Diff of the two buildlogs: -- --- b1/build.log 2024-03-17 06:47:22.488289271 +0000 +++ b2/build.log 2024-03-17 09:34:26.229687955 +0000 @@ -1,6 +1,6 @@ I: pbuilder: network access will be disabled during build -I: Current time: Sat Mar 16 11:27:07 -12 2024 -I: pbuilder-time-stamp: 1710631627 +I: Current time: Sun Mar 17 20:49:53 +14 2024 +I: pbuilder-time-stamp: 1710658193 I: Building the build Environment I: extracting base tarball [/var/cache/pbuilder/bookworm-reproducible-base.tgz] I: copying local configuration @@ -16,7 +16,7 @@ I: copying [./libpwiz_3.0.18342.orig.tar.gz] I: copying [./libpwiz_3.0.18342-4.debian.tar.xz] I: Extracting source -gpgv: Signature made Mon Sep 28 02:23:36 2020 -12 +gpgv: Signature made Tue Sep 29 04:23:36 2020 +14 gpgv: using RSA key B053304E17D6D419DD9B465141AB484D7694CF42 gpgv: Can't check signature: No public key dpkg-source: warning: cannot verify inline signature for ./libpwiz_3.0.18342-4.dsc: no acceptable signature found @@ -27,135 +27,167 @@ dpkg-source: info: applying gcc-boost-fail-cast-tribool-to-bool-force-it.patch I: using fakeroot in build. I: Installing the build-deps -I: user script /srv/workspace/pbuilder/9294/tmp/hooks/D02_print_environment starting +I: user script /srv/workspace/pbuilder/21648/tmp/hooks/D01_modify_environment starting +debug: Running on virt64b. +I: Changing host+domainname to test build reproducibility +I: Adding a custom variable just for the fun of it... +I: Changing /bin/sh to bash +'/bin/sh' -> '/bin/bash' +lrwxrwxrwx 1 root root 9 Mar 17 20:50 /bin/sh -> /bin/bash +I: Setting pbuilder2's login shell to /bin/bash +I: Setting pbuilder2's GECOS to second user,second room,second work-phone,second home-phone,second other +I: user script /srv/workspace/pbuilder/21648/tmp/hooks/D01_modify_environment finished +I: user script /srv/workspace/pbuilder/21648/tmp/hooks/D02_print_environment starting I: set - BUILDDIR='/build/reproducible-path' - BUILDUSERGECOS='first user,first room,first work-phone,first home-phone,first other' - BUILDUSERNAME='pbuilder1' - BUILD_ARCH='armhf' - 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-rwxr-xr-x 1 root root 336764 Jan 19 21:27 tar - -rwxr-xr-x 1 root root 9800 Jul 28 2023 tempfile - -rwxr-xr-x 1 root root 133224 Sep 20 2022 touch - -rwxr-xr-x 1 root root 67548 Sep 20 2022 true - -rwxr-xr-x 1 root root 9768 Mar 22 2023 ulockmgr_server - -rwsr-xr-x 1 root root 22108 Mar 22 2023 umount - -rwxr-xr-x 1 root root 67572 Sep 20 2022 uname - -rwxr-xr-x 2 root root 2346 Apr 9 2022 uncompress - -rwxr-xr-x 1 root root 133632 Sep 20 2022 vdir - -rwxr-xr-x 1 root root 42608 Mar 22 2023 wdctl - lrwxrwxrwx 1 root root 8 Dec 19 2022 ypdomainname -> hostname - -rwxr-xr-x 1 root root 1984 Apr 9 2022 zcat - -rwxr-xr-x 1 root root 1678 Apr 9 2022 zcmp - -rwxr-xr-x 1 root root 6460 Apr 9 2022 zdiff - -rwxr-xr-x 1 root root 29 Apr 9 2022 zegrep - -rwxr-xr-x 1 root root 29 Apr 9 2022 zfgrep - -rwxr-xr-x 1 root root 2081 Apr 9 2022 zforce - -rwxr-xr-x 1 root root 8103 Apr 9 2022 zgrep - -rwxr-xr-x 1 root root 2206 Apr 9 2022 zless - -rwxr-xr-x 1 root root 1842 Apr 9 2022 zmore - -rwxr-xr-x 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unselected package sgml-base. (Reading database ... (Reading database ... 5% (Reading database ... 10% (Reading database ... 15% (Reading database ... 20% (Reading database ... 25% (Reading database ... 30% (Reading database ... 35% (Reading database ... 40% (Reading database ... 45% (Reading database ... 50% (Reading database ... 55% (Reading database ... 60% (Reading database ... 65% (Reading database ... 70% (Reading database ... 75% (Reading database ... 80% (Reading database ... 85% (Reading database ... 90% (Reading database ... 95% (Reading database ... 100% (Reading database ... 19288 files and directories currently installed.) @@ -1028,7 +1060,11 @@ fakeroot is already the newest version (1.31-1.2). 0 upgraded, 0 newly installed, 0 to remove and 0 not upgraded. I: Building the package -I: Running cd /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/ && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games" HOME="/nonexistent/first-build" dpkg-buildpackage -us -uc -b && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games" HOME="/nonexistent/first-build" dpkg-genchanges -S > ../libpwiz_3.0.18342-4_source.changes +I: user script /srv/workspace/pbuilder/21648/tmp/hooks/A99_set_merged_usr starting +Not re-configuring usrmerge for bookworm +I: user script /srv/workspace/pbuilder/21648/tmp/hooks/A99_set_merged_usr finished +hostname: Name or service not known +I: Running cd /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/ && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/i/capture/the/path" HOME="/nonexistent/second-build" dpkg-buildpackage -us -uc -b && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/i/capture/the/path" HOME="/nonexistent/second-build" dpkg-genchanges -S > ../libpwiz_3.0.18342-4_source.changes dpkg-buildpackage: info: source package libpwiz dpkg-buildpackage: info: source version 3.0.18342-4 dpkg-buildpackage: info: source distribution unstable @@ -1039,7 +1075,7 @@ "---------------------------------------" DEB_HOST_GNU_TYPE: arm-linux-gnueabihf DEB_BUILD_GNU_TYPE arm-linux-gnueabihf -DEB_BUILD_OPTIONS: buildinfo=+all reproducible=+all parallel=3 +DEB_BUILD_OPTIONS: buildinfo=+all reproducible=+all parallel=4 DEB_HOST_MULTIARCH: arm-linux-gnueabihf "---------------------------------------" entering the clean target @@ -1073,7 +1109,7 @@ "---------------------------------------" DEB_HOST_GNU_TYPE: arm-linux-gnueabihf DEB_BUILD_GNU_TYPE arm-linux-gnueabihf -DEB_BUILD_OPTIONS: buildinfo=+all reproducible=+all parallel=3 +DEB_BUILD_OPTIONS: buildinfo=+all reproducible=+all parallel=4 DEB_HOST_MULTIARCH: arm-linux-gnueabihf "---------------------------------------" entering the configure target @@ -1344,27 +1380,27 @@ 127 | struct _GLIBCXX17_DEPRECATED iterator | ^~~~~~~~ depbase=`echo 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pwiz/analysis/common/CwtPeakDetector.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/common/.libs/CwtPeakDetector.o In file included from /usr/include/c++/12/bits/stl_algo.h:60, @@ -2493,7 +2529,7 @@ | ~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ libtool: compile: arm-linux-gnueabihf-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 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-DPIC -o pwiz/analysis/peakdetect/.libs/FeatureDetectorSimple.o In file included from ./pwiz/data/msdata/MSData.hpp:29, @@ -2572,12 +2608,12 @@ | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ libtool: compile: arm-linux-gnueabihf-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict__ -DHAVE_PTRDIFF_T=1 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./pwiz/data/msdata/MSData.hpp:29, @@ -3133,7 +3169,7 @@ | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ libtool: compile: arm-linux-gnueabihf-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict__ -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 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pwiz/data/misc/MinimumPepXML.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/misc/.libs/MinimumPepXML.o In file included from /usr/include/c++/12/vector:70, @@ -3302,7 +3338,7 @@ | ~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ libtool: compile: arm-linux-gnueabihf-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 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included from pwiz/utility/chemistry/IsotopeEnvelopeEstimator.hpp:30, @@ -3328,7 +3364,7 @@ | ^~~~~~~~ libtool: compile: arm-linux-gnueabihf-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict__ -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 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+3413,7 @@ /usr/include/c++/12/bits/stl_vector.h:1779:26: note: parameter passing for argument of type '__gnu_cxx::__normal_iterator >' changed in GCC 7.1 libtool: compile: arm-linux-gnueabihf-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict__ -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_ALARM=1 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~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ libtool: compile: arm-linux-gnueabihf-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict__ -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 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arm-linux-gnueabihf-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict__ -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 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pwiz/analysis/peakdetect/FeatureDetectorPeakel.lo pwiz/analysis/peakdetect/FeatureDetectorPeakel.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile arm-linux-gnueabihf-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict__ -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_REALLOC=1 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-4592,7 +4628,7 @@ | ~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~ libtool: compile: arm-linux-gnueabihf-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict__ -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 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of type '__gnu_cxx::__normal_iterator >' changed in GCC 7.1 libtool: compile: arm-linux-gnueabihf-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict__ -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 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~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ libtool: compile: arm-linux-gnueabihf-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict__ -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 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^~~~~~~~ libtool: compile: arm-linux-gnueabihf-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict__ -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 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./pwiz/data/msdata/MSData.hpp:29, @@ -6885,12 +6921,12 @@ | ^~~~~~~~ libtool: compile: arm-linux-gnueabihf-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict__ -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 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pwiz/analysis/frequency/.libs/MagnitudeLorentzian.o pwiz/analysis/frequency/MagnitudeLorentzian.cpp: In function 'std::pair pwiz::frequency::{anonymous}::inverseSquare(const std::pair&)': @@ -8022,7 +8058,7 @@ | ~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ libtool: compile: arm-linux-gnueabihf-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 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prevent reproducible builds [-Wdate-time] 543 | << "Build date: " << __DATE__ << " " << __TIME__ << endl; | ^~~~~~~~ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=link arm-linux-gnueabihf-g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -L/usr/lib/arm-linux-gnueabihf -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -o idconvert pwiz_tools/commandline/idconvert.o libpwiz.la -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=link arm-linux-gnueabihf-g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat 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pwiz_tools/examples/write_proteome_example_files.o pwiz_tools/examples/write_proteome_example_files.