Diff of the two buildlogs: -- --- b1/build.log 2024-01-18 21:24:19.620909776 +0000 +++ b2/build.log 2024-01-18 22:36:41.090892489 +0000 @@ -1,6 +1,6 @@ I: pbuilder: network access will be disabled during build -I: Current time: Wed Feb 19 14:55:30 -12 2025 -I: pbuilder-time-stamp: 1740020130 +I: Current time: Fri Jan 19 11:24:22 +14 2024 +I: pbuilder-time-stamp: 1705613062 I: Building the build Environment I: extracting base tarball [/var/cache/pbuilder/bookworm-reproducible-base.tgz] I: copying local configuration @@ -28,51 +28,83 @@ dpkg-source: info: applying gcc-boost-fail-cast-tribool-to-bool-force-it.patch I: using fakeroot in build. I: Installing the build-deps -I: user script /srv/workspace/pbuilder/69538/tmp/hooks/D02_print_environment starting +I: user script /srv/workspace/pbuilder/3217/tmp/hooks/D01_modify_environment starting +debug: Running on ionos12-i386. +I: Changing host+domainname to test build reproducibility +I: Adding a custom variable just for the fun of it... +I: Changing /bin/sh to bash +'/bin/sh' -> '/bin/bash' +lrwxrwxrwx 1 root root 9 Jan 18 21:24 /bin/sh -> /bin/bash +I: Setting pbuilder2's login shell to /bin/bash +I: Setting pbuilder2's GECOS to second user,second room,second work-phone,second home-phone,second other +I: user script /srv/workspace/pbuilder/3217/tmp/hooks/D01_modify_environment finished +I: user script /srv/workspace/pbuilder/3217/tmp/hooks/D02_print_environment starting I: set - BUILDDIR='/build/reproducible-path' - BUILDUSERGECOS='first user,first room,first work-phone,first home-phone,first other' - BUILDUSERNAME='pbuilder1' - BUILD_ARCH='i386' - DEBIAN_FRONTEND='noninteractive' - DEB_BUILD_OPTIONS='buildinfo=+all reproducible=+all parallel=16 ' - DISTRIBUTION='bookworm' - HOME='/root' - HOST_ARCH='i386' + BASH=/bin/sh + BASHOPTS=checkwinsize:cmdhist:complete_fullquote:extquote:force_fignore:globasciiranges:globskipdots:hostcomplete:interactive_comments:patsub_replacement:progcomp:promptvars:sourcepath + BASH_ALIASES=() + BASH_ARGC=() + BASH_ARGV=() + BASH_CMDS=() + BASH_LINENO=([0]="12" [1]="0") + BASH_LOADABLES_PATH=/usr/local/lib/bash:/usr/lib/bash:/opt/local/lib/bash:/usr/pkg/lib/bash:/opt/pkg/lib/bash:. + BASH_SOURCE=([0]="/tmp/hooks/D02_print_environment" [1]="/tmp/hooks/D02_print_environment") + BASH_VERSINFO=([0]="5" [1]="2" [2]="15" [3]="1" [4]="release" [5]="i686-pc-linux-gnu") + BASH_VERSION='5.2.15(1)-release' + BUILDDIR=/build/reproducible-path + BUILDUSERGECOS='second user,second room,second work-phone,second home-phone,second other' + BUILDUSERNAME=pbuilder2 + BUILD_ARCH=i386 + DEBIAN_FRONTEND=noninteractive + DEB_BUILD_OPTIONS='buildinfo=+all reproducible=+all parallel=7 ' + DIRSTACK=() + DISTRIBUTION=bookworm + EUID=0 + FUNCNAME=([0]="Echo" [1]="main") + GROUPS=() + HOME=/root + HOSTNAME=i-capture-the-hostname + HOSTTYPE=i686 + HOST_ARCH=i386 IFS=' ' - 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PWD='/' - SHELL='/bin/bash' - SHLVL='2' - SUDO_COMMAND='/usr/bin/timeout -k 18.1h 18h /usr/bin/ionice -c 3 /usr/bin/nice /usr/sbin/pbuilder --build --configfile /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.hGwChPvx/pbuilderrc_L0L3 --distribution bookworm --hookdir /etc/pbuilder/first-build-hooks --debbuildopts -b --basetgz /var/cache/pbuilder/bookworm-reproducible-base.tgz --buildresult /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.hGwChPvx/b1 --logfile b1/build.log libpwiz_3.0.18342-4.dsc' - SUDO_GID='112' - SUDO_UID='107' - SUDO_USER='jenkins' - TERM='unknown' - TZ='/usr/share/zoneinfo/Etc/GMT+12' - USER='root' - _='/usr/bin/systemd-run' - http_proxy='http://85.184.249.68:3128' + PWD=/ + SHELL=/bin/bash + SHELLOPTS=braceexpand:errexit:hashall:interactive-comments:posix + SHLVL=3 + SUDO_COMMAND='/usr/bin/timeout -k 24.1h 24h /usr/bin/ionice -c 3 /usr/bin/nice -n 11 /usr/bin/unshare --uts -- /usr/sbin/pbuilder --build --configfile /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.hGwChPvx/pbuilderrc_YuMh --distribution bookworm --hookdir /etc/pbuilder/rebuild-hooks --debbuildopts -b --basetgz /var/cache/pbuilder/bookworm-reproducible-base.tgz --buildresult /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.hGwChPvx/b2 --logfile b2/build.log libpwiz_3.0.18342-4.dsc' + SUDO_GID=112 + SUDO_UID=107 + SUDO_USER=jenkins + TERM=unknown + TZ=/usr/share/zoneinfo/Etc/GMT-14 + UID=0 + USER=root + _='I: set' + http_proxy=http://78.137.99.97:3128 I: uname -a - Linux ionos16-i386 6.1.0-17-amd64 #1 SMP PREEMPT_DYNAMIC Debian 6.1.69-1 (2023-12-30) x86_64 GNU/Linux + Linux i-capture-the-hostname 6.1.0-17-686-pae #1 SMP PREEMPT_DYNAMIC Debian 6.1.69-1 (2023-12-30) i686 GNU/Linux I: ls -l /bin total 6036 -rwxr-xr-x 1 root root 1408088 Apr 23 2023 bash @@ -130,15 +162,15 @@ -rwxr-xr-x 1 root root 51080 Sep 20 2022 readlink -rwxr-xr-x 1 root root 75720 Sep 20 2022 rm -rwxr-xr-x 1 root root 51080 Sep 20 2022 rmdir - -rwxr-xr-x 1 root root 22308 Jul 28 2023 run-parts + -rwxr-xr-x 1 root root 22308 Jul 28 23:46 run-parts -rwxr-xr-x 1 root root 133224 Jan 5 2023 sed - lrwxrwxrwx 1 root root 4 Jan 5 2023 sh -> dash + lrwxrwxrwx 1 root root 9 Jan 18 21:24 sh -> /bin/bash -rwxr-xr-x 1 root root 38760 Sep 20 2022 sleep -rwxr-xr-x 1 root root 87976 Sep 20 2022 stty -rwsr-xr-x 1 root root 83492 Mar 23 2023 su -rwxr-xr-x 1 root root 38792 Sep 20 2022 sync -rwxr-xr-x 1 root root 598456 Apr 6 2023 tar - -rwxr-xr-x 1 root root 13860 Jul 28 2023 tempfile + -rwxr-xr-x 1 root root 13860 Jul 28 23:46 tempfile -rwxr-xr-x 1 root root 120776 Sep 20 2022 touch -rwxr-xr-x 1 root root 34664 Sep 20 2022 true -rwxr-xr-x 1 root root 17892 Mar 23 2023 ulockmgr_server @@ -158,7 +190,7 @@ -rwxr-xr-x 1 root root 2206 Apr 10 2022 zless -rwxr-xr-x 1 root root 1842 Apr 10 2022 zmore -rwxr-xr-x 1 root root 4577 Apr 10 2022 znew -I: user script /srv/workspace/pbuilder/69538/tmp/hooks/D02_print_environment finished +I: user script /srv/workspace/pbuilder/3217/tmp/hooks/D02_print_environment finished -> Attempting to satisfy build-dependencies -> Creating pbuilder-satisfydepends-dummy package Package: pbuilder-satisfydepends-dummy @@ -386,7 +418,7 @@ Get: 156 http://deb.debian.org/debian bookworm/main i386 libxpm-dev i386 1:3.5.12-1.1+deb12u1 [107 kB] Get: 157 http://deb.debian.org/debian bookworm/main i386 libgd-dev i386 2.3.3-9 [268 kB] Get: 158 http://deb.debian.org/debian bookworm/main i386 libjs-jquery all 3.6.1+dfsg+~3.5.14-1 [326 kB] -Fetched 137 MB in 3s (39.4 MB/s) +Fetched 137 MB in 7s (21.0 MB/s) debconf: delaying package configuration, since apt-utils is not installed Selecting previously unselected package sgml-base. (Reading database ... (Reading database ... 5% (Reading database ... 10% (Reading database ... 15% (Reading database ... 20% (Reading database ... 25% (Reading database ... 30% (Reading database ... 35% (Reading database ... 40% (Reading database ... 45% (Reading database ... 50% (Reading database ... 55% (Reading database ... 60% (Reading database ... 65% (Reading database ... 70% (Reading database ... 75% (Reading database ... 80% (Reading database ... 85% (Reading database ... 90% (Reading database ... 95% (Reading database ... 100% (Reading database ... 18156 files and directories currently installed.) @@ -1041,7 +1073,11 @@ fakeroot is already the newest version (1.31-1.2). 0 upgraded, 0 newly installed, 0 to remove and 0 not upgraded. I: Building the package -I: Running cd /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/ && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games" HOME="/nonexistent/first-build" dpkg-buildpackage -us -uc -b && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games" HOME="/nonexistent/first-build" dpkg-genchanges -S > ../libpwiz_3.0.18342-4_source.changes +I: user script /srv/workspace/pbuilder/3217/tmp/hooks/A99_set_merged_usr starting +Not re-configuring usrmerge for bookworm +I: user script /srv/workspace/pbuilder/3217/tmp/hooks/A99_set_merged_usr finished +hostname: Name or service not known +I: Running cd /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/ && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/i/capture/the/path" HOME="/nonexistent/second-build" dpkg-buildpackage -us -uc -b && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/i/capture/the/path" HOME="/nonexistent/second-build" dpkg-genchanges -S > ../libpwiz_3.0.18342-4_source.changes dpkg-buildpackage: info: source package libpwiz dpkg-buildpackage: info: source version 3.0.18342-4 dpkg-buildpackage: info: source distribution unstable @@ -1052,7 +1088,7 @@ "---------------------------------------" DEB_HOST_GNU_TYPE: i686-linux-gnu DEB_BUILD_GNU_TYPE i686-linux-gnu -DEB_BUILD_OPTIONS: buildinfo=+all reproducible=+all parallel=16 +DEB_BUILD_OPTIONS: buildinfo=+all reproducible=+all parallel=7 DEB_HOST_MULTIARCH: i386-linux-gnu "---------------------------------------" entering the clean target @@ -1086,7 +1122,7 @@ "---------------------------------------" DEB_HOST_GNU_TYPE: i686-linux-gnu DEB_BUILD_GNU_TYPE i686-linux-gnu -DEB_BUILD_OPTIONS: buildinfo=+all reproducible=+all parallel=16 +DEB_BUILD_OPTIONS: buildinfo=+all reproducible=+all parallel=7 DEB_HOST_MULTIARCH: i386-linux-gnu "---------------------------------------" entering the configure target @@ -1357,27 +1393,27 @@ 127 | struct _GLIBCXX17_DEPRECATED iterator | ^~~~~~~~ depbase=`echo libraries/boost_aux/libs/nowide/src/iostream.