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│ │ │ │  Package: lammps-doc
│ │ │ │  Source: lammps
│ │ │ │  Version: 20240207+dfsg-1.1
│ │ │ │  Architecture: all
│ │ │ │  Maintainer: Debian Science Maintainers <debian-science-maintainers@lists.alioth.debian.org>
│ │ │ │ -Installed-Size: 97241
│ │ │ │ +Installed-Size: 97206
│ │ │ │  Depends: libjs-mathjax, libjs-jquery, libjs-underscore
│ │ │ │  Recommends: lammps-examples
│ │ │ │  Section: doc
│ │ │ │  Priority: optional
│ │ │ │  Multi-Arch: foreign
│ │ │ │  Homepage: https://lammps.sandia.gov/
│ │ │ │  Description: Molecular Dynamics Simulator (documentation)
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│ │ │ ├── ./usr/share/doc/lammps/html/bond_coeff.html
│ │ │ │ @@ -69,170 +69,58 @@
│ │ │ │  <li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="Library.html">1. LAMMPS Library Interfaces</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="Python_head.html">2. Use Python with LAMMPS</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="Modify.html">3. Modifying &amp; extending LAMMPS</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="Developer.html">4. Information for Developers</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  <p class="caption" role="heading"><span class="caption-text">Command Reference</span></p>
│ │ │ │  <ul class="current">
│ │ │ │ -<li class="toctree-l1 current"><a class="reference internal" href="commands_list.html">Commands</a><ul class="current">
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="angle_coeff.html">angle_coeff command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="angle_style.html">angle_style command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="angle_write.html">angle_write command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="atom_modify.html">atom_modify command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="atom_style.html">atom_style command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="balance.html">balance command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="commands_list.html">Commands</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="fixes.html">Fixes</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="computes.html">Computes</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="pairs.html">Pair Styles</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l1 current"><a class="reference internal" href="bonds.html">Bond Styles</a><ul class="current">
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_bpm_rotational.html">bond_style bpm/rotational command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_bpm_spring.html">bond_style bpm/spring command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_class2.html">bond_style class2 command</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l2 current"><a class="current reference internal" href="#">bond_coeff command</a><ul>
│ │ │ │  <li class="toctree-l3"><a class="reference internal" href="#syntax">Syntax</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l3"><a class="reference internal" href="#examples">Examples</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l3"><a class="reference internal" href="#description">Description</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l3"><a class="reference internal" href="#restrictions">Restrictions</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l3"><a class="reference internal" href="#related-commands">Related commands</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l3"><a class="reference internal" href="#default">Default</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_fene.html">bond_style fene command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_fene.html#bond-style-fene-nm-command">bond_style fene/nm command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_fene_expand.html">bond_style fene/expand command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_gaussian.html">bond_style gaussian command</a></li>
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│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_harmonic_shift_cut.html">bond_style harmonic/shift/cut command</a></li>
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│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_lepton.html">bond_style lepton command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_mesocnt.html">bond_style mesocnt command</a></li>
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│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_oxdna.html#bond-style-oxrna2-fene-command">bond_style oxrna2/fene command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_quartic.html">bond_style quartic command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_special.html">bond_style special command</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_style.html">bond_style command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_table.html">bond_style table command</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_write.html">bond_write command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="boundary.html">boundary command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="change_box.html">change_box command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="clear.html">clear command</a></li>
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│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="compute.html">compute command</a></li>
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│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="create_atoms.html">create_atoms command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="create_bonds.html">create_bonds command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="create_box.html">create_box command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="delete_atoms.html">delete_atoms command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="delete_bonds.html">delete_bonds command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dielectric.html">dielectric command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dihedral_coeff.html">dihedral_coeff command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dihedral_style.html">dihedral_style command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dihedral_write.html">dihedral_write command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dimension.html">dimension command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="displace_atoms.html">displace_atoms command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump.html">dump command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump.html#dump-vtk-command"><span class="xref std std-doc">dump vtk</span> command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump.html#dump-h5md-command"><span class="xref std std-doc">dump h5md</span> command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump.html#dump-molfile-command"><span class="xref std std-doc">dump molfile</span> command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump.html#dump-netcdf-command"><span class="xref std std-doc">dump netcdf</span> command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump.html#dump-image-command"><span class="xref std std-doc">dump image</span> command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump.html#dump-movie-command"><span class="xref std std-doc">dump movie</span> command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump.html#dump-atom-adios-command"><span class="xref std std-doc">dump atom/adios</span> command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump.html#dump-custom-adios-command"><span class="xref std std-doc">dump custom/adios</span> command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump.html#dump-cfg-uef-command"><span class="xref std std-doc">dump cfg/uef</span> command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump_adios.html">dump atom/adios  command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump_adios.html#dump-custom-adios-command">dump custom/adios command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump_cfg_uef.html">dump cfg/uef command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump_h5md.html">dump h5md command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump_image.html">dump image command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump_image.html#dump-movie-command">dump movie command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump_image.html#dump-modify-options-for-dump-image-movie">dump_modify options for dump image/movie</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump_modify.html">dump_modify command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump_modify.html#dump-modify-command-for-image-movie-options"><span class="xref std std-doc">dump_modify</span> command for image/movie options</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump_molfile.html">dump molfile command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump_netcdf.html">dump netcdf command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump_netcdf.html#dump-netcdf-mpiio-command">dump netcdf/mpiio command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump_vtk.html">dump vtk command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dynamical_matrix.html">dynamical_matrix command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="echo.html">echo command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="fix.html">fix command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="fix_modify.html">fix_modify command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="fitpod_command.html">fitpod command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="group.html">group command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="group2ndx.html">group2ndx command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="group2ndx.html#ndx2group-command">ndx2group command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="hyper.html">hyper command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="if.html">if command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="improper_coeff.html">improper_coeff command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="improper_style.html">improper_style command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="include.html">include command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="info.html">info command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="jump.html">jump command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="kim_commands.html">kim command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="kspace_modify.html">kspace_modify command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="kspace_style.html">kspace_style command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="label.html">label command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="labelmap.html">labelmap command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="lattice.html">lattice command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="log.html">log command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="mass.html">mass command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="mdi.html">mdi command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="min_modify.html">min_modify command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="min_spin.html">min_style spin command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="min_spin.html#min-style-spin-cg-command">min_style spin/cg command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="min_spin.html#min-style-spin-lbfgs-command">min_style spin/lbfgs command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="min_style.html">min_style cg command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="min_style.html#min-style-hftn-command">min_style hftn command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="min_style.html#min-style-sd-command">min_style sd command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="min_style.html#min-style-quickmin-command">min_style quickmin command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="min_style.html#min-style-fire-command">min_style fire command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="min_style.html#min-style-spin-command"><span class="xref std std-doc">min_style spin</span> command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="min_style.html#min-style-spin-cg-command"><span class="xref std std-doc">min_style spin/cg</span> command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="min_style.html#min-style-spin-lbfgs-command"><span class="xref std std-doc">min_style spin/lbfgs</span> command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="minimize.html">minimize command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="molecule.html">molecule command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="neb.html">neb command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="neb_spin.html">neb/spin command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="neigh_modify.html">neigh_modify command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="neighbor.html">neighbor command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="newton.html">newton command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="next.html">next command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="package.html">package command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="pair_coeff.html">pair_coeff command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="pair_modify.html">pair_modify command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="pair_style.html">pair_style command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="pair_write.html">pair_write command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="partition.html">partition command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="plugin.html">plugin command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="prd.html">prd command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="print.html">print command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="processors.html">processors command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="python.html">python command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="quit.html">quit command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="read_data.html">read_data command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="read_dump.html">read_dump command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="read_restart.html">read_restart command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="region.html">region command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="replicate.html">replicate command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="rerun.html">rerun command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="reset_atoms.html">reset_atoms command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="reset_timestep.html">reset_timestep command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="restart.html">restart command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="run.html">run command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="run_style.html">run_style command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="set.html">set command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="shell.html">shell command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="special_bonds.html">special_bonds command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="suffix.html">suffix command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="tad.html">tad command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="temper.html">temper command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="temper_grem.html">temper/grem command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="temper_npt.html">temper/npt command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="thermo.html">thermo command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="thermo_modify.html">thermo_modify command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="thermo_style.html">thermo_style command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="third_order.html">third_order command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="timer.html">timer command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="timestep.html">timestep command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="uncompute.html">uncompute command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="undump.html">undump command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="unfix.html">unfix command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="units.html">units command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="variable.html">variable command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="velocity.html">velocity command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="write_coeff.html">write_coeff command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="write_data.html">write_data command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="write_dump.html">write_dump command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="write_restart.html">write_restart command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_zero.html">bond_style zero command</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="fixes.html">Fixes</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="computes.html">Computes</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="pairs.html">Pair Styles</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="bonds.html">Bond Styles</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="angles.html">Angle Styles</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="dihedrals.html">Dihedral Styles</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="impropers.html">Improper Styles</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="dumps.html">Dump Styles</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="fix_modify_atc_commands.html">fix_modify AtC commands</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="Bibliography.html">Bibliography</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │ ├── html2text {}
│ │ │ │ │ @@ -17,165 +17,53 @@
│ │ │ │ │  Programmer Guide
│ │ │ │ │      * _1_._ _L_A_M_M_P_S_ _L_i_b_r_a_r_y_ _I_n_t_e_r_f_a_c_e_s
│ │ │ │ │      * _2_._ _U_s_e_ _P_y_t_h_o_n_ _w_i_t_h_ _L_A_M_M_P_S
│ │ │ │ │      * _3_._ _M_o_d_i_f_y_i_n_g_ _&_ _e_x_t_e_n_d_i_n_g_ _L_A_M_M_P_S
│ │ │ │ │      * _4_._ _I_n_f_o_r_m_a_t_i_o_n_ _f_o_r_ _D_e_v_e_l_o_p_e_r_s
│ │ │ │ │  Command Reference
│ │ │ │ │      * _C_o_m_m_a_n_d_s
│ │ │ │ │ -          o _a_n_g_l_e___c_o_e_f_f_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _a_n_g_l_e___s_t_y_l_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _a_n_g_l_e___w_r_i_t_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _a_t_o_m___m_o_d_i_f_y_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _a_t_o_m___s_t_y_l_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _b_a_l_a_n_c_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +    * _F_i_x_e_s
│ │ │ │ │ +    * _C_o_m_p_u_t_e_s
│ │ │ │ │ +    * _P_a_i_r_ _S_t_y_l_e_s
│ │ │ │ │ +    * _B_o_n_d_ _S_t_y_l_e_s
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _b_p_m_/_r_o_t_a_t_i_o_n_a_l_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _b_p_m_/_s_p_r_i_n_g_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _c_l_a_s_s_2_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │            o _b_o_n_d___c_o_e_f_f_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │                  # _S_y_n_t_a_x
│ │ │ │ │                  # _E_x_a_m_p_l_e_s
│ │ │ │ │                  # _D_e_s_c_r_i_p_t_i_o_n
│ │ │ │ │                  # _R_e_s_t_r_i_c_t_i_o_n_s
│ │ │ │ │                  # _R_e_l_a_t_e_d_ _c_o_m_m_a_n_d_s
│ │ │ │ │                  # _D_e_f_a_u_l_t
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _f_e_n_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _f_e_n_e_/_n_m_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _f_e_n_e_/_e_x_p_a_n_d_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _g_a_u_s_s_i_a_n_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _g_r_o_m_o_s_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _h_a_r_m_o_n_i_c_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _h_a_r_m_o_n_i_c_/_r_e_s_t_r_a_i_n_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _h_a_r_m_o_n_i_c_/_s_h_i_f_t_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _h_a_r_m_o_n_i_c_/_s_h_i_f_t_/_c_u_t_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _h_y_b_r_i_d_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _l_e_p_t_o_n_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _m_e_s_o_c_n_t_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _m_m_3_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _m_o_r_s_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _n_o_n_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _n_o_n_l_i_n_e_a_r_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _o_x_d_n_a_/_f_e_n_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _o_x_d_n_a_2_/_f_e_n_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _o_x_r_n_a_2_/_f_e_n_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _q_u_a_r_t_i_c_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _s_p_e_c_i_a_l_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │            o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _t_a_b_l_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │            o _b_o_n_d___w_r_i_t_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _b_o_u_n_d_a_r_y_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _c_h_a_n_g_e___b_o_x_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _c_l_e_a_r_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _c_o_m_m___m_o_d_i_f_y_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _c_o_m_m___s_t_y_l_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _c_o_m_p_u_t_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _c_o_m_p_u_t_e___m_o_d_i_f_y_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _c_r_e_a_t_e___a_t_o_m_s_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _c_r_e_a_t_e___b_o_n_d_s_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _c_r_e_a_t_e___b_o_x_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_e_l_e_t_e___a_t_o_m_s_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_e_l_e_t_e___b_o_n_d_s_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_i_e_l_e_c_t_r_i_c_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_i_h_e_d_r_a_l___c_o_e_f_f_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_i_h_e_d_r_a_l___s_t_y_l_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_i_h_e_d_r_a_l___w_r_i_t_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_i_m_e_n_s_i_o_n_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_i_s_p_l_a_c_e___a_t_o_m_s_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _v_t_k_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _h_5_m_d_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _m_o_l_f_i_l_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _n_e_t_c_d_f_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _i_m_a_g_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _m_o_v_i_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _a_t_o_m_/_a_d_i_o_s_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _c_u_s_t_o_m_/_a_d_i_o_s_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _c_f_g_/_u_e_f_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _a_t_o_m_/_a_d_i_o_s_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _c_u_s_t_o_m_/_a_d_i_o_s_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _c_f_g_/_u_e_f_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _h_5_m_d_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _i_m_a_g_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _m_o_v_i_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p___m_o_d_i_f_y_ _o_p_t_i_o_n_s_ _f_o_r_ _d_u_m_p_ _i_m_a_g_e_/_m_o_v_i_e
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p___m_o_d_i_f_y_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p___m_o_d_i_f_y_ _c_o_m_m_a_n_d_ _f_o_r_ _i_m_a_g_e_/_m_o_v_i_e_ _o_p_t_i_o_n_s
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _m_o_l_f_i_l_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _n_e_t_c_d_f_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _n_e_t_c_d_f_/_m_p_i_i_o_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _v_t_k_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_y_n_a_m_i_c_a_l___m_a_t_r_i_x_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _e_c_h_o_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _f_i_x_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _f_i_x___m_o_d_i_f_y_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _f_i_t_p_o_d_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _g_r_o_u_p_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _g_r_o_u_p_2_n_d_x_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _n_d_x_2_g_r_o_u_p_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _h_y_p_e_r_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _i_f_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _i_m_p_r_o_p_e_r___c_o_e_f_f_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _i_m_p_r_o_p_e_r___s_t_y_l_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _i_n_c_l_u_d_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _i_n_f_o_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _j_u_m_p_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _k_i_m_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _k_s_p_a_c_e___m_o_d_i_f_y_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _k_s_p_a_c_e___s_t_y_l_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _l_a_b_e_l_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _l_a_b_e_l_m_a_p_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _l_a_t_t_i_c_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _l_o_g_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _m_a_s_s_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _m_d_i_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _m_i_n___m_o_d_i_f_y_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _m_i_n___s_t_y_l_e_ _s_p_i_n_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _m_i_n___s_t_y_l_e_ _s_p_i_n_/_c_g_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _m_i_n___s_t_y_l_e_ _s_p_i_n_/_l_b_f_g_s_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _m_i_n___s_t_y_l_e_ _c_g_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _m_i_n___s_t_y_l_e_ _h_f_t_n_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _m_i_n___s_t_y_l_e_ _s_d_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _m_i_n___s_t_y_l_e_ _q_u_i_c_k_m_i_n_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _m_i_n___s_t_y_l_e_ _f_i_r_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _m_i_n___s_t_y_l_e_ _s_p_i_n_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _m_i_n___s_t_y_l_e_ _s_p_i_n_/_c_g_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _m_i_n___s_t_y_l_e_ _s_p_i_n_/_l_b_f_g_s_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _m_i_n_i_m_i_z_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _m_o_l_e_c_u_l_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _n_e_b_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _n_e_b_/_s_p_i_n_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _n_e_i_g_h___m_o_d_i_f_y_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _n_e_i_g_h_b_o_r_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _n_e_w_t_o_n_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _n_e_x_t_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _p_a_c_k_a_g_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _p_a_i_r___c_o_e_f_f_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _p_a_i_r___m_o_d_i_f_y_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _p_a_i_r___s_t_y_l_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _p_a_i_r___w_r_i_t_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _p_a_r_t_i_t_i_o_n_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _p_l_u_g_i_n_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _p_r_d_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _p_r_i_n_t_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _p_r_o_c_e_s_s_o_r_s_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _p_y_t_h_o_n_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _q_u_i_t_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _r_e_a_d___d_a_t_a_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _r_e_a_d___d_u_m_p_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _r_e_a_d___r_e_s_t_a_r_t_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _r_e_g_i_o_n_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _r_e_p_l_i_c_a_t_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _r_e_r_u_n_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _r_e_s_e_t___a_t_o_m_s_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _r_e_s_e_t___t_i_m_e_s_t_e_p_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _r_e_s_t_a_r_t_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _r_u_n_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _r_u_n___s_t_y_l_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _s_e_t_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _s_h_e_l_l_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _s_p_e_c_i_a_l___b_o_n_d_s_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _s_u_f_f_i_x_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _t_a_d_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _t_e_m_p_e_r_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _t_e_m_p_e_r_/_g_r_e_m_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _t_e_m_p_e_r_/_n_p_t_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _t_h_e_r_m_o_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _t_h_e_r_m_o___m_o_d_i_f_y_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _t_h_e_r_m_o___s_t_y_l_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _t_h_i_r_d___o_r_d_e_r_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _t_i_m_e_r_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _t_i_m_e_s_t_e_p_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _u_n_c_o_m_p_u_t_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _u_n_d_u_m_p_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _u_n_f_i_x_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _u_n_i_t_s_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _v_a_r_i_a_b_l_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _v_e_l_o_c_i_t_y_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _w_r_i_t_e___c_o_e_f_f_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _w_r_i_t_e___d_a_t_a_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _w_r_i_t_e___d_u_m_p_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _w_r_i_t_e___r_e_s_t_a_r_t_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -    * _F_i_x_e_s
│ │ │ │ │ -    * _C_o_m_p_u_t_e_s
│ │ │ │ │ -    * _P_a_i_r_ _S_t_y_l_e_s
│ │ │ │ │ -    * _B_o_n_d_ _S_t_y_l_e_s
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _z_e_r_o_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │      * _A_n_g_l_e_ _S_t_y_l_e_s
│ │ │ │ │      * _D_i_h_e_d_r_a_l_ _S_t_y_l_e_s
│ │ │ │ │      * _I_m_p_r_o_p_e_r_ _S_t_y_l_e_s
│ │ │ │ │      * _D_u_m_p_ _S_t_y_l_e_s
│ │ │ │ │      * _f_i_x___m_o_d_i_f_y_ _A_t_C_ _c_o_m_m_a_n_d_s
│ │ │ │ │      * _B_i_b_l_i_o_g_r_a_p_h_y
│ │ │ │ │  _L_A_M_M_P_S
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/lammps/html/bond_style.html
│ │ │ │ @@ -69,170 +69,58 @@
│ │ │ │  <li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="Library.html">1. LAMMPS Library Interfaces</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="Python_head.html">2. Use Python with LAMMPS</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="Modify.html">3. Modifying &amp; extending LAMMPS</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="Developer.html">4. Information for Developers</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  <p class="caption" role="heading"><span class="caption-text">Command Reference</span></p>
│ │ │ │  <ul class="current">
│ │ │ │ -<li class="toctree-l1 current"><a class="reference internal" href="commands_list.html">Commands</a><ul class="current">
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="angle_coeff.html">angle_coeff command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="angle_style.html">angle_style command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="angle_write.html">angle_write command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="atom_modify.html">atom_modify command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="atom_style.html">atom_style command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="balance.html">balance command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="commands_list.html">Commands</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="fixes.html">Fixes</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="computes.html">Computes</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="pairs.html">Pair Styles</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l1 current"><a class="reference internal" href="bonds.html">Bond Styles</a><ul class="current">
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_bpm_rotational.html">bond_style bpm/rotational command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_bpm_spring.html">bond_style bpm/spring command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_class2.html">bond_style class2 command</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_coeff.html">bond_coeff command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_fene.html">bond_style fene command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_fene.html#bond-style-fene-nm-command">bond_style fene/nm command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_fene_expand.html">bond_style fene/expand command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_gaussian.html">bond_style gaussian command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_gromos.html">bond_style gromos command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_harmonic.html">bond_style harmonic command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_harmonic_restrain.html">bond_style harmonic/restrain command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_harmonic_shift.html">bond_style harmonic/shift command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_harmonic_shift_cut.html">bond_style harmonic/shift/cut command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_hybrid.html">bond_style hybrid command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_lepton.html">bond_style lepton command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_mesocnt.html">bond_style mesocnt command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_mm3.html">bond_style mm3 command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_morse.html">bond_style morse command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_none.html">bond_style none command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_nonlinear.html">bond_style nonlinear command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_oxdna.html">bond_style oxdna/fene command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_oxdna.html#bond-style-oxdna2-fene-command">bond_style oxdna2/fene command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_oxdna.html#bond-style-oxrna2-fene-command">bond_style oxrna2/fene command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_quartic.html">bond_style quartic command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_special.html">bond_style special command</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l2 current"><a class="current reference internal" href="#">bond_style command</a><ul>
│ │ │ │  <li class="toctree-l3"><a class="reference internal" href="#syntax">Syntax</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l3"><a class="reference internal" href="#examples">Examples</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l3"><a class="reference internal" href="#description">Description</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l3"><a class="reference internal" href="#restrictions">Restrictions</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l3"><a class="reference internal" href="#related-commands">Related commands</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l3"><a class="reference internal" href="#default">Default</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_table.html">bond_style table command</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_write.html">bond_write command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="boundary.html">boundary command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="change_box.html">change_box command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="clear.html">clear command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="comm_modify.html">comm_modify command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="comm_style.html">comm_style command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="compute.html">compute command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="compute_modify.html">compute_modify command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="create_atoms.html">create_atoms command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="create_bonds.html">create_bonds command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="create_box.html">create_box command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="delete_atoms.html">delete_atoms command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="delete_bonds.html">delete_bonds command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dielectric.html">dielectric command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dihedral_coeff.html">dihedral_coeff command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dihedral_style.html">dihedral_style command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dihedral_write.html">dihedral_write command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dimension.html">dimension command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="displace_atoms.html">displace_atoms command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump.html">dump command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump.html#dump-vtk-command"><span class="xref std std-doc">dump vtk</span> command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump.html#dump-h5md-command"><span class="xref std std-doc">dump h5md</span> command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump.html#dump-molfile-command"><span class="xref std std-doc">dump molfile</span> command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump.html#dump-netcdf-command"><span class="xref std std-doc">dump netcdf</span> command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump.html#dump-image-command"><span class="xref std std-doc">dump image</span> command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump.html#dump-movie-command"><span class="xref std std-doc">dump movie</span> command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump.html#dump-atom-adios-command"><span class="xref std std-doc">dump atom/adios</span> command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump.html#dump-custom-adios-command"><span class="xref std std-doc">dump custom/adios</span> command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump.html#dump-cfg-uef-command"><span class="xref std std-doc">dump cfg/uef</span> command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump_adios.html">dump atom/adios  command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump_adios.html#dump-custom-adios-command">dump custom/adios command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump_cfg_uef.html">dump cfg/uef command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump_h5md.html">dump h5md command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump_image.html">dump image command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump_image.html#dump-movie-command">dump movie command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump_image.html#dump-modify-options-for-dump-image-movie">dump_modify options for dump image/movie</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump_modify.html">dump_modify command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump_modify.html#dump-modify-command-for-image-movie-options"><span class="xref std std-doc">dump_modify</span> command for image/movie options</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump_molfile.html">dump molfile command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump_netcdf.html">dump netcdf command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump_netcdf.html#dump-netcdf-mpiio-command">dump netcdf/mpiio command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump_vtk.html">dump vtk command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dynamical_matrix.html">dynamical_matrix command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="echo.html">echo command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="fix.html">fix command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="fix_modify.html">fix_modify command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="fitpod_command.html">fitpod command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="group.html">group command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="group2ndx.html">group2ndx command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="group2ndx.html#ndx2group-command">ndx2group command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="hyper.html">hyper command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="if.html">if command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="improper_coeff.html">improper_coeff command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="improper_style.html">improper_style command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="include.html">include command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="info.html">info command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="jump.html">jump command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="kim_commands.html">kim command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="kspace_modify.html">kspace_modify command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="kspace_style.html">kspace_style command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="label.html">label command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="labelmap.html">labelmap command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="lattice.html">lattice command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="log.html">log command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="mass.html">mass command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="mdi.html">mdi command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="min_modify.html">min_modify command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="min_spin.html">min_style spin command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="min_spin.html#min-style-spin-cg-command">min_style spin/cg command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="min_spin.html#min-style-spin-lbfgs-command">min_style spin/lbfgs command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="min_style.html">min_style cg command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="min_style.html#min-style-hftn-command">min_style hftn command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="min_style.html#min-style-sd-command">min_style sd command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="min_style.html#min-style-quickmin-command">min_style quickmin command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="min_style.html#min-style-fire-command">min_style fire command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="min_style.html#min-style-spin-command"><span class="xref std std-doc">min_style spin</span> command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="min_style.html#min-style-spin-cg-command"><span class="xref std std-doc">min_style spin/cg</span> command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="min_style.html#min-style-spin-lbfgs-command"><span class="xref std std-doc">min_style spin/lbfgs</span> command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="minimize.html">minimize command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="molecule.html">molecule command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="neb.html">neb command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="neb_spin.html">neb/spin command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="neigh_modify.html">neigh_modify command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="neighbor.html">neighbor command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="newton.html">newton command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="next.html">next command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="package.html">package command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="pair_coeff.html">pair_coeff command</a></li>
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│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="pair_style.html">pair_style command</a></li>
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│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="partition.html">partition command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="plugin.html">plugin command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="prd.html">prd command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="print.html">print command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="processors.html">processors command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="python.html">python command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="quit.html">quit command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="read_data.html">read_data command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="read_dump.html">read_dump command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="read_restart.html">read_restart command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="region.html">region command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="replicate.html">replicate command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="rerun.html">rerun command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="reset_atoms.html">reset_atoms command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="reset_timestep.html">reset_timestep command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="restart.html">restart command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="run.html">run command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="run_style.html">run_style command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="set.html">set command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="shell.html">shell command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="special_bonds.html">special_bonds command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="suffix.html">suffix command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="tad.html">tad command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="temper.html">temper command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="temper_grem.html">temper/grem command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="temper_npt.html">temper/npt command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="thermo.html">thermo command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="thermo_modify.html">thermo_modify command</a></li>
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│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="unfix.html">unfix command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="units.html">units command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="variable.html">variable command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="velocity.html">velocity command</a></li>
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│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="write_data.html">write_data command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="write_dump.html">write_dump command</a></li>
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│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_zero.html">bond_style zero command</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="fixes.html">Fixes</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="computes.html">Computes</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="pairs.html">Pair Styles</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="bonds.html">Bond Styles</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="angles.html">Angle Styles</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="dihedrals.html">Dihedral Styles</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="impropers.html">Improper Styles</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="dumps.html">Dump Styles</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="fix_modify_atc_commands.html">fix_modify AtC commands</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="Bibliography.html">Bibliography</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │ ├── html2text {}
│ │ │ │ │ @@ -17,165 +17,53 @@
│ │ │ │ │  Programmer Guide
│ │ │ │ │      * _1_._ _L_A_M_M_P_S_ _L_i_b_r_a_r_y_ _I_n_t_e_r_f_a_c_e_s
│ │ │ │ │      * _2_._ _U_s_e_ _P_y_t_h_o_n_ _w_i_t_h_ _L_A_M_M_P_S
│ │ │ │ │      * _3_._ _M_o_d_i_f_y_i_n_g_ _&_ _e_x_t_e_n_d_i_n_g_ _L_A_M_M_P_S
│ │ │ │ │      * _4_._ _I_n_f_o_r_m_a_t_i_o_n_ _f_o_r_ _D_e_v_e_l_o_p_e_r_s
│ │ │ │ │  Command Reference
│ │ │ │ │      * _C_o_m_m_a_n_d_s
│ │ │ │ │ -          o _a_n_g_l_e___c_o_e_f_f_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _a_n_g_l_e___s_t_y_l_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _a_n_g_l_e___w_r_i_t_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _a_t_o_m___m_o_d_i_f_y_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _a_t_o_m___s_t_y_l_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _b_a_l_a_n_c_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +    * _F_i_x_e_s
│ │ │ │ │ +    * _C_o_m_p_u_t_e_s
│ │ │ │ │ +    * _P_a_i_r_ _S_t_y_l_e_s
│ │ │ │ │ +    * _B_o_n_d_ _S_t_y_l_e_s
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _b_p_m_/_r_o_t_a_t_i_o_n_a_l_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _b_p_m_/_s_p_r_i_n_g_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _c_l_a_s_s_2_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │            o _b_o_n_d___c_o_e_f_f_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _f_e_n_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _f_e_n_e_/_n_m_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _f_e_n_e_/_e_x_p_a_n_d_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _g_a_u_s_s_i_a_n_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _g_r_o_m_o_s_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _h_a_r_m_o_n_i_c_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _h_a_r_m_o_n_i_c_/_r_e_s_t_r_a_i_n_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _h_a_r_m_o_n_i_c_/_s_h_i_f_t_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _h_a_r_m_o_n_i_c_/_s_h_i_f_t_/_c_u_t_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _h_y_b_r_i_d_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _l_e_p_t_o_n_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _m_e_s_o_c_n_t_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _m_m_3_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _m_o_r_s_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _n_o_n_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _n_o_n_l_i_n_e_a_r_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _o_x_d_n_a_/_f_e_n_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _o_x_d_n_a_2_/_f_e_n_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _o_x_r_n_a_2_/_f_e_n_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _q_u_a_r_t_i_c_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _s_p_e_c_i_a_l_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │            o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │                  # _S_y_n_t_a_x
│ │ │ │ │                  # _E_x_a_m_p_l_e_s
│ │ │ │ │                  # _D_e_s_c_r_i_p_t_i_o_n
│ │ │ │ │                  # _R_e_s_t_r_i_c_t_i_o_n_s
│ │ │ │ │                  # _R_e_l_a_t_e_d_ _c_o_m_m_a_n_d_s
│ │ │ │ │                  # _D_e_f_a_u_l_t
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _t_a_b_l_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │            o _b_o_n_d___w_r_i_t_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _b_o_u_n_d_a_r_y_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _c_h_a_n_g_e___b_o_x_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _c_l_e_a_r_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _c_o_m_m___m_o_d_i_f_y_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _c_o_m_m___s_t_y_l_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _c_o_m_p_u_t_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _c_o_m_p_u_t_e___m_o_d_i_f_y_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _c_r_e_a_t_e___a_t_o_m_s_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _c_r_e_a_t_e___b_o_n_d_s_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _c_r_e_a_t_e___b_o_x_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_e_l_e_t_e___a_t_o_m_s_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_e_l_e_t_e___b_o_n_d_s_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_i_e_l_e_c_t_r_i_c_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_i_h_e_d_r_a_l___c_o_e_f_f_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_i_h_e_d_r_a_l___s_t_y_l_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_i_h_e_d_r_a_l___w_r_i_t_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_i_m_e_n_s_i_o_n_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_i_s_p_l_a_c_e___a_t_o_m_s_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _v_t_k_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _h_5_m_d_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _m_o_l_f_i_l_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _n_e_t_c_d_f_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _i_m_a_g_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _m_o_v_i_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _a_t_o_m_/_a_d_i_o_s_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _c_u_s_t_o_m_/_a_d_i_o_s_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _c_f_g_/_u_e_f_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _a_t_o_m_/_a_d_i_o_s_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _c_u_s_t_o_m_/_a_d_i_o_s_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _c_f_g_/_u_e_f_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _h_5_m_d_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _i_m_a_g_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _m_o_v_i_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p___m_o_d_i_f_y_ _o_p_t_i_o_n_s_ _f_o_r_ _d_u_m_p_ _i_m_a_g_e_/_m_o_v_i_e
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p___m_o_d_i_f_y_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p___m_o_d_i_f_y_ _c_o_m_m_a_n_d_ _f_o_r_ _i_m_a_g_e_/_m_o_v_i_e_ _o_p_t_i_o_n_s
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _m_o_l_f_i_l_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _n_e_t_c_d_f_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _n_e_t_c_d_f_/_m_p_i_i_o_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _v_t_k_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_y_n_a_m_i_c_a_l___m_a_t_r_i_x_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _e_c_h_o_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _f_i_x_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _f_i_x___m_o_d_i_f_y_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _f_i_t_p_o_d_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _g_r_o_u_p_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _g_r_o_u_p_2_n_d_x_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _n_d_x_2_g_r_o_u_p_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _h_y_p_e_r_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _i_f_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _i_m_p_r_o_p_e_r___c_o_e_f_f_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _i_m_p_r_o_p_e_r___s_t_y_l_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _i_n_c_l_u_d_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _i_n_f_o_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _j_u_m_p_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _k_i_m_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _k_s_p_a_c_e___m_o_d_i_f_y_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _k_s_p_a_c_e___s_t_y_l_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _l_a_b_e_l_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _l_a_b_e_l_m_a_p_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _l_a_t_t_i_c_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _l_o_g_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _m_a_s_s_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _m_d_i_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _m_i_n___m_o_d_i_f_y_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _m_i_n___s_t_y_l_e_ _s_p_i_n_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _m_i_n___s_t_y_l_e_ _s_p_i_n_/_c_g_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _m_i_n___s_t_y_l_e_ _s_p_i_n_/_l_b_f_g_s_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _m_i_n___s_t_y_l_e_ _c_g_ _c_o_m_m_a_n_d
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│ │ │ │ │ -          o _m_i_n___s_t_y_l_e_ _s_d_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _m_i_n___s_t_y_l_e_ _q_u_i_c_k_m_i_n_ _c_o_m_m_a_n_d
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│ │ │ │ │ -          o _m_i_n___s_t_y_l_e_ _s_p_i_n_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _m_i_n___s_t_y_l_e_ _s_p_i_n_/_c_g_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _m_i_n___s_t_y_l_e_ _s_p_i_n_/_l_b_f_g_s_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _m_i_n_i_m_i_z_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _m_o_l_e_c_u_l_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _n_e_b_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _n_e_b_/_s_p_i_n_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _n_e_i_g_h___m_o_d_i_f_y_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _n_e_i_g_h_b_o_r_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _n_e_w_t_o_n_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _n_e_x_t_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _p_a_c_k_a_g_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _p_a_i_r___c_o_e_f_f_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _p_a_i_r___m_o_d_i_f_y_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _p_a_i_r___s_t_y_l_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _p_a_i_r___w_r_i_t_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _p_a_r_t_i_t_i_o_n_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _p_l_u_g_i_n_ _c_o_m_m_a_n_d
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│ │ │ │ │ -          o _p_r_o_c_e_s_s_o_r_s_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _p_y_t_h_o_n_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _q_u_i_t_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _r_e_a_d___d_a_t_a_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _r_e_a_d___d_u_m_p_ _c_o_m_m_a_n_d
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│ │ │ │ │ -          o _r_e_s_e_t___t_i_m_e_s_t_e_p_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _r_e_s_t_a_r_t_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _r_u_n_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _r_u_n___s_t_y_l_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _s_e_t_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _s_h_e_l_l_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _s_p_e_c_i_a_l___b_o_n_d_s_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _s_u_f_f_i_x_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _t_a_d_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _t_e_m_p_e_r_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _t_e_m_p_e_r_/_g_r_e_m_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _t_e_m_p_e_r_/_n_p_t_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _t_h_e_r_m_o_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _t_h_e_r_m_o___m_o_d_i_f_y_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _t_h_e_r_m_o___s_t_y_l_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _t_h_i_r_d___o_r_d_e_r_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _t_i_m_e_r_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _t_i_m_e_s_t_e_p_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _u_n_c_o_m_p_u_t_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _u_n_d_u_m_p_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _u_n_f_i_x_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _u_n_i_t_s_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _v_a_r_i_a_b_l_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _v_e_l_o_c_i_t_y_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _w_r_i_t_e___c_o_e_f_f_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _w_r_i_t_e___d_a_t_a_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _w_r_i_t_e___d_u_m_p_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _w_r_i_t_e___r_e_s_t_a_r_t_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -    * _F_i_x_e_s
│ │ │ │ │ -    * _C_o_m_p_u_t_e_s
│ │ │ │ │ -    * _P_a_i_r_ _S_t_y_l_e_s
│ │ │ │ │ -    * _B_o_n_d_ _S_t_y_l_e_s
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _z_e_r_o_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │      * _A_n_g_l_e_ _S_t_y_l_e_s
│ │ │ │ │      * _D_i_h_e_d_r_a_l_ _S_t_y_l_e_s
│ │ │ │ │      * _I_m_p_r_o_p_e_r_ _S_t_y_l_e_s
│ │ │ │ │      * _D_u_m_p_ _S_t_y_l_e_s
│ │ │ │ │      * _f_i_x___m_o_d_i_f_y_ _A_t_C_ _c_o_m_m_a_n_d_s
│ │ │ │ │      * _B_i_b_l_i_o_g_r_a_p_h_y
│ │ │ │ │  _L_A_M_M_P_S
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/lammps/html/bond_write.html
│ │ │ │ @@ -69,170 +69,58 @@