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Po -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=link arm-linux-gnueabihf-g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -L/usr/lib/arm-linux-gnueabihf -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -o write_proteome_example_files ./pwiz_tools/examples/write_proteome_example_files.o libpwiz.la -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=link arm-linux-gnueabihf-g++ -g -O2 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Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/common +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/Agilent +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/Bruker +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/Waters +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/ABI +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/ABI/T2D +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/UNIFI +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/Thermo +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/UIMF +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/misc +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/frequency +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/common +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/demux +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/spectrum_processing +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/chromatogram_processing +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/proteome_processing +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/passive +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/peptideid +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/peakdetect Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/math Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/minimxml -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/chemistry Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/proteome +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/chemistry +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/math Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/misc Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/ms Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/filter Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/filter/utilities Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/utilities Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/utilities -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/peakdetect -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/common -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/frequency -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/spectrum_processing -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/chromatogram_processing -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/proteome_processing -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/demux -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/peptideid -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/passive -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/common -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/misc -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/UNIFI -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/Thermo -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/Bruker -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/ABI -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/ABI/T2D -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/UIMF -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/Waters -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/Agilent +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/ms Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/doc/dox/ Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/doc/dox/html Reading and parsing tag files @@ -10121,7 +10157,7 @@ /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Peptide.hpp:166: warning: Unsupported xml/html tag found /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Peptide.hpp:168: warning: Unsupported xml/html tag found /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Peptide.hpp:169: warning: Unsupported xml/html tag found -sh: 1: latex: not found +sh: line 1: latex: command not found error: Problems running latex. Check your installation or look for typos in _formulas.tex and check _formulas.log! 8342/doc/dox/mainpage.hpp... Parsing file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/doc/dox/mainpage.hpp... @@ -10202,8 +10238,6 @@ Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/common/ExtraZeroSamplesFilterTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/common/LocalMaximumPeakDetector.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/common/LocalMaximumPeakDetectorTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/common/PeakDetector.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/frequency/PeakDetector.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/chromatogram_processing/SavitzkyGolaySmoother.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/common/SavitzkyGolaySmoother.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/chromatogram_processing/SavitzkyGolaySmootherTest.cpp... @@ -10246,6 +10280,8 @@ Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/frequency/ParameterEstimator.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/frequency/ParametrizedFunction.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/frequency/ParametrizedFunctionTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/common/PeakDetector.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/frequency/PeakDetector.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorMatchedFilter.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorMatchedFilterTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorMatchedFilterTestData.hpp... @@ -10406,21 +10442,7 @@ Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ChromatogramList_mzML_Test.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ChromatogramListBase.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ChromatogramListBaseTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DefaultReaderList.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/DefaultReaderList.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/DefaultReaderList.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/DefaultReaderList.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/examples.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/examples.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/examples.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/examples.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Index_mzML.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IO.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/IO.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/IO.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IOTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/IOTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/IOTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/LegacyAdapter.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/LegacyAdapterTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/MemoryMRUCache.hpp... @@ -10432,20 +10454,6 @@ Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/MSDataTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/MSnReaderTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/MSNumpress.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Reader.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Reader.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Reader.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Reader.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/ReaderTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ReaderTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/ReaderTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/ReaderTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/References.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/References.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/References.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/ReferencesTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ReferencesTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/ReferencesTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF_Test.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Serializer_MSn.hpp... @@ -10475,10 +10483,6 @@ Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/SpectrumListWrapper.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/SpectrumListWrapperTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/SpectrumWorkerThreads.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/TextWriter.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/TextWriter.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/TextWriter.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TextWriter.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/AminoAcid.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/AminoAcidTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Digestion.hpp... @@ -10497,12 +10501,60 @@ Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Reader_FASTA.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Serializer_FASTA.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Serializer_FASTA_Test.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DefaultReaderList.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/DefaultReaderList.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/DefaultReaderList.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/DefaultReaderList.