Diff of the two buildlogs: -- --- b1/build.log 2024-05-03 02:25:15.404526630 +0000 +++ b2/build.log 2024-05-03 03:16:47.276931467 +0000 @@ -1,6 +1,6 @@ I: pbuilder: network access will be disabled during build -I: Current time: Wed Jun 4 19:58:43 -12 2025 -I: pbuilder-time-stamp: 1749110323 +I: Current time: Fri May 3 16:25:22 +14 2024 +I: pbuilder-time-stamp: 1714703122 I: Building the build Environment I: extracting base tarball [/var/cache/pbuilder/unstable-reproducible-base.tgz] I: copying local configuration @@ -27,52 +27,84 @@ dpkg-source: info: applying gcc-boost-fail-cast-tribool-to-bool-force-it.patch I: using fakeroot in build. I: Installing the build-deps -I: user script /srv/workspace/pbuilder/1077267/tmp/hooks/D02_print_environment starting +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2731448/tmp/hooks/D01_modify_environment starting +debug: Running on codethink04-arm64. +I: Changing host+domainname to test build reproducibility +I: Adding a custom variable just for the fun of it... +I: Changing /bin/sh to bash +'/bin/sh' -> '/bin/bash' +lrwxrwxrwx 1 root root 9 May 3 02:25 /bin/sh -> /bin/bash +I: Setting pbuilder2's login shell to /bin/bash +I: Setting pbuilder2's GECOS to second user,second room,second work-phone,second home-phone,second other +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2731448/tmp/hooks/D01_modify_environment finished +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2731448/tmp/hooks/D02_print_environment starting I: set - BUILDDIR='/build/reproducible-path' - BUILDUSERGECOS='first user,first room,first work-phone,first home-phone,first other' - BUILDUSERNAME='pbuilder1' - BUILD_ARCH='arm64' - DEBIAN_FRONTEND='noninteractive' + BASH=/bin/sh + BASHOPTS=checkwinsize:cmdhist:complete_fullquote:extquote:force_fignore:globasciiranges:globskipdots:hostcomplete:interactive_comments:patsub_replacement:progcomp:promptvars:sourcepath + BASH_ALIASES=() + BASH_ARGC=() + BASH_ARGV=() + BASH_CMDS=() + BASH_LINENO=([0]="12" [1]="0") + BASH_LOADABLES_PATH=/usr/local/lib/bash:/usr/lib/bash:/opt/local/lib/bash:/usr/pkg/lib/bash:/opt/pkg/lib/bash:. + BASH_SOURCE=([0]="/tmp/hooks/D02_print_environment" [1]="/tmp/hooks/D02_print_environment") + BASH_VERSINFO=([0]="5" [1]="2" [2]="21" [3]="1" [4]="release" [5]="aarch64-unknown-linux-gnu") + BASH_VERSION='5.2.21(1)-release' + BUILDDIR=/build/reproducible-path + BUILDUSERGECOS='second user,second room,second work-phone,second home-phone,second other' + BUILDUSERNAME=pbuilder2 + BUILD_ARCH=arm64 + DEBIAN_FRONTEND=noninteractive DEB_BUILD_OPTIONS='buildinfo=+all reproducible=+all parallel=12 ' - 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PWD='/' - SHELL='/bin/bash' - SHLVL='2' - SUDO_COMMAND='/usr/bin/timeout -k 18.1h 18h /usr/bin/ionice -c 3 /usr/bin/nice /usr/sbin/pbuilder --build --configfile /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.ZrmQvJWE/pbuilderrc_4yyS --distribution unstable --hookdir /etc/pbuilder/first-build-hooks --debbuildopts -b --basetgz /var/cache/pbuilder/unstable-reproducible-base.tgz --buildresult /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.ZrmQvJWE/b1 --logfile b1/build.log libpwiz_3.0.18342-4.1.dsc' - SUDO_GID='109' - SUDO_UID='104' - SUDO_USER='jenkins' - TERM='unknown' - TZ='/usr/share/zoneinfo/Etc/GMT+12' - USER='root' - _='/usr/bin/systemd-run' - http_proxy='http://192.168.101.4:3128' + PWD=/ + SHELL=/bin/bash + SHELLOPTS=braceexpand:errexit:hashall:interactive-comments:posix + SHLVL=3 + SUDO_COMMAND='/usr/bin/timeout -k 24.1h 24h /usr/bin/ionice -c 3 /usr/bin/nice -n 11 /usr/bin/unshare --uts -- /usr/sbin/pbuilder --build --configfile /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.ZrmQvJWE/pbuilderrc_8bDd --distribution unstable --hookdir /etc/pbuilder/rebuild-hooks --debbuildopts -b --basetgz /var/cache/pbuilder/unstable-reproducible-base.tgz --buildresult /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.ZrmQvJWE/b2 --logfile b2/build.log