Diff of the two buildlogs: -- --- b1/build.log 2023-08-04 04:04:23.276823180 +0000 +++ b2/build.log 2023-08-04 05:51:18.624521732 +0000 @@ -1,6 +1,6 @@ I: pbuilder: network access will be disabled during build -I: Current time: Thu Aug 3 12:12:50 -12 2023 -I: pbuilder-time-stamp: 1691107970 +I: Current time: Fri Sep 6 00:27:38 +14 2024 +I: pbuilder-time-stamp: 1725532058 I: Building the build Environment I: extracting base tarball [/var/cache/pbuilder/bullseye-reproducible-base.tgz] I: copying local configuration @@ -17,8 +17,8 @@ I: copying [./libpwiz_3.0.18342-4.debian.tar.xz] I: Extracting source gpgv: unknown type of key resource 'trustedkeys.kbx' -gpgv: keyblock resource '/tmp/dpkg-verify-sig.tp4BBo8D/trustedkeys.kbx': General error -gpgv: Signature made Mon Sep 28 02:23:36 2020 -12 +gpgv: keyblock resource '/tmp/dpkg-verify-sig.6ag5oQOK/trustedkeys.kbx': General error +gpgv: Signature made Tue Sep 29 04:23:36 2020 +14 gpgv: using RSA key B053304E17D6D419DD9B465141AB484D7694CF42 gpgv: Can't check signature: No public key dpkg-source: warning: failed to verify signature on ./libpwiz_3.0.18342-4.dsc @@ -29,135 +29,166 @@ dpkg-source: info: applying gcc-boost-fail-cast-tribool-to-bool-force-it.patch I: using fakeroot in build. I: Installing the build-deps -I: user script /srv/workspace/pbuilder/3416081/tmp/hooks/D02_print_environment starting +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2124186/tmp/hooks/D01_modify_environment starting +debug: Running on ionos15-amd64. +I: Changing host+domainname to test build reproducibility +I: Adding a custom variable just for the fun of it... +I: Changing /bin/sh to bash +'/bin/sh' -> '/bin/bash' +lrwxrwxrwx 1 root root 9 Sep 6 00:27 /bin/sh -> /bin/bash +I: Setting pbuilder2's login shell to /bin/bash +I: Setting pbuilder2's GECOS to second user,second room,second work-phone,second home-phone,second other +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2124186/tmp/hooks/D01_modify_environment finished +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2124186/tmp/hooks/D02_print_environment starting I: set - BUILDDIR='/build' - BUILDUSERGECOS='first user,first room,first work-phone,first home-phone,first other' - BUILDUSERNAME='pbuilder1' - BUILD_ARCH='amd64' - DEBIAN_FRONTEND='noninteractive' - DEB_BUILD_OPTIONS='buildinfo=+all reproducible=+all,-fixfilepath parallel=15 ' - DISTRIBUTION='bullseye' - HOME='/root' - HOST_ARCH='amd64' + BASH=/bin/sh + BASHOPTS=checkwinsize:cmdhist:complete_fullquote:extquote:force_fignore:globasciiranges:hostcomplete:interactive_comments:progcomp:promptvars:sourcepath + BASH_ALIASES=() + BASH_ARGC=() + BASH_ARGV=() + BASH_CMDS=() + BASH_LINENO=([0]="12" [1]="0") + BASH_SOURCE=([0]="/tmp/hooks/D02_print_environment" [1]="/tmp/hooks/D02_print_environment") + BASH_VERSINFO=([0]="5" [1]="1" [2]="4" [3]="1" [4]="release" [5]="x86_64-pc-linux-gnu") + BASH_VERSION='5.1.4(1)-release' + BUILDDIR=/build + BUILDUSERGECOS='second user,second room,second work-phone,second home-phone,second other' + BUILDUSERNAME=pbuilder2 + BUILD_ARCH=amd64 + DEBIAN_FRONTEND=noninteractive + DEB_BUILD_OPTIONS='buildinfo=+all reproducible=+all,-fixfilepath parallel=16 ' + DIRSTACK=() + DISTRIBUTION=bullseye + EUID=0 + FUNCNAME=([0]="Echo" [1]="main") + GROUPS=() + HOME=/root + HOSTNAME=i-capture-the-hostname + HOSTTYPE=x86_64 + HOST_ARCH=amd64 IFS=' ' - INVOCATION_ID='e4aded1e04c748cc8dba42786789c6ae' - LANG='C' - LANGUAGE='en_US:en' - LC_ALL='C' - MAIL='/var/mail/root' - OPTIND='1' - PATH='/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games' - PBCURRENTCOMMANDLINEOPERATION='build' - PBUILDER_OPERATION='build' - PBUILDER_PKGDATADIR='/usr/share/pbuilder' - PBUILDER_PKGLIBDIR='/usr/lib/pbuilder' - PBUILDER_SYSCONFDIR='/etc' - PPID='3416081' - PS1='# ' - PS2='> ' + INVOCATION_ID=6347955747e34f97a1fd5ec310f6eec3 + LANG=C + LANGUAGE=et_EE:et + LC_ALL=C + MACHTYPE=x86_64-pc-linux-gnu + MAIL=/var/mail/root + OPTERR=1 + OPTIND=1 + OSTYPE=linux-gnu + PATH=/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/i/capture/the/path + PBCURRENTCOMMANDLINEOPERATION=build + PBUILDER_OPERATION=build + PBUILDER_PKGDATADIR=/usr/share/pbuilder + PBUILDER_PKGLIBDIR=/usr/lib/pbuilder + PBUILDER_SYSCONFDIR=/etc + PIPESTATUS=([0]="0") + POSIXLY_CORRECT=y + PPID=2124186 PS4='+ ' - PWD='/' - SHELL='/bin/bash' - SHLVL='2' - SUDO_COMMAND='/usr/bin/timeout -k 18.1h 18h /usr/bin/ionice -c 3 /usr/bin/nice /usr/sbin/pbuilder --build --configfile /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.XSNfAJOX/pbuilderrc_ui6b --distribution bullseye --hookdir /etc/pbuilder/first-build-hooks --debbuildopts -b --basetgz /var/cache/pbuilder/bullseye-reproducible-base.tgz --buildresult /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.XSNfAJOX/b1 --logfile b1/build.log libpwiz_3.0.18342-4.dsc' - SUDO_GID='110' - SUDO_UID='105' - SUDO_USER='jenkins' - TERM='unknown' - TZ='/usr/share/zoneinfo/Etc/GMT+12' - USER='root' - _='/usr/bin/systemd-run' - http_proxy='http://78.137.99.97:3128' + PWD=/ + SHELL=/bin/bash + SHELLOPTS=braceexpand:errexit:hashall:interactive-comments:posix + SHLVL=3 + SUDO_COMMAND='/usr/bin/timeout -k 24.1h 24h /usr/bin/ionice -c 3 /usr/bin/nice -n 11 /usr/bin/unshare --uts -- /usr/sbin/pbuilder --build --configfile /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.XSNfAJOX/pbuilderrc_TXiK --distribution bullseye --hookdir /etc/pbuilder/rebuild-hooks --debbuildopts -b --basetgz /var/cache/pbuilder/bullseye-reproducible-base.tgz --buildresult /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.XSNfAJOX/b2 --logfile b2/build.log libpwiz_3.0.18342-4.dsc' + SUDO_GID=111 + SUDO_UID=106 + SUDO_USER=jenkins + TERM=unknown + TZ=/usr/share/zoneinfo/Etc/GMT-14 + UID=0 + USER=root + _='I: set' + http_proxy=http://85.184.249.68:3128 I: uname -a - Linux ionos1-amd64 6.1.0-10-amd64 #1 SMP PREEMPT_DYNAMIC Debian 6.1.38-2 (2023-07-27) x86_64 GNU/Linux + Linux i-capture-the-hostname 6.1.0-10-amd64 #1 SMP PREEMPT_DYNAMIC Debian 6.1.38-2 (2023-07-27) x86_64 GNU/Linux I: ls -l /bin total 5476 - -rwxr-xr-x 1 root root 1234376 Mar 27 2022 bash - -rwxr-xr-x 3 root root 38984 Jul 20 2020 bunzip2 - -rwxr-xr-x 3 root root 38984 Jul 20 2020 bzcat - lrwxrwxrwx 1 root root 6 Jul 20 2020 bzcmp -> bzdiff - -rwxr-xr-x 1 root root 2225 Jul 20 2020 bzdiff - lrwxrwxrwx 1 root root 6 Jul 20 2020 bzegrep -> bzgrep - -rwxr-xr-x 1 root root 4877 Sep 4 2019 bzexe - lrwxrwxrwx 1 root root 6 Jul 20 2020 bzfgrep -> bzgrep - -rwxr-xr-x 1 root root 3775 Jul 20 2020 bzgrep - -rwxr-xr-x 3 root root 38984 Jul 20 2020 bzip2 - -rwxr-xr-x 1 root root 18424 Jul 20 2020 bzip2recover - lrwxrwxrwx 1 root root 6 Jul 20 2020 bzless -> bzmore - -rwxr-xr-x 1 root root 1297 Jul 20 2020 bzmore - -rwxr-xr-x 1 root root 43936 Sep 23 2020 cat - -rwxr-xr-x 1 root root 72672 Sep 23 2020 chgrp - -rwxr-xr-x 1 root root 64448 Sep 23 2020 chmod - -rwxr-xr-x 1 root root 72672 Sep 23 2020 chown - -rwxr-xr-x 1 root root 151168 Sep 23 2020 cp - -rwxr-xr-x 1 root root 125560 Dec 10 2020 dash - -rwxr-xr-x 1 root root 113664 Sep 23 2020 date - -rwxr-xr-x 1 root root 80968 Sep 23 2020 dd - -rwxr-xr-x 1 root root 93936 Sep 23 2020 df - -rwxr-xr-x 1 root root 147176 Sep 23 2020 dir - -rwxr-xr-x 1 root root 84440 Jan 20 2022 dmesg - lrwxrwxrwx 1 root root 8 Nov 6 2019 dnsdomainname -> hostname - lrwxrwxrwx 1 root root 8 Nov 6 2019 domainname -> hostname - -rwxr-xr-x 1 root root 39712 Sep 23 2020 echo - -rwxr-xr-x 1 root root 28 Jan 24 2023 egrep - -rwxr-xr-x 1 root root 39680 Sep 23 2020 false - -rwxr-xr-x 1 root root 28 Jan 24 2023 fgrep - -rwxr-xr-x 1 root root 69032 Jan 20 2022 findmnt - -rwsr-xr-x 1 root root 34896 Feb 26 2021 fusermount - -rwxr-xr-x 1 root root 203072 Jan 24 2023 grep - -rwxr-xr-x 2 root root 2346 Apr 9 2022 gunzip - -rwxr-xr-x 1 root root 6447 Apr 9 2022 gzexe - -rwxr-xr-x 1 root root 98048 Apr 9 2022 gzip - -rwxr-xr-x 1 root root 22600 Nov 6 2019 hostname - -rwxr-xr-x 1 root root 72840 Sep 23 2020 ln - -rwxr-xr-x 1 root root 56952 Feb 7 2020 login - -rwxr-xr-x 1 root root 147176 Sep 23 2020 ls - -rwxr-xr-x 1 root root 149736 Jan 20 2022 lsblk - -rwxr-xr-x 1 root root 85184 Sep 23 2020 mkdir - -rwxr-xr-x 1 root root 76896 Sep 23 2020 mknod - -rwxr-xr-x 1 root root 48064 Sep 23 2020 mktemp - -rwxr-xr-x 1 root root 59632 Jan 20 2022 more - -rwsr-xr-x 1 root root 55528 Jan 20 2022 mount - -rwxr-xr-x 1 root root 18664 Jan 20 2022 mountpoint - -rwxr-xr-x 1 root root 147080 Sep 23 2020 mv - lrwxrwxrwx 1 root root 8 Nov 6 2019 nisdomainname -> hostname - lrwxrwxrwx 1 root root 14 Dec 16 2021 pidof -> /sbin/killall5 - -rwxr-xr-x 1 root root 43872 Sep 23 2020 pwd - lrwxrwxrwx 1 root root 4 Mar 27 2022 rbash -> bash - -rwxr-xr-x 1 root root 52032 Sep 23 2020 readlink - -rwxr-xr-x 1 root root 72704 Sep 23 2020 rm - -rwxr-xr-x 1 root root 52032 Sep 23 2020 rmdir - -rwxr-xr-x 1 root root 27472 Sep 27 2020 run-parts - -rwxr-xr-x 1 root root 122224 Dec 22 2018 sed - lrwxrwxrwx 1 root root 4 Jul 6 21:24 sh -> dash - -rwxr-xr-x 1 root root 43808 Sep 23 2020 sleep - -rwxr-xr-x 1 root root 84928 Sep 23 2020 stty - -rwsr-xr-x 1 root root 71912 Jan 20 2022 su - -rwxr-xr-x 1 root root 39744 Sep 23 2020 sync - -rwxr-xr-x 1 root root 531928 Feb 16 2021 tar - -rwxr-xr-x 1 root root 14456 Sep 27 2020 tempfile - -rwxr-xr-x 1 root root 101408 Sep 23 2020 touch - -rwxr-xr-x 1 root root 39680 Sep 23 2020 true - -rwxr-xr-x 1 root root 14328 Feb 26 2021 ulockmgr_server - -rwsr-xr-x 1 root root 35040 Jan 20 2022 umount - -rwxr-xr-x 1 root root 39744 Sep 23 2020 uname - -rwxr-xr-x 2 root root 2346 Apr 9 2022 uncompress - -rwxr-xr-x 1 root root 147176 Sep 23 2020 vdir - -rwxr-xr-x 1 root root 63744 Jan 20 2022 wdctl - lrwxrwxrwx 1 root root 8 Nov 6 2019 ypdomainname -> hostname - -rwxr-xr-x 1 root root 1984 Apr 9 2022 zcat - -rwxr-xr-x 1 root root 1678 Apr 9 2022 zcmp - -rwxr-xr-x 1 root root 5898 Apr 9 2022 zdiff - -rwxr-xr-x 1 root root 29 Apr 9 2022 zegrep - -rwxr-xr-x 1 root root 29 Apr 9 2022 zfgrep - -rwxr-xr-x 1 root root 2081 Apr 9 2022 zforce - -rwxr-xr-x 1 root root 8049 Apr 9 2022 zgrep - -rwxr-xr-x 1 root root 2206 Apr 9 2022 zless - -rwxr-xr-x 1 root root 1842 Apr 9 2022 zmore - -rwxr-xr-x 1 root root 4577 Apr 9 2022 znew -I: user script /srv/workspace/pbuilder/3416081/tmp/hooks/D02_print_environment finished + -rwxr-xr-x 1 root root 1234376 Mar 28 2022 bash + -rwxr-xr-x 3 root root 38984 Jul 21 2020 bunzip2 + -rwxr-xr-x 3 root root 38984 Jul 21 2020 bzcat + lrwxrwxrwx 1 root root 6 Jul 21 2020 bzcmp -> bzdiff + -rwxr-xr-x 1 root root 2225 Jul 21 2020 bzdiff + lrwxrwxrwx 1 root root 6 Jul 21 2020 bzegrep -> bzgrep + -rwxr-xr-x 1 root root 4877 Sep 5 2019 bzexe + lrwxrwxrwx 1 root root 6 Jul 21 2020 bzfgrep -> bzgrep + -rwxr-xr-x 1 root root 3775 Jul 21 2020 bzgrep + -rwxr-xr-x 3 root root 38984 Jul 21 2020 bzip2 + -rwxr-xr-x 1 root root 18424 Jul 21 2020 bzip2recover + lrwxrwxrwx 1 root root 6 Jul 21 2020 bzless -> bzmore + -rwxr-xr-x 1 root root 1297 Jul 21 2020 bzmore + -rwxr-xr-x 1 root root 43936 Sep 24 2020 cat + -rwxr-xr-x 1 root root 72672 Sep 24 2020 chgrp + -rwxr-xr-x 1 root root 64448 Sep 24 2020 chmod + -rwxr-xr-x 1 root root 72672 Sep 24 2020 chown + -rwxr-xr-x 1 root root 151168 Sep 24 2020 cp + -rwxr-xr-x 1 root root 125560 Dec 11 2020 dash + -rwxr-xr-x 1 root root 113664 Sep 24 2020 date + -rwxr-xr-x 1 root root 80968 Sep 24 2020 dd + -rwxr-xr-x 1 root root 93936 Sep 24 2020 df + -rwxr-xr-x 1 root root 147176 Sep 24 2020 dir + -rwxr-xr-x 1 root root 84440 Jan 21 2022 dmesg + lrwxrwxrwx 1 root root 8 Nov 8 2019 dnsdomainname -> hostname + lrwxrwxrwx 1 root root 8 Nov 8 2019 domainname -> hostname + -rwxr-xr-x 1 root root 39712 Sep 24 2020 echo + -rwxr-xr-x 1 root root 28 Jan 25 2023 egrep + -rwxr-xr-x 1 root root 39680 Sep 24 2020 false + -rwxr-xr-x 1 root root 28 Jan 25 2023 fgrep + -rwxr-xr-x 1 root root 69032 Jan 21 2022 findmnt + -rwsr-xr-x 1 root root 34896 Feb 27 2021 fusermount + -rwxr-xr-x 1 root root 203072 Jan 25 2023 grep + -rwxr-xr-x 2 root root 2346 Apr 10 2022 gunzip + -rwxr-xr-x 1 root root 6447 Apr 10 2022 gzexe + -rwxr-xr-x 1 root root 98048 Apr 10 2022 gzip + -rwxr-xr-x 1 root root 22600 Nov 8 2019 hostname + -rwxr-xr-x 1 root root 72840 Sep 24 2020 ln + -rwxr-xr-x 1 root root 56952 Feb 8 2020 login + -rwxr-xr-x 1 root root 147176 Sep 24 2020 ls + -rwxr-xr-x 1 root root 149736 Jan 21 2022 lsblk + -rwxr-xr-x 1 root root 85184 Sep 24 2020 mkdir + -rwxr-xr-x 1 root root 76896 Sep 24 2020 mknod + -rwxr-xr-x 1 root root 48064 Sep 24 2020 mktemp + -rwxr-xr-x 1 root root 59632 Jan 21 2022 more + -rwsr-xr-x 1 root root 55528 Jan 21 2022 mount + -rwxr-xr-x 1 root root 18664 Jan 21 2022 mountpoint + -rwxr-xr-x 1 root root 147080 Sep 24 2020 mv + lrwxrwxrwx 1 root root 8 Nov 8 2019 nisdomainname -> hostname + lrwxrwxrwx 1 root root 14 Dec 17 2021 pidof -> /sbin/killall5 + -rwxr-xr-x 1 root root 43872 Sep 24 2020 pwd + lrwxrwxrwx 1 root root 4 Mar 28 2022 rbash -> bash + -rwxr-xr-x 1 root root 52032 Sep 24 2020 readlink + -rwxr-xr-x 1 root root 72704 Sep 24 2020 rm + -rwxr-xr-x 1 root root 52032 Sep 24 2020 rmdir + -rwxr-xr-x 1 root root 27472 Sep 28 2020 run-parts + -rwxr-xr-x 1 root root 122224 Dec 23 2018 sed + lrwxrwxrwx 1 root root 9 Sep 6 00:27 sh -> /bin/bash + -rwxr-xr-x 1 root root 43808 Sep 24 2020 sleep + -rwxr-xr-x 1 root root 84928 Sep 24 2020 stty + -rwsr-xr-x 1 root root 71912 Jan 21 2022 su + -rwxr-xr-x 1 root root 39744 Sep 24 2020 sync + -rwxr-xr-x 1 root root 531928 Feb 17 2021 tar + -rwxr-xr-x 1 root root 14456 Sep 28 2020 tempfile + -rwxr-xr-x 1 root root 101408 Sep 24 2020 touch + -rwxr-xr-x 1 root root 39680 Sep 24 2020 true + -rwxr-xr-x 1 root root 14328 Feb 27 2021 ulockmgr_server + -rwsr-xr-x 1 root root 35040 Jan 21 2022 umount + -rwxr-xr-x 1 root root 39744 Sep 24 2020 uname + -rwxr-xr-x 2 root root 2346 Apr 10 2022 uncompress + -rwxr-xr-x 1 root root 147176 Sep 24 2020 vdir + -rwxr-xr-x 1 root root 63744 Jan 21 2022 wdctl + lrwxrwxrwx 1 root root 8 Nov 8 2019 ypdomainname -> hostname + -rwxr-xr-x 1 root root 1984 Apr 10 2022 zcat + -rwxr-xr-x 1 root root 1678 Apr 10 2022 zcmp + -rwxr-xr-x 1 root root 5898 Apr 10 2022 zdiff + -rwxr-xr-x 1 root root 29 Apr 10 2022 zegrep + -rwxr-xr-x 1 root root 29 Apr 10 2022 zfgrep + -rwxr-xr-x 1 root root 2081 Apr 10 2022 zforce + -rwxr-xr-x 1 root root 8049 Apr 10 2022 zgrep + -rwxr-xr-x 1 root root 2206 Apr 10 2022 zless + -rwxr-xr-x 1 root root 1842 Apr 10 2022 zmore + -rwxr-xr-x 1 root root 4577 Apr 10 2022 znew +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2124186/tmp/hooks/D02_print_environment finished -> Attempting to satisfy build-dependencies -> Creating pbuilder-satisfydepends-dummy package Package: pbuilder-satisfydepends-dummy @@ -371,7 +402,7 @@ Get: 142 http://deb.debian.org/debian bullseye/main amd64 libtiff-dev amd64 4.2.0-1+deb11u4 [416 kB] Get: 143 http://deb.debian.org/debian bullseye/main amd64 libgd-dev amd64 2.3.0-2 [274 kB] Get: 144 http://deb.debian.org/debian bullseye/main amd64 libjs-jquery all 3.5.1+dfsg+~3.5.5-7 [315 kB] -Fetched 112 MB in 10s (11.7 MB/s) +Fetched 112 MB in 2s (73.0 MB/s) debconf: delaying package configuration, since apt-utils is not installed Selecting previously unselected package bsdextrautils. (Reading database ... (Reading database ... 5% (Reading database ... 10% (Reading database ... 15% (Reading database ... 20% (Reading database ... 25% (Reading database ... 30% (Reading database ... 35% (Reading database ... 40% (Reading database ... 45% (Reading database ... 50% (Reading database ... 55% (Reading database ... 60% (Reading database ... 65% (Reading database ... 70% (Reading database ... 75% (Reading database ... 80% (Reading database ... 85% (Reading database ... 90% (Reading database ... 95% (Reading database ... 100% (Reading database ... 19707 files and directories currently installed.) @@ -975,7 +1006,11 @@ fakeroot is already the newest version (1.25.3-1.1). 0 upgraded, 0 newly installed, 0 to remove and 0 not upgraded. I: Building the package -I: Running cd /build/libpwiz-3.0.18342/ && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games" HOME="/nonexistent/first-build" dpkg-buildpackage -us -uc -b && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games" HOME="/nonexistent/first-build" dpkg-genchanges -S > ../libpwiz_3.0.18342-4_source.changes +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2124186/tmp/hooks/A99_set_merged_usr starting +Not re-configuring usrmerge for bullseye +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2124186/tmp/hooks/A99_set_merged_usr finished +hostname: Name or service not known +I: Running cd /build/libpwiz-3.0.18342/ && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/i/capture/the/path" HOME="/nonexistent/second-build" dpkg-buildpackage -us -uc -b && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/i/capture/the/path" HOME="/nonexistent/second-build" dpkg-genchanges -S > ../libpwiz_3.0.18342-4_source.changes dpkg-buildpackage: info: source package libpwiz dpkg-buildpackage: info: source version 3.0.18342-4 dpkg-buildpackage: info: source distribution unstable @@ -986,7 +1021,7 @@ "---------------------------------------" DEB_HOST_GNU_TYPE: x86_64-linux-gnu DEB_BUILD_GNU_TYPE x86_64-linux-gnu -DEB_BUILD_OPTIONS: buildinfo=+all reproducible=+all,-fixfilepath parallel=15 +DEB_BUILD_OPTIONS: buildinfo=+all reproducible=+all,-fixfilepath parallel=16 DEB_HOST_MULTIARCH: x86_64-linux-gnu "---------------------------------------" entering the clean target @@ -1020,7 +1055,7 @@ "---------------------------------------" DEB_HOST_GNU_TYPE: x86_64-linux-gnu DEB_BUILD_GNU_TYPE x86_64-linux-gnu -DEB_BUILD_OPTIONS: buildinfo=+all reproducible=+all,-fixfilepath parallel=15 +DEB_BUILD_OPTIONS: buildinfo=+all reproducible=+all,-fixfilepath parallel=16 DEB_HOST_MULTIARCH: x86_64-linux-gnu "---------------------------------------" entering the configure target @@ -1276,82 +1311,82 @@ x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz_tools/examples/txt2mzml.o -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz_tools/examples/txt2mzml.o pwiz_tools/examples/txt2mzml.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Po depbase=`echo libraries/boost_aux/libs/nowide/src/iostream.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT libraries/boost_aux/libs/nowide/src/iostream.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o libraries/boost_aux/libs/nowide/src/iostream.lo libraries/boost_aux/libs/nowide/src/iostream.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT libraries/boost_aux/libs/nowide/src/iostream.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o libraries/boost_aux/libs/nowide/src/iostream.lo libraries/boost_aux/libs/nowide/src/iostream.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT libraries/boost_aux/libs/nowide/src/iostream.lo -MD -MP -MF libraries/boost_aux/libs/nowide/src/.deps/iostream.Tpo -c libraries/boost_aux/libs/nowide/src/iostream.cpp -fPIC -DPIC -o libraries/boost_aux/libs/nowide/src/.libs/iostream.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT libraries/boost_aux/libs/nowide/src/iostream.lo -MD -MP -MF libraries/boost_aux/libs/nowide/src/.deps/iostream.Tpo -c libraries/boost_aux/libs/nowide/src/iostream.cpp -o libraries/boost_aux/libs/nowide/src/iostream.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/utility/math/erf.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/math/erf.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/utility/math/erf.lo pwiz/utility/math/erf.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/math/erf.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/utility/math/erf.lo pwiz/utility/math/erf.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/math/erf.lo -MD -MP -MF pwiz/utility/math/.deps/erf.Tpo -c pwiz/utility/math/erf.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/utility/math/.libs/erf.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/math/erf.lo -MD -MP -MF pwiz/utility/math/.deps/erf.Tpo -c pwiz/utility/math/erf.cpp -o pwiz/utility/math/erf.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/identdata/Version.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/Version.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/identdata/Version.lo pwiz/data/identdata/Version.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/Version.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/identdata/Version.lo pwiz/data/identdata/Version.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/Version.lo -MD -MP -MF pwiz/data/identdata/.deps/Version.Tpo -c pwiz/data/identdata/Version.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/identdata/.libs/Version.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/Version.lo -MD -MP -MF pwiz/data/identdata/.deps/Version.Tpo -c pwiz/data/identdata/Version.cpp -o pwiz/data/identdata/Version.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/tradata/Reader.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/tradata/Reader.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/tradata/Reader.lo pwiz/data/tradata/Reader.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/tradata/Reader.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/tradata/Reader.lo pwiz/data/tradata/Reader.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/tradata/Reader.lo -MD -MP -MF pwiz/data/tradata/.deps/Reader.Tpo -c pwiz/data/tradata/Reader.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/tradata/.libs/Reader.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/tradata/Reader.lo -MD -MP -MF pwiz/data/tradata/.deps/Reader.Tpo -c pwiz/data/tradata/Reader.cpp -o pwiz/data/tradata/Reader.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/msdata/Diff.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/Diff.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/Diff.lo pwiz/data/msdata/Diff.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/Diff.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/Diff.lo pwiz/data/msdata/Diff.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/Diff.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/Diff.Tpo -c pwiz/data/msdata/Diff.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/msdata/.libs/Diff.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/Diff.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/Diff.Tpo -c pwiz/data/msdata/Diff.cpp -o pwiz/data/msdata/Diff.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/vendor_readers/Thermo/SpectrumList_Thermo.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Thermo/SpectrumList_Thermo.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/Thermo/SpectrumList_Thermo.lo pwiz/data/vendor_readers/Thermo/SpectrumList_Thermo.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Thermo/SpectrumList_Thermo.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/Thermo/SpectrumList_Thermo.lo pwiz/data/vendor_readers/Thermo/SpectrumList_Thermo.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Thermo/SpectrumList_Thermo.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/Thermo/.deps/SpectrumList_Thermo.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/Thermo/SpectrumList_Thermo.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/vendor_readers/Thermo/.libs/SpectrumList_Thermo.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Thermo/SpectrumList_Thermo.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/Thermo/.deps/SpectrumList_Thermo.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/Thermo/SpectrumList_Thermo.cpp -o pwiz/data/vendor_readers/Thermo/SpectrumList_Thermo.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/peakdetect/PeakFitter.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/PeakFitter.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/peakdetect/PeakFitter.lo pwiz/analysis/peakdetect/PeakFitter.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/PeakFitter.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/peakdetect/PeakFitter.lo pwiz/analysis/peakdetect/PeakFitter.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/PeakFitter.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/peakdetect/.deps/PeakFitter.Tpo -c pwiz/analysis/peakdetect/PeakFitter.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/peakdetect/.libs/PeakFitter.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/PeakFitter.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/peakdetect/.deps/PeakFitter.Tpo -c pwiz/analysis/peakdetect/PeakFitter.cpp -o pwiz/analysis/peakdetect/PeakFitter.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/SpectrumList_UNIFI.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/SpectrumList_UNIFI.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/SpectrumList_UNIFI.lo pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/SpectrumList_UNIFI.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/SpectrumList_UNIFI.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/SpectrumList_UNIFI.lo pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/SpectrumList_UNIFI.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/SpectrumList_UNIFI.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/.deps/SpectrumList_UNIFI.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/SpectrumList_UNIFI.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/.libs/SpectrumList_UNIFI.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/SpectrumList_UNIFI.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/.deps/SpectrumList_UNIFI.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/SpectrumList_UNIFI.cpp -o pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/SpectrumList_UNIFI.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/utility/minimxml/XMLWriter.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/minimxml/XMLWriter.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/utility/minimxml/XMLWriter.lo pwiz/utility/minimxml/XMLWriter.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/minimxml/XMLWriter.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/utility/minimxml/XMLWriter.lo pwiz/utility/minimxml/XMLWriter.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/minimxml/XMLWriter.lo -MD -MP -MF pwiz/utility/minimxml/.deps/XMLWriter.Tpo -c pwiz/utility/minimxml/XMLWriter.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/utility/minimxml/.libs/XMLWriter.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/minimxml/XMLWriter.lo -MD -MP -MF pwiz/utility/minimxml/.deps/XMLWriter.Tpo -c pwiz/utility/minimxml/XMLWriter.cpp -o pwiz/utility/minimxml/XMLWriter.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/tradata/DefaultReaderList.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/tradata/DefaultReaderList.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/tradata/DefaultReaderList.lo pwiz/data/tradata/DefaultReaderList.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/tradata/DefaultReaderList.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/tradata/DefaultReaderList.lo pwiz/data/tradata/DefaultReaderList.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/tradata/DefaultReaderList.lo -MD -MP -MF pwiz/data/tradata/.deps/DefaultReaderList.Tpo -c pwiz/data/tradata/DefaultReaderList.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/tradata/.libs/DefaultReaderList.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/tradata/DefaultReaderList.lo -MD -MP -MF pwiz/data/tradata/.deps/DefaultReaderList.Tpo -c pwiz/data/tradata/DefaultReaderList.cpp -o pwiz/data/tradata/DefaultReaderList.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/demux/DemuxDebugWriter.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/demux/DemuxDebugWriter.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/demux/DemuxDebugWriter.lo pwiz/analysis/demux/DemuxDebugWriter.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/demux/DemuxDebugWriter.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/demux/DemuxDebugWriter.lo pwiz/analysis/demux/DemuxDebugWriter.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/demux/DemuxDebugWriter.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/demux/.deps/DemuxDebugWriter.Tpo -c pwiz/analysis/demux/DemuxDebugWriter.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/demux/.libs/DemuxDebugWriter.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/demux/DemuxDebugWriter.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/demux/.deps/DemuxDebugWriter.Tpo -c pwiz/analysis/demux/DemuxDebugWriter.cpp -o pwiz/analysis/demux/DemuxDebugWriter.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/msdata/BinaryDataEncoder.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/BinaryDataEncoder.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/BinaryDataEncoder.lo pwiz/data/msdata/BinaryDataEncoder.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/BinaryDataEncoder.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/BinaryDataEncoder.lo pwiz/data/msdata/BinaryDataEncoder.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/BinaryDataEncoder.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/BinaryDataEncoder.Tpo -c pwiz/data/msdata/BinaryDataEncoder.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/msdata/.libs/BinaryDataEncoder.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/BinaryDataEncoder.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/BinaryDataEncoder.Tpo -c pwiz/data/msdata/BinaryDataEncoder.cpp -o pwiz/data/msdata/BinaryDataEncoder.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_3D.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_3D.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_3D.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_3D.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_3D.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_3D.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_3D.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_3D.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/SpectrumList_3D.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_3D.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/SpectrumList_3D.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_3D.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/SpectrumList_3D.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_3D.cpp -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_3D.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/passive/RegionSlice.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/RegionSlice.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/passive/RegionSlice.lo pwiz/analysis/passive/RegionSlice.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/RegionSlice.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/passive/RegionSlice.lo pwiz/analysis/passive/RegionSlice.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/RegionSlice.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/passive/.deps/RegionSlice.Tpo -c pwiz/analysis/passive/RegionSlice.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/passive/.libs/RegionSlice.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/RegionSlice.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/passive/.deps/RegionSlice.Tpo -c pwiz/analysis/passive/RegionSlice.cpp -o pwiz/analysis/passive/RegionSlice.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/peptideid/PeptideIDMap.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peptideid/PeptideIDMap.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/peptideid/PeptideIDMap.lo pwiz/analysis/peptideid/PeptideIDMap.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peptideid/PeptideIDMap.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/peptideid/PeptideIDMap.lo pwiz/analysis/peptideid/PeptideIDMap.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peptideid/PeptideIDMap.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/peptideid/.deps/PeptideIDMap.Tpo -c pwiz/analysis/peptideid/PeptideIDMap.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/peptideid/.libs/PeptideIDMap.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peptideid/PeptideIDMap.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/peptideid/.deps/PeptideIDMap.Tpo -c pwiz/analysis/peptideid/PeptideIDMap.cpp -o pwiz/analysis/peptideid/PeptideIDMap.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/frequency/TruncatedLorentzianEstimator.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/frequency/TruncatedLorentzianEstimator.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/frequency/TruncatedLorentzianEstimator.lo pwiz/analysis/frequency/TruncatedLorentzianEstimator.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/frequency/TruncatedLorentzianEstimator.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/frequency/TruncatedLorentzianEstimator.lo pwiz/analysis/frequency/TruncatedLorentzianEstimator.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/frequency/TruncatedLorentzianEstimator.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/frequency/.deps/TruncatedLorentzianEstimator.Tpo -c pwiz/analysis/frequency/TruncatedLorentzianEstimator.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/frequency/.libs/TruncatedLorentzianEstimator.o In file included from pwiz/analysis/frequency/TruncatedLorentzianEstimator.hpp:30, @@ -1452,12 +1487,12 @@ | ^~~~~~~~ libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/frequency/TruncatedLorentzianEstimator.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/frequency/.deps/TruncatedLorentzianEstimator.Tpo -c pwiz/analysis/frequency/TruncatedLorentzianEstimator.cpp -o pwiz/analysis/frequency/TruncatedLorentzianEstimator.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/spectrum_processing/PrecursorRecalculatorDefault.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/PrecursorRecalculatorDefault.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/PrecursorRecalculatorDefault.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/PrecursorRecalculatorDefault.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/PrecursorRecalculatorDefault.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/PrecursorRecalculatorDefault.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/PrecursorRecalculatorDefault.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/PrecursorRecalculatorDefault.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/PrecursorRecalculatorDefault.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/PrecursorRecalculatorDefault.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/PrecursorRecalculatorDefault.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/PrecursorRecalculatorDefault.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/PrecursorRecalculatorDefault.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/PrecursorRecalculatorDefault.cpp -o pwiz/analysis/spectrum_processing/PrecursorRecalculatorDefault.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/utility/proteome/IPIFASTADatabase.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/proteome/IPIFASTADatabase.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/utility/proteome/IPIFASTADatabase.lo pwiz/utility/proteome/IPIFASTADatabase.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/proteome/IPIFASTADatabase.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/utility/proteome/IPIFASTADatabase.lo pwiz/utility/proteome/IPIFASTADatabase.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/proteome/IPIFASTADatabase.lo -MD -MP -MF pwiz/utility/proteome/.deps/IPIFASTADatabase.Tpo -c pwiz/utility/proteome/IPIFASTADatabase.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/utility/proteome/.libs/IPIFASTADatabase.o In file included from pwiz/utility/proteome/IPIFASTADatabase.cpp:26: @@ -1472,67 +1507,67 @@ | ^~~~~~~~ libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/proteome/IPIFASTADatabase.lo -MD -MP -MF pwiz/utility/proteome/.deps/IPIFASTADatabase.Tpo -c pwiz/utility/proteome/IPIFASTADatabase.cpp -o pwiz/utility/proteome/IPIFASTADatabase.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/Version.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/Version.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/Version.lo pwiz/Version.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/Version.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/Version.lo pwiz/Version.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/Version.lo -MD -MP -MF pwiz/.deps/Version.Tpo -c pwiz/Version.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/.libs/Version.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/Version.lo -MD -MP -MF pwiz/.deps/Version.Tpo -c pwiz/Version.cpp -o pwiz/Version.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/Reader_UNIFI_Detail.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/Reader_UNIFI_Detail.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/Reader_UNIFI_Detail.lo pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/Reader_UNIFI_Detail.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/Reader_UNIFI_Detail.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/Reader_UNIFI_Detail.lo pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/Reader_UNIFI_Detail.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/Reader_UNIFI_Detail.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/.deps/Reader_UNIFI_Detail.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/Reader_UNIFI_Detail.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/.libs/Reader_UNIFI_Detail.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/Reader_UNIFI_Detail.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/.deps/Reader_UNIFI_Detail.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/Reader_UNIFI_Detail.cpp -o pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/Reader_UNIFI_Detail.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/identdata/IdentData.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/IdentData.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/identdata/IdentData.lo pwiz/data/identdata/IdentData.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/IdentData.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/identdata/IdentData.lo pwiz/data/identdata/IdentData.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/IdentData.lo -MD -MP -MF pwiz/data/identdata/.deps/IdentData.Tpo -c pwiz/data/identdata/IdentData.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/identdata/.libs/IdentData.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/IdentData.lo -MD -MP -MF pwiz/data/identdata/.deps/IdentData.Tpo -c pwiz/data/identdata/IdentData.cpp -o pwiz/data/identdata/IdentData.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/msdata/Version.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/Version.