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(0) root (0) 1719 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dlerp.1.gz │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1304 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dlandmarks-transform.1.gz │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1722 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dlerp.1.gz │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 7892 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dmany2one-nonrigid.1.gz │ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1877 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dmaskseeded.1.gz │ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2563 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dmotioncompica-nonrigid.1.gz │ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 9545 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dnonrigidreg-alt.1.gz │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1874 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dmaskseeded.1.gz │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2559 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dmotioncompica-nonrigid.1.gz │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 9543 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dnonrigidreg-alt.1.gz │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 9404 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dnonrigidreg.1.gz │ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 10016 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dprealign-nonrigid.1.gz │ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 5803 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dpropose-boundingbox.1.gz │ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 5107 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3drigidreg.1.gz │ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1931 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dsegment-ahmed.1.gz │ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2573 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dsegment-local-cmeans.1.gz │ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 9440 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dserial-nonrigid.1.gz │ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1589 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dseries-track-intensity.1.gz │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 10018 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dprealign-nonrigid.1.gz │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 5802 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dpropose-boundingbox.1.gz │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 5113 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3drigidreg.1.gz │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1930 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dsegment-ahmed.1.gz │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2568 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dsegment-local-cmeans.1.gz │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 9442 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dserial-nonrigid.1.gz │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1585 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dseries-track-intensity.1.gz │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1369 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dtrackpixelmovement.1.gz │ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1713 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dtransform.1.gz │ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1317 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dtransform2vf.1.gz │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1718 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dtransform.1.gz │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1314 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dtransform2vf.1.gz │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1267 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dvectorfieldcreate.1.gz │ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1661 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dvf2transform.1.gz │ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1267 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dvfcompare.1.gz │ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1121 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-cmeans.1.gz │ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 882 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-filenumberpattern.1.gz │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1657 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dvf2transform.1.gz │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1268 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dvfcompare.1.gz │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1120 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-cmeans.1.gz │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 883 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-filenumberpattern.1.gz │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 986 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-labelsort.1.gz │ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 6460 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-mesh-deformable-model.1.gz │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 6457 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-mesh-deformable-model.1.gz │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2140 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-mesh-to-maskimage.1.gz │ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1954 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-meshdistance-to-stackmask.1.gz │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1955 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-meshdistance-to-stackmask.1.gz │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2435 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-meshfilter.1.gz │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1656 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-multihist.1.gz │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 900 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-myowavelettest.1.gz │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 850 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-plugin-help.1.gz │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1737 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-raw2image.1.gz │ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1801 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-raw2volume.1.gz │ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1092 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-wavelettrans.1.gz │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1805 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-raw2volume.1.gz │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1086 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-wavelettrans.1.gz │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2davgmasked.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2davgmasked.1 │ │ │ │ │ @@ -5,18 +5,18 @@ │ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ │ .B mia\-2davgmasked \-i \-m [options] │ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ │ .B mia\-2davgmasked │ │ │ │ │ Evaluate average intensities of an image seriesThis program is used to evaluate the average intensity and its variation of a series of images in a given masked region. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-files=(required, input); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-files=(input, required); io" │ │ │ │ │ input image(s) │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ -.IP "\-m \-\-mask-file=(required, input); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-m \-\-mask-file=(input, required); io" │ │ │ │ │ mask image, must be of type byte │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .SS Help & Info │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ .IP "\-V \-\-verbose=warning" │ │ │ │ │ verbosity of output, print messages of given level and higher priorities. Supported priorities starting at lowest level are: │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dbinarycombine.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dbinarycombine.1 │ │ │ │ │ @@ -5,21 +5,21 @@ │ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ │ .B mia\-2dbinarycombine \-1 \-2 \-o [options] │ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ │ .B mia\-2dbinarycombine │ │ │ │ │ This program is used to combine two binary images by some kind of operation. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-1 \-\-file1=(input, required); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-1 \-\-file1=(required, input); io" │ │ │ │ │ input mask image 1 │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ -.IP "\-2 \-\-file2=(input, required); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-2 \-\-file2=(required, input); io" │ │ │ │ │ input mask image 2 │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); io" │ │ │ │ │ output mask image │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-p \-\-operation=nor" │ │ │ │ │ Operation to be applied │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RS 10 │ │ │ │ │ .I │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dforce.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dforce.1 │ │ │ │ │ @@ -5,18 +5,18 @@ │ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ │ .B mia\-2dforce \-i \-r \-o \-c [options] │ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ │ .B mia\-2dforce │ │ │ │ │ This image evaluate the force field between two images based on a given cost function. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-src-file=(required, input); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-src-file=(input, required); io" │ │ │ │ │ input image │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ -.IP "\-r \-\-ref-file=(required, input); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-r \-\-ref-file=(input, required); io" │ │ │ │ │ reference image │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-o \-\-out-file=(output, required); io" │ │ │ │ │ output force norm image │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-c \-\-cost=(required); string" │ │ │ │ │ cost function to use │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dgrayimage-combine-to-rgb.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dgrayimage-combine-to-rgb.1 │ │ │ │ │ @@ -14,15 +14,15 @@ │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-g \-\-green=(input); io" │ │ │ │ │ input image for green channel │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-r \-\-red=(input); io" │ │ │ │ │ input image for red channel │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); io" │ │ │ │ │ combined output image │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .SS Help & Info │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ .IP "\-V \-\-verbose=warning" │ │ │ │ │ verbosity of output, print messages of given level and higher priorities. Supported priorities starting at lowest level are: │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dgroundtruthreg.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dgroundtruthreg.1 │ │ │ │ │ @@ -15,15 +15,15 @@ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ Note that for this nonlinear motion correction a preceding linear registration step is usually required. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .SS │ │ │ │ │ File-IO │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); string" │ │ │ │ │ input perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-o \-\-out-file=(required, output); string" │ │ │ │ │ output perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-r \-\-registered=reg" │ │ │ │ │ file name base for registered files │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dimagecombine-dice.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dimagecombine-dice.1 │ │ │ │ │ @@ -5,18 +5,18 @@ │ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ │ .B mia\-2dimagecombine\-dice \-1 \-2 [options] │ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ │ .B mia\-2dimagecombine\-dice │ │ │ │ │ This program evaluate the dice index of two binary masks given as binary images. The result is written to stdout. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-1 \-\-in-file-1=(required, input); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-1 \-\-in-file-1=(input, required); io" │ │ │ │ │ input image 1 │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ -.IP "\-2 \-\-in-file-2=(required, input); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-2 \-\-in-file-2=(input, required); io" │ │ │ │ │ input image 2 │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .SS Help & Info │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ .IP "\-V \-\-verbose=warning" │ │ │ │ │ verbosity of output, print messages of given level and higher priorities. Supported priorities starting at lowest level are: │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dimagecombiner.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dimagecombiner.1 │ │ │ │ │ @@ -5,18 +5,18 @@ │ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ │ .B mia\-2dimagecombiner \-1 \-2 \-o [options] │ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ │ .B mia\-2dimagecombiner │ │ │ │ │ Combine two image by a given operation. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-1 \-\-in-file-1=(input, required); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-1 \-\-in-file-1=(required, input); io" │ │ │ │ │ first input image to be combined │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ -.IP "\-2 \-\-in-file-2=(input, required); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-2 \-\-in-file-2=(required, input); io" │ │ │ │ │ second input image to be combined │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-o \-\-out-file=(output, required); io" │ │ │ │ │ output image(s) that have been filtered │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-p \-\-operation=absdiff" │ │ │ │ │ operation to be applied │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dimagefilter.