libpwiz_3.0.18342-4.1.dsc' + SUDO_GID=109 + SUDO_UID=104 + SUDO_USER=jenkins + TERM=unknown + TZ=/usr/share/zoneinfo/Etc/GMT-14 + UID=0 + USER=root + _='I: set' + http_proxy=http://192.168.101.4:3128 I: uname -a - Linux codethink01-arm64 6.1.0-20-cloud-arm64 #1 SMP Debian 6.1.85-1 (2024-04-11) aarch64 GNU/Linux + Linux i-capture-the-hostname 6.1.0-20-cloud-arm64 #1 SMP Debian 6.1.85-1 (2024-04-11) aarch64 GNU/Linux I: ls -l /bin - lrwxrwxrwx 1 root root 7 Jun 3 14:05 /bin -> usr/bin -I: user script /srv/workspace/pbuilder/1077267/tmp/hooks/D02_print_environment finished + lrwxrwxrwx 1 root root 7 May 1 07:42 /bin -> usr/bin +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2731448/tmp/hooks/D02_print_environment finished -> Attempting to satisfy build-dependencies -> Creating pbuilder-satisfydepends-dummy package Package: pbuilder-satisfydepends-dummy @@ -307,7 +339,7 @@ Get: 163 http://deb.debian.org/debian unstable/main arm64 libxpm-dev arm64 1:3.5.17-1+b1 [128 kB] Get: 164 http://deb.debian.org/debian unstable/main arm64 libgd-dev arm64 2.3.3-9+b3 [252 kB] Get: 165 http://deb.debian.org/debian unstable/main arm64 libjs-jquery all 3.6.1+dfsg+~3.5.14-1 [326 kB] -Fetched 125 MB in 1s (196 MB/s) +Fetched 125 MB in 1s (152 MB/s) debconf: delaying package configuration, since apt-utils is not installed Selecting previously unselected package sgml-base. (Reading database ... (Reading database ... 5% (Reading database ... 10% (Reading database ... 15% (Reading database ... 20% (Reading database ... 25% (Reading database ... 30% (Reading database ... 35% (Reading database ... 40% (Reading database ... 45% (Reading database ... 50% (Reading database ... 55% (Reading database ... 60% (Reading database ... 65% (Reading database ... 70% (Reading database ... 75% (Reading database ... 80% (Reading database ... 85% (Reading database ... 90% (Reading database ... 95% (Reading database ... 100% (Reading database ... 19735 files and directories currently installed.) @@ -990,7 +1022,11 @@ fakeroot is already the newest version (1.34-1). 0 upgraded, 0 newly installed, 0 to remove and 0 not upgraded. I: Building the package -I: Running cd /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/ && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games" HOME="/nonexistent/first-build" dpkg-buildpackage -us -uc -b && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games" HOME="/nonexistent/first-build" dpkg-genchanges -S > ../libpwiz_3.0.18342-4.1_source.changes +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2731448/tmp/hooks/A99_set_merged_usr starting +Not re-configuring usrmerge for unstable +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2731448/tmp/hooks/A99_set_merged_usr finished +hostname: Name or service not known +I: Running cd /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/ && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/i/capture/the/path" HOME="/nonexistent/second-build" dpkg-buildpackage -us -uc -b && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/i/capture/the/path" HOME="/nonexistent/second-build" dpkg-genchanges -S > ../libpwiz_3.0.18342-4.1_source.changes dpkg-buildpackage: info: source package libpwiz dpkg-buildpackage: info: source version 3.0.18342-4.1 dpkg-buildpackage: info: source distribution unstable @@ -1325,27 +1361,27 @@ 1129 | path branch_path() const { return parent_path(); } | ^~~~~~~~~~~ depbase=`echo libraries/boost_aux/libs/nowide/src/iostream.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile aarch64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 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libraries/boost_aux/libs/nowide/src/iostream.lo libraries/boost_aux/libs/nowide/src/iostream.