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/Version.lo pwiz/data/msdata/Version.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/Version.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/Version.lo pwiz/data/msdata/Version.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/Version.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/Version.Tpo -c pwiz/data/msdata/Version.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/msdata/.libs/Version.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/Version.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/Version.Tpo -c pwiz/data/msdata/Version.cpp -o pwiz/data/msdata/Version.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/peakdetect/PeakelPicker.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/PeakelPicker.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/peakdetect/PeakelPicker.lo pwiz/analysis/peakdetect/PeakelPicker.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/PeakelPicker.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/peakdetect/PeakelPicker.lo pwiz/analysis/peakdetect/PeakelPicker.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/PeakelPicker.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/peakdetect/.deps/PeakelPicker.Tpo -c pwiz/analysis/peakdetect/PeakelPicker.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/peakdetect/.libs/PeakelPicker.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/PeakelPicker.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/peakdetect/.deps/PeakelPicker.Tpo -c pwiz/analysis/peakdetect/PeakelPicker.cpp -o pwiz/analysis/peakdetect/PeakelPicker.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_TitleMaker.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_TitleMaker.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_TitleMaker.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_TitleMaker.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_TitleMaker.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_TitleMaker.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_TitleMaker.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_TitleMaker.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/SpectrumList_TitleMaker.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_TitleMaker.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/SpectrumList_TitleMaker.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_TitleMaker.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/SpectrumList_TitleMaker.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_TitleMaker.cpp -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_TitleMaker.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/vendor_readers/ABI/T2D/SpectrumList_ABI_T2D.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/ABI/T2D/SpectrumList_ABI_T2D.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/ABI/T2D/SpectrumList_ABI_T2D.lo pwiz/data/vendor_readers/ABI/T2D/SpectrumList_ABI_T2D.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/ABI/T2D/SpectrumList_ABI_T2D.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/ABI/T2D/SpectrumList_ABI_T2D.lo pwiz/data/vendor_readers/ABI/T2D/SpectrumList_ABI_T2D.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/ABI/T2D/SpectrumList_ABI_T2D.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/ABI/T2D/.deps/SpectrumList_ABI_T2D.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/ABI/T2D/SpectrumList_ABI_T2D.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/vendor_readers/ABI/T2D/.libs/SpectrumList_ABI_T2D.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/ABI/T2D/SpectrumList_ABI_T2D.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/ABI/T2D/.deps/SpectrumList_ABI_T2D.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/ABI/T2D/SpectrumList_ABI_T2D.cpp -o pwiz/data/vendor_readers/ABI/T2D/SpectrumList_ABI_T2D.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/msdata/SpectrumListCache.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/SpectrumListCache.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/SpectrumListCache.lo pwiz/data/msdata/SpectrumListCache.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/SpectrumListCache.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/SpectrumListCache.lo pwiz/data/msdata/SpectrumListCache.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/SpectrumListCache.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/SpectrumListCache.Tpo -c pwiz/data/msdata/SpectrumListCache.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/msdata/.libs/SpectrumListCache.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/SpectrumListCache.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/SpectrumListCache.Tpo -c pwiz/data/msdata/SpectrumListCache.cpp -o pwiz/data/msdata/SpectrumListCache.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz_tools/common/MSDataAnalyzerApplication.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz_tools/common/MSDataAnalyzerApplication.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz_tools/common/MSDataAnalyzerApplication.lo pwiz_tools/common/MSDataAnalyzerApplication.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz_tools/common/MSDataAnalyzerApplication.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz_tools/common/MSDataAnalyzerApplication.lo pwiz_tools/common/MSDataAnalyzerApplication.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz_tools/common/MSDataAnalyzerApplication.lo -MD -MP -MF pwiz_tools/common/.deps/MSDataAnalyzerApplication.Tpo -c pwiz_tools/common/MSDataAnalyzerApplication.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz_tools/common/.libs/MSDataAnalyzerApplication.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz_tools/common/MSDataAnalyzerApplication.lo -MD -MP -MF pwiz_tools/common/.deps/MSDataAnalyzerApplication.Tpo -c pwiz_tools/common/MSDataAnalyzerApplication.cpp -o pwiz_tools/common/MSDataAnalyzerApplication.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/demux/CubicHermiteSpline.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/demux/CubicHermiteSpline.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/demux/CubicHermiteSpline.lo pwiz/analysis/demux/CubicHermiteSpline.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/demux/CubicHermiteSpline.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/demux/CubicHermiteSpline.lo pwiz/analysis/demux/CubicHermiteSpline.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/demux/CubicHermiteSpline.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/demux/.deps/CubicHermiteSpline.Tpo -c pwiz/analysis/demux/CubicHermiteSpline.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/demux/.libs/CubicHermiteSpline.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/demux/CubicHermiteSpline.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/demux/.deps/CubicHermiteSpline.Tpo -c pwiz/analysis/demux/CubicHermiteSpline.cpp -o pwiz/analysis/demux/CubicHermiteSpline.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ScanSummer.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ScanSummer.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ScanSummer.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ScanSummer.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ScanSummer.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ScanSummer.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ScanSummer.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ScanSummer.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/SpectrumList_ScanSummer.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ScanSummer.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/SpectrumList_ScanSummer.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ScanSummer.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/SpectrumList_ScanSummer.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ScanSummer.cpp -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ScanSummer.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/utility/misc/TabReader.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/misc/TabReader.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/utility/misc/TabReader.lo pwiz/utility/misc/TabReader.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/misc/TabReader.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/utility/misc/TabReader.lo pwiz/utility/misc/TabReader.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/misc/TabReader.lo -MD -MP -MF pwiz/utility/misc/.deps/TabReader.Tpo -c pwiz/utility/misc/TabReader.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/utility/misc/.libs/TabReader.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/misc/TabReader.lo -MD -MP -MF pwiz/utility/misc/.deps/TabReader.Tpo -c pwiz/utility/misc/TabReader.cpp -o pwiz/utility/misc/TabReader.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/peakdetect/FeatureModeler.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/FeatureModeler.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/peakdetect/FeatureModeler.lo pwiz/analysis/peakdetect/FeatureModeler.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/FeatureModeler.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/peakdetect/FeatureModeler.lo pwiz/analysis/peakdetect/FeatureModeler.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/FeatureModeler.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/peakdetect/.deps/FeatureModeler.Tpo -c pwiz/analysis/peakdetect/FeatureModeler.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/peakdetect/.libs/FeatureModeler.o In file included from ./pwiz/utility/chemistry/IsotopeEnvelopeEstimator.hpp:30, @@ -1574,82 +1609,82 @@ | ^~~~~~~~ libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/FeatureModeler.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/peakdetect/.deps/FeatureModeler.Tpo -c pwiz/analysis/peakdetect/FeatureModeler.cpp -o pwiz/analysis/peakdetect/FeatureModeler.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/msdata/Serializer_MSn.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/Serializer_MSn.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/Serializer_MSn.lo pwiz/data/msdata/Serializer_MSn.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/Serializer_MSn.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/Serializer_MSn.lo pwiz/data/msdata/Serializer_MSn.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/Serializer_MSn.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/Serializer_MSn.Tpo -c pwiz/data/msdata/Serializer_MSn.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/msdata/.libs/Serializer_MSn.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/Serializer_MSn.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/Serializer_MSn.Tpo -c pwiz/data/msdata/Serializer_MSn.cpp -o pwiz/data/msdata/Serializer_MSn.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/common/diff_std.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/common/diff_std.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/common/diff_std.lo pwiz/data/common/diff_std.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/common/diff_std.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/common/diff_std.lo pwiz/data/common/diff_std.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/common/diff_std.lo -MD -MP -MF pwiz/data/common/.deps/diff_std.Tpo -c pwiz/data/common/diff_std.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/common/.libs/diff_std.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/common/diff_std.lo -MD -MP -MF pwiz/data/common/.deps/diff_std.Tpo -c pwiz/data/common/diff_std.cpp -o pwiz/data/common/diff_std.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/vendor_readers/ABI/ChromatogramList_ABI.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/ABI/ChromatogramList_ABI.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/ABI/ChromatogramList_ABI.lo pwiz/data/vendor_readers/ABI/ChromatogramList_ABI.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/ABI/ChromatogramList_ABI.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/ABI/ChromatogramList_ABI.lo pwiz/data/vendor_readers/ABI/ChromatogramList_ABI.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/ABI/ChromatogramList_ABI.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/ABI/.deps/ChromatogramList_ABI.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/ABI/ChromatogramList_ABI.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/vendor_readers/ABI/.libs/ChromatogramList_ABI.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/ABI/ChromatogramList_ABI.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/ABI/.deps/ChromatogramList_ABI.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/ABI/ChromatogramList_ABI.cpp -o pwiz/data/vendor_readers/ABI/ChromatogramList_ABI.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/peakdetect/PeakelGrower.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/PeakelGrower.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/peakdetect/PeakelGrower.lo pwiz/analysis/peakdetect/PeakelGrower.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/PeakelGrower.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/peakdetect/PeakelGrower.lo pwiz/analysis/peakdetect/PeakelGrower.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/PeakelGrower.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/peakdetect/.deps/PeakelGrower.Tpo -c pwiz/analysis/peakdetect/PeakelGrower.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/peakdetect/.libs/PeakelGrower.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/PeakelGrower.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/peakdetect/.deps/PeakelGrower.Tpo -c pwiz/analysis/peakdetect/PeakelGrower.cpp -o pwiz/analysis/peakdetect/PeakelGrower.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/proteome/AminoAcid.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/AminoAcid.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/proteome/AminoAcid.lo pwiz/data/proteome/AminoAcid.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/AminoAcid.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/proteome/AminoAcid.lo pwiz/data/proteome/AminoAcid.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/AminoAcid.lo -MD -MP -MF pwiz/data/proteome/.deps/AminoAcid.Tpo -c pwiz/data/proteome/AminoAcid.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/proteome/.libs/AminoAcid.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/AminoAcid.lo -MD -MP -MF pwiz/data/proteome/.deps/AminoAcid.Tpo -c pwiz/data/proteome/AminoAcid.cpp -o pwiz/data/proteome/AminoAcid.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/proteome/DefaultReaderList.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/DefaultReaderList.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/proteome/DefaultReaderList.lo pwiz/data/proteome/DefaultReaderList.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/DefaultReaderList.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/proteome/DefaultReaderList.lo pwiz/data/proteome/DefaultReaderList.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/DefaultReaderList.lo -MD -MP -MF pwiz/data/proteome/.deps/DefaultReaderList.Tpo -c pwiz/data/proteome/DefaultReaderList.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/proteome/.libs/DefaultReaderList.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/DefaultReaderList.lo -MD -MP -MF pwiz/data/proteome/.deps/DefaultReaderList.Tpo -c pwiz/data/proteome/DefaultReaderList.cpp -o pwiz/data/proteome/DefaultReaderList.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/peptideid/PeptideID_pepXML.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peptideid/PeptideID_pepXML.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/peptideid/PeptideID_pepXML.lo pwiz/analysis/peptideid/PeptideID_pepXML.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peptideid/PeptideID_pepXML.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/peptideid/PeptideID_pepXML.lo pwiz/analysis/peptideid/PeptideID_pepXML.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peptideid/PeptideID_pepXML.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/peptideid/.deps/PeptideID_pepXML.Tpo -c pwiz/analysis/peptideid/PeptideID_pepXML.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/peptideid/.libs/PeptideID_pepXML.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peptideid/PeptideID_pepXML.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/peptideid/.deps/PeptideID_pepXML.Tpo -c pwiz/analysis/peptideid/PeptideID_pepXML.cpp -o pwiz/analysis/peptideid/PeptideID_pepXML.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorMatchedFilterTestData.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorMatchedFilterTestData.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorMatchedFilterTestData.lo pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorMatchedFilterTestData.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorMatchedFilterTestData.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorMatchedFilterTestData.lo pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorMatchedFilterTestData.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorMatchedFilterTestData.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/frequency/.deps/PeakDetectorMatchedFilterTestData.Tpo -c pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorMatchedFilterTestData.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/frequency/.libs/PeakDetectorMatchedFilterTestData.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorMatchedFilterTestData.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/frequency/.deps/PeakDetectorMatchedFilterTestData.Tpo -c pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorMatchedFilterTestData.cpp -o pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorMatchedFilterTestData.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/peakdetect/PeakExtractor.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/PeakExtractor.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/peakdetect/PeakExtractor.lo pwiz/analysis/peakdetect/PeakExtractor.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/PeakExtractor.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/peakdetect/PeakExtractor.lo pwiz/analysis/peakdetect/PeakExtractor.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/PeakExtractor.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/peakdetect/.deps/PeakExtractor.Tpo -c pwiz/analysis/peakdetect/PeakExtractor.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/peakdetect/.libs/PeakExtractor.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/PeakExtractor.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/peakdetect/.deps/PeakExtractor.Tpo -c pwiz/analysis/peakdetect/PeakExtractor.cpp -o pwiz/analysis/peakdetect/PeakExtractor.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/utility/misc/Base64.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/misc/Base64.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/utility/misc/Base64.lo pwiz/utility/misc/Base64.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/misc/Base64.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/utility/misc/Base64.lo pwiz/utility/misc/Base64.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/misc/Base64.lo -MD -MP -MF pwiz/utility/misc/.deps/Base64.Tpo -c pwiz/utility/misc/Base64.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/utility/misc/.libs/Base64.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/misc/Base64.lo -MD -MP -MF pwiz/utility/misc/.deps/Base64.Tpo -c pwiz/utility/misc/Base64.cpp -o pwiz/utility/misc/Base64.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/msdata/SpectrumList_BTDX.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/SpectrumList_BTDX.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/SpectrumList_BTDX.lo pwiz/data/msdata/SpectrumList_BTDX.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/SpectrumList_BTDX.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/SpectrumList_BTDX.lo pwiz/data/msdata/SpectrumList_BTDX.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/SpectrumList_BTDX.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/SpectrumList_BTDX.Tpo -c pwiz/data/msdata/SpectrumList_BTDX.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/msdata/.libs/SpectrumList_BTDX.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/SpectrumList_BTDX.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/SpectrumList_BTDX.Tpo -c pwiz/data/msdata/SpectrumList_BTDX.cpp -o pwiz/data/msdata/SpectrumList_BTDX.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/msdata/MSDataFile.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/MSDataFile.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/MSDataFile.lo pwiz/data/msdata/MSDataFile.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/MSDataFile.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/MSDataFile.lo pwiz/data/msdata/MSDataFile.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/MSDataFile.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/MSDataFile.Tpo -c pwiz/data/msdata/MSDataFile.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/msdata/.libs/MSDataFile.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/MSDataFile.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/MSDataFile.Tpo -c pwiz/data/msdata/MSDataFile.cpp -o pwiz/data/msdata/MSDataFile.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/proteome/Reader_FASTA.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/Reader_FASTA.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/proteome/Reader_FASTA.lo pwiz/data/proteome/Reader_FASTA.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/Reader_FASTA.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/proteome/Reader_FASTA.lo pwiz/data/proteome/Reader_FASTA.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/Reader_FASTA.lo -MD -MP -MF pwiz/data/proteome/.deps/Reader_FASTA.Tpo -c pwiz/data/proteome/Reader_FASTA.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/proteome/.libs/Reader_FASTA.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/Reader_FASTA.lo -MD -MP -MF pwiz/data/proteome/.deps/Reader_FASTA.Tpo -c pwiz/data/proteome/Reader_FASTA.cpp -o pwiz/data/proteome/Reader_FASTA.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/msdata/IO.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/IO.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/IO.lo pwiz/data/msdata/IO.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/IO.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/IO.lo pwiz/data/msdata/IO.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/IO.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/IO.Tpo -c pwiz/data/msdata/IO.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/msdata/.libs/IO.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/IO.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/IO.Tpo -c pwiz/data/msdata/IO.cpp -o pwiz/data/msdata/IO.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/common/CwtPeakDetector.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/common/CwtPeakDetector.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/common/CwtPeakDetector.lo pwiz/analysis/common/CwtPeakDetector.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/common/CwtPeakDetector.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/common/CwtPeakDetector.lo pwiz/analysis/common/CwtPeakDetector.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/common/CwtPeakDetector.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/common/.deps/CwtPeakDetector.Tpo -c pwiz/analysis/common/CwtPeakDetector.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/common/.libs/CwtPeakDetector.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/common/CwtPeakDetector.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/common/.deps/CwtPeakDetector.Tpo -c pwiz/analysis/common/CwtPeakDetector.cpp -o pwiz/analysis/common/CwtPeakDetector.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/peakdetect/FeatureDetectorSimple.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/FeatureDetectorSimple.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/peakdetect/FeatureDetectorSimple.lo pwiz/analysis/peakdetect/FeatureDetectorSimple.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/FeatureDetectorSimple.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/peakdetect/FeatureDetectorSimple.lo pwiz/analysis/peakdetect/FeatureDetectorSimple.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/FeatureDetectorSimple.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/peakdetect/.deps/FeatureDetectorSimple.Tpo -c pwiz/analysis/peakdetect/FeatureDetectorSimple.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/peakdetect/.libs/FeatureDetectorSimple.o In file included from pwiz/analysis/peakdetect/FeatureDetector.hpp:27, @@ -1665,137 +1700,137 @@ pwiz/analysis/peakdetect/MZRTField.hpp:94:8: warning: 'pwiz::analysis::MZRTField' has a base 'std::set, pwiz::analysis::{anonymous}::LessThan_MZRT, std::allocator > >' whose type uses the anonymous namespace [-Wsubobject-linkage] libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/FeatureDetectorSimple.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/peakdetect/.deps/FeatureDetectorSimple.Tpo -c pwiz/analysis/peakdetect/FeatureDetectorSimple.cpp -o pwiz/analysis/peakdetect/FeatureDetectorSimple.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/utility/misc/SHA1.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/misc/SHA1.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/utility/misc/SHA1.lo pwiz/utility/misc/SHA1.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/misc/SHA1.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/utility/misc/SHA1.lo pwiz/utility/misc/SHA1.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/misc/SHA1.lo -MD -MP -MF pwiz/utility/misc/.deps/SHA1.Tpo -c pwiz/utility/misc/SHA1.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/utility/misc/.libs/SHA1.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/misc/SHA1.lo -MD -MP -MF pwiz/utility/misc/.deps/SHA1.Tpo -c pwiz/utility/misc/SHA1.cpp -o pwiz/utility/misc/SHA1.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/utility/misc/VendorReaderTestHarness.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/misc/VendorReaderTestHarness.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/utility/misc/VendorReaderTestHarness.lo pwiz/utility/misc/VendorReaderTestHarness.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/misc/VendorReaderTestHarness.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/utility/misc/VendorReaderTestHarness.lo pwiz/utility/misc/VendorReaderTestHarness.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/misc/VendorReaderTestHarness.lo -MD -MP -MF pwiz/utility/misc/.deps/VendorReaderTestHarness.Tpo -c pwiz/utility/misc/VendorReaderTestHarness.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/utility/misc/.libs/VendorReaderTestHarness.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/misc/VendorReaderTestHarness.lo -MD -MP -MF pwiz/utility/misc/.deps/VendorReaderTestHarness.Tpo -c pwiz/utility/misc/VendorReaderTestHarness.cpp -o pwiz/utility/misc/VendorReaderTestHarness.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/demux/DemuxSolver.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/demux/DemuxSolver.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/demux/DemuxSolver.lo pwiz/analysis/demux/DemuxSolver.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/demux/DemuxSolver.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/demux/DemuxSolver.lo pwiz/analysis/demux/DemuxSolver.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/demux/DemuxSolver.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/demux/.deps/DemuxSolver.Tpo -c pwiz/analysis/demux/DemuxSolver.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/demux/.libs/DemuxSolver.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/demux/DemuxSolver.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/demux/.deps/DemuxSolver.Tpo -c pwiz/analysis/demux/DemuxSolver.cpp -o pwiz/analysis/demux/DemuxSolver.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/msdata/SpectrumWorkerThreads.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/SpectrumWorkerThreads.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/SpectrumWorkerThreads.lo pwiz/data/msdata/SpectrumWorkerThreads.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/SpectrumWorkerThreads.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/SpectrumWorkerThreads.lo pwiz/data/msdata/SpectrumWorkerThreads.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/SpectrumWorkerThreads.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/SpectrumWorkerThreads.Tpo -c pwiz/data/msdata/SpectrumWorkerThreads.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/msdata/.libs/SpectrumWorkerThreads.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/SpectrumWorkerThreads.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/SpectrumWorkerThreads.Tpo -c pwiz/data/msdata/SpectrumWorkerThreads.cpp -o pwiz/data/msdata/SpectrumWorkerThreads.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/identdata/DelimWriter.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/DelimWriter.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/identdata/DelimWriter.lo pwiz/data/identdata/DelimWriter.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/DelimWriter.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/identdata/DelimWriter.lo pwiz/data/identdata/DelimWriter.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/DelimWriter.lo -MD -MP -MF pwiz/data/identdata/.deps/DelimWriter.Tpo -c pwiz/data/identdata/DelimWriter.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/identdata/.libs/DelimWriter.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/DelimWriter.lo -MD -MP -MF pwiz/data/identdata/.deps/DelimWriter.Tpo -c pwiz/data/identdata/DelimWriter.cpp -o pwiz/data/identdata/DelimWriter.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/tradata/IO.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/tradata/IO.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/tradata/IO.lo pwiz/data/tradata/IO.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/tradata/IO.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/tradata/IO.lo pwiz/data/tradata/IO.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/tradata/IO.lo -MD -MP -MF pwiz/data/tradata/.deps/IO.Tpo -c pwiz/data/tradata/IO.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/tradata/.libs/IO.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/tradata/IO.lo -MD -MP -MF pwiz/data/tradata/.deps/IO.Tpo -c pwiz/data/tradata/IO.cpp -o pwiz/data/tradata/IO.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/frequency/TruncatedLorentzian.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/frequency/TruncatedLorentzian.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/frequency/TruncatedLorentzian.lo pwiz/analysis/frequency/TruncatedLorentzian.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/frequency/TruncatedLorentzian.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/frequency/TruncatedLorentzian.lo pwiz/analysis/frequency/TruncatedLorentzian.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/frequency/TruncatedLorentzian.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/frequency/.deps/TruncatedLorentzian.Tpo -c pwiz/analysis/frequency/TruncatedLorentzian.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/frequency/.libs/TruncatedLorentzian.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/frequency/TruncatedLorentzian.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/frequency/.deps/TruncatedLorentzian.Tpo -c pwiz/analysis/frequency/TruncatedLorentzian.cpp -o pwiz/analysis/frequency/TruncatedLorentzian.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/tradata/TraData.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/tradata/TraData.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/tradata/TraData.lo pwiz/data/tradata/TraData.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/tradata/TraData.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/tradata/TraData.lo pwiz/data/tradata/TraData.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/tradata/TraData.lo -MD -MP -MF pwiz/data/tradata/.deps/TraData.Tpo -c pwiz/data/tradata/TraData.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/tradata/.libs/TraData.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/tradata/TraData.lo -MD -MP -MF pwiz/data/tradata/.deps/TraData.Tpo -c pwiz/data/tradata/TraData.cpp -o pwiz/data/tradata/TraData.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/msdata/SpectrumList_MSn.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/SpectrumList_MSn.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/SpectrumList_MSn.lo pwiz/data/msdata/SpectrumList_MSn.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/SpectrumList_MSn.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/SpectrumList_MSn.lo pwiz/data/msdata/SpectrumList_MSn.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/SpectrumList_MSn.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/SpectrumList_MSn.Tpo -c pwiz/data/msdata/SpectrumList_MSn.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/msdata/.libs/SpectrumList_MSn.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/SpectrumList_MSn.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/SpectrumList_MSn.Tpo -c pwiz/data/msdata/SpectrumList_MSn.cpp -o pwiz/data/msdata/SpectrumList_MSn.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/proteome_processing/ProteinList_DecoyGenerator.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/proteome_processing/ProteinList_DecoyGenerator.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/proteome_processing/ProteinList_DecoyGenerator.lo pwiz/analysis/proteome_processing/ProteinList_DecoyGenerator.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/proteome_processing/ProteinList_DecoyGenerator.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/proteome_processing/ProteinList_DecoyGenerator.lo pwiz/analysis/proteome_processing/ProteinList_DecoyGenerator.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/proteome_processing/ProteinList_DecoyGenerator.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/proteome_processing/.deps/ProteinList_DecoyGenerator.Tpo -c pwiz/analysis/proteome_processing/ProteinList_DecoyGenerator.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/proteome_processing/.libs/ProteinList_DecoyGenerator.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/proteome_processing/ProteinList_DecoyGenerator.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/proteome_processing/.deps/ProteinList_DecoyGenerator.Tpo -c pwiz/analysis/proteome_processing/ProteinList_DecoyGenerator.cpp -o pwiz/analysis/proteome_processing/ProteinList_DecoyGenerator.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/demux/MatrixIO.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/demux/MatrixIO.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/demux/MatrixIO.lo pwiz/analysis/demux/MatrixIO.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/demux/MatrixIO.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/demux/MatrixIO.lo pwiz/analysis/demux/MatrixIO.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/demux/MatrixIO.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/demux/.deps/MatrixIO.Tpo -c pwiz/analysis/demux/MatrixIO.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/demux/.libs/MatrixIO.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/demux/MatrixIO.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/demux/.deps/MatrixIO.Tpo -c pwiz/analysis/demux/MatrixIO.cpp -o pwiz/analysis/demux/MatrixIO.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/vendor_readers/Waters/ChromatogramList_Waters.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Waters/ChromatogramList_Waters.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/Waters/ChromatogramList_Waters.lo pwiz/data/vendor_readers/Waters/ChromatogramList_Waters.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Waters/ChromatogramList_Waters.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/Waters/ChromatogramList_Waters.lo pwiz/data/vendor_readers/Waters/ChromatogramList_Waters.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Waters/ChromatogramList_Waters.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/Waters/.deps/ChromatogramList_Waters.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/Waters/ChromatogramList_Waters.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/vendor_readers/Waters/.libs/ChromatogramList_Waters.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Waters/ChromatogramList_Waters.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/Waters/.deps/ChromatogramList_Waters.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/Waters/ChromatogramList_Waters.cpp -o pwiz/data/vendor_readers/Waters/ChromatogramList_Waters.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/common/WhittakerSmoother.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/common/WhittakerSmoother.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/common/WhittakerSmoother.lo pwiz/analysis/common/WhittakerSmoother.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/common/WhittakerSmoother.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/common/WhittakerSmoother.lo pwiz/analysis/common/WhittakerSmoother.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/common/WhittakerSmoother.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/common/.deps/WhittakerSmoother.Tpo -c pwiz/analysis/common/WhittakerSmoother.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/common/.libs/WhittakerSmoother.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/common/WhittakerSmoother.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/common/.deps/WhittakerSmoother.Tpo -c pwiz/analysis/common/WhittakerSmoother.cpp -o pwiz/analysis/common/WhittakerSmoother.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/demux/OverlapDemultiplexer.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/demux/OverlapDemultiplexer.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/demux/OverlapDemultiplexer.lo pwiz/analysis/demux/OverlapDemultiplexer.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/demux/OverlapDemultiplexer.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/demux/OverlapDemultiplexer.lo pwiz/analysis/demux/OverlapDemultiplexer.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/demux/OverlapDemultiplexer.