92e723', 1, 'gmx::TextReader::readLine()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TextInputStream.xhtml#addd5947a5b6f6065db02467d8f3c5137', 1, 'gmx::TextInputStream::readLine()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TextReader.xhtml#a8a4578260ea39592894870109d92e723', 1, 'gmx::TextReader::readLine()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1StringInputStream.xhtml#a5312438a2d0d1ff527c027a4d7b5181d', 1, 'gmx::StringInputStream::readLine()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['readlineimpl_93', ['readLineImpl', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02filestream_8cpp_03.xhtml#a790ebb9ff1c047f07a40d8e253abc7e5', 1, 'gmx::anonymous_namespace{filestream.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['readnextframe_94', ['readnextframe', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisRunnerCommon.xhtml#a42ea08dac69a6d50fa38b84ec3ce513e', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisRunnerCommon::readNextFrame()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1EnergyFrameReader.xhtml#a518629ed972ceaf34296efab0fa3876e', 1, 'gmx::test::EnergyFrameReader::readNextFrame()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1TrajectoryFrameReader.xhtml#a63117177e0d578d9a15c12db7bb9f680', 1, 'gmx::test::TrajectoryFrameReader::readNextFrame()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ @@ -163,16 +163,16 @@ │ │ │ │ │ ['readreferencedatafile_96', ['readReferenceDataFile', ['../group__module__testutils.xhtml#gaca906b8c921bc54965ffa4750d6bfbc9', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['readreferencedensityfromfile_97', ['readReferenceDensityFromFile', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfitting_8cpp_03_1_1DensityFittingSimulationParameterSetup.xhtml#ad4e222142529fd47f5bef11ea129fc7f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfitting.cpp}::DensityFittingSimulationParameterSetup']]], │ │ │ │ │ ['readresiduedatabase_98', ['readResidueDatabase', ['../resall_8h.xhtml#a50a12a882cf1a437fca36c47ce6d23d1', 1, 'resall.cpp']]], │ │ │ │ │ ['readstate_99', ['readstate', ['../structgmx_1_1ColvarsForceProviderState.xhtml#a14e15e0a9533b3a6d71508a927f0e5bd', 1, 'gmx::ColvarsForceProviderState::readState()'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1DensityFittingForceProviderState.xhtml#a2911de3619c7d463438ddd52813ffde5', 1, 'gmx::DensityFittingForceProviderState::readState()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['readstring_100', ['readString', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#a38fcda0cfed63c609eeffe629101ce42', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker']]], │ │ │ │ │ - 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['selectioncollection_2ecpp_220', ['selectioncollection.cpp', ['../tests_2selectioncollection_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../selectioncollection_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['selectioncollection_2ecpp_220', ['selectioncollection.cpp', ['../selectioncollection_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2selectioncollection_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['selectioncollection_2eh_221', ['selectioncollection.h', ['../selectioncollection_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['selectioncollection_5fimpl_2eh_222', ['selectioncollection_impl.h', ['../selectioncollection__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['selectiondata_223', ['selectiondata', ['../classgmx_1_1internal_1_1SelectionData.xhtml#a1424b17d6e37e120fe5f8f0eb74a99e7', 1, 'gmx::internal::SelectionData::SelectionData()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1SelectionData.xhtml', 1, 'gmx::internal::SelectionData'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['selectiondatalist_224', ['SelectionDataList', ['../namespacegmx.xhtml#ab5559201ddf8596d12d99a3c3e45e989', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ @@ -360,47 +360,47 @@ │ │ │ │ │ ['selectionoption_237', ['selectionoption', ['../classgmx_1_1SelectionOption.xhtml', 1, 'gmx::SelectionOption'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionOption.xhtml#a3b7fd0aeff67eb82d3e42adfe912ee4d', 1, 'gmx::SelectionOption::SelectionOption()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['selectionoption_2ecpp_238', ['selectionoption.cpp', ['../selectionoption_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2selectionoption_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['selectionoption_2eh_239', ['selectionoption.h', ['../selectionoption_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - 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['../classgmx_1_1SelectionParserSymbolIterator.xhtml#af149c9045ffc0192c59dd228aba393f4', 1, 'gmx::SelectionParserSymbolIterator::SelectionParserSymbolIterator()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbolIterator.xhtml#af149c9045ffc0192c59dd228aba393f4', 1, 'gmx::SelectionParserSymbolIterator::SelectionParserSymbolIterator(const SelectionParserSymbolIterator &other)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['selectionparsersymboltable_255', ['selectionparsersymboltable', ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbolTable.xhtml', 1, 'gmx::SelectionParserSymbolTable'], │ │ │ │ │ + ['selectionparsersymboltable_255', ['selectionparsersymboltable', ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbolIterator.xhtml#a6f47492a3d07b5596df7c88528a15e1c', 1, 'gmx::SelectionParserSymbolIterator::SelectionParserSymbolTable'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbolTable.xhtml#a0e527683bcbb13c1ccf66187e380c3a6', 1, 'gmx::SelectionParserSymbolTable::SelectionParserSymbolTable()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbol.xhtml#a6f47492a3d07b5596df7c88528a15e1c', 1, 'gmx::SelectionParserSymbol::SelectionParserSymbolTable'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbolIterator.xhtml#a6f47492a3d07b5596df7c88528a15e1c', 1, 'gmx::SelectionParserSymbolIterator::SelectionParserSymbolTable'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbolTable.xhtml#a0e527683bcbb13c1ccf66187e380c3a6', 1, 'gmx::SelectionParserSymbolTable::SelectionParserSymbolTable()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbolTable.xhtml', 1, 'gmx::SelectionParserSymbolTable'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['selectionparservalue_256', ['SelectionParserValue', ['../classgmx_1_1SelectionParserValue.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['selectionparservaluelist_257', ['SelectionParserValueList', ['../namespacegmx.xhtml#aec46c9561c55f7595677160ee727395d', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['selectionparservaluelistpointer_258', ['SelectionParserValueListPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a043953ace26fa6e1f17f90245e3a29bd', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['selectionposition_259', ['selectionposition', ['../classgmx_1_1SelectionPosition.xhtml', 1, 'gmx::SelectionPosition'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionPosition.xhtml#a367587f7e23b341a85ae5d308b8a0ef8', 1, 'gmx::SelectionPosition::SelectionPosition()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ @@ -412,45 +412,45 @@ │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['selections_20selection_262', ['Parsing and Evaluation of Analysis Selections (selection)', ['../group__module__selection.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['selections_5f_263', ['selections_', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModuleData_1_1Impl.xhtml#af3968be6c04b57f731909d51b2244441', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModuleData::Impl']]], │ │ │ │ │ ['selectionstringmatchtype_264', ['SelectionStringMatchType', ['../group__module__selection.xhtml#ga2ab58eea84794341a35ac67e9b2dd229', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['selectiontext_265', ['selectiontext', ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#a710edcc0520d725ae7e90a5030427698', 1, 'gmx::Selection::selectionText()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1SelectionData.xhtml#a4f2c61f76602dd1dcfb45e9258191279', 1, 'gmx::internal::SelectionData::selectionText()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - 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['../classgmx_1_1CoulombCalculator_3_01KernelCoulombType_1_1RF_01_4.xhtml#a83bb16148e1beec93fb1f70e4cfa7485', 1, 'gmx::CoulombCalculator< KernelCoulombType::RF >::selfEnergy()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CoulombCalculator_3_01KernelCoulombType_1_1EwaldAnalytical_01_4.xhtml#adaa753e42803ea6c0c25f9927fe291d8', 1, 'gmx::CoulombCalculator< KernelCoulombType::EwaldAnalytical >::selfEnergy()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CoulombCalculator_3_01KernelCoulombType_1_1EwaldAnalytical_01_4.xhtml#adaa753e42803ea6c0c25f9927fe291d8', 1, 'gmx::CoulombCalculator< KernelCoulombType::EwaldAnalytical >::selfEnergy()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CoulombCalculator_3_01KernelCoulombType_1_1RF_01_4.xhtml#a83bb16148e1beec93fb1f70e4cfa7485', 1, 'gmx::CoulombCalculator< KernelCoulombType::RF >::selfEnergy()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['selhelp_2ecpp_280', ['selhelp.cpp', ['../selhelp_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['selhelp_2eh_281', ['selhelp.h', ['../selhelp_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['selmethod_2ecpp_282', ['selmethod.cpp', ['../selmethod_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['selmethod_2eh_283', ['selmethod.h', ['../selmethod_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['selmethodevalcontext_284', ['selmethodevalcontext', ['../structgmx_1_1SelMethodEvalContext.xhtml', 1, 'gmx::SelMethodEvalContext'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1SelMethodEvalContext.xhtml#af7866c2274dc36311bff15ad41a9d66c', 1, 'gmx::SelMethodEvalContext::SelMethodEvalContext()'] │ │ │ │ │ + ['selmethodevalcontext_284', ['selmethodevalcontext', ['../structgmx_1_1SelMethodEvalContext.xhtml#af7866c2274dc36311bff15ad41a9d66c', 1, 'gmx::SelMethodEvalContext::SelMethodEvalContext()'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1SelMethodEvalContext.xhtml', 1, 'gmx::SelMethodEvalContext'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['selparam_2eh_285', ['selparam.h', ['../selparam_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['selvalue_2ecpp_286', ['selvalue.cpp', ['../selvalue_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['selvalue_2eh_287', ['selvalue.h', ['../selvalue_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['sendatom_288', ['sendAtom', ['../structgmx__domdec__specat__comm__t.xhtml#afa82aef6bb5cd350ec8957208baf7e9a', 1, 'gmx_domdec_specat_comm_t']]], │ │ │ │ │ ['sendcoordinatestopme_289', ['sendCoordinatesToPme', ['../classgmx_1_1PmePpCommGpu_1_1Impl.xhtml#a62f1a1eff1d210698c8c53876905082f', 1, 'gmx::PmePpCommGpu::Impl']]], │ │ │ │ │ ['sendcoordinatestopmefromcpu_290', ['sendCoordinatesToPmeFromCpu', ['../classgmx_1_1PmePpCommGpu.xhtml#aac4a3a7e70b11f1197826e37bb080bca', 1, 'gmx::PmePpCommGpu']]], │ │ │ │ │ @@ -941,16 +941,16 @@ │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TextLineWrapper.xhtml#acfebeecce32fc98e39ca40d97969a0bf', 1, 'gmx::TextLineWrapper::settings()'], │ │ │ │ │ ['../structPmeGpu.xhtml#a7c8b55d63a1ecb7f87328e9ca45043bf', 1, 'PmeGpu::settings'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['settings_5f_591', ['settings_', ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicHistogramImpl.xhtml#a54026d5b9aeaa1cd702a34756a4c1ce9', 1, 'gmx::internal::BasicHistogramImpl']]], │ │ │ │ │ ['settitle_592', ['settitle', ['../classgmx_1_1AbstractPlotModule.xhtml#a942f8789698391ed24e252a950a1fa13', 1, 'gmx::AbstractPlotModule::setTitle(const char *title)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AbstractPlotModule.xhtml#ad8e6594e8a2a8864595cd2eacfd8840b', 1, 'gmx::AbstractPlotModule::setTitle(const std::string &title)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['settle_2ecpp_593', ['settle.cpp', ['../tests_2settle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../settle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['settle_2ecpp_593', ['settle.cpp', ['../settle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2settle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['settle_2eh_594', ['settle.h', ['../settle_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['settle_5fgpu_2ecpp_595', ['settle_gpu.cpp', ['../settle__gpu_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['settle_5fgpu_2eh_596', ['settle_gpu.h', ['../settle__gpu_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['settle_5fgpu_5finternal_2eh_597', ['settle_gpu_internal.h', ['../settle__gpu__internal_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['settle_5fgpu_5finternal_5fsycl_2ecpp_598', ['settle_gpu_internal_sycl.cpp', ['../settle__gpu__internal__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['settle_5fproj_599', ['settle_proj', ['../namespacegmx.xhtml#a09c8c8b32e854edef0cc12bb5c87b9f1', 1, 'gmx']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_18.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -44,27 +44,27 @@ │ │ │ │ │ ['unitcelltype_26', ['UnitCellType', ['../namespacegmx.xhtml#af897bff42be729e6eaf3c4dc6e199722', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unitcelltypenames_27', ['unitCellTypeNames', ['../namespacegmx.xhtml#ae81efb97e81499b750d906d26a29ce18', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unittest_5fmain_2ecpp_28', ['unittest_main.cpp', ['../unittest__main_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['unitvector_29', ['unitvector', ['../namespacegmx.xhtml#a5bc71ede59923e4d25b11a995139970a', 1, 'gmx::unitVector()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a4e7218ba6cbb3bc735e31a43597ec7a9', 1, 'gmx::BasicVector::unitVector()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['unity_30', ['Unity', ['../namespacegmx.xhtml#ab0ad78613a262a1d4fcce5d18525099fa82dd98f1d663acc318e6a8ec4ab69b7a', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['unknown_31', ['unknown', ['../device__information_8h.xhtml#a5514710e3c78d4816da9e8d2e3cd508ca88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'Unknown: device_information.h'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#acd7ff27553f3ff9fd1037c30c21a24f1a88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'gmx::CpuInfo::Unknown'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a20e189e3f31f5f1e8581a5cc84063453a88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'gmx::Unknown'] │ │ │ │ │ + ['unknown_31', ['unknown', ['../namespacegmx.xhtml#a20e189e3f31f5f1e8581a5cc84063453a88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'gmx::Unknown'], │ │ │ │ │ + ['../device__information_8h.xhtml#a5514710e3c78d4816da9e8d2e3cd508ca88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'Unknown: device_information.h'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#acd7ff27553f3ff9fd1037c30c21a24f1a88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'gmx::CpuInfo::Unknown'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['unpackandaddhalointernal_32', ['UnpackAndAddHaloInternal', ['../classUnpackAndAddHaloInternal.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['unpackhaloexternal_33', ['UnpackHaloExternal', ['../classUnpackHaloExternal.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['unpackrecvbufkernel_34', ['unpackRecvBufKernel', ['../namespacegmx.xhtml#a704128fa72f8ce7dcf08d0063a166036', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unpaddedarrayref_35', ['unpaddedArrayRef', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#ad5b878ca7749f5b8f52e006269fbfc2f', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding']]], │ │ │ │ │ ['unpaddedconstarrayref_36', ['unpaddedConstArrayRef', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#a2c3f73497c6bc71264ae1af84b6522ae', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding']]], │ │ │ │ │ ['unset_37', ['Unset', ['../md__enums_8h.xhtml#a1df3eedfba9424ae3e518284a453d95cac9f88e098f6fe4e4e112eeb05ccb9671', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ │ - ['update_38', ['update', ['../classgmx_1_1Update.xhtml#afcb4065ad13efba2d3aa9b5225125e6f', 1, 'gmx::Update::Update()'], │ │ │ │ │ + ['update_38', ['update', ['../classgmx_1_1IRestraintPotential.xhtml#a6bc44212f005dbc7a03acf9a76b1074d', 1, 'gmx::IRestraintPotential::update()'], │ │ │ │ │ ['../structgmx__ana__selmethod__t.xhtml#a18d9fe0bff35116b4e12cc63c381fb47', 1, 'gmx_ana_selmethod_t::update'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1IRestraintPotential.xhtml#a6bc44212f005dbc7a03acf9a76b1074d', 1, 'gmx::IRestraintPotential::update()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Update.xhtml#afcb4065ad13efba2d3aa9b5225125e6f', 1, 'gmx::Update::Update()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Update.xhtml', 1, 'gmx::Update'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['update_5fconstrain_5fgpu_2eh_39', ['update_constrain_gpu.h', ['../update__constrain__gpu_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['update_5fconstrain_5fgpu_5fimpl_2ecpp_40', ['update_constrain_gpu_impl.cpp', ['../update__constrain__gpu__impl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['update_5fconstrain_5fgpu_5fimpl_2eh_41', ['update_constrain_gpu_impl.h', ['../update__constrain__gpu__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['update_5fconstrain_5fgpu_5fimpl_5fstubs_2ecpp_42', ['update_constrain_gpu_impl_stubs.cpp', ['../update__constrain__gpu__impl__stubs_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['update_5fconstrain_5fgpu_5finternal_2eh_43', ['update_constrain_gpu_internal.h', ['../update__constrain__gpu__internal_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -119,32 +119,32 @@ │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1internal_1_1TestReferenceDataImpl.xhtml#a065a3c65957021f231760e63f62b0382', 1, 'gmx::test::internal::TestReferenceDataImpl::updateMismatchingEntries_'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['updatepmfunvisited_83', ['updatePmfUnvisited', ['../classgmx_1_1PointState.xhtml#aabd90b7ac4e2ce2db311e22aabddc811', 1, 'gmx::PointState']]], │ │ │ │ │ ['updatepositions_84', ['updatePositions', ['../namespacegmx.xhtml#a5d079b5d5fedb7c55a119e1342cb7fd8', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['updateprevsteppullcom_85', ['updatePrevStepPullCom', ['../pull_8h.xhtml#a95ef443e2830253d2aef461a2f811c4e', 1, 'pull.h']]], │ │ │ │ │ ['updateprobabilityweightsandconvolvedbias_86', ['updateProbabilityWeightsAndConvolvedBias', ['../classgmx_1_1BiasState.xhtml#a9f7401159d5f59b63c09e34829643156', 1, 'gmx::BiasState']]], │ │ │ │ │ ['updatereferencetemperature_87', ['updatereferencetemperature', ['../classgmx_1_1NoseHooverGroup.xhtml#aa3d71e0bea4cfdf3b6120a0cb1993acc', 1, 'gmx::NoseHooverGroup::updateReferenceTemperature()'], │ │ │ │ │ - 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['../classgmx_1_1EnumerationWrapper.xhtml#abf496f9dcaab55be1b9cbe93f05312d9', 1, 'gmx::EnumerationWrapper::begin()'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#aaf0716c8ca857b1a8877fc94463b5850', 1, 'gmx::begin(const MultiDimArray< TContainer, Extents > &multiDimArray)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a636719700df07fe8736fa19bb12c29dd', 1, 'gmx::begin(MultiDimArray< TContainer, Extents > &multiDimArray)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a9fd99e24e163158545296b3f791b0ee8', 1, 'gmx::begin(const BasicMdspan &basicMdspan)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#a52348f625a07e17a873cf943882510f9', 1, 'gmx::ArrayRef::begin()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1EnergyTerm.xhtml#a4b930e14cacc91c16a0c6e59fb48ea58', 1, 'gmx::EnergyTerm::begin()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a453e4185086abe32f76359d79e5df439', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::begin()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#a52348f625a07e17a873cf943882510f9', 1, 'gmx::ArrayRef::begin()'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a9fd99e24e163158545296b3f791b0ee8', 1, 'gmx::begin(const BasicMdspan &basicMdspan)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a636719700df07fe8736fa19bb12c29dd', 1, 'gmx::begin(MultiDimArray< TContainer, Extents > &multiDimArray)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a93f0ea6236ab2cc8e924025646f8d87b', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::begin()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1EnergyFrame.xhtml#a8c6171058dd1a26721f4af8df12b7a10', 1, 'gmx::EnergyFrame::begin()'], │ │ │ │ │ ['../classIListRange.xhtml#a7526befe10a07f17dbc35e704d01aeea', 1, 'IListRange::begin()'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#aaf0716c8ca857b1a8877fc94463b5850', 1, 'gmx::begin()'], │ │ │ │ │ ['../classAtomRange.xhtml#afc17642be8cc592f6f47fdd9d86aa408', 1, 'AtomRange::begin()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#ab4801001dba830e69c9984d97e9c4932', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::begin()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#ab4801001dba830e69c9984d97e9c4932', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::begin()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1IntegerBox.xhtml#a4bdda1928d7845c8e5c5c3ef2918a466', 1, 'gmx::IntegerBox::begin()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['begin_5faction_72', ['BEGIN_ACTION', ['../parser__internal_8h.xhtml#adc0616ed62829750149da924ee4176a9', 1, 'parser_internal.h']]], │ │ │ │ │ ['beginiterator_73', ['beginIterator', ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbolTable.xhtml#a6301d2be458f368de68f404d9dff17f7', 1, 'gmx::SelectionParserSymbolTable']]], │ │ │ │ │ ['behaviorcollection_2ecpp_74', ['behaviorcollection.cpp', ['../behaviorcollection_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['behaviorcollection_2eh_75', ['behaviorcollection.h', ['../behaviorcollection_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['bench_76', ['bench', ['../namespaceNbnxm.xhtml#a94b5fe0aba252ce26a4cb2763c268980', 1, 'Nbnxm']]], │ │ │ │ │ ['bench_5fcoords_2eh_77', ['bench_coords.h', ['../bench__coords_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['bench_5fsetup_2ecpp_78', ['bench_setup.cpp', ['../bench__setup_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['bench_5fsetup_2eh_79', ['bench_setup.h', ['../bench__setup_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['bench_5fsystem_2ecpp_80', ['bench_system.cpp', ['../bench__system_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['bench_5fsystem_2eh_81', ['bench_system.h', ['../bench__system_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['benchmarkcombrule_82', ['BenchMarkCombRule', ['../namespaceNbnxm.xhtml#a2b0931ea4b2302d010810175754f8981', 1, 'Nbnxm']]], │ │ │ │ │ ['benchmarkcoulomb_83', ['BenchMarkCoulomb', ['../namespaceNbnxm.xhtml#a30c80bf36a688c1633e86eb7e607792f', 1, 'Nbnxm']]], │ │ │ │ │ ['benchmarkkernels_84', ['BenchMarkKernels', ['../namespaceNbnxm.xhtml#a6cd9801a8e78c975ed0ebe45c63b7715', 1, 'Nbnxm']]], │ │ │ │ │ - ['benchmarksystem_85', ['benchmarksystem', ['../structgmx_1_1BenchmarkSystem.xhtml', 1, 'gmx::BenchmarkSystem'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1BenchmarkSystem.xhtml#a75dfe958cd7d70bdb5e90f2ec642a77b', 1, 'gmx::BenchmarkSystem::BenchmarkSystem()'] │ │ │ │ │ + ['benchmarksystem_85', ['benchmarksystem', ['../structgmx_1_1BenchmarkSystem.xhtml#a75dfe958cd7d70bdb5e90f2ec642a77b', 1, 'gmx::BenchmarkSystem::BenchmarkSystem()'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1BenchmarkSystem.xhtml', 1, 'gmx::BenchmarkSystem'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['bend_86', ['Bend', ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03.xhtml#a8ec2371446161e824ba0e6fb1edbba0cadcef3e264a0eecc2a9eadd4478c67a1f', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['bequil_87', ['bEquil', ['../structdf__history__t.xhtml#a2800c69caa7fcce2c14cb537c4909bc3', 1, 'df_history_t']]], │ │ │ │ │ ['berendsentemperaturecoupling_88', ['BerendsenTemperatureCoupling', ['../classgmx_1_1BerendsenTemperatureCoupling.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['bestvertex_89', ['bestVertex', ['../classgmx_1_1NelderMeadSimplex.xhtml#a766a1b22213cf4e5a7a10ee4130afd6f', 1, 'gmx::NelderMeadSimplex']]], │ │ │ │ │ - ['beta_90', ['beta', ['../structgmx_1_1test_1_1AwhTestParameters.xhtml#a3f4c1a9b2610aa00392d66d2c4b183ea', 1, 'gmx::test::AwhTestParameters::beta'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1DimParams_1_1FepDimParams.xhtml#ad3aa1edaec7f13643c5038ccc2a01a78', 1, 'gmx::DimParams::FepDimParams::beta'] │ │ │ │ │ + ['beta_90', ['beta', ['../structgmx_1_1DimParams_1_1FepDimParams.xhtml#ad3aa1edaec7f13643c5038ccc2a01a78', 1, 'gmx::DimParams::FepDimParams::beta'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1test_1_1AwhTestParameters.xhtml#a3f4c1a9b2610aa00392d66d2c4b183ea', 1, 'gmx::test::AwhTestParameters::beta'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['betak_91', ['betak', ['../structgmx_1_1DimParams_1_1PullDimParams.xhtml#a33729f86621ae915c1feabad67ee696e', 1, 'gmx::DimParams::PullDimParams']]], │ │ │ │ │ ['between_20lists_20of_20particles_92', ['Interactions between lists of particles', ['../group__module__listed__forces.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['beval_93', ['bEval', ['../structgmx__ana__poscalc__t.xhtml#a4090eef654fcfde5434311a3521e485b', 1, 'gmx_ana_poscalc_t']]], │ │ │ │ │ ['bexternalgroupsset_5f_94', ['bExternalGroupsSet_', ['../classgmx_1_1SelectionCollection_1_1Impl.xhtml#a4562f816e1e20718de1447763330eda2', 1, 'gmx::SelectionCollection::Impl']]], │ │ │ │ │ ['bexternalpotentialproviderhasbeenregistered_95', ['bExternalPotentialProviderHasBeenRegistered', ['../structpull__coord__work__t.xhtml#a8a4851069e32c36ebd1969fdef7dc14c', 1, 'pull_coord_work_t']]], │ │ │ │ │ ['bf_96', ['bF', ['../structTpxFileHeader.xhtml#a4d7ed4d9047abe595d1f0a5d2a9a97bf', 1, 'TpxFileHeader']]], │ │ │ │ │ @@ -197,33 +197,33 @@ │ │ │ │ │ ['biascorrectedaverage_113', ['biasCorrectedAverage', ['../classgmx_1_1ExponentialMovingAverage.xhtml#a83f79db8f50129497cc5349b972ecabb', 1, 'gmx::ExponentialMovingAverage']]], │ │ │ │ │ ['biascoupledtosystem_114', ['biascoupledtosystem', ['../structgmx_1_1BiasCoupledToSystem.xhtml', 1, 'gmx::BiasCoupledToSystem'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1BiasCoupledToSystem.xhtml#a0d55bb29484a8c71778a4bf70a3ddfd0', 1, 'gmx::BiasCoupledToSystem::BiasCoupledToSystem()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['biasedlogweightfrompoint_115', ['biasedLogWeightFromPoint', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02biasstate_8cpp_03.xhtml#a154728ee54b770144eeaee8650142f3f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{biasstate.