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile aarch64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict__ -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 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-I"libraries/boost_aux" -I"pwiz/data/msdata/ramp" -I"libraries/Eigen" -I"libraries/CSpline" -DWITHOUT_MZ5 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_NOWIDE_NO_LIB=1 -DNO_MASCOT_READER -I "/usr/include/eigen3/Eigen" -I "/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT libraries/boost_aux/libs/nowide/src/iostream.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o libraries/boost_aux/libs/nowide/src/iostream.lo libraries/boost_aux/libs/nowide/src/iostream.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: aarch64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" 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pwiz/analysis/peakdetect/PeakFitter.cpp: In function 'std::pair pwiz::analysis::{anonymous}::OrderedPairToPair(const pwiz::math::OrderedPair&)': @@ -1401,7 +1437,7 @@ | ^ libtool: compile: aarch64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict__ -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_MALLOC=1 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"/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT pwiz/analysis/passive/RegionTIC.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o pwiz/analysis/passive/RegionTIC.lo pwiz/analysis/passive/RegionTIC.cpp &&\ +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile aarch64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 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libtool: compile: aarch64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict__ -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 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pwiz/analysis/frequency/PeakDetector.hpp:29, @@ -3733,12 +3769,12 @@ | ^~~~~~~~ libtool: compile: aarch64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict__ -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 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@@ -5522,7 +5558,7 @@ | ^~~~~~~~~~~~~~ libtool: compile: aarch64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict__ -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 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make[1]: Entering directory '/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build' make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib' - /bin/bash ./libtool --mode=install /usr/bin/install -c libpwiz.la '/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib' + /bin/sh ./libtool --mode=install /usr/bin/install -c libpwiz.la '/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libpwiz.so.3.0.0 /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib && { ln -s -f libpwiz.so.3.0.0 libpwiz.so.3 || { rm -f libpwiz.so.3 && ln -s libpwiz.so.3.0.0 libpwiz.so.3; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib && { ln -s -f libpwiz.so.3.0.0 libpwiz.so || { rm 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been installed in '/usr/lib' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/txt2mzml /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/bin/txt2mzml libtool: warning: 'libpwiz.la' has not been installed in '/usr/lib' @@ -7531,9 +7567,9 @@ /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/common/cv.hpp:7889: warning: Found unknown command '\t' /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/common/cv.hpp:878: warning: Found unknown command '@LDI' /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/common/cv.hpp:8945: warning: Unsupported xml/html tag found -sh: 1: latex: not found +sh: line 1: latex: command not found error: Problems running latex. Check your installation or look for typos in _formulas.tex and check _formulas.log! -sh: 1: latex: not found +sh: line 1: latex: command not found error: Problems running latex. Check your installation or look for typos in _formulas_dark.tex and check _formulas_dark.log! 8342/doc/dox/mainpage.hpp... Parsing file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/doc/dox/mainpage.hpp... @@ -9875,7 +9911,7 @@ make[1]: Entering directory '/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build' make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib' - /bin/bash ./libtool --mode=install /usr/bin/install -c libpwiz.la '/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib' + /bin/sh ./libtool --mode=install /usr/bin/install -c libpwiz.la '/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libpwiz.so.3.0.0 /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib && { ln -s -f libpwiz.so.3.0.0 libpwiz.so.3 || { rm -f libpwiz.so.3 && ln -s libpwiz.so.3.0.0 libpwiz.so.3; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib && { ln -s -f libpwiz.so.3.0.0 libpwiz.so || { rm -f libpwiz.so && ln -s libpwiz.so.3.0.0 libpwiz.so; }; }) @@ -9885,7 +9921,7 @@ libtool: install: aarch64-linux-gnu-ranlib /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib/libpwiz.a libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/bin' - /bin/bash ./libtool --mode=install /usr/bin/install -c txt2mzml msconvert mscat hello_analyzer_2 idconvert write_example_files hello_msdata write_mzid_example_files hello_analyzer write_proteome_example_files pepcat write_traml_example_files '/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/bin' + /bin/sh ./libtool --mode=install /usr/bin/install -c txt2mzml msconvert mscat hello_analyzer_2 idconvert write_example_files hello_msdata write_mzid_example_files hello_analyzer write_proteome_example_files pepcat write_traml_example_files '/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/bin' libtool: warning: 'libpwiz.la' has not been installed in '/usr/lib' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/txt2mzml /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/bin/txt2mzml libtool: warning: 'libpwiz.la' has not been installed in '/usr/lib' @@ -10284,10 +10320,10 @@ dh_installchangelogs -a install -m0755 -d debian/libpwiz-dev/usr/share/doc/libpwiz-dev install -p -m0644 debian/.debhelper/generated/libpwiz-dev/dh_installchangelogs.dch.trimmed debian/libpwiz-dev/usr/share/doc/libpwiz-dev/changelog.Debian - install -m0755 -d debian/libpwiz3t64/usr/share/doc/libpwiz3t64 - install -p -m0644 debian/.debhelper/generated/libpwiz3t64/dh_installchangelogs.dch.trimmed debian/libpwiz3t64/usr/share/doc/libpwiz3t64/changelog.Debian install -m0755 -d debian/libpwiz-tools/usr/share/doc/libpwiz-tools install -p -m0644 debian/.debhelper/generated/libpwiz-tools/dh_installchangelogs.dch.trimmed debian/libpwiz-tools/usr/share/doc/libpwiz-tools/changelog.Debian + install -m0755 -d debian/libpwiz3t64/usr/share/doc/libpwiz3t64 + install -p -m0644 debian/.debhelper/generated/libpwiz3t64/dh_installchangelogs.dch.trimmed debian/libpwiz3t64/usr/share/doc/libpwiz3t64/changelog.Debian dh_installdocs -a install -p -m0644 debian/README.Debian debian/libpwiz-dev/usr/share/doc/libpwiz-dev/README.Debian install -p -m0644 debian/copyright debian/libpwiz-dev/usr/share/doc/libpwiz-dev/copyright @@ -10318,25 +10354,25 @@ install -p -m0644 ./debian/txt2mzml.1 debian/libpwiz-tools/usr/share/man/man1/txt2mzml.1 man-recode --to-code UTF-8 --suffix .dh-new debian/libpwiz3t64/usr/share/man/man3/libpwiz.3 man-recode --to-code UTF-8 --suffix .dh-new debian/libpwiz-tools/usr/share/man/man1/idconvert.1 - man-recode --to-code UTF-8 --suffix .dh-new debian/libpwiz-tools/usr/share/man/man1/txt2mzml.1 man-recode --to-code UTF-8 --suffix .dh-new debian/libpwiz-tools/usr/share/man/man1/mscat.1 man-recode 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debian/libpwiz-tools/usr/bin/txt2mzml @@ -10374,14 +10410,14 @@ cd debian/libpwiz3t64 cd debian/libpwiz-tools chmod a-x usr/share/doc/libpwiz-dev/changelog.Debian - gzip -9nf usr/share/doc/libpwiz-dev/changelog.Debian - cd '/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342' chmod a-x usr/share/doc/libpwiz3t64/changelog.Debian usr/share/man/man3/libpwiz.3 - gzip -9nf usr/share/doc/libpwiz3t64/changelog.Debian usr/share/man/man3/libpwiz.3 - cd '/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342' chmod a-x usr/share/doc/libpwiz-tools/changelog.Debian