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/demux/.deps/OverlapDemultiplexer.Tpo -c pwiz/analysis/demux/OverlapDemultiplexer.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/demux/.libs/OverlapDemultiplexer.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/demux/OverlapDemultiplexer.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/demux/.deps/OverlapDemultiplexer.Tpo -c pwiz/analysis/demux/OverlapDemultiplexer.cpp -o pwiz/analysis/demux/OverlapDemultiplexer.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/common/cv.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/common/cv.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/common/cv.lo pwiz/data/common/cv.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/common/cv.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/common/cv.lo pwiz/data/common/cv.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/common/cv.lo -MD -MP -MF pwiz/data/common/.deps/cv.Tpo -c pwiz/data/common/cv.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/common/.libs/cv.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/common/cv.lo -MD -MP -MF pwiz/data/common/.deps/cv.Tpo -c pwiz/data/common/cv.cpp -o pwiz/data/common/cv.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/demux/DemuxDebugReader.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/demux/DemuxDebugReader.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/demux/DemuxDebugReader.lo pwiz/analysis/demux/DemuxDebugReader.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/demux/DemuxDebugReader.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/demux/DemuxDebugReader.lo pwiz/analysis/demux/DemuxDebugReader.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/demux/DemuxDebugReader.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/demux/.deps/DemuxDebugReader.Tpo -c pwiz/analysis/demux/DemuxDebugReader.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/demux/.libs/DemuxDebugReader.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/demux/DemuxDebugReader.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/demux/.deps/DemuxDebugReader.Tpo -c pwiz/analysis/demux/DemuxDebugReader.cpp -o pwiz/analysis/demux/DemuxDebugReader.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/msdata/MSNumpress.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/MSNumpress.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/MSNumpress.lo pwiz/data/msdata/MSNumpress.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/MSNumpress.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/MSNumpress.lo pwiz/data/msdata/MSNumpress.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/MSNumpress.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/MSNumpress.Tpo -c pwiz/data/msdata/MSNumpress.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/msdata/.libs/MSNumpress.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/MSNumpress.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/MSNumpress.Tpo -c pwiz/data/msdata/MSNumpress.cpp -o pwiz/data/msdata/MSNumpress.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/msdata/examples.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/examples.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/examples.lo pwiz/data/msdata/examples.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/examples.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/examples.lo pwiz/data/msdata/examples.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/examples.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/examples.Tpo -c pwiz/data/msdata/examples.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/msdata/.libs/examples.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/examples.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/examples.Tpo -c pwiz/data/msdata/examples.cpp -o pwiz/data/msdata/examples.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_MZWindow.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_MZWindow.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_MZWindow.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_MZWindow.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_MZWindow.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_MZWindow.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_MZWindow.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_MZWindow.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/SpectrumList_MZWindow.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_MZWindow.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/SpectrumList_MZWindow.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_MZWindow.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/SpectrumList_MZWindow.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_MZWindow.cpp -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_MZWindow.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/demux/PrecursorMaskCodec.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/demux/PrecursorMaskCodec.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/demux/PrecursorMaskCodec.lo pwiz/analysis/demux/PrecursorMaskCodec.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/demux/PrecursorMaskCodec.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/demux/PrecursorMaskCodec.lo pwiz/analysis/demux/PrecursorMaskCodec.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/demux/PrecursorMaskCodec.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/demux/.deps/PrecursorMaskCodec.Tpo -c pwiz/analysis/demux/PrecursorMaskCodec.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/demux/.libs/PrecursorMaskCodec.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/demux/PrecursorMaskCodec.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/demux/.deps/PrecursorMaskCodec.Tpo -c pwiz/analysis/demux/PrecursorMaskCodec.cpp -o pwiz/analysis/demux/PrecursorMaskCodec.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/tradata/Diff.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/tradata/Diff.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/tradata/Diff.lo pwiz/data/tradata/Diff.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/tradata/Diff.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/tradata/Diff.lo pwiz/data/tradata/Diff.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/tradata/Diff.lo -MD -MP -MF pwiz/data/tradata/.deps/Diff.Tpo -c pwiz/data/tradata/Diff.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/tradata/.libs/Diff.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/tradata/Diff.lo -MD -MP -MF pwiz/data/tradata/.deps/Diff.Tpo -c pwiz/data/tradata/Diff.cpp -o pwiz/data/tradata/Diff.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Smoother.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Smoother.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Smoother.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Smoother.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Smoother.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Smoother.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Smoother.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Smoother.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/SpectrumList_Smoother.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Smoother.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/SpectrumList_Smoother.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Smoother.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/SpectrumList_Smoother.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Smoother.cpp -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Smoother.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/proteome/Digestion.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/Digestion.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/proteome/Digestion.lo pwiz/data/proteome/Digestion.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/Digestion.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/proteome/Digestion.lo pwiz/data/proteome/Digestion.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/Digestion.lo -MD -MP -MF pwiz/data/proteome/.deps/Digestion.Tpo -c pwiz/data/proteome/Digestion.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/proteome/.libs/Digestion.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/Digestion.lo -MD -MP -MF pwiz/data/proteome/.deps/Digestion.Tpo -c pwiz/data/proteome/Digestion.cpp -o pwiz/data/proteome/Digestion.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker.lo pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker.lo pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/Bruker/.deps/Reader_Bruker.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/vendor_readers/Bruker/.libs/Reader_Bruker.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/Bruker/.deps/Reader_Bruker.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker.cpp -o pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/msdata/ChromatogramList_mzML.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/ChromatogramList_mzML.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/ChromatogramList_mzML.lo pwiz/data/msdata/ChromatogramList_mzML.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/ChromatogramList_mzML.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/ChromatogramList_mzML.lo pwiz/data/msdata/ChromatogramList_mzML.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/ChromatogramList_mzML.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/ChromatogramList_mzML.Tpo -c pwiz/data/msdata/ChromatogramList_mzML.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/msdata/.libs/ChromatogramList_mzML.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/ChromatogramList_mzML.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/ChromatogramList_mzML.Tpo -c pwiz/data/msdata/ChromatogramList_mzML.cpp -o pwiz/data/msdata/ChromatogramList_mzML.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/misc/MinimumPepXML.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/misc/MinimumPepXML.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/misc/MinimumPepXML.lo pwiz/data/misc/MinimumPepXML.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/misc/MinimumPepXML.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/misc/MinimumPepXML.lo pwiz/data/misc/MinimumPepXML.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/misc/MinimumPepXML.lo -MD -MP -MF pwiz/data/misc/.deps/MinimumPepXML.Tpo -c pwiz/data/misc/MinimumPepXML.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/misc/.libs/MinimumPepXML.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/misc/MinimumPepXML.lo -MD -MP -MF pwiz/data/misc/.deps/MinimumPepXML.Tpo -c pwiz/data/misc/MinimumPepXML.cpp -o pwiz/data/misc/MinimumPepXML.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/utility/chemistry/IsotopeEnvelopeEstimator.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/chemistry/IsotopeEnvelopeEstimator.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/utility/chemistry/IsotopeEnvelopeEstimator.lo pwiz/utility/chemistry/IsotopeEnvelopeEstimator.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/chemistry/IsotopeEnvelopeEstimator.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/utility/chemistry/IsotopeEnvelopeEstimator.lo pwiz/utility/chemistry/IsotopeEnvelopeEstimator.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/chemistry/IsotopeEnvelopeEstimator.lo -MD -MP -MF pwiz/utility/chemistry/.deps/IsotopeEnvelopeEstimator.Tpo -c pwiz/utility/chemistry/IsotopeEnvelopeEstimator.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/utility/chemistry/.libs/IsotopeEnvelopeEstimator.o In file included from pwiz/utility/chemistry/IsotopeEnvelopeEstimator.hpp:30, @@ -1831,22 +1866,22 @@ | ^~~~~~~~ libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/chemistry/IsotopeEnvelopeEstimator.lo -MD -MP -MF pwiz/utility/chemistry/.deps/IsotopeEnvelopeEstimator.Tpo -c pwiz/utility/chemistry/IsotopeEnvelopeEstimator.cpp -o pwiz/utility/chemistry/IsotopeEnvelopeEstimator.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/common/SavitzkyGolaySmoother.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/common/SavitzkyGolaySmoother.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/common/SavitzkyGolaySmoother.lo pwiz/analysis/common/SavitzkyGolaySmoother.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/common/SavitzkyGolaySmoother.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/common/SavitzkyGolaySmoother.lo pwiz/analysis/common/SavitzkyGolaySmoother.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/common/SavitzkyGolaySmoother.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/common/.deps/SavitzkyGolaySmoother.Tpo -c pwiz/analysis/common/SavitzkyGolaySmoother.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/common/.libs/SavitzkyGolaySmoother.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/common/SavitzkyGolaySmoother.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/common/.deps/SavitzkyGolaySmoother.Tpo -c pwiz/analysis/common/SavitzkyGolaySmoother.cpp -o pwiz/analysis/common/SavitzkyGolaySmoother.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PrecursorRecalculator.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PrecursorRecalculator.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PrecursorRecalculator.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PrecursorRecalculator.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PrecursorRecalculator.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PrecursorRecalculator.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PrecursorRecalculator.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PrecursorRecalculator.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/SpectrumList_PrecursorRecalculator.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PrecursorRecalculator.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/SpectrumList_PrecursorRecalculator.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PrecursorRecalculator.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/SpectrumList_PrecursorRecalculator.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PrecursorRecalculator.cpp -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PrecursorRecalculator.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/proteome_processing/ProteinListFactory.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/proteome_processing/ProteinListFactory.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/proteome_processing/ProteinListFactory.lo pwiz/analysis/proteome_processing/ProteinListFactory.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/proteome_processing/ProteinListFactory.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/proteome_processing/ProteinListFactory.lo pwiz/analysis/proteome_processing/ProteinListFactory.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/proteome_processing/ProteinListFactory.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/proteome_processing/.deps/ProteinListFactory.Tpo -c pwiz/analysis/proteome_processing/ProteinListFactory.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/proteome_processing/.libs/ProteinListFactory.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/proteome_processing/ProteinListFactory.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/proteome_processing/.deps/ProteinListFactory.Tpo -c pwiz/analysis/proteome_processing/ProteinListFactory.cpp -o pwiz/analysis/proteome_processing/ProteinListFactory.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/utility/math/Stats.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/math/Stats.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/utility/math/Stats.lo pwiz/utility/math/Stats.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/math/Stats.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/utility/math/Stats.lo pwiz/utility/math/Stats.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/math/Stats.lo -MD -MP -MF pwiz/utility/math/.deps/Stats.Tpo -c pwiz/utility/math/Stats.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/utility/math/.libs/Stats.o In file included from pwiz/utility/math/Stats.cpp:26: @@ -1866,27 +1901,27 @@ | ^~~~~~~~ libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/math/Stats.lo -MD -MP -MF pwiz/utility/math/.deps/Stats.Tpo -c pwiz/utility/math/Stats.cpp -o pwiz/utility/math/Stats.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/passive/RegionAnalyzer.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/RegionAnalyzer.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/passive/RegionAnalyzer.lo pwiz/analysis/passive/RegionAnalyzer.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/RegionAnalyzer.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/passive/RegionAnalyzer.lo pwiz/analysis/passive/RegionAnalyzer.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/RegionAnalyzer.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/passive/.deps/RegionAnalyzer.Tpo -c pwiz/analysis/passive/RegionAnalyzer.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/passive/.libs/RegionAnalyzer.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/RegionAnalyzer.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/passive/.deps/RegionAnalyzer.Tpo -c pwiz/analysis/passive/RegionAnalyzer.cpp -o pwiz/analysis/passive/RegionAnalyzer.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/identdata/Serializer_Text.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/Serializer_Text.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/identdata/Serializer_Text.lo pwiz/data/identdata/Serializer_Text.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/Serializer_Text.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/identdata/Serializer_Text.lo pwiz/data/identdata/Serializer_Text.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/Serializer_Text.lo -MD -MP -MF pwiz/data/identdata/.deps/Serializer_Text.Tpo -c pwiz/data/identdata/Serializer_Text.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/identdata/.libs/Serializer_Text.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/Serializer_Text.lo -MD -MP -MF pwiz/data/identdata/.deps/Serializer_Text.Tpo -c pwiz/data/identdata/Serializer_Text.cpp -o pwiz/data/identdata/Serializer_Text.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/passive/RegionTIC.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/RegionTIC.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/passive/RegionTIC.lo pwiz/analysis/passive/RegionTIC.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/RegionTIC.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/passive/RegionTIC.lo pwiz/analysis/passive/RegionTIC.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/RegionTIC.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/passive/.deps/RegionTIC.Tpo -c pwiz/analysis/passive/RegionTIC.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/passive/.libs/RegionTIC.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/RegionTIC.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/passive/.deps/RegionTIC.Tpo -c pwiz/analysis/passive/RegionTIC.cpp -o pwiz/analysis/passive/RegionTIC.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/proteome/Serializer_FASTA.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/Serializer_FASTA.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/proteome/Serializer_FASTA.lo pwiz/data/proteome/Serializer_FASTA.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/Serializer_FASTA.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/proteome/Serializer_FASTA.lo pwiz/data/proteome/Serializer_FASTA.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/Serializer_FASTA.lo -MD -MP -MF pwiz/data/proteome/.deps/Serializer_FASTA.Tpo -c pwiz/data/proteome/Serializer_FASTA.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/proteome/.libs/Serializer_FASTA.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/Serializer_FASTA.lo -MD -MP -MF pwiz/data/proteome/.deps/Serializer_FASTA.Tpo -c pwiz/data/proteome/Serializer_FASTA.cpp -o pwiz/data/proteome/Serializer_FASTA.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/proteome/Modification.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/Modification.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/proteome/Modification.lo pwiz/data/proteome/Modification.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/Modification.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/proteome/Modification.lo pwiz/data/proteome/Modification.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/Modification.lo -MD -MP -MF pwiz/data/proteome/.deps/Modification.Tpo -c pwiz/data/proteome/Modification.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/proteome/.libs/Modification.o pwiz/data/proteome/Modification.cpp:89:5: warning: 'template class std::auto_ptr' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] @@ -1906,92 +1941,92 @@ | ^~~~~~~~ libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/Modification.lo -MD -MP -MF pwiz/data/proteome/.deps/Modification.Tpo -c pwiz/data/proteome/Modification.cpp -o pwiz/data/proteome/Modification.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ChargeStateCalculator.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ChargeStateCalculator.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ChargeStateCalculator.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ChargeStateCalculator.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ChargeStateCalculator.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ChargeStateCalculator.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ChargeStateCalculator.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ChargeStateCalculator.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/SpectrumList_ChargeStateCalculator.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ChargeStateCalculator.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/SpectrumList_ChargeStateCalculator.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ChargeStateCalculator.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/SpectrumList_ChargeStateCalculator.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ChargeStateCalculator.cpp -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ChargeStateCalculator.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/spectrum_processing/ThresholdFilter.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/ThresholdFilter.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/ThresholdFilter.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/ThresholdFilter.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/ThresholdFilter.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/ThresholdFilter.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/ThresholdFilter.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/ThresholdFilter.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/ThresholdFilter.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/ThresholdFilter.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/ThresholdFilter.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/ThresholdFilter.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/ThresholdFilter.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/ThresholdFilter.cpp -o pwiz/analysis/spectrum_processing/ThresholdFilter.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/misc/FrequencyDataTestData.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/misc/FrequencyDataTestData.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/misc/FrequencyDataTestData.lo pwiz/data/misc/FrequencyDataTestData.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/misc/FrequencyDataTestData.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/misc/FrequencyDataTestData.lo pwiz/data/misc/FrequencyDataTestData.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/misc/FrequencyDataTestData.lo -MD -MP -MF pwiz/data/misc/.deps/FrequencyDataTestData.Tpo -c pwiz/data/misc/FrequencyDataTestData.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/misc/.libs/FrequencyDataTestData.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/misc/FrequencyDataTestData.lo -MD -MP -MF pwiz/data/misc/.deps/FrequencyDataTestData.Tpo -c pwiz/data/misc/FrequencyDataTestData.cpp -o pwiz/data/misc/FrequencyDataTestData.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.lo pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.lo pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/SpectrumList_MGF.Tpo -c pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/msdata/.libs/SpectrumList_MGF.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/SpectrumList_MGF.Tpo -c pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.cpp -o pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/vendor_readers/Thermo/ChromatogramList_Thermo.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Thermo/ChromatogramList_Thermo.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/Thermo/ChromatogramList_Thermo.lo pwiz/data/vendor_readers/Thermo/ChromatogramList_Thermo.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Thermo/ChromatogramList_Thermo.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/Thermo/ChromatogramList_Thermo.lo pwiz/data/vendor_readers/Thermo/ChromatogramList_Thermo.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Thermo/ChromatogramList_Thermo.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/Thermo/.deps/ChromatogramList_Thermo.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/Thermo/ChromatogramList_Thermo.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/vendor_readers/Thermo/.libs/ChromatogramList_Thermo.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Thermo/ChromatogramList_Thermo.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/Thermo/.deps/ChromatogramList_Thermo.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/Thermo/ChromatogramList_Thermo.cpp -o pwiz/data/vendor_readers/Thermo/ChromatogramList_Thermo.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/identdata/Serializer_pepXML.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/Serializer_pepXML.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/identdata/Serializer_pepXML.lo pwiz/data/identdata/Serializer_pepXML.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/Serializer_pepXML.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/identdata/Serializer_pepXML.lo pwiz/data/identdata/Serializer_pepXML.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/Serializer_pepXML.lo -MD -MP -MF pwiz/data/identdata/.deps/Serializer_pepXML.Tpo -c pwiz/data/identdata/Serializer_pepXML.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/identdata/.libs/Serializer_pepXML.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/Serializer_pepXML.lo -MD -MP -MF pwiz/data/identdata/.deps/Serializer_pepXML.Tpo -c pwiz/data/identdata/Serializer_pepXML.cpp -o pwiz/data/identdata/Serializer_pepXML.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/peakdetect/MZRTField.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/MZRTField.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/peakdetect/MZRTField.lo pwiz/analysis/peakdetect/MZRTField.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/MZRTField.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/peakdetect/MZRTField.lo pwiz/analysis/peakdetect/MZRTField.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/MZRTField.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/peakdetect/.deps/MZRTField.Tpo -c pwiz/analysis/peakdetect/MZRTField.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/peakdetect/.libs/MZRTField.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/MZRTField.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/peakdetect/.deps/MZRTField.Tpo -c pwiz/analysis/peakdetect/MZRTField.cpp -o pwiz/analysis/peakdetect/MZRTField.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/proteome/Diff.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/Diff.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/proteome/Diff.lo pwiz/data/proteome/Diff.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/Diff.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/proteome/Diff.lo pwiz/data/proteome/Diff.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/Diff.lo -MD -MP -MF pwiz/data/proteome/.deps/Diff.Tpo -c pwiz/data/proteome/Diff.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/proteome/.libs/Diff.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/Diff.lo -MD -MP -MF pwiz/data/proteome/.deps/Diff.Tpo -c pwiz/data/proteome/Diff.cpp -o pwiz/data/proteome/Diff.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/utility/chemistry/Chemistry.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/chemistry/Chemistry.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/utility/chemistry/Chemistry.lo pwiz/utility/chemistry/Chemistry.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/chemistry/Chemistry.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/utility/chemistry/Chemistry.lo pwiz/utility/chemistry/Chemistry.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/chemistry/Chemistry.lo -MD -MP -MF pwiz/utility/chemistry/.deps/Chemistry.Tpo -c pwiz/utility/chemistry/Chemistry.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/utility/chemistry/.libs/Chemistry.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/chemistry/Chemistry.lo -MD -MP -MF pwiz/utility/chemistry/.deps/Chemistry.Tpo -c pwiz/utility/chemistry/Chemistry.cpp -o pwiz/utility/chemistry/Chemistry.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/identdata/Diff.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/Diff.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/identdata/Diff.lo pwiz/data/identdata/Diff.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/Diff.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/identdata/Diff.lo pwiz/data/identdata/Diff.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/Diff.lo -MD -MP -MF pwiz/data/identdata/.deps/Diff.Tpo -c pwiz/data/identdata/Diff.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/identdata/.libs/Diff.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/Diff.lo -MD -MP -MF pwiz/data/identdata/.deps/Diff.Tpo -c pwiz/data/identdata/Diff.cpp -o pwiz/data/identdata/Diff.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Filter.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Filter.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Filter.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Filter.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Filter.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Filter.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Filter.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Filter.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/SpectrumList_Filter.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Filter.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/SpectrumList_Filter.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Filter.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/SpectrumList_Filter.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Filter.cpp -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Filter.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/proteome/ProteinListCache.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/ProteinListCache.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/proteome/ProteinListCache.lo pwiz/data/proteome/ProteinListCache.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/ProteinListCache.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/proteome/ProteinListCache.lo pwiz/data/proteome/ProteinListCache.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/ProteinListCache.lo -MD -MP -MF pwiz/data/proteome/.deps/ProteinListCache.Tpo -c pwiz/data/proteome/ProteinListCache.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/proteome/.libs/ProteinListCache.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/ProteinListCache.lo -MD -MP -MF pwiz/data/proteome/.deps/ProteinListCache.Tpo -c pwiz/data/proteome/ProteinListCache.cpp -o pwiz/data/proteome/ProteinListCache.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/peakdetect/Noise.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/Noise.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/peakdetect/Noise.lo pwiz/analysis/peakdetect/Noise.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/Noise.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/peakdetect/Noise.lo pwiz/analysis/peakdetect/Noise.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/Noise.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/peakdetect/.deps/Noise.Tpo -c pwiz/analysis/peakdetect/Noise.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/peakdetect/.libs/Noise.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/Noise.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/peakdetect/.deps/Noise.Tpo -c pwiz/analysis/peakdetect/Noise.cpp -o pwiz/analysis/peakdetect/Noise.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/tradata/Version.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/tradata/Version.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/tradata/Version.lo pwiz/data/tradata/Version.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/tradata/Version.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/tradata/Version.lo pwiz/data/tradata/Version.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/tradata/Version.lo -MD -MP -MF pwiz/data/tradata/.deps/Version.Tpo -c pwiz/data/tradata/Version.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/tradata/.libs/Version.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/tradata/Version.lo -MD -MP -MF pwiz/data/tradata/.deps/Version.Tpo -c pwiz/data/tradata/Version.cpp -o pwiz/data/tradata/Version.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/utility/chemistry/ChemistryData.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/chemistry/ChemistryData.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/utility/chemistry/ChemistryData.lo pwiz/utility/chemistry/ChemistryData.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/chemistry/ChemistryData.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/utility/chemistry/ChemistryData.lo pwiz/utility/chemistry/ChemistryData.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/chemistry/ChemistryData.lo -MD -MP -MF pwiz/utility/chemistry/.deps/ChemistryData.Tpo -c pwiz/utility/chemistry/ChemistryData.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/utility/chemistry/.libs/ChemistryData.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/chemistry/ChemistryData.lo -MD -MP -MF pwiz/utility/chemistry/.deps/ChemistryData.Tpo -c pwiz/utility/chemistry/ChemistryData.cpp -o pwiz/utility/chemistry/ChemistryData.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo libraries/CSpline/CSpline.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT libraries/CSpline/CSpline.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o libraries/CSpline/CSpline.lo libraries/CSpline/CSpline.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT libraries/CSpline/CSpline.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o libraries/CSpline/CSpline.lo libraries/CSpline/CSpline.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT libraries/CSpline/CSpline.lo -MD -MP -MF libraries/CSpline/.deps/CSpline.Tpo -c libraries/CSpline/CSpline.cpp -fPIC -DPIC -o libraries/CSpline/.libs/CSpline.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT libraries/CSpline/CSpline.lo -MD -MP -MF libraries/CSpline/.deps/CSpline.Tpo -c libraries/CSpline/CSpline.cpp -o libraries/CSpline/CSpline.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/msdata/Index_mzML.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/Index_mzML.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/Index_mzML.lo pwiz/data/msdata/Index_mzML.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/Index_mzML.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/Index_mzML.lo pwiz/data/msdata/Index_mzML.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/Index_mzML.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/Index_mzML.Tpo -c pwiz/data/msdata/Index_mzML.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/msdata/.libs/Index_mzML.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/Index_mzML.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/Index_mzML.Tpo -c pwiz/data/msdata/Index_mzML.cpp -o pwiz/data/msdata/Index_mzML.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/frequency/ParameterEstimator.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/frequency/ParameterEstimator.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/frequency/ParameterEstimator.lo pwiz/analysis/frequency/ParameterEstimator.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/frequency/ParameterEstimator.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/frequency/ParameterEstimator.lo pwiz/analysis/frequency/ParameterEstimator.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/frequency/ParameterEstimator.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/frequency/.deps/ParameterEstimator.Tpo -c pwiz/analysis/frequency/ParameterEstimator.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/frequency/.libs/ParameterEstimator.o In file included from pwiz/analysis/frequency/ParameterEstimator.cpp:24: @@ -2037,7 +2072,7 @@ | ^~~~~~~~ libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/frequency/ParameterEstimator.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/frequency/.deps/ParameterEstimator.Tpo -c pwiz/analysis/frequency/ParameterEstimator.cpp -o pwiz/analysis/frequency/ParameterEstimator.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/frequency/FrequencyEstimatorSimple.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/frequency/FrequencyEstimatorSimple.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/frequency/FrequencyEstimatorSimple.lo pwiz/analysis/frequency/FrequencyEstimatorSimple.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/frequency/FrequencyEstimatorSimple.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/frequency/FrequencyEstimatorSimple.lo pwiz/analysis/frequency/FrequencyEstimatorSimple.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/frequency/FrequencyEstimatorSimple.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/frequency/.deps/FrequencyEstimatorSimple.Tpo -c pwiz/analysis/frequency/FrequencyEstimatorSimple.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/frequency/.libs/FrequencyEstimatorSimple.o In file included from pwiz/analysis/frequency/FrequencyEstimator.hpp:29, @@ -2103,17 +2138,17 @@ | ^~~~~~~~ libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/frequency/FrequencyEstimatorSimple.