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Diff.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Diff.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Diff.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Diff.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/diff.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DiffTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/DiffTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/DiffTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/DiffTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/difftest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/examples.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/examples.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/examples.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/examples.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IO.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/IO.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/IO.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IOTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/IOTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/IOTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Reader.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Reader.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Reader.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Reader.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/ReaderTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ReaderTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/ReaderTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/ReaderTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/References.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/References.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/References.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/ReferencesTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ReferencesTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/ReferencesTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Serializer_traML.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Serializer_traML_Test.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/TextWriter.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/TextWriter.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/TextWriter.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TextWriter.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TraData.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TraDataFile.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TraDataFileTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TraDataTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/Version.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Version.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Version.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Version.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Version.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/Version.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/ABI/ChromatogramList_ABI.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/ABI/Reader_ABI.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/ABI/Reader_ABI_Detail.hpp... @@ -10551,27 +10603,17 @@ Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/chemistry/IsotopeTableTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/chemistry/MZTolerance.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/chemistry/MZToleranceTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/base.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/utilities/base.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/basetest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/constants.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/copy_iftest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/copyif.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/cumsum.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/cumsumtest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Diff.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Diff.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Diff.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Diff.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/diff.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DiffTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/DiffTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/DiffTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/DiffTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/difftest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/equispaceinterpolationtest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/interpolate.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/scale.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/base.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/utilities/base.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/utilities/interpolation.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/filter/filter.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/filter/filterutilstest.cpp... @@ -10590,9 +10632,9 @@ Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/convert2dense.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/convert2densetest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/determinbinwithtest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/masscomparefunctors.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/determinebinwidth.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/utilities/determinebinwidth.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/masscomparefunctors.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/math/erf.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/math/erfTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/math/HouseholderQR.hpp... @@ -10670,12 +10712,6 @@ Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/misc/virtual_map.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/proteome/IPIFASTADatabase.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/proteome/IPIFASTADatabaseTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/Version.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Version.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Version.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Version.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Version.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/Version.hpp... Generating file documentation... Generating docs for file mainpage.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_Filter.hpp... @@ -10695,8 +10731,6 @@ Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/common/ExtraZeroSamplesFilterTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/common/LocalMaximumPeakDetector.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/common/LocalMaximumPeakDetectorTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/common/PeakDetector.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/frequency/PeakDetector.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/chromatogram_processing/SavitzkyGolaySmoother.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/common/SavitzkyGolaySmoother.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/chromatogram_processing/SavitzkyGolaySmootherTest.cpp... @@ -10739,6 +10773,8 @@ Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/frequency/ParameterEstimator.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/frequency/ParametrizedFunction.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/frequency/ParametrizedFunctionTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/common/PeakDetector.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/frequency/PeakDetector.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorMatchedFilter.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorMatchedFilterTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorMatchedFilterTestData.hpp... @@ -10913,21 +10949,7 @@ Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ChromatogramList_mzML_Test.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ChromatogramListBase.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ChromatogramListBaseTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DefaultReaderList.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/DefaultReaderList.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/DefaultReaderList.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/DefaultReaderList.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/examples.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/examples.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/examples.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/examples.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Index_mzML.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IO.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/IO.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/IO.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IOTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/IOTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/IOTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/LegacyAdapter.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/LegacyAdapterTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/MemoryMRUCache.hpp... @@ -10939,20 +10961,6 @@ Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/MSDataTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/MSnReaderTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/MSNumpress.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Reader.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Reader.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Reader.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Reader.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/ReaderTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ReaderTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/ReaderTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/ReaderTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/References.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/References.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/References.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/ReferencesTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ReferencesTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/ReferencesTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF_Test.