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dimagefilter.1 │ │ │ │ │ @@ -7,18 +7,18 @@ │ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ │ .B mia\-2dimagefilter │ │ │ │ │ This program runs a series filters on a given input image. The filters are given as extra parameters on the command line and Ware run in the order in which they are given. To obtain a list of available filters you may run │ │ │ │ │ 'mia-plugin-help filter/2dimage' │ │ │ │ │ from the command line │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); io" │ │ │ │ │ input image(s) to be filtered │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); io" │ │ │ │ │ output image(s) that have been filtered │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .SS Help & Info │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ .IP "\-V \-\-verbose=warning" │ │ │ │ │ verbosity of output, print messages of given level and higher priorities. Supported priorities starting at lowest level are: │ │ │ │ │ @@ -348,15 +348,15 @@ │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ .B combiner │ │ │ │ │ Combine two images with the given combiner operator. if 'reverse' is set to false, the first operator is the image passed through the filter pipeline, and the second image is loaded from the file given with the 'image' parameter the moment the filter is run., supported parameters are: │ │ │ │ │ .P │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ image │ │ │ │ │ -=(input, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, input, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ second image that is needed in the combiner. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ @@ -692,15 +692,15 @@ │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ .B labelmap │ │ │ │ │ Image filter to remap label id's. Only applicable to images with integer valued intensities/labels., supported parameters are: │ │ │ │ │ .P │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ map │ │ │ │ │ -=(input, required, string) │ │ │ │ │ +=(required, input, string) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ Label mapping file. │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ .B labelscale │ │ │ │ │ @@ -718,15 +718,15 @@ │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ .B load │ │ │ │ │ Load the input image from a file and use it to replace the current image in the pipeline., supported parameters are: │ │ │ │ │ .P │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ file │ │ │ │ │ -=(input, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, input, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ name of the input file to load from.. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ @@ -757,15 +757,15 @@ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ input │ │ │ │ │ -=(input, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, input, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ second input image file name. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ @@ -780,25 +780,25 @@ │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ .B maxflow │ │ │ │ │ This filter implements the uses the max-flow min-cut algorithmfor image segmentation, supported parameters are: │ │ │ │ │ .P │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ sink-flow │ │ │ │ │ -=(input, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, input, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ Image of float type to define the per\-pixel flow to the sink. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ source-flow │ │ │ │ │ -=(input, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, input, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ Image of float type to define the per\-pixel flow to the source. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ @@ -826,15 +826,15 @@ │ │ │ │ │ Intensity thresholding parameter: Pixels with intensities below this threshold will be set to zero, and also not used when evaluating mean and variation. │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ varfile │ │ │ │ │ -=(output, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, output, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ name of the output file to save the variation image too.. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ @@ -862,15 +862,15 @@ │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ .B medianmad │ │ │ │ │ Filter that evaluates simultaniously the pixel wise median and the median absolute deviation (MAD) of an image in a given window. Pixel intensities below the given threshold will be ignored and at their loctions the output median and MAD are set to zero. The median intensity image is directly passed to the pipeline, the variation image is saved to a file given with the varfile parameter. Both output images have the same pixel type like the input image., supported parameters are: │ │ │ │ │ .P │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ madfile │ │ │ │ │ -=(output, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, output, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ name of the output file to save the median absolute deviation image too.. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ @@ -987,15 +987,15 @@ │ │ │ │ │ For supported plug-ins see PLUGINS:2dimage/shape │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ seed │ │ │ │ │ -=(input, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, input, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ seed image (bit valued). │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ @@ -1168,28 +1168,28 @@ │ │ │ │ │ For supported plug-ins see PLUGINS:2dimage/shape │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ seed │ │ │ │ │ -=(input, required, string) │ │ │ │ │ +=(required, input, string) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ seed input image containing the lables for the initial regions. │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ .B tee │ │ │ │ │ Save the input image to a file and also pass it through to the next filter, supported parameters are: │ │ │ │ │ .P │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ file │ │ │ │ │ -=(output, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, output, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ name of the output file to save the image too.. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ @@ -1253,15 +1253,15 @@ │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ .B transform │ │ │ │ │ Transform the input image with the given transformation., supported parameters are: │ │ │ │ │ .P │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ file │ │ │ │ │ -=(input, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, input, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ Name of the file containing the transformation.. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dtransform/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dimagefilterstack.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dimagefilterstack.1 │ │ │ │ │ @@ -6,18 +6,18 @@ │ │ │ │ │ .B mia\-2dimagefilterstack \-i \-o [options] │ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ │ .B mia\-2dimagefilterstack │ │ │ │ │ This program runs a series filters on a series of consecutive numbered input image. The filters are given as extra parameters on the command line and are run in the order in which they are given. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .SS File IO │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); io" │ │ │ │ │ input image(s) to be filtered │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); io" │ │ │ │ │ output file name base, the file type is set accurding to the 'type' option │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-t \-\-type=" │ │ │ │ │ output file type, if not given the input type is used │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RS 10 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ @@ -388,15 +388,15 @@ │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ .B combiner │ │ │ │ │ Combine two images with the given combiner operator. if 'reverse' is set to false, the first operator is the image passed through the filter pipeline, and the second image is loaded from the file given with the 'image' parameter the moment the filter is run., supported parameters are: │ │ │ │ │ .P │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ image │ │ │ │ │ -=(input, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, input, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ second image that is needed in the combiner. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ @@ -732,15 +732,15 @@ │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ .B labelmap │ │ │ │ │ Image filter to remap label id's. Only applicable to images with integer valued intensities/labels., supported parameters are: │ │ │ │ │ .P │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ map │ │ │ │ │ -=(input, required, string) │ │ │ │ │ +=(required, input, string) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ Label mapping file. │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ .B labelscale │ │ │ │ │ @@ -758,15 +758,15 @@ │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ .B load │ │ │ │ │ Load the input image from a file and use it to replace the current image in the pipeline., supported parameters are: │ │ │ │ │ .P │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ file │ │ │ │ │ -=(input, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, input, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ name of the input file to load from.. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ @@ -797,15 +797,15 @@ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ input │ │ │ │ │ -=(input, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, input, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ second input image file name. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ @@ -820,25 +820,25 @@ │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ .B maxflow │ │ │ │ │ This filter implements the uses the max-flow min-cut algorithmfor image segmentation, supported parameters are: │ │ │ │ │ .P │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ sink-flow │ │ │ │ │ -=(input, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, input, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ Image of float type to define the per\-pixel flow to the sink. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ source-flow │ │ │ │ │ -=(input, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, input, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ Image of float type to define the per\-pixel flow to the source. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ @@ -866,15 +866,15 @@ │ │ │ │ │ Intensity thresholding parameter: Pixels with intensities below this threshold will be set to zero, and also not used when evaluating mean and variation. │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ varfile │ │ │ │ │ -=(output, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, output, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ name of the output file to save the variation image too.. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ @@ -902,15 +902,15 @@ │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ .B medianmad │ │ │ │ │ Filter that evaluates simultaniously the pixel wise median and the median absolute deviation (MAD) of an image in a given window. Pixel intensities below the given threshold will be ignored and at their loctions the output median and MAD are set to zero. The median intensity image is directly passed to the pipeline, the variation image is saved to a file given with the varfile parameter. Both output images have the same pixel type like the input image., supported parameters are: │ │ │ │ │ .P │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ madfile │ │ │ │ │ -=(output, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, output, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ name of the output file to save the median absolute deviation image too.. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ @@ -1027,15 +1027,15 @@ │ │ │ │ │ For supported plug-ins see PLUGINS:2dimage/shape │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ seed │ │ │ │ │ -=(input, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, input, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ seed image (bit valued). │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ @@ -1208,28 +1208,28 @@ │ │ │ │ │ For supported plug-ins see PLUGINS:2dimage/shape │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ seed │ │ │ │ │ -=(input, required, string) │ │ │ │ │ +=(required, input, string) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ seed input image containing the lables for the initial regions. │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ .B tee │ │ │ │ │ Save the input image to a file and also pass it through to the next filter, supported parameters are: │ │ │ │ │ .P │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ file │ │ │ │ │ -=(output, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, output, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ name of the output file to save the image too.. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ @@ -1293,15 +1293,15 @@ │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ .B transform │ │ │ │ │ Transform the input image with the given transformation., supported parameters are: │ │ │ │ │ .P │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ file │ │ │ │ │ -=(input, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, input, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ Name of the file containing the transformation.. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dtransform/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dimagefullstats.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dimagefullstats.1 │ │ │ │ │ @@ -5,15 +5,15 @@ │ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ │ .B mia\-2dimagefullstats \-i [options] │ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ │ .B mia\-2dimagefullstats │ │ │ │ │ This progranm is used to evaluate some statistics of an image. Output is Mean, Variation, Median, Min and Max of the intensity values. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); io" │ │ │ │ │ input image │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .SS Help & Info │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ .IP "\-V \-\-verbose=warning" │ │ │ │ │ verbosity of output, print messages of given level and higher priorities. Supported priorities starting at lowest level are: │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dimageregistration.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dimageregistration.1 │ │ │ │ │ @@ -6,18 +6,18 @@ │ │ │ │ │ .B mia\-2dimageregistration \-i \-r \-t [options] │ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ │ .B mia\-2dimageregistration │ │ │ │ │ This program runs registration of two images optimizing a transformation of the given transformation model by optimizing certain cost measures that are given as free parameters. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .SS File-IO │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-image=(input, required); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-image=(required, input); io" │ │ │ │ │ test image to be registered │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ -.IP "\-r \-\-ref-image=(input, required); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-r \-\-ref-image=(required, input); io" │ │ │ │ │ reference image to be registered to │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-o \-\-out-image=(output); io" │ │ │ │ │ registered output image │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-t \-\-transformation=(required, output); io" │ │ │ │ │ output transformation comprising the registration │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dimagestats.