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/frequency/.deps/FrequencyEstimatorSimple.Tpo -c pwiz/analysis/frequency/FrequencyEstimatorSimple.cpp -o pwiz/analysis/frequency/FrequencyEstimatorSimple.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_Filter.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_Filter.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_Filter.lo pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_Filter.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_Filter.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_Filter.lo pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_Filter.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_Filter.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/chromatogram_processing/.deps/ChromatogramList_Filter.Tpo -c pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_Filter.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/chromatogram_processing/.libs/ChromatogramList_Filter.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_Filter.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/chromatogram_processing/.deps/ChromatogramList_Filter.Tpo -c pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_Filter.cpp -o pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_Filter.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/passive/PepXMLCat.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/PepXMLCat.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/passive/PepXMLCat.lo pwiz/analysis/passive/PepXMLCat.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/PepXMLCat.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/passive/PepXMLCat.lo pwiz/analysis/passive/PepXMLCat.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/PepXMLCat.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/passive/.deps/PepXMLCat.Tpo -c pwiz/analysis/passive/PepXMLCat.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/passive/.libs/PepXMLCat.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/PepXMLCat.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/passive/.deps/PepXMLCat.Tpo -c pwiz/analysis/passive/PepXMLCat.cpp -o pwiz/analysis/passive/PepXMLCat.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/peakdetect/FeatureDetectorPeakel.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/FeatureDetectorPeakel.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/peakdetect/FeatureDetectorPeakel.lo pwiz/analysis/peakdetect/FeatureDetectorPeakel.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/FeatureDetectorPeakel.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/peakdetect/FeatureDetectorPeakel.lo pwiz/analysis/peakdetect/FeatureDetectorPeakel.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/FeatureDetectorPeakel.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/peakdetect/.deps/FeatureDetectorPeakel.Tpo -c pwiz/analysis/peakdetect/FeatureDetectorPeakel.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/peakdetect/.libs/FeatureDetectorPeakel.o In file included from pwiz/analysis/peakdetect/FeatureDetector.hpp:27, @@ -2129,37 +2164,37 @@ pwiz/analysis/peakdetect/MZRTField.hpp:94:8: warning: 'pwiz::analysis::MZRTField' has a base 'std::set, pwiz::analysis::{anonymous}::LessThan_MZRT, std::allocator > >' whose type uses the anonymous namespace [-Wsubobject-linkage] libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/FeatureDetectorPeakel.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/peakdetect/.deps/FeatureDetectorPeakel.Tpo -c pwiz/analysis/peakdetect/FeatureDetectorPeakel.cpp -o pwiz/analysis/peakdetect/FeatureDetectorPeakel.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/spectrum_processing/MS2Deisotoper.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/MS2Deisotoper.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/MS2Deisotoper.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/MS2Deisotoper.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/MS2Deisotoper.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/MS2Deisotoper.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/MS2Deisotoper.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/MS2Deisotoper.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/MS2Deisotoper.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/MS2Deisotoper.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/MS2Deisotoper.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/MS2Deisotoper.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/MS2Deisotoper.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/MS2Deisotoper.cpp -o pwiz/analysis/spectrum_processing/MS2Deisotoper.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_MetadataFixer.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_MetadataFixer.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_MetadataFixer.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_MetadataFixer.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_MetadataFixer.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_MetadataFixer.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_MetadataFixer.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_MetadataFixer.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/SpectrumList_MetadataFixer.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_MetadataFixer.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/SpectrumList_MetadataFixer.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_MetadataFixer.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/SpectrumList_MetadataFixer.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_MetadataFixer.cpp -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_MetadataFixer.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/vendor_readers/Waters/Reader_Waters.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Waters/Reader_Waters.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/Waters/Reader_Waters.lo pwiz/data/vendor_readers/Waters/Reader_Waters.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Waters/Reader_Waters.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/Waters/Reader_Waters.lo pwiz/data/vendor_readers/Waters/Reader_Waters.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Waters/Reader_Waters.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/Waters/.deps/Reader_Waters.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/Waters/Reader_Waters.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/vendor_readers/Waters/.libs/Reader_Waters.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Waters/Reader_Waters.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/Waters/.deps/Reader_Waters.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/Waters/Reader_Waters.cpp -o pwiz/data/vendor_readers/Waters/Reader_Waters.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/msdata/SpectrumInfo.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/SpectrumInfo.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/SpectrumInfo.lo pwiz/data/msdata/SpectrumInfo.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/SpectrumInfo.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/SpectrumInfo.lo pwiz/data/msdata/SpectrumInfo.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/SpectrumInfo.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/SpectrumInfo.Tpo -c pwiz/data/msdata/SpectrumInfo.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/msdata/.libs/SpectrumInfo.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/SpectrumInfo.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/SpectrumInfo.Tpo -c pwiz/data/msdata/SpectrumInfo.cpp -o pwiz/data/msdata/SpectrumInfo.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/peptideid/PeptideID_flat.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peptideid/PeptideID_flat.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/peptideid/PeptideID_flat.lo pwiz/analysis/peptideid/PeptideID_flat.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peptideid/PeptideID_flat.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/peptideid/PeptideID_flat.lo pwiz/analysis/peptideid/PeptideID_flat.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peptideid/PeptideID_flat.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/peptideid/.deps/PeptideID_flat.Tpo -c pwiz/analysis/peptideid/PeptideID_flat.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/peptideid/.libs/PeptideID_flat.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peptideid/PeptideID_flat.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/peptideid/.deps/PeptideID_flat.Tpo -c pwiz/analysis/peptideid/PeptideID_flat.cpp -o pwiz/analysis/peptideid/PeptideID_flat.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/identdata/examples.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/examples.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/identdata/examples.lo pwiz/data/identdata/examples.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/examples.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/identdata/examples.lo pwiz/data/identdata/examples.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/examples.lo -MD -MP -MF pwiz/data/identdata/.deps/examples.Tpo -c pwiz/data/identdata/examples.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/identdata/.libs/examples.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/examples.lo -MD -MP -MF pwiz/data/identdata/.deps/examples.Tpo -c pwiz/data/identdata/examples.cpp -o pwiz/data/identdata/examples.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/frequency/FrequencyEstimatorPhysicalModel.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/frequency/FrequencyEstimatorPhysicalModel.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/frequency/FrequencyEstimatorPhysicalModel.lo pwiz/analysis/frequency/FrequencyEstimatorPhysicalModel.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/frequency/FrequencyEstimatorPhysicalModel.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/frequency/FrequencyEstimatorPhysicalModel.lo pwiz/analysis/frequency/FrequencyEstimatorPhysicalModel.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/frequency/FrequencyEstimatorPhysicalModel.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/frequency/.deps/FrequencyEstimatorPhysicalModel.Tpo -c pwiz/analysis/frequency/FrequencyEstimatorPhysicalModel.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/frequency/.libs/FrequencyEstimatorPhysicalModel.o In file included from pwiz/analysis/frequency/FrequencyEstimator.hpp:29, @@ -2255,117 +2290,117 @@ | ^~~~~~~~ libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/frequency/FrequencyEstimatorPhysicalModel.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/frequency/.deps/FrequencyEstimatorPhysicalModel.Tpo -c pwiz/analysis/frequency/FrequencyEstimatorPhysicalModel.cpp -o pwiz/analysis/frequency/FrequencyEstimatorPhysicalModel.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/utility/misc/IntegerSet.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/misc/IntegerSet.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/utility/misc/IntegerSet.lo pwiz/utility/misc/IntegerSet.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/misc/IntegerSet.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/utility/misc/IntegerSet.lo pwiz/utility/misc/IntegerSet.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/misc/IntegerSet.lo -MD -MP -MF pwiz/utility/misc/.deps/IntegerSet.Tpo -c pwiz/utility/misc/IntegerSet.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/utility/misc/.libs/IntegerSet.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/misc/IntegerSet.lo -MD -MP -MF pwiz/utility/misc/.deps/IntegerSet.Tpo -c pwiz/utility/misc/IntegerSet.cpp -o pwiz/utility/misc/IntegerSet.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_SavitzkyGolaySmoother.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_SavitzkyGolaySmoother.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_SavitzkyGolaySmoother.lo pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_SavitzkyGolaySmoother.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_SavitzkyGolaySmoother.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_SavitzkyGolaySmoother.lo pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_SavitzkyGolaySmoother.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_SavitzkyGolaySmoother.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/chromatogram_processing/.deps/ChromatogramList_SavitzkyGolaySmoother.Tpo -c pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_SavitzkyGolaySmoother.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/chromatogram_processing/.libs/ChromatogramList_SavitzkyGolaySmoother.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_SavitzkyGolaySmoother.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/chromatogram_processing/.deps/ChromatogramList_SavitzkyGolaySmoother.Tpo -c pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_SavitzkyGolaySmoother.cpp -o pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_SavitzkyGolaySmoother.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/demux/MSXDemultiplexer.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/demux/MSXDemultiplexer.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/demux/MSXDemultiplexer.lo pwiz/analysis/demux/MSXDemultiplexer.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/demux/MSXDemultiplexer.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/demux/MSXDemultiplexer.lo pwiz/analysis/demux/MSXDemultiplexer.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/demux/MSXDemultiplexer.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/demux/.deps/MSXDemultiplexer.Tpo -c pwiz/analysis/demux/MSXDemultiplexer.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/demux/.libs/MSXDemultiplexer.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/demux/MSXDemultiplexer.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/demux/.deps/MSXDemultiplexer.Tpo -c pwiz/analysis/demux/MSXDemultiplexer.cpp -o pwiz/analysis/demux/MSXDemultiplexer.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/Version.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/Version.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/Version.lo pwiz/analysis/Version.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/Version.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/Version.lo pwiz/analysis/Version.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/Version.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/.deps/Version.Tpo -c pwiz/analysis/Version.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/.libs/Version.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/Version.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/.deps/Version.Tpo -c pwiz/analysis/Version.cpp -o pwiz/analysis/Version.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/common/MemoryIndex.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/common/MemoryIndex.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/common/MemoryIndex.lo pwiz/data/common/MemoryIndex.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/common/MemoryIndex.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/common/MemoryIndex.lo pwiz/data/common/MemoryIndex.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/common/MemoryIndex.lo -MD -MP -MF pwiz/data/common/.deps/MemoryIndex.Tpo -c pwiz/data/common/MemoryIndex.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/common/.libs/MemoryIndex.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/common/MemoryIndex.lo -MD -MP -MF pwiz/data/common/.deps/MemoryIndex.Tpo -c pwiz/data/common/MemoryIndex.cpp -o pwiz/data/common/MemoryIndex.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/spectrum_processing/PrecursorMassFilter.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/PrecursorMassFilter.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/PrecursorMassFilter.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/PrecursorMassFilter.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/PrecursorMassFilter.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/PrecursorMassFilter.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/PrecursorMassFilter.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/PrecursorMassFilter.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/PrecursorMassFilter.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/PrecursorMassFilter.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/PrecursorMassFilter.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/PrecursorMassFilter.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/PrecursorMassFilter.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/PrecursorMassFilter.cpp -o pwiz/analysis/spectrum_processing/PrecursorMassFilter.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/vendor_readers/Thermo/Reader_Thermo.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Thermo/Reader_Thermo.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/Thermo/Reader_Thermo.lo pwiz/data/vendor_readers/Thermo/Reader_Thermo.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Thermo/Reader_Thermo.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/Thermo/Reader_Thermo.lo pwiz/data/vendor_readers/Thermo/Reader_Thermo.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Thermo/Reader_Thermo.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/Thermo/.deps/Reader_Thermo.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/Thermo/Reader_Thermo.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/vendor_readers/Thermo/.libs/Reader_Thermo.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Thermo/Reader_Thermo.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/Thermo/.deps/Reader_Thermo.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/Thermo/Reader_Thermo.cpp -o pwiz/data/vendor_readers/Thermo/Reader_Thermo.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/utility/misc/SHA1Calculator.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/misc/SHA1Calculator.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/utility/misc/SHA1Calculator.lo pwiz/utility/misc/SHA1Calculator.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/misc/SHA1Calculator.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/utility/misc/SHA1Calculator.lo pwiz/utility/misc/SHA1Calculator.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/misc/SHA1Calculator.lo -MD -MP -MF pwiz/utility/misc/.deps/SHA1Calculator.Tpo -c pwiz/utility/misc/SHA1Calculator.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/utility/misc/.libs/SHA1Calculator.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/misc/SHA1Calculator.lo -MD -MP -MF pwiz/utility/misc/.deps/SHA1Calculator.Tpo -c pwiz/utility/misc/SHA1Calculator.cpp -o pwiz/utility/misc/SHA1Calculator.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/peakdetect/PeakFamilyDetector.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/PeakFamilyDetector.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/peakdetect/PeakFamilyDetector.lo pwiz/analysis/peakdetect/PeakFamilyDetector.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/PeakFamilyDetector.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/peakdetect/PeakFamilyDetector.lo pwiz/analysis/peakdetect/PeakFamilyDetector.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/PeakFamilyDetector.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/peakdetect/.deps/PeakFamilyDetector.Tpo -c pwiz/analysis/peakdetect/PeakFamilyDetector.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/peakdetect/.libs/PeakFamilyDetector.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/PeakFamilyDetector.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/peakdetect/.deps/PeakFamilyDetector.Tpo -c pwiz/analysis/peakdetect/PeakFamilyDetector.cpp -o pwiz/analysis/peakdetect/PeakFamilyDetector.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/peakdetect/PeakFamilyDetectorFTTestData.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/PeakFamilyDetectorFTTestData.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/peakdetect/PeakFamilyDetectorFTTestData.lo pwiz/analysis/peakdetect/PeakFamilyDetectorFTTestData.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/PeakFamilyDetectorFTTestData.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/peakdetect/PeakFamilyDetectorFTTestData.lo pwiz/analysis/peakdetect/PeakFamilyDetectorFTTestData.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/PeakFamilyDetectorFTTestData.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/peakdetect/.deps/PeakFamilyDetectorFTTestData.Tpo -c pwiz/analysis/peakdetect/PeakFamilyDetectorFTTestData.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/peakdetect/.libs/PeakFamilyDetectorFTTestData.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/PeakFamilyDetectorFTTestData.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/peakdetect/.deps/PeakFamilyDetectorFTTestData.Tpo -c pwiz/analysis/peakdetect/PeakFamilyDetectorFTTestData.cpp -o pwiz/analysis/peakdetect/PeakFamilyDetectorFTTestData.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/identdata/DelimReader.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/DelimReader.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/identdata/DelimReader.lo pwiz/data/identdata/DelimReader.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/DelimReader.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/identdata/DelimReader.lo pwiz/data/identdata/DelimReader.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/DelimReader.lo -MD -MP -MF pwiz/data/identdata/.deps/DelimReader.Tpo -c pwiz/data/identdata/DelimReader.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/identdata/.libs/DelimReader.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/DelimReader.lo -MD -MP -MF pwiz/data/identdata/.deps/DelimReader.Tpo -c pwiz/data/identdata/DelimReader.cpp -o pwiz/data/identdata/DelimReader.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/msdata/References.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/References.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/References.lo pwiz/data/msdata/References.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/References.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/References.lo pwiz/data/msdata/References.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/References.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/References.Tpo -c pwiz/data/msdata/References.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/msdata/.libs/References.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/References.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/References.Tpo -c pwiz/data/msdata/References.cpp -o pwiz/data/msdata/References.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/passive/MetadataReporter.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/MetadataReporter.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/passive/MetadataReporter.lo pwiz/analysis/passive/MetadataReporter.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/MetadataReporter.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/passive/MetadataReporter.lo pwiz/analysis/passive/MetadataReporter.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/MetadataReporter.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/passive/.deps/MetadataReporter.Tpo -c pwiz/analysis/passive/MetadataReporter.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/passive/.libs/MetadataReporter.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/MetadataReporter.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/passive/.deps/MetadataReporter.Tpo -c pwiz/analysis/passive/MetadataReporter.cpp -o pwiz/analysis/passive/MetadataReporter.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumListFactory.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumListFactory.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumListFactory.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumListFactory.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumListFactory.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumListFactory.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumListFactory.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumListFactory.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/SpectrumListFactory.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumListFactory.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/SpectrumListFactory.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumListFactory.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/SpectrumListFactory.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumListFactory.cpp -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumListFactory.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/proteome_processing/ProteinList_Filter.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/proteome_processing/ProteinList_Filter.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/proteome_processing/ProteinList_Filter.lo pwiz/analysis/proteome_processing/ProteinList_Filter.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/proteome_processing/ProteinList_Filter.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/proteome_processing/ProteinList_Filter.lo pwiz/analysis/proteome_processing/ProteinList_Filter.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/proteome_processing/ProteinList_Filter.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/proteome_processing/.deps/ProteinList_Filter.Tpo -c pwiz/analysis/proteome_processing/ProteinList_Filter.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/proteome_processing/.libs/ProteinList_Filter.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/proteome_processing/ProteinList_Filter.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/proteome_processing/.deps/ProteinList_Filter.Tpo -c pwiz/analysis/proteome_processing/ProteinList_Filter.cpp -o pwiz/analysis/proteome_processing/ProteinList_Filter.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/vendor_readers/ABI/SpectrumList_ABI.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/ABI/SpectrumList_ABI.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/ABI/SpectrumList_ABI.lo pwiz/data/vendor_readers/ABI/SpectrumList_ABI.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/ABI/SpectrumList_ABI.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/ABI/SpectrumList_ABI.lo pwiz/data/vendor_readers/ABI/SpectrumList_ABI.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/ABI/SpectrumList_ABI.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/ABI/.deps/SpectrumList_ABI.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/ABI/SpectrumList_ABI.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/vendor_readers/ABI/.libs/SpectrumList_ABI.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/ABI/SpectrumList_ABI.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/ABI/.deps/SpectrumList_ABI.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/ABI/SpectrumList_ABI.cpp -o pwiz/data/vendor_readers/ABI/SpectrumList_ABI.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/passive/MSDataCache.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/MSDataCache.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/passive/MSDataCache.lo pwiz/analysis/passive/MSDataCache.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/MSDataCache.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/passive/MSDataCache.lo pwiz/analysis/passive/MSDataCache.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/MSDataCache.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/passive/.deps/MSDataCache.Tpo -c pwiz/analysis/passive/MSDataCache.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/passive/.libs/MSDataCache.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/MSDataCache.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/passive/.deps/MSDataCache.Tpo -c pwiz/analysis/passive/MSDataCache.cpp -o pwiz/analysis/passive/MSDataCache.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/passive/SpectrumTable.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/SpectrumTable.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/passive/SpectrumTable.lo pwiz/analysis/passive/SpectrumTable.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/SpectrumTable.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/passive/SpectrumTable.lo pwiz/analysis/passive/SpectrumTable.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/SpectrumTable.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/passive/.deps/SpectrumTable.Tpo -c pwiz/analysis/passive/SpectrumTable.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/passive/.libs/SpectrumTable.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/SpectrumTable.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/passive/.deps/SpectrumTable.Tpo -c pwiz/analysis/passive/SpectrumTable.cpp -o pwiz/analysis/passive/SpectrumTable.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/vendor_readers/UIMF/Reader_UIMF.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/UIMF/Reader_UIMF.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/UIMF/Reader_UIMF.lo pwiz/data/vendor_readers/UIMF/Reader_UIMF.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/UIMF/Reader_UIMF.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/UIMF/Reader_UIMF.lo pwiz/data/vendor_readers/UIMF/Reader_UIMF.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/UIMF/Reader_UIMF.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/UIMF/.deps/Reader_UIMF.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/UIMF/Reader_UIMF.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/vendor_readers/UIMF/.libs/Reader_UIMF.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/UIMF/Reader_UIMF.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/UIMF/.deps/Reader_UIMF.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/UIMF/Reader_UIMF.cpp -o pwiz/data/vendor_readers/UIMF/Reader_UIMF.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/peakdetect/PeakFinder.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/PeakFinder.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/peakdetect/PeakFinder.lo pwiz/analysis/peakdetect/PeakFinder.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/PeakFinder.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/peakdetect/PeakFinder.lo pwiz/analysis/peakdetect/PeakFinder.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/PeakFinder.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/peakdetect/.deps/PeakFinder.Tpo -c pwiz/analysis/peakdetect/PeakFinder.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/peakdetect/.libs/PeakFinder.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/PeakFinder.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/peakdetect/.deps/PeakFinder.Tpo -c pwiz/analysis/peakdetect/PeakFinder.cpp -o pwiz/analysis/peakdetect/PeakFinder.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/proteome/examples.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/examples.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/proteome/examples.lo pwiz/data/proteome/examples.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/examples.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/proteome/examples.lo pwiz/data/proteome/examples.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/examples.lo -MD -MP -MF pwiz/data/proteome/.deps/examples.Tpo -c pwiz/data/proteome/examples.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/proteome/.libs/examples.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/examples.lo -MD -MP -MF pwiz/data/proteome/.deps/examples.Tpo -c pwiz/data/proteome/examples.cpp -o pwiz/data/proteome/examples.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/msdata/MSData.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/MSData.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/MSData.lo pwiz/data/msdata/MSData.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/MSData.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/MSData.lo pwiz/data/msdata/MSData.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/MSData.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/MSData.Tpo -c pwiz/data/msdata/MSData.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/msdata/.libs/MSData.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/MSData.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/MSData.Tpo -c pwiz/data/msdata/MSData.cpp -o pwiz/data/msdata/MSData.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/utility/chemistry/IsotopeCalculator.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/chemistry/IsotopeCalculator.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/utility/chemistry/IsotopeCalculator.lo pwiz/utility/chemistry/IsotopeCalculator.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/chemistry/IsotopeCalculator.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/utility/chemistry/IsotopeCalculator.lo pwiz/utility/chemistry/IsotopeCalculator.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/chemistry/IsotopeCalculator.lo -MD -MP -MF pwiz/utility/chemistry/.deps/IsotopeCalculator.Tpo -c pwiz/utility/chemistry/IsotopeCalculator.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/utility/chemistry/.libs/IsotopeCalculator.o In file included from pwiz/utility/chemistry/IsotopeCalculator.cpp:26: @@ -2400,12 +2435,12 @@ | ^~~~~~~~ libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/chemistry/IsotopeCalculator.lo -MD -MP -MF pwiz/utility/chemistry/.deps/IsotopeCalculator.Tpo -c pwiz/utility/chemistry/IsotopeCalculator.cpp -o pwiz/utility/chemistry/IsotopeCalculator.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/vendor_readers/ExtendedReaderList.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/ExtendedReaderList.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/ExtendedReaderList.lo pwiz/data/vendor_readers/ExtendedReaderList.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/ExtendedReaderList.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/ExtendedReaderList.lo pwiz/data/vendor_readers/ExtendedReaderList.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/ExtendedReaderList.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/.deps/ExtendedReaderList.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/ExtendedReaderList.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/vendor_readers/.libs/ExtendedReaderList.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/ExtendedReaderList.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/.deps/ExtendedReaderList.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/ExtendedReaderList.cpp -o pwiz/data/vendor_readers/ExtendedReaderList.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorNaive.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorNaive.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorNaive.lo pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorNaive.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorNaive.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorNaive.lo pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorNaive.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorNaive.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/frequency/.deps/PeakDetectorNaive.Tpo -c pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorNaive.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/frequency/.libs/PeakDetectorNaive.o In file included from pwiz/analysis/frequency/PeakDetector.hpp:29, @@ -2471,12 +2506,12 @@ | ^~~~~~~~ libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorNaive.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/frequency/.deps/PeakDetectorNaive.Tpo -c pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorNaive.cpp -o pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorNaive.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/proteome/Reader.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/Reader.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/proteome/Reader.lo pwiz/data/proteome/Reader.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/Reader.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/proteome/Reader.lo pwiz/data/proteome/Reader.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/Reader.lo -MD -MP -MF pwiz/data/proteome/.deps/Reader.Tpo -c pwiz/data/proteome/Reader.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/proteome/.libs/Reader.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/Reader.lo -MD -MP -MF pwiz/data/proteome/.deps/Reader.Tpo -c pwiz/data/proteome/Reader.cpp -o pwiz/data/proteome/Reader.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/misc/FrequencyData.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/misc/FrequencyData.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/misc/FrequencyData.lo pwiz/data/misc/FrequencyData.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/misc/FrequencyData.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/misc/FrequencyData.lo pwiz/data/misc/FrequencyData.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/misc/FrequencyData.lo -MD -MP -MF pwiz/data/misc/.deps/FrequencyData.Tpo -c pwiz/data/misc/FrequencyData.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/misc/.libs/FrequencyData.o In file included from pwiz/data/misc/FrequencyData.cpp:26: @@ -2494,92 +2529,92 @@ | ^~~~~~~~ libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/misc/FrequencyData.lo -MD -MP -MF pwiz/data/misc/.deps/FrequencyData.Tpo -c pwiz/data/misc/FrequencyData.cpp -o pwiz/data/misc/FrequencyData.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ZeroSamplesFilter.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ZeroSamplesFilter.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ZeroSamplesFilter.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ZeroSamplesFilter.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ZeroSamplesFilter.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ZeroSamplesFilter.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ZeroSamplesFilter.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ZeroSamplesFilter.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/SpectrumList_ZeroSamplesFilter.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ZeroSamplesFilter.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/SpectrumList_ZeroSamplesFilter.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ZeroSamplesFilter.