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['biasesarecompatibleforsharingbetweensimulations_116', ['biasesAreCompatibleForSharingBetweenSimulations', ['../namespacegmx.xhtml#a161ff1b8f4e89a7136264bf0130c8627', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['biasfeplambdastatetest_117', ['BiasFepLambdaStateTest', ['../classgmx_1_1test_1_1BiasFepLambdaStateTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ - ['biasgrid_118', ['biasgrid', ['../classgmx_1_1BiasGrid.xhtml', 1, 'gmx::BiasGrid'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1BiasGrid.xhtml#a79cd36dafbb90c36bf2d88dd5c8d8171', 1, 'gmx::BiasGrid::BiasGrid()'] │ │ │ │ │ + ['biasgrid_118', ['biasgrid', ['../classgmx_1_1BiasGrid.xhtml#a79cd36dafbb90c36bf2d88dd5c8d8171', 1, 'gmx::BiasGrid::BiasGrid()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BiasGrid.xhtml', 1, 'gmx::BiasGrid'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['biasgrid_2ecpp_119', ['biasgrid.cpp', ['../biasgrid_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['biasgrid_2eh_120', ['biasgrid.h', ['../biasgrid_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['biasindex_121', ['biasIndex', ['../classgmx_1_1Bias.xhtml#aaa9ddb42d042542e30e4374487dd3198', 1, 'gmx::Bias']]], │ │ │ │ │ ['biasindex_5f_122', ['biasIndex_', ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml#a4713cfcee75b921b834d234b3e775304', 1, 'gmx::BiasParams']]], │ │ │ │ │ ['biasoutputsetup_123', ['biasoutputsetup', ['../structBiasOutputSetup.xhtml#a510f3876df7545def34fa6c6a1fe9856', 1, 'BiasOutputSetup::BiasOutputSetup()'], │ │ │ │ │ ['../structBiasOutputSetup.xhtml', 1, 'BiasOutputSetup'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['biasparams_124', ['biasparams', ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml', 1, 'gmx::BiasParams'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml#a34258b327dcbfe7690e74b992b938aae', 1, 'gmx::BiasParams::BiasParams()'] │ │ │ │ │ + ['biasparams_124', ['biasparams', ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml#a34258b327dcbfe7690e74b992b938aae', 1, 'gmx::BiasParams::BiasParams()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml', 1, 'gmx::BiasParams'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['biasparams_2ecpp_125', ['biasparams.cpp', ['../biasparams_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['biasparams_2eh_126', ['biasparams.h', ['../biasparams_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['biassharing_2ecpp_127', ['biassharing.cpp', ['../biassharing_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['biassharing_2eh_128', ['biassharing.h', ['../biassharing_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['biasstate_129', ['biasstate', ['../classgmx_1_1BiasState.xhtml#a9016d9554dd11c56652b0fcf472a4bdb', 1, 'gmx::BiasState::BiasState()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1BiasState.xhtml', 1, 'gmx::BiasState'] │ │ │ │ │ + ['biasstate_129', ['biasstate', ['../classgmx_1_1BiasState.xhtml', 1, 'gmx::BiasState'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BiasState.xhtml#a9016d9554dd11c56652b0fcf472a4bdb', 1, 'gmx::BiasState::BiasState()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['biasstate_2ecpp_130', ['biasstate.cpp', ['../biasstate_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['biasstate_2eh_131', ['biasstate.h', ['../biasstate_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['biasstate_5f_132', ['biasState_', ['../classgmx_1_1test_1_1BiasStateTest.xhtml#a97b178dadc62a9abfde083526d67bd91', 1, 'gmx::test::BiasStateTest']]], │ │ │ │ │ ['biasstatetest_133', ['BiasStateTest', ['../classgmx_1_1test_1_1BiasStateTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['biastest_134', ['BiasTest', ['../classgmx_1_1test_1_1BiasTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['biastestparameters_135', ['BiasTestParameters', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#ac4fc5532ea0af7793e9f4aae8775d018', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ @@ -252,16 +252,16 @@ │ │ │ │ │ ['binputcheckingdisabled_5f_152', ['bInputCheckingDisabled_', ['../classgmx_1_1FileNameOptionManager_1_1Impl.xhtml#a7cd2a4a1fd3c7e2d716acef2c8e6f871', 1, 'gmx::FileNameOptionManager::Impl']]], │ │ │ │ │ ['bins_153', ['bins', ['../structUmbrellaOptions.xhtml#a6e4eac2a452db3b73109094936d921a9', 1, 'UmbrellaOptions']]], │ │ │ │ │ ['binuse_5f_154', ['bInUse_', ['../classgmx_1_1test_1_1internal_1_1TestReferenceDataImpl.xhtml#a4ec16f5bca468bf76020234d9f2db510', 1, 'gmx::test::internal::TestReferenceDataImpl']]], │ │ │ │ │ ['binwidth_155', ['binwidth', ['../classgmx_1_1AnalysisHistogramSettingsInitializer.xhtml#add437ddf91989778860826153c6b636c', 1, 'gmx::AnalysisHistogramSettingsInitializer::binWidth()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisHistogramSettings.xhtml#af927ef5703f2e7aceac66d8bf912b1e9', 1, 'gmx::AnalysisHistogramSettings::binWidth()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['bir_156', ['bIr', ['../structTpxFileHeader.xhtml#a2c041ee5b81c0e8056c7ad6f848c24b8', 1, 'TpxFileHeader']]], │ │ │ │ │ - ['bitmask_2eh_157', ['bitmask.h', ['../tests_2bitmask_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['bitmask_2eh_157', ['bitmask.h', ['../include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2bitmask_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['bitmask_5fclassname_158', ['BITMASK_CLASSNAME', ['../tests_2bitmask_8h.xhtml#ae98c2c3acbcaf4cebce8326e3ad682cb', 1, 'bitmask.h']]], │ │ │ │ │ ['bitmask_5fclassname_5f_159', ['BITMASK_CLASSNAME_', ['../tests_2bitmask_8h.xhtml#aa4a16ee87fdc3d8eec077e2ee58cfd8c', 1, 'bitmask.h']]], │ │ │ │ │ ['bitmask_5fclear_160', ['bitmask_clear', ['../include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h.xhtml#a18f53c59e5ef4fe3f1b1a649da01fd0a', 1, 'bitmask.h']]], │ │ │ │ │ ['bitmask_5finit_5fbit_161', ['bitmask_init_bit', ['../include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h.xhtml#ac5dd57fcf554ecadf7f009008e33be8b', 1, 'bitmask.h']]], │ │ │ │ │ ['bitmask_5finit_5flow_5fbits_162', ['bitmask_init_low_bits', ['../include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h.xhtml#a7ff662ac524c3f80cfa909c40e337eec', 1, 'bitmask.h']]], │ │ │ │ │ ['bitmask_5fis_5fdisjoint_163', ['bitmask_is_disjoint', ['../include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h.xhtml#a8f44d71faaedd70fca3d13deeb28e184', 1, 'bitmask.h']]], │ │ │ │ │ @@ -276,17 +276,17 @@ │ │ │ │ │ ['bitsone_172', ['bitsOne', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02threefry_8cpp_03.xhtml#a4698f73a4bd4b4742276e085a4f15ed7', 1, 'gmx::anonymous_namespace{threefry.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['bitspi_173', ['bitsPi', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02threefry_8cpp_03.xhtml#a97c6a61dba3822336378d46f40d9f8d2', 1, 'gmx::anonymous_namespace{threefry.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['bitszero_174', ['bitsZero', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02threefry_8cpp_03.xhtml#a580b4c3b6b789cb17a7895b4998353ce', 1, 'gmx::anonymous_namespace{threefry.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['bkeepallgenerateddihedrals_175', ['bKeepAllGeneratedDihedrals', ['../structPreprocessResidue.xhtml#ac6bf4b23eb4841aeba900478f82c7469', 1, 'PreprocessResidue']]], │ │ │ │ │ ['blbnb_176', ['blbnb', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a521d2ee5435381e5c5a4525de63766d6', 1, 'gmx::Lincs']]], │ │ │ │ │ ['blc_177', ['blc', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a0869b658ede5d956b5d47cfc5ea9b55f', 1, 'gmx::Lincs']]], │ │ │ │ │ ['blc1_178', ['blc1', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a348d78d1c99366e604a2bfb689f0b1fc', 1, 'gmx::Lincs']]], │ │ │ │ │ - ['blend_179', ['blend', ['../group__module__simd.xhtml#gaa089539a35e39d68f6c8b40421e0a68e', 1, 'gmx::blend(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDBool sel)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga9a3c7493047defc21bf934ca9fc39476', 1, 'gmx::blend(Simd4Float a, Simd4Float b, Simd4FBool sel)'], │ │ │ │ │ + ['blend_179', ['blend', ['../group__module__simd.xhtml#ga9a3c7493047defc21bf934ca9fc39476', 1, 'gmx::blend(Simd4Float a, Simd4Float b, Simd4FBool sel)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gafa1d01238ab3305ab17f301f73eaeaa1', 1, 'gmx::blend(Simd4Double a, Simd4Double b, Simd4DBool sel)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gaa089539a35e39d68f6c8b40421e0a68e', 1, 'gmx::blend(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDBool sel)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga897cd563974628f57a983656bc4f0be5', 1, 'gmx::blend(SimdDInt32 a, SimdDInt32 b, SimdDIBool sel)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga443be80edc7822ae0582bc5a4d4da34c', 1, 'gmx::blend(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFBool sel)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga3f3f322cbf3a7d646003849046028f65', 1, 'gmx::blend(SimdFInt32 a, SimdFInt32 b, SimdFIBool sel)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a97f9e21174d44695b53626648515c4b4', 1, 'gmx::blend(float a, float b, bool sel)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a069393b3673bd0df6aefc16f8379cf96', 1, 'gmx::blend(double a, double b, bool sel)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a174859a095e84b4a4ee3214547fe8f13', 1, 'gmx::blend(std::int32_t a, std::int32_t b, bool sel)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_6.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -144,18 +144,18 @@ │ │ │ │ │ ['c_5fnbnxngpurollinglistpruninginterval_112', ['c_nbnxnGpuRollingListPruningInterval', ['../pairlist__tuning_8cpp.xhtml#a34b35efd3187a63732fc903620d3d0c9', 1, 'pairlist_tuning.cpp']]], │ │ │ │ │ ['c_5fnbnxnlistsizefactorcpu_113', ['c_nbnxnListSizeFactorCpu', ['../pairlist__tuning_8cpp.xhtml#a3fcbb19cb6689beec04d844cc6c2feb8', 1, 'pairlist_tuning.cpp']]], │ │ │ │ │ ['c_5fnbnxnlistsizefactorgpu_114', ['c_nbnxnListSizeFactorGPU', ['../pairlist__tuning_8cpp.xhtml#a327a8f12f5167b1f5fedbdcf60410b8a', 1, 'pairlist_tuning.cpp']]], │ │ │ │ │ ['c_5fnbnxnlistsizefactorintelxeonphi_115', ['c_nbnxnListSizeFactorIntelXeonPhi', ['../pairlist__tuning_8cpp.xhtml#aae87045b170c054f573dcc97066eeecd', 1, 'pairlist_tuning.cpp']]], │ │ │ │ │ ['c_5fnbnxnlistsizefactormargin_116', ['c_nbnxnListSizeFactorMargin', ['../pairlist__tuning_8cpp.xhtml#a21bf1f047a789ad132b04ba504dd08bf', 1, 'pairlist_tuning.cpp']]], │ │ │ │ │ ['c_5fnmtomrcunits_117', ['c_nmToMrcUnits', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02mrcserializer_8cpp_03.xhtml#a084c836f7f75cc97b5c92d3fa400dc70', 1, 'gmx::anonymous_namespace{mrcserializer.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['c_5fnormalizationnames_118', ['c_normalizationNames', ['../group__module__trajectoryanalysis.xhtml#gafe9e3ae6c83f2aeb21e0ad8841e3b0e2', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{rdf.cpp}']]], │ │ │ │ │ - ['c_5fnumatoms_119', ['c_numatoms', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pairs_8cpp_03.xhtml#ab0d16511710d3d446c4ebe139a1a93d8', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pairs.cpp}::c_numAtoms'], │ │ │ │ │ + ['c_5fnumatoms_119', ['c_numatoms', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02wholemoleculetransform_8cpp_03.xhtml#aefe3a2139c12a370bfa601c498f7c317', 1, 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['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02wholemoleculetransform_8cpp_03.xhtml#af7fcad6d0b020573ed9b50fc59a72ecd', 1, 'gmx::anonymous_namespace{wholemoleculetransform.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['c_5fnumboundingboxbounds1d_121', ['c_numBoundingBoxBounds1D', ['../namespaceNbnxm.xhtml#a1eba0f67a1d9680949c080c762e879a5', 1, 'Nbnxm']]], │ │ │ │ │ ['c_5fnumcorrelationblocks_122', ['c_numCorrelationBlocks', ['../classgmx_1_1CorrelationTensor.xhtml#a3bacb906f9931328bddd22c8e218c9d4', 1, 'gmx::CorrelationTensor']]], │ │ │ │ │ ['c_5fnumeigenrealsperexperiment_123', ['c_numEigenRealsPerExperiment', ['../structt__oriresdata.xhtml#a19c8ceb03fed76dc54909c852ea83321', 1, 't_oriresdata']]], │ │ │ │ │ ['c_5fnumelectypes_124', ['c_numElecTypes', ['../namespaceNbnxm.xhtml#a6db90ea2cf677b2766d056d777a07088', 1, 'Nbnxm']]], │ │ │ │ │ ['c_5fnumfirsttuningintervalskip_125', ['c_numFirstTuningIntervalSkip', ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#a358540e661dc9efd36da10c2989d397a', 1, 'pme_load_balancing.cpp']]], │ 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['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03.xhtml#acd7005765b5321aa2e84a1efa94e4804', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['c_5fprecisiontolerance_142', ['c_precisionTolerance', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02position__restraints_8cpp_03.xhtml#a0f59870a0c42c6116a428c706af0d0e7', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{position_restraints.cpp}']]], │ │ │ │ │ @@ -841,23 +841,23 @@ │ │ │ │ │ ['clfftinitializer_2eh_586', ['clfftinitializer.h', ['../clfftinitializer_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['clhandle_587', ['clhandle', ['../classgmx_1_1ClHandle.xhtml', 1, 'gmx::ClHandle< cl_type >'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ClHandle.xhtml#a27f1a3d671ccf77c8c5c724d2c38d0db', 1, 'gmx::ClHandle::ClHandle(cl_type handle)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ClHandle.xhtml#afa26827973b650e659cec6b3fdb90a1c', 1, 'gmx::ClHandle::ClHandle()=delete'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ClHandle.xhtml#a2dce49849ee0051ee05990c651f0b56a', 1, 'gmx::ClHandle::ClHandle(const ClHandle &)=delete'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ClHandle.xhtml#a506140fa32d43652bcffc0dc2f95c366', 1, 'gmx::ClHandle::ClHandle(ClHandle &&) noexcept=default'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['client_588', ['client', ['../classgmx_1_1TrajectorySignaller.xhtml#ae0de88b8aa35e7dbf3b17aade886baef', 1, 'gmx::TrajectorySignaller::Client'], │ │ │ │ │ + ['client_588', ['client', ['../classgmx_1_1EnergySignaller.xhtml#a94150f5b1e8c15af92db18487806c6bc', 1, 'gmx::EnergySignaller::Client'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TrajectorySignaller.xhtml#ae0de88b8aa35e7dbf3b17aade886baef', 1, 'gmx::TrajectorySignaller::Client'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1LoggingSignaller.xhtml#aaf810ad2f5b09e596a9d2dbb29553125', 1, 'gmx::LoggingSignaller::Client'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1LastStepSignaller.xhtml#afd9ce82ca570b65800e8847edde18bff', 1, 'gmx::LastStepSignaller::Client'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1NeighborSearchSignaller.xhtml#a3252cb8f172a9adbc7ebe9823e354e92', 1, 'gmx::NeighborSearchSignaller::Client'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1EnergySignaller.xhtml#a94150f5b1e8c15af92db18487806c6bc', 1, 'gmx::EnergySignaller::Client'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1NeighborSearchSignaller.xhtml#a3252cb8f172a9adbc7ebe9823e354e92', 1, 'gmx::NeighborSearchSignaller::Client'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['clientid_589', ['clientid', ['../classgmx_1_1StatePropagatorData_1_1Element.xhtml#adcc80949d852ec6d949e909661b4903b', 1, 'gmx::StatePropagatorData::Element::clientID()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1EnergyData_1_1Element.xhtml#a7bec0626f7b0334084b1de0d74f017ff', 1, 'gmx::EnergyData::Element::clientID()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ExpandedEnsembleElement.xhtml#ae39efb9474aa97465e44bed1a0c1c262', 1, 'gmx::ExpandedEnsembleElement::clientID()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnergyData_1_1Element.xhtml#a7bec0626f7b0334084b1de0d74f017ff', 1, 'gmx::EnergyData::Element::clientID()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FirstOrderPressureCoupling.xhtml#ac841a4d173f4113f6a58f7fea81f7623', 1, 'gmx::FirstOrderPressureCoupling::clientID()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FreeEnergyPerturbationData_1_1Element.xhtml#afae0a07cbf3e5a2e127b4cbf7b19822a', 1, 'gmx::FreeEnergyPerturbationData::Element::clientID()'], │ │ │ │ │ ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gadab8128d65de85ab9a5be2da01cadfd3', 1, 'gmx::ICheckpointHelperClient::clientID()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1MttkData.xhtml#a025798d55223c429d122cfc0e4604d3a', 1, 'gmx::MttkData::clientID()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1NoseHooverChainsData.xhtml#a6231115c2e233938dbe9328cf91e73d2', 1, 'gmx::NoseHooverChainsData::clientID()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ParrinelloRahmanBarostat.xhtml#ad8bd318c1b0d38e34c563a9724193353', 1, 'gmx::ParrinelloRahmanBarostat::clientID()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PullElement.xhtml#a59eab0b7c64c240c5a3d40b0d0965d8a', 1, 'gmx::PullElement::clientID()'], │ │ │ │ │ @@ -866,21 +866,21 @@ │ │ │ │ │ ['clientsocket_590', ['clientsocket', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#adfd42d6e6976ab4573e70c798e685c23', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ │ ['clone_591', ['clone', ['../classgmx_1_1AbstractAverageHistogram.xhtml#ae41c64629aa1fdbc6aa79f6e2c842c7f', 1, 'gmx::AbstractAverageHistogram::clone()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfit_8cpp_03_1_1DensitySimilarityCrossCorrelation.xhtml#a19b0f24b941e857b7d8bba44fdf880db', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfit.cpp}::DensitySimilarityCrossCorrelation::clone()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfit_8cpp_03_1_1DensitySimilarityRelativeEntropy.xhtml#a06da6c303c493beb97fc95f5d6265801', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfit.cpp}::DensitySimilarityRelativeEntropy::clone()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfit_8cpp_03_1_1DensitySimilarityInnerProduct.xhtml#acbaf7e69026d8eb4539b4d039f8ca4b2', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfit.cpp}::DensitySimilarityInnerProduct::clone()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['cloneonspawnedthread_592', ['cloneOnSpawnedThread', ['../classgmx_1_1Mdrunner.xhtml#a7c3f076c50e8a65e46c45964586ef0ac', 1, 'gmx::Mdrunner']]], │ │ │ │ │ - ['close_593', ['close', ['../classgmx_1_1TextReader.xhtml#a832ce4203c67ac5b86859954c8c96b8f', 1, 'gmx::TextReader::close()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1StringInputStream.xhtml#abb10d95192f3e79d19764855bcbd1739', 1, 'gmx::StringInputStream::close()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TextInputStream.xhtml#ad8b5700fa45d4eb69105238d9fdfaca7', 1, 'gmx::TextInputStream::close()'], │ │ │ │ │ + ['close_593', ['close', ['../classgmx_1_1TextWriter.xhtml#aeb5664c1d354a35f621061f73888fb0d', 1, 'gmx::TextWriter::close()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1StringOutputStream.xhtml#a72a9089f662d660616d6ed419d0efe93', 1, 'gmx::StringOutputStream::close()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TextOutputFile.xhtml#a0e112f234e5bc3c42d4d01087412af56', 1, 'gmx::TextOutputFile::close()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1StringInputStream.xhtml#abb10d95192f3e79d19764855bcbd1739', 1, 'gmx::StringInputStream::close()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TextReader.xhtml#a832ce4203c67ac5b86859954c8c96b8f', 1, 'gmx::TextReader::close()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TextInputStream.xhtml#ad8b5700fa45d4eb69105238d9fdfaca7', 1, 'gmx::TextInputStream::close()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TextOutputStream.xhtml#a8c624ae9199c3bfd37bc35a1beb7852f', 1, 'gmx::TextOutputStream::close()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TextWriter.xhtml#aeb5664c1d354a35f621061f73888fb0d', 1, 'gmx::TextWriter::close()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1StandardInputStream.xhtml#ad47b5f004707624d1ba6963f4cf425d2', 1, 'gmx::StandardInputStream::close()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TextInputFile.xhtml#a206e851131b014eaef22f56217092e27', 1, 'gmx::TextInputFile::close()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['close_5fsymtab_594', ['close_symtab', 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'(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2cmdlineprogramcontext_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['cmdlineprogramcontext_2eh_638', ['cmdlineprogramcontext.h', ['../cmdlineprogramcontext_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlinerunner_2ecpp_639', ['cmdlinerunner.cpp', ['../cmdlinerunner_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ @@ -991,34 +991,34 @@ │ │ │ │ │ ['cog_676', ['cog', ['../classgmx_1_1UpdateGroupsCog.xhtml#aad8be72d3bb92b5627df61d307d638be', 1, 'gmx::UpdateGroupsCog']]], │ │ │ │ │ ['cogforatom_677', ['cogForAtom', ['../classgmx_1_1UpdateGroupsCog.xhtml#aa5f5e75ffb0d70b59d7b76ac6d1bccda', 1, 'gmx::UpdateGroupsCog']]], │ │ │ │ │ ['cogindex_678', ['cogIndex', ['../classgmx_1_1UpdateGroupsCog.xhtml#a14b952a48a67984b2d1f9281c5aae11b', 1, 'gmx::UpdateGroupsCog']]], │ │ │ │ │ ['coll_679', ['coll', ['../structgmx__ana__poscalc__t.xhtml#ab52044417dbe424a3c5bd2b60b646732', 1, 'gmx_ana_poscalc_t']]], │ │ │ │ │ ['collect_2eh_680', ['collect.h', ['../collect_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['collection_5f_681', ['collection_', ['../classgmx_1_1SelectionOptionManager_1_1Impl.xhtml#aa3ec842ccc6713ae73ca450fe8c27216', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::Impl']]], │ │ │ │ │ ['collectiveindex_682', ['collectiveIndex', ['../classgmx_1_1LocalAtomSet.xhtml#aeae3c1065fe5a7a7ea923da0c459e762', 1, 'gmx::LocalAtomSet']]], │ │ │ │ │ - ['columncount_683', ['columncount', ['../classgmx_1_1AbstractAnalysisData.xhtml#a8313ad257a8ac9de2f8586ff0a383b73', 1, 'gmx::AbstractAnalysisData::columnCount()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataPointSetRef.xhtml#a4da78cf2fa943454a153d823615635d4', 1, 'gmx::AnalysisDataPointSetRef::columnCount()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AbstractAnalysisData.xhtml#a17311939de0c51ac706045ef66bcf954', 1, 'gmx::AbstractAnalysisData::columnCount()'], │ │ │ │ │ + ['columncount_683', ['columncount', ['../classgmx_1_1AbstractAnalysisData.xhtml#a17311939de0c51ac706045ef66bcf954', 1, 'gmx::AbstractAnalysisData::columnCount()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInput.xhtml#a0434799b8d00516e2adcc607a0634f56', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInput::columnCount()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverager.xhtml#a5cbf590138d0862b2f9a0cb6032533d5', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverager::columnCount()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataStorageFrame.xhtml#a73e7a5e0885ea5926dcae97c90c7e632', 1, 'gmx::AnalysisDataStorageFrame::columnCount()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataPointSetRef.xhtml#a4da78cf2fa943454a153d823615635d4', 1, 'gmx::AnalysisDataPointSetRef::columnCount()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AbstractAnalysisData.xhtml#a8313ad257a8ac9de2f8586ff0a383b73', 1, 'gmx::AbstractAnalysisData::columnCount()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataStorageFrame.xhtml#a73e7a5e0885ea5926dcae97c90c7e632', 1, 'gmx::AnalysisDataStorageFrame::columnCount()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverager.xhtml#a5cbf590138d0862b2f9a0cb6032533d5', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverager::columnCount()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['columncounts_5f_684', ['columnCounts_', ['../classgmx_1_1AbstractAnalysisData_1_1Impl.xhtml#ae6b8d50e6399628ee75add19bb01fe4c', 1, 'gmx::AbstractAnalysisData::Impl']]], │ │ │ │ │ ['columndata_685', ['columndata', ['../structgmx_1_1TextTableFormatter_1_1Impl_1_1ColumnData.xhtml#a1aadbc00bc88c073c7d4cbef976e7ec6', 1, 'gmx::TextTableFormatter::Impl::ColumnData::ColumnData()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TextTableFormatter_1_1Impl.xhtml#abd5eab1f53918e88eaf6f85967c095c7', 1, 'gmx::TextTableFormatter::Impl::columnData(int index)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TextTableFormatter_1_1Impl.xhtml#a721da3fad4f11f70d82b9662f97ac9bd', 1, 'gmx::TextTableFormatter::Impl::columnData(int index) const'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1TextTableFormatter_1_1Impl_1_1ColumnData.xhtml', 1, 'gmx::TextTableFormatter::Impl::ColumnData'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['columnlist_686', ['ColumnList', ['../classgmx_1_1TextTableFormatter_1_1Impl.xhtml#a0043d139b3d909e5253fb471db83dec2', 1, 'gmx::TextTableFormatter::Impl']]], │ │ │ │ │ ['columnrowsectionstart_5f_687', ['columnRowSectionStart_', ['../structgmx_1_1MrcDensityMapHeader.xhtml#ac1e9b0d0a9ab44e2d5dbcaa7aff81516', 1, 'gmx::MrcDensityMapHeader']]], │ │ │ │ │ ['columnrowsectiontoxyz_5f_688', ['columnRowSectionToXyz_', ['../structgmx_1_1MrcDensityMapHeader.xhtml#a8b4274c85240707c9b56f65a33c2219b', 1, 'gmx::MrcDensityMapHeader']]], │ │ │ │ │ ['columns_5f_689', ['columns_', ['../classgmx_1_1TextTableFormatter_1_1Impl.xhtml#a38cb6aa1525b0eb729f1a24c19c63d34', 1, 'gmx::TextTableFormatter::Impl']]], │ │ │ │ │ ['colvarproxy_5fgromacs_5fversion_2eh_690', ['colvarproxy_gromacs_version.h', ['../colvarproxy__gromacs__version_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['colvarproxygromacs_691', ['colvarproxygromacs', ['../classgmx_1_1ColvarProxyGromacs.xhtml', 1, 'gmx::ColvarProxyGromacs'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ColvarProxyGromacs.xhtml#a49f8b4229e2fce33c20747250e043610', 1, 'gmx::ColvarProxyGromacs::ColvarProxyGromacs()'] │ │ │ │ │ + ['colvarproxygromacs_691', ['colvarproxygromacs', ['../classgmx_1_1ColvarProxyGromacs.xhtml#a49f8b4229e2fce33c20747250e043610', 1, 'gmx::ColvarProxyGromacs::ColvarProxyGromacs()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ColvarProxyGromacs.xhtml', 1, 'gmx::ColvarProxyGromacs'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['colvarproxygromacs_2ecpp_692', ['colvarproxygromacs.cpp', ['../colvarproxygromacs_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['colvarproxygromacs_2eh_693', ['colvarproxygromacs.h', ['../colvarproxygromacs_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['colvars_2ecpp_694', ['colvars.cpp', ['../colvars_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['colvarsatomcoords_695', ['colvarsAtomCoords', ['../classgmx_1_1ColvarsOptions.xhtml#a698f69c97138efa82e6dcbe5c46cab83', 1, 'gmx::ColvarsOptions']]], │ │ │ │ │ ['colvarsconfigcontent_696', ['colvarsConfigContent', ['../classgmx_1_1ColvarsOptions.xhtml#a2f4da1bfb7f70104ae4e0f04326f4c92', 1, 'gmx::ColvarsOptions']]], │ │ │ │ │ ['colvarsenstemp_697', ['colvarsEnsTemp', ['../classgmx_1_1ColvarsOptions.xhtml#acef601dd026f99cc9903101d4a55a063', 1, 'gmx::ColvarsOptions']]], │ │ │ │ │ @@ -1373,16 +1373,16 @@ │ │ │ │ │ ['constlambdaview_916', ['constLambdaView', ['../classgmx_1_1FreeEnergyPerturbationData.xhtml#a6dd7a68a6e5856f798dc9230b9491cf6', 1, 'gmx::FreeEnergyPerturbationData']]], │ │ │ │ │ ['constpositionsview_917', ['constPositionsView', ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml#a2cbb668beb0a815b6ab7f57b4baddbeb', 1, 'gmx::StatePropagatorData']]], │ │ │ │ │ ['constpreviousbox_918', ['constPreviousBox', ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml#a9b130ea219f39ae168dd8d5b639c50ac', 1, 'gmx::StatePropagatorData']]], │ │ │ │ │ ['constpreviouspositionsview_919', ['constPreviousPositionsView', ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml#ae06f462b94adbaa6f38223627dad37dd', 1, 'gmx::StatePropagatorData']]], │ │ │ │ │ ['constr_920', ['constr', ['../classgmx_1_1ConstraintsParam.xhtml#a140db9e4bbecbef0395d63453dd1e33b', 1, 'gmx::ConstraintsParam::constr'], │ │ │ │ │ ['../classanonymous__namespace_02minimize_8cpp_03_1_1EnergyEvaluator.xhtml#a09333c1c6c67abf71a2f863072ee1d44', 1, 'anonymous_namespace{minimize.cpp}::EnergyEvaluator::constr'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['constr_2ecpp_921', ['constr.cpp', ['../constr_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2constr_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['constr_2ecpp_921', ['constr.cpp', ['../tests_2constr_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../constr_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['constr_2eh_922', ['constr.h', ['../constr_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['constr_5f_923', ['constr_', ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#a0c9ee16eccef11cf0565b2727913d0aa', 1, 'gmx::LegacySimulatorData']]], │ │ │ │ │ ['constr_5fiatomptr_924', ['constr_iatomptr', ['../namespacegmx.xhtml#ad75e7b86fde60f53dc2b09967a994c2c', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['constr_5fr_5fmax_925', ['constr_r_max', ['../namespacegmx.xhtml#a481219a0ea0b270f8ab8f680bb8bf7b7', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['constr_5fr_5fmax_5fmoltype_926', ['constr_r_max_moltype', ['../namespacegmx.xhtml#a11d78b8c61663de23b5719c3873835f4', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['constr_5frecur_927', ['constr_recur', ['../namespacegmx.xhtml#a9fb1a7820bdf3161f3dc12391f812489', 1, 'gmx']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_7.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -287,16 +287,16 @@ │ │ │ │ │ ['ddcellindex_5f_163', ['ddCellIndex_', ['../classgmx_1_1DomainDecompositionBuilder_1_1Impl.xhtml#a102dec18a3918be269417ea2fcdbb481', 1, 'gmx::DomainDecompositionBuilder::Impl']]], │ │ │ │ │ ['dddimensions_164', ['ddDimensions', ['../structDDGridSetup.xhtml#a59cdc4d9758766e953abab84320803b4', 1, 'DDGridSetup']]], │ │ │ │ │ ['ddgetatominfo_165', ['ddGetAtomInfo', ['../domdec_2utility_8h.xhtml#a155480532c8a0a96130c1751c53cc868', 1, 'utility.h']]], │ │ │ │ │ ['ddglatnr_166', ['ddglatnr', ['../domdec_8h.xhtml#a70ac1da1701259851d5c21c733196097', 1, 'domdec.cpp']]], │ │ │ │ │ ['ddgridsetup_167', ['DDGridSetup', ['../structDDGridSetup.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['ddgridsetup_5f_168', ['ddGridSetup_', ['../classgmx_1_1DomainDecompositionBuilder_1_1Impl.xhtml#a4639d4e85f45dafe34dc33a8f6ed32e5', 1, 'gmx::DomainDecompositionBuilder::Impl']]], │ │ │ │ │ ['ddist_169', ['ddist', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a0fc142a5b0b472519332eb5360c4dce4', 1, 'gmx::Lincs']]], │ │ │ │ │ - ['ddmain_170', ['ddmain', ['../domdec__struct_8h.xhtml#a95a945afe4a10023a43212167976cbe7', 1, 'DDMAIN(const gmx_domdec_t &dd): domdec_struct.h'], │ │ │ │ │ - ['../domdec__struct_8h.xhtml#afc22561cfcc8cc698df33a9a9f95dcdf', 1, 'DDMAIN(const gmx_domdec_t *dd): domdec_struct.h'] │ │ │ │ │ + ['ddmain_170', ['ddmain', ['../domdec__struct_8h.xhtml#afc22561cfcc8cc698df33a9a9f95dcdf', 1, 'DDMAIN(const gmx_domdec_t *dd): domdec_struct.h'], │ │ │ │ │ + ['../domdec__struct_8h.xhtml#a95a945afe4a10023a43212167976cbe7', 1, 'DDMAIN(const gmx_domdec_t &dd): domdec_struct.h'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['ddmainrank_171', ['DDMAINRANK', ['../domdec__network_8cpp.xhtml#ada792d6e90ffaa2bda1705b837d66c1f', 1, 'domdec_network.cpp']]], │ │ │ │ │ ['ddp_5fcount_172', ['ddp_count', ['../classt__state.xhtml#a16d8fbbde860871a552cd45c1d97aece', 1, 't_state']]], │ │ │ │ │ ['ddp_5fcount_5fcg_5fgl_173', ['ddp_count_cg_gl', ['../classt__state.xhtml#af356c56c20ca98911e9dbe927bacd488', 1, 't_state']]], │ │ │ │ │ ['ddpairinteractionranges_174', ['DDPairInteractionRanges', ['../structDDPairInteractionRanges.