usr/share/man/man1/idconvert.1 usr/share/man/man1/mscat.1 usr/share/man/man1/msconvert.1 usr/share/man/man1/txt2mzml.1 + gzip -9nf usr/share/doc/libpwiz-dev/changelog.Debian + gzip -9nf usr/share/doc/libpwiz3t64/changelog.Debian usr/share/man/man3/libpwiz.3 gzip -9nf usr/share/doc/libpwiz-tools/changelog.Debian usr/share/man/man1/idconvert.1 usr/share/man/man1/mscat.1 usr/share/man/man1/msconvert.1 usr/share/man/man1/txt2mzml.1 cd '/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342' + cd '/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342' + cd '/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342' dh_makeshlibs -a rm -f debian/libpwiz-dev/DEBIAN/shlibs rm -f debian/libpwiz3t64/DEBIAN/shlibs @@ -10407,7 +10443,7 @@ dpkg-gensymbols: debug: Merging symbols from /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 as libpwiz.so.3 dpkg-gensymbols: debug: Storing symbols in /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/libpwiz3t64/DEBIAN/symbols. --- new_symbol_file (libpwiz3t64_3.0.0_arm64) -+++ dpkg-gensymbolsrXb12D 2025-06-05 08:47:05.612128514 +0000 ++++ dpkg-gensymbolsQAd3Cd 2024-05-03 03:16:09.125146992 +0000 @@ -0,0 +1,12177 @@ +libpwiz.so.3 libpwiz3t64 #MINVER# + PERSON_DOC_OWNER@Base 3.0.0 @@ -22589,23 +22625,23 @@ echo "libpwiz 3 libpwiz3t64 (>= 3.0.9393-1)" > \ /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/libpwiz3t64/DEBIAN/shlibs dh_fixperms -a - find debian/libpwiz3t64 -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chown --no-dereference 0:0 find debian/libpwiz-dev -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chown --no-dereference 0:0 + find debian/libpwiz3t64 -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chown --no-dereference 0:0 find debian/libpwiz-tools -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chown --no-dereference 0:0 find debian/libpwiz-tools ! -type l -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod go=rX,u+rw,a-s find debian/libpwiz3t64 ! -type l -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod go=rX,u+rw,a-s - find debian/libpwiz3t64/usr/share/doc -type f -a -true -a ! -regex 'debian/libpwiz3t64/usr/share/doc/[^/]*/examples/.*' -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 find debian/libpwiz-tools/usr/share/doc -type f -a -true -a ! -regex 'debian/libpwiz-tools/usr/share/doc/[^/]*/examples/.*' -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 - find debian/libpwiz-dev ! -type l -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod go=rX,u+rw,a-s + find debian/libpwiz3t64/usr/share/doc -type f -a -true -a ! -regex 'debian/libpwiz3t64/usr/share/doc/[^/]*/examples/.*' -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 find debian/libpwiz-tools/usr/share/doc -type d -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0755 find debian/libpwiz3t64/usr/share/doc -type d -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0755 + find debian/libpwiz-dev ! -type l -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod go=rX,u+rw,a-s find debian/libpwiz-tools/usr/share/man -type f -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 find debian/libpwiz3t64/usr/share/man -type f -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 find debian/libpwiz-tools -type f \( -name '*.so.*' -o -name '*.so' -o -name '*.la' -o -name '*.a' -o -name '*.js' -o -name '*.css' -o -name '*.scss' -o -name '*.sass' -o -name '*.jpeg' -o -name '*.jpg' -o -name '*.png' -o -name '*.gif' -o -name '*.cmxs' -o -name '*.node' \) -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 find debian/libpwiz3t64 -type f \( -name '*.so.*' -o -name '*.so' -o -name '*.la' -o -name '*.a' -o -name '*.js' -o -name '*.css' -o -name '*.scss' -o -name '*.sass' -o -name '*.jpeg' -o -name '*.jpg' -o -name '*.png' -o -name '*.gif' -o -name '*.cmxs' -o -name '*.node' \) -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 find debian/libpwiz-tools/usr/bin -type f -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod a+x - find debian/libpwiz-dev/usr/share/doc -type f -a -true -a ! -regex 'debian/libpwiz-dev/usr/share/doc/[^/]*/examples/.