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/SpectrumList_ZeroSamplesFilter.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ZeroSamplesFilter.cpp -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ZeroSamplesFilter.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/utility/misc/BinaryData.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/misc/BinaryData.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/utility/misc/BinaryData.lo pwiz/utility/misc/BinaryData.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/misc/BinaryData.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/utility/misc/BinaryData.lo pwiz/utility/misc/BinaryData.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/misc/BinaryData.lo -MD -MP -MF pwiz/utility/misc/.deps/BinaryData.Tpo -c pwiz/utility/misc/BinaryData.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/utility/misc/.libs/BinaryData.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/misc/BinaryData.lo -MD -MP -MF pwiz/utility/misc/.deps/BinaryData.Tpo -c pwiz/utility/misc/BinaryData.cpp -o pwiz/utility/misc/BinaryData.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/identdata/Serializer_protXML.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/Serializer_protXML.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/identdata/Serializer_protXML.lo pwiz/data/identdata/Serializer_protXML.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/Serializer_protXML.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/identdata/Serializer_protXML.lo pwiz/data/identdata/Serializer_protXML.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/Serializer_protXML.lo -MD -MP -MF pwiz/data/identdata/.deps/Serializer_protXML.Tpo -c pwiz/data/identdata/Serializer_protXML.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/identdata/.libs/Serializer_protXML.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/Serializer_protXML.lo -MD -MP -MF pwiz/data/identdata/.deps/Serializer_protXML.Tpo -c pwiz/data/identdata/Serializer_protXML.cpp -o pwiz/data/identdata/Serializer_protXML.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/utility/chemistry/MZTolerance.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/chemistry/MZTolerance.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/utility/chemistry/MZTolerance.lo pwiz/utility/chemistry/MZTolerance.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/chemistry/MZTolerance.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/utility/chemistry/MZTolerance.lo pwiz/utility/chemistry/MZTolerance.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/chemistry/MZTolerance.lo -MD -MP -MF pwiz/utility/chemistry/.deps/MZTolerance.Tpo -c pwiz/utility/chemistry/MZTolerance.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/utility/chemistry/.libs/MZTolerance.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/chemistry/MZTolerance.lo -MD -MP -MF pwiz/utility/chemistry/.deps/MZTolerance.Tpo -c pwiz/utility/chemistry/MZTolerance.cpp -o pwiz/utility/chemistry/MZTolerance.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/Reader_UNIFI.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/Reader_UNIFI.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/Reader_UNIFI.lo pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/Reader_UNIFI.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/Reader_UNIFI.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/Reader_UNIFI.lo pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/Reader_UNIFI.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/Reader_UNIFI.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/.deps/Reader_UNIFI.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/Reader_UNIFI.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/.libs/Reader_UNIFI.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/Reader_UNIFI.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/.deps/Reader_UNIFI.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/Reader_UNIFI.cpp -o pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/Reader_UNIFI.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/vendor_readers/Agilent/ChromatogramList_Agilent.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Agilent/ChromatogramList_Agilent.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/Agilent/ChromatogramList_Agilent.lo pwiz/data/vendor_readers/Agilent/ChromatogramList_Agilent.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Agilent/ChromatogramList_Agilent.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/Agilent/ChromatogramList_Agilent.lo pwiz/data/vendor_readers/Agilent/ChromatogramList_Agilent.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Agilent/ChromatogramList_Agilent.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/Agilent/.deps/ChromatogramList_Agilent.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/Agilent/ChromatogramList_Agilent.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/vendor_readers/Agilent/.libs/ChromatogramList_Agilent.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Agilent/ChromatogramList_Agilent.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/Agilent/.deps/ChromatogramList_Agilent.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/Agilent/ChromatogramList_Agilent.cpp -o pwiz/data/vendor_readers/Agilent/ChromatogramList_Agilent.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/spectrum_processing/MS2NoiseFilter.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/MS2NoiseFilter.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/MS2NoiseFilter.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/MS2NoiseFilter.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/MS2NoiseFilter.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/MS2NoiseFilter.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/MS2NoiseFilter.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/MS2NoiseFilter.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/MS2NoiseFilter.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/MS2NoiseFilter.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/MS2NoiseFilter.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/MS2NoiseFilter.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/MS2NoiseFilter.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/MS2NoiseFilter.cpp -o pwiz/analysis/spectrum_processing/MS2NoiseFilter.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/identdata/Reader.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/Reader.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/identdata/Reader.lo pwiz/data/identdata/Reader.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/Reader.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/identdata/Reader.lo pwiz/data/identdata/Reader.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/Reader.lo -MD -MP -MF pwiz/data/identdata/.deps/Reader.Tpo -c pwiz/data/identdata/Reader.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/identdata/.libs/Reader.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/Reader.lo -MD -MP -MF pwiz/data/identdata/.deps/Reader.Tpo -c pwiz/data/identdata/Reader.cpp -o pwiz/data/identdata/Reader.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/utility/misc/IterationListener.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/misc/IterationListener.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/utility/misc/IterationListener.lo pwiz/utility/misc/IterationListener.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/misc/IterationListener.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/utility/misc/IterationListener.lo pwiz/utility/misc/IterationListener.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/misc/IterationListener.lo -MD -MP -MF pwiz/utility/misc/.deps/IterationListener.Tpo -c pwiz/utility/misc/IterationListener.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/utility/misc/.libs/IterationListener.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/misc/IterationListener.lo -MD -MP -MF pwiz/utility/misc/.deps/IterationListener.Tpo -c pwiz/utility/misc/IterationListener.cpp -o pwiz/utility/misc/IterationListener.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/tradata/examples.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/tradata/examples.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/tradata/examples.lo pwiz/data/tradata/examples.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/tradata/examples.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/tradata/examples.lo pwiz/data/tradata/examples.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/tradata/examples.lo -MD -MP -MF pwiz/data/tradata/.deps/examples.Tpo -c pwiz/data/tradata/examples.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/tradata/.libs/examples.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/tradata/examples.lo -MD -MP -MF pwiz/data/tradata/.deps/examples.Tpo -c pwiz/data/tradata/examples.cpp -o pwiz/data/tradata/examples.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/common/CVTranslator.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/common/CVTranslator.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/common/CVTranslator.lo pwiz/data/common/CVTranslator.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/common/CVTranslator.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/common/CVTranslator.lo pwiz/data/common/CVTranslator.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/common/CVTranslator.lo -MD -MP -MF pwiz/data/common/.deps/CVTranslator.Tpo -c pwiz/data/common/CVTranslator.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/common/.libs/CVTranslator.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/common/CVTranslator.lo -MD -MP -MF pwiz/data/common/.deps/CVTranslator.Tpo -c pwiz/data/common/CVTranslator.cpp -o pwiz/data/common/CVTranslator.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PeakPicker.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PeakPicker.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PeakPicker.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PeakPicker.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PeakPicker.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PeakPicker.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PeakPicker.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PeakPicker.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/SpectrumList_PeakPicker.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PeakPicker.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/SpectrumList_PeakPicker.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PeakPicker.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/SpectrumList_PeakPicker.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PeakPicker.cpp -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PeakPicker.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/common/Unimod.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/common/Unimod.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/common/Unimod.lo pwiz/data/common/Unimod.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/common/Unimod.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/common/Unimod.lo pwiz/data/common/Unimod.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/common/Unimod.lo -MD -MP -MF pwiz/data/common/.deps/Unimod.Tpo -c pwiz/data/common/Unimod.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/common/.libs/Unimod.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/common/Unimod.lo -MD -MP -MF pwiz/data/common/.deps/Unimod.Tpo -c pwiz/data/common/Unimod.cpp -o pwiz/data/common/Unimod.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/proteome/Version.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/Version.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/proteome/Version.lo pwiz/data/proteome/Version.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/Version.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/proteome/Version.lo pwiz/data/proteome/Version.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/Version.lo -MD -MP -MF pwiz/data/proteome/.deps/Version.Tpo -c pwiz/data/proteome/Version.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/proteome/.libs/Version.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/Version.lo -MD -MP -MF pwiz/data/proteome/.deps/Version.Tpo -c pwiz/data/proteome/Version.cpp -o pwiz/data/proteome/Version.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/identdata/IO.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/IO.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/identdata/IO.lo pwiz/data/identdata/IO.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/IO.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/identdata/IO.lo pwiz/data/identdata/IO.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/IO.lo -MD -MP -MF pwiz/data/identdata/.deps/IO.Tpo -c pwiz/data/identdata/IO.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/identdata/.libs/IO.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/IO.lo -MD -MP -MF pwiz/data/identdata/.deps/IO.Tpo -c pwiz/data/identdata/IO.cpp -o pwiz/data/identdata/IO.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/msdata/Serializer_mzXML.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/Serializer_mzXML.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/Serializer_mzXML.lo pwiz/data/msdata/Serializer_mzXML.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/Serializer_mzXML.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/Serializer_mzXML.lo pwiz/data/msdata/Serializer_mzXML.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/Serializer_mzXML.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/Serializer_mzXML.Tpo -c pwiz/data/msdata/Serializer_mzXML.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/msdata/.libs/Serializer_mzXML.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/Serializer_mzXML.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/Serializer_mzXML.Tpo -c pwiz/data/msdata/Serializer_mzXML.cpp -o pwiz/data/msdata/Serializer_mzXML.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/identdata/DefaultReaderList.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/DefaultReaderList.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/identdata/DefaultReaderList.lo pwiz/data/identdata/DefaultReaderList.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/DefaultReaderList.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/identdata/DefaultReaderList.lo pwiz/data/identdata/DefaultReaderList.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/DefaultReaderList.lo -MD -MP -MF pwiz/data/identdata/.deps/DefaultReaderList.Tpo -c pwiz/data/identdata/DefaultReaderList.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/identdata/.libs/DefaultReaderList.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/DefaultReaderList.lo -MD -MP -MF pwiz/data/identdata/.deps/DefaultReaderList.Tpo -c pwiz/data/identdata/DefaultReaderList.cpp -o pwiz/data/identdata/DefaultReaderList.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorMatchedFilter.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorMatchedFilter.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorMatchedFilter.lo pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorMatchedFilter.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorMatchedFilter.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorMatchedFilter.lo pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorMatchedFilter.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorMatchedFilter.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/frequency/.deps/PeakDetectorMatchedFilter.Tpo -c pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorMatchedFilter.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/frequency/.libs/PeakDetectorMatchedFilter.o In file included from pwiz/analysis/frequency/PeakDetector.hpp:29, @@ -2678,32 +2713,32 @@ | ^~~~~~~~ libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorMatchedFilter.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/frequency/.deps/PeakDetectorMatchedFilter.Tpo -c pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorMatchedFilter.cpp -o pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorMatchedFilter.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/common/ExtraZeroSamplesFilter.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/common/ExtraZeroSamplesFilter.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/common/ExtraZeroSamplesFilter.lo pwiz/analysis/common/ExtraZeroSamplesFilter.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/common/ExtraZeroSamplesFilter.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/common/ExtraZeroSamplesFilter.lo pwiz/analysis/common/ExtraZeroSamplesFilter.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/common/ExtraZeroSamplesFilter.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/common/.deps/ExtraZeroSamplesFilter.Tpo -c pwiz/analysis/common/ExtraZeroSamplesFilter.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/common/.libs/ExtraZeroSamplesFilter.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/common/ExtraZeroSamplesFilter.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/common/.deps/ExtraZeroSamplesFilter.Tpo -c pwiz/analysis/common/ExtraZeroSamplesFilter.cpp -o pwiz/analysis/common/ExtraZeroSamplesFilter.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.lo pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.lo pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/Bruker/.deps/SpectrumList_Bruker.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/vendor_readers/Bruker/.libs/SpectrumList_Bruker.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/Bruker/.deps/SpectrumList_Bruker.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp -o pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/utility/minimxml/SAXParser.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/minimxml/SAXParser.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/utility/minimxml/SAXParser.lo pwiz/utility/minimxml/SAXParser.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/minimxml/SAXParser.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/utility/minimxml/SAXParser.lo pwiz/utility/minimxml/SAXParser.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/minimxml/SAXParser.lo -MD -MP -MF pwiz/utility/minimxml/.deps/SAXParser.Tpo -c pwiz/utility/minimxml/SAXParser.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/utility/minimxml/.libs/SAXParser.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/minimxml/SAXParser.lo -MD -MP -MF pwiz/utility/minimxml/.deps/SAXParser.Tpo -c pwiz/utility/minimxml/SAXParser.cpp -o pwiz/utility/minimxml/SAXParser.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_IonMobility.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_IonMobility.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_IonMobility.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_IonMobility.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_IonMobility.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_IonMobility.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_IonMobility.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_IonMobility.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/SpectrumList_IonMobility.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_IonMobility.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/SpectrumList_IonMobility.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_IonMobility.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/SpectrumList_IonMobility.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_IonMobility.cpp -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_IonMobility.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/identdata/IdentDataFile.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/IdentDataFile.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/identdata/IdentDataFile.lo pwiz/data/identdata/IdentDataFile.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/IdentDataFile.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/identdata/IdentDataFile.lo pwiz/data/identdata/IdentDataFile.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/IdentDataFile.lo -MD -MP -MF pwiz/data/identdata/.deps/IdentDataFile.Tpo -c pwiz/data/identdata/IdentDataFile.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/identdata/.libs/IdentDataFile.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/IdentDataFile.lo -MD -MP -MF pwiz/data/identdata/.deps/IdentDataFile.Tpo -c pwiz/data/identdata/IdentDataFile.cpp -o pwiz/data/identdata/IdentDataFile.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Demux.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Demux.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Demux.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Demux.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Demux.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Demux.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Demux.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Demux.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/SpectrumList_Demux.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Demux.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/SpectrumList_Demux.o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Demux.cpp: In static member function 'static const string& pwiz::analysis::SpectrumList_Demux::Params::optimizationToString(pwiz::analysis::SpectrumList_Demux::Params::Optimization)': @@ -2715,157 +2750,157 @@ | ^ libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Demux.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/SpectrumList_Demux.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Demux.cpp -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Demux.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/msdata/Serializer_mzML.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/Serializer_mzML.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/Serializer_mzML.lo pwiz/data/msdata/Serializer_mzML.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/Serializer_mzML.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/Serializer_mzML.lo pwiz/data/msdata/Serializer_mzML.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/Serializer_mzML.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/Serializer_mzML.Tpo -c pwiz/data/msdata/Serializer_mzML.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/msdata/.libs/Serializer_mzML.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/Serializer_mzML.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/Serializer_mzML.Tpo -c pwiz/data/msdata/Serializer_mzML.cpp -o pwiz/data/msdata/Serializer_mzML.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/identdata/Pep2MzIdent.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/Pep2MzIdent.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/identdata/Pep2MzIdent.lo pwiz/data/identdata/Pep2MzIdent.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/Pep2MzIdent.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/identdata/Pep2MzIdent.lo pwiz/data/identdata/Pep2MzIdent.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/Pep2MzIdent.lo -MD -MP -MF pwiz/data/identdata/.deps/Pep2MzIdent.Tpo -c pwiz/data/identdata/Pep2MzIdent.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/identdata/.libs/Pep2MzIdent.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/Pep2MzIdent.lo -MD -MP -MF pwiz/data/identdata/.deps/Pep2MzIdent.Tpo -c pwiz/data/identdata/Pep2MzIdent.cpp -o pwiz/data/identdata/Pep2MzIdent.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/Reader_Shimadzu.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/Reader_Shimadzu.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/Reader_Shimadzu.lo pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/Reader_Shimadzu.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/Reader_Shimadzu.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/Reader_Shimadzu.lo pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/Reader_Shimadzu.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/Reader_Shimadzu.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/.deps/Reader_Shimadzu.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/Reader_Shimadzu.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/.libs/Reader_Shimadzu.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/Reader_Shimadzu.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/.deps/Reader_Shimadzu.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/Reader_Shimadzu.cpp -o pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/Reader_Shimadzu.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/passive/RegionSIC.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/RegionSIC.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/passive/RegionSIC.lo pwiz/analysis/passive/RegionSIC.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/RegionSIC.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/passive/RegionSIC.lo pwiz/analysis/passive/RegionSIC.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/RegionSIC.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/passive/.deps/RegionSIC.Tpo -c pwiz/analysis/passive/RegionSIC.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/passive/.libs/RegionSIC.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/RegionSIC.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/passive/.deps/RegionSIC.Tpo -c pwiz/analysis/passive/RegionSIC.cpp -o pwiz/analysis/passive/RegionSIC.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_LockmassRefiner.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_LockmassRefiner.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_LockmassRefiner.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_LockmassRefiner.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_LockmassRefiner.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_LockmassRefiner.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_LockmassRefiner.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_LockmassRefiner.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/SpectrumList_LockmassRefiner.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_LockmassRefiner.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/SpectrumList_LockmassRefiner.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_LockmassRefiner.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/SpectrumList_LockmassRefiner.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_LockmassRefiner.cpp -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_LockmassRefiner.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/passive/RunSummary.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/RunSummary.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/passive/RunSummary.lo pwiz/analysis/passive/RunSummary.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/RunSummary.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/passive/RunSummary.lo pwiz/analysis/passive/RunSummary.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/RunSummary.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/passive/.deps/RunSummary.Tpo -c pwiz/analysis/passive/RunSummary.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/passive/.libs/RunSummary.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/RunSummary.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/passive/.deps/RunSummary.Tpo -c pwiz/analysis/passive/RunSummary.cpp -o pwiz/analysis/passive/RunSummary.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PrecursorRefine.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PrecursorRefine.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PrecursorRefine.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PrecursorRefine.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PrecursorRefine.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PrecursorRefine.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PrecursorRefine.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PrecursorRefine.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/SpectrumList_PrecursorRefine.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PrecursorRefine.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/SpectrumList_PrecursorRefine.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PrecursorRefine.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/SpectrumList_PrecursorRefine.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PrecursorRefine.cpp -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PrecursorRefine.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/tradata/References.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/tradata/References.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/tradata/References.lo pwiz/data/tradata/References.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/tradata/References.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/tradata/References.lo pwiz/data/tradata/References.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/tradata/References.lo -MD -MP -MF pwiz/data/tradata/.deps/References.Tpo -c pwiz/data/tradata/References.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/tradata/.libs/References.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/tradata/References.lo -MD -MP -MF pwiz/data/tradata/.deps/References.Tpo -c pwiz/data/tradata/References.cpp -o pwiz/data/tradata/References.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/ChromatogramList_Shimadzu.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/ChromatogramList_Shimadzu.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/ChromatogramList_Shimadzu.lo pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/ChromatogramList_Shimadzu.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/ChromatogramList_Shimadzu.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/ChromatogramList_Shimadzu.lo pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/ChromatogramList_Shimadzu.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/ChromatogramList_Shimadzu.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/.deps/ChromatogramList_Shimadzu.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/ChromatogramList_Shimadzu.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/.libs/ChromatogramList_Shimadzu.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/ChromatogramList_Shimadzu.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/.deps/ChromatogramList_Shimadzu.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/ChromatogramList_Shimadzu.cpp -o pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/ChromatogramList_Shimadzu.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/common/ZeroSampleFiller.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/common/ZeroSampleFiller.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/common/ZeroSampleFiller.lo pwiz/analysis/common/ZeroSampleFiller.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/common/ZeroSampleFiller.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/common/ZeroSampleFiller.lo pwiz/analysis/common/ZeroSampleFiller.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/common/ZeroSampleFiller.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/common/.deps/ZeroSampleFiller.Tpo -c pwiz/analysis/common/ZeroSampleFiller.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/common/.libs/ZeroSampleFiller.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/common/ZeroSampleFiller.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/common/.deps/ZeroSampleFiller.Tpo -c pwiz/analysis/common/ZeroSampleFiller.cpp -o pwiz/analysis/common/ZeroSampleFiller.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/utility/misc/MSIHandler.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/misc/MSIHandler.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/utility/misc/MSIHandler.lo pwiz/utility/misc/MSIHandler.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/misc/MSIHandler.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/utility/misc/MSIHandler.lo pwiz/utility/misc/MSIHandler.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/misc/MSIHandler.lo -MD -MP -MF pwiz/utility/misc/.deps/MSIHandler.Tpo -c pwiz/utility/misc/MSIHandler.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/utility/misc/.libs/MSIHandler.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/misc/MSIHandler.lo -MD -MP -MF pwiz/utility/misc/.deps/MSIHandler.Tpo -c pwiz/utility/misc/MSIHandler.cpp -o pwiz/utility/misc/MSIHandler.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/msdata/LegacyAdapter.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/LegacyAdapter.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/LegacyAdapter.lo pwiz/data/msdata/LegacyAdapter.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/LegacyAdapter.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/LegacyAdapter.lo pwiz/data/msdata/LegacyAdapter.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/LegacyAdapter.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/LegacyAdapter.Tpo -c pwiz/data/msdata/LegacyAdapter.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/msdata/.libs/LegacyAdapter.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/LegacyAdapter.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/LegacyAdapter.Tpo -c pwiz/data/msdata/LegacyAdapter.cpp -o pwiz/data/msdata/LegacyAdapter.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/msdata/MSDataMerger.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/MSDataMerger.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/MSDataMerger.lo pwiz/data/msdata/MSDataMerger.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/MSDataMerger.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/MSDataMerger.lo pwiz/data/msdata/MSDataMerger.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/MSDataMerger.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/MSDataMerger.Tpo -c pwiz/data/msdata/MSDataMerger.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/msdata/.libs/MSDataMerger.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/MSDataMerger.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/MSDataMerger.Tpo -c pwiz/data/msdata/MSDataMerger.cpp -o pwiz/data/msdata/MSDataMerger.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Detail.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Detail.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Detail.lo pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Detail.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Detail.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Detail.lo pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Detail.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Detail.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/Bruker/.deps/Reader_Bruker_Detail.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Detail.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/vendor_readers/Bruker/.libs/Reader_Bruker_Detail.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Detail.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/Bruker/.deps/Reader_Bruker_Detail.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Detail.cpp -o pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Detail.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/proteome/ProteomeData.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/ProteomeData.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/proteome/ProteomeData.lo pwiz/data/proteome/ProteomeData.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/ProteomeData.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/proteome/ProteomeData.lo pwiz/data/proteome/ProteomeData.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/ProteomeData.lo -MD -MP -MF pwiz/data/proteome/.deps/ProteomeData.Tpo -c pwiz/data/proteome/ProteomeData.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/proteome/.libs/ProteomeData.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/ProteomeData.lo -MD -MP -MF pwiz/data/proteome/.deps/ProteomeData.Tpo -c pwiz/data/proteome/ProteomeData.cpp -o pwiz/data/proteome/ProteomeData.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/common/LocalMaximumPeakDetector.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/common/LocalMaximumPeakDetector.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/common/LocalMaximumPeakDetector.lo pwiz/analysis/common/LocalMaximumPeakDetector.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/common/LocalMaximumPeakDetector.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/common/LocalMaximumPeakDetector.lo pwiz/analysis/common/LocalMaximumPeakDetector.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/common/LocalMaximumPeakDetector.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/common/.deps/LocalMaximumPeakDetector.Tpo -c pwiz/analysis/common/LocalMaximumPeakDetector.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/common/.libs/LocalMaximumPeakDetector.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/common/LocalMaximumPeakDetector.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/common/.deps/LocalMaximumPeakDetector.Tpo -c pwiz/analysis/common/LocalMaximumPeakDetector.cpp -o pwiz/analysis/common/LocalMaximumPeakDetector.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/vendor_readers/Agilent/SpectrumList_Agilent.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Agilent/SpectrumList_Agilent.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/Agilent/SpectrumList_Agilent.lo pwiz/data/vendor_readers/Agilent/SpectrumList_Agilent.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Agilent/SpectrumList_Agilent.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/Agilent/SpectrumList_Agilent.lo pwiz/data/vendor_readers/Agilent/SpectrumList_Agilent.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Agilent/SpectrumList_Agilent.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/Agilent/.deps/SpectrumList_Agilent.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/Agilent/SpectrumList_Agilent.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/vendor_readers/Agilent/.libs/SpectrumList_Agilent.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Agilent/SpectrumList_Agilent.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/Agilent/.deps/SpectrumList_Agilent.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/Agilent/SpectrumList_Agilent.cpp -o pwiz/data/vendor_readers/Agilent/SpectrumList_Agilent.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/passive/MSDataAnalyzer.