│ │ │ │  <li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="Library.html">1. LAMMPS Library Interfaces</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="Python_head.html">2. Use Python with LAMMPS</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="Modify.html">3. Modifying &amp; extending LAMMPS</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="Developer.html">4. Information for Developers</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  <p class="caption" role="heading"><span class="caption-text">Command Reference</span></p>
│ │ │ │  <ul class="current">
│ │ │ │ -<li class="toctree-l1 current"><a class="reference internal" href="commands_list.html">Commands</a><ul class="current">
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="angle_coeff.html">angle_coeff command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="angle_style.html">angle_style command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="angle_write.html">angle_write command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="atom_modify.html">atom_modify command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="atom_style.html">atom_style command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="balance.html">balance command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="commands_list.html">Commands</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="fixes.html">Fixes</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="computes.html">Computes</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="pairs.html">Pair Styles</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l1 current"><a class="reference internal" href="bonds.html">Bond Styles</a><ul class="current">
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_bpm_rotational.html">bond_style bpm/rotational command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_bpm_spring.html">bond_style bpm/spring command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_class2.html">bond_style class2 command</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_coeff.html">bond_coeff command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_fene.html">bond_style fene command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_fene.html#bond-style-fene-nm-command">bond_style fene/nm command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_fene_expand.html">bond_style fene/expand command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_gaussian.html">bond_style gaussian command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_gromos.html">bond_style gromos command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_harmonic.html">bond_style harmonic command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_harmonic_restrain.html">bond_style harmonic/restrain command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_harmonic_shift.html">bond_style harmonic/shift command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_harmonic_shift_cut.html">bond_style harmonic/shift/cut command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_hybrid.html">bond_style hybrid command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_lepton.html">bond_style lepton command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_mesocnt.html">bond_style mesocnt command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_mm3.html">bond_style mm3 command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_morse.html">bond_style morse command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_none.html">bond_style none command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_nonlinear.html">bond_style nonlinear command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_oxdna.html">bond_style oxdna/fene command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_oxdna.html#bond-style-oxdna2-fene-command">bond_style oxdna2/fene command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_oxdna.html#bond-style-oxrna2-fene-command">bond_style oxrna2/fene command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_quartic.html">bond_style quartic command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_special.html">bond_style special command</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_style.html">bond_style command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_table.html">bond_style table command</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l2 current"><a class="current reference internal" href="#">bond_write command</a><ul>
│ │ │ │  <li class="toctree-l3"><a class="reference internal" href="#syntax">Syntax</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l3"><a class="reference internal" href="#examples">Examples</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l3"><a class="reference internal" href="#description">Description</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l3"><a class="reference internal" href="#restrictions">Restrictions</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l3"><a class="reference internal" href="#related-commands">Related commands</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l3"><a class="reference internal" href="#default">Default</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="boundary.html">boundary command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="change_box.html">change_box command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="clear.html">clear command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="comm_modify.html">comm_modify command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="comm_style.html">comm_style command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="compute.html">compute command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="compute_modify.html">compute_modify command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="create_atoms.html">create_atoms command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="create_bonds.html">create_bonds command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="create_box.html">create_box command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="delete_atoms.html">delete_atoms command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="delete_bonds.html">delete_bonds command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dielectric.html">dielectric command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dihedral_coeff.html">dihedral_coeff command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dihedral_style.html">dihedral_style command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dihedral_write.html">dihedral_write command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dimension.html">dimension command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="displace_atoms.html">displace_atoms command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump.html">dump command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump.html#dump-vtk-command"><span class="xref std std-doc">dump vtk</span> command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump.html#dump-h5md-command"><span class="xref std std-doc">dump h5md</span> command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump.html#dump-molfile-command"><span class="xref std std-doc">dump molfile</span> command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump.html#dump-netcdf-command"><span class="xref std std-doc">dump netcdf</span> command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump.html#dump-image-command"><span class="xref std std-doc">dump image</span> command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump.html#dump-movie-command"><span class="xref std std-doc">dump movie</span> command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump.html#dump-atom-adios-command"><span class="xref std std-doc">dump atom/adios</span> command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump.html#dump-custom-adios-command"><span class="xref std std-doc">dump custom/adios</span> command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump.html#dump-cfg-uef-command"><span class="xref std std-doc">dump cfg/uef</span> command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump_adios.html">dump atom/adios  command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump_adios.html#dump-custom-adios-command">dump custom/adios command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump_cfg_uef.html">dump cfg/uef command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump_h5md.html">dump h5md command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump_image.html">dump image command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump_image.html#dump-movie-command">dump movie command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump_image.html#dump-modify-options-for-dump-image-movie">dump_modify options for dump image/movie</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump_modify.html">dump_modify command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump_modify.html#dump-modify-command-for-image-movie-options"><span class="xref std std-doc">dump_modify</span> command for image/movie options</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump_molfile.html">dump molfile command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump_netcdf.html">dump netcdf command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump_netcdf.html#dump-netcdf-mpiio-command">dump netcdf/mpiio command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dump_vtk.html">dump vtk command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="dynamical_matrix.html">dynamical_matrix command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="echo.html">echo command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="fix.html">fix command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="fix_modify.html">fix_modify command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="fitpod_command.html">fitpod command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="group.html">group command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="group2ndx.html">group2ndx command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="group2ndx.html#ndx2group-command">ndx2group command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="hyper.html">hyper command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="if.html">if command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="improper_coeff.html">improper_coeff command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="improper_style.html">improper_style command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="include.html">include command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="info.html">info command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="jump.html">jump command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="kim_commands.html">kim command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="kspace_modify.html">kspace_modify command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="kspace_style.html">kspace_style command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="label.html">label command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="labelmap.html">labelmap command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="lattice.html">lattice command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="log.html">log command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="mass.html">mass command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="mdi.html">mdi command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="min_modify.html">min_modify command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="min_spin.html">min_style spin command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="min_spin.html#min-style-spin-cg-command">min_style spin/cg command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="min_spin.html#min-style-spin-lbfgs-command">min_style spin/lbfgs command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="min_style.html">min_style cg command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="min_style.html#min-style-hftn-command">min_style hftn command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="min_style.html#min-style-sd-command">min_style sd command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="min_style.html#min-style-quickmin-command">min_style quickmin command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="min_style.html#min-style-fire-command">min_style fire command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="min_style.html#min-style-spin-command"><span class="xref std std-doc">min_style spin</span> command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="min_style.html#min-style-spin-cg-command"><span class="xref std std-doc">min_style spin/cg</span> command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="min_style.html#min-style-spin-lbfgs-command"><span class="xref std std-doc">min_style spin/lbfgs</span> command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="minimize.html">minimize command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="molecule.html">molecule command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="neb.html">neb command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="neb_spin.html">neb/spin command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="neigh_modify.html">neigh_modify command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="neighbor.html">neighbor command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="newton.html">newton command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="next.html">next command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="package.html">package command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="pair_coeff.html">pair_coeff command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="pair_modify.html">pair_modify command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="pair_style.html">pair_style command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="pair_write.html">pair_write command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="partition.html">partition command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="plugin.html">plugin command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="prd.html">prd command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="print.html">print command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="processors.html">processors command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="python.html">python command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="quit.html">quit command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="read_data.html">read_data command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="read_dump.html">read_dump command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="read_restart.html">read_restart command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="region.html">region command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="replicate.html">replicate command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="rerun.html">rerun command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="reset_atoms.html">reset_atoms command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="reset_timestep.html">reset_timestep command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="restart.html">restart command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="run.html">run command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="run_style.html">run_style command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="set.html">set command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="shell.html">shell command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="special_bonds.html">special_bonds command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="suffix.html">suffix command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="tad.html">tad command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="temper.html">temper command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="temper_grem.html">temper/grem command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="temper_npt.html">temper/npt command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="thermo.html">thermo command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="thermo_modify.html">thermo_modify command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="thermo_style.html">thermo_style command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="third_order.html">third_order command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="timer.html">timer command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="timestep.html">timestep command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="uncompute.html">uncompute command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="undump.html">undump command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="unfix.html">unfix command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="units.html">units command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="variable.html">variable command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="velocity.html">velocity command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="write_coeff.html">write_coeff command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="write_data.html">write_data command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="write_dump.html">write_dump command</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="write_restart.html">write_restart command</a></li>
│ │ │ │ +<li class="toctree-l2"><a class="reference internal" href="bond_zero.html">bond_style zero command</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │  </li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="fixes.html">Fixes</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="computes.html">Computes</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="pairs.html">Pair Styles</a></li>
│ │ │ │ -<li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="bonds.html">Bond Styles</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="angles.html">Angle Styles</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="dihedrals.html">Dihedral Styles</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="impropers.html">Improper Styles</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="dumps.html">Dump Styles</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="fix_modify_atc_commands.html">fix_modify AtC commands</a></li>
│ │ │ │  <li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="Bibliography.html">Bibliography</a></li>
│ │ │ │  </ul>
│ │ │ │ ├── html2text {}
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│ │ │ │ │  Programmer Guide
│ │ │ │ │      * _1_._ _L_A_M_M_P_S_ _L_i_b_r_a_r_y_ _I_n_t_e_r_f_a_c_e_s
│ │ │ │ │      * _2_._ _U_s_e_ _P_y_t_h_o_n_ _w_i_t_h_ _L_A_M_M_P_S
│ │ │ │ │      * _3_._ _M_o_d_i_f_y_i_n_g_ _&_ _e_x_t_e_n_d_i_n_g_ _L_A_M_M_P_S
│ │ │ │ │      * _4_._ _I_n_f_o_r_m_a_t_i_o_n_ _f_o_r_ _D_e_v_e_l_o_p_e_r_s
│ │ │ │ │  Command Reference
│ │ │ │ │      * _C_o_m_m_a_n_d_s
│ │ │ │ │ -          o _a_n_g_l_e___c_o_e_f_f_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _a_n_g_l_e___s_t_y_l_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _a_n_g_l_e___w_r_i_t_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _a_t_o_m___m_o_d_i_f_y_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _a_t_o_m___s_t_y_l_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _b_a_l_a_n_c_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +    * _F_i_x_e_s
│ │ │ │ │ +    * _C_o_m_p_u_t_e_s
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│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _b_p_m_/_r_o_t_a_t_i_o_n_a_l_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _b_p_m_/_s_p_r_i_n_g_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _c_l_a_s_s_2_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │            o _b_o_n_d___c_o_e_f_f_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _f_e_n_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _f_e_n_e_/_n_m_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _f_e_n_e_/_e_x_p_a_n_d_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _g_a_u_s_s_i_a_n_ _c_o_m_m_a_n_d
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│ │ │ │ │ +          o _b_o_n_d___s_t_y_l_e_ _l_e_p_t_o_n_ _c_o_m_m_a_n_d
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│ │ │ │ │                  # _S_y_n_t_a_x
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│ │ │ │ │                  # _D_e_f_a_u_l_t
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│ │ │ │ │ -          o _c_o_m_p_u_t_e_ _c_o_m_m_a_n_d
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│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _v_t_k_ _c_o_m_m_a_n_d
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│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _m_o_l_f_i_l_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _n_e_t_c_d_f_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _i_m_a_g_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _m_o_v_i_e_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _a_t_o_m_/_a_d_i_o_s_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _c_u_s_t_o_m_/_a_d_i_o_s_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _c_f_g_/_u_e_f_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _a_t_o_m_/_a_d_i_o_s_ _c_o_m_m_a_n_d
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│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _m_o_l_f_i_l_e_ _c_o_m_m_a_n_d
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│ │ │ │ │ -          o _d_u_m_p_ _v_t_k_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _d_y_n_a_m_i_c_a_l___m_a_t_r_i_x_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _e_c_h_o_ _c_o_m_m_a_n_d
│ │ │ │ │ -          o _f_i_x_ _c_o_m_m_a_n_d
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│ │ │ │ │ -          o _f_i_t_p_o_d_ _c_o_m_m_a_n_d
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│ │ │ │ │ -          o _n_d_x_2_g_r_o_u_p_ _c_o_m_m_a_n_d
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│ │ │ │ │ +            [275, "fix-modify-atc-mesh-write-command"]
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│ │ │ │ │ -            [272, "fix-modify-atc-mesh-output-command"]
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│ │ │ │ │ +            [270, "fix-modify-atc-mesh-delete-elements-command"]
│ │ │ │ │          ],
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│ │ │ │ │              [273, "fix-modify-atc-mesh-quadrature-command"]
│ │ │ │ │          ],
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│ │ │ │ │ +            [261, "fix-modify-atc-control-mask-direction-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
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│ │ │ │ │ +            [266, "fix-modify-atc-mesh-create-elementset-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "fix_modify AtC mesh add_to_nodeset command": [
│ │ │ │ │ +            [264, "fix-modify-atc-mesh-add-to-nodeset-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │          "fix_modify AtC output boundary_integral command": [
│ │ │ │ │              [277, "fix-modify-atc-output-boundary-integral-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix_modify AtC output volume_integral command": [
│ │ │ │ │ -            [280, "fix-modify-atc-output-volume-integral-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix_modify AtC mesh read command": [
│ │ │ │ │ +            [274, "fix-modify-atc-mesh-read-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix_modify AtC reset_time command": [
│ │ │ │ │ -            [288, "fix-modify-atc-reset-time-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix_modify AtC mesh create_faceset plane command": [
│ │ │ │ │ +            [268, "fix-modify-atc-mesh-create-faceset-plane-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix_modify AtC sample_frequency command": [
│ │ │ │ │ -            [289, "fix-modify-atc-sample-frequency-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix_modify AtC mass_matrix command": [
│ │ │ │ │ +            [262, "fix-modify-atc-mass-matrix-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix_modify AtC set reference_potential_energy command": [
│ │ │ │ │ -            [290, "fix-modify-atc-set-reference-potential-energy-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix_modify AtC output nodeset command": [
│ │ │ │ │ +            [279, "fix-modify-atc-output-nodeset-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix_modify AtC pair_interactions command": [
│ │ │ │ │ -            [281, "fix-modify-atc-pair-interactions-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix_modify AtC material command": [
│ │ │ │ │ +            [263, "fix-modify-atc-material-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix_modify AtC bond_interactions command": [
│ │ │ │ │ -            [281, "fix-modify-atc-bond-interactions-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix_modify AtC mesh nodeset_to_elementset command": [
│ │ │ │ │ +            [271, "fix-modify-atc-mesh-nodeset-to-elementset-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix_modify AtC source_integration command": [
│ │ │ │ │ -            [292, "fix-modify-atc-source-integration-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix_modify AtC mesh output command": [
│ │ │ │ │ +            [272, "fix-modify-atc-mesh-output-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "fix_modify AtC mesh create_faceset box command": [
│ │ │ │ │ +            [267, "fix-modify-atc-mesh-create-faceset-box-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "fix_modify AtC output command": [
│ │ │ │ │              [276, "fix-modify-atc-output-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix_modify AtC remove_molecule command": [
│ │ │ │ │ -            [284, "fix-modify-atc-remove-molecule-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix_modify AtC output contour_integral command": [
│ │ │ │ │ +            [278, "fix-modify-atc-output-contour-integral-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix_modify AtC output nodeset command": [
│ │ │ │ │ -            [279, "fix-modify-atc-output-nodeset-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix_modify AtC mesh create_nodeset command": [
│ │ │ │ │ +            [269, "fix-modify-atc-mesh-create-nodeset-command"]
│ │ │ │ │          ],
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│ │ │ │ │ -            [286, "fix-modify-atc-remove-species-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix_modify AtC control lumped_lambda_solve command": [
│ │ │ │ │ +            [260, "fix-modify-atc-control-lumped-lambda-solve-command"]
│ │ │ │ │          ],
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│ │ │ │ │ -            [282, "fix-modify-atc-poisson-solver-command"]
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│ │ │ │ │          ],
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│ │ │ │ │          ],
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│ │ │ │ │ -            [287, "fix-modify-atc-reset-atomic-reference-positions-command"]
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│ │ │ │ │ +        ],
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│ │ │ │ │          ],
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│ │ │ │ │          ],
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│ │ │ │ │ -            [291, "fix-modify-atc-source-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix_modify AtC unfix command": [
│ │ │ │ │ +            [297, "fix-modify-atc-unfix-command"]
│ │ │ │ │          ],
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│ │ │ │ │          ],
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│ │ │ │ │          ],
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│ │ │ │ │          ],
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│ │ │ │ │ +        "fix_modify AtC remove_molecule command": [
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│ │ │ │ │          ],
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│ │ │ │ │          ],
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│ │ │ │ │          ],
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│ │ │ │ │ -            [269, "fix-modify-atc-mesh-create-nodeset-command"]
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│ │ │ │ │ +            [244, "fix-modify-atc-extrinsic-exchange-command"]
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│ │ │ │ │ -            [227, "angle-style-zero-command"]
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│ │ │ │ │ +            [241, "fix-modify-atc-decomposition-command"]
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│ │ │ │ │ +            [226, "angle-write-command"]
│ │ │ │ │          ],
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│ │ │ │ │ +            [375, "compute-erotate-rigid-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute ave/sphere/atom command": [
│ │ │ │ │ -            [343, "compute-ave-sphere-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        "compute damage/atom command": [
│ │ │ │ │ +            [361, "compute-damage-atom-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "bond_style special command": [
│ │ │ │ │ -            [325, "bond-style-special-command"]
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│ │ │ │ │ +            [369, "compute-dpd-atom-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "comm_modify command": [
│ │ │ │ │ -            [334, "comm-modify-command"]
│ │ │ │ │ +        "compute dipole/chunk command": [
│ │ │ │ │ +            [366, "compute-dipole-chunk-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute bond/local command": [
│ │ │ │ │ -            [347, "compute-bond-local-command"]
│ │ │ │ │ +        "compute dipole/tip4p/chunk command": [
│ │ │ │ │ +            [366, "compute-dipole-tip4p-chunk-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Bond Styles": [
│ │ │ │ │ -            [330, "bond-styles"]
│ │ │ │ │ +        "compute dilatation/atom command": [
│ │ │ │ │ +            [364, "compute-dilatation-atom-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute adf command": [
│ │ │ │ │ -            [339, "compute-adf-command"]
│ │ │ │ │ +        "compute displace/atom command": [
│ │ │ │ │ +            [367, "compute-displace-atom-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "boundary command": [
│ │ │ │ │ -            [331, "boundary-command"]
│ │ │ │ │ +        "compute event/displace command": [
│ │ │ │ │ +            [378, "compute-event-displace-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "change_box command": [
│ │ │ │ │ -            [332, "change-box-command"]
│ │ │ │ │ +        "compute erotate/sphere command": [
│ │ │ │ │ +            [376, "compute-erotate-sphere-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "bond_style command": [
│ │ │ │ │ -            [326, "bond-style-command"]
│ │ │ │ │ +        "compute edpd/temp/atom command": [
│ │ │ │ │ +            [370, "compute-edpd-temp-atom-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute angle/local command": [
│ │ │ │ │ -            [341, "compute-angle-local-command"]
│ │ │ │ │ +        "compute dipole command": [
│ │ │ │ │ +            [365, "compute-dipole-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "bond_style zero command": [
│ │ │ │ │ -            [329, "bond-style-zero-command"]
│ │ │ │ │ +        "compute dipole/tip4p command": [
│ │ │ │ │ +            [365, "compute-dipole-tip4p-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute angmom/chunk command": [
│ │ │ │ │ -            [342, "compute-angmom-chunk-command"]
│ │ │ │ │ +        "compute efield/wolf/atom command": [
│ │ │ │ │ +            [372, "compute-efield-wolf-atom-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "bond_style quartic command": [
│ │ │ │ │ -            [324, "bond-style-quartic-command"]
│ │ │ │ │ +        "Computational Efficiency": [
│ │ │ │ │ +            [372, null]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "comm_style command": [
│ │ │ │ │ -            [335, "comm-style-command"]
│ │ │ │ │ +        "compute fabric command": [
│ │ │ │ │ +            [379, "compute-fabric-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "bond_write command": [
│ │ │ │ │ -            [328, "bond-write-command"]
│ │ │ │ │ +        "compute erotate/asphere command": [
│ │ │ │ │ +            [374, "compute-erotate-asphere-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Commands": [
│ │ │ │ │ -            [336, "commands"],
│ │ │ │ │ -            [93, "commands"],
│ │ │ │ │ -            [17, "commands"]
│ │ │ │ │ +        "compute dpd command": [
│ │ │ │ │ +            [368, "compute-dpd-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "bond_style table command": [
│ │ │ │ │ -            [327, "bond-style-table-command"]
│ │ │ │ │ +        "compute erotate/sphere/atom command": [
│ │ │ │ │ +            [377, "compute-erotate-sphere-atom-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Restart info": [
│ │ │ │ │ -            [327, "restart-info"],
│ │ │ │ │ -            [313, "restart-info"]
│ │ │ │ │ +        "compute dihedral/local command": [
│ │ │ │ │ +            [363, "compute-dihedral-local-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute chunk/atom command": [
│ │ │ │ │ -            [350, "compute-chunk-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        "Atom styles": [
│ │ │ │ │ +            [141, "atom-styles"],
│ │ │ │ │ +            [97, "atom-styles"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute ackland/atom command": [
│ │ │ │ │ -            [338, "compute-ackland-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        "Dump styles": [
│ │ │ │ │ +            [147, "dump-styles"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute body/local command": [
│ │ │ │ │ -            [345, "compute-body-local-command"]
│ │ │ │ │ +        "Compute styles": [
│ │ │ │ │ +            [145, "compute-styles"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "clear command": [
│ │ │ │ │ -            [333, "clear-command"]
│ │ │ │ │ +        "Input script command style": [
│ │ │ │ │ +            [144, "input-script-command-style"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "bond_style mm3 command": [
│ │ │ │ │ -            [319, "bond-style-mm3-command"]
│ │ │ │ │ +        "Thermodynamic output options": [
│ │ │ │ │ +            [157, "thermodynamic-output-options"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "bond_style bpm/spring command": [
│ │ │ │ │ -            [305, "bond-style-bpm-spring-command"]
│ │ │ │ │ +        "Minimization styles": [
│ │ │ │ │ +            [151, "minimization-styles"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Restart and other info": [
│ │ │ │ │ -            [305, "restart-and-other-info"],
│ │ │ │ │ -            [304, "restart-and-other-info"]
│ │ │ │ │ +        "Requirements for contributions to LAMMPS": [
│ │ │ │ │ +            [155, "requirements-for-contributions-to-lammps"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "bond_style lepton command": [
│ │ │ │ │ -            [317, "bond-style-lepton-command"]
│ │ │ │ │ +        "Motivation": [
│ │ │ │ │ +            [155, "motivation"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "bond_style harmonic command": [
│ │ │ │ │ -            [312, "bond-style-harmonic-command"]
│ │ │ │ │ +        "Licensing requirements (strict)": [
│ │ │ │ │ +            [155, "licensing-requirements-strict"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix_modify AtC write_restart command": [
│ │ │ │ │ -            [300, "fix-modify-atc-write-restart-command"]
│ │ │ │ │ +        "Integration testing (strict)": [
│ │ │ │ │ +            [155, "integration-testing-strict"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "atom_modify command": [
│ │ │ │ │ -            [301, "atom-modify-command"]
│ │ │ │ │ +        "Documentation (strict)": [
│ │ │ │ │ +            [155, "documentation-strict"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "bond_style nonlinear command": [
│ │ │ │ │ -            [322, "bond-style-nonlinear-command"]
│ │ │ │ │ +        "Programming language standards (strict)": [
│ │ │ │ │ +            [155, "programming-language-standards-strict"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "bond_style hybrid command": [
│ │ │ │ │ -            [316, "bond-style-hybrid-command"]
│ │ │ │ │ +        "Build system (strict)": [
│ │ │ │ │ +            [155, "build-system-strict"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "atom_style command": [
│ │ │ │ │ -            [302, "atom-style-command"]
│ │ │ │ │ +        "Command or style names, file names, and keywords (strict)": [
│ │ │ │ │ +            [155, "command-or-style-names-file-names-and-keywords-strict"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Atom style attributes": [
│ │ │ │ │ -            [302, "atom-style-attributes"]
│ │ │ │ │ +        "Programming style requirements (varied)": [
│ │ │ │ │ +            [155, "programming-style-requirements-varied"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Particle size and mass": [
│ │ │ │ │ -            [302, "particle-size-and-mass"]
│ │ │ │ │ +        "Examples (preferred)": [
│ │ │ │ │ +            [155, "examples-preferred"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Additional information about specific atom styles": [
│ │ │ │ │ -            [302, "additional-information-about-specific-atom-styles"]
│ │ │ │ │ +        "Error or warning messages and explanations (preferred)": [
│ │ │ │ │ +            [155, "error-or-warning-messages-and-explanations-preferred"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "bond_style oxdna/fene command": [
│ │ │ │ │ -            [323, "bond-style-oxdna-fene-command"]
│ │ │ │ │ +        "Citation reminder (optional)": [
│ │ │ │ │ +            [155, "citation-reminder-optional"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "bond_style oxdna2/fene command": [
│ │ │ │ │ -            [323, "bond-style-oxdna2-fene-command"]
│ │ │ │ │ +        "Testing (optional)": [
│ │ │ │ │ +            [155, "testing-optional"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "bond_style oxrna2/fene command": [
│ │ │ │ │ -            [323, "bond-style-oxrna2-fene-command"]
│ │ │ │ │ +        "Kspace styles": [
│ │ │ │ │ +            [150, "kspace-styles"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "bond_style harmonic/shift/cut command": [
│ │ │ │ │ -            [315, "bond-style-harmonic-shift-cut-command"]
│ │ │ │ │ +        "Optional packages": [
│ │ │ │ │ +            [159, "optional-packages"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "bond_style harmonic/restrain command": [
│ │ │ │ │ -            [313, "bond-style-harmonic-restrain-command"]
│ │ │ │ │ +        "Granular Sub-Model styles": [
│ │ │ │ │ +            [149, "granular-sub-model-styles"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix_modify AtC write_atom_weights command": [
│ │ │ │ │ -            [299, "fix-modify-atc-write-atom-weights-command"]
│ │ │ │ │ +        "LAMMPS programming style": [
│ │ │ │ │ +            [156, "lammps-programming-style"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "balance command": [
│ │ │ │ │ -            [303, "balance-command"]
│ │ │ │ │ +        "Include files (varied)": [
│ │ │ │ │ +            [156, "include-files-varied"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "bond_style class2 command": [
│ │ │ │ │ -            [306, "bond-style-class2-command"]
│ │ │ │ │ +        "Whitespace (preferred)": [
│ │ │ │ │ +            [156, "whitespace-preferred"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "bond_style none command": [
│ │ │ │ │ -            [321, "bond-style-none-command"]
│ │ │ │ │ +        "Constants (strongly preferred)": [
│ │ │ │ │ +            [156, "constants-strongly-preferred"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "bond_style fene/expand command": [
│ │ │ │ │ -            [309, "bond-style-fene-expand-command"]
│ │ │ │ │ +        "Placement of braces (strongly preferred)": [
│ │ │ │ │ +            [156, "placement-of-braces-strongly-preferred"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix_modify AtC unfix command": [
│ │ │ │ │ -            [297, "fix-modify-atc-unfix-command"]
│ │ │ │ │ +        "Miscellaneous standards (varied)": [
│ │ │ │ │ +            [156, "miscellaneous-standards-varied"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "bond_style harmonic/shift command": [
│ │ │ │ │ -            [314, "bond-style-harmonic-shift-command"]
│ │ │ │ │ +        "Fix styles": [
│ │ │ │ │ +            [148, "fix-styles"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "bond_coeff command": [
│ │ │ │ │ -            [307, "bond-coeff-command"]
│ │ │ │ │ +        "Modifying & extending LAMMPS": [
│ │ │ │ │ +            [140, "modifying-extending-lammps"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "bond_style gaussian command": [
│ │ │ │ │ -            [310, "bond-style-gaussian-command"]
│ │ │ │ │ +        "Variable options": [
│ │ │ │ │ +            [158, "variable-options"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "bond_style fene command": [
│ │ │ │ │ -            [308, "bond-style-fene-command"]
│ │ │ │ │ +        "Bond, angle, dihedral, improper styles": [
│ │ │ │ │ +            [143, "bond-angle-dihedral-improper-styles"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "bond_style fene/nm command": [
│ │ │ │ │ -            [308, "bond-style-fene-nm-command"]
│ │ │ │ │ +        "Body styles": [
│ │ │ │ │ +            [142, "body-styles"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "bond_style mesocnt command": [
│ │ │ │ │ -            [318, "bond-style-mesocnt-command"]
│ │ │ │ │ +        "Region styles": [
│ │ │ │ │ +            [154, "region-styles"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "bond_style gromos command": [
│ │ │ │ │ -            [311, "bond-style-gromos-command"]
│ │ │ │ │ +        "Pair styles": [
│ │ │ │ │ +            [153, "pair-styles"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix_modify AtC unfix_flux command": [
│ │ │ │ │ -            [298, "fix-modify-atc-unfix-flux-command"]
│ │ │ │ │ +        "Overview": [
│ │ │ │ │ +            [152, "overview"],
│ │ │ │ │ +            [198, "overview"],
│ │ │ │ │ +            [198, "id4"],
│ │ │ │ │ +            [91, "overview"],
│ │ │ │ │ +            [93, "overview"],
│ │ │ │ │ +            [177, "overview"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "bond_style bpm/rotational command": [
│ │ │ │ │ -            [304, "bond-style-bpm-rotational-command"]
│ │ │ │ │ +        "Submitting new features for inclusion in LAMMPS": [
│ │ │ │ │ +            [146, "submitting-new-features-for-inclusion-in-lammps"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "bond_style morse command": [
│ │ │ │ │ -            [320, "bond-style-morse-command"]
│ │ │ │ │ +        "Communication with the LAMMPS developers": [
│ │ │ │ │ +            [146, "communication-with-the-lammps-developers"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Polarizable models": [
│ │ │ │ │ -            [92, "polarizable-models"]
│ │ │ │ │ +        "Time and effort required": [
│ │ │ │ │ +            [146, "time-and-effort-required"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Submission procedure": [
│ │ │ │ │ +            [146, "submission-procedure"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "External contributions": [
│ │ │ │ │ +            [146, "external-contributions"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Location of files: individual files and packages": [
│ │ │ │ │ +            [146, "location-of-files-individual-files-and-packages"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Changes to core LAMMPS files": [
│ │ │ │ │ +            [146, "changes-to-core-lammps-files"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "angle_style gaussian command": [
│ │ │ │ │ +            [215, "angle-style-gaussian-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "angle_style cosine/periodic command": [
│ │ │ │ │ +            [207, "angle-style-cosine-periodic-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "angle_style cross command": [
│ │ │ │ │ +            [211, "angle-style-cross-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "angle_style charmm command": [
│ │ │ │ │ +            [201, "angle-style-charmm-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "angle_style harmonic command": [
│ │ │ │ │ +            [216, "angle-style-harmonic-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "angle_style cosine/squared command": [
│ │ │ │ │ +            [210, "angle-style-cosine-squared-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "angle_style lepton command": [
│ │ │ │ │ +            [218, "angle-style-lepton-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Lepton expression syntax and features": [
│ │ │ │ │ +            [218, "lepton-expression-syntax-and-features"],
│ │ │ │ │ +            [317, "lepton-expression-syntax-and-features"],
│ │ │ │ │ +            [852, "lepton-expression-syntax-and-features"],
│ │ │ │ │ +            [773, "lepton-expression-syntax-and-features"],
│ │ │ │ │ +            [729, "lepton-expression-syntax-and-features"],
│ │ │ │ │ +            [503, "lepton-expression-syntax-and-features"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "angle_style cosine/delta command": [
│ │ │ │ │ +            [206, "angle-style-cosine-delta-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "angle_style fourier command": [
│ │ │ │ │ +            [213, "angle-style-fourier-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "angle_coeff command": [
│ │ │ │ │ +            [203, "angle-coeff-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "angle_style class2 command": [
│ │ │ │ │ +            [202, "angle-style-class2-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "angle_style class2/p6 command": [
│ │ │ │ │ +            [202, "angle-style-class2-p6-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "angle_style mesocnt command": [
│ │ │ │ │ +            [219, "angle-style-mesocnt-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "angle_style hybrid command": [
│ │ │ │ │ +            [217, "angle-style-hybrid-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "angle_style cosine/shift/exp command": [
│ │ │ │ │ +            [209, "angle-style-cosine-shift-exp-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "angle_style fourier/simple command": [
│ │ │ │ │ +            [214, "angle-style-fourier-simple-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "angle_style amoeba command": [
│ │ │ │ │ +            [200, "angle-style-amoeba-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "angle_style dipole command": [
│ │ │ │ │ +            [212, "angle-style-dipole-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "angle_style cosine/buck6d command": [
│ │ │ │ │ +            [205, "angle-style-cosine-buck6d-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "angle_style cosine/shift command": [
│ │ │ │ │ +            [208, "angle-style-cosine-shift-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "angle_style cosine command": [
│ │ │ │ │ +            [204, "angle-style-cosine-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Type labels": [
│ │ │ │ │ +            [106, "type-labels"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Use of type labels in LAMMPS input or output": [
│ │ │ │ │ +            [106, "use-of-type-labels-in-lammps-input-or-output"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Commands that can use label types": [
│ │ │ │ │ +            [106, "commands-that-can-use-label-types"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Visualize LAMMPS snapshots": [
│ │ │ │ │ +            [108, "visualize-lammps-snapshots"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Introduction": [
│ │ │ │ │ +            [118, "introduction"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Calculate temperature": [
│ │ │ │ │ +            [100, "calculate-temperature"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "TIP3P water model": [
│ │ │ │ │ +            [102, "tip3p-water-model"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "TIP4P water model": [
│ │ │ │ │ +            [103, "tip4p-water-model"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Download an executable for macOS": [
│ │ │ │ │ +            [115, "download-an-executable-for-macos"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "Calculate viscosity": [
│ │ │ │ │              [107, "calculate-viscosity"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Multi-replica simulations": [
│ │ │ │ │ -            [94, "multi-replica-simulations"]
│ │ │ │ │ +        "TIP5P water model": [
│ │ │ │ │ +            [104, "tip5p-water-model"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Using the LAMMPS GUI": [
│ │ │ │ │ -            [83, "using-the-lammps-gui"]
│ │ │ │ │ +        "Thermostats": [
│ │ │ │ │ +            [101, "thermostats"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Main window": [
│ │ │ │ │ -            [83, "main-window"]
│ │ │ │ │ +        "Download source and documentation as a tarball": [
│ │ │ │ │ +            [116, "download-source-and-documentation-as-a-tarball"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Opening Files": [
│ │ │ │ │ -            [83, "opening-files"]
│ │ │ │ │ +        "Walls": [
│ │ │ │ │ +            [109, "walls"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Running LAMMPS": [
│ │ │ │ │ -            [83, "running-lammps"]
│ │ │ │ │ +        "Using LAMMPS on Windows 10 with WSL": [
│ │ │ │ │ +            [110, "using-lammps-on-windows-10-with-wsl"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Log Window": [
│ │ │ │ │ -            [83, "log-window"]
│ │ │ │ │ +        "Installation": [
│ │ │ │ │ +            [110, "installation"],
│ │ │ │ │ +            [172, "installation"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Chart Window": [
│ │ │ │ │ -            [83, "chart-window"]
│ │ │ │ │ +        "Upgrade to the latest Windows 10": [
│ │ │ │ │ +            [110, "upgrade-to-the-latest-windows-10"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Image Slide Show": [
│ │ │ │ │ -            [83, "image-slide-show"]
│ │ │ │ │ +        "Enable WSL": [
│ │ │ │ │ +            [110, "enable-wsl"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Variable Info": [
│ │ │ │ │ -            [83, "variable-info"]
│ │ │ │ │ +        "Update WSL kernel component": [
│ │ │ │ │ +            [110, "update-wsl-kernel-component"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Viewing Snapshot Images": [
│ │ │ │ │ -            [83, "viewing-snapshot-images"]
│ │ │ │ │ +        "Set WSL2 as default": [
│ │ │ │ │ +            [110, "set-wsl2-as-default"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Editor Functions": [
│ │ │ │ │ -            [83, "editor-functions"]
│ │ │ │ │ +        "Install a Linux Distribution": [
│ │ │ │ │ +            [110, "install-a-linux-distribution"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Context Specific Word Completion": [
│ │ │ │ │ -            [83, "context-specific-word-completion"]
│ │ │ │ │ +        "Initial Setup": [
│ │ │ │ │ +            [110, "initial-setup"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Line Reformatting": [
│ │ │ │ │ -            [83, "line-reformatting"]
│ │ │ │ │ +        "Windows Explorer / WSL integration": [
│ │ │ │ │ +            [110, "windows-explorer-wsl-integration"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Context Specific Help": [
│ │ │ │ │ -            [83, "context-specific-help"]
│ │ │ │ │ +        "Compiling LAMMPS": [
│ │ │ │ │ +            [110, "compiling-lammps"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Menu": [
│ │ │ │ │ -            [83, "menu"]
│ │ │ │ │ +        "Install prerequisite packages": [
│ │ │ │ │ +            [110, "install-prerequisite-packages"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "File": [
│ │ │ │ │ -            [83, "file"]
│ │ │ │ │ +        "Download LAMMPS": [
│ │ │ │ │ +            [110, "download-lammps"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Edit": [
│ │ │ │ │ -            [83, "edit"]
│ │ │ │ │ +        "Option 1: Download a LAMMPS tarball using wget": [
│ │ │ │ │ +            [110, "option-1-download-a-lammps-tarball-using-wget"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Run": [
│ │ │ │ │ -            [83, "run"]
│ │ │ │ │ +        "Option 2: Download a LAMMPS development version from GitHub": [
│ │ │ │ │ +            [110, "option-2-download-a-lammps-development-version-from-github"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "View": [
│ │ │ │ │ -            [83, "view"]
│ │ │ │ │ +        "Configure and Compile LAMMPS with CMake": [
│ │ │ │ │ +            [110, "configure-and-compile-lammps-with-cmake"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "About": [
│ │ │ │ │ -            [83, "about"]
│ │ │ │ │ +        "Running an example script": [
│ │ │ │ │ +            [110, "running-an-example-script"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Preferences": [
│ │ │ │ │ -            [83, "preferences"]
│ │ │ │ │ +        "Final steps": [
│ │ │ │ │ +            [110, "final-steps"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "General Settings:": [
│ │ │ │ │ -            [83, "general-settings"]
│ │ │ │ │ +        "Conclusion": [
│ │ │ │ │ +            [110, "conclusion"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Accelerators:": [
│ │ │ │ │ -            [83, "accelerators"]
│ │ │ │ │ +        "Install LAMMPS": [
│ │ │ │ │ +            [111, "install-lammps"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Snapshot Image:": [
│ │ │ │ │ -            [83, "snapshot-image"]
│ │ │ │ │ +        "Triclinic (non-orthogonal) simulation boxes": [
│ │ │ │ │ +            [105, "triclinic-non-orthogonal-simulation-boxes"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Editor Settings:": [
│ │ │ │ │ -            [83, "editor-settings"]
│ │ │ │ │ +        "Download an executable for Windows": [
│ │ │ │ │ +            [117, "download-an-executable-for-windows"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Keyboard Shortcuts": [
│ │ │ │ │ -            [83, "keyboard-shortcuts"]
│ │ │ │ │ +        "Download an executable for Linux": [
│ │ │ │ │ +            [114, "download-an-executable-for-linux"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Output structured data from LAMMPS": [
│ │ │ │ │ -            [99, "output-structured-data-from-lammps"]
│ │ │ │ │ +        "Pre-built static Linux x86_64 executables": [
│ │ │ │ │ +            [114, "pre-built-static-linux-x86-64-executables"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Writing the current system state, thermo data, variable values": [
│ │ │ │ │ -            [99, "writing-the-current-system-state-thermo-data-variable-values"]
│ │ │ │ │ +        "Pre-built Ubuntu and Debian Linux executables": [
│ │ │ │ │ +            [114, "pre-built-ubuntu-and-debian-linux-executables"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "YAML": [
│ │ │ │ │ -            [99, "yaml"],
│ │ │ │ │ -            [99, "id1"]
│ │ │ │ │ +        "Pre-built Fedora Linux executables": [
│ │ │ │ │ +            [114, "pre-built-fedora-linux-executables"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "JSON": [
│ │ │ │ │ -            [99, "json"]
│ │ │ │ │ +        "Pre-built EPEL Linux executable": [
│ │ │ │ │ +            [114, "pre-built-epel-linux-executable"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "YAML format thermo_style or dump_style output": [
│ │ │ │ │ -            [99, "yaml-format-thermo-style-or-dump-style-output"]
│ │ │ │ │ +        "Pre-built OpenSuse Linux executable": [
│ │ │ │ │ +            [114, "pre-built-opensuse-linux-executable"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Extracting data from log file": [
│ │ │ │ │ -            [99, "extracting-data-from-log-file"]
│ │ │ │ │ +        "Gentoo Linux executable": [
│ │ │ │ │ +            [114, "gentoo-linux-executable"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Extracting data from dump file": [
│ │ │ │ │ -            [99, "extracting-data-from-dump-file"]
│ │ │ │ │ +        "Archlinux build-script": [
│ │ │ │ │ +            [114, "archlinux-build-script"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Processing scalar data with Python": [
│ │ │ │ │ -            [99, "processing-scalar-data-with-python"]
│ │ │ │ │ +        "Authors of LAMMPS": [
│ │ │ │ │ +            [119, "authors-of-lammps"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Processing vector data with Python": [
│ │ │ │ │ -            [99, "processing-vector-data-with-python"]
│ │ │ │ │ +        "Download an executable for Linux or macOS via Conda": [
│ │ │ │ │ +            [112, "download-an-executable-for-linux-or-macos-via-conda"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Processing scalar data with Perl": [
│ │ │ │ │ -            [99, "processing-scalar-data-with-perl"]
│ │ │ │ │ +        "Download the LAMMPS source with git": [
│ │ │ │ │ +            [113, "download-the-lammps-source-with-git"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Writing continuous data during a simulation": [
│ │ │ │ │ -            [99, "writing-continuous-data-during-a-simulation"]
│ │ │ │ │ +        "Saving time and disk space when using git clone": [
│ │ │ │ │ +            [113, null]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Line Delimited JSON (LD-JSON)": [
│ │ │ │ │ -            [99, "line-delimited-json-ld-json"]
│ │ │ │ │ +        "Git protocols": [
│ │ │ │ │ +            [113, null]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Finite-size spherical and aspherical particles": [
│ │ │ │ │ -            [97, "finite-size-spherical-and-aspherical-particles"]
│ │ │ │ │ +        "compute smd/tlsph/defgrad command": [
│ │ │ │ │ +            [438, "compute-smd-tlsph-defgrad-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Atom styles": [
│ │ │ │ │ -            [97, "atom-styles"],
│ │ │ │ │ -            [141, "atom-styles"]
│ │ │ │ │ +        "compute saed command": [
│ │ │ │ │ +            [428, "compute-saed-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Pair potentials": [
│ │ │ │ │ -            [97, "pair-potentials"]
│ │ │ │ │ +        "compute reduce command": [
│ │ │ │ │ +            [425, "compute-reduce-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Time integration": [
│ │ │ │ │ -            [97, "time-integration"]
│ │ │ │ │ +        "compute reduce/region command": [
│ │ │ │ │ +            [425, "compute-reduce-region-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Computes, thermodynamics, and dump output": [
│ │ │ │ │ -            [97, "computes-thermodynamics-and-dump-output"]
│ │ │ │ │ +        "compute reaxff/atom command": [
│ │ │ │ │ +            [424, "compute-reaxff-atom-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Rigid bodies composed of finite-size particles": [
│ │ │ │ │ -            [97, "rigid-bodies-composed-of-finite-size-particles"]
│ │ │ │ │ +        "compute smd/plastic/strain command": [
│ │ │ │ │ +            [435, "compute-smd-plastic-strain-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Thermostats": [
│ │ │ │ │ -            [101, "thermostats"]
│ │ │ │ │ +        "compute rdf command": [
│ │ │ │ │ +            [423, "compute-rdf-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Using LAMMPS with the MDI library for code coupling": [
│ │ │ │ │ -            [86, "using-lammps-with-the-mdi-library-for-code-coupling"]
│ │ │ │ │ +        "compute smd/contact/radius command": [
│ │ │ │ │ +            [431, "compute-smd-contact-radius-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Library interface to LAMMPS": [
│ │ │ │ │ -            [84, "library-interface-to-lammps"]
│ │ │ │ │ +        "compute slice command": [
│ │ │ │ │ +            [430, "compute-slice-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Calculate temperature": [
│ │ │ │ │ -            [100, "calculate-temperature"]
│ │ │ │ │ +        "compute smd/tlsph/dt command": [
│ │ │ │ │ +            [439, "compute-smd-tlsph-dt-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Peridynamics with LAMMPS": [
│ │ │ │ │ -            [91, "peridynamics-with-lammps"]
│ │ │ │ │ +        "compute smd/plastic/strain/rate command": [
│ │ │ │ │ +            [436, "compute-smd-plastic-strain-rate-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Overview": [
│ │ │ │ │ -            [91, "overview"],
│ │ │ │ │ -            [93, "overview"],
│ │ │ │ │ -            [198, "overview"],
│ │ │ │ │ -            [198, "id4"],
│ │ │ │ │ -            [177, "overview"],
│ │ │ │ │ -            [152, "overview"]
│ │ │ │ │ +        "compute property/local command": [
│ │ │ │ │ +            [420, "compute-property-local-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Quick Start": [
│ │ │ │ │ -            [91, "quick-start"],
│ │ │ │ │ -            [93, "quick-start"]
│ │ │ │ │ +        "compute smd/rho command": [
│ │ │ │ │ +            [437, "compute-smd-rho-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Peridynamic Model of a Continuum": [
│ │ │ │ │ -            [91, "peridynamic-model-of-a-continuum"]
│ │ │ │ │ +        "compute rigid/local command": [
│ │ │ │ │ +            [427, "compute-rigid-local-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Basic Notation": [
│ │ │ │ │ -            [91, "basic-notation"]
│ │ │ │ │ +        "compute smd/hourglass/error command": [
│ │ │ │ │ +            [433, "compute-smd-hourglass-error-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Linear Peridynamic Solid (LPS) Model": [
│ │ │ │ │ -            [91, "linear-peridynamic-solid-lps-model"]
│ │ │ │ │ +        "compute slcsa/atom command": [
│ │ │ │ │ +            [429, "compute-slcsa-atom-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Prototype Microelastic Brittle (PMB) Model": [
│ │ │ │ │ -            [91, "prototype-microelastic-brittle-pmb-model"]
│ │ │ │ │ +        "compute ptm/atom command": [
│ │ │ │ │ +            [421, "compute-ptm-atom-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Damage": [
│ │ │ │ │ -            [91, "damage"],
│ │ │ │ │ -            [91, "id1"]
│ │ │ │ │ +        "compute reduce/chunk command": [
│ │ │ │ │ +            [426, "compute-reduce-chunk-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Discrete Peridynamic Model and LAMMPS Implementation": [
│ │ │ │ │ -            [91, "discrete-peridynamic-model-and-lammps-implementation"]
│ │ │ │ │ +        "compute smd/internal/energy command": [
│ │ │ │ │ +            [434, "compute-smd-internal-energy-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Spatial Discretization": [
