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-Vlib/python3/dist-packages/mmtbx/command_line/fake_f_obs.py │ │ │ │ +Vlib/python3/dist-packages/mmtbx/command_line/fetch_pdb.py │ │ │ │ p2957 │ │ │ │ sbsg0 │ │ │ │ (g17 │ │ │ │ g2 │ │ │ │ Ntp2958 │ │ │ │ Rp2959 │ │ │ │ (dp2960 │ │ │ │ g21 │ │ │ │ g23 │ │ │ │ sg26 │ │ │ │ -Vbin/mmtbx.compare_ligands │ │ │ │ +Vbin/phenix.real_space_correlation │ │ │ │ p2961 │ │ │ │ sbg0 │ │ │ │ (g17 │ │ │ │ g2 │ │ │ │ Ntp2962 │ │ │ │ Rp2963 │ │ │ │ (dp2964 │ │ │ │ g21 │ │ │ │ g23 │ │ │ │ sg26 │ │ │ │ -Vlib/python3/dist-packages/mmtbx/command_line/compare_ligands.py │ │ │ │ +Vlib/python3/dist-packages/mmtbx/command_line/real_space_correlation.py │ │ │ │ p2965 │ │ │ │ sbsg0 │ │ │ │ (g17 │ │ │ │ g2 │ │ │ │ Ntp2966 │ │ │ │ Rp2967 │ │ │ │ (dp2968 │ │ │ │ g21 │ │ │ │ g23 │ │ │ │ sg26 │ │ │ │ -Vbin/phenix.rna_validate_suites │ │ │ │ +Vbin/phenix.molprobity │ │ │ │ p2969 │ │ │ │ sbg0 │ │ │ │ (g17 │ │ │ │ g2 │ │ │ │ Ntp2970 │ │ │ │ Rp2971 │ │ │ │ (dp2972 │ │ │ │ g21 │ │ │ │ g23 │ │ │ │ sg26 │ │ │ │ -Vlib/python3/dist-packages/mmtbx/command_line/rna_validate_suites.py │ │ │ │ +Vlib/python3/dist-packages/mmtbx/command_line/molprobity.py │ │ │ │ p2973 │ │ │ │ sbsg0 │ │ │ │ (g17 │ │ │ │ g2 │ │ │ │ Ntp2974 │ │ │ │ Rp2975 │ │ │ │ (dp2976 │ │ │ │ g21 │ │ │ │ g23 │ │ │ │ sg26 │ │ │ │ -Vbin/molprobity.rna_validate_suites │ │ │ │ +Vbin/molprobity.molprobity │ │ │ │ p2977 │ │ │ │ sbg0 │ │ │ │ (g17 │ │ │ │ g2 │ │ │ │ Ntp2978 │ │ │ │ Rp2979 │ │ │ │ (dp2980 │ │ │ │ g21 │ │ │ │ g23 │ │ │ │ sg26 │ │ │ │ -Vlib/python3/dist-packages/mmtbx/command_line/rna_validate_suites.py │ │ │ │ +Vlib/python3/dist-packages/mmtbx/command_line/molprobity.py │ │ │ │ p2981 │ │ │ │ sbsg0 │ │ │ │ (g17 │ │ │ │ g2 │ │ │ │ Ntp2982 │ │ │ │ Rp2983 │ │ │ │ (dp2984 │ │ │ │ g21 │ │ │ │ g23 │ │ │ │ sg26 │ │ │ │ -Vbin/phenix.tls │ │ │ │ +Vbin/mmtbx.apply_ncs_to_ligand │ │ │ │ p2985 │ │ │ │ sbg0 │ │ │ │ (g17 │ │ │ │ g2 │ │ │ │ Ntp2986 │ │ │ │ Rp2987 │ │ │ │ (dp2988 │ │ │ │ g21 │ │ │ │ g23 │ │ │ │ sg26 │ │ │ │ -Vlib/python3/dist-packages/mmtbx/command_line/tls.py │ │ │ │ +Vlib/python3/dist-packages/mmtbx/command_line/apply_ncs_to_ligand.py │ │ │ │ p2989 │ │ │ │ sbsg0 │ │ │ │ (g17 │ │ │ │ g2 │ │ │ │ Ntp2990 │ │ │ │ Rp2991 │ │ │ │ (dp2992 │ │ │ │ g21 │ │ │ │ g23 │ │ │ │ sg26 │ │ │ │ -Vbin/mmtbx.process_predicted_model │ │ │ │ +Vbin/phenix.xtriage │ │ │ │ p2993 │ │ │ │ sbg0 │ │ │ │ (g17 │ │ │ │ g2 │ │ │ │ Ntp2994 │ │ │ │ Rp2995 │ │ │ │ (dp2996 │ │ │ │ g21 │ │ │ │ g23 │ │ │ │ sg26 │ │ │ │ -Vlib/python3/dist-packages/mmtbx/command_line/process_predicted_model.py │ │ │ │ +Vlib/python3/dist-packages/mmtbx/command_line/xtriage.py │ │ │ │ p2997 │ │ │ │ sbsg0 │ │ │ │ (g17 │ │ │ │ g2 │ │ │ │ Ntp2998 │ │ │ │ Rp2999 │ │ │ │ (dp3000 │ │ │ │ g21 │ │ │ │ g23 │ │ │ │ sg26 │ │ │ │ -Vbin/phenix.process_predicted_model │ │ │ │ +Vbin/mmtbx.xtriage │ │ │ │ p3001 │ │ │ │ sbg0 │ │ │ │ (g17 │ │ │ │ g2 │ │ │ │ Ntp3002 │ │ │ │ Rp3003 │ │ │ │ (dp3004 │ │ │ │ g21 │ │ │ │ g23 │ │ │ │ sg26 │ │ │ │ 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-Vlib/python3/dist-packages/mmtbx/command_line/emringer.py │ │ │ │ +Vlib/python3/dist-packages/mmtbx/command_line/pdb_atom_selection.py │ │ │ │ p2925 │ │ │ │ sbsg0 │ │ │ │ (g17 │ │ │ │ g2 │ │ │ │ Ntp2926 │ │ │ │ Rp2927 │ │ │ │ (dp2928 │ │ │ │ g21 │ │ │ │ g23 │ │ │ │ sg26 │ │ │ │ -Vbin/mmtbx.apply_ncs_to_ligand │ │ │ │ +Vbin/mmtbx.water_screen │ │ │ │ p2929 │ │ │ │ sbg0 │ │ │ │ (g17 │ │ │ │ g2 │ │ │ │ Ntp2930 │ │ │ │ Rp2931 │ │ │ │ (dp2932 │ │ │ │ g21 │ │ │ │ g23 │ │ │ │ sg26 │ │ │ │ -Vlib/python3/dist-packages/mmtbx/command_line/apply_ncs_to_ligand.py │ │ │ │ +Vlib/python3/dist-packages/mmtbx/command_line/water_screen.py │ │ │ │ p2933 │ │ │ │ sbsg0 │ │ │ │ (g17 │ │ │ │ g2 │ │ │ │ Ntp2934 │ │ │ │ Rp2935 │ │ │ │ (dp2936 │ │ │ │ g21 │ │ │ │ g23 │ │ │ │ sg26 │ │ │ │ -Vbin/mmtbx.nonbonded_overlaps │ │ │ │ +Vbin/mmtbx.fmodel_simple │ │ │ │ p2937 │ │ │ │ sbg0 │ │ │ │ (g17 │ │ │ │ g2 │ │ │ │ Ntp2938 │ │ │ │ Rp2939 │ │ │ │ (dp2940 │ │ │ │ g21 │ │ │ │ g23 │ │ │ │ sg26 │ │ │ │ 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-Vlib/python3/dist-packages/mmtbx/command_line/tls.py │ │ │ │ +Vlib/python3/dist-packages/mmtbx/command_line/apply_ncs_to_ligand.py │ │ │ │ p2989 │ │ │ │ sbsg0 │ │ │ │ (g17 │ │ │ │ g2 │ │ │ │ Ntp2990 │ │ │ │ Rp2991 │ │ │ │ (dp2992 │ │ │ │ g21 │ │ │ │ g23 │ │ │ │ sg26 │ │ │ │ -Vbin/mmtbx.process_predicted_model │ │ │ │ +Vbin/phenix.xtriage │ │ │ │ p2993 │ │ │ │ sbg0 │ │ │ │ (g17 │ │ │ │ g2 │ │ │ │ Ntp2994 │ │ │ │ Rp2995 │ │ │ │ (dp2996 │ │ │ │ g21 │ │ │ │ g23 │ │ │ │ sg26 │ │ │ │ -Vlib/python3/dist-packages/mmtbx/command_line/process_predicted_model.py │ │ │ │ +Vlib/python3/dist-packages/mmtbx/command_line/xtriage.py │ │ │ │ p2997 │ │ │ │ sbsg0 │ │ │ │ (g17 │ │ │ │ g2 │ │ │ │ Ntp2998 │ │ │ │ Rp2999 │ │ │ │ (dp3000 │ │ │ │ g21 │ │ │ │ g23 │ │ │ │ sg26 │ │ │ │ -Vbin/phenix.process_predicted_model │ │ │ │ +Vbin/mmtbx.xtriage │ │ │ │ p3001 │ │ │ │ sbg0 │ │ │ │ (g17 │ │ │ │ g2 │ │ │ │ Ntp3002 │ │ │ │ Rp3003 │ │ │ │ (dp3004 │ │ │ │ g21 │ │ │ │ g23 │ │ │ │ sg26 │ │ │ │ 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