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/MSDataAnalyzer.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/passive/MSDataAnalyzer.lo pwiz/analysis/passive/MSDataAnalyzer.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/MSDataAnalyzer.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/passive/MSDataAnalyzer.lo pwiz/analysis/passive/MSDataAnalyzer.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/MSDataAnalyzer.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/passive/.deps/MSDataAnalyzer.Tpo -c pwiz/analysis/passive/MSDataAnalyzer.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/passive/.libs/MSDataAnalyzer.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/MSDataAnalyzer.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/passive/.deps/MSDataAnalyzer.Tpo -c pwiz/analysis/passive/MSDataAnalyzer.cpp -o pwiz/analysis/passive/MSDataAnalyzer.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_MZRefiner.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_MZRefiner.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_MZRefiner.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_MZRefiner.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_MZRefiner.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_MZRefiner.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_MZRefiner.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_MZRefiner.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/SpectrumList_MZRefiner.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_MZRefiner.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/SpectrumList_MZRefiner.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_MZRefiner.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/SpectrumList_MZRefiner.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_MZRefiner.cpp -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_MZRefiner.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_XICGenerator.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_XICGenerator.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_XICGenerator.lo pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_XICGenerator.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_XICGenerator.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_XICGenerator.lo pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_XICGenerator.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_XICGenerator.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/chromatogram_processing/.deps/ChromatogramList_XICGenerator.Tpo -c pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_XICGenerator.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/chromatogram_processing/.libs/ChromatogramList_XICGenerator.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_XICGenerator.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/chromatogram_processing/.deps/ChromatogramList_XICGenerator.Tpo -c pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_XICGenerator.cpp -o pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_XICGenerator.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/utility/math/Parabola.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/math/Parabola.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/utility/math/Parabola.lo pwiz/utility/math/Parabola.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/math/Parabola.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/utility/math/Parabola.lo pwiz/utility/math/Parabola.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/math/Parabola.lo -MD -MP -MF pwiz/utility/math/.deps/Parabola.Tpo -c pwiz/utility/math/Parabola.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/utility/math/.libs/Parabola.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/math/Parabola.lo -MD -MP -MF pwiz/utility/math/.deps/Parabola.Tpo -c pwiz/utility/math/Parabola.cpp -o pwiz/utility/math/Parabola.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.lo pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.lo pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/Serializer_MGF.Tpo -c pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/msdata/.libs/Serializer_MGF.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/Serializer_MGF.Tpo -c pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.cpp -o pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/vendor_readers/Bruker/ChromatogramList_Bruker.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Bruker/ChromatogramList_Bruker.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/Bruker/ChromatogramList_Bruker.lo pwiz/data/vendor_readers/Bruker/ChromatogramList_Bruker.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Bruker/ChromatogramList_Bruker.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/Bruker/ChromatogramList_Bruker.lo pwiz/data/vendor_readers/Bruker/ChromatogramList_Bruker.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Bruker/ChromatogramList_Bruker.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/Bruker/.deps/ChromatogramList_Bruker.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/Bruker/ChromatogramList_Bruker.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/vendor_readers/Bruker/.libs/ChromatogramList_Bruker.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Bruker/ChromatogramList_Bruker.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/Bruker/.deps/ChromatogramList_Bruker.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/Bruker/ChromatogramList_Bruker.cpp -o pwiz/data/vendor_readers/Bruker/ChromatogramList_Bruker.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/vendor_readers/ABI/Reader_ABI.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/ABI/Reader_ABI.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/ABI/Reader_ABI.lo pwiz/data/vendor_readers/ABI/Reader_ABI.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/ABI/Reader_ABI.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/ABI/Reader_ABI.lo pwiz/data/vendor_readers/ABI/Reader_ABI.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/ABI/Reader_ABI.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/ABI/.deps/Reader_ABI.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/ABI/Reader_ABI.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/vendor_readers/ABI/.libs/Reader_ABI.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/ABI/Reader_ABI.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/ABI/.deps/Reader_ABI.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/ABI/Reader_ABI.cpp -o pwiz/data/vendor_readers/ABI/Reader_ABI.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/vendor_readers/ABI/T2D/Reader_ABI_T2D.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/ABI/T2D/Reader_ABI_T2D.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/ABI/T2D/Reader_ABI_T2D.lo pwiz/data/vendor_readers/ABI/T2D/Reader_ABI_T2D.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/ABI/T2D/Reader_ABI_T2D.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/ABI/T2D/Reader_ABI_T2D.lo pwiz/data/vendor_readers/ABI/T2D/Reader_ABI_T2D.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/ABI/T2D/Reader_ABI_T2D.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/ABI/T2D/.deps/Reader_ABI_T2D.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/ABI/T2D/Reader_ABI_T2D.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/vendor_readers/ABI/T2D/.libs/Reader_ABI_T2D.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/ABI/T2D/Reader_ABI_T2D.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/ABI/T2D/.deps/Reader_ABI_T2D.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/ABI/T2D/Reader_ABI_T2D.cpp -o pwiz/data/vendor_readers/ABI/T2D/Reader_ABI_T2D.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/common/BinaryIndexStream.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/common/BinaryIndexStream.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/common/BinaryIndexStream.lo pwiz/data/common/BinaryIndexStream.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/common/BinaryIndexStream.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/common/BinaryIndexStream.lo pwiz/data/common/BinaryIndexStream.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/common/BinaryIndexStream.lo -MD -MP -MF pwiz/data/common/.deps/BinaryIndexStream.Tpo -c pwiz/data/common/BinaryIndexStream.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/common/.libs/BinaryIndexStream.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/common/BinaryIndexStream.lo -MD -MP -MF pwiz/data/common/.deps/BinaryIndexStream.Tpo -c pwiz/data/common/BinaryIndexStream.cpp -o pwiz/data/common/BinaryIndexStream.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/passive/SpectrumBinaryData.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/SpectrumBinaryData.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/passive/SpectrumBinaryData.lo pwiz/analysis/passive/SpectrumBinaryData.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/SpectrumBinaryData.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/passive/SpectrumBinaryData.lo pwiz/analysis/passive/SpectrumBinaryData.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/SpectrumBinaryData.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/passive/.deps/SpectrumBinaryData.Tpo -c pwiz/analysis/passive/SpectrumBinaryData.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/passive/.libs/SpectrumBinaryData.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/SpectrumBinaryData.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/passive/.deps/SpectrumBinaryData.Tpo -c pwiz/analysis/passive/SpectrumBinaryData.cpp -o pwiz/analysis/passive/SpectrumBinaryData.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/common/obo.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/common/obo.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/common/obo.lo pwiz/data/common/obo.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/common/obo.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/common/obo.lo pwiz/data/common/obo.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/common/obo.lo -MD -MP -MF pwiz/data/common/.deps/obo.Tpo -c pwiz/data/common/obo.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/common/.libs/obo.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/common/obo.lo -MD -MP -MF pwiz/data/common/.deps/obo.Tpo -c pwiz/data/common/obo.cpp -o pwiz/data/common/obo.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/vendor_readers/UIMF/SpectrumList_UIMF.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/UIMF/SpectrumList_UIMF.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/UIMF/SpectrumList_UIMF.lo pwiz/data/vendor_readers/UIMF/SpectrumList_UIMF.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/UIMF/SpectrumList_UIMF.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/UIMF/SpectrumList_UIMF.lo pwiz/data/vendor_readers/UIMF/SpectrumList_UIMF.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/UIMF/SpectrumList_UIMF.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/UIMF/.deps/SpectrumList_UIMF.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/UIMF/SpectrumList_UIMF.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/vendor_readers/UIMF/.libs/SpectrumList_UIMF.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/UIMF/SpectrumList_UIMF.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/UIMF/.deps/SpectrumList_UIMF.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/UIMF/SpectrumList_UIMF.cpp -o pwiz/data/vendor_readers/UIMF/SpectrumList_UIMF.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ChargeFromIsotope.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ChargeFromIsotope.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ChargeFromIsotope.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ChargeFromIsotope.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ChargeFromIsotope.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ChargeFromIsotope.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ChargeFromIsotope.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ChargeFromIsotope.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/SpectrumList_ChargeFromIsotope.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ChargeFromIsotope.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/SpectrumList_ChargeFromIsotope.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ChargeFromIsotope.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/SpectrumList_ChargeFromIsotope.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ChargeFromIsotope.cpp -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ChargeFromIsotope.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/utility/chemistry/IsotopeTable.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/chemistry/IsotopeTable.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/utility/chemistry/IsotopeTable.lo pwiz/utility/chemistry/IsotopeTable.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/chemistry/IsotopeTable.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/utility/chemistry/IsotopeTable.lo pwiz/utility/chemistry/IsotopeTable.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/chemistry/IsotopeTable.lo -MD -MP -MF pwiz/utility/chemistry/.deps/IsotopeTable.Tpo -c pwiz/utility/chemistry/IsotopeTable.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/utility/chemistry/.libs/IsotopeTable.o In file included from pwiz/utility/chemistry/IsotopeTable.cpp:26: @@ -2885,12 +2920,12 @@ | ^~~~~~~~ libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/chemistry/IsotopeTable.lo -MD -MP -MF pwiz/utility/chemistry/.deps/IsotopeTable.Tpo -c pwiz/utility/chemistry/IsotopeTable.cpp -o pwiz/utility/chemistry/IsotopeTable.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/demux/DemuxHelpers.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/demux/DemuxHelpers.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/demux/DemuxHelpers.lo pwiz/analysis/demux/DemuxHelpers.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/demux/DemuxHelpers.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/demux/DemuxHelpers.lo pwiz/analysis/demux/DemuxHelpers.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/demux/DemuxHelpers.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/demux/.deps/DemuxHelpers.Tpo -c pwiz/analysis/demux/DemuxHelpers.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/demux/.libs/DemuxHelpers.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/demux/DemuxHelpers.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/demux/.deps/DemuxHelpers.Tpo -c pwiz/analysis/demux/DemuxHelpers.cpp -o pwiz/analysis/demux/DemuxHelpers.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo libraries/libsvm-3.0/svm.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT libraries/libsvm-3.0/svm.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o libraries/libsvm-3.0/svm.lo libraries/libsvm-3.0/svm.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT libraries/libsvm-3.0/svm.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o libraries/libsvm-3.0/svm.lo libraries/libsvm-3.0/svm.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT libraries/libsvm-3.0/svm.lo -MD -MP -MF libraries/libsvm-3.0/.deps/svm.Tpo -c libraries/libsvm-3.0/svm.cpp -fPIC -DPIC -o libraries/libsvm-3.0/.libs/svm.o libraries/libsvm-3.0/svm.cpp: In function 'svm_model* svm_load_model(const char*)': @@ -2935,27 +2970,27 @@ | ~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT libraries/libsvm-3.0/svm.lo -MD -MP -MF libraries/libsvm-3.0/.deps/svm.Tpo -c libraries/libsvm-3.0/svm.cpp -o libraries/libsvm-3.0/svm.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/demux/SpectrumPeakExtractor.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/demux/SpectrumPeakExtractor.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/demux/SpectrumPeakExtractor.lo pwiz/analysis/demux/SpectrumPeakExtractor.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/demux/SpectrumPeakExtractor.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/demux/SpectrumPeakExtractor.lo pwiz/analysis/demux/SpectrumPeakExtractor.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/demux/SpectrumPeakExtractor.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/demux/.deps/SpectrumPeakExtractor.Tpo -c pwiz/analysis/demux/SpectrumPeakExtractor.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/demux/.libs/SpectrumPeakExtractor.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/demux/SpectrumPeakExtractor.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/demux/.deps/SpectrumPeakExtractor.Tpo -c pwiz/analysis/demux/SpectrumPeakExtractor.cpp -o pwiz/analysis/demux/SpectrumPeakExtractor.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/msdata/SpectrumList_mzXML.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/SpectrumList_mzXML.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/SpectrumList_mzXML.lo pwiz/data/msdata/SpectrumList_mzXML.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/SpectrumList_mzXML.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/SpectrumList_mzXML.lo pwiz/data/msdata/SpectrumList_mzXML.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/SpectrumList_mzXML.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/SpectrumList_mzXML.Tpo -c pwiz/data/msdata/SpectrumList_mzXML.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/msdata/.libs/SpectrumList_mzXML.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/SpectrumList_mzXML.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/SpectrumList_mzXML.Tpo -c pwiz/data/msdata/SpectrumList_mzXML.cpp -o pwiz/data/msdata/SpectrumList_mzXML.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/common/ParamTypes.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/common/ParamTypes.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/common/ParamTypes.lo pwiz/data/common/ParamTypes.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/common/ParamTypes.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/common/ParamTypes.lo pwiz/data/common/ParamTypes.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/common/ParamTypes.lo -MD -MP -MF pwiz/data/common/.deps/ParamTypes.Tpo -c pwiz/data/common/ParamTypes.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/common/.libs/ParamTypes.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/common/ParamTypes.lo -MD -MP -MF pwiz/data/common/.deps/ParamTypes.Tpo -c pwiz/data/common/ParamTypes.cpp -o pwiz/data/common/ParamTypes.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/tradata/Serializer_traML.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/tradata/Serializer_traML.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/tradata/Serializer_traML.lo pwiz/data/tradata/Serializer_traML.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/tradata/Serializer_traML.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/tradata/Serializer_traML.lo pwiz/data/tradata/Serializer_traML.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/tradata/Serializer_traML.lo -MD -MP -MF pwiz/data/tradata/.deps/Serializer_traML.Tpo -c pwiz/data/tradata/Serializer_traML.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/tradata/.libs/Serializer_traML.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/tradata/Serializer_traML.lo -MD -MP -MF pwiz/data/tradata/.deps/Serializer_traML.Tpo -c pwiz/data/tradata/Serializer_traML.cpp -o pwiz/data/tradata/Serializer_traML.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/peakdetect/PeakFamilyDetectorFT.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/PeakFamilyDetectorFT.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/peakdetect/PeakFamilyDetectorFT.lo pwiz/analysis/peakdetect/PeakFamilyDetectorFT.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/PeakFamilyDetectorFT.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/peakdetect/PeakFamilyDetectorFT.lo pwiz/analysis/peakdetect/PeakFamilyDetectorFT.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/PeakFamilyDetectorFT.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/peakdetect/.deps/PeakFamilyDetectorFT.Tpo -c pwiz/analysis/peakdetect/PeakFamilyDetectorFT.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/peakdetect/.libs/PeakFamilyDetectorFT.o In file included from ./pwiz/analysis/frequency/PeakDetector.hpp:29, @@ -3117,42 +3152,42 @@ | ^~~~~~~~ libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/peakdetect/PeakFamilyDetectorFT.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/peakdetect/.deps/PeakFamilyDetectorFT.Tpo -c pwiz/analysis/peakdetect/PeakFamilyDetectorFT.cpp -o pwiz/analysis/peakdetect/PeakFamilyDetectorFT.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/msdata/DefaultReaderList.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/DefaultReaderList.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/DefaultReaderList.lo pwiz/data/msdata/DefaultReaderList.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/DefaultReaderList.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/DefaultReaderList.lo pwiz/data/msdata/DefaultReaderList.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/DefaultReaderList.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/DefaultReaderList.Tpo -c pwiz/data/msdata/DefaultReaderList.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/msdata/.libs/DefaultReaderList.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/DefaultReaderList.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/DefaultReaderList.Tpo -c pwiz/data/msdata/DefaultReaderList.cpp -o pwiz/data/msdata/DefaultReaderList.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/misc/PeakData.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/misc/PeakData.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/misc/PeakData.lo pwiz/data/misc/PeakData.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/misc/PeakData.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/misc/PeakData.lo pwiz/data/misc/PeakData.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/misc/PeakData.lo -MD -MP -MF pwiz/data/misc/.deps/PeakData.Tpo -c pwiz/data/misc/PeakData.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/misc/.libs/PeakData.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/misc/PeakData.lo -MD -MP -MF pwiz/data/misc/.deps/PeakData.Tpo -c pwiz/data/misc/PeakData.cpp -o pwiz/data/misc/PeakData.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/passive/TabularConfig.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/TabularConfig.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/passive/TabularConfig.lo pwiz/analysis/passive/TabularConfig.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/TabularConfig.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/passive/TabularConfig.lo pwiz/analysis/passive/TabularConfig.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/TabularConfig.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/passive/.deps/TabularConfig.Tpo -c pwiz/analysis/passive/TabularConfig.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/passive/.libs/TabularConfig.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/TabularConfig.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/passive/.deps/TabularConfig.Tpo -c pwiz/analysis/passive/TabularConfig.cpp -o pwiz/analysis/passive/TabularConfig.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/vendor_readers/Waters/SpectrumList_Waters.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Waters/SpectrumList_Waters.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/Waters/SpectrumList_Waters.lo pwiz/data/vendor_readers/Waters/SpectrumList_Waters.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Waters/SpectrumList_Waters.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/Waters/SpectrumList_Waters.lo pwiz/data/vendor_readers/Waters/SpectrumList_Waters.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Waters/SpectrumList_Waters.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/Waters/.deps/SpectrumList_Waters.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/Waters/SpectrumList_Waters.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/vendor_readers/Waters/.libs/SpectrumList_Waters.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Waters/SpectrumList_Waters.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/Waters/.deps/SpectrumList_Waters.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/Waters/SpectrumList_Waters.cpp -o pwiz/data/vendor_readers/Waters/SpectrumList_Waters.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramListFactory.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramListFactory.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramListFactory.lo pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramListFactory.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramListFactory.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramListFactory.lo pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramListFactory.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramListFactory.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/chromatogram_processing/.deps/ChromatogramListFactory.Tpo -c pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramListFactory.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/chromatogram_processing/.libs/ChromatogramListFactory.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramListFactory.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/chromatogram_processing/.deps/ChromatogramListFactory.Tpo -c pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramListFactory.cpp -o pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramListFactory.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/frequency/MagnitudeLorentzian.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/frequency/MagnitudeLorentzian.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/frequency/MagnitudeLorentzian.lo pwiz/analysis/frequency/MagnitudeLorentzian.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/frequency/MagnitudeLorentzian.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/frequency/MagnitudeLorentzian.lo pwiz/analysis/frequency/MagnitudeLorentzian.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/frequency/MagnitudeLorentzian.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/frequency/.deps/MagnitudeLorentzian.Tpo -c pwiz/analysis/frequency/MagnitudeLorentzian.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/frequency/.libs/MagnitudeLorentzian.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/frequency/MagnitudeLorentzian.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/frequency/.deps/MagnitudeLorentzian.Tpo -c pwiz/analysis/frequency/MagnitudeLorentzian.cpp -o pwiz/analysis/frequency/MagnitudeLorentzian.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/proteome/Peptide.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/Peptide.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/proteome/Peptide.lo pwiz/data/proteome/Peptide.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/Peptide.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/proteome/Peptide.lo pwiz/data/proteome/Peptide.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/Peptide.lo -MD -MP -MF pwiz/data/proteome/.deps/Peptide.Tpo -c pwiz/data/proteome/Peptide.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/proteome/.libs/Peptide.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/Peptide.lo -MD -MP -MF pwiz/data/proteome/.deps/Peptide.Tpo -c pwiz/data/proteome/Peptide.cpp -o pwiz/data/proteome/Peptide.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/msdata/SpectrumList_mzML.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/SpectrumList_mzML.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/SpectrumList_mzML.lo pwiz/data/msdata/SpectrumList_mzML.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/SpectrumList_mzML.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/SpectrumList_mzML.lo pwiz/data/msdata/SpectrumList_mzML.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/SpectrumList_mzML.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/SpectrumList_mzML.Tpo -c pwiz/data/msdata/SpectrumList_mzML.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/msdata/.libs/SpectrumList_mzML.o In file included from /usr/include/boost/smart_ptr/detail/sp_thread_sleep.hpp:22, @@ -3172,77 +3207,77 @@ | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/SpectrumList_mzML.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/SpectrumList_mzML.Tpo -c pwiz/data/msdata/SpectrumList_mzML.cpp -o pwiz/data/msdata/SpectrumList_mzML.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/SpectrumList_Shimadzu.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/SpectrumList_Shimadzu.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/SpectrumList_Shimadzu.lo pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/SpectrumList_Shimadzu.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/SpectrumList_Shimadzu.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/SpectrumList_Shimadzu.lo pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/SpectrumList_Shimadzu.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/SpectrumList_Shimadzu.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/.deps/SpectrumList_Shimadzu.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/SpectrumList_Shimadzu.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/.libs/SpectrumList_Shimadzu.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/SpectrumList_Shimadzu.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/.deps/SpectrumList_Shimadzu.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/SpectrumList_Shimadzu.cpp -o pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/SpectrumList_Shimadzu.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/msdata/Reader.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/Reader.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/Reader.lo pwiz/data/msdata/Reader.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/Reader.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/Reader.lo pwiz/data/msdata/Reader.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/Reader.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/Reader.Tpo -c pwiz/data/msdata/Reader.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/msdata/.libs/Reader.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/Reader.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/Reader.Tpo -c pwiz/data/msdata/Reader.cpp -o pwiz/data/msdata/Reader.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Sorter.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Sorter.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Sorter.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Sorter.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Sorter.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Sorter.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Sorter.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Sorter.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/SpectrumList_Sorter.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Sorter.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/SpectrumList_Sorter.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Sorter.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/SpectrumList_Sorter.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Sorter.cpp -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Sorter.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/utility/misc/Filesystem.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/misc/Filesystem.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/utility/misc/Filesystem.lo pwiz/utility/misc/Filesystem.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/misc/Filesystem.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/utility/misc/Filesystem.lo pwiz/utility/misc/Filesystem.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/misc/Filesystem.lo -MD -MP -MF pwiz/utility/misc/.deps/Filesystem.Tpo -c pwiz/utility/misc/Filesystem.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/utility/misc/.libs/Filesystem.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/misc/Filesystem.lo -MD -MP -MF pwiz/utility/misc/.deps/Filesystem.Tpo -c pwiz/utility/misc/Filesystem.cpp -o pwiz/utility/misc/Filesystem.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PeakFilter.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PeakFilter.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PeakFilter.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PeakFilter.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PeakFilter.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PeakFilter.lo pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PeakFilter.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PeakFilter.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/SpectrumList_PeakFilter.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PeakFilter.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/SpectrumList_PeakFilter.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PeakFilter.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/spectrum_processing/.deps/SpectrumList_PeakFilter.Tpo -c pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PeakFilter.cpp -o pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PeakFilter.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/frequency/TruncatedLorentzianParameters.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/frequency/TruncatedLorentzianParameters.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/frequency/TruncatedLorentzianParameters.lo pwiz/analysis/frequency/TruncatedLorentzianParameters.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/frequency/TruncatedLorentzianParameters.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/frequency/TruncatedLorentzianParameters.lo pwiz/analysis/frequency/TruncatedLorentzianParameters.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/frequency/TruncatedLorentzianParameters.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/frequency/.deps/TruncatedLorentzianParameters.Tpo -c pwiz/analysis/frequency/TruncatedLorentzianParameters.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/frequency/.libs/TruncatedLorentzianParameters.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/frequency/TruncatedLorentzianParameters.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/frequency/.deps/TruncatedLorentzianParameters.Tpo -c pwiz/analysis/frequency/TruncatedLorentzianParameters.cpp -o pwiz/analysis/frequency/TruncatedLorentzianParameters.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/utility/misc/random_access_compressed_ifstream.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/misc/random_access_compressed_ifstream.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/utility/misc/random_access_compressed_ifstream.lo pwiz/utility/misc/random_access_compressed_ifstream.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/misc/random_access_compressed_ifstream.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/utility/misc/random_access_compressed_ifstream.lo pwiz/utility/misc/random_access_compressed_ifstream.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/misc/random_access_compressed_ifstream.lo -MD -MP -MF pwiz/utility/misc/.deps/random_access_compressed_ifstream.Tpo -c pwiz/utility/misc/random_access_compressed_ifstream.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/utility/misc/.libs/random_access_compressed_ifstream.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/utility/misc/random_access_compressed_ifstream.lo -MD -MP -MF pwiz/utility/misc/.deps/random_access_compressed_ifstream.Tpo -c pwiz/utility/misc/random_access_compressed_ifstream.cpp -o pwiz/utility/misc/random_access_compressed_ifstream.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_LockmassRefiner.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_LockmassRefiner.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_LockmassRefiner.lo pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_LockmassRefiner.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_LockmassRefiner.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_LockmassRefiner.lo pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_LockmassRefiner.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_LockmassRefiner.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/chromatogram_processing/.deps/ChromatogramList_LockmassRefiner.Tpo -c pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_LockmassRefiner.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/chromatogram_processing/.libs/ChromatogramList_LockmassRefiner.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_LockmassRefiner.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/chromatogram_processing/.deps/ChromatogramList_LockmassRefiner.Tpo -c pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_LockmassRefiner.cpp -o pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_LockmassRefiner.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/vendor_readers/Agilent/Reader_Agilent.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Agilent/Reader_Agilent.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/Agilent/Reader_Agilent.lo pwiz/data/vendor_readers/Agilent/Reader_Agilent.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Agilent/Reader_Agilent.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/vendor_readers/Agilent/Reader_Agilent.lo pwiz/data/vendor_readers/Agilent/Reader_Agilent.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Agilent/Reader_Agilent.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/Agilent/.deps/Reader_Agilent.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/Agilent/Reader_Agilent.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/vendor_readers/Agilent/.libs/Reader_Agilent.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/vendor_readers/Agilent/Reader_Agilent.lo -MD -MP -MF pwiz/data/vendor_readers/Agilent/.deps/Reader_Agilent.Tpo -c pwiz/data/vendor_readers/Agilent/Reader_Agilent.cpp -o pwiz/data/vendor_readers/Agilent/Reader_Agilent.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/tradata/TraDataFile.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/tradata/TraDataFile.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/tradata/TraDataFile.lo pwiz/data/tradata/TraDataFile.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/tradata/TraDataFile.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/tradata/TraDataFile.lo pwiz/data/tradata/TraDataFile.