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dimagestats.1 │ │ │ │ │ @@ -5,15 +5,15 @@ │ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ │ .B mia\-2dimagestats \-i [options] │ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ │ .B mia\-2dimagestats │ │ │ │ │ This progranm is used to evaluate some statistics of an image. Output is Mean, Variation, Median, and Median Average Distance of the intensity values. The program allows one to set a lower threshold and to cut off a percentage of the high intensity pixels │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); io" │ │ │ │ │ input image to be analyzed │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-t \-\-thresh=10" │ │ │ │ │ intensity thresh to ignore │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-g \-\-high-thresh=0.05" │ │ │ │ │ upper histogram percentage to ignore │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dlerp.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dlerp.1 │ │ │ │ │ @@ -11,15 +11,15 @@ │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ .IP "\-1 \-\-first=(input, required); io" │ │ │ │ │ first input image │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-2 \-\-second=(input, required); io" │ │ │ │ │ second input image │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); io" │ │ │ │ │ output vector field │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-p \-\-positions=(required); vfloat" │ │ │ │ │ image series positions (first, target, second) │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .SS Help & Info │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dmultiimageregistration.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dmultiimageregistration.1 │ │ │ │ │ @@ -5,15 +5,15 @@ │ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ │ .B mia\-2dmultiimageregistration \-o [options] │ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ │ .B mia\-2dmultiimageregistration │ │ │ │ │ This program runs a non-rigid registration based on the given cost criteria and a given transformation model. Other than mia-2dnonrigidreg it doesn't support specific command line parameters to provide the images. Instead the images are specified dirctly when defining the cost function. Hence, image registrations can be executed that optimize the aligmnet of more than one image pair at the same time. Note, however, that all input images must be of the same dimension (in pixels) │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-transform=(required, output); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-transform=(output, required); io" │ │ │ │ │ output transformation │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dtransform/io │ │ │ │ │ .IP "\-l \-\-levels=3" │ │ │ │ │ multi\-resolution levels │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-O \-\-optimizer=gsl:opt=gd,step=0.1" │ │ │ │ │ Optimizer used for minimization │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dmyocard-ica.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dmyocard-ica.1 │ │ │ │ │ @@ -6,15 +6,15 @@ │ │ │ │ │ .B mia\-2dmyocard\-ica \-i [options] │ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ │ .B mia\-2dmyocard\-ica │ │ │ │ │ This program is used to run a ICA on a series of myocardial perfusion images to create sythetic references that can be used for motion correction by image registration. If the aim is to run a full motion compensation then it is better to create a segmentation set and use mia-2dmyoica-nonrigid. If the input data is given by means of a segmentation set, then on can also use mia-2dmyocard-icaseries. │ │ │ │ │ This program is essentially used to test different options on how to run the ICA forreference image creation. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-base=(required, input); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-base=(input, required); io" │ │ │ │ │ input file name ofolloing pattern nameXXXX.ext X=numbers │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP " \-\-coefs=" │ │ │ │ │ output mixing coefficients to this file │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-o \-\-out-base=(output); string" │ │ │ │ │ output file name base │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dmyocard-icaseries.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dmyocard-icaseries.1 │ │ │ │ │ @@ -6,15 +6,15 @@ │ │ │ │ │ .B mia\-2dmyocard\-icaseries \-i [options] │ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ │ .B mia\-2dmyocard\-icaseries │ │ │ │ │ This program is used to run a ICA on a series of myocardial perfusion images given in a segmentation set in order to create sythetic references that can be used for motion correction by image registration. If the aim is to run a full motion compensation then it is better run mia-2dmyoica-nonrigid, since this program is essentially the same without the registration bits. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .SS File-IO │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); string" │ │ │ │ │ input perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-r \-\-references=(output); string" │ │ │ │ │ File name base for the reference images. Image type and numbering scheme are taken from the input images. │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-c \-\-save-cropped=(output); string" │ │ │ │ │ save cropped set of the original set to this file, the image files will use the stem of the name as file name base │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dmyocard-segment.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dmyocard-segment.1 │ │ │ │ │ @@ -6,15 +6,15 @@ │ │ │ │ │ .B mia\-2dmyocard\-segment \-i \-o [options] │ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ │ .B mia\-2dmyocard\-segment │ │ │ │ │ This program is work in progress │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .SS File-IO │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); string" │ │ │ │ │ input perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-o \-\-out-file=(required, output); io" │ │ │ │ │ output myocardial mask │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-f \-\-save-features=(output); string" │ │ │ │ │ save ICA features to files with this name base │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dmyoica-full.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dmyoica-full.1 │ │ │ │ │ @@ -14,18 +14,18 @@ │ │ │ │ │ .UE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ The software may first run a linear registration and then a non-linear registration or just one of the two.This version of the program can run all registrations in parallel. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .SS File-IO │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); string" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ │ input perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); string" │ │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); string" │ │ │ │ │ output perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-r \-\-registered=" │ │ │ │ │ File name base for the registered images. Image type and numbering scheme are taken from the input images as given in the input data set. │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP " \-\-save-cropped=(output); string" │ │ │ │ │ save cropped set to this file, the image files will use the stem of the name as file name base │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dmyoica-nonrigid.