*' -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 find debian/libpwiz3t64/usr/lib -type f -name '*.ali' -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod uga-w + find debian/libpwiz-dev/usr/share/doc -type f -a -true -a ! -regex 'debian/libpwiz-dev/usr/share/doc/[^/]*/examples/.*' -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 find debian/libpwiz-dev/usr/share/doc -type d -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0755 find debian/libpwiz-dev/usr/include -type f -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 find debian/libpwiz-dev -type f \( -name '*.so.*' -o -name '*.so' -o -name '*.la' -o -name '*.a' -o -name '*.js' -o -name '*.css' -o -name '*.scss' -o -name '*.sass' -o -name '*.jpeg' -o -name '*.jpg' -o -name '*.png' -o -name '*.gif' -o -name '*.cmxs' -o -name '*.node' \) -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 @@ -22620,16 +22656,21 @@ dpkg-shlibdeps -Tdebian/libpwiz-tools.substvars debian/libpwiz-tools/usr/bin/txt2mzml debian/libpwiz-tools/usr/bin/msconvert debian/libpwiz-tools/usr/bin/mscat debian/libpwiz-tools/usr/bin/idconvert dpkg-shlibdeps: warning: deprecated use of LD_LIBRARY_PATH with private library directory which interferes with cross-building, please use -l option instead dpkg-shlibdeps: warning: deprecated use of LD_LIBRARY_PATH with private library directory which interferes with cross-building, please use -l option instead -dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateReset used by debian/libpwiz3t64/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol compress used by debian/libpwiz3t64/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflate used by debian/libpwiz3t64/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol crc32 used by debian/libpwiz3t64/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateEnd used by debian/libpwiz3t64/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol compressBound used by debian/libpwiz3t64/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateReset used by debian/libpwiz3t64/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateInit2_ used by debian/libpwiz3t64/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateCopy used by debian/libpwiz3t64/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflate used by debian/libpwiz3t64/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateEnd used by debian/libpwiz3t64/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol crc32 used by debian/libpwiz3t64/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol uncompress used by debian/libpwiz3t64/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol compress used by debian/libpwiz3t64/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries dh_gencontrol -a + install -m0755 -d debian/libpwiz3t64/DEBIAN + echo misc:Depends= >> debian/libpwiz3t64.substvars + echo misc:Pre-Depends= >> debian/libpwiz3t64.substvars + install -m0755 -d debian/.debhelper/libpwiz3t64/dbgsym-root/DEBIAN + dpkg-gencontrol -plibpwiz3t64 -ldebian/changelog -Tdebian/libpwiz3t64.substvars -cdebian/control -Pdebian/.debhelper/libpwiz3t64/dbgsym-root -UPre-Depends -URecommends -USuggests -UEnhances -UProvides -UEssential -UConflicts -DPriority=optional -UHomepage -UImportant -DAuto-Built-Package=debug-symbols -UProtected -UBuilt-Using -UStatic-Built-Using -DPackage=libpwiz3t64-dbgsym "-DDepends=libpwiz3t64 (= \${binary:Version})" "-DDescription=debug symbols for libpwiz3t64" -DBuild-Ids=157ec8744987aec656d765be75b2a1c8dbc00e0f -DSection=debug -UMulti-Arch -UReplaces -UBreaks install -m0755 -d debian/libpwiz-dev/DEBIAN echo misc:Depends= >> debian/libpwiz-dev.substvars echo misc:Pre-Depends= >> debian/libpwiz-dev.substvars @@ -22639,41 +22680,36 @@ echo misc:Pre-Depends= >> debian/libpwiz-tools.substvars install -m0755 -d debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/DEBIAN