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile i686-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict__ -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 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-I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT libraries/boost_aux/libs/nowide/src/iostream.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o libraries/boost_aux/libs/nowide/src/iostream.lo libraries/boost_aux/libs/nowide/src/iostream.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile i686-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict__ -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 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included from ./pwiz/data/msdata/MSData.hpp:29, @@ -2239,7 +2275,7 @@ | ^~~~~~~~ libtool: compile: i686-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict__ -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 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std::allocator > >' whose type uses the anonymous namespace [-Wsubobject-linkage] libtool: compile: i686-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict__ -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 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./pwiz/data/msdata/MSData.hpp:29, @@ -3056,7 +3092,7 @@ | ^~~~~~~ libtool: compile: i686-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict__ -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 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./pwiz/data/msdata/MSData.hpp:29, @@ -3845,27 +3881,27 @@ | ^~~~~~~ libtool: compile: i686-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict__ -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 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pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/SpectrumList_Demux.o In file included from ./pwiz/data/msdata/MSData.hpp:29, @@ -4083,7 +4119,7 @@ | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ libtool: compile: i686-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 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pwiz/data/msdata/MSData.hpp:29, @@ -4106,12 +4142,12 @@ | ^~~~~~~~ libtool: compile: i686-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict__ -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 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_GLIBCXX17_DEPRECATED iterator | ^~~~~~~~ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=link i686-linux-gnu-g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -L/usr/lib/i386-linux-gnu -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -o hello_analyzer_2 ./pwiz_tools/examples/hello_analyzer_2.o libpwiz.la -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=link i686-linux-gnu-g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -L/usr/lib/i386-linux-gnu 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"/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz_tools/examples/write_example_files.o -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz_tools/examples/write_example_files.o pwiz_tools/examples/write_example_files.cpp &&\ @@ -5431,7 +5467,7 @@ /usr/include/c++/12/bits/stl_iterator_base_types.h:127:34: note: declared here 127 | struct _GLIBCXX17_DEPRECATED iterator | ^~~~~~~~ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=link i686-linux-gnu-g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -L/usr/lib/i386-linux-gnu -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -o write_example_files 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-D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz_tools/examples/hello_msdata.o -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz_tools/examples/hello_msdata.o pwiz_tools/examples/hello_msdata.cpp &&\ @@ -5454,12 +5490,12 @@ /usr/include/c++/12/bits/stl_iterator_base_types.h:127:34: note: declared here 127 | struct _GLIBCXX17_DEPRECATED iterator | ^~~~~~~~ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=link i686-linux-gnu-g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -L/usr/lib/i386-linux-gnu -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -o hello_msdata ./pwiz_tools/examples/hello_msdata.o libpwiz.la -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=link i686-linux-gnu-g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -L/usr/lib/i386-linux-gnu -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -o hello_msdata ./pwiz_tools/examples/hello_msdata.o libpwiz.la -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono libtool: link: i686-linux-gnu-g++ -g -O2 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-debian/build/pwiz/utility/chemistry/IsotopeEnvelopeEstimator.hpp -debian/build/pwiz/utility/chemistry/Chemistry.hpp -debian/build/pwiz/utility/proteome/IPIFASTADatabase.hpp -debian/build/pwiz/Version.hpp .pc/gcc-boost-fail-cast-tribool-to-bool-force-it.patch/pwiz/data/identdata/TextWriter.hpp doc/dox/mainpage.hpp docbook-to-man debian/msconvert.sgml > debian/msconvert.1 @@ -5938,36 +5974,38 @@ Searching INPUT for files to process... Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/spectrum_processing Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/common -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/peakdetect -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/chromatogram_processing Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/passive -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/frequency Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/peptideid +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/peakdetect +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/spectrum_processing +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/frequency +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/chromatogram_processing Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/demux Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/proteome_processing Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/misc +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/common +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/Waters +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/ABI +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/ABI/T2D +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/Thermo Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/Agilent Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/UIMF Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/Bruker Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/UNIFI +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/Waters Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/ABI -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/ABI/T2D -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/Thermo -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/common Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/misc -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/minimxml -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/math Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/misc +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/math +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/minimxml +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/chemistry +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/proteome Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/ms @@ -5977,8 +6015,6 @@ Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/utilities Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/filter Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/filter/utilities -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/chemistry -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/proteome Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/doc/dox/ Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/doc/dox/html Reading and parsing tag files @@ -7073,7 +7109,7 @@ /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Peptide.hpp:166: warning: Unsupported xml/html tag found /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Peptide.hpp:168: warning: Unsupported xml/html tag found /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Peptide.hpp:169: warning: Unsupported xml/html tag found -sh: 1: latex: not found +sh: line 1: latex: command not found error: Problems running latex. Check your installation or look for typos in _formulas.tex and check _formulas.log! 8342/doc/dox/mainpage.hpp... Parsing file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/doc/dox/mainpage.hpp... @@ -7327,18 +7363,56 @@ Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/common/ParamTypesTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/common/Unimod.