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['ddpcountpairsearch_175', ['ddpCountPairSearch', ['../classanonymous__namespace_02minimize_8cpp_03_1_1EnergyEvaluator.xhtml#abade9224d4cd94ec258e7a382684c401', 1, 'anonymous_namespace{minimize.cpp}::EnergyEvaluator']]], │ │ │ │ │ ['ddrankorder_176', ['DdRankOrder', ['../namespacegmx.xhtml#a9b2fd966c924499613d71524e3d69471', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ @@ -402,20 +402,20 @@ │ │ │ │ │ ['define2dhalowith1pulseineachdim_244', ['define2dHaloWith1PulseInEachDim', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02haloexchange__mpi_8cpp_03.xhtml#ae96abac5713f4a3485a68332aea35818', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{haloexchange_mpi.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['define2dhalowith2pulsesindim1_245', ['define2dHaloWith2PulsesInDim1', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02haloexchange__mpi_8cpp_03.xhtml#ad71878f2ea271f402286a45b0a6e0a5a', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{haloexchange_mpi.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['define2dranktopology_246', ['define2dRankTopology', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02haloexchange__mpi_8cpp_03.xhtml#a4b9107a64b196c60562ef8e3fa59e7ec', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{haloexchange_mpi.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['defining_20parameters_247', ['Defining parameters', ['../page_module_selection_custom.xhtml#selmethods_params', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['defining_5fatomnames_248', ['defining_atomnames', ['../structgmx__help__make__index__group.xhtml#ad6a6a6ab8817f747bddfcb55cbd370f1', 1, 'gmx_help_make_index_group']]], │ │ │ │ │ ['definition_20of_20main_249', ['Definition of main()', ['../page_analysistemplate.xhtml#autotoc_md87', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['definitions_250', ['Global definitions', ['../page_analysistemplate.xhtml#autotoc_md80', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['deform_251', ['deform', ['../classgmx_1_1Update.xhtml#a14740b23785220c74619a511c8797da5', 1, 'gmx::Update::deform()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1BoxDeformationHandle.xhtml#a3880b40eec79e95d0361da2cdd0bf6ab', 1, 'gmx::BoxDeformationHandle::deform'] │ │ │ │ │ + ['deform_251', ['deform', ['../classgmx_1_1BoxDeformationHandle.xhtml#a3880b40eec79e95d0361da2cdd0bf6ab', 1, 'gmx::BoxDeformationHandle::deform'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Update.xhtml#a14740b23785220c74619a511c8797da5', 1, 'gmx::Update::deform()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['deform_5f_252', ['deform_', ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#adf07f26c7bde560e1f57f16b1337ece7', 1, 'gmx::LegacySimulatorData']]], │ │ │ │ │ - ['degangle_253', ['degangle', ['../structgmx__enfrotgrp.xhtml#a2b250cf3d95bdc8811084fe558db99ba', 1, 'gmx_enfrotgrp::degangle'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx__potfit.xhtml#a2a8438cb2c51067eba63303629530384', 1, 'gmx_potfit::degangle'] │ │ │ │ │ + ['degangle_253', ['degangle', ['../structgmx__potfit.xhtml#a2a8438cb2c51067eba63303629530384', 1, 'gmx_potfit::degangle'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx__enfrotgrp.xhtml#a2b250cf3d95bdc8811084fe558db99ba', 1, 'gmx_enfrotgrp::degangle'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['dekindl_254', ['dekindl', ['../classekinstate__t.xhtml#ac501ff85da4e6e774e195195cde0f2f4', 1, 'ekinstate_t']]], │ │ │ │ │ ['delete_255', ['Delete', ['../hackblock_8h.xhtml#ab96ef77f5bc6d24fdd272b55f5206016af2a6c498fb90ee345d997f888fce3b18', 1, 'hackblock.h']]], │ │ │ │ │ ['delta_256', ['delta', ['../structgmx_1_1shakedata.xhtml#ada6e3fa62160ae084f062119c19edea0', 1, 'gmx::shakedata']]], │ │ │ │ │ ['delta_5ft_257', ['delta_t', ['../structgmx_1_1SimulationTimeStep.xhtml#a055feb75c2e4d57dd6ffd93a9b76a40e', 1, 'gmx::SimulationTimeStep']]], │ │ │ │ │ ['deltaf_258', ['deltaF', ['../structanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03_1_1t__edflood.xhtml#ac47eaa589ac996758135ea626493d11d', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}::t_edflood']]], │ │ │ │ │ ['deltaf0_259', ['deltaF0', ['../structanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03_1_1t__edflood.xhtml#a7d9a5161da847e2b9c6d52781093c247', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}::t_edflood']]], │ │ │ │ │ @@ -430,21 +430,21 @@ │ │ │ │ │ ['densityfit_2eh_266', ['densityfit.h', ['../densityfit_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['densityfitting_267', ['densityfitting', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfitting_8cpp_03_1_1DensityFitting.xhtml#aa9839e3720a234577932dd8d647294c7', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfitting.cpp}::DensityFitting::DensityFitting()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfitting_8cpp_03_1_1DensityFitting.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfitting.cpp}::DensityFitting'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['densityfitting_2ecpp_268', ['densityfitting.cpp', ['../densityfitting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2densityfitting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['densityfittingamplitudelookup_269', ['densityfittingamplitudelookup', ['../classgmx_1_1DensityFittingAmplitudeLookup.xhtml#aa1d2f04d8d7aae3d5622cd859a201cbb', 1, 'gmx::DensityFittingAmplitudeLookup::DensityFittingAmplitudeLookup(const DensityFittingAmplitudeLookup &other)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1DensityFittingAmplitudeLookup.xhtml#ab390de4a90d3b122cc6d54862bfc158f', 1, 'gmx::DensityFittingAmplitudeLookup::DensityFittingAmplitudeLookup(DensityFittingAmplitudeLookup &&other) noexcept'], │ │ │ │ │ + ['densityfittingamplitudelookup_269', ['densityfittingamplitudelookup', ['../classgmx_1_1DensityFittingAmplitudeLookup.xhtml#aa1d2f04d8d7aae3d5622cd859a201cbb', 1, 'gmx::DensityFittingAmplitudeLookup::DensityFittingAmplitudeLookup()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1DensityFittingAmplitudeLookup.xhtml', 1, 'gmx::DensityFittingAmplitudeLookup'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DensityFittingAmplitudeLookup.xhtml#a59fc899181bcc2e39969fa553087444d', 1, 'gmx::DensityFittingAmplitudeLookup::DensityFittingAmplitudeLookup(const DensityFittingAmplitudeMethod &method)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1DensityFittingAmplitudeLookup.xhtml', 1, 'gmx::DensityFittingAmplitudeLookup'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1DensityFittingAmplitudeLookup.xhtml#ab390de4a90d3b122cc6d54862bfc158f', 1, 'gmx::DensityFittingAmplitudeLookup::DensityFittingAmplitudeLookup(DensityFittingAmplitudeLookup &&other) noexcept'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['densityfittingamplitudelookup_2ecpp_270', ['densityfittingamplitudelookup.cpp', ['../tests_2densityfittingamplitudelookup_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../densityfittingamplitudelookup_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['densityfittingamplitudelookup_2ecpp_270', ['densityfittingamplitudelookup.cpp', ['../densityfittingamplitudelookup_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2densityfittingamplitudelookup_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['densityfittingamplitudelookup_2eh_271', ['densityfittingamplitudelookup.h', ['../densityfittingamplitudelookup_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['densityfittingamplitudemethod_272', ['DensityFittingAmplitudeMethod', ['../namespacegmx.xhtml#ab0ad78613a262a1d4fcce5d18525099f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['densityfittingforce_273', ['densityfittingforce', ['../classgmx_1_1DensityFittingForce.xhtml#a3eab6d07afa82b211179207e74072ff0', 1, 'gmx::DensityFittingForce::DensityFittingForce(DensityFittingForce &&other) noexcept'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DensityFittingForce.xhtml#a4515397cbc5ab594e8e9066302e02eca', 1, 'gmx::DensityFittingForce::DensityFittingForce(const DensityFittingForce &other)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DensityFittingForce.xhtml#acf7150b3a47e6878c27e70500c221d4a', 1, 'gmx::DensityFittingForce::DensityFittingForce(const GaussianSpreadKernelParameters::Shape &kernelShapeParameters)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DensityFittingForce.xhtml', 1, 'gmx::DensityFittingForce'] │ │ │ │ │ @@ -492,48 +492,48 @@ │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfit_8cpp_03_1_1DensitySimilarityRelativeEntropy.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfit.cpp}::DensitySimilarityRelativeEntropy'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['dependency_20graph_298', ['Module dependency graph', ['../page_modulegraph.xhtml', 1, 'index']]], │ │ │ │ │ ['derivative_299', ['derivative', ['../structgmx_1_1AnalyticalSplineTableInput.xhtml#a5163c472ec0200cd6c48dbe7075fb5f7', 1, 'gmx::AnalyticalSplineTableInput::derivative'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1NumericalSplineTableInput.xhtml#a5a62dd0e8d27284c17e59cd4a6e2f1b5', 1, 'gmx::NumericalSplineTableInput::derivative'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['desc_300', ['desc', ['../structgmx_1_1NumericalSplineTableInput.xhtml#aba3ffc19198b0d92459e38438108c8a7', 1, 'gmx::NumericalSplineTableInput::desc'], │ │ │ │ │ - ['../structt__pargs.xhtml#a6ad8807f446b68a6c8d764ecb394feaa', 1, 't_pargs::desc'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1AnalyticalSplineTableInput.xhtml#ad7e66e1eeabef358ddca2a3a2e61a014', 1, 'gmx::AnalyticalSplineTableInput::desc'], │ │ │ │ │ ['../structt__mapping.xhtml#a54274cff3328fdfdfdbaf6d8ffc5a5f4', 1, 't_mapping::desc'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1AnalyticalSplineTableInput.xhtml#ad7e66e1eeabef358ddca2a3a2e61a014', 1, 'gmx::AnalyticalSplineTableInput::desc'] │ │ │ │ │ + ['../structt__pargs.xhtml#a6ad8807f446b68a6c8d764ecb394feaa', 1, 't_pargs::desc'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['describenegationto_301', ['describenegationto', ['../classgmx_1_1test_1_1RVecMatcher.xhtml#ab02df23c3cd9e32c6254e8ad62748005', 1, 'gmx::test::RVecMatcher::DescribeNegationTo()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1FloatTypeMatcher.xhtml#a8cbd9361625afc3b74009bbcb416fbb4', 1, 'gmx::test::FloatTypeMatcher::DescribeNegationTo()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1FloatTypeMatcher.xhtml#a8cbd9361625afc3b74009bbcb416fbb4', 1, 'gmx::test::FloatTypeMatcher::DescribeNegationTo(::std::ostream *os) const override'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['describeto_302', ['describeto', ['../classgmx_1_1test_1_1RVecMatcher.xhtml#ac3354c999725b25550a018becd653f1b', 1, 'gmx::test::RVecMatcher::DescribeTo()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1FloatTypeMatcher.xhtml#aa882969bb93bebe25b7c701c0a947e26', 1, 'gmx::test::FloatTypeMatcher::DescribeTo()'] │ │ │ │ │ + ['describeto_302', ['describeto', ['../classgmx_1_1test_1_1FloatTypeMatcher.xhtml#aa882969bb93bebe25b7c701c0a947e26', 1, 'gmx::test::FloatTypeMatcher::DescribeTo()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1RVecMatcher.xhtml#ac3354c999725b25550a018becd653f1b', 1, 'gmx::test::RVecMatcher::DescribeTo()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['description_303', ['description', ['../structgmx_1_1anonymous__namespace_02gpu__3dfft__sycl__rocfft_8cpp_03_1_1RocfftPlan.xhtml#a2ce7c036a12aa1982e980ae1e12c64e2', 1, 'gmx::anonymous_namespace{gpu_3dfft_sycl_rocfft.cpp}::RocfftPlan::description'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#a08320dd95f482581101dcf84bcef3ebe', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage::description()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml#a93759b48e9bcea7a890ae6f2bf850ff5', 1, 'gmx::OptionTemplate::description()'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1SelectionOptionManager_1_1Impl_1_1SelectionRequest.xhtml#a6777db2e9afb678f3ff6ac689de39250', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::Impl::SelectionRequest::description()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1TestDevice.xhtml#af1fb2dc1689e264a1f3966d30d62e8a9', 1, 'gmx::test::TestDevice::description()'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1SelectionOptionManager_1_1Impl_1_1SelectionRequest.xhtml#a6777db2e9afb678f3ff6ac689de39250', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::Impl::SelectionRequest::description()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml#a93759b48e9bcea7a890ae6f2bf850ff5', 1, 'gmx::OptionTemplate::description()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['descriptionwithoptiondetails_304', ['descriptionWithOptionDetails', ['../group__module__commandline.xhtml#gafaaf978f9092c4e61c8413eb51388ced', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['deserialize_305', ['deserialize', ['../classgmx_1_1ReadCheckpointDataHolder.xhtml#a573409925bc2f6892828dc2d554f880f', 1, 'gmx::ReadCheckpointDataHolder']]], │ │ │ │ │ - ['deserializedeviceinformations_306', ['deserializedeviceinformations', ['../device__management_8h.xhtml#ac3e3321880ed36de04c55efebb5fcbef', 1, 'deserializeDeviceInformations(gmx::ISerializer *serializer): device_management_common.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../device__management__common_8cpp.xhtml#ac3e3321880ed36de04c55efebb5fcbef', 1, 'deserializeDeviceInformations(gmx::ISerializer *serializer): device_management_common.cpp'] │ │ │ │ │ + ['deserializedeviceinformations_306', ['deserializedeviceinformations', ['../device__management__common_8cpp.xhtml#ac3e3321880ed36de04c55efebb5fcbef', 1, 'deserializeDeviceInformations(gmx::ISerializer *serializer): device_management_common.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../device__management_8h.xhtml#ac3e3321880ed36de04c55efebb5fcbef', 1, 'deserializeDeviceInformations(gmx::ISerializer *serializer): device_management_common.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['deserializefepstatevalue_307', ['deserializefepstatevalue', ['../namespaceanonymous__namespace_02atoms_8cpp_03.xhtml#a6bab98176abca317035cb40cf361903e', 1, 'anonymous_namespace{atoms.cpp}::deserializeFEPStateValue(gmx::ISerializer *serializer, FEPStateValue< NameHolder > *value, const StringTable &table)'], │ │ │ │ │ ['../namespaceanonymous__namespace_02atoms_8cpp_03.xhtml#a59732844e878078ee4146a748ab22ce4', 1, 'anonymous_namespace{atoms.cpp}::deserializeFEPStateValue(gmx::ISerializer *serializer, FEPStateValue< T > *value)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['deserializekeyvaluetree_308', ['deserializeKeyValueTree', ['../group__module__utility.xhtml#ga2fb8e5a4a76a06a352f73bf5b3dc4613', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['deserializemrcdensitymapheader_309', ['deserializeMrcDensityMapHeader', ['../namespacegmx.xhtml#af217931e090e4e83f4b82e75d6c1a6e9', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['design_310', ['design', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md45', 1, 'Modular simulator design'], │ │ │ │ │ ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md46', 1, 'Notes about the modular simulator checkpointing design'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['design_20of_20the_20awh_20module_311', ['Design of the AWH module', ['../page_awh.xhtml#autotoc_md1', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['design_20of_20the_20gromacs_20simd_20module_312', ['Design of the GROMACS SIMD module', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md57', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['destinations_313', ['destinations', ['../structgmx__repl__ex.xhtml#aefaa81351b3b7c2c0f4bde100077b8bc', 1, 'gmx_repl_ex']]], │ │ │ │ │ - ['destroyparamlookuptable_314', ['destroyparamlookuptable', ['../devicebuffer__ocl_8h.xhtml#a008d8a7fc47c0b7d231d7b7ca91e928f', 1, 'destroyParamLookupTable(DeviceBuffer< ValueType > *deviceBuffer, const DeviceTexture &): devicebuffer_ocl.h'], │ │ │ │ │ - ['../devicebuffer__sycl_8h.xhtml#a6845da322375b65f6c5402b4cccf17dd', 1, 'destroyParamLookupTable(DeviceBuffer< ValueType > *deviceBuffer, DeviceTexture *): devicebuffer_sycl.h'] │ │ │ │ │ + ['destroyparamlookuptable_314', ['destroyparamlookuptable', ['../devicebuffer__sycl_8h.xhtml#a6845da322375b65f6c5402b4cccf17dd', 1, 'destroyParamLookupTable(DeviceBuffer< ValueType > *deviceBuffer, DeviceTexture *): devicebuffer_sycl.h'], │ │ │ │ │ + ['../devicebuffer__ocl_8h.xhtml#a008d8a7fc47c0b7d231d7b7ca91e928f', 1, 'destroyParamLookupTable(DeviceBuffer< ValueType > *deviceBuffer, const DeviceTexture &): devicebuffer_ocl.h'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['details_315', ['details', ['../page_usinglibrary.xhtml#autotoc_md104', 1, 'CMake <tt>find_package(GROMACS)</tt> details'], │ │ │ │ │ ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md43', 1, 'Implementation details'], │ │ │ │ │ ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md20', 1, 'Signaller and element details'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['detect_316', ['detect', ['../classgmx_1_1HardwareTopology.xhtml#a8da17cbedfcbc71ca857ff58cdafd4df', 1, 'gmx::HardwareTopology::detect()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#ab39e3eb5227a07cf048b337c47f77c97', 1, 'gmx::CpuInfo::detect()'] │ │ │ │ │ @@ -566,16 +566,16 @@ │ │ │ │ │ ['device_5fcontext_2eh_342', ['device_context.h', ['../device__context_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fcontext_5focl_2ecpp_343', ['device_context_ocl.cpp', ['../device__context__ocl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fcontext_5fsycl_2ecpp_344', ['device_context_sycl.cpp', ['../device__context__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fevent_2eh_345', ['device_event.h', ['../device__event_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fevent_5focl_2eh_346', ['device_event_ocl.h', ['../device__event__ocl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fevent_5fsycl_2eh_347', ['device_event_sycl.h', ['../device__event__sycl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5finformation_2eh_348', ['device_information.h', ['../device__information_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['device_5fmanagement_2ecpp_349', ['device_management.cpp', ['../device__management_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2device__management_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['device_5fmanagement_2ecpp_349', ['device_management.cpp', ['../tests_2device__management_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../device__management_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['device_5fmanagement_2eh_350', ['device_management.h', ['../device__management_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5fcommon_2ecpp_351', ['device_management_common.cpp', ['../device__management__common_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5focl_2ecpp_352', ['device_management_ocl.cpp', ['../device__management__ocl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5fsycl_2ecpp_353', ['device_management_sycl.cpp', ['../device__management__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5fsycl_5fintel_5fdevice_5fids_2ecpp_354', ['device_management_sycl_intel_device_ids.cpp', ['../device__management__sycl__intel__device__ids_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5fsycl_5fintel_5fdevice_5fids_2eh_355', ['device_management_sycl_intel_device_ids.h', ['../device__management__sycl__intel__device__ids_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -598,47 +598,47 @@ │ │ │ │ │ ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#a2cfc9ed1971e758d743666d0927298a4', 1, 'PmeGpuSpecific::deviceContext_'], │ │ │ │ │ ['../structPmeGpuProgramImpl.xhtml#a66a06da4b90e1190c0655dcca3a17601', 1, 'PmeGpuProgramImpl::deviceContext_'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['devicedetectionresult_370', ['DeviceDetectionResult', ['../structgmx_1_1DeviceDetectionResult.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['devicedetectionwarnings_5f_371', ['deviceDetectionWarnings_', ['../structgmx_1_1DeviceDetectionResult.xhtml#a3fd6f9092f6ee7dc883486122ec291ff', 1, 'gmx::DeviceDetectionResult']]], │ │ │ │ │ ['deviceid_372', ['deviceId', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Device.xhtml#ae55290832a54a102c9817da6d278c499', 1, 'gmx::HardwareTopology::Device']]], │ │ │ │ │ ['deviceid_5f_373', ['deviceId_', ['../structgmx_1_1GpuTaskMapping.xhtml#a6698a58bd0f0fab98684b98650fd250d', 1, 'gmx::GpuTaskMapping']]], │ │ │ │ │ - ['deviceidiscompatible_374', ['deviceidiscompatible', ['../device__management__common_8cpp.xhtml#a1f2e8f81e5eede997aecb392dfbfbe94', 1, 'deviceIdIsCompatible(gmx::ArrayRef< const std::unique_ptr< DeviceInformation > > deviceInfoList, const int deviceId): device_management_common.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../device__management_8h.xhtml#a18842fc46a07885afa6447974760fb74', 1, 'deviceIdIsCompatible(gmx::ArrayRef< const std::unique_ptr< DeviceInformation > > deviceInfoList, int deviceId): device_management_common.cpp'] │ │ │ │ │ + ['deviceidiscompatible_374', ['deviceidiscompatible', ['../device__management_8h.xhtml#a18842fc46a07885afa6447974760fb74', 1, 'deviceIdIsCompatible(gmx::ArrayRef< const std::unique_ptr< DeviceInformation > > deviceInfoList, int deviceId): device_management_common.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../device__management__common_8cpp.xhtml#a1f2e8f81e5eede997aecb392dfbfbe94', 1, 'deviceIdIsCompatible(gmx::ArrayRef< const std::unique_ptr< DeviceInformation > > deviceInfoList, const int deviceId): device_management_common.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['deviceidsassigned_375', ['deviceIdsAssigned', ['../classgmx_1_1GpuTaskAssignments.xhtml#a182dcb4cc1793357f701cd74bcd05123', 1, 'gmx::GpuTaskAssignments']]], │ │ │ │ │ ['deviceinfo_376', ['deviceinfo', ['../classgmx_1_1DeviceStreamManager.xhtml#a21700ae423b68176d4a0646800c34d05', 1, 'gmx::DeviceStreamManager::deviceInfo()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1TestDevice.xhtml#ad96628ae2830b0e68cdc64eb4ab332ce', 1, 'gmx::test::TestDevice::deviceInfo()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['deviceinfolist_5f_377', ['deviceInfoList_', ['../structgmx_1_1DeviceDetectionResult.xhtml#a70ea01a606765254475f43b92a678218', 1, 'gmx::DeviceDetectionResult']]], │ │ │ │ │ ['deviceinformation_378', ['DeviceInformation', ['../structDeviceInformation.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['devicenottargeted_379', ['DeviceNotTargeted', ['../device__information_8h.xhtml#a0b85af2bfbb9599409b639e98717c888ae0a8f15beccf0777dc0db7d1596b1e02', 1, 'device_information.h']]], │ │ │ │ │ ['devices_380', ['devices', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Machine.xhtml#a2e5f16d9ac9b2a7e020450a8bbde0c67', 1, 'gmx::HardwareTopology::Machine']]], │ │ │ │ │ ['devicesselectedbyuser_381', ['devicesSelectedByUser', ['../structgmx__hw__opt__t.xhtml#afcd054472cdb483614394e44d8526ac2', 1, 'gmx_hw_opt_t']]], │ │ │ │ │ ['devicestatus_382', ['DeviceStatus', ['../device__information_8h.xhtml#a0b85af2bfbb9599409b639e98717c888', 1, 'device_information.h']]], │ │ │ │ │ - ['devicestream_383', ['devicestream', ['../classDeviceStream.xhtml', 1, 'DeviceStream'], │ │ │ │ │ + ['devicestream_383', ['devicestream', ['../classgmx_1_1test_1_1TestDevice.xhtml#afa7d5d2194cded2f8d2717fe85eb47de', 1, 'gmx::test::TestDevice::deviceStream()'], │ │ │ │ │ ['../classDeviceStream.xhtml#acec1cd32716673fce69738e57e3b4ccb', 1, 'DeviceStream::DeviceStream()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1TestDevice.xhtml#afa7d5d2194cded2f8d2717fe85eb47de', 1, 'gmx::test::TestDevice::deviceStream()'] │ │ │ │ │ + ['../classDeviceStream.xhtml', 1, 'DeviceStream'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['devicestreammanager_384', ['devicestreammanager', ['../classgmx_1_1DeviceStreamManager.xhtml#af4af89575a6d318fe0d107f74df07122', 1, 'gmx::DeviceStreamManager::DeviceStreamManager()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DeviceStreamManager.xhtml', 1, 'gmx::DeviceStreamManager'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['devicestreammanagertest_385', ['DeviceStreamManagerTest', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02device__stream__manager_8cpp_03_1_1DeviceStreamManagerTest.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{device_stream_manager.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['devicestreampriority_386', ['DeviceStreamPriority', ['../device__stream_8h.xhtml#a745c3a25d092600ae45b68d7e73d8319', 1, 'device_stream.h']]], │ │ │ │ │ ['devicestreams_387', ['deviceStreams', ['../structNbnxmGpu.xhtml#ad744a8ed17f666335812b98b2dd6091d', 1, 'NbnxmGpu']]], │ │ │ │ │ ['devicestreamtype_388', ['DeviceStreamType', ['../namespacegmx.xhtml#a90e1f148d98685136b343e0a20d3c2e5', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['devicetexture_389', ['devicetexture', ['../gputraits__sycl_8h.xhtml#a960fcf6fb2fa8586385940071cfaa2fa', 1, 'DeviceTexture: gputraits_sycl.h'], │ │ │ │ │ - ['../devicebuffer__ocl_8h.xhtml#a960fcf6fb2fa8586385940071cfaa2fa', 1, 'DeviceTexture: devicebuffer_ocl.h'] │ │ │ │ │ + ['devicetexture_389', ['devicetexture', ['../devicebuffer__ocl_8h.xhtml#a960fcf6fb2fa8586385940071cfaa2fa', 1, 'DeviceTexture: devicebuffer_ocl.h'], │ │ │ │ │ + ['../gputraits__sycl_8h.xhtml#a960fcf6fb2fa8586385940071cfaa2fa', 1, 'DeviceTexture: gputraits_sycl.h'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['devicetransfers_2ecpp_390', ['devicetransfers.cpp', ['../devicetransfers_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['devicetransfers_2eh_391', ['devicetransfers.h', ['../devicetransfers_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['devicetransfers_5focl_2ecpp_392', ['devicetransfers_ocl.cpp', ['../devicetransfers__ocl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['devicetransfers_5fsycl_2ecpp_393', ['devicetransfers_sycl.cpp', ['../devicetransfers__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['devicevendor_394', ['devicevendor', ['../device__information_8h.xhtml#a5514710e3c78d4816da9e8d2e3cd508c', 1, 'DeviceVendor: device_information.h'], │ │ │ │ │ - ['../structDeviceInformation.xhtml#af4bb0f772e111410d33b2d1a72b3743f', 1, 'DeviceInformation::deviceVendor'] │ │ │ │ │ + ['devicevendor_394', ['devicevendor', ['../structDeviceInformation.xhtml#af4bb0f772e111410d33b2d1a72b3743f', 1, 'DeviceInformation::deviceVendor'], │ │ │ │ │ + ['../device__information_8h.xhtml#a5514710e3c78d4816da9e8d2e3cd508c', 1, 'DeviceVendor: device_information.h'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['df_5fhistory_5ft_395', ['df_history_t', ['../structdf__history__t.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['dfhist_396', ['dfhist', ['../classt__state.xhtml#a633fea391482c8de4656566cebc251d8', 1, 't_state']]], │ │ │ │ │ ['dfhistorycheckpointversion_397', ['DFHistoryCheckpointVersion', ['../namespaceanonymous__namespace_02state_8cpp_03.xhtml#ad907cd999a1c8a40aae08a0ed7bd6e6d', 1, 'anonymous_namespace{state.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['dg2_5fg10_5fa0_398', ['DG2_G10_A0', ['../device__management__sycl__intel__device__ids_8cpp.xhtml#a2cbf4ef8d324a75842da95cf157ad662a18e5a83ee4a8ff824e5eeb2926001289', 1, 'device_management_sycl_intel_device_ids.cpp']]], │ │ │ │ │ ['dg2_5fg10_5fa1_399', ['DG2_G10_A1', ['../device__management__sycl__intel__device__ids_8cpp.xhtml#a2cbf4ef8d324a75842da95cf157ad662a8e63387e3d5f2f0e89ca8e17e7322a13', 1, 'device_management_sycl_intel_device_ids.cpp']]], │ │ │ │ │ ['dg2_5fg11_5fb0_400', ['DG2_G11_B0', ['../device__management__sycl__intel__device__ids_8cpp.xhtml#a2cbf4ef8d324a75842da95cf157ad662ae09fd3b617353bdf43dbce8ad65f8c03', 1, 'device_management_sycl_intel_device_ids.cpp']]], │ │ │ │ │ @@ -647,37 +647,37 @@ │ │ │ │ │ ['dhbten_403', ['dhbtEN', ['../energyoutput_8h.xhtml#a394b3903fbf00ba2b6243f60689a5a5fa28cb7eec2509e9cc44115ff9ffc53dba', 1, 'energyoutput.h']]], │ │ │ │ │ ['dhbtexpanded_404', ['dhbtEXPANDED', ['../energyoutput_8h.xhtml#a394b3903fbf00ba2b6243f60689a5a5faa51b9318bdfc6027223e5cb77711824c', 1, 'energyoutput.h']]], │ │ │ │ │ ['dhbtnr_405', ['dhbtNR', ['../energyoutput_8h.xhtml#a394b3903fbf00ba2b6243f60689a5a5fab0f151c2996a68b552ac15bdaa8a8058', 1, 'energyoutput.h']]], │ │ │ │ │ ['dhbtpv_406', ['dhbtPV', ['../energyoutput_8h.xhtml#a394b3903fbf00ba2b6243f60689a5a5faf5b4abfa0e08cd2f65d3b62b46137e57', 1, 'energyoutput.h']]], │ │ │ │ │ ['dhdlambda_407', ['dhdlambda', ['../structanonymous__namespace_02lincs_8cpp_03_1_1Task.xhtml#a848a88c89203306196dc760f55273a4a', 1, 'anonymous_namespace{lincs.cpp}::Task']]], │ │ │ │ │ ['dhdlderivativecalculation_408', ['DhDlDerivativeCalculation', ['../md__enums_8h.xhtml#ac22e7b086f4d255a1887ff2c3bfe0239', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ │ ['dhh_409', ['dHH', ['../structSettleWaterTopology.xhtml#a29b9c0744ef6727ab5cc9ca38fb33f81', 1, 'SettleWaterTopology']]], │ │ │ │ │ - ['diagonal_410', ['diagonal', ['../namespacegmx.xhtml#aa9e3f7f78027230bbd448acd70c6efcd', 1, 'gmx::diagonal()'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02parrinellorahman_8cpp_03.xhtml#a776ec8348aff2ffd8b62d32d6c54bbeaa9ac677ee4eec25d9e59707a661d2c5e1', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{parrinellorahman.cpp}::Diagonal'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga5c5a9708579f420d64688aaea88c2885a9ac677ee4eec25d9e59707a661d2c5e1', 1, 'gmx::Diagonal'] │ │ │ │ │ + ['diagonal_410', ['diagonal', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02parrinellorahman_8cpp_03.xhtml#a776ec8348aff2ffd8b62d32d6c54bbeaa9ac677ee4eec25d9e59707a661d2c5e1', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{parrinellorahman.cpp}::Diagonal'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga5c5a9708579f420d64688aaea88c2885a9ac677ee4eec25d9e59707a661d2c5e1', 1, 'gmx::Diagonal'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#aa9e3f7f78027230bbd448acd70c6efcd', 1, 'gmx::diagonal(const BasicMatrix3x3< ElementType > &m)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['diagonal_5f2xnn_5fj_5fminus_5fi_411', ['diagonal_2xnn_j_minus_i', ['../structnbnxn__atomdata__t_1_1SimdMasks.xhtml#a8f0d9761d672a03af589a581cc0ceb36', 1, 'nbnxn_atomdata_t::SimdMasks']]], │ │ │ │ │ ['diagonal_5f4xn_5fj_5fminus_5fi_412', ['diagonal_4xn_j_minus_i', ['../structnbnxn__atomdata__t_1_1SimdMasks.xhtml#a2c74c80638913db2741959a98eb58922', 1, 'nbnxn_atomdata_t::SimdMasks']]], │ │ │ │ │ ['diagonalize_5forires_5ftensors_413', ['diagonalize_orires_tensors', ['../orires_8h.xhtml#abc65ee6ebe3564f33fe99c2fdad0e2e8', 1, 'orires.cpp']]], │ │ │ │ │ ['diagonalmasker_414', ['DiagonalMasker', ['../classgmx_1_1DiagonalMasker.