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/tradata/TraDataFile.lo -MD -MP -MF pwiz/data/tradata/.deps/TraDataFile.Tpo -c pwiz/data/tradata/TraDataFile.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/tradata/.libs/TraDataFile.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/tradata/TraDataFile.lo -MD -MP -MF pwiz/data/tradata/.deps/TraDataFile.Tpo -c pwiz/data/tradata/TraDataFile.cpp -o pwiz/data/tradata/TraDataFile.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/proteome/ProteomeDataFile.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/ProteomeDataFile.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/proteome/ProteomeDataFile.lo pwiz/data/proteome/ProteomeDataFile.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/ProteomeDataFile.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/proteome/ProteomeDataFile.lo pwiz/data/proteome/ProteomeDataFile.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/ProteomeDataFile.lo -MD -MP -MF pwiz/data/proteome/.deps/ProteomeDataFile.Tpo -c pwiz/data/proteome/ProteomeDataFile.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/proteome/.libs/ProteomeDataFile.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/proteome/ProteomeDataFile.lo -MD -MP -MF pwiz/data/proteome/.deps/ProteomeDataFile.Tpo -c pwiz/data/proteome/ProteomeDataFile.cpp -o pwiz/data/proteome/ProteomeDataFile.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/identdata/KwCVMap.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/KwCVMap.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/identdata/KwCVMap.lo pwiz/data/identdata/KwCVMap.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/KwCVMap.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/identdata/KwCVMap.lo pwiz/data/identdata/KwCVMap.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/KwCVMap.lo -MD -MP -MF pwiz/data/identdata/.deps/KwCVMap.Tpo -c pwiz/data/identdata/KwCVMap.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/identdata/.libs/KwCVMap.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/KwCVMap.lo -MD -MP -MF pwiz/data/identdata/.deps/KwCVMap.Tpo -c pwiz/data/identdata/KwCVMap.cpp -o pwiz/data/identdata/KwCVMap.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/identdata/Serializer_mzid.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/Serializer_mzid.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/identdata/Serializer_mzid.lo pwiz/data/identdata/Serializer_mzid.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/Serializer_mzid.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/identdata/Serializer_mzid.lo pwiz/data/identdata/Serializer_mzid.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/Serializer_mzid.lo -MD -MP -MF pwiz/data/identdata/.deps/Serializer_mzid.Tpo -c pwiz/data/identdata/Serializer_mzid.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/identdata/.libs/Serializer_mzid.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/Serializer_mzid.lo -MD -MP -MF pwiz/data/identdata/.deps/Serializer_mzid.Tpo -c pwiz/data/identdata/Serializer_mzid.cpp -o pwiz/data/identdata/Serializer_mzid.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/identdata/References.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/References.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/identdata/References.lo pwiz/data/identdata/References.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/References.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/identdata/References.lo pwiz/data/identdata/References.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/References.lo -MD -MP -MF pwiz/data/identdata/.deps/References.Tpo -c pwiz/data/identdata/References.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/identdata/.libs/References.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/identdata/References.lo -MD -MP -MF pwiz/data/identdata/.deps/References.Tpo -c pwiz/data/identdata/References.cpp -o pwiz/data/identdata/References.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/analysis/frequency/MagnitudeLorentzianTestData.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/frequency/MagnitudeLorentzianTestData.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/frequency/MagnitudeLorentzianTestData.lo pwiz/analysis/frequency/MagnitudeLorentzianTestData.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/frequency/MagnitudeLorentzianTestData.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/frequency/MagnitudeLorentzianTestData.lo pwiz/analysis/frequency/MagnitudeLorentzianTestData.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/frequency/MagnitudeLorentzianTestData.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/frequency/.deps/MagnitudeLorentzianTestData.Tpo -c pwiz/analysis/frequency/MagnitudeLorentzianTestData.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/analysis/frequency/.libs/MagnitudeLorentzianTestData.o pwiz/analysis/frequency/MagnitudeLorentzianTestData.cpp:28:20: warning: 'sampleData_' initialized and declared 'extern' @@ -3250,11 +3285,11 @@ | ^~~~~~~~~~~ libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/frequency/MagnitudeLorentzianTestData.lo -MD -MP -MF pwiz/analysis/frequency/.deps/MagnitudeLorentzianTestData.Tpo -c pwiz/analysis/frequency/MagnitudeLorentzianTestData.cpp -o pwiz/analysis/frequency/MagnitudeLorentzianTestData.o >/dev/null 2>&1 depbase=`echo pwiz/data/msdata/SpectrumIterator.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/SpectrumIterator.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/SpectrumIterator.lo pwiz/data/msdata/SpectrumIterator.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/SpectrumIterator.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/data/msdata/SpectrumIterator.lo pwiz/data/msdata/SpectrumIterator.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/SpectrumIterator.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/SpectrumIterator.Tpo -c pwiz/data/msdata/SpectrumIterator.cpp -fPIC -DPIC -o pwiz/data/msdata/.libs/SpectrumIterator.o libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -Ilibraries/boost_aux -Ipwiz/data/msdata/ramp -Ilibraries/Eigen -Ilibraries/CSpline -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I /usr/include/eigen3/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen -I /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/data/msdata/SpectrumIterator.lo -MD -MP -MF pwiz/data/msdata/.deps/SpectrumIterator.Tpo -c pwiz/data/msdata/SpectrumIterator.cpp -o pwiz/data/msdata/SpectrumIterator.o >/dev/null 2>&1 -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=link x86_64-linux-gnu-g++ -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -version-info 3:0:0 -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -o libpwiz.la -rpath /usr/lib ./libraries/boost_aux/libs/nowide/src/iostream.lo ./pwiz/utility/math/erf.lo ./pwiz/data/identdata/Version.lo pwiz/data/tradata/Reader.lo ./pwiz/data/msdata/Diff.lo ./pwiz/data/vendor_readers/Thermo/SpectrumList_Thermo.lo ./pwiz/analysis/peakdetect/PeakFitter.lo ./pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/SpectrumList_UNIFI.lo ./pwiz/utility/minimxml/XMLWriter.lo pwiz/data/tradata/DefaultReaderList.lo ./pwiz/analysis/demux/DemuxDebugWriter.lo ./pwiz/data/msdata/BinaryDataEncoder.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_3D.lo ./pwiz/analysis/passive/RegionSlice.lo ./pwiz/analysis/peptideid/PeptideIDMap.lo ./pwiz/analysis/frequency/TruncatedLorentzianEstimator.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/PrecursorRecalculatorDefault.lo ./pwiz/utility/proteome/IPIFASTADatabase.lo pwiz/Version.lo ./pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/Reader_UNIFI_Detail.lo ./pwiz/data/identdata/IdentData.lo ./pwiz/data/msdata/Version.lo ./pwiz/analysis/peakdetect/PeakelPicker.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_TitleMaker.lo ./pwiz/data/vendor_readers/ABI/T2D/SpectrumList_ABI_T2D.lo ./pwiz/data/msdata/SpectrumListCache.lo pwiz_tools/common/MSDataAnalyzerApplication.lo ./pwiz/analysis/demux/CubicHermiteSpline.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ScanSummer.lo ./pwiz/utility/misc/TabReader.lo ./pwiz/analysis/peakdetect/FeatureModeler.lo ./pwiz/data/msdata/Serializer_MSn.lo ./pwiz/data/common/diff_std.lo ./pwiz/data/vendor_readers/ABI/ChromatogramList_ABI.lo ./pwiz/analysis/peakdetect/PeakelGrower.lo ./pwiz/data/proteome/AminoAcid.lo ./pwiz/data/proteome/DefaultReaderList.lo ./pwiz/analysis/peptideid/PeptideID_pepXML.lo ./pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorMatchedFilterTestData.lo ./pwiz/analysis/peakdetect/PeakExtractor.lo ./pwiz/utility/misc/Base64.lo ./pwiz/data/msdata/SpectrumList_BTDX.lo ./pwiz/data/msdata/MSDataFile.lo ./pwiz/data/proteome/Reader_FASTA.lo ./pwiz/data/msdata/IO.lo ./pwiz/analysis/common/CwtPeakDetector.lo ./pwiz/analysis/peakdetect/FeatureDetectorSimple.lo ./pwiz/utility/misc/SHA1.lo ./pwiz/utility/misc/VendorReaderTestHarness.lo ./pwiz/analysis/demux/DemuxSolver.lo ./pwiz/data/msdata/SpectrumWorkerThreads.lo ./pwiz/data/identdata/DelimWriter.lo pwiz/data/tradata/IO.lo ./pwiz/analysis/frequency/TruncatedLorentzian.lo pwiz/data/tradata/TraData.lo ./pwiz/data/msdata/SpectrumList_MSn.lo pwiz/analysis/proteome_processing/ProteinList_DecoyGenerator.lo ./pwiz/analysis/demux/MatrixIO.lo ./pwiz/data/vendor_readers/Waters/ChromatogramList_Waters.lo ./pwiz/analysis/common/WhittakerSmoother.lo ./pwiz/analysis/demux/OverlapDemultiplexer.lo ./pwiz/data/common/cv.lo ./pwiz/analysis/demux/DemuxDebugReader.lo ./pwiz/data/msdata/MSNumpress.lo ./pwiz/data/msdata/examples.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_MZWindow.lo ./pwiz/analysis/demux/PrecursorMaskCodec.lo pwiz/data/tradata/Diff.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Smoother.lo ./pwiz/data/proteome/Digestion.lo ./pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker.lo ./pwiz/data/msdata/ChromatogramList_mzML.lo ./pwiz/data/misc/MinimumPepXML.lo ./pwiz/utility/chemistry/IsotopeEnvelopeEstimator.lo ./pwiz/analysis/common/SavitzkyGolaySmoother.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PrecursorRecalculator.lo pwiz/analysis/proteome_processing/ProteinListFactory.lo ./pwiz/utility/math/Stats.lo ./pwiz/analysis/passive/RegionAnalyzer.lo ./pwiz/data/identdata/Serializer_Text.lo ./pwiz/analysis/passive/RegionTIC.lo ./pwiz/data/proteome/Serializer_FASTA.lo ./pwiz/data/proteome/Modification.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ChargeStateCalculator.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/ThresholdFilter.lo ./pwiz/data/misc/FrequencyDataTestData.lo ./pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.lo ./pwiz/data/vendor_readers/Thermo/ChromatogramList_Thermo.lo ./pwiz/data/identdata/Serializer_pepXML.lo ./pwiz/analysis/peakdetect/MZRTField.lo ./pwiz/data/proteome/Diff.lo ./pwiz/utility/chemistry/Chemistry.lo ./pwiz/data/identdata/Diff.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Filter.lo ./pwiz/data/proteome/ProteinListCache.lo ./pwiz/analysis/peakdetect/Noise.lo pwiz/data/tradata/Version.lo ./pwiz/utility/chemistry/ChemistryData.lo ./libraries/CSpline/CSpline.lo ./pwiz/data/msdata/Index_mzML.lo ./pwiz/analysis/frequency/ParameterEstimator.lo ./pwiz/analysis/frequency/FrequencyEstimatorSimple.lo ./pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_Filter.lo ./pwiz/analysis/passive/PepXMLCat.lo ./pwiz/analysis/peakdetect/FeatureDetectorPeakel.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/MS2Deisotoper.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_MetadataFixer.lo ./pwiz/data/vendor_readers/Waters/Reader_Waters.lo ./pwiz/data/msdata/SpectrumInfo.lo ./pwiz/analysis/peptideid/PeptideID_flat.lo ./pwiz/data/identdata/examples.lo ./pwiz/analysis/frequency/FrequencyEstimatorPhysicalModel.lo ./pwiz/utility/misc/IntegerSet.lo ./pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_SavitzkyGolaySmoother.lo ./pwiz/analysis/demux/MSXDemultiplexer.lo ./pwiz/analysis/Version.lo ./pwiz/data/common/MemoryIndex.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/PrecursorMassFilter.lo ./pwiz/data/vendor_readers/Thermo/Reader_Thermo.lo ./pwiz/utility/misc/SHA1Calculator.lo ./pwiz/analysis/peakdetect/PeakFamilyDetector.lo ./pwiz/analysis/peakdetect/PeakFamilyDetectorFTTestData.lo ./pwiz/data/identdata/DelimReader.lo ./pwiz/data/msdata/References.lo ./pwiz/analysis/passive/MetadataReporter.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumListFactory.lo pwiz/analysis/proteome_processing/ProteinList_Filter.lo ./pwiz/data/vendor_readers/ABI/SpectrumList_ABI.lo ./pwiz/analysis/passive/MSDataCache.lo ./pwiz/analysis/passive/SpectrumTable.lo ./pwiz/data/vendor_readers/UIMF/Reader_UIMF.lo ./pwiz/analysis/peakdetect/PeakFinder.lo ./pwiz/data/proteome/examples.lo ./pwiz/data/msdata/MSData.lo ./pwiz/utility/chemistry/IsotopeCalculator.lo ./pwiz/data/vendor_readers/ExtendedReaderList.lo ./pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorNaive.lo ./pwiz/data/proteome/Reader.lo ./pwiz/data/misc/FrequencyData.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ZeroSamplesFilter.lo ./pwiz/utility/misc/BinaryData.lo ./pwiz/data/identdata/Serializer_protXML.lo ./pwiz/utility/chemistry/MZTolerance.lo ./pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/Reader_UNIFI.lo ./pwiz/data/vendor_readers/Agilent/ChromatogramList_Agilent.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/MS2NoiseFilter.lo ./pwiz/data/identdata/Reader.lo ./pwiz/utility/misc/IterationListener.lo pwiz/data/tradata/examples.lo ./pwiz/data/common/CVTranslator.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PeakPicker.lo ./pwiz/data/common/Unimod.lo ./pwiz/data/proteome/Version.lo ./pwiz/data/identdata/IO.lo ./pwiz/data/msdata/Serializer_mzXML.lo ./pwiz/data/identdata/DefaultReaderList.lo ./pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorMatchedFilter.lo ./pwiz/analysis/common/ExtraZeroSamplesFilter.lo ./pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.lo ./pwiz/utility/minimxml/SAXParser.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_IonMobility.lo ./pwiz/data/identdata/IdentDataFile.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Demux.lo ./pwiz/data/msdata/Serializer_mzML.lo ./pwiz/data/identdata/Pep2MzIdent.lo ./pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/Reader_Shimadzu.lo ./pwiz/analysis/passive/RegionSIC.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_LockmassRefiner.lo ./pwiz/analysis/passive/RunSummary.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PrecursorRefine.lo pwiz/data/tradata/References.lo ./pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/ChromatogramList_Shimadzu.lo ./pwiz/analysis/common/ZeroSampleFiller.lo ./pwiz/utility/misc/MSIHandler.lo ./pwiz/data/msdata/LegacyAdapter.lo ./pwiz/data/msdata/MSDataMerger.lo ./pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Detail.lo ./pwiz/data/proteome/ProteomeData.lo ./pwiz/analysis/common/LocalMaximumPeakDetector.lo ./pwiz/data/vendor_readers/Agilent/SpectrumList_Agilent.lo ./pwiz/analysis/passive/MSDataAnalyzer.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_MZRefiner.lo ./pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_XICGenerator.lo ./pwiz/utility/math/Parabola.lo ./pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.lo ./pwiz/data/vendor_readers/Bruker/ChromatogramList_Bruker.lo ./pwiz/data/vendor_readers/ABI/Reader_ABI.lo ./pwiz/data/vendor_readers/ABI/T2D/Reader_ABI_T2D.lo ./pwiz/data/common/BinaryIndexStream.lo ./pwiz/analysis/passive/SpectrumBinaryData.lo ./pwiz/data/common/obo.lo ./pwiz/data/vendor_readers/UIMF/SpectrumList_UIMF.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ChargeFromIsotope.lo ./pwiz/utility/chemistry/IsotopeTable.lo ./pwiz/analysis/demux/DemuxHelpers.lo ./libraries/libsvm-3.0/svm.lo ./pwiz/analysis/demux/SpectrumPeakExtractor.lo ./pwiz/data/msdata/SpectrumList_mzXML.lo ./pwiz/data/common/ParamTypes.lo pwiz/data/tradata/Serializer_traML.lo ./pwiz/analysis/peakdetect/PeakFamilyDetectorFT.lo ./pwiz/data/msdata/DefaultReaderList.lo ./pwiz/data/misc/PeakData.lo ./pwiz/analysis/passive/TabularConfig.lo ./pwiz/data/vendor_readers/Waters/SpectrumList_Waters.lo ./pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramListFactory.lo ./pwiz/analysis/frequency/MagnitudeLorentzian.lo ./pwiz/data/proteome/Peptide.lo ./pwiz/data/msdata/SpectrumList_mzML.lo ./pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/SpectrumList_Shimadzu.lo ./pwiz/data/msdata/Reader.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Sorter.lo ./pwiz/utility/misc/Filesystem.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PeakFilter.lo ./pwiz/analysis/frequency/TruncatedLorentzianParameters.lo ./pwiz/utility/misc/random_access_compressed_ifstream.lo ./pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_LockmassRefiner.lo ./pwiz/data/vendor_readers/Agilent/Reader_Agilent.lo pwiz/data/tradata/TraDataFile.lo ./pwiz/data/proteome/ProteomeDataFile.lo ./pwiz/data/identdata/KwCVMap.lo ./pwiz/data/identdata/Serializer_mzid.lo ./pwiz/data/identdata/References.lo ./pwiz/analysis/frequency/MagnitudeLorentzianTestData.lo ./pwiz/data/msdata/SpectrumIterator.lo -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=link x86_64-linux-gnu-g++ -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -version-info 3:0:0 -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -o libpwiz.la -rpath /usr/lib ./libraries/boost_aux/libs/nowide/src/iostream.lo ./pwiz/utility/math/erf.lo ./pwiz/data/identdata/Version.lo pwiz/data/tradata/Reader.lo ./pwiz/data/msdata/Diff.lo ./pwiz/data/vendor_readers/Thermo/SpectrumList_Thermo.lo ./pwiz/analysis/peakdetect/PeakFitter.lo ./pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/SpectrumList_UNIFI.lo ./pwiz/utility/minimxml/XMLWriter.lo pwiz/data/tradata/DefaultReaderList.lo ./pwiz/analysis/demux/DemuxDebugWriter.lo ./pwiz/data/msdata/BinaryDataEncoder.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_3D.lo ./pwiz/analysis/passive/RegionSlice.lo ./pwiz/analysis/peptideid/PeptideIDMap.lo ./pwiz/analysis/frequency/TruncatedLorentzianEstimator.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/PrecursorRecalculatorDefault.lo ./pwiz/utility/proteome/IPIFASTADatabase.lo pwiz/Version.lo ./pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/Reader_UNIFI_Detail.lo ./pwiz/data/identdata/IdentData.lo ./pwiz/data/msdata/Version.lo ./pwiz/analysis/peakdetect/PeakelPicker.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_TitleMaker.lo ./pwiz/data/vendor_readers/ABI/T2D/SpectrumList_ABI_T2D.lo ./pwiz/data/msdata/SpectrumListCache.lo pwiz_tools/common/MSDataAnalyzerApplication.lo ./pwiz/analysis/demux/CubicHermiteSpline.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ScanSummer.lo ./pwiz/utility/misc/TabReader.lo ./pwiz/analysis/peakdetect/FeatureModeler.lo ./pwiz/data/msdata/Serializer_MSn.lo ./pwiz/data/common/diff_std.lo ./pwiz/data/vendor_readers/ABI/ChromatogramList_ABI.lo ./pwiz/analysis/peakdetect/PeakelGrower.lo ./pwiz/data/proteome/AminoAcid.lo ./pwiz/data/proteome/DefaultReaderList.lo ./pwiz/analysis/peptideid/PeptideID_pepXML.lo ./pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorMatchedFilterTestData.lo ./pwiz/analysis/peakdetect/PeakExtractor.lo ./pwiz/utility/misc/Base64.lo ./pwiz/data/msdata/SpectrumList_BTDX.lo ./pwiz/data/msdata/MSDataFile.lo ./pwiz/data/proteome/Reader_FASTA.lo ./pwiz/data/msdata/IO.lo ./pwiz/analysis/common/CwtPeakDetector.lo ./pwiz/analysis/peakdetect/FeatureDetectorSimple.lo ./pwiz/utility/misc/SHA1.lo ./pwiz/utility/misc/VendorReaderTestHarness.lo ./pwiz/analysis/demux/DemuxSolver.lo ./pwiz/data/msdata/SpectrumWorkerThreads.lo ./pwiz/data/identdata/DelimWriter.lo pwiz/data/tradata/IO.lo ./pwiz/analysis/frequency/TruncatedLorentzian.lo pwiz/data/tradata/TraData.lo ./pwiz/data/msdata/SpectrumList_MSn.lo pwiz/analysis/proteome_processing/ProteinList_DecoyGenerator.lo ./pwiz/analysis/demux/MatrixIO.lo ./pwiz/data/vendor_readers/Waters/ChromatogramList_Waters.lo ./pwiz/analysis/common/WhittakerSmoother.lo ./pwiz/analysis/demux/OverlapDemultiplexer.lo ./pwiz/data/common/cv.lo ./pwiz/analysis/demux/DemuxDebugReader.lo ./pwiz/data/msdata/MSNumpress.lo ./pwiz/data/msdata/examples.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_MZWindow.lo ./pwiz/analysis/demux/PrecursorMaskCodec.lo pwiz/data/tradata/Diff.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Smoother.lo ./pwiz/data/proteome/Digestion.lo ./pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker.lo ./pwiz/data/msdata/ChromatogramList_mzML.lo ./pwiz/data/misc/MinimumPepXML.lo ./pwiz/utility/chemistry/IsotopeEnvelopeEstimator.lo ./pwiz/analysis/common/SavitzkyGolaySmoother.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PrecursorRecalculator.lo pwiz/analysis/proteome_processing/ProteinListFactory.lo ./pwiz/utility/math/Stats.lo ./pwiz/analysis/passive/RegionAnalyzer.lo ./pwiz/data/identdata/Serializer_Text.lo ./pwiz/analysis/passive/RegionTIC.lo ./pwiz/data/proteome/Serializer_FASTA.lo ./pwiz/data/proteome/Modification.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ChargeStateCalculator.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/ThresholdFilter.lo ./pwiz/data/misc/FrequencyDataTestData.lo ./pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.lo ./pwiz/data/vendor_readers/Thermo/ChromatogramList_Thermo.lo ./pwiz/data/identdata/Serializer_pepXML.lo ./pwiz/analysis/peakdetect/MZRTField.lo ./pwiz/data/proteome/Diff.lo ./pwiz/utility/chemistry/Chemistry.lo ./pwiz/data/identdata/Diff.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Filter.lo ./pwiz/data/proteome/ProteinListCache.lo ./pwiz/analysis/peakdetect/Noise.lo pwiz/data/tradata/Version.lo ./pwiz/utility/chemistry/ChemistryData.lo ./libraries/CSpline/CSpline.lo ./pwiz/data/msdata/Index_mzML.lo ./pwiz/analysis/frequency/ParameterEstimator.lo ./pwiz/analysis/frequency/FrequencyEstimatorSimple.lo ./pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_Filter.lo ./pwiz/analysis/passive/PepXMLCat.lo ./pwiz/analysis/peakdetect/FeatureDetectorPeakel.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/MS2Deisotoper.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_MetadataFixer.lo ./pwiz/data/vendor_readers/Waters/Reader_Waters.lo ./pwiz/data/msdata/SpectrumInfo.lo ./pwiz/analysis/peptideid/PeptideID_flat.lo ./pwiz/data/identdata/examples.lo ./pwiz/analysis/frequency/FrequencyEstimatorPhysicalModel.lo ./pwiz/utility/misc/IntegerSet.lo ./pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_SavitzkyGolaySmoother.lo ./pwiz/analysis/demux/MSXDemultiplexer.lo ./pwiz/analysis/Version.lo ./pwiz/data/common/MemoryIndex.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/PrecursorMassFilter.lo ./pwiz/data/vendor_readers/Thermo/Reader_Thermo.lo ./pwiz/utility/misc/SHA1Calculator.lo ./pwiz/analysis/peakdetect/PeakFamilyDetector.lo ./pwiz/analysis/peakdetect/PeakFamilyDetectorFTTestData.lo ./pwiz/data/identdata/DelimReader.lo ./pwiz/data/msdata/References.lo ./pwiz/analysis/passive/MetadataReporter.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumListFactory.lo pwiz/analysis/proteome_processing/ProteinList_Filter.lo ./pwiz/data/vendor_readers/ABI/SpectrumList_ABI.lo ./pwiz/analysis/passive/MSDataCache.lo ./pwiz/analysis/passive/SpectrumTable.lo ./pwiz/data/vendor_readers/UIMF/Reader_UIMF.lo ./pwiz/analysis/peakdetect/PeakFinder.lo ./pwiz/data/proteome/examples.lo ./pwiz/data/msdata/MSData.lo ./pwiz/utility/chemistry/IsotopeCalculator.lo ./pwiz/data/vendor_readers/ExtendedReaderList.lo ./pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorNaive.lo ./pwiz/data/proteome/Reader.lo ./pwiz/data/misc/FrequencyData.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ZeroSamplesFilter.lo ./pwiz/utility/misc/BinaryData.lo ./pwiz/data/identdata/Serializer_protXML.lo ./pwiz/utility/chemistry/MZTolerance.lo ./pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/Reader_UNIFI.lo ./pwiz/data/vendor_readers/Agilent/ChromatogramList_Agilent.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/MS2NoiseFilter.lo ./pwiz/data/identdata/Reader.lo ./pwiz/utility/misc/IterationListener.lo pwiz/data/tradata/examples.lo ./pwiz/data/common/CVTranslator.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PeakPicker.lo ./pwiz/data/common/Unimod.lo ./pwiz/data/proteome/Version.lo ./pwiz/data/identdata/IO.lo ./pwiz/data/msdata/Serializer_mzXML.lo ./pwiz/data/identdata/DefaultReaderList.lo ./pwiz/analysis/frequency/PeakDetectorMatchedFilter.lo ./pwiz/analysis/common/ExtraZeroSamplesFilter.lo ./pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.lo ./pwiz/utility/minimxml/SAXParser.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_IonMobility.lo ./pwiz/data/identdata/IdentDataFile.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Demux.lo ./pwiz/data/msdata/Serializer_mzML.lo ./pwiz/data/identdata/Pep2MzIdent.lo ./pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/Reader_Shimadzu.lo ./pwiz/analysis/passive/RegionSIC.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_LockmassRefiner.lo ./pwiz/analysis/passive/RunSummary.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PrecursorRefine.lo pwiz/data/tradata/References.lo ./pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/ChromatogramList_Shimadzu.lo ./pwiz/analysis/common/ZeroSampleFiller.lo ./pwiz/utility/misc/MSIHandler.lo ./pwiz/data/msdata/LegacyAdapter.lo ./pwiz/data/msdata/MSDataMerger.lo ./pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Detail.lo ./pwiz/data/proteome/ProteomeData.lo ./pwiz/analysis/common/LocalMaximumPeakDetector.lo ./pwiz/data/vendor_readers/Agilent/SpectrumList_Agilent.lo ./pwiz/analysis/passive/MSDataAnalyzer.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_MZRefiner.lo ./pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_XICGenerator.lo ./pwiz/utility/math/Parabola.lo ./pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.lo ./pwiz/data/vendor_readers/Bruker/ChromatogramList_Bruker.lo ./pwiz/data/vendor_readers/ABI/Reader_ABI.lo ./pwiz/data/vendor_readers/ABI/T2D/Reader_ABI_T2D.lo ./pwiz/data/common/BinaryIndexStream.lo ./pwiz/analysis/passive/SpectrumBinaryData.lo ./pwiz/data/common/obo.lo ./pwiz/data/vendor_readers/UIMF/SpectrumList_UIMF.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_ChargeFromIsotope.lo ./pwiz/utility/chemistry/IsotopeTable.lo ./pwiz/analysis/demux/DemuxHelpers.lo ./libraries/libsvm-3.0/svm.lo ./pwiz/analysis/demux/SpectrumPeakExtractor.lo ./pwiz/data/msdata/SpectrumList_mzXML.lo ./pwiz/data/common/ParamTypes.lo pwiz/data/tradata/Serializer_traML.lo ./pwiz/analysis/peakdetect/PeakFamilyDetectorFT.lo ./pwiz/data/msdata/DefaultReaderList.lo ./pwiz/data/misc/PeakData.lo ./pwiz/analysis/passive/TabularConfig.lo ./pwiz/data/vendor_readers/Waters/SpectrumList_Waters.lo ./pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramListFactory.lo ./pwiz/analysis/frequency/MagnitudeLorentzian.lo ./pwiz/data/proteome/Peptide.lo ./pwiz/data/msdata/SpectrumList_mzML.lo ./pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/SpectrumList_Shimadzu.lo ./pwiz/data/msdata/Reader.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_Sorter.lo ./pwiz/utility/misc/Filesystem.lo ./pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_PeakFilter.lo ./pwiz/analysis/frequency/TruncatedLorentzianParameters.lo ./pwiz/utility/misc/random_access_compressed_ifstream.lo ./pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_LockmassRefiner.lo ./pwiz/data/vendor_readers/Agilent/Reader_Agilent.lo pwiz/data/tradata/TraDataFile.lo ./pwiz/data/proteome/ProteomeDataFile.lo ./pwiz/data/identdata/KwCVMap.lo ./pwiz/data/identdata/Serializer_mzid.lo ./pwiz/data/identdata/References.lo ./pwiz/analysis/frequency/MagnitudeLorentzianTestData.lo ./pwiz/data/msdata/SpectrumIterator.lo -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono libtool: link: x86_64-linux-gnu-g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/10/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/10/crtbeginS.o ./libraries/boost_aux/libs/nowide/src/.libs/iostream.o ./pwiz/utility/math/.libs/erf.o ./pwiz/data/identdata/.libs/Version.o pwiz/data/tradata/.libs/Reader.o ./pwiz/data/msdata/.libs/Diff.o ./pwiz/data/vendor_readers/Thermo/.libs/SpectrumList_Thermo.o ./pwiz/analysis/peakdetect/.libs/PeakFitter.o ./pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/.libs/SpectrumList_UNIFI.o ./pwiz/utility/minimxml/.libs/XMLWriter.o pwiz/data/tradata/.libs/DefaultReaderList.o ./pwiz/analysis/demux/.libs/DemuxDebugWriter.o ./pwiz/data/msdata/.libs/BinaryDataEncoder.o ./pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/SpectrumList_3D.o ./pwiz/analysis/passive/.libs/RegionSlice.o ./pwiz/analysis/peptideid/.libs/PeptideIDMap.o ./pwiz/analysis/frequency/.libs/TruncatedLorentzianEstimator.o ./pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/PrecursorRecalculatorDefault.o ./pwiz/utility/proteome/.libs/IPIFASTADatabase.o pwiz/.libs/Version.o ./pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/.libs/Reader_UNIFI_Detail.o ./pwiz/data/identdata/.libs/IdentData.o ./pwiz/data/msdata/.libs/Version.o ./pwiz/analysis/peakdetect/.libs/PeakelPicker.o ./pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/SpectrumList_TitleMaker.o ./pwiz/data/vendor_readers/ABI/T2D/.libs/SpectrumList_ABI_T2D.o ./pwiz/data/msdata/.libs/SpectrumListCache.o pwiz_tools/common/.libs/MSDataAnalyzerApplication.o ./pwiz/analysis/demux/.libs/CubicHermiteSpline.o ./pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/SpectrumList_ScanSummer.o ./pwiz/utility/misc/.libs/TabReader.o ./pwiz/analysis/peakdetect/.libs/FeatureModeler.o ./pwiz/data/msdata/.libs/Serializer_MSn.o ./pwiz/data/common/.libs/diff_std.o ./pwiz/data/vendor_readers/ABI/.libs/ChromatogramList_ABI.o ./pwiz/analysis/peakdetect/.libs/PeakelGrower.o ./pwiz/data/proteome/.libs/AminoAcid.o ./pwiz/data/proteome/.libs/DefaultReaderList.o ./pwiz/analysis/peptideid/.libs/PeptideID_pepXML.o ./pwiz/analysis/frequency/.libs/PeakDetectorMatchedFilterTestData.o ./pwiz/analysis/peakdetect/.libs/PeakExtractor.o ./pwiz/utility/misc/.libs/Base64.o ./pwiz/data/msdata/.libs/SpectrumList_BTDX.o ./pwiz/data/msdata/.libs/MSDataFile.o ./pwiz/data/proteome/.libs/Reader_FASTA.o ./pwiz/data/msdata/.libs/IO.o ./pwiz/analysis/common/.libs/CwtPeakDetector.o ./pwiz/analysis/peakdetect/.libs/FeatureDetectorSimple.o ./pwiz/utility/misc/.libs/SHA1.o ./pwiz/utility/misc/.libs/VendorReaderTestHarness.o ./pwiz/analysis/demux/.libs/DemuxSolver.o ./pwiz/data/msdata/.libs/SpectrumWorkerThreads.o ./pwiz/data/identdata/.libs/DelimWriter.o pwiz/data/tradata/.libs/IO.o ./pwiz/analysis/frequency/.libs/TruncatedLorentzian.o pwiz/data/tradata/.libs/TraData.o ./pwiz/data/msdata/.libs/SpectrumList_MSn.o pwiz/analysis/proteome_processing/.libs/ProteinList_DecoyGenerator.o ./pwiz/analysis/demux/.libs/MatrixIO.o ./pwiz/data/vendor_readers/Waters/.libs/ChromatogramList_Waters.o ./pwiz/analysis/common/.libs/WhittakerSmoother.o ./pwiz/analysis/demux/.libs/OverlapDemultiplexer.o ./pwiz/data/common/.libs/cv.o ./pwiz/analysis/demux/.libs/DemuxDebugReader.o ./pwiz/data/msdata/.libs/MSNumpress.o ./pwiz/data/msdata/.libs/examples.o ./pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/SpectrumList_MZWindow.o ./pwiz/analysis/demux/.libs/PrecursorMaskCodec.o pwiz/data/tradata/.libs/Diff.o ./pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/SpectrumList_Smoother.o ./pwiz/data/proteome/.libs/Digestion.o ./pwiz/data/vendor_readers/Bruker/.libs/Reader_Bruker.o ./pwiz/data/msdata/.libs/ChromatogramList_mzML.o ./pwiz/data/misc/.libs/MinimumPepXML.o ./pwiz/utility/chemistry/.libs/IsotopeEnvelopeEstimator.o ./pwiz/analysis/common/.libs/SavitzkyGolaySmoother.o ./pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/SpectrumList_PrecursorRecalculator.o pwiz/analysis/proteome_processing/.libs/ProteinListFactory.o ./pwiz/utility/math/.libs/Stats.o ./pwiz/analysis/passive/.libs/RegionAnalyzer.o ./pwiz/data/identdata/.libs/Serializer_Text.o ./pwiz/analysis/passive/.libs/RegionTIC.o ./pwiz/data/proteome/.libs/Serializer_FASTA.o ./pwiz/data/proteome/.libs/Modification.o ./pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/SpectrumList_ChargeStateCalculator.o ./pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/ThresholdFilter.o ./pwiz/data/misc/.libs/FrequencyDataTestData.o ./pwiz/data/msdata/.libs/SpectrumList_MGF.o ./pwiz/data/vendor_readers/Thermo/.libs/ChromatogramList_Thermo.o ./pwiz/data/identdata/.libs/Serializer_pepXML.o ./pwiz/analysis/peakdetect/.libs/MZRTField.o ./pwiz/data/proteome/.libs/Diff.o ./pwiz/utility/chemistry/.libs/Chemistry.o ./pwiz/data/identdata/.libs/Diff.o ./pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/SpectrumList_Filter.o ./pwiz/data/proteome/.libs/ProteinListCache.o ./pwiz/analysis/peakdetect/.libs/Noise.o pwiz/data/tradata/.libs/Version.o ./pwiz/utility/chemistry/.libs/ChemistryData.o ./libraries/CSpline/.libs/CSpline.o ./pwiz/data/msdata/.libs/Index_mzML.o ./pwiz/analysis/frequency/.libs/ParameterEstimator.o ./pwiz/analysis/frequency/.libs/FrequencyEstimatorSimple.o ./pwiz/analysis/chromatogram_processing/.libs/ChromatogramList_Filter.o ./pwiz/analysis/passive/.libs/PepXMLCat.o ./pwiz/analysis/peakdetect/.libs/FeatureDetectorPeakel.o ./pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/MS2Deisotoper.o ./pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/SpectrumList_MetadataFixer.o ./pwiz/data/vendor_readers/Waters/.libs/Reader_Waters.o ./pwiz/data/msdata/.libs/SpectrumInfo.o ./pwiz/analysis/peptideid/.libs/PeptideID_flat.o ./pwiz/data/identdata/.libs/examples.o ./pwiz/analysis/frequency/.libs/FrequencyEstimatorPhysicalModel.o ./pwiz/utility/misc/.libs/IntegerSet.o ./pwiz/analysis/chromatogram_processing/.libs/ChromatogramList_SavitzkyGolaySmoother.o ./pwiz/analysis/demux/.libs/MSXDemultiplexer.o ./pwiz/analysis/.libs/Version.o ./pwiz/data/common/.libs/MemoryIndex.o ./pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/PrecursorMassFilter.o ./pwiz/data/vendor_readers/Thermo/.libs/Reader_Thermo.o ./pwiz/utility/misc/.libs/SHA1Calculator.o ./pwiz/analysis/peakdetect/.libs/PeakFamilyDetector.o ./pwiz/analysis/peakdetect/.libs/PeakFamilyDetectorFTTestData.o ./pwiz/data/identdata/.libs/DelimReader.o ./pwiz/data/msdata/.libs/References.o ./pwiz/analysis/passive/.libs/MetadataReporter.o ./pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/SpectrumListFactory.o pwiz/analysis/proteome_processing/.libs/ProteinList_Filter.o ./pwiz/data/vendor_readers/ABI/.libs/SpectrumList_ABI.o ./pwiz/analysis/passive/.libs/MSDataCache.o ./pwiz/analysis/passive/.libs/SpectrumTable.o ./pwiz/data/vendor_readers/UIMF/.libs/Reader_UIMF.o ./pwiz/analysis/peakdetect/.libs/PeakFinder.o ./pwiz/data/proteome/.libs/examples.o ./pwiz/data/msdata/.libs/MSData.o ./pwiz/utility/chemistry/.libs/IsotopeCalculator.o ./pwiz/data/vendor_readers/.libs/ExtendedReaderList.o ./pwiz/analysis/frequency/.libs/PeakDetectorNaive.o ./pwiz/data/proteome/.libs/Reader.o ./pwiz/data/misc/.libs/FrequencyData.o ./pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/SpectrumList_ZeroSamplesFilter.o ./pwiz/utility/misc/.libs/BinaryData.o ./pwiz/data/identdata/.libs/Serializer_protXML.o ./pwiz/utility/chemistry/.libs/MZTolerance.o ./pwiz/data/vendor_readers/UNIFI/.libs/Reader_UNIFI.o ./pwiz/data/vendor_readers/Agilent/.libs/ChromatogramList_Agilent.o ./pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/MS2NoiseFilter.o ./pwiz/data/identdata/.libs/Reader.o ./pwiz/utility/misc/.libs/IterationListener.o pwiz/data/tradata/.libs/examples.o ./pwiz/data/common/.libs/CVTranslator.o ./pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/SpectrumList_PeakPicker.o ./pwiz/data/common/.libs/Unimod.o ./pwiz/data/proteome/.libs/Version.o ./pwiz/data/identdata/.libs/IO.o ./pwiz/data/msdata/.libs/Serializer_mzXML.o ./pwiz/data/identdata/.libs/DefaultReaderList.o ./pwiz/analysis/frequency/.libs/PeakDetectorMatchedFilter.o ./pwiz/analysis/common/.libs/ExtraZeroSamplesFilter.o ./pwiz/data/vendor_readers/Bruker/.libs/SpectrumList_Bruker.o ./pwiz/utility/minimxml/.libs/SAXParser.o ./pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/SpectrumList_IonMobility.o ./pwiz/data/identdata/.libs/IdentDataFile.o ./pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/SpectrumList_Demux.o ./pwiz/data/msdata/.libs/Serializer_mzML.o ./pwiz/data/identdata/.libs/Pep2MzIdent.o ./pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/.libs/Reader_Shimadzu.o ./pwiz/analysis/passive/.libs/RegionSIC.o ./pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/SpectrumList_LockmassRefiner.o ./pwiz/analysis/passive/.libs/RunSummary.o ./pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/SpectrumList_PrecursorRefine.o pwiz/data/tradata/.libs/References.o ./pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/.libs/ChromatogramList_Shimadzu.o ./pwiz/analysis/common/.libs/ZeroSampleFiller.o ./pwiz/utility/misc/.libs/MSIHandler.o ./pwiz/data/msdata/.libs/LegacyAdapter.o ./pwiz/data/msdata/.libs/MSDataMerger.o ./pwiz/data/vendor_readers/Bruker/.libs/Reader_Bruker_Detail.o ./pwiz/data/proteome/.libs/ProteomeData.o ./pwiz/analysis/common/.libs/LocalMaximumPeakDetector.o ./pwiz/data/vendor_readers/Agilent/.libs/SpectrumList_Agilent.o ./pwiz/analysis/passive/.libs/MSDataAnalyzer.o ./pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/SpectrumList_MZRefiner.o ./pwiz/analysis/chromatogram_processing/.libs/ChromatogramList_XICGenerator.o ./pwiz/utility/math/.libs/Parabola.o ./pwiz/data/msdata/.libs/Serializer_MGF.o ./pwiz/data/vendor_readers/Bruker/.libs/ChromatogramList_Bruker.o ./pwiz/data/vendor_readers/ABI/.libs/Reader_ABI.o ./pwiz/data/vendor_readers/ABI/T2D/.libs/Reader_ABI_T2D.o ./pwiz/data/common/.libs/BinaryIndexStream.o ./pwiz/analysis/passive/.libs/SpectrumBinaryData.o ./pwiz/data/common/.libs/obo.o ./pwiz/data/vendor_readers/UIMF/.libs/SpectrumList_UIMF.o ./pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/SpectrumList_ChargeFromIsotope.o ./pwiz/utility/chemistry/.libs/IsotopeTable.o ./pwiz/analysis/demux/.libs/DemuxHelpers.o ./libraries/libsvm-3.0/.libs/svm.o ./pwiz/analysis/demux/.libs/SpectrumPeakExtractor.o ./pwiz/data/msdata/.libs/SpectrumList_mzXML.o ./pwiz/data/common/.libs/ParamTypes.o pwiz/data/tradata/.libs/Serializer_traML.o ./pwiz/analysis/peakdetect/.libs/PeakFamilyDetectorFT.o ./pwiz/data/msdata/.libs/DefaultReaderList.o ./pwiz/data/misc/.libs/PeakData.o ./pwiz/analysis/passive/.libs/TabularConfig.o ./pwiz/data/vendor_readers/Waters/.libs/SpectrumList_Waters.o ./pwiz/analysis/chromatogram_processing/.libs/ChromatogramListFactory.o ./pwiz/analysis/frequency/.libs/MagnitudeLorentzian.o ./pwiz/data/proteome/.libs/Peptide.o ./pwiz/data/msdata/.libs/SpectrumList_mzML.o ./pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu/.libs/SpectrumList_Shimadzu.o ./pwiz/data/msdata/.libs/Reader.o ./pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/SpectrumList_Sorter.o ./pwiz/utility/misc/.libs/Filesystem.o ./pwiz/analysis/spectrum_processing/.libs/SpectrumList_PeakFilter.o ./pwiz/analysis/frequency/.libs/TruncatedLorentzianParameters.o ./pwiz/utility/misc/.libs/random_access_compressed_ifstream.o ./pwiz/analysis/chromatogram_processing/.libs/ChromatogramList_LockmassRefiner.o ./pwiz/data/vendor_readers/Agilent/.libs/Reader_Agilent.o pwiz/data/tradata/.libs/TraDataFile.o ./pwiz/data/proteome/.libs/ProteomeDataFile.o ./pwiz/data/identdata/.libs/KwCVMap.o ./pwiz/data/identdata/.libs/Serializer_mzid.o ./pwiz/data/identdata/.libs/References.o ./pwiz/analysis/frequency/.libs/MagnitudeLorentzianTestData.o ./pwiz/data/msdata/.libs/SpectrumIterator.o -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lboost_thread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/10 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/10/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/10/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/10/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/10/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/10/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-z -Wl,now -pthread -pthread -Wl,-soname -Wl,libpwiz.so.3 -o .libs/libpwiz.so.3.