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/common/UnimodTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DefaultReaderList.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/DefaultReaderList.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/DefaultReaderList.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/DefaultReaderList.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DelimReader.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DelimWriter.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Diff.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Diff.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Diff.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Diff.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/diff.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DiffTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/DiffTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/DiffTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/DiffTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/difftest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/examples.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/examples.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/examples.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/examples.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/ExtendedReadTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IdentData.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IdentDataFile.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IdentDataTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IO.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/IO.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/IO.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IOTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/IOTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/IOTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/KwCVMap.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/KwCVMapTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/MascotReader.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/MzidPredicates.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Pep2MzIdent.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Pep2MzIdentTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Reader.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Reader.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Reader.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Reader.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/ReaderTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ReaderTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/ReaderTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/ReaderTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/References.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/References.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/References.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/ReferencesTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ReferencesTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/ReferencesTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Serializer_mzid.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Serializer_mzid_Test.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Serializer_pepXML.hpp... @@ -7347,6 +7421,10 @@ Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Serializer_protXML_Test.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Serializer_Text.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Serializer_Text_Test.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/TextWriter.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/TextWriter.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/TextWriter.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TextWriter.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/misc/CalibrationParameters.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/misc/CalibrationParametersTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/misc/FrequencyData.hpp... @@ -7423,50 +7501,8 @@ Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Reader_FASTA.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Serializer_FASTA.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Serializer_FASTA_Test.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DefaultReaderList.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/DefaultReaderList.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/DefaultReaderList.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/DefaultReaderList.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Diff.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Diff.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Diff.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Diff.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/diff.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DiffTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/DiffTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/DiffTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/DiffTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/difftest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/examples.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/examples.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/examples.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/examples.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IO.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/IO.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/IO.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IOTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/IOTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/IOTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Reader.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Reader.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Reader.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Reader.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/ReaderTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ReaderTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/ReaderTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/ReaderTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/References.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/References.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/References.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/ReferencesTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ReferencesTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/ReferencesTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Serializer_traML.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Serializer_traML_Test.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/TextWriter.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/TextWriter.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/TextWriter.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TextWriter.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TraData.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TraDataFile.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TraDataFileTest.cpp... @@ -7519,6 +7555,8 @@ Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/chemistry/IsotopeTableTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/chemistry/MZTolerance.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/chemistry/MZToleranceTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/base.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/utilities/base.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/basetest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/constants.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/copy_iftest.cpp... @@ -7528,8 +7566,6 @@ Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/equispaceinterpolationtest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/interpolate.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/scale.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/base.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/utilities/base.