Diff of the two buildlogs: -- --- b1/build.log 2021-05-23 13:12:57.404241095 +0000 +++ b2/build.log 2021-05-23 13:51:58.316774312 +0000 @@ -1,6 +1,6 @@ I: pbuilder: network access will be disabled during build -I: Current time: Sat May 22 23:06:59 -12 2021 -I: pbuilder-time-stamp: 1621768019 +I: Current time: Sun Jun 26 09:36:00 +14 2022 +I: pbuilder-time-stamp: 1656185760 I: Building the build Environment I: extracting base tarball [/var/cache/pbuilder/bullseye-reproducible-base.tgz] I: copying local configuration @@ -17,8 +17,8 @@ I: copying [./libpwiz_3.0.18342-4.debian.tar.xz] I: Extracting source gpgv: unknown type of key resource 'trustedkeys.kbx' -gpgv: keyblock resource '/tmp/dpkg-verify-sig.1X0ue_7L/trustedkeys.kbx': General error -gpgv: Signature made Mon Sep 28 02:23:36 2020 -12 +gpgv: keyblock resource '/tmp/dpkg-verify-sig.P6a3leyv/trustedkeys.kbx': General error +gpgv: Signature made Tue Sep 29 04:23:36 2020 +14 gpgv: using RSA key B053304E17D6D419DD9B465141AB484D7694CF42 gpgv: Can't check signature: No public key dpkg-source: warning: failed to verify signature on ./libpwiz_3.0.18342-4.dsc @@ -29,137 +29,171 @@ dpkg-source: info: applying gcc-boost-fail-cast-tribool-to-bool-force-it.patch I: using fakeroot in build. I: Installing the build-deps -I: user script /srv/workspace/pbuilder/431/tmp/hooks/D02_print_environment starting +I: user script /srv/workspace/pbuilder/10734/tmp/hooks/D01_modify_environment starting +debug: Running on ionos6-i386. +I: Changing host+domainname to test build reproducibility +I: Adding a custom variable just for the fun of it... +I: Changing /bin/sh to bash +Removing 'diversion of /bin/sh to /bin/sh.distrib by dash' +Adding 'diversion of /bin/sh to /bin/sh.distrib by bash' +Removing 'diversion of /usr/share/man/man1/sh.1.gz to /usr/share/man/man1/sh.distrib.1.gz by dash' +Adding 'diversion of /usr/share/man/man1/sh.1.gz to /usr/share/man/man1/sh.distrib.1.gz by bash' +I: Setting pbuilder2's login shell to /bin/bash +I: Setting pbuilder2's GECOS to second user,second room,second work-phone,second home-phone,second other +I: user script /srv/workspace/pbuilder/10734/tmp/hooks/D01_modify_environment finished +I: user script /srv/workspace/pbuilder/10734/tmp/hooks/D02_print_environment starting I: set - BUILDDIR='/build' - BUILDUSERGECOS='first user,first room,first work-phone,first home-phone,first other' - BUILDUSERNAME='pbuilder1' - BUILD_ARCH='i386' - DEBIAN_FRONTEND='noninteractive' - DEB_BUILD_OPTIONS='buildinfo=+all reproducible=+all,-fixfilepath parallel=10' - DISTRIBUTION='' - HOME='/root' - HOST_ARCH='i386' + BASH=/bin/sh + BASHOPTS=checkwinsize:cmdhist:complete_fullquote:extquote:force_fignore:globasciiranges:hostcomplete:interactive_comments:progcomp:promptvars:sourcepath + BASH_ALIASES=() + BASH_ARGC=() + BASH_ARGV=() + BASH_CMDS=() + BASH_LINENO=([0]="12" [1]="0") + BASH_SOURCE=([0]="/tmp/hooks/D02_print_environment" [1]="/tmp/hooks/D02_print_environment") + BASH_VERSINFO=([0]="5" [1]="1" [2]="4" [3]="1" [4]="release" [5]="i686-pc-linux-gnu") + BASH_VERSION='5.1.4(1)-release' + BUILDDIR=/build + BUILDUSERGECOS='second user,second room,second work-phone,second home-phone,second other' + 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3.5.1+dfsg+~3.5.5-7 [315 kB] -Fetched 116 MB in 21s (5396 kB/s) +Fetched 116 MB in 1s (93.3 MB/s) debconf: delaying package configuration, since apt-utils is not installed Selecting previously unselected package bsdextrautils. (Reading database ... (Reading database ... 5% (Reading database ... 10% (Reading database ... 15% (Reading database ... 20% (Reading database ... 25% (Reading database ... 30% (Reading database ... 35% (Reading database ... 