│ │ │ │ │ -            [91, "spatial-discretization"]
│ │ │ │ │ +        "Output Info": [
│ │ │ │ │ +            [434, "output-info"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Short-Range Forces": [
│ │ │ │ │ -            [91, "short-range-forces"]
│ │ │ │ │ +        "compute smd/damage command": [
│ │ │ │ │ +            [432, "compute-smd-damage-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Modification to the Particle Volume": [
│ │ │ │ │ -            [91, "modification-to-the-particle-volume"]
│ │ │ │ │ +        "compute rattlers/atom command": [
│ │ │ │ │ +            [422, "compute-rattlers-atom-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Temporal Discretization": [
│ │ │ │ │ -            [91, "temporal-discretization"]
│ │ │ │ │ +        "compute spin command": [
│ │ │ │ │ +            [456, "compute-spin-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Algorithm 1: Velocity Verlet": [
│ │ │ │ │ -            [91, "algvelverlet"]
│ │ │ │ │ +        "compute smd/ulsph/strain/rate command": [
│ │ │ │ │ +            [449, "compute-smd-ulsph-strain-rate-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Breaking Bonds": [
│ │ │ │ │ -            [91, "breaking-bonds"]
│ │ │ │ │ +        "compute sna/atom command": [
│ │ │ │ │ +            [452, "compute-sna-atom-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "LPS Pseudocode": [
│ │ │ │ │ -            [91, "lps-pseudocode"]
│ │ │ │ │ +        "compute snad/atom command": [
│ │ │ │ │ +            [452, "compute-snad-atom-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Algorithm 2: LPS Peridynamic Model Pseudocode": [
│ │ │ │ │ -            [91, "algperilps"]
│ │ │ │ │ +        "compute snav/atom command": [
│ │ │ │ │ +            [452, "compute-snav-atom-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Algorithm 3: Computation of Weighted Volume m": [
│ │ │ │ │ -            [91, "algperilpsm"]
│ │ │ │ │ +        "compute snap command": [
│ │ │ │ │ +            [452, "compute-snap-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Algorithm 4: Computation of Dilatation \\theta": [
│ │ │ │ │ -            [91, "algperilpstheta"]
│ │ │ │ │ +        "compute sna/grid command": [
│ │ │ │ │ +            [452, "compute-sna-grid-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "PMB Pseudocode": [
│ │ │ │ │ -            [91, "pmb-pseudocode"]
│ │ │ │ │ +        "compute sna/grid/local command": [
│ │ │ │ │ +            [452, "compute-sna-grid-local-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Algorithm 5: PMB Peridynamic Model Pseudocode": [
│ │ │ │ │ -            [91, "algperipmb"]
│ │ │ │ │ +        "compute smd/ulsph/strain command": [
│ │ │ │ │ +            [448, "compute-smd-ulsph-strain-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Visualizing Simulation Results": [
│ │ │ │ │ -            [91, "visualizing-simulation-results"]
│ │ │ │ │ +        "compute smd/ulsph/stress command": [
│ │ │ │ │ +            [450, "compute-smd-ulsph-stress-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Pitfalls": [
│ │ │ │ │ -            [91, "pitfalls"]
│ │ │ │ │ +        "compute smd/tlsph/shape command": [
│ │ │ │ │ +            [441, "compute-smd-tlsph-shape-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Bugs": [
│ │ │ │ │ -            [91, "bugs"]
│ │ │ │ │ +        "compute smd/tlsph/strain/rate command": [
│ │ │ │ │ +            [443, "compute-smd-tlsph-strain-rate-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Modifying and Extending the Peridynamic Module": [
│ │ │ │ │ -            [91, "modifying-and-extending-the-peridynamic-module"]
│ │ │ │ │ +        "compute stress/cartesian command": [
│ │ │ │ │ +            [458, "compute-stress-cartesian-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "A Numerical Example": [
│ │ │ │ │ -            [91, "a-numerical-example"]
│ │ │ │ │ +        "compute smd/ulsph/effm command": [
│ │ │ │ │ +            [446, "compute-smd-ulsph-effm-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Problem Description and Setup": [
│ │ │ │ │ -            [91, "problem-description-and-setup"]
│ │ │ │ │ +        "compute smd/triangle/vertices command": [
│ │ │ │ │ +            [445, "compute-smd-triangle-vertices-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "The Projectile": [
│ │ │ │ │ -            [91, "the-projectile"]
│ │ │ │ │ +        "compute sph/e/atom command": [
│ │ │ │ │ +            [453, "compute-sph-e-atom-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Writing the LAMMPS Input File": [
│ │ │ │ │ -            [91, "writing-the-lammps-input-file"]
│ │ │ │ │ +        "compute smd/tlsph/stress command": [
│ │ │ │ │ +            [444, "compute-smd-tlsph-stress-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Numerical Results and Discussion": [
│ │ │ │ │ -            [91, "numerical-results-and-discussion"]
│ │ │ │ │ +        "compute smd/vol command": [
│ │ │ │ │ +            [451, "compute-smd-vol-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Moltemplate Tutorial": [
│ │ │ │ │ -            [87, "moltemplate-tutorial"]
│ │ │ │ │ +        "compute stress/cylinder command": [
│ │ │ │ │ +            [459, "compute-stress-cylinder-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Simulating an organic solvent": [
│ │ │ │ │ -            [87, "simulating-an-organic-solvent"]
│ │ │ │ │ +        "compute stress/spherical command": [
│ │ │ │ │ +            [459, "compute-stress-spherical-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Mapping an existing structure": [
│ │ │ │ │ -            [87, "mapping-an-existing-structure"]
│ │ │ │ │ +        "compute smd/tlsph/strain command": [
│ │ │ │ │ +            [442, "compute-smd-tlsph-strain-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Using distributed grids": [
│ │ │ │ │ -            [81, "using-distributed-grids"]
│ │ │ │ │ +        "compute stress/atom command": [
│ │ │ │ │ +            [457, "compute-stress-atom-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "TIP3P water model": [
│ │ │ │ │ -            [102, "tip3p-water-model"]
│ │ │ │ │ +        "compute centroid/stress/atom command": [
│ │ │ │ │ +            [457, "compute-centroid-stress-atom-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Output from LAMMPS (thermo, dumps, computes, fixes, variables)": [
│ │ │ │ │ -            [90, "output-from-lammps-thermo-dumps-computes-fixes-variables"]
│ │ │ │ │ +        "compute sph/rho/atom command": [
│ │ │ │ │ +            [454, "compute-sph-rho-atom-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Global/per-atom/local/per-grid data": [
│ │ │ │ │ -            [90, "global-per-atom-local-per-grid-data"]
│ │ │ │ │ +        "compute smd/tlsph/num/neighs command": [
│ │ │ │ │ +            [440, "compute-smd-tlsph-num-neighs-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Scalar/vector/array data": [
│ │ │ │ │ -            [90, "scalar-vector-array-data"]
│ │ │ │ │ +        "compute sph/t/atom command": [
│ │ │ │ │ +            [455, "compute-sph-t-atom-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Disambiguation": [
│ │ │ │ │ -            [90, "disambiguation"]
│ │ │ │ │ +        "compute smd/ulsph/num/neighs command": [
│ │ │ │ │ +            [447, "compute-smd-ulsph-num-neighs-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Thermodynamic output": [
│ │ │ │ │ -            [90, "thermodynamic-output"]
│ │ │ │ │ +        "compute heat/flux command": [
│ │ │ │ │ +            [388, "compute-heat-flux-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Dump file output": [
│ │ │ │ │ -            [90, "dump-file-output"]
│ │ │ │ │ +        "Example Input File": [
│ │ │ │ │ +            [388, "example-input-file"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Fixes that write output files": [
│ │ │ │ │ -            [90, "fixes-that-write-output-files"]
│ │ │ │ │ +        "compute global/atom command": [
│ │ │ │ │ +            [382, "compute-global-atom-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Computes that process output quantities": [
│ │ │ │ │ -            [90, "computes-that-process-output-quantities"]
│ │ │ │ │ +        "compute gyration/shape command": [
│ │ │ │ │ +            [386, "compute-gyration-shape-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Fixes that process output quantities": [
│ │ │ │ │ -            [90, "fixes-that-process-output-quantities"]
│ │ │ │ │ +        "compute ke/rigid command": [
│ │ │ │ │ +            [398, "compute-ke-rigid-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Computes that generate values to output": [
│ │ │ │ │ -            [90, "computes-that-generate-values-to-output"]
│ │ │ │ │ +        "compute ke command": [
│ │ │ │ │ +            [394, "compute-ke-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Fixes that generate values to output": [
│ │ │ │ │ -            [90, "fixes-that-generate-values-to-output"]
│ │ │ │ │ +        "compute fep/ta command": [
│ │ │ │ │ +            [381, "compute-fep-ta-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Variables that generate values to output": [
│ │ │ │ │ -            [90, "variables-that-generate-values-to-output"]
│ │ │ │ │ +        "compute mliap command": [
│ │ │ │ │ +            [399, "compute-mliap-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Summary table of output options and data flow between commands": [
│ │ │ │ │ -            [90, "summary-table-of-output-options-and-data-flow-between-commands"]
│ │ │ │ │ +        "compute hma command": [
│ │ │ │ │ +            [390, "compute-hma-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Magnetic spins": [
│ │ │ │ │ -            [98, "magnetic-spins"]
│ │ │ │ │ +        "compute gyration/shape/chunk command": [
│ │ │ │ │ +            [387, "compute-gyration-shape-chunk-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "TIP4P water model": [
│ │ │ │ │ -            [103, "tip4p-water-model"]
│ │ │ │ │ +        "compute fep command": [
│ │ │ │ │ +            [380, "compute-fep-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "SPC water model": [
│ │ │ │ │ -            [96, "spc-water-model"]
│ │ │ │ │ +        "compute ke/eff command": [
│ │ │ │ │ +            [397, "compute-ke-eff-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Manifolds (surfaces)": [
│ │ │ │ │ -            [85, "manifolds-surfaces"]
│ │ │ │ │ +        "compute inertia/chunk command": [
│ │ │ │ │ +            [393, "compute-inertia-chunk-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "PyLammps Tutorial": [
│ │ │ │ │ -            [93, "pylammps-tutorial"]
│ │ │ │ │ +        "compute improper command": [
│ │ │ │ │ +            [391, "compute-improper-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Contents": [
│ │ │ │ │ -            [93, "contents"]
│ │ │ │ │ +        "compute group/group command": [
│ │ │ │ │ +            [383, "compute-group-group-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Comparison of lammps and PyLammps interfaces": [
│ │ │ │ │ -            [93, "comparison-of-lammps-and-pylammps-interfaces"]
│ │ │ │ │ +        "compute gyration/chunk command": [
│ │ │ │ │ +            [385, "compute-gyration-chunk-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "lammps.lammps": [
│ │ │ │ │ -            [93, "lammps-lammps"]
│ │ │ │ │ +        "compute improper/local command": [
│ │ │ │ │ +            [392, "compute-improper-local-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "lammps.PyLammps": [
│ │ │ │ │ -            [93, "lammps-pylammps"]
│ │ │ │ │ +        "compute hexorder/atom command": [
│ │ │ │ │ +            [389, "compute-hexorder-atom-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "System-wide Installation": [
│ │ │ │ │ -            [93, "system-wide-installation"]
│ │ │ │ │ +        "compute gyration command": [
│ │ │ │ │ +            [384, "compute-gyration-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Step 1: Building LAMMPS as a shared library": [
│ │ │ │ │ -            [93, "step-1-building-lammps-as-a-shared-library"]
│ │ │ │ │ +        "compute ke/atom command": [
│ │ │ │ │ +            [395, "compute-ke-atom-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Step 2: Installing the LAMMPS Python package": [
│ │ │ │ │ -            [93, "step-2-installing-the-lammps-python-package"]
│ │ │ │ │ +        "compute ke/atom/eff command": [
│ │ │ │ │ +            [396, "compute-ke-atom-eff-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Installation inside of a virtualenv": [
│ │ │ │ │ -            [93, "installation-inside-of-a-virtualenv"]
│ │ │ │ │ +        "Commands": [
│ │ │ │ │ +            [336, "commands"],
│ │ │ │ │ +            [93, "commands"],
│ │ │ │ │ +            [17, "commands"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Benefits of using a virtualenv": [
│ │ │ │ │ -            [93, "benefits-of-using-a-virtualenv"]
│ │ │ │ │ +        "bond_style quartic command": [
│ │ │ │ │ +            [324, "bond-style-quartic-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Creating a virtualenv with lammps installed": [
│ │ │ │ │ -            [93, "creating-a-virtualenv-with-lammps-installed"]
│ │ │ │ │ +        "comm_modify command": [
│ │ │ │ │ +            [334, "comm-modify-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Creating a new instance of PyLammps": [
│ │ │ │ │ -            [93, "creating-a-new-instance-of-pylammps"]
│ │ │ │ │ +        "Bond Styles": [
│ │ │ │ │ +            [330, "bond-styles"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "System state": [
│ │ │ │ │ -            [93, "system-state"]
│ │ │ │ │ +        "bond_style special command": [
│ │ │ │ │ +            [325, "bond-style-special-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Working with LAMMPS variables": [
│ │ │ │ │ -            [93, "working-with-lammps-variables"]
│ │ │ │ │ +        "bond_style command": [
│ │ │ │ │ +            [326, "bond-style-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Retrieving the value of an arbitrary LAMMPS expressions": [
│ │ │ │ │ -            [93, "retrieving-the-value-of-an-arbitrary-lammps-expressions"]
│ │ │ │ │ +        "boundary command": [
│ │ │ │ │ +            [331, "boundary-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Accessing atom data": [
│ │ │ │ │ -            [93, "accessing-atom-data"]
│ │ │ │ │ +        "bond_style nonlinear command": [
│ │ │ │ │ +            [322, "bond-style-nonlinear-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Evaluating thermo data": [
│ │ │ │ │ -            [93, "evaluating-thermo-data"]
│ │ │ │ │ +        "bond_style morse command": [
│ │ │ │ │ +            [320, "bond-style-morse-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Error handling with PyLammps": [
│ │ │ │ │ -            [93, "error-handling-with-pylammps"]
│ │ │ │ │ +        "change_box command": [
│ │ │ │ │ +            [332, "change-box-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Using PyLammps in IPython notebooks and Jupyter": [
│ │ │ │ │ -            [93, "using-pylammps-in-ipython-notebooks-and-jupyter"]
│ │ │ │ │ +        "compute ackland/atom command": [
│ │ │ │ │ +            [338, "compute-ackland-atom-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "IPyLammps Examples": [
│ │ │ │ │ -            [93, "ipylammps-examples"]
│ │ │ │ │ +        "bond_style zero command": [
│ │ │ │ │ +            [329, "bond-style-zero-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Validating a dihedral potential": [
│ │ │ │ │ -            [93, "validating-a-dihedral-potential"]
│ │ │ │ │ +        "comm_style command": [
│ │ │ │ │ +            [335, "comm-style-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Running a Monte Carlo relaxation": [
│ │ │ │ │ -            [93, "running-a-monte-carlo-relaxation"]
│ │ │ │ │ +        "bond_style oxdna/fene command": [
│ │ │ │ │ +            [323, "bond-style-oxdna-fene-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Using PyLammps and mpi4py (Experimental)": [
│ │ │ │ │ -            [93, "using-pylammps-and-mpi4py-experimental"]
│ │ │ │ │ +        "bond_style oxdna2/fene command": [
│ │ │ │ │ +            [323, "bond-style-oxdna2-fene-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Feedback and Contributing": [
│ │ │ │ │ -            [93, "feedback-and-contributing"]
│ │ │ │ │ +        "bond_style oxrna2/fene command": [
│ │ │ │ │ +            [323, "bond-style-oxrna2-fene-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "NEMD simulations": [
│ │ │ │ │ -            [89, "nemd-simulations"]
│ │ │ │ │ +        "compute command": [
│ │ │ │ │ +            [337, "compute-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Run multiple simulations from one input script": [
│ │ │ │ │ -            [88, "run-multiple-simulations-from-one-input-script"]
│ │ │ │ │ +        "bond_style none command": [
│ │ │ │ │ +            [321, "bond-style-none-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Triclinic (non-orthogonal) simulation boxes": [
│ │ │ │ │ -            [105, "triclinic-non-orthogonal-simulation-boxes"]
│ │ │ │ │ +        "bond_write command": [
│ │ │ │ │ +            [328, "bond-write-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Calculate thermal conductivity": [
│ │ │ │ │ -            [82, "calculate-thermal-conductivity"]
│ │ │ │ │ +        "clear command": [
│ │ │ │ │ +            [333, "clear-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "TIP5P water model": [
│ │ │ │ │ -            [104, "tip5p-water-model"]
│ │ │ │ │ +        "compute adf command": [
│ │ │ │ │ +            [339, "compute-adf-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Restart a simulation": [
│ │ │ │ │ -            [95, "restart-a-simulation"]
│ │ │ │ │ +        "bond_style table command": [
│ │ │ │ │ +            [327, "bond-style-table-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Type labels": [
│ │ │ │ │ -            [106, "type-labels"]
│ │ │ │ │ +        "Restart info": [
│ │ │ │ │ +            [327, "restart-info"],
│ │ │ │ │ +            [313, "restart-info"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Use of type labels in LAMMPS input or output": [
│ │ │ │ │ -            [106, "use-of-type-labels-in-lammps-input-or-output"]
│ │ │ │ │ +        "compute omega/chunk command": [
│ │ │ │ │ +            [406, "compute-omega-chunk-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Commands that can use label types": [
│ │ │ │ │ -            [106, "commands-that-can-use-label-types"]
│ │ │ │ │ +        "compute property/atom command": [
│ │ │ │ │ +            [417, "compute-property-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute momentum command": [
│ │ │ │ │ +            [401, "compute-momentum-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute msd/nongauss command": [
│ │ │ │ │ +            [404, "compute-msd-nongauss-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute_modify command": [
│ │ │ │ │ +            [400, "compute-modify-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute pressure command": [
│ │ │ │ │ +            [414, "compute-pressure-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute pe command": [
│ │ │ │ │ +            [411, "compute-pe-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute pressure/alchemy command": [
│ │ │ │ │ +            [415, "compute-pressure-alchemy-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute plasticity/atom command": [
│ │ │ │ │ +            [413, "compute-plasticity-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute property/chunk command": [
│ │ │ │ │ +            [418, "compute-property-chunk-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute pressure/uef command": [
│ │ │ │ │ +            [416, "compute-pressure-uef-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute property/grid command": [
│ │ │ │ │ +            [419, "compute-property-grid-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute pair command": [
│ │ │ │ │ +            [409, "compute-pair-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute msd/chunk command": [
│ │ │ │ │ +            [403, "compute-msd-chunk-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute nbond/atom command": [
│ │ │ │ │ +            [405, "compute-nbond-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute orientorder/atom command": [
│ │ │ │ │ +            [407, "compute-orientorder-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute pace command": [
│ │ │ │ │ +            [408, "compute-pace-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute pair/local command": [
│ │ │ │ │ +            [410, "compute-pair-local-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute pe/atom command": [
│ │ │ │ │ +            [412, "compute-pe-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute msd command": [
│ │ │ │ │ +            [402, "compute-msd-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute temp/chunk command": [
│ │ │ │ │ +            [466, "compute-temp-chunk-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute temp/sphere command": [
│ │ │ │ │ +            [479, "compute-temp-sphere-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute temp/partial command": [
│ │ │ │ │ +            [473, "compute-temp-partial-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute temp/rotate command": [
│ │ │ │ │ +            [478, "compute-temp-rotate-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute temp/deform command": [
│ │ │ │ │ +            [469, "compute-temp-deform-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute temp/cs command": [
│ │ │ │ │ +            [468, "compute-temp-cs-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute temp/drude command": [
│ │ │ │ │ +            [471, "compute-temp-drude-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute temp/profile command": [
│ │ │ │ │ +            [474, "compute-temp-profile-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute temp command": [
│ │ │ │ │ +            [463, "compute-temp-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute temp/asphere command": [
│ │ │ │ │ +            [464, "compute-temp-asphere-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute temp/region command": [
│ │ │ │ │ +            [476, "compute-temp-region-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute temp/com command": [
│ │ │ │ │ +            [467, "compute-temp-com-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute stress/mop command": [
│ │ │ │ │ +            [460, "compute-stress-mop-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute stress/mop/profile command": [
│ │ │ │ │ +            [460, "compute-stress-mop-profile-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute temp/eff command": [
│ │ │ │ │ +            [472, "compute-temp-eff-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute temp/deform/eff command": [
│ │ │ │ │ +            [470, "compute-temp-deform-eff-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute tdpd/cc/atom command": [
│ │ │ │ │ +            [462, "compute-tdpd-cc-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute force/tally command": [
│ │ │ │ │ +            [461, "compute-force-tally-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute heat/flux/tally command": [
│ │ │ │ │ +            [461, "compute-heat-flux-tally-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute heat/flux/virial/tally command": [
│ │ │ │ │ +            [461, "compute-heat-flux-virial-tally-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute pe/tally command": [
│ │ │ │ │ +            [461, "compute-pe-tally-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute pe/mol/tally command": [
│ │ │ │ │ +            [461, "compute-pe-mol-tally-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute stress/tally command": [
│ │ │ │ │ +            [461, "compute-stress-tally-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute temp/region/eff command": [
│ │ │ │ │ +            [477, "compute-temp-region-eff-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute temp/ramp command": [
│ │ │ │ │ +            [475, "compute-temp-ramp-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute temp/body command": [
│ │ │ │ │ +            [465, "compute-temp-body-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute coord/atom command": [
│ │ │ │ │ +            [359, "compute-coord-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute basal/atom command": [
│ │ │ │ │ +            [344, "compute-basal-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute chunk/atom command": [
│ │ │ │ │ +            [350, "compute-chunk-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute angmom/chunk command": [
│ │ │ │ │ +            [342, "compute-angmom-chunk-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute born/matrix command": [
│ │ │ │ │ +            [348, "compute-born-matrix-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute bond command": [
│ │ │ │ │ +            [346, "compute-bond-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute contact/atom command": [
│ │ │ │ │ +            [358, "compute-contact-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute centro/atom command": [
│ │ │ │ │ +            [349, "compute-centro-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute com command": [
│ │ │ │ │ +            [355, "compute-com-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute angle/local command": [
│ │ │ │ │ +            [341, "compute-angle-local-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute ave/sphere/atom command": [
│ │ │ │ │ +            [343, "compute-ave-sphere-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute bond/local command": [
│ │ │ │ │ +            [347, "compute-bond-local-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute chunk/spread/atom command": [
│ │ │ │ │ +            [351, "compute-chunk-spread-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute body/local command": [
│ │ │ │ │ +            [345, "compute-body-local-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute composition/atom command": [
│ │ │ │ │ +            [357, "compute-composition-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute com/chunk command": [
│ │ │ │ │ +            [356, "compute-com-chunk-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute cluster/atom command": [
│ │ │ │ │ +            [352, "compute-cluster-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute fragment/atom command": [
│ │ │ │ │ +            [352, "compute-fragment-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute aggregate/atom command": [
│ │ │ │ │ +            [352, "compute-aggregate-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute angle command": [
│ │ │ │ │ +            [340, "compute-angle-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute cnp/atom command": [
│ │ │ │ │ +            [354, "compute-cnp-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "compute cna/atom command": [
│ │ │ │ │ +            [353, "compute-cna-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Comparison of various accelerator packages": [
│ │ │ │ │ +            [189, "comparison-of-various-accelerator-packages"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "OPT package": [
│ │ │ │ │ +            [195, "opt-package"],
│ │ │ │ │ +            [160, "opt-package"],
│ │ │ │ │ +            [6, "opt-package"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Required hardware/software": [
│ │ │ │ │ +            [195, "required-hardware-software"],
│ │ │ │ │ +            [191, "required-hardware-software"],
│ │ │ │ │ +            [194, "required-hardware-software"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Building LAMMPS with the OPT package": [
│ │ │ │ │ +            [195, "building-lammps-with-the-opt-package"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Run with the OPT package from the command line": [
│ │ │ │ │ +            [195, "run-with-the-opt-package-from-the-command-line"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Or run with the OPT package by editing an input script": [
│ │ │ │ │ +            [195, "or-run-with-the-opt-package-by-editing-an-input-script"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Speed-up to expect": [
│ │ │ │ │ +            [195, "speed-up-to-expect"],
│ │ │ │ │ +            [191, "speed-up-to-expect"],
│ │ │ │ │ +            [194, "speed-up-to-expect"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Guidelines for best performance": [
│ │ │ │ │ +            [195, "guidelines-for-best-performance"],
│ │ │ │ │ +            [194, "guidelines-for-best-performance"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Accelerator packages": [
│ │ │ │ │ +            [196, "accelerator-packages"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Benchmarks": [
│ │ │ │ │ +            [188, "benchmarks"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "INTEL package": [
│ │ │ │ │ +            [191, "intel-package"],
│ │ │ │ │ +            [160, "intel-package"],
│ │ │ │ │ +            [6, "intel-package"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Currently Available INTEL Styles": [
│ │ │ │ │ +            [191, "currently-available-intel-styles"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Accuracy and order of operations": [
│ │ │ │ │ +            [191, "accuracy-and-order-of-operations"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Quick Start for Experienced Users": [
│ │ │ │ │ +            [191, "quick-start-for-experienced-users"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Notes about Simultaneous Multithreading": [
│ │ │ │ │ +            [191, "notes-about-simultaneous-multithreading"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Building LAMMPS with the INTEL package": [
│ │ │ │ │ +            [191, "building-lammps-with-the-intel-package"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Running LAMMPS with the INTEL package": [
│ │ │ │ │ +            [191, "running-lammps-with-the-intel-package"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Run with the INTEL package from the command line": [
│ │ │ │ │ +            [191, "run-with-the-intel-package-from-the-command-line"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Or run with the INTEL package by editing an input script": [
│ │ │ │ │ +            [191, "or-run-with-the-intel-package-by-editing-an-input-script"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Tuning for Performance": [
│ │ │ │ │ +            [191, "tuning-for-performance"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Tuning for Offload Performance": [
│ │ │ │ │ +            [191, "tuning-for-offload-performance"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "General tips": [
│ │ │ │ │ +            [197, "general-tips"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "KOKKOS package": [
│ │ │ │ │ +            [192, "kokkos-package"],
│ │ │ │ │ +            [160, "kokkos-package"],
│ │ │ │ │ +            [6, "kokkos-package"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "C++17 support": [
│ │ │ │ │ +            [192, null]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "NVIDIA CUDA support": [
│ │ │ │ │ +            [192, null]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "AMD ROCm (HIP) support": [
│ │ │ │ │ +            [192, null]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "CUDA and MPI library compatibility": [
│ │ │ │ │ +            [192, null]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "AMD GPU support": [
│ │ │ │ │ +            [192, null]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Building LAMMPS with the KOKKOS package": [
│ │ │ │ │ +            [192, "building-lammps-with-the-kokkos-package"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Running LAMMPS with the KOKKOS package": [
│ │ │ │ │ +            [192, "running-lammps-with-the-kokkos-package"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Running on a multicore CPU": [
│ │ │ │ │ +            [192, "running-on-a-multicore-cpu"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "CPU Cores, Sockets and Thread Affinity": [
│ │ │ │ │ +            [192, "cpu-cores-sockets-and-thread-affinity"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Running on Knight\u2019s Landing (KNL) Intel Xeon Phi": [
│ │ │ │ │ +            [192, "running-on-knight-s-landing-knl-intel-xeon-phi"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Running on GPUs": [
│ │ │ │ │ +            [192, "running-on-gpus"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Run with the KOKKOS package by editing an input script": [
│ │ │ │ │ +            [192, "run-with-the-kokkos-package-by-editing-an-input-script"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Performance to expect": [
│ │ │ │ │ +            [192, "performance-to-expect"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Advanced Kokkos options": [
│ │ │ │ │ +            [192, "advanced-kokkos-options"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Scatter/gather operations": [
│ │ │ │ │ +            [180, "scatter-gather-operations"],
│ │ │ │ │ +            [136, "scatter-gather-operations"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Running LAMMPS on Windows": [
│ │ │ │ │ +            [186, "running-lammps-on-windows"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "GPU package": [
│ │ │ │ │ +            [190, "gpu-package"],
│ │ │ │ │ +            [160, "gpu-package"],
│ │ │ │ │ +            [6, "gpu-package"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Command-line options": [
│ │ │ │ │ +            [184, "command-line-options"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Screen and logfile output": [
│ │ │ │ │ +            [185, "screen-and-logfile-output"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "Auxiliary tools": [
│ │ │ │ │              [198, "auxiliary-tools"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "Pre-processing tools": [
│ │ │ │ │              [198, "pre-processing-tools"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ @@ -24022,1106 +24453,1522 @@
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "vim tool": [
│ │ │ │ │              [198, "vim-tool"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "xmgrace tool": [
│ │ │ │ │              [198, "xmgrace-tool"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "angle_style cosine/delta command": [
│ │ │ │ │ -            [206, "angle-style-cosine-delta-command"]
│ │ │ │ │ +        "Basics of running LAMMPS": [
│ │ │ │ │ +            [182, "basics-of-running-lammps"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "angle_style fourier/simple command": [
│ │ │ │ │ -            [214, "angle-style-fourier-simple-command"]
│ │ │ │ │ +        "OPENMP package": [
│ │ │ │ │ +            [194, "openmp-package"],
│ │ │ │ │ +            [160, "openmp-package"],
│ │ │ │ │ +            [6, "openmp-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "angle_coeff command": [
│ │ │ │ │ -            [203, "angle-coeff-command"]
│ │ │ │ │ +        "Building LAMMPS with the OPENMP package": [
│ │ │ │ │ +            [194, "building-lammps-with-the-openmp-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "angle_style cosine/periodic command": [
│ │ │ │ │ -            [207, "angle-style-cosine-periodic-command"]
│ │ │ │ │ +        "Run with the OPENMP package from the command line": [
│ │ │ │ │ +            [194, "run-with-the-openmp-package-from-the-command-line"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "KOKKOS package": [
│ │ │ │ │ -            [192, "kokkos-package"],
│ │ │ │ │ -            [6, "kokkos-package"],
│ │ │ │ │ -            [160, "kokkos-package"]
│ │ │ │ │ +        "Or run with the OPENMP package by editing an input script": [
│ │ │ │ │ +            [194, "or-run-with-the-openmp-package-by-editing-an-input-script"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "C++17 support": [
│ │ │ │ │ -            [192, null]
│ │ │ │ │ +        "Run LAMMPS": [
│ │ │ │ │ +            [183, "run-lammps"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "NVIDIA CUDA support": [
│ │ │ │ │ -            [192, null]
│ │ │ │ │ +        "Accelerate performance": [
│ │ │ │ │ +            [187, "accelerate-performance"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "AMD ROCm (HIP) support": [
│ │ │ │ │ -            [192, null]
│ │ │ │ │ +        "Measuring performance": [
│ │ │ │ │ +            [193, "measuring-performance"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "CUDA and MPI library compatibility": [
│ │ │ │ │ -            [192, null]
│ │ │ │ │ +        "Troubleshooting": [
│ │ │ │ │ +            [181, "troubleshooting"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "AMD GPU support": [
│ │ │ │ │ -            [192, null]
│ │ │ │ │ +        "Testing if Python can launch LAMMPS": [
│ │ │ │ │ +            [181, "testing-if-python-can-launch-lammps"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Building LAMMPS with the KOKKOS package": [
│ │ │ │ │ -            [192, "building-lammps-with-the-kokkos-package"]
│ │ │ │ │ +        "write_dump command": [
│ │ │ │ │ +            [985, "write-dump-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Running LAMMPS with the KOKKOS package": [
│ │ │ │ │ -            [192, "running-lammps-with-the-kokkos-package"]
│ │ │ │ │ +        "write_data command": [
│ │ │ │ │ +            [984, "write-data-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Running on a multicore CPU": [
│ │ │ │ │ -            [192, "running-on-a-multicore-cpu"]
│ │ │ │ │ +        "Data in Coeff sections": [
│ │ │ │ │ +            [984, null]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "CPU Cores, Sockets and Thread Affinity": [
│ │ │ │ │ -            [192, "cpu-cores-sockets-and-thread-affinity"]
│ │ │ │ │ +        "variable command": [
│ │ │ │ │ +            [981, "variable-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Running on Knight\u2019s Landing (KNL) Intel Xeon Phi": [
│ │ │ │ │ -            [192, "running-on-knight-s-landing-knl-intel-xeon-phi"]
│ │ │ │ │ +        "Numbers, constants, and thermo keywords": [
│ │ │ │ │ +            [981, "numbers-constants-and-thermo-keywords"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Running on GPUs": [
│ │ │ │ │ -            [192, "running-on-gpus"]
│ │ │ │ │ +        "Math Operators": [
│ │ │ │ │ +            [981, "math-operators"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Run with the KOKKOS package by editing an input script": [
│ │ │ │ │ -            [192, "run-with-the-kokkos-package-by-editing-an-input-script"]
│ │ │ │ │ +        "Math Functions": [
│ │ │ │ │ +            [981, "math-functions"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Performance to expect": [
│ │ │ │ │ -            [192, "performance-to-expect"]
│ │ │ │ │ +        "Group and Region Functions": [
│ │ │ │ │ +            [981, "group-and-region-functions"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Advanced Kokkos options": [
│ │ │ │ │ -            [192, "advanced-kokkos-options"]
│ │ │ │ │ +        "Special Functions": [
│ │ │ │ │ +            [981, "special-functions"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "angle_style class2 command": [
│ │ │ │ │ -            [202, "angle-style-class2-command"]
│ │ │ │ │ +        "Feature Functions": [
│ │ │ │ │ +            [981, "feature-functions"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "angle_style class2/p6 command": [
│ │ │ │ │ -            [202, "angle-style-class2-p6-command"]
│ │ │ │ │ +        "Atom Values and Vectors": [
│ │ │ │ │ +            [981, "atom-values-and-vectors"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "angle_style amoeba command": [
│ │ │ │ │ -            [200, "angle-style-amoeba-command"]
│ │ │ │ │ +        "Custom atom properties": [
│ │ │ │ │ +            [981, "custom-atom-properties"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "angle_style fourier command": [
│ │ │ │ │ -            [213, "angle-style-fourier-command"]
│ │ │ │ │ +        "Compute References": [
│ │ │ │ │ +            [981, "compute-references"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "angle_style gaussian command": [
│ │ │ │ │ -            [215, "angle-style-gaussian-command"]
│ │ │ │ │ +        "Fix References": [
│ │ │ │ │ +            [981, "fix-references"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "angle_style dipole command": [
│ │ │ │ │ -            [212, "angle-style-dipole-command"]
│ │ │ │ │ +        "Variable References": [
│ │ │ │ │ +            [981, "variable-references"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "General tips": [
│ │ │ │ │ -            [197, "general-tips"]
│ │ │ │ │ +        "Vector Initialization": [
│ │ │ │ │ +            [981, "vector-initialization"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "angle_style cross command": [
│ │ │ │ │ -            [211, "angle-style-cross-command"]
│ │ │ │ │ +        "Immediate Evaluation of Variables": [
│ │ │ │ │ +            [981, "immediate-evaluation-of-variables"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "OPT package": [
│ │ │ │ │ -            [195, "opt-package"],
│ │ │ │ │ -            [6, "opt-package"],
│ │ │ │ │ -            [160, "opt-package"]
│ │ │ │ │ +        "Variable Accuracy": [
│ │ │ │ │ +            [981, "variable-accuracy"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Required hardware/software": [
│ │ │ │ │ -            [195, "required-hardware-software"],
│ │ │ │ │ -            [191, "required-hardware-software"],
│ │ │ │ │ -            [194, "required-hardware-software"]
│ │ │ │ │ +        "units command": [
│ │ │ │ │ +            [980, "units-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Building LAMMPS with the OPT package": [
│ │ │ │ │ -            [195, "building-lammps-with-the-opt-package"]
│ │ │ │ │ +        "write_coeff command": [
│ │ │ │ │ +            [983, "write-coeff-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Run with the OPT package from the command line": [
│ │ │ │ │ -            [195, "run-with-the-opt-package-from-the-command-line"]
│ │ │ │ │ +        "write_restart command": [
│ │ │ │ │ +            [986, "write-restart-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Or run with the OPT package by editing an input script": [
│ │ │ │ │ -            [195, "or-run-with-the-opt-package-by-editing-an-input-script"]
│ │ │ │ │ +        "velocity command": [
│ │ │ │ │ +            [982, "velocity-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Speed-up to expect": [
│ │ │ │ │ -            [195, "speed-up-to-expect"],
│ │ │ │ │ -            [191, "speed-up-to-expect"],
│ │ │ │ │ -            [194, "speed-up-to-expect"]
│ │ │ │ │ +        "bond_style harmonic/restrain command": [
│ │ │ │ │ +            [313, "bond-style-harmonic-restrain-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Guidelines for best performance": [
│ │ │ │ │ -            [195, "guidelines-for-best-performance"],
│ │ │ │ │ -            [194, "guidelines-for-best-performance"]
│ │ │ │ │ +        "bond_style harmonic/shift/cut command": [
│ │ │ │ │ +            [315, "bond-style-harmonic-shift-cut-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "angle_style charmm command": [
│ │ │ │ │ -            [201, "angle-style-charmm-command"]
│ │ │ │ │ +        "bond_style gaussian command": [
│ │ │ │ │ +            [310, "bond-style-gaussian-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Measuring performance": [
│ │ │ │ │ -            [193, "measuring-performance"]
│ │ │ │ │ +        "bond_style class2 command": [
│ │ │ │ │ +            [306, "bond-style-class2-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "angle_style cosine/squared command": [
│ │ │ │ │ -            [210, "angle-style-cosine-squared-command"]
│ │ │ │ │ +        "bond_coeff command": [
│ │ │ │ │ +            [307, "bond-coeff-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Comparison of various accelerator packages": [
│ │ │ │ │ -            [189, "comparison-of-various-accelerator-packages"]
│ │ │ │ │ +        "bond_style harmonic command": [
│ │ │ │ │ +            [312, "bond-style-harmonic-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "INTEL package": [
│ │ │ │ │ -            [191, "intel-package"],
│ │ │ │ │ -            [6, "intel-package"],
│ │ │ │ │ -            [160, "intel-package"]
│ │ │ │ │ +        "atom_modify command": [
│ │ │ │ │ +            [301, "atom-modify-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Currently Available INTEL Styles": [
│ │ │ │ │ -            [191, "currently-available-intel-styles"]
│ │ │ │ │ +        "bond_style lepton command": [
│ │ │ │ │ +            [317, "bond-style-lepton-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Accuracy and order of operations": [
│ │ │ │ │ -            [191, "accuracy-and-order-of-operations"]
│ │ │ │ │ +        "bond_style bpm/spring command": [
│ │ │ │ │ +            [305, "bond-style-bpm-spring-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Quick Start for Experienced Users": [
│ │ │ │ │ -            [191, "quick-start-for-experienced-users"]
│ │ │ │ │ +        "Restart and other info": [
│ │ │ │ │ +            [305, "restart-and-other-info"],
│ │ │ │ │ +            [304, "restart-and-other-info"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Notes about Simultaneous Multithreading": [
│ │ │ │ │ -            [191, "notes-about-simultaneous-multithreading"]
│ │ │ │ │ +        "bond_style mm3 command": [
│ │ │ │ │ +            [319, "bond-style-mm3-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Building LAMMPS with the INTEL package": [
│ │ │ │ │ -            [191, "building-lammps-with-the-intel-package"]
│ │ │ │ │ +        "bond_style fene command": [
│ │ │ │ │ +            [308, "bond-style-fene-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Running LAMMPS with the INTEL package": [
│ │ │ │ │ -            [191, "running-lammps-with-the-intel-package"]
│ │ │ │ │ +        "bond_style fene/nm command": [
│ │ │ │ │ +            [308, "bond-style-fene-nm-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Run with the INTEL package from the command line": [
│ │ │ │ │ -            [191, "run-with-the-intel-package-from-the-command-line"]
│ │ │ │ │ +        "bond_style fene/expand command": [
│ │ │ │ │ +            [309, "bond-style-fene-expand-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Or run with the INTEL package by editing an input script": [
│ │ │ │ │ -            [191, "or-run-with-the-intel-package-by-editing-an-input-script"]
│ │ │ │ │ +        "bond_style bpm/rotational command": [
│ │ │ │ │ +            [304, "bond-style-bpm-rotational-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Tuning for Performance": [
│ │ │ │ │ -            [191, "tuning-for-performance"]
│ │ │ │ │ +        "bond_style gromos command": [
│ │ │ │ │ +            [311, "bond-style-gromos-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Tuning for Offload Performance": [
│ │ │ │ │ -            [191, "tuning-for-offload-performance"]
│ │ │ │ │ +        "fix_modify AtC write_restart command": [
│ │ │ │ │ +            [300, "fix-modify-atc-write-restart-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "GPU package": [
│ │ │ │ │ -            [190, "gpu-package"],
│ │ │ │ │ -            [6, "gpu-package"],
│ │ │ │ │ -            [160, "gpu-package"]
│ │ │ │ │ +        "balance command": [
│ │ │ │ │ +            [303, "balance-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "angle_style cosine/buck6d command": [
│ │ │ │ │ -            [205, "angle-style-cosine-buck6d-command"]
│ │ │ │ │ +        "bond_style hybrid command": [
│ │ │ │ │ +            [316, "bond-style-hybrid-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "OPENMP package": [
│ │ │ │ │ -            [194, "openmp-package"],
│ │ │ │ │ -            [6, "openmp-package"],
│ │ │ │ │ -            [160, "openmp-package"]
│ │ │ │ │ +        "bond_style harmonic/shift command": [
│ │ │ │ │ +            [314, "bond-style-harmonic-shift-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Building LAMMPS with the OPENMP package": [
│ │ │ │ │ -            [194, "building-lammps-with-the-openmp-package"]
│ │ │ │ │ +        "bond_style mesocnt command": [
│ │ │ │ │ +            [318, "bond-style-mesocnt-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Run with the OPENMP package from the command line": [
│ │ │ │ │ -            [194, "run-with-the-openmp-package-from-the-command-line"]
│ │ │ │ │ +        "atom_style command": [
│ │ │ │ │ +            [302, "atom-style-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Or run with the OPENMP package by editing an input script": [
│ │ │ │ │ -            [194, "or-run-with-the-openmp-package-by-editing-an-input-script"]
│ │ │ │ │ +        "Atom style attributes": [
│ │ │ │ │ +            [302, "atom-style-attributes"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "angle_style cosine/shift command": [
│ │ │ │ │ -            [208, "angle-style-cosine-shift-command"]
│ │ │ │ │ +        "Particle size and mass": [
│ │ │ │ │ +            [302, "particle-size-and-mass"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "angle_style cosine command": [
│ │ │ │ │ -            [204, "angle-style-cosine-command"]
│ │ │ │ │ +        "Additional information about specific atom styles": [
│ │ │ │ │ +            [302, "additional-information-about-specific-atom-styles"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Accelerator packages": [
│ │ │ │ │ -            [196, "accelerator-packages"]
│ │ │ │ │ +        "Use chunks to calculate system properties": [
│ │ │ │ │ +            [70, "use-chunks-to-calculate-system-properties"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "angle_style cosine/shift/exp command": [
│ │ │ │ │ -            [209, "angle-style-cosine-shift-exp-command"]
│ │ │ │ │ +        "Compute chunk/atom command:": [
│ │ │ │ │ +            [70, "compute-chunk-atom-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "write_data command": [
│ │ │ │ │ -            [984, "write-data-command"]
│ │ │ │ │ +        "Fix ave/chunk command:": [
│ │ │ │ │ +            [70, "fix-ave-chunk-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Data in Coeff sections": [
│ │ │ │ │ -            [984, null]
│ │ │ │ │ +        "Compute */chunk commands:": [
│ │ │ │ │ +            [70, "compute-chunk-commands"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "write_restart command": [
│ │ │ │ │ -            [986, "write-restart-command"]
│ │ │ │ │ +        "Other chunk commands:": [
│ │ │ │ │ +            [70, "other-chunk-commands"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "velocity command": [
│ │ │ │ │ -            [982, "velocity-command"]
│ │ │ │ │ +        "Example calculations with chunks": [
│ │ │ │ │ +            [70, "example-calculations-with-chunks"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "third_order command": [
│ │ │ │ │ -            [974, "third-order-command"]
│ │ │ │ │ +        "Coupling LAMMPS to other codes": [
│ │ │ │ │ +            [73, "coupling-lammps-to-other-codes"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "timestep command": [
│ │ │ │ │ -            [976, "timestep-command"]
│ │ │ │ │ +        "Adiabatic core/shell model": [
│ │ │ │ │ +            [72, "adiabatic-core-shell-model"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "thermo_style command": [
│ │ │ │ │ -            [973, "thermo-style-command"]
│ │ │ │ │ +        "Howto discussions": [
│ │ │ │ │ +            [62, "howto-discussions"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "undump command": [
│ │ │ │ │ -            [978, "undump-command"]
│ │ │ │ │ +        "General howto": [
│ │ │ │ │ +            [62, "general-howto"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "uncompute command": [
│ │ │ │ │ -            [977, "uncompute-command"]
│ │ │ │ │ +        "Settings howto": [
│ │ │ │ │ +            [62, "settings-howto"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "unfix command": [
│ │ │ │ │ -            [979, "unfix-command"]
│ │ │ │ │ +        "Analysis howto": [
│ │ │ │ │ +            [62, "analysis-howto"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "units command": [
│ │ │ │ │ -            [980, "units-command"]
│ │ │ │ │ +        "Force fields howto": [
│ │ │ │ │ +            [62, "force-fields-howto"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "thermo_modify command": [
│ │ │ │ │ -            [972, "thermo-modify-command"]
│ │ │ │ │ +        "Packages howto": [
│ │ │ │ │ +            [62, "packages-howto"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "timer command": [
│ │ │ │ │ -            [975, "timer-command"]
│ │ │ │ │ +        "Tutorials howto": [
│ │ │ │ │ +            [62, "tutorials-howto"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "write_dump command": [
│ │ │ │ │ -            [985, "write-dump-command"]
│ │ │ │ │ +        "Calculate diffusion coefficients": [
│ │ │ │ │ +            [74, "calculate-diffusion-coefficients"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "write_coeff command": [
│ │ │ │ │ -            [983, "write-coeff-command"]
│ │ │ │ │ +        "Bonded particle models": [
│ │ │ │ │ +            [68, "bonded-particle-models"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "variable command": [
│ │ │ │ │ -            [981, "variable-command"]
│ │ │ │ │ +        "2d simulations": [
│ │ │ │ │ +            [63, "d-simulations"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Numbers, constants, and thermo keywords": [
│ │ │ │ │ -            [981, "numbers-constants-and-thermo-keywords"]
│ │ │ │ │ +        "CHARMM, AMBER, COMPASS, and DREIDING force fields": [
│ │ │ │ │ +            [66, "charmm-amber-compass-and-dreiding-force-fields"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Math Operators": [
│ │ │ │ │ -            [981, "math-operators"]
│ │ │ │ │ +        "AMOEBA and HIPPO force fields": [
│ │ │ │ │ +            [64, "amoeba-and-hippo-force-fields"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Math Functions": [
│ │ │ │ │ -            [981, "math-functions"]
│ │ │ │ │ +        "Calculate elastic constants": [
│ │ │ │ │ +            [78, "calculate-elastic-constants"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Group and Region Functions": [
│ │ │ │ │ -            [981, "group-and-region-functions"]
│ │ │ │ │ +        "Tutorial for Thermalized Drude oscillators in LAMMPS": [
│ │ │ │ │ +            [77, "tutorial-for-thermalized-drude-oscillators-in-lammps"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Special Functions": [
│ │ │ │ │ -            [981, "special-functions"]
│ │ │ │ │ +        "Example scripts": [
│ │ │ │ │ +            [60, "example-scripts"],
│ │ │ │ │ +            [876, "example-scripts"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Feature Functions": [
│ │ │ │ │ -            [981, "feature-functions"]
│ │ │ │ │ +        "Lowercase directories": [
│ │ │ │ │ +            [60, "lowercase-directories"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Atom Values and Vectors": [
│ │ │ │ │ -            [981, "atom-values-and-vectors"]
│ │ │ │ │ +        "Uppercase directories": [
│ │ │ │ │ +            [60, "uppercase-directories"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Custom atom properties": [
│ │ │ │ │ -            [981, "custom-atom-properties"]
│ │ │ │ │ +        "Long-range dispersion settings": [
│ │ │ │ │ +            [75, "long-range-dispersion-settings"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Compute References": [
│ │ │ │ │ -            [981, "compute-references"]
│ │ │ │ │ +        "Drude induced dipoles": [
│ │ │ │ │ +            [76, "drude-induced-dipoles"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Fix References": [
│ │ │ │ │ -            [981, "fix-references"]
│ │ │ │ │ +        "LAMMPS GitHub tutorial": [
│ │ │ │ │ +            [79, "lammps-github-tutorial"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Variable References": [
│ │ │ │ │ -            [981, "variable-references"]
│ │ │ │ │ +        "Broken Bonds": [
│ │ │ │ │ +            [69, "broken-bonds"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Vector Initialization": [
│ │ │ │ │ -            [981, "vector-initialization"]
│ │ │ │ │ +        "Using CMake with LAMMPS": [
│ │ │ │ │ +            [71, "using-cmake-with-lammps"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Immediate Evaluation of Variables": [
│ │ │ │ │ -            [981, "immediate-evaluation-of-variables"]
│ │ │ │ │ +        "Prerequisites": [
│ │ │ │ │ +            [71, "prerequisites"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Variable Accuracy": [
│ │ │ │ │ -            [981, "variable-accuracy"]
│ │ │ │ │ +        "Build versus source directory": [
│ │ │ │ │ +            [71, "build-versus-source-directory"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "prd command": [
│ │ │ │ │ -            [947, "prd-command"]
│ │ │ │ │ +        "Running CMake": [
│ │ │ │ │ +            [71, "running-cmake"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "quit command": [
│ │ │ │ │ -            [951, "quit-command"]
│ │ │ │ │ +        "CLI version": [
│ │ │ │ │ +            [71, "cli-version"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "print command": [
│ │ │ │ │ -            [948, "print-command"]
│ │ │ │ │ +        "TUI version": [
│ │ │ │ │ +            [71, "tui-version"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "python command": [
│ │ │ │ │ -            [950, "python-command"]
│ │ │ │ │ +        "GUI version": [
│ │ │ │ │ +            [71, "gui-version"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "suffix command": [
│ │ │ │ │ -            [966, "suffix-command"]
│ │ │ │ │ +        "Setting options": [
│ │ │ │ │ +            [71, "setting-options"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "region command": [
│ │ │ │ │ -            [955, "region-command"]
│ │ │ │ │ +        "Some common CMake variables": [
│ │ │ │ │ +            [71, "some-common-cmake-variables"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "temper/grem command": [
│ │ │ │ │ -            [969, "temper-grem-command"]
│ │ │ │ │ +        "Some common LAMMPS specific variables": [
│ │ │ │ │ +            [71, "some-common-lammps-specific-variables"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "rerun command": [
│ │ │ │ │ -            [957, "rerun-command"]
│ │ │ │ │ +        "Enabling or disabling LAMMPS packages": [
│ │ │ │ │ +            [71, "enabling-or-disabling-lammps-packages"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "run command": [
│ │ │ │ │ -            [961, "run-command"]
│ │ │ │ │ +        "Using presets": [
│ │ │ │ │ +            [71, "using-presets"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "shell command": [
│ │ │ │ │ -            [964, "shell-command"]
│ │ │ │ │ +        "Compilation and build targets": [
│ │ │ │ │ +            [71, "compilation-and-build-targets"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "tad command": [
│ │ │ │ │ -            [967, "tad-command"]
│ │ │ │ │ +        "Choosing generators": [
│ │ │ │ │ +            [71, "choosing-generators"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "plugin command": [
│ │ │ │ │ -            [946, "plugin-command"]
│ │ │ │ │ +        "Barostats": [
│ │ │ │ │ +            [65, "barostats"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Automatic loading of plugins": [
│ │ │ │ │ -            [946, null]
│ │ │ │ │ +        "Body particles": [
│ │ │ │ │ +            [67, "body-particles"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "reset_atoms command": [
│ │ │ │ │ -            [958, "reset-atoms-command"]
│ │ │ │ │ +        "Magnetic spins": [
│ │ │ │ │ +            [98, "magnetic-spins"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Defaults": [
│ │ │ │ │ -            [958, "defaults"],
│ │ │ │ │ -            [897, "defaults"],
│ │ │ │ │ -            [725, "defaults"]
│ │ │ │ │ +        "Peridynamics with LAMMPS": [
│ │ │ │ │ +            [91, "peridynamics-with-lammps"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "thermo command": [
│ │ │ │ │ -            [971, "thermo-command"]
│ │ │ │ │ +        "Quick Start": [
│ │ │ │ │ +            [91, "quick-start"],
│ │ │ │ │ +            [93, "quick-start"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "reset_timestep command": [
│ │ │ │ │ -            [959, "reset-timestep-command"]
│ │ │ │ │ +        "Peridynamic Model of a Continuum": [
│ │ │ │ │ +            [91, "peridynamic-model-of-a-continuum"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "read_dump command": [
│ │ │ │ │ -            [953, "read-dump-command"]
│ │ │ │ │ +        "Basic Notation": [
│ │ │ │ │ +            [91, "basic-notation"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Linear Peridynamic Solid (LPS) Model": [
│ │ │ │ │ +            [91, "linear-peridynamic-solid-lps-model"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Prototype Microelastic Brittle (PMB) Model": [
│ │ │ │ │ +            [91, "prototype-microelastic-brittle-pmb-model"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Damage": [
│ │ │ │ │ +            [91, "damage"],
│ │ │ │ │ +            [91, "id1"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Discrete Peridynamic Model and LAMMPS Implementation": [
│ │ │ │ │ +            [91, "discrete-peridynamic-model-and-lammps-implementation"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Spatial Discretization": [
│ │ │ │ │ +            [91, "spatial-discretization"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Short-Range Forces": [
│ │ │ │ │ +            [91, "short-range-forces"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Modification to the Particle Volume": [
│ │ │ │ │ +            [91, "modification-to-the-particle-volume"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Temporal Discretization": [
│ │ │ │ │ +            [91, "temporal-discretization"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Algorithm 1: Velocity Verlet": [
│ │ │ │ │ +            [91, "algvelverlet"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Breaking Bonds": [
│ │ │ │ │ +            [91, "breaking-bonds"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "LPS Pseudocode": [
│ │ │ │ │ +            [91, "lps-pseudocode"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Algorithm 2: LPS Peridynamic Model Pseudocode": [
│ │ │ │ │ +            [91, "algperilps"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Algorithm 3: Computation of Weighted Volume m": [
│ │ │ │ │ +            [91, "algperilpsm"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Algorithm 4: Computation of Dilatation \\theta": [
│ │ │ │ │ +            [91, "algperilpstheta"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "PMB Pseudocode": [
│ │ │ │ │ +            [91, "pmb-pseudocode"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Algorithm 5: PMB Peridynamic Model Pseudocode": [
│ │ │ │ │ +            [91, "algperipmb"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Visualizing Simulation Results": [
│ │ │ │ │ +            [91, "visualizing-simulation-results"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Pitfalls": [