dpkg-gencontrol -plibpwiz-tools -ldebian/changelog 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chmod 0644 -- debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/DEBIAN/control chown 0:0 -- debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/DEBIAN/control dpkg-gencontrol -plibpwiz-tools -ldebian/changelog -Tdebian/libpwiz-tools.substvars -cdebian/control -Pdebian/libpwiz-tools chmod 0644 -- debian/libpwiz-dev/DEBIAN/control chown 0:0 -- debian/libpwiz-dev/DEBIAN/control - chmod 0644 -- debian/libpwiz-tools/DEBIAN/control - chown 0:0 -- debian/libpwiz-tools/DEBIAN/control chmod 0644 -- debian/libpwiz3t64/DEBIAN/control chown 0:0 -- debian/libpwiz3t64/DEBIAN/control + chmod 0644 -- debian/libpwiz-tools/DEBIAN/control + chown 0:0 -- debian/libpwiz-tools/DEBIAN/control dh_md5sums -a - install -m0755 -d debian/libpwiz-tools/DEBIAN - install -m0755 -d debian/libpwiz3t64/DEBIAN install -m0755 -d debian/libpwiz-dev/DEBIAN + install -m0755 -d debian/libpwiz3t64/DEBIAN + install -m0755 -d debian/libpwiz-tools/DEBIAN cd debian/libpwiz-tools >/dev/null && xargs -r0 md5sum | perl -pe 'if (s@^\\@@) { 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debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root .. - dpkg-deb --root-owner-group --build debian/.debhelper/libpwiz3t64/dbgsym-root .. +dpkg-deb: building package 'libpwiz3t64-dbgsym' in '../libpwiz3t64-dbgsym_3.0.18342-4.1_arm64.deb'. dpkg-deb: building package 'libpwiz-dev' in '../libpwiz-dev_3.0.18342-4.1_arm64.deb'. -dpkg-deb: building package 'libpwiz-tools' in '../libpwiz-tools_3.0.18342-4.1_arm64.deb'. -dpkg-deb: building package 'libpwiz-tools-dbgsym' in '../libpwiz-tools-dbgsym_3.0.18342-4.1_arm64.deb'. dpkg-deb: building package 'libpwiz3t64' in '../libpwiz3t64_3.0.18342-4.1_arm64.deb'. -dpkg-deb: building package 'libpwiz3t64-dbgsym' in '../libpwiz3t64-dbgsym_3.0.18342-4.1_arm64.deb'. +dpkg-deb: building package 'libpwiz-tools-dbgsym' in '../libpwiz-tools-dbgsym_3.0.18342-4.1_arm64.deb'. +dpkg-deb: building package 'libpwiz-tools' in '../libpwiz-tools_3.0.18342-4.1_arm64.deb'. entering the build-indep-stamp target cd doc/dox && doxygen warning: Tag 'USE_WINDOWS_ENCODING' at line 11 of file 'Doxyfile' has become obsolete. @@ -23858,9 +23894,9 @@ /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/common/cv.hpp:7889: warning: Found unknown command '\t' /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/common/cv.hpp:878: warning: Found unknown command '@LDI' /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/common/cv.hpp:8945: warning: Unsupported xml/html tag found -sh: 1: latex: not found +sh: line 1: latex: command not found error: Problems running latex. Check your installation or look for typos in _formulas.tex and check _formulas.log! -sh: 1: latex: not found +sh: line 1: latex: command not found error: Problems running latex. Check your installation or look for typos in _formulas_dark.tex and check _formulas_dark.log! 8342/doc/dox/mainpage.hpp... Parsing file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/doc/dox/mainpage.hpp... @@ -25999,12 +26035,14 @@ dpkg-buildpackage: info: binary-only upload (no source included) dpkg-genchanges: info: not including original source code in upload I: copying local configuration +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2731448/tmp/hooks/B01_cleanup starting +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2731448/tmp/hooks/B01_cleanup finished I: unmounting dev/ptmx filesystem I: unmounting dev/pts filesystem I: unmounting dev/shm filesystem I: unmounting proc filesystem I: unmounting sys filesystem I: cleaning the build env -I: removing directory /srv/workspace/pbuilder/1077267 and its subdirectories -I: Current time: Wed Jun 4 20:48:14 -12 2025 -I: pbuilder-time-stamp: 1749113294 +I: removing directory /srv/workspace/pbuilder/2731448 and its subdirectories +I: Current time: Fri May 3 17:16:45 +14 2024 +I: pbuilder-time-stamp: 1714706205