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/utilities/interpolation.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/filter/filter.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/filter/filterutilstest.cpp... @@ -7548,9 +7584,9 @@ Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/convert2dense.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/convert2densetest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/determinbinwithtest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/masscomparefunctors.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/determinebinwidth.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/utilities/determinebinwidth.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/masscomparefunctors.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/math/erf.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/math/erfTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/math/HouseholderQR.hpp... @@ -7832,20 +7868,58 @@ Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/common/ParamTypesTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/common/Unimod.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/common/UnimodTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DefaultReaderList.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/DefaultReaderList.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/DefaultReaderList.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/DefaultReaderList.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DelimReader.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DelimWriter.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/ExtendedRe/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/misc/MinimumPepXML.hpp:470: warning: Found unknown command '@time' -/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/misc/MinimumPepXML.hpp:471: warning: Found unknown command '@id' -adTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Diff.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Diff.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Diff.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Diff.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/diff.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DiffTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/DiffTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/DiffTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/DiffTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/difftest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/examples.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/examples.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/examples.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/examples.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/ExtendedReadTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IdentData.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IdentDataFile.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IdentDataTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IO.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/IO.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/IO.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IOTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/IOTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/IOTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/KwCVMap.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/KwCVMapTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/MascotReader.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/MzidPredicates.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Pep2MzIdent.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Pep2MzIdentTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Reader.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Reader.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Reader.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Reader.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/ReaderTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ReaderTest.cpp... +Generating docs for file /bu/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/misc/MinimumPepXML.hpp:470: warning: Found unknown command '@time' +/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/misc/MinimumPepXML.hpp:471: warning: Found unknown command '@id' +ild/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/ReaderTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/ReaderTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/References.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/References.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/References.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/ReferencesTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ReferencesTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/ReferencesTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Serializer_mzid.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Serializer_mzid_Test.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Serializer_pepXML.hpp... @@ -7854,6 +7928,10 @@ Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Serializer_protXML_Test.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Serializer_Text.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Serializer_Text_Test.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/TextWriter.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/TextWriter.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/TextWriter.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TextWriter.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/misc/CalibrationParameters.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/misc/CalibrationParametersTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/misc/FrequencyData.hpp... @@ -7930,50 +8008,8 @@ Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Reader_FASTA.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Serializer_FASTA.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Serializer_FASTA_Test.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DefaultReaderList.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/DefaultReaderList.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/DefaultReaderList.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/DefaultReaderList.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Diff.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Diff.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Diff.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Diff.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/diff.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DiffTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/DiffTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/DiffTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/DiffTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/difftest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/examples.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/examples.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/examples.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/examples.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IO.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/IO.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/IO.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IOTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/IOTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/IOTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Reader.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Reader.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Reader.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Reader.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/ReaderTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ReaderTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/ReaderTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/ReaderTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/References.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/References.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/References.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/ReferencesTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ReferencesTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/ReferencesTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Serializer_traML.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Serializer_traML_Test.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/TextWriter.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/TextWriter.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/TextWriter.