40% (Reading database ... 45% (Reading database ... 50% (Reading database ... 55% (Reading database ... 60% (Reading database ... 65% (Reading database ... 70% (Reading database ... 75% (Reading database ... 80% (Reading database ... 85% (Reading database ... 90% (Reading database ... 95% (Reading database ... 100% (Reading database ... 19674 files and directories currently installed.) @@ -975,9 +1009,41 @@ Building dependency tree... Reading state information... fakeroot is already the newest version (1.25.3-1.1). -0 upgraded, 0 newly installed, 0 to remove and 0 not upgraded. +The following additional packages will be installed: + libfile-find-rule-perl libnumber-compare-perl libtext-glob-perl +The following NEW packages will be installed: + libfile-find-rule-perl libnumber-compare-perl libtext-glob-perl usrmerge +0 upgraded, 4 newly installed, 0 to remove and 0 not upgraded. +Need to get 59.5 kB of archives. +After this operation, 157 kB of additional disk space will be used. +Get:1 http://deb.debian.org/debian bullseye/main i386 libnumber-compare-perl all 0.03-1.1 [6956 B] +Get:2 http://deb.debian.org/debian bullseye/main i386 libtext-glob-perl all 0.11-1 [8888 B] +Get:3 http://deb.debian.org/debian bullseye/main i386 libfile-find-rule-perl all 0.34-1 [30.6 kB] +Get:4 http://deb.debian.org/debian bullseye/main i386 usrmerge all 25 [13.0 kB] +debconf: delaying package configuration, since apt-utils is not installed +Fetched 59.5 kB in 0s (4060 kB/s) +Selecting previously unselected package libnumber-compare-perl. +(Reading database ... (Reading database ... 5% (Reading database ... 10% (Reading database ... 15% (Reading database ... 20% (Reading database ... 25% (Reading database ... 30% (Reading database ... 35% (Reading database ... 40% (Reading database ... 45% (Reading database ... 50% (Reading database ... 55% (Reading database ... 60% (Reading database ... 65% (Reading database ... 70% (Reading database ... 75% (Reading database ... 80% (Reading database ... 85% (Reading database ... 90% (Reading database ... 95% (Reading database ... 100% (Reading database ... 40742 files and directories currently installed.) +Preparing to unpack .../libnumber-compare-perl_0.03-1.1_all.deb ... +Unpacking libnumber-compare-perl (0.03-1.1) ... +Selecting previously unselected package libtext-glob-perl. +Preparing to unpack .../libtext-glob-perl_0.11-1_all.deb ... +Unpacking libtext-glob-perl (0.11-1) ... +Selecting previously unselected package libfile-find-rule-perl. +Preparing to unpack .../libfile-find-rule-perl_0.34-1_all.deb ... +Unpacking libfile-find-rule-perl (0.34-1) ... +Selecting previously unselected package usrmerge. +Preparing to unpack .../archives/usrmerge_25_all.deb ... +Unpacking usrmerge (25) ... +Setting up libtext-glob-perl (0.11-1) ... +Setting up libnumber-compare-perl (0.03-1.1) ... +Setting up libfile-find-rule-perl (0.34-1) ... +Setting up usrmerge (25) ... +The system has been successfully converted. +Processing triggers for man-db (2.9.4-2) ... +Not building database; man-db/auto-update is not 'true'. I: Building the package -I: Running cd /build/libpwiz-3.0.18342/ && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games" HOME="/nonexistent/first-build" dpkg-buildpackage -us -uc -b +I: Running cd /build/libpwiz-3.0.18342/ && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/i/capture/the/path" HOME="/nonexistent/second-build" dpkg-buildpackage -us -uc -b dpkg-buildpackage: info: source package libpwiz dpkg-buildpackage: info: source version 3.0.18342-4 dpkg-buildpackage: info: source distribution unstable @@ -988,7 +1054,7 @@ "---------------------------------------" DEB_HOST_GNU_TYPE: i686-linux-gnu DEB_BUILD_GNU_TYPE i686-linux-gnu -DEB_BUILD_OPTIONS: buildinfo=+all reproducible=+all,-fixfilepath parallel=10 +DEB_BUILD_OPTIONS: buildinfo=+all reproducible=+all,-fixfilepath parallel=18 DEB_HOST_MULTIARCH: i386-linux-gnu "---------------------------------------" entering the clean target @@ -1022,7 +1088,7 @@ "---------------------------------------" DEB_HOST_GNU_TYPE: i686-linux-gnu DEB_BUILD_GNU_TYPE i686-linux-gnu -DEB_BUILD_OPTIONS: buildinfo=+all reproducible=+all,-fixfilepath parallel=10 +DEB_BUILD_OPTIONS: buildinfo=+all reproducible=+all,-fixfilepath parallel=18 DEB_HOST_MULTIARCH: i386-linux-gnu "---------------------------------------" entering the configure target @@ -1056,7 +1122,7 @@ Makefile.am: installing './depcomp' checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c checking whether build environment is sane... yes -checking for a thread-safe mkdir -p... /bin/mkdir -p +checking for a thread-safe mkdir -p... /usr/bin/mkdir -p checking for gawk... no checking for mawk... mawk checking whether make sets $(MAKE)... yes @@ -1076,10 +1142,10 @@ checking for i686-linux-gnu-gcc option to accept ISO C89... none needed checking whether i686-linux-gnu-gcc understands -c and -o together... yes checking dependency style of i686-linux-gnu-gcc... gcc3 -checking for a sed that does not truncate output... /bin/sed -checking for grep that handles long lines and -e... /bin/grep -checking for egrep... /bin/grep -E -checking for fgrep... /bin/grep -F +checking for a sed that does not truncate output... /usr/bin/sed +checking for grep that handles long lines and -e... /usr/bin/grep +checking for egrep... /usr/bin/grep -E +checking for fgrep... /usr/bin/grep -F checking for ld used by i686-linux-gnu-gcc... /usr/bin/ld checking if the linker (/usr/bin/ld) is GNU ld... yes checking for BSD- or MS-compatible name lister (nm)... /usr/bin/i686-linux-gnu-nm -B @@ -1100,8 +1166,8 @@ checking for i686-linux-gnu-ranlib... i686-linux-gnu-ranlib checking command to parse /usr/bin/i686-linux-gnu-nm -B output from i686-linux-gnu-gcc object... ok checking for sysroot... no -checking for a working dd... /bin/dd -checking how to truncate binary pipes... /bin/dd bs=4096 count=1 +checking for a working dd... /usr/bin/dd +checking how to truncate binary pipes... /usr/bin/dd bs=4096 count=1 checking for i686-linux-gnu-mt... no checking for mt... no checking if : is a manifest tool... no @@ -1278,82 +1344,82 @@ i686-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 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"/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT libraries/boost_aux/libs/nowide/src/iostream.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o libraries/boost_aux/libs/nowide/src/iostream.lo libraries/boost_aux/libs/nowide/src/iostream.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile i686-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 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pwiz/utility/chemistry/IsotopeTable.cpp:26: @@ -2887,12 +2953,12 @@ | ^~~~~~~~ libtool: compile: i686-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 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pwiz_tools/commandline/msconvert.cpp:967:50: warning: macro "__TIME__" might prevent reproducible builds [-Wdate-time] 967 | << "Build date: " << __DATE__ << " " << __TIME__ << endl; | ^~~~~~~~ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=link i686-linux-gnu-g++ -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -L/usr/lib/i386-linux-gnu -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -o msconvert pwiz_tools/commandline/msconvert.o libpwiz.la -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=link i686-linux-gnu-g++ -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. 