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libpwiz.so.3" && ln -s "libpwiz.so.3.0.0" "libpwiz.so.3") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libpwiz.so" && ln -s "libpwiz.so.3.0.0" "libpwiz.so") @@ -3284,7 +3319,7 @@ libtool: link: x86_64-linux-gnu-ranlib .libs/libpwiz.a libtool: link: rm -fr .libs/libpwiz.lax libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libpwiz.la" && ln -s "../libpwiz.la" "libpwiz.la" ) -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=link x86_64-linux-gnu-g++ -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -o txt2mzml ./pwiz_tools/examples/txt2mzml.o libpwiz.la -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=link x86_64-linux-gnu-g++ -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -o txt2mzml ./pwiz_tools/examples/txt2mzml.o libpwiz.la -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono libtool: link: x86_64-linux-gnu-g++ -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-z -Wl,now -o .libs/txt2mzml ./pwiz_tools/examples/txt2mzml.o -pthread -pthread -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu ./.libs/libpwiz.so -lboost_thread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -pthread depbase=`echo pwiz_tools/commandline/msconvert.o | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.o$||'`;\ x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz_tools/commandline/msconvert.o -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz_tools/commandline/msconvert.o pwiz_tools/commandline/msconvert.cpp &&\ @@ -3301,17 +3336,17 @@ pwiz_tools/commandline/msconvert.cpp:967:50: warning: macro "__TIME__" might prevent reproducible builds [-Wdate-time] 967 | << "Build date: " << __DATE__ << " " << __TIME__ << endl; | ^~~~~~~~ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=link x86_64-linux-gnu-g++ -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -o msconvert pwiz_tools/commandline/msconvert.o libpwiz.la -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=link x86_64-linux-gnu-g++ -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -o msconvert pwiz_tools/commandline/msconvert.o libpwiz.la -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono libtool: link: x86_64-linux-gnu-g++ -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-z -Wl,now -o .libs/msconvert pwiz_tools/commandline/msconvert.o -pthread -pthread -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu ./.libs/libpwiz.so -lboost_thread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -pthread depbase=`echo pwiz_tools/examples/mscat.o | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.o$||'`;\ x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz_tools/examples/mscat.o -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz_tools/examples/mscat.o pwiz_tools/examples/mscat.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Po -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=link x86_64-linux-gnu-g++ -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -o mscat ./pwiz_tools/examples/mscat.o libpwiz.la -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=link x86_64-linux-gnu-g++ -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -o mscat ./pwiz_tools/examples/mscat.o libpwiz.la -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono libtool: link: x86_64-linux-gnu-g++ -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-z -Wl,now -o .libs/mscat ./pwiz_tools/examples/mscat.o -pthread -pthread -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu ./.libs/libpwiz.so -lboost_thread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -pthread depbase=`echo pwiz_tools/examples/hello_analyzer_2.o | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.o$||'`;\ x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz_tools/examples/hello_analyzer_2.o -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz_tools/examples/hello_analyzer_2.o pwiz_tools/examples/hello_analyzer_2.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Po -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=link x86_64-linux-gnu-g++ -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -o hello_analyzer_2 ./pwiz_tools/examples/hello_analyzer_2.o libpwiz.la -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=link x86_64-linux-gnu-g++ -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -o hello_analyzer_2 ./pwiz_tools/examples/hello_analyzer_2.o libpwiz.la -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono libtool: link: x86_64-linux-gnu-g++ -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-z -Wl,now -o .libs/hello_analyzer_2 ./pwiz_tools/examples/hello_analyzer_2.o -pthread -pthread -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu ./.libs/libpwiz.so -lboost_thread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -pthread depbase=`echo pwiz_tools/commandline/idconvert.o | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.o$||'`;\ x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz_tools/commandline/idconvert.o -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz_tools/commandline/idconvert.o pwiz_tools/commandline/idconvert.cpp &&\ @@ -3328,48 +3363,48 @@ pwiz_tools/commandline/idconvert.cpp:543:50: warning: macro "__TIME__" might prevent reproducible builds [-Wdate-time] 543 | << "Build date: " << __DATE__ << " " << __TIME__ << endl; | ^~~~~~~~ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=link x86_64-linux-gnu-g++ -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -o idconvert pwiz_tools/commandline/idconvert.o libpwiz.la -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=link x86_64-linux-gnu-g++ -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -o idconvert pwiz_tools/commandline/idconvert.o libpwiz.la -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono libtool: link: x86_64-linux-gnu-g++ -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-z -Wl,now -o .libs/idconvert pwiz_tools/commandline/idconvert.o -pthread -pthread -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu ./.libs/libpwiz.so -lboost_thread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -pthread depbase=`echo pwiz_tools/examples/write_example_files.o | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.o$||'`;\ x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz_tools/examples/write_example_files.o -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz_tools/examples/write_example_files.o pwiz_tools/examples/write_example_files.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Po -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=link x86_64-linux-gnu-g++ -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -o write_example_files ./pwiz_tools/examples/write_example_files.o libpwiz.la -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=link x86_64-linux-gnu-g++ -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -o write_example_files ./pwiz_tools/examples/write_example_files.o libpwiz.la -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono libtool: link: x86_64-linux-gnu-g++ -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-z -Wl,now -o .libs/write_example_files ./pwiz_tools/examples/write_example_files.o -pthread -pthread -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu ./.libs/libpwiz.so -lboost_thread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -pthread depbase=`echo pwiz_tools/examples/hello_msdata.o | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.o$||'`;\ x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz_tools/examples/hello_msdata.o -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz_tools/examples/hello_msdata.o pwiz_tools/examples/hello_msdata.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Po -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=link x86_64-linux-gnu-g++ -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -o hello_msdata ./pwiz_tools/examples/hello_msdata.o libpwiz.la -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=link x86_64-linux-gnu-g++ -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -o hello_msdata ./pwiz_tools/examples/hello_msdata.o libpwiz.la -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono libtool: link: x86_64-linux-gnu-g++ -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-z -Wl,now -o .libs/hello_msdata ./pwiz_tools/examples/hello_msdata.o -pthread -pthread -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu ./.libs/libpwiz.so -lboost_thread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -pthread depbase=`echo pwiz_tools/examples/write_mzid_example_files.o | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.o$||'`;\ x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz_tools/examples/write_mzid_example_files.o -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz_tools/examples/write_mzid_example_files.o pwiz_tools/examples/write_mzid_example_files.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Po -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=link x86_64-linux-gnu-g++ -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -o write_mzid_example_files ./pwiz_tools/examples/write_mzid_example_files.o libpwiz.la -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=link x86_64-linux-gnu-g++ -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -o write_mzid_example_files ./pwiz_tools/examples/write_mzid_example_files.o libpwiz.la -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono libtool: link: x86_64-linux-gnu-g++ -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-z -Wl,now -o .libs/write_mzid_example_files ./pwiz_tools/examples/write_mzid_example_files.o -pthread -pthread -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu ./.libs/libpwiz.so -lboost_thread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -pthread depbase=`echo pwiz_tools/examples/hello_analyzer.o | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.o$||'`;\ x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz_tools/examples/hello_analyzer.o -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz_tools/examples/hello_analyzer.o pwiz_tools/examples/hello_analyzer.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Po -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=link x86_64-linux-gnu-g++ -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -o hello_analyzer ./pwiz_tools/examples/hello_analyzer.o libpwiz.la -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=link x86_64-linux-gnu-g++ -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -o hello_analyzer ./pwiz_tools/examples/hello_analyzer.o libpwiz.la -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono libtool: link: x86_64-linux-gnu-g++ -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-z -Wl,now -o .libs/hello_analyzer ./pwiz_tools/examples/hello_analyzer.o -pthread -pthread -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu ./.libs/libpwiz.so -lboost_thread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -pthread depbase=`echo pwiz_tools/examples/write_proteome_example_files.o | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.o$||'`;\ x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz_tools/examples/write_proteome_example_files.o -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz_tools/examples/write_proteome_example_files.o pwiz_tools/examples/write_proteome_example_files.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Po -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=link x86_64-linux-gnu-g++ -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -o write_proteome_example_files ./pwiz_tools/examples/write_proteome_example_files.o libpwiz.la -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=link x86_64-linux-gnu-g++ -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -o write_proteome_example_files ./pwiz_tools/examples/write_proteome_example_files.o libpwiz.la -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono libtool: link: x86_64-linux-gnu-g++ -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-z -Wl,now -o .libs/write_proteome_example_files ./pwiz_tools/examples/write_proteome_example_files.o -pthread -pthread -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu ./.libs/libpwiz.so -lboost_thread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -pthread depbase=`echo pwiz_tools/commandline/pepcat.o | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.o$||'`;\ x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz_tools/commandline/pepcat.o -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz_tools/commandline/pepcat.o pwiz_tools/commandline/pepcat.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Po -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=link x86_64-linux-gnu-g++ -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -o pepcat pwiz_tools/commandline/pepcat.o libpwiz.la -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=link x86_64-linux-gnu-g++ -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -o pepcat pwiz_tools/commandline/pepcat.o libpwiz.la -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono libtool: link: x86_64-linux-gnu-g++ -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-z -Wl,now -o .libs/pepcat pwiz_tools/commandline/pepcat.o -pthread -pthread -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu ./.libs/libpwiz.so -lboost_thread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -pthread depbase=`echo pwiz_tools/examples/write_traml_example_files.o | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.o$||'`;\ x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_STRTOL=1 -DHAVE_STRTOUL=1 -DHAVE_STRTOULL=1 -DHAVE_BOOST=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_THREAD_HPP=1 -DHAVE_BOOST_THREAD=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM_PATH_HPP=1 -DHAVE_BOOST_FILESYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_REGEX_HPP=1 -DHAVE_BOOST_REGEX=1 -DHAVE_BOOST_ARCHIVE_TEXT_OARCHIVE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SERIALIZATION=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS_DEVICE_FILE_DESCRIPTOR_HPP=1 -DHAVE_BOOST_IOSTREAMS=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME_POSIX_TIME_POSIX_TIME_HPP=1 -DHAVE_BOOST_DATE_TIME=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS_HPP=1 -DHAVE_BOOST_PROGRAM_OPTIONS=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM_ERROR_CODE_HPP=1 -DHAVE_BOOST_SYSTEM=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO_HPP=1 -DHAVE_BOOST_CHRONO=1 -I. -Iautotools -pthread -I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz_tools/examples/write_traml_example_files.o -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz_tools/examples/write_traml_example_files.o pwiz_tools/examples/write_traml_example_files.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Po -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=link x86_64-linux-gnu-g++ -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -o write_traml_example_files ./pwiz_tools/examples/write_traml_example_files.o libpwiz.la -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=link x86_64-linux-gnu-g++ -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -o write_traml_example_files ./pwiz_tools/examples/write_traml_example_files.o libpwiz.la -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono libtool: link: x86_64-linux-gnu-g++ -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-z -Wl,now -o .libs/write_traml_example_files ./pwiz_tools/examples/write_traml_example_files.o -pthread -pthread -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu ./.libs/libpwiz.so -lboost_thread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -pthread make[1]: Leaving directory '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build' make[1]: Entering directory '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build' make[2]: Entering directory '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build' /bin/mkdir -p '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib' - /bin/bash ./libtool --mode=install /usr/bin/install -c libpwiz.la '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib' + /bin/sh ./libtool --mode=install /usr/bin/install -c libpwiz.la '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libpwiz.so.3.0.0 /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 libtool: install: (cd /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib && { ln -s -f libpwiz.so.3.0.0 libpwiz.so.3 || { rm -f libpwiz.so.3 && ln -s libpwiz.so.3.0.0 libpwiz.so.3; }; }) libtool: install: (cd /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib && { ln -s -f libpwiz.so.3.0.0 libpwiz.so || { rm -f libpwiz.so && ln -s libpwiz.so.3.0.0 libpwiz.so; }; }) @@ -3379,7 +3414,7 @@ libtool: install: x86_64-linux-gnu-ranlib /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib/libpwiz.a libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib' /bin/mkdir -p '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/bin' - /bin/bash ./libtool --mode=install /usr/bin/install -c txt2mzml msconvert mscat hello_analyzer_2 idconvert write_example_files hello_msdata write_mzid_example_files hello_analyzer write_proteome_example_files pepcat write_traml_example_files '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/bin' + /bin/sh ./libtool --mode=install /usr/bin/install -c txt2mzml msconvert mscat hello_analyzer_2 idconvert write_example_files hello_msdata write_mzid_example_files hello_analyzer write_proteome_example_files pepcat write_traml_example_files '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/bin' libtool: warning: 'libpwiz.la' has not been installed in '/usr/lib' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/txt2mzml /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/bin/txt2mzml libtool: warning: 'libpwiz.la' has not been installed in '/usr/lib' @@ -4895,7 +4930,7 @@ /build/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Peptide.hpp:166: warning: Unsupported xml/html tag found /build/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Peptide.hpp:168: warning: Unsupported xml/html tag found /build/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Peptide.hpp:169: warning: Unsupported xml/html tag found -sh: 1: latex: not found +sh: line 1: latex: command not found error: Problems running latex. Check your installation or look for typos in _formulas.tex and check _formulas.log! leton.hpp... Parsing file /build/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/misc/Singleton.hpp... @@ -6999,7 +7034,7 @@ "---------------------------------------" DEB_HOST_GNU_TYPE: x86_64-linux-gnu DEB_BUILD_GNU_TYPE x86_64-linux-gnu -DEB_BUILD_OPTIONS: buildinfo=+all reproducible=+all,-fixfilepath parallel=15 +DEB_BUILD_OPTIONS: buildinfo=+all reproducible=+all,-fixfilepath parallel=16 DEB_HOST_MULTIARCH: x86_64-linux-gnu "---------------------------------------" entering the configure target @@ -7256,7 +7291,7 @@ make[1]: Entering directory '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build' make[2]: Entering directory '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build' /bin/mkdir -p '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib' - /bin/bash ./libtool --mode=install /usr/bin/install -c libpwiz.la '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib' + /bin/sh ./libtool --mode=install /usr/bin/install -c libpwiz.la '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libpwiz.so.3.0.0 /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 libtool: install: (cd /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib && { ln -s -f libpwiz.so.3.0.0 libpwiz.so.3 || { rm -f libpwiz.so.3 && ln -s libpwiz.so.3.0.0 libpwiz.so.3; }; }) libtool: install: (cd /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib && { ln -s -f libpwiz.so.3.0.0 libpwiz.so || { rm -f libpwiz.so && ln -s libpwiz.so.3.0.0 libpwiz.so; }; }) @@ -7266,7 +7301,7 @@ libtool: install: x86_64-linux-gnu-ranlib /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib/libpwiz.a libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib' /bin/mkdir -p '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/bin' - /bin/bash ./libtool --mode=install /usr/bin/install -c txt2mzml msconvert mscat hello_analyzer_2 idconvert write_example_files hello_msdata write_mzid_example_files hello_analyzer write_proteome_example_files pepcat write_traml_example_files '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/bin' + /bin/sh ./libtool --mode=install /usr/bin/install -c txt2mzml msconvert mscat hello_analyzer_2 idconvert write_example_files hello_msdata write_mzid_example_files hello_analyzer write_proteome_example_files pepcat write_traml_example_files '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/bin' libtool: warning: 'libpwiz.la' has not been installed in '/usr/lib' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/txt2mzml /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/bin/txt2mzml libtool: warning: 'libpwiz.la' has not been installed in '/usr/lib' @@ -7701,21 +7736,22 @@ man-recode --to-code UTF-8 --suffix .dh-new debian/libpwiz-tools/usr/share/man/man1/mscat.1 man-recode --to-code UTF-8 --suffix .dh-new debian/libpwiz-tools/usr/share/man/man1/msconvert.1 man-recode --to-code UTF-8 --suffix .dh-new debian/libpwiz-tools/usr/share/man/man1/txt2mzml.1 + mv debian/libpwiz-tools/usr/share/man/man1/idconvert.1.dh-new debian/libpwiz-tools/usr/share/man/man1/idconvert.1 + chmod 0644 -- debian/libpwiz-tools/usr/share/man/man1/idconvert.1 + mv debian/libpwiz3/usr/share/man/man3/libpwiz.3.dh-new debian/libpwiz3/usr/share/man/man3/libpwiz.3 + chmod 0644 -- debian/libpwiz3/usr/share/man/man3/libpwiz.3 mv debian/libpwiz-tools/usr/share/man/man1/msconvert.1.dh-new debian/libpwiz-tools/usr/share/man/man1/msconvert.1 chmod 0644 -- debian/libpwiz-tools/usr/share/man/man1/msconvert.1 mv debian/libpwiz-tools/usr/share/man/man1/mscat.1.dh-new debian/libpwiz-tools/usr/share/man/man1/mscat.1 chmod 0644 -- debian/libpwiz-tools/usr/share/man/man1/mscat.1 - mv debian/libpwiz3/usr/share/man/man3/libpwiz.3.dh-new debian/libpwiz3/usr/share/man/man3/libpwiz.3 - chmod 0644 -- debian/libpwiz3/usr/share/man/man3/libpwiz.3 mv debian/libpwiz-tools/usr/share/man/man1/txt2mzml.1.dh-new debian/libpwiz-tools/usr/share/man/man1/txt2mzml.1 chmod 0644 -- debian/libpwiz-tools/usr/share/man/man1/txt2mzml.1 - mv debian/libpwiz-tools/usr/share/man/man1/idconvert.1.dh-new debian/libpwiz-tools/usr/share/man/man1/idconvert.1 - chmod 0644 -- debian/libpwiz-tools/usr/share/man/man1/idconvert.1 dh_strip -a install -d debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/79 objcopy --only-keep-debug --compress-debug-sections debian/libpwiz-tools/usr/bin/txt2mzml debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/79/f7f04fc38023b67d2f466965b03b3e5e238f84.debug install -d debian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/c4 objcopy --only-keep-debug --compress-debug-sections debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 debian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/c4/0b259bb7beb843d66421918bef3d2c1c4455c7.debug + strip --strip-debug --remove-section=.comment --remove-section=.note --enable-deterministic-archives -R .gnu.lto_\* -R .gnu.debuglto_\* -N __gnu_lto_slim -N __gnu_lto_v1 debian/libpwiz-dev/usr/lib/libpwiz.a chmod 0644 -- debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/79/f7f04fc38023b67d2f466965b03b3e5e238f84.debug chown 0:0 -- debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/79/f7f04fc38023b67d2f466965b03b3e5e238f84.debug strip --remove-section=.comment --remove-section=.note debian/libpwiz-tools/usr/bin/txt2mzml @@ -7740,7 +7776,6 @@ objcopy --add-gnu-debuglink debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/1d/2bb88b837097b273dc34d8dc24f1b36a3ec2e1.debug debian/libpwiz-tools/usr/bin/idconvert install -d debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/share/doc ln -s libpwiz-tools debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/share/doc/libpwiz-tools-dbgsym - strip --strip-debug --remove-section=.comment --remove-section=.note --enable-deterministic-archives -R .gnu.lto_\* -R .gnu.debuglto_\* -N __gnu_lto_slim -N __gnu_lto_v1 debian/libpwiz-dev/usr/lib/libpwiz.a chmod 0644 -- debian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/c4/0b259bb7beb843d66421918bef3d2c1c4455c7.debug chown 0:0 -- debian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/c4/0b259bb7beb843d66421918bef3d2c1c4455c7.debug strip --remove-section=.comment --remove-section=.note debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 @@ -7748,17 +7783,17 @@ install -d debian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root/usr/share/doc ln -s libpwiz3 debian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root/usr/share/doc/libpwiz3-dbgsym dh_compress -av -Xexample-files - cd debian/libpwiz-tools - cd debian/libpwiz3 cd debian/libpwiz-dev + cd debian/libpwiz3 + cd debian/libpwiz-tools chmod a-x usr/share/doc/libpwiz-dev/changelog.Debian - gzip -9nf usr/share/doc/libpwiz-dev/changelog.Debian - cd '/build/libpwiz-3.0.18342' + chmod a-x usr/share/doc/libpwiz-tools/changelog.Debian usr/share/man/man1/idconvert.1 usr/share/man/man1/mscat.1 usr/share/man/man1/msconvert.1 usr/share/man/man1/txt2mzml.1 chmod a-x usr/share/doc/libpwiz3/changelog.Debian usr/share/man/man3/libpwiz.3 + gzip -9nf usr/share/doc/libpwiz-dev/changelog.Debian + gzip -9nf usr/share/doc/libpwiz-tools/changelog.Debian usr/share/man/man1/idconvert.1 usr/share/man/man1/mscat.1 usr/share/man/man1/msconvert.1 usr/share/man/man1/txt2mzml.1 gzip -9nf usr/share/doc/libpwiz3/changelog.Debian usr/share/man/man3/libpwiz.3 cd '/build/libpwiz-3.0.18342' - chmod a-x usr/share/doc/libpwiz-tools/changelog.Debian usr/share/man/man1/idconvert.1 usr/share/man/man1/mscat.1 usr/share/man/man1/msconvert.1 usr/share/man/man1/txt2mzml.1 - gzip -9nf usr/share/doc/libpwiz-tools/changelog.Debian usr/share/man/man1/idconvert.1 usr/share/man/man1/mscat.1 usr/share/man/man1/msconvert.1 usr/share/man/man1/txt2mzml.1 + cd '/build/libpwiz-3.0.18342' cd '/build/libpwiz-3.0.18342' dh_makeshlibs -a rm -f debian/libpwiz-dev/DEBIAN/shlibs @@ -7783,7 +7818,7 @@ dpkg-gensymbols: debug: Merging symbols from /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 as libpwiz.so.3 dpkg-gensymbols: debug: Storing symbols in /build/libpwiz-3.0.18342/debian/libpwiz3/DEBIAN/symbols. --- new_symbol_file (libpwiz3_3.0.0_amd64) -+++ dpkg-gensymbolsyoJyu1 2023-08-03 15:58:29.121324293 -1200 ++++ dpkg-gensymbolsdf1fkm 2024-09-06 02:13:20.196723155 +1400 @@ -0,0 +1,12706 @@ +libpwiz.so.3 libpwiz3 #MINVER# + PERSON_DOC_OWNER@Base 3.0.0 @@ -20494,22 +20529,22 @@ echo "libpwiz 3 libpwiz3 (>= 3.0.9393-1)" > \ /build/libpwiz-3.0.18342/debian/libpwiz3/DEBIAN/shlibs dh_fixperms -a + find debian/libpwiz-dev -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chown --no-dereference 0:0 find debian/libpwiz3 -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chown --no-dereference 0:0 find debian/libpwiz-tools -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chown --no-dereference 0:0 - find debian/libpwiz-dev -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chown --no-dereference 0:0 find debian/libpwiz-tools ! -type l -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod go=rX,u+rw,a-s find debian/libpwiz3 ! -type l -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod go=rX,u+rw,a-s find debian/libpwiz-tools/usr/share/doc -type f -a -true -a ! -regex 'debian/libpwiz-tools/usr/share/doc/[^/]*/examples/.*' -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 - find debian/libpwiz-tools/usr/share/doc -type d -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0755 find debian/libpwiz3/usr/share/doc -type f -a -true -a ! -regex 'debian/libpwiz3/usr/share/doc/[^/]*/examples/.*' -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 - find debian/libpwiz-tools/usr/share/man -type f -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 - find debian/libpwiz-tools -type f \( -name '*.so.*' -o -name '*.so' -o -name '*.la' -o -name '*.a' -o -name '*.js' -o -name '*.css' -o -name '*.scss' -o -name '*.sass' -o -name '*.jpeg' -o -name '*.jpg' -o -name '*.png' -o -name '*.gif' -o -name '*.cmxs' -o -name '*.node' \) -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 + find debian/libpwiz-dev ! -type l -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod go=rX,u+rw,a-s + find debian/libpwiz-tools/usr/share/doc -type d -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0755 find debian/libpwiz3/usr/share/doc -type d -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0755 + find debian/libpwiz-tools/usr/share/man -type f -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 find debian/libpwiz3/usr/share/man -type f -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 - find debian/libpwiz-tools/usr/bin -type f -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod a+x + find debian/libpwiz-tools -type f \( -name '*.so.*' -o -name '*.so' -o -name '*.la' -o -name '*.a' -o -name '*.js' -o -name '*.css' -o -name '*.scss' -o -name '*.sass' -o -name '*.jpeg' -o -name '*.jpg' -o -name '*.png' -o -name '*.gif' -o -name '*.cmxs' -o -name '*.node' \) -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 find debian/libpwiz3 -type f \( -name '*.so.*' -o -name '*.so' -o -name '*.la' -o -name '*.a' -o -name '*.js' -o -name '*.css' -o -name '*.scss' -o -name '*.sass' -o -name '*.jpeg' -o -name '*.jpg' -o -name '*.png' -o -name '*.gif' -o -name '*.cmxs' -o -name '*.node' \) -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 + find debian/libpwiz-tools/usr/bin -type f -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod a+x find debian/libpwiz3/usr/lib -type f -name '*.ali' -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod uga-w - find debian/libpwiz-dev ! -type l -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod go=rX,u+rw,a-s find debian/libpwiz-dev/usr/share/doc -type f -a -true -a ! -regex 'debian/libpwiz-dev/usr/share/doc/[^/]*/examples/.*' -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 find debian/libpwiz-dev/usr/share/doc -type d -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0755 find debian/libpwiz-dev/usr/include -type f -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 @@ -20517,20 +20552,20 @@ find debian/libpwiz-dev/usr/lib -type f -name '*.ali' -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod uga-w dh_lintian -a dh_shlibdeps -a - dpkg-shlibdeps -Tdebian/libpwiz-tools.substvars debian/libpwiz-tools/usr/bin/idconvert debian/libpwiz-tools/usr/bin/mscat debian/libpwiz-tools/usr/bin/msconvert debian/libpwiz-tools/usr/bin/txt2mzml dpkg-shlibdeps -Tdebian/libpwiz3.substvars debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 + dpkg-shlibdeps -Tdebian/libpwiz-tools.substvars debian/libpwiz-tools/usr/bin/idconvert debian/libpwiz-tools/usr/bin/mscat debian/libpwiz-tools/usr/bin/msconvert debian/libpwiz-tools/usr/bin/txt2mzml dpkg-shlibdeps: warning: deprecated use of LD_LIBRARY_PATH with private library directory which interferes with cross-building, please use -l option instead dpkg-shlibdeps: warning: deprecated use of LD_LIBRARY_PATH with private library directory which interferes with cross-building, please use -l option instead -dpkg-shlibdeps: warning: symbol pthread_mutexattr_init used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateCopy used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol crc32 used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol pthread_mutexattr_destroy used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol compress used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol uncompress used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateReset used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateEnd used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflate used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateInit2_ used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol compressBound used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol pthread_mutexattr_settype used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflate used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol pthread_condattr_setclock used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol uncompress used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol crc32 used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol compress used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateCopy used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: 3 other similar warnings have been skipped (use -v to see them all) dh_gencontrol -a echo misc:Depends= >> debian/libpwiz-dev.substvars @@ -20551,38 +20586,38 @@ chmod 0644 -- debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/DEBIAN/control chown 0:0 -- debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/DEBIAN/control dpkg-gencontrol -plibpwiz-tools -ldebian/changelog -Tdebian/libpwiz-tools.substvars -Pdebian/libpwiz-tools + chmod 0644 -- debian/libpwiz-dev/DEBIAN/control + chown 0:0 -- debian/libpwiz-dev/DEBIAN/control chmod 0644 -- debian/libpwiz-tools/DEBIAN/control chown 0:0 -- debian/libpwiz-tools/DEBIAN/control chmod 0644 -- debian/libpwiz3/DEBIAN/control chown 0:0 -- debian/libpwiz3/DEBIAN/control - chmod 0644 -- debian/libpwiz-dev/DEBIAN/control - chown 0:0 -- debian/libpwiz-dev/DEBIAN/control dh_md5sums -a cd debian/libpwiz-tools >/dev/null && xargs -r0 md5sum | perl -pe 'if (s@^\\@@) { s/\\\\/\\/g; }' > DEBIAN/md5sums cd debian/libpwiz3 >/dev/null && xargs -r0 md5sum | perl -pe 'if (s@^\\@@) { s/\\\\/\\/g; }' > DEBIAN/md5sums chmod 0644 -- debian/libpwiz-tools/DEBIAN/md5sums chown 0:0 -- debian/libpwiz-tools/DEBIAN/md5sums + cd debian/libpwiz-dev >/dev/null && xargs -r0 md5sum | perl -pe 'if (s@^\\@@) { s/\\\\/\\/g; }' > DEBIAN/md5sums chmod 0644 -- debian/libpwiz3/DEBIAN/md5sums chown 0:0 -- debian/libpwiz3/DEBIAN/md5sums + chmod 0644 -- debian/libpwiz-dev/DEBIAN/md5sums + chown 0:0 -- debian/libpwiz-dev/DEBIAN/md5sums cd debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root >/dev/null && xargs -r0 md5sum | perl -pe 'if (s@^\\@@) { s/\\\\/\\/g; }' > DEBIAN/md5sums cd debian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root >/dev/null && xargs -r0 md5sum | perl -pe 'if (s@^\\@@) { s/\\\\/\\/g; }' > DEBIAN/md5sums chmod 0644 -- debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/DEBIAN/md5sums chown 0:0 -- debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/DEBIAN/md5sums chmod 0644 -- debian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root/DEBIAN/md5sums chown 0:0 -- debian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root/DEBIAN/md5sums - cd debian/libpwiz-dev >/dev/null && xargs -r0 md5sum | perl -pe 'if (s@^\\@@) { s/\\\\/\\/g; }' > DEBIAN/md5sums - chmod 0644 -- debian/libpwiz-dev/DEBIAN/md5sums - chown 0:0 -- debian/libpwiz-dev/DEBIAN/md5sums dh_builddeb -a - dpkg-deb --build debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root .. dpkg-deb --build debian/libpwiz-tools .. + dpkg-deb --build debian/libpwiz-dev .. + dpkg-deb --build debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root .. dpkg-deb --build debian/libpwiz3 .. dpkg-deb --build debian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root .. - dpkg-deb --build debian/libpwiz-dev .. dpkg-deb: building package 'libpwiz3' in '../libpwiz3_3.0.18342-4_amd64.deb'. -dpkg-deb: building package 'libpwiz-tools-dbgsym' in '../libpwiz-tools-dbgsym_3.0.18342-4_amd64.deb'. dpkg-deb: building package 'libpwiz-tools' in '../libpwiz-tools_3.0.18342-4_amd64.deb'. dpkg-deb: building package 'libpwiz-dev' in '../libpwiz-dev_3.0.18342-4_amd64.deb'. +dpkg-deb: building package 'libpwiz-tools-dbgsym' in '../libpwiz-tools-dbgsym_3.0.18342-4_amd64.deb'. dpkg-deb: building package 'libpwiz3-dbgsym' in '../libpwiz3-dbgsym_3.0.18342-4_amd64.deb'. entering the build-indep-stamp target cd doc/dox && doxygen @@ -21713,7 +21748,7 @@ /build/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Peptide.hpp:166: warning: Unsupported xml/html tag found /build/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Peptide.hpp:168: warning: Unsupported xml/html tag found /build/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Peptide.hpp:169: warning: Unsupported xml/html tag found -sh: 1: latex: not found +sh: line 1: latex: command not found error: Problems running latex. Check your installation or look for typos in _formulas.tex and check _formulas.log! leton.hpp... Parsing file /build/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/misc/Singleton.hpp... @@ -23865,12 +23900,14 @@ dpkg-buildpackage: info: binary-only upload (no source included) dpkg-genchanges: info: not including original source code in upload I: copying local configuration +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2124186/tmp/hooks/B01_cleanup starting +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2124186/tmp/hooks/B01_cleanup finished I: unmounting dev/ptmx filesystem I: unmounting dev/pts filesystem I: unmounting dev/shm filesystem I: unmounting proc filesystem I: unmounting sys filesystem I: cleaning the build env -I: removing directory /srv/workspace/pbuilder/3416081 and its subdirectories -I: Current time: Thu Aug 3 16:04:22 -12 2023 -I: pbuilder-time-stamp: 1691121862 +I: removing directory /srv/workspace/pbuilder/2124186 and its subdirectories +I: Current time: Fri Sep 6 02:14:30 +14 2024 +I: pbuilder-time-stamp: 1725538470