│ │ │ │ │ +            [91, "pitfalls"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Bugs": [
│ │ │ │ │ +            [91, "bugs"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Modifying and Extending the Peridynamic Module": [
│ │ │ │ │ +            [91, "modifying-and-extending-the-peridynamic-module"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "A Numerical Example": [
│ │ │ │ │ +            [91, "a-numerical-example"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Problem Description and Setup": [
│ │ │ │ │ +            [91, "problem-description-and-setup"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "The Projectile": [
│ │ │ │ │ +            [91, "the-projectile"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Writing the LAMMPS Input File": [
│ │ │ │ │ +            [91, "writing-the-lammps-input-file"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Numerical Results and Discussion": [
│ │ │ │ │ +            [91, "numerical-results-and-discussion"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Manifolds (surfaces)": [
│ │ │ │ │ +            [85, "manifolds-surfaces"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Using the LAMMPS GUI": [
│ │ │ │ │ +            [83, "using-the-lammps-gui"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Main window": [
│ │ │ │ │ +            [83, "main-window"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Opening Files": [
│ │ │ │ │ +            [83, "opening-files"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Running LAMMPS": [
│ │ │ │ │ +            [83, "running-lammps"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Log Window": [
│ │ │ │ │ +            [83, "log-window"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Chart Window": [
│ │ │ │ │ +            [83, "chart-window"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Image Slide Show": [
│ │ │ │ │ +            [83, "image-slide-show"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Variable Info": [
│ │ │ │ │ +            [83, "variable-info"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Viewing Snapshot Images": [
│ │ │ │ │ +            [83, "viewing-snapshot-images"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Editor Functions": [
│ │ │ │ │ +            [83, "editor-functions"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Context Specific Word Completion": [
│ │ │ │ │ +            [83, "context-specific-word-completion"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Line Reformatting": [
│ │ │ │ │ +            [83, "line-reformatting"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Context Specific Help": [
│ │ │ │ │ +            [83, "context-specific-help"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Menu": [
│ │ │ │ │ +            [83, "menu"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "File": [
│ │ │ │ │ +            [83, "file"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Edit": [
│ │ │ │ │ +            [83, "edit"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Run": [
│ │ │ │ │ +            [83, "run"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "View": [
│ │ │ │ │ +            [83, "view"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "About": [
│ │ │ │ │ +            [83, "about"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Preferences": [
│ │ │ │ │ +            [83, "preferences"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "General Settings:": [
│ │ │ │ │ +            [83, "general-settings"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Accelerators:": [
│ │ │ │ │ +            [83, "accelerators"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Snapshot Image:": [
│ │ │ │ │ +            [83, "snapshot-image"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Editor Settings:": [
│ │ │ │ │ +            [83, "editor-settings"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Keyboard Shortcuts": [
│ │ │ │ │ +            [83, "keyboard-shortcuts"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Calculate thermal conductivity": [
│ │ │ │ │ +            [82, "calculate-thermal-conductivity"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Using LAMMPS with the MDI library for code coupling": [
│ │ │ │ │ +            [86, "using-lammps-with-the-mdi-library-for-code-coupling"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "NEMD simulations": [
│ │ │ │ │ +            [89, "nemd-simulations"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Restart a simulation": [
│ │ │ │ │ +            [95, "restart-a-simulation"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Run multiple simulations from one input script": [
│ │ │ │ │ +            [88, "run-multiple-simulations-from-one-input-script"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Polarizable models": [
│ │ │ │ │ +            [92, "polarizable-models"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "SPC water model": [
│ │ │ │ │ +            [96, "spc-water-model"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Using distributed grids": [
│ │ │ │ │ +            [81, "using-distributed-grids"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Output structured data from LAMMPS": [
│ │ │ │ │ +            [99, "output-structured-data-from-lammps"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Writing the current system state, thermo data, variable values": [
│ │ │ │ │ +            [99, "writing-the-current-system-state-thermo-data-variable-values"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "YAML": [
│ │ │ │ │ +            [99, "yaml"],
│ │ │ │ │ +            [99, "id1"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "JSON": [
│ │ │ │ │ +            [99, "json"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "YAML format thermo_style or dump_style output": [
│ │ │ │ │ +            [99, "yaml-format-thermo-style-or-dump-style-output"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Extracting data from log file": [
│ │ │ │ │ +            [99, "extracting-data-from-log-file"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Extracting data from dump file": [
│ │ │ │ │ +            [99, "extracting-data-from-dump-file"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Processing scalar data with Python": [
│ │ │ │ │ +            [99, "processing-scalar-data-with-python"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Processing vector data with Python": [
│ │ │ │ │ +            [99, "processing-vector-data-with-python"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Processing scalar data with Perl": [
│ │ │ │ │ +            [99, "processing-scalar-data-with-perl"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Writing continuous data during a simulation": [
│ │ │ │ │ +            [99, "writing-continuous-data-during-a-simulation"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Line Delimited JSON (LD-JSON)": [
│ │ │ │ │ +            [99, "line-delimited-json-ld-json"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Granular models": [
│ │ │ │ │ +            [80, "granular-models"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Finite-size spherical and aspherical particles": [
│ │ │ │ │ +            [97, "finite-size-spherical-and-aspherical-particles"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Pair potentials": [
│ │ │ │ │ +            [97, "pair-potentials"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Time integration": [
│ │ │ │ │ +            [97, "time-integration"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Computes, thermodynamics, and dump output": [
│ │ │ │ │ +            [97, "computes-thermodynamics-and-dump-output"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Rigid bodies composed of finite-size particles": [
│ │ │ │ │ +            [97, "rigid-bodies-composed-of-finite-size-particles"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Library interface to LAMMPS": [
│ │ │ │ │ +            [84, "library-interface-to-lammps"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Moltemplate Tutorial": [
│ │ │ │ │ +            [87, "moltemplate-tutorial"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Simulating an organic solvent": [
│ │ │ │ │ +            [87, "simulating-an-organic-solvent"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Mapping an existing structure": [
│ │ │ │ │ +            [87, "mapping-an-existing-structure"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Output from LAMMPS (thermo, dumps, computes, fixes, variables)": [
│ │ │ │ │ +            [90, "output-from-lammps-thermo-dumps-computes-fixes-variables"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Global/per-atom/local/per-grid data": [
│ │ │ │ │ +            [90, "global-per-atom-local-per-grid-data"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Scalar/vector/array data": [
│ │ │ │ │ +            [90, "scalar-vector-array-data"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Disambiguation": [
│ │ │ │ │ +            [90, "disambiguation"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Thermodynamic output": [
│ │ │ │ │ +            [90, "thermodynamic-output"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Dump file output": [
│ │ │ │ │ +            [90, "dump-file-output"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Fixes that write output files": [
│ │ │ │ │ +            [90, "fixes-that-write-output-files"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Computes that process output quantities": [
│ │ │ │ │ +            [90, "computes-that-process-output-quantities"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Fixes that process output quantities": [
│ │ │ │ │ +            [90, "fixes-that-process-output-quantities"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Computes that generate values to output": [
│ │ │ │ │ +            [90, "computes-that-generate-values-to-output"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Fixes that generate values to output": [
│ │ │ │ │ +            [90, "fixes-that-generate-values-to-output"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Variables that generate values to output": [
│ │ │ │ │ +            [90, "variables-that-generate-values-to-output"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Summary table of output options and data flow between commands": [
│ │ │ │ │ +            [90, "summary-table-of-output-options-and-data-flow-between-commands"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "PyLammps Tutorial": [
│ │ │ │ │ +            [93, "pylammps-tutorial"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Contents": [
│ │ │ │ │ +            [93, "contents"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Comparison of lammps and PyLammps interfaces": [
│ │ │ │ │ +            [93, "comparison-of-lammps-and-pylammps-interfaces"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "lammps.lammps": [
│ │ │ │ │ +            [93, "lammps-lammps"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "lammps.PyLammps": [
│ │ │ │ │ +            [93, "lammps-pylammps"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "System-wide Installation": [
│ │ │ │ │ +            [93, "system-wide-installation"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Step 1: Building LAMMPS as a shared library": [
│ │ │ │ │ +            [93, "step-1-building-lammps-as-a-shared-library"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Step 2: Installing the LAMMPS Python package": [
│ │ │ │ │ +            [93, "step-2-installing-the-lammps-python-package"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Installation inside of a virtualenv": [
│ │ │ │ │ +            [93, "installation-inside-of-a-virtualenv"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Benefits of using a virtualenv": [
│ │ │ │ │ +            [93, "benefits-of-using-a-virtualenv"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Creating a virtualenv with lammps installed": [
│ │ │ │ │ +            [93, "creating-a-virtualenv-with-lammps-installed"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Creating a new instance of PyLammps": [
│ │ │ │ │ +            [93, "creating-a-new-instance-of-pylammps"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "System state": [
│ │ │ │ │ +            [93, "system-state"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Working with LAMMPS variables": [
│ │ │ │ │ +            [93, "working-with-lammps-variables"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Retrieving the value of an arbitrary LAMMPS expressions": [
│ │ │ │ │ +            [93, "retrieving-the-value-of-an-arbitrary-lammps-expressions"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Accessing atom data": [
│ │ │ │ │ +            [93, "accessing-atom-data"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Evaluating thermo data": [
│ │ │ │ │ +            [93, "evaluating-thermo-data"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Error handling with PyLammps": [
│ │ │ │ │ +            [93, "error-handling-with-pylammps"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Using PyLammps in IPython notebooks and Jupyter": [
│ │ │ │ │ +            [93, "using-pylammps-in-ipython-notebooks-and-jupyter"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "IPyLammps Examples": [
│ │ │ │ │ +            [93, "ipylammps-examples"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Validating a dihedral potential": [
│ │ │ │ │ +            [93, "validating-a-dihedral-potential"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Running a Monte Carlo relaxation": [
│ │ │ │ │ +            [93, "running-a-monte-carlo-relaxation"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Using PyLammps and mpi4py (Experimental)": [
│ │ │ │ │ +            [93, "using-pylammps-and-mpi4py-experimental"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Feedback and Contributing": [
│ │ │ │ │ +            [93, "feedback-and-contributing"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Multi-replica simulations": [
│ │ │ │ │ +            [94, "multi-replica-simulations"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "shell command": [
│ │ │ │ │ +            [964, "shell-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "thermo_modify command": [
│ │ │ │ │ +            [972, "thermo-modify-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "timer command": [
│ │ │ │ │ +            [975, "timer-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "restart command": [
│ │ │ │ │              [960, "restart-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ +        "third_order command": [
│ │ │ │ │ +            [974, "third-order-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "temper/grem command": [
│ │ │ │ │ +            [969, "temper-grem-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │          "temper/npt command": [
│ │ │ │ │              [970, "temper-npt-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ +        "timestep command": [
│ │ │ │ │ +            [976, "timestep-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "thermo command": [
│ │ │ │ │ +            [971, "thermo-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "unfix command": [
│ │ │ │ │ +            [979, "unfix-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "undump command": [
│ │ │ │ │ +            [978, "undump-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "tad command": [
│ │ │ │ │ +            [967, "tad-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "suffix command": [
│ │ │ │ │ +            [966, "suffix-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │          "run_style command": [
│ │ │ │ │              [962, "run-style-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "read_restart command": [
│ │ │ │ │ -            [954, "read-restart-command"]
│ │ │ │ │ +        "run command": [
│ │ │ │ │ +            [961, "run-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "processors command": [
│ │ │ │ │ -            [949, "processors-command"]
│ │ │ │ │ +        "temper command": [
│ │ │ │ │ +            [968, "temper-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "special_bonds command": [
│ │ │ │ │ +            [965, "special-bonds-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "set command": [
│ │ │ │ │              [963, "set-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "partition command": [
│ │ │ │ │ -            [945, "partition-command"]
│ │ │ │ │ +        "thermo_style command": [
│ │ │ │ │ +            [973, "thermo-style-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "temper command": [
│ │ │ │ │ -            [968, "temper-command"]
│ │ │ │ │ +        "uncompute command": [
│ │ │ │ │ +            [977, "uncompute-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "read_data command": [
│ │ │ │ │ -            [952, "read-data-command"]
│ │ │ │ │ +        "Fix commands": [
│ │ │ │ │ +            [23, "fix-commands"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Reading multiple data files": [
│ │ │ │ │ -            [952, "reading-multiple-data-files"]
│ │ │ │ │ +        "Input script structure": [
│ │ │ │ │ +            [29, "input-script-structure"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Format of a data file": [
│ │ │ │ │ -            [952, "format-of-a-data-file"]
│ │ │ │ │ +        "Initialization": [
│ │ │ │ │ +            [29, "initialization"],
│ │ │ │ │ +            [52, "initialization"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Format of the header of a data file": [
│ │ │ │ │ -            [952, "format-of-the-header-of-a-data-file"]
│ │ │ │ │ +        "System definition": [
│ │ │ │ │ +            [29, "system-definition"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Format of the body of a data file": [
│ │ │ │ │ -            [952, "format-of-the-body-of-a-data-file"]
│ │ │ │ │ +        "Simulation settings": [
│ │ │ │ │ +            [29, "simulation-settings"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "replicate command": [
│ │ │ │ │ -            [956, "replicate-command"]
│ │ │ │ │ +        "Run a simulation": [
│ │ │ │ │ +            [29, "run-a-simulation"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "special_bonds command": [
│ │ │ │ │ -            [965, "special-bonds-command"]
│ │ │ │ │ +        "Communication patterns": [
│ │ │ │ │ +            [34, "communication-patterns"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Configuration information": [
│ │ │ │ │ -            [164, "configuration-information"],
│ │ │ │ │ -            [130, "configuration-information"]
│ │ │ │ │ +        "Owned and ghost atoms": [
│ │ │ │ │ +            [34, "owned-and-ghost-atoms"],
│ │ │ │ │ +            [32, "owned-and-ghost-atoms"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Example Python scripts": [
│ │ │ │ │ -            [167, "example-python-scripts"]
│ │ │ │ │ +        "Forward and reverse communication": [
│ │ │ │ │ +            [34, "forward-and-reverse-communication"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Installation": [
│ │ │ │ │ -            [172, "installation"],
│ │ │ │ │ -            [110, "installation"]
│ │ │ │ │ +        "Higher level communication": [
│ │ │ │ │ +            [34, "higher-level-communication"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Installing the LAMMPS Python Module and Shared Library": [
│ │ │ │ │ -            [172, "installing-the-lammps-python-module-and-shared-library"]
│ │ │ │ │ +        "Ring operation": [
│ │ │ │ │ +            [34, "ring-operation"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Extending Python to run in parallel": [
│ │ │ │ │ -            [172, "extending-python-to-run-in-parallel"]
│ │ │ │ │ +        "Irregular operation": [
│ │ │ │ │ +            [34, "irregular-operation"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Executing commands": [
│ │ │ │ │ -            [168, "executing-commands"],
│ │ │ │ │ -            [132, "executing-commands"]
│ │ │ │ │ +        "Rendezvous operation": [
│ │ │ │ │ +            [34, "rendezvous-operation"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Extending the Python interface": [
│ │ │ │ │ -            [169, "extending-the-python-interface"]
│ │ │ │ │ +        "Dump commands": [
│ │ │ │ │ +            [22, "dump-commands"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "System properties": [
│ │ │ │ │ -            [178, "system-properties"],
│ │ │ │ │ -            [135, "system-properties"]
│ │ │ │ │ +        "Code design": [
│ │ │ │ │ +            [33, "code-design"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Accelerate performance": [
│ │ │ │ │ -            [187, "accelerate-performance"]
│ │ │ │ │ +        "Object-oriented code": [
│ │ │ │ │ +            [33, "object-oriented-code"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Benchmarks": [
│ │ │ │ │ -            [188, "benchmarks"]
│ │ │ │ │ +        "Compositing and Inheritance": [
│ │ │ │ │ +            [33, "compositing-and-inheritance"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Output Readers": [
│ │ │ │ │ -            [170, "module-lammps.formats"]
│ │ │ │ │ +        "Polymorphism": [
│ │ │ │ │ +            [33, "polymorphism"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Run LAMMPS from Python": [
│ │ │ │ │ -            [179, "run-lammps-from-python"]
│ │ │ │ │ +        "Important Notes": [
│ │ │ │ │ +            [33, null]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Running LAMMPS and Python in serial": [
│ │ │ │ │ -            [173, "running-lammps-and-python-in-serial"]
│ │ │ │ │ +        "Style Factories": [
│ │ │ │ │ +            [33, "style-factories"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Running LAMMPS and Python in parallel with MPI": [
│ │ │ │ │ -            [173, "running-lammps-and-python-in-parallel-with-mpi"]
│ │ │ │ │ +        "I/O and output formatting": [
│ │ │ │ │ +            [33, "i-o-and-output-formatting"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Running Python scripts": [
│ │ │ │ │ -            [173, "running-python-scripts"]
│ │ │ │ │ +        "C-style stdio versus C++ style iostreams": [
│ │ │ │ │ +            [33, "c-style-stdio-versus-c-style-iostreams"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Formatting with the {fmt} library": [
│ │ │ │ │ +            [33, "formatting-with-the-fmt-library"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Summary of the {fmt} format syntax": [
│ │ │ │ │ +            [33, "summary-of-the-fmt-format-syntax"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Memory management": [
│ │ │ │ │ +            [33, "memory-management"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Pair_style potentials": [
│ │ │ │ │ +            [26, "pair-style-potentials"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Removed commands and packages": [
│ │ │ │ │ +            [28, "removed-commands-and-packages"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Fix ave/spatial and fix ave/spatial/sphere": [
│ │ │ │ │ +            [28, "fix-ave-spatial-and-fix-ave-spatial-sphere"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Box command": [
│ │ │ │ │ +            [28, "box-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Reset_ids, reset_atom_ids, reset_mol_ids commands": [
│ │ │ │ │ +            [28, "reset-ids-reset-atom-ids-reset-mol-ids-commands"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "LATTE package": [
│ │ │ │ │ +            [28, "latte-package"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "MEAM package": [
│ │ │ │ │ +            [28, "meam-package"],
│ │ │ │ │ +            [160, "meam-package"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Minimize style fire/old": [
│ │ │ │ │ +            [28, "minimize-style-fire-old"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Pair style mesont/tpm, compute style mesont, atom style mesont": [
│ │ │ │ │ +            [28, "pair-style-mesont-tpm-compute-style-mesont-atom-style-mesont"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "MPIIO package": [
│ │ │ │ │ +            [28, "mpiio-package"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "MSCG package": [
│ │ │ │ │ +            [28, "mscg-package"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "REAX package": [
│ │ │ │ │ +            [28, "reax-package"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "USER-REAXC package": [
│ │ │ │ │ +            [28, "user-reaxc-package"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "USER-CUDA package": [
│ │ │ │ │ +            [28, "user-cuda-package"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "restart2data tool": [
│ │ │ │ │ +            [28, "restart2data-tool"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Use of distributed grids within style classes": [
│ │ │ │ │ +            [36, "use-of-distributed-grids-within-style-classes"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Style commands": [
│ │ │ │ │ +            [36, "style-commands"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Grid data allocation and access": [
│ │ │ │ │ +            [36, "grid-data-allocation-and-access"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Grid class constructors": [
│ │ │ │ │ +            [36, "grid-class-constructors"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Grid class set methods": [
│ │ │ │ │ +            [36, "grid-class-set-methods"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Grid class setup_grid method": [
│ │ │ │ │ +            [36, "grid-class-setup-grid-method"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "More grid class set methods": [
│ │ │ │ │ +            [36, "more-grid-class-set-methods"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Grid class get methods": [
│ │ │ │ │ +            [36, "grid-class-get-methods"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Grid class owned/ghost communication": [
│ │ │ │ │ +            [36, "grid-class-owned-ghost-communication"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Grid class remap methods for load balancing": [
│ │ │ │ │ +            [36, "grid-class-remap-methods-for-load-balancing"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Grid class I/O methods": [
│ │ │ │ │ +            [36, "grid-class-i-o-methods"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Style class grid access methods": [
│ │ │ │ │ +            [36, "style-class-grid-access-methods"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Final notes": [
│ │ │ │ │ +            [36, "final-notes"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Compute commands": [
│ │ │ │ │ +            [21, "compute-commands"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Communication": [
│ │ │ │ │ +            [39, "communication"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "LAMMPS input scripts": [
│ │ │ │ │ +            [24, "lammps-input-scripts"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "Creating or deleting a LAMMPS object": [
│ │ │ │ │ +            [30, "creating-or-deleting-a-lammps-object"],
│ │ │ │ │              [165, "creating-or-deleting-a-lammps-object"],
│ │ │ │ │              [131, "creating-or-deleting-a-lammps-object"],
│ │ │ │ │ -            [30, "creating-or-deleting-a-lammps-object"],
│ │ │ │ │              [61, "creating-or-deleting-a-lammps-object"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Calling Python from LAMMPS": [
│ │ │ │ │ -            [163, "calling-python-from-lammps"]
│ │ │ │ │ +        "Executing LAMMPS commands": [
│ │ │ │ │ +            [30, "executing-lammps-commands"],
│ │ │ │ │ +            [61, "executing-lammps-commands"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Running LAMMPS on Windows": [
│ │ │ │ │ -            [186, "running-lammps-on-windows"]
│ │ │ │ │ +        "Using the C++ API directly": [
│ │ │ │ │ +            [30, "using-the-c-api-directly"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Command-line options": [
│ │ │ │ │ -            [184, "command-line-options"]
│ │ │ │ │ +        "Accessing per-atom data": [
│ │ │ │ │ +            [32, "accessing-per-atom-data"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Basics of running LAMMPS": [
│ │ │ │ │ -            [182, "basics-of-running-lammps"]
│ │ │ │ │ +        "Atom indexing": [
│ │ │ │ │ +            [32, "atom-indexing"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Handling LAMMPS errors": [
│ │ │ │ │ -            [166, "handling-lammps-errors"]
│ │ │ │ │ +        "Atom class versus AtomVec classes": [
│ │ │ │ │ +            [32, "atom-class-versus-atomvec-classes"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Compute, fixes, variables": [
│ │ │ │ │ -            [176, "compute-fixes-variables"],
│ │ │ │ │ -            [134, "compute-fixes-variables"]
│ │ │ │ │ +        "Notes for developers and code maintainers": [
│ │ │ │ │ +            [37, "notes-for-developers-and-code-maintainers"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Use Python with LAMMPS": [
│ │ │ │ │ -            [171, "use-python-with-lammps"]
│ │ │ │ │ +        "Reading and parsing of text and text files": [
│ │ │ │ │ +            [37, "reading-and-parsing-of-text-and-text-files"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Troubleshooting": [
│ │ │ │ │ -            [181, "troubleshooting"]
│ │ │ │ │ +        "Requesting and accessing neighbor lists": [
│ │ │ │ │ +            [37, "requesting-and-accessing-neighbor-lists"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Testing if Python can launch LAMMPS": [
│ │ │ │ │ -            [181, "testing-if-python-can-launch-lammps"]
│ │ │ │ │ +        "Choosing between a custom atom style, fix property/atom, and fix STORE/ATOM": [
│ │ │ │ │ +            [37, "choosing-between-a-custom-atom-style-fix-property-atom-and-fix-store-atom"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Per-atom properties": [
│ │ │ │ │ -            [162, "per-atom-properties"],
│ │ │ │ │ -            [129, "per-atom-properties"]
│ │ │ │ │ +        "Fix contributions to instantaneous energy, virial, and cumulative energy": [
│ │ │ │ │ +            [37, "fix-contributions-to-instantaneous-energy-virial-and-cumulative-energy"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Screen and logfile output": [
│ │ │ │ │ -            [185, "screen-and-logfile-output"]
│ │ │ │ │ +        "KSpace PPPM FFT grids": [
│ │ │ │ │ +            [37, "kspace-pppm-fft-grids"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Neighbor list access": [
│ │ │ │ │ -            [175, "neighbor-list-access"],
│ │ │ │ │ -            [133, "neighbor-list-access"]
│ │ │ │ │ +        "Information for Developers": [
│ │ │ │ │ +            [31, "information-for-developers"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Run LAMMPS": [
│ │ │ │ │ -            [183, "run-lammps"]
│ │ │ │ │ +        "KSpace solvers": [
│ │ │ │ │ +            [25, "kspace-solvers"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "The lammps Python module": [
│ │ │ │ │ -            [174, "module-lammps"]
│ │ │ │ │ +        "Parsing rules for input scripts": [
│ │ │ │ │ +            [27, "parsing-rules-for-input-scripts"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Version check": [
│ │ │ │ │ -            [174, null]
│ │ │ │ │ +        "ASCII versus UTF-8": [
│ │ │ │ │ +            [27, null]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "The lammps class API": [
│ │ │ │ │ -            [174, "the-lammps-class-api"]
│ │ │ │ │ +        "How a timestep works": [
│ │ │ │ │ +            [35, "how-a-timestep-works"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "The PyLammps class API": [
│ │ │ │ │ -            [174, "the-pylammps-class-api"]
│ │ │ │ │ +        "Commands by category": [
│ │ │ │ │ +            [20, "commands-by-category"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "The IPyLammps class API": [
│ │ │ │ │ -            [174, "the-ipylammps-class-api"]
│ │ │ │ │ +        "Initialization:": [
│ │ │ │ │ +            [20, "initialization"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Additional components of the lammps module": [
│ │ │ │ │ -            [174, "additional-components-of-the-lammps-module"]
│ │ │ │ │ +        "Setup simulation box:": [
│ │ │ │ │ +            [20, "setup-simulation-box"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Data Types": [
│ │ │ │ │ -            [174, "data-types"]
│ │ │ │ │ +        "Setup atoms:": [
│ │ │ │ │ +            [20, "setup-atoms"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Style Constants": [
│ │ │ │ │ -            [174, "style-constants"]
│ │ │ │ │ +        "Force fields:": [
│ │ │ │ │ +            [20, "force-fields"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Type Constants": [
│ │ │ │ │ -            [174, "type-constants"]
│ │ │ │ │ +        "Settings:": [
│ │ │ │ │ +            [20, "settings"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Variable Type Constants": [
│ │ │ │ │ -            [174, "variable-type-constants"]
│ │ │ │ │ +        "Operations within timestepping (fixes) and diagnostics (computes):": [
│ │ │ │ │ +            [20, "operations-within-timestepping-fixes-and-diagnostics-computes"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Classes representing internal objects": [
│ │ │ │ │ -            [174, "classes-representing-internal-objects"]
│ │ │ │ │ +        "Output:": [
│ │ │ │ │ +            [20, "output"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Scatter/gather operations": [
│ │ │ │ │ -            [180, "scatter-gather-operations"],
│ │ │ │ │ -            [136, "scatter-gather-operations"]
│ │ │ │ │ +        "Actions:": [
│ │ │ │ │ +            [20, "actions"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style sph/taitwater/morris command": [
│ │ │ │ │ -            [915, "pair-style-sph-taitwater-morris-command"]
│ │ │ │ │ +        "Input script control:": [
│ │ │ │ │ +            [20, "input-script-control"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Source files": [
│ │ │ │ │ +            [38, "source-files"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Class topology": [
│ │ │ │ │ +            [38, "class-topology"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "pair_style smd/tlsph command": [
│ │ │ │ │ +            [904, "pair-style-smd-tlsph-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "Mixing, shift, table, tail correction, restart, rRESPA info": [
│ │ │ │ │ -            [915, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [896, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [905, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ +            [904, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ +            [910, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ +            [900, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ +            [913, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ +            [903, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ +            [911, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │              [912, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [894, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [898, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [895, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [901, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │              [914, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ +            [916, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │              [909, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [899, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [904, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [891, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [907, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [892, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [911, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │              [908, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [903, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [916, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [900, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [910, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [913, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ +            [901, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ +            [915, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ +            [905, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ +            [907, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │              [906, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [843, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [837, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [850, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [854, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [856, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [852, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [841, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [859, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [857, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [846, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [838, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [847, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [845, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [863, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [839, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [860, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [853, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [862, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [840, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [858, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [842, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [848, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [855, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [844, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [861, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [934, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [931, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [930, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [935, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [924, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [942, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │              [936, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [940, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [943, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [932, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [939, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │              [925, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [941, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ +            [924, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ +            [930, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │              [929, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
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│ │ │ │ │ +            [931, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │              [933, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │              [926, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ +            [927, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ +            [935, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │              [928, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [922, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
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│ │ │ │ │ +            [895, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ +            [883, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ +            [891, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ +            [894, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ +            [899, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ +            [892, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ +            [886, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │              [884, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │              [868, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ -            [886, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
│ │ │ │ │ +            [871, "mixing-shift-table-tail-correction-restart-rrespa-info"],
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│ │ │ │ │ +        "pair_style smd/hertz command": [
│ │ │ │ │ +            [903, "pair-style-smd-hertz-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "pair_style sph/idealgas command": [
│ │ │ │ │              [911, "pair-style-sph-idealgas-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style snap command": [
│ │ │ │ │ -            [908, "pair-style-snap-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style spin/exchange command": [
│ │ │ │ │ +            [919, "pair-style-spin-exchange-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style smd/hertz command": [
│ │ │ │ │ -            [903, "pair-style-smd-hertz-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style spin/exchange/biquadratic command": [
│ │ │ │ │ +            [919, "pair-style-spin-exchange-biquadratic-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style spin/dipole/cut command": [
│ │ │ │ │ -            [917, "pair-style-spin-dipole-cut-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style spin/dmi command": [
│ │ │ │ │ +            [918, "pair-style-spin-dmi-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style spin/dipole/long command": [
│ │ │ │ │ -            [917, "pair-style-spin-dipole-long-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style sph/lj command": [
│ │ │ │ │ +            [912, "pair-style-sph-lj-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "pair_style sph/taitwater command": [
│ │ │ │ │ +            [914, "pair-style-sph-taitwater-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "pair_style lj/spica command": [
│ │ │ │ │              [916, "pair-style-lj-spica-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "pair_style lj/spica/coul/long command": [
│ │ │ │ │              [916, "pair-style-lj-spica-coul-long-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "pair_style lj/spica/coul/msm command": [
│ │ │ │ │              [916, "pair-style-lj-spica-coul-msm-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style saip/metal command": [
│ │ │ │ │ -            [900, "pair-style-saip-metal-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style sph/heatconduction command": [
│ │ │ │ │ -            [910, "pair-style-sph-heatconduction-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style sph/rhosum command": [
│ │ │ │ │ -            [913, "pair-style-sph-rhosum-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style pod command": [
│ │ │ │ │ -            [893, "pair-style-pod-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style smd/ulsph command": [
│ │ │ │ │ -            [906, "pair-style-smd-ulsph-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style hdnnp command": [
│ │ │ │ │ -            [843, "pair-style-hdnnp-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style gran/hooke command": [
│ │ │ │ │ -            [837, "pair-style-gran-hooke-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style gran/hooke/history command": [
│ │ │ │ │ -            [837, "pair-style-gran-hooke-history-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style soft command": [
│ │ │ │ │ +            [909, "pair-style-soft-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style gran/hertz/history command": [
│ │ │ │ │ -            [837, "pair-style-gran-hertz-history-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style snap command": [
│ │ │ │ │ +            [908, "pair-style-snap-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lcbop command": [
│ │ │ │ │ -            [850, "pair-style-lcbop-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style sdpd/taitwater/isothermal command": [
│ │ │ │ │ +            [901, "pair-style-sdpd-taitwater-isothermal-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lebedeva/z command": [
│ │ │ │ │ -            [851, "pair-style-lebedeva-z-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style sph/taitwater/morris command": [
│ │ │ │ │ +            [915, "pair-style-sph-taitwater-morris-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style list command": [
│ │ │ │ │ -            [854, "pair-style-list-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style smd/tri_surface command": [
│ │ │ │ │ +            [905, "pair-style-smd-tri-surface-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj96/cut command": [
│ │ │ │ │ -            [856, "pair-style-lj96-cut-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style smtbq command": [
│ │ │ │ │ +            [907, "pair-style-smtbq-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lepton command": [
│ │ │ │ │ -            [852, "pair-style-lepton-command"]
│ │ │ │ │ +        "Citing this work": [
│ │ │ │ │ +            [907, "citing-this-work"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style harmonic/cut command": [
│ │ │ │ │ -            [841, "pair-style-harmonic-cut-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style smd/ulsph command": [
│ │ │ │ │ +            [906, "pair-style-smd-ulsph-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/cut/sphere command": [
│ │ │ │ │ -            [859, "pair-style-lj-cut-sphere-command"]
│ │ │ │ │ +        "improper_style cossq command": [
│ │ │ │ │ +            [749, "improper-style-cossq-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Notes on cutoffs, neighbor lists, and efficiency": [
│ │ │ │ │ -            [859, null],
│ │ │ │ │ -            [862, null]
│ │ │ │ │ +        "improper_style hybrid command": [
│ │ │ │ │ +            [755, "improper-style-hybrid-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/cubic command": [
│ │ │ │ │ -            [857, "pair-style-lj-cubic-command"]
│ │ │ │ │ +        "group command": [
│ │ │ │ │ +            [742, "group-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style ilp/tmd command": [
│ │ │ │ │ -            [846, "pair-style-ilp-tmd-command"]
│ │ │ │ │ +        "improper_style class2 command": [
│ │ │ │ │ +            [747, "improper-style-class2-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style granular command": [
│ │ │ │ │ -            [838, "pair-style-granular-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix widom command": [
│ │ │ │ │ +            [740, "fix-widom-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style kim command": [
│ │ │ │ │ -            [847, "pair-style-kim-command"]
│ │ │ │ │ +        "improper_style fourier command": [
│ │ │ │ │ +            [753, "improper-style-fourier-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style ilp/graphene/hbn command": [
│ │ │ │ │ -            [845, "pair-style-ilp-graphene-hbn-command"]
│ │ │ │ │ +        "hyper command": [
│ │ │ │ │ +            [744, "hyper-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/long/coul/long command": [
│ │ │ │ │ -            [863, "pair-style-lj-long-coul-long-command"]
│ │ │ │ │ +        "improper_style none command": [
│ │ │ │ │ +            [757, "improper-style-none-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/long/tip4p/long command": [
│ │ │ │ │ -            [863, "pair-style-lj-long-tip4p-long-command"]
│ │ │ │ │ +        "improper_style harmonic command": [
│ │ │ │ │ +            [754, "improper-style-harmonic-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/gromacs command": [
│ │ │ │ │ -            [839, "pair-style-lj-gromacs-command"]
│ │ │ │ │ +        "improper_style distharm command": [
│ │ │ │ │ +            [752, "improper-style-distharm-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/gromacs/coul/gromacs command": [
│ │ │ │ │ -            [839, "pair-style-lj-gromacs-coul-gromacs-command"]
│ │ │ │ │ +        "group2ndx command": [
│ │ │ │ │ +            [743, "group2ndx-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/cut/tip4p/cut command": [
│ │ │ │ │ -            [860, "pair-style-lj-cut-tip4p-cut-command"]
│ │ │ │ │ +        "ndx2group command": [
│ │ │ │ │ +            [743, "ndx2group-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/cut/tip4p/long command": [
│ │ │ │ │ -            [860, "pair-style-lj-cut-tip4p-long-command"]
│ │ │ │ │ +        "improper_coeff command": [
│ │ │ │ │ +            [748, "improper-coeff-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style line/lj command": [
│ │ │ │ │ -            [853, "pair-style-line-lj-command"]
│ │ │ │ │ +        "if command": [
│ │ │ │ │ +            [745, "if-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/expand/sphere command": [
│ │ │ │ │ -            [862, "pair-style-lj-expand-sphere-command"]
│ │ │ │ │ +        "improper_style distance command": [
│ │ │ │ │ +            [751, "improper-style-distance-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style gw command": [
│ │ │ │ │ -            [840, "pair-style-gw-command"]
│ │ │ │ │ +        "improper_style sqdistharm command": [
│ │ │ │ │ +            [759, "improper-style-sqdistharm-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style gw/zbl command": [
│ │ │ │ │ -            [840, "pair-style-gw-zbl-command"]
│ │ │ │ │ +        "improper_style ring command": [
│ │ │ │ │ +            [758, "improper-style-ring-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/cut/coul/cut command": [
│ │ │ │ │ -            [858, "pair-style-lj-cut-coul-cut-command"]
│ │ │ │ │ +        "improper_style inversion/harmonic command": [
│ │ │ │ │ +            [756, "improper-style-inversion-harmonic-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/cut/coul/debye command": [
│ │ │ │ │ -            [858, "pair-style-lj-cut-coul-debye-command"]
│ │ │ │ │ +        "Fixes": [
│ │ │ │ │ +            [741, "fixes"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/cut/coul/dsf command": [
│ │ │ │ │ -            [858, "pair-style-lj-cut-coul-dsf-command"]
│ │ │ │ │ +        "improper_style cvff command": [
│ │ │ │ │ +            [750, "improper-style-cvff-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/cut/coul/long command": [
│ │ │ │ │ -            [858, "pair-style-lj-cut-coul-long-command"]
│ │ │ │ │ +        "improper_style amoeba command": [
│ │ │ │ │ +            [746, "improper-style-amoeba-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/cut/coul/msm command": [
│ │ │ │ │ -            [858, "pair-style-lj-cut-coul-msm-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style vashishta command": [
│ │ │ │ │ +            [936, "pair-style-vashishta-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/cut/coul/wolf command": [
│ │ │ │ │ -            [858, "pair-style-lj-cut-coul-wolf-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style vashishta/table command": [
│ │ │ │ │ +            [936, "pair-style-vashishta-table-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style hbond/dreiding/lj command": [
│ │ │ │ │ -            [842, "pair-style-hbond-dreiding-lj-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style sw/angle/table command": [
│ │ │ │ │ +            [925, "pair-style-sw-angle-table-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style hbond/dreiding/morse command": [
│ │ │ │ │ -            [842, "pair-style-hbond-dreiding-morse-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style sw command": [
│ │ │ │ │ +            [924, "pair-style-sw-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style kolmogorov/crespi/z command": [
│ │ │ │ │ -            [849, "pair-style-kolmogorov-crespi-z-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style sw/mod command": [
│ │ │ │ │ +            [924, "pair-style-sw-mod-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style kolmogorov/crespi/full command": [
│ │ │ │ │ -            [848, "pair-style-kolmogorov-crespi-full-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style tersoff/zbl command": [
│ │ │ │ │ +            [930, "pair-style-tersoff-zbl-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/cut command": [
│ │ │ │ │ -            [855, "pair-style-lj-cut-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style command": [
│ │ │ │ │ +            [923, "pair-style-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style hybrid command": [
│ │ │ │ │ -            [844, "pair-style-hybrid-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style tersoff/mod command": [
│ │ │ │ │ +            [929, "pair-style-tersoff-mod-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style hybrid/overlay command": [
│ │ │ │ │ -            [844, "pair-style-hybrid-overlay-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style tersoff/mod/c command": [
│ │ │ │ │ +            [929, "pair-style-tersoff-mod-c-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style hybrid/scaled command": [
│ │ │ │ │ -            [844, "pair-style-hybrid-scaled-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style srp command": [
│ │ │ │ │ +            [922, "pair-style-srp-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/expand command": [
│ │ │ │ │ -            [861, "pair-style-lj-expand-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style srp/react command": [
│ │ │ │ │ +            [922, "pair-style-srp-react-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/expand/coul/long command": [
│ │ │ │ │ -            [861, "pair-style-lj-expand-coul-long-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style spin/magelec command": [
│ │ │ │ │ +            [920, "pair-style-spin-magelec-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style tri/lj command": [
│ │ │ │ │ -            [934, "pair-style-tri-lj-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style ylz command": [
│ │ │ │ │ +            [939, "pair-style-ylz-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "pair_style thole command": [
│ │ │ │ │              [931, "pair-style-thole-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "pair_style lj/cut/thole/long command": [
│ │ │ │ │              [931, "pair-style-lj-cut-thole-long-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style tersoff/zbl command": [
│ │ │ │ │ -            [930, "pair-style-tersoff-zbl-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style tracker command": [
│ │ │ │ │ +            [933, "pair-style-tracker-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style ufm command": [
│ │ │ │ │ -            [935, "pair-style-ufm-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style table command": [
│ │ │ │ │ +            [926, "pair-style-table-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style sw command": [
│ │ │ │ │ -            [924, "pair-style-sw-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style table/rx command": [
│ │ │ │ │ +            [927, "pair-style-table-rx-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style sw/mod command": [
│ │ │ │ │ -            [924, "pair-style-sw-mod-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style ufm command": [
│ │ │ │ │ +            [935, "pair-style-ufm-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "pair_write command": [
│ │ │ │ │              [938, "pair-write-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style zbl command": [
│ │ │ │ │ -            [942, "pair-style-zbl-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style wf/cut command": [
│ │ │ │ │ +            [937, "pair-style-wf-cut-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style vashishta command": [
│ │ │ │ │ -            [936, "pair-style-vashishta-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style spin/neel command": [
│ │ │ │ │ +            [921, "pair-style-spin-neel-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style vashishta/table command": [
│ │ │ │ │ -            [936, "pair-style-vashishta-table-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style tersoff command": [
│ │ │ │ │ +            [928, "pair-style-tersoff-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style command": [
│ │ │ │ │ -            [923, "pair-style-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style tersoff/table command": [
│ │ │ │ │ +            [928, "pair-style-tersoff-table-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style yukawa command": [
│ │ │ │ │ -            [940, "pair-style-yukawa-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style threebody/table command": [
│ │ │ │ │ +            [932, "pair-style-threebody-table-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style zero command": [
│ │ │ │ │ -            [943, "pair-style-zero-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style tri/lj command": [
│ │ │ │ │ +            [934, "pair-style-tri-lj-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style spin/magelec command": [
│ │ │ │ │ -            [920, "pair-style-spin-magelec-command"]
│ │ │ │ │ +        "read_dump command": [
│ │ │ │ │ +            [953, "read-dump-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style threebody/table command": [
│ │ │ │ │ -            [932, "pair-style-threebody-table-command"]
│ │ │ │ │ +        "partition command": [
│ │ │ │ │ +            [945, "partition-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style ylz command": [
│ │ │ │ │ -            [939, "pair-style-ylz-command"]
│ │ │ │ │ +        "python command": [
│ │ │ │ │ +            [950, "python-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style sw/angle/table command": [
│ │ │ │ │ -            [925, "pair-style-sw-angle-table-command"]
│ │ │ │ │ +        "plugin command": [
│ │ │ │ │ +            [946, "plugin-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style yukawa/colloid command": [
│ │ │ │ │ -            [941, "pair-style-yukawa-colloid-command"]
│ │ │ │ │ +        "Automatic loading of plugins": [
│ │ │ │ │ +            [946, null]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style tersoff/mod command": [
│ │ │ │ │ -            [929, "pair-style-tersoff-mod-command"]
│ │ │ │ │ +        "read_data command": [
│ │ │ │ │ +            [952, "read-data-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style tersoff/mod/c command": [
│ │ │ │ │ -            [929, "pair-style-tersoff-mod-c-command"]
│ │ │ │ │ +        "Reading multiple data files": [
│ │ │ │ │ +            [952, "reading-multiple-data-files"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style spin/exchange command": [
│ │ │ │ │ -            [919, "pair-style-spin-exchange-command"]
│ │ │ │ │ +        "Format of a data file": [
│ │ │ │ │ +            [952, "format-of-a-data-file"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style spin/exchange/biquadratic command": [
│ │ │ │ │ -            [919, "pair-style-spin-exchange-biquadratic-command"]
│ │ │ │ │ +        "Format of the header of a data file": [
│ │ │ │ │ +            [952, "format-of-the-header-of-a-data-file"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style table/rx command": [
│ │ │ │ │ -            [927, "pair-style-table-rx-command"]
│ │ │ │ │ +        "Format of the body of a data file": [
│ │ │ │ │ +            [952, "format-of-the-body-of-a-data-file"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style spin/dmi command": [
│ │ │ │ │ -            [918, "pair-style-spin-dmi-command"]
│ │ │ │ │ +        "read_restart command": [
│ │ │ │ │ +            [954, "read-restart-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Pair Styles": [
│ │ │ │ │ -            [944, "pair-styles"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style zero command": [
│ │ │ │ │ +            [943, "pair-style-zero-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style tracker command": [
│ │ │ │ │ -            [933, "pair-style-tracker-command"]
│ │ │ │ │ +        "print command": [
│ │ │ │ │ +            [948, "print-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style wf/cut command": [
│ │ │ │ │ -            [937, "pair-style-wf-cut-command"]
│ │ │ │ │ +        "prd command": [
│ │ │ │ │ +            [947, "prd-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style table command": [
│ │ │ │ │ -            [926, "pair-style-table-command"]
│ │ │ │ │ +        "region command": [
│ │ │ │ │ +            [955, "region-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style tersoff command": [
│ │ │ │ │ -            [928, "pair-style-tersoff-command"]
│ │ │ │ │ +        "replicate command": [
│ │ │ │ │ +            [956, "replicate-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style tersoff/table command": [
│ │ │ │ │ -            [928, "pair-style-tersoff-table-command"]
│ │ │ │ │ +        "rerun command": [
│ │ │ │ │ +            [957, "rerun-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style spin/neel command": [
│ │ │ │ │ -            [921, "pair-style-spin-neel-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style yukawa/colloid command": [
│ │ │ │ │ +            [941, "pair-style-yukawa-colloid-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style srp command": [
│ │ │ │ │ -            [922, "pair-style-srp-command"]
│ │ │ │ │ +        "quit command": [
│ │ │ │ │ +            [951, "quit-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style srp/react command": [
│ │ │ │ │ -            [922, "pair-style-srp-react-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style zbl command": [
│ │ │ │ │ +            [942, "pair-style-zbl-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lubricate command": [
│ │ │ │ │ -            [869, "pair-style-lubricate-command"]
│ │ │ │ │ +        "reset_timestep command": [
│ │ │ │ │ +            [959, "reset-timestep-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lubricate/poly command": [
│ │ │ │ │ -            [869, "pair-style-lubricate-poly-command"]
│ │ │ │ │ +        "Pair Styles": [
│ │ │ │ │ +            [944, "pair-styles"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_modify command": [
│ │ │ │ │ -            [880, "pair-modify-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style yukawa command": [
│ │ │ │ │ +            [940, "pair-style-yukawa-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style none command": [
│ │ │ │ │ -            [887, "pair-style-none-command"]
│ │ │ │ │ +        "processors command": [
│ │ │ │ │ +            [949, "processors-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/relres command": [
│ │ │ │ │ -            [864, "pair-style-lj-relres-command"]
│ │ │ │ │ +        "reset_atoms command": [
│ │ │ │ │ +            [958, "reset-atoms-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/smooth/linear command": [
│ │ │ │ │ -            [866, "pair-style-lj-smooth-linear-command"]
│ │ │ │ │ +        "Defaults": [
│ │ │ │ │ +            [958, "defaults"],
│ │ │ │ │ +            [897, "defaults"],
