Diff of the two buildlogs: -- --- b1/build.log 2023-05-13 02:16:12.912388016 +0000 +++ b2/build.log 2023-05-13 04:07:09.776662465 +0000 @@ -1,6 +1,6 @@ I: pbuilder: network access will be disabled during build -I: Current time: Fri May 12 12:11:45 -12 2023 -I: pbuilder-time-stamp: 1683936705 +I: Current time: Fri Jun 14 22:39:36 +14 2024 +I: pbuilder-time-stamp: 1718354376 I: Building the build Environment I: extracting base tarball [/var/cache/pbuilder/bookworm-reproducible-base.tgz] I: copying local configuration @@ -16,7 +16,7 @@ I: copying [./libpwiz_3.0.18342.orig.tar.gz] I: copying [./libpwiz_3.0.18342-4.debian.tar.xz] I: Extracting source -gpgv: Signature made Mon Sep 28 02:23:36 2020 -12 +gpgv: Signature made Tue Sep 29 04:23:36 2020 +14 gpgv: using RSA key B053304E17D6D419DD9B465141AB484D7694CF42 gpgv: Can't check signature: No public key dpkg-source: warning: cannot verify inline signature for ./libpwiz_3.0.18342-4.dsc: no acceptable signature found @@ -27,135 +27,167 @@ dpkg-source: info: applying gcc-boost-fail-cast-tribool-to-bool-force-it.patch I: using fakeroot in build. I: Installing the build-deps -I: user script /srv/workspace/pbuilder/3400580/tmp/hooks/D02_print_environment starting +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2091844/tmp/hooks/D01_modify_environment starting +debug: Running on ionos15-amd64. +I: Changing host+domainname to test build reproducibility +I: Adding a custom variable just for the fun of it... +I: Changing /bin/sh to bash +'/bin/sh' -> '/bin/bash' +lrwxrwxrwx 1 root root 9 Jun 14 22:39 /bin/sh -> /bin/bash +I: Setting pbuilder2's login shell to /bin/bash +I: Setting pbuilder2's GECOS to second user,second room,second work-phone,second home-phone,second other +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2091844/tmp/hooks/D01_modify_environment finished +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2091844/tmp/hooks/D02_print_environment starting I: set - BUILDDIR='/build' - BUILDUSERGECOS='first user,first room,first work-phone,first home-phone,first other' - BUILDUSERNAME='pbuilder1' - BUILD_ARCH='amd64' - 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-rwxr-xr-x 3 root root 39224 Sep 18 2022 bunzip2 - -rwxr-xr-x 3 root root 39224 Sep 18 2022 bzcat - lrwxrwxrwx 1 root root 6 Sep 18 2022 bzcmp -> bzdiff - -rwxr-xr-x 1 root root 2225 Sep 18 2022 bzdiff - lrwxrwxrwx 1 root root 6 Sep 18 2022 bzegrep -> bzgrep - -rwxr-xr-x 1 root root 4893 Nov 27 2021 bzexe - lrwxrwxrwx 1 root root 6 Sep 18 2022 bzfgrep -> bzgrep - -rwxr-xr-x 1 root root 3775 Sep 18 2022 bzgrep - -rwxr-xr-x 3 root root 39224 Sep 18 2022 bzip2 - -rwxr-xr-x 1 root root 14568 Sep 18 2022 bzip2recover - lrwxrwxrwx 1 root root 6 Sep 18 2022 bzless -> bzmore - -rwxr-xr-x 1 root root 1297 Sep 18 2022 bzmore - -rwxr-xr-x 1 root root 44016 Sep 20 2022 cat - -rwxr-xr-x 1 root root 68656 Sep 20 2022 chgrp - -rwxr-xr-x 1 root root 64496 Sep 20 2022 chmod - -rwxr-xr-x 1 root root 72752 Sep 20 2022 chown - -rwxr-xr-x 1 root root 151152 Sep 20 2022 cp - -rwxr-xr-x 1 root root 125640 Jan 5 01:20 dash - -rwxr-xr-x 1 root root 121904 Sep 20 2022 date - -rwxr-xr-x 1 root root 89240 Sep 20 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(8463 kB/s) debconf: delaying package configuration, since apt-utils is not installed Selecting previously unselected package sgml-base. (Reading database ... (Reading database ... 5% (Reading database ... 10% (Reading database ... 15% (Reading database ... 20% (Reading database ... 25% (Reading database ... 30% (Reading database ... 35% (Reading database ... 40% (Reading database ... 45% (Reading database ... 50% (Reading database ... 55% (Reading database ... 60% (Reading database ... 65% (Reading database ... 70% (Reading database ... 75% (Reading database ... 80% (Reading database ... 85% (Reading database ... 90% (Reading database ... 95% (Reading database ... 100% (Reading database ... 19596 files and directories currently installed.) @@ -1040,10 +1072,17 @@ Reading package lists... Building dependency tree... Reading state information... +usrmerge is already the newest version (35). fakeroot is already the newest version (1.31-1.2). 0 upgraded, 0 newly installed, 0 to remove and 0 not upgraded. I: Building the package -I: Running cd /build/libpwiz-3.0.18342/ && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games" HOME="/nonexistent/first-build" dpkg-buildpackage -us -uc -b && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games" HOME="/nonexistent/first-build" dpkg-genchanges -S > ../libpwiz_3.0.18342-4_source.changes +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2091844/tmp/hooks/A99_set_merged_usr starting +Re-configuring usrmerge... +removed '/etc/unsupported-skip-usrmerge-conversion' +The system has been successfully converted. +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2091844/tmp/hooks/A99_set_merged_usr finished +hostname: Name or service not known +I: Running cd /build/libpwiz-3.0.18342/ && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/i/capture/the/path" HOME="/nonexistent/second-build" dpkg-buildpackage -us -uc -b && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/i/capture/the/path" HOME="/nonexistent/second-build" dpkg-genchanges -S > ../libpwiz_3.0.18342-4_source.changes dpkg-buildpackage: info: source package libpwiz dpkg-buildpackage: info: source version 3.0.18342-4 dpkg-buildpackage: info: source distribution unstable @@ -1054,7 +1093,7 @@ "---------------------------------------" DEB_HOST_GNU_TYPE: x86_64-linux-gnu DEB_BUILD_GNU_TYPE x86_64-linux-gnu -DEB_BUILD_OPTIONS: buildinfo=+all reproducible=+all parallel=15 +DEB_BUILD_OPTIONS: buildinfo=+all reproducible=+all parallel=16 DEB_HOST_MULTIARCH: x86_64-linux-gnu "---------------------------------------" entering the clean target @@ -1088,7 +1127,7 @@ "---------------------------------------" DEB_HOST_GNU_TYPE: x86_64-linux-gnu DEB_BUILD_GNU_TYPE x86_64-linux-gnu -DEB_BUILD_OPTIONS: buildinfo=+all reproducible=+all parallel=15 +DEB_BUILD_OPTIONS: buildinfo=+all reproducible=+all parallel=16 DEB_HOST_MULTIARCH: x86_64-linux-gnu "---------------------------------------" entering the configure target @@ -1130,7 +1169,7 @@ Makefile.am: installing './depcomp' checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c checking whether build environment is sane... yes -checking for a race-free mkdir -p... /bin/mkdir -p +checking for a race-free mkdir -p... /usr/bin/mkdir -p checking for gawk... no checking for mawk... mawk checking whether make sets $(MAKE)... yes @@ -1150,10 +1189,10 @@ checking for x86_64-linux-gnu-gcc option to enable C11 features... none needed checking whether x86_64-linux-gnu-gcc understands -c and -o together... yes checking dependency style of x86_64-linux-gnu-gcc... gcc3 -checking for a sed that does not truncate output... /bin/sed -checking for grep that handles long lines and -e... /bin/grep -checking for egrep... /bin/grep -E -checking for fgrep... /bin/grep -F +checking for a sed that does not truncate output... /usr/bin/sed +checking for grep that handles long lines and -e... /usr/bin/grep +checking for egrep... /usr/bin/grep -E +checking for fgrep... /usr/bin/grep -F checking for ld used by x86_64-linux-gnu-gcc... /usr/bin/ld checking if the linker (/usr/bin/ld) is GNU ld... yes checking for BSD- or MS-compatible name lister (nm)... /usr/bin/x86_64-linux-gnu-nm -B @@ -1176,8 +1215,8 @@ checking for x86_64-linux-gnu-ranlib... x86_64-linux-gnu-ranlib checking command to parse /usr/bin/x86_64-linux-gnu-nm -B output from x86_64-linux-gnu-gcc object... ok checking for sysroot... no -checking for a working dd... /bin/dd -checking how to truncate binary pipes... /bin/dd bs=4096 count=1 +checking for a working dd... /usr/bin/dd +checking how to truncate binary pipes... /usr/bin/dd bs=4096 count=1 checking for x86_64-linux-gnu-mt... no checking for mt... no checking if : is a manifest tool... no @@ -1359,27 +1398,27 @@ 127 | struct _GLIBCXX17_DEPRECATED iterator | ^~~~~~~~ depbase=`echo libraries/boost_aux/libs/nowide/src/iostream.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict__ -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 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"/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT libraries/boost_aux/libs/nowide/src/iostream.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o libraries/boost_aux/libs/nowide/src/iostream.lo libraries/boost_aux/libs/nowide/src/iostream.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 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-MF $depbase.Tpo -c -o libraries/boost_aux/libs/nowide/src/iostream.lo libraries/boost_aux/libs/nowide/src/iostream.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict__ -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_ALARM=1 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'pwiz::analysis::MZRTField' has a base 'std::set, pwiz::analysis::{anonymous}::LessThan_MZRT, std::allocator > >' whose type uses the anonymous namespace [-Wsubobject-linkage] libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict__ -DHAVE_PTRDIFF_T=1 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~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict__ -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 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pwiz_tools/examples/mscat.o -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz_tools/examples/mscat.o pwiz_tools/examples/mscat.cpp &&\ @@ -5346,7 +5385,7 @@ /usr/include/c++/12/bits/stl_iterator_base_types.h:127:34: note: declared here 127 | struct _GLIBCXX17_DEPRECATED iterator | ^~~~~~~~ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=link x86_64-linux-gnu-g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -o mscat ./pwiz_tools/examples/mscat.o libpwiz.la -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=link 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-D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz_tools/examples/write_example_files.o -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz_tools/examples/write_example_files.o pwiz_tools/examples/write_example_files.cpp &&\ @@ -5410,7 +5449,7 @@ /usr/include/c++/12/bits/stl_iterator_base_types.h:127:34: note: declared here 127 | struct _GLIBCXX17_DEPRECATED iterator | ^~~~~~~~ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=link x86_64-linux-gnu-g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -o write_example_files ./pwiz_tools/examples/write_example_files.o libpwiz.la -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams 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./pwiz_tools/examples/write_example_files.o -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu ./.libs/libpwiz.so -lboost_thread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -pthread depbase=`echo pwiz_tools/examples/hello_msdata.o | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.o$||'`;\ x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 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_GLIBCXX17_DEPRECATED iterator | ^~~~~~~~ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=link x86_64-linux-gnu-g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -o hello_msdata ./pwiz_tools/examples/hello_msdata.o libpwiz.la -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=link x86_64-linux-gnu-g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -o 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's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.o$||'`;\ x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict__ -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 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pwiz_tools/examples/write_traml_example_files.o pwiz_tools/examples/write_traml_example_files.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Po -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=link x86_64-linux-gnu-g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -o write_traml_example_files ./pwiz_tools/examples/write_traml_example_files.o libpwiz.la -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=link x86_64-linux-gnu-g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -o write_traml_example_files ./pwiz_tools/examples/write_traml_example_files.o libpwiz.la -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono libtool: link: x86_64-linux-gnu-g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-z -Wl,now -o .libs/write_traml_example_files ./pwiz_tools/examples/write_traml_example_files.o -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu ./.libs/libpwiz.so -lboost_thread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -pthread make[1]: Leaving directory '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build' make[1]: Entering directory '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build' make[2]: Entering directory '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build' - /bin/mkdir -p '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib' - /bin/bash ./libtool --mode=install /usr/bin/install -c libpwiz.la '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib' + /usr/bin/mkdir -p '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib' + /bin/sh ./libtool --mode=install /usr/bin/install -c libpwiz.la '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libpwiz.so.3.0.0 /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 libtool: install: (cd /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib && { ln -s -f libpwiz.so.3.0.0 libpwiz.so.3 || { rm -f libpwiz.so.3 && ln -s libpwiz.so.3.0.0 libpwiz.so.3; }; }) libtool: install: (cd /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib && { ln -s -f libpwiz.so.3.0.0 libpwiz.so || { rm -f libpwiz.so && ln -s libpwiz.so.3.0.0 libpwiz.so; }; }) @@ -5492,8 +5531,8 @@ libtool: install: chmod 644 /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib/libpwiz.a libtool: install: x86_64-linux-gnu-ranlib /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib/libpwiz.a libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib' - /bin/mkdir -p '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/bin' - /bin/bash ./libtool --mode=install /usr/bin/install -c txt2mzml msconvert mscat hello_analyzer_2 idconvert write_example_files hello_msdata write_mzid_example_files hello_analyzer write_proteome_example_files pepcat write_traml_example_files '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/bin' + /usr/bin/mkdir -p '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/bin' + /bin/sh ./libtool --mode=install /usr/bin/install -c txt2mzml msconvert mscat hello_analyzer_2 idconvert write_example_files hello_msdata write_mzid_example_files hello_analyzer write_proteome_example_files pepcat write_traml_example_files '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/bin' libtool: warning: 'libpwiz.la' has not been installed in '/usr/lib' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/txt2mzml /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/bin/txt2mzml libtool: warning: 'libpwiz.la' has not been installed in '/usr/lib' @@ -7025,7 +7064,7 @@ /build/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Peptide.hpp:166: warning: Unsupported xml/html tag found /build/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Peptide.hpp:168: warning: Unsupported xml/html tag found /build/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Peptide.hpp:169: warning: Unsupported xml/html tag found -sh: 1: latex: not found +sh: line 1: latex: command not found error: Problems running latex. Check your installation or look for typos in _formulas.tex and check _formulas.log! map.hpp... Preprocessing /build/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/misc/Singleton.hpp... @@ -9133,7 +9172,7 @@ "---------------------------------------" DEB_HOST_GNU_TYPE: x86_64-linux-gnu DEB_BUILD_GNU_TYPE x86_64-linux-gnu -DEB_BUILD_OPTIONS: buildinfo=+all reproducible=+all parallel=15 +DEB_BUILD_OPTIONS: buildinfo=+all reproducible=+all parallel=16 DEB_HOST_MULTIARCH: x86_64-linux-gnu "---------------------------------------" entering the configure target @@ -9175,7 +9214,7 @@ Makefile.am: installing './depcomp' checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c checking whether build environment is sane... yes -checking for a race-free mkdir -p... /bin/mkdir -p +checking for a race-free mkdir -p... /usr/bin/mkdir -p checking for gawk... no checking for mawk... mawk checking whether make sets $(MAKE)... yes @@ -9195,10 +9234,10 @@ checking for x86_64-linux-gnu-gcc option to enable C11 features... none needed checking whether x86_64-linux-gnu-gcc understands -c and -o together... yes checking dependency style of x86_64-linux-gnu-gcc... gcc3 -checking for a sed that does not truncate output... /bin/sed -checking for grep that handles long lines and -e... /bin/grep -checking for egrep... /bin/grep -E -checking for fgrep... /bin/grep -F +checking for a sed that does not truncate output... /usr/bin/sed +checking for grep that handles long lines and -e... /usr/bin/grep +checking for egrep... /usr/bin/grep -E +checking for fgrep... /usr/bin/grep -F checking for ld used by x86_64-linux-gnu-gcc... /usr/bin/ld checking if the linker (/usr/bin/ld) is GNU ld... yes checking for BSD- or MS-compatible name lister (nm)... /usr/bin/x86_64-linux-gnu-nm -B @@ -9221,8 +9260,8 @@ checking for x86_64-linux-gnu-ranlib... x86_64-linux-gnu-ranlib checking command to parse /usr/bin/x86_64-linux-gnu-nm -B output from x86_64-linux-gnu-gcc object... ok checking for sysroot... no -checking for a working dd... /bin/dd -checking how to truncate binary pipes... /bin/dd bs=4096 count=1 +checking for a working dd... /usr/bin/dd +checking how to truncate binary pipes... /usr/bin/dd bs=4096 count=1 checking for x86_64-linux-gnu-mt... no checking for mt... no checking if : is a manifest tool... no @@ -9386,8 +9425,8 @@ make[1]: Leaving directory '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build' make[1]: Entering directory '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build' make[2]: Entering directory '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build' - /bin/mkdir -p '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib' - /bin/bash ./libtool --mode=install /usr/bin/install -c libpwiz.la '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib' + /usr/bin/mkdir -p '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib' + /bin/sh ./libtool --mode=install /usr/bin/install -c libpwiz.la '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libpwiz.so.3.0.0 /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 libtool: install: (cd /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib && { ln -s -f libpwiz.so.3.0.0 libpwiz.so.3 || { rm -f libpwiz.so.3 && ln -s libpwiz.so.3.0.0 libpwiz.so.3; }; }) libtool: install: (cd /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib && { ln -s -f libpwiz.so.3.0.0 libpwiz.so || { rm -f libpwiz.so && ln -s libpwiz.so.3.0.0 libpwiz.so; }; }) @@ -9396,8 +9435,8 @@ libtool: install: chmod 644 /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib/libpwiz.a libtool: install: x86_64-linux-gnu-ranlib /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib/libpwiz.a libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib' - /bin/mkdir -p '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/bin' - /bin/bash ./libtool --mode=install /usr/bin/install -c txt2mzml msconvert mscat hello_analyzer_2 idconvert write_example_files hello_msdata write_mzid_example_files hello_analyzer write_proteome_example_files pepcat write_traml_example_files '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/bin' + /usr/bin/mkdir -p '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/bin' + /bin/sh ./libtool --mode=install /usr/bin/install -c txt2mzml msconvert mscat hello_analyzer_2 idconvert write_example_files hello_msdata write_mzid_example_files