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TextWriter.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TraData.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TraDataFile.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TraDataFileTest.cpp... @@ -8026,6 +8062,8 @@ Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/chemistry/IsotopeTableTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/chemistry/MZTolerance.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/chemistry/MZToleranceTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/base.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/utilities/base.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/basetest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/constants.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/copy_iftest.cpp... @@ -8035,8 +8073,6 @@ Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/equispaceinterpolationtest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/interpolate.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/scale.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/base.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/utilities/base.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/utilities/interpolation.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/filter/filter.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/filter/filterutilstest.cpp... @@ -8055,9 +8091,9 @@ Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/convert2dense.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/convert2densetest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/determinbinwithtest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/masscomparefunctors.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/determinebinwidth.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/utilities/determinebinwidth.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/masscomparefunctors.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/math/erf.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/math/erfTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/math/HouseholderQR.hpp... @@ -9154,7 +9190,7 @@ "---------------------------------------" DEB_HOST_GNU_TYPE: i686-linux-gnu DEB_BUILD_GNU_TYPE i686-linux-gnu -DEB_BUILD_OPTIONS: buildinfo=+all reproducible=+all parallel=16 +DEB_BUILD_OPTIONS: buildinfo=+all reproducible=+all parallel=7 DEB_HOST_MULTIARCH: i386-linux-gnu "---------------------------------------" entering the configure target @@ -9408,7 +9444,7 @@ make[1]: Entering directory '/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build' make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build' /bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib' - /bin/bash ./libtool --mode=install /usr/bin/install -c libpwiz.la '/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib' + /bin/sh ./libtool --mode=install /usr/bin/install -c libpwiz.la '/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libpwiz.so.3.0.0 /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib && { ln -s -f libpwiz.so.3.0.0 libpwiz.so.3 || { rm -f libpwiz.so.3 && ln -s libpwiz.so.3.0.0 libpwiz.so.3; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib && { ln -s -f libpwiz.so.3.0.0 libpwiz.so || { rm -f libpwiz.so && ln -s libpwiz.so.3.0.0 libpwiz.so; }; }) @@ -9418,7 +9454,7 @@ libtool: install: i686-linux-gnu-ranlib /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib/libpwiz.a libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib' /bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/bin' - /bin/bash ./libtool --mode=install /usr/bin/install -c txt2mzml msconvert mscat hello_analyzer_2 idconvert write_example_files hello_msdata write_mzid_example_files hello_analyzer write_proteome_example_files pepcat write_traml_example_files '/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/bin' + /bin/sh ./libtool --mode=install /usr/bin/install -c txt2mzml msconvert mscat hello_analyzer_2 idconvert write_example_files hello_msdata write_mzid_example_files hello_analyzer write_proteome_example_files pepcat write_traml_example_files '/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/bin' libtool: warning: 'libpwiz.la' has not been installed in '/usr/lib' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/txt2mzml /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/bin/txt2mzml libtool: warning: 'libpwiz.la' has not been installed in '/usr/lib' @@ -9450,354 +9486,354 @@ sh debian/remove-rpath-from-binaries.sh /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342 sh debian/make-included-headers-hierarchy.sh -debian/build/pwiz_tools/common/MSDataAnalyzerApplication.hpp 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-0r chmod 0644 find debian/libpwiz-tools/usr/share/doc -type d -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0755 - find debian/libpwiz3/usr/share/doc -type d -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0755 find debian/libpwiz-tools/usr/share/man -type f -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 - find debian/libpwiz-dev ! -type l -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod go=rX,u+rw,a-s - find debian/libpwiz3/usr/share/man -type f -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 + find debian/libpwiz3/usr/share/doc -type d -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0755 find debian/libpwiz-tools -type f \( -name '*.so.*' -o -name '*.so' -o -name '*.la' -o -name '*.a' -o -name '*.js' -o -name '*.css' -o -name '*.scss' -o -name '*.sass' -o -name '*.jpeg' -o -name '*.jpg' -o -name '*.png' -o -name '*.gif' -o -name '*.cmxs' -o -name '*.node' \) -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 + find debian/libpwiz3/usr/share/man -type f -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 find debian/libpwiz3 -type f \( -name '*.so.*' -o -name '*.so' -o -name '*.la' -o -name '*.a' -o -name '*.js' -o -name '*.css' -o -name '*.scss' -o -name '*.sass' -o -name '*.jpeg' -o -name '*.jpg' -o -name '*.png' -o -name '*.gif' -o -name '*.cmxs' -o -name '*.node' \) -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 find debian/libpwiz-tools/usr/bin -type f -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod a+x find debian/libpwiz3/usr/lib -type f -name '*.ali' -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod uga-w + find debian/libpwiz-dev ! -type l -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod go=rX,u+rw,a-s find debian/libpwiz-dev/usr/share/doc -type f -a -true -a ! -regex 'debian/libpwiz-dev/usr/share/doc/[^/]*/examples/.*' -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 find debian/libpwiz-dev/usr/share/doc -type d -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0755 find debian/libpwiz-dev/usr/include -type f -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 @@ -22206,15 +22242,15 @@ dpkg-shlibdeps -Tdebian/libpwiz-tools.substvars debian/libpwiz-tools/usr/bin/mscat debian/libpwiz-tools/usr/bin/msconvert debian/libpwiz-tools/usr/bin/txt2mzml debian/libpwiz-tools/usr/bin/idconvert dpkg-shlibdeps: warning: deprecated use of LD_LIBRARY_PATH with private library directory which interferes with cross-building, please use -l option instead dpkg-shlibdeps: warning: deprecated use of LD_LIBRARY_PATH with private library directory which interferes with cross-building, please use -l option instead -dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateCopy used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflate used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateInit2_ used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateCopy used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol compress used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol compressBound used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol crc32 used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateReset used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol uncompress used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol compress used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateInit2_ used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateEnd used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateReset used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries dh_gencontrol -a install -m0755 -d debian/libpwiz-dev/DEBIAN echo misc:Depends= >> debian/libpwiz-dev.substvars @@ -22237,29 +22273,29 @@ chmod 0644 -- debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/DEBIAN/control chown 0:0 -- debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/DEBIAN/control dpkg-gencontrol -plibpwiz-tools -ldebian/changelog -Tdebian/libpwiz-tools.substvars -Pdebian/libpwiz-tools - chmod 0644 -- debian/libpwiz-dev/DEBIAN/control - chown 0:0 -- debian/libpwiz-dev/DEBIAN/control chmod 0644 -- debian/libpwiz3/DEBIAN/control chown 0:0 -- debian/libpwiz3/DEBIAN/control chmod 0644 -- debian/libpwiz-tools/DEBIAN/control chown 0:0 -- debian/libpwiz-tools/DEBIAN/control + chmod 0644 -- debian/libpwiz-dev/DEBIAN/control + chown 0:0 -- debian/libpwiz-dev/DEBIAN/control dh_md5sums -a install -m0755 -d debian/libpwiz-dev/DEBIAN install -m0755 -d debian/libpwiz3/DEBIAN install -m0755 -d debian/libpwiz-tools/DEBIAN - cd debian/libpwiz3 >/dev/null && xargs -r0 md5sum | perl -pe 'if (s@^\\@@) { s/\\\\/\\/g; }' > DEBIAN/md5sums cd debian/libpwiz-tools >/dev/null && xargs -r0 md5sum | perl -pe 'if (s@^\\@@) { s/\\\\/\\/g; }' > DEBIAN/md5sums - cd debian/libpwiz-dev >/dev/null && xargs -r0 md5sum | perl -pe 'if (s@^\\@@) { s/\\\\/\\/g; }' > DEBIAN/md5sums + cd debian/libpwiz3 >/dev/null && xargs -r0 md5sum | perl -pe 'if (s@^\\@@) { s/\\\\/\\/g; }' > DEBIAN/md5sums chmod 0644 -- debian/libpwiz-tools/DEBIAN/md5sums chown 0:0 -- debian/libpwiz-tools/DEBIAN/md5sums install -m0755 -d debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/DEBIAN cd debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root >/dev/null && xargs -r0 md5sum | perl -pe 'if (s@^\\@@) { s/\\\\/\\/g; }' > DEBIAN/md5sums - chmod 0644 -- debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/DEBIAN/md5sums - chown 0:0 -- debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/DEBIAN/md5sums chmod 0644 -- debian/libpwiz3/DEBIAN/md5sums chown 0:0 -- debian/libpwiz3/DEBIAN/md5sums install -m0755 -d debian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root/DEBIAN + cd debian/libpwiz-dev >/dev/null && xargs -r0 md5sum | perl -pe 'if (s@^\\@@) { s/\\\\/\\/g; }' > DEBIAN/md5sums cd debian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root >/dev/null && xargs -r0 md5sum | perl -pe 'if (s@^\\@@) { s/\\\\/\\/g; }' > DEBIAN/md5sums + chmod 0644 -- debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/DEBIAN/md5sums + chown 0:0 -- debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/DEBIAN/md5sums chmod 0644 -- debian/libpwiz-dev/DEBIAN/md5sums chown 0:0 -- debian/libpwiz-dev/DEBIAN/md5sums chmod 0644 -- debian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root/DEBIAN/md5sums @@ -22270,11 +22306,11 @@ dpkg-deb --root-owner-group --build debian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root .. dpkg-deb --build debian/libpwiz-tools .. dpkg-deb --root-owner-group --build debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root .. -dpkg-deb: building package 'libpwiz-tools-dbgsym' in '../libpwiz-tools-dbgsym_3.0.18342-4_i386.deb'. -dpkg-deb: building package 'libpwiz3-dbgsym' in '../libpwiz3-dbgsym_3.0.18342-4_i386.deb'. +dpkg-deb: building package 'libpwiz-dev' in '../libpwiz-dev_3.0.18342-4_i386.deb'. dpkg-deb: building package 'libpwiz-tools' in '../libpwiz-tools_3.0.18342-4_i386.deb'. dpkg-deb: building package 'libpwiz3' in '../libpwiz3_3.0.18342-4_i386.deb'. -dpkg-deb: building package 'libpwiz-dev' in '../libpwiz-dev_3.0.18342-4_i386.deb'. +dpkg-deb: building package 'libpwiz3-dbgsym' in '../libpwiz3-dbgsym_3.0.18342-4_i386.deb'. +dpkg-deb: building package 'libpwiz-tools-dbgsym' in '../libpwiz-tools-dbgsym_3.0.18342-4_i386.deb'. entering the build-indep-stamp target cd doc/dox && doxygen warning: Tag 'USE_WINDOWS_ENCODING' at line 11 of file 'Doxyfile' has become obsolete. @@ -22312,36 +22348,38 @@ Searching INPUT for files to process... Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/spectrum_processing Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/common -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/peakdetect -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/chromatogram_processing Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/passive -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/frequency Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/peptideid +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/peakdetect +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/spectrum_processing +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/frequency +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/chromatogram_processing Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/demux Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/proteome_processing Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/misc +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/common +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/Waters +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/ABI +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/ABI/T2D +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/Thermo Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/Agilent Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/UIMF Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/Bruker Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/UNIFI +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/Waters Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/ABI -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/ABI/T2D -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/Thermo -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/common Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/misc -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/minimxml -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/math Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/misc +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/math +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/minimxml +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/chemistry +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/proteome Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/ms @@ -22351,8 +22389,6 @@ Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/utilities Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/filter Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/filter/utilities -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/chemistry -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/proteome Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/doc/dox/ Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/doc/dox/html Reading and parsing tag files @@ -23447,7 +23483,7 @@ /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Peptide.hpp:166: warning: Unsupported xml/html tag found /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Peptide.hpp:168: warning: Unsupported xml/html tag found /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Peptide.hpp:169: warning: Unsupported xml/html tag found -sh: 1: latex: not found +sh: line 1: latex: command not found error: Problems running latex. Check your installation or look for typos in _formulas.tex and check _formulas.log! 8342/doc/dox/mainpage.hpp... Parsing file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/doc/dox/mainpage.hpp... @@ -23701,18 +23737,56 @@ Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/common/ParamTypesTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/common/Unimod.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/common/UnimodTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DefaultReaderList.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/DefaultReaderList.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/DefaultReaderList.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/DefaultReaderList.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DelimReader.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DelimWriter.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Diff.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Diff.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Diff.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Diff.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/diff.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DiffTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/DiffTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/DiffTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/DiffTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/difftest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/examples.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/examples.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/examples.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/examples.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/ExtendedReadTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IdentData.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IdentDataFile.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IdentDataTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IO.