│ │ │ │ │ +            [725, "defaults"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style multi/lucy/rx command": [
│ │ │ │ │ -            [884, "pair-style-multi-lucy-rx-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style morse command": [
│ │ │ │ │ +            [882, "pair-style-morse-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style nb3b/harmonic command": [
│ │ │ │ │ -            [885, "pair-style-nb3b-harmonic-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style morse/smooth/linear command": [
│ │ │ │ │ +            [882, "pair-style-morse-smooth-linear-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style nb3b/screened command": [
│ │ │ │ │ -            [885, "pair-style-nb3b-screened-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style reaxff command": [
│ │ │ │ │ +            [898, "pair-style-reaxff-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style local/density command": [
│ │ │ │ │ -            [868, "pair-style-local-density-command"]
│ │ │ │ │ +        "Control file": [
│ │ │ │ │ +            [898, "control-file"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style oxdna2/excv command": [
│ │ │ │ │ -            [889, "pair-style-oxdna2-excv-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style quip command": [
│ │ │ │ │ +            [896, "pair-style-quip-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style oxdna2/stk command": [
│ │ │ │ │ -            [889, "pair-style-oxdna2-stk-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style python command": [
│ │ │ │ │ +            [895, "pair-style-python-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style oxdna2/hbond command": [
│ │ │ │ │ -            [889, "pair-style-oxdna2-hbond-command"]
│ │ │ │ │ +        "Performance Impact": [
│ │ │ │ │ +            [895, null]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style oxdna2/xstk command": [
│ │ │ │ │ -            [889, "pair-style-oxdna2-xstk-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style rann command": [
│ │ │ │ │ +            [897, "pair-style-rann-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style oxdna2/coaxstk command": [
│ │ │ │ │ -            [889, "pair-style-oxdna2-coaxstk-command"]
│ │ │ │ │ +        "Potential file syntax": [
│ │ │ │ │ +            [897, "potential-file-syntax"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style oxdna2/dh command": [
│ │ │ │ │ -            [889, "pair-style-oxdna2-dh-command"]
│ │ │ │ │ +        "Formulation": [
│ │ │ │ │ +            [897, "formulation"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style nm/cut command": [
│ │ │ │ │ -            [886, "pair-style-nm-cut-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style multi/lucy command": [
│ │ │ │ │ +            [883, "pair-style-multi-lucy-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style nm/cut/split command": [
│ │ │ │ │ -            [886, "pair-style-nm-cut-split-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style pace command": [
│ │ │ │ │ +            [891, "pair-style-pace-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "pair_style pace/extrapolation command": [
│ │ │ │ │ +            [891, "pair-style-pace-extrapolation-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style nm/cut/coul/cut command": [
│ │ │ │ │ -            [886, "pair-style-nm-cut-coul-cut-command"]
│ │ │ │ │ +        "Extrapolation grade": [
│ │ │ │ │ +            [891, "extrapolation-grade"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style nm/cut/coul/long command": [
│ │ │ │ │ -            [886, "pair-style-nm-cut-coul-long-command"]
│ │ │ │ │ +        "Core repulsion": [
│ │ │ │ │ +            [891, "core-repulsion"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style mliap command": [
│ │ │ │ │ -            [879, "pair-style-mliap-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style nb3b/harmonic command": [
│ │ │ │ │ +            [885, "pair-style-nb3b-harmonic-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Notes on mliappy models": [
│ │ │ │ │ -            [879, null]
│ │ │ │ │ +        "pair_style nb3b/screened command": [
│ │ │ │ │ +            [885, "pair-style-nb3b-screened-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lubricateU command": [
│ │ │ │ │ -            [870, "pair-style-lubricateu-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style polymorphic command": [
│ │ │ │ │ +            [894, "pair-style-polymorphic-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lubricateU/poly command": [
│ │ │ │ │ -            [870, "pair-style-lubricateu-poly-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style pod command": [
│ │ │ │ │ +            [893, "pair-style-pod-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style meam/sw/spline command": [
│ │ │ │ │ -            [874, "pair-style-meam-sw-spline-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style resquared command": [
│ │ │ │ │ +            [899, "pair-style-resquared-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "pair_style oxrna2/excv command": [
│ │ │ │ │              [890, "pair-style-oxrna2-excv-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "pair_style oxrna2/stk command": [
│ │ │ │ │              [890, "pair-style-oxrna2-stk-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ @@ -25133,43 +25980,67 @@
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "pair_style oxrna2/coaxstk command": [
│ │ │ │ │              [890, "pair-style-oxrna2-coaxstk-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "pair_style oxrna2/dh command": [
│ │ │ │ │              [890, "pair-style-oxrna2-dh-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style mie/cut command": [
│ │ │ │ │ -            [878, "pair-style-mie-cut-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style momb command": [
│ │ │ │ │ +            [881, "pair-style-momb-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style meam/spline command": [
│ │ │ │ │ -            [873, "pair-style-meam-spline-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style peri/pmb command": [
│ │ │ │ │ +            [892, "pair-style-peri-pmb-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style meam command": [
│ │ │ │ │ -            [872, "pair-style-meam-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style peri/lps command": [
│ │ │ │ │ +            [892, "pair-style-peri-lps-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style meam/ms command": [
│ │ │ │ │ -            [872, "pair-style-meam-ms-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style peri/ves command": [
│ │ │ │ │ +            [892, "pair-style-peri-ves-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style multi/lucy command": [
│ │ │ │ │ -            [883, "pair-style-multi-lucy-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style peri/eps command": [
│ │ │ │ │ +            [892, "pair-style-peri-eps-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style momb command": [
│ │ │ │ │ -            [881, "pair-style-momb-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style nm/cut command": [
│ │ │ │ │ +            [886, "pair-style-nm-cut-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style morse command": [
│ │ │ │ │ -            [882, "pair-style-morse-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style nm/cut/split command": [
│ │ │ │ │ +            [886, "pair-style-nm-cut-split-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style morse/smooth/linear command": [
│ │ │ │ │ -            [882, "pair-style-morse-smooth-linear-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style nm/cut/coul/cut command": [
│ │ │ │ │ +            [886, "pair-style-nm-cut-coul-cut-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/switch3/coulgauss/long command": [
│ │ │ │ │ -            [867, "pair-style-lj-switch3-coulgauss-long-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style nm/cut/coul/long command": [
│ │ │ │ │ +            [886, "pair-style-nm-cut-coul-long-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style mm3/switch3/coulgauss/long command": [
│ │ │ │ │ -            [867, "pair-style-mm3-switch3-coulgauss-long-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style multi/lucy/rx command": [
│ │ │ │ │ +            [884, "pair-style-multi-lucy-rx-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "pair_style none command": [
│ │ │ │ │ +            [887, "pair-style-none-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "pair_modify command": [
│ │ │ │ │ +            [880, "pair-modify-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "pair_style oxdna2/excv command": [
│ │ │ │ │ +            [889, "pair-style-oxdna2-excv-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "pair_style oxdna2/stk command": [
│ │ │ │ │ +            [889, "pair-style-oxdna2-stk-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "pair_style oxdna2/hbond command": [
│ │ │ │ │ +            [889, "pair-style-oxdna2-hbond-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "pair_style oxdna2/xstk command": [
│ │ │ │ │ +            [889, "pair-style-oxdna2-xstk-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "pair_style oxdna2/coaxstk command": [
│ │ │ │ │ +            [889, "pair-style-oxdna2-coaxstk-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "pair_style oxdna2/dh command": [
│ │ │ │ │ +            [889, "pair-style-oxdna2-dh-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "pair_style oxdna/excv command": [
│ │ │ │ │              [888, "pair-style-oxdna-excv-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "pair_style oxdna/stk command": [
│ │ │ │ │              [888, "pair-style-oxdna-stk-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ @@ -25178,299 +26049,281 @@
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "pair_style oxdna/xstk command": [
│ │ │ │ │              [888, "pair-style-oxdna-xstk-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "pair_style oxdna/coaxstk command": [
│ │ │ │ │              [888, "pair-style-oxdna-coaxstk-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style mesocnt command": [
│ │ │ │ │ -            [875, "pair-style-mesocnt-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style local/density command": [
│ │ │ │ │ +            [868, "pair-style-local-density-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style mesocnt/viscous command": [
│ │ │ │ │ -            [875, "pair-style-mesocnt-viscous-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/mdf command": [
│ │ │ │ │ +            [871, "pair-style-lj-mdf-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "pair_style buck/mdf command": [
│ │ │ │ │ +            [871, "pair-style-buck-mdf-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "pair_style lennard/mdf command": [
│ │ │ │ │ +            [871, "pair-style-lennard-mdf-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "pair_style lubricate command": [
│ │ │ │ │ +            [869, "pair-style-lubricate-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "pair_style lubricate/poly command": [
│ │ │ │ │ +            [869, "pair-style-lubricate-poly-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "pair_style meam/sw/spline command": [
│ │ │ │ │ +            [874, "pair-style-meam-sw-spline-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "pair_style edpd command": [
│ │ │ │ │              [876, "pair-style-edpd-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "pair_style mdpd command": [
│ │ │ │ │              [876, "pair-style-mdpd-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "pair_style mdpd/rhosum command": [
│ │ │ │ │              [876, "pair-style-mdpd-rhosum-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "pair_style tdpd command": [
│ │ │ │ │              [876, "pair-style-tdpd-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Example scripts": [
│ │ │ │ │ -            [876, "example-scripts"],
│ │ │ │ │ -            [60, "example-scripts"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/mdf command": [
│ │ │ │ │ -            [871, "pair-style-lj-mdf-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style buck/mdf command": [
│ │ │ │ │ -            [871, "pair-style-buck-mdf-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lennard/mdf command": [
│ │ │ │ │ -            [871, "pair-style-lennard-mdf-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style mliap command": [
│ │ │ │ │ +            [879, "pair-style-mliap-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/smooth command": [
│ │ │ │ │ -            [865, "pair-style-lj-smooth-command"]
│ │ │ │ │ +        "Notes on mliappy models": [
│ │ │ │ │ +            [879, null]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "pair_style mgpt command": [
│ │ │ │ │              [877, "pair-style-mgpt-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style awpmd/cut command": [
│ │ │ │ │ -            [795, "pair-style-awpmd-cut-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style buck/long/coul/long command": [
│ │ │ │ │ -            [807, "pair-style-buck-long-coul-long-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "neb/spin command": [
│ │ │ │ │ -            [783, "neb-spin-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/expand/sphere command": [
│ │ │ │ │ +            [862, "pair-style-lj-expand-sphere-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style born/gauss command": [
│ │ │ │ │ -            [802, "pair-style-born-gauss-command"]
│ │ │ │ │ +        "Notes on cutoffs, neighbor lists, and efficiency": [
│ │ │ │ │ +            [862, null],
│ │ │ │ │ +            [859, null]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style born command": [
│ │ │ │ │ -            [801, "pair-style-born-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/expand command": [
│ │ │ │ │ +            [861, "pair-style-lj-expand-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style born/coul/long command": [
│ │ │ │ │ -            [801, "pair-style-born-coul-long-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/expand/coul/long command": [
│ │ │ │ │ +            [861, "pair-style-lj-expand-coul-long-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style born/coul/msm command": [
│ │ │ │ │ -            [801, "pair-style-born-coul-msm-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style meam command": [
│ │ │ │ │ +            [872, "pair-style-meam-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style born/coul/wolf command": [
│ │ │ │ │ -            [801, "pair-style-born-coul-wolf-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style meam/ms command": [
│ │ │ │ │ +            [872, "pair-style-meam-ms-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style born/coul/dsf command": [
│ │ │ │ │ -            [801, "pair-style-born-coul-dsf-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/smooth command": [
│ │ │ │ │ +            [865, "pair-style-lj-smooth-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "next command": [
│ │ │ │ │ -            [787, "next-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/switch3/coulgauss/long command": [
│ │ │ │ │ +            [867, "pair-style-lj-switch3-coulgauss-long-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style amoeba command": [
│ │ │ │ │ -            [793, "pair-style-amoeba-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style mm3/switch3/coulgauss/long command": [
│ │ │ │ │ +            [867, "pair-style-mm3-switch3-coulgauss-long-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style hippo command": [
│ │ │ │ │ -            [793, "pair-style-hippo-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lubricateU command": [
│ │ │ │ │ +            [870, "pair-style-lubricateu-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Additional info": [
│ │ │ │ │ -            [793, "additional-info"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lubricateU/poly command": [
│ │ │ │ │ +            [870, "pair-style-lubricateu-poly-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style agni command": [
│ │ │ │ │ -            [790, "pair-style-agni-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/relres command": [
│ │ │ │ │ +            [864, "pair-style-lj-relres-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "newton command": [
│ │ │ │ │ -            [786, "newton-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style mie/cut command": [
│ │ │ │ │ +            [878, "pair-style-mie-cut-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style buck6d/coul/gauss/dsf command": [
│ │ │ │ │ -            [806, "pair-style-buck6d-coul-gauss-dsf-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style meam/spline command": [
│ │ │ │ │ +            [873, "pair-style-meam-spline-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style buck6d/coul/gauss/long command": [
│ │ │ │ │ -            [806, "pair-style-buck6d-coul-gauss-long-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/smooth/linear command": [
│ │ │ │ │ +            [866, "pair-style-lj-smooth-linear-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style adp command": [
│ │ │ │ │ -            [789, "pair-style-adp-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style mesocnt command": [
│ │ │ │ │ +            [875, "pair-style-mesocnt-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/charmm/coul/charmm command": [
│ │ │ │ │ -            [808, "pair-style-lj-charmm-coul-charmm-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style mesocnt/viscous command": [
│ │ │ │ │ +            [875, "pair-style-mesocnt-viscous-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/charmm/coul/charmm/implicit command": [
│ │ │ │ │ -            [808, "pair-style-lj-charmm-coul-charmm-implicit-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/long/coul/long command": [
│ │ │ │ │ +            [863, "pair-style-lj-long-coul-long-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/charmm/coul/long command": [
│ │ │ │ │ -            [808, "pair-style-lj-charmm-coul-long-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/long/tip4p/long command": [
│ │ │ │ │ +            [863, "pair-style-lj-long-tip4p-long-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/charmm/coul/msm command": [
│ │ │ │ │ -            [808, "pair-style-lj-charmm-coul-msm-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/cut/tip4p/cut command": [
│ │ │ │ │ +            [860, "pair-style-lj-cut-tip4p-cut-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/charmmfsw/coul/charmmfsh command": [
│ │ │ │ │ -            [808, "pair-style-lj-charmmfsw-coul-charmmfsh-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/cut/tip4p/long command": [
│ │ │ │ │ +            [860, "pair-style-lj-cut-tip4p-long-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/charmmfsw/coul/long command": [
│ │ │ │ │ -            [808, "pair-style-lj-charmmfsw-coul-long-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style kolmogorov/crespi/z command": [
│ │ │ │ │ +            [849, "pair-style-kolmogorov-crespi-z-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style aip/water/2dm command": [
│ │ │ │ │ -            [791, "pair-style-aip-water-2dm-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style list command": [
│ │ │ │ │ +            [854, "pair-style-list-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "neighbor command": [
│ │ │ │ │ -            [785, "neighbor-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/cut/coul/cut command": [
│ │ │ │ │ +            [858, "pair-style-lj-cut-coul-cut-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style body/rounded/polyhedron command": [
│ │ │ │ │ -            [799, "pair-style-body-rounded-polyhedron-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/cut/coul/debye command": [
│ │ │ │ │ +            [858, "pair-style-lj-cut-coul-debye-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style beck command": [
│ │ │ │ │ -            [796, "pair-style-beck-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/cut/coul/dsf command": [
│ │ │ │ │ +            [858, "pair-style-lj-cut-coul-dsf-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style body/nparticle command": [
│ │ │ │ │ -            [797, "pair-style-body-nparticle-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/cut/coul/long command": [
│ │ │ │ │ +            [858, "pair-style-lj-cut-coul-long-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style bop command": [
│ │ │ │ │ -            [800, "pair-style-bop-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/cut/coul/msm command": [
│ │ │ │ │ +            [858, "pair-style-lj-cut-coul-msm-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style airebo command": [
│ │ │ │ │ -            [792, "pair-style-airebo-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/cut/coul/wolf command": [
│ │ │ │ │ +            [858, "pair-style-lj-cut-coul-wolf-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style airebo/morse command": [
│ │ │ │ │ -            [792, "pair-style-airebo-morse-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lepton command": [
│ │ │ │ │ +            [852, "pair-style-lepton-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style rebo command": [
│ │ │ │ │ -            [792, "pair-style-rebo-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style gw command": [
│ │ │ │ │ +            [840, "pair-style-gw-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "package command": [
│ │ │ │ │ -            [788, "package-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style gw/zbl command": [
│ │ │ │ │ +            [840, "pair-style-gw-zbl-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style atm command": [
│ │ │ │ │ -            [794, "pair-style-atm-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/cubic command": [
│ │ │ │ │ +            [857, "pair-style-lj-cubic-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style brownian command": [
│ │ │ │ │ -            [804, "pair-style-brownian-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style hybrid command": [
│ │ │ │ │ +            [844, "pair-style-hybrid-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style brownian/poly command": [
│ │ │ │ │ -            [804, "pair-style-brownian-poly-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style hybrid/overlay command": [
│ │ │ │ │ +            [844, "pair-style-hybrid-overlay-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style body/rounded/polygon command": [
│ │ │ │ │ -            [798, "pair-style-body-rounded-polygon-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style hybrid/scaled command": [
│ │ │ │ │ +            [844, "pair-style-hybrid-scaled-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "neigh_modify command": [
│ │ │ │ │ -            [784, "neigh-modify-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style ilp/graphene/hbn command": [
│ │ │ │ │ +            [845, "pair-style-ilp-graphene-hbn-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Impact of neighbor list settings": [
│ │ │ │ │ -            [784, null]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj96/cut command": [
│ │ │ │ │ +            [856, "pair-style-lj96-cut-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/class2 command": [
│ │ │ │ │ -            [809, "pair-style-lj-class2-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style hbond/dreiding/lj command": [
│ │ │ │ │ +            [842, "pair-style-hbond-dreiding-lj-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/class2/coul/cut command": [
│ │ │ │ │ -            [809, "pair-style-lj-class2-coul-cut-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style hbond/dreiding/morse command": [
│ │ │ │ │ +            [842, "pair-style-hbond-dreiding-morse-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/class2/coul/long command": [
│ │ │ │ │ -            [809, "pair-style-lj-class2-coul-long-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style ilp/tmd command": [
│ │ │ │ │ +            [846, "pair-style-ilp-tmd-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style buck command": [
│ │ │ │ │ -            [805, "pair-style-buck-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style harmonic/cut command": [
│ │ │ │ │ +            [841, "pair-style-harmonic-cut-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style buck/coul/cut command": [
│ │ │ │ │ -            [805, "pair-style-buck-coul-cut-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/cut/sphere command": [
│ │ │ │ │ +            [859, "pair-style-lj-cut-sphere-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style buck/coul/long command": [
│ │ │ │ │ -            [805, "pair-style-buck-coul-long-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style kim command": [
│ │ │ │ │ +            [847, "pair-style-kim-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style buck/coul/msm command": [
│ │ │ │ │ -            [805, "pair-style-buck-coul-msm-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style kolmogorov/crespi/full command": [
│ │ │ │ │ +            [848, "pair-style-kolmogorov-crespi-full-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style bpm/spring command": [
│ │ │ │ │ -            [803, "pair-style-bpm-spring-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lcbop command": [
│ │ │ │ │ +            [850, "pair-style-lcbop-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/cut/dipole/cut command": [
│ │ │ │ │ -            [821, "pair-style-lj-cut-dipole-cut-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style hdnnp command": [
│ │ │ │ │ +            [843, "pair-style-hdnnp-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/sf/dipole/sf command": [
│ │ │ │ │ -            [821, "pair-style-lj-sf-dipole-sf-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lebedeva/z command": [
│ │ │ │ │ +            [851, "pair-style-lebedeva-z-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/cut/dipole/long command": [
│ │ │ │ │ -            [821, "pair-style-lj-cut-dipole-long-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/cut command": [
│ │ │ │ │ +            [855, "pair-style-lj-cut-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/long/dipole/long command": [
│ │ │ │ │ -            [821, "pair-style-lj-long-dipole-long-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style line/lj command": [
│ │ │ │ │ +            [853, "pair-style-line-lj-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "pair_coeff command": [
│ │ │ │ │              [810, "pair-coeff-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style gauss command": [
│ │ │ │ │ -            [835, "pair-style-gauss-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style gauss/cut command": [
│ │ │ │ │ -            [835, "pair-style-gauss-cut-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style dpd/ext command": [
│ │ │ │ │ -            [823, "pair-style-dpd-ext-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style dpd/ext/tstat command": [
│ │ │ │ │ -            [823, "pair-style-dpd-ext-tstat-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style eff/cut command": [
│ │ │ │ │ -            [830, "pair-style-eff-cut-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style eim command": [
│ │ │ │ │ -            [831, "pair-style-eim-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style edip command": [
│ │ │ │ │ -            [829, "pair-style-edip-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style bpm/spring command": [
│ │ │ │ │ +            [803, "pair-style-bpm-spring-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style edip/multi command": [
│ │ │ │ │ -            [829, "pair-style-edip-multi-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style comb command": [
│ │ │ │ │ +            [812, "pair-style-comb-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style coul/tt command": [
│ │ │ │ │ -            [818, "pair-style-coul-tt-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style comb3 command": [
│ │ │ │ │ +            [812, "pair-style-comb3-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style coul/shield command": [
│ │ │ │ │ -            [816, "pair-style-coul-shield-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style buck6d/coul/gauss/dsf command": [
│ │ │ │ │ +            [806, "pair-style-buck6d-coul-gauss-dsf-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style extep command": [
│ │ │ │ │ -            [833, "pair-style-extep-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style buck6d/coul/gauss/long command": [
│ │ │ │ │ +            [806, "pair-style-buck6d-coul-gauss-long-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/cut/soft command": [
│ │ │ │ │ -            [834, "pair-style-lj-cut-soft-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style cosine/squared command": [
│ │ │ │ │ +            [813, "pair-style-cosine-squared-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/cut/coul/cut/soft command": [
│ │ │ │ │ -            [834, "pair-style-lj-cut-coul-cut-soft-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style bop command": [
│ │ │ │ │ +            [800, "pair-style-bop-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/cut/coul/long/soft command": [
│ │ │ │ │ -            [834, "pair-style-lj-cut-coul-long-soft-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style buck/long/coul/long command": [
│ │ │ │ │ +            [807, "pair-style-buck-long-coul-long-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/cut/tip4p/long/soft command": [
│ │ │ │ │ -            [834, "pair-style-lj-cut-tip4p-long-soft-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style coul/diel command": [
│ │ │ │ │ +            [815, "pair-style-coul-diel-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/charmm/coul/long/soft command": [
│ │ │ │ │ -            [834, "pair-style-lj-charmm-coul-long-soft-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style colloid command": [
│ │ │ │ │ +            [811, "pair-style-colloid-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/class2/soft command": [
│ │ │ │ │ -            [834, "pair-style-lj-class2-soft-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style born/coul/dsf/cs command": [
│ │ │ │ │ +            [819, "pair-style-born-coul-dsf-cs-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/class2/coul/cut/soft command": [
│ │ │ │ │ -            [834, "pair-style-lj-class2-coul-cut-soft-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style born/coul/long/cs command": [
│ │ │ │ │ +            [819, "pair-style-born-coul-long-cs-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/class2/coul/long/soft command": [
│ │ │ │ │ -            [834, "pair-style-lj-class2-coul-long-soft-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style born/coul/wolf/cs command": [
│ │ │ │ │ +            [819, "pair-style-born-coul-wolf-cs-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style coul/cut/soft command": [
│ │ │ │ │ -            [834, "pair-style-coul-cut-soft-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style buck/coul/long/cs command": [
│ │ │ │ │ +            [819, "pair-style-buck-coul-long-cs-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style coul/long/soft command": [
│ │ │ │ │ -            [834, "pair-style-coul-long-soft-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style coul/long/cs command": [
│ │ │ │ │ +            [819, "pair-style-coul-long-cs-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style tip4p/long/soft command": [
│ │ │ │ │ -            [834, "pair-style-tip4p-long-soft-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style coul/wolf/cs command": [
│ │ │ │ │ +            [819, "pair-style-coul-wolf-cs-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style morse/soft command": [
│ │ │ │ │ -            [834, "pair-style-morse-soft-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/cut/coul/long/cs command": [
│ │ │ │ │ +            [819, "pair-style-lj-cut-coul-long-cs-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style gayberne command": [
│ │ │ │ │ -            [836, "pair-style-gayberne-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/class2/coul/long/cs command": [
│ │ │ │ │ +            [819, "pair-style-lj-class2-coul-long-cs-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style coul/slater command": [
│ │ │ │ │ -            [817, "pair-style-coul-slater-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/charmm/coul/charmm command": [
│ │ │ │ │ +            [808, "pair-style-lj-charmm-coul-charmm-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style coul/slater/cut command": [
│ │ │ │ │ -            [817, "pair-style-coul-slater-cut-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/charmm/coul/charmm/implicit command": [
│ │ │ │ │ +            [808, "pair-style-lj-charmm-coul-charmm-implicit-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style coul/slater/long command": [
│ │ │ │ │ -            [817, "pair-style-coul-slater-long-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/charmm/coul/long command": [
│ │ │ │ │ +            [808, "pair-style-lj-charmm-coul-long-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style dpd/fdt command": [
│ │ │ │ │ -            [824, "pair-style-dpd-fdt-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/charmm/coul/msm command": [
│ │ │ │ │ +            [808, "pair-style-lj-charmm-coul-msm-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style dpd/fdt/energy command": [
│ │ │ │ │ -            [824, "pair-style-dpd-fdt-energy-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/charmmfsw/coul/charmmfsh command": [
│ │ │ │ │ +            [808, "pair-style-lj-charmmfsw-coul-charmmfsh-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style coul/diel command": [
│ │ │ │ │ -            [815, "pair-style-coul-diel-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/charmmfsw/coul/long command": [
│ │ │ │ │ +            [808, "pair-style-lj-charmmfsw-coul-long-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "pair_style coul/cut command": [
│ │ │ │ │              [814, "pair-style-coul-cut-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "pair_style coul/debye command": [
│ │ │ │ │              [814, "pair-style-coul-debye-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ @@ -25497,569 +26350,443 @@
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "pair_style tip4p/cut command": [
│ │ │ │ │              [814, "pair-style-tip4p-cut-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "pair_style tip4p/long command": [
│ │ │ │ │              [814, "pair-style-tip4p-long-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style dsmc command": [
│ │ │ │ │ -            [826, "pair-style-dsmc-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style drip command": [
│ │ │ │ │ -            [825, "pair-style-drip-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style comb command": [
│ │ │ │ │ -            [812, "pair-style-comb-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style comb3 command": [
│ │ │ │ │ -            [812, "pair-style-comb3-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style dpd command": [
│ │ │ │ │ -            [822, "pair-style-dpd-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style dpd/tstat command": [
│ │ │ │ │ -            [822, "pair-style-dpd-tstat-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style coul/cut/dielectric command": [
│ │ │ │ │ -            [820, "pair-style-coul-cut-dielectric-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style coul/long/dielectric command": [
│ │ │ │ │ -            [820, "pair-style-coul-long-dielectric-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/cut/coul/cut/dielectric command": [
│ │ │ │ │ -            [820, "pair-style-lj-cut-coul-cut-dielectric-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/cut/coul/debye/dielectric command": [
│ │ │ │ │ -            [820, "pair-style-lj-cut-coul-debye-dielectric-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/cut/coul/long/dielectric command": [
│ │ │ │ │ -            [820, "pair-style-lj-cut-coul-long-dielectric-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style born/gauss command": [
│ │ │ │ │ +            [802, "pair-style-born-gauss-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/cut/coul/msm/dielectric command": [
│ │ │ │ │ -            [820, "pair-style-lj-cut-coul-msm-dielectric-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style buck command": [
│ │ │ │ │ +            [805, "pair-style-buck-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/long/coul/long/dielectric command": [
│ │ │ │ │ -            [820, "pair-style-lj-long-coul-long-dielectric-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style buck/coul/cut command": [
│ │ │ │ │ +            [805, "pair-style-buck-coul-cut-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style colloid command": [
│ │ │ │ │ -            [811, "pair-style-colloid-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style buck/coul/long command": [
│ │ │ │ │ +            [805, "pair-style-buck-coul-long-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style cosine/squared command": [
│ │ │ │ │ -            [813, "pair-style-cosine-squared-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style buck/coul/msm command": [
│ │ │ │ │ +            [805, "pair-style-buck-coul-msm-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style e3b command": [
│ │ │ │ │ -            [827, "pair-style-e3b-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style coul/shield command": [
│ │ │ │ │ +            [816, "pair-style-coul-shield-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style born/coul/dsf/cs command": [
│ │ │ │ │ -            [819, "pair-style-born-coul-dsf-cs-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style born command": [
│ │ │ │ │ +            [801, "pair-style-born-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style born/coul/long/cs command": [
│ │ │ │ │ -            [819, "pair-style-born-coul-long-cs-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style born/coul/long command": [
│ │ │ │ │ +            [801, "pair-style-born-coul-long-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style born/coul/wolf/cs command": [
│ │ │ │ │ -            [819, "pair-style-born-coul-wolf-cs-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style born/coul/msm command": [
│ │ │ │ │ +            [801, "pair-style-born-coul-msm-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style buck/coul/long/cs command": [
│ │ │ │ │ -            [819, "pair-style-buck-coul-long-cs-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style born/coul/wolf command": [
│ │ │ │ │ +            [801, "pair-style-born-coul-wolf-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style coul/long/cs command": [
│ │ │ │ │ -            [819, "pair-style-coul-long-cs-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style born/coul/dsf command": [
│ │ │ │ │ +            [801, "pair-style-born-coul-dsf-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style coul/wolf/cs command": [
│ │ │ │ │ -            [819, "pair-style-coul-wolf-cs-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style coul/tt command": [
│ │ │ │ │ +            [818, "pair-style-coul-tt-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/cut/coul/long/cs command": [
│ │ │ │ │ -            [819, "pair-style-lj-cut-coul-long-cs-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style coul/slater command": [
│ │ │ │ │ +            [817, "pair-style-coul-slater-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style lj/class2/coul/long/cs command": [
│ │ │ │ │ -            [819, "pair-style-lj-class2-coul-long-cs-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style coul/slater/cut command": [
│ │ │ │ │ +            [817, "pair-style-coul-slater-cut-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style exp6/rx command": [
│ │ │ │ │ -            [832, "pair-style-exp6-rx-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style coul/slater/long command": [
│ │ │ │ │ +            [817, "pair-style-coul-slater-long-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style eam command": [
│ │ │ │ │ -            [828, "pair-style-eam-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/class2 command": [
│ │ │ │ │ +            [809, "pair-style-lj-class2-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style eam/alloy command": [
│ │ │ │ │ -            [828, "pair-style-eam-alloy-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/class2/coul/cut command": [
│ │ │ │ │ +            [809, "pair-style-lj-class2-coul-cut-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style eam/cd command": [
│ │ │ │ │ -            [828, "pair-style-eam-cd-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/class2/coul/long command": [
│ │ │ │ │ +            [809, "pair-style-lj-class2-coul-long-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style eam/cd/old command": [
│ │ │ │ │ -            [828, "pair-style-eam-cd-old-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style brownian command": [
│ │ │ │ │ +            [804, "pair-style-brownian-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style eam/fs command": [
│ │ │ │ │ -            [828, "pair-style-eam-fs-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style brownian/poly command": [
│ │ │ │ │ +            [804, "pair-style-brownian-poly-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "pair_style eam/he command": [
│ │ │ │ │ -            [828, "pair-style-eam-he-command"]
│ │ │ │ │ +        "info command": [
│ │ │ │ │ +            [765, "info-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Broken Bonds": [
│ │ │ │ │ -            [69, "broken-bonds"]
│ │ │ │ │ +        "min_style spin command": [
│ │ │ │ │ +            [778, "min-style-spin-command"],
│ │ │ │ │ +            [779, "min-style-spin-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Error and warning details": [
│ │ │ │ │ -            [57, "error-and-warning-details"]
│ │ │ │ │ +        "min_style spin/cg command": [
│ │ │ │ │ +            [778, "min-style-spin-cg-command"],
│ │ │ │ │ +            [779, "min-style-spin-cg-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Unknown identifier in data file": [
│ │ │ │ │ -            [57, "unknown-identifier-in-data-file"]
│ │ │ │ │ +        "min_style spin/lbfgs command": [
│ │ │ │ │ +            [778, "min-style-spin-lbfgs-command"],
│ │ │ │ │ +            [779, "min-style-spin-lbfgs-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Coupling LAMMPS to other codes": [
│ │ │ │ │ -            [73, "coupling-lammps-to-other-codes"]
│ │ │ │ │ +        "lattice command": [
│ │ │ │ │ +            [772, "lattice-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Bonded particle models": [
│ │ │ │ │ -            [68, "bonded-particle-models"]
│ │ │ │ │ +        "improper_style umbrella command": [
│ │ │ │ │ +            [761, "improper-style-umbrella-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Using CMake with LAMMPS": [
│ │ │ │ │ -            [71, "using-cmake-with-lammps"]
│ │ │ │ │ +        "min_style cg command": [
│ │ │ │ │ +            [779, "min-style-cg-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Prerequisites": [
│ │ │ │ │ -            [71, "prerequisites"]
│ │ │ │ │ +        "min_style hftn command": [
│ │ │ │ │ +            [779, "min-style-hftn-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Build versus source directory": [
│ │ │ │ │ -            [71, "build-versus-source-directory"]
│ │ │ │ │ +        "min_style sd command": [
│ │ │ │ │ +            [779, "min-style-sd-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Running CMake": [
│ │ │ │ │ -            [71, "running-cmake"]
│ │ │ │ │ +        "min_style quickmin command": [
│ │ │ │ │ +            [779, "min-style-quickmin-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "CLI version": [
│ │ │ │ │ -            [71, "cli-version"]
│ │ │ │ │ +        "min_style fire command": [
│ │ │ │ │ +            [779, "min-style-fire-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "TUI version": [
│ │ │ │ │ -            [71, "tui-version"]
│ │ │ │ │ +        "label command": [
│ │ │ │ │ +            [770, "label-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "GUI version": [
│ │ │ │ │ -            [71, "gui-version"]
│ │ │ │ │ +        "log command": [
│ │ │ │ │ +            [774, "log-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Setting options": [
│ │ │ │ │ -            [71, "setting-options"]
│ │ │ │ │ +        "mass command": [
│ │ │ │ │ +            [775, "mass-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Some common CMake variables": [
│ │ │ │ │ -            [71, "some-common-cmake-variables"]
│ │ │ │ │ +        "improper_style zero command": [
│ │ │ │ │ +            [762, "improper-style-zero-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Some common LAMMPS specific variables": [
│ │ │ │ │ -            [71, "some-common-lammps-specific-variables"]
│ │ │ │ │ +        "kspace_modify command": [
│ │ │ │ │ +            [768, "kspace-modify-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Enabling or disabling LAMMPS packages": [
│ │ │ │ │ -            [71, "enabling-or-disabling-lammps-packages"]
│ │ │ │ │ +        "kspace_style command": [
│ │ │ │ │ +            [769, "kspace-style-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Using presets": [
│ │ │ │ │ -            [71, "using-presets"]
│ │ │ │ │ +        "min_modify command": [
│ │ │ │ │ +            [777, "min-modify-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Compilation and build targets": [
│ │ │ │ │ -            [71, "compilation-and-build-targets"]
│ │ │ │ │ +        "kim command": [
│ │ │ │ │ +            [767, "kim-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Choosing generators": [
│ │ │ │ │ -            [71, "choosing-generators"]
│ │ │ │ │ +        "Using OpenKIM IMs with LAMMPS (kim init, kim interactions)": [
│ │ │ │ │ +            [767, "using-openkim-ims-with-lammps-kim-init-kim-interactions"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Adiabatic core/shell model": [
│ │ │ │ │ -            [72, "adiabatic-core-shell-model"]
│ │ │ │ │ +        "OpenKIM IM Initialization (kim init)": [
│ │ │ │ │ +            [767, "openkim-im-initialization-kim-init"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Calculate elastic constants": [
│ │ │ │ │ -            [78, "calculate-elastic-constants"]
│ │ │ │ │ +        "OpenKIM IM Execution (kim interactions)": [
│ │ │ │ │ +            [767, "openkim-im-execution-kim-interactions"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Long-range dispersion settings": [
│ │ │ │ │ -            [75, "long-range-dispersion-settings"]
│ │ │ │ │ +        "Using OpenKIM Web Queries in LAMMPS (kim query)": [
│ │ │ │ │ +            [767, "using-openkim-web-queries-in-lammps-kim-query"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Body particles": [
│ │ │ │ │ -            [67, "body-particles"]
│ │ │ │ │ +        "kim query Usage Examples and Further Clarifications": [
│ │ │ │ │ +            [767, "kim-query-usage-examples-and-further-clarifications"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Debugging crashes": [
│ │ │ │ │ -            [56, "debugging-crashes"]
│ │ │ │ │ +        "Accessing KIM Model Parameters from LAMMPS (kim param)": [
│ │ │ │ │ +            [767, "accessing-kim-model-parameters-from-lammps-kim-param"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Using the GDB debugger to get a stack trace": [
│ │ │ │ │ -            [56, "using-the-gdb-debugger-to-get-a-stack-trace"]
│ │ │ │ │ +        "kim param Usage Examples and Further Clarifications": [
│ │ │ │ │ +            [767, "kim-param-usage-examples-and-further-clarifications"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Run LAMMPS from within the debugger": [
│ │ │ │ │ -            [56, "run-lammps-from-within-the-debugger"]
│ │ │ │ │ +        "Writing material properties in standard KIM Property Instance format (kim property)": [
│ │ │ │ │ +            [767, "writing-material-properties-in-standard-kim-property-instance-format-kim-property"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Inspect a core dump file with the debugger": [
│ │ │ │ │ -            [56, "inspect-a-core-dump-file-with-the-debugger"]
│ │ │ │ │ +        "kim property Usage Examples and Further Clarifications": [
│ │ │ │ │ +            [767, "kim-property-usage-examples-and-further-clarifications"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Using valgrind to get a stack trace": [
│ │ │ │ │ -            [56, "using-valgrind-to-get-a-stack-trace"]
│ │ │ │ │ +        "Citation of OpenKIM IMs": [
│ │ │ │ │ +            [767, "citation-of-openkim-ims"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Calculate diffusion coefficients": [
│ │ │ │ │ -            [74, "calculate-diffusion-coefficients"]
│ │ │ │ │ +        "mdi command": [
│ │ │ │ │ +            [776, "mdi-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Drude induced dipoles": [
│ │ │ │ │ -            [76, "drude-induced-dipoles"]
│ │ │ │ │ +        "labelmap command": [
│ │ │ │ │ +            [771, "labelmap-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Common problems": [
│ │ │ │ │ -            [55, "common-problems"]
│ │ │ │ │ +        "include command": [
│ │ │ │ │ +            [764, "include-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "2d simulations": [
│ │ │ │ │ -            [63, "d-simulations"]
│ │ │ │ │ +        "improper_style command": [
│ │ │ │ │ +            [760, "improper-style-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Lowercase directories": [
│ │ │ │ │ -            [60, "lowercase-directories"]
│ │ │ │ │ +        "jump command": [
│ │ │ │ │ +            [766, "jump-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Uppercase directories": [
│ │ │ │ │ -            [60, "uppercase-directories"]
│ │ │ │ │ +        "Improper Styles": [
│ │ │ │ │ +            [763, "improper-styles"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Howto discussions": [
│ │ │ │ │ -            [62, "howto-discussions"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/cut/dipole/cut command": [
│ │ │ │ │ +            [821, "pair-style-lj-cut-dipole-cut-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "General howto": [
│ │ │ │ │ -            [62, "general-howto"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/sf/dipole/sf command": [
│ │ │ │ │ +            [821, "pair-style-lj-sf-dipole-sf-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Settings howto": [
│ │ │ │ │ -            [62, "settings-howto"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/cut/dipole/long command": [
│ │ │ │ │ +            [821, "pair-style-lj-cut-dipole-long-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Analysis howto": [
│ │ │ │ │ -            [62, "analysis-howto"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/long/dipole/long command": [
│ │ │ │ │ +            [821, "pair-style-lj-long-dipole-long-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Force fields howto": [
│ │ │ │ │ -            [62, "force-fields-howto"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style coul/cut/dielectric command": [
│ │ │ │ │ +            [820, "pair-style-coul-cut-dielectric-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Packages howto": [
│ │ │ │ │ -            [62, "packages-howto"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style coul/long/dielectric command": [
│ │ │ │ │ +            [820, "pair-style-coul-long-dielectric-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Tutorials howto": [
│ │ │ │ │ -            [62, "tutorials-howto"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/cut/coul/cut/dielectric command": [
│ │ │ │ │ +            [820, "pair-style-lj-cut-coul-cut-dielectric-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "LAMMPS GitHub tutorial": [
│ │ │ │ │ -            [79, "lammps-github-tutorial"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/cut/coul/debye/dielectric command": [
│ │ │ │ │ +            [820, "pair-style-lj-cut-coul-debye-dielectric-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Warning messages": [
│ │ │ │ │ -            [59, "warning-messages"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/cut/coul/long/dielectric command": [
│ │ │ │ │ +            [820, "pair-style-lj-cut-coul-long-dielectric-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Tutorial for Thermalized Drude oscillators in LAMMPS": [
│ │ │ │ │ -            [77, "tutorial-for-thermalized-drude-oscillators-in-lammps"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/cut/coul/msm/dielectric command": [
│ │ │ │ │ +            [820, "pair-style-lj-cut-coul-msm-dielectric-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Use chunks to calculate system properties": [
│ │ │ │ │ -            [70, "use-chunks-to-calculate-system-properties"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/long/coul/long/dielectric command": [
│ │ │ │ │ +            [820, "pair-style-lj-long-coul-long-dielectric-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Compute chunk/atom command:": [
│ │ │ │ │ -            [70, "compute-chunk-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style gauss command": [
│ │ │ │ │ +            [835, "pair-style-gauss-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Fix ave/chunk command:": [
│ │ │ │ │ -            [70, "fix-ave-chunk-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style gauss/cut command": [
│ │ │ │ │ +            [835, "pair-style-gauss-cut-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Compute */chunk commands:": [
│ │ │ │ │ -            [70, "compute-chunk-commands"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style eim command": [
│ │ │ │ │ +            [831, "pair-style-eim-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Other chunk commands:": [
│ │ │ │ │ -            [70, "other-chunk-commands"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style exp6/rx command": [
│ │ │ │ │ +            [832, "pair-style-exp6-rx-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Example calculations with chunks": [
│ │ │ │ │ -            [70, "example-calculations-with-chunks"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style extep command": [
│ │ │ │ │ +            [833, "pair-style-extep-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Error messages": [
│ │ │ │ │ -            [58, "error-messages"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style granular command": [
│ │ │ │ │ +            [838, "pair-style-granular-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Granular models": [
│ │ │ │ │ -            [80, "granular-models"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style edip command": [
│ │ │ │ │ +            [829, "pair-style-edip-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Reporting bugs": [
│ │ │ │ │ -            [54, "reporting-bugs"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style edip/multi command": [
│ │ │ │ │ +            [829, "pair-style-edip-multi-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Barostats": [
│ │ │ │ │ -            [65, "barostats"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style dpd/fdt command": [
│ │ │ │ │ +            [824, "pair-style-dpd-fdt-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "CHARMM, AMBER, COMPASS, and DREIDING force fields": [
│ │ │ │ │ -            [66, "charmm-amber-compass-and-dreiding-force-fields"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style dpd/fdt/energy command": [
│ │ │ │ │ +            [824, "pair-style-dpd-fdt-energy-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "AMOEBA and HIPPO force fields": [
│ │ │ │ │ -            [64, "amoeba-and-hippo-force-fields"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style drip command": [
│ │ │ │ │ +            [825, "pair-style-drip-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix tfmc command": [
│ │ │ │ │ -            [718, "fix-tfmc-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style eam command": [
│ │ │ │ │ +            [828, "pair-style-eam-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix smd/wall_surface command": [
│ │ │ │ │ -            [704, "fix-smd-wall-surface-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style eam/alloy command": [
│ │ │ │ │ +            [828, "pair-style-eam-alloy-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix tgnvt/drude command": [
│ │ │ │ │ -            [719, "fix-tgnvt-drude-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style eam/cd command": [
│ │ │ │ │ +            [828, "pair-style-eam-cd-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix tgnpt/drude command": [
│ │ │ │ │ -            [719, "fix-tgnpt-drude-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style eam/cd/old command": [
│ │ │ │ │ +            [828, "pair-style-eam-cd-old-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix viscous command": [
│ │ │ │ │ -            [727, "fix-viscous-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style eam/fs command": [
│ │ │ │ │ +            [828, "pair-style-eam-fs-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix ti/spring command": [
│ │ │ │ │ -            [721, "fix-ti-spring-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style eam/he command": [
│ │ │ │ │ +            [828, "pair-style-eam-he-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Example": [
│ │ │ │ │ -            [721, "example"],
│ │ │ │ │ -            [10, "example"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/gromacs command": [
│ │ │ │ │ +            [839, "pair-style-lj-gromacs-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix ttm command": [
│ │ │ │ │ -            [723, "fix-ttm-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/gromacs/coul/gromacs command": [
│ │ │ │ │ +            [839, "pair-style-lj-gromacs-coul-gromacs-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix ttm/grid command": [
│ │ │ │ │ -            [723, "fix-ttm-grid-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style dpd/ext command": [
│ │ │ │ │ +            [823, "pair-style-dpd-ext-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix ttm/mod command": [
│ │ │ │ │ -            [723, "fix-ttm-mod-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style dpd/ext/tstat command": [
│ │ │ │ │ +            [823, "pair-style-dpd-ext-tstat-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix tune/kspace command": [
│ │ │ │ │ -            [724, "fix-tune-kspace-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style gran/hooke command": [
│ │ │ │ │ +            [837, "pair-style-gran-hooke-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix viscous/sphere command": [
│ │ │ │ │ -            [728, "fix-viscous-sphere-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style gran/hooke/history command": [
│ │ │ │ │ +            [837, "pair-style-gran-hooke-history-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix spring command": [
│ │ │ │ │ -            [707, "fix-spring-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style gran/hertz/history command": [
│ │ │ │ │ +            [837, "pair-style-gran-hertz-history-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix thermal/conductivity command": [
│ │ │ │ │ -            [720, "fix-thermal-conductivity-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style dsmc command": [
│ │ │ │ │ +            [826, "pair-style-dsmc-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix smd/setvel command": [
│ │ │ │ │ -            [703, "fix-smd-setvel-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style e3b command": [
│ │ │ │ │ +            [827, "pair-style-e3b-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix smd/move_tri_surf command": [
│ │ │ │ │ -            [702, "fix-smd-move-tri-surf-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style eff/cut command": [
│ │ │ │ │ +            [830, "pair-style-eff-cut-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix spring/self command": [
│ │ │ │ │ -            [710, "fix-spring-self-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style dpd command": [
│ │ │ │ │ +            [822, "pair-style-dpd-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix sph/stationary command": [
│ │ │ │ │ -            [706, "fix-sph-stationary-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style dpd/tstat command": [
│ │ │ │ │ +            [822, "pair-style-dpd-tstat-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix spring/chunk command": [
│ │ │ │ │ -            [708, "fix-spring-chunk-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/cut/soft command": [
│ │ │ │ │ +            [834, "pair-style-lj-cut-soft-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix tmd command": [
│ │ │ │ │ -            [722, "fix-tmd-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/cut/coul/cut/soft command": [
│ │ │ │ │ +            [834, "pair-style-lj-cut-coul-cut-soft-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix vector command": [
│ │ │ │ │ -            [725, "fix-vector-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/cut/coul/long/soft command": [
│ │ │ │ │ +            [834, "pair-style-lj-cut-coul-long-soft-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix temp/csvr command": [
│ │ │ │ │ -            [715, "fix-temp-csvr-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/cut/tip4p/long/soft command": [
│ │ │ │ │ +            [834, "pair-style-lj-cut-tip4p-long-soft-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix temp/csld command": [
│ │ │ │ │ -            [715, "fix-temp-csld-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/charmm/coul/long/soft command": [
│ │ │ │ │ +            [834, "pair-style-lj-charmm-coul-long-soft-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix temp/rescale/eff command": [
│ │ │ │ │ -            [717, "fix-temp-rescale-eff-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/class2/soft command": [
│ │ │ │ │ +            [834, "pair-style-lj-class2-soft-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix viscosity command": [
│ │ │ │ │ -            [726, "fix-viscosity-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/class2/coul/cut/soft command": [
│ │ │ │ │ +            [834, "pair-style-lj-class2-coul-cut-soft-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix spring/rg command": [
│ │ │ │ │ -            [709, "fix-spring-rg-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style lj/class2/coul/long/soft command": [
│ │ │ │ │ +            [834, "pair-style-lj-class2-coul-long-soft-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix store/force command": [
│ │ │ │ │ -            [712, "fix-store-force-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style coul/cut/soft command": [