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Serializer_MSn.hpp... @@ -10982,10 +10990,6 @@ Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/SpectrumListWrapper.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/SpectrumListWrapperTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/SpectrumWorkerThreads.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/TextWriter.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/TextWriter.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/TextWriter.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TextWriter.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/AminoAcid.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/AminoAcidTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Digestion.hpp... @@ -11004,12 +11008,60 @@ Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Reader_FASTA.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Serializer_FASTA.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Serializer_FASTA_Test.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DefaultReaderList.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/DefaultReaderList.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/DefaultReaderList.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/DefaultReaderList.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Diff.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Diff.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Diff.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Diff.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/diff.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DiffTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/DiffTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/DiffTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/DiffTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/difftest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/examples.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/examples.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/examples.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/examples.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IO.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/IO.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/IO.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IOTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/IOTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/IOTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Reader.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Reader.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Reader.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Reader.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/ReaderTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ReaderTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/ReaderTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/ReaderTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/References.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/References.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/References.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/ReferencesTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ReferencesTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/ReferencesTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Serializer_traML.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Serializer_traML_Test.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/TextWriter.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/TextWriter.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/TextWriter.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TextWriter.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TraData.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TraDataFile.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TraDataFileTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TraDataTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/Version.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Version.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Version.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Version.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Version.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/Version.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/ABI/ChromatogramList_ABI.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/ABI/Reader_ABI.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/ABI/Reader_ABI_Detail.hpp... @@ -11058,27 +11110,17 @@ Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/chemistry/IsotopeTableTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/chemistry/MZTolerance.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/chemistry/MZToleranceTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/base.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/utilities/base.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/basetest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/constants.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/copy_iftest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/copyif.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/cumsum.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/cumsumtest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Diff.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Diff.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Diff.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Diff.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/diff.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DiffTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/DiffTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/DiffTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/DiffTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/difftest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/equispaceinterpolationtest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/interpolate.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/scale.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/base.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/utilities/base.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/utilities/interpolation.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/filter/filter.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/filter/filterutilstest.cpp... @@ -11097,9 +11139,9 @@ Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/convert2dense.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/convert2densetest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/determinbinwithtest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/masscomparefunctors.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/determinebinwidth.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/utilities/determinebinwidth.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/masscomparefunctors.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/math/erf.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/math/erfTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/math/HouseholderQR.hpp... @@ -11177,12 +11219,6 @@ Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/misc/virtual_map.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/proteome/IPIFASTADatabase.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/proteome/IPIFASTADatabaseTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/Version.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Version.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Version.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Version.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Version.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/Version.hpp... Generating page documentation... Generating group documentation... Generating class documentation... @@ -12202,7 +12238,7 @@ "---------------------------------------" DEB_HOST_GNU_TYPE: arm-linux-gnueabihf DEB_BUILD_GNU_TYPE arm-linux-gnueabihf -DEB_BUILD_OPTIONS: buildinfo=+all reproducible=+all parallel=3 +DEB_BUILD_OPTIONS: buildinfo=+all reproducible=+all parallel=4 DEB_HOST_MULTIARCH: arm-linux-gnueabihf "---------------------------------------" entering the configure target @@ -12456,7 +12492,7 @@ make[1]: Entering directory '/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build' make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build' /bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib' - /bin/bash ./libtool --mode=install /usr/bin/install -c libpwiz.la '/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib' + /bin/sh ./libtool --mode=install /usr/bin/install -c libpwiz.la '/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libpwiz.so.3.0.0 /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib && { ln -s -f libpwiz.so.3.0.0 libpwiz.so.3 || { rm -f libpwiz.so.3 && ln -s libpwiz.so.3.0.0 libpwiz.so.3; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib && { ln -s -f libpwiz.so.3.0.0 libpwiz.so || { rm -f libpwiz.so && ln -s libpwiz.so.3.0.0 libpwiz.so; }; }) @@ -12466,7 +12502,7 @@ libtool: install: arm-linux-gnueabihf-ranlib /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib/libpwiz.a libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib' /bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/bin' - /bin/bash ./libtool --mode=install /usr/bin/install -c txt2mzml msconvert mscat hello_analyzer_2 idconvert write_example_files hello_msdata write_mzid_example_files hello_analyzer write_proteome_example_files pepcat write_traml_example_files '/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/bin' + /bin/sh ./libtool --mode=install /usr/bin/install -c txt2mzml msconvert mscat hello_analyzer_2 idconvert write_example_files hello_msdata write_mzid_example_files hello_analyzer write_proteome_example_files pepcat write_traml_example_files '/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/bin' libtool: warning: 'libpwiz.la' has not been installed in '/usr/lib' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/txt2mzml /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/bin/txt2mzml libtool: warning: 'libpwiz.la' has not been installed in '/usr/lib' @@ -12498,356 +12534,356 @@ sh debian/remove-rpath-from-binaries.sh /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342 sh debian/make-included-headers-hierarchy.sh -debian/build/libraries/Eigen/nnls.h -debian/build/libraries/libsvm-3.0/svm.h -debian/build/libraries/CSpline/CSpline.h -debian/build/libraries/boost_aux/tools/bcp/fileview.hpp 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--remove-section=.note debian/libpwiz-tools/usr/bin/idconvert + objcopy --add-gnu-debuglink debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/86/7f92e113e6d36619ea501f1c3477f60b00e470.debug debian/libpwiz-tools/usr/bin/idconvert install -m0755 -d debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/share/doc ln -s libpwiz-tools debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/share/doc/libpwiz-tools-dbgsym install -m0755 -d debian/.debhelper/libpwiz-tools @@ -12948,15 +12984,15 @@ install -m0755 -d debian/.debhelper/libpwiz3 dh_compress -av -Xexample-files cd debian/libpwiz-dev - cd debian/libpwiz3 cd debian/libpwiz-tools + cd debian/libpwiz3 chmod a-x usr/share/doc/libpwiz-dev/changelog.Debian + chmod a-x usr/share/doc/libpwiz-tools/changelog.Debian usr/share/man/man1/idconvert.1 usr/share/man/man1/mscat.1 usr/share/man/man1/msconvert.1 usr/share/man/man1/txt2mzml.1 gzip -9nf usr/share/doc/libpwiz-dev/changelog.Debian - cd '/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342' + gzip -9nf usr/share/doc/libpwiz-tools/changelog.Debian usr/share/man/man1/idconvert.1 usr/share/man/man1/mscat.1 usr/share/man/man1/msconvert.1 usr/share/man/man1/txt2mzml.1 chmod a-x usr/share/doc/libpwiz3/changelog.Debian usr/share/man/man3/libpwiz.3 - chmod a-x usr/share/doc/libpwiz-tools/changelog.Debian usr/share/man/man1/idconvert.1 usr/share/man/man1/mscat.1 usr/share/man/man1/msconvert.1 usr/share/man/man1/txt2mzml.1 gzip -9nf usr/share/doc/libpwiz3/changelog.Debian usr/share/man/man3/libpwiz.3 - gzip -9nf usr/share/doc/libpwiz-tools/changelog.Debian usr/share/man/man1/idconvert.1 usr/share/man/man1/mscat.1 usr/share/man/man1/msconvert.1 usr/share/man/man1/txt2mzml.1 + cd '/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342' cd '/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342' cd '/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342' dh_makeshlibs -a @@ -12983,7 +13019,7 @@ dpkg-gensymbols: debug: Merging symbols from /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 as libpwiz.so.3 dpkg-gensymbols: debug: Storing symbols in /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/libpwiz3/DEBIAN/symbols. --- new_symbol_file (libpwiz3_3.0.0_armhf) -+++ dpkg-gensymbols_vKgKv 2024-03-16 18:41:13.212896612 -1200 ++++ dpkg-gensymbolsejioUL 2024-03-17 23:32:01.237327594 +1400 @@ -0,0 +1,12220 @@ +libpwiz.so.3 libpwiz3 #MINVER# + PERSON_DOC_OWNER@Base 3.0.0 @@ -25211,19 +25247,19 @@ find debian/libpwiz-dev -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chown --no-dereference 0:0 find debian/libpwiz3 -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chown --no-dereference 0:0 find debian/libpwiz-tools -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chown --no-dereference 0:0 - find debian/libpwiz3 ! -type l -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod go=rX,u+rw,a-s find debian/libpwiz-tools ! -type l -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod go=rX,u+rw,a-s - find debian/libpwiz3/usr/share/doc -type f -a -true -a ! -regex 'debian/libpwiz3/usr/share/doc/[^/]*/examples/.*' -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 + find debian/libpwiz3 ! -type l -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod go=rX,u+rw,a-s find debian/libpwiz-tools/usr/share/doc -type f -a -true -a ! -regex 'debian/libpwiz-tools/usr/share/doc/[^/]*/examples/.*' -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 - find debian/libpwiz3/usr/share/doc -type d -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0755 + find debian/libpwiz3/usr/share/doc -type f -a -true -a ! -regex 'debian/libpwiz3/usr/share/doc/[^/]*/examples/.*' -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 find debian/libpwiz-tools/usr/share/doc -type d -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0755 - find debian/libpwiz3/usr/share/man -type f -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 + find debian/libpwiz3/usr/share/doc -type d -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0755 + find debian/libpwiz-dev ! -type l -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod go=rX,u+rw,a-s find debian/libpwiz-tools/usr/share/man -type f -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 - find debian/libpwiz3 -type f \( -name '*.so.*' -o -name '*.so' -o -name '*.la' -o -name '*.a' -o -name '*.js' -o -name '*.css' -o -name '*.scss' -o -name '*.sass' -o -name '*.jpeg' -o -name '*.jpg' -o -name '*.png' -o -name '*.gif' -o -name '*.cmxs' -o -name '*.node' \) -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 + find debian/libpwiz3/usr/share/man -type f -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 find debian/libpwiz-tools -type f \( -name '*.so.*' -o -name '*.so' -o -name '*.la' -o -name '*.a' -o -name '*.js' -o -name '*.css' -o -name '*.scss' -o -name '*.sass' -o -name '*.jpeg' -o -name '*.jpg' -o -name '*.png' -o -name '*.gif' -o -name '*.cmxs' -o -name '*.node' \) -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 + find debian/libpwiz3 -type f \( -name '*.so.*' -o -name '*.so' -o -name '*.la' -o -name '*.a' -o -name '*.js' -o -name '*.css' -o -name '*.scss' -o -name '*.sass' -o -name '*.jpeg' -o -name '*.jpg' -o -name '*.png' -o -name '*.gif' -o -name '*.cmxs' -o -name '*.node' \) -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 find debian/libpwiz-tools/usr/bin -type f -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod a+x find debian/libpwiz3/usr/lib -type f -name '*.ali' -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod uga-w - find debian/libpwiz-dev ! -type l -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod go=rX,u+rw,a-s find debian/libpwiz-dev/usr/share/doc -type f -a -true -a ! -regex 'debian/libpwiz-dev/usr/share/doc/[^/]*/examples/.*' -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 find debian/libpwiz-dev/usr/share/doc -type d -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0755 find debian/libpwiz-dev/usr/include -type f -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 @@ -25234,29 +25270,24 @@ install -m0755 -d debian/libpwiz3/DEBIAN dpkg-shlibdeps -Tdebian/libpwiz3.substvars debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 install -m0755 -d debian/libpwiz-tools/DEBIAN - dpkg-shlibdeps -Tdebian/libpwiz-tools.substvars debian/libpwiz-tools/usr/bin/idconvert debian/libpwiz-tools/usr/bin/mscat debian/libpwiz-tools/usr/bin/txt2mzml debian/libpwiz-tools/usr/bin/msconvert + dpkg-shlibdeps -Tdebian/libpwiz-tools.substvars debian/libpwiz-tools/usr/bin/txt2mzml debian/libpwiz-tools/usr/bin/mscat debian/libpwiz-tools/usr/bin/msconvert debian/libpwiz-tools/usr/bin/idconvert dpkg-shlibdeps: warning: deprecated use of LD_LIBRARY_PATH with private library directory which interferes with cross-building, please use -l option instead dpkg-shlibdeps: warning: deprecated use of LD_LIBRARY_PATH with private library directory which interferes with cross-building, please use -l option instead -dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateInit2_ used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol uncompress used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateCopy used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateEnd used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol compressBound used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateReset used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol compress used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateEnd used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol __aeabi_atexit@CXXABI_ARM_1.3.3 used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflate used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol crc32 used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateCopy used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflate used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol compressBound used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateReset used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateInit2_ used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: debian/libpwiz-tools/usr/bin/mscat contains an unresolvable reference to symbol __aeabi_atexit@CXXABI_ARM_1.3.3: it's probably a plugin dpkg-shlibdeps: warning: debian/libpwiz-tools/usr/bin/txt2mzml contains an unresolvable reference to symbol __aeabi_atexit@CXXABI_ARM_1.3.3: it's probably a plugin dpkg-shlibdeps: warning: debian/libpwiz-tools/usr/bin/idconvert contains an unresolvable reference to symbol __aeabi_atexit@CXXABI_ARM_1.3.3: it's probably a plugin -dpkg-shlibdeps: warning: debian/libpwiz-tools/usr/bin/mscat contains an unresolvable reference to symbol __aeabi_atexit@CXXABI_ARM_1.3.3: it's probably a plugin dpkg-shlibdeps: warning: debian/libpwiz-tools/usr/bin/msconvert contains an unresolvable reference to symbol __aeabi_atexit@CXXABI_ARM_1.3.3: it's probably a plugin dh_gencontrol -a - install -m0755 -d debian/libpwiz-tools/DEBIAN - echo misc:Depends= >> debian/libpwiz-tools.substvars - echo misc:Pre-Depends= >> debian/libpwiz-tools.substvars - install -m0755 -d debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/DEBIAN - dpkg-gencontrol -plibpwiz-tools 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-Tdebian/libpwiz3.substvars -Pdebian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root -UPre-Depends -URecommends -USuggests -UEnhances -UProvides -UEssential -UConflicts -DPriority=optional -UHomepage -UImportant -UBuilt-Using -DAuto-Built-Package=debug-symbols -UProtected -DPackage=libpwiz3-dbgsym "-DDepends=libpwiz3 (= \${binary:Version})" "-DDescription=debug symbols for libpwiz3" -DBuild-Ids=ada88211efa549448a0ca252f54be5b54eb07c30 -DSection=debug -UMulti-Arch -UReplaces -UBreaks + install -m0755 -d debian/libpwiz-tools/DEBIAN + echo misc:Depends= >> debian/libpwiz-tools.substvars + echo misc:Pre-Depends= >> debian/libpwiz-tools.substvars + install -m0755 -d debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/DEBIAN + dpkg-gencontrol -plibpwiz-tools -ldebian/changelog -Tdebian/libpwiz-tools.substvars -Pdebian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root -UPre-Depends -URecommends -USuggests -UEnhances -UProvides -UEssential -UConflicts -DPriority=optional -UHomepage -UImportant -UBuilt-Using 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xargs -r0 md5sum | perl -pe 'if (s@^\\@@) { s/\\\\/\\/g; }' > DEBIAN/md5sums + cd