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['diagonalmasker_3c_20nr_2c_20kernellayout_2c_20kernellayoutclusterratio_3a_3ajsizeequalsisize_20_3e_415', ['DiagonalMasker< nR, kernelLayout, KernelLayoutClusterRatio::JSizeEqualsISize >', ['../classgmx_1_1DiagonalMasker_3_01nR_00_01kernelLayout_00_01KernelLayoutClusterRatio_1_1JSizeEqualsISize_01_4.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['diagonalmasker_3c_20nr_2c_20kernellayout_2c_20kernellayoutclusterratio_3a_3ajsizeisdoubleisize_20_3e_416', ['DiagonalMasker< nR, kernelLayout, KernelLayoutClusterRatio::JSizeIsDoubleISize >', ['../classgmx_1_1DiagonalMasker_3_01nR_00_01kernelLayout_00_01KernelLayoutClusterRatio_1_1JSizeIsDoubleISize_01_4.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['diagonalmasker_3c_20nr_2c_20kernellayout_2c_20kernellayoutclusterratio_3a_3ajsizeishalfisize_20_3e_417', ['DiagonalMasker< nR, kernelLayout, KernelLayoutClusterRatio::JSizeIsHalfISize >', ['../classgmx_1_1DiagonalMasker_3_01nR_00_01kernelLayout_00_01KernelLayoutClusterRatio_1_1JSizeIsHalfISize_01_4.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['diagonalmatrix_418', ['diagonalMatrix', ['../namespacegmx.xhtml#a3f41d15665fe05ad3742c644d6fa5374', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['diagonalpairlist_419', ['diagonalPairlist', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02exclusions_8cpp_03.xhtml#a4b30520f12482698c8c9aabbed335312', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{exclusions.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['diagrams_420', ['Sequence diagrams', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md15', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['didoutput_421', ['didOutput', ['../classgmx_1_1TextTableFormatter.xhtml#a59ca86a65680755b9a222df87f8d7ce4', 1, 'gmx::TextTableFormatter']]], │ │ │ │ │ - ['didpairlisth2d_422', ['didpairlisth2d', ['../structNbnxm_1_1GpuTimers_1_1Interaction.xhtml#ab13a10ff790d7eafd2dfec156df1b324', 1, 'Nbnxm::GpuTimers::Interaction::didPairlistH2D'], │ │ │ │ │ - ['../structNbnxmGpu.xhtml#a5af467500177df026afeb19f1a1a53be', 1, 'NbnxmGpu::didPairlistH2D'] │ │ │ │ │ + ['didpairlisth2d_422', ['didpairlisth2d', ['../structNbnxmGpu.xhtml#a5af467500177df026afeb19f1a1a53be', 1, 'NbnxmGpu::didPairlistH2D'], │ │ │ │ │ + ['../structNbnxm_1_1GpuTimers_1_1Interaction.xhtml#ab13a10ff790d7eafd2dfec156df1b324', 1, 'Nbnxm::GpuTimers::Interaction::didPairlistH2D'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['didprune_423', ['didprune', ['../structNbnxm_1_1GpuTimers_1_1Interaction.xhtml#a25fd89d258010621ddf2df1bba33194c', 1, 'Nbnxm::GpuTimers::Interaction::didPrune'], │ │ │ │ │ - ['../structNbnxmGpu.xhtml#a3a6efc6decf53a5ba00cb4fc647fc94c', 1, 'NbnxmGpu::didPrune'] │ │ │ │ │ + ['didprune_423', ['didprune', ['../structNbnxmGpu.xhtml#a3a6efc6decf53a5ba00cb4fc647fc94c', 1, 'NbnxmGpu::didPrune'], │ │ │ │ │ + ['../structNbnxm_1_1GpuTimers_1_1Interaction.xhtml#a25fd89d258010621ddf2df1bba33194c', 1, 'Nbnxm::GpuTimers::Interaction::didPrune'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['didrollingprune_424', ['didrollingprune', ['../structNbnxm_1_1GpuTimers_1_1Interaction.xhtml#a3472e57d1d49f96599f56dd5d88013b0', 1, 'Nbnxm::GpuTimers::Interaction::didRollingPrune'], │ │ │ │ │ - ['../structNbnxmGpu.xhtml#a6dc82dd999b44abcb26b7945129d12d5', 1, 'NbnxmGpu::didRollingPrune'] │ │ │ │ │ + ['didrollingprune_424', ['didrollingprune', ['../structNbnxmGpu.xhtml#a6dc82dd999b44abcb26b7945129d12d5', 1, 'NbnxmGpu::didRollingPrune'], │ │ │ │ │ + ['../structNbnxm_1_1GpuTimers_1_1Interaction.xhtml#a3472e57d1d49f96599f56dd5d88013b0', 1, 'Nbnxm::GpuTimers::Interaction::didRollingPrune'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['difference_5ftype_425', ['difference_type', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a64142278cc045a381bb1b1dfedfa73d5', 1, 'gmx::basic_mdspan::difference_type'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#aa63e91ba0deaea694f85e59d12b1468e', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::difference_type'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#aa3f867aedb5b7ca9e328d2d67dcc1572', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::difference_type'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#a8895b8b6139fe648d37ea4e7e6bab050', 1, 'gmx::ArrayRef::difference_type'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['diffusioncoefficient_426', ['diffusioncoefficient', ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MoleculeData.xhtml#a204cee06965a9ed5eaf5d2922fcdc52b', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}::MoleculeData::diffusionCoefficient'], │ │ │ │ │ @@ -906,41 +906,41 @@ │ │ │ │ │ ['domdecspecialcasestestparameters_582', ['DomDecSpecialCasesTestParameters', ['../namespaceanonymous__namespace_02domain__decomposition_8cpp_03.xhtml#ad6458dbf4c993aa0d73d1dd8d4b9f70f', 1, 'anonymous_namespace{domain_decomposition.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['domdrun_583', ['doMdrun', ['../classgmx_1_1test_1_1PeriodicActionsTest.xhtml#ab7ba9cd40beb21d4ce4243e2622a4ac0', 1, 'gmx::test::PeriodicActionsTest']]], │ │ │ │ │ ['domembed_584', ['doMembed', ['../classgmx_1_1MembedHolder.xhtml#a1c064399ab9168ab98adbaf2611f0259', 1, 'gmx::MembedHolder']]], │ │ │ │ │ ['domrcdensitymapheader_585', ['doMrcDensityMapHeader', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02mrcserializer_8cpp_03.xhtml#afb90995b12dd1ec23633fb751a0b4fff', 1, 'gmx::anonymous_namespace{mrcserializer.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['done_586', ['done', ['../classgmx_1_1AbstractAverageHistogram.xhtml#a5f0af02380a46894e20e09682ee63443', 1, 'gmx::AbstractAverageHistogram']]], │ │ │ │ │ ['done_5fenxframe_587', ['done_enxframe', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#aba30b242a0aed11e08b4c7f57dbac8e9', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['done_5flincs_588', ['done_lincs', ['../namespacegmx.xhtml#ae909fe116240bc4a5ed3cea1229d79f6', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['done_5fsymtab_589', ['done_symtab', ['../symtab_8cpp.xhtml#ab909195909d6dcccfdd0c94964751286', 1, 'done_symtab(t_symtab *symtab): symtab.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../symtab_8h.xhtml#ab909195909d6dcccfdd0c94964751286', 1, 'done_symtab(t_symtab *symtab): symtab.cpp'] │ │ │ │ │ + ['done_5fsymtab_589', ['done_symtab', ['../symtab_8h.xhtml#ab909195909d6dcccfdd0c94964751286', 1, 'done_symtab(t_symtab *symtab): symtab.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../symtab_8cpp.xhtml#ab909195909d6dcccfdd0c94964751286', 1, 'done_symtab(t_symtab *symtab): symtab.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['done_5ftrxframe_590', ['done_trxframe', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a38e926a71822704ecee2753eec73d8e5', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['doneighborsearch_591', ['doNeighborSearch', ['../classgmx_1_1StepWorkload.xhtml#afccd5279abfd7745e61c1a446f7a26b8', 1, 'gmx::StepWorkload']]], │ │ │ │ │ ['donor_5f_592', ['donor_', ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03_1_1ResInfo.xhtml#aa74b74465cdab77070e3ba2b5d72ac24', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}::ResInfo']]], │ │ │ │ │ ['donorenergy_5f_593', ['donorEnergy_', ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03_1_1ResInfo.xhtml#a95d9f7a7790a17a468d5cbc9ac0682ed', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}::ResInfo']]], │ │ │ │ │ ['donotswap_594', ['DoNotSwap', ['../namespacegmx.xhtml#a9dcfc375435eb5edc0e45544fd43e655a3448d668bf42d8cc9f35c9fe803c3633', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['doopaque_595', ['doOpaque', 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['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#a9d526b6b199ace368ef0bee8c15784cc', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer']]], │ │ │ │ │ ['dosimulationwork_602', ['doSimulationWork', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02observablesreducer_8cpp_03_1_1Subscriber.xhtml#aaa8afdabf81cf6dc7b90eec664bc02b0', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{observablesreducer.cpp}::Subscriber']]], │ │ │ │ │ - ['doskippedupdatesforallpoints_603', ['doskippedupdatesforallpoints', ['../classgmx_1_1BiasState.xhtml#ac082fcce52b440dfa32ef11064ad225e', 1, 'gmx::BiasState::doSkippedUpdatesForAllPoints()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Bias.xhtml#aaee34334a377527804c3aeeab3406a50', 1, 'gmx::Bias::doSkippedUpdatesForAllPoints()'] │ │ │ │ │ + ['doskippedupdatesforallpoints_603', ['doskippedupdatesforallpoints', ['../classgmx_1_1Bias.xhtml#aaee34334a377527804c3aeeab3406a50', 1, 'gmx::Bias::doSkippedUpdatesForAllPoints()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BiasState.xhtml#ac082fcce52b440dfa32ef11064ad225e', 1, 'gmx::BiasState::doSkippedUpdatesForAllPoints(const BiasParams &params)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['doskippedupdatesinneighborhood_604', ['doSkippedUpdatesInNeighborhood', ['../classgmx_1_1BiasState.xhtml#acd35b79b577951639c50399bd67a84e1', 1, 'gmx::BiasState']]], │ │ │ │ │ ['dostring_605', ['doString', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#abb12da363c569960f6c8803f38d36f5b', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer']]], │ │ │ │ │ - ['dot_606', ['dot', ['../namespacegmx.xhtml#a445258e6434a67d7555f760817bd81c0', 1, 'gmx::dot()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#afa05719af34a30136f366a5536b0c2a7', 1, 'gmx::BasicVector::dot()'] │ │ │ │ │ + ['dot_606', ['dot', ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#afa05719af34a30136f366a5536b0c2a7', 1, 'gmx::BasicVector::dot()'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a445258e6434a67d7555f760817bd81c0', 1, 'gmx::dot()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['dotestparticleinsertion_5f_607', ['doTestParticleInsertion_', ['../structNbnxm_1_1GridSet_1_1DomainSetup.xhtml#a7a268b47c38fe73f8f6f99c379316c00', 1, 'Nbnxm::GridSet::DomainSetup']]], │ │ │ │ │ - ['dotproduct_608', ['dotproduct', ['../group__module__simd.xhtml#gac0420b0ba8ce5c0bbdf94d69c67ab563', 1, 'gmx::dotProduct(Simd4Float a, Simd4Float b)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga48eb5014bfc9c6c43e9e21bf8c87ecc4', 1, 'gmx::dotProduct(Simd4Double a, Simd4Double b)'] │ │ │ │ │ + ['dotproduct_608', ['dotproduct', ['../group__module__simd.xhtml#ga48eb5014bfc9c6c43e9e21bf8c87ecc4', 1, 'gmx::dotProduct(Simd4Double a, Simd4Double b)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gac0420b0ba8ce5c0bbdf94d69c67ab563', 1, 'gmx::dotProduct(Simd4Float a, Simd4Float b)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['double_5fprec_609', ['double_prec', ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#add346a15ab9b843b1677cdd96aeefc83', 1, 'CheckpointHeaderContents']]], │ │ │ │ │ ['doubleblocklength_610', ['doubleBlockLength', ['../classgmx_1_1CorrelationBlockData.xhtml#ae321c86ec475fdf0064d79607881b3b5', 1, 'gmx::CorrelationBlockData']]], │ │ │ │ │ ['doubleeq_611', ['DoubleEq', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a31850ebc0f2718da5134382dca912a63', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['doublefromstring_612', ['doubleFromString', ['../group__module__utility.xhtml#gaf035067f7637ae310fe1246ba6c19111', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['doubleoption_613', ['doubleoption', ['../classgmx_1_1DoubleOption.xhtml#a7f8f5370185e452c6a0b5e8e99c6641f', 1, 'gmx::DoubleOption::DoubleOption()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DoubleOption.xhtml', 1, 'gmx::DoubleOption'] │ │ │ │ │ @@ -968,60 +968,60 @@ │ │ │ │ │ ['dsspdata_5f_625', ['dsspData_', ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03_1_1DsspStorageFrame.xhtml#a8399a04649caede9f20a0c8146faf1b1', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}::DsspStorageFrame']]], │ │ │ │ │ ['dsspmoduletestdsspnb_626', ['DsspModuleTestDsspNB', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03_1_1DsspModuleTestDsspNB.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{dssp.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['dsspmoduletestdsspnonb_627', ['DsspModuleTestDsspNoNB', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03_1_1DsspModuleTestDsspNoNB.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{dssp.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['dsspmoduletestgromacsnb_628', ['DsspModuleTestGromacsNB', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03_1_1DsspModuleTestGromacsNB.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{dssp.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['dsspmoduletestgromacsnonb_629', ['DsspModuleTestGromacsNoNB', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03_1_1DsspModuleTestGromacsNoNB.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{dssp.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['dsspstorage_630', ['DsspStorage', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03_1_1DsspStorage.xhtml', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['dsspstorageframe_631', ['DsspStorageFrame', ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03_1_1DsspStorageFrame.xhtml', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}']]], │ │ │ │ │ - ['dt_632', ['dt', ['../structt__UmbrellaWindow.xhtml#ac064764d5dbb0550e6b2e8567bb4de3b', 1, 't_UmbrellaWindow::dt'], │ │ │ │ │ - ['../structanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03_1_1t__edflood.xhtml#a7423f88558649a94f82975208726be33', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}::t_edflood::dt'], │ │ │ │ │ + ['dt_632', ['dt', ['../classgmx_1_1AnalysisDataDisplacementModule_1_1Impl.xhtml#a0b85349df47f8c8d3124856e5e09ddd2', 1, 'gmx::AnalysisDataDisplacementModule::Impl::dt'], │ │ │ │ │ ['../structUmbrellaOptions.xhtml#a42ca5cc7be9c7f922258d701a44fed59', 1, 'UmbrellaOptions::dt'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataDisplacementModule_1_1Impl.xhtml#a0b85349df47f8c8d3124856e5e09ddd2', 1, 'gmx::AnalysisDataDisplacementModule::Impl::dt'] │ │ │ │ │ + ['../structt__UmbrellaWindow.xhtml#ac064764d5dbb0550e6b2e8567bb4de3b', 1, 't_UmbrellaWindow::dt'], │ │ │ │ │ + ['../structanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03_1_1t__edflood.xhtml#a7423f88558649a94f82975208726be33', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}::t_edflood::dt'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['dtensors_633', ['DTensors', ['../structt__oriresdata.xhtml#a4fba669e95d42c39c974af2dd5e170e7', 1, 't_oriresdata']]], │ │ │ │ │ ['dtensorsensembleav_634', ['DTensorsEnsembleAv', ['../structt__oriresdata.xhtml#a051af0ff512dd4233d82e71b36399bba', 1, 't_oriresdata']]], │ │ │ │ │ ['dtensorstimeandensembleav_635', ['DTensorsTimeAndEnsembleAv', ['../structt__oriresdata.xhtml#a40801f401582cbe436fe6b30a01d6aea', 1, 't_oriresdata']]], │ │ │ │ │ ['dtensorstimeaveragedhistory_636', ['DTensorsTimeAveragedHistory', ['../structt__oriresdata.xhtml#a4cdd323eefc04da20fb6a9726830982c', 1, 't_oriresdata']]], │ │ │ │ │ ['dtoler_637', ['dtoler', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02bonded_8cpp_03_1_1iListInput.xhtml#ad91e9ccace64b48ef5d74515d770f4de', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{bonded.cpp}::iListInput']]], │ │ │ │ │ ['dtsample_5f_638', ['dtSample_', ['../classgmx_1_1CorrelationGrid.xhtml#ae2d1a1db7c90ff9b5d6ef325162d7df6', 1, 'gmx::CorrelationGrid']]], │ │ │ │ │ ['dummy_639', ['dummy', ['../structgmx__cache__protect__t.xhtml#a0b75c08cd19480c1994187c4cd59fcf7', 1, 'gmx_cache_protect_t']]], │ │ │ │ │ ['dummyconverterpointer_640', ['DummyConverterPointer', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a045885840f37e8b63d82ff9519d0795e', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['dummymass_641', ['dummyMass', ['../structVirtualSiteConfiguration.xhtml#a86c56dfa2a3ae3d2233025dd0211e6d4', 1, 'VirtualSiteConfiguration']]], │ │ │ │ │ ['dummyselection_5f_642', ['dummySelection_', ['../classgmx_1_1test_1_1ModuleTest.xhtml#a2cfbedd95ba40db846e9f764e1a1bcd7', 1, 'gmx::test::ModuleTest']]], │ │ │ │ │ ['dummytopology_5f_643', ['dummyTopology_', ['../classgmx_1_1test_1_1ModuleTest.xhtml#af0b4bb7693f875571daa0e8ae25156d3', 1, 'gmx::test::ModuleTest']]], │ │ │ │ │ ['dump_644', ['dump', ['../classgmx_1_1ReadCheckpointDataHolder.xhtml#aec87b8d67956c15834da54bd0737623a', 1, 'gmx::ReadCheckpointDataHolder']]], │ │ │ │ │ - ['dump_2ecpp_645', ['dump.cpp', ['../tools_2dump_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['dump_2ecpp_645', ['dump.cpp', ['../tools_2tests_2dump_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../domdec_2dump_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tools_2tests_2dump_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['../tools_2dump_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['dump_2eh_646', ['dump.h', ['../domdec_2dump_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['dump_5fconfs_647', ['dump_confs', ['../namespacegmx.xhtml#a44f3c2f294d726a6ffc41f0303f8a05e', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['dump_5fpbc_648', ['dump_pbc', ['../pbc_8cpp.xhtml#a04742edf90899bcb8f2ece6c28d8c89e', 1, 'pbc.cpp']]], │ │ │ │ │ ['dump_5ftmp_649', ['dump_tmp', ['../autocorr_8cpp.xhtml#a9674f8059c2757e6e40d1842fcaf7b45', 1, 'autocorr.cpp']]], │ │ │ │ │ ['dumpkeyvaluetree_650', ['dumpKeyValueTree', ['../group__module__utility.xhtml#ga58d8eb0b9eaeda93709f534a9387c110', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['duplicatesymtab_651', ['duplicatesymtab', ['../symtab_8h.xhtml#a7a219947903b65355a4a3b5ab00079b4', 1, 'duplicateSymtab(const t_symtab *symtab): symtab.cpp'], │ │ │ │ │ ['../symtab_8cpp.xhtml#a7a219947903b65355a4a3b5ab00079b4', 1, 'duplicateSymtab(const t_symtab *symtab): symtab.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['during_20setup_20and_20simulation_652', ['Callbacks to modules during setup and simulation', ['../page_mdmodules.xhtml#autotoc_md6', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['dv_653', ['dv', ['../structpull__group__work__t.xhtml#ac9c50575cc36ce1b48b9f16de3aafe6e', 1, 'pull_group_work_t']]], │ │ │ │ │ - ['dvdl_654', ['dvdl', ['../classgmx_1_1ThreadForceBuffer.xhtml#a4e705e51155aefd182f2a045219f4225', 1, 'gmx::ThreadForceBuffer::dvdl()'], │ │ │ │ │ - ['../structDispersionCorrection_1_1Correction.xhtml#a4324e5a5c5989def28d750cf36b3841c', 1, 'DispersionCorrection::Correction::dvdl'] │ │ │ │ │ + ['dvdl_654', ['dvdl', ['../structDispersionCorrection_1_1Correction.xhtml#a4324e5a5c5989def28d750cf36b3841c', 1, 'DispersionCorrection::Correction::dvdl'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ThreadForceBuffer.xhtml#a4e705e51155aefd182f2a045219f4225', 1, 'gmx::ThreadForceBuffer::dvdl()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['dvdl_5flin_655', ['dvdl_lin', ['../structgmx__enerdata__t.xhtml#a4910d2820e77119dab2ff7685dfc5662', 1, 'gmx_enerdata_t']]], │ │ │ │ │ ['dvdl_5fnonlin_656', ['dvdl_nonlin', ['../structgmx__enerdata__t.xhtml#ac5a92c8d6ccb9b8090f6ae7969d8f89f', 1, 'gmx_enerdata_t']]], │ │ │ │ │ - ['dvdlambda_657', ['dvdlambda', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pairs_8cpp_03_1_1OutputQuantities.xhtml#a32655be2259ba4f7480178a0583dba4d', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pairs.cpp}::OutputQuantities::dvdLambda'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02nb__free__energy_8cpp_03_1_1OutputQuantities.xhtml#a476b5aecaa03554b62df8121666f67ca', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{nb_free_energy.cpp}::OutputQuantities::dvdLambda'], │ │ │ │ │ + ['dvdlambda_657', ['dvdlambda', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02nb__free__energy_8cpp_03_1_1OutputQuantities.xhtml#a476b5aecaa03554b62df8121666f67ca', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{nb_free_energy.cpp}::OutputQuantities::dvdLambda'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pairs_8cpp_03_1_1OutputQuantities.xhtml#a32655be2259ba4f7480178a0583dba4d', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pairs.cpp}::OutputQuantities::dvdLambda'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02bonded_8cpp_03_1_1OutputQuantities.xhtml#a7f3afe1a5098e8ad64f332942342f965', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{bonded.cpp}::OutputQuantities::dvdlambda'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['dvec_658', ['dvec', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02refdata__tests_8cpp_03.xhtml#a144a175fd4f2ba211fe0a601de35171f', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{refdata_tests.cpp}::dvec'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#af170c8362781745386ddba8d2e57f48e', 1, 'gmx::DVec'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['dx_659', ['dx', ['../classgmx_1_1AnalysisNeighborhoodPair.xhtml#aefa53017545652a402bd9e0968b507df', 1, 'gmx::AnalysisNeighborhoodPair::dx()'], │ │ │ │ │ + ['dx_659', ['dx', ['../classgmx_1_1AnalysisDataPointSetRef.xhtml#a3f0e8ec50bdbd80871f9cc2cd4349bfa', 1, 'gmx::AnalysisDataPointSetRef::dx()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisNeighborhoodPair.xhtml#aefa53017545652a402bd9e0968b507df', 1, 'gmx::AnalysisNeighborhoodPair::dx()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a0725c3abcc7ae178eda3407d39aacda1', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::dx()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataPointSetRef.xhtml#a3f0e8ec50bdbd80871f9cc2cd4349bfa', 1, 'gmx::AnalysisDataPointSetRef::dx()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameHeader.xhtml#a065aa01eeeab9ba850f8259f7412f6ca', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameHeader::dx()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInputFrame.xhtml#ae8587c11f3d50bf34a91d56cedc18f91', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInputFrame::dx()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['dxdf_660', ['dxdf', ['../structgmx_1_1VsiteThread.xhtml#a7863cbdd28bb823cb22b35ab5e9efdcd', 1, 'gmx::VsiteThread']]], │ │ │ │ │ ['dy_661', ['dy', ['../classgmx_1_1AnalysisDataPointSetRef.xhtml#a8e86a3e5096f9386779898f1cee84ab0', 1, 'gmx::AnalysisDataPointSetRef::dy()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a6646724080a7ccbe85d52eafdfbc23bf', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::dy()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_8.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -336,16 +336,16 @@ │ │ │ │ │ ['energycomparison_197', ['energycomparison', ['../classgmx_1_1test_1_1EnergyComparison.xhtml#aafb2df8ef9a36c6a3cffc8ac57cf2645', 1, 'gmx::test::EnergyComparison::EnergyComparison()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1EnergyComparison.xhtml', 1, 'gmx::test::EnergyComparison'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['energycomparison_2ecpp_198', ['energycomparison.cpp', ['../energycomparison_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['energycomparison_2eh_199', ['energycomparison.h', ['../energycomparison_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['energycomparison_5f_200', ['energyComparison_', ['../classgmx_1_1test_1_1PeriodicActionsTest.xhtml#accffb92e7241f0a2b319173bcc6e239a', 1, 'gmx::test::PeriodicActionsTest']]], │ │ │ │ │ ['energycontribution_201', ['EnergyContribution', ['../namespacegmx.xhtml#a41036212ab3b994374d2c2f02772427c', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['energydata_202', ['energydata', ['../classgmx_1_1EnergyData.xhtml#a15119585f028d3e0501e51fd4ab690b2', 1, 'gmx::EnergyData::EnergyData()'], │ │ │ │ │ - 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│ │ │ + ['../classgmx_1_1CommandLineHelpContext.xhtml#a9ffd24ceaee0b5decf4fe33763e69e43', 1, 'gmx::CommandLineHelpContext::enterSubSection()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['entertopic_264', ['entertopic', ['../classgmx_1_1HelpManager.xhtml#ab14885e253576b3d64dde3349ef7f785', 1, 'gmx::HelpManager::enterTopic(const std::string &name)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1HelpManager.xhtml#aa3a734e575457838c596a1261f514138', 1, 'gmx::HelpManager::enterTopic(const char *name)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['entropy_2ecpp_265', ['entropy.cpp', ['../entropy_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['entry_266', ['entry', ['../structgmx__ga2la__t_1_1Entry.xhtml', 1, 'gmx_ga2la_t::Entry'], │ │ │ │ │ ['../structAtomProperty.xhtml#a1ff74a038ac43221561bf7bd454a583a', 1, 'AtomProperty::entry'] │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_9.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -1,35 +1,35 @@ │ │ │ │ │ var searchData = [ │ │ │ │ │ - ['f_0', ['f', 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'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['fepstatevalue_32', ['fepstatevalue', ['../structFEPStateValue.xhtml#a638b5206f78383252ae56f4a257fb922', 1, 'FEPStateValue::FEPStateValue()=default'], │ │ │ │ │ - ['../structFEPStateValue.xhtml#ae45c0dca25a0b1b48a68c10767d59483', 1, 'FEPStateValue::FEPStateValue(T value)'], │ │ │ │ │ + ['fepstatevalue_32', ['fepstatevalue', ['../structFEPStateValue.xhtml#a638b5206f78383252ae56f4a257fb922', 1, 'FEPStateValue::FEPStateValue()'], │ │ │ │ │ + ['../structFEPStateValue.xhtml', 1, 'FEPStateValue< T >'], │ │ │ │ │ ['../structFEPStateValue.xhtml#ad203d2ae99649841dd5ecd72f015167a', 1, 'FEPStateValue::FEPStateValue(T valueA, T valueB)'], │ │ │ │ │ - ['../structFEPStateValue.xhtml', 1, 'FEPStateValue< T >'] │ │ │ │ │ + ['../structFEPStateValue.xhtml#ae45c0dca25a0b1b48a68c10767d59483', 1, 'FEPStateValue::FEPStateValue(T value)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['fepstatevalue_3c_20nameholder_20_3e_33', ['FEPStateValue< NameHolder >', ['../structFEPStateValue.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['fepstatevalue_3c_20real_20_3e_34', ['FEPStateValue< real >', ['../structFEPStateValue.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['fepstatevalue_3c_20unsigned_20short_20_3e_35', ['FEPStateValue< unsigned short >', ['../structFEPStateValue.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['fetchnextevent_36', ['fetchnextevent', ['../classGpuRegionTimerImpl.xhtml#ace9b9965e5b0dec64d5d74af36035a63', 1, 'GpuRegionTimerImpl::fetchNextEvent()'], │ │ │ │ │ - ['../classGpuRegionTimerWrapper.xhtml#ae595ce381d09845166643647caf6b539', 1, 'GpuRegionTimerWrapper::fetchNextEvent()'] │ │ │ │ │ + ['fetchnextevent_36', ['fetchnextevent', ['../classGpuRegionTimerWrapper.xhtml#ae595ce381d09845166643647caf6b539', 1, 'GpuRegionTimerWrapper::fetchNextEvent()'], │ │ │ │ │ + ['../classGpuRegionTimerImpl.xhtml#ace9b9965e5b0dec64d5d74af36035a63', 1, 'GpuRegionTimerImpl::fetchNextEvent()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['ffallow_5fmissing_37', ['ffALLOW_MISSING', ['../group__module__commandline.xhtml#gaae8f2f42809cc00c087b4359507abb81', 1, 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'gmx::anonymous_namespace{gpu_3dfft_sycl_rocfft.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['fftsetup_58', ['fftSetup', ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#aad82d2b99a94ed427226076d786a5886', 1, 'PmeGpuSpecific']]], │ │ │ │ │ ['ffwrite_59', ['ffWRITE', ['../group__module__commandline.xhtml#ga7631b25f5be9959c84dd7acc96bc04dd', 1, 'filenm.h']]], │ │ │ │ │ ['ffwrmult_60', ['ffWRMULT', ['../group__module__commandline.xhtml#ga0a9ba9e80fcdc4a36537189bf0b2e092', 1, 'filenm.h']]], │ │ │ │ │ ['fgets2_61', ['fgets2', ['../cstringutil_8h.xhtml#a1fcfed3fad308bcf16440a6712bf3bb6', 1, 'cstringutil.cpp']]], │ │ │ │ │ ['fgets3_62', ['fgets3', ['../gmx__wham_8cpp.xhtml#ac2c0038d4b482362a1568f5b08767b6b', 1, 'gmx_wham.