│ │ │ │ │ +            [834, "pair-style-coul-cut-soft-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix temp/rescale command": [
│ │ │ │ │ -            [716, "fix-temp-rescale-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style coul/long/soft command": [
│ │ │ │ │ +            [834, "pair-style-coul-long-soft-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix srd command": [
│ │ │ │ │ -            [711, "fix-srd-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style tip4p/long/soft command": [
│ │ │ │ │ +            [834, "pair-style-tip4p-long-soft-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix store/state command": [
│ │ │ │ │ -            [713, "fix-store-state-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style morse/soft command": [
│ │ │ │ │ +            [834, "pair-style-morse-soft-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix temp/berendsen command": [
│ │ │ │ │ -            [714, "fix-temp-berendsen-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style gayberne command": [
│ │ │ │ │ +            [836, "pair-style-gayberne-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix sph command": [
│ │ │ │ │ -            [705, "fix-sph-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style body/rounded/polyhedron command": [
│ │ │ │ │ +            [799, "pair-style-body-rounded-polyhedron-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "molecule command": [
│ │ │ │ │              [781, "molecule-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "Format of a molecule file": [
│ │ │ │ │              [781, "format-of-a-molecule-file"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "kspace_style command": [
│ │ │ │ │ -            [769, "kspace-style-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "improper_style zero command": [
│ │ │ │ │ -            [762, "improper-style-zero-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "improper_style sqdistharm command": [
│ │ │ │ │ -            [759, "improper-style-sqdistharm-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "improper_style none command": [
│ │ │ │ │ -            [757, "improper-style-none-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "label command": [
│ │ │ │ │ -            [770, "label-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "improper_style ring command": [
│ │ │ │ │ -            [758, "improper-style-ring-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Improper Styles": [
│ │ │ │ │ -            [763, "improper-styles"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "lattice command": [
│ │ │ │ │ -            [772, "lattice-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "minimize command": [
│ │ │ │ │ -            [780, "minimize-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Neighbor list update settings": [
│ │ │ │ │ -            [780, null]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "log command": [
│ │ │ │ │ -            [774, "log-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "include command": [
│ │ │ │ │ -            [764, "include-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "min_style cg command": [
│ │ │ │ │ -            [779, "min-style-cg-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "min_style hftn command": [
│ │ │ │ │ -            [779, "min-style-hftn-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "min_style sd command": [
│ │ │ │ │ -            [779, "min-style-sd-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "min_style quickmin command": [
│ │ │ │ │ -            [779, "min-style-quickmin-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "min_style fire command": [
│ │ │ │ │ -            [779, "min-style-fire-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "min_style spin command": [
│ │ │ │ │ -            [779, "min-style-spin-command"],
│ │ │ │ │ -            [778, "min-style-spin-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "min_style spin/cg command": [
│ │ │ │ │ -            [779, "min-style-spin-cg-command"],
│ │ │ │ │ -            [778, "min-style-spin-cg-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "min_style spin/lbfgs command": [
│ │ │ │ │ -            [779, "min-style-spin-lbfgs-command"],
│ │ │ │ │ -            [778, "min-style-spin-lbfgs-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style adp command": [
│ │ │ │ │ +            [789, "pair-style-adp-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "neb command": [
│ │ │ │ │              [782, "neb-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "improper_style umbrella command": [
│ │ │ │ │ -            [761, "improper-style-umbrella-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style body/nparticle command": [
│ │ │ │ │ +            [797, "pair-style-body-nparticle-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "improper_style inversion/harmonic command": [
│ │ │ │ │ -            [756, "improper-style-inversion-harmonic-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style amoeba command": [
│ │ │ │ │ +            [793, "pair-style-amoeba-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "info command": [
│ │ │ │ │ -            [765, "info-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style hippo command": [
│ │ │ │ │ +            [793, "pair-style-hippo-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "improper_style command": [
│ │ │ │ │ -            [760, "improper-style-command"]
│ │ │ │ │ +        "Additional info": [
│ │ │ │ │ +            [793, "additional-info"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "jump command": [
│ │ │ │ │ -            [766, "jump-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style awpmd/cut command": [
│ │ │ │ │ +            [795, "pair-style-awpmd-cut-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "min_modify command": [
│ │ │ │ │ -            [777, "min-modify-command"]
│ │ │ │ │ +        "neighbor command": [
│ │ │ │ │ +            [785, "neighbor-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "mdi command": [
│ │ │ │ │ -            [776, "mdi-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style agni command": [
│ │ │ │ │ +            [790, "pair-style-agni-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "kspace_modify command": [
│ │ │ │ │ -            [768, "kspace-modify-command"]
│ │ │ │ │ +        "newton command": [
│ │ │ │ │ +            [786, "newton-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "kim command": [
│ │ │ │ │ -            [767, "kim-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style beck command": [
│ │ │ │ │ +            [796, "pair-style-beck-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Using OpenKIM IMs with LAMMPS (kim init, kim interactions)": [
│ │ │ │ │ -            [767, "using-openkim-ims-with-lammps-kim-init-kim-interactions"]
│ │ │ │ │ +        "package command": [
│ │ │ │ │ +            [788, "package-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "OpenKIM IM Initialization (kim init)": [
│ │ │ │ │ -            [767, "openkim-im-initialization-kim-init"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style airebo command": [
│ │ │ │ │ +            [792, "pair-style-airebo-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "OpenKIM IM Execution (kim interactions)": [
│ │ │ │ │ -            [767, "openkim-im-execution-kim-interactions"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style airebo/morse command": [
│ │ │ │ │ +            [792, "pair-style-airebo-morse-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Using OpenKIM Web Queries in LAMMPS (kim query)": [
│ │ │ │ │ -            [767, "using-openkim-web-queries-in-lammps-kim-query"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style rebo command": [
│ │ │ │ │ +            [792, "pair-style-rebo-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "kim query Usage Examples and Further Clarifications": [
│ │ │ │ │ -            [767, "kim-query-usage-examples-and-further-clarifications"]
│ │ │ │ │ +        "neb/spin command": [
│ │ │ │ │ +            [783, "neb-spin-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Accessing KIM Model Parameters from LAMMPS (kim param)": [
│ │ │ │ │ -            [767, "accessing-kim-model-parameters-from-lammps-kim-param"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style body/rounded/polygon command": [
│ │ │ │ │ +            [798, "pair-style-body-rounded-polygon-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "kim param Usage Examples and Further Clarifications": [
│ │ │ │ │ -            [767, "kim-param-usage-examples-and-further-clarifications"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style aip/water/2dm command": [
│ │ │ │ │ +            [791, "pair-style-aip-water-2dm-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Writing material properties in standard KIM Property Instance format (kim property)": [
│ │ │ │ │ -            [767, "writing-material-properties-in-standard-kim-property-instance-format-kim-property"]
│ │ │ │ │ +        "next command": [
│ │ │ │ │ +            [787, "next-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "kim property Usage Examples and Further Clarifications": [
│ │ │ │ │ -            [767, "kim-property-usage-examples-and-further-clarifications"]
│ │ │ │ │ +        "minimize command": [
│ │ │ │ │ +            [780, "minimize-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Citation of OpenKIM IMs": [
│ │ │ │ │ -            [767, "citation-of-openkim-ims"]
│ │ │ │ │ +        "Neighbor list update settings": [
│ │ │ │ │ +            [780, null]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "mass command": [
│ │ │ │ │ -            [775, "mass-command"]
│ │ │ │ │ +        "pair_style atm command": [
│ │ │ │ │ +            [794, "pair-style-atm-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "labelmap command": [
│ │ │ │ │ -            [771, "labelmap-command"]
│ │ │ │ │ +        "neigh_modify command": [
│ │ │ │ │ +            [784, "neigh-modify-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix wall/srd command": [
│ │ │ │ │ -            [739, "fix-wall-srd-command"]
│ │ │ │ │ +        "Impact of neighbor list settings": [
│ │ │ │ │ +            [784, null]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "improper_style distance command": [
│ │ │ │ │ -            [751, "improper-style-distance-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix ti/spring command": [
│ │ │ │ │ +            [721, "fix-ti-spring-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Example": [
│ │ │ │ │ +            [721, "example"],
│ │ │ │ │ +            [10, "example"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "fix wall/reflect/stochastic command": [
│ │ │ │ │              [737, "fix-wall-reflect-stochastic-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Fixes": [
│ │ │ │ │ -            [741, "fixes"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "fix wall/piston command": [
│ │ │ │ │ -            [735, "fix-wall-piston-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "fix wall/gran command": [
│ │ │ │ │ -            [733, "fix-wall-gran-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "improper_style class2 command": [
│ │ │ │ │ -            [747, "improper-style-class2-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "fix wall/body/polygon command": [
│ │ │ │ │ -            [730, "fix-wall-body-polygon-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "fix wall/body/polyhedron command": [
│ │ │ │ │ -            [731, "fix-wall-body-polyhedron-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "improper_style amoeba command": [
│ │ │ │ │ -            [746, "improper-style-amoeba-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "improper_style harmonic command": [
│ │ │ │ │ -            [754, "improper-style-harmonic-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "improper_style hybrid command": [
│ │ │ │ │ -            [755, "improper-style-hybrid-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "improper_style distharm command": [
│ │ │ │ │ -            [752, "improper-style-distharm-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "improper_style cossq command": [
│ │ │ │ │ -            [749, "improper-style-cossq-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "fix wall/gran/region command": [
│ │ │ │ │ -            [734, "fix-wall-gran-region-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "fix wall/region command": [
│ │ │ │ │ -            [738, "fix-wall-region-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "hyper command": [
│ │ │ │ │ -            [744, "hyper-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "fix widom command": [
│ │ │ │ │ -            [740, "fix-widom-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix viscous command": [
│ │ │ │ │ +            [727, "fix-viscous-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "if command": [
│ │ │ │ │ -            [745, "if-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix viscosity command": [
│ │ │ │ │ +            [726, "fix-viscosity-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "group command": [
│ │ │ │ │ -            [742, "group-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix thermal/conductivity command": [
│ │ │ │ │ +            [720, "fix-thermal-conductivity-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "improper_coeff command": [
│ │ │ │ │ -            [748, "improper-coeff-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix vector command": [
│ │ │ │ │ +            [725, "fix-vector-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "fix wall/lj93 command": [
│ │ │ │ │              [729, "fix-wall-lj93-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "fix wall/lj126 command": [
│ │ │ │ │              [729, "fix-wall-lj126-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ @@ -26080,232 +26807,205 @@
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "fix wall/table command": [
│ │ │ │ │              [729, "fix-wall-table-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "Table file format": [
│ │ │ │ │              [729, "table-file-format"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ +        "fix tune/kspace command": [
│ │ │ │ │ +            [724, "fix-tune-kspace-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "fix wall/piston command": [
│ │ │ │ │ +            [735, "fix-wall-piston-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "fix tmd command": [
│ │ │ │ │ +            [722, "fix-tmd-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │          "fix wall/ees command": [
│ │ │ │ │              [732, "fix-wall-ees-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "fix wall/region/ees command": [
│ │ │ │ │              [732, "fix-wall-region-ees-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "improper_style cvff command": [
│ │ │ │ │ -            [750, "improper-style-cvff-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "group2ndx command": [
│ │ │ │ │ -            [743, "group2ndx-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "ndx2group command": [
│ │ │ │ │ -            [743, "ndx2group-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "improper_style fourier command": [
│ │ │ │ │ -            [753, "improper-style-fourier-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │          "fix wall/reflect command": [
│ │ │ │ │              [736, "fix-wall-reflect-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix nvt/uef command": [
│ │ │ │ │ -            [624, "fix-nvt-uef-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "fix npt/uef command": [
│ │ │ │ │ -            [624, "fix-npt-uef-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "fix neb/spin command": [
│ │ │ │ │ -            [621, "fix-neb-spin-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "fix npt/cauchy command": [
│ │ │ │ │ -            [632, "fix-npt-cauchy-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "fix nve/asphere/noforce command": [
│ │ │ │ │ -            [638, "fix-nve-asphere-noforce-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "fix nphug command": [
│ │ │ │ │ -            [629, "fix-nphug-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "fix npt/asphere command": [
│ │ │ │ │ -            [630, "fix-npt-asphere-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "fix nve/bpm/sphere command": [
│ │ │ │ │ -            [641, "fix-nve-bpm-sphere-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "fix numdiff command": [
│ │ │ │ │ -            [634, "fix-numdiff-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix wall/body/polygon command": [
│ │ │ │ │ +            [730, "fix-wall-body-polygon-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix nph/sphere command": [
│ │ │ │ │ -            [628, "fix-nph-sphere-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix wall/gran/region command": [
│ │ │ │ │ +            [734, "fix-wall-gran-region-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix numdiff/virial command": [
│ │ │ │ │ -            [635, "fix-numdiff-virial-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix wall/region command": [
│ │ │ │ │ +            [738, "fix-wall-region-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix nve/eff command": [
│ │ │ │ │ -            [644, "fix-nve-eff-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix wall/body/polyhedron command": [
│ │ │ │ │ +            [731, "fix-wall-body-polyhedron-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix nph/asphere command": [
│ │ │ │ │ -            [626, "fix-nph-asphere-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix viscous/sphere command": [
│ │ │ │ │ +            [728, "fix-viscous-sphere-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix nve/limit command": [
│ │ │ │ │ -            [645, "fix-nve-limit-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix ttm command": [
│ │ │ │ │ +            [723, "fix-ttm-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix nve/body command": [
│ │ │ │ │ -            [640, "fix-nve-body-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix ttm/grid command": [
│ │ │ │ │ +            [723, "fix-ttm-grid-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix npt/body command": [
│ │ │ │ │ -            [631, "fix-npt-body-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix ttm/mod command": [
│ │ │ │ │ +            [723, "fix-ttm-mod-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix nve/manifold/rattle command": [
│ │ │ │ │ -            [647, "fix-nve-manifold-rattle-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix wall/srd command": [
│ │ │ │ │ +            [739, "fix-wall-srd-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix nvt/eff command": [
│ │ │ │ │ -            [623, "fix-nvt-eff-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix wall/gran command": [
│ │ │ │ │ +            [733, "fix-wall-gran-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix npt/eff command": [
│ │ │ │ │ -            [623, "fix-npt-eff-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix temp/rescale/eff command": [
│ │ │ │ │ +            [717, "fix-temp-rescale-eff-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix nph/eff command": [
│ │ │ │ │ -            [623, "fix-nph-eff-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix smd/integrate_ulsph command": [
│ │ │ │ │ +            [701, "fix-smd-integrate-ulsph-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix nve/dotc/langevin command": [
│ │ │ │ │ -            [643, "fix-nve-dotc-langevin-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix sph/stationary command": [
│ │ │ │ │ +            [706, "fix-sph-stationary-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix nve/awpmd command": [
│ │ │ │ │ -            [639, "fix-nve-awpmd-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix spring/chunk command": [
│ │ │ │ │ +            [708, "fix-spring-chunk-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix nvt command": [
│ │ │ │ │ -            [622, "fix-nvt-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix temp/berendsen command": [
│ │ │ │ │ +            [714, "fix-temp-berendsen-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix npt command": [
│ │ │ │ │ -            [622, "fix-npt-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix smd/integrate_tlsph command": [
│ │ │ │ │ +            [700, "fix-smd-integrate-tlsph-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix nph command": [
│ │ │ │ │ -            [622, "fix-nph-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix temp/rescale command": [
│ │ │ │ │ +            [716, "fix-temp-rescale-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix nph/body command": [
│ │ │ │ │ -            [627, "fix-nph-body-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix tfmc command": [
│ │ │ │ │ +            [718, "fix-tfmc-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix npt/sphere command": [
│ │ │ │ │ -            [633, "fix-npt-sphere-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix store/state command": [
│ │ │ │ │ +            [713, "fix-store-state-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix nve/line command": [
│ │ │ │ │ -            [646, "fix-nve-line-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix spring/self command": [
│ │ │ │ │ +            [710, "fix-spring-self-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix nonaffine/displacement command": [
│ │ │ │ │ -            [625, "fix-nonaffine-displacement-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix tgnvt/drude command": [
│ │ │ │ │ +            [719, "fix-tgnvt-drude-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix nve/dot command": [
│ │ │ │ │ -            [642, "fix-nve-dot-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix tgnpt/drude command": [
│ │ │ │ │ +            [719, "fix-tgnpt-drude-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix nve command": [
│ │ │ │ │ -            [636, "fix-nve-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix smd/wall_surface command": [
│ │ │ │ │ +            [704, "fix-smd-wall-surface-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix nve/asphere command": [
│ │ │ │ │ -            [637, "fix-nve-asphere-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix smd/move_tri_surf command": [
│ │ │ │ │ +            [702, "fix-smd-move-tri-surf-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix nve/spin command": [
│ │ │ │ │ -            [650, "fix-nve-spin-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix spring command": [
│ │ │ │ │ +            [707, "fix-spring-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix nve/sphere command": [
│ │ │ │ │ -            [649, "fix-nve-sphere-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix spring/rg command": [
│ │ │ │ │ +            [709, "fix-spring-rg-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix nve/tri command": [
│ │ │ │ │ -            [651, "fix-nve-tri-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix store/force command": [
│ │ │ │ │ +            [712, "fix-store-force-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix nvt/manifold/rattle command": [
│ │ │ │ │ -            [655, "fix-nvt-manifold-rattle-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix srd command": [
│ │ │ │ │ +            [711, "fix-srd-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix pafi command": [
│ │ │ │ │ -            [662, "fix-pafi-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix smd/setvel command": [
│ │ │ │ │ +            [703, "fix-smd-setvel-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix press/berendsen command": [
│ │ │ │ │ -            [672, "fix-press-berendsen-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix sph command": [
│ │ │ │ │ +            [705, "fix-sph-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix pour command": [
│ │ │ │ │ -            [670, "fix-pour-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix temp/csvr command": [
│ │ │ │ │ +            [715, "fix-temp-csvr-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix print command": [
│ │ │ │ │ -            [674, "fix-print-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix temp/csld command": [
│ │ │ │ │ +            [715, "fix-temp-csld-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix orient/eco command": [
│ │ │ │ │ -            [661, "fix-orient-eco-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix reaxff/species command": [
│ │ │ │ │ +            [686, "fix-reaxff-species-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix phonon command": [
│ │ │ │ │ -            [664, "fix-phonon-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix rigid command": [
│ │ │ │ │ +            [690, "fix-rigid-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix nvt/body command": [
│ │ │ │ │ -            [654, "fix-nvt-body-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix rigid/nve command": [
│ │ │ │ │ +            [690, "fix-rigid-nve-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix nvt/sphere command": [
│ │ │ │ │ -            [658, "fix-nvt-sphere-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix rigid/nvt command": [
│ │ │ │ │ +            [690, "fix-rigid-nvt-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix orient/fcc command": [
│ │ │ │ │ -            [660, "fix-orient-fcc-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix rigid/npt command": [
│ │ │ │ │ +            [690, "fix-rigid-npt-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix orient/bcc command": [
│ │ │ │ │ -            [660, "fix-orient-bcc-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix rigid/nph command": [
│ │ │ │ │ +            [690, "fix-rigid-nph-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix nvt/sllod command": [
│ │ │ │ │ -            [656, "fix-nvt-sllod-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix rigid/small command": [
│ │ │ │ │ +            [690, "fix-rigid-small-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix pair command": [
│ │ │ │ │ -            [663, "fix-pair-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix rigid/nve/small command": [
│ │ │ │ │ +            [690, "fix-rigid-nve-small-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix planeforce command": [
│ │ │ │ │ -            [666, "fix-planeforce-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix rigid/nvt/small command": [
│ │ │ │ │ +            [690, "fix-rigid-nvt-small-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix press/langevin command": [
│ │ │ │ │ -            [673, "fix-press-langevin-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix rigid/npt/small command": [
│ │ │ │ │ +            [690, "fix-rigid-npt-small-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix plumed command": [
│ │ │ │ │ -            [667, "fix-plumed-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix rigid/nph/small command": [
│ │ │ │ │ +            [690, "fix-rigid-nph-small-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix polarize/bem/gmres command": [
│ │ │ │ │ -            [669, "fix-polarize-bem-gmres-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix saed/vtk command": [
│ │ │ │ │ +            [693, "fix-saed-vtk-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix polarize/bem/icc command": [
│ │ │ │ │ -            [669, "fix-polarize-bem-icc-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix sgcmc command": [
│ │ │ │ │ +            [695, "fix-sgcmc-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix polarize/functional command": [
│ │ │ │ │ -            [669, "fix-polarize-functional-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix qeq/comb command": [
│ │ │ │ │ +            [681, "fix-qeq-comb-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix oneway command": [
│ │ │ │ │ -            [659, "fix-oneway-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix smd/adjust_dt command": [
│ │ │ │ │ +            [699, "fix-smd-adjust-dt-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix nvt/sllod/eff command": [
│ │ │ │ │ -            [657, "fix-nvt-sllod-eff-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix reaxff/bonds command": [
│ │ │ │ │ +            [685, "fix-reaxff-bonds-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix pimd/langevin command": [
│ │ │ │ │ -            [665, "fix-pimd-langevin-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix qeq/reaxff command": [
│ │ │ │ │ +            [682, "fix-qeq-reaxff-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix pimd/nvt command": [
│ │ │ │ │ -            [665, "fix-pimd-nvt-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix rhok command": [
│ │ │ │ │ +            [689, "fix-rhok-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix precession/spin command": [
│ │ │ │ │ -            [671, "fix-precession-spin-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix rx command": [
│ │ │ │ │ +            [692, "fix-rx-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix nve/noforce command": [
│ │ │ │ │ -            [648, "fix-nve-noforce-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix rigid/meso command": [
│ │ │ │ │ +            [691, "fix-rigid-meso-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix nvt/asphere command": [
│ │ │ │ │ -            [653, "fix-nvt-asphere-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix qmmm command": [
│ │ │ │ │ +            [683, "fix-qmmm-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix nvk command": [
│ │ │ │ │ -            [652, "fix-nvk-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix recenter command": [
│ │ │ │ │ +            [687, "fix-recenter-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix poems command": [
│ │ │ │ │ -            [668, "fix-poems-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix qtb command": [
│ │ │ │ │ +            [684, "fix-qtb-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix property/atom command": [
│ │ │ │ │ -            [676, "fix-property-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix restrain command": [
│ │ │ │ │ +            [688, "fix-restrain-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Properties on ghost atoms": [
│ │ │ │ │ -            [676, null]
│ │ │ │ │ +        "fix setforce command": [
│ │ │ │ │ +            [694, "fix-setforce-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Limitations on ghost atom properties": [
│ │ │ │ │ -            [676, null]
│ │ │ │ │ +        "fix setforce/spin command": [
│ │ │ │ │ +            [694, "fix-setforce-spin-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "fix qeq/point command": [
│ │ │ │ │              [680, "fix-qeq-point-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "fix qeq/shielded command": [
│ │ │ │ │              [680, "fix-qeq-shielded-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ @@ -26314,933 +27014,904 @@
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "fix qeq/dynamic command": [
│ │ │ │ │              [680, "fix-qeq-dynamic-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "fix qeq/fire command": [
│ │ │ │ │              [680, "fix-qeq-fire-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix saed/vtk command": [
│ │ │ │ │ -            [693, "fix-saed-vtk-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "fix qeq/reaxff command": [
│ │ │ │ │ -            [682, "fix-qeq-reaxff-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "fix reaxff/bonds command": [
│ │ │ │ │ -            [685, "fix-reaxff-bonds-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "fix smd command": [
│ │ │ │ │ -            [698, "fix-smd-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "fix rigid/meso command": [
│ │ │ │ │ -            [691, "fix-rigid-meso-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "fix qbmsst command": [
│ │ │ │ │ -            [679, "fix-qbmsst-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "fix rx command": [
│ │ │ │ │ -            [692, "fix-rx-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "fix python/invoke command": [
│ │ │ │ │ -            [677, "fix-python-invoke-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix shardlow command": [
│ │ │ │ │ +            [697, "fix-shardlow-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "fix shake command": [
│ │ │ │ │              [696, "fix-shake-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "fix rattle command": [
│ │ │ │ │              [696, "fix-rattle-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix qmmm command": [
│ │ │ │ │ -            [683, "fix-qmmm-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "fix recenter command": [
│ │ │ │ │ -            [687, "fix-recenter-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "fix sgcmc command": [
│ │ │ │ │ -            [695, "fix-sgcmc-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "fix restrain command": [
│ │ │ │ │ -            [688, "fix-restrain-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "fix qtb command": [
│ │ │ │ │ -            [684, "fix-qtb-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "fix rigid command": [
│ │ │ │ │ -            [690, "fix-rigid-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "fix rigid/nve command": [
│ │ │ │ │ -            [690, "fix-rigid-nve-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "fix rigid/nvt command": [
│ │ │ │ │ -            [690, "fix-rigid-nvt-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "fix rigid/npt command": [
│ │ │ │ │ -            [690, "fix-rigid-npt-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "fix rigid/nph command": [
│ │ │ │ │ -            [690, "fix-rigid-nph-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "fix rigid/small command": [
│ │ │ │ │ -            [690, "fix-rigid-small-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix smd command": [
│ │ │ │ │ +            [698, "fix-smd-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix rigid/nve/small command": [
│ │ │ │ │ -            [690, "fix-rigid-nve-small-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix propel/self command": [
│ │ │ │ │ +            [675, "fix-propel-self-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix rigid/nvt/small command": [
│ │ │ │ │ -            [690, "fix-rigid-nvt-small-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix pair command": [
│ │ │ │ │ +            [663, "fix-pair-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix rigid/npt/small command": [
│ │ │ │ │ -            [690, "fix-rigid-npt-small-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix python/move command": [
│ │ │ │ │ +            [678, "fix-python-move-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix rigid/nph/small command": [
│ │ │ │ │ -            [690, "fix-rigid-nph-small-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix pimd/langevin command": [
│ │ │ │ │ +            [665, "fix-pimd-langevin-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix smd/integrate_ulsph command": [
│ │ │ │ │ -            [701, "fix-smd-integrate-ulsph-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix pimd/nvt command": [
│ │ │ │ │ +            [665, "fix-pimd-nvt-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix reaxff/species command": [
│ │ │ │ │ -            [686, "fix-reaxff-species-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix pafi command": [
│ │ │ │ │ +            [662, "fix-pafi-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix shardlow command": [
│ │ │ │ │ -            [697, "fix-shardlow-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix orient/fcc command": [
│ │ │ │ │ +            [660, "fix-orient-fcc-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix propel/self command": [
│ │ │ │ │ -            [675, "fix-propel-self-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix orient/bcc command": [
│ │ │ │ │ +            [660, "fix-orient-bcc-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix python/move command": [
│ │ │ │ │ -            [678, "fix-python-move-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix press/berendsen command": [
│ │ │ │ │ +            [672, "fix-press-berendsen-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix smd/adjust_dt command": [
│ │ │ │ │ -            [699, "fix-smd-adjust-dt-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix python/invoke command": [
│ │ │ │ │ +            [677, "fix-python-invoke-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix qeq/comb command": [
│ │ │ │ │ -            [681, "fix-qeq-comb-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix precession/spin command": [
│ │ │ │ │ +            [671, "fix-precession-spin-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix setforce command": [
│ │ │ │ │ -            [694, "fix-setforce-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix planeforce command": [
│ │ │ │ │ +            [666, "fix-planeforce-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix setforce/spin command": [
│ │ │ │ │ -            [694, "fix-setforce-spin-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix property/atom command": [
│ │ │ │ │ +            [676, "fix-property-atom-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix rhok command": [
│ │ │ │ │ -            [689, "fix-rhok-command"]
│ │ │ │ │ +        "Properties on ghost atoms": [
│ │ │ │ │ +            [676, null]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix smd/integrate_tlsph command": [
│ │ │ │ │ -            [700, "fix-smd-integrate-tlsph-command"]
│ │ │ │ │ +        "Limitations on ghost atom properties": [
│ │ │ │ │ +            [676, null]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix edpd/source command": [
│ │ │ │ │ -            [569, "fix-edpd-source-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix poems command": [
│ │ │ │ │ +            [668, "fix-poems-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix tdpd/source command": [
│ │ │ │ │ -            [569, "fix-tdpd-source-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix plumed command": [
│ │ │ │ │ +            [667, "fix-plumed-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix halt command": [
│ │ │ │ │ -            [593, "fix-halt-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix qbmsst command": [
│ │ │ │ │ +            [679, "fix-qbmsst-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix dpd/energy command": [
│ │ │ │ │ -            [568, "fix-dpd-energy-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix orient/eco command": [
│ │ │ │ │ +            [661, "fix-orient-eco-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix enforce2d command": [
│ │ │ │ │ -            [578, "fix-enforce2d-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix press/langevin command": [
│ │ │ │ │ +            [673, "fix-press-langevin-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix external command": [
│ │ │ │ │ -            [583, "fix-external-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix phonon command": [
│ │ │ │ │ +            [664, "fix-phonon-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix efield command": [
│ │ │ │ │ -            [574, "fix-efield-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix polarize/bem/gmres command": [
│ │ │ │ │ +            [669, "fix-polarize-bem-gmres-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix efield/tip4p command": [
│ │ │ │ │ -            [574, "fix-efield-tip4p-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix polarize/bem/icc command": [
│ │ │ │ │ +            [669, "fix-polarize-bem-icc-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix eos/table command": [
│ │ │ │ │ -            [580, "fix-eos-table-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix polarize/functional command": [
│ │ │ │ │ +            [669, "fix-polarize-functional-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix ehex command": [
│ │ │ │ │ -            [575, "fix-ehex-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix print command": [
│ │ │ │ │ +            [674, "fix-print-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix drag command": [
│ │ │ │ │ -            [570, "fix-drag-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix pour command": [
│ │ │ │ │ +            [670, "fix-pour-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix ffl command": [
│ │ │ │ │ -            [584, "fix-ffl-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix nvt/body command": [
│ │ │ │ │ +            [654, "fix-nvt-body-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix gravity command": [
│ │ │ │ │ -            [591, "fix-gravity-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix oneway command": [
│ │ │ │ │ +            [659, "fix-oneway-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix eos/table/rx command": [
│ │ │ │ │ -            [581, "fix-eos-table-rx-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix nvt/sphere command": [
│ │ │ │ │ +            [658, "fix-nvt-sphere-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix electron/stopping command": [
│ │ │ │ │ -            [577, "fix-electron-stopping-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix nve/noforce command": [
│ │ │ │ │ +            [648, "fix-nve-noforce-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix electron/stopping/fit command": [
│ │ │ │ │ -            [577, "fix-electron-stopping-fit-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix nve/spin command": [
│ │ │ │ │ +            [650, "fix-nve-spin-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix eos/cv command": [
│ │ │ │ │ -            [579, "fix-eos-cv-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix nve/dotc/langevin command": [
│ │ │ │ │ +            [643, "fix-nve-dotc-langevin-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix flow/gauss command": [
│ │ │ │ │ -            [586, "fix-flow-gauss-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix nve/line command": [
│ │ │ │ │ +            [646, "fix-nve-line-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix filter/corotate command": [
│ │ │ │ │ -            [585, "fix-filter-corotate-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix nve/tri command": [
│ │ │ │ │ +            [651, "fix-nve-tri-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix gle command": [
│ │ │ │ │ -            [590, "fix-gle-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix nve/bpm/sphere command": [
│ │ │ │ │ +            [641, "fix-nve-bpm-sphere-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix freeze command": [
│ │ │ │ │ -            [587, "fix-freeze-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix nve/body command": [
│ │ │ │ │ +            [640, "fix-nve-body-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix drude/transform/direct command": [
│ │ │ │ │ -            [572, "fix-drude-transform-direct-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix nvt/sllod command": [
│ │ │ │ │ +            [656, "fix-nvt-sllod-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix drude/transform/inverse command": [
│ │ │ │ │ -            [572, "fix-drude-transform-inverse-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix nve/manifold/rattle command": [
│ │ │ │ │ +            [647, "fix-nve-manifold-rattle-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix gcmc command": [
│ │ │ │ │ -            [588, "fix-gcmc-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix nvt/manifold/rattle command": [
│ │ │ │ │ +            [655, "fix-nvt-manifold-rattle-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix deposit command": [
│ │ │ │ │ -            [567, "fix-deposit-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix nve/limit command": [
│ │ │ │ │ +            [645, "fix-nve-limit-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix dt/reset command": [
│ │ │ │ │ -            [573, "fix-dt-reset-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix nvt/sllod/eff command": [
│ │ │ │ │ +            [657, "fix-nvt-sllod-eff-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix grem command": [
│ │ │ │ │ -            [592, "fix-grem-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix nve/sphere command": [
│ │ │ │ │ +            [649, "fix-nve-sphere-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix gld command": [
│ │ │ │ │ -            [589, "fix-gld-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix nve/dot command": [
│ │ │ │ │ +            [642, "fix-nve-dot-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix drude command": [
│ │ │ │ │ -            [571, "fix-drude-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix nvt/asphere command": [
│ │ │ │ │ +            [653, "fix-nvt-asphere-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix electrode/conp command": [
│ │ │ │ │ -            [576, "fix-electrode-conp-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix nvk command": [
│ │ │ │ │ +            [652, "fix-nvk-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix electrode/conq command": [
│ │ │ │ │ -            [576, "fix-electrode-conq-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix nve/eff command": [
│ │ │ │ │ +            [644, "fix-nve-eff-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix electrode/thermo command": [
│ │ │ │ │ -            [576, "fix-electrode-thermo-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix nve/asphere/noforce command": [
│ │ │ │ │ +            [638, "fix-nve-asphere-noforce-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix evaporate command": [
│ │ │ │ │ -            [582, "fix-evaporate-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix nph/body command": [
│ │ │ │ │ +            [627, "fix-nph-body-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix indent command": [
│ │ │ │ │ -            [599, "fix-indent-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix npt/sphere command": [
│ │ │ │ │ +            [633, "fix-npt-sphere-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix manifoldforce command": [
│ │ │ │ │ -            [609, "fix-manifoldforce-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix nonaffine/displacement command": [
│ │ │ │ │ +            [625, "fix-nonaffine-displacement-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix_modify AtC commands": [
│ │ │ │ │ -            [614, "fix-modify-atc-commands"]
│ │ │ │ │ +        "fix numdiff command": [
│ │ │ │ │ +            [634, "fix-numdiff-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix langevin/eff command": [
│ │ │ │ │ -            [603, "fix-langevin-eff-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix nve/asphere command": [
│ │ │ │ │ +            [637, "fix-nve-asphere-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix_modify command": [
│ │ │ │ │ -            [613, "fix-modify-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix nvt/eff command": [
│ │ │ │ │ +            [623, "fix-nvt-eff-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix mvv/dpd command": [
│ │ │ │ │ -            [619, "fix-mvv-dpd-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix npt/eff command": [
│ │ │ │ │ +            [623, "fix-npt-eff-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix mvv/edpd command": [
│ │ │ │ │ -            [619, "fix-mvv-edpd-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix nph/eff command": [
│ │ │ │ │ +            [623, "fix-nph-eff-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix mvv/tdpd command": [
│ │ │ │ │ -            [619, "fix-mvv-tdpd-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix npt/cauchy command": [
│ │ │ │ │ +            [632, "fix-npt-cauchy-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix lb/viscous command": [
│ │ │ │ │ -            [607, "fix-lb-viscous-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix nve/awpmd command": [
│ │ │ │ │ +            [639, "fix-nve-awpmd-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix mdi/qm command": [
│ │ │ │ │ -            [610, "fix-mdi-qm-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix neb/spin command": [
│ │ │ │ │ +            [621, "fix-neb-spin-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix heat/flow command": [
│ │ │ │ │ -            [595, "fix-heat-flow-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix nph/sphere command": [
│ │ │ │ │ +            [628, "fix-nph-sphere-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "fix neb command": [
│ │ │ │ │              [620, "fix-neb-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix move command": [
│ │ │ │ │ -            [617, "fix-move-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "fix lb/momentum command": [
│ │ │ │ │ -            [606, "fix-lb-momentum-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "fix msst command": [
│ │ │ │ │ -            [618, "fix-msst-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "fix mol/swap command": [
│ │ │ │ │ -            [615, "fix-mol-swap-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix nphug command": [
│ │ │ │ │ +            [629, "fix-nphug-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix hyper/local command": [
│ │ │ │ │ -            [597, "fix-hyper-local-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix nve command": [
│ │ │ │ │ +            [636, "fix-nve-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix langevin command": [
│ │ │ │ │ -            [601, "fix-langevin-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix nvt command": [
│ │ │ │ │ +            [622, "fix-nvt-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix imd command": [
│ │ │ │ │ -            [598, "fix-imd-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix npt command": [
│ │ │ │ │ +            [622, "fix-npt-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix langevin/spin command": [
│ │ │ │ │ -            [604, "fix-langevin-spin-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix nph command": [
│ │ │ │ │ +            [622, "fix-nph-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix lineforce command": [
│ │ │ │ │ -            [608, "fix-lineforce-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix nvt/uef command": [
│ │ │ │ │ +            [624, "fix-nvt-uef-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix langevin/drude command": [
│ │ │ │ │ -            [602, "fix-langevin-drude-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix npt/uef command": [
│ │ │ │ │ +            [624, "fix-npt-uef-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix ipi command": [
│ │ │ │ │ -            [600, "fix-ipi-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix nph/asphere command": [
│ │ │ │ │ +            [626, "fix-nph-asphere-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix mdi/qmmm command": [
│ │ │ │ │ -            [611, "fix-mdi-qmmm-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix npt/asphere command": [
│ │ │ │ │ +            [630, "fix-npt-asphere-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix heat command": [
│ │ │ │ │ -            [594, "fix-heat-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix npt/body command": [
│ │ │ │ │ +            [631, "fix-npt-body-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix momentum command": [
│ │ │ │ │ -            [616, "fix-momentum-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix numdiff/virial command": [
│ │ │ │ │ +            [635, "fix-numdiff-virial-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix momentum/chunk command": [
│ │ │ │ │ -            [616, "fix-momentum-chunk-command"]
│ │ │ │ │ +        "Package details": [
│ │ │ │ │ +            [160, "package-details"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix hyper/global command": [
│ │ │ │ │ -            [596, "fix-hyper-global-command"]
│ │ │ │ │ +        "ADIOS package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "adios-package"],
│ │ │ │ │ +            [6, "adios-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix meso/move command": [
│ │ │ │ │ -            [612, "fix-meso-move-command"]
│ │ │ │ │ +        "AMOEBA package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "amoeba-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix lb/fluid command": [
│ │ │ │ │ -            [605, "fix-lb-fluid-command"]
│ │ │ │ │ +        "ASPHERE package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "asphere-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix append/atoms command": [
│ │ │ │ │ -            [540, "fix-append-atoms-command"]
│ │ │ │ │ +        "ATC package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "atc-package"],
│ │ │ │ │ +            [6, "atc-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix ave/correlate/long command": [
│ │ │ │ │ -            [546, "fix-ave-correlate-long-command"]
│ │ │ │ │ +        "AWPMD package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "awpmd-package"],
│ │ │ │ │ +            [6, "awpmd-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix bond/break command": [
│ │ │ │ │ -            [555, "fix-bond-break-command"]
│ │ │ │ │ +        "BOCS package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "bocs-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix deform command": [
│ │ │ │ │ -            [566, "fix-deform-command"]
│ │ │ │ │ +        "BODY package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "body-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix atom/swap command": [
│ │ │ │ │ -            [542, "fix-atom-swap-command"]
│ │ │ │ │ +        "BPM package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "bpm-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix balance command": [
│ │ │ │ │ -            [553, "fix-balance-command"]
│ │ │ │ │ +        "BROWNIAN package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "brownian-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix ave/correlate command": [
│ │ │ │ │ -            [545, "fix-ave-correlate-command"]
│ │ │ │ │ +        "CG-DNA package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "cg-dna-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix bond/react command": [
│ │ │ │ │ -            [557, "fix-bond-react-command"]
│ │ │ │ │ +        "CG-SPICA package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "cg-spica-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix atc command": [
│ │ │ │ │ -            [541, "fix-atc-command"]
│ │ │ │ │ +        "CLASS2 package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "class2-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix ave/atom command": [
│ │ │ │ │ -            [543, "fix-ave-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        "COLLOID package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "colloid-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix bond/swap command": [
│ │ │ │ │ -            [558, "fix-bond-swap-command"]
│ │ │ │ │ +        "COLVARS package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "colvars-package"],
│ │ │ │ │ +            [6, "colvars-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Fix ave/spatial command": [
│ │ │ │ │ -            [550, "fix-ave-spatial-command"],
│ │ │ │ │ -            [549, "fix-ave-spatial-command"]
│ │ │ │ │ +        "COMPRESS package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "compress-package"],
│ │ │ │ │ +            [6, "compress-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix ave/histo command": [
│ │ │ │ │ -            [548, "fix-ave-histo-command"]
│ │ │ │ │ +        "CORESHELL package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "coreshell-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix ave/histo/weight command": [
│ │ │ │ │ -            [548, "fix-ave-histo-weight-command"]
│ │ │ │ │ +        "DIELECTRIC package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "dielectric-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix aveforce command": [
│ │ │ │ │ -            [552, "fix-aveforce-command"]
│ │ │ │ │ +        "DIFFRACTION package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "diffraction-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix damping/cundall command": [
│ │ │ │ │ -            [565, "fix-damping-cundall-command"]
│ │ │ │ │ +        "DIPOLE package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "dipole-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix cmap command": [
│ │ │ │ │ -            [562, "fix-cmap-command"]
│ │ │ │ │ +        "DPD-BASIC package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "dpd-basic-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix charge/regulation command": [
│ │ │ │ │ -            [561, "fix-charge-regulation-command"]
│ │ │ │ │ +        "DPD-MESO package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "dpd-meso-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Output": [
│ │ │ │ │ -            [561, "output"],
│ │ │ │ │ -            [121, "output"]
│ │ │ │ │ +        "DPD-REACT package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "dpd-react-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix brownian command": [
│ │ │ │ │ -            [560, "fix-brownian-command"]
│ │ │ │ │ +        "DPD-SMOOTH package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "dpd-smooth-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix brownian/sphere command": [
│ │ │ │ │ -            [560, "fix-brownian-sphere-command"]
│ │ │ │ │ +        "DRUDE package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "drude-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix brownian/asphere command": [
│ │ │ │ │ -            [560, "fix-brownian-asphere-command"]
│ │ │ │ │ +        "EFF package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "eff-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix box/relax command": [
│ │ │ │ │ -            [559, "fix-box-relax-command"]
│ │ │ │ │ +        "ELECTRODE package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "electrode-package"],
│ │ │ │ │ +            [6, "electrode-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix ave/grid command": [
│ │ │ │ │ -            [547, "fix-ave-grid-command"]
│ │ │ │ │ +        "EXTRA-COMPUTE package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "extra-compute-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix ave/time command": [
│ │ │ │ │ -            [551, "fix-ave-time-command"]
│ │ │ │ │ +        "EXTRA-DUMP package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "extra-dump-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix ave/chunk command": [
│ │ │ │ │ -            [544, "fix-ave-chunk-command"]
│ │ │ │ │ +        "EXTRA-FIX package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "extra-fix-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix controller command": [
│ │ │ │ │ -            [564, "fix-controller-command"]
│ │ │ │ │ +        "EXTRA-MOLECULE package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "extra-molecule-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix colvars command": [
│ │ │ │ │ -            [563, "fix-colvars-command"]
│ │ │ │ │ +        "EXTRA-PAIR package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "extra-pair-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix bocs command": [
│ │ │ │ │ -            [554, "fix-bocs-command"]
│ │ │ │ │ +        "FEP package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "fep-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Further information": [
│ │ │ │ │ -            [554, "further-information"]
│ │ │ │ │ +        "GRANULAR package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "granular-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix bond/create command": [
│ │ │ │ │ -            [556, "fix-bond-create-command"]
│ │ │ │ │ +        "H5MD package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "h5md-package"],
│ │ │ │ │ +            [6, "h5md-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix bond/create/angle command": [
│ │ │ │ │ -            [556, "fix-bond-create-angle-command"]
│ │ │ │ │ +        "INTERLAYER package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "interlayer-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "dihedral_style quadratic command": [
│ │ │ │ │ -            [508, "dihedral-style-quadratic-command"]
│ │ │ │ │ +        "KIM package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "kim-package"],
│ │ │ │ │ +            [6, "kim-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute voronoi/atom command": [
│ │ │ │ │ -            [486, "compute-voronoi-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        "KSPACE package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "kspace-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "dihedral_style spherical command": [
│ │ │ │ │ -            [509, "dihedral-style-spherical-command"]
│ │ │ │ │ +        "LATBOLTZ package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "latboltz-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "dihedral_style nharmonic command": [
│ │ │ │ │ -            [505, "dihedral-style-nharmonic-command"]
│ │ │ │ │ +        "LEPTON package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "lepton-package"],
│ │ │ │ │ +            [6, "lepton-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "dihedral_style multi/harmonic command": [
│ │ │ │ │ -            [504, "dihedral-style-multi-harmonic-command"]
│ │ │ │ │ +        "MACHDYN package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "machdyn-package"],
│ │ │ │ │ +            [6, "machdyn-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute xrd command": [
│ │ │ │ │ -            [487, "compute-xrd-command"]
│ │ │ │ │ +        "MANIFOLD package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "manifold-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "dielectric command": [
│ │ │ │ │ -            [494, "dielectric-command"]
│ │ │ │ │ +        "MANYBODY package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "manybody-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "dihedral_coeff command": [
│ │ │ │ │ -            [497, "dihedral-coeff-command"]
│ │ │ │ │ +        "MC package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "mc-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "dihedral_style helix command": [
│ │ │ │ │ -            [501, "dihedral-style-helix-command"]
│ │ │ │ │ +        "MDI package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "mdi-package"],
│ │ │ │ │ +            [6, "mdi-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "dihedral_style class2 command": [
│ │ │ │ │ -            [496, "dihedral-style-class2-command"]
│ │ │ │ │ +        "MESONT package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "mesont-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "dihedral_style opls command": [
│ │ │ │ │ -            [507, "dihedral-style-opls-command"]
│ │ │ │ │ +        "MGPT package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "mgpt-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "dihedral_style harmonic command": [