hello_analyzer write_proteome_example_files pepcat write_traml_example_files '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/bin' libtool: warning: 'libpwiz.la' has not been installed in '/usr/lib' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/txt2mzml /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/bin/txt2mzml libtool: warning: 'libpwiz.la' has not been installed in '/usr/lib' @@ -9794,12 +9833,12 @@ rm -f debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3 ln -s libpwiz.so.3.0.0 debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3 dh_installchangelogs -a - install -m0755 -d debian/libpwiz-dev/usr/share/doc/libpwiz-dev - install -p -m0644 debian/.debhelper/generated/libpwiz-dev/dh_installchangelogs.dch.trimmed debian/libpwiz-dev/usr/share/doc/libpwiz-dev/changelog.Debian - install -m0755 -d debian/libpwiz-tools/usr/share/doc/libpwiz-tools - install -p -m0644 debian/.debhelper/generated/libpwiz-tools/dh_installchangelogs.dch.trimmed debian/libpwiz-tools/usr/share/doc/libpwiz-tools/changelog.Debian install -m0755 -d debian/libpwiz3/usr/share/doc/libpwiz3 install -p -m0644 debian/.debhelper/generated/libpwiz3/dh_installchangelogs.dch.trimmed debian/libpwiz3/usr/share/doc/libpwiz3/changelog.Debian + install -m0755 -d debian/libpwiz-tools/usr/share/doc/libpwiz-tools + install -p -m0644 debian/.debhelper/generated/libpwiz-tools/dh_installchangelogs.dch.trimmed debian/libpwiz-tools/usr/share/doc/libpwiz-tools/changelog.Debian + install -m0755 -d debian/libpwiz-dev/usr/share/doc/libpwiz-dev + install -p -m0644 debian/.debhelper/generated/libpwiz-dev/dh_installchangelogs.dch.trimmed debian/libpwiz-dev/usr/share/doc/libpwiz-dev/changelog.Debian dh_installdocs -a install -p -m0644 debian/README.Debian debian/libpwiz-dev/usr/share/doc/libpwiz-dev/README.Debian install -p -m0644 debian/copyright debian/libpwiz-dev/usr/share/doc/libpwiz-dev/copyright @@ -9835,14 +9874,14 @@ man-recode --to-code UTF-8 --suffix .dh-new debian/libpwiz-tools/usr/share/man/man1/txt2mzml.1 mv debian/libpwiz-tools/usr/share/man/man1/txt2mzml.1.dh-new debian/libpwiz-tools/usr/share/man/man1/txt2mzml.1 chmod 0644 -- debian/libpwiz-tools/usr/share/man/man1/txt2mzml.1 - mv debian/libpwiz-tools/usr/share/man/man1/msconvert.1.dh-new debian/libpwiz-tools/usr/share/man/man1/msconvert.1 - chmod 0644 -- debian/libpwiz-tools/usr/share/man/man1/msconvert.1 mv debian/libpwiz-tools/usr/share/man/man1/mscat.1.dh-new debian/libpwiz-tools/usr/share/man/man1/mscat.1 chmod 0644 -- debian/libpwiz-tools/usr/share/man/man1/mscat.1 - mv debian/libpwiz3/usr/share/man/man3/libpwiz.3.dh-new debian/libpwiz3/usr/share/man/man3/libpwiz.3 - chmod 0644 -- debian/libpwiz3/usr/share/man/man3/libpwiz.3 mv debian/libpwiz-tools/usr/share/man/man1/idconvert.1.dh-new debian/libpwiz-tools/usr/share/man/man1/idconvert.1 chmod 0644 -- debian/libpwiz-tools/usr/share/man/man1/idconvert.1 + mv debian/libpwiz-tools/usr/share/man/man1/msconvert.1.dh-new debian/libpwiz-tools/usr/share/man/man1/msconvert.1 + chmod 0644 -- debian/libpwiz-tools/usr/share/man/man1/msconvert.1 + mv debian/libpwiz3/usr/share/man/man3/libpwiz.3.dh-new debian/libpwiz3/usr/share/man/man3/libpwiz.3 + chmod 0644 -- debian/libpwiz3/usr/share/man/man3/libpwiz.3 dh_strip -a install -m0755 -d debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/3c objcopy --only-keep-debug --compress-debug-sections debian/libpwiz-tools/usr/bin/txt2mzml debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/3c/d0190f6e2d268b54900d1799959be780fc0f2b.debug @@ -9885,14 +9924,14 @@ cd debian/libpwiz-dev cd debian/libpwiz3 cd debian/libpwiz-tools + chmod a-x usr/share/doc/libpwiz-dev/changelog.Debian + gzip -9nf usr/share/doc/libpwiz-dev/changelog.Debian + cd '/build/libpwiz-3.0.18342' chmod a-x usr/share/doc/libpwiz3/changelog.Debian usr/share/man/man3/libpwiz.3 - gzip -9nf usr/share/doc/libpwiz3/changelog.Debian usr/share/man/man3/libpwiz.3 chmod a-x usr/share/doc/libpwiz-tools/changelog.Debian usr/share/man/man1/idconvert.1 usr/share/man/man1/mscat.1 usr/share/man/man1/msconvert.1 usr/share/man/man1/txt2mzml.1 - chmod a-x usr/share/doc/libpwiz-dev/changelog.Debian + gzip -9nf usr/share/doc/libpwiz3/changelog.Debian usr/share/man/man3/libpwiz.3 cd '/build/libpwiz-3.0.18342' gzip -9nf usr/share/doc/libpwiz-tools/changelog.Debian usr/share/man/man1/idconvert.1 usr/share/man/man1/mscat.1 usr/share/man/man1/msconvert.1 usr/share/man/man1/txt2mzml.1 - gzip -9nf usr/share/doc/libpwiz-dev/changelog.Debian - cd '/build/libpwiz-3.0.18342' cd '/build/libpwiz-3.0.18342' dh_makeshlibs -a rm -f debian/libpwiz-dev/DEBIAN/shlibs @@ -9918,7 +9957,7 @@ dpkg-gensymbols: debug: Merging symbols from /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 as libpwiz.so.3 dpkg-gensymbols: debug: Storing symbols in /build/libpwiz-3.0.18342/debian/libpwiz3/DEBIAN/symbols. --- new_symbol_file (libpwiz3_3.0.0_amd64) -+++ dpkg-gensymbolsBZv8OY 2023-05-12 14:14:59.181094434 -1200 ++++ dpkg-gensymbolsN_FKR8 