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['file_63', ['file', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a5b76a571a22b4c47f7dab283e6674154a0b27918290ff5323bea1e3b78a9cf04e', 1, 'gmx::test::File'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1ThrowLocation.xhtml#a8346a1ead40423ed29d2f2786ad80a80', 1, 'gmx::ThrowLocation::file'] │ │ │ │ │ + ['file_63', ['file', ['../structgmx_1_1ThrowLocation.xhtml#a8346a1ead40423ed29d2f2786ad80a80', 1, 'gmx::ThrowLocation::file'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a5b76a571a22b4c47f7dab283e6674154a0b27918290ff5323bea1e3b78a9cf04e', 1, 'gmx::test::File'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['file_20organization_64', ['File organization', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md58', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['file_5f_65', ['file_', ['../classgmx_1_1HelpWriterContext_1_1Impl_1_1SharedState.xhtml#ac3ef14a847add39489a2807ec25a4706', 1, 'gmx::HelpWriterContext::Impl::SharedState']]], │ │ │ │ │ ['file_5fversion_66', ['file_version', ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#aa30be23ce197759be9ace7e076d116bf', 1, 'CheckpointHeaderContents']]], │ │ │ │ │ ['filebase_67', ['filebase', ['../structPreprocessResidue.xhtml#ae814d77fe9dc87042f21aacc06cadbcf', 1, 'PreprocessResidue::filebase'], │ │ │ │ │ ['../structMoleculePatchDatabase.xhtml#ae19967539edd91c420f87eb820136971', 1, 'MoleculePatchDatabase::filebase'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['fileexists_68', ['fileexists', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02fileredirector_8cpp_03_1_1DefaultInputRedirector.xhtml#a9f8e883f93e991222d5d6090ea789831', 1, 'gmx::anonymous_namespace{fileredirector.cpp}::DefaultInputRedirector::fileExists()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1TestFileInputRedirector.xhtml#a0e57297bb9ca78465d3d1fab981edc52', 1, 'gmx::test::TestFileInputRedirector::fileExists()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1IFileInputRedirector.xhtml#ada681906817a3597190bc682ebd3dfe0', 1, 'gmx::IFileInputRedirector::fileExists()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1IFileInputRedirector.xhtml#ada681906817a3597190bc682ebd3dfe0', 1, 'gmx::IFileInputRedirector::fileExists()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1TestFileInputRedirector.xhtml#a0e57297bb9ca78465d3d1fab981edc52', 1, 'gmx::test::TestFileInputRedirector::fileExists()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['filegeneration_69', ['fileGeneration', ['../structTpxFileHeader.xhtml#a84a10ca670608eb96c039d20d61e334b', 1, 'TpxFileHeader']]], │ │ │ │ │ ['fileindex_70', ['fileIndex', ['../classgmx_1_1EnergyTerm.xhtml#ab4c81c07ccaef47d2bcf6dcee4b921ac', 1, 'gmx::EnergyTerm']]], │ │ │ │ │ - ['fileioerror_71', ['fileioerror', ['../classgmx_1_1FileIOError.xhtml#a24a714cd22c57b8cb91fa2c5f37fafe9', 1, 'gmx::FileIOError::FileIOError()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FileIOError.xhtml', 1, 'gmx::FileIOError'] │ │ │ │ │ + ['fileioerror_71', ['fileioerror', ['../classgmx_1_1FileIOError.xhtml', 1, 'gmx::FileIOError'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FileIOError.xhtml#a24a714cd22c57b8cb91fa2c5f37fafe9', 1, 'gmx::FileIOError::FileIOError()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['fileioxdrserializer_72', ['fileioxdrserializer', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#a91b67e0ad48c2cb8908fbd70bfcb61ed', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer::FileIOXdrSerializer()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer'] │ │ │ │ │ + ['fileioxdrserializer_72', ['fileioxdrserializer', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#a91b67e0ad48c2cb8908fbd70bfcb61ed', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer::FileIOXdrSerializer()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['fileioxdrserializer_2ecpp_73', ['fileioxdrserializer.cpp', ['../fileioxdrserializer_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['filemanager_74', ['fileManager', ['../classgmx_1_1test_1_1CommandLineTestBase.xhtml#a5899f9f12453f75da2a4af840a1c4b59', 1, 'gmx::test::CommandLineTestBase']]], │ │ │ │ │ - ['filemanager_5f_75', ['filemanager_', ['../classgmx_1_1test_1_1MultiSimTest.xhtml#a00ccab41b824db52825528838326ae91', 1, 'gmx::test::MultiSimTest::fileManager_'], │ │ │ │ │ + ['filemanager_5f_75', ['filemanager_', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTest.xhtml#a6739c595dc4466b69220fdf1dfbe3d71', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTest::fileManager_'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1MdrunTestFixture.xhtml#a2141d1eeae99b891fdd4aabc9de3dccb', 1, 'gmx::test::MdrunTestFixture::fileManager_'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTest.xhtml#a6739c595dc4466b69220fdf1dfbe3d71', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTest::fileManager_'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1MultiSimTest.xhtml#a00ccab41b824db52825528838326ae91', 1, 'gmx::test::MultiSimTest::fileManager_'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['filematcherpointer_76', ['FileMatcherPointer', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a96729fee4a52b37c0ae0784af1e9eaa3', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['filematchers_2ecpp_77', ['filematchers.cpp', ['../filematchers_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['filematchers_2eh_78', ['filematchers.h', ['../filematchers_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['filemd5_2ecpp_79', ['filemd5.cpp', ['../filemd5_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['filename_80', ['filename', 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['../tests_2filenameoption_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../filenameoption_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['filenameoption_2eh_84', ['filenameoption.h', ['../filenameoption_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['filenameoptioninfo_85', ['filenameoptioninfo', ['../classgmx_1_1FileNameOptionInfo.xhtml', 1, 'gmx::FileNameOptionInfo'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FileNameOptionInfo.xhtml#a90b3bff35cc93cf1efeedb70532f9f87', 1, 'gmx::FileNameOptionInfo::FileNameOptionInfo()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['filenameoptionmanager_86', ['FileNameOptionManager', ['../classgmx_1_1FileNameOptionManager.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['filenameoptionmanager_2ecpp_87', ['filenameoptionmanager.cpp', ['../tests_2filenameoptionmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../filenameoptionmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['filenameoptionmanager_2ecpp_87', ['filenameoptionmanager.cpp', ['../filenameoptionmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2filenameoptionmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['filenameoptionmanager_2eh_88', ['filenameoptionmanager.h', ['../filenameoptionmanager_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['filenameoptionstorage_89', ['filenameoptionstorage', ['../classgmx_1_1FileNameOptionStorage.xhtml', 1, 'gmx::FileNameOptionStorage'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FileNameOption.xhtml#a6d331375fa7933f89616320d8eca541a', 1, 'gmx::FileNameOption::FileNameOptionStorage'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FileNameOptionStorage.xhtml#ae371defde227f55e1b6a4753301bcc5d', 1, 'gmx::FileNameOptionStorage::FileNameOptionStorage()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['filenameoptionstorage_2eh_90', ['filenameoptionstorage.h', ['../filenameoptionstorage_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['filenames_91', ['filenames', ['../classgmx_1_1LegacyMdrunOptions.xhtml#ad47992ef4d71e8e86457d08c848086d3', 1, 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'CheckpointHeaderContents']]], │ │ │ │ │ @@ -425,16 +425,16 @@ │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FlagsTemplate.xhtml#afa1c4d9ef7ddb6633638c737436def55', 1, 'gmx::FlagsTemplate::FlagsTemplate()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['flagstemplate_3c_20flag_20_3e_239', ['FlagsTemplate< Flag >', ['../classgmx_1_1FlagsTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['flagstemplate_3c_20optionflag_20_3e_240', ['FlagsTemplate< OptionFlag >', ['../classgmx_1_1FlagsTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['flagstemplate_3c_20selectionflag_20_3e_241', ['FlagsTemplate< SelectionFlag >', ['../classgmx_1_1FlagsTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['flagstemplate_3c_20testflag_20_3e_242', ['FlagsTemplate< TestFlag >', ['../classgmx_1_1FlagsTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['flagtest_243', ['FlagTest', ['../classgmx_1_1test_1_1FlagTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ - ['flexibleconstrainttreatment_244', ['flexibleconstrainttreatment', ['../namespacegmx.xhtml#ad269e22f3416b5eda461e67d28d3e2a7', 1, 'gmx::FlexibleConstraintTreatment'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#afccc61da0126d4d5d626a4c824340911', 1, 'gmx::flexibleConstraintTreatment(bool haveDynamicsIntegrator)'] │ │ │ │ │ + ['flexibleconstrainttreatment_244', ['flexibleconstrainttreatment', ['../namespacegmx.xhtml#afccc61da0126d4d5d626a4c824340911', 1, 'gmx::flexibleConstraintTreatment(bool haveDynamicsIntegrator)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#ad269e22f3416b5eda461e67d28d3e2a7', 1, 'gmx::FlexibleConstraintTreatment'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['flexibleethaneua_245', ['flexibleEthaneUA', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02updategroups_8cpp_03.xhtml#abd64e83868e4cf010738450162f29b92', 1, 'gmx::anonymous_namespace{updategroups.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['float2_246', ['float2', ['../gputraits__ocl_8h.xhtml#a749587288ae48c14770d6e7e7366b8fa', 1, 'Float2: gputraits_ocl.h'], │ │ │ │ │ ['../gputraits__sycl_8h.xhtml#a954bc2a65d404fd6187bae6ae5d16a21', 1, 'Float2: gputraits_sycl.h'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['float3_247', ['float3', ['../gputraits__ocl_8h.xhtml#aa9eb334cd148a36b4290f59c09ff5287', 1, 'Float3: gputraits_ocl.h'], │ │ │ │ │ ['../gputraits__sycl_8h.xhtml#aa9eb334cd148a36b4290f59c09ff5287', 1, 'Float3: gputraits_sycl.h'] │ │ │ │ │ @@ -443,72 +443,72 @@ │ │ │ │ │ ['float4_249', ['float4', ['../gputraits__ocl_8h.xhtml#a5ae56814f37655fa5e77662fad93e937', 1, 'Float4: gputraits_ocl.h'], │ │ │ │ │ ['../gputraits__sycl_8h.xhtml#a5ada0bb63765b0c24aa9bb24d2961b7b', 1, 'Float4: gputraits_sycl.h'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['floateq_250', ['FloatEq', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a4462138316a50981f22521a95a0c0fa8', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['floatfromstring_251', ['floatFromString', ['../group__module__utility.xhtml#gacd75bf727a02cb09d6aeed2d00a791cc', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['floating_20point_20data_252', ['Floating-point data', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md60', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['floating_20point_20values_253', ['Integers corresponding to floating-point values', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md61', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['floatingpointdifference_254', ['floatingpointdifference', ['../classgmx_1_1test_1_1FloatingPointDifference.xhtml#a2f5a9722f4f06dd046ffe1c5d655c348', 1, 'gmx::test::FloatingPointDifference::FloatingPointDifference(double ref, double value)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1FloatingPointDifference.xhtml#adfd406b0260ff46289e325fdd4300840', 1, 'gmx::test::FloatingPointDifference::FloatingPointDifference(float ref, float value)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1FloatingPointDifference.xhtml', 1, 'gmx::test::FloatingPointDifference'] │ │ │ │ │ + ['floatingpointdifference_254', ['floatingpointdifference', ['../classgmx_1_1test_1_1FloatingPointDifference.xhtml#adfd406b0260ff46289e325fdd4300840', 1, 'gmx::test::FloatingPointDifference::FloatingPointDifference()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1FloatingPointDifference.xhtml', 1, 'gmx::test::FloatingPointDifference'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1FloatingPointDifference.xhtml#a2f5a9722f4f06dd046ffe1c5d655c348', 1, 'gmx::test::FloatingPointDifference::FloatingPointDifference()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['floatingpointtobiasedinteger_255', ['floatingPointToBiasedInteger', ['../group__module__testutils.xhtml#gaba1bbfd312d869f520e140c8970cbe04', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testasserts.cpp}']]], │ │ │ │ │ - ['floatingpointtolerance_256', ['floatingpointtolerance', ['../classgmx_1_1test_1_1FloatingPointTolerance.xhtml#aea341924296949e82c2b57cfe5c32839', 1, 'gmx::test::FloatingPointTolerance::FloatingPointTolerance()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1FloatingPointTolerance.xhtml', 1, 'gmx::test::FloatingPointTolerance'] │ │ │ │ │ + ['floatingpointtolerance_256', ['floatingpointtolerance', ['../classgmx_1_1test_1_1FloatingPointTolerance.xhtml', 1, 'gmx::test::FloatingPointTolerance'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1FloatingPointTolerance.xhtml#aea341924296949e82c2b57cfe5c32839', 1, 'gmx::test::FloatingPointTolerance::FloatingPointTolerance()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['floatoption_257', ['floatoption', ['../classgmx_1_1FloatOption.xhtml#aa7ae5a55395c981060274773ebda40b5', 1, 'gmx::FloatOption::FloatOption()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FloatOption.xhtml', 1, 'gmx::FloatOption'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['floatoptioninfo_258', ['floatoptioninfo', ['../classgmx_1_1FloatOptionInfo.xhtml', 1, 'gmx::FloatOptionInfo'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FloatOptionInfo.xhtml#a56d27f92c0cffbd7b148ad626581bc4a', 1, 'gmx::FloatOptionInfo::FloatOptionInfo()'] │ │ │ │ │ + ['floatoptioninfo_258', ['floatoptioninfo', ['../classgmx_1_1FloatOptionInfo.xhtml#a56d27f92c0cffbd7b148ad626581bc4a', 1, 'gmx::FloatOptionInfo::FloatOptionInfo()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FloatOptionInfo.xhtml', 1, 'gmx::FloatOptionInfo'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['floatoptionstorage_259', ['floatoptionstorage', ['../classgmx_1_1FloatOption.xhtml#a9737ae8c8d40af054a7e8680ebb04856', 1, 'gmx::FloatOption::FloatOptionStorage'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FloatOptionStorage.xhtml#a128b881ed6dc5c9144478747527f0f02', 1, 'gmx::FloatOptionStorage::FloatOptionStorage()'], │ │ │ │ │ + ['floatoptionstorage_259', ['floatoptionstorage', ['../classgmx_1_1FloatOptionStorage.xhtml#a128b881ed6dc5c9144478747527f0f02', 1, 'gmx::FloatOptionStorage::FloatOptionStorage()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FloatOption.xhtml#a9737ae8c8d40af054a7e8680ebb04856', 1, 'gmx::FloatOption::FloatOptionStorage'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FloatOptionStorage.xhtml', 1, 'gmx::FloatOptionStorage'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['floattoler_260', ['floattoler', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pairs_8cpp_03_1_1ListInput.xhtml#a004e5e8bdf0447d1694d70558d49fa32', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pairs.cpp}::ListInput::floatToler'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02nb__free__energy_8cpp_03_1_1ListInput.xhtml#ad83dd3751d1e1866fe0f858204d6fc2d', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{nb_free_energy.cpp}::ListInput::floatToler'] │ │ │ │ │ + ['floattoler_260', ['floattoler', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02nb__free__energy_8cpp_03_1_1ListInput.xhtml#ad83dd3751d1e1866fe0f858204d6fc2d', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{nb_free_energy.cpp}::ListInput::floatToler'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pairs_8cpp_03_1_1ListInput.xhtml#a004e5e8bdf0447d1694d70558d49fa32', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pairs.cpp}::ListInput::floatToler'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['floattypematcher_261', ['floattypematcher', ['../classgmx_1_1test_1_1FloatTypeMatcher.xhtml#a349d8c2cfc013ef8e63a9eab29df4c44', 1, 'gmx::test::FloatTypeMatcher::FloatTypeMatcher()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1FloatTypeMatcher.xhtml', 1, 'gmx::test::FloatTypeMatcher< FloatType >'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['flood_5fblowup_262', ['flood_blowup', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#aa027c1bd075c6b731318b7e4787b7cb9', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['flooding_263', ['Flooding', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#aa2d5ea43ccd104c8b0f1f2e7b8cad0c4ac244d080617e096f13d28a4fdf82b8d9', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['fluxfromatob_264', ['fluxfromAtoB', ['../structswap__group.xhtml#a7a42dc9ddd2ea5f6b175b13f6f66e366', 1, 'swap_group']]], │ │ │ │ │ ['fluxleak_265', ['fluxleak', ['../structt__swap.xhtml#a32bdda08730e7830c060235c17dd72e2', 1, 't_swap']]], │ │ │ │ │ - ['fma_266', ['fma', ['../group__module__simd.xhtml#ga68d608d0650ac219cb4c0d3034ee855f', 1, 'gmx::fma(Simd4Double a, Simd4Double b, Simd4Double c)'], │ │ │ │ │ + ['fma_266', ['fma', ['../namespacegmx.xhtml#a183d89182d418bb66a668104978af5bf', 1, 'gmx::fma(float a, float b, float c)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga68d608d0650ac219cb4c0d3034ee855f', 1, 'gmx::fma(Simd4Double a, Simd4Double b, Simd4Double c)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gaa2db026253ce788e7f136326089e8a77', 1, 'gmx::fma(Simd4Float a, Simd4Float b, Simd4Float c)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga3b86949473ebaef8ccbd4d2852947839', 1, 'gmx::fma(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDouble c)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga6969c0baf1592d7a5fec29636a85628f', 1, 'gmx::fma(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFloat c)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a183d89182d418bb66a668104978af5bf', 1, 'gmx::fma(float a, float b, float c)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a79e2ba07938cafa28c0988ba52874f46', 1, 'gmx::fma(double a, double b, double c)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['fmax_267', ['fmax', ['../structem__state.xhtml#aab39c5b16c1d58a45a5c973133e5ffc5', 1, 'em_state']]], │ │ │ │ │ - ['fms_268', ['fms', ['../namespacegmx.xhtml#afad947f51589a3a9eef2f8364ab62c19', 1, 'gmx::fms(float a, float b, float c)'], │ │ │ │ │ + ['fms_268', ['fms', ['../namespacegmx.xhtml#abcb2c8942d173c6a9964940f90c55b2a', 1, 'gmx::fms(double a, double b, double c)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#afad947f51589a3a9eef2f8364ab62c19', 1, 'gmx::fms(float a, float b, float c)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga075eeabb5171e4f74cdd74e2f97bab5c', 1, 'gmx::fms(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFloat c)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga78a3204bd78e9122ba1998e985d1a5bd', 1, 'gmx::fms(Simd4Double a, Simd4Double b, Simd4Double c)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga86c14cb73d3484b0a5e01e74640a4ee3', 1, 'gmx::fms(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDouble c)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gafb3861a4cc7cae530fcf5bf83955da1b', 1, 'gmx::fms(Simd4Float a, Simd4Float b, Simd4Float c)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#abcb2c8942d173c6a9964940f90c55b2a', 1, 'gmx::fms(double a, double b, double c)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga075eeabb5171e4f74cdd74e2f97bab5c', 1, 'gmx::fms(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFloat c)'] │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga86c14cb73d3484b0a5e01e74640a4ee3', 1, 'gmx::fms(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDouble c)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['fn_269', ['fn', ['../structt__filenm.xhtml#a72019255079f0fc2a11bd80f4341ab60', 1, 't_filenm']]], │ │ │ │ │ ['fnm_5f_270', ['fnm_', ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#a4647ed87898459d84908b057760d5c00', 1, 'gmx::LegacySimulatorData']]], │ │ │ │ │ - ['fnma_271', ['fnma', ['../group__module__simd.xhtml#gae9ec59669729860c9efd1b9c70f3911b', 1, 'gmx::fnma(Simd4Double a, Simd4Double b, Simd4Double c)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gaaf4df87eca51bb2f57ffe0bcb1c9de02', 1, 'gmx::fnma(Simd4Float a, Simd4Float b, Simd4Float c)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gaaeca5c242a059145a90dc091db78ad57', 1, 'gmx::fnma(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDouble c)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga6be2e3e5adbdf49e6468c8a2d638658d', 1, 'gmx::fnma(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFloat c)'], │ │ │ │ │ + ['fnma_271', ['fnma', ['../group__module__simd.xhtml#ga6be2e3e5adbdf49e6468c8a2d638658d', 1, 'gmx::fnma(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFloat c)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a55183d689ab9328c18c3b3f819bd7266', 1, 'gmx::fnma(float a, float b, float c)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#adcf7849c8ce1bbbe3e2fecffedfc05e8', 1, 'gmx::fnma(double a, double b, double c)'] │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#adcf7849c8ce1bbbe3e2fecffedfc05e8', 1, 'gmx::fnma(double a, double b, double c)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gaaeca5c242a059145a90dc091db78ad57', 1, 'gmx::fnma(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDouble c)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gaaf4df87eca51bb2f57ffe0bcb1c9de02', 1, 'gmx::fnma(Simd4Float a, Simd4Float b, Simd4Float c)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gae9ec59669729860c9efd1b9c70f3911b', 1, 'gmx::fnma(Simd4Double a, Simd4Double b, Simd4Double c)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['fnms_272', ['fnms', ['../group__module__simd.xhtml#gac7afe2f2f840c1de18cb7c61917ba11c', 1, 'gmx::fnms(Simd4Double a, Simd4Double b, Simd4Double c)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gace0a9be42a2c83de88e9de207cd82e80', 1, 'gmx::fnms(Simd4Float a, Simd4Float b, Simd4Float c)'], │ │ │ │ │ + ['fnms_272', ['fnms', ['../group__module__simd.xhtml#gaf8fe2e25414c377f8ed03d5c23f84963', 1, 'gmx::fnms(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFloat c)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga44d26f7a7b8d6088d41be0b646f71543', 1, 'gmx::fnms(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDouble c)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gaf8fe2e25414c377f8ed03d5c23f84963', 1, 'gmx::fnms(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFloat c)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#aa6e6950597f4833fa93b09a94e7b0e16', 1, 'gmx::fnms(float a, float b, float c)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#ad9bd8328d5cbdb7f6a054b877183f277', 1, 'gmx::fnms(double a, double b, double c)'] │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gace0a9be42a2c83de88e9de207cd82e80', 1, 'gmx::fnms(Simd4Float a, Simd4Float b, Simd4Float c)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gac7afe2f2f840c1de18cb7c61917ba11c', 1, 'gmx::fnms(Simd4Double a, Simd4Double b, Simd4Double c)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#ad9bd8328d5cbdb7f6a054b877183f277', 1, 'gmx::fnms(double a, double b, double c)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#aa6e6950597f4833fa93b09a94e7b0e16', 1, 'gmx::fnms(float a, float b, float c)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['fnorm_273', ['fnorm', ['../structem__state.xhtml#a43339ea26f0470b9588c0b8cc1dc105f', 1, 'em_state']]], │ │ │ │ │ ['fnpullx_274', ['fnPullx', ['../structUmbrellaOptions.xhtml#ad5da6a328592ff1ada6dee0fb0f6e65a', 1, 'UmbrellaOptions']]], │ │ │ │ │ ['foldlastcolumntonextlineindent_5f_275', ['foldLastColumnToNextLineIndent_', ['../classgmx_1_1TextTableFormatter_1_1Impl.xhtml#a907f18626541d09143f1ac920fb93c84', 1, 'gmx::TextTableFormatter::Impl']]], │ │ │ │ │ ['foo_276', ['foo', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02stringtoenumvalueconverter_8cpp_03.xhtml#ac9efbaada62fd6f0d560a14a84a06bb9', 1, 'gmx::anonymous_namespace{stringtoenumvalueconverter.cpp}::Foo'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02enumerationhelpers_8cpp_03.xhtml#a54be60bd9dba6f5e49ff371f004cab9a', 1, 'gmx::anonymous_namespace{enumerationhelpers.cpp}::Foo'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ @@ -518,53 +518,53 @@ │ │ │ │ │ ['for_20online_20help_20onlinehelp_280', ['Help Formatting for Online Help (onlinehelp)', ['../group__module__onlinehelp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['for_20parallelization_20over_20mpi_281', ['Spatial domain decomposition (for parallelization over MPI)', ['../group__module__domdec.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['for_20simulation_20functionality_282', ['Modules for simulation functionality', ['../group__group__mdrun.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['for_20table_20interpolation_283', ['Classes for table interpolation', ['../group__module__tables.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['for_20trajectory_20analysis_284', ['Framework for trajectory analysis', ['../page_trajectoryanalysisframework.xhtml', 1, 'index']]], │ │ │ │ │ ['for_20trajectory_20analysis_20trajectoryanalysis_285', ['Framework for Trajectory Analysis (trajectoryanalysis)', ['../group__module__trajectoryanalysis.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['for_20writing_20trajectory_20analysis_20tools_286', ['Example code for writing trajectory analysis tools', ['../page_analysistemplate.xhtml', 1, 'page_trajectoryanalysisframework']]], │ │ │ │ │ - ['force_287', ['force', ['../classgmx_1_1ForceWithShiftForces.xhtml#a8f445fcff4ac77e2d1a8f30549d0c9db', 1, 'gmx::ForceWithShiftForces::force()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#ad7c5a0f7375ecac77c5a53edbf44c4cc', 1, 'gmx::ForceBuffersView::force()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CoulombCalculator_3_01KernelCoulombType_1_1EwaldTabulated_01_4.xhtml#aa5ee50c3018d666bc34a40aaada3fdda', 1, 'gmx::CoulombCalculator< 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['../structgmx_1_1InterdependentTask.xhtml#ab2cd1e5146ad30158e6064f65654035f', 1, 'gmx::InterdependentTask::force'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1OutputRequirements.xhtml#af7887fe29814bb6c293caab071825e5c', 1, 'gmx::OutputRequirements::force'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PotentialPointData.xhtml#a6c7b261cec1253b0b6c948f93e9c9f9e', 1, 'gmx::PotentialPointData::force'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a0effcf1ae82ec7bd85d78284a6015212', 1, 'gmx::ForceBuffersView::force() const'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#ad7c5a0f7375ecac77c5a53edbf44c4cc', 1, 'gmx::ForceBuffersView::force()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceWithShiftForces.xhtml#a8f445fcff4ac77e2d1a8f30549d0c9db', 1, 'gmx::ForceWithShiftForces::force()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceWithShiftForces.xhtml#add3a9163642b6d9de3fcbde97a915367', 1, 'gmx::ForceWithShiftForces::force() const'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CoulombCalculator_3_01KernelCoulombType_1_1EwaldTabulated_01_4.xhtml#aa5ee50c3018d666bc34a40aaada3fdda', 1, 'gmx::CoulombCalculator< KernelCoulombType::EwaldTabulated >::force()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['force_5f_288', ['force_', ['../classgmx_1_1ForceWithVirial.xhtml#abfd100d928a758bfa73ab4a4f799bdc0', 1, 'gmx::ForceWithVirial']]], │ │ │ │ │ ['force_5fenv_5ft_289', ['force_env_t', ['../namespacegmx.xhtml#a9c7c01b19ef2cbfafccf48919ed40c0e', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['forceandcorrectionenergy_290', ['forceandcorrectionenergy', ['../classgmx_1_1CoulombCalculator_3_01KernelCoulombType_1_1RF_01_4.xhtml#a44357acf0cd6a68b00f2e983e562bfa0', 1, 'gmx::CoulombCalculator< KernelCoulombType::RF >::forceAndCorrectionEnergy()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CoulombCalculator_3_01KernelCoulombType_1_1EwaldAnalytical_01_4.xhtml#aa60db83ade23a3480f4384659c5fe5db', 1, 'gmx::CoulombCalculator< KernelCoulombType::EwaldAnalytical >::forceAndCorrectionEnergy()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CoulombCalculator_3_01KernelCoulombType_1_1EwaldTabulated_01_4.xhtml#a0f088963f891c0aa832937898b85b79c', 1, 'gmx::CoulombCalculator< KernelCoulombType::EwaldTabulated >::forceAndCorrectionEnergy()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['forceav_291', ['forceAv', ['../structt__UmbrellaWindow.xhtml#a7fe31ae860a78930c63fd3f1cc5410bf', 1, 't_UmbrellaWindow']]], │ │ │ │ │ ['forcebuffer_292', ['forceBuffer', ['../classgmx_1_1ThreadForceBuffer.xhtml#a77f61130c736184b12a25f5ed580b38e', 1, 'gmx::ThreadForceBuffer']]], │ │ │ │ │ ['forcebufferfordirectvirialcontributions_293', ['forceBufferForDirectVirialContributions', ['../classForceHelperBuffers.xhtml#a083fa66a7eb616ec2f3e01532bcb868a', 1, 'ForceHelperBuffers']]], │ │ │ │ │ - ['forcebuffers_294', ['forcebuffers', ['../classgmx_1_1ForceBuffers.xhtml#ace368bdb63c723367e8de41ff03e6ef2', 1, 'gmx::ForceBuffers::ForceBuffers(ForceBuffers &&o)=delete'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceBuffers.xhtml#af3eccf5e0a3d50fd46117dcf8310d43d', 1, 'gmx::ForceBuffers::ForceBuffers(const ForceBuffers &o)=delete'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceBuffers.xhtml#a097cb3fed169c66c986820121462b0c1', 1, 'gmx::ForceBuffers::ForceBuffers(bool useForceMtsCombined, PinningPolicy pinningPolicy)'], │ │ │ │ │ + ['forcebuffers_294', ['forcebuffers', ['../classgmx_1_1ForceBuffers.xhtml#af3eccf5e0a3d50fd46117dcf8310d43d', 1, 'gmx::ForceBuffers::ForceBuffers()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceBuffers.xhtml', 1, 