│ │ │ │ │ -            [500, "dihedral-style-harmonic-command"]
│ │ │ │ │ +        "MISC package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "misc-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "dihedral_style command": [
│ │ │ │ │ -            [510, "dihedral-style-command"]
│ │ │ │ │ +        "ML-HDNNP package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "ml-hdnnp-package"],
│ │ │ │ │ +            [6, "ml-hdnnp-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "dihedral_style table command": [
│ │ │ │ │ -            [511, "dihedral-style-table-command"]
│ │ │ │ │ +        "ML-IAP package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "ml-iap-package"],
│ │ │ │ │ +            [6, "ml-iap-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "dihedral_style table/cut command": [
│ │ │ │ │ -            [511, "dihedral-style-table-cut-command"]
│ │ │ │ │ +        "ML-PACE package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "ml-pace-package"],
│ │ │ │ │ +            [6, "ml-pace-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "delete_bonds command": [
│ │ │ │ │ -            [493, "delete-bonds-command"]
│ │ │ │ │ +        "ML-POD package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "ml-pod-package"],
│ │ │ │ │ +            [6, "ml-pod-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "create_bonds command": [
│ │ │ │ │ -            [490, "create-bonds-command"]
│ │ │ │ │ +        "ML-QUIP package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "ml-quip-package"],
│ │ │ │ │ +            [6, "ml-quip-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "dihedral_style fourier command": [
│ │ │ │ │ -            [499, "dihedral-style-fourier-command"]
│ │ │ │ │ +        "ML-RANN package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "ml-rann-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "create_atoms command": [
│ │ │ │ │ -            [489, "create-atoms-command"]
│ │ │ │ │ +        "ML-SNAP package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "ml-snap-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "dihedral_style none command": [
│ │ │ │ │ -            [506, "dihedral-style-none-command"]
│ │ │ │ │ +        "MOFFF package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "mofff-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "dihedral_write command": [
│ │ │ │ │ -            [512, "dihedral-write-command"]
│ │ │ │ │ +        "MOLECULE package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "molecule-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Computes": [
│ │ │ │ │ -            [488, "computes"]
│ │ │ │ │ +        "MOLFILE package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "molfile-package"],
│ │ │ │ │ +            [6, "molfile-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "dihedral_style hybrid command": [
│ │ │ │ │ -            [502, "dihedral-style-hybrid-command"]
│ │ │ │ │ +        "NETCDF package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "netcdf-package"],
│ │ │ │ │ +            [6, "netcdf-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "dihedral_style cosine/shift/exp command": [
│ │ │ │ │ -            [498, "dihedral-style-cosine-shift-exp-command"]
│ │ │ │ │ +        "ORIENT package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "orient-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "delete_atoms command": [
│ │ │ │ │ -            [492, "delete-atoms-command"]
│ │ │ │ │ +        "PERI package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "peri-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "dihedral_style charmm command": [
│ │ │ │ │ -            [495, "dihedral-style-charmm-command"]
│ │ │ │ │ +        "PHONON package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "phonon-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "dihedral_style charmmfsw command": [
│ │ │ │ │ -            [495, "dihedral-style-charmmfsw-command"]
│ │ │ │ │ +        "PLUGIN package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "plugin-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "create_box command": [
│ │ │ │ │ -            [491, "create-box-command"]
│ │ │ │ │ +        "PLUMED package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "plumed-package"],
│ │ │ │ │ +            [6, "plumed-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "dihedral_style lepton command": [
│ │ │ │ │ -            [503, "dihedral-style-lepton-command"]
│ │ │ │ │ +        "POEMS package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "poems-package"],
│ │ │ │ │ +            [6, "poems-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute viscosity/cos command": [
│ │ │ │ │ -            [485, "compute-viscosity-cos-command"]
│ │ │ │ │ +        "PTM package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "ptm-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute temp/cs command": [
│ │ │ │ │ -            [468, "compute-temp-cs-command"]
│ │ │ │ │ +        "PYTHON package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "python-package"],
│ │ │ │ │ +            [6, "python-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute temp/sphere command": [
│ │ │ │ │ -            [479, "compute-temp-sphere-command"]
│ │ │ │ │ +        "QEQ package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "qeq-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute temp/profile command": [
│ │ │ │ │ -            [474, "compute-temp-profile-command"]
│ │ │ │ │ +        "QMMM package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "qmmm-package"],
│ │ │ │ │ +            [6, "qmmm-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute temp/ramp command": [
│ │ │ │ │ -            [475, "compute-temp-ramp-command"]
│ │ │ │ │ +        "QTB package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "qtb-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute temp/com command": [
│ │ │ │ │ -            [467, "compute-temp-com-command"]
│ │ │ │ │ +        "REACTION package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "reaction-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute tdpd/cc/atom command": [
│ │ │ │ │ -            [462, "compute-tdpd-cc-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        "REAXFF package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "reaxff-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute temp/partial command": [
│ │ │ │ │ -            [473, "compute-temp-partial-command"]
│ │ │ │ │ +        "REPLICA package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "replica-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute ti command": [
│ │ │ │ │ -            [481, "compute-ti-command"]
│ │ │ │ │ +        "RIGID package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "rigid-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute temp/region/eff command": [
│ │ │ │ │ -            [477, "compute-temp-region-eff-command"]
│ │ │ │ │ +        "SCAFACOS package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "scafacos-package"],
│ │ │ │ │ +            [6, "scafacos-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute temp/rotate command": [
│ │ │ │ │ -            [478, "compute-temp-rotate-command"]
│ │ │ │ │ +        "SHOCK package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "shock-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute vacf command": [
│ │ │ │ │ -            [483, "compute-vacf-command"]
│ │ │ │ │ +        "SMTBQ package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "smtbq-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute vcm/chunk command": [
│ │ │ │ │ -            [484, "compute-vcm-chunk-command"]
│ │ │ │ │ +        "SPH package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "sph-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute temp/drude command": [
│ │ │ │ │ -            [471, "compute-temp-drude-command"]
│ │ │ │ │ +        "SPIN package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "spin-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute temp/chunk command": [
│ │ │ │ │ -            [466, "compute-temp-chunk-command"]
│ │ │ │ │ +        "SRD package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "srd-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute temp/body command": [
│ │ │ │ │ -            [465, "compute-temp-body-command"]
│ │ │ │ │ +        "TALLY package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "tally-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute stress/cylinder command": [
│ │ │ │ │ -            [459, "compute-stress-cylinder-command"]
│ │ │ │ │ +        "UEF package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "uef-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute stress/spherical command": [
│ │ │ │ │ -            [459, "compute-stress-spherical-command"]
│ │ │ │ │ +        "VORONOI package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "voronoi-package"],
│ │ │ │ │ +            [6, "voronoi-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute stress/mop command": [
│ │ │ │ │ -            [460, "compute-stress-mop-command"]
│ │ │ │ │ +        "VTK package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "vtk-package"],
│ │ │ │ │ +            [6, "vtk-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute stress/mop/profile command": [
│ │ │ │ │ -            [460, "compute-stress-mop-profile-command"]
│ │ │ │ │ +        "YAFF package": [
│ │ │ │ │ +            [160, "yaff-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute temp/region command": [
│ │ │ │ │ -            [476, "compute-temp-region-command"]
│ │ │ │ │ +        "Calling Python from LAMMPS": [
│ │ │ │ │ +            [163, "calling-python-from-lammps"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute force/tally command": [
│ │ │ │ │ -            [461, "compute-force-tally-command"]
│ │ │ │ │ +        "Installing the LAMMPS Python Module and Shared Library": [
│ │ │ │ │ +            [172, "installing-the-lammps-python-module-and-shared-library"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute heat/flux/tally command": [
│ │ │ │ │ -            [461, "compute-heat-flux-tally-command"]
│ │ │ │ │ +        "Extending Python to run in parallel": [
│ │ │ │ │ +            [172, "extending-python-to-run-in-parallel"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute heat/flux/virial/tally command": [
│ │ │ │ │ -            [461, "compute-heat-flux-virial-tally-command"]
│ │ │ │ │ +        "The lammps Python module": [
│ │ │ │ │ +            [174, "module-lammps"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute pe/tally command": [
│ │ │ │ │ -            [461, "compute-pe-tally-command"]
│ │ │ │ │ +        "Version check": [
│ │ │ │ │ +            [174, null]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute pe/mol/tally command": [
│ │ │ │ │ -            [461, "compute-pe-mol-tally-command"]
│ │ │ │ │ +        "The lammps class API": [
│ │ │ │ │ +            [174, "the-lammps-class-api"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute stress/tally command": [
│ │ │ │ │ -            [461, "compute-stress-tally-command"]
│ │ │ │ │ +        "The PyLammps class API": [
│ │ │ │ │ +            [174, "the-pylammps-class-api"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute temp/deform/eff command": [
│ │ │ │ │ -            [470, "compute-temp-deform-eff-command"]
│ │ │ │ │ +        "The IPyLammps class API": [
│ │ │ │ │ +            [174, "the-ipylammps-class-api"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute temp/eff command": [
│ │ │ │ │ -            [472, "compute-temp-eff-command"]
│ │ │ │ │ +        "Additional components of the lammps module": [
│ │ │ │ │ +            [174, "additional-components-of-the-lammps-module"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute temp/asphere command": [
│ │ │ │ │ -            [464, "compute-temp-asphere-command"]
│ │ │ │ │ +        "Data Types": [
│ │ │ │ │ +            [174, "data-types"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute temp command": [
│ │ │ │ │ -            [463, "compute-temp-command"]
│ │ │ │ │ +        "Style Constants": [
│ │ │ │ │ +            [174, "style-constants"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute torque/chunk command": [
│ │ │ │ │ -            [482, "compute-torque-chunk-command"]
│ │ │ │ │ +        "Type Constants": [
│ │ │ │ │ +            [174, "type-constants"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute temp/uef command": [
│ │ │ │ │ -            [480, "compute-temp-uef-command"]
│ │ │ │ │ +        "Variable Type Constants": [
│ │ │ │ │ +            [174, "variable-type-constants"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute temp/deform command": [
│ │ │ │ │ -            [469, "compute-temp-deform-command"]
│ │ │ │ │ +        "Classes representing internal objects": [
│ │ │ │ │ +            [174, "classes-representing-internal-objects"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute smd/triangle/vertices command": [
│ │ │ │ │ -            [445, "compute-smd-triangle-vertices-command"]
│ │ │ │ │ +        "Run LAMMPS from Python": [
│ │ │ │ │ +            [179, "run-lammps-from-python"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute stress/cartesian command": [
│ │ │ │ │ -            [458, "compute-stress-cartesian-command"]
│ │ │ │ │ +        "Handling LAMMPS errors": [
│ │ │ │ │ +            [166, "handling-lammps-errors"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute smd/plastic/strain command": [
│ │ │ │ │ -            [435, "compute-smd-plastic-strain-command"]
│ │ │ │ │ +        "Example Python scripts": [
│ │ │ │ │ +            [167, "example-python-scripts"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute smd/ulsph/strain/rate command": [
│ │ │ │ │ -            [449, "compute-smd-ulsph-strain-rate-command"]
│ │ │ │ │ +        "Compute, fixes, variables": [
│ │ │ │ │ +            [176, "compute-fixes-variables"],
│ │ │ │ │ +            [134, "compute-fixes-variables"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute smd/tlsph/strain/rate command": [
│ │ │ │ │ -            [443, "compute-smd-tlsph-strain-rate-command"]
│ │ │ │ │ +        "Extending the Python interface": [
│ │ │ │ │ +            [169, "extending-the-python-interface"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute smd/tlsph/strain command": [
│ │ │ │ │ -            [442, "compute-smd-tlsph-strain-command"]
│ │ │ │ │ +        "Running LAMMPS and Python in serial": [
│ │ │ │ │ +            [173, "running-lammps-and-python-in-serial"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute smd/ulsph/num/neighs command": [
│ │ │ │ │ -            [447, "compute-smd-ulsph-num-neighs-command"]
│ │ │ │ │ +        "Running LAMMPS and Python in parallel with MPI": [
│ │ │ │ │ +            [173, "running-lammps-and-python-in-parallel-with-mpi"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute smd/tlsph/defgrad command": [
│ │ │ │ │ -            [438, "compute-smd-tlsph-defgrad-command"]
│ │ │ │ │ +        "Running Python scripts": [
│ │ │ │ │ +            [173, "running-python-scripts"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute sna/atom command": [
│ │ │ │ │ -            [452, "compute-sna-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        "System properties": [
│ │ │ │ │ +            [178, "system-properties"],
│ │ │ │ │ +            [135, "system-properties"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute snad/atom command": [
│ │ │ │ │ -            [452, "compute-snad-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        "Available Packages": [
│ │ │ │ │ +            [161, "available-packages"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute snav/atom command": [
│ │ │ │ │ -            [452, "compute-snav-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        "Output Readers": [
│ │ │ │ │ +            [170, "module-lammps.formats"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute snap command": [
│ │ │ │ │ -            [452, "compute-snap-command"]
│ │ │ │ │ +        "Executing commands": [
│ │ │ │ │ +            [168, "executing-commands"],
│ │ │ │ │ +            [132, "executing-commands"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute sna/grid command": [
│ │ │ │ │ -            [452, "compute-sna-grid-command"]
│ │ │ │ │ +        "Configuration information": [
│ │ │ │ │ +            [164, "configuration-information"],
│ │ │ │ │ +            [130, "configuration-information"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute sna/grid/local command": [
│ │ │ │ │ -            [452, "compute-sna-grid-local-command"]
│ │ │ │ │ +        "Neighbor list access": [
│ │ │ │ │ +            [175, "neighbor-list-access"],
│ │ │ │ │ +            [133, "neighbor-list-access"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute spin command": [
│ │ │ │ │ -            [456, "compute-spin-command"]
│ │ │ │ │ +        "Use Python with LAMMPS": [
│ │ │ │ │ +            [171, "use-python-with-lammps"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute smd/tlsph/num/neighs command": [
│ │ │ │ │ -            [440, "compute-smd-tlsph-num-neighs-command"]
│ │ │ │ │ +        "Per-atom properties": [
│ │ │ │ │ +            [162, "per-atom-properties"],
│ │ │ │ │ +            [129, "per-atom-properties"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute smd/tlsph/stress command": [
│ │ │ │ │ -            [444, "compute-smd-tlsph-stress-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix mol/swap command": [
│ │ │ │ │ +            [615, "fix-mol-swap-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute smd/vol command": [
│ │ │ │ │ -            [451, "compute-smd-vol-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix lb/momentum command": [
│ │ │ │ │ +            [606, "fix-lb-momentum-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute smd/tlsph/shape command": [
│ │ │ │ │ -            [441, "compute-smd-tlsph-shape-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix lb/viscous command": [
│ │ │ │ │ +            [607, "fix-lb-viscous-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute sph/e/atom command": [
│ │ │ │ │ -            [453, "compute-sph-e-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix langevin command": [
│ │ │ │ │ +            [601, "fix-langevin-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute smd/internal/energy command": [
│ │ │ │ │ -            [434, "compute-smd-internal-energy-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix mvv/dpd command": [
│ │ │ │ │ +            [619, "fix-mvv-dpd-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Output Info": [
│ │ │ │ │ -            [434, "output-info"]
│ │ │ │ │ +        "fix mvv/edpd command": [
│ │ │ │ │ +            [619, "fix-mvv-edpd-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute smd/ulsph/stress command": [
│ │ │ │ │ -            [450, "compute-smd-ulsph-stress-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix mvv/tdpd command": [
│ │ │ │ │ +            [619, "fix-mvv-tdpd-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute sph/rho/atom command": [
│ │ │ │ │ -            [454, "compute-sph-rho-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix ipi command": [
│ │ │ │ │ +            [600, "fix-ipi-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute smd/tlsph/dt command": [
│ │ │ │ │ -            [439, "compute-smd-tlsph-dt-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix_modify AtC commands": [
│ │ │ │ │ +            [614, "fix-modify-atc-commands"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute sph/t/atom command": [
│ │ │ │ │ -            [455, "compute-sph-t-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix move command": [
│ │ │ │ │ +            [617, "fix-move-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute smd/rho command": [
│ │ │ │ │ -            [437, "compute-smd-rho-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix mdi/qmmm command": [
│ │ │ │ │ +            [611, "fix-mdi-qmmm-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute smd/hourglass/error command": [
│ │ │ │ │ -            [433, "compute-smd-hourglass-error-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix meso/move command": [
│ │ │ │ │ +            [612, "fix-meso-move-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute smd/ulsph/effm command": [
│ │ │ │ │ -            [446, "compute-smd-ulsph-effm-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix_modify command": [
│ │ │ │ │ +            [613, "fix-modify-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute smd/plastic/strain/rate command": [
│ │ │ │ │ -            [436, "compute-smd-plastic-strain-rate-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix msst command": [
│ │ │ │ │ +            [618, "fix-msst-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute stress/atom command": [
│ │ │ │ │ -            [457, "compute-stress-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix langevin/spin command": [
│ │ │ │ │ +            [604, "fix-langevin-spin-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute centroid/stress/atom command": [
│ │ │ │ │ -            [457, "compute-centroid-stress-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix manifoldforce command": [
│ │ │ │ │ +            [609, "fix-manifoldforce-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute smd/damage command": [
│ │ │ │ │ -            [432, "compute-smd-damage-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix langevin/eff command": [
│ │ │ │ │ +            [603, "fix-langevin-eff-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute smd/ulsph/strain command": [
│ │ │ │ │ -            [448, "compute-smd-ulsph-strain-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix lineforce command": [
│ │ │ │ │ +            [608, "fix-lineforce-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "LAMMPS features": [
│ │ │ │ │ -            [121, "lammps-features"]
│ │ │ │ │ +        "fix langevin/drude command": [
│ │ │ │ │ +            [602, "fix-langevin-drude-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "General features": [
│ │ │ │ │ -            [121, "general-features"]
│ │ │ │ │ +        "fix mdi/qm command": [
│ │ │ │ │ +            [610, "fix-mdi-qm-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Particle and model types": [
│ │ │ │ │ -            [121, "particle-and-model-types"]
│ │ │ │ │ +        "fix momentum command": [
│ │ │ │ │ +            [616, "fix-momentum-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Interatomic potentials (force fields)": [
│ │ │ │ │ -            [121, "interatomic-potentials-force-fields"]
│ │ │ │ │ +        "fix momentum/chunk command": [
│ │ │ │ │ +            [616, "fix-momentum-chunk-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Atom creation": [
│ │ │ │ │ -            [121, "atom-creation"]
│ │ │ │ │ +        "fix lb/fluid command": [
│ │ │ │ │ +            [605, "fix-lb-fluid-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Ensembles, constraints, and boundary conditions": [
│ │ │ │ │ -            [121, "ensembles-constraints-and-boundary-conditions"]
│ │ │ │ │ +        "fix ffl command": [
│ │ │ │ │ +            [584, "fix-ffl-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Integrators": [
│ │ │ │ │ -            [121, "integrators"]
│ │ │ │ │ +        "fix freeze command": [
│ │ │ │ │ +            [587, "fix-freeze-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Diagnostics": [
│ │ │ │ │ -            [121, "diagnostics"]
│ │ │ │ │ +        "fix external command": [
│ │ │ │ │ +            [583, "fix-external-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Multi-replica models": [
│ │ │ │ │ -            [121, "multi-replica-models"]
│ │ │ │ │ +        "fix gle command": [
│ │ │ │ │ +            [590, "fix-gle-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Pre- and post-processing": [
│ │ │ │ │ -            [121, "pre-and-post-processing"]
│ │ │ │ │ +        "fix indent command": [
│ │ │ │ │ +            [599, "fix-indent-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Specialized features": [
│ │ │ │ │ -            [121, "specialized-features"]
│ │ │ │ │ +        "fix halt command": [
│ │ │ │ │ +            [593, "fix-halt-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Download the LAMMPS source with git": [
│ │ │ │ │ -            [113, "download-the-lammps-source-with-git"]
│ │ │ │ │ +        "fix hyper/global command": [
│ │ │ │ │ +            [596, "fix-hyper-global-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Saving time and disk space when using git clone": [
│ │ │ │ │ -            [113, null]
│ │ │ │ │ +        "fix heat/flow command": [
│ │ │ │ │ +            [595, "fix-heat-flow-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Git protocols": [
│ │ │ │ │ -            [113, null]
│ │ │ │ │ +        "fix gcmc command": [
│ │ │ │ │ +            [588, "fix-gcmc-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Using LAMMPS on Windows 10 with WSL": [
│ │ │ │ │ -            [110, "using-lammps-on-windows-10-with-wsl"]
│ │ │ │ │ +        "fix filter/corotate command": [
│ │ │ │ │ +            [585, "fix-filter-corotate-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Upgrade to the latest Windows 10": [
│ │ │ │ │ -            [110, "upgrade-to-the-latest-windows-10"]
│ │ │ │ │ +        "fix hyper/local command": [
│ │ │ │ │ +            [597, "fix-hyper-local-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Enable WSL": [
│ │ │ │ │ -            [110, "enable-wsl"]
│ │ │ │ │ +        "fix heat command": [
│ │ │ │ │ +            [594, "fix-heat-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Update WSL kernel component": [
│ │ │ │ │ -            [110, "update-wsl-kernel-component"]
│ │ │ │ │ +        "fix gravity command": [
│ │ │ │ │ +            [591, "fix-gravity-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Set WSL2 as default": [
│ │ │ │ │ -            [110, "set-wsl2-as-default"]
│ │ │ │ │ +        "fix grem command": [
│ │ │ │ │ +            [592, "fix-grem-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Install a Linux Distribution": [
│ │ │ │ │ -            [110, "install-a-linux-distribution"]
│ │ │ │ │ +        "fix evaporate command": [
│ │ │ │ │ +            [582, "fix-evaporate-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Initial Setup": [
│ │ │ │ │ -            [110, "initial-setup"]
│ │ │ │ │ +        "fix eos/table/rx command": [
│ │ │ │ │ +            [581, "fix-eos-table-rx-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Windows Explorer / WSL integration": [
│ │ │ │ │ -            [110, "windows-explorer-wsl-integration"]
│ │ │ │ │ +        "fix flow/gauss command": [
│ │ │ │ │ +            [586, "fix-flow-gauss-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Compiling LAMMPS": [
│ │ │ │ │ -            [110, "compiling-lammps"]
│ │ │ │ │ +        "fix eos/table command": [
│ │ │ │ │ +            [580, "fix-eos-table-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Install prerequisite packages": [
│ │ │ │ │ -            [110, "install-prerequisite-packages"]
│ │ │ │ │ +        "fix imd command": [
│ │ │ │ │ +            [598, "fix-imd-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Download LAMMPS": [
│ │ │ │ │ -            [110, "download-lammps"]
│ │ │ │ │ +        "fix gld command": [
│ │ │ │ │ +            [589, "fix-gld-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Option 1: Download a LAMMPS tarball using wget": [
│ │ │ │ │ -            [110, "option-1-download-a-lammps-tarball-using-wget"]
│ │ │ │ │ +        "fix dt/reset command": [
│ │ │ │ │ +            [573, "fix-dt-reset-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Option 2: Download a LAMMPS development version from GitHub": [
│ │ │ │ │ -            [110, "option-2-download-a-lammps-development-version-from-github"]
│ │ │ │ │ +        "fix cmap command": [
│ │ │ │ │ +            [562, "fix-cmap-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Configure and Compile LAMMPS with CMake": [
│ │ │ │ │ -            [110, "configure-and-compile-lammps-with-cmake"]
│ │ │ │ │ +        "fix colvars command": [
│ │ │ │ │ +            [563, "fix-colvars-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Running an example script": [
│ │ │ │ │ -            [110, "running-an-example-script"]
│ │ │ │ │ +        "fix electron/stopping command": [
│ │ │ │ │ +            [577, "fix-electron-stopping-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Final steps": [
│ │ │ │ │ -            [110, "final-steps"]
│ │ │ │ │ +        "fix electron/stopping/fit command": [
│ │ │ │ │ +            [577, "fix-electron-stopping-fit-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Conclusion": [
│ │ │ │ │ -            [110, "conclusion"]
│ │ │ │ │ +        "fix brownian command": [
│ │ │ │ │ +            [560, "fix-brownian-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Extending the C API": [
│ │ │ │ │ -            [128, "extending-the-c-api"]
│ │ │ │ │ +        "fix brownian/sphere command": [
│ │ │ │ │ +            [560, "fix-brownian-sphere-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Walls": [
│ │ │ │ │ -            [109, "walls"]
│ │ │ │ │ +        "fix brownian/asphere command": [
│ │ │ │ │ +            [560, "fix-brownian-asphere-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Visualize LAMMPS snapshots": [
│ │ │ │ │ -            [108, "visualize-lammps-snapshots"]
│ │ │ │ │ +        "fix efield command": [
│ │ │ │ │ +            [574, "fix-efield-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Download an executable for Linux or macOS via Conda": [
│ │ │ │ │ -            [112, "download-an-executable-for-linux-or-macos-via-conda"]
│ │ │ │ │ +        "fix efield/tip4p command": [
│ │ │ │ │ +            [574, "fix-efield-tip4p-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Install LAMMPS": [
│ │ │ │ │ -            [111, "install-lammps"]
│ │ │ │ │ +        "fix drude command": [
│ │ │ │ │ +            [571, "fix-drude-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Download an executable for macOS": [
│ │ │ │ │ -            [115, "download-an-executable-for-macos"]
│ │ │ │ │ +        "fix electrode/conp command": [
│ │ │ │ │ +            [576, "fix-electrode-conp-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Overview of LAMMPS": [
│ │ │ │ │ -            [124, "overview-of-lammps"]
│ │ │ │ │ +        "fix electrode/conq command": [
│ │ │ │ │ +            [576, "fix-electrode-conq-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Download source and documentation as a tarball": [
│ │ │ │ │ -            [116, "download-source-and-documentation-as-a-tarball"]
│ │ │ │ │ +        "fix electrode/thermo command": [
│ │ │ │ │ +            [576, "fix-electrode-thermo-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "LAMMPS portability and compatibility": [
│ │ │ │ │ -            [125, "lammps-portability-and-compatibility"]
│ │ │ │ │ +        "fix drag command": [
│ │ │ │ │ +            [570, "fix-drag-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Programming language standards": [
│ │ │ │ │ -            [125, "programming-language-standards"]
│ │ │ │ │ +        "fix ehex command": [
│ │ │ │ │ +            [575, "fix-ehex-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Build systems": [
│ │ │ │ │ -            [125, "build-systems"]
│ │ │ │ │ +        "fix enforce2d command": [
│ │ │ │ │ +            [578, "fix-enforce2d-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Operating systems": [
│ │ │ │ │ -            [125, "operating-systems"]
│ │ │ │ │ +        "fix deposit command": [
│ │ │ │ │ +            [567, "fix-deposit-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Compilers": [
│ │ │ │ │ -            [125, "compilers"]
│ │ │ │ │ +        "fix edpd/source command": [
│ │ │ │ │ +            [569, "fix-edpd-source-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "CPU architectures": [
│ │ │ │ │ -            [125, "cpu-architectures"]
│ │ │ │ │ +        "fix tdpd/source command": [
│ │ │ │ │ +            [569, "fix-tdpd-source-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Portability compliance": [
│ │ │ │ │ -            [125, "portability-compliance"]
│ │ │ │ │ +        "fix eos/cv command": [
│ │ │ │ │ +            [579, "fix-eos-cv-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Download an executable for Linux": [
│ │ │ │ │ -            [114, "download-an-executable-for-linux"]
│ │ │ │ │ +        "fix charge/regulation command": [
│ │ │ │ │ +            [561, "fix-charge-regulation-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Pre-built static Linux x86_64 executables": [
│ │ │ │ │ -            [114, "pre-built-static-linux-x86-64-executables"]
│ │ │ │ │ +        "Output": [
│ │ │ │ │ +            [561, "output"],
│ │ │ │ │ +            [121, "output"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Pre-built Ubuntu and Debian Linux executables": [
│ │ │ │ │ -            [114, "pre-built-ubuntu-and-debian-linux-executables"]
│ │ │ │ │ +        "fix damping/cundall command": [
│ │ │ │ │ +            [565, "fix-damping-cundall-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Pre-built Fedora Linux executables": [
│ │ │ │ │ -            [114, "pre-built-fedora-linux-executables"]
│ │ │ │ │ +        "fix deform command": [
│ │ │ │ │ +            [566, "fix-deform-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Pre-built EPEL Linux executable": [
│ │ │ │ │ -            [114, "pre-built-epel-linux-executable"]
│ │ │ │ │ +        "fix dpd/energy command": [
│ │ │ │ │ +            [568, "fix-dpd-energy-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Pre-built OpenSuse Linux executable": [
│ │ │ │ │ -            [114, "pre-built-opensuse-linux-executable"]
│ │ │ │ │ +        "fix controller command": [
│ │ │ │ │ +            [564, "fix-controller-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Gentoo Linux executable": [
│ │ │ │ │ -            [114, "gentoo-linux-executable"]
│ │ │ │ │ +        "fix drude/transform/direct command": [
│ │ │ │ │ +            [572, "fix-drude-transform-direct-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Archlinux build-script": [
│ │ │ │ │ -            [114, "archlinux-build-script"]
│ │ │ │ │ +        "fix drude/transform/inverse command": [
│ │ │ │ │ +            [572, "fix-drude-transform-inverse-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "LAMMPS non-features": [
│ │ │ │ │ -            [122, "lammps-non-features"]
│ │ │ │ │ +        "fix ave/time command": [
│ │ │ │ │ +            [551, "fix-ave-time-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Download an executable for Windows": [
│ │ │ │ │ -            [117, "download-an-executable-for-windows"]
│ │ │ │ │ +        "Fix ave/spatial command": [
│ │ │ │ │ +            [549, "fix-ave-spatial-command"],
│ │ │ │ │ +            [550, "fix-ave-spatial-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Authors of LAMMPS": [
│ │ │ │ │ -            [119, "authors-of-lammps"]
│ │ │ │ │ +        "fix bond/create command": [
│ │ │ │ │ +            [556, "fix-bond-create-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Additional website links": [
│ │ │ │ │ -            [126, "additional-website-links"]
│ │ │ │ │ +        "fix bond/create/angle command": [
│ │ │ │ │ +            [556, "fix-bond-create-angle-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "LAMMPS open-source license": [
│ │ │ │ │ -            [123, "lammps-open-source-license"]
│ │ │ │ │ +        "fix ave/correlate/long command": [
│ │ │ │ │ +            [546, "fix-ave-correlate-long-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "GPL version of LAMMPS": [
│ │ │ │ │ -            [123, "gpl-version-of-lammps"]
│ │ │ │ │ +        "fix bocs command": [
│ │ │ │ │ +            [554, "fix-bocs-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "LGPL version of LAMMPS": [
│ │ │ │ │ -            [123, "lgpl-version-of-lammps"]
│ │ │ │ │ +        "Further information": [
│ │ │ │ │ +            [554, "further-information"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "LAMMPS Library Interfaces": [
│ │ │ │ │ -            [127, "lammps-library-interfaces"]
│ │ │ │ │ +        "fix balance command": [
│ │ │ │ │ +            [553, "fix-balance-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Thread-safety": [
│ │ │ │ │ -            [127, "thread-safety"]
│ │ │ │ │ +        "fix box/relax command": [
│ │ │ │ │ +            [559, "fix-box-relax-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "LAMMPS C Library API": [
│ │ │ │ │ -            [127, "lammps-c-library-api"]
│ │ │ │ │ +        "fix append/atoms command": [
│ │ │ │ │ +            [540, "fix-append-atoms-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Errors versus exceptions": [
│ │ │ │ │ -            [127, null]
│ │ │ │ │ +        "fix ave/histo command": [
│ │ │ │ │ +            [548, "fix-ave-histo-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Using the C library interface as a plugin": [
│ │ │ │ │ -            [127, null]
│ │ │ │ │ +        "fix ave/histo/weight command": [
│ │ │ │ │ +            [548, "fix-ave-histo-weight-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "LAMMPS Python APIs": [
│ │ │ │ │ -            [127, "lammps-python-apis"]
│ │ │ │ │ +        "fix atom/swap command": [
│ │ │ │ │ +            [542, "fix-atom-swap-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "LAMMPS Fortran API": [
│ │ │ │ │ -            [127, "lammps-fortran-api"]
│ │ │ │ │ +        "fix atc command": [
│ │ │ │ │ +            [541, "fix-atc-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "LAMMPS C++ API": [
│ │ │ │ │ -            [127, "lammps-cplusplus-api"]
│ │ │ │ │ +        "fix aveforce command": [
│ │ │ │ │ +            [552, "fix-aveforce-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Citing LAMMPS": [
│ │ │ │ │ -            [120, "citing-lammps"]
│ │ │ │ │ +        "fix bond/react command": [
│ │ │ │ │ +            [557, "fix-bond-react-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Core Algorithms": [
│ │ │ │ │ -            [120, "core-algorithms"]
│ │ │ │ │ +        "fix ave/chunk command": [
│ │ │ │ │ +            [544, "fix-ave-chunk-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "DOI for the LAMMPS source code": [
│ │ │ │ │ -            [120, "doi-for-the-lammps-source-code"]
│ │ │ │ │ +        "fix bond/break command": [
│ │ │ │ │ +            [555, "fix-bond-break-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Home page": [
│ │ │ │ │ -            [120, "home-page"]
│ │ │ │ │ +        "fix bond/swap command": [
│ │ │ │ │ +            [558, "fix-bond-swap-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Citing contributions": [
│ │ │ │ │ -            [120, "citing-contributions"]
│ │ │ │ │ +        "fix ave/grid command": [
│ │ │ │ │ +            [547, "fix-ave-grid-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Introduction": [
│ │ │ │ │ -            [118, "introduction"]
│ │ │ │ │ +        "fix ave/correlate command": [
│ │ │ │ │ +            [545, "fix-ave-correlate-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "displace_atoms command": [
│ │ │ │ │ -            [516, "displace-atoms-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix ave/atom command": [
│ │ │ │ │ +            [543, "fix-ave-atom-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "dimension command": [
│ │ │ │ │ -            [515, "dimension-command"]
│ │ │ │ │ +        "dump_modify command": [
│ │ │ │ │ +            [522, "dump-modify-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "dihedral_style zero command": [
│ │ │ │ │ -            [513, "dihedral-style-zero-command"]
│ │ │ │ │ +        "dump_modify command for image/movie options": [
│ │ │ │ │ +            [522, "dump-modify-command-for-image-movie-options"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "dynamical_matrix command": [
│ │ │ │ │              [527, "dynamical-matrix-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "fitpod command": [
│ │ │ │ │              [529, "fitpod-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ @@ -27258,38 +27929,19 @@
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "Quadratic Proper Orthogonal Descriptor Potentials": [
│ │ │ │ │              [529, "quadratic-proper-orthogonal-descriptor-potentials"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "Training": [
│ │ │ │ │              [529, "training"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix addtorque command": [
│ │ │ │ │ -            [536, "fix-addtorque-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "fix addforce command": [
│ │ │ │ │ -            [535, "fix-addforce-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "fix alchemy command": [
│ │ │ │ │ -            [537, "fix-alchemy-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "dump h5md command": [
│ │ │ │ │ -            [520, "dump-h5md-command"],
│ │ │ │ │ -            [517, "dump-h5md-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "echo command": [
│ │ │ │ │ -            [528, "echo-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │          "fix acks2/reaxff command": [
│ │ │ │ │              [532, "fix-acks2-reaxff-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix accelerate/cos command": [
│ │ │ │ │ -            [531, "fix-accelerate-cos-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "fix adapt/fep command": [
│ │ │ │ │ -            [534, "fix-adapt-fep-command"]
│ │ │ │ │ +        "Dump Styles": [
│ │ │ │ │ +            [526, "dump-styles"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "dump image command": [
│ │ │ │ │              [521, "dump-image-command"],
│ │ │ │ │              [517, "dump-image-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "dump movie command": [
│ │ │ │ │              [521, "dump-movie-command"],
│ │ │ │ │ @@ -27300,255 +27952,335 @@
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "Image Quality Settings": [
│ │ │ │ │              [521, "image-quality-settings"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "Dump_modify keywords for dump image and dump movie": [
│ │ │ │ │              [521, "dump-modify-keywords-for-dump-image-and-dump-movie"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix command": [
│ │ │ │ │ -            [530, "fix-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix amoeba/pitorsion command": [
│ │ │ │ │ +            [539, "fix-amoeba-pitorsion-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "fix addtorque command": [
│ │ │ │ │ +            [536, "fix-addtorque-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "fix accelerate/cos command": [
│ │ │ │ │ +            [531, "fix-accelerate-cos-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "fix amoeba/bitorsion command": [
│ │ │ │ │ +            [538, "fix-amoeba-bitorsion-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "fix addforce command": [
│ │ │ │ │ +            [535, "fix-addforce-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "dump netcdf command": [
│ │ │ │ │ +            [524, "dump-netcdf-command"],
│ │ │ │ │ +            [517, "dump-netcdf-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "dump netcdf/mpiio command": [
│ │ │ │ │ +            [524, "dump-netcdf-mpiio-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "dump vtk command": [
│ │ │ │ │              [525, "dump-vtk-command"],
│ │ │ │ │              [517, "dump-vtk-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "dump command": [
│ │ │ │ │ -            [517, "dump-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix command": [
│ │ │ │ │ +            [530, "fix-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "fix adapt/fep command": [
│ │ │ │ │ +            [534, "fix-adapt-fep-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "dump molfile command": [
│ │ │ │ │ -            [517, "dump-molfile-command"],
│ │ │ │ │ -            [523, "dump-molfile-command"]
│ │ │ │ │ +            [523, "dump-molfile-command"],
│ │ │ │ │ +            [517, "dump-molfile-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "dump netcdf command": [
│ │ │ │ │ -            [517, "dump-netcdf-command"],
│ │ │ │ │ -            [524, "dump-netcdf-command"]
│ │ │ │ │ +        "dump h5md command": [
│ │ │ │ │ +            [520, "dump-h5md-command"],
│ │ │ │ │ +            [517, "dump-h5md-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "dump atom/adios command": [
│ │ │ │ │ -            [517, "dump-atom-adios-command"]
│ │ │ │ │ +        "fix alchemy command": [
│ │ │ │ │ +            [537, "fix-alchemy-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "fix adapt command": [
│ │ │ │ │ +            [533, "fix-adapt-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "echo command": [
│ │ │ │ │ +            [528, "echo-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "dihedral_style helix command": [
│ │ │ │ │ +            [501, "dihedral-style-helix-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "dihedral_style command": [
│ │ │ │ │ +            [510, "dihedral-style-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "dihedral_style zero command": [
│ │ │ │ │ +            [513, "dihedral-style-zero-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "dump atom/adios  command": [
│ │ │ │ │ +            [518, "dump-atom-adios-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "dump custom/adios command": [
│ │ │ │ │ -            [517, "dump-custom-adios-command"],
│ │ │ │ │ -            [518, "dump-custom-adios-command"]
│ │ │ │ │ +            [518, "dump-custom-adios-command"],
│ │ │ │ │ +            [517, "dump-custom-adios-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "dump command": [
│ │ │ │ │ +            [517, "dump-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "dump atom/adios command": [
│ │ │ │ │ +            [517, "dump-atom-adios-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "dump cfg/uef command": [
│ │ │ │ │              [517, "dump-cfg-uef-command"],
│ │ │ │ │              [519, "dump-cfg-uef-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ +        "dihedral_style none command": [
│ │ │ │ │ +            [506, "dihedral-style-none-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "dihedral_style multi/harmonic command": [
│ │ │ │ │ +            [504, "dihedral-style-multi-harmonic-command"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │          "Dihedral Styles": [
│ │ │ │ │              [514, "dihedral-styles"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix amoeba/pitorsion command": [
│ │ │ │ │ -            [539, "fix-amoeba-pitorsion-command"]
│ │ │ │ │ +        "dihedral_write command": [
│ │ │ │ │ +            [512, "dihedral-write-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "dump netcdf/mpiio command": [
│ │ │ │ │ -            [524, "dump-netcdf-mpiio-command"]
│ │ │ │ │ +        "dihedral_style nharmonic command": [
│ │ │ │ │ +            [505, "dihedral-style-nharmonic-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix adapt command": [
│ │ │ │ │ -            [533, "fix-adapt-command"]
│ │ │ │ │ +        "dihedral_style quadratic command": [
│ │ │ │ │ +            [508, "dihedral-style-quadratic-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "dump_modify command": [
│ │ │ │ │ -            [522, "dump-modify-command"]
│ │ │ │ │ +        "displace_atoms command": [
│ │ │ │ │ +            [516, "displace-atoms-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "dump_modify command for image/movie options": [
│ │ │ │ │ -            [522, "dump-modify-command-for-image-movie-options"]
│ │ │ │ │ +        "dihedral_style table command": [
│ │ │ │ │ +            [511, "dihedral-style-table-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "fix amoeba/bitorsion command": [
│ │ │ │ │ -            [538, "fix-amoeba-bitorsion-command"]
│ │ │ │ │ +        "dihedral_style table/cut command": [
│ │ │ │ │ +            [511, "dihedral-style-table-cut-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Dump Styles": [
│ │ │ │ │ -            [526, "dump-styles"]
│ │ │ │ │ +        "dihedral_style hybrid command": [
│ │ │ │ │ +            [502, "dihedral-style-hybrid-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "dump atom/adios  command": [
│ │ │ │ │ -            [518, "dump-atom-adios-command"]
│ │ │ │ │ +        "dihedral_style opls command": [
│ │ │ │ │ +            [507, "dihedral-style-opls-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute reduce/chunk command": [
│ │ │ │ │ -            [426, "compute-reduce-chunk-command"]
│ │ │ │ │ +        "dihedral_style harmonic command": [
│ │ │ │ │ +            [500, "dihedral-style-harmonic-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute rigid/local command": [
│ │ │ │ │ -            [427, "compute-rigid-local-command"]
│ │ │ │ │ +        "dimension command": [
│ │ │ │ │ +            [515, "dimension-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute omega/chunk command": [
│ │ │ │ │ -            [406, "compute-omega-chunk-command"]
│ │ │ │ │ +        "dihedral_style spherical command": [
│ │ │ │ │ +            [509, "dihedral-style-spherical-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute rdf command": [
│ │ │ │ │ -            [423, "compute-rdf-command"]
│ │ │ │ │ +        "dihedral_style lepton command": [
│ │ │ │ │ +            [503, "dihedral-style-lepton-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute slcsa/atom command": [
│ │ │ │ │ -            [429, "compute-slcsa-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        "compute xrd command": [
│ │ │ │ │ +            [487, "compute-xrd-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute reaxff/atom command": [
│ │ │ │ │ -            [424, "compute-reaxff-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        "compute torque/chunk command": [
│ │ │ │ │ +            [482, "compute-torque-chunk-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute smd/contact/radius command": [
│ │ │ │ │ -            [431, "compute-smd-contact-radius-command"]
│ │ │ │ │ +        "compute ti command": [
│ │ │ │ │ +            [481, "compute-ti-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute pace command": [
│ │ │ │ │ -            [408, "compute-pace-command"]
│ │ │ │ │ +        "delete_atoms command": [
│ │ │ │ │ +            [492, "delete-atoms-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute pressure/uef command": [
│ │ │ │ │ -            [416, "compute-pressure-uef-command"]
│ │ │ │ │ +        "compute voronoi/atom command": [
│ │ │ │ │ +            [486, "compute-voronoi-atom-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute property/chunk command": [
│ │ │ │ │ -            [418, "compute-property-chunk-command"]
│ │ │ │ │ +        "compute vacf command": [
│ │ │ │ │ +            [483, "compute-vacf-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute pressure command": [
│ │ │ │ │ -            [414, "compute-pressure-command"]
│ │ │ │ │ +        "compute vcm/chunk command": [
│ │ │ │ │ +            [484, "compute-vcm-chunk-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute rattlers/atom command": [
│ │ │ │ │ -            [422, "compute-rattlers-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        "Computes": [
│ │ │ │ │ +            [488, "computes"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute pe/atom command": [
│ │ │ │ │ -            [412, "compute-pe-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        "dielectric command": [
│ │ │ │ │ +            [494, "dielectric-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute saed command": [
│ │ │ │ │ -            [428, "compute-saed-command"]
│ │ │ │ │ +        "dihedral_style class2 command": [
│ │ │ │ │ +            [496, "dihedral-style-class2-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute ptm/atom command": [
│ │ │ │ │ -            [421, "compute-ptm-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        "dihedral_coeff command": [
│ │ │ │ │ +            [497, "dihedral-coeff-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute pe command": [
│ │ │ │ │ -            [411, "compute-pe-command"]
│ │ │ │ │ +        "create_box command": [
│ │ │ │ │ +            [491, "create-box-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute plasticity/atom command": [
│ │ │ │ │ -            [413, "compute-plasticity-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        "compute viscosity/cos command": [
│ │ │ │ │ +            [485, "compute-viscosity-cos-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute slice command": [
│ │ │ │ │ -            [430, "compute-slice-command"]
│ │ │ │ │ +        "create_atoms command": [
│ │ │ │ │ +            [489, "create-atoms-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute pressure/alchemy command": [
│ │ │ │ │ -            [415, "compute-pressure-alchemy-command"]
│ │ │ │ │ +        "dihedral_style charmm command": [
│ │ │ │ │ +            [495, "dihedral-style-charmm-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute reduce command": [
│ │ │ │ │ -            [425, "compute-reduce-command"]
│ │ │ │ │ +        "dihedral_style charmmfsw command": [
│ │ │ │ │ +            [495, "dihedral-style-charmmfsw-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute reduce/region command": [
│ │ │ │ │ -            [425, "compute-reduce-region-command"]
│ │ │ │ │ +        "dihedral_style cosine/shift/exp command": [
│ │ │ │ │ +            [498, "dihedral-style-cosine-shift-exp-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute property/grid command": [
│ │ │ │ │ -            [419, "compute-property-grid-command"]
│ │ │ │ │ +        "compute temp/uef command": [
│ │ │ │ │ +            [480, "compute-temp-uef-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute nbond/atom command": [
│ │ │ │ │ -            [405, "compute-nbond-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        "delete_bonds command": [
│ │ │ │ │ +            [493, "delete-bonds-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute pair command": [
│ │ │ │ │ -            [409, "compute-pair-command"]
│ │ │ │ │ +        "dihedral_style fourier command": [
│ │ │ │ │ +            [499, "dihedral-style-fourier-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute orientorder/atom command": [
│ │ │ │ │ -            [407, "compute-orientorder-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        "create_bonds command": [
│ │ │ │ │ +            [490, "create-bonds-command"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute pair/local command": [
│ │ │ │ │ -            [410, "compute-pair-local-command"]
│ │ │ │ │ +        "C++ base classes": [
│ │ │ │ │ +            [13, "c-base-classes"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute property/atom command": [
│ │ │ │ │ -            [417, "compute-property-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        "Individual Base Classes": [
│ │ │ │ │ +            [13, null]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute property/local command": [
│ │ │ │ │ -            [420, "compute-property-local-command"]
│ │ │ │ │ +        "General commands": [
│ │ │ │ │ +            [18, "general-commands"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute msd/nongauss command": [
│ │ │ │ │ -            [404, "compute-msd-nongauss-command"]
│ │ │ │ │ +        "LAMMPS Class": [
│ │ │ │ │ +            [16, "lammps-class"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute improper command": [
│ │ │ │ │ -            [391, "compute-improper-command"]
│ │ │ │ │ +        "Basic build options": [
│ │ │ │ │ +            [2, "basic-build-options"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute_modify command": [
│ │ │ │ │ -            [400, "compute-modify-command"]
│ │ │ │ │ +        "Serial vs parallel build": [
│ │ │ │ │ +            [2, "serial-vs-parallel-build"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute momentum command": [
│ │ │ │ │ -            [401, "compute-momentum-command"]
│ │ │ │ │ +        "MPI and OpenMP support in LAMMPS": [
│ │ │ │ │ +            [2, "mpi-and-openmp-support-in-lammps"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute fabric command": [
│ │ │ │ │ -            [379, "compute-fabric-command"]
│ │ │ │ │ +        "OpenMP Compiler compatibility": [
│ │ │ │ │ +            [2, "openmp-compiler-compatibility"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute improper/local command": [
│ │ │ │ │ -            [392, "compute-improper-local-command"]
│ │ │ │ │ +        "Choice of compiler and compile/link options": [
│ │ │ │ │ +            [2, "choice-of-compiler-and-compile-link-options"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute hma command": [
│ │ │ │ │ -            [390, "compute-hma-command"]
│ │ │ │ │ +        "Build the LAMMPS executable and library": [
│ │ │ │ │ +            [2, "build-the-lammps-executable-and-library"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute fep command": [
│ │ │ │ │ -            [380, "compute-fep-command"]
│ │ │ │ │ +        "Additional information": [
│ │ │ │ │ +            [2, "additional-information"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute heat/flux command": [
│ │ │ │ │ -            [388, "compute-heat-flux-command"]
│ │ │ │ │ +        "Including or removing debug support": [
│ │ │ │ │ +            [2, "including-or-removing-debug-support"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Example Input File": [
│ │ │ │ │ -            [388, "example-input-file"]
│ │ │ │ │ +        "Build LAMMPS tools": [
│ │ │ │ │ +            [2, "build-lammps-tools"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute event/displace command": [
│ │ │ │ │ -            [378, "compute-event-displace-command"]
│ │ │ │ │ +        "Install LAMMPS after a build": [
│ │ │ │ │ +            [2, "install-lammps-after-a-build"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute fep/ta command": [
│ │ │ │ │ -            [381, "compute-fep-ta-command"]
│ │ │ │ │ +        "Packages with extra build options": [
│ │ │ │ │ +            [6, "packages-with-extra-build-options"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute ke/atom command": [
│ │ │ │ │ -            [395, "compute-ke-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        "CMake build": [
│ │ │ │ │ +            [6, "cmake-build"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute ke/rigid command": [
│ │ │ │ │ -            [398, "compute-ke-rigid-command"]
│ │ │ │ │ +        "Traditional make": [
│ │ │ │ │ +            [6, "traditional-make"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute ke/eff command": [
│ │ │ │ │ -            [397, "compute-ke-eff-command"]
│ │ │ │ │ +        "Debugging OpenKIM web queries in LAMMPS": [
│ │ │ │ │ +            [6, "debugging-openkim-web-queries-in-lammps"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute gyration/shape/chunk command": [
│ │ │ │ │ -            [387, "compute-gyration-shape-chunk-command"]
│ │ │ │ │ +        "KIM Extra unit tests (CMake only)": [
│ │ │ │ │ +            [6, "kim-extra-unit-tests-cmake-only"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute group/group command": [
│ │ │ │ │ -            [383, "compute-group-group-command"]
│ │ │ │ │ +        "Available Architecture settings": [
│ │ │ │ │ +            [6, "available-architecture-settings"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute msd/chunk command": [
│ │ │ │ │ -            [403, "compute-msd-chunk-command"]
│ │ │ │ │ +        "Advanced KOKKOS compilation settings": [
│ │ │ │ │ +            [6, "advanced-kokkos-compilation-settings"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute gyration/shape command": [
│ │ │ │ │ -            [386, "compute-gyration-shape-command"]
│ │ │ │ │ +        "Adding OpenMP support on macOS": [
│ │ │ │ │ +            [6, null]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute gyration command": [
│ │ │ │ │ -            [384, "compute-gyration-command"]
│ │ │ │ │ +        "Notes for building LAMMPS on Windows": [
│ │ │ │ │ +            [12, "notes-for-building-lammps-on-windows"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute ke/atom/eff command": [
│ │ │ │ │ -            [396, "compute-ke-atom-eff-command"]
│ │ │ │ │ +        "General remarks": [
│ │ │ │ │ +            [12, "general-remarks"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute ke command": [
│ │ │ │ │ -            [394, "compute-ke-command"]
│ │ │ │ │ +        "Running Linux on Windows": [
│ │ │ │ │ +            [12, "running-linux-on-windows"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute mliap command": [
│ │ │ │ │ -            [399, "compute-mliap-command"]
│ │ │ │ │ +        "Using a GNU GCC ported to Windows": [
│ │ │ │ │ +            [12, "using-a-gnu-gcc-ported-to-windows"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute inertia/chunk command": [
│ │ │ │ │ -            [393, "compute-inertia-chunk-command"]
│ │ │ │ │ +        "Using Microsoft Visual Studio": [
│ │ │ │ │ +            [12, "using-microsoft-visual-studio"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute msd command": [
│ │ │ │ │ -            [402, "compute-msd-command"]
│ │ │ │ │ +        "Using Intel oneAPI Compilers and Libraries": [
│ │ │ │ │ +            [12, "using-intel-oneapi-compilers-and-libraries"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute hexorder/atom command": [
│ │ │ │ │ -            [389, "compute-hexorder-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        "Known Limitations": [
│ │ │ │ │ +            [12, null]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute gyration/chunk command": [
│ │ │ │ │ -            [385, "compute-gyration-chunk-command"]
│ │ │ │ │ +        "Using a cross-compiler": [
│ │ │ │ │ +            [12, "using-a-cross-compiler"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute global/atom command": [
│ │ │ │ │ -            [382, "compute-global-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        "Build LAMMPS with CMake": [
│ │ │ │ │ +            [3, "build-lammps-with-cmake"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Include packages in build": [
│ │ │ │ │ -            [10, "include-packages-in-build"]
│ │ │ │ │ +        "Advantages of using CMake": [
│ │ │ │ │ +            [3, "advantages-of-using-cmake"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Information for both build systems": [
│ │ │ │ │ -            [10, "information-for-both-build-systems"]
│ │ │ │ │ +        "Getting started": [
│ │ │ │ │ +            [3, "getting-started"],
│ │ │ │ │ +            [8, "getting-started"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "CMake presets for installing many packages": [
│ │ │ │ │ -            [10, "cmake-presets-for-installing-many-packages"]
│ │ │ │ │ +        "Configuration and build options": [
│ │ │ │ │ +            [3, "configuration-and-build-options"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Make shortcuts for installing many packages": [
│ │ │ │ │ -            [10, "make-shortcuts-for-installing-many-packages"]