debian/libpwiz-dev >/dev/null && xargs -r0 md5sum | perl -pe 'if (s@^\\@@) { s/\\\\/\\/g; }' > DEBIAN/md5sums chmod 0644 -- debian/libpwiz-tools/DEBIAN/md5sums chown 0:0 -- debian/libpwiz-tools/DEBIAN/md5sums install -m0755 -d debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/DEBIAN - cd debian/libpwiz3 >/dev/null && xargs -r0 md5sum | perl -pe 'if (s@^\\@@) { s/\\\\/\\/g; }' > DEBIAN/md5sums - cd debian/libpwiz-dev >/dev/null && xargs -r0 md5sum | perl -pe 'if (s@^\\@@) { s/\\\\/\\/g; }' > DEBIAN/md5sums cd debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root >/dev/null && xargs -r0 md5sum | perl -pe 'if (s@^\\@@) { s/\\\\/\\/g; }' > DEBIAN/md5sums - chmod 0644 -- debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/DEBIAN/md5sums - chown 0:0 -- debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/DEBIAN/md5sums chmod 0644 -- debian/libpwiz3/DEBIAN/md5sums chown 0:0 -- debian/libpwiz3/DEBIAN/md5sums install -m0755 -d debian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root/DEBIAN + chmod 0644 -- debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/DEBIAN/md5sums + chown 0:0 -- debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/DEBIAN/md5sums cd debian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root >/dev/null && xargs -r0 md5sum | perl -pe 'if (s@^\\@@) { s/\\\\/\\/g; }' > DEBIAN/md5sums chmod 0644 -- debian/libpwiz-dev/DEBIAN/md5sums chown 0:0 -- debian/libpwiz-dev/DEBIAN/md5sums @@ -25302,15 +25338,15 @@ chown 0:0 -- debian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root/DEBIAN/md5sums dh_builddeb -a dpkg-deb --build debian/libpwiz-dev .. - dpkg-deb --root-owner-group --build debian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root .. dpkg-deb --root-owner-group --build debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root .. -dpkg-deb: building package 'libpwiz-dev' in '../libpwiz-dev_3.0.18342-4_armhf.deb'. -dpkg-deb: building package 'libpwiz3-dbgsym' in '../libpwiz3-dbgsym_3.0.18342-4_armhf.deb'. + dpkg-deb --root-owner-group --build debian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root .. dpkg-deb: building package 'libpwiz-tools-dbgsym' in '../libpwiz-tools-dbgsym_3.0.18342-4_armhf.deb'. - dpkg-deb --build debian/libpwiz-tools .. -dpkg-deb: building package 'libpwiz-tools' in '../libpwiz-tools_3.0.18342-4_armhf.deb'. +dpkg-deb: building package 'libpwiz3-dbgsym' in '../libpwiz3-dbgsym_3.0.18342-4_armhf.deb'. +dpkg-deb: building package 'libpwiz-dev' in '../libpwiz-dev_3.0.18342-4_armhf.deb'. dpkg-deb --build debian/libpwiz3 .. dpkg-deb: building package 'libpwiz3' in '../libpwiz3_3.0.18342-4_armhf.deb'. + dpkg-deb --build debian/libpwiz-tools .. +dpkg-deb: building package 'libpwiz-tools' in '../libpwiz-tools_3.0.18342-4_armhf.deb'. entering the build-indep-stamp target cd doc/dox && doxygen warning: Tag 'USE_WINDOWS_ENCODING' at line 11 of file 'Doxyfile' has become obsolete. @@ -25347,48 +25383,48 @@ Searching for files to exclude Searching INPUT for files to process... Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/common +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/Agilent +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/Bruker +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/Waters +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/ABI +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/ABI/T2D +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/UNIFI +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/Thermo +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/UIMF +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/misc +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/frequency +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/common +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/demux +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/spectrum_processing +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/chromatogram_processing +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/proteome_processing +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/passive +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/peptideid +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/peakdetect Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/math Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/minimxml -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/chemistry Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/proteome +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/chemistry +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/math Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/misc Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/ms Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/filter Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/filter/utilities Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/utilities Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/utilities -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/peakdetect -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/common -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/frequency -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/spectrum_processing -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/chromatogram_processing -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/proteome_processing -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/demux -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/peptideid -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/passive -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/common -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/misc -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/UNIFI -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/Thermo -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/Bruker -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/ABI -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/ABI/T2D -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/UIMF -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/Waters -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/Agilent +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/ms Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/doc/dox/ Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/doc/dox/html Reading and parsing tag files @@ -26483,7 +26519,7 @@ /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Peptide.hpp:166: warning: Unsupported xml/html tag found /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Peptide.hpp:168: warning: Unsupported xml/html tag found /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Peptide.hpp:169: warning: Unsupported xml/html tag found -sh: 1: latex: not found +sh: line 1: latex: command not found error: Problems running latex. Check your installation or look for typos in _formulas.tex and check _formulas.log! 8342/doc/dox/mainpage.hpp... Parsing file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/doc/dox/mainpage.hpp... @@ -26564,8 +26600,6 @@ Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/common/ExtraZeroSamplesFilterTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/common/LocalMaximumPeakDetector.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/common/LocalMaximumPeakDetectorTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/common/PeakDetector.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/frequency/PeakDetector.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/chromatogram_processing/SavitzkyGolaySmoother.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/common/SavitzkyGolaySmoother.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/chromatogram_processing/SavitzkyGolaySmootherTest.cpp... @@ -26608,6 +26642,8 @@ Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/frequency/ParameterEstimator.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/frequency/ParametrizedFunction.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/frequency/ParametrizedFunctionTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/common/PeakDetector.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/frequency/PeakDetector.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorMatchedFilter.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorMatchedFilterTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorMatchedFilterTestData.hpp... @@ -26768,21 +26804,7 @@ Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ChromatogramList_mzML_Test.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ChromatogramListBase.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ChromatogramListBaseTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DefaultReaderList.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/DefaultReaderList.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/DefaultReaderList.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/DefaultReaderList.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/examples.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/examples.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/examples.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/examples.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Index_mzML.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IO.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/IO.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/IO.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IOTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/IOTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/IOTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/LegacyAdapter.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/LegacyAdapterTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/MemoryMRUCache.hpp... @@ -26794,20 +26816,6 @@ Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/MSDataTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/MSnReaderTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/MSNumpress.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Reader.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Reader.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Reader.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Reader.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/ReaderTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ReaderTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/ReaderTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/ReaderTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/References.