2024-06-15 00:25:12.551540696 +1400 @@ -0,0 +1,12261 @@ +libpwiz.so.3 libpwiz3 #MINVER# + PERSON_DOC_OWNER@Base 3.0.0 @@ -22184,22 +22223,22 @@ echo "libpwiz 3 libpwiz3 (>= 3.0.9393-1)" > \ /build/libpwiz-3.0.18342/debian/libpwiz3/DEBIAN/shlibs dh_fixperms -a + find debian/libpwiz-tools -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chown --no-dereference 0:0 find debian/libpwiz-dev -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chown --no-dereference 0:0 find debian/libpwiz3 -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chown --no-dereference 0:0 - find debian/libpwiz-tools -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chown --no-dereference 0:0 - find debian/libpwiz3 ! -type l -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod go=rX,u+rw,a-s find debian/libpwiz-tools ! -type l -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod go=rX,u+rw,a-s - find debian/libpwiz3/usr/share/doc -type f -a -true -a ! -regex 'debian/libpwiz3/usr/share/doc/[^/]*/examples/.*' -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 + find debian/libpwiz3 ! -type l -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod go=rX,u+rw,a-s find debian/libpwiz-tools/usr/share/doc -type f -a -true -a ! -regex 'debian/libpwiz-tools/usr/share/doc/[^/]*/examples/.*' -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 - find debian/libpwiz3/usr/share/doc -type d -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0755 find debian/libpwiz-tools/usr/share/doc -type d -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0755 - find debian/libpwiz3/usr/share/man -type f -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 - find debian/libpwiz-dev ! -type l -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod go=rX,u+rw,a-s + find debian/libpwiz3/usr/share/doc -type f -a -true -a ! -regex 'debian/libpwiz3/usr/share/doc/[^/]*/examples/.*' -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 find debian/libpwiz-tools/usr/share/man -type f -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 - find debian/libpwiz3 -type f \( -name '*.so.*' -o -name '*.so' -o -name '*.la' -o -name '*.a' -o -name '*.js' -o -name '*.css' -o -name '*.scss' -o -name '*.sass' -o -name '*.jpeg' -o -name '*.jpg' -o -name '*.png' -o -name '*.gif' -o -name '*.cmxs' -o -name '*.node' \) -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 + find debian/libpwiz3/usr/share/doc -type d -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0755 find debian/libpwiz-tools -type f \( -name '*.so.*' -o -name '*.so' -o -name '*.la' -o -name '*.a' -o -name '*.js' -o -name '*.css' -o -name '*.scss' -o -name '*.sass' -o -name '*.jpeg' -o -name '*.jpg' -o -name '*.png' -o -name '*.gif' -o -name '*.cmxs' -o -name '*.node' \) -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 - find debian/libpwiz3/usr/lib -type f -name '*.ali' -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod uga-w + find debian/libpwiz3/usr/share/man -type f -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 + find debian/libpwiz3 -type f \( -name '*.so.*' -o -name '*.so' -o -name '*.la' -o -name '*.a' -o -name '*.js' -o -name '*.css' -o -name '*.scss' -o -name '*.sass' -o -name '*.jpeg' -o -name '*.jpg' -o -name '*.png' -o -name '*.gif' -o -name '*.cmxs' -o -name '*.node' \) -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 find debian/libpwiz-tools/usr/bin -type f -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod a+x + find debian/libpwiz3/usr/lib -type f -name '*.ali' -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod uga-w + find debian/libpwiz-dev ! -type l -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod go=rX,u+rw,a-s find debian/libpwiz-dev/usr/share/doc -type f -a -true -a ! -regex 'debian/libpwiz-dev/usr/share/doc/[^/]*/examples/.*' -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 find debian/libpwiz-dev/usr/share/doc -type d -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0755 find debian/libpwiz-dev/usr/include -type f -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 @@ -22207,81 +22246,81 @@ find debian/libpwiz-dev/usr/lib -type f -name '*.ali' -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod uga-w dh_lintian -a dh_shlibdeps -a - install -m0755 -d debian/libpwiz3/DEBIAN - dpkg-shlibdeps -Tdebian/libpwiz3.substvars debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 install -m0755 -d debian/libpwiz-tools/DEBIAN dpkg-shlibdeps -Tdebian/libpwiz-tools.substvars debian/libpwiz-tools/usr/bin/txt2mzml debian/libpwiz-tools/usr/bin/msconvert debian/libpwiz-tools/usr/bin/mscat debian/libpwiz-tools/usr/bin/idconvert + install -m0755 -d debian/libpwiz3/DEBIAN + dpkg-shlibdeps -Tdebian/libpwiz3.substvars debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 dpkg-shlibdeps: warning: deprecated use of LD_LIBRARY_PATH with private library directory which interferes with cross-building, please use -l option instead dpkg-shlibdeps: warning: deprecated use of LD_LIBRARY_PATH with private