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pwiz_tools/commandline/idconvert.cpp:543:50: warning: macro "__TIME__" might prevent reproducible builds [-Wdate-time] 543 | << "Build date: " << __DATE__ << " " << __TIME__ << endl; | ^~~~~~~~ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=link i686-linux-gnu-g++ -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -L/usr/lib/i386-linux-gnu -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -o idconvert pwiz_tools/commandline/idconvert.o libpwiz.la -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=link i686-linux-gnu-g++ -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. 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warning: Unsupported xml/html tag found -sh: 1: latex: not found +sh: line 1: latex: command not found error: Problems running latex. Check your installation or look for typos in _formulas.tex and check _formulas.log! leton.hpp... Parsing file /build/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/misc/Singleton.hpp... @@ -7001,7 +7067,7 @@ "---------------------------------------" DEB_HOST_GNU_TYPE: i686-linux-gnu DEB_BUILD_GNU_TYPE i686-linux-gnu -DEB_BUILD_OPTIONS: buildinfo=+all reproducible=+all,-fixfilepath parallel=10 +DEB_BUILD_OPTIONS: buildinfo=+all reproducible=+all,-fixfilepath parallel=18 DEB_HOST_MULTIARCH: i386-linux-gnu "---------------------------------------" entering the configure target @@ -7035,7 +7101,7 @@ Makefile.am: installing './depcomp' checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c checking whether build environment is sane... yes -checking for a thread-safe mkdir -p... /bin/mkdir -p +checking for a thread-safe mkdir -p... /usr/bin/mkdir -p checking for gawk... no checking for mawk... mawk checking whether make sets $(MAKE)... yes @@ -7055,10 +7121,10 @@ checking for i686-linux-gnu-gcc option to accept ISO C89... none needed checking whether i686-linux-gnu-gcc understands -c and -o together... yes checking dependency style of i686-linux-gnu-gcc... gcc3 -checking for a sed that does not truncate output... /bin/sed -checking for grep that handles long lines and -e... /bin/grep -checking for egrep... /bin/grep -E -checking for fgrep... /bin/grep -F +checking for a sed that does not truncate output... /usr/bin/sed +checking for grep that handles long lines and -e... /usr/bin/grep +checking for egrep... /usr/bin/grep -E +checking for fgrep... /usr/bin/grep -F checking for ld used by i686-linux-gnu-gcc... /usr/bin/ld checking if the linker (/usr/bin/ld) is GNU ld... yes checking for BSD- or MS-compatible name lister (nm)... /usr/bin/i686-linux-gnu-nm -B @@ -7079,8 +7145,8 @@ checking for i686-linux-gnu-ranlib... i686-linux-gnu-ranlib checking command to parse /usr/bin/i686-linux-gnu-nm -B output from i686-linux-gnu-gcc object... ok checking for sysroot... no -checking for a working dd... /bin/dd -checking how to truncate binary pipes... /bin/dd bs=4096 count=1 +checking for a working dd... /usr/bin/dd +checking how to truncate binary pipes... /usr/bin/dd bs=4096 count=1 checking for i686-linux-gnu-mt... no checking for mt... no checking if : is a manifest tool... no @@ -7257,8 +7323,8 @@ make[1]: Leaving directory '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build' make[1]: Entering directory '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build' make[2]: Entering directory '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build' - /bin/mkdir -p '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib' - /bin/bash ./libtool --mode=install /usr/bin/install -c libpwiz.la '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib' + /usr/bin/mkdir -p '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib' + /bin/sh ./libtool --mode=install /usr/bin/install -c libpwiz.la '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libpwiz.so.3.0.0 /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 libtool: install: (cd /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib && { ln -s -f libpwiz.so.3.0.0 libpwiz.so.3 || { rm -f libpwiz.so.3 && ln -s libpwiz.so.3.0.0 libpwiz.so.3; }; }) libtool: install: (cd /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib && { ln -s -f libpwiz.so.3.0.0 libpwiz.so || { rm -f libpwiz.so && ln -s libpwiz.so.3.0.0 libpwiz.so; }; }) @@ -7267,8 +7333,8 @@ libtool: install: chmod 644 /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib/libpwiz.a libtool: install: i686-linux-gnu-ranlib /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib/libpwiz.a libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib' - /bin/mkdir -p '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/bin' - /bin/bash ./libtool --mode=install /usr/bin/install -c txt2mzml msconvert mscat hello_analyzer_2 idconvert write_example_files hello_msdata write_mzid_example_files hello_analyzer write_proteome_example_files pepcat write_traml_example_files '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/bin' + /usr/bin/mkdir -p '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/bin' + /bin/sh ./libtool 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debian/libpwiz-dev/usr/lib/libpwiz.a chmod 0644 -- debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/70/ad57df020c5ecdc60121ca8fd7538dcce0ffcc.debug chown 0:0 -- debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/70/ad57df020c5ecdc60121ca8fd7538dcce0ffcc.debug strip --remove-section=.comment --remove-section=.note debian/libpwiz-tools/usr/bin/msconvert objcopy --add-gnu-debuglink debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/70/ad57df020c5ecdc60121ca8fd7538dcce0ffcc.debug debian/libpwiz-tools/usr/bin/msconvert - install -d debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/e1 - objcopy --only-keep-debug --compress-debug-sections debian/libpwiz-tools/usr/bin/txt2mzml debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/e1/e8534de98a13811c8894873edaf7502da89c5b.debug - chmod 0644 -- debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/e1/e8534de98a13811c8894873edaf7502da89c5b.debug - chown 0:0 -- debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/e1/e8534de98a13811c8894873edaf7502da89c5b.debug - strip --remove-section=.comment --remove-section=.note debian/libpwiz-tools/usr/bin/txt2mzml - objcopy --add-gnu-debuglink debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/e1/e8534de98a13811c8894873edaf7502da89c5b.debug debian/libpwiz-tools/usr/bin/txt2mzml install -d debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/dd objcopy --only-keep-debug --compress-debug-sections debian/libpwiz-tools/usr/bin/idconvert debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/dd/5044f4ec4dec8c033a664792b211a3e4e27090.debug chmod 0644 -- debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/dd/5044f4ec4dec8c033a664792b211a3e4e27090.debug chown 0:0 -- debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/dd/5044f4ec4dec8c033a664792b211a3e4e27090.debug strip --remove-section=.comment --remove-section=.note debian/libpwiz-tools/usr/bin/idconvert objcopy --add-gnu-debuglink debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/dd/5044f4ec4dec8c033a664792b211a3e4e27090.debug debian/libpwiz-tools/usr/bin/idconvert + install -d debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/e1 + objcopy --only-keep-debug --compress-debug-sections debian/libpwiz-tools/usr/bin/txt2mzml debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/e1/e8534de98a13811c8894873edaf7502da89c5b.debug + chmod 0644 -- debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/e1/e8534de98a13811c8894873edaf7502da89c5b.debug + chown 0:0 -- debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/e1/e8534de98a13811c8894873edaf7502da89c5b.debug + strip --remove-section=.comment --remove-section=.note debian/libpwiz-tools/usr/bin/txt2mzml + objcopy --add-gnu-debuglink debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/e1/e8534de98a13811c8894873edaf7502da89c5b.debug debian/libpwiz-tools/usr/bin/txt2mzml + install -d debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/eb + objcopy --only-keep-debug --compress-debug-sections debian/libpwiz-tools/usr/bin/mscat debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/eb/78bc7293b948ce5e0dd52d1748237a6bf36066.debug + chmod 0644 -- debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/eb/78bc7293b948ce5e0dd52d1748237a6bf36066.debug + chown 0:0 -- debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/eb/78bc7293b948ce5e0dd52d1748237a6bf36066.debug + strip --remove-section=.comment --remove-section=.note debian/libpwiz-tools/usr/bin/mscat + objcopy --add-gnu-debuglink debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/eb/78bc7293b948ce5e0dd52d1748237a6bf36066.debug debian/libpwiz-tools/usr/bin/mscat install -d debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/share/doc ln -s libpwiz-tools debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/share/doc/libpwiz-tools-dbgsym chmod 0644 -- debian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/14/f8bdcc6ef19ea371e1da81381f5722a06dfaff.debug @@ -7754,14 +7820,14 @@ cd debian/libpwiz3 cd debian/libpwiz-tools chmod a-x usr/share/doc/libpwiz-dev/changelog.Debian - gzip -9nf usr/share/doc/libpwiz-dev/changelog.Debian chmod a-x usr/share/doc/libpwiz-tools/changelog.Debian usr/share/man/man1/idconvert.1 usr/share/man/man1/mscat.1 usr/share/man/man1/msconvert.1 usr/share/man/man1/txt2mzml.1 chmod a-x usr/share/doc/libpwiz3/changelog.Debian usr/share/man/man3/libpwiz.3 - cd '/build/libpwiz-3.0.18342' + gzip -9nf usr/share/doc/libpwiz-dev/changelog.Debian gzip -9nf usr/share/doc/libpwiz-tools/changelog.Debian usr/share/man/man1/idconvert.1 usr/share/man/man1/mscat.1 usr/share/man/man1/msconvert.1 usr/share/man/man1/txt2mzml.1 gzip -9nf usr/share/doc/libpwiz3/changelog.Debian usr/share/man/man3/libpwiz.3 cd '/build/libpwiz-3.0.18342' cd '/build/libpwiz-3.0.18342' + cd '/build/libpwiz-3.0.18342' dh_makeshlibs -a rm -f debian/libpwiz-dev/DEBIAN/shlibs rm -f debian/libpwiz3/DEBIAN/shlibs @@ -7785,7 +7851,7 @@ dpkg-gensymbols: debug: Merging symbols from /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 as libpwiz.so.3 dpkg-gensymbols: debug: Storing symbols in /build/libpwiz-3.0.18342/debian/libpwiz3/DEBIAN/symbols. --- new_symbol_file (libpwiz3_3.0.0_i386) -+++ dpkg-gensymbolsMzuOFo 2021-05-23 01:09:44.721162069 -1200 ++++ dpkg-gensymbolsKhzK1g 2022-06-26 10:14:21.921841686 +1400 @@ -0,0 +1,12731 @@ +libpwiz.so.3 libpwiz3 #MINVER# + PERSON_DOC_OWNER@Base 3.0.0 @@ -20545,19 +20611,19 @@ dh_lintian -a dh_shlibdeps -a dpkg-shlibdeps -Tdebian/libpwiz3.substvars debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 - dpkg-shlibdeps -Tdebian/libpwiz-tools.substvars debian/libpwiz-tools/usr/bin/mscat debian/libpwiz-tools/usr/bin/msconvert debian/libpwiz-tools/usr/bin/txt2mzml debian/libpwiz-tools/usr/bin/idconvert + dpkg-shlibdeps -Tdebian/libpwiz-tools.substvars debian/libpwiz-tools/usr/bin/msconvert debian/libpwiz-tools/usr/bin/idconvert debian/libpwiz-tools/usr/bin/txt2mzml debian/libpwiz-tools/usr/bin/mscat dpkg-shlibdeps: warning: deprecated use of