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/References.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/References.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/ReferencesTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ReferencesTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/ReferencesTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF_Test.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Serializer_MSn.hpp... @@ -26837,10 +26845,6 @@ Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/SpectrumListWrapper.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/SpectrumListWrapperTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/SpectrumWorkerThreads.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/TextWriter.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/TextWriter.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/TextWriter.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TextWriter.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/AminoAcid.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/AminoAcidTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Digestion.hpp... @@ -26859,12 +26863,60 @@ Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Reader_FASTA.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Serializer_FASTA.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Serializer_FASTA_Test.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DefaultReaderList.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/DefaultReaderList.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/DefaultReaderList.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/DefaultReaderList.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Diff.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Diff.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Diff.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Diff.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/diff.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DiffTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/DiffTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/DiffTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/DiffTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/difftest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/examples.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/examples.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/examples.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/examples.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IO.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/IO.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/IO.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IOTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/IOTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/IOTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Reader.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Reader.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Reader.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Reader.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/ReaderTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ReaderTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/ReaderTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/ReaderTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/References.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/References.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/References.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/ReferencesTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ReferencesTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/ReferencesTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Serializer_traML.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Serializer_traML_Test.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/TextWriter.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/TextWriter.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/TextWriter.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TextWriter.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TraData.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TraDataFile.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TraDataFileTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TraDataTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/Version.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Version.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Version.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Version.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Version.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/Version.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/ABI/ChromatogramList_ABI.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/ABI/Reader_ABI.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/ABI/Reader_ABI_Detail.hpp... @@ -26913,27 +26965,17 @@ Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/chemistry/IsotopeTableTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/chemistry/MZTolerance.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/chemistry/MZToleranceTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/base.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/utilities/base.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/basetest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/constants.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/copy_iftest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/copyif.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/cumsum.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/cumsumtest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Diff.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Diff.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Diff.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Diff.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/diff.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DiffTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/DiffTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/DiffTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/DiffTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/difftest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/equispaceinterpolationtest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/interpolate.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/scale.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/base.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/utilities/base.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/utilities/interpolation.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/filter/filter.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/filter/filterutilstest.cpp... @@ -26952,9 +26994,9 @@ Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/convert2dense.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/convert2densetest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/determinbinwithtest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/masscomparefunctors.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/determinebinwidth.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/utilities/determinebinwidth.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/masscomparefunctors.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/math/erf.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/math/erfTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/math/HouseholderQR.hpp... @@ -27032,12 +27074,6 @@ Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/misc/virtual_map.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/proteome/IPIFASTADatabase.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/proteome/IPIFASTADatabaseTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/Version.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Version.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Version.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Version.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Version.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/Version.hpp... Generating file documentation... Generating docs for file mainpage.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_Filter.hpp... @@ -27057,8 +27093,6 @@ Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/common/ExtraZeroSamplesFilterTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/common/LocalMaximumPeakDetector.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/common/LocalMaximumPeakDetectorTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/common/PeakDetector.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/frequency/PeakDetector.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/chromatogram_processing/SavitzkyGolaySmoother.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/common/SavitzkyGolaySmoother.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/chromatogram_processing/SavitzkyGolaySmootherTest.cpp... @@ -27101,6 +27135,8 @@ Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/frequency/ParameterEstimator.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/frequency/ParametrizedFunction.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/frequency/ParametrizedFunctionTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/common/PeakDetector.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/frequency/PeakDetector.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorMatchedFilter.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorMatchedFilterTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorMatchedFilterTestData.hpp... @@ -27275,21 +27311,7 @@ Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ChromatogramList_mzML_Test.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ChromatogramListBase.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ChromatogramListBaseTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DefaultReaderList.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/DefaultReaderList.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/DefaultReaderList.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/DefaultReaderList.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/examples.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/examples.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/examples.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/examples.