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dmyoica-nonrigid.1 │ │ │ │ │ @@ -13,15 +13,15 @@ │ │ │ │ │ Wollny G, Kellman P, Santos A, Ledesma-Carbayo M-J, "Automatic Motion Compensation of Free Breathing acquired Myocardial Perfusion Data by using Independent Component Analysis" Medical Image Analysis, 2012. │ │ │ │ │ .UE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .SS File-IO │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); string" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ │ input perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-o \-\-out-file=(output, required); string" │ │ │ │ │ output perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-r \-\-registered=reg" │ │ │ │ │ file name base for registered fiels │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dmyomilles.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dmyomilles.1 │ │ │ │ │ @@ -15,15 +15,15 @@ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ Changes include the extraction of the quasi-periodic movement in free breathingly acquired data sets and the option to run affine or rigid registration instead of the optimization of translations only. │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .SS File-IO │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); string" │ │ │ │ │ input perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-o \-\-out-file=(required, output); string" │ │ │ │ │ output perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-r \-\-registered=" │ │ │ │ │ file name base for registered files │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dmyoperiodic-nonrigid.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dmyoperiodic-nonrigid.1 │ │ │ │ │ @@ -14,18 +14,18 @@ │ │ │ │ │ .UE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .SS │ │ │ │ │ File-IO │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); string" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ │ input perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); string" │ │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); string" │ │ │ │ │ output perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-r \-\-registered=reg" │ │ │ │ │ file name base for registered fiels │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP " \-\-save-references" │ │ │ │ │ Save synthetic references to files refXXXX.v │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dmyopgt-nonrigid.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dmyopgt-nonrigid.1 │ │ │ │ │ @@ -15,15 +15,15 @@ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ . Note that for this nonlinear motion correction a preceding linear registration step is usually required. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .SS │ │ │ │ │ File-IO │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); string" │ │ │ │ │ input perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-o \-\-out-file=(output, required); string" │ │ │ │ │ output perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-r \-\-registered=reg" │ │ │ │ │ file name base for registered files, the image file type is the same as given in the input data set │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dmyoserial-nonrigid.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dmyoserial-nonrigid.1 │ │ │ │ │ @@ -14,15 +14,15 @@ │ │ │ │ │ .UE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .SS │ │ │ │ │ File-IO │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); string" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ │ input perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-o \-\-out-file=(required, output); string" │ │ │ │ │ output perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-R \-\-registered=reg" │ │ │ │ │ file name base for registered fiels │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dsegment-ahmed.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dsegment-ahmed.1 │ │ │ │ │ @@ -16,15 +16,15 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ changes are: p=2, and exp │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ .IP "\-i \-\-in-file=(input, required); io" │ │ │ │ │ image to be segmented │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); io" │ │ │ │ │ class probability images, the image type must support multiple images and floating point values │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-a \-\-no-of-classes=3" │ │ │ │ │ number of classes │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-b \-\-bias-correct" │ │ │ │ │ apply bias field correction │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dsegment-per-pixel-kmeans.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dsegment-per-pixel-kmeans.1 │ │ │ │ │ @@ -9,15 +9,15 @@ │ │ │ │ │ This program runs the segmentation of a 2D image by applying a localized k-means approach that helps to overcome intensity inhomogeneities in the image. The approach evaluates a global k-means clustering, and then separates the image into overlapping regions where more k-means iterations are run only including the locally present classes, i.e. the classes that relatively contain more pixels than a given threshold. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .SS File-IO │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ .IP "\-i \-\-in-file=(required, input); io" │ │ │ │ │ image to be segmented │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); io" │ │ │ │ │ class label image based on merging local labels │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .SS Help & Info │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ .IP "\-V \-\-verbose=warning" │ │ │ │ │ verbosity of output, print messages of given level and higher priorities. Supported priorities starting at lowest level are: │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dsegmentcropbox.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dsegmentcropbox.1 │ │ │ │ │ @@ -5,15 +5,15 @@ │ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ │ .B mia\-2dsegmentcropbox \-i \-o [options] │ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ │ .B mia\-2dsegmentcropbox │ │ │ │ │ This program is used on a segmentation set and evaluates a bounding box that encloses the segmentation in all slices. This bounding box is then used to crop the original images, correct the segmentation and store a new segmentation set with the cropped images. The cropped images will be of the same type as the original images. If no segmentation is given in the set, the result is undefined. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); string" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ │ input segmentation set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-p \-\-override-imagepath" │ │ │ │ │ Instead of using the path of the image files as given in the segmentation set, assume the files are located in the current directory │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-o \-\-out-file=(required, output); string" │ │ │ │ │ output segmentation set │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dsegseriesstats.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dsegseriesstats.1 │ │ │ │ │ @@ -5,18 +5,18 @@ │ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ │ .B mia\-2dsegseriesstats \-o \-g [options] │ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ │ .B mia\-2dsegseriesstats │ │ │ │ │ This program is used evaluate various time-intensity curves over a series of images given by a segmentation set. Specifically, the program is taylored to evaluate average intensities and variations of sections the left ventricle myocardium. The segmentation set must contain the segmentations for all slices that will be accessed during evaluation. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-original=(required, input); string" │ │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-original=(input, required); string" │ │ │ │ │ original segmentation set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ -.IP "\-g \-\-registered=(required, input); string" │ │ │ │ │ +.IP "\-g \-\-registered=(input, required); string" │ │ │ │ │ registered segmentation set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-k \-\-skip=2" │ │ │ │ │ images to skip at the begin of the series, if (k < 0) use RV peak of the registered set if set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-r \-\-reference=\-1" │ │ │ │ │ reference frame for automatic curve extraction. Negative values can be used to indicate specific values (if given in the segmentation set): │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dsegshift.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dsegshift.1 │ │ │ │ │ @@ -5,15 +5,15 @@ │ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ │ .B mia\-2dsegshift \-i \-o [options] │ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ │ .B mia\-2dsegshift │ │ │ │ │ This program move the segmentation(s) of an image series by using a shift that is equal for all slices. The program also may remove images from the begin of the series. The program can be used to correct the segmentation of the images if the images where cropped. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); io" │ │ │ │ │ input segmentation set │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-o \-\-out-file=(output, required); io" │ │ │ │ │ input segmentation set │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-g \-\-image-file=crop" │ │ │ │ │ output image filename base │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dsegshiftperslice.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dsegshiftperslice.1 │ │ │ │ │ @@ -8,15 +8,15 @@ │ │ │ │ │ .B mia\-2dsegshiftperslice │ │ │ │ │ This program move the segmentation(s) of an image series by using a shift that is given on a per-slice base. The program can be used to correct the segmentation of the images if a linear registration was executed that only applies a translation and does not correct the segmentation automatically. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ .IP "\-i \-\-in-file=(input, required); string" │ │ │ │ │ input segmentation set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); string" │ │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); string" │ │ │ │ │ output segmentation set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-g \-\-image-file=crop" │ │ │ │ │ output image filename base │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-S \-\-shift=(required); string" │ │ │ │ │ shift of segmentation \- base name │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dseries-mincorr.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dseries-mincorr.1 │ │ │ │ │ @@ -5,15 +5,15 @@ │ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ │ .B mia\-2dseries\-mincorr \-i \-o [options] │ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ │ .B mia\-2dseries\-mincorr │ │ │ │ │ Given a set of images of temporal sucession, this program evaluates the minimal correlation of the time-intensity curve between neighboring pixels. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-set=(required, input); string" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-set=(input, required); string" │ │ │ │ │ input segmentation set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-o \-\-out-set=(output, required); io" │ │ │ │ │ output image of minimal correlation │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-k \-\-skip=2" │ │ │ │ │ skip images at beginning of series │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dseries-sectionmask.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dseries-sectionmask.1 │ │ │ │ │ @@ -8,15 +8,15 @@ │ │ │ │ │ .B mia\-2dseries\-sectionmask │ │ │ │ │ Evaluate the masks for the sections of a segmented frame. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ .IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ │ input segmentation set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); io" │ │ │ │ │ output image containing the mask │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-f \-\-frame=0" │ │ │ │ │ Frame number for which to extract the mask │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .SS Help & Info │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dseries-segdistance.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dseries-segdistance.1 │ │ │ │ │ @@ -5,15 +5,15 @@ │ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ │ .B mia\-2dseries\-segdistance \-i [options] │ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ │ .B mia\-2dseries\-segdistance │ │ │ │ │ Get the mean distance of a segmentation boundary to the reference boundary. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); string" │ │ │ │ │ input segmentation set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-r \-\-reference=20" │ │ │ │ │ reference frame │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-k \-\-skip=0" │ │ │ │ │ skip images at the beginning │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dseries2dordermedian.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dseries2dordermedian.1 │ │ │ │ │ @@ -8,15 +8,15 @@ │ │ │ │ │ .B mia\-2dseries2dordermedian │ │ │ │ │ This program evaluates the pixel-wise median of the absolute values of the gauss filtered 2nd order temporal derivative of a series of images. In addition, it can be used to output the time-intensity curve of a given pixel.The program supports slice-wise spacial pre-filtering by giving additional filters as free parameters (filter/2dimage). │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ .IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ │ input segmentation set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); io" │ │ │ │ │ output image name │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-k \-\-skip=0" │ │ │ │ │ Skip files at the beginning │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-e \-\-enlarge-boundary=5" │ │ │ │ │ Enlarge cropbox by number of pixels │ │ │ │ │ @@ -842,15 +842,15 @@ │ │ │ │ │ Intensity thresholding parameter: Pixels with intensities below this threshold will be set to zero, and also not used when evaluating mean and variation. │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ varfile │ │ │ │ │ -=(output, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, output, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ name of the output file to save the variation image too.. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ @@ -878,15 +878,15 @@ │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ .B medianmad │ │ │ │ │ Filter that evaluates simultaniously the pixel wise median and the median absolute deviation (MAD) of an image in a given window. Pixel intensities below the given threshold will be ignored and at their loctions the output median and MAD are set to zero. The median intensity image is directly passed to the pipeline, the variation image is saved to a file given with the varfile parameter. Both output images have the same pixel type like the input image., supported parameters are: │ │ │ │ │ .P │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ madfile │ │ │ │ │ -=(output, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, output, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ name of the output file to save the median absolute deviation image too.. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ @@ -1197,15 +1197,15 @@ │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ .B tee │ │ │ │ │ Save the input image to a file and also pass it through to the next filter, supported parameters are: │ │ │ │ │ .P │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ file │ │ │ │ │ -=(output, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, output, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ name of the output file to save the image too.. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dseries2sets.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dseries2sets.1 │ │ │ │ │ @@ -5,15 +5,15 @@ │ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ │ .B mia\-2dseries2sets \-o [options] │ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ │ .B mia\-2dseries2sets │ │ │ │ │ This program takes all image files that are given as free parameters on the command line and creates segmentation sets based on information found in the images. Used information is the z-location of the slice and the acquisition number. The code is taylored to used the according descriptors defined in the DICOM standard. All images with the same slice location will be grouped together in one segmentation set and ordered according to their acquisition number. Slice locations are rounded to three digits accuracy to make proper comparison of floating point values feasible. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-directory=(output, required); string" │ │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-directory=(required, output); string" │ │ │ │ │ output directory (needs to exist and be writable) │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP " \-\-no-copy" │ │ │ │ │ don't copy image files to output directory │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .SS Help & Info │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dseriesgradMAD.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dseriesgradMAD.1 │ │ │ │ │ @@ -8,15 +8,15 @@ │ │ │ │ │ .B mia\-2dseriesgradMAD │ │ │ │ │ Given a set of images of temporal sucession, evaluates the pixel-wise temporal gradient and then its median average distance (MAD) and stores the result in an image. Spacial pre-filtering may be applied as given additional plugin(s) (filter/2dimage). │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ .IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ │ input segmentation set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); io" │ │ │ │ │ output file name │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-k \-\-skip=0" │ │ │ │ │ Skip files at the beginning │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-e \-\-enlarge-boundary=5" │ │ │ │ │ Enlarge cropbox by number of pixels │ │ │ │ │ @@ -833,15 +833,15 @@ │ │ │ │ │ Intensity thresholding parameter: Pixels with intensities below this threshold will be set to zero, and also not used when evaluating mean and variation. │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ varfile │ │ │ │ │ -=(output, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, output, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ name of the output file to save the variation image too.. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ @@ -869,15 +869,15 @@ │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ .B medianmad │ │ │ │ │ Filter that evaluates simultaniously the pixel wise median and the median absolute deviation (MAD) of an image in a given window. Pixel intensities below the given threshold will be ignored and at their loctions the output median and MAD are set to zero. The median intensity image is directly passed to the pipeline, the variation image is saved to a file given with the varfile parameter. Both output images have the same pixel type like the input image., supported parameters are: │ │ │ │ │ .P │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ madfile │ │ │ │ │ -=(output, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, output, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ name of the output file to save the median absolute deviation image too.. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ @@ -1188,15 +1188,15 @@ │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ .B tee │ │ │ │ │ Save the input image to a file and also pass it through to the next filter, supported parameters are: │ │ │ │ │ .P │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ file │ │ │ │ │ -=(output, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, output, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ name of the output file to save the image too.. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dseriesgradvariation.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dseriesgradvariation.1 │ │ │ │ │ @@ -8,15 +8,15 @@ │ │ │ │ │ .B mia\-2dseriesgradvariation │ │ │ │ │ Given a set of images of temporal sucession, this program evaluates the gradient variation of the pixel-wise time-intensity curves of this series. If the input image set provides a segmentation, then this segmentation can be used to create a bounding box and restrict evaluation to this box. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ .IP "\-i \-\-in-file=(input, required); string" │ │ │ │ │ input segmentation set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); io" │ │ │ │ │ output file name │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-k \-\-skip=0" │ │ │ │ │ Skip files at the beginning │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-e \-\-enlarge-boundary=5" │ │ │ │ │ Enlarge cropbox by number of pixels │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dserieshausdorff.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dserieshausdorff.1 │ │ │ │ │ @@ -5,18 +5,18 @@ │ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ │ .B mia\-2dserieshausdorff \-i \-r [options] │ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ │ .B mia\-2dserieshausdorff │ │ │ │ │ Get the per-slice Hausdorff distance of a segmentation with respect to a given reference segmentation set. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); string" │ │ │ │ │ input segmentation set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ -.IP "\-r \-\-ref-file=(required, input); string" │ │ │ │ │ +.IP "\-r \-\-ref-file=(input, required); string" │ │ │ │ │ reference segmentation set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-k \-\-skip=0" │ │ │ │ │ skip images at the beginning │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .SS Help & Info │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dseriestovolume.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dseriestovolume.1 │ │ │ │ │ @@ -5,18 +5,18 @@ │ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ │ .B mia\-2dseriestovolume \-i \-o [options] │ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ │ .B mia\-2dseriestovolume │ │ │ │ │ Obtaines a 3D volume image by combining the images of the segmentation set. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); string" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ │ input segmentation set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); io" │ │ │ │ │ output 3D image │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:3dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-k \-\-skip=0" │ │ │ │ │ number of frames to skip at the beginning of the series. │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .SS Help & Info │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dstack-cmeans-presegment.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dstack-cmeans-presegment.1 │ │ │ │ │ @@ -6,15 +6,15 @@ │ │ │ │ │ .B mia\-2dstack\-cmeans\-presegment \-i \-o \-L