'gmx::ForceBuffers'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceBuffers.xhtml#a1854ef7ef3e6623ab2cfa73e07597d4a', 1, 'gmx::ForceBuffers::ForceBuffers()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceBuffers.xhtml', 1, 'gmx::ForceBuffers'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceBuffers.xhtml#a097cb3fed169c66c986820121462b0c1', 1, 'gmx::ForceBuffers::ForceBuffers(bool useForceMtsCombined, PinningPolicy pinningPolicy)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceBuffers.xhtml#ace368bdb63c723367e8de41ff03e6ef2', 1, 'gmx::ForceBuffers::ForceBuffers(ForceBuffers &&o)=delete'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['forcebuffers_2ecpp_295', ['forcebuffers.cpp', ['../tests_2forcebuffers_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../forcebuffers_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['forcebuffers_2ecpp_295', ['forcebuffers.cpp', ['../forcebuffers_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2forcebuffers_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['forcebuffers_2eh_296', ['forcebuffers.h', ['../forcebuffers_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['forcebuffersview_297', ['forcebuffersview', ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml', 1, 'gmx::ForceBuffersView'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a3590d4fc647af93ab0f6092f85ed7b1f', 1, 'gmx::ForceBuffersView::ForceBuffersView(const ArrayRefWithPadding< RVec > &force, const ArrayRefWithPadding< RVec > &forceMtsCombined, const bool useForceMtsCombined)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a75e5dfcac0461da9e1ba0671b99e2e19', 1, 'gmx::ForceBuffersView::ForceBuffersView(const ForceBuffersView &o)=delete'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a38b40421ab657108d222878f50f54f99', 1, 'gmx::ForceBuffersView::ForceBuffersView(ForceBuffersView &&o)=delete'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['forcebufferwithpadding_298', ['forceBufferWithPadding', ['../classgmx_1_1ThreadForceBuffer.xhtml#a7f7008c15c676d8f80f80e3e0d8bf170', 1, 'gmx::ThreadForceBuffer']]], │ │ │ │ │ - ['forcec6c12_299', ['forcec6c12', ['../classgmx_1_1LennardJonesCalculator_3_01calculateEnergies_00_01InteractionModifiers_1_1PotSwitch_01_4.xhtml#a91dad0c034142604295dc9120c1700b0', 1, 'gmx::LennardJonesCalculator< calculateEnergies, InteractionModifiers::PotSwitch >::forceC6C12()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1LennardJonesCalculator_3_01false_00_01InteractionModifiers_1_1PotShift_01_4.xhtml#ad62d1898885d0433bc488d42783e0f9c', 1, 'gmx::LennardJonesCalculator< false, InteractionModifiers::PotShift >::forceC6C12()'], │ │ │ │ │ + ['forcec6c12_299', ['forcec6c12', ['../classgmx_1_1LennardJonesCalculator_3_01false_00_01InteractionModifiers_1_1PotShift_01_4.xhtml#ad62d1898885d0433bc488d42783e0f9c', 1, 'gmx::LennardJonesCalculator< false, InteractionModifiers::PotShift >::forceC6C12()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1LennardJonesCalculator_3_01true_00_01InteractionModifiers_1_1PotShift_01_4.xhtml#afc8e334301a5dc5758c76ca667eead87', 1, 'gmx::LennardJonesCalculator< true, InteractionModifiers::PotShift >::forceC6C12()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1LennardJonesCalculator_3_01calculateEnergies_00_01InteractionModifiers_1_1ForceSwitch_01_4.xhtml#a369a611a138c28c564072449a87c9f74', 1, 'gmx::LennardJonesCalculator< calculateEnergies, InteractionModifiers::ForceSwitch >::forceC6C12()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1LennardJonesCalculator_3_01calculateEnergies_00_01InteractionModifiers_1_1ForceSwitch_01_4.xhtml#a369a611a138c28c564072449a87c9f74', 1, 'gmx::LennardJonesCalculator< calculateEnergies, InteractionModifiers::ForceSwitch >::forceC6C12()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1LennardJonesCalculator_3_01calculateEnergies_00_01InteractionModifiers_1_1PotSwitch_01_4.xhtml#a91dad0c034142604295dc9120c1700b0', 1, 'gmx::LennardJonesCalculator< calculateEnergies, InteractionModifiers::PotSwitch >::forceC6C12()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['forceconstant_5f_300', ['forceConstant_', ['../structgmx_1_1DensityFittingParameters.xhtml#a9b0d093a5950b44c54d24ce7f0518db4', 1, 'gmx::DensityFittingParameters']]], │ │ │ │ │ ['forcecorrelationgrid_301', ['forceCorrelationGrid', ['../classgmx_1_1Bias.xhtml#ac0027507979084064f22282d59336983', 1, 'gmx::Bias']]], │ │ │ │ │ ['forced_302', ['Forced', ['../namespacegmx.xhtml#a6b0776e8436cb38e80d66f0de7c870d8adc2eb84d1f952ad0e6b58014aabd616a', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['forceelement_303', ['forceelement', ['../classgmx_1_1ForceElement.xhtml', 1, 'gmx::ForceElement'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceElement.xhtml#a5f70589ab35436446dd9bca932b3d7ab', 1, 'gmx::ForceElement::ForceElement()'] │ │ │ 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['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a166f7af032d4e40035ffec7b665ed572', 1, 'gmx::ForceBuffersView::forceMtsCombined() const'] │ │ │ │ │ + ['forcemtscombined_310', ['forcemtscombined', ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a166f7af032d4e40035ffec7b665ed572', 1, 'gmx::ForceBuffersView::forceMtsCombined() const'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a6c291c3c289aecea56104b7e79325558', 1, 'gmx::ForceBuffersView::forceMtsCombined()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['forcemtscombinedwithpadding_311', ['forceMtsCombinedWithPadding', ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a297d8a01836b387a5ab1be510aed44fa', 1, 'gmx::ForceBuffersView']]], │ │ │ │ │ ['forceoutput_2eh_312', ['forceoutput.h', ['../forceoutput_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['forceoutputs_313', ['forceoutputs', ['../classgmx_1_1ForceOutputs.xhtml#abd589c42af0e81e787dd76f03d020187', 1, 'gmx::ForceOutputs::ForceOutputs()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceOutputs.xhtml', 1, 'gmx::ForceOutputs'] │ │ │ │ │ + ['forceoutputs_313', ['forceoutputs', ['../classgmx_1_1ForceOutputs.xhtml', 1, 'gmx::ForceOutputs'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceOutputs.xhtml#abd589c42af0e81e787dd76f03d020187', 1, 'gmx::ForceOutputs::ForceOutputs()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['forceparam_314', ['forceparam', ['../classInteractionOfType.xhtml#a6baea034eb73978879f0a9d1fe80d938', 1, 'InteractionOfType::forceParam()'], │ │ │ │ │ ['../classInteractionOfType.xhtml#a9377381fa12dd22697c3e1b256cd8cf3', 1, 'InteractionOfType::forceParam() const'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['forceprovider_5f_315', ['forceProvider_', ['../classgmx_1_1RestraintMDModuleImpl.xhtml#aac64fca138727a4dee6675d4a0f05919', 1, 'gmx::RestraintMDModuleImpl']]], │ │ │ │ │ - ['forceproviderinput_316', ['forceproviderinput', ['../classgmx_1_1ForceProviderInput.xhtml#a2f7907d0aae391014935b848ac4f3561', 1, 'gmx::ForceProviderInput::ForceProviderInput()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceProviderInput.xhtml', 1, 'gmx::ForceProviderInput'] │ │ │ │ │ + ['forceproviderinput_316', ['forceproviderinput', ['../classgmx_1_1ForceProviderInput.xhtml', 1, 'gmx::ForceProviderInput'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceProviderInput.xhtml#a2f7907d0aae391014935b848ac4f3561', 1, 'gmx::ForceProviderInput::ForceProviderInput()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['forceprovideroutput_317', ['forceprovideroutput', ['../classgmx_1_1ForceProviderOutput.xhtml#a462f088782c665aa46acd9a7492853df', 1, 'gmx::ForceProviderOutput::ForceProviderOutput()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceProviderOutput.xhtml', 1, 'gmx::ForceProviderOutput'] │ │ │ │ │ + ['forceprovideroutput_317', ['forceprovideroutput', ['../classgmx_1_1ForceProviderOutput.xhtml', 1, 'gmx::ForceProviderOutput'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceProviderOutput.xhtml#a462f088782c665aa46acd9a7492853df', 1, 'gmx::ForceProviderOutput::ForceProviderOutput()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['forceproviders_318', ['ForceProviders', ['../classgmx_1_1ForceProviders.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['forcerec_319', ['forceRec', ['../structgmx_1_1BenchmarkSystem.xhtml#a534bb21016f5b35597ffc2470da7bdf5', 1, 'gmx::BenchmarkSystem']]], │ │ │ │ │ ['forcerec_5f_320', ['forceRec_', ['../classgmx_1_1LegacyInput.xhtml#ab5f30c00289b7ca566dfbd2bcb114c81', 1, 'gmx::LegacyInput']]], │ │ │ │ │ ['forces_321', ['forces', ['../group__module__ewald.xhtml', 1, 'Ewald-family treatments of long-ranged forces'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#a02f9b69ac0c98fe3a7c857917e220da4', 1, 'gmx::Selection::forces()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ @@ -616,34 +616,34 @@ │ │ │ │ │ ['forcessizealloc_333', ['forcesSizeAlloc', ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#a1fbba838609544ad9809fa3268e04a92', 1, 'PmeGpuSpecific']]], │ │ │ │ │ ['forcesvector_334', ['ForcesVector', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#ad784e0ed3eca143a1a3a36da930300df', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['forcesview_335', ['forcesView', ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml#ac56eadf0e02d86349531cac0557bd2bd', 1, 'gmx::StatePropagatorData']]], │ │ │ │ │ ['forcetable_2eh_336', ['forcetable.h', ['../forcetable_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['forcevirial_337', ['forceVirial', ['../classgmx_1_1EnergyData.xhtml#ae4351396f764b07956078a34f311da7c', 1, 'gmx::EnergyData']]], │ │ │ │ │ ['forcewithpadding_338', ['forceWithPadding', ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a90ada9d30335398fb2b31e296c92487b', 1, 'gmx::ForceBuffersView']]], │ │ │ │ │ ['forcewithshiftforces_339', ['forcewithshiftforces', ['../classgmx_1_1ForceWithShiftForces.xhtml', 1, 'gmx::ForceWithShiftForces'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceWithShiftForces.xhtml#ae6c1da02aa986bb9b59a6a927c03a077', 1, 'gmx::ForceWithShiftForces::ForceWithShiftForces()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceOutputs.xhtml#ab44c69ccabe92ea8bdbdde55e4beb0fc', 1, 'gmx::ForceOutputs::forceWithShiftForces()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceOutputs.xhtml#ab44c69ccabe92ea8bdbdde55e4beb0fc', 1, 'gmx::ForceOutputs::forceWithShiftForces()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceWithShiftForces.xhtml#ae6c1da02aa986bb9b59a6a927c03a077', 1, 'gmx::ForceWithShiftForces::ForceWithShiftForces()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['forcewithvirial_340', ['forcewithvirial', ['../classgmx_1_1ForceWithVirial.xhtml#a374f64bbbf84c95d901d9675e338f32a', 1, 'gmx::ForceWithVirial::ForceWithVirial()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceOutputs.xhtml#af0df6cc91687d6a941b6555cc08899ef', 1, 'gmx::ForceOutputs::forceWithVirial()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceWithVirial.xhtml', 1, 'gmx::ForceWithVirial'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceWithVirial.xhtml', 1, 'gmx::ForceWithVirial'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceOutputs.xhtml#af0df6cc91687d6a941b6555cc08899ef', 1, 'gmx::ForceOutputs::forceWithVirial()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['forcewithvirial_5f_341', ['forceWithVirial_', ['../classgmx_1_1ForceProviderOutput.xhtml#ac1ae21b316927482ad471fc2d1a29673', 1, 'gmx::ForceProviderOutput']]], │ │ │ │ │ ['foreignlambdas_342', ['foreignLambdas', ['../classForeignLambdaTerms.xhtml#a930d11432e2ecb7d4c60f5e4d260dd41', 1, 'ForeignLambdaTerms']]], │ │ │ │ │ - ['foreignlambdaterms_343', ['foreignlambdaterms', ['../classForeignLambdaTerms.xhtml', 1, 'ForeignLambdaTerms'], │ │ │ │ │ - ['../classForeignLambdaTerms.xhtml#a2b917fbff4b49eba344b3cff96e381cb', 1, 'ForeignLambdaTerms::ForeignLambdaTerms()'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx__enerdata__t.xhtml#a9534fb2fe6e22e92ad6d1dfb9648d2ec', 1, 'gmx_enerdata_t::foreignLambdaTerms'] │ │ │ │ │ + ['foreignlambdaterms_343', ['foreignlambdaterms', ['../classForeignLambdaTerms.xhtml#a2b917fbff4b49eba344b3cff96e381cb', 1, 'ForeignLambdaTerms::ForeignLambdaTerms()'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx__enerdata__t.xhtml#a9534fb2fe6e22e92ad6d1dfb9648d2ec', 1, 'gmx_enerdata_t::foreignLambdaTerms'], │ │ │ │ │ + ['../classForeignLambdaTerms.xhtml', 1, 'ForeignLambdaTerms'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['foreignlambdaworkdivision_344', ['foreignLambdaWorkDivision', ['../structbonded__threading__t.xhtml#aef2b9dccebdab85f830955f722f5ff98', 1, 'bonded_threading_t']]], │ │ │ │ │ ['format_5f_345', ['format_', ['../classgmx_1_1HelpLinks_1_1Impl.xhtml#ae464fc9106482eadbe2f6126719631b5', 1, 'gmx::HelpLinks::Impl::format_'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1HelpWriterContext_1_1Impl_1_1SharedState.xhtml#af87b493d18a69322609dc013b0e3082f', 1, 'gmx::HelpWriterContext::Impl::SharedState::format_'], │ │ │ │ │ - ['../structt__forcetable.xhtml#a198e414c2e2fec929e389d5e47c7a919', 1, 't_forcetable::format_'] │ │ │ │ │ + ['../structt__forcetable.xhtml#a198e414c2e2fec929e389d5e47c7a919', 1, 't_forcetable::format_'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1HelpWriterContext_1_1Impl_1_1SharedState.xhtml#af87b493d18a69322609dc013b0e3082f', 1, 'gmx::HelpWriterContext::Impl::SharedState::format_'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['formatandjoin_346', ['formatandjoin', ['../group__module__utility.xhtml#ga8e151e320e4072b2cc254b653077bb68', 1, 'gmx::formatAndJoin(const ContainerType &container, const char *separator, const FormatterType &formatter)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__utility.xhtml#gaa21c247b747e12412da58cb9f6d500ef', 1, 'gmx::formatAndJoin(InputIterator begin, InputIterator end, const char *separator, const FormatterType &formatter)'] │ │ │ │ │ + ['formatandjoin_346', ['formatandjoin', ['../group__module__utility.xhtml#gaa21c247b747e12412da58cb9f6d500ef', 1, 'gmx::formatAndJoin(InputIterator begin, InputIterator end, const char *separator, const FormatterType &formatter)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__utility.xhtml#ga8e151e320e4072b2cc254b653077bb68', 1, 'gmx::formatAndJoin(const ContainerType &container, const char *separator, const FormatterType &formatter)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['formatbugs_347', ['formatBugs', ['../classgmx_1_1CommandLineHelpWriter_1_1Impl.xhtml#a8f93f1eafa8598fd1e6c0ddcdeab8336', 1, 'gmx::CommandLineHelpWriter::Impl']]], │ │ │ │ │ ['formatcurrenterrorcontext_348', ['formatCurrentErrorContext', 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['../classgmx_1_1StringOptionStorage.xhtml#a11abe9826729a2f2a39a3f1b4d46f98e', 1, 'gmx::StringOptionStorage::formatExtraDescription()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1EnumOptionStorage.xhtml#aff97fa85150fdfc45ea71b433f3d5c71', 1, 'gmx::EnumOptionStorage::formatExtraDescription()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FileNameOptionStorage.xhtml#a4f8945f1cf5470c09761a8414cbfa963', 1, 'gmx::FileNameOptionStorage::formatExtraDescription()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['formatidentifier_5f_356', ['formatIdentifier_', ['../structgmx_1_1MrcDensityMapHeader.xhtml#a07b35ec0d53363bf5d7fc8190d19a86c', 1, 'gmx::MrcDensityMapHeader']]], │ │ │ │ │ ['formatline_357', ['formatLine', ['../classgmx_1_1TextLineWrapper.xhtml#a866d5098cb45b336ff963522f6b65f80', 1, 'gmx::TextLineWrapper']]], │ │ │ │ │ ['formatlistsetup_358', ['formatListSetup', ['../pairlist__tuning_8cpp.xhtml#ac82376870cb0c4fe23cbcd39cd06737d', 1, 'pairlist_tuning.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['formatoption_359', ['formatoption', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpwriter_8cpp_03_1_1IOptionsFormatter.xhtml#a3035ef8ba9640e3d63f33de007f9dd71', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::IOptionsFormatter::formatOption()'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__commandline.xhtml#ga5b12d69664ce762e9111dce4a8ee7ea1', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::SynopsisFormatter::formatOption()'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__commandline.xhtml#gaedc7a4deda2f830f5c4bd3eb6f03a18e', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::OptionsListFormatter::formatOption()'] │ │ │ │ │ + ['formatoption_359', ['formatoption', ['../group__module__commandline.xhtml#gaedc7a4deda2f830f5c4bd3eb6f03a18e', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::OptionsListFormatter::formatOption()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpwriter_8cpp_03_1_1IOptionsFormatter.xhtml#a3035ef8ba9640e3d63f33de007f9dd71', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::IOptionsFormatter::formatOption()'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__commandline.xhtml#ga5b12d69664ce762e9111dce4a8ee7ea1', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::SynopsisFormatter::formatOption()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['formatoptionnameandvalue_360', ['formatOptionNameAndValue', ['../group__module__commandline.xhtml#ga3ddcb033e8cd6b9c9f70781eb6881145', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['formatrow_361', ['formatRow', ['../classgmx_1_1TextTableFormatter.xhtml#a315d06a112412cbb8e95dce6d959f33b', 1, 'gmx::TextTableFormatter']]], │ │ │ │ │ ['formats_362', ['Help in other formats', ['../page_wrapperbinary.xhtml#autotoc_md74', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['formatselected_363', ['formatSelected', ['../group__module__commandline.xhtml#gafda0e4db6ceac953ba387938fb1dae15', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::OptionsFilter']]], │ │ │ │ │ ['formatsequenceentrypath_364', ['formatSequenceEntryPath', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02refdata_8cpp_03.xhtml#ac74b2b3d571937e84f64701c0371a59b', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{refdata.cpp}']]], │ │ │ │ │ - ['formatsinglevalue_365', ['formatsinglevalue', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml#aba54f7d43ae5ec873428ba0d56b39b06', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate::formatSingleValue()'], │ │ │ │ │ + ['formatsinglevalue_365', ['formatsinglevalue', ['../classgmx_1_1SelectionOptionStorage.xhtml#a31b2448716fe92af72651b070b5b9b94', 1, 'gmx::SelectionOptionStorage::formatSingleValue()'], │ │ │ │ │ ['../classanonymous__namespace_02abstractoptionstorage_8cpp_03_1_1MockOptionStorage.xhtml#a96d37f13b822f52f1815f3847c9302b7', 1, 'anonymous_namespace{abstractoptionstorage.cpp}::MockOptionStorage::formatSingleValue()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionOptionStorage.xhtml#a31b2448716fe92af72651b070b5b9b94', 1, 'gmx::SelectionOptionStorage::formatSingleValue()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml#aba54f7d43ae5ec873428ba0d56b39b06', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate::formatSingleValue()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['formatsize_366', ['formatsize', ['../structt__forcetable.xhtml#ad2d51ba6a8a1f42c3604036a96ab446e', 1, 't_forcetable']]], │ │ │ │ │ ['formatstring_367', ['formatString', ['../group__module__utility.xhtml#gaed06df18ca6f9fc3f42bad9ea4d7e025', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['formatstringv_368', ['formatStringV', ['../group__module__utility.xhtml#ga1034db9546754cdf0a21ef6c131c0747', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['formatting_369', ['Help formatting', ['../page_onlinehelp.xhtml', 1, 'index']]], │ │ │ │ │ ['formatting_20for_20online_20help_20onlinehelp_370', ['Help Formatting for Online Help (onlinehelp)', ['../group__module__onlinehelp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['formatting_20markup_371', ['Formatting markup', ['../page_onlinehelp.xhtml#autotoc_md91', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['formatvector_372', ['formatVector', 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['../structt__swap.xhtml#aef475974c5d0c7d7df5581ef92747f41', 1, 't_swap']]], │ │ │ │ │ ['fprog_376', ['fprog', ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#a0b479d690774a28bfb3bd8dbdca9e39e', 1, 'CheckpointHeaderContents']]], │ │ │ │ │ ['fproj_377', ['fproj', ['../structanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03_1_1t__eigvec.xhtml#a3df60113bea0e6abd782d68aee77c860', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}::t_eigvec']]], │ │ │ │ │ ['fr_378', ['fr', ['../classanonymous__namespace_02minimize_8cpp_03_1_1EnergyEvaluator.xhtml#afb13d4e80b61e8b4bc289176052ea8b6', 1, 'anonymous_namespace{minimize.cpp}::EnergyEvaluator::fr'], │ │ │ │ │ ['../structgmx__sel__evaluate__t.xhtml#a42a5d14474c3e7a66eca0c9663476846', 1, 'gmx_sel_evaluate_t::fr'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['fr_5f_379', ['fr_', ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#a506301732c4f0ad96dfe72420a2ef6a3', 1, 'gmx::LegacySimulatorData::fr_'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1SelMethodEvalContext.xhtml#a79e0fd288c3bca2f3fa5ac88e333d9b6', 1, 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│ - ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisRunnerCommon.xhtml#aa7ba461b2838abf74c04c0a205da1e7f', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisRunnerCommon::frame()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1SetStartTimeTest.xhtml#aab6696581ba65d946cef450b5ae9fb66', 1, 'gmx::test::SetStartTimeTest::frame()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1SetTimeStepTest.xhtml#aec901f237c3282bb19f6bdf5c9efa79a', 1, 'gmx::test::SetTimeStepTest::frame()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1SetStartTimeTest.xhtml#aab6696581ba65d946cef450b5ae9fb66', 1, 'gmx::test::SetStartTimeTest::frame()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisRunnerCommon.xhtml#aa7ba461b2838abf74c04c0a205da1e7f', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisRunnerCommon::frame()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1TrajectoryFrameReader.xhtml#aae44f28460581714eb910e5e7d8d14b3', 1, 'gmx::test::TrajectoryFrameReader::frame()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['frameaveragemoduletest_382', ['FrameAverageModuleTest', 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'gmx::AnalysisDataFrameLocalData']]], │ │ │ │ │ - ['framefinished_395', ['framefinished', ['../classgmx_1_1AnalysisDataProxy.xhtml#aab173eecc3f97c84895c775d40f2a844', 1, 'gmx::AnalysisDataProxy::frameFinished()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleSerial.xhtml#a6fdb64d7e7cca7f1f1ffec00c25c1372', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleSerial::frameFinished()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleParallel.xhtml#a63e7210ef4127ae7003b43efd7aeaa76', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleParallel::frameFinished()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataAverageModule.xhtml#abef70a1c861c1617d771fb04cfe58428', 1, 'gmx::AnalysisDataAverageModule::frameFinished()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverageModule.xhtml#aa9c7682f09e515d11370802089ca980f', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverageModule::frameFinished()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataDisplacementModule.xhtml#a5adae8dc24a56333b51a44c134d77d36', 1, 'gmx::AnalysisDataDisplacementModule::frameFinished()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule.xhtml#ab1cbb22aba69ae35890b719fe24249be', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::frameFinished()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule.xhtml#aaf5a5d3148bfa22813b7a34db977fca1', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::frameFinished()'], │ │ │ │ │ + ['framefinished_395', ['framefinished', ['../classgmx_1_1AbstractPlotModule.xhtml#a11560a4ca0927424112e920950779f06', 1, 'gmx::AbstractPlotModule::frameFinished()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicAverageHistogramModule.xhtml#aaede10834f51be7f6f3d74f37d7cfb1b', 1, 'gmx::internal::BasicAverageHistogramModule::frameFinished()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataProxy.xhtml#aab173eecc3f97c84895c775d40f2a844', 1, 'gmx::AnalysisDataProxy::frameFinished()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataBinAverageModule.xhtml#a9e5456c1e16f170f37602f2852c8c4d6', 1, 'gmx::AnalysisDataBinAverageModule::frameFinished()'], │ │ │ │ │ - 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['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverageModule.xhtml#aa9c7682f09e515d11370802089ca980f', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverageModule::frameFinished()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataAverageModule.xhtml#abef70a1c861c1617d771fb04cfe58428', 1, 'gmx::AnalysisDataAverageModule::frameFinished()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleParallel.xhtml#a63e7210ef4127ae7003b43efd7aeaa76', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleParallel::frameFinished()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleSerial.xhtml#a6fdb64d7e7cca7f1f1ffec00c25c1372', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleSerial::frameFinished()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02select_8cpp_03_1_1IndexFileWriterModule.xhtml#a3b86988fceec220e3913d4600fc12fa4', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{select.cpp}::IndexFileWriterModule::frameFinished()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicAverageHistogramModule.xhtml#aaede10834f51be7f6f3d74f37d7cfb1b', 1, 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['../classgmx_1_1IAnalysisDataModule.xhtml#a803d7992f7d0723103c61727f80938bd', 1, 'gmx::IAnalysisDataModule::frameFinishedSerial()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleParallel.xhtml#acf712fef9cc0e909731fc906ba821f63', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleParallel::frameFinishedSerial()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule.xhtml#ad3e993e8a1a87fb7c90bbc5a3d2e20c3', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::frameFinishedSerial()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule.xhtml#aad86494faa70150b38a9e6deb4c59407', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::frameFinishedSerial()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule.xhtml#aad86494faa70150b38a9e6deb4c59407', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::frameFinishedSerial()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleParallel.xhtml#acf712fef9cc0e909731fc906ba821f63', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleParallel::frameFinishedSerial()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ 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['frameIndex_', ['../classgmx_1_1test_1_1MockAnalysisDataModule_1_1Impl.xhtml#ab0c28eda9e5ba16c576e3a4c659fcef0', 1, 'gmx::test::MockAnalysisDataModule::Impl']]], │ │ │ │ │ ['framelist_400', ['FrameList', ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageImpl.xhtml#a1b2af19109dfb91fb162696e97139eeb', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageImpl']]], │ │ │ │ │ ['framelocaldata_401', ['framelocaldata', ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule_1_1Impl.xhtml#af73e29efb4e19ba1668249dc92bc5b12', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::Impl::FrameLocalData'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule_1_1Impl.xhtml#a17fd5860537f4c08d545ce576f8b3f9a', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::Impl::FrameLocalData'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['framelocaldata_2eh_402', ['framelocaldata.h', ['../framelocaldata_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -760,49 +760,49 @@ │ │ │ │ │ ['framenumber_5f_404', ['framenumber_', 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['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageFrameData.xhtml#a5a93e37a779d437174936597c740ddb5', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageFrameData']]], │ │ │ │ │ ['frames_409', ['frames', ['../page_analysistemplate.xhtml#autotoc_md85', 1, 'Analyzing the frames'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MsdGroupData.xhtml#a348bffa1a1fabc33aa609de05dfb8d41', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}::MsdGroupData::frames'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['frames_5f_410', ['frames_', ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageImpl.xhtml#af7d3268f5be4c5ad4eaa1bc42ab8d7f8', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageImpl']]], │ │ │ │ │ - ['framestarted_411', ['framestarted', ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleParallel.xhtml#abf8e2f30fdd18450ecfd3e31b049568d', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleParallel::frameStarted()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataBinAverageModule.xhtml#ad3662692728542fdf5276761dff90124', 1, 'gmx::AnalysisDataBinAverageModule::frameStarted()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicAverageHistogramModule.xhtml#a091e920cb197cbfbb3afb423a1d06f0e', 1, 'gmx::internal::BasicAverageHistogramModule::frameStarted()'], │ │ │ │ │ + ['framestarted_411', ['framestarted', ['../classgmx_1_1AbstractPlotModule.xhtml#ad418c0781f503080bd5faa359c94de13', 1, 'gmx::AbstractPlotModule::frameStarted()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataLifetimeModule.xhtml#ad350e974a7c7a64fd4353c026a01cc23', 1, 'gmx::AnalysisDataLifetimeModule::frameStarted()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataAverageModule.xhtml#a770fae23fbc5719c083237fde04e7e2a', 1, 'gmx::AnalysisDataAverageModule::frameStarted()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverageModule.xhtml#ac7d503e1eba423cd1852269ab195b565', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverageModule::frameStarted()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataDisplacementModule.xhtml#a92b808f78977cd95d334a876b45b7953', 1, 'gmx::AnalysisDataDisplacementModule::frameStarted()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule.xhtml#a83b88fcd8d0df7b6ffb6ba7487d75a5d', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::frameStarted()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataBinAverageModule.xhtml#ad3662692728542fdf5276761dff90124', 1, 'gmx::AnalysisDataBinAverageModule::frameStarted()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule.xhtml#accc0e201b66eac5cf398d9034e66bd85', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::frameStarted()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AbstractPlotModule.xhtml#ad418c0781f503080bd5faa359c94de13', 1, 'gmx::AbstractPlotModule::frameStarted()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataProxy.xhtml#aaf2b3ccd643ed14dff417b3fabbfa683', 1, 'gmx::AnalysisDataProxy::frameStarted()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule.xhtml#a83b88fcd8d0df7b6ffb6ba7487d75a5d', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::frameStarted()'], │ │ │ │ │ + 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│ ['../classgmx_1_1compat_1_1not__null.xhtml#a71e17ffb21e59c1bd4317025e353e85d', 1, 'gmx::compat::not_null::get()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SimulationInputHandle.xhtml#a9a5f2eeb74fc6dd0cad1ab613c5ffe55', 1, 'gmx::SimulationInputHandle::get()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionManagerContainer.xhtml#aa4ccc4fe6ad95d34d0ac3ad64c99f3dd', 1, 'gmx::OptionManagerContainer::get()'], │ │ │ │ │ - ['../parser__internal_8h.xhtml#a0c1fffb107955e3a6c98e6a8d44bc66b', 1, 'get(ValueType *src): parser_internal.h'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionManagerContainer.xhtml#aa4ccc4fe6ad95d34d0ac3ad64c99f3dd', 1, 'gmx::OptionManagerContainer::get()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['get_5f2log_82', ['get_2log', ['../nbnxm__geometry_8h.xhtml#a8395e4ac753290707b9f0089b712c287', 1, 'nbnxm_geometry.h']]], │ │ │ │ │ ['get_5fa_5fline_83', ['get_a_line', ['../strdb_8h.xhtml#a0cd472153523204686e891341870765e', 1, 'strdb.