library directory which interferes with cross-building, please use -l option instead -dpkg-shlibdeps: warning: symbol crc32 used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol compress used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateCopy used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateEnd used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateReset used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol uncompress used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflate used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol compressBound used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateInit2_ used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateEnd used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateCopy used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol compress used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol crc32 used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol uncompress used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries dh_gencontrol -a install -m0755 -d debian/libpwiz-dev/DEBIAN echo misc:Depends= >> debian/libpwiz-dev.substvars echo misc:Pre-Depends= >> debian/libpwiz-dev.substvars dpkg-gencontrol -plibpwiz-dev -ldebian/changelog -Tdebian/libpwiz-dev.substvars -Pdebian/libpwiz-dev - install -m0755 -d debian/libpwiz3/DEBIAN - echo misc:Depends= >> debian/libpwiz3.substvars - echo misc:Pre-Depends= >> debian/libpwiz3.substvars - install -m0755 -d debian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root/DEBIAN - dpkg-gencontrol -plibpwiz3 -ldebian/changelog -Tdebian/libpwiz3.substvars -Pdebian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root -UPre-Depends -URecommends -USuggests -UEnhances -UProvides -UEssential -UConflicts -DPriority=optional -UHomepage -UImportant -UBuilt-Using -DAuto-Built-Package=debug-symbols -UProtected -DPackage=libpwiz3-dbgsym "-DDepends=libpwiz3 (= \${binary:Version})" "-DDescription=debug symbols for libpwiz3" -DBuild-Ids=d294ca5f28fae8f95984fff2a31ae4f0d861b91b -DSection=debug -UMulti-Arch -UReplaces -UBreaks install -m0755 -d debian/libpwiz-tools/DEBIAN echo misc:Depends= >> debian/libpwiz-tools.substvars echo misc:Pre-Depends= >> debian/libpwiz-tools.substvars install -m0755 -d debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/DEBIAN dpkg-gencontrol -plibpwiz-tools -ldebian/changelog -Tdebian/libpwiz-tools.substvars -Pdebian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root -UPre-Depends -URecommends -USuggests -UEnhances -UProvides -UEssential -UConflicts -DPriority=optional -UHomepage -UImportant -UBuilt-Using -DAuto-Built-Package=debug-symbols -UProtected -DPackage=libpwiz-tools-dbgsym "-DDepends=libpwiz-tools (= \${binary:Version})" "-DDescription=debug symbols for libpwiz-tools" "-DBuild-Ids=3cd0190f6e2d268b54900d1799959be780fc0f2b 5669a1fc09cfd26069078dca644337cfa6a132ac 65ec9b4bf0573f726cf89a1d414b17e8e07a2980 8cfec53af8c7abba47a3d8573efe4c89844d59e0" -DSection=debug -UMulti-Arch -UReplaces -UBreaks + install -m0755 -d debian/libpwiz3/DEBIAN + echo misc:Depends= >> debian/libpwiz3.substvars + echo misc:Pre-Depends= >> debian/libpwiz3.substvars + install -m0755 -d debian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root/DEBIAN + dpkg-gencontrol -plibpwiz3 -ldebian/changelog -Tdebian/libpwiz3.substvars -Pdebian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root -UPre-Depends -URecommends -USuggests -UEnhances -UProvides -UEssential -UConflicts -DPriority=optional -UHomepage -UImportant -UBuilt-Using -DAuto-Built-Package=debug-symbols -UProtected -DPackage=libpwiz3-dbgsym "-DDepends=libpwiz3 (= \${binary:Version})" "-DDescription=debug symbols for libpwiz3" -DBuild-Ids=d294ca5f28fae8f95984fff2a31ae4f0d861b91b -DSection=debug -UMulti-Arch -UReplaces -UBreaks +dpkg-gencontrol: warning: Depends field of package libpwiz-dev: substitution variable ${shlibs:Depends} used, but is not defined chmod 0644 -- debian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root/DEBIAN/control chown 0:0 -- debian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root/DEBIAN/control dpkg-gencontrol -plibpwiz3 -ldebian/changelog -Tdebian/libpwiz3.substvars -Pdebian/libpwiz3 -dpkg-gencontrol: warning: Depends field of package libpwiz-dev: substitution variable ${shlibs:Depends} used, but is not defined chmod 0644 -- debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/DEBIAN/control chown 0:0 -- debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/DEBIAN/control dpkg-gencontrol -plibpwiz-tools -ldebian/changelog -Tdebian/libpwiz-tools.substvars -Pdebian/libpwiz-tools - chmod 0644 -- debian/libpwiz-dev/DEBIAN/control - chown 0:0 -- debian/libpwiz-dev/DEBIAN/control chmod 0644 -- debian/libpwiz3/DEBIAN/control chown 0:0 -- debian/libpwiz3/DEBIAN/control chmod 0644 -- debian/libpwiz-tools/DEBIAN/control chown 0:0 -- debian/libpwiz-tools/DEBIAN/control + chmod 0644 -- debian/libpwiz-dev/DEBIAN/control + chown 0:0 -- debian/libpwiz-dev/DEBIAN/control dh_md5sums -a install -m0755 -d debian/libpwiz-dev/DEBIAN + install -m0755 -d debian/libpwiz3/DEBIAN install -m0755 -d debian/libpwiz-tools/DEBIAN cd debian/libpwiz-tools >/dev/null && xargs -r0 md5sum | perl -pe 'if (s@^\\@@) { s/\\\\/\\/g; }' > DEBIAN/md5sums - install -m0755 -d debian/libpwiz3/DEBIAN cd debian/libpwiz3 >/dev/null && xargs -r0 md5sum | perl -pe 'if (s@^\\@@) { s/\\\\/\\/g; }' > DEBIAN/md5sums - cd debian/libpwiz-dev >/dev/null && xargs -r0 md5sum | perl -pe 'if (s@^\\@@) { s/\\\\/\\/g; }' > DEBIAN/md5sums chmod 0644 -- debian/libpwiz-tools/DEBIAN/md5sums chown 0:0 -- debian/libpwiz-tools/DEBIAN/md5sums install -m0755 -d debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/DEBIAN - cd debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root >/dev/null && xargs -r0 md5sum | perl -pe 'if (s@^\\@@) { s/\\\\/\\/g; }' > DEBIAN/md5sums - chmod 0644 -- debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/DEBIAN/md5sums - chown 0:0 -- debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/DEBIAN/md5sums chmod 0644 -- debian/libpwiz3/DEBIAN/md5sums chown 0:0 -- debian/libpwiz3/DEBIAN/md5sums install -m0755 -d debian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root/DEBIAN cd debian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root >/dev/null && xargs -r0 md5sum | perl -pe 'if (s@^\\@@) { s/\\\\/\\/g; }' > DEBIAN/md5sums - chmod 0644 -- debian/libpwiz-dev/DEBIAN/md5sums - chown 0:0 -- debian/libpwiz-dev/DEBIAN/md5sums + cd debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root >/dev/null && xargs -r0 md5sum | perl -pe 'if (s@^\\@@) { s/\\\\/\\/g; }' > DEBIAN/md5sums + chmod 0644 -- debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/DEBIAN/md5sums + chown 0:0 -- debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/DEBIAN/md5sums chmod 0644 -- debian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root/DEBIAN/md5sums chown 0:0 -- debian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root/DEBIAN/md5sums + cd debian/libpwiz-dev >/dev/null && xargs -r0 md5sum | perl -pe 'if (s@^\\@@) { s/\\\\/\\/g; }' > DEBIAN/md5sums + chmod 0644 -- debian/libpwiz-dev/DEBIAN/md5sums + chown 0:0 -- debian/libpwiz-dev/DEBIAN/md5sums dh_builddeb -a + dpkg-deb --build debian/libpwiz-tools .. dpkg-deb --build debian/libpwiz-dev .. - dpkg-deb --build debian/libpwiz3 .. dpkg-deb --root-owner-group --build debian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root .. - dpkg-deb --build debian/libpwiz-tools .. + dpkg-deb --build debian/libpwiz3 .. dpkg-deb --root-owner-group --build debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root .. -dpkg-deb: building package 'libpwiz-tools-dbgsym' in '../libpwiz-tools-dbgsym_3.0.18342-4_amd64.deb'. -dpkg-deb: building package 'libpwiz3-dbgsym' in '../libpwiz3-dbgsym_3.0.18342-4_amd64.deb'. dpkg-deb: building package 'libpwiz-dev' in '../libpwiz-dev_3.0.18342-4_amd64.deb'. dpkg-deb: building package 'libpwiz-tools' in '../libpwiz-tools_3.0.18342-4_amd64.deb'. dpkg-deb: building package 'libpwiz3' in '../libpwiz3_3.0.18342-4_amd64.deb'. +dpkg-deb: building package 'libpwiz-tools-dbgsym' in '../libpwiz-tools-dbgsym_3.0.18342-4_amd64.deb'. +dpkg-deb: building package 'libpwiz3-dbgsym' in '../libpwiz3-dbgsym_3.0.18342-4_amd64.deb'. entering the build-indep-stamp target cd doc/dox && doxygen warning: Tag 'USE_WINDOWS_ENCODING' at line 11 of file 'Doxyfile' has become obsolete. @@ -23427,7 +23466,7 @@ /build/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Peptide.hpp:166: warning: Unsupported xml/html tag found /build/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Peptide.hpp:168: warning: Unsupported xml/html tag found /build/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Peptide.hpp:169: warning: Unsupported xml/html tag found -sh: 1: latex: not found +sh: line 1: latex: command not found error: Problems running latex. Check your installation or look for typos in _formulas.tex and check _formulas.log! map.hpp... Preprocessing /build/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/misc/Singleton.hpp... @@ -25586,12 +25625,14 @@ dpkg-buildpackage: info: binary-only upload (no source included) dpkg-genchanges: info: not including original source code in upload I: copying local configuration +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2091844/tmp/hooks/B01_cleanup starting +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2091844/tmp/hooks/B01_cleanup finished I: unmounting dev/ptmx filesystem I: unmounting dev/pts filesystem I: unmounting dev/shm filesystem I: unmounting proc filesystem I: unmounting sys filesystem I: cleaning the build env -I: removing directory /srv/workspace/pbuilder/3400580 and its subdirectories -I: Current time: Fri May 12 14:16:10 -12 2023 -I: pbuilder-time-stamp: 1683944170 +I: removing directory /srv/workspace/pbuilder/2091844 and its subdirectories +I: Current time: Sat Jun 15 00:30:11 +14 2024 +I: pbuilder-time-stamp: 1718361011