LD_LIBRARY_PATH with private library directory which interferes with cross-building, please use -l option instead dpkg-shlibdeps: warning: deprecated use of LD_LIBRARY_PATH with private library directory which interferes with cross-building, please use -l option instead -dpkg-shlibdeps: warning: symbol pthread_mutexattr_settype used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol crc32 used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateEnd used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol compressBound used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol compress used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol pthread_mutexattr_init used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol pthread_mutexattr_destroy used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol uncompress used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflate used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol pthread_mutexattr_settype used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol crc32 used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateReset used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateEnd used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateCopy used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol compressBound used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateInit2_ used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: 3 other similar warnings have been skipped (use -v to see them all) dh_gencontrol -a echo misc:Depends= >> debian/libpwiz-dev.substvars @@ -20571,26 +20637,26 @@ echo misc:Pre-Depends= >> debian/libpwiz3.substvars install -d debian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root/DEBIAN dpkg-gencontrol -plibpwiz3 -ldebian/changelog -Tdebian/libpwiz3.substvars -Pdebian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root -UPre-Depends -URecommends -USuggests -UEnhances -UProvides -UEssential -UConflicts -DPriority=optional -UHomepage -UImportant -UBuilt-Using -DAuto-Built-Package=debug-symbols -UProtected -DPackage=libpwiz3-dbgsym "-DDepends=libpwiz3 (= \${binary:Version})" "-DDescription=debug symbols for libpwiz3" -DBuild-Ids=14f8bdcc6ef19ea371e1da81381f5722a06dfaff -DSection=debug -UMulti-Arch -UReplaces -UBreaks - chmod 0644 -- debian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root/DEBIAN/control - chown 0:0 -- debian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root/DEBIAN/control - dpkg-gencontrol -plibpwiz3 -ldebian/changelog -Tdebian/libpwiz3.substvars -Pdebian/libpwiz3 dpkg-gencontrol: warning: Depends field of package libpwiz-dev: substitution variable ${shlibs:Depends} used, but is not defined chmod 0644 -- debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/DEBIAN/control chown 0:0 -- debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/DEBIAN/control dpkg-gencontrol -plibpwiz-tools -ldebian/changelog -Tdebian/libpwiz-tools.substvars -Pdebian/libpwiz-tools + chmod 0644 -- debian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root/DEBIAN/control + chown 0:0 -- debian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root/DEBIAN/control + dpkg-gencontrol -plibpwiz3 -ldebian/changelog -Tdebian/libpwiz3.substvars -Pdebian/libpwiz3 chmod 0644 -- debian/libpwiz-dev/DEBIAN/control chown 0:0 -- debian/libpwiz-dev/DEBIAN/control - chmod 0644 -- debian/libpwiz3/DEBIAN/control - chown 0:0 -- debian/libpwiz3/DEBIAN/control chmod 0644 -- debian/libpwiz-tools/DEBIAN/control chown 0:0 -- debian/libpwiz-tools/DEBIAN/control + chmod 0644 -- debian/libpwiz3/DEBIAN/control + chown 0:0 -- debian/libpwiz3/DEBIAN/control dh_md5sums -a - cd debian/libpwiz-tools >/dev/null && xargs -r0 md5sum | perl -pe 'if (s@^\\@@) { s/\\\\/\\/g; }' > DEBIAN/md5sums cd debian/libpwiz3 >/dev/null && xargs -r0 md5sum | perl -pe 'if (s@^\\@@) { s/\\\\/\\/g; }' > DEBIAN/md5sums + cd debian/libpwiz-tools >/dev/null && xargs -r0 md5sum | perl -pe 'if (s@^\\@@) { s/\\\\/\\/g; }' > DEBIAN/md5sums + cd debian/libpwiz-dev >/dev/null && xargs -r0 md5sum | perl -pe 'if (s@^\\@@) { s/\\\\/\\/g; }' > DEBIAN/md5sums chmod 0644 -- debian/libpwiz-tools/DEBIAN/md5sums chown 0:0 -- debian/libpwiz-tools/DEBIAN/md5sums cd debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root >/dev/null && xargs -r0 md5sum | perl -pe 'if (s@^\\@@) { s/\\\\/\\/g; }' > DEBIAN/md5sums - cd debian/libpwiz-dev >/dev/null && xargs -r0 md5sum | perl -pe 'if (s@^\\@@) { s/\\\\/\\/g; }' > DEBIAN/md5sums chmod 0644 -- debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/DEBIAN/md5sums chown 0:0 -- debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/DEBIAN/md5sums chmod 0644 -- debian/libpwiz3/DEBIAN/md5sums @@ -20601,15 +20667,15 @@ chmod 0644 -- debian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root/DEBIAN/md5sums chown 0:0 -- debian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root/DEBIAN/md5sums dh_builddeb -a - dpkg-deb --build debian/libpwiz3 .. dpkg-deb --build debian/libpwiz-dev .. - dpkg-deb --build debian/libpwiz-tools .. + dpkg-deb --build debian/libpwiz3 .. dpkg-deb --build debian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root .. + dpkg-deb --build debian/libpwiz-tools .. dpkg-deb --build debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root .. -dpkg-deb: building package 'libpwiz-tools' in '../libpwiz-tools_3.0.18342-4_i386.deb'. +dpkg-deb: building package 'libpwiz-dev' in '../libpwiz-dev_3.0.18342-4_i386.deb'. dpkg-deb: building package 'libpwiz3' in '../libpwiz3_3.0.18342-4_i386.deb'. dpkg-deb: building package 'libpwiz3-dbgsym' in '../libpwiz3-dbgsym_3.0.18342-4_i386.deb'. -dpkg-deb: building package 'libpwiz-dev' in '../libpwiz-dev_3.0.18342-4_i386.deb'. +dpkg-deb: building package 'libpwiz-tools' in '../libpwiz-tools_3.0.18342-4_i386.deb'. dpkg-deb: building package 'libpwiz-tools-dbgsym' in '../libpwiz-tools-dbgsym_3.0.18342-4_i386.deb'. entering the build-indep-stamp target cd doc/dox && doxygen @@ -21740,7 +21806,7 @@ /build/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Peptide.hpp:166: warning: Unsupported xml/html tag found /build/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Peptide.hpp:168: warning: Unsupported xml/html tag found /build/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Peptide.hpp:169: warning: Unsupported xml/html tag found -sh: 1: latex: not found +sh: line 1: latex: command not found error: Problems running latex. Check your installation or look for typos in _formulas.tex and check _formulas.log! leton.hpp... Parsing file /build/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/misc/Singleton.hpp... @@ -23891,12 +23957,14 @@ dpkg-source --after-build . dpkg-buildpackage: info: binary-only upload (no source included) I: copying local configuration +I: user script /srv/workspace/pbuilder/10734/tmp/hooks/B01_cleanup starting +I: user script /srv/workspace/pbuilder/10734/tmp/hooks/B01_cleanup finished I: unmounting dev/ptmx filesystem I: unmounting dev/pts filesystem I: unmounting dev/shm filesystem I: unmounting proc filesystem I: unmounting sys filesystem I: cleaning the build env -I: removing directory /srv/workspace/pbuilder/431 and its subdirectories -I: Current time: Sun May 23 01:12:56 -12 2021 -I: pbuilder-time-stamp: 1621775576 +I: removing directory /srv/workspace/pbuilder/10734 and its subdirectories +I: Current time: Sun Jun 26 10:14:57 +14 2022 +I: pbuilder-time-stamp: 1656188097