│ │ │ │ │ +        "Multi-configuration build systems": [
│ │ │ │ │ +            [3, "multi-configuration-build-systems"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "KSpace solvers": [
│ │ │ │ │ -            [25, "kspace-solvers"]
│ │ │ │ │ +        "Installing CMake": [
│ │ │ │ │ +            [3, "installing-cmake"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Pair_style potentials": [
│ │ │ │ │ -            [26, "pair-style-potentials"]
│ │ │ │ │ +        "Link LAMMPS as a library to another code": [
│ │ │ │ │ +            [7, "link-lammps-as-a-library-to-another-code"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Link with LAMMPS as a static library": [
│ │ │ │ │ +            [7, "link-with-lammps-as-a-static-library"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Link with LAMMPS as a shared library": [
│ │ │ │ │ +            [7, "link-with-lammps-as-a-shared-library"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Locating liblammps.so at runtime": [
│ │ │ │ │ +            [7, "locating-liblammps-so-at-runtime"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Build LAMMPS with make": [
│ │ │ │ │ +            [8, "build-lammps-with-make"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Requirements": [
│ │ │ │ │ +            [8, "requirements"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Customized builds and alternate makefiles": [
│ │ │ │ │ +            [8, "customized-builds-and-alternate-makefiles"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Build LAMMPS": [
│ │ │ │ │ +            [1, "build-lammps"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "LAMMPS Input Base Class": [
│ │ │ │ │ +            [15, "lammps-input-base-class"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Bibliography": [
│ │ │ │ │ +            [0, "bibliography"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "Development build options": [
│ │ │ │ │              [4, "development-build-options"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "Monitor compilation flags (CMake only)": [
│ │ │ │ │              [4, "monitor-compilation-flags-cmake-only"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ @@ -27593,43 +28325,43 @@
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "Clang-format support": [
│ │ │ │ │              [4, "clang-format-support"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "GitHub command line interface": [
│ │ │ │ │              [4, "github-command-line-interface"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Commands by category": [
│ │ │ │ │ -            [20, "commands-by-category"]
│ │ │ │ │ +        "Notes for saving disk space when building LAMMPS from source": [
│ │ │ │ │ +            [5, "notes-for-saving-disk-space-when-building-lammps-from-source"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Initialization:": [
│ │ │ │ │ -            [20, "initialization"]
│ │ │ │ │ +        "Include packages in build": [
│ │ │ │ │ +            [10, "include-packages-in-build"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Setup simulation box:": [
│ │ │ │ │ -            [20, "setup-simulation-box"]
│ │ │ │ │ +        "Information for both build systems": [
│ │ │ │ │ +            [10, "information-for-both-build-systems"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Setup atoms:": [
│ │ │ │ │ -            [20, "setup-atoms"]
│ │ │ │ │ +        "CMake presets for installing many packages": [
│ │ │ │ │ +            [10, "cmake-presets-for-installing-many-packages"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Force fields:": [
│ │ │ │ │ -            [20, "force-fields"]
│ │ │ │ │ +        "Make shortcuts for installing many packages": [
│ │ │ │ │ +            [10, "make-shortcuts-for-installing-many-packages"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Settings:": [
│ │ │ │ │ -            [20, "settings"]
│ │ │ │ │ +        "LAMMPS Atom and AtomVec Base Classes": [
│ │ │ │ │ +            [14, "lammps-atom-and-atomvec-base-classes"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Operations within timestepping (fixes) and diagnostics (computes):": [
│ │ │ │ │ -            [20, "operations-within-timestepping-fixes-and-diagnostics-computes"]
│ │ │ │ │ +        "Bond_style potentials": [
│ │ │ │ │ +            [19, "bond-style-potentials"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Output:": [
│ │ │ │ │ -            [20, "output"]
│ │ │ │ │ +        "Angle_style potentials": [
│ │ │ │ │ +            [19, "angle-style-potentials"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Actions:": [
│ │ │ │ │ -            [20, "actions"]
│ │ │ │ │ +        "Dihedral_style potentials": [
│ │ │ │ │ +            [19, "dihedral-style-potentials"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Input script control:": [
│ │ │ │ │ -            [20, "input-script-control"]
│ │ │ │ │ +        "Improper_style potentials": [
│ │ │ │ │ +            [19, "improper-style-potentials"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "Optional build settings": [
│ │ │ │ │              [11, "optional-build-settings"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "C++11 standard compliance": [
│ │ │ │ │              [11, "c-11-standard-compliance"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ @@ -27656,38 +28388,14 @@
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "Exception handling when using LAMMPS as a library": [
│ │ │ │ │              [11, "exception-handling-when-using-lammps-as-a-library"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "Trigger selected floating-point exceptions": [
│ │ │ │ │              [11, "trigger-selected-floating-point-exceptions"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Notes for saving disk space when building LAMMPS from source": [
│ │ │ │ │ -            [5, "notes-for-saving-disk-space-when-building-lammps-from-source"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "LAMMPS Input Base Class": [
│ │ │ │ │ -            [15, "lammps-input-base-class"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "General commands": [
│ │ │ │ │ -            [18, "general-commands"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Bibliography": [
│ │ │ │ │ -            [0, "bibliography"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Link LAMMPS as a library to another code": [
│ │ │ │ │ -            [7, "link-lammps-as-a-library-to-another-code"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Link with LAMMPS as a static library": [
│ │ │ │ │ -            [7, "link-with-lammps-as-a-static-library"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Link with LAMMPS as a shared library": [
│ │ │ │ │ -            [7, "link-with-lammps-as-a-shared-library"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Locating liblammps.so at runtime": [
│ │ │ │ │ -            [7, "locating-liblammps-so-at-runtime"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │          "Build the LAMMPS documentation": [
│ │ │ │ │              [9, "build-the-lammps-documentation"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "Build using GNU make": [
│ │ │ │ │              [9, "build-using-gnu-make"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "Build using CMake": [
│ │ │ │ │ @@ -27701,363 +28409,145 @@
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "Prerequisites for ePUB and MOBI": [
│ │ │ │ │              [9, "prerequisites-for-epub-and-mobi"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "Instructions for Developers": [
│ │ │ │ │              [9, "instructions-for-developers"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Basic build options": [
│ │ │ │ │ -            [2, "basic-build-options"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Serial vs parallel build": [
│ │ │ │ │ -            [2, "serial-vs-parallel-build"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "MPI and OpenMP support in LAMMPS": [
│ │ │ │ │ -            [2, "mpi-and-openmp-support-in-lammps"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "OpenMP Compiler compatibility": [
│ │ │ │ │ -            [2, "openmp-compiler-compatibility"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Choice of compiler and compile/link options": [
│ │ │ │ │ -            [2, "choice-of-compiler-and-compile-link-options"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Build the LAMMPS executable and library": [
│ │ │ │ │ -            [2, "build-the-lammps-executable-and-library"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Additional information": [
│ │ │ │ │ -            [2, "additional-information"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Including or removing debug support": [
│ │ │ │ │ -            [2, "including-or-removing-debug-support"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Build LAMMPS tools": [
│ │ │ │ │ -            [2, "build-lammps-tools"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Install LAMMPS after a build": [
│ │ │ │ │ -            [2, "install-lammps-after-a-build"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "C++ base classes": [
│ │ │ │ │ -            [13, "c-base-classes"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Individual Base Classes": [
│ │ │ │ │ -            [13, null]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "LAMMPS input scripts": [
│ │ │ │ │ -            [24, "lammps-input-scripts"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Bond_style potentials": [
│ │ │ │ │ -            [19, "bond-style-potentials"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Angle_style potentials": [
│ │ │ │ │ -            [19, "angle-style-potentials"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Dihedral_style potentials": [
│ │ │ │ │ -            [19, "dihedral-style-potentials"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Improper_style potentials": [
│ │ │ │ │ -            [19, "improper-style-potentials"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Fix commands": [
│ │ │ │ │ -            [23, "fix-commands"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Build LAMMPS with make": [
│ │ │ │ │ -            [8, "build-lammps-with-make"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Requirements": [
│ │ │ │ │ -            [8, "requirements"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Getting started": [
│ │ │ │ │ -            [8, "getting-started"],
│ │ │ │ │ -            [3, "getting-started"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Customized builds and alternate makefiles": [
│ │ │ │ │ -            [8, "customized-builds-and-alternate-makefiles"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Build LAMMPS with CMake": [
│ │ │ │ │ -            [3, "build-lammps-with-cmake"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Advantages of using CMake": [
│ │ │ │ │ -            [3, "advantages-of-using-cmake"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Configuration and build options": [
│ │ │ │ │ -            [3, "configuration-and-build-options"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Multi-configuration build systems": [
│ │ │ │ │ -            [3, "multi-configuration-build-systems"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Installing CMake": [
│ │ │ │ │ -            [3, "installing-cmake"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Packages with extra build options": [
│ │ │ │ │ -            [6, "packages-with-extra-build-options"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "COMPRESS package": [
│ │ │ │ │ -            [6, "compress-package"],
│ │ │ │ │ -            [160, "compress-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "CMake build": [
│ │ │ │ │ -            [6, "cmake-build"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Traditional make": [
│ │ │ │ │ -            [6, "traditional-make"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "KIM package": [
│ │ │ │ │ -            [6, "kim-package"],
│ │ │ │ │ -            [160, "kim-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Debugging OpenKIM web queries in LAMMPS": [
│ │ │ │ │ -            [6, "debugging-openkim-web-queries-in-lammps"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "KIM Extra unit tests (CMake only)": [
│ │ │ │ │ -            [6, "kim-extra-unit-tests-cmake-only"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Available Architecture settings": [
│ │ │ │ │ -            [6, "available-architecture-settings"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Advanced KOKKOS compilation settings": [
│ │ │ │ │ -            [6, "advanced-kokkos-compilation-settings"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "LEPTON package": [
│ │ │ │ │ -            [6, "lepton-package"],
│ │ │ │ │ -            [160, "lepton-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "MACHDYN package": [
│ │ │ │ │ -            [6, "machdyn-package"],
│ │ │ │ │ -            [160, "machdyn-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "ML-IAP package": [
│ │ │ │ │ -            [6, "ml-iap-package"],
│ │ │ │ │ -            [160, "ml-iap-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "POEMS package": [
│ │ │ │ │ -            [6, "poems-package"],
│ │ │ │ │ -            [160, "poems-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "PYTHON package": [
│ │ │ │ │ -            [6, "python-package"],
│ │ │ │ │ -            [160, "python-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "VORONOI package": [
│ │ │ │ │ -            [6, "voronoi-package"],
│ │ │ │ │ -            [160, "voronoi-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "ADIOS package": [
│ │ │ │ │ -            [6, "adios-package"],
│ │ │ │ │ -            [160, "adios-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "ATC package": [
│ │ │ │ │ -            [6, "atc-package"],
│ │ │ │ │ -            [160, "atc-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "AWPMD package": [
│ │ │ │ │ -            [6, "awpmd-package"],
│ │ │ │ │ -            [160, "awpmd-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "COLVARS package": [
│ │ │ │ │ -            [6, "colvars-package"],
│ │ │ │ │ -            [160, "colvars-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "ELECTRODE package": [
│ │ │ │ │ -            [6, "electrode-package"],
│ │ │ │ │ -            [160, "electrode-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "ML-PACE package": [
│ │ │ │ │ -            [6, "ml-pace-package"],
│ │ │ │ │ -            [160, "ml-pace-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "ML-POD package": [
│ │ │ │ │ -            [6, "ml-pod-package"],
│ │ │ │ │ -            [160, "ml-pod-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "ML-QUIP package": [
│ │ │ │ │ -            [6, "ml-quip-package"],
│ │ │ │ │ -            [160, "ml-quip-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "PLUMED package": [
│ │ │ │ │ -            [6, "plumed-package"],
│ │ │ │ │ -            [160, "plumed-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "H5MD package": [
│ │ │ │ │ -            [6, "h5md-package"],
│ │ │ │ │ -            [160, "h5md-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "ML-HDNNP package": [
│ │ │ │ │ -            [6, "ml-hdnnp-package"],
│ │ │ │ │ -            [160, "ml-hdnnp-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "MDI package": [
│ │ │ │ │ -            [6, "mdi-package"],
│ │ │ │ │ -            [160, "mdi-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "MOLFILE package": [
│ │ │ │ │ -            [6, "molfile-package"],
│ │ │ │ │ -            [160, "molfile-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "NETCDF package": [
│ │ │ │ │ -            [6, "netcdf-package"],
│ │ │ │ │ -            [160, "netcdf-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Adding OpenMP support on macOS": [
│ │ │ │ │ -            [6, null]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "QMMM package": [
│ │ │ │ │ -            [6, "qmmm-package"],
│ │ │ │ │ -            [160, "qmmm-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "SCAFACOS package": [
│ │ │ │ │ -            [6, "scafacos-package"],
│ │ │ │ │ -            [160, "scafacos-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "VTK package": [
│ │ │ │ │ -            [6, "vtk-package"],
│ │ │ │ │ -            [160, "vtk-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Notes for building LAMMPS on Windows": [
│ │ │ │ │ -            [12, "notes-for-building-lammps-on-windows"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "General remarks": [
│ │ │ │ │ -            [12, "general-remarks"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Running Linux on Windows": [
│ │ │ │ │ -            [12, "running-linux-on-windows"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Using a GNU GCC ported to Windows": [
│ │ │ │ │ -            [12, "using-a-gnu-gcc-ported-to-windows"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Using Microsoft Visual Studio": [
│ │ │ │ │ -            [12, "using-microsoft-visual-studio"]
│ │ │ │ │ +        "LAMMPS portability and compatibility": [
│ │ │ │ │ +            [125, "lammps-portability-and-compatibility"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Using Intel oneAPI Compilers and Libraries": [
│ │ │ │ │ -            [12, "using-intel-oneapi-compilers-and-libraries"]
│ │ │ │ │ +        "Programming language standards": [
│ │ │ │ │ +            [125, "programming-language-standards"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Known Limitations": [
│ │ │ │ │ -            [12, null]
│ │ │ │ │ +        "Build systems": [
│ │ │ │ │ +            [125, "build-systems"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Using a cross-compiler": [
│ │ │ │ │ -            [12, "using-a-cross-compiler"]
│ │ │ │ │ +        "Operating systems": [
│ │ │ │ │ +            [125, "operating-systems"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Dump commands": [
│ │ │ │ │ -            [22, "dump-commands"]
│ │ │ │ │ +        "Compilers": [
│ │ │ │ │ +            [125, "compilers"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "LAMMPS Class": [
│ │ │ │ │ -            [16, "lammps-class"]
│ │ │ │ │ +        "CPU architectures": [
│ │ │ │ │ +            [125, "cpu-architectures"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Build LAMMPS": [
│ │ │ │ │ -            [1, "build-lammps"]
│ │ │ │ │ +        "Portability compliance": [
│ │ │ │ │ +            [125, "portability-compliance"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "LAMMPS Atom and AtomVec Base Classes": [
│ │ │ │ │ -            [14, "lammps-atom-and-atomvec-base-classes"]
│ │ │ │ │ +        "LAMMPS non-features": [
│ │ │ │ │ +            [122, "lammps-non-features"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Compute commands": [
│ │ │ │ │ -            [21, "compute-commands"]
│ │ │ │ │ +        "LAMMPS Library Interfaces": [
│ │ │ │ │ +            [127, "lammps-library-interfaces"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute efield/wolf/atom command": [
│ │ │ │ │ -            [372, "compute-efield-wolf-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        "Thread-safety": [
│ │ │ │ │ +            [127, "thread-safety"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Computational Efficiency": [
│ │ │ │ │ -            [372, null]
│ │ │ │ │ +        "LAMMPS C Library API": [
│ │ │ │ │ +            [127, "lammps-c-library-api"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute count/type command": [
│ │ │ │ │ -            [360, "compute-count-type-command"]
│ │ │ │ │ +        "Errors versus exceptions": [
│ │ │ │ │ +            [127, null]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute edpd/temp/atom command": [
│ │ │ │ │ -            [370, "compute-edpd-temp-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        "Using the C library interface as a plugin": [
│ │ │ │ │ +            [127, null]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute com/chunk command": [
│ │ │ │ │ -            [356, "compute-com-chunk-command"]
│ │ │ │ │ +        "LAMMPS Python APIs": [
│ │ │ │ │ +            [127, "lammps-python-apis"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute erotate/rigid command": [
│ │ │ │ │ -            [375, "compute-erotate-rigid-command"]
│ │ │ │ │ +        "LAMMPS Fortran API": [
│ │ │ │ │ +            [127, "lammps-fortran-api"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute dipole/chunk command": [
│ │ │ │ │ -            [366, "compute-dipole-chunk-command"]
│ │ │ │ │ +        "LAMMPS C++ API": [
│ │ │ │ │ +            [127, "lammps-cplusplus-api"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute dipole/tip4p/chunk command": [
│ │ │ │ │ -            [366, "compute-dipole-tip4p-chunk-command"]
│ │ │ │ │ +        "Citing LAMMPS": [
│ │ │ │ │ +            [120, "citing-lammps"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute entropy/atom command": [
│ │ │ │ │ -            [373, "compute-entropy-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        "Core Algorithms": [
│ │ │ │ │ +            [120, "core-algorithms"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute com command": [
│ │ │ │ │ -            [355, "compute-com-command"]
│ │ │ │ │ +        "DOI for the LAMMPS source code": [
│ │ │ │ │ +            [120, "doi-for-the-lammps-source-code"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute dpd command": [
│ │ │ │ │ -            [368, "compute-dpd-command"]
│ │ │ │ │ +        "Home page": [
│ │ │ │ │ +            [120, "home-page"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute composition/atom command": [
│ │ │ │ │ -            [357, "compute-composition-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        "Citing contributions": [
│ │ │ │ │ +            [120, "citing-contributions"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute contact/atom command": [
│ │ │ │ │ -            [358, "compute-contact-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        "What does a LAMMPS version mean": [
│ │ │ │ │ +            [139, "what-does-a-lammps-version-mean"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute dihedral command": [
│ │ │ │ │ -            [362, "compute-dihedral-command"]
│ │ │ │ │ +        "Identifying the Version": [
│ │ │ │ │ +            [139, "identifying-the-version"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute displace/atom command": [
│ │ │ │ │ -            [367, "compute-displace-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        "LAMMPS releases, branches, and tags": [
│ │ │ │ │ +            [139, "lammps-releases-branches-and-tags"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute erotate/sphere command": [
│ │ │ │ │ -            [376, "compute-erotate-sphere-command"]
│ │ │ │ │ +        "Development": [
│ │ │ │ │ +            [139, "development"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute coord/atom command": [
│ │ │ │ │ -            [359, "compute-coord-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        "Feature Releases": [
│ │ │ │ │ +            [139, "feature-releases"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute efield/atom command": [
│ │ │ │ │ -            [371, "compute-efield-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        "Stable Releases": [
│ │ │ │ │ +            [139, "stable-releases"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute damage/atom command": [
│ │ │ │ │ -            [361, "compute-damage-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        "Stable Release Updates": [
│ │ │ │ │ +            [139, "stable-release-updates"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute erotate/sphere/atom command": [
│ │ │ │ │ -            [377, "compute-erotate-sphere-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        "Overview of LAMMPS": [
│ │ │ │ │ +            [124, "overview-of-lammps"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute cluster/atom command": [
│ │ │ │ │ -            [352, "compute-cluster-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        "LAMMPS features": [
│ │ │ │ │ +            [121, "lammps-features"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute fragment/atom command": [
│ │ │ │ │ -            [352, "compute-fragment-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        "General features": [
│ │ │ │ │ +            [121, "general-features"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute aggregate/atom command": [
│ │ │ │ │ -            [352, "compute-aggregate-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        "Particle and model types": [
│ │ │ │ │ +            [121, "particle-and-model-types"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute dipole command": [
│ │ │ │ │ -            [365, "compute-dipole-command"]
│ │ │ │ │ +        "Interatomic potentials (force fields)": [
│ │ │ │ │ +            [121, "interatomic-potentials-force-fields"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute dipole/tip4p command": [
│ │ │ │ │ -            [365, "compute-dipole-tip4p-command"]
│ │ │ │ │ +        "Atom creation": [
│ │ │ │ │ +            [121, "atom-creation"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute dihedral/local command": [
│ │ │ │ │ -            [363, "compute-dihedral-local-command"]
│ │ │ │ │ +        "Ensembles, constraints, and boundary conditions": [
│ │ │ │ │ +            [121, "ensembles-constraints-and-boundary-conditions"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute dpd/atom command": [
│ │ │ │ │ -            [369, "compute-dpd-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        "Integrators": [
│ │ │ │ │ +            [121, "integrators"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute cnp/atom command": [
│ │ │ │ │ -            [354, "compute-cnp-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        "Diagnostics": [
│ │ │ │ │ +            [121, "diagnostics"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute cna/atom command": [
│ │ │ │ │ -            [353, "compute-cna-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        "Multi-replica models": [
│ │ │ │ │ +            [121, "multi-replica-models"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute chunk/spread/atom command": [
│ │ │ │ │ -            [351, "compute-chunk-spread-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        "Pre- and post-processing": [
│ │ │ │ │ +            [121, "pre-and-post-processing"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute dilatation/atom command": [
│ │ │ │ │ -            [364, "compute-dilatation-atom-command"]
│ │ │ │ │ +        "Specialized features": [
│ │ │ │ │ +            [121, "specialized-features"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "compute erotate/asphere command": [
│ │ │ │ │ -            [374, "compute-erotate-asphere-command"]
│ │ │ │ │ +        "Additional website links": [
│ │ │ │ │ +            [126, "additional-website-links"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Kspace styles": [
│ │ │ │ │ -            [150, "kspace-styles"]
│ │ │ │ │ +        "LAMMPS open-source license": [
│ │ │ │ │ +            [123, "lammps-open-source-license"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Body styles": [
│ │ │ │ │ -            [142, "body-styles"]
│ │ │ │ │ +        "GPL version of LAMMPS": [
│ │ │ │ │ +            [123, "gpl-version-of-lammps"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Modifying & extending LAMMPS": [
│ │ │ │ │ -            [140, "modifying-extending-lammps"]
│ │ │ │ │ +        "LGPL version of LAMMPS": [
│ │ │ │ │ +            [123, "lgpl-version-of-lammps"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "LAMMPS Documentation (7 Feb 2024 version)": [
│ │ │ │ │              [138, "lammps-documentation-version-version"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "User Guide": [
│ │ │ │ │              [138, "user-guide"],
│ │ │ │ │              [138, null]
│ │ │ │ │ @@ -28072,435 +28562,34 @@
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "Indices and tables": [
│ │ │ │ │              [138, "indices-and-tables"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "Web Browser Compatibility": [
│ │ │ │ │              [138, "webbrowser"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Region styles": [
│ │ │ │ │ -            [154, "region-styles"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "What does a LAMMPS version mean": [
│ │ │ │ │ -            [139, "what-does-a-lammps-version-mean"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Identifying the Version": [
│ │ │ │ │ -            [139, "identifying-the-version"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "LAMMPS releases, branches, and tags": [
│ │ │ │ │ -            [139, "lammps-releases-branches-and-tags"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Development": [
│ │ │ │ │ -            [139, "development"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Feature Releases": [
│ │ │ │ │ -            [139, "feature-releases"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Stable Releases": [
│ │ │ │ │ -            [139, "stable-releases"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Stable Release Updates": [
│ │ │ │ │ -            [139, "stable-release-updates"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Bond, angle, dihedral, improper styles": [
│ │ │ │ │ -            [143, "bond-angle-dihedral-improper-styles"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Granular Sub-Model styles": [
│ │ │ │ │ -            [149, "granular-sub-model-styles"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Requirements for contributions to LAMMPS": [
│ │ │ │ │ -            [155, "requirements-for-contributions-to-lammps"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Motivation": [
│ │ │ │ │ -            [155, "motivation"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Licensing requirements (strict)": [
│ │ │ │ │ -            [155, "licensing-requirements-strict"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Integration testing (strict)": [
│ │ │ │ │ -            [155, "integration-testing-strict"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Documentation (strict)": [
│ │ │ │ │ -            [155, "documentation-strict"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Programming language standards (strict)": [
│ │ │ │ │ -            [155, "programming-language-standards-strict"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Build system (strict)": [
│ │ │ │ │ -            [155, "build-system-strict"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Command or style names, file names, and keywords (strict)": [
│ │ │ │ │ -            [155, "command-or-style-names-file-names-and-keywords-strict"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Programming style requirements (varied)": [
│ │ │ │ │ -            [155, "programming-style-requirements-varied"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Examples (preferred)": [
│ │ │ │ │ -            [155, "examples-preferred"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Error or warning messages and explanations (preferred)": [
│ │ │ │ │ -            [155, "error-or-warning-messages-and-explanations-preferred"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Citation reminder (optional)": [
│ │ │ │ │ -            [155, "citation-reminder-optional"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Testing (optional)": [
│ │ │ │ │ -            [155, "testing-optional"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Package details": [
│ │ │ │ │ -            [160, "package-details"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "AMOEBA package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "amoeba-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "ASPHERE package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "asphere-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "BOCS package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "bocs-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "BODY package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "body-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "BPM package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "bpm-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "BROWNIAN package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "brownian-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "CG-DNA package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "cg-dna-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "CG-SPICA package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "cg-spica-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "CLASS2 package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "class2-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "COLLOID package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "colloid-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "CORESHELL package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "coreshell-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "DIELECTRIC package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "dielectric-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "DIFFRACTION package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "diffraction-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "DIPOLE package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "dipole-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "DPD-BASIC package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "dpd-basic-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "DPD-MESO package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "dpd-meso-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "DPD-REACT package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "dpd-react-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "DPD-SMOOTH package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "dpd-smooth-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "DRUDE package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "drude-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "EFF package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "eff-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "EXTRA-COMPUTE package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "extra-compute-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "EXTRA-DUMP package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "extra-dump-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "EXTRA-FIX package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "extra-fix-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "EXTRA-MOLECULE package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "extra-molecule-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "EXTRA-PAIR package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "extra-pair-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "FEP package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "fep-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "GRANULAR package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "granular-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "INTERLAYER package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "interlayer-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "KSPACE package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "kspace-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "LATBOLTZ package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "latboltz-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "MANIFOLD package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "manifold-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "MANYBODY package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "manybody-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "MC package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "mc-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "MEAM package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "meam-package"],
│ │ │ │ │ -            [28, "meam-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "MESONT package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "mesont-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "MGPT package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "mgpt-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "MISC package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "misc-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "ML-RANN package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "ml-rann-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "ML-SNAP package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "ml-snap-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "MOFFF package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "mofff-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "MOLECULE package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "molecule-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "ORIENT package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "orient-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "PERI package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "peri-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "PHONON package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "phonon-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "PLUGIN package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "plugin-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "PTM package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "ptm-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "QEQ package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "qeq-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "QTB package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "qtb-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "REACTION package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "reaction-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "REAXFF package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "reaxff-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "REPLICA package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "replica-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "RIGID package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "rigid-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "SHOCK package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "shock-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "SMTBQ package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "smtbq-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "SPH package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "sph-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "SPIN package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "spin-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "SRD package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "srd-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "TALLY package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "tally-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "UEF package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "uef-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "YAFF package": [
│ │ │ │ │ -            [160, "yaff-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Thermodynamic output options": [
│ │ │ │ │ -            [157, "thermodynamic-output-options"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Submitting new features for inclusion in LAMMPS": [
│ │ │ │ │ -            [146, "submitting-new-features-for-inclusion-in-lammps"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Communication with the LAMMPS developers": [
│ │ │ │ │ -            [146, "communication-with-the-lammps-developers"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Time and effort required": [
│ │ │ │ │ -            [146, "time-and-effort-required"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Submission procedure": [
│ │ │ │ │ -            [146, "submission-procedure"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "External contributions": [
│ │ │ │ │ -            [146, "external-contributions"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Location of files: individual files and packages": [
│ │ │ │ │ -            [146, "location-of-files-individual-files-and-packages"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Changes to core LAMMPS files": [
│ │ │ │ │ -            [146, "changes-to-core-lammps-files"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Fix styles": [
│ │ │ │ │ -            [148, "fix-styles"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Compute styles": [
│ │ │ │ │ -            [145, "compute-styles"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Dump styles": [
│ │ │ │ │ -            [147, "dump-styles"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Pair styles": [
│ │ │ │ │ -            [153, "pair-styles"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "LAMMPS programming style": [
│ │ │ │ │ -            [156, "lammps-programming-style"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Include files (varied)": [
│ │ │ │ │ -            [156, "include-files-varied"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Whitespace (preferred)": [
│ │ │ │ │ -            [156, "whitespace-preferred"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Constants (strongly preferred)": [
│ │ │ │ │ -            [156, "constants-strongly-preferred"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Placement of braces (strongly preferred)": [
│ │ │ │ │ -            [156, "placement-of-braces-strongly-preferred"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Miscellaneous standards (varied)": [
│ │ │ │ │ -            [156, "miscellaneous-standards-varied"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Variable options": [
│ │ │ │ │ -            [158, "variable-options"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Available Packages": [
│ │ │ │ │ -            [161, "available-packages"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Input script command style": [
│ │ │ │ │ -            [144, "input-script-command-style"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Optional packages": [
│ │ │ │ │ -            [159, "optional-packages"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Minimization styles": [
│ │ │ │ │ -            [151, "minimization-styles"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Partitioning": [
│ │ │ │ │ -            [43, "partitioning"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Information for Developers": [
│ │ │ │ │ -            [31, "information-for-developers"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Removed commands and packages": [
│ │ │ │ │ -            [28, "removed-commands-and-packages"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Fix ave/spatial and fix ave/spatial/sphere": [
│ │ │ │ │ -            [28, "fix-ave-spatial-and-fix-ave-spatial-sphere"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Box command": [
│ │ │ │ │ -            [28, "box-command"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Reset_ids, reset_atom_ids, reset_mol_ids commands": [
│ │ │ │ │ -            [28, "reset-ids-reset-atom-ids-reset-mol-ids-commands"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "LATTE package": [
│ │ │ │ │ -            [28, "latte-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Minimize style fire/old": [
│ │ │ │ │ -            [28, "minimize-style-fire-old"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Pair style mesont/tpm, compute style mesont, atom style mesont": [
│ │ │ │ │ -            [28, "pair-style-mesont-tpm-compute-style-mesont-atom-style-mesont"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "MPIIO package": [
│ │ │ │ │ -            [28, "mpiio-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "MSCG package": [
│ │ │ │ │ -            [28, "mscg-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "REAX package": [
│ │ │ │ │ -            [28, "reax-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "USER-REAXC package": [
│ │ │ │ │ -            [28, "user-reaxc-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "USER-CUDA package": [
│ │ │ │ │ -            [28, "user-cuda-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "restart2data tool": [
│ │ │ │ │ -            [28, "restart2data-tool"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Use of distributed grids within style classes": [
│ │ │ │ │ -            [36, "use-of-distributed-grids-within-style-classes"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Style commands": [
│ │ │ │ │ -            [36, "style-commands"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Grid data allocation and access": [
│ │ │ │ │ -            [36, "grid-data-allocation-and-access"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Grid class constructors": [
│ │ │ │ │ -            [36, "grid-class-constructors"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Grid class set methods": [
│ │ │ │ │ -            [36, "grid-class-set-methods"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Grid class setup_grid method": [
│ │ │ │ │ -            [36, "grid-class-setup-grid-method"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "More grid class set methods": [
│ │ │ │ │ -            [36, "more-grid-class-set-methods"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Grid class get methods": [
│ │ │ │ │ -            [36, "grid-class-get-methods"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Grid class owned/ghost communication": [
│ │ │ │ │ -            [36, "grid-class-owned-ghost-communication"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Grid class remap methods for load balancing": [
│ │ │ │ │ -            [36, "grid-class-remap-methods-for-load-balancing"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Grid class I/O methods": [
│ │ │ │ │ -            [36, "grid-class-i-o-methods"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Style class grid access methods": [
│ │ │ │ │ -            [36, "style-class-grid-access-methods"]
│ │ │ │ │ +        "Extending the C API": [
│ │ │ │ │ +            [128, "extending-the-c-api"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Final notes": [
│ │ │ │ │ -            [36, "final-notes"]
│ │ │ │ │ +        "Debugging crashes": [
│ │ │ │ │ +            [56, "debugging-crashes"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Accessing per-atom data": [
│ │ │ │ │ -            [32, "accessing-per-atom-data"]
│ │ │ │ │ +        "Using the GDB debugger to get a stack trace": [
│ │ │ │ │ +            [56, "using-the-gdb-debugger-to-get-a-stack-trace"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Owned and ghost atoms": [
│ │ │ │ │ -            [32, "owned-and-ghost-atoms"],
│ │ │ │ │ -            [34, "owned-and-ghost-atoms"]
│ │ │ │ │ +        "Run LAMMPS from within the debugger": [
│ │ │ │ │ +            [56, "run-lammps-from-within-the-debugger"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Atom indexing": [
│ │ │ │ │ -            [32, "atom-indexing"]
│ │ │ │ │ +        "Inspect a core dump file with the debugger": [
│ │ │ │ │ +            [56, "inspect-a-core-dump-file-with-the-debugger"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Atom class versus AtomVec classes": [
│ │ │ │ │ -            [32, "atom-class-versus-atomvec-classes"]
│ │ │ │ │ +        "Using valgrind to get a stack trace": [
│ │ │ │ │ +            [56, "using-valgrind-to-get-a-stack-trace"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Errors": [
│ │ │ │ │ -            [53, "errors"]
│ │ │ │ │ +        "Neighbor lists": [
│ │ │ │ │ +            [41, "neighbor-lists"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "Writing plugins": [
│ │ │ │ │              [46, "writing-plugins"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "Members of lammpsplugin_t": [
│ │ │ │ │              [46, "members-of-lammpsplugin-t"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ @@ -28515,67 +28604,73 @@
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "Additional Details": [
│ │ │ │ │              [46, "additional-details"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "Compiling plugins": [
│ │ │ │ │              [46, "compiling-plugins"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Parsing rules for input scripts": [
│ │ │ │ │ -            [27, "parsing-rules-for-input-scripts"]
│ │ │ │ │ +        "Common problems": [
│ │ │ │ │ +            [55, "common-problems"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "ASCII versus UTF-8": [
│ │ │ │ │ -            [27, null]
│ │ │ │ │ +        "Error messages": [
│ │ │ │ │ +            [58, "error-messages"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Long-range interactions": [
│ │ │ │ │ -            [40, "long-range-interactions"]
│ │ │ │ │ +        "Adding tests for unit testing": [
│ │ │ │ │ +            [47, "adding-tests-for-unit-testing"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Notes for updating code written for older LAMMPS versions": [
│ │ │ │ │ -            [48, "notes-for-updating-code-written-for-older-lammps-versions"]
│ │ │ │ │ +        "Tests for utility functions": [
│ │ │ │ │ +            [47, "tests-for-utility-functions"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Setting flags in the constructor": [
│ │ │ │ │ -            [48, "setting-flags-in-the-constructor"]
│ │ │ │ │ +        "Tests for individual LAMMPS commands": [
│ │ │ │ │ +            [47, "tests-for-individual-lammps-commands"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Rename of pack/unpack_comm() to pack/unpack_forward_comm()": [
│ │ │ │ │ -            [48, "rename-of-pack-unpack-comm-to-pack-unpack-forward-comm"]
│ │ │ │ │ +        "Tests for the C-style library interface": [
│ │ │ │ │ +            [47, "tests-for-the-c-style-library-interface"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Use ev_init() to initialize variables derived from eflag and vflag": [
│ │ │ │ │ -            [48, "use-ev-init-to-initialize-variables-derived-from-eflag-and-vflag"]
│ │ │ │ │ +        "Tests for the Python module and package": [
│ │ │ │ │ +            [47, "tests-for-the-python-module-and-package"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Use utils::numeric() functions instead of force->numeric()": [
│ │ │ │ │ -            [48, "use-utils-numeric-functions-instead-of-force-numeric"]
│ │ │ │ │ +        "Tests for the Fortran interface": [
│ │ │ │ │ +            [47, "tests-for-the-fortran-interface"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Use utils::open_potential() function to open potential files": [
│ │ │ │ │ -            [48, "use-utils-open-potential-function-to-open-potential-files"]
│ │ │ │ │ +        "Tests for the C++-style library interface": [
│ │ │ │ │ +            [47, "id1"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Use symbolic Atom and AtomVec constants instead of numerical values": [
│ │ │ │ │ -            [48, "use-symbolic-atom-and-atomvec-constants-instead-of-numerical-values"]
│ │ │ │ │ +        "Tests for reading and writing file formats": [
│ │ │ │ │ +            [47, "tests-for-reading-and-writing-file-formats"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Simplify customized error messages": [
│ │ │ │ │ -            [48, "simplify-customized-error-messages"]
│ │ │ │ │ +        "Tests for styles computing or modifying forces": [
│ │ │ │ │ +            [47, "tests-for-styles-computing-or-modifying-forces"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Use of \u201coverride\u201d instead of \u201cvirtual\u201d": [
│ │ │ │ │ -            [48, "use-of-override-instead-of-virtual"]
│ │ │ │ │ +        "Tests for programs in the tools folder": [
│ │ │ │ │ +            [47, "tests-for-programs-in-the-tools-folder"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Simplified function names for forward and reverse communication": [
│ │ │ │ │ -            [48, "simplified-function-names-for-forward-and-reverse-communication"]
│ │ │ │ │ +        "Troubleshooting failed unit tests": [
│ │ │ │ │ +            [47, "troubleshooting-failed-unit-tests"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Simplified and more compact neighbor list requests": [
│ │ │ │ │ -            [48, "simplified-and-more-compact-neighbor-list-requests"]
│ │ │ │ │ +        "Partitioning": [
│ │ │ │ │ +            [43, "partitioning"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Split of fix STORE into fix STORE/GLOBAL and fix STORE/PERATOM": [
│ │ │ │ │ -            [48, "split-of-fix-store-into-fix-store-global-and-fix-store-peratom"]
│ │ │ │ │ +        "Writing a new fix style": [
│ │ │ │ │ +            [51, "writing-a-new-fix-style"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Rename of fix STORE/PERATOM to fix STORE/ATOM and change of arguments": [
│ │ │ │ │ -            [48, "rename-of-fix-store-peratom-to-fix-store-atom-and-change-of-arguments"]
│ │ │ │ │ +        "Error and warning details": [
│ │ │ │ │ +            [57, "error-and-warning-details"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Use Output::get_dump_by_id() instead of Output::find_dump()": [
│ │ │ │ │ -            [48, "use-output-get-dump-by-id-instead-of-output-find-dump"]
│ │ │ │ │ +        "Unknown identifier in data file": [
│ │ │ │ │ +            [57, "unknown-identifier-in-data-file"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Refactored grid communication using Grid3d/Grid2d classes instead of GridComm": [
│ │ │ │ │ -            [48, "refactored-grid-communication-using-grid3d-grid2d-classes-instead-of-gridcomm"]
│ │ │ │ │ +        "Errors": [
│ │ │ │ │ +            [53, "errors"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Warning messages": [
│ │ │ │ │ +            [59, "warning-messages"]
│ │ │ │ │ +        ],
│ │ │ │ │ +        "Writing new styles": [
│ │ │ │ │ +            [50, "writing-new-styles"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "Writing new pair styles": [
│ │ │ │ │              [52, "writing-new-pair-styles"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "Case 1: a pairwise additive model": [
│ │ │ │ │              [52, "case-1-a-pairwise-additive-model"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ @@ -28590,18 +28685,14 @@
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "Constructor and destructor (required)": [
│ │ │ │ │              [52, "constructor-and-destructor-required"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "Settings and coefficients (required)": [
│ │ │ │ │              [52, "settings-and-coefficients-required"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Initialization": [
│ │ │ │ │ -            [52, "initialization"],
│ │ │ │ │ -            [29, "initialization"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │          "Computing forces from the neighbor list (required)": [
│ │ │ │ │              [52, "computing-forces-from-the-neighbor-list-required"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "Computing force and energy for a single pair": [
│ │ │ │ │              [52, "computing-force-and-energy-for-a-single-pair"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "Reading and writing of restart files": [
│ │ │ │ │ @@ -28645,131 +28736,14 @@
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "Embedded atom variants \u201ceam/fs\u201d and \u201ceam/alloy\u201d": [
│ │ │ │ │              [52, "embedded-atom-variants-eam-fs-and-eam-alloy"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │          "AIREBO and AIREBO-M potentials": [
│ │ │ │ │              [52, "airebo-and-airebo-m-potentials"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "How a timestep works": [
│ │ │ │ │ -            [35, "how-a-timestep-works"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Notes for developers and code maintainers": [
│ │ │ │ │ -            [37, "notes-for-developers-and-code-maintainers"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Reading and parsing of text and text files": [
│ │ │ │ │ -            [37, "reading-and-parsing-of-text-and-text-files"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Requesting and accessing neighbor lists": [
│ │ │ │ │ -            [37, "requesting-and-accessing-neighbor-lists"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Choosing between a custom atom style, fix property/atom, and fix STORE/ATOM": [
│ │ │ │ │ -            [37, "choosing-between-a-custom-atom-style-fix-property-atom-and-fix-store-atom"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Fix contributions to instantaneous energy, virial, and cumulative energy": [
│ │ │ │ │ -            [37, "fix-contributions-to-instantaneous-energy-virial-and-cumulative-energy"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "KSpace PPPM FFT grids": [
│ │ │ │ │ -            [37, "kspace-pppm-fft-grids"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Parallel algorithms": [
│ │ │ │ │ -            [44, "parallel-algorithms"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Platform abstraction functions": [
│ │ │ │ │ -            [45, "platform-abstraction-functions"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Time functions": [
│ │ │ │ │ -            [45, "time-functions"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Platform information functions": [
│ │ │ │ │ -            [45, "platform-information-functions"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "File and path functions and global constants": [
│ │ │ │ │ -            [45, "file-and-path-functions-and-global-constants"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Standard I/O function wrappers": [
│ │ │ │ │ -            [45, "standard-i-o-function-wrappers"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Environment variable functions": [
│ │ │ │ │ -            [45, "environment-variable-functions"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Dynamically loaded object or library functions": [
│ │ │ │ │ -            [45, "dynamically-loaded-object-or-library-functions"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Compressed file I/O functions": [
│ │ │ │ │ -            [45, "compressed-file-i-o-functions"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Adding tests for unit testing": [
│ │ │ │ │ -            [47, "adding-tests-for-unit-testing"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Tests for utility functions": [
│ │ │ │ │ -            [47, "tests-for-utility-functions"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Tests for individual LAMMPS commands": [
│ │ │ │ │ -            [47, "tests-for-individual-lammps-commands"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Tests for the C-style library interface": [
│ │ │ │ │ -            [47, "tests-for-the-c-style-library-interface"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Tests for the Python module and package": [
│ │ │ │ │ -            [47, "tests-for-the-python-module-and-package"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Tests for the Fortran interface": [
│ │ │ │ │ -            [47, "tests-for-the-fortran-interface"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Tests for the C++-style library interface": [
│ │ │ │ │ -            [47, "id1"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Tests for reading and writing file formats": [
│ │ │ │ │ -            [47, "tests-for-reading-and-writing-file-formats"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Tests for styles computing or modifying forces": [
│ │ │ │ │ -            [47, "tests-for-styles-computing-or-modifying-forces"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Tests for programs in the tools folder": [
│ │ │ │ │ -            [47, "tests-for-programs-in-the-tools-folder"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Troubleshooting failed unit tests": [
│ │ │ │ │ -            [47, "troubleshooting-failed-unit-tests"]
│ │ │ │ │ -        ],
│ │ │ │ │ -        "Writing new styles": [
│ │ │ │ │ -            [50, "writing-new-styles"]
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│ │ │ │ │ -        ],
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│ │ │ │ │ -        ],
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│ │ │ │ │ -        ],
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│ │ │ │ │              [42, "avoiding-data-races"]
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│ │ │ │ │          "Eigensolver functions": [
│ │ │ │ │              [49, "eigensolver-functions"]
│ │ │ │ │          ],
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│ │ │ │ │              [49, "communication-buffer-coding-with-ubuf"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Executing LAMMPS commands": [
│ │ │ │ │ -            [30, "executing-lammps-commands"],
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│ │ │ │ │ +            [54, "reporting-bugs"]
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│ │ │ │ │ -        "Using the C++ API directly": [
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│ │ │ │ │          ],
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│ │ │ │ │ -        "Style Factories": [
│ │ │ │ │ -            [33, "style-factories"]
│ │ │ │ │ +        "Notes for updating code written for older LAMMPS versions": [
│ │ │ │ │ +            [48, "notes-for-updating-code-written-for-older-lammps-versions"]
│ │ │ │ │          ],
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│ │ │ │ │ -            [33, "i-o-and-output-formatting"]
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│ │ │ │ │ +            [48, "setting-flags-in-the-constructor"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "C-style stdio versus C++ style iostreams": [
│ │ │ │ │ -            [33, "c-style-stdio-versus-c-style-iostreams"]
│ │ │ │ │ +        "Rename of pack/unpack_comm() to pack/unpack_forward_comm()": [
│ │ │ │ │ +            [48, "rename-of-pack-unpack-comm-to-pack-unpack-forward-comm"]
│ │ │ │ │          ],
│ │ │ │ │ -        "Formatting with the {fmt} library": [
│ │ │ │ │ -            [33, "formatting-with-the-fmt-library"]
│ │ │ │ │ +        "Use ev_init() to initialize variables derived from eflag and vflag": [
│ │ │ │ │ +            [48, "use-ev-init-to-initialize-variables-derived-from-eflag-and-vflag"]
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│ │ │ │ │ -        "Summary of the {fmt} format syntax": [
│ │ │ │ │ -            [33, "summary-of-the-fmt-format-syntax"]
│ │ │ │ │ +        "Use utils::numeric() functions instead of force->numeric()": [
│ │ │ │ │ +            [48, "use-utils-numeric-functions-instead-of-force-numeric"]
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│ │ │ │ │ +        "Use utils::open_potential() function to open potential files": [
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│ │ │ │ │ +        ],
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│ │ │ │ │ +        "Use Output::get_dump_by_id() instead of Output::find_dump()": [
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