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/IO.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/IO.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IOTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/IOTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/IOTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/KwCVMap.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/KwCVMapTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/MascotReader.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/MzidPredicates.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Pep2MzIdent.hpp... 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Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Serializer_mzid.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Serializer_mzid_Test.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Serializer_pepXML.hpp... @@ -23721,6 +23795,10 @@ Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Serializer_protXML_Test.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Serializer_Text.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Serializer_Text_Test.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/TextWriter.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/TextWriter.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/TextWriter.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TextWriter.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/misc/CalibrationParameters.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/misc/CalibrationParametersTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/misc/FrequencyData.hpp... @@ -23797,50 +23875,8 @@ Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Reader_FASTA.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Serializer_FASTA.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Serializer_FASTA_Test.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DefaultReaderList.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/DefaultReaderList.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/DefaultReaderList.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/DefaultReaderList.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Diff.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Diff.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Diff.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Diff.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/diff.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DiffTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/DiffTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/DiffTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/DiffTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/difftest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/examples.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/examples.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/examples.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/examples.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IO.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/IO.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/IO.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IOTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/IOTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/IOTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Reader.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Reader.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Reader.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Reader.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/ReaderTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ReaderTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/ReaderTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/ReaderTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/References.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/References.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/References.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/ReferencesTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ReferencesTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/ReferencesTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Serializer_traML.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Serializer_traML_Test.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/TextWriter.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/TextWriter.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/TextWriter.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TextWriter.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TraData.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TraDataFile.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TraDataFileTest.cpp... @@ -23893,6 +23929,8 @@ Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/chemistry/IsotopeTableTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/chemistry/MZTolerance.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/chemistry/MZToleranceTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/base.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/utilities/base.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/basetest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/constants.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/copy_iftest.cpp... @@ -23902,8 +23940,6 @@ Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/equispaceinterpolationtest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/interpolate.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/scale.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/base.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/utilities/base.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/utilities/interpolation.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/filter/filter.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/filter/filterutilstest.cpp... @@ -23922,9 +23958,9 @@ Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/convert2dense.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/convert2densetest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/determinbinwithtest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/masscomparefunctors.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/determinebinwidth.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/utilities/determinebinwidth.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/masscomparefunctors.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/math/erf.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/math/erfTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/math/HouseholderQR.hpp... @@ -24206,20 +24242,58 @@ Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/common/ParamTypesTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/common/Unimod.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/common/UnimodTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DefaultReaderList.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/DefaultReaderList.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/DefaultReaderList.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/DefaultReaderList.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DelimReader.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DelimWriter.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/ExtendedRe/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/misc/MinimumPepXML.hpp:470: warning: Found unknown command '@time' -/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/misc/MinimumPepXML.hpp:471: warning: Found unknown command '@id' -adTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Diff.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Diff.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Diff.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Diff.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/diff.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DiffTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/DiffTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/DiffTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/DiffTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/difftest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/examples.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/examples.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/examples.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/examples.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/ExtendedReadTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IdentData.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IdentDataFile.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IdentDataTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IO.