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['get_5facffitfn_84', ['get_acffitfn', 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['../namespacegmx.xhtml#a3fbbd26eeea7fa3fe68cec28833d769a', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['get_5fpull_5fcoord_5fvalue_104', ['get_pull_coord_value', ['../pull_8h.xhtml#a14d101ec0687b9a06ab451974cb11565', 1, 'get_pull_coord_value(pull_t *pull, int coordIndex, const t_pbc &pbc): pull.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pull_8h.xhtml#a61e53982ac9cc752ddb8f7128a614fb7', 1, 'get_pull_coord_value(pull_t *pull, int coordIndex, const t_pbc &pbc, double t): pull.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['get_5fstate_5ff_5fnorm_5fmax_105', ['get_state_f_norm_max', ['../gromacs_2mdrun_2minimize_8cpp.xhtml#a23699473bd2831abaa740414edb895df', 1, 'minimize.cpp']]], │ │ │ │ │ ['get_5fsum_5fof_5fpositions_106', ['get_sum_of_positions', ['../groupcoord_8h.xhtml#a5dd8cc38de6142734f8f7ea30a75d192', 1, 'groupcoord.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['get_5fsymtab_5fhandle_107', ['get_symtab_handle', ['../symtab_8cpp.xhtml#a93dd26914c3871561eeee41a50634a9e', 1, 'get_symtab_handle(t_symtab *symtab, int name): symtab.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../symtab_8h.xhtml#a8a1d044b280872eae269d4482a4f9c25', 1, 'get_symtab_handle(t_symtab *symtab, int index): symtab.cpp'] │ │ │ │ │ + ['get_5fsymtab_5fhandle_107', ['get_symtab_handle', ['../symtab_8h.xhtml#a8a1d044b280872eae269d4482a4f9c25', 1, 'get_symtab_handle(t_symtab *symtab, int index): symtab.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../symtab_8cpp.xhtml#a93dd26914c3871561eeee41a50634a9e', 1, 'get_symtab_handle(t_symtab *symtab, int name): symtab.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['get_5ftmpi_5fomp_5fthread_5fdivision_108', ['get_tmpi_omp_thread_division', ['../resourcedivision_8cpp.xhtml#aeaaeaf817243af7a71a9d73bf0003d89', 1, 'resourcedivision.cpp']]], │ │ │ │ │ ['get_5fzone_5fpulse_5fgroups_109', ['get_zone_pulse_groups', ['../partition_8cpp.xhtml#a06a53f0dd4d8e35e2626e157095a1f9f', 1, 'partition.cpp']]], │ │ │ │ │ ['getadapters_110', ['getAdapters', ['../classgmx_1_1OutputAdapterContainer.xhtml#a2b47d075acb351480698317588de9973', 1, 'gmx::OutputAdapterContainer']]], │ │ │ │ │ ['getandersenrandomizegroup_111', ['getAndersenRandomizeGroup', ['../classgmx_1_1Update.xhtml#abf212e8923e69307e50782802c65aa3d', 1, 'gmx::Update']]], │ │ │ │ │ ['getangleindices_112', ['getAngleIndices', ['../namespacegmx.xhtml#a3ba035f8e8a15443a11a30d74eb001e4', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['getatomcount_113', ['getAtomCount', ['../classgmx_1_1ITopologyProvider.xhtml#a81d60993ea70526c014ff8d2ba99e197', 1, 'gmx::ITopologyProvider']]], │ │ │ │ │ @@ -1414,16 +1414,16 @@ │ │ │ │ │ ['gnth_995', ['gnth', ['../structomp__module__nthreads__t.xhtml#a74584a24b817803878e0e046ff1fb327', 1, 'omp_module_nthreads_t']]], │ │ │ │ │ ['gnth_5fpme_996', ['gnth_pme', ['../structomp__module__nthreads__t.xhtml#a84a7847560c9b6b7d7ce57935e587f1e', 1, 'omp_module_nthreads_t']]], │ │ │ │ │ ['go_997', ['Go', ['../namespacegmx.xhtml#aa72f45c17038ea5aae00ba6b17cab901a5f075ae3e1f9d0382bb8c4632991f96f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['gpp_5fatomtype_2ecpp_998', ['gpp_atomtype.cpp', ['../tests_2gpp__atomtype_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['gpp_5fatomtype_2eh_999', ['gpp_atomtype.h', ['../gpp__atomtype_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['gpp_5fbond_5fatomtype_2ecpp_1000', ['gpp_bond_atomtype.cpp', ['../tests_2gpp__bond__atomtype_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['gpp_5fbond_5fatomtype_2eh_1001', ['gpp_bond_atomtype.h', ['../gpp__bond__atomtype_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['gpu_1002', ['gpu', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a12502ff6638f23aeff85ad081f6a0a1ca52f9ec21735243ad9917cda3ca077d32', 1, 'gmx::test::GPU'], │ │ │ │ │ - ['../pme_8h.xhtml#adc082ed1af9a4868af13352373ed3791a52f9ec21735243ad9917cda3ca077d32', 1, 'GPU: pme.h'], │ │ │ │ │ + ['gpu_1002', ['gpu', ['../pme_8h.xhtml#adc082ed1af9a4868af13352373ed3791a52f9ec21735243ad9917cda3ca077d32', 1, 'GPU: pme.h'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a12502ff6638f23aeff85ad081f6a0a1ca52f9ec21735243ad9917cda3ca077d32', 1, 'gmx::test::GPU'], │ │ │ │ │ ['../clusterdistancekerneltype_8h.xhtml#a6d74049ae6c72289649a7de671a92068a3432ca64f06615abf07ab44c10cada38', 1, 'Gpu: clusterdistancekerneltype.h'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['gpu3dfft_1003', ['gpu3dfft', ['../classgmx_1_1Gpu3dFft.xhtml#a601de47c00396f7f8bb2df3fb91a65f0', 1, 'gmx::Gpu3dFft::Gpu3dFft()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Gpu3dFft.xhtml', 1, 'gmx::Gpu3dFft'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['gpu_5f3dfft_2ecpp_1004', ['gpu_3dfft.cpp', ['../gpu__3dfft_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['gpu_5f3dfft_2eh_1005', ['gpu_3dfft.h', ['../gpu__3dfft_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -1448,16 +1448,16 @@ │ │ │ │ │ ['gpu_5f3dfft_5fsycl_5frocfft_2eh_1024', ['gpu_3dfft_sycl_rocfft.h', ['../gpu__3dfft__sycl__rocfft_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['gpu_5f3dfft_5fsycl_5fvkfft_2ecpp_1025', ['gpu_3dfft_sycl_vkfft.cpp', ['../gpu__3dfft__sycl__vkfft_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['gpu_5f3dfft_5fsycl_5fvkfft_2eh_1026', ['gpu_3dfft_sycl_vkfft.h', ['../gpu__3dfft__sycl__vkfft_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['gpu_5faccumulate_5ftimings_1027', ['gpu_accumulate_timings', ['../namespaceNbnxm.xhtml#a2d3096195938f2b449db6229daaec598', 1, 'Nbnxm']]], │ │ │ │ │ ['gpu_5fclear_5foutputs_1028', ['gpu_clear_outputs', ['../namespaceNbnxm.xhtml#a0265ef6de04acc0eb2541af1553ed62c', 1, 'Nbnxm']]], │ │ │ │ │ ['gpu_5fcommon_2eh_1029', ['gpu_common.h', ['../gpu__common_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['gpu_5fcommon_5futils_2eh_1030', ['gpu_common_utils.h', ['../gpu__common__utils_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['gpu_5fcopy_5fxq_5fto_5fgpu_1031', ['gpu_copy_xq_to_gpu', ['../namespaceNbnxm.xhtml#a6ab6c8201335eac27131707a6207cd23', 1, 'Nbnxm::gpu_copy_xq_to_gpu(NbnxmGpu *nb, const nbnxn_atomdata_t *nbatom, const AtomLocality atomLocality)'], │ │ │ │ │ - ['../namespaceNbnxm.xhtml#a47baf14d693cf498e962c60359837101', 1, 'Nbnxm::gpu_copy_xq_to_gpu(NbnxmGpu gmx_unused *nb, const struct nbnxn_atomdata_t gmx_unused *nbdata, gmx::AtomLocality gmx_unused aloc)'] │ │ │ │ │ + ['gpu_5fcopy_5fxq_5fto_5fgpu_1031', ['gpu_copy_xq_to_gpu', ['../namespaceNbnxm.xhtml#a47baf14d693cf498e962c60359837101', 1, 'Nbnxm::gpu_copy_xq_to_gpu(NbnxmGpu gmx_unused *nb, const struct nbnxn_atomdata_t gmx_unused *nbdata, gmx::AtomLocality gmx_unused aloc)'], │ │ │ │ │ + ['../namespaceNbnxm.xhtml#a6ab6c8201335eac27131707a6207cd23', 1, 'Nbnxm::gpu_copy_xq_to_gpu(NbnxmGpu *nb, const nbnxn_atomdata_t *nbatom, const AtomLocality atomLocality)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['gpu_5fdata_5fmgmt_2eh_1032', ['gpu_data_mgmt.h', ['../gpu__data__mgmt_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['gpu_5ffree_1033', ['gpu_free', ['../namespaceNbnxm.xhtml#a4f5fa9f54b0226a99024cfc1b5f8317a', 1, 'Nbnxm::gpu_free(NbnxmGpu *nb)'], │ │ │ │ │ ['../namespaceNbnxm.xhtml#a32826de04a785e08587c6769fa37718e', 1, 'Nbnxm::gpu_free(NbnxmGpu gmx_unused *nb)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['gpu_5ffree_5fplatform_5fspecific_1034', ['gpu_free_platform_specific', ['../namespaceNbnxm.xhtml#ad0148ef44930e91b5950100e6ba1bce2', 1, 'Nbnxm']]], │ │ │ │ │ ['gpu_5fget_5ff_1035', ['gpu_get_f', ['../namespaceNbnxm.xhtml#abac2dba93430f43bac48391a09aa6f10', 1, 'Nbnxm']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_b.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -47,16 +47,16 @@ │ │ │ │ │ ['hardware_20taskassignment_34', ['Assigning simulation tasks to hardware (taskassignment)', ['../group__module__taskassignment.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['hardwaredetectiontestparams_35', ['HardwareDetectionTestParams', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mockhardwaretopology_8cpp_03.xhtml#a9f7fd9aa2aadb2fb12e381db86cf3753', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mockhardwaretopology.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['hardwaretopology_36', ['hardwaretopology', ['../classgmx_1_1HardwareTopology.xhtml#a524b02638d5644ffc59a0576364bcfa7', 1, 'gmx::HardwareTopology::HardwareTopology()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1HardwareTopology.xhtml', 1, 'gmx::HardwareTopology'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1HardwareTopology.xhtml#aef31c2ebd09d5d67b1b981af385e0e62', 1, 'gmx::HardwareTopology::HardwareTopology(const std::map< int, std::array< int, 3 > > &logicalProcessorIdMap, const std::string &filesystemRoot)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1HardwareTopology.xhtml#a4d802133ee88be4fa18d0b76fdba0196', 1, 'gmx::HardwareTopology::HardwareTopology(const std::string &filesystemRoot, const std::vector< int > &allowedProcessors)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['hardwaretopology_2ecpp_37', ['hardwaretopology.cpp', ['../hardwaretopology_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2hardwaretopology_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['hardwaretopology_2ecpp_37', ['hardwaretopology.cpp', ['../tests_2hardwaretopology_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../hardwaretopology_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['hardwaretopology_2eh_38', ['hardwaretopology.h', ['../hardwaretopology_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['hasall_39', ['hasAll', ['../structgmx_1_1SelectionTopologyProperties.xhtml#af8a7de4259caaa6fae5eb6e4fb12fbeb', 1, 'gmx::SelectionTopologyProperties']]], │ │ │ │ │ ['hasany_40', ['hasAny', ['../structgmx_1_1SelectionTopologyProperties.xhtml#a8f3322ffdccb62ca531f8e9bf66cb4eb', 1, 'gmx::SelectionTopologyProperties']]], │ │ │ │ │ ['hasbox_41', ['hasBox', ['../classgmx_1_1TrajectoryFrame.xhtml#a7460a889a7f6f45edb514dca72e984c7', 1, 'gmx::TrajectoryFrame']]], │ │ │ │ │ ['hasbreaks_42', ['hasBreaks', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03_1_1SecondaryStructuresData.xhtml#a85b888a0425d0e7ea1a678bce38350a4', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}::SecondaryStructuresData']]], │ │ │ │ │ ['hasbridges_43', ['hasBridges', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03_1_1SecondaryStructuresData.xhtml#a4bab808db0709f69205b569bcd4f3c6b', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}::SecondaryStructuresData']]], │ │ │ │ │ @@ -218,26 +218,26 @@ │ │ │ │ │ ['helpers_165', ['C++ standard library compatibility helpers.', ['../group__group__compatibility.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['helpexportcompletion_166', ['helpexportcompletion', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1HelpExportCompletion.xhtml#ad83b694e2124de02d6db4b8248c83831', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::HelpExportCompletion::HelpExportCompletion()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1HelpExportCompletion.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::HelpExportCompletion'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['helpexportrestructuredtext_167', ['helpexportrestructuredtext', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1HelpExportReStructuredText.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::HelpExportReStructuredText'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1HelpExportReStructuredText.xhtml#a7beb511be591b985e3b0ead22dfbe66d', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::HelpExportReStructuredText::HelpExportReStructuredText()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['helpformat_2ecpp_168', ['helpformat.cpp', ['../helpformat_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2helpformat_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['helpformat_2ecpp_168', ['helpformat.cpp', ['../tests_2helpformat_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../helpformat_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['helpformat_2eh_169', ['helpformat.h', ['../helpformat_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['helplinks_170', ['helplinks', ['../classgmx_1_1HelpLinks.xhtml', 1, 'gmx::HelpLinks'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1HelpLinks.xhtml#a8be2854c046e14440fc5da7ebfb04767', 1, 'gmx::HelpLinks::HelpLinks()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['helpmanager_171', ['helpmanager', ['../classgmx_1_1HelpManager.xhtml#a0578951cf2928a59819c0589065c4a5c', 1, 'gmx::HelpManager::HelpManager()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1HelpManager.xhtml', 1, 'gmx::HelpManager'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['helpmanager_2ecpp_172', ['helpmanager.cpp', ['../helpmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2helpmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['helpmanager_2ecpp_172', ['helpmanager.cpp', ['../tests_2helpmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../helpmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['helpmanager_2eh_173', ['helpmanager.h', ['../helpmanager_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['helpmanagertest_174', ['HelpManagerTest', ['../namespaceanonymous__namespace_02helpmanager_8cpp_03.xhtml#a185e06a567d499a776617c3ecfbc1798', 1, 'anonymous_namespace{helpmanager.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['helpmodule_5f_175', ['helpModule_', ['../classgmx_1_1CommandLineModuleManager_1_1Impl.xhtml#a8b5a1258815add1b14dca4d8ff8998c4', 1, 'gmx::CommandLineModuleManager::Impl']]], │ │ │ │ │ ['helpoutputformat_176', ['HelpOutputFormat', ['../namespacegmx.xhtml#adc6936f6090da8e4cf7801c8e71ee37f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['helptext_177', ['helptext', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02selhelp_8cpp_03_1_1KeywordDetailsHelpTopic.xhtml#aa3cfab4bcc96ceda1c81456f1f6cbc3f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{selhelp.cpp}::KeywordDetailsHelpTopic::helpText()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AbstractCompositeHelpTopic.xhtml#ab94bb5f1964de89ddb4da358aae48116', 1, 'gmx::AbstractCompositeHelpTopic::helpText()'], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_0.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -5,16 +5,16 @@ │ │ │ │ │ ['abstractoption_2eh_3', ['abstractoption.h', ['../abstractoption_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['abstractoptionstorage_2ecpp_4', ['abstractoptionstorage.cpp', ['../abstractoptionstorage_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['abstractoptionstorage_2eh_5', ['abstractoptionstorage.h', ['../abstractoptionstorage_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['abstractsection_2ecpp_6', ['abstractsection.cpp', ['../abstractsection_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['abstractsection_2eh_7', ['abstractsection.h', ['../abstractsection_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['accessor_5fpolicy_2ecpp_8', ['accessor_policy.cpp', ['../accessor__policy_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['accessor_5fpolicy_2eh_9', ['accessor_policy.h', ['../accessor__policy_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['alignedallocator_2ecpp_10', ['alignedallocator.cpp', ['../tests_2alignedallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../alignedallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['alignedallocator_2ecpp_10', ['alignedallocator.cpp', ['../alignedallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2alignedallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['alignedallocator_2eh_11', ['alignedallocator.h', ['../alignedallocator_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['alignedallocator_5fimpl_2eh_12', ['alignedallocator_impl.h', ['../alignedallocator__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['allocator_2eh_13', ['allocator.h', ['../allocator_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['analysisdata_2ecpp_14', ['analysisdata.cpp', ['../analysisdata_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2analysisdata_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_1.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -26,16 +26,16 @@ │ │ │ │ │ ['biasstate_2eh_24', ['biasstate.h', ['../biasstate_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['biaswriter_2eh_25', ['biaswriter.h', ['../biaswriter_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['binaryinformation_2ecpp_26', ['binaryinformation.cpp', ['../binaryinformation_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['binaryinformation_2eh_27', ['binaryinformation.h', ['../binaryinformation_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['bitmask_2eh_28', ['bitmask.h', ['../include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2bitmask_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['bonded_2ecpp_29', ['bonded.cpp', ['../tests_2bonded_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../bonded_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['bonded_2ecpp_29', ['bonded.cpp', ['../bonded_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2bonded_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['bonded_2eh_30', ['bonded.h', ['../bonded_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['booltype_2ecpp_31', ['booltype.cpp', ['../tests_2booltype_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../booltype_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['booltype_2eh_32', ['booltype.h', ['../booltype_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['bootstrap_5floadstore_2ecpp_33', ['bootstrap_loadstore.cpp', ['../bootstrap__loadstore_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_10.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -21,16 +21,16 @@ │ │ │ │ │ ['referencetemperaturemanager_2eh_17', ['referencetemperaturemanager.h', ['../referencetemperaturemanager_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['register_2ecpp_18', ['register.cpp', ['../frameconverters_2register_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2register_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['register_2eh_19', ['register.h', ['../register_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['repeatingsection_2ecpp_20', ['repeatingsection.cpp', ['../repeatingsection_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['repeatingsection_2eh_21', ['repeatingsection.h', ['../repeatingsection_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['replicaexchange_2ecpp_22', ['replicaexchange.cpp', ['../programs_2mdrun_2tests_2replicaexchange_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../gromacs_2mdrun_2replicaexchange_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['replicaexchange_2ecpp_22', ['replicaexchange.cpp', ['../gromacs_2mdrun_2replicaexchange_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../programs_2mdrun_2tests_2replicaexchange_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['replicaexchange_2eh_23', ['replicaexchange.h', ['../replicaexchange_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['replicaexchange_5fequivalence_2ecpp_24', ['replicaexchange_equivalence.cpp', ['../replicaexchange__equivalence_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['report_5fmethods_2ecpp_25', ['report_methods.cpp', ['../tests_2report__methods_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['reportgpuusage_2ecpp_26', ['reportgpuusage.cpp', ['../reportgpuusage_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['reportgpuusage_2eh_27', ['reportgpuusage.h', ['../reportgpuusage_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['requirements_2ecpp_28', ['requirements.cpp', ['../requirements_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_11.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -1,10 +1,10 @@ │ │ │ │ │ var searchData = [ │ │ │ │ │ - ['sasa_2ecpp_0', ['sasa.cpp', ['../tests_2sasa_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../modules_2sasa_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['sasa_2ecpp_0', ['sasa.cpp', ['../modules_2sasa_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2sasa_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['sasa_2eh_1', ['sasa.h', ['../sasa_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['scalar_2eh_2', ['scalar.h', ['../scalar_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['scalar_5fmath_2eh_3', ['scalar_math.h', ['../scalar__math_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['scalar_5futil_2eh_4', ['scalar_util.h', ['../scalar__util_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['scanner_2eh_5', ['scanner.h', ['../scanner_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['scanner_5finternal_2ecpp_6', ['scanner_internal.cpp', ['../scanner__internal_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -51,35 +51,35 @@ │ │ │ │ │ ['selhelp_2ecpp_39', ['selhelp.cpp', ['../selhelp_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['selhelp_2eh_40', ['selhelp.h', ['../selhelp_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['selmethod_2ecpp_41', ['selmethod.cpp', ['../selmethod_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['selmethod_2eh_42', ['selmethod.h', ['../selmethod_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['selparam_2eh_43', ['selparam.h', ['../selparam_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['selvalue_2ecpp_44', ['selvalue.cpp', ['../selvalue_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['selvalue_2eh_45', ['selvalue.h', ['../selvalue_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['setatoms_2ecpp_46', ['setatoms.cpp', ['../outputadapters_2setatoms_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2setatoms_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['setatoms_2ecpp_46', ['setatoms.cpp', ['../tests_2setatoms_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../outputadapters_2setatoms_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['setatoms_2eh_47', ['setatoms.h', ['../setatoms_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['setbothtime_2ecpp_48', ['setbothtime.cpp', ['../setbothtime_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['setbox_2eh_49', ['setbox.h', ['../setbox_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['setenv_2eh_50', ['setenv.h', ['../setenv_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['setforces_2ecpp_51', ['setforces.cpp', ['../setforces_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['setforces_2eh_52', ['setforces.h', ['../setforces_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['setprecision_2ecpp_53', ['setprecision.cpp', ['../setprecision_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['setprecision_2eh_54', ['setprecision.h', ['../setprecision_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['setstarttime_2ecpp_55', ['setstarttime.cpp', ['../outputadapters_2setstarttime_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2setstarttime_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['setstarttime_2ecpp_55', ['setstarttime.cpp', ['../tests_2setstarttime_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../outputadapters_2setstarttime_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['setstarttime_2eh_56', ['setstarttime.h', ['../setstarttime_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['settimestep_2ecpp_57', ['settimestep.cpp', ['../outputadapters_2settimestep_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2settimestep_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['settimestep_2eh_58', ['settimestep.h', ['../settimestep_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['settle_2ecpp_59', ['settle.cpp', ['../tests_2settle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../settle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['settle_2ecpp_59', ['settle.cpp', ['../settle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2settle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['settle_2eh_60', ['settle.h', ['../settle_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['settle_5fgpu_2ecpp_61', ['settle_gpu.cpp', ['../settle__gpu_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['settle_5fgpu_2eh_62', ['settle_gpu.h', ['../settle__gpu_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['settle_5fgpu_5finternal_2eh_63', ['settle_gpu_internal.h', ['../settle__gpu__internal_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['settle_5fgpu_5finternal_5fsycl_2ecpp_64', ['settle_gpu_internal_sycl.cpp', ['../settle__gpu__internal__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['settletestdata_2ecpp_65', ['settletestdata.cpp', ['../settletestdata_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_2.