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Index_mzML.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IO.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/IO.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/IO.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IOTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/IOTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/IOTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/LegacyAdapter.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/LegacyAdapterTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/MemoryMRUCache.hpp... @@ -27301,20 +27323,6 @@ Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/MSDataTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/MSnReaderTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/MSNumpress.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Reader.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Reader.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Reader.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Reader.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/ReaderTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ReaderTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/ReaderTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/ReaderTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/References.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/References.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/References.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/ReferencesTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ReferencesTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/ReferencesTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF_Test.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Serializer_MSn.hpp... @@ -27344,10 +27352,6 @@ Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/SpectrumListWrapper.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/SpectrumListWrapperTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/SpectrumWorkerThreads.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/TextWriter.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/TextWriter.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/TextWriter.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TextWriter.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/AminoAcid.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/AminoAcidTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Digestion.hpp... @@ -27366,12 +27370,60 @@ Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Reader_FASTA.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Serializer_FASTA.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Serializer_FASTA_Test.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DefaultReaderList.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/DefaultReaderList.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/DefaultReaderList.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/DefaultReaderList.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Diff.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Diff.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Diff.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Diff.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/diff.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DiffTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/DiffTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/DiffTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/DiffTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/difftest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/examples.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/examples.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/examples.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/examples.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IO.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/IO.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/IO.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IOTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/IOTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/IOTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Reader.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Reader.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Reader.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Reader.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/ReaderTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ReaderTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/ReaderTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/ReaderTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/References.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/References.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/References.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/ReferencesTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ReferencesTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/ReferencesTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Serializer_traML.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Serializer_traML_Test.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/TextWriter.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/TextWriter.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/TextWriter.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TextWriter.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TraData.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TraDataFile.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TraDataFileTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TraDataTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/Version.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Version.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Version.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Version.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Version.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/Version.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/ABI/ChromatogramList_ABI.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/ABI/Reader_ABI.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/ABI/Reader_ABI_Detail.hpp... @@ -27420,27 +27472,17 @@ Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/chemistry/IsotopeTableTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/chemistry/MZTolerance.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/chemistry/MZToleranceTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/base.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/utilities/base.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/basetest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/constants.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/copy_iftest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/copyif.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/cumsum.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/cumsumtest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Diff.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Diff.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Diff.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Diff.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/diff.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DiffTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/DiffTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/DiffTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/DiffTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/difftest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/equispaceinterpolationtest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/interpolate.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/scale.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/base.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/utilities/base.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/utilities/interpolation.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/filter/filter.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/filter/filterutilstest.cpp... @@ -27459,9 +27501,9 @@ Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/convert2dense.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/convert2densetest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/determinbinwithtest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/masscomparefunctors.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/determinebinwidth.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/utilities/determinebinwidth.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/masscomparefunctors.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/math/erf.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/math/erfTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/math/HouseholderQR.hpp... @@ -27539,12 +27581,6 @@ Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/misc/virtual_map.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/proteome/IPIFASTADatabase.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/proteome/IPIFASTADatabaseTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/Version.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Version.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Version.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Version.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Version.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/Version.hpp... Generating page documentation... Generating group documentation... Generating class documentation... @@ -28615,12 +28651,14 @@ dpkg-buildpackage: info: binary-only upload (no source included) dpkg-genchanges: info: not including original source code in upload I: copying local configuration +I: user script /srv/workspace/pbuilder/21648/tmp/hooks/B01_cleanup starting +I: user script /srv/workspace/pbuilder/21648/tmp/hooks/B01_cleanup finished I: unmounting dev/ptmx filesystem I: unmounting dev/pts filesystem I: unmounting dev/shm filesystem I: unmounting proc filesystem I: unmounting sys filesystem I: cleaning the build env -I: removing directory /srv/workspace/pbuilder/9294 and its subdirectories -I: Current time: Sat Mar 16 18:47:11 -12 2024 -I: pbuilder-time-stamp: 1710658031 +I: removing directory /srv/workspace/pbuilder/21648 and its subdirectories +I: Current time: Sun Mar 17 23:34:05 +14 2024 +I: pbuilder-time-stamp: 1710668045