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/IO.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/IO.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IOTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/IOTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/IOTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/KwCVMap.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/KwCVMapTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/MascotReader.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/MzidPredicates.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Pep2MzIdent.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Pep2MzIdentTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Reader.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Reader.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Reader.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Reader.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/ReaderTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ReaderTest.cpp... +Generating docs for file /bu/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/misc/MinimumPepXML.hpp:470: warning: Found unknown command '@time' +/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/misc/MinimumPepXML.hpp:471: warning: Found unknown command '@id' +ild/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/ReaderTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/ReaderTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/References.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/References.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/References.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/ReferencesTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ReferencesTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/ReferencesTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Serializer_mzid.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Serializer_mzid_Test.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Serializer_pepXML.hpp... @@ -24228,6 +24302,10 @@ Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Serializer_protXML_Test.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Serializer_Text.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Serializer_Text_Test.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/TextWriter.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/TextWriter.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/TextWriter.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TextWriter.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/misc/CalibrationParameters.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/misc/CalibrationParametersTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/misc/FrequencyData.hpp... @@ -24304,50 +24382,8 @@ Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Reader_FASTA.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Serializer_FASTA.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Serializer_FASTA_Test.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DefaultReaderList.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/DefaultReaderList.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/DefaultReaderList.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/DefaultReaderList.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Diff.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Diff.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Diff.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Diff.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/diff.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DiffTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/DiffTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/DiffTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/DiffTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/difftest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/examples.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/examples.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/examples.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/examples.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IO.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/IO.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/IO.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IOTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/IOTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/IOTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Reader.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Reader.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Reader.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Reader.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/ReaderTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ReaderTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/ReaderTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/ReaderTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/References.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/References.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/References.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/ReferencesTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ReferencesTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/ReferencesTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Serializer_traML.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Serializer_traML_Test.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/TextWriter.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/TextWriter.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/TextWriter.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TextWriter.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TraData.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TraDataFile.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TraDataFileTest.cpp... @@ -24400,6 +24436,8 @@ Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/chemistry/IsotopeTableTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/chemistry/MZTolerance.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/chemistry/MZToleranceTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/base.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/utilities/base.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/basetest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/constants.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/copy_iftest.cpp... @@ -24409,8 +24447,6 @@ Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/equispaceinterpolationtest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/interpolate.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/scale.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/base.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/utilities/base.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/utilities/interpolation.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/filter/filter.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/filter/filterutilstest.cpp... @@ -24429,9 +24465,9 @@ Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/convert2dense.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/convert2densetest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/determinbinwithtest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/masscomparefunctors.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/determinebinwidth.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/utilities/determinebinwidth.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/masscomparefunctors.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/math/erf.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/math/erfTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/math/HouseholderQR.hpp... @@ -25579,12 +25615,14 @@ dpkg-buildpackage: info: binary-only upload (no source included) dpkg-genchanges: info: not including original source code in upload I: copying local configuration +I: user script /srv/workspace/pbuilder/3217/tmp/hooks/B01_cleanup starting +I: user script /srv/workspace/pbuilder/3217/tmp/hooks/B01_cleanup finished I: unmounting dev/ptmx filesystem I: unmounting dev/pts filesystem I: unmounting dev/shm filesystem I: unmounting proc filesystem I: unmounting sys filesystem I: cleaning the build env -I: removing directory /srv/workspace/pbuilder/69538 and its subdirectories -I: Current time: Wed Feb 19 15:47:18 -12 2025 -I: pbuilder-time-stamp: 1740023238 +I: removing directory /srv/workspace/pbuilder/3217 and its subdirectories +I: Current time: Fri Jan 19 12:36:40 +14 2024 +I: pbuilder-time-stamp: 1705617400