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -65,16 +65,16 @@ │ │ │ │ │ ['colvarsforceprovider_2ecpp_47', ['colvarsforceprovider.cpp', ['../tests_2colvarsforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../colvarsforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['colvarsforceprovider_2eh_48', ['colvarsforceprovider.h', ['../colvarsforceprovider_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['colvarsmdmodule_2ecpp_49', ['colvarsMDModule.cpp', ['../colvarsMDModule_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['colvarsmdmodule_2eh_50', ['colvarsMDModule.h', ['../colvarsMDModule_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['colvarsmdmodule_5fstub_2ecpp_51', ['colvarsMDModule_stub.cpp', ['../colvarsMDModule__stub_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['colvarsoptions_2ecpp_52', ['colvarsoptions.cpp', ['../colvarsoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2colvarsoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['colvarsoptions_2ecpp_52', ['colvarsoptions.cpp', ['../tests_2colvarsoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../colvarsoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['colvarsoptions_2eh_53', ['colvarsoptions.h', ['../colvarsoptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['colvarspreprocessor_2ecpp_54', ['colvarspreprocessor.cpp', ['../tests_2colvarspreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../colvarspreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['colvarspreprocessor_2eh_55', ['colvarspreprocessor.h', ['../colvarspreprocessor_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['colvarssimulationsparameters_2ecpp_56', ['colvarssimulationsparameters.cpp', ['../colvarssimulationsparameters_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -94,16 +94,16 @@ │ │ │ │ │ ['computeglobalselement_2eh_68', ['computeglobalselement.h', ['../computeglobalselement_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['computemultibodycutoffs_2ecpp_69', ['computemultibodycutoffs.cpp', ['../computemultibodycutoffs_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['computemultibodycutoffs_2eh_70', ['computemultibodycutoffs.h', ['../computemultibodycutoffs_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['confio_2ecpp_71', ['confio.cpp', ['../tests_2confio_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['conftest_2ecpp_72', ['conftest.cpp', ['../conftest_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['conftest_2eh_73', ['conftest.h', ['../conftest_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['constantacceleration_2ecpp_74', ['constantacceleration.cpp', ['../constantacceleration_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['constr_2ecpp_75', ['constr.cpp', ['../tests_2constr_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../constr_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['constr_2ecpp_75', ['constr.cpp', ['../constr_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2constr_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['constr_2eh_76', ['constr.h', ['../constr_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['constraintelement_2ecpp_77', ['constraintelement.cpp', ['../constraintelement_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['constraintelement_2eh_78', ['constraintelement.h', ['../constraintelement_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['constrtestdata_2ecpp_79', ['constrtestdata.cpp', ['../constrtestdata_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['constrtestdata_2eh_80', ['constrtestdata.h', ['../constrtestdata_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['constrtestrunners_2ecpp_81', ['constrtestrunners.cpp', ['../constrtestrunners_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -130,16 +130,16 @@ │ │ │ │ │ ['correlationdataset_2eh_98', ['correlationdataset.h', ['../correlationdataset_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['correlationgrid_2ecpp_99', ['correlationgrid.cpp', ['../correlationgrid_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['correlationgrid_2eh_100', ['correlationgrid.h', ['../correlationgrid_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['correlationhistory_2ecpp_101', ['correlationhistory.cpp', ['../correlationhistory_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['correlationhistory_2eh_102', ['correlationhistory.h', ['../correlationhistory_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['correlationtensor_2ecpp_103', ['correlationtensor.cpp', ['../correlationtensor_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['correlationtensor_2eh_104', ['correlationtensor.h', ['../correlationtensor_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['cpuinfo_2ecpp_105', ['cpuinfo.cpp', ['../cpuinfo_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2cpuinfo_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['cpuinfo_2ecpp_105', ['cpuinfo.cpp', ['../tests_2cpuinfo_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../cpuinfo_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['cpuinfo_2eh_106', ['cpuinfo.h', ['../cpuinfo_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['crosscorr_2ecpp_107', ['crosscorr.cpp', ['../crosscorr_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['crosscorr_2eh_108', ['crosscorr.h', ['../crosscorr_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cstringutil_2ecpp_109', ['cstringutil.cpp', ['../tests_2cstringutil_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cstringutil_2eh_110', ['cstringutil.h', ['../cstringutil_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cubicsplinetable_2ecpp_111', ['cubicsplinetable.cpp', ['../cubicsplinetable_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_3.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -16,31 +16,31 @@ │ │ │ │ │ ['datatest_2eh_14', ['datatest.h', ['../datatest_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['decidegpuusage_2ecpp_15', ['decidegpuusage.cpp', ['../decidegpuusage_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['decidegpuusage_2eh_16', ['decidegpuusage.h', ['../decidegpuusage_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['decidesimulationworkload_2ecpp_17', ['decidesimulationworkload.cpp', ['../decidesimulationworkload_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['decidesimulationworkload_2eh_18', ['decidesimulationworkload.h', ['../decidesimulationworkload_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['defaultinitializationallocator_2ecpp_19', ['defaultinitializationallocator.cpp', ['../defaultinitializationallocator_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['defaultinitializationallocator_2eh_20', ['defaultinitializationallocator.h', ['../defaultinitializationallocator_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['densityfit_2ecpp_21', ['densityfit.cpp', ['../densityfit_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2densityfit_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['densityfit_2ecpp_21', ['densityfit.cpp', ['../tests_2densityfit_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../densityfit_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['densityfit_2eh_22', ['densityfit.h', ['../densityfit_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['densityfitting_2ecpp_23', ['densityfitting.cpp', ['../densityfitting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2densityfitting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['densityfitting_2ecpp_23', ['densityfitting.cpp', ['../tests_2densityfitting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../densityfitting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['densityfittingamplitudelookup_2ecpp_24', ['densityfittingamplitudelookup.cpp', ['../densityfittingamplitudelookup_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2densityfittingamplitudelookup_8cpp.xhtml', 1, '(Global 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['densityfittingforceprovider_2ecpp_28', ['densityfittingforceprovider.cpp', ['../tests_2densityfittingforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../densityfittingforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['densityfittingforceprovider_2eh_29', ['densityfittingforceprovider.h', ['../densityfittingforceprovider_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['densityfittingmodule_2ecpp_30', ['densityfittingmodule.cpp', ['../densityfittingmodule_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['densityfittingoptions_2ecpp_31', ['densityfittingoptions.cpp', ['../densityfittingoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2densityfittingoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['densityfittingoptions_2eh_32', ['densityfittingoptions.h', ['../densityfittingoptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -53,27 +53,27 @@ │ │ │ │ │ ['device_5fcontext_2eh_39', ['device_context.h', ['../device__context_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fcontext_5focl_2ecpp_40', ['device_context_ocl.cpp', ['../device__context__ocl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fcontext_5fsycl_2ecpp_41', ['device_context_sycl.cpp', ['../device__context__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fevent_2eh_42', ['device_event.h', ['../device__event_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fevent_5focl_2eh_43', ['device_event_ocl.h', ['../device__event__ocl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fevent_5fsycl_2eh_44', ['device_event_sycl.h', ['../device__event__sycl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5finformation_2eh_45', ['device_information.h', ['../device__information_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['device_5fmanagement_2ecpp_46', ['device_management.cpp', ['../device__management_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2device__management_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['device_5fmanagement_2ecpp_46', ['device_management.cpp', ['../tests_2device__management_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../device__management_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['device_5fmanagement_2eh_47', ['device_management.h', ['../device__management_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5fcommon_2ecpp_48', ['device_management_common.cpp', ['../device__management__common_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5focl_2ecpp_49', ['device_management_ocl.cpp', ['../device__management__ocl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5fsycl_2ecpp_50', ['device_management_sycl.cpp', ['../device__management__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5fsycl_5fintel_5fdevice_5fids_2ecpp_51', ['device_management_sycl_intel_device_ids.cpp', ['../device__management__sycl__intel__device__ids_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5fsycl_5fintel_5fdevice_5fids_2eh_52', ['device_management_sycl_intel_device_ids.h', ['../device__management__sycl__intel__device__ids_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fstream_2ecpp_53', ['device_stream.cpp', ['../device__stream_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fstream_2eh_54', ['device_stream.h', ['../device__stream_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['device_5fstream_5fmanager_2ecpp_55', ['device_stream_manager.cpp', ['../tests_2device__stream__manager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../device__stream__manager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['device_5fstream_5fmanager_2ecpp_55', ['device_stream_manager.cpp', ['../device__stream__manager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2device__stream__manager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['device_5fstream_5fmanager_2eh_56', ['device_stream_manager.h', ['../device__stream__manager_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fstream_5focl_2ecpp_57', ['device_stream_ocl.cpp', ['../device__stream__ocl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fstream_5fsycl_2ecpp_58', ['device_stream_sycl.cpp', ['../device__stream__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['devicebuffer_2eh_59', ['devicebuffer.h', ['../devicebuffer_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['devicebuffer_5fdatatype_2eh_60', ['devicebuffer_datatype.h', ['../devicebuffer__datatype_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['devicebuffer_5focl_2eh_61', ['devicebuffer_ocl.h', ['../devicebuffer__ocl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -116,13 +116,13 @@ │ │ │ │ │ ['domdec_5fvsite_2eh_96', ['domdec_vsite.h', ['../domdec__vsite_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['domdechelper_2ecpp_97', ['domdechelper.cpp', ['../domdechelper_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['domdechelper_2eh_98', ['domdechelper.h', ['../domdechelper_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['dssp_2ecpp_99', ['dssp.cpp', ['../tests_2dssp_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../modules_2dssp_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['dssp_2eh_100', ['dssp.h', ['../dssp_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['dump_2ecpp_101', ['dump.cpp', ['../tools_2tests_2dump_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['dump_2ecpp_101', ['dump.cpp', ['../domdec_2dump_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tools_2dump_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../domdec_2dump_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['../tools_2tests_2dump_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['dump_2eh_102', ['dump.h', ['../domdec_2dump_8h.xhtml', 1, '']]] │ │ │ │ │ ]; │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_7.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -9,30 +9,30 @@ │ │ │ │ │ ['hardwaretopology_2eh_5', ['hardwaretopology.h', ['../hardwaretopology_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['hashedmap_2ecpp_6', ['hashedmap.cpp', ['../hashedmap_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['hashedmap_2eh_7', ['hashedmap.h', ['../hashedmap_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['hbond_2ecpp_8', ['hbond.cpp', ['../tests_2hbond_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../modules_2hbond_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['hbond_2eh_9', ['hbond.h', ['../hbond_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['helpformat_2ecpp_10', ['helpformat.cpp', ['../helpformat_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2helpformat_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['helpformat_2ecpp_10', ['helpformat.cpp', ['../tests_2helpformat_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../helpformat_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['helpformat_2eh_11', ['helpformat.h', ['../helpformat_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['helpmanager_2ecpp_12', ['helpmanager.cpp', ['../tests_2helpmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../helpmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['helpmanager_2ecpp_12', ['helpmanager.cpp', ['../helpmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2helpmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['helpmanager_2eh_13', ['helpmanager.h', ['../helpmanager_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['helptopic_2ecpp_14', ['helptopic.cpp', ['../helptopic_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['helptopic_2eh_15', ['helptopic.h', ['../helptopic_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['helpwritercontext_2ecpp_16', ['helpwritercontext.cpp', ['../helpwritercontext_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2helpwritercontext_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['helpwritercontext_2eh_17', ['helpwritercontext.h', ['../helpwritercontext_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['helpwriting_2ecpp_18', ['helpwriting.cpp', ['../programs_2mdrun_2tests_2helpwriting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../gromacs_2tools_2tests_2helpwriting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['helpwriting_2ecpp_18', ['helpwriting.cpp', ['../gromacs_2tools_2tests_2helpwriting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../programs_2mdrun_2tests_2helpwriting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['histogram_2ecpp_19', ['histogram.cpp', ['../modules_2histogram_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2histogram_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['histogram_2eh_20', ['histogram.h', ['../histogram_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['histogramsize_2ecpp_21', ['histogramsize.cpp', ['../histogramsize_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['histogramsize_2eh_22', ['histogramsize.h', ['../histogramsize_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_b.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -3,16 +3,16 @@ │ │ │ │ │ ['makebondedlinks_2ecpp_1', ['makebondedlinks.cpp', ['../makebondedlinks_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['makebondedlinks_2eh_2', ['makebondedlinks.h', ['../makebondedlinks_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['makeconstraints_2eh_3', ['makeconstraints.h', ['../makeconstraints_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['manage_5fthreading_2ecpp_4', ['manage_threading.cpp', ['../manage__threading_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['manage_5fthreading_2eh_5', ['manage_threading.h', ['../manage__threading_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['manager_2ecpp_6', ['manager.cpp', ['../manager_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['manager_2eh_7', ['manager.h', ['../manager_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['manyautocorrelation_2ecpp_8', ['manyautocorrelation.cpp', ['../manyautocorrelation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2manyautocorrelation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['manyautocorrelation_2ecpp_8', ['manyautocorrelation.cpp', ['../tests_2manyautocorrelation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../manyautocorrelation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['manyautocorrelation_2eh_9', ['manyautocorrelation.h', ['../manyautocorrelation_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['matrix_2ecpp_10', ['matrix.cpp', ['../math_2tests_2matrix_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../math_2matrix_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['matrix_2eh_11', ['matrix.h', ['../math_2include_2gromacs_2math_2matrix_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['md_2ecpp_12', ['md.cpp', ['../md_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -30,16 +30,16 @@ │ │ │ │ │ ['mdrun_5fmain_2eh_24', ['mdrun_main.h', ['../mdrun__main_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mdrunoptions_2eh_25', ['mdrunoptions.h', ['../mdrunoptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mdsetup_2eh_26', ['mdsetup.h', ['../mdsetup_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mdspan_2ecpp_27', ['mdspan.cpp', ['../mdspan_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mdspan_2eh_28', ['mdspan.h', ['../mdspan_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mempool_2ecpp_29', ['mempool.cpp', ['../mempool_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mempool_2eh_30', ['mempool.h', ['../mempool_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['message_5fstring_5fcollector_2ecpp_31', ['message_string_collector.cpp', ['../tests_2message__string__collector_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../message__string__collector_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['message_5fstring_5fcollector_2ecpp_31', ['message_string_collector.cpp', ['../message__string__collector_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2message__string__collector_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['message_5fstring_5fcollector_2eh_32', ['message_string_collector.h', ['../message__string__collector_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mimic_2ecpp_33', ['mimic.cpp', ['../gromacs_2mdrun_2mimic_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../programs_2mdrun_2tests_2mimic_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['minimize_2ecpp_34', ['minimize.cpp', ['../gromacs_2mdrun_2minimize_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../programs_2mdrun_2tests_2minimize_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ @@ -63,20 +63,20 @@ │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mp11_2eh_48', ['mp11.h', ['../mp11_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mpi_5fprinter_2eh_49', ['mpi_printer.h', ['../mpi__printer_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mpitest_2ecpp_50', ['mpitest.cpp', ['../mpitest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2mpitest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mpitest_2eh_51', ['mpitest.h', ['../mpitest_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['mrcdensitymap_2ecpp_52', ['mrcdensitymap.cpp', ['../mrcdensitymap_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2mrcdensitymap_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['mrcdensitymap_2ecpp_52', ['mrcdensitymap.cpp', ['../tests_2mrcdensitymap_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../mrcdensitymap_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mrcdensitymap_2eh_53', ['mrcdensitymap.h', ['../mrcdensitymap_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['mrcdensitymapheader_2ecpp_54', ['mrcdensitymapheader.cpp', ['../tests_2mrcdensitymapheader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../mrcdensitymapheader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['mrcdensitymapheader_2ecpp_54', ['mrcdensitymapheader.cpp', ['../mrcdensitymapheader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2mrcdensitymapheader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mrcdensitymapheader_2eh_55', ['mrcdensitymapheader.h', ['../mrcdensitymapheader_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mrcserializer_2ecpp_56', ['mrcserializer.cpp', ['../mrcserializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2mrcserializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mrcserializer_2eh_57', ['mrcserializer.h', ['../mrcserializer_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['msd_2ecpp_58', ['msd.cpp', ['../modules_2msd_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_e.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -145,16 +145,16 @@ │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['position_5frestraints_2eh_128', ['position_restraints.h', ['../position__restraints_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['printtime_2eh_129', ['printtime.h', ['../printtime_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['programcontext_2ecpp_130', ['programcontext.cpp', ['../programcontext_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['programcontext_2eh_131', ['programcontext.h', ['../programcontext_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['propagator_2ecpp_132', ['propagator.cpp', ['../propagator_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['propagator_2eh_133', ['propagator.h', ['../propagator_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['pull_2ecpp_134', ['pull.cpp', ['../gromacs_2pulling_2tests_2pull_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../programs_2mdrun_2tests_2pull_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['pull_2ecpp_134', ['pull.cpp', ['../programs_2mdrun_2tests_2pull_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../gromacs_2pulling_2tests_2pull_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pull_2eh_135', ['pull.h', ['../pull_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pull_5finternal_2eh_136', ['pull_internal.h', ['../pull__internal_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pull_5fparams_2eh_137', ['pull_params.h', ['../pull__params_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pull_5frotation_2ecpp_138', ['pull_rotation.cpp', ['../programs_2mdrun_2tests_2pull__rotation_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pull_5frotation_2eh_139', ['pull_rotation.h', ['../pull__rotation_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pullcoordexpressionparser_2eh_140', ['pullcoordexpressionparser.h', ['../pullcoordexpressionparser_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_f.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -12,15 +12,15 @@ │ │ │ │ │ ['../tests_2qmmminputgenerator_8cpp.xhtml', 1, '(Global 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['../qmmmtopologypreprocessor_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['qmmmtypes_2eh_11', ['qmmmtypes.h', ['../qmmmtypes_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['quadraticsplinetable_2ecpp_12', ['quadraticsplinetable.cpp', ['../quadraticsplinetable_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['quadraticsplinetable_2eh_13', ['quadraticsplinetable.h', ['../quadraticsplinetable_8h.xhtml', 1, '']]] │ │ │ │ │ ]; │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-lib/search/all_15.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -549,16 +549,16 @@ │ │ │ │ │ ['simd_20preprocessor_20macros_352', ['Predefined SIMD preprocessor macros', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md66', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd_2eh_353', ['simd.h', ['../include_2gromacs_2simd_2simd_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd4_20implementation_354', ['SIMD4 implementation', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md64', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd4bool_355', ['Simd4Bool', ['../namespacegmx.xhtml#acb6a84be080be397c2c09cda9f315037', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['simd4dbool_356', ['simd4dbool', ['../classgmx_1_1Simd4DBool.xhtml#a428de6b27a42a06dd0fd632660b3ae9d', 1, 'gmx::Simd4DBool::Simd4DBool()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Simd4DBool.xhtml', 1, 'gmx::Simd4DBool'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['simd4double_357', ['simd4double', ['../classgmx_1_1Simd4Double.xhtml', 1, 'gmx::Simd4Double'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Simd4Double.xhtml#a92931f93554548894cd5daa60af49525', 1, 'gmx::Simd4Double::Simd4Double()'] │ │ │ │ │ + ['simd4double_357', ['simd4double', ['../classgmx_1_1Simd4Double.xhtml#a92931f93554548894cd5daa60af49525', 1, 'gmx::Simd4Double::Simd4Double()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Simd4Double.xhtml', 1, 'gmx::Simd4Double'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simd4fbool_358', ['simd4fbool', ['../classgmx_1_1Simd4FBool.xhtml#ad64754cbb774d9cab1ed08c49a6e28bc', 1, 'gmx::Simd4FBool::Simd4FBool()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Simd4FBool.xhtml', 1, 'gmx::Simd4FBool'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simd4float_359', ['simd4float', ['../classgmx_1_1Simd4Float.xhtml#a4d61d22b9955c0f6fa78804562704cbe', 1, 'gmx::Simd4Float::Simd4Float()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Simd4Float.xhtml', 1, 'gmx::Simd4Float'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-lib/search/all_17.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -24,17 +24,17 @@ │ │ │ │ │ ['unitcellistriclinic_16', ['UnitCellIsTriclinic', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9a99285c8187fb87e756f127435045dc3f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unitcelltype_17', ['UnitCellType', ['../namespacegmx.xhtml#af897bff42be729e6eaf3c4dc6e199722', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unitcelltypenames_18', ['unitCellTypeNames', ['../namespacegmx.xhtml#ae81efb97e81499b750d906d26a29ce18', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unitvector_19', ['unitvector', ['../namespacegmx.xhtml#a5bc71ede59923e4d25b11a995139970a', 1, 'gmx::unitVector()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a4e7218ba6cbb3bc735e31a43597ec7a9', 1, 'gmx::BasicVector::unitVector()'] │ 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Nijenborgh 4, 9747 AG Groningen, │ │ │ │ │ The Netherlands. │ │ │ │ │ -© 2001 – 2025: │ │ │ │ │ +© 2001 – 2024: │ │ │ │ │ The GROMACS development teams at the Royal Institute of Technology and Uppsala University, │ │ │ │ │ Sweden. │ │ │ │ │ This manual is not complete and has no pretension to be so due to lack of time of the contributors – our first │ │ │ │ │ priority is to improve the software. It is worked on continuously, which in some cases might mean the information │ │ │ │ │ is not entirely correct. │ │ │ │ │ Comments on form and content are welcome, please send them to the user discussion forum or the developer │ │ │ │ │ discussion forum (see our webpage or this section on how to contribute (page 620)), or open an issue on our issue │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/reference-manual/preface.html │ │ │ │ @@ -4115,15 +4115,15 @@ │ │ │ │ 00010120: 2c20 556e 6976 6572 7369 7479 206f 6620 , University of │ │ │ │ 00010130: 4772 6f6e 696e 6765 6e2e 0a4e 696a 656e Groningen..Nijen │ │ │ │ 00010140: 626f 7267 6820 342c 2039 3734 3720 4147 borgh 4, 9747 AG │ │ │ │ 00010150: 2047 726f 6e69 6e67 656e 2c20 5468 6520 Groningen, The │ │ │ │ 00010160: 4e65 7468 6572 6c61 6e64 732e 3c2f 703e Netherlands.</p> │ │ │ │ 00010170: 0a3c 2f64 6976 3e3c 2f62 6c6f 636b 7175 .</div></blockqu │ │ │ │ 00010180: 6f74 653e 0a3c 703e c2a9 2032 3030 3120 ote>.<p>.. 2001 │ │ │ │ -00010190: e280 9320 3230 3235 3a3c 2f70 3e0a 3c62 ... 2025:</p>.<b │ │ │ │ +00010190: e280 9320 3230 3234 3a3c 2f70 3e0a 3c62 ... 2024:</p>.<b │ │ │ │ 000101a0: 6c6f 636b 7175 6f74 653e 0a3c 6469 763e lockquote>.<div> │ │ │ │ 000101b0: 3c70 3e54 6865 2047 524f 4d41 4353 2064 <p>The GROMACS d │ │ │ │ 000101c0: 6576 656c 6f70 6d65 6e74 2074 6561 6d73 evelopment teams │ │ │ │ 000101d0: 2061 7420 7468 6520 526f 7961 6c20 496e at the Royal In │ │ │ │ 000101e0: 7374 6974 7574 6520 6f66 2054 6563 686e stitute of Techn │ │ │ │ 000101f0: 6f6c 6f67 7920 616e 640a 5570 7073 616c ology and.Uppsal │ │ │ │ 00010200: 6120 556e 6976 6572 7369 7479 2c20 5377 a University, Sw │ │ │ │ ├── html2text {} │ │ │ │ │ @@ -436,15 +436,15 @@ │ │ │ │ │ Pieter Meulenhoff, Teemu Murtola, Sander Pronk, Michael Shirts, Alfons Sijbers, │ │ │ │ │ Balint Soproni, David van der Spoel, Peter Tieleman, Carsten Uphoff, Jon │ │ │ │ │ Vincent, Teemu Virolainen, Christian Wennberg, Maarten Wolf, Artem Zhmurov │ │ │ │ │ Project leaders: Berk Hess, Erik Lindahl │ │ │ │ │ © 1991 – 2000: │ │ │ │ │ Department of Biophysical Chemistry, University of Groningen. │ │ │ │ │ Nijenborgh 4, 9747 AG Groningen, The Netherlands. │ │ │ │ │ -© 2001 – 2025: │ │ │ │ │ +© 2001 – 2024: │ │ │ │ │ The GROMACS development teams at the Royal Institute of Technology │ │ │ │ │ and Uppsala University, Sweden. │ │ │ │ │ This manual is not complete and has no pretension to be so due to lack of time │ │ │ │ │ of the contributors – our first priority is to improve the software. 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